CN117947176A - 一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法 - Google Patents
一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117947176A CN117947176A CN202410075034.0A CN202410075034A CN117947176A CN 117947176 A CN117947176 A CN 117947176A CN 202410075034 A CN202410075034 A CN 202410075034A CN 117947176 A CN117947176 A CN 117947176A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- genotype
- china
- cattle
- snp
- siemens
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 title claims abstract description 88
- 235000015278 beef Nutrition 0.000 title claims abstract description 42
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 24
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 6
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 6
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 claims description 54
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 25
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 18
- 238000003307 slaughter Methods 0.000 claims description 10
- 210000004392 genitalia Anatomy 0.000 claims description 9
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 6
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 6
- MFFMDFFZMYYVKS-SECBINFHSA-N sitagliptin Chemical compound C([C@H](CC(=O)N1CC=2N(C(=NN=2)C(F)(F)F)CC1)N)C1=CC(F)=C(F)C=C1F MFFMDFFZMYYVKS-SECBINFHSA-N 0.000 claims 4
- 229960004034 sitagliptin Drugs 0.000 claims 4
- 101150109547 C1QTNF3 gene Proteins 0.000 abstract description 34
- 101100272908 Homo sapiens C1QTNF3 gene Proteins 0.000 abstract description 34
- 239000007787 solid Substances 0.000 abstract description 2
- 210000000038 chest Anatomy 0.000 description 24
- 239000000047 product Substances 0.000 description 17
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 16
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 13
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 13
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 13
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 12
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 11
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 8
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 6
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 239000004579 marble Substances 0.000 description 5
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 5
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 5
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 5
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 4
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 4
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 4
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 4
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 3
- 101000690100 Homo sapiens U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa Proteins 0.000 description 3
- 101100029173 Phaeosphaeria nodorum (strain SN15 / ATCC MYA-4574 / FGSC 10173) SNP2 gene Proteins 0.000 description 3
- 101100094821 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SMX2 gene Proteins 0.000 description 3
- 102100024121 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa Human genes 0.000 description 3
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 3
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 3
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 2
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 2
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 210000000115 thoracic cavity Anatomy 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 102000003390 tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- 102000011690 Adiponectin Human genes 0.000 description 1
- 108010076365 Adiponectin Proteins 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 206010048610 Cardiotoxicity Diseases 0.000 description 1
- 102000014447 Complement C1q Human genes 0.000 description 1
- 108010078043 Complement C1q Proteins 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 1
- 208000013875 Heart injury Diseases 0.000 description 1
- 208000031220 Hemophilia Diseases 0.000 description 1
- 208000009292 Hemophilia A Diseases 0.000 description 1
- 101000933670 Homo sapiens Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000933673 Homo sapiens Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 108091058545 Secretory proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000040739 Secretory proteins Human genes 0.000 description 1
- 102000000344 Sirtuin 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010041191 Sirtuin 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 1
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 210000004204 blood vessel Anatomy 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 231100000259 cardiotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 239000000539 dimer Substances 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 1
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 1
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 239000001044 red dye Substances 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 208000010110 spontaneous platelet aggregation Diseases 0.000 description 1
- 210000001562 sternum Anatomy 0.000 description 1
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 238000001665 trituration Methods 0.000 description 1
- 108010047303 von Willebrand Factor Proteins 0.000 description 1
- 102100036537 von Willebrand factor Human genes 0.000 description 1
- 229960001134 von willebrand factor Drugs 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法，利用C1QTNF3基因存在的三个SNP位点的基因型，评估中国西门塔尔牛肉品质性状，为构建优良高品质肉牛群体奠定坚实基础，并为未来早期选育优质肉牛提供分子理论支持。
Description
技术领域
本发明涉及分子育种技术领域，更具体地，涉及一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法
背景技术
中国西门塔尔牛是20世纪50年代引进国外并经过独立培育的卓越品种。凭借其强壮健康的身体素质、卓越适应环境能力以及优秀乳肉品质和役用价值，该品种在我国大规模养殖，且分布范围广，在当今中国肉牛产业中具有重要地位。
肿瘤坏死因子相关蛋白3(C1q and TNF related 3，C1QTNF3)，是补体C1q肿瘤坏死因子相关蛋白(CTRP)家族的一员。牛的C1QTNF3基因是由246个氨基酸序列编码组成，定位在第20号染色体上，包含6个外显子，是分子量约26kDa的分泌性蛋白质。CTRP家族包含7个成员，其蛋白质具有与脂联素相似的结构组织。这些蛋白质主要由4个不同的结构域组成，包括N端信号肽、短可变结构域、胶原样结构域和C端C1q样球状结构域。虽然在结构上存在一些相似情况，但是这个蛋白质家族的成员具有多样性和特异性的功能。CTRP1基因能够在血管壁组织中表达，并且通过阻断血管性血友病因子与胶原的结合来抑制胶原诱导的血小板聚集，在预防和治疗血友病方面具有重要意义。此外，C1QTNF3基因通过激活Sirt1保护免受DOX诱导的心脏损伤，从而展现了治疗DOX心脏毒性的潜力。
目前，对于C1QTNF3基因相关功能的研究主要集中在人类和小鼠方面，而在畜牧业中占据重要地位的肉牛方面的相关研究还相对较少。
发明内容
本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法。
本发明的第一个目的是用于检测中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的试剂在评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状中的应用。
本发明的第二个目的是用于检测中国西门塔尔牛SNP基因型的试剂在制备评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒中的应用。
本发明的第三个目的是一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法。
本发明的第四个目的是一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒。
本发明的第五个目的是所述的试剂、所述的方法和/或所述的试剂盒中国西门塔尔牛的牛肉品质性状分子育种中的应用。
为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：
用于检测中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的试剂在评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状中的应用，所述中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的为以下位点的一个或几个：
SNP位点1位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；存在CC、CT和TT三种基因型；
SNP位点2位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；存在AA、AG和GG三种基因型；
SNP位点3位于NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；存在AA、AG和GG三种基因型。
以及，用于检测中国西门塔尔牛SNP基因型的试剂在制备评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒中的应用，所述中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的为以下位点的一个或几个：
SNP位点1位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；存在CC、CT和TT三种基因型；
SNP位点2位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；存在AA、AG和GG三种基因型；
SNP位点3位于NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；存在AA、AG和GG三种基因型。
优选地，所述中国西门塔尔牛SNP位点为SNP位点1：基因型为TT的个体胴体胸深小于基因型为CC的个体。
优选地，所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点2：基因型为AA的个体胴体胸深小于基因型为AG的个体；所述SNP位点2的基因型为AA的个体脂肪颜色低于基因型为AG的个体。
优选地，所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点3：基因型为AA的个体肾脏脂肪高于基因型为AG的个体或GG的个体；基因型为AA的个体生殖器脂肪高于基因型为AG的个体；基因型为AA的个体屠宰酸度高于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体胴体胸深大于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体大理石花纹等级低于基因型为GG的个体。
优选地，所述试剂为引物。
优选地，所述引物核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示。
本发明还要求保护一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法，使用所述的试剂检测所述的中国西门塔尔牛SNP位点的基因型。
作为一个具体实施例，使用核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示引物对样本DNA进行PCR扩增。
作为一个具体实施例，使用核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示引物对样本DNA进行PCR扩增：
扩增体系为：(总体积为20μL)：Taq PCR Mix 10μL，上下游引物各0.5μL，DNA模板2μL，ddH2O 7μL。
扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1min，共35个循环；72℃再延伸5min。
结果判断方法为：
SNP1位点位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第6894个碱基处，即位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；扩增产物(SEQ ID NO：3)第122位碱基；存在CC、CT和TT三种基因型，
SNP2位点位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第7317个碱基处，即位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；扩增产物(SEQ ID NO：3)第545位碱基；存在AA、AG和GG三种基因型，
SNP位点3位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第7453个碱基处，NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；扩增产物(SEQ ID NO：3)第681位碱基；存在AA、AG和GG三种基因型。
所述中国西门塔尔牛SNP位点为SNP位点1：基因型为TT的个体胴体胸深小于基因型为CC的个体；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点2：基因型为AA的个体胴体胸深小于基因型为AG的个体；所述SNP位点2的基因型为AA的个体脂肪颜色低于基因型为AG的个体；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点3：基因型为AA的个体肾脏脂肪高于基因型为AG型和GG型的个体；基因型为AA的个体生殖器脂肪高于基因型为AG的个体；基因型为AA的个体屠宰酸度高于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体胴体胸深大于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体大理石花纹等级低于基因型为GG的个体；
SNP位点1的基因型为CT且SNP位点2的基因型为GA的个体胴体胸深和脂肪颜色高于SNP位点1的基因型为TT且SNP位点2的基因型为AA的个体。
以及，一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒，含有检测所述的中国西门塔尔牛SNP位点的试剂。
优选地，含有核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示引物。
更优选地，还含有PCR扩增试剂。
作为一个具体的实施例，所述PCR扩增试剂为：
其使用方法为：使用核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示引物对样本DNA进行PCR扩增：
扩增体系为：(总体积为20μL)：Taq PCR Mix 10μL，上下游引物各0.5μL，DNA模板2μL，ddH2O 7μL。
扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1min，共35个循环；72℃再延伸5min。
结果判断方法为：
SNP1位点位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第6894个碱基处，即位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；扩增产物(SEQ ID NO：3)第122位碱基；存在CC、CT和TT三种基因型，
SNP2位点位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第7317个碱基处，即位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；扩增产物(SEQ ID NO：3)第545位碱基；存在AA、AG和GG三种基因型，
SNP位点3位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第7453个碱基处，NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；扩增产物(SEQ ID NO：3)第681位碱基；存在AA、AG和GG三种基因型；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为SNP位点1：基因型为TT的个体胴体胸深小于基因型为CC的个体；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点2：基因型为AA的个体胴体胸深小于基因型为AG的个体；所述SNP位点2的基因型为AA的个体脂肪颜色低于基因型为AG的个体；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点3：基因型为AA的个体肾脏脂肪高于基因型为AG型或GG型的个体；基因型为AA的个体生殖器脂肪高于基因型为AG的个体；基因型为AA的个体屠宰酸度高于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体胴体胸深大于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体大理石花纹的等级低于基因型为GG的个体；
SNP位点1的基因型为CT且SNP位点2的基因型为GA的个体胴体胸深和脂肪颜色高于SNP位点1的基因型为TT且SNP位点2的基因型为AA的个体。
本发明进一步要求保护所述的试剂、所述的方法和/或所述的试剂盒中国西门塔尔牛的牛肉品质性状分子育种中的应用。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
本发明公开了C1QTNF3基因存在的三个SNP位点的基因型与中国西门塔尔牛肉品质性状之间存在遗传多态性，为构建优良高品质肉牛群体奠定坚实基础，并为未来早期选育优质肉牛提供分子理论支持。
附图说明
图1为中国西门塔尔牛C1QTNF3基因PCR扩增结果；Marker为DL 2000Marker，1-5为以中国西门塔尔牛DNA为模板的PCR产物图。
图2为中国西门塔尔牛C1QTNF3基因混池扩增产物测序结果。
图3为C1QTNF3基因I1-6894T>C(SNP位点1)三种基因型的测序图谱；A到C分别为基因型为CC、CT、TT的个体。
图4为C1QTNF3基因I1-7317A>G(SNP位点2)三种基因型的测序图谱；A到C分别为基因型为AA、AG、GG的个体。
图5为C1QTNF3基因I1-7453G>A(SNP位点3)三种基因型的测序图谱；A到C分别为基因型为AA、AG、GG的个体。
图6为C1QTNF3基因2个SNP位点连锁反应。
具体实施方式
下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
DL2000 DNA marker(北京宝日医生物技术有限公司)，琼脂糖(北京鼎国生物技术有限公司)，限制性内切酶TaqI-V2(New England Biolabs[Beijing]LTD)，无酶水，DNAloading Buffer、核酸染色剂(meilunbio)，Green Taq PCR Mix、TAE Buffer(南京诺唯赞生物科技股份有限公司)。
实施例1中国西门塔尔牛混池样本C1QTNF3基因的扩增
一、实验方法
1、实验对象
选用的187头中国西门塔尔牛，来自于来自内蒙古通辽市宝龙山肉牛育肥场，屠宰前采集器血液样本，在-80℃冰箱储存。
2、DNA提取
使用血液基因组DNA提取试剂盒，按照说明书对中国西门塔尔牛血液样本进行DNA提取。DNA的纯度与浓度使用NanoDrop ND-2000超微分光光度计(Thermo FisherScientific)进行测定，使用琼脂糖凝胶电泳对DNA的质量进行检测。
3、引物设计
根据Ensembl中公布的牛C1QTNF3基因序列(ENSBTAT00000022698.7)，利用PrimerPremier 5.0软件设计引物：
F1上游序列：5’-ATTCACCTCCAGTGCGTTCT-3’(SEQ ID NO:1)；
R1下游序列：5’-CTGCCTTCAATCTTTCCCAC-3’(SEQ ID NO:2)，
引物由上海生工生物工程股份有限公司合成。
4、混池PCR扩增
以187头中国西门塔尔牛血液基因组DNA作为混池模板进行PCR扩增。
PCR扩增体系(总体积为20μL)：Taq PCR Mix 10μL，上下游引物各0.5μL，DNA模板2μL，ddH2O 7μL。
PCR扩增程序：95℃预变性5min；95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1min，共35个循环；72℃再延伸5min。
PCR扩增产物经1.5％琼脂糖凝胶，120V电泳18min检测，确认目的条带正确后，送生工生物工程(上海)股份有限公司测序。
使用SeqMan软件观察测序结果，根据峰图和序列确认单个样品个体的基因型。
二、实验结果
以中国西门塔尔牛血液基因组DNA混池为模板，用设计的引物进行PCR扩增。电泳结果显示各产物条带明亮、清晰，无引物二聚体、无抹带和非特异性扩增条带PCR产物大小约为1562bp(SEQ ID NO：3)，如图1，用于后续样品测序。
SEQ ID NO：3：
attcacctccagtgcgttctcccgacactgcttccagcagagcatgctcttcccagagccgagctctgcgcctcccctgacgacaggcacagacgcaggtgaggggagagcacaggggcctgggcaggaaaggggccacgtctcacctcagcactgaggaggggtgaggggtggaatccagaacacgccaacctccgtcaaggaggcacaaagaagcgcttttactctgaggaaatggacaactaagacatcaggagaaacaggaggcccaggaaaacagcgagctgctgtctgtccctttggagctggcaaaggacccagcccctccagactcagtgggcgaggaggtgtcagcctgccatgggcaggcagcgtcagcacgcgctctggccgtgggtcacacttcagctgcgaggtctcccgtgagcgtgtgccccgtgcattgggagggccccgcaggacacaccagtgccgcatctgacaccagacacaggcggcggtgctgacgtcccggaggcaccctgggaccaaccgggcttttgc/>ggcccagactgctaccagttaccacagagaacataaatcagcattctttaattctggtgttttcctcaagaaaccttgagtggctttcgccaagtgatcagaagtcatgacattcaatagcacattaagactgcc/>gagacccaccaaccagaaccagcaagggcttggaacagagaaatccccgctcaaaggcaaagccgcctgggtcaccactgagcactgcgcccggcccgcctcactcctcctgccatggaggacgtggaccccagatcccagcctccgcccgctgctcacaagcaacccggctcccattggagcttcagcaccttcagccagtgggtttgaggatccagagtttaaaaatgtaaacgctggaaggaaagcgttataaaagggaaaaggacgatgcccatgcagcagaccacacgtgaggaggaagacaagctccaggacaggagccccacctgctctcctcaggctcctcagtccagatgcagagctcaacacctccctccccaggagtcacagggcacgcctggggcagtgcacacacacacgcacatggacacacatatgctccaggcccttctggccaacttgtaaacagtactgctttaggaagatttaatttcaaaaaataaaaataataaagtgcaaaaaaaaaaaaaaaaagctatgacaaatctagacagcatattaaagagcagagacattactttgccaacaaaggtccatctagtcaaagctgtggtttttccagtagtcatgtatggatgtgagaggtgggccataaagaaagctgagcaccaaagaattgattcttttgaactatggtattggagaagacccttgagagtcccttggactgcaaggagatccaaccagtcaatcccaaaggaagtcaaccctgaatattcattggaaggactgatgctgaagctccaatactttggccggcctgatgcgaataactgactcatggaaaagaccctaatggtgggaaagattgaaggcag。
基因混池测序发现3个明显套峰，如图2。
C1QTNF3基因I1-6894T>C(SNP位点1)位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；存在CC、CT和TT三种基因型；
C1QTNF3基因I1-7317A>G(SNP位点2)位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；存在AA、AG和GG三种基因型；C1QTNF3基因I1-7453G>A(SNP位点3)位于NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；存在AA、AG和GG三种基因型。
实施例2中国西门塔尔牛各样本C1QTNF3基因SNP位点的基因型的检查
一、实验方法
以实施例1的187头中国西门塔尔牛的单个血液基因组DNA为模板，分别进行PCR扩增，具体步骤如实施例1。使用1.2％琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物并确认目的片段长度，再将剩余的PCR产物送公司进行测序。
采用SeqMan分析，观察各样本测序结果的重叠峰，确认实施例1中各SNP位点的基因型。
二、实验结果
对单个样品PCR产物进行检测，3个SNPs的每种基因型测序结果如图3到图5所示。
实施例3 C1QTNF3基因的3个SNP位点的群体遗传特性
一、实验方法
根据实施例2或的测序结果，进一步使用Popgene32软件计算等位基因的基因频率、基因型频率、遗传杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)和多态信息含量(PIC)；计算χ2值。
二、实验结果
结果如表1所示，
表1 C1QTNF3基因SNP位点的群体遗传特性：
注：χ2值表示未达到显著水平(p>0.05)，χ2 0.05(df＝2)＝5.99，χ2 0.01(df＝2)＝9.21
I1-6894T>C位点(SNP位点1)中优势基因型为杂合突变型TC，优势等位基因为C。I1-6894T>C位点基因杂合度(H)和多态信息含量(PIC)均处于0.25～0.5之间，这一结果表明该位点在C1QTNF3基因中呈现为中度多态。χ2检验说明，I1-6894T>C位点在中国西门塔尔牛群体中处于哈代温伯格平衡(p>0.05)。
I1-7317A>G位点(SNP位点2)中优势基因型为杂合突变型AG，优势等位基因为G。I1-7317A>G位点基因杂合度(H)和多态信息含量(PIC)均处于0.25～0.5之间，这一结果表明该位点在C1QTNF3基因中呈现为中度多态。χ2检验说明，I1-7317A>G位点在中国西门塔尔牛群体中处于哈代温伯格平衡(p>0.05)。
I1-7453G>A位点(SNP位点3)中优势基因型为纯合突变型GG，优势等位基因为G。I1-7453G>A位点基因杂合度(H)和多态信息含量(PIC)均处于0.25～0.5之间，这一结果表明该位点在C1QTNF3基因中呈现为中度多态。χ2检验说明，I1-7317A>G位点在中国西门塔尔牛群体中不处于哈代温伯格平衡(p<0.05)。
实施例4 C1QTNF3基因的3个SNP位点与中国西门塔尔牛肉品质性状的相关性
一、实验方法
根据实施例2获得的测序结果和实施例1各样本的肉质性状，利用SPSS23.0软件的单因素方差中的多重比较分析对中国西门塔尔牛肉质性状和基因型间的关系进行差异显著性检验。
各样本的牛肉性状的获得方法如下：根据国家标准《鲜、冻分割牛肉》(GB/T17238—2008)中的方法对实施例1中的中国西门塔尔牛生殖器脂肪、肾脏脂肪、屠宰酸度、胴体胸深、大理石花纹、脂肪颜色等肉品质性状指标进行测定并统计。
肾脏脂肪(kg)：实测肾脏脂肪重量。
生殖器脂肪(kg)：实测生殖器脂肪重量。
屠宰酸度(pH)：在最后的胸椎处的眼肌芯中，用刀片切取肉样30g，加30mL的蒸馏水，将其置于组织捣碎机中进行捣碎，过滤，然后取滤液，用酸度计对其PH值进行测定，记录上注明测定的时间距离宰杀时的时间。
胴体胸深(cm)：是指自第三胸椎棘突的体表，至胸骨下部的体表的垂直深度。
大理石花纹：对照大理石花纹等级图片，其中大理石纹等级图给出的是每级中花纹的最低标准，来确定眼肌横切面处大理石花纹的等级。大理石花纹共分为七个等级:1级、1.5级、2级、2.5级、3级、3.5级和4级。若大理石花纹极丰富，则可判定其为1级，丰富则为2级，少量则为3级，几乎没有则为4级，若介于两级之间得则为3.5级，如若介于极丰富与丰富之间，则为15级。
脂肪颜色：对照脂肪颜色等级的图片来判断眼肌的横切面处，肌间脂肪颜色的等级。脂肪颜色的等级也分为9个等级:1、2、3、4、5、6、7、8、9，其中脂肪颜色为1、2两级为最好。
二、实验结果
结果如表2所示，
表2 C1QTNF3基因的3个SNP位点与中国西门塔尔牛肉品质性状的相关分析
当p<0.05时表示差异显著，p<0.01时表示差异极显著。结果使用平均值±标准误表示。
结果显示：I1-6894T>C位点(SNP位点1)与胴体胸深具有显著相关性(p<0.05)，其中CC基因型个体的胴体胸深显著高于TT型(p<0.05)。
I1-7317A>G位点(SNP位点2)与胴体胸深和脂肪颜色具有显著相关性(p<0.05)，其中AG基因型个体的胴体胸深和脂肪颜色等级显著高于AA型(p<0.05)。
I1-7453G>A位点(SNP位点3)与生殖器脂肪、肾脏脂肪、屠宰酸度、胴体胸深和大理石花纹具有显著相关性(p<0.05)，其中AA型个体的肾脏脂肪显著高于AG型个体和GG型个体，且AG型个体的肾脏脂肪也显著高于GG型个体；AA型个体的生殖器脂肪显著高于AG型个体；AA型个体的屠宰酸度和胴体胸深显著高于AG型个体和GG型个体；AA型个体的大理石花纹等级显著低于GG型个体。
实施例5 C1QTNF3基因单倍型与中国西门塔尔牛肉品质性状的关联分析
一、实验方法
根据实施例2获得的测序结果和实施例4获得的各样本的肉质性状，利用Haploview软件分析其单倍型。
二、实验结果
结果如表3、表4和图6所示，
表3 C1QTNF3基因单倍型频率
表4 C1QTNF3基因单倍型与中国西门塔尔牛肉品质性状的相关性分析
结果发现I1-6894T>C(SNP位点1)和I1-7317A>G(SNP位点2)这2个位点存在强连锁遗传构成了一个结构域，共有3种不同的单倍型，分别是H1H1(SNP位点1的基因型为CC且SNP位点2的基因型为GG)，H1H2(SNP位点1的基因型为CT且SNP位点2的基因型为GA)和H2H2(SNP位点1的基因型为TT且SNP位点2的基因型为AA)。其中，H1H2单倍型的胴体胸深和脂肪颜色显著高于H2H2单倍型(P<0.05)。其余单倍型与中国西门塔尔牛肉品质性状均无显著差异(P>0.05)。
实施例6一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法
使用核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示引物对样本DNA进行PCR扩增：
扩增体系为：(总体积为20μL)：Taq PCR Mix 10μL，上下游引物各0.5μL，DNA模板2μL，ddH2O 7μL。
扩增程序为：95℃预变性5min；95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸1min，共35个循环；72℃再延伸5min。
结果判断方法为：
SNP1位点位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第6894个碱基处，即位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；SEQ IDNO：3所示的扩增产物的第122位碱基；存在CC、CT和TT三种基因型，
SNP2位点位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第7317个碱基处，即位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；SEQ IDNO：3所示的扩增产物的第545位碱基；存在AA、AG和GG三种基因型，
SNP位点3位于中国西门塔尔牛C1QTNF3基因第1内含子第7453个碱基处，NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；SEQ ID NO：3所示的扩增产物的第681位碱基；存在AA、AG和GG三种基因型；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为SNP位点1：基因型为TT的个体胴体胸深小于基因型为CC的个体；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点2：基因型为AA的个体胴体胸深小于基因型为AG的个体；所述SNP位点2的基因型为AA的个体脂肪颜色小于基因型为AG的个体；
所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点3：基因型为AA的个体肾脏脂肪高于基因型为AG和GG的个体；基因型为AA的个体生殖器脂肪大于基因型为AG的个体；基因型为AA的个体屠宰酸度高于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体胴体胸深大于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体大理石花纹低于基因型为GG的个体；
SNP位点1的基因型为CT且SNP位点2的基因型为GA的个体胴体胸深和脂肪颜色高于SNP位点1的基因型为TT且SNP位点2的基因型为AA的个体。
实施例7一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒
一、组成
核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示引物、Taq PCR Master Mix(2×red dye)和ddH2O。
二、使用方法
同实施例6。
最后所应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制，对于本领域的普通技术人员来说，在上述说明及思路的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动，这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明权利要求的保护范围之内。
Claims (10)
1.用于检测中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的试剂在评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状中的应用，其特征在于，所述中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的为以下位点的一个或几个：
SNP位点1位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；存在CC、CT和TT三种基因型；
SNP位点2位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；存在AA、AG和GG三种基因型；
SNP位点3位于NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；存在AA、AG和GG三种基因型。
2.用于检测中国西门塔尔牛SNP基因型的试剂在制备评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒中的应用，其特征在于，所述中国西门塔尔牛SNP位点的基因型的为以下位点的一个或几个：
SNP位点1位于NC_037347.1：39727587，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39727587位；存在CC、CT和TT三种基因型；
SNP位点2位于NC_037347.1：39728010，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728010位；存在AA、AG和GG三种基因型；
SNP位点3位于NC_037347.1：39728146，即ARS-UCD2.0版牛基因组的第20染色体的第39728146位；存在AA、AG和GG三种基因型。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述中国西门塔尔牛SNP位点为SNP位点1：基因型为TT的个体胴体胸深小于基因型为CC的个体。
4.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点2：基因型为AA的个体胴体胸深小于基因型为AG的个体；所述SNP位点2的基因型为AA的个体脂肪颜色低于基因型为AG的个体。
5.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述中国西门塔尔牛SNP位点为所述SNP位点3：基因型为AA的个体肾脏脂肪高于基因型为AG的个体或GG的个体；基因型为AA的个体生殖器脂肪高于基因型为AG的个体；基因型为AA的个体屠宰酸度高于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体胴体胸深大于基因型为AG或GG的个体；基因型为AA的个体大理石花纹等级低于基因型为GG的个体。
6.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述试剂为引物。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述引物核苷酸序列如SEQ ID NO:1～2所示。
8.一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法，其特征在于，使用权利要求1或2中所述的试剂检测权利要求1中所述的中国西门塔尔牛SNP位点的基因型。
9.一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的试剂盒，其特征在于，含有检测权利要求1或2中所述的中国西门塔尔牛SNP位点的试剂。
10.权利要求1或2中所述的试剂、权利要求8所述的方法和/或权利要求9所述的试剂盒在中国西门塔尔牛的牛肉品质性状分子育种中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202410075034.0A CN117947176A (zh) | 2024-01-18 | 2024-01-18 | 一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202410075034.0A CN117947176A (zh) | 2024-01-18 | 2024-01-18 | 一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN117947176A true CN117947176A (zh) | 2024-04-30 |
Family
ID=90794053
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202410075034.0A Pending CN117947176A (zh) | 2024-01-18 | 2024-01-18 | 一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN117947176A (zh) |
-
2024
- 2024-01-18 CN CN202410075034.0A patent/CN117947176A/zh active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP3321379B1 (en) | Genetic marker for determining meat quality traits of pigs and use thereof | |
| US7732137B2 (en) | Selecting animals for desired genotypic or potential phenotypic properties | |
| CN109234404B (zh) | 一种鉴定绵羊产肉性状的方法及专用引物 | |
| KR101277024B1 (ko) | 소 경제형질 진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 소 경제형질의 진단방법 | |
| WO2011118549A1 (ja) | ブタの椎骨数を支配するVertnin遺伝子、およびその利用 | |
| Piórkowska et al. | Association study of PIT1 and GHRH SNPs with economically important traits in pigs of three breeds reared in Poland. | |
| CN114107518A (zh) | 一种猪eepd1基因第八外显子变异作为肌内脂肪含量性状的遗传标记及应用 | |
| CN114921568B (zh) | 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN117947176A (zh) | 一种评估中国西门塔尔牛的牛肉品质性状的方法 | |
| EP0889904A2 (en) | The porcine heart fatty acid-binding protein encoding gene and methods to identify polymorphisms associated with body weight | |
| CN110257532B (zh) | Angptl5基因作为牛背膘厚分子标记及检测方法 | |
| Ling et al. | MOLECULAR ANALYSES FOR GENETIC POLYMORPHISMS OF THE LPL GENE AND THEIR ASSOCIATIONS WITH INTRAMUSCULAR FAT CONTENT IN GOATS. | |
| EP2902498A1 (en) | Polymorphisms associated with the degree of unsaturation of intramuscular fat in pigs | |
| KR101444414B1 (ko) | 한우고기 육질 예측용 조성물 | |
| US7157231B2 (en) | Method of evaluating useful cattle | |
| CN113774151B (zh) | 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用 | |
| KR100961677B1 (ko) | 근내지방도가 우수한 소의 검사방법 | |
| Hapsari et al. | Identification of growth hormone receptor (GHR| AluI) gene polymorphism in grati-madura cattle and pamekasan-madura cattle population | |
| EP1015634A1 (en) | The porcine adipocyte fatty acid-binding protein encoding gene and methods to localise, identify or mark genes or alleles or quantitative trait loci of farm animals | |
| KR101595019B1 (ko) | 돈육의 육질 예측용 돼지 fsd2 유전자 조성물 및 이를 이용한 돈육의 육질 예측방법 | |
| CN114990235A (zh) | 一种检测和/或评估中国西门塔尔牛肉品质性状的方法 | |
| KR101457919B1 (ko) | 돼지 육질 형질과 연관성이 있는 에스엔피 마커 및 이를 이용하여 육질이 우수한 돼지를 선별하는 방법 | |
| KR100816476B1 (ko) | 한우의 경제형질과 연관된 마이크로새틀라이트 ｄｎａ프라이머 | |
| CN117363741A (zh) | 猪gpx3基因5’utr内与猪胴体和肉质性状相关的分子标记及其应用 | |
| Ling YingHui et al. | Molecular analyses for genetic polymorphisms of the lpl gene and their associations with intramuscular fat content in goats. |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |