CN1375006A

CN1375006A - 新型化合物

Info

Publication number: CN1375006A
Application number: CN00805181A
Authority: CN
Inventors: J·L·吕勒
Original assignee: SmithKline Beecham Biologicals SA
Current assignee: GlaxoSmithKline Biologicals SA
Priority date: 1999-01-22
Filing date: 2000-01-19
Publication date: 2002-10-16
Also published as: WO2000043519A3; AU2109700A; WO2000043519A2; US20100203057A1; JP2004537956A; HK1042725A1; CA2360667A1; US7662399B2; EP1149164A2; US20040265330A1; US6797274B1

Abstract

本发明提供BASB047、BASB054、BASB068和BASB069多肽,编码BASB047、BASB054、BASB068和BASB069多肽的多核苷酸以及通过重组技术产生这样的多肽的方法。还提供诊断、预防和治疗用途。

Description

新型化合物

发明领域

本发明涉及多核苷酸(本文称为“BASB047多核苷酸”、“BASB054多核苷酸”、“BASB068多核苷酸”和“BASB069多核苷酸”)、由它们编码的多肽(本文分别称为“BASB047”、“BASB054”、“BASB068”和“BASB069”或分别称为“BASB047多肽”、“BASB054多肽”、“BASB068多肽”和“BASB069多肽”)、用于产生它们的重组材料和方法。另一方面，本发明涉及这样的多肽和多核苷酸的使用方法，包括针对细菌感染的疫苗。又一方面，本发明涉及检测某些病原体感染的诊断测定。

发明背景

脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)(脑膜炎球菌)是可从人类上呼吸道分离出来的格兰氏阴性菌。它偶尔导致侵入性细菌疾病，如菌血症和脑膜炎。脑膜炎球菌疾病的发生呈现地理季节性差异和年度差异(Schwartz，B.，Moore，P.S.，Broome，C.V.；Clin.Microbiol.Rev.2(增刊)，S18-S24，1989)。温带国家大多数疾病是由B型血清群菌株引起，发生率1-10/100,000/年总人口，有时更高(Kaczmarski，E.B.(1997)，Commun.Dis.Rep.Rev.7：R55-9，1995；Scholten，R.J.P.M.，Bijlmer，H.A.，Poolman，J.T.等人，Clin.Infect.Dis.16：237-246，1993；Cruz，C.，Pavez，G.，Aguilar，E.等人，Epidemiol.Infect.105：119-126，1990)。

中非主要流行A型血清群脑膜炎球菌感染，有时达到1000/100,000/年的水平(Schwartz，B.，Moore，P.S.，Broome，C.V.Clin.Microbiol.Rev.2(增刊)，S18-S24，1989)。整体来看，几乎所有脑膜炎球菌疾病的病例都是由A型、B型、C型、W-135型和Y型血清群脑膜炎球菌引起，并且可获得四价A、C、W-135、Y多糖疫苗(Armand，J.，Arminjon，F.，Maynard，M.C.，Lafaix，C.，J.Biol.Stand.10：335-339，1982)。

目前通过将所述多糖疫苗化学缀合到载体蛋白而进行改进(Lieberman，J.M.，Chiu，S.S.，Wong，V.K.等人，JAMA 275：1499-1503，1996)。

还没有B型血清群疫苗可用，因为发现B型荚膜多糖是没有免疫原性的，很可能是因为它与宿主成分具有结构相似性(Wyle，F.A.，Artenstein，M.S.，Brandt，M.L.等人，J.Infect.Dis.126：514-522，1972；Finne，J.M.，Leinonen，M.，Makela，P.M.Lancet Ii.：355-357，1983)。

许多年来已经开始并进行发展基于脑膜炎球菌外膜的疫苗(deMoraes，J.C.，Perkins，B.，Carnargo，M.C.等人Lancet 340：1074-1078，1992；Bjune，G.，Hoiby，E.A.Gronnesby，J.K.等人338：1093-1096，1991)。这样的疫苗已经证实在较大的儿童(＞4岁)和青少年中具有57％-85％的有效率。

在这些疫苗中存在许多细菌外膜成分，如PorA、PorB、Rmp、Opc、Opa、FrpB，这些成分对所观察到的保护的作用仍需要进一步的确定。使用动物抗体或人类抗体已经确定其它细菌外膜成分可能与诱导保护性免疫有关，如TbpB和NspA(Martin，D.，Cadieux，N.，Hamel，J.，Brodeux，B.R.，J.Exp.Med.185：1173-1183，1997；Lissolo，L.，Maitre-Wilmotte，C.，Dumas，p.等人，Inf.Immun.63：884-890，1995)。保护性免疫的机制将涉及抗体介导的杀菌活性和调理素性吞噬作用(opsonophagocytosis)。

已经使用一个菌血症模型来组合所有抗体介导的机制(Saukkonen，K.，Leinonen，M.，Abdillahi，H.Poolman，J.T.Vaccine 7：325-328，1989)。一般认为晚期补体成分介导的杀菌机制对于对抗脑膜炎球菌疾病的免疫是关键性的(Ross，S.C.，Rosenthal P.J.，Berberic，H.M.，Densen，P.J.Infect.Dis.155：1266-1275，1987)。

过去几十年来，脑膜炎奈瑟氏球菌感染的频率急剧上升。这被归因于多抗生素抗性菌株的出现以及免疫系统功能减弱的人口增加。分离到对部分或所有标准抗生素都具有抗性的脑膜炎奈瑟氏球菌不再是不寻常的事。这种现象产生了针对该生物的新型抗微生物剂、疫苗、药物筛选方法和诊断测试的亟待满足的医疗需要和需求。

发明简述

本发明涉及BASB047、BASB054、BASB068和BASB069，尤其是BASB047多肽、BASB054多肽、BASB068多肽和BASB069多肽以及BASB047多核苷酸、BASB054多核苷酸、BASB068多核苷酸和BASB069多核苷酸，以及用于其制备的重组材料和方法。另一方面，本发明涉及使用这样的多肽和多核苷酸的方法，其中包括预防和治疗微生物疾病。再一方面，本发明涉及检测微生物感染有关的疾病和与这样的感染有关的病症的诊断测定，所述测定例如检测BASB047、BASB054、BASB068和BASB069多核苷酸或多肽的表达或活性的测定。

通过阅读下面的描述和通过阅读本公开的其它部分，在所公开的本发明精神和范围内的各种变化和改进对于本领域的技术人员而言是非常显而易见的。

发明详述

本发明涉及如下更详细描述的BASB047、BASB054、BASB068和BASB069多肽和多核苷酸。本发明尤其涉及分别具有SEQ ID NO：1、3、5、7和SEQ ID NO：2、4、6、8所示核苷酸序列和氨基酸序列的BASB047、BASB054、BASB068和BASB069。需要指出的是，在下面的序列表中以“DNA”陈述的序列代表本发明一个实施方案的范例，因为一般技术人员知道，这样的序列可以可有效用于一般多核苷酸，包括多核糖核苷酸。多肽

本发明的一个方面提供脑膜炎奈瑟氏球菌的多肽，在本文中称为“BASB047”、“BASB054”、“BASB068”和“BASB069”以及“BASB047多肽”、“BASB054多肽”、“BASB068多肽”和“BASB069多肽”以及它们在生物学上、诊断上、预防上、临床上或治疗上有用的变异体，以及包含它们的组合物。

本发明还提供：

(a)一种分离的多肽，所述多肽包含与SEQ ID NO：2的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的氨基酸序列；

(b)一种由分离的多核苷酸编码的多肽，所述多核苷酸包含在SEQ ID NO：1的全长上与SEQ ID NO：1有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、更优选有至少95％同一性、甚至更优选有至少97-99％同一性或完全相同的核苷酸序列；

(c)一种由包含多核苷酸序列的分离多核苷酸编码的多肽，所述多核苷酸序列编码与SEQ ID NO：2的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的多肽。

SEQ ID NO：2提供的BASB043多肽是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB047多肽。

本发明还提供BASB047多肽的免疫原性片段，即BASB047多肽的连续部分，所述部分具有与包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性活性。这就是说，所述片段(如果必要，当缀和到一种载体上时)能够引起识别BASB047多肽的免疫反应。这样的免疫原性片段可以包括例如缺乏N-末端前导序列和/或跨膜结构域和/或C-末端锚着结构域的BASB047多肽。在一个优选的方面，依照本发明的BASB047的免疫原性片段基本包含多肽的所有细胞外结构域，所述多肽在SEQ ID NO：2的全长上与SEQ ID NO：2的多肽具有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性。

本发明还提供：

(a)一种分离的多肽，所述多肽包含与SEQ ID NO：4的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的氨基酸序列；

(b)一种由分离的多核苷酸编码的多肽，所述分离的多核苷酸包含在SEQ ID NO：3的全长上与SEQ ID NO：3有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、更优选有至少95％同一性、甚至更优选有至少97-99％同一性或完全相同的多核苷酸序列；

(c)一种由包含多核苷酸序列的分离多核苷酸编码的多肽，所述多核苷酸序列编码与SEQ ID NO：4的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的多肽。

SEQ ID NO：4提供的BASB054多肽是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB054多肽。

本发明还提供BASB054多肽的免疫原性片段，即BASB054多肽的连续部分，所述部分具有与包含SEQ ID NO：4的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性活性。这就是说，所述片段(如果必要，当缀和到一种载体上时)能够引起识别所述BASB054多肽的免疫反应。这样的免疫原性片段可以包括例如缺乏N-末端前导序列和/或跨膜结构域和/或C-末端锚着结构域的BASB054多肽。在一个优选的方面，依照本发明的BASB054的免疫原性片段基本包含多肽的所有细胞外结构域，所述多肽在SEQ ID NO：4的全长上与SEQ ID NO：4的多肽具有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性。

本发明还提供：

(a)一种分离的多肽，所述多肽包含与SEQ ID NO：6的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的氨基酸序列；

(b)一种由分离的多核苷酸编码的多肽，所述多核苷酸包含在SEQ ID NO：5的全长上与SEQ ID NO：5有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、更优选有至少95％同一性、甚至更优选有至少97-99％同一性或完全相同的核苷酸序列；

(c)一种由包含多核苷酸序列的分离多核苷酸编码的多肽，所述多核苷酸序列编码与SEQ ID NO：6的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的多肽。

SEQ ID NO：6提供的BASB068多肽是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB068多肽。

本发明还提供BASB068多肽的免疫原性片段，即BASB068多肽的连续部分，所述部分具有与包含SEQ ID NO：6的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性活性。这就是说，所述片段(如果必要，当缀和到一种载体上时)能够引起识别所述BASB068多肽的免疫反应。这样的免疫原性片段可以包括例如缺乏N-末端前导序列和/或跨膜结构域和/或C-末端锚着结构域的BASB068多肽。在一个优选的方面，依照本发明的BASB068的免疫原性片段基本包含多肽的所有细胞外结构域，所述多肽在SEQ ID NO：6的全长上与SEQ ID NO：6的多肽具有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性。

本发明还提供：

(a)一种分离的多肽，所述多肽包含与SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的氨基酸序列；

(b)一种由分离的多核苷酸编码的多肽，所述分离的多核苷酸包含在SEQ ID NO：7的全长上与SEQ ID NO：7有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、更优选有至少95％同一性、甚至更优选有至少97-99％同一性或完全相同的多核苷酸序列；

(c)一种由包含多核苷酸序列的分离多核苷酸编码的多肽，所述多核苷酸序列编码与SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性或完全相同的多肽。

SEQ ID NO：8提供的BASB069多肽是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB069多肽。

本发明还提供BASB069多肽的免疫原性片段，即BASB069多肽的连续部分，所述部分具有与包含SEQ ID NO：8的氨基酸序列的多肽相同或基本相同的免疫原性活性。这就是说，所述片段(如果必要，当缀和到一种载体上时)能够引起识别所述BASB069多肽的免疫反应。这样的免疫原性片段可以包括例如缺乏N-末端前导序列和/或跨膜结构域和/或C-末端锚着结构域的BASB069多肽。在一个优选的方面，依照本发明的BASB069的免疫原性片段基本包含多肽的所有细胞外结构域，所述多肽在SEQ ID NO：8的全长上与SEQ ID NO：8的多肽具有至少85％同一性、更优选有至少90％同一性、甚至更优选有至少95％同一性、最优选有至少97-99％同一性。

片段是具有与本发明的任何多肽的部分而非全部氨基酸序列完全相同的氨基酸序列的多肽。与BASB047、BASB054、BASB068和BASB069多肽一样，片段可以是独立的，或者包含于更大的多肽内，在其中它们形成部分或区，最好是在单个更大多肽中的单个连续区。

优选的片段包括例如具有SEQ ID NO：2、4、6、8或它们的变异体的一部分的截短多肽，例如包括氨基末端氨基酸序列和/或羧基末端氨基酸序列的连续系列残基。也优选由宿主细胞中产生或在宿主细胞中产生的本发明多肽的降解形式。还优选结构或功能属性特征片段，例如包含以下区的片段：α-螺旋和α-螺旋形成区、β-折叠和β-折叠形成区、转角和转角形成区、螺旋和螺旋形成区、亲水区、疏水区、α两亲区、β两亲区、柔性区、表面形成区、底物结合区和高抗原性指数区。

其它优选片段包括包含具有SEQ ID NO：2、4、6、8的氨基酸序列的至少15、20、30、40、50或100个连续氨基酸的氨基酸序列的分离多肽，或者包括具有SEQ ID NO：2、4、6、8的氨基酸序列截短或缺失的至少15、20、30、40、50或100个连续氨基酸的氨基酸序列的分离多肽。

可以使用本发明的各多肽片段通过肽合成制备相应全长多肽；因此，这些片段可以用作产生本发明的全长多肽的中间体。

特别优选其中几个即5-10个、1-5个、1-3个、1-2个或1个氨基酸以任何组合取代、缺失或添加的变异体。

本发明多肽或免疫原性片段可以是“成熟”蛋白形式，或者可以是更大的蛋白如前体或融合蛋白的一部分。包括包含以下序列的额外氨基酸序列通常是有利的：分泌序列或前导序列、原序列(pro-sequence)、有助于纯化的序列如多组氨酸残基、或在重组产生过程中有利稳定性的其它序列。此外，也可以考虑添加外源多肽或脂质尾或多核苷酸序列以增加最终分子的免疫原性潜力。

一方面，本发明涉及通过遗传工程制备可溶性融合蛋白，所述融合蛋白包含本发明多肽或其片段，以及不同免疫球蛋白亚族(IgG、IgM、IgA、IgE)重链或轻链的恒定区的不同部分。作为免疫球蛋白，优选的是人类IgG(特别是IgG1)的重链的恒定部分，其中在绞链区融合。在一个特定实施方案中，可以通过加入可用凝血因子Xa切除的切割序列就可除去Fc部分。

此外，本发明涉及通过遗传工程制备这些融合蛋白的方法，以及这些融合蛋白在药物筛选、诊断和治疗中的应用。本发明的再一方面还涉及编码这样的融合蛋白的多核苷酸。在国际专利申请号WO94/29458和WO94/22914中可以找到融合蛋白技术实例。

所述蛋白也可以化学缀合或表达为重组融合蛋白，以使得与未融合的蛋白相比，在表达系统中高水平表达。所述融合配偶体可以协助提供T辅助细胞表位(免疫融合配偶体)，最好是被人类识别的T辅助细胞表位，或者所述配偶体协助以比天然重组蛋白更高产量表达所述蛋白(表达增强物)。最好所述融合配偶体既是免疫融合配偶体，又是表达增强配偶体。

融合配偶体包括B型流感嗜血杆菌(Haemophilus influenza B)的D蛋白以及流感病毒的非结构蛋白NS1(血凝素)。另一种免疫融合配偶体是称为LytA的蛋白。最好使用LYTA分子的C末端部分。LytA产生自肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)，它合成N-乙酰-L-丙氨酸酰胺酶(酰胺酶LytA)(lytA基因编码{Gene，43(1986)第265-272页})即特异性降解肽聚糖主链中某些键的自溶素。LytA蛋白的C末端结构域对胆碱或一些胆碱类似物如DEAE具有亲和性。已经利用该特性开发用于表达融合蛋白的大肠杆菌C-LytA表达质粒。已经描述了纯化在其氨基末端包含C-LytA片段的杂种蛋白{Biotechnology：10，(1992)第795-798页}。可利用存在于LytA分子C末端的起始于残基178的重复部分，例如残基188-305。

本发明还包括上面提到的多肽的变异体，即通过保守氨基酸取代与参比物不同的多肽，其中一个残基由另一个具有相似特性的残基取代。通常这样的取代发生在Ala、Val、Leu和Ile之间；Ser和Thr之间；酸性残基Asp和Glu之间；Asn和Gln之间；碱性残基Lys和Arg之间；或芳香族残基Phe和Tyr之间。

可以以任何合适的方法制备本发明多肽。这样的多肽包括分离的天然多肽、重组产生的多肽、合成产生的多肽或通过这些方法的组合产生的多肽。用于制备这样的多肽的方法是本领域众所周知的。

最优选本发明的多肽从脑膜炎奈瑟氏球菌获得，然而，最好从同一分类属的其它物种获得。本发明的多肽也可以获自例如同一分类科或分类目的生物。多核苷酸

本发明目的之一是提供编码BASB047多肽的多核苷酸，尤其是编码本文中命名为BASB047的多肽的多核苷酸。

在一个本发明尤其优选的实施方案中，所述多核苷酸包含一个编码BASB047多肽的区段或其变异体，该区段包含包括一个完整基因的SEQ ID NO：1所示的序列。

SEQ ID NO：1提供的BASB047多核苷酸是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB047多核苷酸。

本发明的再一方面提供编码和/或表达BASB047多肽和多核苷酸、尤其是脑膜炎奈瑟氏球菌的BASB047多肽和多核苷酸的分离核酸分子，所述分离的核酸分子包括例如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA、cDNA、基因组DNA、B-DNA和Z-DNA。本发明的其它实施方案包括在生物学上、诊断上、预防上、临床上或治疗上有用的多核苷酸和多肽，和它们的变异体，以及包含上述多核苷酸、多肽及其变异体的组合物。

本发明的另一方面涉及编码具有SEQ ID NO：2的推导氨基酸序列的BASB047多肽的分离多核苷酸以及与其密切相关的多核苷酸及其变异体，所述分离的多核苷酸包括至少一个全长基因。

在另一个本发明尤其优选的实施方案中为包含SEQ ID NO：2的氨基酸序列或由SEQ ID NO：2的氨基酸序列组成的脑膜炎奈瑟氏球菌的BASB047多肽或其变异体。

使用本文提供的信息，例如SEQ ID NO：1所示的多核苷酸序列，可以使用标准克隆和筛选方法获得本发明的编码BASB047多肽的多核苷酸，所述克隆和筛选方法例如以下这样的方法：使用脑膜炎奈瑟氏球菌细胞作为起始材料，从细菌中克隆和测序染色体DNA片段，然后获得全长的克隆。例如，为获得本发明的多核苷酸序列，如SEQID NO：1所示的多核苷酸序列，通常用得自某一部分序列的最好17单体或更长的放射性标记寡核苷酸，探测在大肠杆菌或一些其它合适宿主中的脑膜炎奈瑟氏球菌的染色体DNA克隆文库。然后使用严格杂交条件鉴别带有与所述探针相同DNA的克隆。使用根据原始多肽序列或多核苷酸序列设计的测序引物进行杂交而鉴定各个克隆，对克隆进行测序，因此有可能在两个方向延伸所述多核苷酸序列以确定全长的基因序列。例如，比较方便的是使用由质粒克隆制备的变性双链DNA进行这样的测序。合适的方法描述于Maniatis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等人，MOLECULAR CLONING：ALABORATORY MANUAL，第二版；Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring harbor，New York(1989)。(特别参阅杂交筛选1.90和测序变性的双链DNA模板13.70)。也可进行直接基因组DNA测序以获得全长的基因序列。作为本发明的实例，在从脑膜炎奈瑟氏球菌获得的DNA文库中发现了SEQ ID NO：1所示的各多核苷酸。

此外，SEQ ID NO：1所示DNA序列包含一个可读框，该可读框编码具有SEQ ID NO：2所示氨基酸残基大致数目的蛋白质，该蛋白质的推导分子量可以使用本领域技术人员众所周知的氨基酸残基分子量值计算。

在核苷酸1的起始密码子和起始于SEQ ID NO：1的核苷酸1201的终止密码子之间的SEQ ID NO：1多核苷酸编码SEQ ID NO：2的多肽。

另一方面，本发明提供分离的多核苷酸，所述多核苷酸包括以下多核苷酸或由以下多核苷酸组成：

(a)一种在SEQ ID NO：1的全长上与SEQ ID NO：1有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或完全相同的多核苷酸序列；或

(b)编码一种多肽的多核苷酸序列，所述多肽在SEQ ID NO：2的全长上与SEQ ID NO：2的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或100％相同。

编码本发明的多肽的多核苷酸，包括脑膜炎奈瑟氏球菌以外物种的同系物和直向同源物(ortholog)，可以通过包括以下步骤的方法获得：在严格杂交条件下(例如，使用45-65℃范围温度和0.1-1％SDS浓度)，使用包含或由SEQ ID NO：1的序列或其片段组成的标记探针或可检测探针筛选合适文库；然后分离包含所述多核苷酸序列的全长基因和/或基因组克隆。

本发明提供在其全长上与SEQ ID NO：1中的编码序列(可读框)相同的多核苷酸序列。本发明还提供编码成熟多肽或其片段的编码序列本身以及在可读框中还有另一编码序列的编码成熟多肽或片段的编码区，所述另一编码序列如编码分泌序列或前导序列、前蛋白(pre-protein)序列、原蛋白(pro-protein)序列或前原蛋白(prepro-protein)序列的序列。本发明的多核苷酸还可以包含至少一个非编码序列，包括例如但不限于至少一个非编码5’序列和3’序列，如转录但不翻译的序列、终止信号(例如依赖于rho的终止信号和不依赖于rho的终止信号)、核糖体结合位点、Kozak序列、稳定mRNA的序列、内含子和聚腺苷酸化信号。所述多核苷酸序列也可以包括编码额外氨基酸的额外编码序列。例如，可以编码有助于纯化融合多肽的标记序列。在本发明的某些实施方案中，所述标记序列为pQE载体(Qiagen，Inc.)提供并在Gentz等人，Proc.Natl.Acad. Sci.USA 86：821-824(1989)中描述的六组氨酸肽，或者HA肽标记(Wilson等人，Cell 37：767(1984))，这两种标记可以用于纯化与其融合的多肽序列。本发明的多核苷酸还包括但不限于包含结构基因和控制基因表达的与其天然结合的序列的多核苷酸。

编码SEQ ID NO：2的BASB047多肽的核苷酸序列可以与SEQID NO：1的核苷酸1到1200包含的多肽编码序列相同。或者它可以是由于遗传密码的丰余性(简并性)也编码SEQ ID NO：2的多肽的序列。本文所用的术语“编码多肽的多核苷酸”包括包含编码本发明的多肽的序列的多核苷酸，所述多肽优选为细菌多肽，更优选具有SEQ ID NO：2所示氨基酸序列的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB047多肽。该术语也包括这样的多核苷酸：所述多核苷酸包含编码所述多肽的单个连续区或多个不连续区(例如，整合噬菌体、整合插入序列、整合载体序列、整合转座子序列或由于RNA编辑或基因组DNA重建而间断的多核苷酸)以及额外的区段，所述额外的区段也可包含编码序列和/或非编码序列。

本发明还涉及本文描述的多核苷酸的变异体，所述变异体编码具有SEQ ID NO：2的推导氨基酸序列的多肽的变异体。本发明的多核苷酸的片段可以用于例如合成本发明的全长多核苷酸。

其它特别优选的实施方案为编码BASB047变异体的多核苷酸，所述BASB047变异体具有SEQ ID NO：2的BASB047多肽的氨基酸序列，其中若干个、几个、5到10个、1到5个、1到3个、2个、1个或没有氨基酸残基以任何组合发生取代、修饰、缺失和/或添加。其中特别优选不改变BASB047多肽的特性和活性的沉默取代、添加和缺失。

本发明其它优选的实施方案为在它们的全长上与编码具有SEQID NO：2所示氨基酸序列的BASB047多肽的多核苷酸至少85％相同的多核苷酸，以及与这样的多核苷酸互补的多核苷酸。在该方面，在它们的全长上与上面所述多核苷酸至少90％相同的多核苷酸是特别优选的，在这些特别优选的多核苷酸中，至少95％相同的多核苷酸是尤其优选的。此外，在至少95％相同的多核苷酸中，至少97％相同的多核苷酸是高度优选的，其中至少98％和至少99％相同的多核苷酸是尤其高度优选的，而至少99％相同的多核苷酸是更优选的。

优选的实施方案为编码基本保留与SEQ ID NO：1的DNA编码的成熟多肽同样的生物功能或活性的多肽的多核苷酸。

依照本发明某些优选实施方案，提供与BASB047多核苷酸序列杂交、尤其是在严格条件下杂交的多核苷酸，例如SEQ ID NO：1的各多核苷酸。

本发明还涉及与本文提供的多核苷酸序列杂交的多核苷酸。在这一方面，本发明尤其涉及在严格条件下与本文描述的多核苷酸杂交的多核苷酸。本文所用的术语“严格条件”和“严格杂交条件”是指仅当序列间存在至少95％同一性、最好至少97％同一性时才发生杂交。严格杂交条件的具体实例是在包含下列组分的溶液中于42℃温育过夜：50％甲酰胺，5xSSC(150mM NaCl，15mM柠檬酸三钠)，50mM磷酸钠(pH7.6)，5xDenhardt氏溶液，10％葡聚糖硫酸酯以及20微克/ml变性剪切鲑鱼精子DNA；然后在约65℃下在0.1xSSC中洗涤杂交支持物。杂交和洗涤条件是众所周知的，并在下面文献中有范例：Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第二版，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)，特别是其中的第11章。溶液杂交也可以用于本发明提供的多核苷酸序列。

本发明还提供包含或由多核苷酸序列组成的多核苷酸，所述多核苷酸序列如下获得：用具有SEQ ID NO：1所示的所述多核苷酸序列或其片段的序列的探针在严格杂交条件下筛选包括所述完整基因的合适文库中的SEQ ID NO：1所示的多核苷酸序列；然后分离所述多核苷酸序列。用于获得这样的多核苷酸的片段包括例如在本文其它地方充分描述的探针和引物。

如本文中其它地方关于本发明的多核苷酸测定所述，例如本发明的多核苷酸可以用作分离编码BASB047的全长cDNA和基因组克隆的针对RNA、cDNA和基因组DNA的杂交探针，或者可以用作分离与BASB047基因具有高度同一性、特别高的序列同一性的其它基因的cDNA和基因组克隆的针对RNA、cDNA和基因组DNA的杂交探针。这样的探针一般具有至少15个核苷酸残基或碱基对。优选这样的探针具有至少30个核苷酸残基或碱基对，并可以具有至少50个核苷酸残基或碱基对。尤其优选的探针具有至少20个核苷酸残基或碱基对而且少于30个核苷酸残基或碱基对。

使用SEQ ID NO：1提供的DNA序列进行筛选可以分离BASB047基因的编码区，以合成寡核苷酸探针。然后使用具有与本发明的基因的序列互补的序列的标记寡核苷酸，筛选cDNA文库、基因组DNA文库或mRNA文库，以确定所述探针结合所述文库中的哪些成员。

本发明目的之一是提供编码BASB054多肽的多核苷酸，尤其是编码本文中命名为BASB054的多肽的多核苷酸。

在一个本发明尤其优选的实施方案中，所述多核苷酸包含一个编码BASB054多肽的区段或其变异体，该区段包含包括一个完整的基因的SEQ ID NO：3所示序列。

SEQ ID NO：3提供的BASB054多核苷酸是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB054多核苷酸。

本发明的再一方面提供编码和/或表达BASB054多肽和多核苷酸、尤其是脑膜炎奈瑟氏球菌BASB054多肽和多核苷酸的分离的核酸分子，所述分离的核酸分子包括例如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA、cDNA、基因组DNA、B-DNA和Z-DNA。本发明的其它实施方案包括在生物学上、诊断上、预防上、临床上或治疗上有用的多核苷酸和多肽和它们的变异体，以及包含上述多核苷酸、多肽及其变异体的组合物。

本发明的再一方面涉及编码具有SEQ ID NO：4的推导氨基酸序列的BASB054多肽的分离多核苷酸和与之密切相关的多核苷酸以及它们的变异体，所述分离的多核苷酸包括至少一个全长基因。

本发明另一个尤其优选的实施方案为包含或由SEQ ID NO：4的氨基酸序列组成的脑膜炎奈瑟氏球菌的BASB054多肽或其变异体。

使用本文提供的信息，例如SEQ ID NO：3所示的多核苷酸序列，可以使用标准克隆和筛选方法获得本发明的编码BASB054多肽的多核苷酸，所述克隆和筛选方法例如以下这样的方法：使用脑膜炎奈瑟氏球菌细胞作为起始材料，从细菌中克隆和测序染色体DNA片段，然后获得全长的克隆。例如，为了获得本发明的多核苷酸序列，如SEQID NO：3所示的多核苷酸序列，通常用得自某一部分序列的最好17单体或更长的放射性标记寡核苷酸，探测在大肠杆菌或一些其它合适宿主中的脑膜炎奈瑟氏球菌的染色体DNA克隆文库。然后使用严格杂交条件鉴别带有与所述探针相同DNA的克隆。使用根据原始多肽序列或多核苷酸序列设计的测序引物进行杂交而鉴定各个克隆，对克隆进行测序，因此有可能在两个方向延伸所述多核苷酸序列以确定全长基因序列。例如，比较方便的是使用由质粒克隆制备的变性双链DNA进行这样的测序。合适的方法描述于Maniatis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等人，MOLECULAR CLONING：A LABORATORYMANUAL，第二版；Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Springharbor，New York(1989)。(特别参阅杂交筛选1.90和测序变性的双链DNA模板13.70)。也可进行直接基因组DNA测序以获得全长的基因序列。作为本发明的实例，由脑膜炎奈瑟氏球菌获得的DNA文库中发现了SEQ ID NO：3所示的各多核苷酸。

此外，SEQ ID NO：3所示DNA序列包含一个可读框，该可读框编码具有SEQ ID NO：4所示的大致氨基酸残基数目的蛋白质，该蛋白质的推导分子量可以使用本领域技术人员众所周知的氨基酸残基分子量值计算。

在核苷酸1的起始密码子和起始于SEQ ID NO：3的核苷酸2407的终止密码子之间的SEQ ID NO：3多核苷酸编码SEQ ID NO：4的多肽。

再一方面，本发明提供分离的多核苷酸，所述多核苷酸包括以下多核苷酸序列或由以下多核苷酸序列组成：

(a)在SEQ ID NO：3的全长上与SEQ ID NO：3有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或完全相同的多核苷酸序列；或

(b)一种编码多肽的多核苷酸序列，所述多肽在SEQ ID NO：4的全长上与SEQ ID NO：4的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或100％相同。

编码本发明的多肽的多核苷酸，包括脑膜炎奈瑟氏球菌以外物种的同系物和直向同源物，可以通过包括以下步骤的方法获得：在严格杂交条件下(例如，使用45-65℃范围温度和0.1-1％SDS浓度)，使用包含或由SEQ ID NO：3的序列或其片段组成的标记探针或可检测探针筛选合适文库；然后分离包含所述多核苷酸序列的全长基因和/或基因组克隆。

本发明提供在其全长上与SEQ ID NO：3中的编码序列(可读框)相同的多核苷酸序列。本发明还提供编码成熟多肽或其片段的编码序列本身以及在可读框中还有另一编码序列的编码成熟多肽或片段的编码序列，所述另一编码序列例如编码分泌序列或前导序列、前蛋白(pre-protein)序列、原蛋白(pro-protein)序列或前原蛋白(prepro-protein)序列的序列。本发明的多核苷酸还可以包含至少一个非编码序列，包括例如但不限于至少一个非编码5’序列和3’序列，如转录但不翻译的序列、终止信号(例如依赖于rho的终止信号和不依赖于rho的终止信号)、核糖体结合位点、Kozak序列、稳定mRNA的序列、内含子和聚腺苷酸化信号。所述多核苷酸序列也可以包括编码额外氨基酸的额外编码序列。例如，可以编码有助于纯化融合多肽的标记序列。在本发明的某些实施方案中，所述标记序列为pQE载体(Qiagen，Inc.)提供并在Gentz等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：821-824(1989)中描述的六组氨酸肽，或者HA肽标记(Wilson等人，Cell 37：767(1984))，这两种标记可以用于纯化与其融合的多肽序列。本发明的多核苷酸还包括但不限于包含结构基因和控制基因表达的与其天然结合的序列的多核苷酸。

编码SEQ ID NO：4的BASB054多肽的核苷酸序列可以与SEQID NO：3的核苷酸1到2406包含的多肽编码序列相同。或者它可以是由于遗传密码的丰余性(简并性)也编码SEQ ID NO：4的多肽的序列。本文所用的术语“编码多肽的多核苷酸”包括包含编码本发明的多肽的序列的多核苷酸，所述多肽优选为细菌多肽，更优选具有SEQ ID NO：4所示氨基酸序列的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB054多肽。该术语也包括这样的多核苷酸：所述多核苷酸包含编码所述多肽的单个连续区或多个不连续区(例如被整合噬菌体、整合插入序列、整合载体序列、整合转座子序列或由于RNA编辑或基因组DNA重组而间断的多核苷酸)以及额外的区段，所述额外的区段也可包含编码序列和/或非编码序列。

本发明还涉及本文描述的多核苷酸的变异体，所述变异体编码具有SEQ ID NO：4的推导氨基酸序列的多肽的变异体。本发明的多核苷酸的片段可以用于例如合成本发明的全长多核苷酸。

其它特别优选的实施方案为编码BASB054变异体的多核苷酸，所述BASB054变异体具有SEQ ID NO：4的BASB054多肽的氨基酸序列，其中若干个、几个、5到10个、1到5个、1到3个、2个、1个或没有氨基酸残基以任何组合发生取代、修饰、缺失和/或添加。其中特别优选不改变BASB054多肽的特性和活性的沉默取代、添加和缺失。

本发明其它优选的实施方案为在它们的全长上与编码具有SEQID NO：4所示氨基酸序列的BASB054多肽的多核苷酸至少85％相同的多核苷酸，以及与这样的多核苷酸互补的多核苷酸。在这一方面，在它们的全长上与上面所述多核苷酸至少90％相同的多核苷酸是特别优选的，在这些特别优选的多核苷酸中，至少95％相同的多核苷酸是尤其优选的。此外，在至少95％相同的多核苷酸中，至少97％相同的多核苷酸是高度优选的，其中至少98％和至少99％相同的多核苷酸是尤其高度优选的，而至少99％相同的多核苷酸是更优选的。

优选的实施方案为编码基本保留与SEQ ID NO：3的DNA编码的成熟多肽同样的生物功能或活性的多肽的多核苷酸。

依照本发明某些优选实施方案，提供与BASB054多核苷酸序列杂交、尤其是在严格条件下杂交的多核苷酸，例如SEQ ID NO：3的各多核苷酸。

本发明还涉及与本文提供的多核苷酸序列杂交的多核苷酸。在这一方面，本发明尤其涉及在严格条件下与本文描述的多核苷酸杂交的多核苷酸。本文所用的术语“严格条件”和“严格杂交条件”是指仅当序列间存在至少95％同一性、最好至少97％同一性时才发生杂交。严格杂交条件的具体实例是在包含下列组分的溶液中于42℃温育过夜：50％甲酰胺，5×SSC(150mM NaCl，15mM柠檬酸三钠)，50mM磷酸钠(pH7.6)，5×Denhardt氏溶液，10％葡聚糖硫酸酯以及20微克/ml变性剪切鲑鱼精子DNA；然后在约65℃下在0.1×SSC中洗涤杂交支持物。杂交和洗涤条件是众所周知的，并在下面文献中有范例：Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第二版，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)，特别是其中的第11章。溶液杂交也可用于本发明提供的多核苷酸序列。

本发明还提供包含或由多核苷酸序列组成的多核苷酸，所述多核苷酸序列如下获得：用具有SEQ ID NO：3所示的所述多核苷酸序列或其片段的序列的探针在严格杂交条件下筛选包括SEQ ID NO：3所示多核苷酸序列的完整基因的合适文库；然后分离所述多核苷酸序列。用于获得这样的多核苷酸的片段包括例如在本文其它地方充分描述的探针和引物。

如本文中其它地方关于本发明的多核苷酸测定所述，例如本发明的多核苷酸可以用作针对RNA、cDNA和基因组DNA的杂交探针，以分离编码BASB054的全长cDNA和基因组克隆的或者分离与BASB054基因具有高度同一性、特别高度序列同一性的其它基因的cDNA和基因组克隆。这样的探针一般具有至少15个核苷酸残基或碱基对。优选这样的探针具有至少30个核苷酸残基或碱基对，并可以具有至少50个核苷酸残基或碱基对。尤其优选的探针具有至少20个核苷酸残基或碱基对而且少于30个核苷酸残基或碱基对。

使用SEQ ID NO：3提供的DNA序列进行筛选可以分离BASB047基因的编码区，以合成寡核苷酸探针。然后使用具有与本发明的基因的序列互补的序列的标记寡核苷酸，筛选cDNA文库、基因组DNA文库或mRNA文库，以确定所述探针结合所述文库中的哪些成员。

本发明目的之一是提供编码BASB068多肽的多核苷酸，尤其是编码本文中命名为BASB068的多肽的多核苷酸。

在一个本发明尤其优选的实施方案中，所述多核苷酸包含一个编码BASB068多肽的区段或其变异体，该区段包含包括一个完整的基因的SEQ ID NO：5所示序列。

SEQ ID NO：5提供的BASB068多核苷酸是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB068多核苷酸。

本发明的再一方面提供编码和/或表达BASB068多肽和多核苷酸、尤其是脑膜炎奈瑟氏球菌BASB068多肽和多核苷酸的分离的核酸分子，所述分离的核酸分子包括例如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA、cDNA、基因组DNA、B-DNA和Z-DNA。本发明的其它实施方案包括在生物学上、诊断上、预防上、临床上或治疗上有用的多核苷酸和多肽和它们的变异体，以及包含上述多核苷酸、多肽及其变异体的组合物。

本发明的再一方面涉及编码具有SEQ ID NO：6的推导氨基酸序列的BASB068多肽的分离多核苷酸和与之密切相关的多核苷酸以及它们的变异体，所述分离的多核苷酸包括至少一个全长基因。

本发明另一个尤其优选的实施方案为包含或由SEQ ID NO：6的氨基酸序列组成的脑膜炎奈瑟氏球菌的BASB068多肽或其变异体。

使用本文提供的信息，例如SEQ ID NO：5所示的多核苷酸序列，可以使用标准克隆和筛选方法获得本发明的编码BASB068多肽的多核苷酸，所述克隆和筛选方法例如以下这样的方法：使用脑膜炎奈瑟氏球菌细胞作为起始材料，从细菌中克隆和测序染色体DNA片段，然后获得全长的克隆。例如，为了获得本发明的多核苷酸序列，如SEQID NO：5给出的多核苷酸序列，通常用得自某一部分序列的最好17单体或更长的放射性标记寡核苷酸，探测在大肠杆菌或一些其它合适宿主中的脑膜炎奈瑟氏球菌的染色体DNA克隆文库。然后使用严格杂交条件鉴别带有与所述探针相同DNA的克隆。使用根据原始多肽序列或多核苷酸序列设计的测序引物进行杂交而鉴定各个克隆，对克隆进行测序，因此有可能在两个方向延伸所述多核苷酸序列以确定全长基因序列。例如，比较方便的是使用由质粒克隆制备的变性双链DNA进行这样的测序。合适的方法描述于Maniatis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等人，MOLECULAR CLONING：A LABORATORYMANUAL，第二版；Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Springharbor，New York(1989)。(特别参阅杂交筛选1.90和测序变性的双链DNA模板13.70)。也可进行直接基因组DNA测序以获得全长的基因序列。作为本发明的实例，由脑膜炎奈瑟氏球菌获得的DNA文库中发现了SEQ ID NO：5所示的各多核苷酸。

此外，SEQ ID NO：5所示DNA序列包含一个可读框，该可读框编码具有SEQ ID NO：6所示大致氨基酸残基数目的蛋白质，该蛋白质的推导分子量可以使用本领域技术人员众所周知的氨基酸残基分子量值计算。

在核苷酸1的起始密码子和起始于SEQ ID NO：5的核苷酸2014的终止密码子之间的SEQ ID NO：5多核苷酸编码SEQ ID NO：6的多肽。

(a)在SEQ ID NO：5的全长上与SEQ ID NO：5有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或完全相同的多核苷酸序列；或

(b)一种编码多肽的多核苷酸序列，所述多肽在SEQ ID NO：6的全长上与SEQ ID NO：6的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或100％相同。

编码本发明的多肽的多核苷酸，包括脑膜炎奈瑟氏球菌以外物种的同系物和直向同源物，可以通过包括以下步骤的方法获得：在严格杂交条件下(例如，使用45-65℃范围温度和0.1-1％SDS浓度)，使用包含或由SEQ ID NO：5的序列或其片段组成的标记探针或可检测探针筛选合适文库；然后分离包含所述多核苷酸序列的全长基因和/或基因组克隆。

本发明提供在其全长上与SEQ ID NO：5中的编码序列(可读框)相同的多核苷酸序列。本发明还提供编码成熟多肽或其片段的编码序列本身以及在可读框中还有另一编码序列的编码成熟多肽或片段的编码序列，所述另一编码序列例如编码分泌序列或前导序列、前蛋白(pre-protein)序列、原蛋白(pro-protein)序列或前原蛋白(prepro-protein)序列的序列。本发明的多核苷酸还可以包含至少一个非编码序列，包括例如但不限于至少一个非编码5’序列和3’序列，如转录但不翻译的序列、终止信号(例如依赖于rho的终止信号和不依赖于rho的终止信号)、核糖体结合位点、Kozak序列、稳定mRNA的序列、内含子和聚腺苷酸化信号。所述多核苷酸序列也可以包括编码额外氨基酸的额外编码序列。例如，可以编码有助于纯化融合多肽的标记序列。在本发明的某些实施方案中，所述标记序列为pQE载体(Qiagen，Inc.)提供并在Gentz等人，Proc.Natl.Acad. Sci.USA 86：821-824(1989)中描述的六组氨酸肽，或者HA肽标记(Wilson等人，Cell 37：767(1984))，这两种标记可以用于纯化与其融合的多肽序列。本发明的多核苷酸还包括但不限于包含结构基因和控制基因表达的与其天然结合的序列的多核苷酸。

编码SEQ ID NO：6的BASB068多肽的核苷酸序列可以与SEQID NO：5的核苷酸1到2013包含的多肽编码序列相同。或者它可以是由于遗传密码的丰余性(简并性)也编码SEQ ID NO：6的多肽的序列。本文所用的术语“编码多肽的多核苷酸”包括包含编码本发明的多肽的序列的多核苷酸，所述多肽优选为细菌多肽，更优选具有SEQ ID NO：6所示氨基酸序列的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB068多肽。该术语也包括这样的多核苷酸：所述多核苷酸包含编码所述多肽的单个连续区或多个不连续区(例如被整合噬菌体、整合插入序列、整合载体序列、整合转座子序列或由于RNA编辑或基因组DNA重组而间断的多核苷酸)以及额外的区段，所述额外的区段也可包含编码序列和/或非编码序列。

本发明还涉及本文描述的多核苷酸的变异体，所述变异体编码具有SEQ ID NO：6的推导氨基酸序列的多肽的变异体。本发明的多核苷酸的片段可以用于例如合成本发明的全长多核苷酸。

其它特别优选的实施方案为编码BASB068变异体的多核苷酸，所述BASB068变异体具有SEQ ID NO：6的BASB068多肽的氨基酸序列，其中若干个、几个、5到10个、1到5个、1到3个、2个、1个或没有氨基酸残基以任何组合发生取代、修饰、缺失和/或添加。其中特别优选不改变BASB068多肽的特性和活性的沉默取代、添加和缺失。

本发明其它优选的实施方案为在它们的全长上与编码具有SEQID NO：6所示氨基酸序列的BASB068多肽的多核苷酸至少85％相同的多核苷酸，以及与这样的多核苷酸互补的多核苷酸。在这一方面，在它们的全长上与上面所述多核苷酸至少90％相同的多核苷酸是特别优选的，在这些特别优选的多核苷酸中，至少95％相同的多核苷酸是尤其优选的。此外，在至少95％相同的多核苷酸中，至少97％相同的多核苷酸是高度优选的，其中至少98％和至少99％相同的多核苷酸是尤其高度优选的，而至少99％相同的多核苷酸是更优选的。

优选的实施方案为编码基本保留与SEQ ID NO：5的DNA编码的成熟多肽同样的生物功能或活性的多肽的多核苷酸。

依照本发明某些优选实施方案，提供与BASB068多核苷酸序列杂交、尤其是在严格条件下杂交的多核苷酸，例如SEQ ID NO：5的各多核苷酸。

本发明还涉及与本文提供的多核苷酸序列杂交的多核苷酸。在这一方面，本发明尤其涉及在严格条件下与本文描述的多核苷酸杂交的多核苷酸。本文所用的术语“严格条件”和“严格杂交条件”是指仅当序列间存在至少95％同一性、最好至少97％同一性时才发生杂交。严格杂交条件的具体实例是在包含下列组分的溶液中于42℃温育过夜：50％甲酰胺，5xSSC(150mM NaCl，15mM柠檬酸三钠)，50mM磷酸钠(pH7.6)，5xDenhardt氏溶液，10％葡聚糖硫酸酯以及20微克/ml变性剪切鲑鱼精子DNA；然后在约65℃下在0.1xSSC中洗涤杂交支持物。杂交和洗涤条件是众所周知的，并在下面文献中有范例：Sambrook等人，Molecular Cloning：A Laboratory Manual，第二版，Cold Spring Harbor，N.Y.，(1989)，特别是其中的第11章。溶液杂交也可用于本发明提供的多核苷酸序列。

本发明还提供包含或由多核苷酸序列组成的多核苷酸，所述多核苷酸序列如下获得：用具有SEQ ID NO：5所示的所述多核苷酸序列或其片段的序列的探针在严格杂交条件下筛选包括SEQ ID NO：5所示多核苷酸序列的完整基因的合适文库；然后分离所述多核苷酸序列。用于获得这样的多核苷酸的片段包括例如在本文其它地方充分描述的探针和引物。

如本文中其它地方关于本发明的多核苷酸测定所述，例如本发明的多核苷酸可以用作针对RNA、cDNA和基因组DNA的杂交探针，以分离编码BASB068的全长cDNA和基因组克隆的或者分离与BASB068基因具有高度同一性、特别高度序列同一性的其它基因的cDNA和基因组克隆。这样的探针一般具有至少15个核苷酸残基或碱基对。优选这样的探针具有至少30个核苷酸残基或碱基对，并可以具有至少50个核苷酸残基或碱基对。尤其优选的探针具有至少20个核苷酸残基或碱基对而且少于30个核苷酸残基或碱基对。

使用SEQ ID NO：5提供的DNA序列进行筛选可以分离BASB068基因的编码区，以合成寡核苷酸探针。然后使用具有与本发明的基因的序列互补的序列的标记寡核苷酸，筛选cDNA文库、基因组DNA文库或mRNA文库，以确定所述探针结合所述文库中的哪些成员。

本发明目的之一是提供编码BASB069多肽的多核苷酸，尤其是编码本文中命名为BASB069的多肽的多核苷酸。

在一个尤其优选的本发明实施方案中，所述多核苷酸包含一个编码BASB069多肽的区段或其变异体，该区段包含包括一个完整的基因的SEQ ID NO：7所示序列。

SEQ ID NO：7提供的BASB069多核苷酸是脑膜炎奈瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB069多核苷酸。

本发明的再一方面提供编码和/或表达BASB069多肽和多核苷酸、尤其是脑膜炎奈瑟氏球菌BASB069多肽和多核苷酸的分离的核酸分子，所述分离的核酸分子包括例如未加工的RNA、核酶RNA、mRNA、cDNA、基因组DNA、B-DNA和Z-DNA。本发明的其它实施方案包括在生物学上、诊断上、预防上、临床上或治疗上有用的多核苷酸和多肽和它们的变异体，以及包含上述多核苷酸、多肽及其变异体的组合物。

本发明的再一方面涉及编码具有SEQ ID NO：8的推导氨基酸序列的BASB069多肽的分离多核苷酸和与之密切相关的多核苷酸以及它们的变异体，所述分离的多核苷酸包括至少一个全长基因。

本发明另一个尤其优选的实施方案为包含或由SEQ ID NO：8的氨基酸序列组成的脑膜炎奈瑟氏球菌的BASB069多肽或其变异体。

使用本文提供的信息，例如SEQ ID NO：7所示的多核苷酸序列，可以使用标准克隆和筛选方法获得本发明的编码BASB069多肽的多核苷酸，所述克隆和筛选方法例如以下这样的方法：使用脑膜炎奈瑟氏球菌细胞作为起始材料，从细菌中克隆和测序染色体DNA片段，然后获得全长的克隆。例如，为了获得本发明的多核苷酸序列，如SEQID NO：7给出的多核苷酸序列，通常用得自某一部分序列的最好17单体或更长的放射性标记寡核苷酸，探测在大肠杆菌或一些其它合适宿主中的脑膜炎奈瑟氏球菌的染色体DNA克隆文库。然后使用严格杂交条件鉴别带有与所述探针相同DNA的克隆。使用根据原始多肽序列或多核苷酸序列设计的测序引物进行杂交而鉴定各个克隆，对克隆进行测序，因此有可能在两个方向延伸所述多核苷酸序列以确定全长基因序列。例如，比较方便的是使用由质粒克隆制备的变性双链DNA进行这样的测序。合适的方法描述于Maniatis，T.，Fritsch，E.F.和Sambrook等人，MOLECULAR CLONING：A LABORATORYMANUAL，第二版；Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Springharbor，New York(1989)。(特别参阅杂交筛选1.90和测序变性的双链DNA模板13.70)。也可进行直接基因组DNA测序以获得全长的基因序列。作为本发明的实例，由脑膜炎奈瑟氏球菌获得的DNA文库中发现了SEQ ID NO：7所示的各多核苷酸。

此外，SEQ ID NO：7所示DNA序列包含一个可读框，该可读框编码具有SEQ ID NO：8所示大致氨基酸残基数目的蛋白质，该蛋白质的推导分子量可以使用本领域技术人员众所周知的氨基酸残基分子量值计算。

在核苷酸1的起始密码子和起始于SEQ ID NO：7的核苷酸2014的终止密码子之间的SEQ ID NO：7多核苷酸编码SEQ ID NO：8的多肽。

(a)在SEQ ID NO：7的全长上与SEQ ID NO：7有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或完全相同的多核苷酸序列；或

(b)一种编码多肽的多核苷酸序列，所述多肽在SEQ ID NO：8的全长上与SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少85％同一性、更优选至少90％同一性、更优选至少95％同一性、甚至更优选至少97-99％同一性或100％相同。

编码本发明的多肽的多核苷酸，包括脑膜炎奈瑟氏球菌以外物种的同系物和直向同源物，可以通过包括以下步骤的方法获得：在严格杂交条件下(例如，使用45-65℃范围温度和0.1-1％SDS浓度)，使用包含或由SEQ ID NO：7的序列或其片段组成的标记探针或可检测探针筛选合适文库；然后分离包含所述多核苷酸序列的全长基因和/或基因组克隆。

本发明提供在其全长上与SEQ ID NO：7中的编码序列(可读框)相同的多核苷酸序列。本发明还提供编码成熟多肽或其片段的编码序列本身以及在可读框中还有另一编码序列的编码成熟多肽或片段的编码序列，所述另一编码序列例如编码分泌序列或前导序列、前蛋白(pre-protein)序列、原蛋白(pro-protein)序列或前原蛋白(prepro-protein)序列的序列。本发明的多核苷酸还可以包含至少一个非编码序列，包括例如但不限于至少一个非编码5’序列和3’序列，如转录但不翻译的序列、终止信号(例如依赖于rho的终止信号和不依赖于rho的终止信号)、核糖体结合位点、Kozak序列、稳定mRNA的序列、内含子和聚腺苷酸化信号。所述多核苷酸序列也可以包括编码额外氨基酸的额外编码序列。例如，可以编码有助于纯化融合多肽的标记序列。在本发明的某些实施方案中，所述标记序列为pQE载体(Qiagen，Inc.)提供并在Gentz等人，Proc.Natl.Acad. Sci.USA 86：821-824(1989)中描述的六组氨酸肽，或者HA肽标记(Wilson等人，Cell 37：767(1984))，这两种标记可以用于纯化与其融合的多肽序列。本发明的多核苷酸还包括但不限于包含结构基因和控制基因表达的与其天然结合的序列的多核苷酸。

编码SEQ ID NO：8的BASB069多肽的核苷酸序列可以与SEQID NO：7的核苷酸1到2073包含的多肽编码序列相同。或者它可以是由于遗传密码的丰余性(简并性)也编码SEQ ID NO：8的多肽的序列。本文所用的术语“编码多肽的多核苷酸”包括包含编码本发明的多肽的序列的多核苷酸，所述多肽优选为细菌多肽，更优选具有SEQ ID NO：8所示氨基酸序列的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB069多肽。该术语也包括这样的多核苷酸：所述多核苷酸包含编码所述多肽的单个连续区或多个不连续区(例如被整合噬菌体、整合插入序列、整合载体序列、整合转座子序列或由于RNA编辑或基因组DNA重组而间断的多核苷酸)以及额外的区段，所述额外的区段也可包含编码序列和/或非编码序列。

本发明还涉及本文描述的多核苷酸的变异体，所述变异体编码具有SEQ ID NO：8的推导氨基酸序列的多肽的变异体。本发明的多核苷酸的片段可以用于例如合成本发明的全长多核苷酸。

其它特别优选的实施方案为编码BASB069变异体的多核苷酸，所述BASB069变异体具有SEQ ID NO：8的BASB069多肽的氨基酸序列，其中若干个、几个、5到10个、1到5个、1到3个、2个、1个或没有氨基酸残基以任何组合发生取代、修饰、缺失和/或添加。其中特别优选不改变BASB069多肽的特性和活性的沉默取代、添加和缺失。

本发明其它优选的实施方案为在它们的全长上与编码具有SEQID NO：8所示氨基酸序列的BASB069多肽的多核苷酸至少85％相同的多核苷酸，以及与这样的多核苷酸互补的多核苷酸。在这一方面，在它们的全长上与上面所述多核苷酸至少90％相同的多核苷酸是特别优选的，在这些特别优选的多核苷酸中，至少95％相同的多核苷酸是尤其优选的。此外，在至少95％相同的多核苷酸中，至少97％相同的多核苷酸是高度优选的，其中至少98％和至少99％相同的多核苷酸是尤其高度优选的，而至少99％相同的多核苷酸是更优选的。

优选的实施方案为编码基本保留与SEQ ID NO：7的DNA编码的成熟多肽同样的生物功能或活性的多肽的多核苷酸。

依照本发明某些优选实施方案，提供与BASB069多核苷酸序列杂交、尤其是在严格条件下杂交的多核苷酸，例如SEQ ID NO：7的各多核苷酸。

本发明还提供包含或由多核苷酸序列组成的多核苷酸，所述多核苷酸序列如下获得：用具有SEQ ID NO：7所示的所述多核苷酸序列或其片段的序列的探针在严格杂交条件下筛选包括SEQ ID NO：7所示多核苷酸序列的完整基因的合适文库；然后分离所述多核苷酸序列。用于获得这样的多核苷酸的片段包括例如在本文其它地方充分描述的探针和引物。

如本文中其它地方关于本发明的多核苷酸测定所述，例如本发明的多核苷酸可以用作针对RNA、cDNA和基因组DNA的杂交探针，以分离编码BASB069的全长cDNA和基因组克隆的或者分离与BASB069基因具有高度同一性、特别高度序列同一性的其它基因的cDNA和基因组克隆。这样的探针一般具有至少15个核苷酸残基或碱基对。优选这样的探针具有至少30个核苷酸残基或碱基对，并可以具有至少50个核苷酸残基或碱基对。尤其优选的探针具有至少20个核苷酸残基或碱基对而且少于30个核苷酸残基或碱基对。

使用SEQ ID NO：7提供的DNA序列进行筛选可以分离BASB069基因的编码区，以合成寡核苷酸探针。然后使用具有与本发明的基因的序列互补的序列的标记寡核苷酸，筛选cDNA文库、基因组DNA文库或mRNA文库，以确定所述探针结合所述文库中的哪些成员。对于本领域技术人员来说，有几种获得全长cDNA或延伸短cDNA的方法可利用并且是众所周知的，例如基于cDNA末端快速扩增(RACE)的方法(见例如Frohman等人，PNAS USA 85，8998-9002，1988)。最新改进的该技术例如Marathon^TM技术(Clontech LaboratoryInc.)明显简化了对更长cDNA的搜索。在Marathon^TM技术中，从由选定组织提取的mRNA制备cDNA，并将“接头”序列连接到每个末端。然后使用混合的基因特异性寡核苷酸引物和接头特异性寡核苷酸引物，进行核酸扩增(PCR)以扩增所述cDNA“缺失的”5’端。然后使用“嵌套”引物重复所述PCR反应，“嵌套”引物即是设计在所扩增的产物内退火的引物(通常是在所述接头序列的远3’端退火的接头特异性引物和在已知基因序列的远5’退火的基因特异性引物)。然后通过DNA测序分析该反应的产物，随后通过直接连接所述产物到存在的DNA产生完整的序列，或使用新的序列信息设计5’引物来进行另一次全长PCR，构造全长DNA。

如本文关于多核苷酸测定的进一步讨论，本发明的多核苷酸和多肽可以用作例如发现对疾病、尤其是人类疾病治疗和诊断的研究试剂和材料。为得自SEQ ID NO：1-8序列的寡核苷酸的本发明多核苷酸可以用于如本文所述的方法，但最好用于PCR，以确定本发明鉴定的多核苷酸是否在感染组织细菌中完整地或部分地转录。已知这样的序列也可以用于诊断已经获得病原体的感染阶段以及感染类型。

本发明还提供编码多肽的多核苷酸，所述多肽是成熟蛋白+额外氨基末端氨基酸或羧基末端氨基酸，或是在所述成熟多肽内部氨基酸(例如当成熟形式蛋白具有一条以上多肽链时)。这样的序列可能在从前体蛋白加工为成熟形式中起作用、可使得能进行蛋白质转运、可以延长或缩短蛋白的半衰期、或可有助于蛋白测定或生产操作。一般体内情况：细胞酶从所述成熟蛋白加工除去所述额外氨基酸。

对于本发明每个多核苷酸，都提供与之互补的多核苷酸。优选这些互补多核苷酸与每一个它们与之互补的多核苷酸完全互补。

前体蛋白可是所述多肽的无活性形式，前体蛋白具有与一个或多个原序列(prosequence)融合的多肽的成熟形式。当除去原序列时，这样的无活性前体通常被激活。在激活前可以除去部分或所有的原序列。这样的前体一般称为原蛋白。

除用标准的A、G、C、T/U代表核苷酸外，还可用字母“N”描述本发明的某些多核苷酸。“N”表示四种DNA或RNA核苷酸中的任何一种均可以存在于DNA或RNA序列中这样的指定位置上，但优选N不是这样的核酸：当同时考虑相邻核苷酸位置、以正确读框阅读时，具有在这样的可读框内产生成熟前终止密码子的作用。

总之，本发明的多核苷酸可以编码成熟蛋白、成熟蛋白+前导序列(可以称之为前蛋白)、编码具有并非前蛋白的前导序列的一个或多个原序列的成熟蛋白的前体、或编码前原蛋白，即具有前导序列和一个或多个原序列的原蛋白的前体，其中所述前导序列和原序列一般在产生所述多肽的活性成熟形式的加工步骤中除去。

按照本发明的一个方面，提供本发明的多核苷酸用于治疗或预防目的、尤其是遗传免疫接种的用途。

在遗传免疫接种中使用本发明的多核苷酸时，最好使用合适的传送方法，如直接肌肉注射质粒DNA(Wolff等，Hum Mol Genet(1992)1：363.Manthorpe等，Hum.Gene Ther.(1983)4：419)、传送与特异性蛋白载体复合的DNA(Wu等，J Biol Chem.(1989)264：16985)、与磷酸钙共沉淀DNA(Benvenisty和Reshef，PNAS USA，(1986)83：9551)、将DNA包入各种形式的脂质体内(Kaneda等，Science(1989)243：375)、粒子轰击(Tang等，Nature(1992)356：152，Eisenbraun等，DNACell Biol(1993)12：791)以及用克隆的逆转录病毒载体进行体内感染(Seeger等，PNAS USA(1984)81：5849)。载体、宿主细胞、表达系统

本发明还涉及包含一种或多种本发明多核苷酸的载体、用本发明的载体遗传工程存在的宿主细胞以及通过重组技术产生本发明的多肽。也可以使用无细胞翻译系统由本发明DNA构建物得到的RNA产生这样的蛋白。

可以通过本领域技术人员所熟知的方法，从包含表达系统的遗传工程宿主细胞制备本发明的重组多肽。因此，再一方面，本发明涉及包含一种或多种本发明多核苷酸的表达系统、用这样的表达系统遗传工程操作的宿主细胞以及通过重组技术产生本发明的多肽。

为了重组产生本发明的多肽，可以遗传工程操作宿主细胞以引入本发明的表达系统或其部分或多核苷酸。可以采用许多标准实验室手册描述的方法将多核苷酸引入所述宿主细胞，所述实验室手册如Davis等，BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY，(1986)和Sambrook等，MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANUAL，第二版，Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor，N.Y.(1989)，所述方法如磷酸钙转染、DEAE-葡聚糖介导的转染、转位、显微注射、阳离子型脂质介导的转染、电穿孔、转导、scrape loading、弹道引入(ballistic introduction)及感染。

合适宿主的典型实例包括细菌细胞，如链球菌(streptococci)、葡萄球菌(staphylococci)、肠球菌(enterococci)、大肠杆菌(E.coli)、链霉菌属(streptomyces)、蓝细菌(cyanobacteria)、枯草杆菌(Bacillussubtilis)、粘膜炎莫拉氏菌(Moraxella catarrhalis)、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenczae)和脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)细胞；真菌细胞，如酵母、克鲁维酵母菌属(Kluveromyces)、酵母菌属(Saccharomyces)、担子菌(basidiomycete)、白假丝酵母(Candidaalbicans)和曲霉属(Aspergillus)的细胞；昆虫细胞，如果蝇S2(Drosophila S2)和贪夜蛾Sf9(Spodoptera)Sf9的细胞；动物细胞，如CHO、COS、HeLa、C127、3T3、BHK、293、CV-1和Bowes黑素瘤细胞；以及植物细胞，如裸子植物或被子植物的细胞。

可以使用各种各样表达系统产生本发明的多肽。这样的载体其中包括染色体衍生的载体、附加体衍生的载体和病毒衍生的载体，例如从细菌质粒衍生的载体、从噬菌体衍生的载体、从转座子衍生的载体、从酵母附加体衍生的载体、从插入元件衍生的载体、从酵母染色体元件衍生的载体、从病毒衍生的载体以及从它们的组合衍生的载体，如那些从质粒和噬菌体遗传元件衍生的载体(如粘粒和噬菌粒)，其中所述病毒如杆状病毒、乳多空病毒(如SV40)、痘苗病毒、腺病毒、禽痘病毒、假狂犬病病毒、小核糖核酸病毒、逆转录病毒和甲病毒属(alphavirus)。所述表达系统构建物可以包含调节以及引发表达的控制区。一般来说，在这一方面，可以使用任何适于在宿主中维持、繁殖或表达多核苷酸和/或表达多肽的系统或载体用于表达。可以通过多种众所周知的常规技术中的任何一种将合适的DNA序列插入所述表达系统中，所述常规技术如Sambrook等，MOLECULARCLONING，A LABORATORY MANUAL，(见上文)所介绍的技术。

在真核生物重组表达系统中，为将翻译后的蛋白分泌入内质网腔、分泌入壁膜间隙或分泌入胞外环境，可以将合适的分泌信号引入所表达的多肽。这些信号对于所述多肽可以是内源的，或者它们可以是异源信号。

可以用众所周知的方法由重组细胞培养物回收和纯化本发明多肽，所述方法包括硫酸铵沉淀或乙醇沉淀、酸提取、阴离子交换层析或阳离子交换层析、磷酸纤维素层析、疏水作用层析、亲和层析、羟磷灰石层析和凝集素层析。最优选使用离子金属亲和层析(IMAC)进行纯化。当所述多肽在胞内合成、分离和或纯化过程中变性时，可以使用众所周知的重折叠蛋白技术重建活性构象。

所述表达系统也可以是活的重组微生物，例如病毒或细菌。可以将目的基因插入活的重组病毒或细菌的基因组。用该活的载体接种和体内感染将使所述抗原在体内表达并诱导免疫反应。用于该目的的病毒和细菌可以是例如：痘病毒(如痘苗病毒、禽痘病毒、金丝雀痘病毒)、甲病毒属(新培斯病毒、塞姆利基森林病毒、委瑞内拉马脑炎病毒)、腺病毒、腺伴随病毒、小核糖核酸病毒(脊髓灰质炎病毒、鼻病毒)、疱疹病毒(水痘-带状疱疹病毒等)、李斯特菌属、沙门氏菌属、志贺菌属、奈瑟氏球菌属、BCG。这些病毒和细菌可以是有毒力的，或者以各种方式减毒获得活疫苗。这样的活疫苗也构成本发明的一部分。诊断测定、预后测定、血清分型测定以及突变测定

本发明还涉及使用本发明的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸及多肽作为诊断试剂的用途。检测真核生物、尤其是哺乳动物、特别是人类中的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或多肽将提供用于疾病诊断、疾病分期或传染性生物对药物的反应的诊断方法。可以用各种众所周知的技术以及本文提供的方法在核酸或氨基酸水平，对真核生物、尤其是哺乳动物而且特别是人类、尤其是感染或怀疑感染包含BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因或蛋白的生物的人进行检测。

可以从推测感染和/或感染的个体的机体材料获得用于预后、诊断或其它分析的多肽和多核苷酸。其中任何一种来源的多核苷酸、尤其是DNA或RNA，可直接用于检测，或者使用PCR或任何其它扩增技术酶促扩增后进行分析。也可以按同样方法使用RNA(尤其是mRNA)、cDNA和基因组DNA。可以利用扩增，通过分析选定的生物多核苷酸的基因型，对个体中存在的传染性生物或居留生物(resident organism)的种类和株系进行特征鉴定。与从相关生物选出的参比序列的基因型相比，以扩增产物大小变化可以检测缺失或插入，其中所述相关生物最好是同一属的不同物种或同一物种的不同株系。使扩增的DNA与标记的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸序列杂交，可以鉴定点突变。可以通过DNA酶或RNA酶消化(分别对于DNA或RNA而言)、或通过检测解链温度或复性动力学的差异，区别完全配对序列或显著配对序列与不完全错配或更显著错配双链体。也可以通过与参比序列相比，以多核苷酸片段在凝胶上的电泳迁移率变化检测多核苷酸序列的差异。这可以使用或不使用变性试剂进行。也可以通过直接的DNA测序或RNA测序检测多核苷酸差异。参阅例如Myers等，Science，230：1242(1985)。也可以通过核酸酶保护分析(如RNA酶、V1和S1保护分析)或化学切割方法揭示在特定位点的序列改变。参阅例如Cotton等，Proc.Natl.Acad. Sci.，USA，85：4397-4401(1985)。

在另一实施方案中，可以构建包含BASB047、BASB054、BASB068或BASB069核苷酸序列或其片段的寡核苷酸探针的阵列，以进行例如遗传突变的有效筛选、血清分型、分类学分类或鉴定。阵列技术方法是众所周知的并具有普遍应用性，而且可以用于阐明分子遗传学中的多种问题，包括基因表达、遗传连锁、以及遗传变异性(参阅例如Chee等，Science，274：610(1996))。

因此再一方面，本发明涉及诊断试剂盒，其中包括：

(a)本发明的多核苷酸，最好是SEQ ID NO：1、3、5、7的核苷酸序列或其片段；

(b)与(a)的核苷酸序列互补的核苷酸序列；

(c)本发明的多肽，最好是SEQ ID NO：2、4、6、8的多肽或其片段；或

(d)针对本发明的多肽的抗体，最好是针对SEQ ID NO：2、4、6、8的多肽的抗体。

人们知道，在任何这样的试剂盒中，(a)、(b)、(c)或(d)可以构成实质性组分。这样的试剂盒将尤其在诊断疾病或诊断对疾病的易感性方面有用。

本发明还涉及将本发明的多核苷酸用作诊断试剂。检测与疾病或致病性有关的突变形式的本发明多核苷酸(最好是SEQ ID NO：1、3、5或7)，将提供可以帮助或确定疾病诊断、预测疾病病程、确定疾病阶段、或对疾病的易感性的诊断工具，所述疾病源于所述多核苷酸的表达不足、过量表达或表达变化。可以用多种技术如本文别处描述的技术，在多核苷酸水平上检测在这样的多核苷酸上带有突变的生物、尤其是传染性生物。

也可以采用多种技术，在多核苷酸或多肽水平上检测在本发明的多核苷酸和/或多肽上带有突变或多态性(等位基因变异)的生物细胞，以进行例如血清分型。例如可以使用RT-PCR检测RNA突变。尤其优选使用RT-PCR结合自动化检测系统，例如GeneScan。RNA、cDNA或基因组DNA也可以用于同样目的PCR。例如，可以使用与编码BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽的多核苷酸互补的PCR引物鉴定和分析突变。

本发明还提供从5’和/或3’端切除的1、2、3或4个核苷酸的引物。其中这些引物可以用于扩增由个体得到的样品(如机体材料)分离出的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069 DNA和/或RNA。所述引物可以用于扩增从感染个体分离的多核苷酸，以便随后可以采用各种技术研究所述多核苷酸以阐明所述多核苷酸序列。这样，可以检测到所述多核苷酸序列中的突变，并用于诊断和/或预测感染或其阶段或病程，或者用于对所述传染性病原体进行血清分型和/或分类。

本发明还提供用于诊断疾病、优选是细菌感染、更优选是脑膜炎奈瑟氏球菌导致的感染的方法，包括确定得自个体的样品(如机体材料)中具有SEQ ID NO：1、3、5或7的序列的多核苷酸的表达水平增加。可以使用任何一种本领域众所周知的用于定量多核苷酸的方法，测定BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸表达的增加或降低，所述方法例如扩增、PCR、RT-PCR、RNA酶保护、RNA印迹法、光谱测定法和其它杂交方法。

此外，根据本发明的用于检测与正常对照组织样品相比，BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽过量表达的诊断检测，可以用于例如检测是否存在感染。可以用来测定从宿主得到的样品(如机体材料)中BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽水平的测定技术，是本领域技术人员熟知的。这样的检测方法包括放射免疫测定、竞争性结合测定、蛋白质印迹分析、抗体夹心测定、抗体检测和ELISA测定。

本发明的多核苷酸可以用作多核苷酸阵列、最好是高密度阵列或网格的成分。这些高密度阵列对于诊断和预测目的特别有用。例如，有一组点，每个点包括不同的基因，并且还包含一种或多种本发明多核苷酸，该组点可以利用从机体样品获得或衍生的探针用于探测例如使用杂交或核酸扩增，确定个体中特定多核苷酸序列或相关序列的存在与否。这样一种存在可能说明存在病原体、尤其是脑膜炎奈瑟氏球菌，并可以用于诊断和/或预测疾病或病程。优选包括大量SEQ ID NO：1、3、5或7的多核苷酸序列的变异体的网格。还优选包括大量编码SEQ ID NO：2、4、6或8的多肽序列的多核苷酸的变异体的网格。抗体

本发明的多肽和多核苷酸或其变异体、或表达它们的细胞可以用作免疫原，产生分别对这样的多肽或多核苷酸的免疫专一性抗体。

在本发明某些优选的实施方案中，提供抗BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽或多核苷酸的抗体。

可以使用常规方法，给予动物(最好不是人类)本发明的多肽和/或多核苷酸、或二者之一或二者带有表位的片段、二者之一或二者的类似物、或表达之一或二者的细胞，获得针对本发明的多肽或多核苷酸产生的抗体。为了制备单克隆抗体，可以使用提供由连续细胞系培养物产生的抗体的本领域任何技术。实例包括各种技术，如以下文献中的技术：Kohler，G.和Milstein，C.，Nature 256：495-497(1975)；Kozbor等，Immunology Today 4：72(1983)；Cole等，MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER THERAPY，第77-96页，Alan R.Liss，Inc.(1985)。

可以改进用于制备单链抗体的技术(美国专利第4,946,778号)，以产生针对本发明的多肽或多核苷酸的单链抗体。此外，可以使用转基因小鼠、或其它生物或动物(如其它哺乳动物)表达对本发明的多肽或多核苷酸免疫专一性的人源化抗体。

另一方面，可以利用噬菌体展示技术，或者从根据带有抗BASB047、BASB054、BASB068或BASB069而筛选出的人淋巴细胞的PCR扩增的v基因的所有组成成分中、或者从原初文库(naivelibrary)中，选择对本发明的多肽有结合活性的抗体基因(McCafferty等，(1990).Nature 348，552-554；Marks等，(1992)Biotechnology 10，779-783)。也可以通过例如链改组提高这些抗体的亲和力(Clackson等，(1991)Nature 352：628)。

可以使用上述抗体来分离或鉴定表达本发明的多肽或多核苷酸的克隆，以采用例如亲和层析纯化所述多肽或多核苷酸。

因此，其中可以使用抗BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽或BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸的抗体来治疗感染，尤其是细菌感染。

多肽变异体包括在抗原上、表位上或免疫上等同的变异体，这些构成本发明一个具体的方面。

最好修饰所述抗体及其变异体，使其在个体中的免疫原性较低。例如，假如所述个体是人，那么最好“人源化”所述抗体，其中将杂交瘤产生的抗体的一个或多个complimentarity决定区移植到人单克隆抗体中，例如Jones等(1986)，Nature 321，522-525或Tempest等，(1991)Biotechnology 9，266-273中所述。拮抗剂和激动剂-测定和分子

也可以使用本发明的多肽和多核苷酸，评估小分子底物与在例如细胞、无细胞制备物、化学文库以及天然产物混合物中的配体的结合。这些底物和配体可以是天然底物和配体，或者可以是结构模拟物或功能模拟物。参阅例如Coligan等，Current Protocols inImmunology I(2)：第5章(1991)。

使用与候选化合物直接或间接结合的标记，筛选方法就可以测量所述候选化合物与所述多肽或多核苷酸的结合、或所述候选化合物与带有所述多肽或多核苷酸的细胞或膜的结合、或所述候选化合物与带有所述多肽的融合蛋白的细胞或膜的结合。或者，所述筛选方法涉及与标记竞争物的竞争。此外，使用对于包含所述多肽或多核苷酸的细胞合适的检测系统，这些筛选方法可以测试所述候选化合物是否导致由于所述多肽或多核苷酸的激活或抑制而产生的信号。一般在一种已知激动剂的存在下测定激活的抑制物，并观察所述候选化合物的存在对所述激动剂的激活作用的影响。组成型活性多肽和/或组成型表达的多肽和多核苷酸可以用于筛选逆向激动剂或抑制剂的筛选方法：在缺乏激动剂或抑制物的情况下，根据具体情况测试所述候选化合物是否导致对所述多肽或多核苷酸的激活的抑制。此外，所述测试方法可以仅包括以下步骤：将候选化合物与含有本发明的多肽或多核苷酸的溶液混合，形成混合物，测定所述混合物中BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽和/或多核苷酸活性，并将所述混合物的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽和/或多核苷酸活性与标准品活性比较。也可以使用融合蛋白，例如如前文所述由Fc部分和BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽制成的融合蛋白，进行高通量筛选测定，以鉴定本发明多肽的拮抗剂、以及系统发育上和/或功能上相关多肽的拮抗剂(参阅D.Bennett等，J Mol Recognition，8：52-58(1995)；和K.Johanson等，J Biol Chem，270(16)：9459-9471(1995))。

也可以使用所述多核苷酸、多肽以及结合本发明多肽和/或与本发明多肽相互作用的抗体来构建筛选方法，以测试添加的化合物对细胞中mRNA和/或多肽的产生的影响。例如，使用单克隆抗体和多克隆抗体，通过本领域已知的标准方法，可以构建ELISA测定以测定多肽的分泌水平或细胞结合水平。这可以用于从适当操作的细胞或组织中发现可能抑制或增强多肽产生的物质(也分别称为拮抗剂或激动剂)。

本发明还提供筛选化合物的方法，以鉴定增强(激动剂)或阻断(拮抗剂)BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽或多核苷酸的作用的化合物，尤其是鉴定制菌和/或杀菌的化合物。所述筛选方法可涉及高通量技术。例如，为了筛选激动剂或拮抗剂，在存在或不存在可能是BASB047、BASB054、BASB068或BASB069激动剂或拮抗剂的候选分子的情况下，将包含BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽的合成反应混合物、细胞区室(如膜、胞外被膜或细胞壁、或它们中任何一种的制备物)与所述多肽的标记底物或配体一起温育。候选分子激动或拮抗BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽的能力表现为结合标记配体减少或所述底物产生的产物减少。无作用的结合分子，即不诱导BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽作用的分子很有可能是良好的拮抗剂。很好结合并且根据具体情况增加底物产生产物的速率、增加信号转导或增加化学通道活性的分子是激动剂。使用报道系统，可以根据具体情况检测增强底物产生产物、信号转导或化学通道活性的速率或水平。在这一方面可能有用的报告系统包括但不限于比色法、转化成产物的标记底物、应答BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸或多肽的活性变化的报告基因以及本领域已知的结合测定。

测定BASB047、BASB054、BASB068或BASB069激动剂的另一个实例是竞争性测定，即将BASB047、BASB054、BASB068或BASB069和潜在激动剂与BASB047、BASB054、BASB068或BASB069结合分子、重组BASB047、BASB054、BASB068或BASB069结合分子、天然底物或配体、或底物或配体模拟物在合适条件下混合，以进行竞争性抑制分析。可以采用如放射性或显色化合物来标记BASB047、BASB054、BASB068或BASB069，以便可以准确测定与结合分子结合或转化成产物的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069分子数量，以评估所述潜在拮抗剂的有效性。

潜在拮抗剂其中包括结合本发明的多核苷酸和/或多肽并因此抑制或消除其活性或表达的小有机分子、肽、多肽以及抗体。潜在拮抗剂还可以是小有机分子、肽、多肽，如结合在结合分子(如结合分子)上相同位点的密切相关的蛋白或抗体，而不诱导BASB047、BASB054、BASB068或BASB069所诱导的活性，因此使BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽和/或多核苷酸不能结合而阻止BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽和/或多核苷酸的作用或表达。

潜在拮抗剂包括这样的小分子：所述小分子结合并占据所述多肽的结合位点，因此防止其结合到细胞结合分子，从而阻止正常生物活性。小分子的实例包括但不限于小有机分子、肽或肽样分子。其它潜在拮抗剂包括反义分子(参阅Okano，J.Neurochem.56：560(1991)；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE INHIBITORSOF GENE EXPRESSION，CRC Press，Boca Raton，FL(1988)，关于这些分子的介绍)。优选的潜在拮抗剂包括与BASB047、BASB054、BASB068或BASB069相关的化合物以及BASB047、BASB054、BASB068或BASB069的变异体。

再一方面，本发明涉及遗传工程制备的可溶性融合蛋白，该融合蛋白包含本发明的多肽或其片段，以及不同亚类免疫球蛋白(IgG、IgM、IgA、IgE)的重链或轻链的恒定区的不同部分。作为免疫球蛋白优选人类IgG(尤其是IgG1)的重链的恒定部分，其中在绞链区融合。在一个具体实施方案中，可以通过插入能用凝血因子Xa切割的切割序列就可除去Fc部分。此外，本发明涉及采用遗传工程制备这些融合蛋白的方法，以及所述融合蛋白用于药物筛选、诊断和治疗的应用。本发明的另一方面还涉及编码这样的融合蛋白的多核苷酸。融合蛋白技术的实例可见于国际专利申请第WO94/29458号和第WO94/22914号。

本文提供的每一种多核苷酸序列都可以用于发现和研制抗菌化合物。表达后，所编码的蛋白可以用作筛选抗细菌药物的靶。此外，相应的mRNA上编码所述编码蛋白氨基末端区的多核苷酸序列、或Shine-Delgarno或其它有利于翻译的序列可以用于构建控制目的编码序列表达的反义序列。

本发明还提供使用本发明的多肽、多核苷酸、激动剂或拮抗剂来干扰一种病原体或多种病原体与真核宿主、最好是哺乳动物宿主之间导致感染后续结果的初始物理作用。具体来说，本发明的分子可以用于：防止细菌、尤其是革兰氏阳性和/或革兰氏阴性细菌附着到留置装置上真核生物、最好是哺乳动物的细胞外基质蛋白，或附着到伤口中的细胞外基质蛋白；阻断介导组织损伤的真核生物、最好是哺乳动物的细胞外基质蛋白与细菌BASB047、BASB054、BASB068或BASB069蛋白间的细菌附着，和/或；阻止植入留置装置或其它外科技术以外引发的感染发病机理的正常进行。

按照本发明的再一方面，提供BASB047、BASB054、BASB068或BASB069激动剂和拮抗剂，最好是制菌或杀菌的激动剂和拮抗剂。

本发明的拮抗剂和激动剂可以用于例如预防、抑制和/或治疗疾病。

再一方面，本发明涉及本发明多肽的mimotope。mimotope是与天然肽足够相似(序列上或结构上)的肽序列，能够被识别天然肽的抗体识别；或者当偶联到合适载体时，能够产生识别天然肽的抗体。

可以通过添加、缺失或取代选定的氨基酸而设计肽mimotope用于特定用途。因此，可以为了易于缀合于蛋白载体而修饰所述肽。例如，一些化学缀合方法最好包括一个末端半胱氨酸。此外，与蛋白载体缀合的肽最好在所述肽缀合末端远处包括一个疏水末端，以便所述肽游离的未结合末端保持与载体蛋白的表面结合。因此使所述肽呈现出这样的构象：所述构象与在完整的天然分子中发现的所述肽的构象最密切相似。例如，可以改变所述肽使其具有一个N末端半胱氨酸和一个C末端疏水性酰胺化尾。或者，可以进行一个或多个氨基酸的D-立体异构体的添加或取代，以产生有益的衍生物，例如增强所述肽的稳定性。

或者，使用如噬菌体展示技术(EP 0 552 267 B1)的技术，用本身能够结合本发明多肽的抗体，可以鉴定肽mimotope。该技术产生了大量模拟天然肽的结构并因此能够结合抗天然肽抗体的肽序列，但所述肽序列本身并不一定与所述天然多肽具有显著的序列同一性。疫苗

本发明的另一方面涉及在个体、特别是哺乳动物、最好是人类诱导免疫应答的方法，包括用足以产生抗体和/或T细胞免疫应答的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或多肽或它们的片段或变异体接种所述个体，以保护所述个体免受感染，尤其是细菌感染，更特别是脑膜炎奈瑟氏球菌感染。还提供的是这样的方法：用这种方法产生的所述免疫应答减慢细菌的复制。而本发明的再一方面涉及在个体中诱导免疫应答的方法，包括传递核酸载体、序列或核酶给这样的个体，来指导BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或多肽、或其片段或变异体的表达，以在体内表达BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或多肽、或其片段或变异体，诱导免疫应答，如产生抗体和/或T细胞免疫应答(包括例如产生细胞因子的T细胞或细胞毒性T细胞)，来保护所述个体(最好是人类)抵抗疾病，而不论该疾病是否已经在所述个体内产生。给予所述基因的一个实例是以颗粒的包被物或者非颗粒包被物加速其进入所需细胞。这样的核酸载体可以包括DNA、RNA、核酶、修饰核酸、DNA/RNA杂种、DNA-蛋白质复合物或RNA-蛋白质复合物。

本发明的再一方面涉及免疫组合物，当所述免疫组合物引入个体、最好是人体时，由于所述免疫组合物能够在所述个体中诱导免疫应答，因此在所述个体中诱导针对BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或由其编码的多肽的免疫应答，其中所述组合物包含重组BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或由其编码的多肽，和/或所述组合物包括编码和表达所述BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸的抗原的DNA和/或RNA、由其编码的多肽、或其它本发明的多肽。所述免疫应答可以用于治疗或为预防目的，并采用抗体免疫和/或细胞免疫的形式，如CTL或CD4+T细胞产生的细胞免疫。

BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽或其片段可以与辅蛋白(co-protein)或化学部分融合，所述化学部分本身可能产生抗体或不产生抗体，但能够稳定所述第一种蛋白并产生具有抗原性和/或免疫原性的特性、最好是保护特性的融合或修饰蛋白。因此，融合的重组蛋白最好还包含一种抗原性辅蛋白，或任何其它增溶所述蛋白并有利于其生产和纯化的较大辅蛋白，其中所述抗原性辅蛋白如流感嗜血杆菌的脂蛋白D、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)或β-半乳糖苷酶。此外，所述辅蛋白可以作为佐剂在提供对接受所述蛋白生物的免疫系统的普通性刺激的意义上起作用。所述辅蛋白可以连接到第一种蛋白的氨基端或者羧基端。

在依照本发明的疫苗组合物中，BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽和/或多核苷酸或其片段、或mimotope、或变异体可以为一种载体，例如上面描述的活重组载体，例如活细菌载体。

BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽的非活载体也是合适的，例如细菌膜外小泡或“囊泡(bleb)”。OM囊泡获自格兰氏阴性细菌双层膜的外膜，并且根据文献在许多种格兰氏阴性细菌中存在(Zhou，L等人，1998.FEMS Microbiol.Lett.163：223-228)，包括沙眼衣原体(C.trachomatis)和鹦鹉热衣原体(C.psittaci)。据报道产生囊泡的细菌病原体的不完全一览表包括：百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)、布氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、马尔他布鲁氏菌(Brucella melitensis)、羊氏布鲁氏菌(Brucella ovis)、大肠杆菌(Esherichia coli)、流感嗜血杆菌、嗜肺军团杆菌(Legionellapneumophila)、淋病奈瑟氏球菌(Neisseria gonorrhoeae)、脑膜炎奈瑟氏球菌、绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)和小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)。

囊泡具有能以其天然构象提供外膜蛋白的优势，因此对于疫苗尤其有用。也可以通过工程操作所述细菌而改善囊泡用于疫苗的应用，以便改善一个或多个外膜分子的表达。因此可以引入或正调节(如通过改变启动子)例如所需免疫原性蛋白如BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽在外膜上的表达。或者或此外，可以下调节或者非相关(如非保护性抗原或免疫显性但变化的蛋白)、或者有害(如毒性分子如LPS或自身免疫反应潜在诱导剂)的外膜分子的表达。这些方法在下面详细讨论。

BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因的非编码侧翼区包含在所述基因的表达中重要的调节元件。这种调节作用可发生于转录和翻译水平。可以通过DNA测序获得在所述基因的可读框上游或下游的这些区段的序列。该序列信息使得可以确定潜在调节基序，例如不同的启动子元件、终止子序列、诱导序列元件、阻抑物、相变元件、SD序列、具有涉及调节的潜在二级结构的区以及其它类型的调节基序或序列。

该序列信息使得能够调节BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因的天然表达。通过改变启动子、SD序列、潜在阻抑物或操纵基因元件或任何其它涉及的元件，可以成功正调节所述基因的表达。同样，通过相似类型的改进可以完成表达的下调节。或者，通过改变相变序列，可以将所述基因的表达置于相变控制之下，或者可以使其与这种调节作用无关。在另一种方法中，可以将所述基因的表达置于一种或多种诱导元件的控制下，以允许进行调节表达。这样的调节实例包括但不限于通过温度变化、加入诱导物底物如选定的糖或它们的衍生物、微量元素、维生素、辅因子、金属离子等等进行诱导。

可以采用几种不同方法引入如上所述的修饰。通过随机诱变并随后筛选所需表型，可以在体内进行涉及基因表达的序列的修饰。另一种方法包括分离目的区段并通过随机诱变或定点置换、插入或缺失突变而进行修饰。随后可以将所述修饰区段通过同源重组再引入细菌基因组中，并且评估对基因表达的影响。在另一种方法中，可以使用目的区段的序列信息取代或缺失所有或部分天然调节序列。在这种情况下，分离目标调节区并进行修饰，以包含另一基因的调节元件、不同基因调节元件的组合、合成的调节区或任何其它调节区，或者分离目标调节区并进行修饰以缺失所述野生型调节序列的选定部分。随后可以将这些修饰序列再引入细菌，并通过同源重组进入基因组中。可以用于正调节基因表达的优选启动子的不完全一览表包括脑膜炎奈瑟氏球菌或淋病奈瑟氏球菌的启动子porA、porB、lbpB、tbpB、pllO、lst、hpuAB；ompCD、copB、lbpB、ompE、UspA1；UspA2；粘膜炎莫拉氏菌的TbpB；流感嗜血杆菌的p1、p2、p4、p5、p6、lpD、tbpB、D15、Hia、Hmw1、Hmw2。

在一个实施例中，可以通过将所述基因的启动子换为一个更强的启动子(通过分离所述基因的上游序列，体外改变该序列，然后通过同源重组再引入基因组)而调节所述基因的表达。可以用所述细菌和由所述细菌脱落(或产生)的外膜小泡获得正调节的表达。

在其它实施例中，可以使用所述方法产生具有疫苗应用改善特性的重组细菌株。这些株可以是但不限于：减毒株、选定抗原表达增加的株、干扰免疫反应的基因失去作用(或表达降低)的株、免疫显性蛋白的表达受到调节的株、外膜小泡的脱落受到调节的株。

因此，本发明还提供BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因的修饰上游区，所述修饰上游区包含改变位于外膜的BASB047、BASB054、BASB068或BASB069蛋白表达水平的异源调节元件。依照本发明这一方面的上游区包括BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因上游的序列。所述上游区起始于BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因的直接上游，通常延伸到从所述基因的ATG起始密码子上游1000bp以内的位置。在位于多顺反子序列(操纵子)中的基因的情况下，所述上游区可以紧接于目的基因之前起始，或在所述操纵子中第一个基因之前。依照本发明的修饰上游区最好在ATG上游500bp到700bp之间的某个位置包含一个异源启动子。

因此，本发明以修饰的细菌囊泡提供BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽。本发明还提供能够产生非活的基于膜的囊泡载体的修饰的宿主细胞。本发明还提供包含BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因的核酸载体，所述BASB047、BASB054、BASB068或BASB069基因具有包含一个异源调节元件的上游修饰区。

本发明还提供制备依照本发明的宿主细胞和细菌囊泡的方法。

本发明提供组合物，尤其是疫苗组合物，以及包含本发明的多肽和/或多核苷酸以及免疫刺激性DNA序列的方法，所述免疫刺激性DNA序列如Sato，Y.等Science 273：352(1996)中所述序列。

本发明还提供使用所述多核苷酸或其特定片段的方法，其中在脑膜炎奈瑟氏球菌感染的动物模型中证实，在所述遗传免疫实验中使用的多核苷酸构建物中，所述多核苷酸或其特定片段编码细菌细胞表面蛋白的非可变区。这样的实验对于鉴定能够激发预防性或治疗性免疫应答的蛋白质表位特别有用。相信该方法将使得此后能够制备特别有用的单克隆抗体，以开发针对在哺乳动物、尤其是人类细菌感染(尤其是脑膜炎奈瑟氏球菌感染)的预防剂或治疗疗法，其中所述单克隆抗体得自成功抵御或清除感染的动物的要求器官。

本发明还包括疫苗制剂，所述疫苗制剂包括本发明的免疫原性重组多肽和/或多核苷酸以及合适的载体，如药学上可接受的载体。由于所述多肽和多核苷酸可能在胃中分解，因此它们中的每一种最好胃肠外给予，包括例如皮下给予、肌内给予、静脉内给予或皮内给予。适于胃肠外给予的制剂包括水性和非水性无菌注射溶液，所述溶液可以包含抗氧化剂、缓冲剂、制菌化合物和使得所述制剂与个体的体液(最好是血液)等渗的溶质；以及水性和非水性无菌悬浮液，所述悬浮液可以包括悬浮剂或增稠剂。所述制剂可以盛装在单位剂量或多剂量容器(如密封安瓿和管形瓶)中，并可以在冻干条件下保存，只需要在使用前加入无菌液体载体。

本发明的疫苗制剂也可以包括增强所述制剂的免疫原性的佐剂系统。所述佐剂系统最好增强TH1型反应。

免疫反应可以主要分为两大类：体液免疫应答或细胞介导的免疫应答(传统上其特征分别在于保护性抗体机制和效应细胞机制)。这两类免疫反应称为TH1型反应(细胞免疫反应)以及TH2型免疫反应(体液免疫反应)。

非常典型的TH1型免疫反应特征在于产生抗原特异性单倍型限制性细胞毒性T淋巴细胞以及天然杀伤细胞反应。在小鼠中，TH1型反应通常特征在于产生IgG2a亚型抗体，而在人类中这些抗体相当于IgG1型抗体。TH2型免疫反应特征在于产生各种各样的免疫球蛋白同种型，在小鼠包括IgG1、IgA和IgM。

可以认为产生这两种类型免疫反应的驱动力是细胞因子。高水平的TH1型细胞因子往往促进诱导对给定抗原的细胞介导的免疫反应，而高水平的TH2型细胞因子倾向于促进诱导对抗原的体液免疫反应。

TH1型免疫反应和TH2型免疫反应的区别并不是绝对的。实际上，有个别人支持将免疫反应描述为主要是TH1型或主要是TH2型的免疫反应。然而，按照Mosmann和Coffman描述鼠CD4+veT细胞克隆时采用的细胞因子家族分类来考虑细胞因子家族通常是合适的(Mosmann，T.R.和Coffman，R.L.(1989)TH1和TH2细胞：不同模式的淋巴因子分泌产生不同的功能特性.Annual Review of Immunology，7，第145-173页)。传统上，TH1型反应与T淋巴细胞产生的IFN-γ和IL-2细胞因子有关。其它常常与诱导TH1型免疫反应有关的细胞因子如IL-12并不是T细胞产生的。相反，TH2型反应与IL-4、IL-5、IL-6和IL-13分泌有关。

已知某些疫苗佐剂特别适于刺激TH1型或TH2型细胞因子反应。传统上，在免疫接种或感染后免疫反应的TH1∶TH2平衡的最佳指标包括在体外用抗原再刺激后直接测量T细胞产生的TH1或TH2细胞因子，和/或测量抗原特异性抗体反应的IgG1∶IgG2a比例。

因此，TH1型佐剂是在体外用抗原再刺激时优先刺激分离的T细胞群体产生高水平TH1型细胞因子而且促进产生CD8+细胞毒性T淋巴细胞以及与TH1型同种型有关的抗原特异性免疫球蛋白反应的佐剂。

国际专利申请号WO 94/00153和WO 95/17209中描述了能够优先刺激TH1细胞反应的佐剂。

3脱氧酰化单磷酰脂质A(3D-MPL)就是一种这样的佐剂。这可从GB 222021l(Ribi)得知。在化学上它是具有4、5或6个酰化链的3脱氧酰化单磷酰脂质A的混合物，由Ribi Immunochem，Montana生产。3脱氧酰化单磷酰脂质A的优选形式公开于欧洲专利0 689 454B1(SmithKline Beecham Biologicals SA)。

3D-MPL的颗粒最好小得足以使其可以无菌滤过0.22微米的膜(欧洲专利号0 689 454)。3D-MPL剂量范围为每剂10μg-100μg、最好25-50μg，其中所述抗原的剂量范围通常为每剂2-50μg。

另一种优选的佐剂包含QS21，即一种从Quillaja Saponaria Molina的树皮得到的Hplc纯化无毒部分。可选地将QS21与3脱氧酰化单磷酰脂质A(3D-MPL)混合，可选地还与另一种载体混合。

美国专利号5,057,540公开了制备QS21的方法。

以前已经描述了包含QS21的非反应性佐剂制剂(WO96/33739)。已经证实包含QS21和胆固醇的这类制剂当与抗原一起配制时是成功的TH1刺激佐剂。

TH1细胞反应优先刺激物的其它佐剂包括免疫调制性寡核苷酸，例如在WO 96/02555中公开的非甲基化CpG序列。

还考虑组合诸如上述的不同TH1刺激佐剂，以提供属于TH1细胞反应优选刺激物的佐剂。例如QS21可以与3D-MPL一起配制。QS21∶3D-MPL的比例通常约为1∶10到10∶1；最好是1∶5到5∶1，而实际上常常是1∶1。最佳协同作用的最优范围是2.5∶1到1∶1的3D-MPL∶QS21。

依照本发明的疫苗组合物中最好还存在一种载体。所述载体可以是水包油乳剂，或者是一种铝盐，如磷酸铝或氢氧化铝。

优选的水包油乳剂包含一种可代谢的油如鲨烯、α-生育酚和Tween 80。在一个特别优选的方面，用这样的乳剂将本发明疫苗组合物的抗原与QS21和3D-MPL混合。此外所述水包油乳剂可以含有Span 85和/或卵磷脂和/或三辛酸甘油酯。

给予人时，通常疫苗中的QS21和3D-MPL含量范围为每剂1μg-200μg，如10-100μg，最好是10μg-50μg。而水包油乳剂通常含有2-10％的鲨烯、2-10％的α-生育酚和0.3-3％的Tween 80。鲨烯：α-生育酚的比例最好是等于或小于1，因为这样的比例提供更稳定的乳浊液。Span 85含量也可以为1％。在某些情况下，本发明的疫苗另外含有一种稳定剂是有利的。

无毒的水包油乳剂最好在水溶液载体中含有一种无毒的油，如角沙烷或角鲨烯，以及一种乳化剂如Tween 80。所述水溶液载体可以是例如磷酸缓冲盐溶液。

WO 95/17210中描述了一种特别有效的佐剂制剂，该制剂为包含QS21、3D-MPL和生育酚的水包油乳剂。

本发明还提供多价疫苗组合物，所述多价疫苗组合物包含本发明的疫苗制剂以及其它抗原，尤其是用于治疗癌症、自身免疫性疾病和相关病症的抗原。这样的一种多价疫苗组合物可以包括如前面所述的TH-1诱导佐剂。

虽然已经参考某些BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽和多核苷酸介绍了本发明，但应当知道，本发明包括天然多肽和多核苷酸的片段，以及带有添加、缺失或取代的相似多肽和多核苷酸，其中所述添加、缺失或取代基本不影响所述重组多肽或多核苷酸的免疫原性特性。

所述抗原也可以完整细菌(死细菌或活细菌)形式或亚细胞组分给予，但是这些可能性不包括脑膜炎萘瑟氏球菌本身。组合物、试剂盒以及使用方法

本发明的再一方面，提供用于给予单细胞生物或多细胞生物的包含BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多核苷酸和/或BASB047、BASB054、BASB068或BASB069多肽的组合物。

本发明还涉及包含本文所讨论的多核苷酸和/或多肽或它们的激动剂或拮抗剂的组合物。本发明的多肽和多核苷酸可以与非无菌或无菌的一种载体或多种载体组合使用以用于细胞、组织或生物，所述载体如适于给予个体的药用载体。这样的组合物包括例如媒介添加物(media additive)或治疗有效量的本发明的多肽和/或多核苷酸以及药学上可接受的载体或赋形剂。这样的载体可以包括但不限于盐水、缓冲盐水、葡萄糖、水、甘油、乙醇以及它们的组合物。所述制剂应当适合所述给药方式。本发明还涉及诊断用和药用包装和试剂盒，所述包装和试剂盒包括一个或多个容器，所述容器中装有前文所述本发明的组合物的一种或多种成份。

本发明的多肽、多核苷酸和其它化合物可以单独使用或与其它化合物如治疗化合物联合使用。

所述药用组合物可以以任何有效、方便的方式给予，所述方式其中包括例如局部应用、口服、肛门、阴道、静脉内、腹膜内、肌内、皮下、鼻内或皮内途径给予。

在治疗或用作预防药时，可以将所述活性药物以注射组合物给予个体，例如为无菌水性分散体，所述分散体最好是等渗的。

另一方面，本发明提供药用组合物，所述药用组合物包括治疗有效量的多肽和/或多核苷酸(如可溶形式的本发明多肽和/或多核苷酸)、激动剂肽或拮抗剂肽或小分子化合物和药学可接受的载体或赋形剂。这样的载体包括但不限于盐水、缓冲盐水、葡萄糖、水、甘油、乙醇以及它们的组合物。本发明还涉及药用包装和试剂盒，所述药用包装和试剂盒包括一个或多个容器，所述容器中装有前文所述本发明的组合物的一种或多种成份。

本发明的多肽、多核苷酸和其它化合物可以单独使用或与其它化合物如治疗化合物结合使用。

可以改变所述组合物以适应给药途径，所述给药途径如系统性途径或口服途径。系统性给药的优选形式包括注射，一般是通过静脉内注射。可以使用其它注射途径，如皮下注射、肌内注射或腹膜内注射。用于系统性给药的其它可选方法包括使用渗透剂经粘膜和经皮给药，所述渗透剂如胆汁酸盐或梭链孢酸或其它去污剂。此外，如果本发明的多肽或其它化合物可以配制为肠溶制剂或胶囊化制剂中，那么口服给药也是可以的。这些化合物也可以是以药膏、糊剂、凝胶、溶液、粉剂等形式表面和/或局部给予。

为了给予哺乳动物、尤其是人类，预期所述活性药物的每日剂量为0.01mg/kg到10mg/kg，一般是1mg/kg左右。在任何情况下，医师将确定最适于个体的实际剂量，并且该剂量将随着特定个体的年龄、体重和反应而不同。上面的剂量代表一般情况。当然，个别情况更高或更低剂量范围是有益的，而这些情况也属于本发明范畴。

所需的剂量范围取决于选择的肽、给药途径、制剂的性质、患者病症的性质以及执业医师的判断。然而，合适的剂量范围为0.1-100μg/kg患者体重。

疫苗组合物方便地采用注射形式。可以使用常规佐剂增强免疫应答。用于疫苗接种的合适单位剂量是0.5-5微克/kg的抗原，并且最好以1-3周的间隔给予这样的剂量1-3次。使用所述剂量范围，对于本发明的化合物将不会观察到阻止将它们给予合适个体的不利毒理学作用。

然而，考虑到可用的化合物的多样性以及各种给药途径的不同效率，预期所需剂量将有很大变化。例如，预期口服将比通过静脉内注射给予需要更高剂量。使用本领域熟知的优化标准经验方法，可以调整这些剂量水平上的变化。序列数据库、有形媒介序列以及算法

多核苷酸和多肽序列构成有价值的信息资源，使用这样的资源可确定它们的2维和3维结构，并鉴定具有相似同源性的其它序列。通过将序列储存在计算机可读媒介中，然后使用已知大分子结构程序的存储数据，或采用众所周知的检索工具如GCG程序包检索序列数据库，最有利于这些方法。

本发明还提供的是字符序列或字符串(string)、尤其是基因序列或所编码的蛋白序列的分析方法。优选的序列分析方法包括例如序列同源性分析的方法(如同一性和相似性分析)、DNA、RNA和蛋白质结构分析、序列装配、种系发生分析、序列基序分析、确定可读框、核酸碱基调入(nucleic acid base calling)、密码子选择分析、核酸碱基修整(nucleic acid base trimming)以及序列色谱峰分析。

为进行同源性鉴定提供基于计算机的方法。该方法包括下列步骤：以计算机可读媒介提供包含本发明多核苷酸序列的第一个多核苷酸序列；将所述第一个多核苷酸序列与至少一个第二多核苷酸或多肽序列比较，鉴定同源性。

还为进行同源性分析提供基于计算机的方法，所述方法包括下列步骤：在计算机可读媒介中提供包含本发明多肽的序列的第一个多肽序列；将所述第一个多肽序列与至少一种第二个多核苷酸或多肽序列比较，鉴定同源性。

在本说明书中引用的所有出版物和参考资料(包括但不限于专利和专利申请)通过引用完整地结合到本文中，就象具体单独地指出各个个出版物或参考资料完全通过引用结合到本文中。同时以出版物和参考资料的上述方式将本申请要求获得优先权的任何专利申请通过引用完整地结合到本文中。定义

“同一性”，如本领域所知，是指根据情况，通过比较序列而确定的两种或两种以上多肽序列或两种或两种以上多核苷酸序列之间的关系。在本领域内，“同一性”也指根据情况，通过匹配所述多肽或多核苷酸序列的字符串而确定的多肽或多核苷酸的序列之间的序列相似程度。采用已知方法可以容易地计算出“同一性”，所述方法包括但不限于以下文献中描述的方法：Computational MolecularBiology，Lesk，A.M.编辑，Oxford University Press，New York，1988；Biocomputing：Informatics and Genome Projects，Smith，D.W.编辑，Academic Press，New York，1993；Computer Analysis of Sequence Data，第1部分，Griffin，A.M.和Griffin，H.G.编辑，Humana Press，New Jersey，1994；Sequence Analysis in Molecular Biology，von Heine，G.，AcademicPress，1987；和Sequence Analysis Primer，Gribskov，M.和Devereux，J.，编辑，M Stockton Press，New York，1991；以及Carillo，H.和Lipman，D.，SIAM J. Applied Math.，48：1073(1988)。设计测定同一性的方法用来获得所测试序列之间的最大匹配。此外，测定同一性的方法可用公众可得到的计算机程序编纂。用于测定两序列间同一性的计算机程序方法包括但不限于：GCG程序包中的GAP程序(Devereux，J.等，Nucleic Acids Research 12(1)：387(1984))、BLASTP、BLASTN(Altschul，S.F.等，J.Molec.Biol.215：403-410(1990))以及FASTA(Pearson和Lipman Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85：2444-2448(1988)。公众可以从NCBI和其它来源公开地得到BLAST程序系列(BLAST Manual，Altschul，S.等，NCBI NLM NIH Bethesda，MD 20894；Altschul，S.等，J.Mol.Biol.215：403-410(1990)。也可以使用众所周知的SmithWaterman算法测定同一性。

用于多肽序列比较的参数包括以下参数：

算法：Needleman和Wunsch，J.Mol Biol.48：443-453(1970)

比较矩阵：Henikoff和Henikoff的BLOSSUM62，Proc.Natl.Acad.Sci.USA.89：10915-10919(1992)

空位罚分：8

空位长度罚分：2

可使用这些参数的程序可以“空位(gap)”程序从GeneticsComputer Group，Madison WI公开获得。上述参数是进行多肽比较(同时对末端空位没有罚分)的默认参数。

用于多核苷酸比较的参数包括下列参数：

算法：Needleman和Wunsch，J.Mol Biol.48：443-453(1970)

比较矩阵：匹配＝+10，错配＝0

空位罚分：50

空位长度罚分：3

可从Genetics Computer Group，Madison WI得到“空位”程序。这些参数是进行核酸比较的默认参数。

根据情况，下面的(1)和(2)提供多核苷酸和多肽的“同一性”优选意义。

(1)多核苷酸实施方案还包括分离的多核苷酸，所述分离的多核苷酸包括与SEQ ID NO：1的参比序列有至少50、60、70、80、85、90、95、97或100％同一性的多核苷酸序列，其中所述多核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1的参比序列相同，或者与所述参比序列相比，包括多至某一整数的核苷酸改变，其中所述改变选自：至少一个核苷酸缺失、取代(包括碱基转换和碱基颠换)或插入，并且其中所述改变可以发生在所述参比核苷酸序列的5′或3′末端位置或两个末端位置间的任何地方，或者各自单独散置于参比序列的核苷酸，或者散置于参比序列的一个或多个连续组，而且所述核苷酸改变的数量如下确定：SEQ ID NO：1核苷酸总数乘以定义同一性百分率的整数(除以100)，随后从所述SEQ ID NO：1核苷酸总数减去该乘积，或：

n_n≤x_n-(x_n·y)

其中n_n是核苷酸改变的数目，x_n是SEQ ID NO：1核苷酸总数，y是0.50(50％)、0.60(60％)、0.70(70％)、0.80(80％)、0.85(85％)、0.90(90％)、0.95(95％)、0.97(97％)、1.00(100％)等，而·为乘法运算符号，其中将x_n和y的任何非整数乘积从x_n减去之前，将该乘积下舍到最近的整数。编码SEQ ID NO：2多肽的多核苷酸序列改变可能在该编码序列中产生无义、错义或移码突变，并因此在这样的改变后改变由所述多核苷酸编码的多肽。

举例来说，本发明的多核苷酸序列可以与SEQ ID NO：1的参比序列相同，即可以100％相同，或者与所述参比序列比较，该序列包括多至某一整数的核酸改变，以致同一性百分率小于100％同一性。这样的改变选自：至少一个核苷酸缺失、取代(包括碱基转换和碱基颠换)或插入，其中所述改变可以发生在所述参比多核苷酸序列的5’或3’末端位置或那些末端位置间的任何地方，或者各自单独散置于参比序列的核苷酸，或者散置于参比序列的一个或多个连续组。如下确定给定百分率的核酸改变的数目：SEQ ID NO：1核酸总数乘以定义同一性百分率的整数(除以100)，随后从所述SEQ ID NO：1核酸总数减去该乘积，或：

n_n≤x_n-(x_n·y)

其中n_n是核酸改变的数目，x_n是SEQ ID NO：1中核酸的总数，y是例如0.70(70％)、0.80(80％)、0.85(85％)等等，而·是乘法运算符号，其中将x_n和y的任何非整数乘积从x_n减去之前，将该乘积下舍入为最接近的整数。

(2)多肽实施方案还包括分离的多肽，所述分离的多肽包括与SEQ ID NO：2的多肽参比序列有至少50、60、70、80、85、90、95、97或100％同一性的多肽，其中所述多肽序列可以与SEQ ID NO：2的参比序列相同，或者与所述参比序列相比，包括多至某一整数的氨基酸改变，其中所述改变选自：至少一个氨基酸缺失、取代(包括保守取代和非保守取代)或插入，并且所述改变可以发生在所述参比多肽序列的氨基末端或羧基末端位置或两个末端位置间的任何地方，或者各自单独散置于参比序列的氨基酸中，或者散置于参比序列的一个或多个连续的组，其中如下确定所述氨基酸改变的数量：SEQID NO：2氨基酸总数乘以定义同一性百分率的整数(除以100)，然后从所述SEQ ID NO：2氨基酸总数中减去该乘积，或：

n_a≤x_a-(x_a·y)

其中n_a是氨基酸改变的数目，x_a是SEQ ID NO：2中氨基酸的总数，y是0.50(50％)、0.60(60％)、0.70(70％)、0.80(80％)、0.85(85％)、0.90(90％)、0.95(95％)、0.97(97％)或1.00(100％)，而·是乘法运算符号，其中将x_a和y的任何非整数乘积从x_a减去之前，将该乘积下舍入为最接近的整数。

举例来说，本发明的多肽序列可以与SEQ ID NO：2的参比序列相同，即可以100％相同，或者与所述参比序列比较，该序列包括多至某一整数的氨基酸改变，以致同一性百分率小于100％同一性。这样的改变选自：至少一个氨基酸缺失、取代(包括保守取代和非保守取代)或插入，并且所述改变可以发生在所述参比多肽序列的氨基末端或羧基末端位置或这两个末端位置间的任何地方，或者各自单独散置于参比序列的氨基酸中，或者散置于参比序列的一个或多个连续的组，其中如下确定给定百分率同一性的氨基酸改变的数量：SEQID NO：2氨基酸总数乘以定义同一性百分率的整数(除以100)，然后从所述SEQ ID NO：2氨基酸总数中减去该乘积，或：

n_a≤x_a-(x_a·y)

其中n_a是氨基酸改变的数目，x_a是SEQ ID NO：2的氨基酸总数，y是例如0.70(70％)、0.80(80％)、0.85(85％)等等，而·是乘法运算符号，其中将x_a和y的任何非整数乘积从x_a减去之前，将该乘积下舍入为最接近的整数。

“个体”，当在本文内用以指生物时，是指多细胞真核生物，包括但不限于后生动物、哺乳动物、羊科动物(ovid)、牛科动物(bovid)、猿、灵长类动物和人类。

“分离”是指自然状态的“人为”改变，即如果发生分离，那么其自然环境已改变、或已经从其自然环境中分离出来、或者两者兼而有之。例如作为本文使用的此术语，在活的生物中天然存在的多核苷酸或多肽并不是“分离的”，但与其天然状态共存的物质分开的相同多核苷酸或多肽是“分离的”。此外，通过转化、遗传操作或通过任何其它重组方法引入生物中的多核苷酸或多肽是“分离的”，即使它仍然存在于所述生物中，而所述生物可以是活的或非活的。

“多核苷酸”一般指任何多核糖核苷酸或多脱氧核糖核苷酸，它们可以是包括单链和双链区的未修饰RNA或DNA或修饰的RNA或DNA。

“变异体”是指与参比多核苷酸或多肽不同但保持原有基本特性的多核苷酸或多肽。典型多核苷酸变异体的核苷酸序列与另一参比多核苷酸不同。变异体核苷酸序列的变化可以改变或可以不改变参比多核苷酸编码的多肽的氨基酸序列。如下文所论述，核苷酸改变可能导致参比序列编码的多肽的氨基酸取代、添加、缺失、融合和截短。典型多肽变异体的氨基酸序列与另一参比多肽不同。一般来说，差异是有限的，以便所述参比多肽和所述变异体的序列在总体上非常相似并在许多区是相同的。变异体和参比多肽可能由于任何组合的一个或多个取代、添加、缺失而氨基酸序列不同。取代或插入的氨基酸残基可以是或可以不是由遗传密码编码的氨基酸残基。多核苷酸或多肽的变异体可以是天然存在变异体如等位基因变异体，或者所述变异体可以是未知的天然变异体。可以通过诱变技术或通过直接合成制备多核苷酸和多肽的非天然变异体。

“疾病”指任何由细菌感染引起或与细菌感染有关的疾病，包括例如上呼吸道感染以及侵入性细菌疾病，例如菌血症和脑膜炎。

实施例使用标准技术实施下面的实施例，所述技术除另外详细描述外，对于本领域的技术人员是熟知的常规技术。这些实施例是说明性的，而是不限制本发明。

实施例1脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB047基因

脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090的BASB047基因示于SEQID NO：1。示于SEQ ID NO：2的BASB047多核苷酸序列翻译显示与大肠杆菌ferric aerobactin受体前体(阴沟肠道菌素受体)非常相似。所述BASB047多肽包含具有前导信号序列特征的一个序列。可以在SEQID NO：2显示的序列中在残基25以后切除该信号序列。BASB047具有涉及铁摄入的外膜蛋白的特征。

实施例2脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB054基因

脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB047基因示于SEQID NO：3。示于SEQ ID NO：4的BASB054多核苷酸序列的翻译显示与大肠杆菌有机溶剂耐受蛋白非常相似。所述BASB054多肽包含具有前导信号序列特征的一个序列。可以在SEQ ID NO：4多肽的残基22以后切除该信号序列。

实施例3脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB068基因

脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB068基因示于SEQID NO：5。示于SEQ ID NO：6的BASB068多核苷酸序列的翻译显示与大肠杆菌AIDA-I蛋白非常相似。所述BASB068多肽包含具有前导信号序列特征的一个序列。可以在SEQ ID NO：6多肽的残基34以后切除该信号序列。BASB068具有外膜蛋白的特征。

实施例4脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB069基因

脑膜炎萘瑟氏球菌菌株ATCC13090中的BASB069基因示于SEQID NO：7。示于SEQ ID NO：8的BASB069多核苷酸序列的翻译显示与大肠杆菌AIDA-I非常相似。所述BASB069多肽包含具有前导信号序列特征的一个序列。可以在SEQ ID NO：8序列的残基31以后切除该信号序列。BASB069具有外膜蛋白的特征。多核苷酸和多肽序列SEQ ID NO：1菌株ATCC13090的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB047多核苷酸序列ATGCGTCATTCCCACTATTTTCAATGGTTATCTTTGCCTTTACTAAGTGTGGCAGTAACTCAGCAGTTGTACGCTCAACCCAATGAGTCATTACCAACGGTTGAATTAGAGCCTGTGGTTATTACCATTGATAAGAGCGGTATGGCACTTGCCAATCGTATCACGCAAATGCCCCATACCACCAAAGTTATTTATGAAGAGCAAATTCAAGAGCAAGCAACAGGCTCTCGACAGCTTGCCGATGTGATGGCACAGCTCATTCCAAGTTTGGGGGTAAGTAGTGGCACTACCAGTAACTTTGGGCAAACCATGCACGGTCGTCAAGTGCAATTTTTGTTAAATGGCGTGCCTTTGACAGGTTCGCGAGACATCTCTAGACAGCTTAATAGTATCAATCCCAATCAAGTGGCTAGAATTGAAGTTTTATCAGGAGCAACCAGTATTTATGGGTCTGGAGCAACAGGCGGTTTGATTAATATCGTTACTAAGTCTGATTTGGAAGAGGAGCAATTTGAAACCCGCATCGGTGTACATGGTAGTAAATTATCCAGTGAAGGTATCGGTTATCAGGTAGGTCAGAGTGTAGCAGGTGTCAGCGAAAATGGTAATGTCCTTGCACGACTTGATGTCGACTATCGCACCACAGGAGGGGCATTTGATGCTAACGGTAAACGCATCGCTCCTGAGCCTGCCCAAACTGATAAGCAAGACAGCAAAAGCCTAAGTGTCAATACAAATGTTGATTGGCAACTTGACGACAAGCAAAATATCAATCTGGCATTGACGCATTATAACGACAAACAAGATACCGATTATGCACCTGATTATGGTAATCGCCTTGCGGTGTTGTTTGGAGAAAAGCCTTCATTAAATGCCATCAAAGGCTTATCATTATCAGAACAGCCAAAAACCACCAAAAGCACCTTTAATATCAACTATCATCATGATGATTTGTGGGGTAACACCATCAATACCAATGCTTATTATCGCAGAGAGAAAGGCAGATTTTATCCCTTTGTTGCCCCGTTTTCGATCGCCAAAGCCCTGCCTATTTTACAAAGCATGAATTTGCCATCAGCCACTTTGGATGCTTATACCAAGGCTCCACAAGCTCGCGCCTATGGGGTGTTACAATCCGAATCTAAGGCAGAGGTACTAGGGCGTGTCCCTAATTTGAATAAGCCCAAAAGAGCCCTATTTTAASEQ ID NO：2根据SEQ ID NO：1多核苷酸序列推导出的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB047多肽序列MRHSHYFQWLSLPLLSVAVTQQLYAQPNESLPTVELEPVVITIDKSGMALANRITQMPHTTKVIYEEQIQEQATGSRQLADVMAQLIPSLGVSSGTTSNFGQTMHGRQVQFLLNGVPLTGSRDISRQLNSINPNQVARIEVLSGATSIYGSGATGGLINIVTKSDLEEEQFETRIGVHGSKLSSEGIGYQVGQSVAGVSENGNVLARLDVDYRTTGGAFDANGKRIAPEPAQTDKQDSKSLSVNTNVDWQLDDKQNINLALTHYNDKQDTDYAPDYGNRLAVLFGEKPSLNAIKGLSLSEQPKTTKSTFNINYHHDDLWGNTINTNAYYRREKGRFYPFVAPFSIAKALPILQSMNLPSATLDAYTKAPQARAYGVLQSESKAEVLGRVPNLNKPKRALFSEQ ID NO：3菌株ATCC13090的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB054多核苷酸序列TTGGCTCGTTTATTTTCACTCAAACCACTGGTGCTGGCATTGGGCTTCTGCTTCGGCACGCATTGCGCCGCCGCCGATGCCGTTGCGGCGGAGGAAACGGACAATCCGACCGCCGGAGGAAGTGTTCGGAGCGTGTCCGAACCCATGCAGCCTGCCGGCCTGAGCCTCGGTTCGACCTGCCTGTTTTGCAGTAACGAAAGCGGCAAACCCGAAAAAACCGAATCTGCCGTCAAAGGAAGCGGCGAAGGGCCTGTGCCCGAAAACCACACGCGAATTGTCGCCGACAAGGTGGAAGGGCAGTCGCAGGTCAAGGTACGCGCGGAGGGCGGCGTCGTTGTCGAACGCAACCGGACGACCCTTAATGCCGACTGGGCGGATTACGACCAGTCGGGCGACACCGTTACCGTAGGCGACCGGTTCGCCCTCCAACAGGACGGTACGCTGATTCGGGGCGAAACCCTGACCTACAATCTCGAGCAGCAGACCGGCGAAGCGCACAACGTCCGCATGGAAACCGAACAAGGCGGaCGGCGGCTGCAAAGCGTCAGCCGCACCGCCGAAATGTTGGGCGAAGGGCATTACAAACTGACGGAAACCCAATTCAACACCTGTTCCGCCGGCGATGCCGGCTGGTATGTCAAGGCAGCCTCTGTCGAAGCCGATCGGGAAAAAGGCATAGGCGTTGCCAAACACGCCGCCTTCGTGTTCGGCGGCGTTCCTATTTTCTACACCCCTTGGGCGGACTTCCCGCTTGACGGCAACCGCAAAAGCGGCCTGCTTGTTCCCTCACTGTCCGCCGGTTCGGACGGCGTTTCCCTTTCCGTTCCCTATTATTTCAACCTTGCCCCCAATCTCGATGCCACGTTCGCGCCCAGCGTGATCGGCGAACGCGGCGCGGTCTTTGACGGGCAGGTACGCTACCTGCGGCCGGATTATGCCGGCCAGTCCGACCTGACCTGGCTGCCGCACGACAAGAAAAGCGGCAGGAATAACCGCTATCAGGCGAAATGGCAGCATCGGCACGACATTTCCGACACGCTTCAGGCGGGTGTCGATTTCAACCAAGTCTCCGACAGCGGCTACTACCGCGACTTTTACGGCAACAAAGAAATCGCCGGCAACGTCAACCTCAACCGCCGTGTATGGCTGGATTATGGCGGCAGGGCGGCGGGCGGCAGCCTGAATGCCGGCCTTTCGGTTCTGAAATACCAGACGCTGGCAAACCAAAGCGGCTACAAAGACAAACCGTATGCCCTGATGCCGCGCCTTTCCGCCGATTGGCGCAAAAACACCGGCAGGGCGCAAATCGGCGTGTCCGCACAATTTACCCGCTTCAGCCACGACAGCCGCCAAGACGGCAGCCGCCTCGTCGTCTATCCCGACATCAAATGGGATTTCAGCAACAGCTGGGGTTACGTCCGTCCCAAACTCGGACTGCACGCCACCTATTACAGCCTCAACCGCTTCGGCAGCCAAGAAGCCCGACGCGTCAGCCGCACTCTACCCATCGTCAACATCGACAGCGGCATGACCTTCGAACGCAATACGCGGATGTTCGGCGGAGAAGTCCTGCAAACCCTCGAGCCGCGCCTGTTCTACAACTATATTCCTGCCAAATCCCAAAACGACCTGCCCAATTTTGATTCGTCGGAAAGCAGCTTCGGCTACGGGCAGCTTTTTCGTGAAAACCTCTATTACGGCAACGACAGGATTAACACCGCAAACAGCCTTTCCGCCGCCGTGCAAAGCCGTATTTTGGACGGCGCGACGGGGGCAGAGCGTTTCCGCGCCGGCATCGGGCAGAAATTCTACTTCAAAAACGACGCAGTCATGCTTGACGGCAGTGTCGGCAAAAAACCGCGCAGCCGTTCCGACTGGGTGGCATTCGCCTCCAGCGGCATCGGCAGCCGCTTCATCCTCGACAGCAGCATCCACTACAACCAAAACGACAAACGCGCCGAGAACTACGCCGTCGGTGCAAGCTACCGTCCCGCACAGGGCAAAGTGCTGAACGCCCGCTACAAATACGGGCGCAACGAAAAAATCTACCTGAAGTCCGACGGTTCCTATTTTTACGACAAACTCAGCCAGCTCGACCTGTCCGCACAATGGCCCCTGACGCGCAACCTGTCGGCCGTCGTCCGTTACAACTACGGTTTTGAAGCCAAAAAACCGATAGAGGTGCTGGCGGGTGCGGAATACAAAAGCAGTTGCGGCTGCTGGGGCGCGGGCGTGTACGCCCAACGCTACGTTACCGGCGAAAACACCTACAAAAACGCTGTCTTTTTCTCACTTCAGTTGAAAGACCTCAGCAGTGTCGGCAGAAACCCCGCAGACAGGATGGATGTCGCCGTTCCCGGCTATATCCCCGCCCACTCTCTTTCCGCCGGACGCAACAAACGGCCCTGASEQ ID NO：4根据SEQ ID NO：3多核苷酸序列推导出的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB054多肽序列MARLFSLKPLVLALGFCFGTHCAAADAVAAEETDNPTAGGSVRSVSEPMQPAGLSLGSTCLFCSNESGKPEKTESAVKGSGEGPVPENHTRIVADKVEGQSQVKVRAEGGVVVERNRTTLNADWADYDQSGDTVTVGDRFALQQDGTLIRGETLTYNLEQQTGEAHNVRMETEQGGRRLQSVSRTAEMLGEGHYKLTETQFNTCSAGDAGWYVKAASVEADREKGIGVAKHAAFVFGGVPIFYTPWADFPLDGNRKSGLLVPSLSAGSDGVSLSVPYYFNLAPNLDATFAPSVIGERGAVFDGQVRYLRPDYAGQSDLTWLPHDKKSGRNNRYQADWQHRHDISDTLQAGVDFNQVSDSGYYRDFYGNKEIAGNVNLNRRVWLDYGGRAAGGSLNAGLSVLKYQTLANQSGYKDKPYALMPRLSADWRKNTGRAQIGVSAQFTRFSHDSRQDGSRLVVYPDIKWDFSNSWGYVRPKLGLHATYYSLNRFGSQEARRVSRTLPIVNIDSGMTFERNTRMFGGEVLQTLEPRLFYNYIPAKSQNDLPNFDSSESSFGYGQLFRENLYYGNDRINTANSLSAAVQSRILDGATGAERFRAGIGQKFYFKNDAVMLDGSVGKKPRSRSDWVAFASSGIGSRFILDSSIHYNQNDKRAENYAVGASYRPAQGKVLNARYKYGRNEKIYLKSDGSYFYDKLSQLDLSAQWPLTRNLSAVVRYNYGFEAKKPIEVLAGAEYKSSCGCWGAGVYAQRYVTGENTYKNAVFFSLQLKDLSSVGRNPADRMDVAVPGYIPAHSLSAGRNKRPSEQ ID NO：5菌株ATCC13090的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB068多核苷酸序列ATGAAACTCGAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAGAAGTTTAAAAAATCATTTATTATAAGTCTATTTTTTTCTATTCTTTATACCTCTCCGCTTTTGGCTGTTGATTACGTTTACGACAAAACCAAGCTCACTGATGATGAAATTACCCGCTTAAAAAAACTCCGCGATAGAAATAGTGAATATTGGAAAGAAGAAACTTATCACATAAAAAGTAACAACCGAGTTTATCCAAACATTCCCGCATTATTCCCTAAACATCCTTTCGATCCATTCGAAAACATCAATAATTCAAAAAGGATTTCTTTTTATGACAAAGAATACACTGAAGATTACCTTGTTGGTTTTGCTCAAGGTTTAGGCGTTGCAAAAAGAAATGGGGAAACAGAAAAACCAATACGGCAATATTTTAAGGAATGTTTAAACACTGGGAAATATAGTGATGATACTTGCAAATCTCAACAATCTATTCCTACAGTAAGAAGTGATATTTTCGCCCTAAATACGAAAATAAAAAATAGCCATATCAACAGCGAAATTTTCGCTGTCGGTAATTATACAAAATTGATGTACTCAGCCCAACATCATTCTATTTGGTCAGAGCATCTCTATTCCAATTCAGAATTATCTCTTGACGTTGATAACTCACACGTTATCGGACAAACGATTGATTTGGGAGCATTAGAATTAACAAATTCTCTATGGGAACCCCGTTGGAACTCTAATATTGATTATTTAATAACAAAAAATGCTGAAATTCGTTTTAACACTAAAAGTGAAAGTTTACTCGTAAAAGAAGATTATGCTGGCGGAGCTCGTTTTCGTTTTGCTTACGGTCTAAAAGATAAAGTCCCTGAAACACCAATTTTAACTTTTGAAAAAAATATAACTGGCACATCAGATATTATTTTTGAGGGAAAAGCGTTGGATAATTTAAAACACCTAGACGGGCATCAAATTATCAAAGTAAATGGCACAGCAGATAAACACGCATTCCGTCTTTCTGGCAAACACCAAAAGGGAATTTATACGCTTTCTTTACAACAACGCCCAGAGGGCTTTTTTACCAAAGTGCAAGAACGCGATGATATTGCGATTTATGCACAACAAGCCCAAGCCGCCAATACCTTATTCGCCTTGCGTTTAAACGACAAAAACAGCGATATTTTTGACCGCACTTTACCGCGCAAAGGCTTGTGGTTACGTGTGATTGACGGACATTCCAGCCAATGGGTACAAGGCAAAACGGCACCAGTAGAAGGAAATCGTAAAGGCATACAACTTGGTGGCGATGTTTTCTCATTGCAAAATCACAACTATCAACTTTCCGTTGGCTTAATGGGCGGACAAGCAGAACAACGCAGTACTTTCCGCAACCCAGATACAGACAATCTTACAACGGGAAATGTGAAAGGCTTTGGTGCAGGCGTTTACGCCACTTGGCATCAGCTTCAGGACAAACAGACAGGTGCGTATGCGGATAGCTGGGTACAATATCAACGTTTCCGCCACCGTATCAACACTGAAGATGGTACAGAACGTTTTACTTCAAAAGGTATTACTGCCTCAATTGAAGCAGGTTACAACGCTTTATTGGCGGAACACGTAACTAAAAAGGGCAACAGCCTTCGTGTTTACCTACAACCACAGGCGCAATTGACTTATTTGGGGGTAAACGGAAAATTCAGCGATAGCGAAAATGCCCACGTGAATTTACTTGGCTCTCGCCAATTACAAAGCCGAGTGGGCGTTCAAGCTAAAGCTCAATTTGCTTTCACTAATGGCGTCACTTTCCAACCATTTGTTTCCGTCAATTCAATCTACCAACAAAAACCTTTCGGGGTAGAAATGGACGGAGAACGTCGAGTGATAAACAACAAAACCGCGATTGAAAGCCAATTAGGCGTTGCGGTAAAAATTAAATCTCACTTAACTTTACAAGCAACATTCAACCGCCAAACAGGCAAACATCATCAAGCTAAACAAGGCGCATTGAATTTACAGTGGACGTTTTAASEQ ID NO：6根据SEQ ID NO：5多核苷酸序列推导出的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB068多肽序列MKLEASKQASKQKFKKSFIISLFFSILYTSPLLAVDYVYDKTKLTDDEITRLKKLRDRNSEYWKEETYHIKSNNRVYPNIPALFPKHPFDPFENINNSKRISFYDKEYTEDYLVGFAQGLGVAKRNGETEKPIRQYFKECLNTGKYSDDTCKSQQSIPTVRSDIFALNTKIKNSHINSEIFAVGNYTKLMYSAQHHSIWSEHLYSNSELSLDVDNSHVIGQTIDLGALELTNSLWEPRWNSNIDYLITKNAEIRFNTKSESLLVKEDYAGGARFRFAYGLKDKVPETPILTFEKNITGTSDIIFEGKALDNLKHLDGHQIIKVNGTADKHAFRLSGKHQKGIYTLSLQQRPEGFFTKVQERDDIAIYAQQAQAANTLFALRLNDKNSDIFDRTLPRKGLWLRVIDGHSSQWVQGKTAPVEGNRKGIQLGGDVFSLQNHNYQLSVGLMGGQAEQRSTFRNPDTDNLTTGNVKGFGAGVYATWHQLQDKQTGAYADSWVQYQRFRHRINTEDGTERFTSKGITASIEAGYNALLAEHVTKKGNSLRVYLQPQAQLTYLGVNGKFSDSENAHVNLLGSRQLQSRVGVQAKAQFAFTNGVTFQPFVSVNSIYQQKPFGVEMDGERRVINNKTAIESQLGVAVKIKSHLTLQATFNRQTGKHHQAKQGALNLQWTFSEQ ID NO：7菌株ATCC13090的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB069多核苷酸序列ATGACACTGAAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCGGTCGGGTTAATCTATTAACATTATCTGTTTTATCGCTGTTTTGCACGCCATATGTTTGTGGTTCGGATGCGTACGATCCCGTCAAAGAAGCCGAGATTAAAAACAAATTTATTTTAGAAGCGGCGGAAGACAGAAATTCCCACGTTTGGCGCGGCCCGTGCAGCATATCTTTTGATTGCTTCGGTATGTTCAGAGCTCAGCTTGGTTCAAATACTCGTTCTACCAAAATCGGCGACGATGCCGATTTTTCATTTTCAGACAAGCCGAAACCCGGCACTTCCCATTATTTTTCCAGCGGTAAAACCGATCAAAATTCATCCGAATATGGGTATGACGAAATCAATATCCAAGGTAAAAACTACAATAGCGGCATACTCGCCGTCGATAATATGCCCGTTGTTAAGAAATATATTACAGATACTTACGGGGATAATTTAAAGGATGCGGTTAAGAAGCAATTACAGGATTTATACAAAACAAGACCCGAAGCTTGGGAAGAAAATAAAAAACGGACTGAGGAGGCGTATATAGAACAGCTTGGACCAAAATTTAGTATACTCAAACAGAAAAACCCCGATTTAATTAATAAATTGGTAGAAGATTCCGTACTCACTCCTCATAGTAATACATCACAGACTAGTCTCAACAACATCTTCAATAAAAAATTACACGTCAAAATCGAAAACAAATCCCACGTCGCCGGACAGGTGTTGGAACTGACCAAGATGACGCTGAAAGATTCCCTTTGGGAACCGCGCCGCCATTCCGACATCCATACGCTGGAAACTTCCGATAATGCCCGCATCCGCCTGAACACGAAAGATGAAAAACTGACCGTCCATAAAGCGTATCAGGGCGGCGCGGATTTCCTGTTCGGCTACGACGTGCGGGAGTCGGACGAACCCGCCCTGACCTTTGAACAAAACGTCAGCGGAAAATCCGGCGTGGTTTTGGAACGCCGGCCGGAAAATCTGAAAACGCTCGACGGGCGCAAACTGATTGCGGCGGAAAAGGCAGACCCTAATTCGTTTGCGTTTAAACAAAATTACCGGCAGGGACTGTACGAATTATTGCTCAAGCAATGCGAAGGCGGATTTTGCTTGGGTGTGCAGCGTTTGGCTATCCCTGAGGCGGAAGCGGTTTTATATGCCCAACAGGCTTATGCGGCAAATACTTTGTTTGGGCTGCGTGCCGCCGACAGGGGCGACGACGTGTATGCCGCCGATCCGTCCCGTCAAAAATTGTGGCTGCGCTTCATCGGCGGCCGGTCGCATCAAAATATACGGGGCGGCGCGGCTGCGGACGGGCGGCGCAAAGGCGTGCAAATCGGCGGTGAGGTGTTTGTACGGCAAAATGAAGGCAGTCGGCTGGCAATCGGCGTGATGGGCGGCAGGGCTGGCCAGCACGCATCAGTCAACGGCAAAGGCGGTGCGGCAGGCAGTTATTTGCATGGTTATGGCGGGGGTGTTTATGCTGCGTGGCATCAGTTGCGCGATAAACAAACGGGTGCGTATTTGGACGGCTGGTTGCAATACCAACGTTTCAAACACCGCATCAATGATGAAAACCGTGCGGAACGCTACAAAACCAAAGGTTGGACGGCTTCTGTCGAAGGCGGCTACAACGCGCTTGTGGCGGAAGGCGTTGTCGGAAAAGGCAATAATGTGCGGTTTTACCTGCAACCGCAGGCGCAGTTTACCTACTTGGGCGTAAACGGCGGCTTTACCGACAGCGAGGGGACGGCGGTCGGACTGCTCGGCAGCGGTCAGTGGCAAAGCCGCGCCGGCATTCGGGCAAAAACCCGTTTTGCTTTGCGTAACGGTGTCAATCTTCAGCCTTTTGCCGCTTTTAATGTTTTGCACAGGTCAAAATCTTTCGGCGTGGAAATGGACGGCGAAAAACAGACGCTGGCAGGCAGGACGGCGCTCGAAGGGCGGTTCGGCATTGAAGCCGGTTGGAAAGGCCATATGTCCGCACGCATCGGATACGGCAAAAGGACGGACGGCGACAAAGAAGCCGCATTGTCGCTCAAATGGCTGTTTTGASEQ ID NO：8根据SEQ ID NO：7多核苷酸序列推导出的脑膜炎奈瑟氏球菌BASB069多肽序列MTLKASKQASGRVNLLTLSVLSLFCTPYVCGSDAYDPVKEAEIKNKFILEAAEDRNSHVWRGPCSISFDCFGMFRAQLGSNTRSTKIGDDADFSFSDKPKPGTSHYFSSGKTDQNSSEYGYDEINIQGKNYNSGILAVDNMPVVKKYITDTYGDNLKDAVKKQLQDLYKTRPEAWEENKKRTEEAYIEQLGPKFSILKQKNPDLINKLVEDSVLTPHSNTSQTSLNNIFNKKLHVKIENKSHVAGQVLFLTKMTLKDSLWEPRRHSDIHTLETSDNARIRLNTKDEKLTVHKAYQGGADFLFGYDVRESDEPALTFEQNVSGKSGVVLERRPENLKTLDGRKLIAAEKADPNSFAFKQNYRQGLYELLLKQCEGGFCLGVQRLAIPEAEAVLYAQQAYAANTLFGLRAADRGDDVYAADPSRQKLWLRFIGGRSHQNIRGGAAADGRRKGVQIGGEVFVRQNEGSRLAIGVMGGRAGQHASVNGKGGAAGSYLHGYGGGVYAAWHQLRDKQTGAYLDGWLQYQRFKHRINDENRAERYKTKGWTASVEGGYNALVAEGVVGKGNNVRFYLQPQAQFTYLGVNGGFTDSEGTAVGLLGSGQWQSRAGIRAKTRFALRNGVNLQPFAAFNVLHRSKSFGVEMDGEKQTLAGRTALEGRFGIEAGWKGHMSARIGYGKRTDGDKEAALSLKWLF

保藏材料

包含脑膜炎奈瑟氏球菌血清群B菌株的保藏物于1997年6月22日保藏在美国典型培养物保藏中心(本文称为“ATCC”)，保藏号为13090。所述保藏物描述为脑膜炎奈瑟氏球菌(Albrecht和Ghon)并且用脑膜炎奈瑟氏球菌分离株构建的1.5-2.9kb冻干插入片段文库。在Int.Bull.Bacteriol.Nomencl.Taxon.8：1-15(1958)中介绍了该保藏物。

脑膜炎奈瑟氏球菌菌株保藏物在本文内称为“保藏菌株”或“保藏菌株的DNA”。

所述保藏菌株包含全长BASB047、BASB054、BASB068和BASB069基因。包含在所述保藏菌株内的多核苷酸的序列以及其编码的任何多肽的氨基酸序列在与本文序列的任何描述发生冲突的情况下，都作为对照(controlling)。

所述保藏菌株已经根据国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约的条款保藏。在专利颁发时，所述保藏菌株将不可撤回并且无限制或无条件地发放给公众。提供所述保藏菌株仅仅是为了方便本领域的技术人员，而不是承认需要保藏物能够实现(enablement)，例如根据35 U.S.C.§112的要求。

说明书的核苷酸和氨基酸序列

序列表

<110>SmithKline Beecham Biologicals S.A.

<120>新型化合物

<130>BM45352

<160>8

<170>FastSEQ for Windows Version 3.0

<210>1

<211>1203

<212>DNA

<213>脑膜炎奈瑟氏菌

<400>1atgcgtcatt cccactattt tcaatggtta tctttgcctt tactaagtgt ggcagtaact 60cagcagttgt acgctcaacc caatgagtca ttaccaacgg ttgaattaga gcctgtggtt 120attaccattg ataagagcgg tatggcactt gccaatcgta tcacgcaaat gccccatacc 180accaaagtta tttatgaaga gcaaattcaa gagcaagcaa caggctctcg acagcttgcc 240gatgtgatgg cacagctcat tccaagtttg ggggtaagta gtggcactac cagtaacttt 300gggcaaacca tgcacggtcg tcaagtgcaa tttttgttaa atggcgtgcc tttgacaggt 360tcgcgagaca tctctagaca gcttaatagt atcaatccca atcaagtggc tagaattgaa 420gttttatcag gagcaaccag tatttatggg tctggagcaa caggcggttt gattaatatc 480gttactaagt ctgatttgga agaggagcaa tttgaaaccc gcatcggtgt acatggtagt 540aaattatcca gtgaaggtat cggttatcag gtaggtcaga gtgtagcagg tgtcagcgaa 600aatggtaatg tccttgcacg acttgatgtc gactatcgca ccacaggagg ggcatttgat 660gctaacggta aacgcatcgc tcctgagcct gcccaaactg ataagcaaga cagcaaaagc 720ctaagtgtca atacaaatgt tgattggcaa cttgacgaca agcaaaatat caatctggca 780ttgacgcatt ataacgacaa acaagatacc gattatgcac ctgattatgg taatcgcctt 840gcggtgttgt ttggagaaaa gccttcatta aatgccatca aaggcttatc attatcagaa 900cagccaaaaa ccaccaaaag cacctttaat atcaactatc atcatgatga tttgtggggt 960aacaccatca ataccaatgc ttattatcgc agagagaaag gcagatttta tccctttgtt 1020gccccgtttt cgatcgccaa agccctgcct attttacaaa gcatgaattt gccatcagcc 1080actttggatg cttataccaa ggctccacaa gctcgcgcct atggggtgtt acaatccgaa 1140tctaaggcag aggtactagg gcgtgtccct aatttgaata agcccaaaag agccctattt 1200taa 1203

<210>2

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<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏菌

<400>2Met Arg His Ser His Tyr Phe Gln Trp Leu Ser Leu Pro Leu Leu Ser1 5 10 15Val Ala Val Thr Gln Gln Leu Tyr Ala Gln Pro Asn Glu Ser Leu Pro

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50 55 60Tyr Glu Glu Gln Ile Gln Glu Gln Ala Thr Gly Ser Arg Gln Leu Ala65 70 75 80Asp Val Met Ala Gln Leu Ile Pro Ser Leu Gly Val Ser Ser Gly Thr

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100 105 110Leu Asn Gly Val Pro Leu Thr Gly Ser Arg Asp Ile Ser Arg Gln Leu

115 120 125Asn Ser Ile Asn Pro Asn Gln Val Ala Arg Ile Glu Val Leu Ser Gly

130 135 140Ala Thr Ser Ile Tyr Gly Ser Gly Ala Thr Gly Gly Leu Ile Asn Ile145 150 155 160Val Thr Lys Ser Asp Leu Glu Glu Glu Gln Phe Glu Thr Arg Ile Gly

165 170 175Val His Gly Ser Lys Leu Ser Ser Glu Gly Ile Gly Tyr Gln Val Gly

180 185 190Gln Ser Val Ala Gly Val Ser Glu Asn Gly Asn Val Leu Ala Arg Leu

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210 215 220Arg Ile Ala Pro Glu Pro Ala Gln Thr Asp Lys Gln Asp Ser Lys Ser225 230 235 240Leu Ser Val Asn Thr Asn Val Asp Trp Gln Leu Asp Asp Lys Gln Asn

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355 360 365Pro Gln Ala Arg Ala Tyr Gly Val Leu Gln Ser Glu Ser Lys Ala Glu

370 375 380Val Leu Gly Arg Val Pro Asn Leu Asn Lys Pro Lys Arg Ala Leu Phe385 390 395 400

<210>3

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<212>DNA

<213>脑膜炎奈瑟氏菌

<400>3ttggctcgtt tattttcact caaaccactg gtgctggcat tgggcttctg cttcggcacg 60cattgcgccg ccgccgatgc cgttgcggcg gaggaaacgg acaatccgac cgccggagga 120agtgttcgga gcgtgtccga acccatgcag cctgccggcc tgagcctcgg ttcgacctgc 180ctgttttgca gtaacgaaag cggcaaaccc gaaaaaaccg aatctgccgt caaaggaagc 240ggcgaagggc ctgtgcccga aaaccacacg cgaattgtcg ccgacaaggt ggaagggcag 300tcgcaggtca aggtacgcgc ggagggcggc gtcgttgtcg aacgcaaccg gacgaccctt 360aatgccgact gggcggatta cgaccagtcg ggcgacaccg ttaccgtagg cgaccggttc 420gccctccaac aggacggtac gctgattcgg ggcgaaaccc tgacctacaa tctcgagcag 480cagaccggcg aagcgcacaa cgtccgcatg gaaaccgaac aaggcggacg gcggctgcaa 540agcgtcagcc gcaccgccga aatgttgggc gaagggcatt acaaactgac ggaaacccaa 600ttcaacacct gttccgccgg cgatgccggc tggtatgtca aggcagcctc tgtcgaagcc 660gatcgggaaa aaggcatagg cgttgccaaa cacgccgcct tcgtgttcgg cggcgttcct 720attttctaca ccccttgggc ggacttcccg cttgacggca accgcaaaag cggcctgctt 780gttccctcac tgtccgccgg ttcggacggc gtttcccttt ccgttcccta ttatttcaac 840cttgccccca atctcgatgc cacgttcgcg cccagcgtga tcggcgaacg cggcgcggtc 900tttgacgggc aggtacgcta cctgcggccg gattatgccg gccagtccga cctgacctgg 960ctgccgcacg acaagaaaag cggcaggaat aaccgctatc aggcgaaatg gcagcatcgg 1020cacgacattt ccgacacgct tcaggcgggt gtcgatttca accaagtctc cgacagcggc 1080tactaccgcg acttttacgg caacaaagaa atcgccggca acgtcaacct caaccgccgt 1140gtatggctgg attatggcgg cagggcggcg ggcggcagcc tgaatgccgg cctttcggtt 1200ctgaaatacc agacgctggc aaaccaaagc ggctacaaag acaaaccgta tgccctgatg 1260ccgcgccttt ccgccgattg gcgcaaaaac accggcaggg cgcaaatcgg cgtgtccgca 1320caatttaccc gcttcagcca cgacagccgc caagacggca gccgcctcgt cgtctatccc 1380gacatcaaat gggatttcag caacagctgg ggttacgtcc gtcccaaact cggactgcac 1440gccacctatt acagcctcaa ccgcttcggc agccaagaag cccgacgcgt cagccgcact 1500ctacccatcg tcaacatcga cagcggcatg accttcgaac gcaatacgcg gatgttcggc 1560ggagaagtcc tgcaaaccct cgagccgcgc ctgttctaca actatattcc tgccaaatcc 1620caaaacgacc tgcccaattt tgattcgtcg gaaagcagct tcggctacgg gcagcttttt 1680cgtgaaaacc tctattacgg caacgacagg attaacaccg caaacagcct ttccgccgcc 1740gtgcaaagcc gtattttgga cggcgcgacg ggggcagagc gtttccgcgc cggcatcggg 1800cagaaattct acttcaaaaa cgacgcagtc atgcttgacg gcagtgtcgg caaaaaaccg 1860cgcagccgtt ccgactgggt ggcattcgcc tccagcggca tcggcagccg cttcatcctc 1920gacagcagca tccactacaa ccaaaacgac aaacgcgccg agaactacgc cgtcggtgca 1980agctaccgtc ccgcacaggg caaagtgctg aacgcccgct acaaatacgg gcgcaacgaa 2040aaaatctacc tgaagtccga cggttcctat ttttacgaca aactcagcca gctcgacctg 2100tccgcacaat ggcccctgac gcgcaacctg tcggccgtcg tccgttacaa ctacggtttt 2160gaagccaaaa aaccgataga ggtgctggcg ggtgcggaat acaaaagcag ttgcggctgc 2220tggggcgcgg gcgtgtacgc ccaacgctac gttaccggcg aaaacaccta caaaaacgct 2280gtctttttct cacttcagtt gaaagacctc agcagtgtcg gcagaaaccc cgcagacagg 2340atggatgtcg ccgttcccgg ctatatcccc gcccactctc tttccgccgg acgcaacaaa 2400cggccctga 2409

<210>4

<211>802

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏菌

<400>4Met Ala Arg Leu Phe Ser Leu Lys Pro Leu Val Leu Ala Leu Gly Phe1 5 10 15Cys Phe Gly Thr His Cys Ala Ala Ala Asp Ala Val Ala Ala Glu Glu

20 25 30Thr Asp Asn Pro Thr Ala Gly Gly Ser Val Arg Ser Val Ser Glu Pro

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100 105 110Val Glu Arg Asn Arg Thr Thr Leu Asn Ala Asp Trp Ala Asp Tyr Asp

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130 135 140Asp Gly Thr Leu Ile Arg Gly Glu Thr Leu Thr Tyr Asn Leu Glu Gln145 150 155 160Gln Thr Gly Glu Ala His Asn Val Arg Met Glu Thr Glu Gln Gly Gly

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195 200 205Ala Gly Trp Tyr Val Lys Ala Ala Ser Val Glu Ala Asp Arg Glu Lys

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260 265 270Leu Ser Val Pro Tyr Tyr Phe Asn Leu Ala Pro Asn Leu Asp Ala Thr

275 280 285Phe Ala Pro Ser Val Ile Gly Glu Arg Gly Ala Val Phe Asp Gly Gln

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325 330 335Trp Gln His Arg His Asp Ile Ser Asp Thr Leu Gln Ala Gly Val Asp

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450 455 460Asp Phe Ser Asn Ser Trp Gly Tyr Val Arg Pro Lys Leu Gly Leu His465 470 475 480Ala Thr Tyr Tyr Ser Leu Asn Arg Phe Gly Ser Gln Glu Ala Arg Arg

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<212>DNA

<213>脑膜炎奈瑟氏菌

<400> 5atgaaactcg aagcaagcaa gcaagcaagc aagcagaagt ttaaaaaatc atttattata 60agtctatttt tttctattct ttatacctct ccgcttttgg ctgttgatta cgtttacgac 120aaaaccaagc tcactgatga tgaaattacc cgcttaaaaa aactccgcga tagaaatagt 180gaatattgga aagaagaaac ttatcacata aaaagtaaca accgagttta tccaaacatt 240cccgcattat tccctaaaca tcctttcgat ccattcgaaa acatcaataa ttcaaaaagg 300atttcttttt atgacaaaga atacactgaa gattaccttg ttggttttgc tcaaggttta 360ggcgttgcaa aaagaaatgg ggaaacagaa aaaccaatac ggcaatattt taaggaatgt 420ttaaacactg ggaaatatag tgatgatact tgcaaatctc aacaatctat tcctacagta 480agaagtgata ttttcgccct aaatacgaaa ataaaaaata gccatatcaa cagcgaaatt 540ttcgctgtcg gtaattatac aaaattgatg tactcagccc aacatcattc tatttggtca 600gagcatctct attccaattc agaattatct cttgacgttg ataactcaca cgttatcgga 660caaacgattg atttgggagc attagaatta acaaattctc tatgggaacc ccgttggaac 720tctaatattg attatttaat aacaaaaaat gctgaaattc gttttaacac taaaagtgaa 780agtttactcg taaaagaaga ttatgctggc ggagctcgtt ttcgttttgc ttacggtcta 840aaagataaag tccctgaaac accaatttta acttttgaaa aaaatataac tggcacatca 900gatattattt ttgagggaaa agcgttggat aatttaaaac acctagacgg gcatcaaatt 960atcaaagtaa atggcacagc agataaacac gcattccgtc tttctggcaa acaccaaaag 1020ggaatttata cgctttcttt acaacaacgc ccagagggct tttttaccaa agtgcaagaa 1080cgcgatgata ttgcgattta tgcacaacaa gcccaagccg ccaatacctt attcgccttg 1140cgtttaaacg acaaaaacag cgatattttt gaccgcactt taccgcgcaa aggcttgtgg 1200ttacgtgtga ttgacggaca ttccagccaa tgggtacaag gcaaaacggc accagtagaa 1260ggaaatcgta aaggcataca acttggtggc gatgttttct cattgcaaaa tcacaactat 1320caactttccg ttggcttaat gggcggacaa gcagaacaac gcagtacttt ccgcaaccca 1380gatacagaca atcttacaac gggaaatgtg aaaggctttg gtgcaggcgt ttacgccact 1440tggcatcagc ttcaggacaa acagacaggt gcgtatgcgg atagctgggt acaatatcaa 1500cgtttccgcc accgtatcaa cactgaagat ggtacagaac gttttacttc aaaaggtatt 1560actgcctcaa ttgaagcagg ttacaacgct ttattggcgg aacacgtaac taaaaagggc 1620aacagccttc gtgtttacct acaaccacag gcgcaattga cttatttggg ggtaaacgga 1680aaattcagcg atagcgaaaa tgcccacgtg aatttacttg gctctcgcca attacaaagc 1740cgagtgggcg ttcaagctaa agctcaattt gctttcacta atggcgtcac tttccaacca 1800tttgtttccg tcaattcaat ctaccaacaa aaacctttcg gggtagaaat ggacggagaa 1860cgtcgagtga taaacaacaa aaccgcgatt gaaagccaat taggcgttgc ggtaaaaatt 1920aaatctcact taactttaca agcaacattc aaccgccaaa caggcaaaca tcatcaagct 1980aaacaaggcg cattgaattt acagtggacg ttttaa 2016

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<400>6Met Lys Leu Glu Ala Ser Lys Gln Ala Ser Lys Gln Lys Phe Lys Lys1 5 10 15Ser Phe Ile Ile Ser Leu Phe Phe Ser Ile Leu Tyr Thr Ser Pro Leu

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690

Claims

1.一种分离的多肽，它包含与选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少85％同一性的氨基酸序列。

2.权利要求1要求保护的分离多肽，其中所述氨基酸序列与选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少95％同一性。

3.权利要求1要求保护的多肽，所述多肽包含选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8的氨基酸序列。

4.一种分离的多肽，它为SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ IDNO：6或SEQ ID NO：8的多肽。

5.权利要求1到4任一项要求保护的多肽的免疫原性片段，其中所述免疫原性片段的免疫原性活性基本上与SEQ ID NO：2、SEQ IDNO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：8的多肽的免疫原性活性相同。

6.一种分离的多核苷酸或与该分离的多核苷酸互补的核苷酸序列，所述分离的多核苷酸包含这样的核苷酸序列：它编码分别在SEQID NO：2、4、6或8的全长上与SEQ ID NO：2、4、6或8的氨基酸序列有至少85％同一性的多肽。

7.一种分离的多核苷酸或与该分离的多核苷酸互补的核苷酸序列，所述分离的多核苷酸包含这样的核苷酸序列：它在整个编码区上与编码SEQ ID NO：2、4、6或8多肽的核苷酸序列有至少85％同一性。

8.一种分离的多核苷酸或与该分离的多核苷酸互补的核苷酸序列，所述分离的多核苷酸包含分别在SEQ ID NO：1、3、5或7的全长上与SEQ ID NO：1、3、5或7的核苷酸序列有至少85％同一性的核苷酸序列。

9.权利要求6到8任一项要求保护的分离的多核苷酸，其中与SEQ ID NO：1、3、5或7的同一性至少为95％。

10.一种分离的多核苷酸，它包含编码SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：8的多肽的核苷酸序列。

11.一种分离的多核苷酸，它包含SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5或SEQ ID NO：7的多核苷酸。

12.一种分离的多核苷酸，它包含编码SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6或SEQ ID NO：8的多肽的核苷酸序列，所述核苷酸序列可以通过在严格杂交条件下使用具有SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：7的序列或其片段的标记探针筛选合适文库而获得。

13.一种表达载体或重组活微生物，它们包含依照权利要求6到12任一项的分离多核苷酸。

14.一种包含权利要求13的表达载体的宿主细胞或所述宿主细胞的亚细胞部分或膜，它们表达一种分离多肽，所述分离多肽包含与选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少85％同一性的氨基酸序列。

15.一种产生多肽的方法，所述多肽包含与选自SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：8的氨基酸序列有至少85％同一性的氨基酸序列，所述方法包括：在足以产生所述多肽的条件下培养权利要求14的宿主细胞，然后从培养基中回收所述多肽。

16.一种表达权利要求6到12任一项的多核苷酸的方法，所述方法包括：用包含至少一种所述多核苷酸的表达载体转化宿主细胞，然后在足以表达任何一种所述多核苷酸的条件下培养所述宿主细胞。

17.一种疫苗组合物，它包含有效量的权利要求1到5任一项的多肽以及一种药学上可接受的载体。

18.一种疫苗组合物，它包含有效量的权利要求6到12任一项的多肽以及一种药学上可接受的载体。

19.依照权利要求17或18中任一项的疫苗组合物，其中所述组合物包含至少一种其它脑膜炎奈瑟氏球菌抗原。

20.一种抗体，它为权利要求1到5任一项要求保护的多肽或免疫片段的免疫特异性抗体。

21.一种诊断脑膜炎奈瑟氏球菌感染的方法，所述方法包括用怀疑受到这样的感染的动物的生物样品，鉴定权利要求1到5任一项要求保护的多肽或该多肽的免疫特异性抗体的含量。

22.一种组合物在制备用于在动物体内产生免疫应答的药物中的用途，所述组合物包含免疫有效量的权利要求1到5任一项要求保护的多肽。

23.一种组合物在制备用于在动物体内产生免疫应答的药物中的用途，所述组合物包含免疫有效量的权利要求6到12任一项要求保护的多核苷酸。

24.一种用于治疗患有脑膜炎奈瑟氏球菌病的病人的治疗组合物，该组合物包含至少一种针对权利要求1到5的多肽的抗体以及一种合适的药用载体。