CN1977044A - 治疗胰腺癌的组合物和方法 - Google Patents
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Abstract
本发明重点描述了通过将细胞与抑制PCDH1,CDH3或GPR107表达的siRNA的组合物接触来抑制肿瘤细胞生长的方法。本发明还包括治疗癌症的方法。本发明还重点描述了在所提供的方法中有用的产品,其包括核酸序列,载体和包含它们的组合物。本发明还提供抑制肿瘤细胞,例如胰腺癌细胞,尤其是胰管腺癌(PDACa)的方法。
Description
本申请要求了2004年3月24日提交的美国临时申请No.60/555,809的权利,在此并入它的全部内容作为参考。
技术背景
本发明涉及生物科学的领域,更具体地是涉及癌症研究的领域。具体地说,本发明涉及了组合物,该组合物包含能抑制编码PCDH1、CDH3或GPR107的基因的表达的核酸。在一些实施方案中,该化合物是对应于这些基因的子序列的小干扰RNA(small interfering RNA,siRNA)。
背景技术
西方国家中,胰管腺癌(Pancreatic ductal adenocarcinoma,PDACa)是癌症死亡的第五个主要的原因,在任何恶性程度下都是致死率最高的几种癌症之一,5年的存活率仅有4%。在美国,每年估计有30700名病人被诊断为胰腺癌,而且近30000名病人死于胰腺癌。绝大部分患者在该疾病的晚期得到诊断,在这个阶段该疾病对现有的疗法都不起反应,而病人只能生存几个月。只有手术切除才有可能治愈PDACa,但是只有10-20%的PDACa患者能接受可能根治的切除,而且即使在根治性手术后,也有80-90%的患者会出现复发而死于PDACa。在也接受吉西他滨(gemcitabine)和/或放射线化学治疗的患者中,术后的结果或生活质量出现一些改善,但是这些方法对患者长期生存的影响却极小,因为PDACa会对任何一种治疗方法都有强烈的抗性。基于这种原因,对大多数患者的治疗都集中于缓解病情上。
因此,当前对于胰腺癌的治疗来说十分紧迫的问题是建立一种新的PDACa分子治疗方法和鉴定出新的PDACa治疗性分子靶物。
发明的公开
本发明是基于一个惊人的发现,即抑制PCDH1,CDH3或GPR107的表达可以有效地抑制多种癌细胞的细胞生长,包括那些PDACa中涉及的细胞。本申请中所描述的发明部分地基于这一发现。
本发明提供了抑制细胞生长的方法。在所述方法中,提供了包括将细胞与包含小干扰RNA(siRNA)的组合物接触,该siRNA抑制PCDH1,CDH3或GPR107的表达的方法。本发明也提供了抑制受试者中肿瘤细胞生长的方法。这些方法包括给受试者施用包含小干扰RNA(siRNA)的组合物,其中siRNA可与来自PCDH1,CDH3或GPR107的序列特异性地杂交。本发明的另一方面,提供了在生物样本的细胞中抑制PCDH1,CDH3或GPR107基因表达的方法。通过以足够抑制PCDH1,CDH3或GPR107基因的表达的量将双链核糖核酸(RNA)分子导入细胞,可以抑制所述基因的表达。另一方面,本发明涉及例如在所提供的方法中有用的产品,其包括核酸序列,载体以及包含它们的组合物。在所述产品中提供了siRNA分子,所述siRNA分子具有这样的性质:当它们被导入到表达PCDH1,CDH3或GPR107基因的细胞中时,抑制这些基因的表达。这样的分子中包括那些包含了有义和反义链的分子,其中所述有义链包含与PCDH1,CDH3或GPR107靶序列相对应的核糖核苷酸序列,而其中所述反义链包含与该有义链互补的核糖核苷酸序列。所述分子的有义链和反义链互相杂交形成双链分子。
本申请中使用的术语“生物体”是指任何有生命的、包括至少一个细胞的实体。有生命的生物体可以像例如单真核细胞那样简单,或者像哺乳动物包括人那样复杂。
本申请中使用的术语“生物样本”是指一个完整的生物体或生物体的组织、细胞或组成部分的亚类(subset)(如体液,包括但不限于血液、粘液、淋巴液、滑液、脑脊液、唾液、羊水、羊膜索(amniotic cord)血、尿液、阴道液和精液)。此外,“生物样本”还可指匀浆、裂解产物、提取物、细胞培养物或组织培养物,其由完整的生物体或其组织、细胞或组成部分的亚类,或其级分或部分制备。最后,“生物样本”指培养基,例如在其中生物体已经增殖的营养肉汤或凝胶,该培养基中包含细胞组分,例如蛋白质或核酸分子。
本发明重点描述了抑制细胞生长的方法。通过使细胞同PCDH1,CDH3或GPR107的小干扰RNA(siRNA)的组合物接触来抑制细胞生长。该细胞进一步同转染增强剂相接触。细胞以体外、体内或离体提供。受试者是哺乳动物,如人、非人的灵长类动物、小鼠、大鼠、狗、猫、马或牛。所述细胞是胰管细胞。或者,所述细胞是肿瘤细胞(即癌细胞),如癌细胞或腺癌细胞。例如,所述细胞是胰管腺癌细胞。抑制细胞生长意味着处理的细胞与未处理的细胞相比,增殖的速率较低,或生存力(viability)降低。通过本领域中已知的增殖测定法来测定细胞生长。
术语“siRNA”是指一种双链的RNA分子,它阻断目标mRNA的翻译。采用了将siRNA导入细胞的标准技术,其中包括DNA为模板由其转录RNA的技术。siRNA包含有义的PCDH1,CDH3或GPR107核酸序列、反义的PCDH1,CDH3或GPR107核酸序列、或二者。所述siRNA可能包含两个互补的分子,或者可以如此构建,以使得单个转录本同时具有来自目的基因的有义和互补的反义序列,例如发夹结构,在一些实施方案中,这导致微小RNA(miRNA)的产生。
本方法用来改变例如由于细胞的恶性转化而导致PCDH1,CDH3或GPR107的表达上调的细胞中的基因表达。在靶细胞中,siRNA同PCDH1,CDH3或GPR107的转录本相结合导致细胞产生PCDH1,CDH3或GPR107的减少。该寡核苷酸的长度为至少约10个核苷酸,并可与天然存在的PCDH1,CDH3或GPR107转录本一样长。优选地,该寡核苷酸的长度为大约19个到大约25个核苷酸。最优选地,该寡核苷酸的长度少于大约75个,大约50个,或大约25个核苷酸。在哺乳动物细胞中抑制PCDH1,CDH3或GPR107表达的PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA寡核苷酸的例子包括分别含有靶序列例如SEQ ID NOs:22,23或24的核苷酸的寡核苷酸。
设计具有在靶细胞中抑制基因表达的能力的双链RNA的方法是已知的(参见如美国专利No.6,506,559,在此并入它的全部内容作为参考)。例如,由Ambion网站可得到用于设计siRNAs的计算机程序(http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html)。该计算机程序可从Ambion,Inc.获得,其根据下面的步骤来选择用于siRNA合成的核苷酸序列。
siRNA目标位点的选择
1.以转录本的起始密码子AUG开始,向下游寻找AA二核苷酸序列。记录每一处AA和其3’端相邻的19个核苷酸的出现作为可能的siRNA目标位点。Tuschl等人不推荐在5’和3’非翻译区(UTR)和起始密码子附近区域(75个碱基以内)设计siRNA(Targeted mRNA degradation bydouble-stranded RNA in vitro.Genes Dev 13(24):3191-7(1999)),因为这些区域可能更富含调节蛋白的结合位点。UTR结合蛋白和/或翻译起始复合物可干扰siRNA核酸内切酶复合物的结合。
2.将可能的目标位点同适当的基因组数据库(人、小鼠、大鼠等等)进行对比,并排除任何与其他编码序列具有显著的同源性的靶序列。推荐使用BLAST,其可以在NCBI服务器上找到,网址为www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/。
3.选择合格的靶序列用于合成。通常沿着基因的长度来选择几个靶序列来评价。
本发明还包含分离的核酸分子,其包含靶序列的核酸序列,例如SEQ IDNOs:22,23和24的核苷酸,或者与SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸的核酸序列互补的核酸分子。本文使用的“分离的核酸”是指脱离它们的原本的环境(如,若其为天然存在的,则指自然环境),并由此合成性地由其自然状态改变的核酸。本发明中,分离的核酸包括DNA、RNA以及它们的衍生物。当分离的核酸是RNA或它的衍生物时,核苷酸序列中的碱基“t”应被替换为“u”。本文使用的术语“互补”是指核酸分子的核苷酸单位之间的Watson-Crick或Hoogsteen碱基配对,而术语“结合”是指两个核酸或化合物或相关的核酸或化合物或者其组合之间的物理或化学的相互作用。互补核酸序列在适当的条件下杂交以形成稳定的双螺旋(duplex)结构,其包含极少的错配或不包含错配。对本发明而言,具有5个或更少的错配的两个序列被认为是互补的。而且本发明的分离的核苷酸的有义和反义链通过杂交可以形成双链核苷酸或发夹环结构。在优选的实施方案中,这样的双螺旋在每10个配对中包含不多于1个错配。在一个特别优选的实施方案中,双螺旋的两条链完全互补,这样的双螺旋不含有错配。对于PCDH1,CDH3或GPR107,核酸分子的长度分别小于3851,3205或6840个核苷酸。例如,所述核酸分子的长度小于约500,约200或约75个核苷酸。本发明还包括含有一种或多种本文所述的核酸的载体,以及含有该载体的细胞。本发明的分离的核酸用于抗PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA,或者编码该siRNA的DNA。当所述核酸用于siRNA或者编码siRNA的DNA时,有义链优选长于约19个核苷酸,更优选长于21个核苷酸。
本发明部分地基于下面的发现:在胰管腺癌(PDACa)中,同非癌性胰组织相比,编码PCDH1,CDH3或GPR107的基因过量表达。PCDH1,CDH3或GPR107的cDNA长度为3851,3205或6840个核苷酸。PCDH1,CDH3或GPR107的核酸序列和多肽序列分别显示在SEQ ID NO:1和2,3和4或5和6。这些序列数据也可通过下面的登录号得到。
PCDH1(CFUPC):L11370,NM_002587
CDH3:X63629,NM_001793
GPR107:NM_032925,NM_020960,(KIAA1624:R39794)AB046844
包含SEQ ID NOs:22,23和24的siRNAs的转染导致PDACa细胞系的生长抑制。PCDH1(CFUPC)属于原钙黏着蛋白家族(protocadherin family),其是钙依赖的细胞-细胞粘附的分子的钙黏着蛋白超家族(cadherinsuperfamily)中最大的亚族。许多原钙黏着蛋在中枢神经系统中高表达,它们可能在神经回路发生和突触传递调节中发挥作用(Sano K,Tanihara H,Heimark RL,Obata S,Davidson M,St John T,Taketani S,Suzuki S.Protocadherins:a large family of cadherin-related molecules in central nervoussystem.EMBO J.,12:2249-56,1993.Frank M,and Kemler R.Protocadherins.Curr Opin Cell Biol.,14:557-62,2002)。但是,PCDH1在胰腺癌细胞中十分丰富,中枢神经系统中却不丰富(图3A),它的功能还不清楚。
CDH3也是钙黏着蛋白家族中一个典型成员(Shimoyama Y,Yoshida T,Terada M,Shimosato Y,Abe O,Hirohashi S.Molecular cloning of a humanCa2+-dependent cell-cell adhesion molecule homologous to mouse placentalcadherin:its low expression in human placental tissues.J Cell Biol.,109:1787-94.1989),它们通过其保守的胞内域与联蛋白(catenins)和细胞骨架(cytoskeletons)连接,介导控制细胞极性、分化、运动和细胞生长的信号转导(Christofori G.Changing neighbors,changing behavior:cell adhesionmolecules-mediated signaling during tumor progression.EMBO J.,22,2318-2323,2003)。但是,与E-钙黏着蛋白或N-钙黏着蛋白不同,CDH3的功能还不清楚。在乳腺和卵巢中观察到了它的表达,在乳腺癌和前列腺癌中报道了表达的丧失(loss),尽管乳腺癌中的P-钙黏着蛋白的表达与较差的预后相关联((Peralta Soler A,Knudsen KA,Salazar H,Han AC,KeshgegianAA.P-cadherin expression in breast carcinoma indicates poor survival.Cancer,86:1263-1272.1999)。
GPR107(KIAA1624)是有七次跨膜结构(seven transmembrane)的G蛋白偶联受体(G protein-coupled receptors,GPCR)的一种。当前有很大一部分处方药靶向一个或多个GPCR,而对于大部分主要的治疗区域,在某种程度上通过几种以GPCR为基础的药物起作用。很明显,就药物发现的潜力而言,GPCRs的排位是最高的。如Northern印迹分析(图3C)所示,GPR107在正常的心脏、胎盘、骨骼肌、前列腺、睾丸、卵巢和脊髓中无限制地表达。但是,GPR107在重要的生命器官中丰度较低,这说明靶向这些分子可望在人体内产生较低的毒性。
抑制细胞生长的方法
本发明涉及通过抑制PCDH1,CDH3或GPR107的表达来抑制细胞生长,即癌细胞生长。PCDH1,CDH3或GPR107的表达,例如,通过特异性地靶向PCDH1,CDH3或GPR107基因的小干扰RNA(siRNA)而被抑制。PCDH1,CDH3或GPR107靶物包括,例如,SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸。
在非哺乳动物细胞中,已显示双链RNA(dsRNA)对基因表达发挥很强的特异的沉默作用,这被称为RNA干扰(RNAi)(Sharp PA.RNAi anddouble-strand RNA.Genes Dev.1999Jan 15;13(2):139-41.)。dsRNA被含有RNase III基序的酶加工成20-23个核苷酸的dsRNA,称为小干扰RNA(siRNA)。所述siRNA与多组分核酸酶复合物一起特异地靶向互补的mRNA(Hammond SM,Bernstein E,Beach D,Hannon GJ.An RNA-directednuclease mediates post-transcriptional gene silencing in Drosophila cells.Nature.2000Mar 16;404(6775):293-6;Hannon GJ.RNA interference.Nature.2002Jul 11;418(6894):244-51.)。在哺乳动物细胞中,由20或21-mer dsRNA构成的、具有19个互补的核苷酸和3’末端非互补的胸腺嘧啶或尿嘧啶二聚体的siRNA,已显示具有基因特异性的knock-down作用而不导致基因表达的全局性变化(Elbashir SM,Harborth J,Lendeckel W,Yalcin A,Weber K,TuschlT.Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in culturedmammalian cells.Nature.2001May 24;411(6836):494-8.)。另外,含有核内小RNA(small nuclear RNA,snRNA)U6或聚合酶III H1-RNA启动子的质粒有效地产生这种募集第III类RNA聚合酶III的短RNA,从而能够组成性地抑制其目标mRNA(Miyagishi M,Taira K.U6promoter-driven siRNAs withfour uridine 3′overhangs efficiently suppress targeted gene expression inmammalian cells.Nat Biotechnol.2002May;20(5):497-500.;BrummelkampTR,Bernards R,Agami R.A System for Stable Expression of Short InterferingRNAs in Mammalian Cells Science.296(5567):550-553,April 19,2002.)。
通过将细胞与含有PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA的组合物接触来抑制细胞生长。进一步将该细胞与转染试剂接触。合适的转染试剂是本领域已知的。抑制细胞的生长意味着同没有暴露于所述组合物的细胞相比,细胞以更低的速率增殖或具有降低的生存力。通过本领域已知的方法,如MTT细胞增殖试验来测定细胞生长。
所述PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA定向于PCDH1,CDH3或GPR107基因序列的单一靶物。或者,所述siRNA定向于PCDH1,CDH3或GPR107基因序列的多个靶物。例如,所述组合物含有定向于PCDH1,CDH3或GPR107的2个,3个,4个,或5个或者更多靶序列的PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA。PCDH1,CDH3或GPR107靶序列是指与PCDH1,CDH3或GPR107基因的一部分相同的核苷酸序列。靶序列可包括人PCDH1,CDH3或GPR107基因的5’端非翻译(UT)区、开放阅读框(ORF)或者3’端非翻译区。或者,所述siRNA是同PCDH1,CDH3或GPR107基因表达的上游或下游调节序列(modulator)互补的核酸序列。上游和下游调节序列的例子包括:同PCDH1,CDH3或GPR107基因启动子结合的转录因子、同PCDH1,CDH3或GPR107多肽相互作用的激酶或磷酸酶、PCDH1,CDH3或GPR107启动子或者增强子。同目标mRNA杂交的PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA减少或抑制由PCDH1,CDH3或GPR107基因编码的PCDH1,CDH3或GPR107多肽产物的产生,这是通过与正常的单链mRNA转录本结合,从而干扰翻译,并由此干扰所述蛋白的表达。所以本发明的siRNA分子可定义为它们在严格的条件下,同来自PCDH1,CDH3或GPR107基因的mRNA或cDNA特异性杂交的能力。对本发明而言,术语“杂交”或“特异性杂交”用于指在“严格的杂交条件”下,两种核酸分子杂交的能力。术语“严格的杂交条件”是指:在此条件下,通常是在核酸的复杂混合物中,核酸分子与其靶序列杂交,而与其它序列不发生可检测的杂交。严格的条件是序列依赖性的,而且在不同的环境下是不同的。序列越长,特异性杂交的温度越高。详细的关于核酸杂交的指导见于Tijssen,Techniques in Biochemistry and Molecular Biology--Hybridization with NucleicProbes,“Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acidassays”(1993)。一般而言,在特定的离子强度和pH值条件下,严格条件选择为比特定序列的熔点(Tm)低大约5-10℃。所述Tm是指(在特定离子强度、pH值和核酸浓度下)大约50%的与靶物互补的探针同靶序列在平衡状态杂交的温度(由于靶序列过量存在,在Tm下,平衡时50%的探针被占据)。严格的条件也可以通过添加去稳定试剂如甲酰胺达到。对于选择性或特异性杂交,阳性信号至少为背景的2倍,优选是背景杂交的10倍。下面可为示例性的严格杂交条件:50%的甲酰胺,5x SSC和1%SDS,孵育温度为42℃;或者5x的SSC和1%SDS,孵育温度为65℃,在0.2x的SSC和0.1%SDS在50℃洗涤。
本发明的siRNA的长度小于约500个,约200个、约100个、约50个,或约25个核苷酸。优选地,该siRNA长度为约19个到约25个核苷酸。示例性的用于生产PCDH1,CDH3或GPR107siRNA的核酸序列分别包含SEQID Nos:22,23或24的核苷酸序列作为靶序列。此外,为了增强siRNA的抑制活性,可在靶序列的反义链的3’末端添加核苷酸“U”。待添加的“U”的数目最少为约2个,一般情况是约2个到约10个,优选约2个到约5个。添加的“U”在该siRNA的反义链的3’末端形成单链。
细胞是任何表达或过表达PCDH1,CDH3或GPR107的细胞。该细胞是上皮细胞如胰管细胞。或者,该细胞是肿瘤细胞,例如如癌、腺癌、母细胞瘤、白血病、骨髓瘤或者肉瘤。所述细胞是胰管腺癌细胞。
PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA以能同mRNA转录本相结合的形式直接导入细胞。或者,编码PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA的DNA在载体中。
载体通过例如下面的方式来产生:将PCDH1,CDH3或GPR107靶序列克隆到表达载体中,其可操作地连接于调控序列,所述调控序列以使得两条链都(通过DNA分子的转录)表达的方式位于该PCDH1,CDH3或GPR107序列的侧翼,(Lee,N.S.,Dohjima,T.,Bauer,G.,Li,H.,Li,M.-J.,Ehsani,A.,Salvaterra,P.,and Rossi,J.(2002)Expression of small interfering RNAstargeted against HIV-1 rev transcripts in human cells.Nature Biotechnology 20:500-505.)。由第一个启动子(如:克隆的DNA的3’启动子序列)转录与PCDH1,CDH3或GPR107mRNA反义的RNA分子,另外由第二个启动子(如:克隆的DNA的5’启动子)转录出PCDH1,CDH3或GPR107mRNA的有义链的RNA分子。有义和反义链在体内杂交以产生siRNA构建体用于使PCDH1,CDH3或GPR107基因沉默。或者,用两种构建体来产生siRNA构建体的有义和反义链。克隆的PCDH1,CDH3或GPR107也可编码具有二级结构,如发夹结构的构建体,其中单个转录本同时具有来自靶基因的有义序列和互补的反义序列。
由任意的核苷酸序列组成的环序列可以位于有义和反义序列之间以形成发夹环结构。因此,本发明也提供了具有通式5’-[A]-[B]-[A’]-3’的siRNA,其中[A]是与同来自PCDH1,CDH3或GPR107的mRNA或cDNA特异性杂交的序列相对应的核糖核苷酸序列。在更优选的实施方案中,[A]是与选自SEQ ID Nos:22,23和24的核苷酸的序列相对应的核糖核苷酸序列,
[B]是由3-23个核苷酸组成的核糖核苷酸序列,且
[A’]是由[A]的互补序列组成的核糖核苷酸序列。
[A]区同序列[A’]杂交,然后形成由[B]区组成的环。环序列的长度优选可为约3个到约23个核苷酸。例如,环序列可选自下列序列(http://www.ambion.com/techlib/tb/tb 506.html)。此外,由23个核苷酸组成的环序列也提供具活性的siRNA(Jacque,J.-M.,Triques,K.,and Stevenson,M.(2002)Modulation of HIV-1replication by RNA interference.Nature 418:435-438)。
CCC,CCACC或者CCACACC:Jacque,J.M.,Triques,K.,and Stevenson,M(2002)Modulation of HIV-1replication by RNA interference.Nature,Vol.418:435-438。
UUCG:Lee,N.S.,Dohjima,T.,Bauer,G.,Li,H.,Li,M.-J.,Ehsani,A.,Salvaterra,P.,and Rossi,J.(2002)Expression of small interfering RNAstargeted against HIV-1rev transcripts in human cells.Nature Biotechnology 20:500-505.Fruscoloni,P.,Zamboni,M.,and Tocchini-Valentini,G.P.(2003)Exonucleolytic degradation of double-stranded RNA by an activity in Xenopuslaevis germinal vesicles.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 100(4):1639-1644。
UUCAAGAGA:Dykxhoorn,D.M.,Novina,C.D.,and Sharp,P.A.(2002)Killing the messenger:Short RNAs that silence gene expression.Nature ReviewsMolecular Cell Biology 4:457-467。
例如,本发明优选的带有发夹环结构的siRNAs如下所示。在下列的结构中,所述环序列可选自CCC,UUCG,CCACC,CCACACC和UUCAAGAGA。优选的环序列是UUCAAGAGA(DNA序列为ttcaagaga(SEQID NO:35))。
GACAUCAAUGACAACACAC-[B]-GUGUGUUGUCAUUGAUGUC(SEQ ID NO:22的靶序列)
GGAGACAGGCUGGUUGUUG-[B]-CAACAACCAGCCUGUCUCC(SEQ ID NO:23的靶序列)
GUGGCUCUACCAGCUCCUG-[B]-CAGGAGCUGGUAGAGCCAC(SEQ ID NO:24的靶序列)
PCDH1,CDH3或GPR107序列侧翼的调控序列是相同的或者是不同的,使得它们的表达可以被独立地调节,或者以时间的或空间的方式调节。通过将PCDH1,CDH3或GPR107基因模板克隆到载体中,可以在细胞内转录出siRNAs,其中所述表达载体包括,例如,来自于核内小RNA(snRNA)U6或者人H1RNA启动子的RNA聚合酶III转录单位。为了将载体引入到细胞中,可使用转染促进剂(transfection enhancing agent)。将FuGENE(RocheDiagnostices),Lipofectamine 2000(Invitrogen),Oligofectamine(Invitrogen),和Nucleofector(Wako pure Chemical)用作转染促进剂。
根据标准的方法,在体外检测PCDH1,CDH3或GPR107mRNA中多个部分的寡核苷酸和互补寡核苷酸在肿瘤细胞(如:使用胰腺细胞系,例如胰管腺癌(PDACa)细胞系)中减少PCDH1,CDH3或GPR107的能力。利用PCDH1,CDH3或GPR107的特异性抗体或其它检测策略测定,与没有候选siRNA组合物存在下培养的细胞相比,与候选siRNA组合物接触的细胞中PCDH1,CDH3或GPR107基因产物减少。然后,检测在体外的基于细胞或无细胞的分析中使PCDH1,CDH3或GPR107的产生减少的序列对于细胞生长的抑制作用。在小鼠或大鼠体内检测在体外基于细胞分析中抑制细胞生长的序列,以确证在具有恶性新生物的动物中PCDH1,CDH3或GPR107产生的减少及肿瘤细胞生长的降低。
治疗恶性肿瘤的方法
患有以过表达PCDH1,CDH3或GPR107为特征的肿瘤的患者通过施用PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA来治疗。在患有或具有发生例如胰管腺瘤(PDACa)的危险的患者中,siRNA疗法被用来抑制PCDH1,CDH3或GPR107的表达。通过标准的方法来鉴定这些患者的具体肿瘤类型。胰管腺瘤(PDACa)例如通过CT,MRI,ERCP,MRCP,计算机X线断层摄影术(computer tomography)或超声波来诊断。如果治疗在受试者中产生临床有益效果,例如PCDH1、CDH3或GPR107的表达减少,或肿瘤的大小、患病率(prevalence)或转移可能性的降低等等,则该治疗是有效的。当预防性应用治疗时,“有效”是指治疗阻碍或防止肿瘤的形成,或者防止或缓解肿瘤的临床症状的症状。有效性是结合任何用于诊断或治疗特定的肿瘤种类的已知方法来确定的。
siRNA治疗是通过以编码本发明的siRNA的标准载体和/或基因递送系统,例如通过递送合成的siRNA分子对患者施用siRNA来进行的。通常,合成的siRNA分子被化学稳定化,以防止体内核酸酶降解。制备化学稳定化的RNA分子的方法在本领域是已知的。通常,这样的分子包含修饰的骨架(backbones)和核苷酸以防止核糖核酸酶的作用。其它的修饰也是可能的,如胆固醇结合的siRNA已显示了改善的药学性质(Song et al.Nature Med.9:347-351(2003))。合适的基因递送系统可包括脂质体,受体介导的递送系统(receptor mediated delivery systems),或病毒载体例如疱疹病毒、逆转录病毒、腺病毒和腺相关病毒等等。治疗的核酸组合物被配制到可药用的载体中。治疗的组合物也可以包括如上所述的基因递送系统。可药用的载体是适合施用于动物的生物相容性赋形剂(vehicle),例如生理盐水。化合物的治疗有效量是能产生医学上预期效果的量,所述医学上预期效果例如在受治疗的动物中减少PCDH1,CDH3或GPR107的产生,减少细胞生长如增殖,或者减少肿瘤生长。
胃肠外施用,如静脉内、皮下、肌肉内和腹膜内递送途径,可以用来递送PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA组合物,对于胰腺癌的治疗,腹腔动脉、脾动脉或肝总动脉直接注入都是有用的。
任一患者的剂量取决于许多因素,包括患者身材的大小(size)、身体的表面积、年龄、所施用的具体核酸、性别、施用的时间和途径、一般健康状况和同时施用的其它药物。静脉内施用的核酸的剂量为大约106至1022个拷贝的所述核酸分子。
以标准方法施用多核苷酸,如通过注射到如肌肉或皮肤组织的间质间隙(interstitial space)中、导入到循环系统中或体腔中,或者通过吸入或吹入。多核苷酸也与可药用的液体载体,例如水性或部分水性的液体载体一起通过注射或其他途径递送给动物。多核苷酸同脂质体(如阳离子或阴离子脂质体)相结合。多聚核酸中包括靶细胞表达所需要的遗传信息,如启动子。
除非另外限定,本文使用的所有技术和科学术语具有同本发明所属领域中普通技术人员的所通常理解的相同的意义。虽然与本文所描述的方法和材料类似或等价的方法和材料可用于本发明的实施或测试,但是合适的方法和材料如下所述。这里所提到的出版物、专利申请、专利和其它的参考文献全部以其全文并入本文作为参考。在矛盾的情况下,以包括定义的本说明书为准。另外,所述材料、方法和实例仅仅是说明性的,而不是限制性的。
附图简述
图1描述了通过RT-PCR显示在PDACa细胞中过量表达PCDH1(A)和CDH3(B)的确认结果的照片。来自同一个体的显微切割的正常胰管上皮细胞(正常)和生命器官(肺、心脏、肝、肾和骨髓)的样品,通过半定量RT-PCR进行对比。
图2描述了显示PDACa组织中免疫组织化学结果的照片。在胰管腺癌细胞中观察到CDH3蛋白过量表达,但是正常的胰管中却没有。
图3描述了每个胰腺癌靶基因在正常成年组织中的表达谱的Northern印迹分析的照片。(A)PCDH1,(B)CDH3和(C)GPR107。
图4描述了显示用siRNA knock down PDACa细胞PK-45P中内源PCDH1的效果的照片。图4(A)显示RT-PCR的结果。该结果证实,通过转染siRNA表达载体410si而不是通过EGFPsi,确认了PCH1mRNA的knock down作用。410si被特异性地设计为用于PCDH1mRNA序列,而EGFP用于EGFP mRNA的序列。转染48小时后收获RNA进行分析。用ACTB将输入的cDNA进行归一化。图4(B)是显示集落形成试验的结果的照片。其显示用410si转染载体一周后集落的数目急剧减少,其中410si已通过RT-PCR证明有效地knock down PCDH1。图4(C)是显示MTT测定结果的条形图。它也显示了用410si转染的而不是通过EGFPsi的生长细胞的数目急剧减少。
图5描述了显示用siRNA knock down PDACa细胞KLM-1中内源CDH3的效果的照片。图5(A)显示RT-PCR的结果。其通过转染siRNA表达载体si24而不是通过EGFPsi转染证实了CDH3mRNA的knock down作用。si24被特异性地设计为用于CDH3mRNA序列,而EGFPsi则用于EGFPmRNA序列。转染48小时后收获RNA进行分析。用ACTB将输入的cDNA进行归一化。图5(B)是显示集落形成试验的结果的照片。其显示用si24转染一周后细胞中集落的数目明显减少,所述si42载体已通过RT-PCR证明有效地knock down CDH3。图5(C)是显示MTT测定结果的条形图。它也显示用si24转染的而不是通过EGFPsi的生长细胞数的急剧减少。
图6描述了用siRNA knock down PDACa细胞KLM-1中内源GPR-107的效果的照片。图6(A)显示RT-PCR的结果。该结果通过转染siRNA表达载体1003si而不是通过EGFPsi,证实了GPR-107mRNA的knock down作用。1003si特异性地设计为用于GPR-107mRNA序列,而EGFPsi则用于EGFP mRNA序列。转染48小时后收获RNA进行分析。用ACTB将输入的cDNA进行归一化。图6(B)是显示集落形成试验的结果的照片。其显示用1003si转染一周后细胞中集落的数目减少,所述1003si已通过RT-PCR证明有效地knock down GPR-107。图6(C)是显示MTT测定结果的条形图。它也显示用1003si转染的而不通过EGFPsi的生长细胞数减少。
实施本发明的最佳方式
本发明将在下面的实施例中做进一步的描述,其并没有限制如权利要求中所述的本发明的范围。
[实施例1]通用方法
细胞系和组织样品
人胰腺细胞系PK45P,KLM1和MIA-PaCa2(ATCC编号:CRL-1420)得自日本东北大学发育、衰老和癌症研究所生物医学研究细胞资源中心(Cell Resource Center for Biomedical Research,Institute of Development,Aging and Cancer,Tohoku University)。所有的细胞都是公众可获得的。
利用cDNA微阵列分离PDACa细胞中过表达的基因
cDNA微阵列玻片的制作方法已经有描述(Ono K,Tanaka T,Tsunoda T,Kitahara O,Kihara C,Okamoto A,Ochiai K,Takagi T,and Nakamura Y.CancerRes.,60:5007-5011,2000)。对每个表达谱分析,都制备双份的包含大约23040个DNA点的cDNA微阵列片,以减少实验波动。简单的说,从18个胰腺癌组织显微切割的PDACa细胞和正常胰管上皮中纯化出总RNA。进行基于T7的RNA扩增,以获得足够用于微阵列实验的RNA。通过分别使用Cy5-dCTP和Cy3-dCTP(Amersham Biosciences)进行逆转录,对来自PDACa细胞和正常胰管上皮的扩增RNA的等分试样进行标记。杂交、洗涤和检测如前面描述进行(Ono K,Tanaka T,Tsunoda T,Kitahara O,Kihara C,Okamoto A,Ochiai K,Takagi T,and Nakamura Y.Cancer Res.,60:5007-5011,2000)。接着,在上调的基因中,关注PCDH1,CDH3和GPR107这三个基因,因为它们在超过50%的已知癌症中的表达率超过5.0,而根据我们以前对29种正常人组织中基因表达的数据,它们在正常的主要生命器官中的表达水平相对比较低(Saito-Hisaminato A,Katagiri T,Kakiuchi S,Nakamura T,Tsunoda T,Nakamura Y.Genome-wide profiling of gene expression in 29normal human tissues with a cDNA microarray.DNA Res.,9:35-45,2002)。
PCDH1和CDH3的半定量RT-PCR
将来自显微切割的PDACa细胞和正常胰管上皮细胞的RNA通过基于T7的体外转录(Epicentre Technologies)经过两轮扩增,并合成为单链cDNA。制备每个单链cDNA的合适的稀释物用于随后的PCR扩增,其通过监控β-肌动蛋白(ACTB)作为定量对照。本发明人采用的引物序列为:
对于PCDH1为:
5’-AGAAGGAGACCAAGGACCTGTAT-3’(SEQ.ID.NO.7)和
5’-AGAACTTTATTGTCAGGGTCAAGG-3’(SEQ.ID.NO.8)
对于CDH3为:
5’-CTGAAGGCGGCTAACACAGAC-3’(SEQ.ID.NO.9)和
5’-TACACGATTGTCCTCACCCTTC-3’(SEQ.ID.NO.10)
对于ACTB为:
5’-CATCCACGAAACTACCTTCAACT-3’(SEQ.ID.NO.11)和
5’-TCTCCTTAGAGAGAAGTGGGGTG-3’(SEQ.ID.NO.12)
所有的反应包括:在GeneAmp PCR系统9700(PE Applied Biosystems)上在94℃起始变性2分钟;然后进行21个(对ACTB)或28-32个(对PCDH1和CDH3)94℃30秒,58℃30秒,和72℃1分钟的循环。
免疫组织化学
将经甲醛固定和石蜡包埋的PDACa切片,用小鼠抗-CDH3单克隆抗体(BD Transduction Laboratories)进行免疫染色用于CDH3表达。将脱掉石蜡的组织切片置于pH 6.0的10mM柠檬酸盐缓冲液中,并在高压灭菌器中加热至108℃15分钟用于抗原挽救(antigen retrieval)。将切片分别用稀释度为1∶10或1∶100的CDH3的第一抗体在湿度箱中在室温下温育一小时,并用过氧化物酶标记的葡聚糖聚合物然后用二氨基联苯胺(DAKO EnvisionPlus System;DAKO Corporation,Carpinteria,CA)来显色。最后用苏木精对切片进行复染。对于阴性对照的样品,省略了第一抗体。
Northern印迹分析
将人的多组织Northern印迹(Clontech)与[α-32P]dCTP标记的PCR产物进行杂交,所述PCR产物是通过上面描述的引物扩增的。按照供应商推荐的方法进行预杂交、杂交和洗涤。印迹在-80℃下用增感屏放射自显影5天。
psiU6BX质粒的构建
将编码siRNA的DNA序列插入如下面的质粒序列(SEQ ID No:26)中(-)表示的核苷酸485-490的缺口中。
GACGGATCGGGAGATCTCCCGATCCCCTATGGTGCACTCTCAGTACAATCTGCTCTGGATCCACTAGTAACGGCCGCCAGTGTGCTGGAATTCGGCTTGGGGATCAGCGTTTGAGTAAGAGCCCGCGTCTGAACCCTCCGCGCCGCCCCGGCCCCAGTGGAAAGACGCGCAGGCAAAACGCACCACGTGACGGAGCGTGACCGCGCGCCGAGCGCGCGCCAAGGTCGGGCAGGAAGAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTAGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACC------TTTTTACATCAGGTTGTTTTTCTGTTTGGTTTTTTTTTTACACCACGTTTATACGCCGGTGCACGGTTTACCACTGAAAACACCTTTCATCTACAGGTGATATCTTTTAACACAAATAAAATGTAGTAGTCCTAGGAGACGGAATAGAAGGAGGTGGGGCCTAAAGCCGAATTCTGCAGATATCCATCACACTGGCGGCCGCTCGAGTGAGGCGGAAAGAACCAGCTGGGGCTCTAGGGGGTATCCCCACGCGCCCTGTAGCGGCGCATTAAGCGCGGCGGGTGTGGTGGTTACGCGCAGCGTGACCGCTACACTTGCCAGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTTCGCTTTCTTCCCTTCCTTTCTCGCCACGTTCGCCGGCTTTCCCCGTCAAGCTCTAAATCGGGGGCTCCCTTTAGGGTTCCGATTTAGTGCTTTACGGCACCTCGACCCCAAAAAACTTGATTAGGGTGATGGTTCACGTAGTGGGCCATCGCCCTGATAGACGGTTTTTCGCCCTTTGACGTTGGAGTCCACGTTCTTTAATAGTGGACTCTTGTTCCAAACTGGAACAACACTCAACCCTATCTCGGTCTATTCTTTTGATTTATAAGGGATTTTGCCGATTTCGGCCTATTGGTTAAAAAATGAGC |
TGATTTAACAAAAATTTAACGCGAATTAATTCTGTGGAATGTGTGTCAGTTAGGGTGTGGAAAGTCCCCAGGCTCCCCAGCAGGCAGAAGTATGCAAAGCATGCATCTCAATTAGTCAGCAACCAGGTGTGGAAAGTCCCCAGGCTCCCCAGCAGGCAGAAGTATGCAAAGCATGCATCTCAATTAGTCAGCAACCATAGTCCCGCCCCTAACTCCGCCCATCCCGCCCCTAACTCCGCCCAGTTCCGCCCATTCTCCGCCCCATGGCTGACTAATTTTTTTTATTTATGCAGAGGCCGAGGCCGCCTCTGCCTCTGAGCTATTCCAGAAGTAGTGAGGAGGCTTTTTTGGAGGCCTAGGCTTTTGCAAAAAGCTCCCGGGAGCTTGTATATCCATTTTCGGATCTGATCAAGAGACAGGATGAGGATCGTTTCGCATGATTGAACAAGATGGATTGCACGCAGGTTCTCCGGCCGCTTGGGTGGAGAGGCTATTCGGCTATGACTGGGCACAACAGACAATCGGCTGCTCTGATGCCGCCGTGTTCCGGCTGTCAGCGCAGGGGCGCCCGGTTCTTTTTGTCAAGACCGACCTGTCCGGTGCCCTGAATGAACTGCAGGACGAGGCAGCGCGGCTATCGTGGCTGGCCACGACGGGCGTTCCTTGCGCAGCTGTGCTCGACGTTGTCACTGAAGCGGGAAGGGACTGGCTGCTATTGGGCGAAGTGCCGGGGCAGGATCTCCTGTCATCTCACCTTGCTCCTGCCGAGAAAGTATCCATCATGGCTGATGCAATGCGGCGGCTGCATACGCTTGATCCGGCTACCTGCCCATTCGACCACCAAGCGAAACATCGCATCGAGCGAGCACGTACTCGGATGGAAGCCGGTCTTGTCGATCAGGATGATCTGGACGAAGAGCATCAGGGGCTCGCGCCAGCCGAACTGTTCGCCAGGCTCAAGGCGCGCATGCCCGACGGCGAGGATCTCGTCGTGACCCATGGCGATGCCTGCTTGCCGAATATCATGGTGGAAAATGGCCGCTTTTCTGGATTCATCGACTGTGGCCGGCTGGGTGTGGCGGACCGCTATCAGGACATAGCGTTGGCTACCCGTGATATTGCTGAAGAGCTTGGCGGCGAATGGGCTGACCGCTTCCTCGTGCTTTACGGTATCGCCGCTCCCGATTCGCAGCGCATCGCCTTCTATCGCCTTCTTGACGAGTTCTTCTGAGCGGGACTCTGGGGTTCGAAATGACCGACCAAGCGACGCCCAACCTGCCATCACGAGATTTCGATTCCACCGCCGCCTTCTATGAAAGGTTGGGCTTCGGAATCGTTTTCCGGGACGCCGGCTGGATGATCCTCCAGCGCGGGGATCTCATGCTGGAGTTCTTCGCCCACCCCAACTTGTTTATTGCAGCTTATAATGGTTACAAATAAAGCAATAGCATCACAAATTTCACAAATAAAGCATTTTTTTCACTGCATTCTAGTTGTGGTTTGTCCAAACTCATCAATGTATCTTATCATGTCTGTATACCGTCGACCTCTAGCTAGAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGCTGCATTAATGAATCGGCCAACGCGCGGGGAGAGGCGGTTTGCGTATTGGGCGCTCTTCCGCTTCCTCGCTCACTGACTCGCTGCGCTCGGTCGTTCGGCTGCGGCGAGCGGTATCAGCT |
CACTCAAAGGCGGTAATACGGTTATCCACAGAATCAGGGGATAACGCAGGAAAGAACATGTGAGCAAAAGGCCAGCAAAAGGCCAGGAACCGTAAAAAGGCCGCGTTGCTGGCGTTTTTCCATAGGCTCCGCCCCCCTGACGAGCATCACAAAAATCGACGCTCAAGTCAGAGGTGGCGAAACCCGACAGGACTATAAAGATACCAGGCGTTTCCCCCTGGAAGCTCCCTCGTGCGCTCTCCTGTTCCGACCCTGCCGCTTACCGGATACCTGTCCGCCTTTCTCCCTTCGGGAAGCGTGGCGCTTTCTCATAGCTCACGCTGTAGGTATCTCAGTTCGGTGTAGGTCGTTCGCTCCAAGCTGGGCTGTGTGCACGAACCCCCCGTTCAGCCCGACCGCTGCGCCTTATCCGGTAACTATCGTCTTGAGTCCAACCCGGTAAGACACGACTTATCGCCACTGGCAGCAGCCACTGGTAACAGGATTAGCAGAGCGAGGTATGTAGGCGGTGCTACAGAGTTCTTGAAGTGGTGGCCTAACTACGGCTACACTAGAAGAACAGTATTTGGTATCTGCGCTCTGCTGAAGCCAGTTACCTTCGGAAAAAGAGTTGGTAGCTCTTGATCCGGCAAACAAACCACCGCTGGTAGCGGTTTTTTTGTTTGCAAGCAGCAGATTACGCGCAGAAAAAAAGGATCTCAAGAAGATCCTTTGATCTTTTCTACGGGGTCTGACGCTCAGTGGAACGAAAACTCACGTTAAGGGATTTTGGTCATGAGATTATCAAAAAGGATCTTCACCTAGATCCTTTTAAATTAAAAATGAAGTTTTAAATCAATCTAAAGTATATATGAGTAAACTTGGTCTGACAGTTACCAATGCTTAATCAGTGAGGCACCTATCTCAGCGATCTGTCTATTTCGTTCATCCATAGTTGCCTGACTCCCCGTCGTGTAGATAACTACGATACGGGAGGGCTTACCATCTGGCCCCAGTGCTGCAATGATACCGCGAGACCCACGCTCACCGGCTCCAGATTTATCAGCAATAAACCAGCCAGCCGGAAGGGCCGAGCGCAGAAGTGGTCCTGCAACTTTATCCGCCTCCATCCAGTCTATTAATTGTTGCCGGGAAGCTAGAGTAAGTAGTTCGCCAGTTAATAGTTTGCGCAACGTTGTTGCCATTGCTACAGGCATCGTGGTGTCACGCTCGTCGTTTGGTATGGCTTCATTCAGCTCCGGTTCCCAACGATCAAGGCGAGTTACATGATCCCCCATGTTGTGCAAAAAAGCGGTTAGCTCCTTCGGTCCTCCGATCGTTGTCAGAAGTAAGTTGGCCGCAGTGTTATCACTCATGGTTATGGCAGCACTGCATAATTCTCTTACTGTCATGCCATCCGTAAGATGCTTTTCTGTGACTGGTGAGTACTCAACCAAGTCATTCTGAGAATAGTGTATGCGGCGACCGAGTTGCTCTTGCCCGGCGTCAATACGGGATAATACCGCGCCACATAGCAGAACTTTAAAAGTGCTCATCATTGGAAAACGTTCTTCGGGGCGAAAACTCTCAAGGATCTTACCGCTGTTGAGATCCAGTTCGATGTAACCCACTCGTGCACCCAACTGATCTTCAGCATCTTTTACTTTCACCAGCGTTTCTGGGTGAGCAAAAACAGGAAGGCAAAATGCCGCAAAAAAGGGAATAAGGGCGACACGGAAATGTTGAATACTCATACTCTTCCTTTTTCAATATTATTGAAGCATTTATCAGGGTTATTGTCTCATGAGCGGATACATATTTGAATGTATTTAGAAAAATAAACAAATAGGGGTTCCGCGCACATTTCCCCGAAAAGTGCCA |
CCTGACGTC |
据报道snRNA U6基因由RNA聚合酶III转录,RNA聚合酶III产生在3’末端具有尿苷的短转录本。使用人胎盘DNA作为模板,及引物组5’-GGGGATCAGCGTTTGAGTAA-3’(SEQ ID No:27)和5’-TAGGCCCCACCTCCTTCTAT-3’(SEQ ID No:28),通过PCR扩增包含启动子区的snRNA U6基因的基因组片段。纯化该产物并使用TA克隆试剂盒按照供应商(Invitrogen)的规程克隆到pCR质粒载体中。将含有snRNAU6基因的BamHI和XhoI片段纯化并克隆到pcDNA3.1(+)质粒的核苷酸1257-56片段,该片段是用引物组5’-TGCGGATCCAGAGCAGATTGTACTGAGAGT-3’(SEQ ID No:29)和5’-CTCTATCTCGAGTGAGGCGGAAAGAACCA-3’(SEQ ID No:30)通过PCR扩增的。将连接的DNA用作PCR的模板,其引物为:5’-TTTAAGCTTGAAGACTATTTTTACATCAGGTTGTTTTTCT-3’(SEQ IDNo:31)和5’-TTTAAGCTTGAAGACACGGTGTTTCGTCCTTTCCACA-3’(SEQ ID No:32)。将该产物用HindIII消化,其随后自连接以产生psiU6BX载体质粒。作为对照,通过将双链寡核苷酸5’-CACCGAAGCAGCACGACTTCTTCTTCAAGAGAGAAGAAGTCGTGCTGCTTC-3’(SEQ IDNo:33)和
5’-AAAAGAAGCAGCACGACTTCTTCTCTCTTGAAGAAGAAGTCGTGCTGCTTC-3’(SEQID No:34)克隆到载体psiU6BX中的BbsI位点而制备psiU6BX-EGFP。
表达siRNA的构建体
siRNA的核苷酸序列是使用可从Ambion网站(http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA finder.html)得到的siRNA设计计算机程序进行设计的。简单地说,用于siRNA合成的核苷酸序列使用下面的规程来选择。
siRNA目标位点的选择
1.从每个基因转录本的起始密码子AUG开始,向下游搜索AA二核苷酸序列。将每一处AA和3’端相邻的19个核苷酸的出现记录为可能的siRNA目标位点。Tuschl等不推荐在5’和3’非翻译区(UTR)和起始密码子附近区域(75个碱基以内)设计siRNA,因为这些区域可能更富含调节蛋白的结合位点。UTR结合蛋白和/或翻译起始复合物会干扰siRNA核酸内切酶复合物的结合。
2.将可能的目标位点同适当的基因组数据库(人类、小鼠、大鼠等等)进行对比,以淘汰掉与其他编码序列具有显著的同源性的靶序列。
3.选择合格的靶序列用于合成。沿着基因的长度选择几个靶序列用于评价。
下面显示用于基因PCDH1,CDH3或GPR107的siRNA的寡核苷酸。每个寡核苷酸是靶序列的有义核苷酸序列和反义核苷酸序列的组合。发夹环结构的核苷酸序列和靶序列分别显示在SEQ ID NO:19到SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:22到SEQ ID NO:24(从每一个发夹环结构序列中去除了核酸内切酶识别位点)。
用于PCDH1的siRNA表达载体的插入序列
410si:
5’-CACCGACATCAATGACAACACACTTCAAGAGAGTGTGTTGTCATTGATGTC-3’(SEQID NO:13)和
5’-AAAAGACATCAATGACAACACACTCTCTTGAAGTGTGTTGTCATTGATGTC-3’(SEQID NO:14)
用于CDH3的siRNA表达载体的插入序列
si24:
5’-CACCGGAGACAGGCTGGTTGTTGTTCAAGAGACAACAACCAGCCTGTCTCC-3’(SEQID NO:15)和
5’-AAAAGGAGACAGGCTGGTTGTTGTCTCTTGAACAACAACCAGCCTGTCTCC-3’(SEQID NO:16)
用于GPR107的siRNA表达载体的插入序列
1003si:
5’-CACCGTGGCTCTACCAGCTCCTGTTCAAGAGACAGGAGCTGGTAGAGCCAC-3’(SEQID NO:17)和
5’-AAAAGTGGCTCTACCAGCTCCTGTCTCTTGAACAGGAGCTGGTAGAGCCAC-3’(SEQID NO:18)
作为对照的siRNA表达载体的插入序列
EGFPsi:(对照)
5’-CACCGAAGCAGCACGACTTCTTCTTCAAGAGAGAAGAAGTCGTGCTGCTTC-3’(SEQID NO:33)和
5’-AAAAGAAGCAGCACGACTTCTTCTCTCTTGAAGAAGAAGTCGTGCTGCTTC-3’(SEQID NO:34)
每个序列的序列号(SEQ ID NO)在表1中列出
基因 | siRNA | 作用 | 插入序列序列号 | 发夹siRNA | 目标序列号 | 位置 | |
PCDH1 | 410si | + | 13 | 14 | 19 | 22 | 595-613 |
CDH3 | si24 | + | 15 | 16 | 20 | 23 | 556-574 |
GPR107 | 1003si | + | 17 | 18 | 21 | 24 | 1570-1588 |
对照 | EGFPsi | - | 33 | 34 | 25 |
集落形成/MTT测定
将PK45P,KLM1和MIA-PaCa2之中的人PDACa细胞系铺到直径10-cm的盘中(5X 105个细胞/盘),并根据制造商的说明使用Lipofectamine 2000(Invitrogen)或FuGENE6(Roche)以包含EGFP靶序列(EGFP)的psiU6BX和包含靶序列的psiU6BX进行转染。通过500mg/ml的遗传霉素(Geneticin)筛选细胞一周。最初的细胞在转染48小时后收获,并通过RT-PCR分析以证实对于PCDH1,CDH3和GPR107的knock down。RT-PCR的引物与上面的相同。这些细胞也可用吉姆萨液(Giemsa solution)染色并进行MTT分析,从而分别评价集落的形成和细胞数。
[实施例2]用siRNA方法减少基因PCDH1,CDH3或GPR107的表达和癌细胞的生长抑制
在先前的研究中,通过结合激光显微切割和点样了27000个基因的全基因组cDNA微阵列,建立了PDACa精确的表达谱。本发明者通过与正常的胰管上皮(其被认为是PDACa的来源)的表达谱比较,在PDACa细胞中鉴定了超过200个基因作为上调的基因(Nakamura T,Furukawa Y,NakagawaH,Tsunoda T,Ohigashi H,Murata K,Ishikawa O,Ohgaki,Kashimura N,Miyamoto M,Hirano S,Kondo S,Katoh H,Nakamura Y,and Katagiri T.Genome-wide cDNA microarray analysis of gene-expression profiles inpancreatic cancers using populations of tumor cells and normal ductal epitheliumcells selected for purity by laser microdissection.Oncogene,2004Feb 9,正式印刷前的电子发布稿(Epub))。根据这些PDACa细胞的表达谱,本发明人选择了三个过量表达的基因,使用来自显微切割的PDACa细胞的cDNA通过RT-PCR(图1A,B)或通过免疫组织化学(图2),确证了PCDH1和CDH3在PDACa中的过量表达。
(1)PCDH1(原钙黏着蛋白,Protocadherin 1)(Genbank登录号NM_002587;SEQ ID No.1,2)
为了研究PCDH1对PDACa细胞生长和存活的影响,本发明人通过基于哺乳动物载体的RNA干扰(RNAi)技术特异性地knock down PCDH1在PDACa细胞系中的内源表达。如Northern印迹分析(图3A)所示,PCDH1在正常的心脏、胎盘和前列腺中不受限制地表达。它在主要的生命器官中丰度不高,这说明靶向这些分子将预期在人体内产生较低的毒性。
转染产生siRNA的载体很清楚地导致一种设计用于PCDH1的siRNA,410si的内源性表达的减少(图4A)。该siRNA对于PCDH1mRNA的knockdown作用在集落形成测定(图4B)和MTT测定(图4C)中导致了急剧的生长抑制。这些发现强烈地暗示PCDH1在PDACa细胞中的过表达与癌细胞生存力相关。PCDH1和其它原钙黏着蛋白被支持在细胞表面上通过它们的钙黏着蛋白结构域发生嗜同种受体相互作用(homophilic interaction),并且调节细胞骨架构象、细胞运动或细胞生长的胞内信号转导(Sano K,TaniharaH,Heimark RL,Obata S,Davidson M,St John T,Taketani S,Suzuki S.Protocadherins:a large family of cadherin-related molecules in central nervoussystem.EMBO J.,12:2249-56,1993,Frank M,and Kemler R.Protocadherins.Curr Opin Cell Biol.,14:557-62,2002.)。根据我们的数据,PCDH1可能通过其在细胞-细胞粘附中的嗜同种受体相互作用调节胰腺癌细胞生长的正信号。
(2)CDH3(P-钙黏着蛋白,P-cadherin)(Genbank登录号NM 001793;SEQ ID No.3,4)
本发明人通过RT-PCR(图1B)和免疫组织化学(图2)确证CDH3在PDACa细胞中的过量表达。并根据微阵列数据和RT-PCR(图1B),在我们的PDACa表达谱中超过200个上调的基因中CDH3过量表达是最显著的谱之一。如Northern印迹分析(图3B)所示CDH3在正常的胸腺、前列腺、卵巢和气管中不受限制地表达。它在主要生命器官中丰度不高,这说明靶向这些分子将预期在人体内产生较低的毒性。
为了探讨CDH3对PDACa细胞生长或存活的影响,本发明人通过基于哺乳动物载体的RNA干扰(RNAi)技术特异性地knock down CDH3在PDACa细胞系中的内源表达。转染产生siRNA的载体清楚地导致一种设计用于CDH3的siRNA,si24的内源性表达(图5A)。该siRNA对于PCDH1mRNA的knock down作用在集落形成测定(图5B)和MTT测定(图5C)中导致了急剧的生长抑制。这些发现强烈地暗示了CDH3在PDACa细胞中过表达与癌细胞生存力以及细胞间相互作用相关,而且这个分子可涉及来自细胞间相互作用的信号转导。PDACa有极强的侵略性,而且CDH3在PDACa细胞中的高表达也可与它们的侵略性和转移潜力有关。
(3)GPR107(G蛋白偶联受体107)(Genbank登录号AB046844;SEQ IDNo.5,6)
本发明人确定此孤儿(orphan)GPCR作为胰腺癌的靶物,但其功能和配体未知。如Northern印迹分析(图3C)所示,GPR107在正常的心脏、胎盘、骨骼肌、睾丸、卵巢和脊髓中不受限制地表达。为了研究GPR107对于PDACa细胞生长或存活的影响,本发明人通过siRNA特异性地knock down其GPR107在PDACa细胞系中的内源表达。转染产生siRNA的载体清楚地导致一种设计用于GPR107的siRNA,1003si的内源性表达的减少(图6A)。该siRNA对于PCDH1mRNA的knock down作用在集落形成测定(图6B)和MTT测定(图6C)中导致了急剧的生长抑制。这些发现强烈地暗示了GPR107在PDACa细胞中的过表达与癌细胞生存力相关。
总之,本发明人鉴定了三种在PDACa细胞中过量表达的膜型分子,而且这三个分子都可能与癌细胞生长相关,这说明这些膜型分子是治疗致死性的胰腺癌的理想的分子靶物。
工业适用性
本发明人已显示了特异性靶向PCDH1,CDH3或GPR107基因的小干扰RNA(siRNA)抑制细胞生长。因此,这种新的siRNA是用于开发抗癌药物的有用的靶物。例如,阻碍PCDH1,CDH3或GPR107表达或者防止它们活性的试剂可以用作抗癌剂,特别是用于治疗胰腺癌,例如胰管腺癌(PDACa)的抗癌剂。
尽管已经结合本发明具体实施方案对本发明进行了详细描述,但对于本领域技术人员显而易见的是,在不脱离本发明实质和范围的前提下可以对本发明进行各种变动和修改。
序列表
<110>肿瘤疗法科学股份有限公司(Oncotherapy Science,Inc.)
<120>治疗胰腺癌的组合物和方法
<130>ONC-A0406P
<150>US 60/555,809
<151>2004-03-24
<160>35
<170>PatentIn version 3.1
<210>1
<211>3851
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<220>
<221>CDS
<222>(118)..(3300)
<223>
<400>1
cgcaaagccg ccgggctgct gcgcccagag ccagccggag ccggagccgg agcccgaact 60
gcagctccag ccccagccgt gcggagccgc agcccaggcc ggggccggcg gcggctc 117
atg gac agc ggg gcg ggc ggc cgg cgc tgc ccg gag gcg gcc ctc ctg 165
Met Asp Ser Gly Ala Gly Gly Arg Arg Cys Pro Glu Ala Ala Leu Leu
1 5 10 15
att ctg ggg cct ccc agg atg gag cac ctg agg cac agc cca ggc cct 213
Ilc Leu Gly Pro Pro Arg Met Glu His Leu Arg His Ser Pro Gly Pro
20 25 30
ggg ggg caa cgg cta ctg ctg ccc tcc atg ctg cta gca ctg ctg ctc 261
Gly Gly Gln Arg Leu Leu Leu Pro Ser Met Leu Leu Ala Leu Leu Leu
35 40 45
ctg ctg gct cca tcc cca ggc cac gcc act cgg gta gtg tac aag gtg 309
Leu Leu Ala Pro Ser Pro Gly His Ala Thr Arg Val Val Tyr Lys Val
50 55 60
ccg gag gaa cag cca ccc aac acc ctc att ggg agc ctc gca gcc gac 357
Pro Glu Glu Gln Pro Pro Asn Thr Leu Ile Gly Ser Leu Ala Ala Asp
65 70 75 80
tat ggt ttt cca gat gtg ggg cac ctg tac aag cta gag gtg ggt gcc 405
Tyr Gly Phe Pro Asp Val Gly His Leu Tyr Lys Leu Glu Val Gly Ala
85 90 95
ccg tac ctt cgc gtg gat ggc aag aca ggt gac att ttc acc acc gag 453
Pro Tyr Leu Arg Val Asp Gly Lys Thr Gly Asp Ile Phe Thr Thr Glu
100 105 110
acc tcc atc gac cgt gag ggg ctc cgt gaa tgc cag aac cag ctc cct 501
Thr Ser Ile Asp Arg Glu Gly Leu Arg Glu Cys Gln Asn Gln Leu Pro
115 120 125
ggt gat ccc tgc atc ctg gag ttt gag gta tct atc aca gac ctc gtg 549
Gly Asp Pro Cys Ile Leu Glu Phe Glu Val Ser Ile Thr Asp Leu Val
130 135 140
cag aat ggc agc ccc cgg ctg cta gag ggc cag ata gaa gta caa gac 597
Gln Asn Gly Ser Pro Arg Leu Leu Glu Gly Gln Ile Glu Val Gln Asp
145 150 155 160
atc aat gac aac aca ccc aac ttc gcc tca cca gtc atc act ctg gcc 645
Ile Asn Asp Asn Thr Pro Asn Phe Ala Ser Pro Val Ile Thr Leu Ala
165 170 175
atc cct gag aac acc aac atc ggc tca ctc ttc ccc atc ccg ctg gct 693
Ile Pro Glu Asn Thr Asn Ile Gly Ser Leu Phe Pro Ile Pro Leu Ala
180 185 190
tca gac cgt gat gct ggt ccc aac ggt gtg gca tcc tat gag ctg cag 741
Ser Asp Arg Asp Ala Gly Pro Asn Gly Val Ala Ser Tyr Glu Leu Gln
195 200 205
gct ggg cct gag gcc cag gag cta ttt ggg ctg cag gtg gca gag gac 789
Ala Gly Pro Glu Ala Gln Glu Leu Phe Gly Leu Gln Val Ala Glu Asp
210 215 220
cag gag gag aag caa cca cag ctc att gtg atg ggc aac ctg gac cgt 837
Gln Glu Glu Lys Gln Pro Gln Leu Ile Val Met Gly Asn Leu Asp Arg
225 230 235 240
gag cgc tgg gac tcc tat gac ctc acc atc aag gtg cag gat ggc ggc 885
Glu Arg Trp Asp Ser Tyr Asp Leu Thr Ile Lys Val Gln Asp Gly Gly
245 250 255
agc ccc cca cgc gcc agc agt gcc ctg ctg cgt gtc acc gtg ctt gac 933
Ser Pro Pro Arg Ala Ser Ser Ala Leu Leu Arg Val Thr Val Leu Asp
260 265 270
acc aat gac aac gcc ccc aag ttt gag cgg ccc tcc tat gag gcc gaa 981
Thr Asn Asp Asn Ala Pro Lys Phe Glu Arg Pro Ser Tyr Glu Ala Glu
275 280 285
cta tct gag aat agc ccc ata ggc cac tcg gtc atc cag gtg aag gcc 1029
Leu Ser Glu Asn Ser Pro Ile Gly His Ser Val Ile Gln Val Lys Ala
290 295 300
aat gac tca gac caa ggt gcc aat gca gaa atc gaa tac aca ttc cac 1077
Asn Asp Ser Asp Gln Gly Ala Asn Ala Glu Ile Glu Tyr Thr Phe His
305 310 315 320
cag gcg ccc gaa gtt gtg agg cgt ctt ctt cga ctg gac agg aac act 1125
Gln Ala Pro Glu Val Val Arg Arg Leu Leu Arg Leu Asp Arg Asn Thr
325 330 335
gga ctt atc act gtt cag ggc ccg gtg gac cgt gag gac cta agc acc 1173
Gly Leu Ile Thr Val Gln Gly Pro Val Asp Arg Glu Asp Leu Ser Thr
340 345 350
ctg cgc ttc tca gtg ctt gct aag gac cga ggc acc aac ccc aag agt 1221
Leu Arg Phe Ser Val Leu Ala Lys Asp Arg Gly Thr Asn Pro Lys Ser
355 360 365
gcc cgt gcc cag gtg gtt gtg acc gtg aag gac atg aat gac aat gcc 1269
Ala Arg Ala Gln Val Val Val Thr Val Lys Asp Met Asn Asp Asn Ala
370 375 380
ccc acc att gag atc cgg ggc ata ggg cta gtg act cat caa gat ggg 1317
Pro Thr Ile Glu Ile Arg Gly Ile Gly Leu Val Thr His Gln Asp Gly
385 390 395 400
atg gct aac atc tca gag gat gtg gca gag gag aca gct gtg gcc ctg 1365
Met Ala Asn Ile Ser Glu Asp Val Ala Glu Glu Thr Ala Val Ala Leu
405 410 415
gtg cag gtg tct gac cga gat gag gga gag aat gca gct gtc acc tgt 1413
Val Gln Val Ser Asp Arg Asp Glu Gly Glu Asn Ala Ala Val Thr Cys
420 425 430
gtg gtg gca ggt gat gtg ccc ttc cag ctg cgc cag gcc agt gag aca 1461
Val Val Ala Gly Asp Val Pro Phe Gln Leu Arg Gln Ala Ser Glu Thr
435 440 445
ggc agt gac agc aag aag aag tat ttc ctg cag act acc acc ccg cta 1509
Gly Ser Asp Ser Lys Lys Lys Tyr Phe Leu Gln Thr Thr Thr Pro Leu
450 455 460
gac tac gag aag gtc aaa gac tac acc att gag att gtg gct gtg gac 1557
Asp Tyr Glu Lys Val Lys Asp Tyr Thr Ile Glu Ile Val Ala Val Asp
465 470 475 480
tct ggc aac ccc cca ctc tcc agc act aac tcc ctc aag gtg cag gtg 1605
Ser Gly Asn Pro Pro Leu Ser Ser Thr Asn Ser Leu Lys Val Gln Val
485 490 495
gtg gac gtc aat gac aac gca cct gtc ttc act cag agt gtc act gag 1653
Val Asp Val Asn Asp Asn Ala Pro Val Phe Thr Gln Ser Val Thr Glu
500 505 510
gtc gcc ttc ccg gaa aac aac aag cct ggt gaa gtg att gct gag atc 1701
Val Ala Phe Pro Glu Asn Asn Lys Pro Gly Glu Val Ile Ala Glu Ile
515 520 525
act gcc agt gat gct gac tct ggc tct aat gct gag ctg gtt tac tct 1749
Thr Ala Ser Asp Ala Asp Ser Gly Ser Asn Ala Glu Leu Val Tyr Ser
530 535 540
ctg gag cct gag ccg gct gct aag ggc ctc ttc acc atc tca ccc gag 1797
Leu Glu Pro Glu Pro Ala Ala Lys Gly Leu Phe Thr Ile Ser Pro Glu
545 550 555 560
act gga gag atc cag gtg aag aca tct ctg gat cgg gaa cag cgg gag 1845
Thr Gly Glu Ile Gln Val Lys Thr Ser Leu Asp Arg Glu Gln Arg Glu
565 570 575
agc tat gag ttg aag gtg gtg gca gct gac cgg ggc agt cct agc ctc 1893
Ser Tyr Glu Leu Lys Val Val Ala Ala Asp Arg Gly Ser Pro Ser Leu
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cag ggc aca gcc act gtc ctt gtc aat gtg ctg gac tgc aat gac aat 1941
Gln Gly Thr Ala Thr Val Leu Val Asn Val Leu Asp Cys Asn Asp Asn
595 600 605
gac ccc aaa ttt atg ctg agt ggc tac aac ttc tca gtg atg gag aac 1989
Asp Pro Lys Phe Met Leu Ser Gly Tyr Asn Phe Ser Val Met Glu Asn
610 615 620
atg cca gca ctg agt cca gtg ggc atg gtg act gtc att gat gga gac 2037
Met Pro Ala Leu Ser Pro Val Gly Met Val Thr Val Ile Asp Gly Asp
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aag ggg gag aat gcc cag gtg cag ctc tca gtg gag cag gac aac ggt 2085
Lys Gly Glu Asn Ala Gln Val Gln Leu Ser Val Glu Gln Asp Asn Gly
645 650 655
gac ttt gtt atc cag aat ggc aca ggc acc atc cta tcc agc ctg agc 2133
Asp Phe Val Ile Gln Asn Gly Thr Gly Thr Ile Leu Ser Ser Leu Ser
660 665 670
ttt gat cga gag caa caa agc acc tac acc ttc cag ctg aag gca gtg 2181
Phe Asp Arg Glu Gln Gln Ser Thr Tyr Thr Phe Gln Leu Lys Ala Val
675 680 685
gat ggt ggc gtc cca cct cgc tca gct tac gtt ggt gtc acc atc aat 2229
Asp Gly Gly Val Pro Pro Arg Ser Ala Tyr Val Gly Val Thr Ile Asn
690 695 700
gtg ctg gac gag aat gac aac gca ccc tat atc act gcc cct tct aac 2277
Val Leu Asp Glu Asn Asp Asn Ala Pro Tyr Ile Thr Ala Pro Ser Asn
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acc tct cac aag ctg ctg acc ccc cag aca cgt ctt ggt gag acg gtc 2325
Thr Ser His Lys Leu Leu Thr Pro Gln Thr Arg Leu Gly Glu Thr Val
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agc cag gtg gca gcc gag gac ttt gac tct ggt gtc aat gct gag ctg 2373
Ser Gln Val Ala Ala Glu Asp Phe Asp Ser Gly Val Asn Ala Glu Leu
740 745 750
atc tac agc att gca ggt ggc aac cct tat gga ctc ttc cag att ggg 2421
Ile Tyr Ser Ile Ala Gly Gly Asn Pro Tyr Gly Leu Phe Gln Ile Gly
755 760 765
tca cat tca ggt gcc atc acc ctg gag aag gag att gag cgg cgc cac 2469
Ser His Ser Gly Ala Ile Thr Leu Glu Lys Glu Ile Glu Arg Arg His
770 775 780
cat ggg cta cac cgc ctg gtg gtg aag gtc agt gac cgc ggc aag ccc 2517
His Gly Leu His Arg Leu Val Val Lys Val Ser Asp Arg Gly Lys Pro
785 790 795 800
cca cgc tat ggc aca gcc ttg gtc cat ctt tat gtc aat gag act ctg 2565
Pro Arg Tyr Gly Thr Ala Leu Val His Leu Tyr Val Asn Glu Thr Leu
805 810 815
gcc aac cgc acg ctg ctg gag acc ctc ctg ggc cac agc ctg gac acg 2613
Ala Asn Arg Thr Leu Leu Glu Thr Leu Leu Gly His Ser Leu Asp Thr
820 825 830
ccg ctg gat att gac att gct ggg gat cca gaa tat gag cgc tcc aag 2661
Pro Leu Asp Ile Asp Ile Ala Gly Asp Pro Glu Tyr Glu Arg Ser Lys
835 840 845
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Gln Arg Gly Asn Ile Leu Phe Gly Val Val Ala Gly Val Val Ala Val
850 855 860
gcc ttg ctc atc gcc ctg gcg gtt ctt gtg cgc tac tgc aga cag cgg 2757
Ala Leu Leu Ile Ala Leu Ala Val Leu Val Arg Tyr Cys Arg Gln Arg
865 870 875 880
gag gcc aaa agt ggt tac cag gct ggt aag aag gag acc aag gac ctg 2805
Glu Ala Lys Ser Gly Tyr Gln Ala Gly Lys Lys Glu Thr Lys Asp Leu
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tat gcc ccc aag ccc agt ggc aag gcc tcc aag gga aac aaa agc aaa 2853
Tyr Ala Pro Lys Pro Ser Gly Lys Ala Ser Lys Gly Asn Lys Ser Lys
900 905 910
ggc aag aag agc aag tcc cca aag ccc gtg aag cca gtg gag gac gag 2901
Gly Lys Lys Ser Lys Ser Pro Lys Pro Val Lys Pro Val Glu Asp Glu
915 920 925
gat gag gcc ggg ctg cag aag tcc ctc aag ttc aac ctg atg agc gat 2949
Asp Glu Ala Gly Leu Gln Lys Ser Leu Lys Phe Asn Leu Met Ser Asp
930 935 940
gcc cct ggg gac agt ccc cgc atc cac ctg ccc ctc aac tac cca cca 2997
Ala Pro Gly Asp Ser Pro Arg Ile His Leu Pro Leu Asn Tyr Pro Pro
945 950 955 960
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Gly Ser Pro Asp Leu Gly Arg His Tyr Arg Ser Asn Ser Pro Leu Pro
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Pro Thr Ile Glu Ile Arg Gly Ile Gly Leu Val Thr His Gln Asp Gly
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980 985 990
Val Val Gln Asp Leu Pro Pro Ala Asn Thr Phe Val Gly Thr Gly Asp
995 1000 1005
Thr Thr Ser Thr Gly Ser Glu Gln Tyr Ser Asp Tyr Ser Tyr Arg
1010 1015 1020
Thr Asn Pro Pro Lys Tyr Pro Ser Lys Gln Val Gly Gln Pro Phe
1025 1030 1035
Gln Leu Ser Thr Pro Gln Pro Leu Pro His Pro Tyr His Gly Ala
1040 1045 1050
Ile Trp Thr Glu Val Trp Glu
1055 1060
<210>3
<211>3205
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<220>
<221>CDS
<222>(71)..(2560)
<223>
<400>3
aaaggggcaa gagctgagcg gaacaccggc ccgccgtcgc ggcagctgct tcacccctct 60
ctctgcagcc atg ggg ctc cct cgt gga cct ctc gcg tct ctc ctc ctt 109
Met Gly Leu Pro Arg Gly Pro Leu Ala Ser Leu Leu Leu
1 5 10
ctc cag gtt tgc tgg ctg cag tgc gcg gcc tcc gag ccg tgc cgg gcg 157
Leu Gln Val Cys Trp Leu Gln Cys Ala Ala Ser Glu Pro Cys Arg Ala
15 20 25
gtc ttc agg gag gct gaa gtg acc ttg gag gcg gga ggc gcg gag cag 205
Val Phe Arg Glu Ala Glu Val Thr Leu Glu Ala Gly Gly Ala Glu Gln
30 35 40 45
gag ccc ggc cag gcg ctg ggg aaa gta ttc atg ggc tgc cct ggg caa 253
Glu Pro Gly Gln Ala Leu Gly Lys Val Phe Met Gly Cys Pro Gly Gln
50 55 60
gag cca gct ctg ttt agc act gat aat gat gac ttc act gtg cgg aat 301
Glu Pro Ala Leu Phe Ser Thr Asp Asn Asp Asp Phe Thr Val Arg Asn
65 70 75
ggc gag aca gtc cag gaa aga agg tca ctg aag gaa agg aat cca ttg 349
Gly Glu Thr Val Gln Glu Arg Arg Ser Leu Lys Glu Arg Asn Pro Leu
80 85 90
aag atc ttc cca tcc aaa cgt atc tta cga aga cac aag aga gat tgg 397
Lys Ile Phe Pro Ser Lys Arg Ile Leu Arg Arg His Lys Arg Asp Trp
95 100 105
gtg gtt gct cca ata tct gtc cct gaa aat ggc aag ggt ccc ttc ccc 445
Val Val Ala Pro Ile Ser Val Pro Glu Asn Gly Lys Gly Pro Phe Pro
110 115 120 125
cag aga ctg aat cag ctc aag tct aat aaa gat aga gac acc aag att 493
Gln Arg Leu Asn Gln Leu Lys Ser Asn Lys Asp Arg Asp Thr Lys Ile
130 135 140
ttc tac agc atc acg ggg ccg ggg gca gac agc ccc cct gag ggt gtc 541
Phe Tyr Ser Ile Thr Gly Pro Gly Ala Asp Ser Pro Pro Glu Gly Val
145 150 155
ttc gct gta gag aag gag aca ggc tgg ttg ttg ttg aat aag cca ctg 589
Phe Ala Val Glu Lys Glu Thr Gly Trp Leu Leu Leu Asn Lys Pro Leu
160 165 170
gac cgg gag gag att gcc aag tat gag ctc ttt ggc cac gct gtg tca 637
Asp Arg Glu Glu Ile Ala Lys Tyr Glu Leu Phe Gly His Ala Val Ser
175 180 185
gag aat ggt gcc tca gtg gag gac ccc atg aac atc tcc atc atc gtg 685
Glu Asn Gly Ala Ser Val Glu Asp Pro Met Asn Ile Ser Ile Ile Val
190 195 200 205
acc gac cag aat gac cac aag ccc aag ttt acc cag gac acc ttc cga 733
Thr Asp Gln Asn Asp His Lys Pro Lys Phe Thr Gln Asp Thr Phe Arg
210 215 220
ggg agt gtc tta gag gga gtc cta cca ggt act tct gtg atg cag gtg 781
Gly Ser Val Leu Glu Gly Val Leu Pro Gly Thr Ser Val Met Gln Val
225 230 235
aca gcc acg gat gag gat gat gcc atc tac acc tac aat ggg gtg gtt 829
Thr Ala Thr Asp Glu Asp Asp Ala Ile Tyr Thr Tyr Asn Gly Val Val
240 245 250
gct tac tcc atc cat agc caa gaa cca aag gac cca cac gac ctc atg 877
Ala Tyr Ser Ile His Ser Gln Glu Pro Lys Asp Pro His Asp Leu Met
255 260 265
ttc acc att cac cgg agc aca ggc acc atc agc gtc atc tcc agt ggc 925
Phe Thr Ile His Arg Ser Thr Gly Thr Ile Ser Val Ile Ser Ser Gly
270 275 280 285
ctg gac cgg gaa aaa gtc cct gag tac aca ctg acc atc cag gcc aca 973
Leu Asp Arg Glu Lys Val Pro Glu Tyr Thr Leu Thr Ile Gln Ala Thr
290 295 300
gac atg gat ggg gac ggc tcc acc acc acg gca gtg gca gta gtg gag 1021
Asp Met Asp Gly Asp Gly Ser Thr Thr Thr Ala Val Ala Val Val Glu
305 310 315
atc ctt gat gcc aat gac aat gct ccc atg ttt gac ccc cag aag tac 1069
Ile Leu Asp Ala Asn Asp Asn Ala Pro Met Phe Asp Pro Gln Lys Tyr
320 325 330
gag gcc cat gtg cct gag aat gca gtg ggc cat gag gtg cag agg ctg 1117
Glu Ala His Val Pro Glu Asn Ala Val Gly His Glu Val Gln Arg Leu
335 340 345
acg gtc act gat ctg gac gcc ccc aac tca cca gcg tgg cgt gcc acc 1165
Thr Val Thr Asp Leu Asp Ala Pro Asn Ser Pro Ala Trp Arg Ala Thr
350 355 360 365
tac ctt atc atg ggc ggt gac gac ggg gac cat ttt acc atc acc acc 1213
Tyr Leu Ile Met Gly Gly Asp Asp Gly Asp His Phe Thr Ile Thr Thr
370 375 380
cac cct gag agc aac cag ggc atc ctg aca acc agg aag ggt ttg gat 1261
His Pro Glu Ser Asn Gln Gly Ile Leu Thr Thr Arg Lys Gly Leu Asp
385 390 395
ttt gag gcc aaa aac cag cac acc ctg tac gtt gaa gtg acc aac gag 1309
Phe Glu Ala Lys Asn Gln His Thr Leu Tyr Val Glu Val Thr Asn Glu
400 405 410
gcc cct ttt gtg ctg aag ctc cca acc tcc aca gcc acc ata gtg gtc 1357
Ala Pro Phe Val Leu Lys Leu Pro Thr Ser Thr Ala Thr Ile Val Val
415 420 425
cac gtg gag gat gtg aat gag gca cct gtg ttt gtc cca ccc tcc aaa 1405
His Val Glu Asp Val Asn Glu Ala Pro Val Phe Val Pro Pro Ser Lys
430 435 440 445
gtc gtt gag gtc cag gag ggc atc ccc act ggg gag cct gtg tgt gtc 1453
Val Val Glu Val Gln Glu Gly Ile Pro Thr Gly Glu Pro Val Cys Val
450 455 460
tac act gca gaa gac cct gac aag gag aat caa aag atc agc tac cgc 1501
Tyr Thr Ala Glu Asp Pro Asp Lys Glu Asn Gln Lys Ile Ser Tyr Arg
465 470 475
atc ctg aga gac cca gca ggg tgg cta gcc atg gac cca gac agt ggg 1549
Ile Leu Arg Asp Pro Ala Gly Trp Leu Ala Met Asp Pro Asp Ser Gly
480 485 490
cag gtc aca gct gtg ggc acc ctc gac cgt gag gat gag cag ttt gtg 1597
Gln Val Thr Ala Val Gly Thr Leu Asp Arg Glu Asp Glu Gln Phe Val
495 500 505
agg aac aac atc tat gaa gtc atg gtc ttg gcc atg gac aat gga agc 1645
Arg Asn Asn Ile Tyr Glu Val Met Val Leu Ala Met Asp Asn Gly Ser
510 515 520 525
cct ccc acc act ggc acg gga acc ctt ctg cta aca ctg att gat gtc 1693
Pro Pro Thr Thr Gly Thr Gly Thr Leu Leu Leu Thr Leu Ile Asp Val
530 535 540
aat gac cat ggc cca gtc cct gag ccc cgt cag atc acc atc tgc aac 1741
Asn Asp His Gly Pro Val Pro Glu Pro Arg Gln Ile Thr Ile Cys Asn
545 550 555
caa agc cct gtg cgc cag gtg ctg aac atc acg gac aag gac ctg tct 1789
Gln Ser Pro Val Arg Gln Val Leu Asn Ile Thr Asp Lys Asp Leu Ser
560 565 570
ccc cac acc tcc cct ttc cag gcc cag ctc aca gat gac tca gac atc 1837
Pro His Thr Ser Pro Phe Gln Ala Gln Leu Thr Asp Asp Ser Asp Ile
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tac tgg acg gca gag gtc aac gag gaa ggt gac aca gtg gtc ttg tcc 1885
Tyr Trp Thr Ala Glu Val Asn Glu Glu Gly Asp Thr Val Val Leu Ser
590 595 600 605
ctg aag aag ttc ctg aag cag gat aca tat gac gtg cac ctt tct ctg 1933
Leu Lys Lys Phe Leu Lys Gln Asp Thr Tyr Asp Val His Leu Ser Leu
610 615 620
tct gac cat ggc aac aaa gag cag ctg acg gtg atc agg gcc act gtg 1981
Ser Asp His Gly Asn Lys Glu Gln Leu Thr Val Ile Arg Ala Thr Val
625 630 635
tgc gac tgc cat ggc cat gtc gaa acc tgc cct gga ccc tgg aag gga 2029
Cys Asp Cys His Gly His Val Glu Thr Cys Pro Gly Pro Trp Lys Gly
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ggt ttc atc ctc cct gtg ctg ggg gct gtc ctg gct ctg ctg ttc ctc 2077
Gly Phe Ile Leu Pro Val Leu Gly Ala Val Leu Ala Leu Leu Phe Leu
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ctg ctg gtg ctg ctt ttg ttg gtg aga aag aag cgg aag atc aag gag 2125
Leu Leu Val Leu Leu Leu Leu Val Arg Lys Lys Arg Lys lle Lys Glu
670 675 680 685
ccc ctc cta ctc cca gaa gat gac acc cgt gac aac gtc ttc tac tat 2173
Pro Leu Leu Leu Pro Glu Asp Asp Thr Arg Asp Asn Val Phe Tyr Tyr
690 695 700
ggc gaa gag ggg ggt ggc gaa gag gac cag gac tat gac atc acc cag 2221
Gly Glu Glu Gly Gly Gly Glu Glu Asp Gln Asp Tyr Asp Ile Thr Gln
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ctc cac cga ggt ctg gag gcc agg ccg gag gtg gtt ctc cgc aat gac 2269
Leu His Arg Gly Leu Glu Ala Arg Pro Glu Val Val Leu Arg Asn Asp
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gtg gca cca acc atc atc ccg aca ccc atg tac cgt cct cgg cca gcc 2317
Val Ala Pro Thr Ile Ile Pro Thr Pro Met Tyr Arg Pro Arg Pro Ala
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aac cca gat gaa atc ggc aac ttt ata att gag aac ctg aag gcg gct 2365
Asn Pro Asp Glu Ile Gly Asn Phe Ile Ile Glu Asn Leu Lys Ala Ala
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aac aca gac ccc aca gcc ccg ccc tac gac acc ctc ttg gtg ttc gac 2413
Asn Thr Asp Pro Thr Ala Pro Pro Tyr Asp Thr Leu Leu Val Phe Asp
770 775 780
tat gag ggc agc ggc tcc gac gcc gcg tcc ctg agc tcc ctc acc tcc 2461
Tyr Glu Gly Ser Gly Ser Asp Ala Ala Ser Leu Ser Ser Leu Thr Ser
785 790 795
tcc gcc tcc gac caa gac caa gat tac gat tat ctg aac gag tgg ggc 2509
Ser Ala Ser Asp Gln Asp Gln Asp Tyr Asp Tyr Leu Asn Glu Trp Gly
800 805 810
agc cgc ttc aag aag ctg gca gac atg tac ggt ggc ggg gag gac gac 2557
Ser Arg Phe Lys Lys Leu Ala Asp Met Tyr Gly Gly Gly Glu Asp Asp
815 820 825
tag gcggcctgcc tgcagggctg gggaccaaac gtcaggccac agagcatctc 2610
caaggggtct cagttccccc ttcagctgag gacttcggag cttgtcagga agtggccgta 2670
gcaacttggc ggagacaggc tatgagtctg acgttagagt ggttgcttcc ttagcctttc 2730
aggatggagg aatgtgggca gtttgacttc agcactgaaa acctctccac ctgggccagg 2790
gttgcctcag aggccaagtt tccagaagcc tcttacctgc cgtaaaatgc tcaaccctgt 2850
gtcctgggcc tgggcctgct gtgactgacc tacagtggac tttctctctg gaatggaacc 2910
ttcttaggcc tcctggtgca acttaatttt tttttttaat gctatcttca aaacgttaga 2970
gaaagttctt caaaagtgca gcccagagct gctgggccca ctggccgtcc tgcatttctg 3030
gtttccagac cccaatgcct cccattcgga tggatctctg cgtttttata ctgagtgtgc 3090
ctaggttgcc ccttattttt tattttccct gttgcgttgc tatagatgaa gggtgaggac 3150
aatcgtgtat atgtactaga acttttttat taaagaaact tttcccagaa aaaaa 3205
<210>4
<21l>829
<212>PRT
<213>人(Homo sa piens)
<400>4
Met Gly Leu Pro Arg Gly Pro Leu Ala Ser Leu Leu Leu Leu Gln Val
1 5 10 15
Cys Trp Leu Gln Cys Ala Ala Ser Glu Pro Cys Arg Ala Val Phe Arg
20 25 30
Glu Ala Glu Val Thr Leu Glu Ala Gly Gly Ala Glu Gln Glu Pro Gly
35 40 45
Gln Ala Leu Gly Lys Val Phe Met Gly Cys Pro Gly Gln Glu Pro Ala
50 55 60
Leu Phe Ser Thr Asp Asn Asp Asp Phe Thr Val Arg Asn Gly Glu Thr
65 70 75 80
Val Gln Glu Arg Arg Ser Leu Lys Glu Arg Asn Pro Leu Lys Ile Phe
85 90 95
Pro Ser Lys Arg Ile Leu Arg Arg His Lys Arg Asp Trp Val Val Ala
100 105 110
Pro Ile Ser Val Pro Glu Asn Gly Lys Gly Pro Phe Pro Gln Arg Leu
115 120 125
Asn Gln Leu Lys Ser Asn Lys Asp Arg Asp Thr Lys Ile Phe Tyr Ser
130 135 140
Ile Thr Gly Pro Gly Ala Asp Ser Pro Pro Glu Gly Val Phe Ala Val
145 150 155 160
Glu Lys Glu Thr Gly Trp Leu Leu Leu Asn Lys Pro Leu Asp Arg Glu
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Glu Ile Ala Lys Tyr Glu Leu Phe Gly His Ala Val Ser Glu Asn Gly
180 185 190
Ala Ser Val Glu Asp Pro Met Asn Ile Ser Ile Ile Val Thr Asp Gln
195 200 205
Asn Asp His Lys Pro Lys Phe Thr Gln Asp Thr Phe Arg Gly Ser Val
210 215 220
Leu Glu Gly Val Leu Pro Gly Thr Ser Val Met Gln Val Thr Ala Thr
225 230 235 240
Asp Glu Asp Asp Ala Ile Tyr Thr Tyr Asn Gly Val Val Ala Tyr Ser
245 250 255
Ile His Ser Gln Glu Pro Lys Asp Pro His Asp Leu Met Phe Thr Ile
260 265 270
His Arg Ser Thr Gly Thr Ile Ser Val Ile Ser Ser Gly Leu Asp Arg
275 280 285
Glu Lys Val Pro Glu Tyr Thr Leu Thr Ile Gln Ala Thr Asp Met Asp
290 295 300
Gly Asp Gly Ser Thr Thr Thr Ala Val Ala Val Val Glu Ile Leu Asp
305 310 315 320
Ala Asn Asp Asn Ala Pro Met Phe Asp Pro Gln Lys Tyr Glu Ala His
325 330 335
Val Pro Glu Asn Ala Val Gly His Glu Val Gln Arg Leu Thr Val Thr
340 345350
Asp Leu Asp Ala Pro Asn Ser Pro Ala Trp Arg Ala Thr Tyr Leu Ile
355 360 365
Met Gly Gly Asp Asp Gly Asp His Phe Thr Ile Thr Thr His Pro Glu
370 375 380
Ser Asn Gln Gly Ile Leu Thr Thr Arg Lys Gly Leu Asp Phe Glu Ala
385 390 395 400
Lys Asn Gln His Thr Leu Tyr Val Glu Val Thr Asn Glu Ala Pro Phe
405 410 415
Val Leu Lys Leu Pro Thr Ser Thr Ala Thr Ile Val Val His Val Glu
420 425 430
Asp Val Asn Glu Ala Pro Val Phe Val Pro Pro Ser Lys Val Val Glu
435 440 445
Val Gln Glu Gly Ile Pro Thr Gly Glu Pro Val Cys Val Tyr Thr Ala
450 455 460
Glu Asp Pro Asp Lys Glu Asn Gln Lys Ile Ser Tyr Arg Ile Leu Arg
465 470 475 480
Asp Pro Ala Gly Trp Leu Ala Met Asp Pro Asp Ser Gly Gln Val Thr
485 490 495
Ala Val Gly Thr Leu Asp Arg Glu Asp Glu Gln Phe Val Arg Asn Asn
500 505 510
Ile Tyr Glu Val Met Val Leu Ala Met Asp Asn Gly Ser Pro Pro Thr
515 520 525
Thr Gly Thr Gly Thr Leu Leu Leu Thr Leu Ile Asp Val Asn Asp His
530 535 540
Gly Pro Val Pro Glu Pro Arg Gln Ile Thr Ile Cys Asn Gln Ser Pro
545 550 555 560
Val Arg Gln Val Leu Asn Ile Thr Asp Lys Asp Leu Ser Pro His Thr
565 570 575
Ser Pro Phe Gln Ala Gln Leu Thr Asp Asp Ser Asp Ile Tyr Trp Thr
580 585 590
Ala Glu Val Asn Glu Glu Gly Asp Thr Val Val Leu Ser Leu Lys Lys
595 600 605
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Gly Asn Lys Glu Gln Leu Thr Val Ile Arg Ala Thr Val Cys Asp Cys
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His Gly His Val Glu Thr Cys Pro Gly Pro Trp Lys Gly Gly Phe Ile
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Leu Pro Val Leu Gly Ala Val Leu Ala Leu Leu Phe Leu Leu Leu Val
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Leu Leu Leu Leu Val Arg Lys Lys Arg Lys Ile Lys Glu Pro Leu Leu
675 680 685
Leu Pro Glu Asp Asp Thr Arg Asp Asn Val Phe Tyr Tyr Gly Glu Glu
690 695 700
Gly Gly Gly Glu Glu Asp Gln Asp Tyr Asp Ile Thr Gln Leu His Arg
705 710 715 720
Gly Leu Glu Ala Arg Pro Glu Val Val Leu Arg Asn Asp Val Ala Pro
725 730 735
Thr Ile Ile Pro Thr Pro Met Tyr Arg Pro Arg Pro Ala Asn Pro Asp
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Glu Ile Gly Asn Phe Ile Ile Glu Asn Leu Lys Ala Ala Asn Thr Asp
755 760 765
Pro Thr Ala Pro Pro Tyr Asp Thr Leu Leu Val Phe Asp Tyr Glu Gly
770 775 780
Ser Gly Ser Asp Ala Ala Ser Leu Ser Ser Leu Thr Ser Ser Ala Ser
785 790 795 800
Asp Gln Asp Gln Asp Tyr Asp Tyr Leu Asn Glu Trp Gly Ser Arg Phe
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Lys Lys Leu Ala Asp Met Tyr Gly Gly Gly Glu Asp Asp
820 825
<210>5
<211>6840
<212>DNA
<213>人(Homo sapiens)
<220>
<221>CDS
<222>(2)..(1801)
<223>
<400>5
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Ala Ala Leu Ala Pro Val Gly Ser Pro Ala Ser Arg Gly Pro Arg Leu
1 5 10 15
gcc gcg ggc ctc cgg ctg ctc cca atg ctg ggt ttg ctg cag ttg ctg 97
Ala Ala Gly Leu Arg Leu Leu Pro Met Leu Gly Leu Leu Gln Leu Leu
20 25 30
gcc gag cct ggc ctg ggc cgc gtc cat cac ctg gca ctc aag gat gat 145
Ala Glu Pro Gly Leu Gly Arg Val His His Leu Ala Leu Lys Asp Asp
35 40 45
gtg agg cat aaa gtt cat ctg aac acc ttt ggc ttc ttc aag gat ggg 193
Val Arg His Lys Val His Leu Asn Thr Phe Gly Phe Phe Lys Asp Gly
50 55 60
tac atg gtg gtg aat gtc agt agc ctc tca ctg aat gag cct gaa gac 241
Tyr Met Val Val Asn Val Ser Ser Leu Ser Leu Asn Glu Pro Glu Asp
65 70 75 80
aag gat gtg act att gga ttt agc cta gac cgt aca aag aat gat ggc 289
Lys Asp Val Thr Ile Gly Phe Ser Leu Asp Arg Thr Lys Asn Asp Gly
85 90 95
ttt tct tct tac ctg gat gaa gat gtg aat tac tgt att tta aag aaa 337
Phe Ser Ser Tyr Leu Asp Glu Asp Val Asn Tyr Cys Ile Leu Lys Lys
100 105 110
cag tct gtc tct gtc acc ctt tta atc cta gac atc tcc aga agt gag 385
Gln Ser Val Ser Val Thr Leu Leu Ile Leu Asp Ile Ser Arg Ser Glu
115 120 125
gta aga gta aag tct cca cca gaa gct ggt acc cag tta cca aag atc 433
Val Arg Val Lys Ser Pro Pro Glu Ala Gly Thr Gln Leu Pro Lys Ile
130 135 140
atc ttc agc agg gat gag aaa gtc ctt ggt cag agc cag gag cct aat 481
Ile Phe Ser Arg Asp Glu Lys Val Leu Gly Gln Ser Gln Glu Pro Asn
145 150 155 160
gtt aac cct gct tca gca ggc aac cag acc cag aag aca caa gat ggt 529
Val Asn Pro Ala Ser Ala Gly Asn Gln Thr Gln Lys Thr Gln Asp Gly
165 170 175
gga aag tct aaa aga agt aca gtg gat tca aag gcc atg gga gag aaa 577
Gly Lys Ser Lys Arg Ser Thr Val Asp Ser Lys Ala Met Gly Glu Lys
180 185 190
tcc ttt tct gtt cat aat aat ggt ggg gca gtg tca ttt cag ttt ttc 625
Ser Phe Ser Val His Asn Asn Gly Gly Ala Val Ser Phe Gln Phe Phe
195 200 205
ttt aac atc agc act gat gac caa gaa ggc ctt tac agt ctt tat ttt 673
Phe Asn Ile Ser Thr Asp Asp Gln Glu Gly Leu Tyr Ser Leu Tyr Phe
210 215 220
cat aaa tgc ctt gga aaa gaa ttg cca agt gac aag ttt aca ttc agc 721
His Lys Cys Leu Gly Lys Glu Leu Pro Ser Asp Lys Phe Thr Phe Ser
225 230 235 240
ctt gat att gag atc aca gag aag aat cct gac agc tac ctc tca gca 769
Leu Asp Ile Glu Ile Thr Glu Lys Asn Pro Asp Ser Tyr Leu Ser Ala
245 250 255
gga gaa att cct ctc ccc aaa tta tac atc tca atg gcc ttt ttc ttc 817
Gly Glu Ile Pro Leu Pro Lys Leu Tyr Ile Ser Met Ala Phe Phe Phe
260 265 270
ttt ctt tct ggg acc atc tgg att cat atc ctt cga aaa cga cgg aat 865
Phe Leu Ser Gly Thr Ile Trp Ile His Ile Leu Arg Lys Arg Arg Asn
275 280 285
gat gta ttt aaa atc cac tgg ctg atg gcg gcc ctt cct ttc acc aag 913
Asp Val Phe Lys Ile His Trp Leu Met Ala Ala Leu Pro Phe Thr Lys
290 295 300
tct ctt tcc ttg gtg ttc cat gca att gac tac cac tac atc tcc tcc 961
Ser Leu Ser Leu Val Phe His Ala Ile Asp Tyr His Tyr Ile Ser Ser
305 310 315 320
cag ggc ttc cct atc gaa ggc tgg gct gtt gtg tac tac ata act cac 1009
Gln Gly Phe Pro Ile Glu Gly Trp Ala Val Val Tyr Tyr Ile Thr His
325 330 335
ctt ttg aaa ggg gcg cta ctc ttc atc acc att gca ctc att ggc act 1057
Leu Leu Lys Gly Ala Leu Leu Phe Ile Thr Ile Ala Leu Ile Gly Thr
340 345 350
ggc tgg gct ttc att aag cac atc ctt tct gat aaa gac aaa aag atc 1105
Gly Trp Ala Phe Ile Lys His Ile Leu Ser Asp Lys Asp Lys Lys Ile
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ttc atg att gtc att cca ctc cag gtc ctg gca aat gta gcc tac atc 1153
Phe Met Ile Val Ile Pro Leu Gln Val Leu Ala Asn Val Ala Tyr Ile
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atc ata gag tcc acc gag gag ggc acg act gaa tat ggc ttg tgg aag 1201
Ile Ile Glu Ser Thr Glu Glu Gly Thr Thr Glu Tyr Gly Leu Trp Lys
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gac tct cta ttt ctg gtc gac ctg ttg tgt tgt ggt gcc atc ctc ttc 1249
Asp Ser Leu Phe Leu Val Asp Leu Leu Cys Cys Gly Ala Ile Leu Phe
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cca gtg gtg tgg tca atc aga cat tta caa gaa gca tca gca aca gat 1297
Pro Val Val Trp Ser Ile Arg His Leu Gln Glu Ala Ser Ala Thr Asp
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gga aaa ggt gac agc atg gga cct ctt cag cag aga gcg aat ctg aga 1345
Gly Lys Gly Asp Ser Met Gly Pro Leu Gln Gln Arg Ala Asn Leu Arg
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gca gga agt cgc ata gag tct cgc cat ttt gcc cgg gct gat ctt gaa 1393
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Leu Leu Ala Ser Ser Cys Pro Pro Ala Ser Val Ser Gln Arg Ala Gly
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Ile Thr Ala Ala Ile Asn Leu Ala Lys Leu Lys Leu Phe Arg His Tyr
485 490 495
tac gtc ttg att gtg tgt tac ata tac ttc act agg atc att gca ttt 1537
Tyr Val Leu Ile Val Cys Tyr Ile Tyr Phe Thr Arg Ile Ile Ala Phe
500 505 510
ctc ctc aaa ctc gct gtt cca ttc cag tgg aag tgg ctc tac cag ctc 1585
Leu Leu Lys Leu Ala Val Pro Phe Gln Trp Lys Trp Leu Tyr Gln Leu
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ctg gat gaa acg gcc aca ctg gtc ttc ttt gtt cta acg ggg tat aaa 1633
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Phe Arg Pro Ala Ser Asp Asn Pro Tyr Leu Gln Leu Ser Gln Glu Glu
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gaa gac ttg gaa atg gag tcc gtt gtg aca aca tct ggg gtg atg gaa 1729
Glu Asp Leu Glu Met Glu Ser Val Val Thr Thr Ser Gly Val Met Glu
565 570 575
agt atg aag aaa gtc aag aag gtg acc aac ggc tcc gtg gag ccc cag 1777
Ser Met Lys Lys Val Lys Lys Val Thr Asn Gly Ser Val Glu Pro Gln
580 585 590
ggc gag tgg gaa ggc gcc gtg tga cagagccgac cctgaggatg gcactgtcca 1831
Gly Glu Trp Glu Gly Ala Val
595
aggaaactgt taacttattc atagtcctat tggacagcag gagcagctcc tacagtgaac 1891
tattggcacc accgacagtg acaccagggc acatggctgg agcacagtgc cgcggaaacc 1951
tgattttgta ctctctttta tggaaacgat ctgtggctgt ttagaggcag ctggatcctc 2011
tttcaggcgg gaatgggagg gcgggcacag ggaggaggag aggaagagaa aaggaagaat 2071
tcatttttaa tttaggtttc tttttttctt cttcatttcg gagctctaag gtgtatgcag 2131
ttgtgacccc atgtgtgggg aagtgtagca aggacggctg gtggaggggg aaggagggtg 2191
cgaggtgtct gtctgatgct ttaggaaatg tctactgagg accctgggac ttaagaagaa 2251
gggcggggag agtgccattg cctgtttggg agacaaaaat gaacgaaaac aggtgacttt 2311
ggaaagcaaa gtcaaaaccc agtttaggat gtagcacctg ccccaggatt cctgccctcg 2371
gctttgcccc agacccttat tccagatgct gagagtgacc aggacagcag ctcctgaggc 2431
ccagtggtct tctttccaac aggaaaagaa ggctgtgatg tcgctgtcag gatcatgccc 2491
tgtggcacag cacaggtggt gggaggtggt tttctgactg agatgttgcc tgatggatgg 2551
aaagaaatgt atttttaagt tcaaaaagca ttatcctgtg gcgttgcctg gacatccact 2611
ccctgacagc ccagagcagc actgtctggc ttcccttcat gcttgtggct ttgttgtgtt 2671
tgatcagaat tttgggggaa atggaaagtt ttcctcaagg agcagctggg ggcagaatag 2731
gtagtattta agcaaatact taagtccaag caaatcatcc ccattaaaaa gcttttcctg 2791
taggctagta ggatttctaa atagatgaat tcaacagact tggtccccat agtccaagag 2851
tatgtatgtg aagaaagtga gcatgattca acagtttcac tctcagggat tttaggatgg 2911
caaaatactt cacagaaact caatgattaa gttcccttcc acacttccag agcttgaatg 2971
aacacaggta gccacctaaa ttgagcagta ttgcaactca gagagaaaat catctgaata 3031
gtaggacaag ctcagaaggt acattgtgac tgagggctta aaaggagacc aaaacatggc 3091
cccatcaggg aagcttcttaa tgcttgggg ggccagctag gtagggttgc ttccaaaagc 3151
tggagcccac ccctgcctag gggttgtcag agagccacac ctgcagggga acaggtacct 3211
ccgagggtga gagtcgtggt ctctgggagt tgttttctca cctctggctt agaagggtca 3271
ggcagaaacc acaggatgtg gggtcacact cactgtccca agtttgggaa cctgaaaaag 3331
tctccattca gaacatggtt gttctccctg tcccatgcta tcttatcttc ctaaatgact 3391
aatgaggaag cgggtgttct ttttctgcac tttgattcgc catctgggtt ctgtagggtg 3451
ctctgaaggt gtgatctgcc ttctggctga tgtggaggaa gagcaagcgc cttcccaggc 3511
cacagctgct cacctctcgg cagatatttt aggcaagcat ccgtgtgtct tcccatcttc 3571
aggagaaagg taaatgcacc ctaagtgttc acttctggac ctttttcaag ttcacttggg 3631
actgtgtgac agaagggagt tggagggagg atgggaatat ttttaacact ttgttttcct 3691
gtgcagaaac ataataccag ttttcgcaga aatgtgtctc aatctgtgac taccaaagcc 3751
ctcctcagtc cttccctcag agggacacat ttgctgtttc tcccgcaagc agatgttgtg 3811
gatgaggcga tagactcctt ggcaagaacg aaaggtgtga tgaaacctcc ctgctcggaa 3871
gggtctccgt ggaggtgtcc tcatttcaca tgctgggttt tgcaagcgag gaagccaggc 3931
agtggaggaa ctagagagag gcaggcgtgt gtgtggacaa gcgctggagc cgcagccctc 3991
agactggcac gggaacgcca gcgttgggtg ttcagattcc acgcgtatgt ctgggctcac 4051
tcacagcatg gccgagtgtc tgcagtgctg gtcctgaccc ttccagagca gcagtggaca 4111
gatgagataa gactgtttca gaaacaaaga tggccacagc cttcctaaca agcaggtcat 4171
ctggccatgt ctgtattgta actggtaaaa ggcttcaagt cagattgatg atcaagaaaa 4231
gtcaaaaccc cagcccaaga ttgggaaagc aggtggtggt tccaagcttt taaaaaatta 4291
ttgaagctct ccatcctgtt ctgtgagtgt gtcttctctt tctccttcac gtcatagccg 4351
tgacccaccg ttcatctctg ctcttgcgta aagatgaccg atggagtcca aagccaagtg 4411
gcttcaccag ctgacaagcc accctcctgc agcctgagtt tcacagtcca ctgggttcgt 4471
tgtcatgcgg tgtttgaatg gttaagccct tgcagtattt cagatcgggc aaaaaatatc 4531
ggatgcacat agcagaacca ttggtggtat ttatagcttt gctttgtact cctcactgtt 4591
tctgcctacg caaaatatcc atgtttcctc tgagaaatct gttgtggact gaaagcgctg 4651
ctggctgtga aatttaataa agtgtgtatg ctttgctaga aaattatttc ttggacaata 4711
ggaacagtca ttgatctgta aatcctggct cttaacagtg agtggccaag gacttgatca 4771
gcccatttct tggtccctca gtgctttaaa atttaagtag cactgcattt tgtaatgttg 4831
aatatgactc tagtgacttg taggaggcac ttgtgaggag atgcttgctt cagtgtaaaa 4891
gatgctcatg gcctgagtca gttgagtttt ctttcaagaa accacttcag agtgaaatat 4951
ccagggtttc cccgccctgg acatgtccag cctgcccagg cagcacacag ccctgtaagt 5011
ccacctcgtg tgggtgagat ttcctcctgc gtgatgacct catcgccatc tctgctgtct 5071
cattccacag cctccctccc tcttctctcc tcctctgccc tcgcccttcc cccttcccca 5131
tcccctcccc ctcctcctct gccctcgccc ttacccctcc cccttcccct tccgctcctc 5191
ctccctcctc cacctctttc tcctcctcct tccctcctcc tccctcctct tcccttctct 5251
gccatctttc tccccgtgcc tattgatccc acataggctc attctgggta caccggctaa 5311
aggctttggt gcattgcagc gttttctccc agcagctgtg tgaaagatgc attttctaag 5371
ctaaggagaa ttttctcaag agtggcatac tcatgccaaa tattattgct ctgggccata 5431
taggctggtc ttcctccaca ctaaaatggg tgtcttgttt tggtacttaa aacagtctac 5491
tccaggcatc cagtccttac agaccaagga agagcatagc gatgcctgtt ggaattgcag 5551
atgcattctg gccttctccc ccgtcctgaa acattttctt tgaggaaggc tcttagaaca 5611
ttagatagtc tgctgaggtt gttggcccag ctccatacac ccagtagaac agtggaacaa 5671
ctcatgcttc atgctgccaa gctgctgtac ttcaaaggaa acagatctag cacactgctg 5731
cacccctgct tccacactcc acacttcacc ccgctgcttt tctctgaccc gcccctggcc 5791
ttgtaagact cacgtaagct aagtccagga tgcctgtggc ctgcggcttg attcttccct 5851
ttaggattca gcaagttaat ggcttcctcg ctatagaagt gagactttga cttgatgcct 5911
cttggtatat caaaaagata ttcatccaga aagtaccaaa tgttctgaaa gacccgctct 5971
tcactccagt tttccctagg gtgtttctgg cagggcgttt ttaaaaggca tctacctgag 6031
ttgacgctaa tacttgtcac cacctggaac gtagttatcg gtcggcaggc tgaacatact 6091
ccagattccc cagaggccac ttctgtagcc cagcgatgca tctgagcctc tctgcgtggt 6151
ttatgcttga aaaatagata atgcttttag atggttcact gccaggccat gggccccaca 6211
catctcaggc cctgtgtgag ggagcacact gagatggtgc aggagtgaat gggcatggct 6271
tggcctcgct acctcgggga cctgttggag ttctggcagc agggtgtctg caggtgggac 6331
ggcgttctgg gcagagtcag aatggtcaga atgaaacaga acagccaact cacccacagg 6391
acagcttatt ttgaggcaag gttttggatt ttggaggaag cagccagatg aggcggtgag 6451
cctccagaag gtcagccttt ggagcacgta agatactgtt acagggtcca gaaatcgtgt 6511
tcacatgggg gctttgactc ttcaaacagc ttttgcagat cgtaaattgc atttgcctag 6571
tcgtgtgacc tcaaaagaag tcagacatat ttaatccaga aatagtttcg tttgagggag 6631
ggcttgcagg tctgtaaata gcatttgctt tcctggttag agattgggat gcagaaggag 6691
ttttcagtat tttttttaaa acactaatga tcattgaaga gtatttatgt aaacatacaa 6751
cgtataatgg gtgggggatc cgatcatggt gatgtacggg gtgaattctc ttgccgtgtt 6811
gcaaatgtgt aaaataaaga ttatctggc 6840
<210>6
<211>599
<212>PRT
<213>人(Homo sapiens)
<400>6
Ala Ala Leu Ala Pro Val Gly Ser Pro Ala Ser Arg Gly Pro Arg Leu
1 5 10 15
Ala Ala Gly Leu Arg Leu Leu Pro Met Leu Gly Leu Leu Gln Leu Leu
20 25 30
Ala Glu Pro Gly Leu Gly Arg Val His His Leu Ala Leu Lys Asp Asp
35 40 45
Val Arg His Lys Val His Leu Asn Thr Phe Gly Phe Phe Lys Asp Gly
50 55 60
Tyr Met Val Val Asn Val Ser Ser Leu Ser Leu Asn Glu Pro Glu Asp
65 70 75 80
Lys Asp Val Thr Ile Gly Phe Ser Leu Asp Arg Thr Lys Asn Asp Gly
85 90 95
Phe Ser Ser Tyr Leu Asp Glu Asp Val Asn Tyr Cys Ile Leu Lys Lys
100 105 110
Gln Ser Val Ser Val Thr Leu Leu Ile Leu Asp Ile Ser Arg Ser Glu
115 120 125
Val Arg Val Lys Ser Pro Pro Glu Ala Gly Thr Gln Leu Pro Lys Ile
130 135 140
Ile Phe Ser Arg Asp Glu Lys Val Leu Gly Gln Ser Gln Glu Pro Asn
145 150 155 160
Val Asn Pro Ala Ser Ala Gly Asn Gln Thr Gln Lys Thr Gln Asp Gly
165 170 175
Gly Lys Ser Lys Arg Ser Thr Val Asp Ser Lys Ala Met Gly Glu Lys
180 185 190
Ser Phe Ser Val His Asn Asn Gly Gly Ala Val Ser Phe Gln Phe Phe
195 200 205
Phe Asn Ile Ser Thr Asp Asp Gln Glu Gly Leu Tyr Ser Leu Tyr Phe
210 215 220
His Lys Cys Leu Gly Lys Glu Leu Pro Ser Asp Lys Phe Thr Phe Ser
225 230 235 240
Leu Asp Ile Glu Ile Thr Glu Lys Asn Pro Asp Ser Tyr Leu Ser Ala
245 250 255
Gly Glu Ile Pro Leu Pro Lys Leu Tyr Ile Ser Met Ala Phe Phe Phe
260 265 270
Phe Leu Ser Gly Thr Ile Trp Ile His Ile Leu Arg Lys Arg Arg Asn
275 280 285
Asp Val Phe Lys Ile His Trp Leu Met Ala Ala Leu Pro Phe Thr Lys
290 295 300
Ser Leu Ser Leu Val Phe His Ala Ile Asp Tyr His Tyr Ile Ser Ser
305 310 315 320
Gln Gly Phe Pro Ile Glu Gly Trp Ala Val Val Tyr Tyr Ile Thr His
325 330 335
Leu Leu Lys Gly Ala Leu Leu Phe Ile Thr Ile Ala Leu Ile Gly Thr
340 345 350
Gly Trp Ala Phe Ile Lys His Ile Leu Ser Asp Lys Asp Lys Lys Ile
355 360 365
Phe Met Ile Val Ile Pro Leu Gln Val Leu Ala Asn Val Ala Tyr Ile
370 375 380
Ile Ile Glu Ser Thr Glu Glu Gly Thr Thr Glu Tyr Gly Leu Trp Lys
385 390 395 400
Asp Ser Leu Phe Leu Val Asp Leu Leu Cys Cys Gly Ala Ile Leu Phe
405 410 415
Pro Val Val Trp Ser Ile Arg His Leu Gln Glu Ala Ser Ala Thr Asp
420 425 430
Gly Lys Gly Asp Ser Met Gly Pro Leu Gln Gln Arg Ala Asn Leu Arg
435 440 445
Ala Gly Ser Arg Ile Glu Ser Arg His Phe Ala Arg Ala Asp Leu Glu
450 455 460
Leu Leu Ala Ser Ser Cys Pro Pro Ala Ser Val Ser Gln Arg Ala Gly
465 470 475 480
Ile Thr Ala Ala Ile Asn Leu Ala Lys Leu Lys Leu Phe Arg His Tyr
485 490 495
Tyr Val Leu Ile Val Cys Tyr Ile Tyr Phe Thr Arg Ile Ile Ala Phe
500 505 510
Leu Leu Lys Leu Ala Val Pro Phe Gln Trp Lys Trp Leu Tyr Gln Leu
515 520 525
Leu Asp Glu Thr Ala Thr Leu Val Phe Phe Val Leu Thr Gly Tyr Lys
530 535 540
Phe Arg Pro Ala Ser Asp Asn Pro Tyr Leu Gln Leu Ser Gln Glu Glu
545 550 555 560
Glu Asp Leu Glu Met Glu Ser Val Val Thr Thr Ser Gly Val Met Glu
565 570 575
Ser Met Lys Lys Val Lys Lys Val Thr Asn Gly Ser Val Glu Pro Gln
580 585 590
Gly Glu Trp Glu Gly Ala Val
595
<210>7
<211>23
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>RT-PCR的人工合成引物序列
<400>7
agaaggagac caaggacctg tat 23
<210>
<211>24
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>RT-PCR的人工合成引物序列
<400>8
agaactttat tgtcagggtc aagg 24
<210>9
<211>21
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>RT-PCR的人工合成引物序列
<400>9
ctgaaggcgg ctaacacaga c 21
<210>10
<211>22
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>RT-PCR的人工合成引物序列
<400>10
tacacgattg tcctcaccct tc 22
<210>11
<211>23
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>RT-PCR的人工合成引物序列
<400>11
catccacgaa actaccttca act 23
<210>12
<211>23
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>RT-PCR的人工合成引物序列
<400>12
tctccttaga gagaagtggg gtg 23
<210>13
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>13
caccgacatc aatgacaaca cacttcaaga gagtgtgttg tcattgatgt c 51
<210>14
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>14
aaaagacatc aatgacaaca cactctcttg aagtgtgttg teattgatgt c 51
<210>15
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>15
caccggagac aggctggttg ttgttcaaga gacaacaacc agcctgtctc c 51
<210>16
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>16
aaaaggagac aggctggttg ttgtctcttg aacaacaacc agcctgtctc c 51
<210>17
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>17
caccgtggct ctaccagctc ctgt tcaaga gacaggagct ggtagagcca c 51
<210>18
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>18
aaaagtggct ctaccagctc ctgtctcttg aacaggagct ggtagagcca c 51
<210>19
<211>47
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA发夹序列设计
<400>19
gacatcaatg acaacacact tcaagagagt gtgttgtcat tgatgtc 47
<210>20
<211>47
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA发夹序列设计
<400>20
ggagacaggc tggttgttgt tcaagagaca acaaccagcc tgtctcc 47
<210>21
<211>47
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA发夹序列设计
<400>21
gtggctctac cagctcctgt tcaagagaca ggagctggta gagccac 47
<210>22
<211>19
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成靶序列
<400>22
gacatcaatg acaacacac 19
<210>23
<211>19
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成靶序列
<400>23
ggagacaggc tggttgttg 19
<210>24
<211>19
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成靶序列
<400>24
gtggctctac cagctcctg 19
<210>25
<211>19
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成靶序列
<400>25
gaagcagcac gacttcttc 19
<210>26
<211>4863
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA表达载体的人工构建的质粒序列
<400>26
gacggatcgg gagatctccc gatcccctat ggtgcactct cagtacaatc tgctctggat 60
ccactagtaa cggccgccag tgtgctggaa ttcggcttgg ggatcagcgt ttgagtaaga 120
gcccgcgtct gaaccctccg cgccgccccg gccccagtgg aaagacgcgc aggcaaaacg 180
caccacgtga cggagcgtga ccgcgcgccg agcgcgcgcc aaggtcgggc aggaagaggg 240
cctatttccc atgattcctt catatttgca tatacgatac aaggctgtta gagagataat 300
tagaattaat ttgactgtaa acacaaagat attagtacaa aatacgtgac gtagaaagta 360
ataatttctt gggtagtttg cagttttaaa attatgtttt aaaatggact atcatatgct 420
taccgtaact tgaaagtatt tcgatttctt ggctttatat atcttgtgga aaggacgaaa 480
caccttttta catcaggttg tttttctgtt tggttttttt tttacaccac gtttatacgc 540
cggtgcacgg tttaccactg aaaacacctt tcatctacag gtgatatctt ttaacacaaa 600
taaaatgtag tagtcctagg agacggaata gaaggaggtg gggcctaaag ccgaattctg 660
cagatatcca tcacactggc ggccgctcga gtgaggcgga aagaaccagc tggggctcta 720
gggggtatcc ccacgcgccc tgtagcggcg cattaagcgc ggcgggtgtg gtggttacgc 780
gcagcgtgac cgctacactt gccagcgccc tagcgcccgc tcctttcgct ttcttccctt 840
cctttctcgc cacgttcgcc ggctttcccc gtcaagctct aaatcggggg ctccctttag 900
ggttccgatt tagtgcttta cggcacctcg accccaaaaa acttgattag ggtgatggtt 960
cacgtagtgg gccatcgccc tgatagacgg tttttcgccc tttgacgttg gagtccacgt 1020
tctttaatag tggactcttg ttccaaactg gaacaacact caaccctatc tcggtctatt 1080
cttttgattt ataagggatt ttgccgattt cggcctattg gttaaaaaat gagctgattt 1140
aacaaaaatt taacgcgaat taattctgtg gaatgtgtgt cagttagggt gtggaaagtc 1200
cccaggctcc ccagcaggca gaagtatgca aagcatgcat ctcaattagt cagcaaccag 1260
gtgtggaaag tccccaggct ccccagcagg cagaagtatg caaagcatgc atctcaatta 1320
gtcagcaacc atagtcccgc ccctaactcc gcccatcccg cccctaactc cgcccagttc 1380
cgcccattct ccgccccatg gctgactaat tttttttatt tatgcagagg ccgaggccgc 1440
ctctgcctct gagctattcc agaagtagtg aggaggcttt tttggaggcc taggcttttg 1500
caaaaagctc ccgggagctt gtatatccat tttcggatct gatcaagaga caggatgagg 1560
atcgtttcgc atgattgaac aagatggatt gcacgcaggt tctccggccg cttgggtgga 1620
gaggctattc ggctatgact gggcacaaca gacaatcggc tgctctgatg ccgccgtgtt 1680
ccggctgtca gcgcaggggc gcccggttct ttttgtcaag accgacctgt ccggtgccct 1740
gaatgaactg caggacgagg cagcgcggct atcgtggctg gccacgacgg gcgttccttg 1800
cgcagctgtg ctcgacgttg tcactgaagc gggaagggac tggctgctat tgggcgaagt 1860
gccggggcag gatctcctgt catctcacct tgctcctgcc gagaaagtat ccatcatggc 1920
tgatgcaatg cggcggctgc atacgcttga tccggctacc tgcccattcg accaccaagc 1980
gaaacatcgc atcgagcgag cacgtactcg gatggaagcc ggtcttgtcg atcaggatga 2040
tctggacgaa gagcatcagg ggctcgcgcc agccgaactg ttcgccaggc tcaaggcgcg 2100
catgcccgac ggcgaggatc tcgtcgtgac ccatggcgat gcctgcttgc cgaatatcat 2160
ggtggaaaat ggccgctttt ctggattcat cgactgtggc cggctgggtg tggcggaccg 2220
ctatcaggac atagcgttgg ctacccgtga tattgctgaa gagcttggcg gcgaatgggc 2280
tgaccgcttc ctcgtgcttt acggtatcgc cgctcccgat tcgcagcgca tcgccttcta 2340
tcgccttctt gacgagttct tctgagcggg actctggggt tcgaaatgac cgaccaagcg 2400
acgcccaacc tgccatcacg agatttcgat tccaccgccg ccttctatga aaggttgggc 2460
ttcggaatcg ttttccggga cgccggctgg atgatcctcc agcgcgggga tctcatgctg 2520
gagttcttcg cccaccccaa cttgtttatt gcagcttata atggttacaa ataaagcaat 2580
agcatcacaa atttcacaaa taaagcattt ttttcactgc attctagttg tggtttgtcc 2640
aaactcatca atgtatctta tcatgtctgt ataccgtcga cctctagcta gagcttggcg 2700
taatcatggt catagctgtt tcctgtgtga aattgttatc cgctcacaat tccacacaac 2760
atacgagccg gaagcataaa gtgtaaagcc tggggtgcct aatgagtgag ctaactcaca 2820
ttaattgcgt tgcgctcact gcccgctttc cagtcgggaa acctgtcgtg ccagctgcat 2880
taatgaatcg gccaacgcgc ggggagaggc ggtttgcgta ttgggcgctc ttccgcttcc 2940
tcgctcactg actcgctgcg ctcggtcgtt cggctgcggc gagcggtatc agctcactca 3000
aaggcggtaa tacggttatc cacagaatca ggggataacg caggaaagaa catgtgagca 3060
aaaggccagc aaaaggccag gaaccgtaaa aaggccgcgt tgctggcgtt tttccatagg 3120
ctccgccccc ctgacgagca tcacaaaaat cgacgctcaa gtcagaggtg gcgaaacccg 3180
acaggactat aaagatacca ggcgtttccc cctggaagct ccctcgtgcg ctctcctgtt 3240
ccgaccctgc cgcttaccgg atacctgtcc gcctttctcc cttcgggaag cgtggcgctt 3300
tctcatagct cacgctgtag gtatctcagt tcggtgtagg tcgttcgctc caagctgggc 3360
tgtgtgcacg aaccccccgt tcagcccgac cgctgcgcct tatccggtaa ctatcgtctt 3420
gagtccaacc cggtaagaca cgacttatcg ccactggcag cagccactgg taacaggatt 3480
agcagagcga ggtatgtagg cggtgctaca gagttcttga agtggtggcc taactacggc 3540
tacactagaa gaacagtatt tggtatctgc gctctgctga agccagttac cttcggaaaa 3600
agagttggta gctcttgatc cggcaaacaa accaccgctg gtagcggttt ttttgtttgc 3660
aagcagcaga ttacgcgcag aaaaaaagga tctcaagaag atcctttgat cttttctacg 3720
gggtctgacg ctcagtggaa cgaaaactca cgttaaggga ttttggtcat gagattatca 3780
aaaaggatct tcacctagat ccttttaaat taaaaatgaa gttttaaatc aatctaaagt 3840
atatatgagt aaacttggtc tgacagttac caatgcttaa tcagtgaggc acctatctca 3900
gcgatctgtc tatttcgttc atccatagtt gcctgactcc ccgtcgtgta gataactacg 3960
atacgggagg gcttaccatc tggccccagt gctgcaatga taccgcgaga cccacgctca 4020
ccggctccag atttatcagc aataaaccag ccagccggaa gggccgagcg cagaagtggt 4080
cctgcaactt tatccgcctc catccagtct attaattgtt gccgggaagc tagagtaagt 4140
agttcgccag ttaatagttt gcgcaacgtt gttgccattg ctacaggcat cgtggtgtca 4200
cgctcgtcgt ttggtatggc ttcattcagc tccggttccc aacgatcaag gcgagttaca 4260
tgatccccca tgttgtgcaa aaaagcggtt agctccttcg gtcctccgat cgttgtcaga 4320
agtaagttgg ccgcagtgtt atcactcatg gttatggcag cactgcataa ttctcttact 4380
gtcatgccat ccgtaagatg cttttctgtg actggtgagt actcaaccaa gtcattctga 4440
gaatagtgta tgcggcgacc gagttgctct tgcccggcgt caatacggga taataccgcg 4500
ccacatagca gaactttaaa agtgctcatc attggaaaac gttcttcggg gcgaaaactc 4560
tcaaggatct taccgctgtt gagatccagt tcgatgtaac ccactcgtgc acccaactga 4620
tcttcagcat cttttacttt caccagcgtt tctgggtgag caaaaacagg aaggcaaaat 4680
gccgcaaaaa agggaataag ggcgacacgg aaatgttgaa tactcatact cttccttttt 4740
caatattatt gaagcattta tcagggttat tgtctcatga gcggatacat atttgaatgt 4800
atttagaaaa ataaacaaat aggggttccg cgcacatttc cccgaaaagt gccacctgac 4860
gtc 4863
<210>27
<211>20
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>人工合成的引物序列
<400>27
ggggatcagc gtttgagtaa 20
<210>28
<211>20
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>人工合成的引物序列
<400>28
taggccccac ctccttctat 20
<210>29
<211>30
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>人工合成的引物序列
<400>29
tgcggatcca gagcagat tgtactgagagt 30
<210>30
<211>29
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>人工合成的引物序列
<400>30
ctctatctcg agtgaggcgg aaagaacca 29
<210>31
<211>40
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>人工合成的引物序列
<400>31
tttaagcttg aagactattt ttacatcagg ttgtttttct 40
<210>32
<211>37
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>人工合成的引物序列
<400>32
tttaagcttg aagacacggt gtttcgtcct ttccaca 37
<210>33
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>33
caccgaagca gcacgacttc ttcttcaaga gagaagaagt cgtgctgctt c 51
<210>34
<211>51
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成序列
<400>34
aaaagaagca gcacgacttc ttctctcttg aagaagaagt cgtgctgctt c 51
<210>35
<211>9
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>siRNA的人工合成间隔区序列
<400>35
ttcaagaga 9
Claims (23)
1.在受试者中治疗或预防胰腺癌的方法,包括对所述受试者施用组合物,该组合物包含抑制PCDH1,CDH3或GPR107表达的小干扰RNA(siRNA)。
2.权利要求1的方法,其中所述siRNA包括有义核酸序列和反义核酸序列,其特异地同来自PCDH1,CDH3或GPR107的序列杂交。
3.权利要求1的方法,其中所述胰腺癌是胰管腺癌(PDACa)。
4.权利要求2的方法,其中所述siRNA包含与选自SEQ ID NOs:22,23和24的序列相对应的核糖核苷酸序列作为靶序列。
5.权利要求4的方法,其中所述siRNA具有通式5’-[A]-[B]-[A’]-3’,其中[A]是与选自SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸的序列相对应的核糖核苷酸序列,[B]是由3-23个核苷酸组成的核糖核苷酸环序列,[A’]是由[A]的互补序列组成的核糖核苷酸序列。
6.权利要求1的方法,其中所述组合物包括转染促进剂。
7.双链分子,包括有义链和反义链,其中所述有义链包含与选自SEQ IDNOs:22,23和24的靶序列相对应的核糖核苷酸序列,且其中所述反义链包含与所述有义链互补的核糖核苷酸序列,其中所述有义链与所述反义链相互杂交以形成所述双链分子,且其中所述双链分子当被导入表达PCDH1,CDH3或GPR107基因的细胞时,抑制所述基因的表达。
8.权利要求7的双链分子,其中所述靶序列包含来自选自SEQ ID Nos:1,3和5的核苷酸序列的至少约10个毗连的核苷酸。
9.权利要求8的双链分子,其中所述靶序列包含来自选自SEQ ID Nos:1,3和5的核苷酸序列的约19个到约25个毗连的核苷酸。
10.权利要求9的双链分子,其中所述双链分子是单个核糖核苷酸转录本,其包括通过单链核糖核苷酸序列连接的所述有义链和反义链。
11.权利要求8的双链分子,其中所述双链分子是长度小于约100个核苷酸的寡核苷酸。
12.权利要求11的双链分子,其中所述双链分子是长度小于约75个核苷酸的寡核苷酸。
13.权利要求12的双链分子,其中所述双链分子是长度小于约50个核苷酸的寡核苷酸。
14.权利要求13的双链分子,其中所述双链分子是长度小于约25个核苷酸的寡核苷酸。
15.权利要求14的双链多核苷酸,其中所述双链分子是长度为约19到约25个核苷酸的寡核苷酸。
16.编码权利要求8的双链分子的载体。
17.权利要求16的载体,其中所述载体编码具有二级结构的转录本,且包含所述有义链和反义链。
18.权利要求17的载体,其中所述转录本还包含连接所述有义链和反义链的单链核糖核苷酸序列。
19.载体,其包含多核苷酸,该多核苷酸包含有义链核酸和反义链核酸的组合,其中所述有义链核酸包含SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸序列,而所述反义链核酸由与该有义链互补的序列组成。
20.权利要求19的载体,其中所述多核苷酸有通式5’-[A]-[B]-[A’]-3’,其中[A]是SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸序列,[B]是由3-23个核苷酸组成的核苷酸序列,[A’]是同[A]互补的核苷酸序列。
21.用于治疗或预防胰腺癌的药物组合物,包括作为活性成分的药学有效量的小干扰RNA(siRNA)和可药用的载体,其中siRNA抑制PCDH1,CDH3或GPR107的表达。
22.权利要求21的药物组合物,其中所述siRNA包含选自SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸序列作为靶序列。
23.权利要求22的组合物,其中所述siRNA有通式5’-[A]-[B]-[A’]-3’,其中[A]是同SEQ ID NOs:22,23和24的核苷酸序列相对应的核糖核苷酸序列,[B]是由3-23个核苷酸组成的核糖核苷酸序列,[A’]是同[A]互补的核糖核苷酸序列。
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