CN113774151B - 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用 - Google Patents

用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用 Download PDF

Info

Publication number
CN113774151B
CN113774151B CN202111206113.3A CN202111206113A CN113774151B CN 113774151 B CN113774151 B CN 113774151B CN 202111206113 A CN202111206113 A CN 202111206113A CN 113774151 B CN113774151 B CN 113774151B
Authority
CN
China
Prior art keywords
reproductive performance
jiaxing black
sow
nr5a2
black pig
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202111206113.3A
Other languages
English (en)
Other versions
CN113774151A (zh
Inventor
张金枝
陈强强
汪以真
刘国良
李奎
蔡剑锋
肖丽霞
吴芬
宋倩倩
张伟
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Zhejiang University ZJU
Original Assignee
Zhejiang University ZJU
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Zhejiang University ZJU filed Critical Zhejiang University ZJU
Priority to CN202111206113.3A priority Critical patent/CN113774151B/zh
Publication of CN113774151A publication Critical patent/CN113774151A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN113774151B publication Critical patent/CN113774151B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P60/00—Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
    • Y02P60/80—Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
    • Y02P60/87—Re-use of by-products of food processing for fodder production

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记，及其在鉴定和改良嘉兴黑猪母猪繁殖性能中的应用。所述SNP分子标记包括NR5A2基因外显子9第84609号位点，NR5A2基因外显子10第136706号位点、第136759号位点、第138802号位点和第138864号位点。本发明提供了用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记，为提高嘉兴黑猪母猪繁殖性能提供潜在的遗传标记辅助选择，为嘉兴黑猪的选育提供了基础。

Description

用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记及应用
(一)技术领域
本发明涉及用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记，及其在鉴定和改良嘉兴黑猪母猪繁殖性能中的应用。
(二)背景技术
猪繁殖性状是养猪业的重要经济性状，然而该性状属于低遗传力性状，遗传力在0.1左右。用常规育种方法，无法从根本上改良猪繁殖性状。随着分子生物学发展，通过现代分子育种技术对影响母猪繁殖性状的主效基因或相关开展遗传标记辅助选择，则可有效改善猪繁殖性状。
Y.X.Li等人对湖羊NR5A2进行了鉴定，并研究了NR5A2与繁殖性状的相关性。结果表明NR5A2 mRNA水平与湖羊排卵和产仔数呈正相关，并且在NR5A2的编码序列中检测到两个单核苷酸多态性(T40C和T1419C)，在第三胎和平均胎次时，T40位点CC基因型的母羊产仔数大于TT和TC基因型的母羊，T1419位点TT型母羊第三胎产仔数大于CC基因型母羊。YinxiaLi等人在NR5A2核心启动子区域(-700nt～-281nt)监测到位于-700nt的T>G多态性，关联性分析发现GG型母羊第2胎和平均产羔数显著高于TG和TT型，GG型母羊第三代产羊羔数显著高于TT型母羊。此外Yinxia Li等人还发现-700T>G多态性为金属调节转录因子1(MTF-1)创造了一个新的结合位点。竞争性电泳迁移改变分析证实MTF-1与NR5A2的G型启动子特异性结合。过表达实验证明，MTF-1参与了NR5A2转录活性的改变，并进一步增加了NR5A2基因mRNA的表达。NR5A亚家族中两个紧密相关的同源物SF-1(NR5A1)和LRH-1(NR5A2)先前已显示在粒细胞3中表达。NR5A1和NR5A2在小鼠粒细胞中类固醇的产生中起着相似的作用。Bertolin,K等人的研究表明NR5A2基因在调节山羊发情中的潜在作用，表明NR5A2在绵羊卵巢中起关键作用，是促进黄体生成的关键基因。Li,Y等人在湖羊NR5A1基因的核心启动子区域388处检测到C＞G突变，关联分析表明，GC型母羊的第二和第三羔羊数量要多于CC型母羊(P＜0.05)。Rihong Guo等人证实抑制Notch信号通过增强类固醇生成蛋白NPC1和STAR的表达来促进猪体内孕酮的分泌，NR5A2作为Notch信号的下游因子来调控孕酮的合成。KalyneBertolin等研究发现，NR5A2在卵泡发育过程中颗粒细胞中的卵丘扩张是必不可少的。上述结果表明NR5A2基因对猪的繁殖性能可能存在潜在作用。
(三)发明内容
本发明目的是提供用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记，及其在鉴定和改良嘉兴黑猪母猪繁殖性能中的应用。
本发明采用的技术方案是：
用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的特异性SNP分子标记，包括NR5A2基因外显子9第84609号位点(G→A突变，产生GG、GA、AA三种基因型)，NR5A2基因外显子10第136706号位点(A→T突变，产生AA、AT、TT三种基因型)、第136759号位点(G→C突变，产生GG、GC、CC三种基因型)、第138802号位点(T→C突变，产生TT、TC、CC三种基因型)和第138864号位点(A→G突变，产生AA、AG、GG三种基因型)。
嘉兴黑猪是世界上产仔数最多的猪种，嘉兴黑猪作为太湖猪的一个类别，其繁殖性能是关注的重点。而不同的猪种由于选择及生产管理模式不同，其进化程度不同，因此其基因的进化程度也是不一致的。譬如西方猪种的产仔数就没有地方猪种来的高。因此以嘉兴黑猪作为研究对象对NR5A2基因多态性对地方猪种繁殖性能的影响更具有普遍性，对其他外来猪种繁殖性能的影响则具有参考性。西方猪种生长速度快，瘦肉率高，中国地方猪种生长速度缓慢，饲料报酬率低。近年来，随着西方猪种的大量引入，中国地方猪遭遇到了前所未有的挑战，因此，对地方猪的保种及选育则显得尤为重要。嘉兴黑猪作为太湖猪的一个类别，素有繁殖能力优良的特性，但自2018年非洲猪瘟爆发，地方猪的生存状态堪忧。本发明首次将地方猪种嘉兴黑猪作为实验对象，探索NR5A2基因多态性与其繁殖性状的关联，可以为嘉兴黑猪的选育提供依据。
本发明还涉及所述特异性SNP分子标记在鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能中的应用。
本发明还涉及所述特异性SNP分子标记在改良嘉兴黑猪母猪繁殖性能中的应用。
本发明还涉及一种基于SNP分子标记的嘉兴黑猪母猪繁殖性能鉴定方法，所述方法包括：提取待鉴定样品母猪的基因组DNA，进行PCR扩增和测序，获得SNP分子标记各个检测位点的信息，根据检测结果获得样品母猪的繁殖性能参数；
所述SNP分子标记位点和鉴定对比信息如下表所示：
SNP位点 参考基因 突变基因
NR5A2基因外显子9第84609号位点 G A
NR5A2基因外显子10第136706号位点 A T
NR5A2基因外显子10第136759号位点 G C
NR5A2基因外显子10第138802号位点 T C
NR5A2基因外显子10第138864号位点 A G
在嘉兴黑猪群体中，共检测到10个SNP位点。g.84609G>A、g.135751G>T、g.136706A>T、g.136759G>C、g.138771C>T和g.138802T>C的PIC值表明，这些SNP位点具有中等遗传多样性(0.25<PIC<0.5)。经χ2检验，上述五个SNP位点，即：g.84609G>A，g.136706A>T，g.136759G>C，g.138802T>C，g.138864A>G，处于平衡状态(P>0.05)。其中，g.136759G>C位点的GG基因型的个体总产仔数和产活仔数均显著高于CC基因型个体(P<0.05)，与GC型个体无显著差异(P>0.05)。g.138864A>G位点的AA型嘉兴黑猪产活仔数显著高于AG型个体(P<0.05)，与GG型嘉兴黑猪无显著差异(P>0.05)。
本发明的有益效果主要体现在：本发明提供了用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记，为提高嘉兴黑猪母猪繁殖性能提供潜在的遗传标记辅助选择，为嘉兴黑猪的选育提供了基础。
(四)附图说明
图1为NR5A2基因Exon-10扩增片段；注：A:743bp，B:1167bp，C:703bp，D:820bp。
图2为NR5A2基因测序及SNP比对结果。
图3为嘉兴黑猪NR5A2基因SNP位点连锁不平衡分析；注：嘉兴黑猪基因14个SNP位点的阻断分析。方块中的值表示SNP的成对连锁不平衡(LD)值(D‘)。当D’＝1时，将不显示这些值。正方形越红，身份就越强。使用Haploview软件的默认设置定义单倍型块。
图4为猪NR5A2mRNA在14个组织中的相对表达水平；注：以心脏的平均ΔCt值作为校正剂。数据显示为10头猪的平均值±SD。“**”列显示出显著差异(p＜0.01)。
图5为猪NR5A2 mRNA在不同基因型卵巢中的相对表达水平；注：在g.136759G＞C，g.138864A＞G的基因座中，分别以CC和AG基因型的平均ΔCt值作为校正剂。数据显示为每种基因型的5头猪的平均值±标准偏差。带有“**”的列显示出显著差异(p＜0.01)。
(五)具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明进行进一步描述，但本发明的保护范围并不仅限于此：
实施例1：
(1)耳样及内脏组织采集：
取猪耳组织以及内脏组织样150mg于EP管中剪碎，按照天根基因组DNA提取试剂盒说明书进行DNA的提取。用Nano 2000测定DNA浓度和OD值；通过1％琼脂糖凝胶电泳测其浓度；提取的DNA-20℃保存，用于后续实验。
(2)耳样及内脏组织组织DNA提取：
耳样组织DNA提取过程为：①用眼科剪剪取0.2g耳样组织，去除其表面毛发及酒精，装入1.5mlEppendorf管中，并尽可能将耳组织剪碎；②DNA的提取采用北京全式金生物科技有限公司的组织DNA提取试剂盒提取；③将得到的DNA调终浓度至100ng/μL，放在2-8℃保存；4○DNA纯度检测：取1μLDNA在SMA1000上测定OD260/OD280的比值，当OD260/OD280比值在1.8～2.0之间说明所提DNA纯度较高；5○质量检测：将所提DNA用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，观察提取产物的质量以便进行后续实验。
(3)内脏组织杨平RNA的提取以及CDNA的合成
组织分离后立即液氮冻存，-80℃保存，TRIzol A+总RNA试剂(北京天恩)提取总RNA。用NanoDropND2000分光光度计(Thermo Fisher Scientific,Waltham,MA，USA)测定提取RNA的量和纯度(OD260/OD280比值>1.9),并用电泳法检测RNA的纯度。使用PrimeScriptRT Reagent Kit with gDNA Eraser(Takara，日本)按照制造商的说明书将RNA转换为cDNA.
(4)PCR扩增NR5A2基因目的片段(10个外显子)
以提取的猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，PCR反应体系25μL：2×Taq MasterMix 12.5μL，上下游引物(表1)(10μmol/L)各1μL，DNA模板2μL，ddH2O补至25μL。
PCR扩增条件：94℃预变性5min；94℃变性30s，55℃退火30s，72℃延伸1min，共35个循环；72℃延伸4min。将PCR扩增产物送至杭州擎科梓熙生物技术有限公司进行纯化并测序。测序峰图及序列使用BioEdit以及DNA star等软件进行分析。
表1：NR5A2基因外显子9和外显子10扩增片段引物序列表
(5)群体遗传学特性分析：
采用群体分析软件Genepop(http://genepop.curtin.edu.au)计算NR5A2基因各位点的基因型频率、基因频率、多态信息含量(PIC)、群体杂合度(He)和有效等位基因数(Ne)，并对各位点进行χ2Hardy-Weinberg平衡检验。根据固定效应模型，通过SPSS软件中一般线性模型(General Linear Model，GLM)进行基因与繁殖性状的关联分析，并通过最小二乘法分析嘉兴黑猪的繁殖性能在各基因型之间的差异：
Yijk＝μ+Pi+Gj+Mk+Nh+eijkh
式中，Yijkh为繁殖性状的记录值；μ为群体均值；Pi为胎次的固定效应，Gj为基因效应，Mk为季节的固定效应，Nh公猪固定效应；eijkh为随机残差。
本实施例以嘉兴黑猪为研究对象，测定结果如下：
1、嘉兴黑猪NR5A2基因结果
猪耳样组织基因组DNA的检测结果：
提取后的DNA经过1％的琼脂糖凝胶电泳实验检测，检测结果如图1，由图1可知，本试验提取的DNA样品质量较好，能够满足本试验的要求，可以进行后续实验。
NR5A2基因分型结果：
如附图2所示，NR5A2基因的PCR产物经纯化并测序后得到的峰图通过BioEdit以及DNAstar等软件进行比对分析，结果发现共检测到10个SNP位点(其中一个SNP位点位于Exon-9，其余9个位于Exon-10)，由于Exon-10片段过大，本发明将Exon-10分成了四个片段进行扩增(如图1)。(Gene ID:100523688)
Exon-9序列：GTGGACTATTCCATCATAGCATCGCAAGCGGGGACCACACTCAACAACCTCATGAGTCACGCGCAGGAGTTGGTGGCAAAGCTTCGTTCTCTGCAGTTTGATCAACGAGAGTTTGTGTGTCTGAAATTCTTGGTGCTCTTCAGTTTAG
Exon-10片段A：ATGTCAAAAACCTTGAGAACTTCCAGCTGGTCGAAGGCGTCCAGGAGCAAGTCAATGCTGCCCTGCTGGATTACACCATGTGCAACTACCCGCAGCAGACGGAGAAATTCGGGCAGCTGCTGCTTCGACTACCTGAAATCCGGGCCATCAGCATGCAGGCGGAGGAATACCTGTACTATAAGCACCTGAACGGGGATGTGCCCTACAACAATCTCCTGATTGAAATGTTGCATGCCAAAAGAGCTTAGTCACAGCGCTTAGGAGCTCGGCTTCCAAACCAGAAAGGGATTGGTGGTGAGGGAGGCGGGGAGGAAGAACAGGAAGAAAGGAGAAAAAAAATCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAATTCTGAACGGCTCTAAGCAACACTAATGAGAAACTTGGTTGAAAAGCTATTGAATTTTCAAAGGCATAATCATCAACTACGTACTAGCAAAGGAATGATGTATCAGGGTATTTGTATTGCAAACTGTGAATCAAATGGCTTCACATTCCCCAAAGGATTCTGTAGAAAAGACATTATGGTGGAGTGGACGGAACTCGCAGGTGGACACCAACGTGGCGCCAGAACAAAGACCGCCGGCACAGTTCTTGTAAAGGTAAACTGATCTCCGCTGTGCAGAAATCTAGGAACTGACCCGTGTTATTCATTAGGCGTACGCAGAGGGGGTCTGAGCTTCTGGAATCCCTCGTGGTAAAGCTGAACGGAAACAGTTCCCGAGAGTCC
Exon-10片段B：ATGTCAAAAACCTTGAGAACTTCCAGCTGGTCGAAGGCGTCCAGGAGCAAGTCAATGCTGCCCTGCTGGATTACACCATGTGCAACTACCCGCAGCAGACGGAGAAATTCGGGCAGCTGCTGCTTCGACTACCTGAAATCCGGGCCATCAGCATGCAGGCGGAGGAATACCTGTACTATAAGCACCTGAACGGGGATGTGCCCTACAACAATCTCCTGATTGAAATGTTGCATGCCAAAAGAGCTTAGTCACAGCGCTTAGGAGCTCGGCTTCCAAACCAGAAAGGGATTGGTGGTGAGGGAGGCGGGGAGGAAGAACAGGAAGAAAGGAGAAAAAAAATCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAATTCTGAACGGCTCTAAGCAACACTAATGAGAAACTTGGTTGAAAAGCTATTGAATTTTCAAAGGCATAATCATCAACTACGTACTAGCAAAGGAATGATGTATCAGGGTATTTGTATTGCAAACTGTGAATCAAATGGCTTCACATTCCCCAAAGGATTCTGTAGAAAAGACATTATGGTGGAGTGGACGGAACTCGCAGGTGGACACCAACGTGGCGCCAGAACAAAGACCGCCGGCACAGTTCTTGTAAAGGTAAACTGATCTCCGCTGTGCAGAAATCTAGGAACTGACCCGTGTTATTCATTAGGCGTACGCAGAGGGGGTCTGAGCTTCTGGAATCCCTCGTGGTAAAGCTGAACGGAAACAGTTCCCGAGAGTCC
Exon-10片段C：ATGTCAAAAACCTTGAGAACTTCCAGCTGGTCGAAGGCGTCCAGGAGCAAGTCAATGCTGCCCTGCTGGATTACACCATGTGCAACTACCCGCAGCAGACGGAGAAATTCGGGCAGCTGCTGCTTCGACTACCTGAAATCCGGGCCATCAGCATGCAGGCGGAGGAATACCTGTACTATAAGCACCTGAACGGGGATGTGCCCTACAACAATCTCCTGATTGAAATGTTGCATGCCAAAAGAGCTTAGTCACAGCGCTTAGGAGCTCGGCTTCCAAACCAGAAAGGGATTGGTGGTGAGGGAGGCGGGGAGGAAGAACAGGAAGAAAGGAGAAAAAAAATCCCCCCCCCCAAAAAAAAAAAATTCTGAACGGCTCTAAGCAACACTAATGAGAAACTTGGTTGAAAAGCTATTGAATTTTCAAAGGCATAATCATCAACTACGTACTAGCAAAGGAATGATGTATCAGGGTATTTGTATTGCAAACTGTGAATCAAATGGCTTCACATTCCCCAAAGGATTCTGTAGAAAAGACATTATGGTGGAGTGGACGGAACTCGCAGGTGGACACCAACGTGGCGCCAGAACAAAGACCGCCGGCACAGTTCTTGTAAAGGTAAACTGATCTCCGCTGTGCAGAAATCTAGGAACTGACCCGTGTTATTCATTAGGCGTACGCAGAGGGGGTCTGAGCTTCTGGAATCCCTCGTGGTAAAGCTGAACGGAAACAGTTCCCGAGAGTCC
Exon-10片段D：ATCCATCCCGTGTGTGGAATGGGGGTAGAGAAAATTTCTAGATTTGGGGAATAGTTATAAGGAGGGTCAAAAAATTTTTTTAAAAAGTACATTGATTCCCAAAGTTCCTGTTTTCTTATTTTAAATATGCTGTCATCCCCACTGAATATTACACCTAAAAAGGTCACATATTGGTAAGTGGTTAACCTAGTAAATTACACCATGAGAAGCGTTAGAAAGATATGCAATACAGAGCCTCAGCCACACTGCTGGTGACACTAAAGACAGAAGCTGATACACAAAAATGCCATTGGAGTTCTCTTGTGGTGCAAGGGGTTAAGGAGCCAGTGCTGTCACCGCTATGGCATGAGTTCAATCCCTAGTCCAGGAACTTCCACAGGCCACAGTCTCTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGACTGCTGCTCGGCATCCGTGGCCCATGCAAAGCTTGCTAGTGATTTTCTCTCCGTACTCGTAGTTAACCATTTGCAGCCCAGCATTTACTTAGCAAATGCCTTAGCAACGGCAGGATTTATTAGCACAAGCAGGCTCCACTAAGAAGGCTGTTGGCTTGGCCTGGTTGAGTTGAGTTGGTCCATGTTGAGAAACAGACAATCTGTCATGTCTGAGTTTTTGTATTACAGATCTTCAGCCGCTCCCTTAGATCTGAATCCGTGCGGTGTTTAGAGTGTGAAGTCGGTTCCTCCTTGACGTTCCTTCCTGTGTTGGTGAAATACACATTGTCATGTCGGTTCTTGCCAGGAATTTCTCCACAAAATGGAATTTTTGTTCAGTATGTCAATAAATATCGATATGCCCA
NR5A2基因的基因型频率、基因频率及群体遗传特异性结果：
由表2所示，在嘉兴黑猪群体中，共检测到10个SNP位点。g.84609G>A、g.135751G>T、g.136706A>T、g.136759G>C、g.138771C>T和g.138802T>C的PIC值表明，这些SNP位点具有中等遗传多样性(0.25<PIC<0.5)。经χ2检验，g.84609G>A，g.136706A>T，g.136759G>C，g.138802T>C，g.138864A>G等5个SNP位点处于平衡状态(P>0.05)。
表2：NR5A2基因的基因型频率和基因频率及群体遗传特性
注：P值：哈代温伯格平衡的χ2检验：P>0.05群体符合哈代温伯格平衡；PIC:多态信息含量，PIC>0.5表示高度多态，0.25<PIC<0.5表示中度多态，PIC<0.25表示低多态性；He：杂合度；Ne有效等位基因数。
2、NR5A2基因SNP位点的不同基因型对嘉兴黑猪繁殖性状的影响
由表3可知，g.136759G>C位点的GG基因型的个体总产仔数和产活仔数均显著高于CC基因型个体(P<0.05)，与GC型个体无显著差异(P>0.05)。g.138864A>G位点的AA型嘉兴黑猪产活仔数显著高于AG型个体(P<0.05)，与GG型嘉兴黑猪无显著差异(P>0.05)。
表3
3、NR5A2基因SNP位点的单倍型和连锁不平衡分析
连锁不平衡(LD)分析采用单倍型视图法(HaploView)。使用PHASE2.1软件分析单倍型和双倍型，对NR5A2基因上5个SNP位点进行单倍型分析。LD分析结果表明g.84609G>A，g.136706A>T，g.136759G>C，g.138802T>C和g.138864A>G具有较强的LD，构建了54kb的区块1(图3)，基于区块1形成了14种单倍型如表4所示。其中发生频率最高的为H8(0.432)；H8,H9,H11和H12这四个单倍型发生频率占所检测单倍型的84％。
表4：NR5A2基因不同SNP位点单倍型分析结果
注：1＝g.84609G>A，2＝g.136706A>T，3＝g.136759G>C，4＝g.138802T>C，5＝g.138864A>G。
4、NR5A2基因SNP位点双倍型对嘉兴黑猪生长性状的影响
经分析得出，NR5A2基因中5个SNP位点共有17种双倍型(表5)，将发生频率低于0.03的12种合并基因型定义为其他类型并进行删除。将其余5个双倍型进行关联性分析后发现，双倍型H7H8的个体总产子数显著高于H8H11个体(P＜0.05)，也高于其他3个双倍型(H8H12，H8H9，H6H8)但不显著(P<0.05)(表6)，这可能是因为样本数量不足。
表5：嘉兴黑猪NR5A2基因双倍型及其频率
表6：嘉兴黑猪NR5A2基因双倍型与其繁殖性状的关联性分析
注：TNB：总产子数，NBA：产活仔数，LWB出生窝重，NSB：死胎数5、嘉兴黑猪14种组织中NR5A2 mRNA的相对表达量
相对表达结果表明，NR5A2mRNA在大肠、肾上腺、结肠、十二指肠、皮层、心脏、四肢、肾、肝、肺、卵巢、小肠、下腹和下丘脑等组织中广泛表达，但表达水平受组织特性影响，在卵巢和肝脏中的表达水平明显高于其他组织(图4)。
6、NR5A2 mRNA在卵巢中不同基因型的相对表达量
由于NBR5A2mNRA相对表达量最高的是卵巢，本发明选择与繁殖形状显著相关的不同基因型的位点(g.136759G＞C,g.138864A＞G)来检测其表达水平，结果显示g.136759G＞C和g.138864A＞G均与NR5A2基因的表达水平显著相关。如图所示，对于g.136759G>C的位点，GG基因型的卵巢比CC和GC基因型的卵巢具有更高的NR5A2mRNA标的达水平(p<0.01)，同样，在g.138864A＞G的位点上，AA基因型嘉兴黑猪卵巢具有更高的NR5A2mRNA表达水平(图5)。这进一步佐证了NR5A2基因与嘉兴黑猪的繁殖性状存在关联性。
综上所述，检测到NR5A2基因10个SNPs，分别在其中符合哈代温伯格定律的有g.84609G>A，g.136706A>T，g.136759G>C，g.138802T>C，g.138864A>G。关联性分析表明，在本发明中所选取的128头嘉兴黑猪样本中，g.136759G>C位点上GG基因型的嘉兴黑猪总产仔数和产活仔数均显著大于CC基因型的嘉兴黑猪，g.138864A>G位点上AA基因型的嘉兴黑猪产活仔数显著高于GG基因型的嘉兴黑猪。通过合并基因型发现，双倍型H7H8的嘉兴黑猪的总产仔数显著高于H8H11的嘉兴黑猪(P<0.05)。表达分析结果表明NR5A2基因在卵巢的表达量最高(P<0.01)，并且在g.136759G>C位点上GG基因型的嘉兴黑猪卵巢中NR5A2的表达量显著高于GC和CC基因型(P<0.05)，g.138864A>G位点上AA基因型的嘉兴黑中卵巢中NR5A2基因的表达量最高(P<0.05)。
以上结果表明，NR5A2基因单核苷酸多态性及其合并及合并基因型对嘉兴黑猪生长性状有一定的影响，可以作为嘉兴黑猪生长性状分子标记辅助选择的候选基因，为嘉兴黑猪的改良提供理论依据。
序列表
<110> 浙江大学
<120> 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的SNP分子标记及应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 148
<212> DNA
<213> Susscrofa domestica
<400> 1
gtggactatt ccatcatagc atcgcaagcg gggaccacac tcaacaacct catgagtcac 60
gcgcaggagt tggtggcaaa gcttcgttct ctgcagtttg atcaacgaga gtttgtgtgt 120
ctgaaattct tggtgctctt cagtttag 148
<210> 2
<211> 743
<212> DNA
<213> Susscrofa domestica
<400> 2
atgtcaaaaa ccttgagaac ttccagctgg tcgaaggcgt ccaggagcaa gtcaatgctg 60
ccctgctgga ttacaccatg tgcaactacc cgcagcagac ggagaaattc gggcagctgc 120
tgcttcgact acctgaaatc cgggccatca gcatgcaggc ggaggaatac ctgtactata 180
agcacctgaa cggggatgtg ccctacaaca atctcctgat tgaaatgttg catgccaaaa 240
gagcttagtc acagcgctta ggagctcggc ttccaaacca gaaagggatt ggtggtgagg 300
gaggcgggga ggaagaacag gaagaaagga gaaaaaaaat cccccccccc aaaaaaaaaa 360
aattctgaac ggctctaagc aacactaatg agaaacttgg ttgaaaagct attgaatttt 420
caaaggcata atcatcaact acgtactagc aaaggaatga tgtatcaggg tatttgtatt 480
gcaaactgtg aatcaaatgg cttcacattc cccaaaggat tctgtagaaa agacattatg 540
gtggagtgga cggaactcgc aggtggacac caacgtggcg ccagaacaaa gaccgccggc 600
acagttcttg taaaggtaaa ctgatctccg ctgtgcagaa atctaggaac tgacccgtgt 660
tattcattag gcgtacgcag agggggtctg agcttctgga atccctcgtg gtaaagctga 720
acggaaacag ttcccgagag tcc 743
<210> 3
<211> 743
<212> DNA
<213> Susscrofa domestica
<400> 3
atgtcaaaaa ccttgagaac ttccagctgg tcgaaggcgt ccaggagcaa gtcaatgctg 60
ccctgctgga ttacaccatg tgcaactacc cgcagcagac ggagaaattc gggcagctgc 120
tgcttcgact acctgaaatc cgggccatca gcatgcaggc ggaggaatac ctgtactata 180
agcacctgaa cggggatgtg ccctacaaca atctcctgat tgaaatgttg catgccaaaa 240
gagcttagtc acagcgctta ggagctcggc ttccaaacca gaaagggatt ggtggtgagg 300
gaggcgggga ggaagaacag gaagaaagga gaaaaaaaat cccccccccc aaaaaaaaaa 360
aattctgaac ggctctaagc aacactaatg agaaacttgg ttgaaaagct attgaatttt 420
caaaggcata atcatcaact acgtactagc aaaggaatga tgtatcaggg tatttgtatt 480
gcaaactgtg aatcaaatgg cttcacattc cccaaaggat tctgtagaaa agacattatg 540
gtggagtgga cggaactcgc aggtggacac caacgtggcg ccagaacaaa gaccgccggc 600
acagttcttg taaaggtaaa ctgatctccg ctgtgcagaa atctaggaac tgacccgtgt 660
tattcattag gcgtacgcag agggggtctg agcttctgga atccctcgtg gtaaagctga 720
acggaaacag ttcccgagag tcc 743
<210> 4
<211> 743
<212> DNA
<213> Susscrofa domestica
<400> 4
atgtcaaaaa ccttgagaac ttccagctgg tcgaaggcgt ccaggagcaa gtcaatgctg 60
ccctgctgga ttacaccatg tgcaactacc cgcagcagac ggagaaattc gggcagctgc 120
tgcttcgact acctgaaatc cgggccatca gcatgcaggc ggaggaatac ctgtactata 180
agcacctgaa cggggatgtg ccctacaaca atctcctgat tgaaatgttg catgccaaaa 240
gagcttagtc acagcgctta ggagctcggc ttccaaacca gaaagggatt ggtggtgagg 300
gaggcgggga ggaagaacag gaagaaagga gaaaaaaaat cccccccccc aaaaaaaaaa 360
aattctgaac ggctctaagc aacactaatg agaaacttgg ttgaaaagct attgaatttt 420
caaaggcata atcatcaact acgtactagc aaaggaatga tgtatcaggg tatttgtatt 480
gcaaactgtg aatcaaatgg cttcacattc cccaaaggat tctgtagaaa agacattatg 540
gtggagtgga cggaactcgc aggtggacac caacgtggcg ccagaacaaa gaccgccggc 600
acagttcttg taaaggtaaa ctgatctccg ctgtgcagaa atctaggaac tgacccgtgt 660
tattcattag gcgtacgcag agggggtctg agcttctgga atccctcgtg gtaaagctga 720
acggaaacag ttcccgagag tcc 743
<210> 5
<211> 820
<212> DNA
<213> Susscrofa domestica
<400> 5
atccatcccg tgtgtggaat gggggtagag aaaatttcta gatttgggga atagttataa 60
ggagggtcaa aaaatttttt taaaaagtac attgattccc aaagttcctg ttttcttatt 120
ttaaatatgc tgtcatcccc actgaatatt acacctaaaa aggtcacata ttggtaagtg 180
gttaacctag taaattacac catgagaagc gttagaaaga tatgcaatac agagcctcag 240
ccacactgct ggtgacacta aagacagaag ctgatacaca aaaatgccat tggagttctc 300
ttgtggtgca aggggttaag gagccagtgc tgtcaccgct atggcatgag ttcaatccct 360
agtccaggaa cttccacagg ccacagtctc tgccaaaaaa aaaaaaaaaa aaaagactgc 420
tgctcggcat ccgtggccca tgcaaagctt gctagtgatt ttctctccgt actcgtagtt 480
aaccatttgc agcccagcat ttacttagca aatgccttag caacggcagg atttattagc 540
acaagcaggc tccactaaga aggctgttgg cttggcctgg ttgagttgag ttggtccatg 600
ttgagaaaca gacaatctgt catgtctgag tttttgtatt acagatcttc agccgctccc 660
ttagatctga atccgtgcgg tgtttagagt gtgaagtcgg ttcctccttg acgttccttc 720
ctgtgttggt gaaatacaca ttgtcatgtc ggttcttgcc aggaatttct ccacaaaatg 780
gaatttttgt tcagtatgtc aataaatatc gatatgccca 820

Claims (1)

1.一种基于SNP分子标记的嘉兴黑猪母猪繁殖性能鉴定方法，所述方法包括：提取待鉴定样品母猪的基因组DNA，进行PCR扩增和测序，获得SNP分子标记位点的信息，根据检测结果获得样品母猪的繁殖性能参数；
所述SNP分子标记位点为NR5A2基因外显子10的g.136759G > C和g.138864A > G位点；结果判断：
对于g.136759G>C位点，若检测结果为GG基因型，则待鉴定样品母猪具有较好繁殖性能；
对于g.138864A > G位点，若检测结果为AA基因型，则待鉴定样品母猪具有较好繁殖性能。
CN202111206113.3A 2021-10-16 2021-10-16 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用 Active CN113774151B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111206113.3A CN113774151B (zh) 2021-10-16 2021-10-16 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111206113.3A CN113774151B (zh) 2021-10-16 2021-10-16 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN113774151A CN113774151A (zh) 2021-12-10
CN113774151B true CN113774151B (zh) 2024-01-26

Family

ID=78873216

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202111206113.3A Active CN113774151B (zh) 2021-10-16 2021-10-16 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN113774151B (zh)

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105368926A (zh) * 2015-08-27 2016-03-02 安徽农业大学 猪基因多态性及其与母猪繁殖性状关联性的测定方法
CN108486124A (zh) * 2018-03-26 2018-09-04 浙江大学 嘉兴黑猪tfam基因特征序列、引物及检测试剂盒
CN108676806A (zh) * 2018-03-26 2018-10-19 浙江大学 嘉兴黑猪tfb2m基因特征序列、引物及检测试剂盒
CN110106261A (zh) * 2019-05-30 2019-08-09 浙江大学 嘉兴黑猪及生肉制品的snp标记组合和鉴定方法
CN110452995A (zh) * 2019-08-27 2019-11-15 浙江大学 影响嘉兴黑猪母猪繁殖性能的gpr54基因分子标记及其应用
CN116590433A (zh) * 2023-06-27 2023-08-15 石河子大学 大白母猪繁殖性能的分子标记、引物、试剂盒、鉴定方法及应用

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105368926A (zh) * 2015-08-27 2016-03-02 安徽农业大学 猪基因多态性及其与母猪繁殖性状关联性的测定方法
CN108486124A (zh) * 2018-03-26 2018-09-04 浙江大学 嘉兴黑猪tfam基因特征序列、引物及检测试剂盒
CN108676806A (zh) * 2018-03-26 2018-10-19 浙江大学 嘉兴黑猪tfb2m基因特征序列、引物及检测试剂盒
CN110106261A (zh) * 2019-05-30 2019-08-09 浙江大学 嘉兴黑猪及生肉制品的snp标记组合和鉴定方法
CN110452995A (zh) * 2019-08-27 2019-11-15 浙江大学 影响嘉兴黑猪母猪繁殖性能的gpr54基因分子标记及其应用
CN116590433A (zh) * 2023-06-27 2023-08-15 石河子大学 大白母猪繁殖性能的分子标记、引物、试剂盒、鉴定方法及应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN113774151A (zh) 2021-12-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US7732137B2 (en) Selecting animals for desired genotypic or potential phenotypic properties
CN109680070B (zh) 一种与澳洲白绵羊蹄色极显著相关的snp标记、分子标记及应用
KR101595011B1 (ko) 돼지의 유두 수 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
Orford et al. A single nucleotide polymorphism in the acetyl-coenzyme A acyltransferase 2 (ACAA2) gene is associated with milk yield in Chios sheep
WO2011118549A1 (ja) ブタの椎骨数を支配するVertnin遺伝子、およびその利用
CN110452995B (zh) 影响嘉兴黑猪母猪繁殖性能的gpr54基因分子标记及其应用
CN113774151B (zh) 用于鉴定嘉兴黑猪母猪繁殖性能的snp分子标记及应用
CN115927667B (zh) 一种与猪肌内脂肪性状相关的分子标记、引物及其应用
Abdel-Kafy et al. Correlating single nucleotide polymorphisms in the myostatin gene with performance traits in rabbit
KR100774849B1 (ko) 한우 배최장근 단면적 및 등지방 두께 연관지방산결합단백질 유전자의 분자 마커 개발
Xu et al. Potential of eight mutations for marker-assisted breeding in Chinese Lulai black pigs
CN114717329B (zh) 与母猪产死胎性状相关的snp分子标记及其应用
CN114921568A (zh) 一种秦川牛体尺及肉质性状相关的snp分子标记及其应用
JP5560503B2 (ja) 黒毛和種の成長に関わる遺伝子変異
CN111850136B (zh) Mrvi1基因作为肉牛筛选优良肉质性状的标志物的应用
CN113736889A (zh) 一种猪7号染色体上与猪死胎数、活仔率相关的snp分子标记及其用途
SETYORINI et al. Identification polymorphism of LHR and FSHR genes in Indonesian Holstein dairy cattle associated with productive and reproductive traits
Li et al. Relationship between the polymorphisms of 5'regulation region of prolactin gene and milk traits in Chinese Holstein dairy cows
Guo et al. Bovine TMEM95 gene: Polymorphisms detecting in five Chinese indigenous cattle breeds and their association with growth traits
Ropka-Molik et al. New Polymorphisms in Regulatory Regions of Porcine μ-Calpain Gene and Their Association with Transcript Abundance
Setyani et al. The Effect of SNP c. 100800G> A on CAST| Cfr13I Gene Polymorphisms with Ultrasound Imaging of Meat Characteristics and Growth Traits in Bali Cattle
KR20070019179A (ko) 한우 육질관련 표지유전자 개발
CN109055577B (zh) 一种以lrp10基因作为大河乌猪眼肌面积和背膘厚的遗传标记
Sun Wu et al. Investigation of NELFE polymorphism and their association with litter size in two Chinese indigenous sheep breeds.
Sevim et al. Single Nucleotide Polymorphisms of Mc4R Gene and Their Associations with Growth Traits in Karacabey Merino Lambs

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant