CN117737217A - 一种用于低质量样本的空间转录组学检测方法及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种用于低质量样本的空间转录组学检测方法，该包括以下步骤：待检测样本贴在空间转录组芯片上；所述空间转录组芯片风干后，向检测样本加入含有poly A polymerase的反应溶液，进行对待检测样本中的mRNA 3’末端加上polyA的反应，清洗；透化处理；逆转录反应；核酸外切酶进行消化反应；变性洗脱；构建待测序的文库。本发明所述检测方法可以实现对低质量样本的空间转录组的构建，而且能够且增加样本中的RNA 5’端的覆盖以及捕获到除了mRNA以外的其他RNA，能够应用于待测样本中mRNA的空间转录组构建和空间转录组学分析。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域，涉及空间组学，特别是涉及一种用于低质量样本的空间转录组学检测方法及其应用。
背景技术
生命科学研究中几乎所有看似无限复杂的生物学都存在于三维空间中，研究即使是简单的生物体或单个组织的结构，不仅需要破译数千至数百万细胞的分子图谱，还需要了解它们的空间环境如何影响它们的行为。
单细胞组学能够获得单个细胞内的生物学信息，然而生物过程发生在空间环境中，组织中细胞的三维排列对其功能有着深远的影响（例如：微环境中的细胞互作）。使人们能够深入了解组织中细胞的构成的多样性和基因表达状态。众所周知，基因表达具有时间和空间的特异性，通过对不同时间点的样本取材，使用单细胞转录组测序技术能够解析时间维度上细胞类型和基因表达的变化过程。对于空间信息的研究需求，推动了空间组学技术的发展。因此，近年来，空间生物学成为生命科学领域最受关注的前沿技术之一。
空间转录组学被权威科学期刊Nature Methods评为2020年的年度技术，也是Nature杂志评选的2022年“最受关注的七大技术”之一。空间组学技术已经被用于胚胎发育、肿瘤医学、神经科学、器官图谱构建等多个生命科学领域当中，涌现了很多重要的科研成果和重大发现。空间组学的不断创新，正在开启生物学研究的新篇章，并使得人们能够重新认识生命系统的复杂性。
到目前为止，所描述的空间技术都是基于分离已知的感兴趣的组织区域，或者通过杂交或测序原位可视化RNA分子。另一种方法是在原地捕获转录本，然后在异地进行测序。它避免了直接可视化的典型限制，并允许对完整的转录组进行无偏分析。然而，这些方法的主要障碍是RNA捕获效率有限，随着分辨率的提高（即更小的捕获/编码区域），这变得越来越有挑战性。
现在的空间转录组学方法主要有原位成像法和“空间编码-捕获-测序”法。“空间编码-捕获-测序”法，主要通过构造一张带有空间编码的DNA探针芯片，利用探针对目标分子进行捕获，利用空间编码对目标分子进行定位。现在的空间转录组学芯片主要通过一段polyT序列对mRNA的polyA进行捕获，并通过一系列生化反应过程进行建库、测序。这样的技术有以下几个缺点：1. 需要研究对象为真核生物，原核生物mRNA不带polyA尾而无法进行捕获。2.对样本保存条件要求高，RNA是极易降解的生物分子，往往要求样本取下之后迅速进行冷冻包埋，但临床样本往往受限于手术的时间，手术室的严格要求等，而无法对样本进行及时包埋处理，导致样本RNA降解而无法满足检测需求。3.对于临床上最常见的样本类型石蜡切片无法支持，石蜡切片的RNA往往因降解而片段化，无法依靠polyT探针进行捕获。
发明内容
基于此，本发明的目的是提供一种能够用于低质量样本的空间转录组学检测方法及其应用。
实现上述目的的技术方案包括如下。
本发明的第一个方面，是提供一种用于低质量样本的空间转录组学检测方法，包括以下步骤：
S1.待检测样本贴在空间转录组芯片上，并固定处理；
S2.所述空间转录组芯片风干后，向检测样本加入含有 poly A polymerase 的反应溶液进行对待检测样本中的mRNA 3’末端加上polyA的反应，清洗；所述polyApolymerase为yeast poly A polymerase或ecoli poly A polymerase；
S3. 对反应后的待检测样本利用蛋白酶进行透化处理；
S4. 在芯片上进行逆转录反应；
S5. 核酸外切酶进行消化反应；
S6. 通过KOH变性洗脱；
S7. 通过随机引物扩增构建待测序的文库，用于测序，分析。
在其中一些实施例中，S2步骤中，所述反应中所述yeast poly A polymerase的浓度是20U/μL-40U/μL的酶量，优选为25U/μL-40U/μL，更优选为30U/μL-40U/μL，或35U/μL-40U/μL。
在其中一些实施例中，S2步骤中，所述反应中所述ecoli poly A polymerase的浓度是ecoli PAP 0.25U/μL-0.5U/μL，优选0.35U/μL-0.5U/μL。
在其中一些实施例中，在-20±2 ℃甲醇中进行固定。
在其中一些实施例中，S2步骤中，反应温度为37±1 ℃，反应时间25分钟-35分钟。
在其中一些实施例中，S2步骤中，反应溶液包括 20U/μL-40U/μL yeast poly Apolymerase(优选为35U/μL-40U/μL），5±0.5% RNase inhibitor，0.5±0.05mM ATP，1XyPAP reaction buffer。
在其中一些实施例中，所述低质量样本包含需要检测分析的RNA，该RNA质量值低于7或质量值为2-7，在一些具体的实施例中，RNA质量值是3-7，或者RNA质量值是4-6。进一步例如可以是6，5，4，3。
在其中一些实施例中，所述低质量样本是来源于原核生物或石蜡切片的样本。
在其中一些实施例中，S3中的蛋白酶是胃蛋白酶或蛋白酶K或胰蛋白酶。
在其中一些实施例中，逆转录反应的反应液包括10U/μL reversetranscriptase，1 mM dNTP mix，5% RNase inhibitor，1X RTbuffer，42±1℃反应2.5h-3.5 h。
在其中一些实施例中，所述空间转录组芯片是固定有polyT探针的用于捕获RNA的芯片。
在其中一些实施例中，所述polyT探针中携带一段寡核苷酸序列作为空间编码。
本发明的第二个方面，是提供上述任一种检测方法在低质量RNA样本的空间转录组构建或空间转录组学分析中的应用。
本发明所述空间转录组学检测方法，通过在待检样本的组织透化前，应用RNApoly A聚合酶对组织中已经降解的RNA 3’端加上polyA，从而使RNA能够被芯片上的poly T探针所捕获。即该方法中，合适的RNA poly A聚合酶反应让待测样本中质量不高的RNA3’末端进行末端polyA修饰，从而使该RNA能够被polyT探针捕获。本发明所述检测方法可以实现对低质量样本的空间转录组的构建，特别是合适的yeast poly A polymerase能够且增加RNA 5’端的覆盖以及捕获到除了mRNA以外的其他RNA，增加了lncRNA(longnon-codingRNA)的捕获比例，能够细胞更全面的分子生物学信息，从而能够拓展应用于待测样本中mRNA的空间转录组构建，更特别适应于石蜡切片或原核生物的空间转录组构建。
具体地，本发明所述空间转录组学分析方法具有以下优势：
1. 解决了现有技术方案要求mRNA保存完好且必须带有polyA修饰的问题。
2. 现有的方案对文库的测序主要在RNA的3’端，而发明所述空间转录组学方法能够增加5’端的覆盖，获得的转录组信息更加可靠。
3. 本发明所述检测方法可以捕获到除了mRNA以外的其他RNA，如lncRNA, miRNA等，对增加细胞分型的准确性，发现新的细胞类型等有重要意义。
附图说明
图1为实施例1中小鼠睾丸组织中捕获的mRNA分子数的空间分布热图。
图2为实施例2中小鼠睾丸组织中捕获的mRNA分子数的空间分布热图。
图3是实施例3中Gene body percentile 的分析结果示意图。
图4是实施例3中lncRNA的捕获比例结果示意图。
图5是实施例4中的Gene body percentile 的分析结果示意图。
图6是实施例5中的Gene body percentile 的分析结果示意图。
具体实施方式
为了便于理解本发明，下面将对本发明进行更全面的描述。本发明可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本发明公开内容的理解更加透彻全面。
下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Green和Sambrook主编的第四版《分子克隆实验指南》(Molecular Cloning: A LaboratoryManual)已于2013年出版，或按照制造厂商所建议的条件。实施例中所用到的各种常用化学试剂，均为市售产品。
除非另有定义，本发明所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不用于限制本发明。本发明所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
定义 为了便于理解本技术，下面定义了一些术语和短语。
FFPE（Formalin-fixed paraffin-embedding）即用福尔马林将组织或细胞固定后用石蜡包埋，是一种组织或细胞保存技术。福尔马林中的甲醛可以与蛋白质的氨基结合，使蛋白质凝固变性，保持组织细胞结构的完整性。通过FFPE技术处理得到的样本称为FFPE样本，因实际使用时会切成薄片，也称石蜡切片。
本发明所使用的转录组芯片（微流控芯片），可以是固定有polyT探针的用于捕获RNA的芯片。芯片可以购买，也可以自己制备，其制备方式也可以参考中国专利申请（202311305614.6）。例如具体方法可以包括以下步骤：在芯片上固定P7（5'DBCO/iSp18//iSp18/iSp18/CAAGCAGAAGACGGCATACGAGAT，SEQ ID No：5）和P9（5’DBCO/iSp18//iSp18/iSp18/GCTAG/i8oxoG/CCAAGCTTAACA/ideoxyU/AGACGC，SEQ ID No：6）分别作为第一接头和第二接头，其中P9中引入了i8oxoG和ideoxyU两个核苷酸，作为USER（Uracil-SpecificExcision Reagent）酶和fpg（Formamidopyrimidine Glycosylase）酶的酶切位点。这里采用重新设的P9序列，避免在后续建库测序过程中与mRNA捕获文库中的P5引发冲突。
所述芯片涉及到一组探针模板文库，其中的探针包括测序接头序列1、测序引物序列、空间条码段序列、空间条码段测序引物序列、测序接头序列2。
其中，测序接头序列1与P7序列相同，测序接头序列2与P9反向互补。测序引物序列可以参考具体的测序平台或自行设计，空间条码段序列为20~30个随机碱基序列，以此在载体上可以形成1012左右甚至更大量的空间编码进行位置区分，空间条码段测序引物序列根据空间条码段序列自行设计。
本发明的一些实施例还提供一种在载体上生成探针的方法，例如可以参考标准双端测序程序，包括以下步骤：
（1）捕获探针种子文库杂交，桥式扩增：
在芯片上，杂交探针模板文库，延伸得到探针，并进行桥式扩增，使芯片上长出一个个探针簇，每个探针簇包含多条序列一致的探针，每个探针簇有唯一的空间条码段。
（2）空间条码段测序：
引物杂交，对空间编码序列进行测序，并根据图像对每个空间编码进行空间定位，获得空间坐标。
（3）再次桥式扩增及线性化：
按照常规方法，可用变性试剂洗去空间编码测序的DNA链，用清洗试剂清洗。用PNK酶进行末端去磷酸化后，进行二次桥式扩增，使芯片上长满mRNA捕获探针，形成彼此相接的连续探针簇。接着用fpg酶进行线性化，使芯片上只留下测序接头1上的DNA链。
（4）mRNA捕获序列连接：
利用包括测序接头2互补序列、连接对应序列以及捕获对应序列（A30BN）的引导段，通过T4连接酶，在探针上连接上mRNA捕获探针（包括连接序列和捕获序列T30VN），反应体系如下：2U/μL T4连接酶，1μM引导段，1μM mRNA捕获探针，1X连接酶缓冲液，0.5%PEG2000，37℃，过夜反应。之后用变性试剂洗去引导段，用清洗试剂清洗三次。
以下结合具体实施例对本发明作进一步详细的说明。
实施例1：
本实施例所述用于低质量样本的空间转录组学检测方法，其包括以下步骤：
S1.组织切片、贴片、固定：对一个RNA质量较低的小鼠睾丸组织（RNA质量值5（按照常规技术，RNA质量检测是通过提取组织中的RNA，再利用安捷伦2100对RNA片段分布进行检测，根据18S，28S的片段分布特征综合计算得出），通常认为7以下不适合进行空间转录组实验）进行10μm（通常5μm-20μm厚度都可以）厚冰冻切片，贴在空间转录组芯片上。在-20℃冰甲醇种固定30min。将甲醇预冷至-20℃，将带有组织的芯片在冰甲醇中固定30分钟；
S2. 加poly A 尾：芯片风干后，向组织加入yeast poly A polymerase (yPAP)反应溶液20 U/uL yPAP，5% RNase inhibitor, 0.5 mM ATP，1X yPAP reaction buffer），37℃反应30 min；反应结束后，用0.1X SSC清洗；
S3.组织透化：用胃蛋白酶（pepsin，1mg/mL溶解在0.1 M HCl中）对组织进行透化处理，37℃反应5 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗；
S4.逆转录：在芯片上进行逆转录反应（10 U/μL reverse transcriptase，1 mMdNTP mix, 5% RNase inhibitor, 1X RT buffer）, 42 ℃ 反应3 h；反应结束后，用0.1XSSC清洗；
S5. ExoI酶消化：用ExoI酶进行消化（20U/μL ExoI, 1X ExoI buffer），37℃反应1 h。反应结束后，用0.1X SSC清洗；
S6. KOH变性洗脱：用80 mM KOH对组织进行清洗，室温反应10 min。反应结束后，用EB缓冲液清洗；
S7.扩增建库：二链合成（5μM随机引物，0.5U/μL klenow fragment (exonucleasedeficient)，0.5mM dNTP mix，1X NEBuffer 2），37℃反应1h。反应结束后，用EB 缓冲液清洗；
用80mM KOH进行变性收集二链（合成链），室温反应15min，用1M Tris-HCl (pH 7)中和；
产物使用Kapa Hifi Hotstart Readymix进行PCR扩增，体系中包含引物：
TCTTTCCCTACACGACGCTC （SEQ ID No：1），
TCAGACGTGTGCTCTTCCGA（SEQ ID No：2），浓度为2 μM。
PCR程序设置为：95 ℃ 3分钟，15个循环的（95℃ 30秒，60℃ 1分钟，72℃ 1分钟），72℃ 2分钟，4℃最终温度。PCR产物用0.6× AMPure XP磁珠纯化。产物使用Kapa HifiHotstart Readymix进行第二次扩增，体系中包含引物：
AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTC（SEQ ID No：3），
CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATGTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGA（SEQ ID No：4），浓度各1 μM。
PCR程序设置为：95 ℃ 3分钟，5个循环的（95℃ 30秒，60℃ 30秒，72℃ 30秒），72℃ 2分钟，4℃最终温度。产物用0.6× AMPure XP磁珠进行纯化。文库最终进行测序（双端测序，PE100-150）。
通过对测序数据进行比对分析，对检测到的mRNA根据空间编码还原到各自的坐标上，图1展示了小鼠睾丸组织中捕获的mRNA分子数的空间分布热图，说明所述成功进行了小鼠睾丸的空间转录组构建。
实施例2：
对同一个小鼠睾丸组织进行空间转录组实验，使用常规方法，跟实施例1的区别在于，省去了步骤2 yeast poly A聚合酶的步骤,在甲醇固定，芯片风干后，直接进行胃蛋白酶透化处理，后面的步骤均一致。具体如下：
1. 组织切片、贴片、固定：将小鼠睾丸组织进行10 μm厚冰冻切片，贴在空间转录组芯片上。在-20℃冰甲醇种固定30 min。
组织透化：芯片风干后， 用胃蛋白酶100 μL（1 mg/mL in 0.1 M HCl）对组织进行透化处理，37℃反应5 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
逆转录：在芯片上进行逆转录反应（10 U/μL reverse transcriptase，1 mM dNTPmix,5% RNase inhibitor, 1X RT buffer，反应体系的量100 μL）, 42℃ 反应3h。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
2. 后续所有步骤同实施例1。
捕获mRNA分子数的空间分布热图如图2所示。对比图1和图2，图1在单位面积内捕获到的mRNA分子数显著高于图2，说明利用本发明在组织透化前加poly A 尾的所述检测方法可以显著地增加对mRNA的捕获效率。
实施例3：
对小鼠睾丸利用类似实例1的技术方案进行空间转录组构建，两张切片用ecolipoly A聚合酶，两张切片用yeast poly A聚合酶，以及不经过poly A聚合酶反应。具体如下：
实验组1：与实施例1相同。
实验组2：
1. 对一个RNA质量较低的小鼠睾丸组织（RNA质量值5）进行10μm冰冻切片，贴在空间转录组芯片上。在-20℃冰甲醇中固定30min。
2. 芯片风干后，向组织加入ecoli poly A polymerase (ecoli PAP)反应溶液（0.5U/μL ecoli PAP，5% RNase inhibitor，0.5mMATP，1X ecoli PAP reaction buffer），37℃反应30min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。ecoli PAP的常规用量较优的为0.5U/μL。
3.用胃蛋白酶（1mg/mL in 0.1M HCl）对组织进行透化处理，37℃反应5min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
4.其他步骤与实施例1相同。
对照组：
1. 对一个RNA质量较低的小鼠睾丸组织（RNA质量值5）进行10μm冰冻切片，贴在空间转录组芯片上。在-20℃冰甲醇种固定30 min。
2.芯片风干后，用胃蛋白酶（1 mg/mL in 0.1 M HCl）对组织进行透化处理，37℃反应5 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
3. 在芯片上进行逆转录反应（10 U/μL reverse transcriptase，1 mM dNTPmix,5% RNase inhibitor, 1X RT buffer）, 42 ℃ 反应3 h。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
4.其他步骤与实施例1相同。
对RNA部分进行了100bp长度的测序，通过对这部分序列与基因组序列的比对，找到所测序列在基因5’端至3’端所处的位置。通过对所有的序列进行比对，得到了测序中所有序列在基因5’到3’端位置的整体结果。
通过比对基因5’端到3’端的覆盖，如图3所示，可以看到，相对于常规方法（没有加poly A尾的步骤），本发明使用的yeast poly A polymerase和ecoli poly A polymerase均可以明显增加基因5’端的覆盖，获得了更准确的转录组信息。
通过对测到的RNA序列与基因组的比对，计算比对上不同种类RNA (lncRNA,rRNA，tRNA等)的比例。如图4所示，相对于常规方法（没有加poly A尾的方法），ecoli polyA polymerase和yeast poly A polymerase均增加了对lncRNA的捕获，其中yeast poly Apolymerase对lncRNA的检出比例显著高于ecoli poly A polymerase, 本发明所述方法明显增加了lncRNA(longnon-coding RNA)的捕获比例，特别是yeast poly A polymerase，能够细胞更全面的分子生物学信息。
实施例4
对小鼠睾丸利用类似实例1的技术方案进行空间转录组构建，其中两张切片用不同浓度ecoli poly A聚合酶进行处理，一张切片不经过poly A聚合酶反应。具体如下：
实验组1：
1. 对一个RNA质量较低的小鼠睾丸组织（RNA质量值5）进行10 μm冰冻切片，贴在空间转录组芯片上。在-20℃冰甲醇中固定30 min。
2.芯片风干后，向组织加入yeast poly A polymerase (yeast PAP)反应溶液（40U/μL yeast PAP，5% RNase inhibitor, 0.5 mM ATP，1X yPAPreaction buffer），37℃反应30 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
3.用胃蛋白酶（1 mg/mL in 0.1 M HCl）对组织进行透化处理，37℃反应5 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
4.其他步骤与实施例1相同。
实验组2：yeast poly A polymerase浓度为20 U/μL，其他步骤与实施例1相同。
对照组：与实施例3的对照组相同。
通过对空间转录组文库RNA测序部分与参考基因组的比对，40 U/μL的yeast polyA polymerase明显地增加了基因组5’端的覆盖，效果显著优于酶浓度为20 U/μL的条件。如图5所示。
实施例5:
对一个低质量值小鼠脑组织（RIN=2.5）进行空间转录组构建，其中两张切片用yeast poly A聚合酶处理，一张切片不经过poly A聚合酶处理：
实验组1：
1.对一个RNA质量较低的小鼠脑组织（RNA质量值2.5）进行10 μm冰冻切片，贴在空间转录组芯片上。在-20℃冰甲醇中固定30 min。
2. 芯片风干后，向组织加入yeast poly A polymerase (yeast PAP)反应溶液（35U/μL yeast PAP，5% RNase inhibitor, 0.5 mM ATP，1X yPAPreaction buffer），37℃反应30 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
3. 用胃蛋白酶（1 mg/mL in 0.1 M HCl）对组织进行透化处理，37℃反应5 min。反应结束后，用0.1X SSC清洗。
4.其他步骤与实施例1相同。
实验组2：使用了另一张切片，步骤与实验组1相同，为实验组1的重复。
对照组：与实施例3的对照组相同。
通过对空间转录组文库RNA测序部分与参考基因组的比对，40 U/μL的yeast polyA polymerase明显地增加了基因组5’端的覆盖。对于RNA质量值低（例如RIN值2左右）的样本，yeast poly A polymerase可以实现基因组5’端到3’端的均匀覆盖。如图6所示。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
Claims (12)
1.一种用于低质量样本的空间转录组学检测方法，其特征是，包括以下步骤：
S1.待检测样本贴在空间转录组芯片上，并固定；
S2.所述空间转录组芯片风干后，向检测样本加入含有poly A polymerase 的反应溶液，进行对待检测样本中的mRNA 3’末端加上polyA的反应，清洗；所述poly A polymerase为yeast poly A polymerase或ecoli poly A polymerase；
S3. 对反应后的待检测样本利用蛋白酶进行透化处理；
S4. 在芯片上进行逆转录反应；
S5. 核酸外切酶进行消化反应；
S6. 通过KOH变性洗脱；
S7. 通过随机引物合成二链，并进行扩增构建待测序的文库，用于测序，分析。
2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征是，所述yeast poly A polymerase的浓度是20U/μL-40U/μL，所述ecoli poly A polymerase的浓度是0.25U/μL-0.5U/μL。
3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征是，S2步骤中，所述poly A polymerase是yeast poly A polymerase，所述yeast poly A polymerase的浓度是30U/μL-40U/μL。
4.根据权利要求3所述的检测方法，其特征是，所述yeast poly A polymerase的浓度是35U/μL-40U/μL。
5.根据权利要求1所述的检测方法，其特征是，S2步骤中，反应温度为37±1℃，反应时间25分钟至35分钟。
6.根据权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征是，S2步骤中，反应溶液包括35U/μL-40U/μL yeast poly A polymerase，5±0.5% RNase inhibitor, 0.5±0.05 mM ATP，1XyPAP reaction buffer。
7.根据权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征是，所述低质量样本包含需要检测分析的RNA，该RNA质量值低于7。
8.根据权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征是，所述低质量样本是来源于原核生物或石蜡切片的样本。
9.根据权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征是，S3中的蛋白酶是胃蛋白酶或蛋白酶K或胰蛋白酶。
10.根据权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征是，S4步骤中所述逆转录反应的反应液包括10 U/μL reverse transcriptase，1 mM dNTP mix, 5% RNase inhibitor, 1XRT buffer, 42±1 ℃反应2.5h-3.5 h。
11.根据权利要求1-5任一项所述的检测方法，其特征是，所述空间转录组芯片是固定有polyT探针的用于捕获RNA的芯片。
12.权利要求1-11任一项所述检测方法在低质量RNA样本的空间转录组构建或空间转录组学分析中的应用。
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