CN117887863A - 一种与绵羊体高相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明具体涉及一种与绵羊体高相关的SNP分子标记及其应用，属于遗传生物学领域。本发明所述影响绵羊体高性状的SNP分子标记位于第14号染色体上4982153位点，该SNP分子标记的多态性为C/T。利用该SNP分子标记可鉴定绵羊体高，并选择性地进行育种。
Description
技术领域
本发明属于遗传生物学领域，具体涉及一种与绵羊体高相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
在畜牧业和动物育种领域，动物体型，特别是体高，一直是重要的研究对象，因为它直接关联到动物的生产性能和适应环境的能力。体高作为绵羊重要的形态特征之一，影响其生活功能和经济价值。体高较大的绵羊通常在肉类生产中表现更好，因为它们往往具有较大的体躯和更多的肌肉量。此外，体高在适应性进化中也发挥着作用，例如在复杂地形中活动和觅食能力。尽管体高是一个受多基因控制的复杂性状，但近年来随着分子遗传学的发展，科学家们开始寻找和利用与体高相关的单核苷酸多态性(SNP)作为分子标记来指导育种。这些SNP标记的发现和应用，使得育种师可以更精确地进行基因选择，从而高效地培育出理想体型的绵羊。
目前，在绵羊体高研究中，已发现一些与体高相关的候选基因和SNP标记，这些发现为理解绵羊体高的遗传机制提供了新的视角。然而，这方面的研究相比其他经济性状如生育率、乳品质等还相对落后，尚需要更深入的研究来完善绵羊的体高遗传地图。进一步的研究不仅有助于改善绵羊的生产性能，提高经济效益，同时也为动物福利和可持续畜牧业发展提供科学依据。通过对体高相关SNP的研究，育种师可以更早地识别出具有潜在生长优势的羊只，从而在羊群改良中实现快速准确的遗传选择。
发明内容
本发明的主要目的在于提供一种与绵羊体高相关的SNP分子标记，采用该SNP分子标记可精确的进行基因选择，从而高效的培育出理想体型的绵羊，弥补了现有技术中缺乏与绵羊体高直接相关的SNP分子标记的技术缺陷。
本发明采用了以下技术方案来实现上述目的：
一种影响绵羊体高性状的SNP分子标记，该SNP分子标记位于第14号染色体上4982153位点，该SNP分子标记的多态性为C/T。
本发明提供上述SNP分子标记在鉴定绵羊体高性状中的应用。
本发明提供利用上述SNP分子标记鉴定绵羊体高的方法，包括以下步骤：
(1)提取待测绵羊的DNA；
(2)以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
(3)对PCR产物进行测序，分析基因型；
(4)结果判断：根据基因型不同判断绵羊体高属于矮型、中型或高型；第14号染色体4982153位点基因为TT的绵羊为矮型；第14号染色体4982153位点基因为CT的绵羊为中型；第14号染色体4982153位点基因为CC的绵羊为高型；
所述的特异性引物包括：
正向引物1(F1)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAGCAGCCGCAGTCCA(如SEQ No.1所示)；
正向引物2(F2)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGCAGCCGCAGTCCG(如SEQ No.2所示)
反向引物(R):GCGGCCACACAGCCAG(SEQ No.3所示)。
进一步的，上述方法中PCR扩增的退火温度为55-61℃。
本发明提供利用上述方法选育高型绵羊的方法，其特征在于，包括以下步骤：不断选择并保留SNP分子标记不含T的基因型的子代。
本发明中所述的绵羊品种主要为杜泊羊。
本发明具有以下有益效果：
本发明提供的SNP分子标记，可用于绵羊体高性状的早期选育，在早期进行筛选，可有效鉴定绵羊的体高并进行分子育种，高效地获得高型纯合子，维持绵羊体高性状的稳定。
附图说明
图1：实施例1中DNA质检结果；
图2：实施例1中基因分型图；
图3：实施例1中典型绵羊体高图，左侧为矮型，右侧为高型；
图4：实施例1中SNP与绵羊体高表型关联分析箱线图。
具体实施方式
下面结合具体实施例进一步阐明本发明，应理解这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围，在阅读了本发明之后，本领域技术人员对本发明的各种等价形式的修改均落于本申请权利要求所保护的范围。
实施例1利用SNP分子标记Chr14:4982153鉴定绵羊体高
实验对象为杜泊羊，220只，一月龄。
SNP分子标记的特异性引物为：
正向引物1(F1)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAGCAGCCGCAGTCCA；
正向引物2(F2)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGCAGCCGCAGTCCG；
反向引物(R)：GCGGCCACACAGCCAG。
方法如下所述：
(1)采集绵羊静脉血5mL，通过传统CTAB法提取DNA，并将DNA稀释到20ng/μl；将引物稀释到100μl/ml；将正、反三条引物序列按照F1：F2：R：水＝24:24:48:100的比例进行稀释。
(2)以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，扩增体系如表1所示，扩增程序如表2所示，获得PCR引物；不同绵羊PCR产物在1％琼脂糖上进行电泳，结果如图1所示：
表1扩增体系
| 名称 | 384孔板(4μL体系) |
| 2xTaqDNAPolymeraseMix | 2μL |
| SNPPrimerMix(4x) | 1μL |
| DNA样品 | 2ul |
表2扩增程序
(3)PCR扩增循环结束后，在低于40℃的环境下，利用荧光定量PCR仪器读取荧光值，对PCR产物进行测序，然后使用LGC_OMEGA的基因型读取软件(Kluster Caller)对测序结果进行分析，根据样品簇和荧光类型将基因型分为三种类型TT、CT、CC，如图2所示。
(4)结果判定：根据基因型不同判断绵羊体高为高型、中型或矮型。第14号染色体4982153位点为TT基因型的绵羊体高为矮型；第14号染色体4982153位点为CT基因型的绵羊体高为中型；第14号染色体4982153位点为CC基因型的绵羊体高为高型。
将实验绵羊养至9月龄，观察体高，绵羊体高如图3所示，其SNP相关性分析如图4所示。当第14号染色体4982153位点为TT基因型的绵羊体高为矮型，平均体高为65.8cm；当第14号染色体4982153位点为CT基因型的绵羊体高为中型，平均高度为68.2cm；当第14号染色体4982153位点为CC基因型的绵羊体高为高型，平均长度为79.2cm。根据基因型对羊羔体高的判断，差异极显著，与成年绵羊表现的体高结果相符。
Claims (5)
1.一种影响绵羊体高性状的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于第14号染色体上4982153位点，该SNP分子标记的多态性为C/T。
2.一种如权利要求1所述的SNP分子标记在鉴定绵羊体高性状中的应用。
3.一种利用SNP分子标记鉴定绵羊体高的方法，其特征在于，包括以下步骤：
(1)提取待测绵羊的DNA；
(2)以待测绵羊基因组DNA为模板，利用SNP分子标记的特异性引物进行PCR扩增，获得PCR产物；
(3)对PCR产物进行测序，分析基因型；
(4)结果判断：根据基因型不同判断绵羊体高属于矮型、中型或高型；第14号染色体4982153位点基因为TT的绵羊为矮型；第14号染色体4982153位点基因为CT的绵羊为中型；第14号染色体4982153位点基因为CC的绵羊为高型；
所述的特异性引物包括：
正向引物1(F1)：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGAGCAGCCGCAGTCCA；
正向引物2(F2)：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGAGCAGCCGCAGTCCG；
反向引物(R):GCGGCCACACAGCCAG。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，PCR扩增的退火温度为55-61℃。
5.一种利用权利要求3所述的方法选育高型绵羊的方法，其特征在于，包括以下步骤：不断选择并保留SNP分子标记不含T的基因型的子代。
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