CN118028476A - 一种通过snp标记选育改良黄牛纤维蛋白原浓度的方法及其应用 - Google Patents

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Abstract

本申请是关于一种通过SNP标记选育改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的方法及其应用。本申请提供了一种用于检测改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的SNP标记，若检测到SNP标记处的单核苷酸为T，说明该改良藏黄牛个体的纤维蛋白原浓度较高；若检测到SNP标记处的单核苷酸为C，说明该改良藏黄牛个体的纤维蛋白原浓度较低。根据所述检测结果对改良藏黄牛进行筛选，筛选可以适应高原低氧环境的改良藏黄牛个体，改善改良藏黄牛在高原地区的生存和适应能力，为改良藏黄牛的遗传育种和高原地区奶牛的发展提供有力支持。

Description

一种通过SNP标记选育改良黄牛纤维蛋白原浓度的方法及其 应用
技术领域
本申请属于分子生物技术和SNP标记技术领域，本申请涉及一种通过SNP标记选育黄牛纤维蛋白原的方法及其应用。
背景技术
荷斯坦牛(Holstein-Friesian)，原产于荷兰和德国北部，是全球最普遍的高产奶牛品种。这种牛以其显著的黑白斑点和优秀的乳品质而闻名，具有高产奶量和良好的遗传特性(XinyuZhang，2022)。然而，在特定环境，如低氧和低温条件下，荷斯坦牛难以适应，因为它们大型的身体和旺盛的代谢需求在高海拔地区容易受限。另一方面，藏黄牛是一种原产于青藏高原的本土奶牛品种，特别适应高原的低氧和寒冷环境。虽然它们的产奶量较低，但具有出色的耐寒性和对粗饲料的高消化能力(DengF，2015)。考虑到这两种品种的特点，通过荷斯坦牛♂和藏黄牛♀的杂交育种后的改良藏黄牛，既能适应高原特殊的气候环境，又能继承荷斯坦牛的高产奶和优良乳质特性。这种杂交策略不仅有望提高高原地区的奶牛养殖效率，还有助于提升当地奶业的经济效益。但随着改良代数的增加，改良藏黄牛高原病的发病率增加，严重影响了牛乳的质量，影响到了当地奶业的发展。在西藏山南、日喀则等地区，当地改良牛(荷斯坦牛♂×藏黄牛♀)大多数已进入第五代(F5)，有的甚至进入第六代(F6)，当地改良牛(荷斯坦牛♂×藏黄牛♀)到第三代(F3)之后，一些不利于生产的性状也逐渐凸显，如繁殖性能下降，其母牛难产死亡率急剧上升，犊牛出生死亡率达5％左右，新生犊牛成活率低于90％，饲养过程中容易出现水肿、高原红细胞增多症等现象，高原适应性差，严重影响奶制品的产量和品质，对当地牧业也带来了巨大的影响，解决改良牛适应性的问题已经迫在眉睫。
在高原环境中，动物面临氧气稀缺、强紫外辐射、低温等多重挑战(武柠子等，2018)，这可能导致组织受损或炎症的发生。在这种情况下，纤维蛋白原的作用变得尤为显著。它有助于形成血栓，减小出血风险，并促进受损组织的修复。因此，纤维蛋白原在高原适应过程中发挥着关键作用，协助动物更好地适应高原环境的生存挑战，维护身体完整性，以更有效地适应低氧条件。这凸显了纤维蛋白原在维护动物健康和生存方面的至关重要性。
纤维蛋白原是一种由肝脏合成的血浆蛋白，它作为纤维蛋白的前体蛋白，有不同的基因编码，但在结构上非常相似，确保了它们的功能一致性。在体内扮演着关键角色。纤维蛋白原在组织受伤时发挥着关键作用，参与凝血过程。在凝血级联反应中，纤维蛋白原首先被转化为可溶性的纤维蛋白，然后进一步聚合成不溶性的纤维蛋白，有助于形成血栓以控制出血。此外，纤维蛋白原还在组织损伤修复和炎症过程中发挥多重作用(Luyendyk JP等，2019；Donkin R等，2023；刘婷等，2017)。
相关技术背景下，单核苷酸(SNP)标记被广泛应用于遗传研究，它们能够定位基因组中特定位点的变异，建立与生理特性之间的关联。因此，SNP标记辅助育种已经成为改善改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的有力选择。整体来说，SNP标记辅助育种以及全基因组关联分析等现代遗传方法，将为改善改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度提供更准确的工具和方法，提高改良藏黄牛在不同环境条件下的生存和生长能力，同时也为畜牧业提供更有竞争力的生产动物。
研究与改良藏黄牛(荷斯坦牛♂×藏黄牛♀)纤维蛋白原相关的SNP标记具有广泛的应用前景，不仅有助于科学理解适应性机制，还为改良藏黄牛的遗传改良和高原地区的畜牧业提供了坚实的支持。
发明内容
本申请的目的是探究一种通过SNP标记选育黄牛纤维蛋白原浓度的方法及其应用。
为实现上述目的，本申请采取了以下技术方案：
本申请第一方面提供了一种用于检测改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的SNP标记，SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
进一步，SNP标记的单核苷酸M位置位于Bos taurus参考基因组ARS-UCD1.2版本16号染色体50683490核苷酸位点T>C突变，其位置在序列SEQ ID NO：1中，为5'端的第82位。
本申请第二方面提供了一种用于鉴定改良藏黄牛纤维蛋白原浓度SNP标记的引物对，引物对包括上游引物和下游引物；
上游引物的核苷酸序列为：5'-GGTCCATTATCTGCTCACT-3'；下游引物的核苷酸序列为：5'-GGCTGCTGTCCTTATCAT-3'。
本申请第三方面提供了一种检测改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的方法，具体步骤包括：使用核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的SNP标记，检测SNP标记的单核苷酸得到检测结果；用于确定所述改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的高低，SNP标记的单核苷酸M的位置位于Bostaurus参考基因组ARS-UCD1.2版本16号染色体50683490核苷酸位点T>C突变，其位置在序列SEQ ID NO：1中，为5'端的第82位。
进一步，方法还包括：当检测结果为单核苷酸M为T时，确定改良藏黄牛个体的纤维蛋白原浓度较高，改良藏黄牛个体为TT型个体；当检测结果为单核苷酸M为C时，确定改良藏黄牛个体的纤维蛋白原浓度较低，改良藏黄牛个体为CC型个体和TC型个体。
本申请第四方面提供了一种选育改良藏黄牛个体的方法，具体步骤包括：
1)提取待测改良藏黄牛个体的基因；
2)检测改良藏黄牛16号染色体上的核苷酸位点，SNP标记的单核苷酸中，保留M标记的单核苷酸为T的改良藏黄牛个体，淘汰M标记的单核苷酸为C的改良藏黄牛个体；
3)逐代提高该核苷酸位点的纯合基因TT型的频率，从而提高后代改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度。
本申请第五方面提供了一种用于检测改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的SNP标记在选育改良藏黄牛纤维蛋白原浓度上的应用。
本申请第六方面提供了一种选育改良藏黄牛个体的方法在改善改良藏黄牛纤维蛋白原浓度上的应用。
有益效果
1、本申请提供了一种与改良藏黄牛纤维蛋白原相关的SNP标记，还提供了一种用于鉴定影响改良藏黄牛纤维蛋白原的SNP标记引物对，最终建立高效准确的SNP标记辅助选育改良藏黄牛，将其应用于种改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度调控的遗传改良中，从而适当地提高高原环境中改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度，有助于促进高原改良藏黄牛的血管和组织的修复，提高炎症和免疫调控，从而增强改良藏黄牛对低氧、强紫外线和低温的高原环境的适应能力。
2、本申请通过优选该SNP标记的优势等位基因，能够提高改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的遗传进展，从而有效提高改良藏黄牛的育种效率，其中，通过该SNP标记，本申请将CC型和CT型个体全部选育成TT型个体，有助于促进高原改良藏黄牛的血管和组织的修复，提高炎症和免疫调控，从而增强改良藏黄牛对低氧、强紫外线和低温的高原环境的适应能力，有利于高原改良藏黄牛的生长和发育。
3、本申请提供了一种与改良藏黄牛纤维蛋白原相关的SNP标记，通过全基因组关联分析(GWAS)来更精确地研究与改良藏黄牛纤维蛋白原浓度相关的遗传因素。该SNP标记能够解决以下问题：
1)提高准确性：提供了一种与改良藏黄牛纤维蛋白原相关的SNP标记，能够更准确地定位与纤维蛋白原相关的基因，而不仅仅依赖于随机选择的候选基因。
2)减少不确定性：提供了一种与改良藏黄牛纤维蛋白原相关的SNP标记可降低不确定性，通过全基因组关联分析(GWAS)得出它们直接关联基因组中的SNP标记与纤维蛋白原之间的相关性，通过优选该SNP标记的优势等位基因，能够改善改良藏黄牛纤维蛋白原量的遗传进展，改善改良藏黄牛在高原地区的生存和生长能力，从而提高高海拔地区改良藏黄牛养殖的经济效应。
3)提供精确工具：本申请提供的SNP标记为位于SEQ ID NO:1序列标注位置为第82位的T>G的核苷酸突变；SNP标记的位点位于Bos taurus参考基因组ARS-UCD1.2版本16号染色体50683490核苷酸位点T>C突变，将为改善改良藏黄牛在高原地区的生存和生长能力提供更为准确的遗传工具，为改善改良藏黄牛在高原地区的生存和生长能力提供了理论基础。
附图说明
图1是为序列表中标注的M为突变位点，用标有下划线显示(括号中为突变碱基，为等位基因突变)，在该序列的首尾加粗显示为设计引物序列位置。
图2是与纤维蛋白原相关的曼哈顿圈图(纤维蛋白原的GWAS关联分析曼哈顿圈图)。
图3是与纤维蛋白原相关的QQ图。
图4是与纤维蛋白原相关的曼哈顿图(纤维蛋白原的GWAS关联分析曼哈顿图)。
图5是g.82位点不同基因型对HGB的影响(2500m)。
图6是g.82位点不同基因型对HGB的影响(3500m)。
图7是测序结果位点分布图。
图8是样本测序数据结果统计图。
横坐标为样品名称，纵坐标为百分比；NA_rate≤10％为样品检测缺失率符合要求，NA_rate越低说明样品未检测到的位点数越少，Het_alt_rate、Hom_alt_rate、Ref_rate与样品有关。
图9是GenoBaits工作原理和流程图。
具体实施方案
下面结合实施例及附图对本申请作进一步详细的描述，但本申请的实施方式不限于此。
本申请的上述发明目的具体是这样实现的：
实验动物
本申请所使用的实验改良藏黄牛(荷斯坦牛♂×藏黄牛♀)群体均来自西藏自治区拉萨市、山南市及日喀则市西藏改良藏黄牛F3代群体共2258头，年龄4-5岁，饲养于相似环境条件下的改良藏黄牛场，改良藏黄牛场具有相同海拔和相似的气候条件，群体系谱记录信息(详细信息见下表1)。改良藏黄牛群自由采食、饮水，整个饲喂方式、饲养条件等始终保持一致，为常规饲养管理方法。
表1基因分型检测样本信息
样本采集
采集西藏自治区拉萨市、山南市及日喀则市西藏改良藏黄牛F3代群体共2258头，年龄4-5岁，饲养于相似环境条件下的改良藏黄牛场，改良藏黄牛场具有相同海拔和相似的气候条件。对上述改良藏黄牛进行颈静脉采血，将采集到的血样置于泡沫箱内冰袋低温保存。所有样品在4小时内使用BC-2800Vet兽用全自动血细胞分析仪进行纤维蛋白原检测。完成纤维蛋白原检测样本保存于-20℃用于后期提取全基因组DNA。
实施例1：改良藏黄牛10K液相芯片SNP基因型检测
牛的10k液相芯片：对连续海拔牛群体进行全基因组测定，鉴定牛低氧适应相关的海拔关联位点，并对改良藏黄牛(荷斯坦牛♂×藏黄牛♀)第三代个体进行了血液生理和血流变指标与高原适应SNP位点的全基因组关联分析。初步设计和开发了包含11637个SNP位点集合的液相芯片，以期为开展牛抗逆性状等遗传育种工作提供高效可靠的技术手段，方便快速且低成本，减少选育过程中世代间隔长的问题，为养殖场带来更大的经济效益。
牛高原适应育种10K液相芯片是通过如下技术方案实现的：
样本采集：在不同海拔收集藏黄牛和云南本地黄牛的样本，使用含EDTA抗凝剂的真空采血管提取5ml血液用于DNA的全基因组重测序。
DNA提取与检测：利用血液基因组DNA提取试剂盒提取DNA，并使用1％的琼脂糖凝胶电泳方法检测DNA的纯度和完整性。
全基因组重测序：将合格的DNA样品打断成300-500bp片段，接着进行末端修饰和测序接头添加，通过凝胶电泳选择适合长度的产物，然后通过PCR扩增制备测序文库。使用IlluminaHiSeq2500平台进行双端测序。
SNP calling和序列比对：对测序数据进行质量控制，使用BWA软件比对到参考基因组，并用GATK软件进行SNP calling，获得高质量的基因变异信息集合。
群体结构与亲缘关系评估：对SNP数据进行连锁不平衡过滤，使用EIGENSOFT进行主成分分析，ADMIXTURE软件进行群体结构分析，计算个体间的IBS距离，构建邻近树，探索个体间的亲缘关系。
位点筛选方法：基于群体间分化程度检测自然选择，使用VCFtools计算FST指数。等位基因频率和海拔关联分析通过MEMEA和BayPass两种方法进行，筛选和环境因子变化趋势高度关联的SNP位点。
芯片设计与开发：将通过上述分析获得的SNP位点进行优化筛选，设计并合成探针，确定捕获位点，并进行芯片性能检测，确保高检出率和准确性。
芯片检测：提取待检测牛的DNA，构建文库，并进行测序，以获得目标SNP的基因型，最终应用于牛的基因型检测、全基因组关联分析和全基因组选择育种。
在开发牛的10K液相芯片过程中，我们选定了约10000个前景标记，这些标记为我们提供了重要的遗传信息，关键地指向了高原适应性状。
为了确保涵盖广泛的遗传变异并提高芯片的代表性，我们选择了30头具有遗传多样性的牛进行10倍覆盖率的重测序。通过这种方式，我们可以捕捉到更多的遗传变异，从而提高芯片的实用性和准确性。接着，应用博瑞迪SNP标记选择规则，我们精心挑选了5000到8000个在改良藏黄牛染色体上均匀分布的背景标记。
最终，将前景标记和背景标记结合，我们成功开发了包含11637个SNP位点集合的改良藏黄牛液相芯片。这款芯片是高原牛育种工作的重要进步，它为精确选择对高原环境适应性强的牛只提供了一个强大的分子工具，极大地促进了牛种的改良和选育效率。(改良藏黄牛10K液相芯片样品测试结果见表2)
表2改良藏黄牛10K液相芯片样品测试结果
实施例2：检测SNP标记
DNA样本提取与检测：我们采用高通量DNA提取试剂盒进行样品基因组DNA的提取。提取后的DNA样品进行2种检测：(1)使用1％琼脂糖凝胶电泳方法分析DNA的纯度和完整性；(2)使用Qubit对DNA浓度进行准确定量。(试验过程中使用的试剂见下表3)。
表3DNA样品提取与检测试验所用试剂
GenoBaits实验流程：取定量质检合格的DNA利用超声波破碎仪进行随机物理破碎，破碎片段峰值控制在200-300bp，破碎后的DNA经过末端修复后连接A尾。利用连接酶将加A后的DNA片段与测序接头连接在一起，然后利用羧基修饰的磁珠对文库进行纯化和片段选择，保留插入片段在200-300bp的连接产物。连接产物加入带有Barcode的测序引物和高保真PCR反应体系进行PCR扩增，不同的Barcode用于区分不同的样品。经过羧基磁珠纯化后扩增产物，即可用于探针杂交实验。
取500ng完成构建的测序文库，冻干后加入探针与杂交试剂，变性后置于65℃温育2小时即可完成杂交反应。杂交产物进行洗液清洗后，再进行一轮PCR完成杂交捕获文库的构建。在定量质检合格的DNA中加入多重PCRPanel mix和多重PCR扩增酶体系，置于PCR仪上完成PCR反应。PCR产物利用羧基磁珠进行纯化后，再次计入带有Barcode的测序引物和高保真PCR反应体系进行PCR扩增，不同的Barcode用于区分不同的样品。经过羧基磁珠纯化后扩增产物，即完成多重PCR捕获及文库建库(GenoBaits工作原理和流程见图9)。
文库构建及上机测序：通过上述DNA质检合格的样品，使用相应的产品进行靶向测序文库构建，最终完成该项目全部样品的文库制备。文库构建完成后，先使用Qubit2.0进行初步定量，使用qPCR的方法对文库的有效浓度进行准确定量以保证文库质量。文库检合格后，进入上机测序阶段。
DNA样品送博瑞迪(石家庄)生物技术有限公司，在IlluminaBeadstration平台上根据公司标准流程进行改良藏黄牛10K液相芯片SNP基因型检测和基因型判定。利用R语言GenABEL包中checkmarker对所有样本10K芯片扫描分型数据进行质量控制，剔除检出个体率低于90％、家系孟德尔错误率高于0.1、最小等位基因频率小于0.05且哈代-温伯格平衡显著性水平高于10-6的SNP，最终得到10180个SNP的有效基因型数据(有效基因型数据统计结果见图7、图8)。
实施例3：全基因组关联(GWAS)分析
目前，通过采用候选基因法和关联性状位点(QTL)定位法，已成功确定了与纤维蛋白原相关的一系列潜在基因以及QTL。这些潜在基因中包括了诸如FGB、FGA、FGG和F2等，它们与纤维蛋白原的结构和功能息息相关。此外，我们也观察到与纤维蛋白原相关的QTL逐渐增多，这些QTL能够影响纤维蛋白原的遗传多样性。尽管这些方法在一定程度上有助于我们理解与纤维蛋白原相关的遗传基础，但也存在一些限制。
首先，候选基因法的不足之处在于其选取潜在基因的过程相对较为随机，这意味着所选基因可能涵盖了主要效应基因，也可能包括与QTL密切连锁但对性状间接影响的基因。这为畜牧育种带来了一定的挑战，同时，候选基因法也容易受到种群异质性的干扰，主要表现在降低选育准确性、限制效果的泛化能力、引起选择响应的变异性，以及可能导致遗传漂变和近交。这意味着在遗传多样性较高的群体中应用基因标记选育技术时，可能需要额外的考量和策略来确保所选标记的普适性和有效性，以避免选择效率低下或不可预见的遗传后果。
其次，QTL定位法获得的QTL通常覆盖范围较广，可能包含数百个基因，这限制了QTL定位法在改良畜牧重要经济性状方面的应用。这也使得对于与特定性状相关的潜在基因的精确筛选变得更具挑战性。
因此，全基因组关联分析(GWAS)已经成为一种强有力的工具，可解决上述问题。而全基因组关联分析与SNP标记是相互依赖的。SNP标记提供了进行关联分析的遗传多态性信息，而全基因组关联分析则利用这些信息来揭示与表型性状相关的遗传基础。在全基因组范围内筛选出SNP标记，对所研究的对象进行扫描，分析扫描所得的SNP标记数据与表型性状之间的关联关系。该方法与候选基因法和QTL定位法相比，GWAS能够更准确地定位和识别与特定性状相关的基因，为鉴定与改良藏黄牛纤维蛋白原相关的基因提供更为精确和可行的方法。在这一背景下，科研人员越来越关注通过SNP标记方法来研究与纤维蛋白原相关的遗传因素。纤维蛋白原的遗传特性是一个复杂问题，受多个基因和环境因素的影响，要全面理解和预测其表现，需要考虑环境和基因-环境相互作用等多方面因素。传统的育种方法在改善这一特性方面效果有限，主要依赖表型选择，例如排除纤维蛋白原异常的个体或避免将其后代用作种畜，通常无法取得理想的育种效果。因此，SNP标记辅助育种已成为改良纤维蛋白原浓度的有力选择。将为改善改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度提供更精准的工具和方法。这有望提高改良藏黄牛在不同环境条件下的生存和生长能力，同时也将为畜牧业提供更有竞争力的生产动物。
为了消除群体层化效应，本申请采用线性混合模型单点回归分析并结合Tassel5软件进行GWAS分析，分析模型中利用个体间基因组的相似度校正层化效应。采用Bonferrini法确定SNP与有效总位点数性状关联程度的显著性阈值，基因组水平显著阈值为0.05除以有效SNP位点数量，即基因组显著水平阈值为4.91×10-6，即0.05/10180(有效SNP数量)；染色体水平显著阈值为1除以有效SNP数量，即染色体显著水平阈值为9.82×10-5，即1/10180(有效SNP数量)。
GWAS分析结果如图1所示。从图1可知，在实验改良藏黄牛群中16号染色体中存在显著影响纤维蛋白原浓度的位点，位于Bos taurus参考基因组ARS-UCD1.2版本16号染色体50683490核苷酸位点T>C突变，其位置在序列SEQ ID NO：1中，为5'端的第82位，最强关联的SNP位点为g.82T>C(P＝7.12e-07)。
实施例4：不同基因型与纤维蛋白原的关联性分析
分别对582头中等海拔(2500m)和2258头高海拔(3500m)的改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度做了测定，用spss软件对三种基因型对应的纤维蛋白原含量做单因素分析(结果见表4、表5)。
根据表4和表5可知，SNP标记的SNP位点g.82T>C与纤维蛋白原极显著相关(P<0.001)，说明此SNP标记显著影响改良藏黄牛的纤维蛋白原，可以通过对改良藏黄牛的此SNP位点的辅助选择，从而改善该群体纤维蛋白原，有利于改良藏黄牛对高海拔地区低氧分压、强紫外、低温环境的适应。
另外根据表4和表5还可知，CC型比TT和TC型的纤维蛋白原更低，说明纯合子TT型能促进纤维蛋白原的分泌。对高海拔地区的改良藏黄牛来说，动物面临氧气稀缺、强紫外辐射、低温等多重挑战，这可能导致组织受损或炎症的发生。在这种情况下，纤维蛋白原的作用变得尤为显著。它有助于形成血栓，减小出血风险，并促进受损组织的修复。因此，纤维蛋白原在高原适应过程中发挥着关键作用，协助动物更好地适应高原环境的生存挑战，维护身体完整性，以更有效地适应低氧条件。因此，淘汰CC基因型的改良藏黄牛可带来更多的经济效益，我们在进行育种的过程中需要淘汰CC型和CT型的种改良藏黄牛，保留TT的种改良藏黄牛，以逐代提高该位点的等位基因T的频率。
表4三种基因型纤维蛋白原单因素分析结果(3500m改良藏黄牛)
表5三种基因型纤维蛋白原单因素分析结果(2500m改良藏黄牛)
实施例5：检测SNP标记的发明过程
引物设计：含有与改良藏黄牛纤维蛋白原显著相关SNP位点的目的片段的扩增目的片段为16号染色体中的一段220bp的核苷酸序列，利用引物设计软件primerpremier 6.0设计引物，序列扩增的上下游引物序列为：
上游引物：5'-GGTCCATTATCTGCTCACT-3'
下游引物：5'-GGCTGCTGTCCTTATCAT-3'
PCR扩增：10uL的反应体系中加入DNA模板1uL，双蒸水3.4uL，2×Tag PCR StanMixwith Loading Dye 5uL，上游引物和下游引物各0.3ul。PCR反应条件为：94℃预变性2min后，94℃变性30s、55℃退火20s、72℃延伸30s，35个循环，最后72℃延伸10min。
DNA序列测定：最后对PCR扩增后的产物进行测序，序列测定由华大科技公司完成，基因片段测序，要求为双向测序，将所测得的序列与NCBI基因组序列对比，得出对应SNP位点的突变。
SNP标记的g.82T>C位点与纤维蛋白原浓度的效应分析
本申请提供一个能显著提高改良藏黄牛纤维蛋白原的SNP标记，使用该SNP进行标记辅助选择，能够极大地加快改良藏黄牛纤维蛋白原选择上的育种进程。若本申请将影响改良藏黄牛纤维蛋白原性状的SNP标记的CC型个体全部选育成TT型个体，改良藏黄牛的纤维蛋白原分泌适量增强，高原动物面临氧气稀缺、强紫外辐射、低温等环境因素影响，这可能导致组织受损或炎症的发生。在这种情况下，纤维蛋白原的作用变得尤为显著。它有助于形成血栓，减小出血风险，并促进受损组织的修复。本SNP标记个体中，通过优选改良藏黄牛的该SNP的优势等位基因(T)，可最终实现提高改良藏黄牛的经济效益，从而提高牧民养殖的经济效应。
本申请通过对SEQ ID NO：1序列中的第82个碱基突变位点进行检测，初步进行其基因型与改良藏黄牛纤维蛋白原之间的关联分析的应用，为改良藏黄牛的SNP标记辅助选择提供了一个新的SNP标记。
上述实施例为本申请较佳的实施方式，但本申请的实施方式并不受上述实施例的限制，其他任何未背离本申请的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本申请的保护范围之内。

Claims (8)

1.一种用于检测改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记的单核苷酸M位置位于Bostaurus参考基因组ARS-UCD1.2版本16号染色体50683490核苷酸位点T>C突变，其位置在序列SEQ ID NO：1中，为5'端的第82位。
3.一种用于鉴定改良藏黄牛纤维蛋白原浓度SNP标记的引物对，其特征在于，SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，所述引物对包括上游引物和下游引物；所述上游引物的核苷酸序列为：5'-GGTCCATTATCTGCTCACT-3'；所述下游引物的核苷酸序列为：5'-GGCTGCTGTCCTTATCAT-3'。
4.一种检测改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的方法，其特征在于，所述方法包括：使用核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示的SNP标记，检测所述SNP标记的单核苷酸得到检测结果，用于确定所述改良藏黄牛纤维蛋白原浓度的高低，所述SNP标记的单核苷酸M的位置位于Bostaurus参考基因组ARS-UCD1.2版本16号染色体50683490核苷酸位点T>C突变，其位置在序列SEQ ID NO：1中，为5'端的第82位。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，方法还包括：当检测结果为所述单核苷酸M为T时，确定所述改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度较高，为TT型个体；当所述检测结果为所述单核苷酸M为C时，确定所述改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度较低，为CC型个体和TC型个体。
6.一种选育改良藏黄牛个体的方法，其特征在于，所述方法包括：
1)提取待测改良藏黄牛个体的基因；
2)检测改良藏黄牛16号染色体上的核苷酸位点，SNP标记的单核苷酸中，保留M标记的单核苷酸为T的改良藏黄牛个体，淘汰M标记的单核苷酸为C的改良藏黄牛个体；
3)逐代提高该核苷酸位点的纯合基因TT型的频率，从而提高后代改良藏黄牛的纤维蛋白原浓度。
7.权利要求1或2所述SNP标记在选育改良藏黄牛纤维蛋白原浓度上的应用。
8.权利要求6所述一种选育改良藏黄牛个体的方法在改善改良藏黄牛纤维蛋白原浓度上的应用。
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Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
钟海安: "基于基因芯片分析西藏山南杂交藏黄牛血统组成", 中国畜牧杂志, vol. 59, no. 11, 30 June 2023 (2023-06-30), pages 166 - 169 *

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