CN117487959A - 一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用 - Google Patents
一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117487959A CN117487959A CN202410000846.9A CN202410000846A CN117487959A CN 117487959 A CN117487959 A CN 117487959A CN 202410000846 A CN202410000846 A CN 202410000846A CN 117487959 A CN117487959 A CN 117487959A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- molecular marker
- pumpkin
- indian
- indian pumpkin
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 240000004244 Cucurbita moschata Species 0.000 title claims abstract description 69
- 235000009854 Cucurbita moschata Nutrition 0.000 title claims abstract description 67
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title claims abstract description 46
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 37
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 15
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 15
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 9
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 8
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 22
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 8
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 claims description 7
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 7
- 235000000832 Ayote Nutrition 0.000 claims description 5
- 235000009852 Cucurbita pepo Nutrition 0.000 claims description 3
- 240000001717 Vaccinium macrocarpon Species 0.000 claims description 3
- 235000012545 Vaccinium macrocarpon Nutrition 0.000 claims description 3
- 235000002118 Vaccinium oxycoccus Nutrition 0.000 claims description 3
- 235000004634 cranberry Nutrition 0.000 claims description 3
- 235000020354 squash Nutrition 0.000 claims description 3
- 235000003949 Cucurbita mixta Nutrition 0.000 claims 1
- 230000004807 localization Effects 0.000 claims 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 abstract description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 11
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 7
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 7
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 235000009804 Cucurbita pepo subsp pepo Nutrition 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 4
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 4
- 235000015136 pumpkin Nutrition 0.000 description 4
- 241000219104 Cucurbitaceae Species 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 241000219112 Cucumis Species 0.000 description 2
- 235000015510 Cucumis melo subsp melo Nutrition 0.000 description 2
- FJJCIZWZNKZHII-UHFFFAOYSA-N [4,6-bis(cyanoamino)-1,3,5-triazin-2-yl]cyanamide Chemical compound N#CNC1=NC(NC#N)=NC(NC#N)=N1 FJJCIZWZNKZHII-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 2
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000013138 pruning Methods 0.000 description 2
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 2
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 2
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 description 1
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 244000241235 Citrullus lanatus Species 0.000 description 1
- 235000012828 Citrullus lanatus var citroides Nutrition 0.000 description 1
- 240000008067 Cucumis sativus Species 0.000 description 1
- 235000010799 Cucumis sativus var sativus Nutrition 0.000 description 1
- 241000219122 Cucurbita Species 0.000 description 1
- 108020005120 Plant DNA Proteins 0.000 description 1
- 229920002472 Starch Polymers 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 235000013372 meat Nutrition 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 230000001863 plant nutrition Effects 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 235000019698 starch Nutrition 0.000 description 1
- 239000008107 starch Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 1
- 238000009423 ventilation Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用，属于分子标记技术领域。本发明与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记InDel258和/或InDel266位于印度南瓜第1号染色体上，并提供了扩增分子标记InDel258和InDel266的引物对。本发明以标记InDel258和Indel266进行性状准确度的鉴定，F2群体509株中基因型和表型的吻合度为89.55％，有利于实现精准育种。本发明的侧枝数量（多/少）性状紧密连锁的分子标记具有易于检测、扩增产物稳定、特异性高的特点，可简便、快速地应用于印度南瓜育种实践及品种鉴定。
Description
技术领域
本发明属于分子标记技术领域，尤其涉及一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用。
背景技术
印度南瓜属于葫芦科（Cucurbitaceae）南瓜属（Cucurbita）一年生蔓生草本植物，在世界范围内被广泛种植，是我国重要的瓜类作物之一。南瓜属作物生长势强，经常会产生侧枝，南瓜属植物的侧枝性状主要体现在主蔓（主茎）各节位侧枝数上，按照主蔓上的侧枝数可分为多侧枝、少侧枝和无侧枝。过多的侧枝不仅改变植株营养分配状态，增加田间整枝劳动量，在一定程度上会降低主蔓的座果率，同时，较多较长的侧枝还会增加枝条密度，导致通风不良，极易发生病害。少或无侧枝类型是南瓜育种的主要目标，少或无侧枝南瓜适于密植栽培，减少田间整枝劳动力，可提高单位面积产量。在黄瓜、西瓜和甜瓜等葫芦科作物中，相继报道了少侧枝或无侧枝等相关的紧密连锁标记和图位克隆基因，但印度南瓜（Cucurbita maxima）的育种起步晚，与侧枝标记开发与定位等相关的报道较少。因此，进行印度南瓜侧枝数量相关紧密连锁标记的开发适合于密植栽培和简约化栽培的要求，且对于构建分子辅助选择育种体系、种质资源的改良、新品种选育等具有重要的意义。
发明内容
有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用。
为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：
本发明提供了一种与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记为InDel258或InDel266，
所述分子标记位于印度南瓜第1号染色体上。
优选的，所述与印度南瓜侧枝数量相关的基因为CmaLB1.1基因。
本发明还提供了扩增所述的分子标记的引物对，扩增分子标记InDel258的引物对如SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示；扩增分子标记InDel266的引物对如SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16所示。
本发明还提供了一种印度南瓜侧枝数量性状的鉴定方法，包括如下步骤：
1）待测印度南瓜基因组DNA的提取；
2）以步骤1）中所提取基因组DNA为模板，利用所述的分子标记的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和/或测序；
3）根据步骤2）的电泳条带和/或测序结果进行判定。
优选的，步骤3）中所述判定的标准为：
对于分子标记InDel258，PCR扩增得到SEQ ID NO.29所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；PCR扩增得到SEQ ID NO.30所示的条带或者既得到SEQ ID NO.29所示的条带又得到SEQ ID NO.30所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；
所述SEQ ID NO.29所示的条带的长度为233bp；
所述SEQ ID NO.30所示的条带的长度为213bp；
对于分子标记InDel266，PCR扩增得到SEQ ID NO.31所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；PCR扩增得到SEQ ID NO.32所示的条带或者既得到SEQ ID NO.31所示的条带又得到SEQ ID NO.32所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；
所述SEQ ID NO.31所示的条带的长度为212bp；
所述SEQ ID NO.31所示的条带的长度为202bp。
本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在印度南瓜育种中的应用。
本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在鉴定或辅助鉴定印度南瓜主蔓侧枝数量性状中的应用。
本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在定位控制印度南瓜侧枝数量的相关基因中的应用。
本发明还提供了一种用于鉴定印度南瓜侧枝数量的试剂盒，包括所述的引物对中任意一对或两对。
与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：
（1）本发明获得了两个与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记InDel258或Indel266，标记InDel258和基因的遗传距离为0.9 cM，标记Indel266和基因的遗传距离为0.4 cM，利用这一结果，可为最终实现与印度南瓜侧枝数量相关基因CmaLB1.1的克隆奠定基础，进而为揭示侧枝形成的调控机制提供新的基因资源和理论依据，有利于南瓜侧枝性状的精准育种。
（2）以标记InDel258和Indel266进行性状准确度的鉴定，F2群体509株中基因型和表型的吻合度为89.55％，有利于实现精准育种。
（3）使用与侧枝数量（多/少）性状紧密连锁的分子标记在苗期进行筛选，有助于加速育种效率，节省成本。
（4）本发明的侧枝数量（多/少）性状紧密连锁的分子标记具有易于检测、扩增产物稳定、特异性高的特点，可简便、快速地应用于印度南瓜育种实践及品种鉴定。
附图说明
图1是InDel-index关联值在染色体上的分布图（其中，横坐标为染色体名称，上图是隐性混池的InDel-index值的分布图；中图是显性混池的InDel-index值的分布图；下图是ΔInDel-index值的分布图）；
图2是利用JoinMAP4.0制作的遗传连锁图谱；
图3是分子标记InDel258在亲本、F1和F2群体中的验证图（其中，泳道1为marker，2000bp；泳道2为P1(98-2)读为“1”隐性，泳道3为P2(312-1)读为“2”显性，泳道4为F1读为“3”显性，其它泳道为50株F2群体，读胶参考P1、P2、F1来读带，无条带或无法确定读为“-”，亲本、F1及F2群体中多侧枝单株表型读为“2”，少侧枝或无侧枝单株表型读为“1”）；
图4是分子标记InDel266在亲本、F1和F2群体中的验证图（其中，泳道1为marker，2000bp；泳道2为P1(98-2)读为“1”隐性，泳道3为P2(312-1)读为“2”显性，泳道4为F1读为“3”显性，其它泳道为50株F2群体，读胶参考P1、P2、F1来读带，无条带或无法确定读为“-”，亲本、F1及F2群体中多侧枝单株表型读为“2”，少侧枝或无侧枝单株表型读为“1”）。
具体实施方式
本发明提供了一种与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记为InDel258或InDel266，所述分子标记位于印度南瓜第1号染色体上。所述与印度南瓜侧枝数量相关的基因为CmaLB1.1基因。
本发明还提供了扩增所述的分子标记的引物对，扩增分子标记InDel258的引物对如SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示；扩增分子标记InDel266的引物对如SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16所示。
本发明还提供了一种印度南瓜侧枝数量性状的鉴定方法，包括如下步骤：
1）待测印度南瓜基因组DNA的提取；
2）以步骤1）中所提取基因组DNA为模板，利用所述的分子标记的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和/或测序；
3）根据步骤2）的电泳条带和/或测序结果进行判定。
在本发明中，步骤3）中所述判定的标准为：
对于分子标记InDel258，PCR扩增得到SEQ ID NO.29所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；PCR扩增得到SEQ ID NO.30所示的条带或者既得到SEQ ID NO.29所示的条带又得到SEQ ID NO.30所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；
所述SEQ ID NO.29所示的条带的长度为233bp；
所述SEQ ID NO.30所示的条带的长度为213bp；
对于分子标记InDel266，PCR扩增得到SEQ ID NO.31所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；PCR扩增得到SEQ ID NO.32所示的条带或者既得到SEQ ID NO.31所示的条带又得到SEQ ID NO.32所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；
所述SEQ ID NO.31所示的条带的长度为212bp；
所述SEQ ID NO.32所示的条带的长度为202bp。
本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在印度南瓜育种中的应用。
本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在鉴定或辅助鉴定印度南瓜主蔓侧枝数量性状中的应用。
本发明还提供了所述的分子标记或所述的引物对在定位控制印度南瓜侧枝数量的相关基因中的应用。
本发明还提供了一种用于鉴定印度南瓜侧枝数量的试剂盒，包括所述的引物对中任意一对或两对。
下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
遗传分离群体的构建：
选取印度南瓜材料“312-1”和“98-2”（王超杰,王云莉,徐文龙等.籽用和肉用印度南瓜果实发育过程中淀粉合成途径相关基因的表达分析[J].中国蔬菜,2019,(07):36-42.DOI:10.19928/j.cnki.1000-6346.2019.07.009），对其的侧枝数目多少进行田间鉴定，结果显示，98-2为无侧枝或少侧枝，312-1为多侧枝。
2019年春季以多侧枝印度南瓜“312-1”为母本，以无侧枝或少侧枝印度南瓜“98-2”为父本，进行杂交，获取F1(312×98)，F1为多侧枝。
F1自交后获得F2代，然后对509株F2分离群体进行表型鉴定和遗传分析。
实验结果：如表1所示。结果显示98-2为无侧枝或少侧枝，312-1为多侧枝，F1表型和亲本312-1吻合，且F2群体中多侧枝和少侧枝（或无侧枝）的分离比例为3:1。
表1印度南瓜P1(98-2)×P2(312-1)的F2群体侧枝多少遗传规律分析
由以上结果表明：多侧枝为单基因控制的显性性状，并将该基因命名为CmaLB1.1。
实施例2
印度南瓜遗传图谱构建和侧枝多少的初步定位：
1、印度南瓜基因组DNA的提取
使用CTAB法提取印度南瓜亲本及F2群体基因组DNA，提取的单株DNA用于遗传图谱的构建及分析。
2、遗传图谱的构建和分析
利用在F2分离群体中随机选择的30株无侧枝和30株多侧枝单株构建无侧枝池和多侧枝池利用Illumina HiSeq进行基因组重测序，通过BSA-Seq分析方法将候选基因定位于1号染色体2.06 Mb的区间内，共有336个基因，InDel-index关联值在染色体上的分布如图1所示。
将509株F2群体利用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行基因分型，将其基因型与田间统计表型进行对比、分析、统计、转换制作遗传图谱。选用InDel164、InDel184、InDel204、InDel228、InDel237、InDel242、InDel258、InDel266、InDel270、InDel278、InDel327、InDel338、InDel340、InDel406标记进行图谱的构建和分析，使用QTL Icimapping软件初步定位CmaLB1.1基因。
结果表明：CmaLB1.1基因位于标记InDel258和InDel266之间(图2)，标记InDel258和CmaLB1.1基因的遗传距离为0.9cM，标记InDel266和CmaLB1.1基因的遗传距离为0.4cM。
实施例3
与CmaLB1.1基因紧密连锁标记的引物设计：
根据标记所在的位置，以上下游150bp核苷酸序列为模板，提取序列到primer5中，设计InDel引物，分子标记InDel164、InDel184、InDel204、InDel228、InDel237、InDel242、InDel258、InDel266、InDel270、InDel278、InDel327、InDel338、InDel340、InDel406扩增长度分别是248bp、289bp、292bp、232bp、268bp、204bp、233bp、212bp、205bp、240bp、253bp、223bp、169bp、219bp。
标记InDel164的引物序列为：
F：GGGTTCCCAATTTGTATGCT（SEQ ID NO.1）；
R：ATGGGTTTGCTATGGTTCTG（SEQ ID NO.2）；
标记InDel184的引物序列为：
F：GTCAGTCATAAAGAAGTTGCC（SEQ ID NO.3）；
R：CTTCCTTTAGTTATTTTCCGT（SEQ ID NO.4）；
标记InDel 204的引物序列为：
F：TACAAACGGTATCAAAGTCAGA（SEQ ID NO.5）；
R：AGGGCAATAAACGGGTAA（SEQ ID NO.6）；
标记InDel228的引物序列为：
F：CATGGCTACTAATCTAGCATTCAAC（SEQ ID NO.7）；
R：CTCCAATCTATCTCACAATCTACTCC（SEQ ID NO.8）；
标记InDel237的引物序列为：
F：GGTATGACTATGATCGCATGTTAG（SEQ ID NO.9）；
R：CCTCAGGTTCGTAAGTTATCTCA（SEQ ID NO.10）；
标记InDel242的引物序列为：
F：GTGTGTATTGAGGGGAGGTTTCT（SEQ ID NO.11）；
R：CCACCCAGTTCCCAGCAA（SEQ ID NO.12）；
标记InDel258的引物序列为：
F：CTTGGCATCCATTTGTAACA（SEQ ID NO.13）；
R：CTCACATCTATGGAGAGACTATTC（SEQ ID NO.14）；
标记InDel266的引物序列为：
F：GCCATGATGACCTCCTACT（SEQ ID NO.15）；
R：ATTGACCCACTCCAAACAC（SEQ ID NO.16）；
标记InDel270的引物序列为：
F：GCCCTTGCTGGTGTTGTA（SEQ ID NO.17）；
R：AAGCCTTTCCAAATGGTTCA（SEQ ID NO.18）；
标记InDel278的引物序列为：
F：GGACAGGCAAGCTCGTAA（SEQ ID NO.19）；
R：GCACTGGAACTACAGGCAC（SEQ ID NO.20）；
标记InDel327的引物序列为：
F：GTTGGAGCGGAAACAGAA（SEQ ID NO.21）；
R：CATACCACCATCAACCTCAT（SEQ ID NO.22）；
标记InDel338的引物序列为：
F：GGTGAGTGGTGGAAGTCTGA（SEQ ID NO.23）；
R：TGGCAACTATCGGTAATACAAT（SEQ ID NO.24）；
标记InDel340的引物序列为：
F：TTCTTCCTCCCTTGTCGA（SEQ ID NO.25）；
R：GTAGTGGGCTTGAGTCGTT（SEQ ID NO.26）；
标记InDel406的引物序列为：
F：TGAGAAGGTGGGACGCTAT（SEQ ID NO.27）；
R：TCGGTCGTGAGGGCAGT（SEQ ID NO.28）；
其中，InDel258和InDel266与CmaLB1.1基因遗传距离最近，所以选择InDel258和InDel266为最佳分子标记。
以InDel258和InDel266为分子标记，利用上述InDel258和InDel266的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和测序。
PCR扩增的反应体系如下：DNA模版0.5μL，rTaq-Mix8.5μL，上游引物0.5μL，下游引物0.5μL，总体系10μL。
扩增程序：94℃4min；94℃30s；64℃30s；72℃40s，35个循环；72℃5min，降温至4℃。
实验结果：CmaLB1.1基因紧密连锁的分子标记InDel258扩增出如SEQ ID NO.29所示的序列，长度为233bp。其中标记InDel258在无侧枝或少侧枝单株中扩增出233bp(SEQ IDNO.29所示)的单一条带，在多侧枝单株中扩增出213bp(SEQ ID NO.30所示)的单一条带或233bp和213bp双条带。
如图3所示，泳道1为P1(98-2)读为“1”隐性，泳道2为P2(312-1)读为“2”显性，泳道3为F1读为“3”显性；亲本P2(312-1)相对于P1(98-2)有20bp的缺失导致双亲的条带存在差异。
SEQ ID NO.29的序列：CTTGGCATCCATTTGTAACATGATCACGTTACTCACTCCTCACTTTTAAGAGTGAAGACAATCCCCACAGACCAATATGAGTCCTTCCAACATTTTTGTCCTCGTTCACATGCATACCAGGAAAATTGACCATAAAGTTGTTATGGTTGGATGATAAAAGTCTGACTAATTTAGGGAATGATCATGAGGATCATGAGTTTATAATCAAAGAATAGTCTCTCCATAGATGTGAG；共233bp。
SEQ ID NO.30的序列：CTTGGCATCCATTTGTAACATGATCACGTTACTCACTCCTCACTTTTAGAGTGAAGACAATCCCCACAGACCAATATGAGTCCTTCCAACATTTTTGTCCTCGTTCACATGCATACCAGGAAAATTGACCATAAAGTTGTTATGGTTGGATGATAAAAGTCTGACTAATTTAGGGAATTTATAATCAAAGAATAGTCTCTCCATAGATGTGAG；共213bp。
与CmaLB1.1基因紧密连锁的分子标记InDel266扩增出如SEQ ID NO.31所示的序列，长度为212bp。其中标记InDel266在无/少侧枝中扩增出212bp(SEQ ID NO.31所示)的单一条带，在多侧枝中扩增出202bp(SEQ ID NO.32所示)的单一条带或212bp和202bp双条带。
如图4所示，泳道1为P1(98-2)读为“1”隐性，泳道2为P2(312-1)读为“2”显性，泳道3为F1读为“3”显性；亲本P2(312-1)相对于P1(98-2)有10bp的缺失导致双亲的条带存在差异。
SEQ ID NO.31的序列：GCCATGATGACCTCCTACTTAGGATTTAATACCTTACGAGTTACATTGGCATCTAGTAGGTCAGAAGTATCCTAGGAGAATAGTTGAGGTGCGTGCAAGTGAACCTCAACACTCATGAACGTAAAAATAAAATGTCGTGGAAACTAGATATGGAATCTAACCGATACTAGATTTCATCACTATAGCTATAATTGTGTTTGGAGTGGGTCAAT，共212bp。
SEQ ID NO.32的序列：GCCATGATGACCTCCTACTTAGGATTTAATACCTTACGAGTTACATTGGCATCGAAGTATCCTAGGAGAATAGTTGAGGTGCGTGCAAGTGAACCTCAACACTCATGAACGTAAAAATAAAATGTCGTGGAAACTAGATATGGAATCTAACCGATACTAGATTTCATCACTATAGCTATAATTGTGTTTGGAGTGGGTCAAT，共202bp。
上述的InDel分子标记稳定性高、重复性好，将在印度南瓜侧枝多少相关基因分子标记辅助育种体系的构建中起到关键作用。
实施例4
分子标记在亲本和后代分离群体中的检测：
以亲本“312-1”、“98-2”、F1和F2的DNA为模板，用InDel258和InDel266分子标记分别进行PCR扩增。
PCR扩增的反应体系和扩增程序同实施例3。
实验结果：分别见图3、图4。
为了进一步获得表型和基因型共分离的标记，增加标记的准确性，利用标记InDel258和InDel266对F2群体进行了PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测。
结果表明：CmaLB1.1位于InDel258和InDel266两个分子标记之间。
由以上实施例可知，本发明获得的两个与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记InDel258或Indel266具有易于检测、扩增产物稳定、特异性高的特点，能够实现印度南瓜的精准育种。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
Claims (9)
1.一种与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记为InDel258或InDel266，
所述分子标记位于印度南瓜第1号染色体上。
2.根据权利要求1所述的与印度南瓜侧枝数量相关基因紧密连锁的分子标记，其特征在于，所述与印度南瓜侧枝数量相关的基因为CmaLB1.1基因。
3.扩增权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，扩增分子标记InDel258的引物对如SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14所示；扩增分子标记InDel266的引物对如SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:16所示。
4.一种印度南瓜侧枝数量性状的鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：
1）待测印度南瓜基因组DNA的提取；
2）以步骤1）中所提取基因组DNA为模板，利用权利要求3所述的分子标记的引物对进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行电泳检测和/或测序；
3）根据步骤2）的电泳条带和/或测序结果进行判定。
5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤3）中所述判定的标准为：
对于分子标记InDel258，PCR扩增得到SEQ ID NO.29所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；PCR扩增得到SEQ ID NO.30所示的条带或者既得到SEQ ID NO.29所示的条带又得到SEQ ID NO.30所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；
所述SEQ ID NO.29所示的条带的长度为233bp；
所述SEQ ID NO.30所示的条带的长度为213bp；
对于分子标记InDel266，PCR扩增得到SEQ ID NO.31所示的条带时，印度南瓜为少侧枝或无侧枝类型；PCR扩增得到SEQ ID NO.32所示的条带或者既得到SEQ ID NO.31所示的条带又得到SEQ ID NO.32所示的条带时，印度南瓜为多侧枝类型；
所述SEQ ID NO.31所示的条带的长度为212bp；
所述SEQ ID NO.32所示的条带的长度为202bp。
6.权利要求1或2所述的分子标记或权利要求3所述的引物对在印度南瓜育种中的应用。
7.权利要求1或2所述的分子标记或权利要求3所述的引物对在鉴定或辅助鉴定印度南瓜主蔓侧枝数量性状中的应用。
8.权利要求1或2所述的分子标记或权利要求3所述的引物对在定位控制印度南瓜侧枝数量的相关基因中的应用。
9.一种用于鉴定印度南瓜侧枝数量的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的引物对中任意一对或两对。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202410000846.9A CN117487959B (zh) | 2024-01-02 | 2024-01-02 | 一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202410000846.9A CN117487959B (zh) | 2024-01-02 | 2024-01-02 | 一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN117487959A true CN117487959A (zh) | 2024-02-02 |
| CN117487959B CN117487959B (zh) | 2024-03-22 |
Family
ID=89673047
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202410000846.9A Active CN117487959B (zh) | 2024-01-02 | 2024-01-02 | 一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN117487959B (zh) |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112725503A (zh) * | 2021-01-25 | 2021-04-30 | 河南农业大学 | 与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用 |
| CN113151553A (zh) * | 2021-04-23 | 2021-07-23 | 河南农业大学 | 与西瓜植株少侧枝基因Clbl共分离的分子标记及应用 |
| CN113186200A (zh) * | 2021-06-07 | 2021-07-30 | 河南农业大学 | 一对控制西瓜卷须有无和侧枝多少的基因ClTFL/Cltfl1及用途 |
| KR20220052905A (ko) * | 2019-06-25 | 2022-04-28 | 이나리 아그리컬쳐 테크놀로지, 인크. | 개선된 상동성 의존적 수선 게놈 편집 |
| CN116497144A (zh) * | 2023-03-07 | 2023-07-28 | 河南农业大学 | 与美洲南瓜侧枝多少相关基因紧密连锁的分子标记及应用 |
-
2024
- 2024-01-02 CN CN202410000846.9A patent/CN117487959B/zh active Active
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20220052905A (ko) * | 2019-06-25 | 2022-04-28 | 이나리 아그리컬쳐 테크놀로지, 인크. | 개선된 상동성 의존적 수선 게놈 편집 |
| CN112725503A (zh) * | 2021-01-25 | 2021-04-30 | 河南农业大学 | 与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用 |
| CN113151553A (zh) * | 2021-04-23 | 2021-07-23 | 河南农业大学 | 与西瓜植株少侧枝基因Clbl共分离的分子标记及应用 |
| CN113186200A (zh) * | 2021-06-07 | 2021-07-30 | 河南农业大学 | 一对控制西瓜卷须有无和侧枝多少的基因ClTFL/Cltfl1及用途 |
| CN116497144A (zh) * | 2023-03-07 | 2023-07-28 | 河南农业大学 | 与美洲南瓜侧枝多少相关基因紧密连锁的分子标记及应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| JUNLING DOU ET AL.: ""The branchless gene Clbl in watermelon encoding a TERMINAL FLOWER 1 protein regulates the number of lateral branches"", 《THEORETICAL AND APPLIED GENETICS》, vol. 135, 25 September 2021 (2021-09-25), pages 65 - 79, XP037660189, DOI: 10.1007/s00122-021-03952-6 * |
| 赵曦等: ""全基因组关联分析在葫芦科作物中的应用"", 《分子植物育种》, 24 February 2023 (2023-02-24), pages 1 - 9 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN117487959B (zh) | 2024-03-22 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Vahdati et al. | Advances in Persian walnut (Juglans regia L.) breeding strategies | |
| US10064351B2 (en) | F. oxysporum F.sp. melonis race 1,2-resistant melons | |
| CN112725503B (zh) | 与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN114134247A (zh) | 与谷子株高性状紧密连锁的分子标记及其引物序列和应用 | |
| CN106498068B (zh) | 一种与烟草tmv抗性基因n紧密连锁的共显性ssr标记及其应用 | |
| CN113005221B (zh) | 甜瓜抗落蒂基因CmAL3紧密连锁的分子标记SNP-392及其应用 | |
| CN116497144B (zh) | 与美洲南瓜侧枝多少相关基因紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN115786567B (zh) | 一种具有半显性的玉米矮化相关分子标记及其应用 | |
| CN117487959B (zh) | 一种与印度南瓜侧枝数量相关基因连锁的分子标记及应用 | |
| CN113913548B (zh) | 与黄瓜白粉病抗病和感病主效基因共分离的InDel分子标记及其应用 | |
| CN112899390B (zh) | 一种番茄节间长短早期鉴定的scar标记及鉴定方法 | |
| CN115786564A (zh) | 一种水稻Pi-ta和Ptr显性功能分子标记及其应用 | |
| CN110195125B (zh) | 黄瓜单性结实主效QTL Parth2.1的连锁分子标记及其应用 | |
| CN113943732A (zh) | 一种与黄瓜成株期耐热相关的snp标记、引物组、试剂盒及应用 | |
| CN106636425B (zh) | 水稻紫叶基因pl1的分子标记及其鉴定方法和应用 | |
| CN105349538B (zh) | 与黄瓜短果把紧密连锁的两个snp标记及其应用 | |
| CN112575101A (zh) | 与西葫芦prsv-w病毒病抗性相关的分子标记及其应用 | |
| CN111763764B (zh) | 用于检测甜瓜疫病抗性的caps标记及其应用 | |
| CN115976256B (zh) | 与番茄叶夹角大小紧密连锁的scar标记及其应用 | |
| CN114369674B (zh) | 一种与印度南瓜短蔓基因CmDw-1连锁的SNP标记及其引物、试剂盒与应用 | |
| CN116064911B (zh) | 与黄瓜密刺和少刺基因共分离的InDel分子标记、检测引物及其应用 | |
| CN111808981B (zh) | 一种提高玉米单倍体雌穗育性恢复力的方法及其专用引物 | |
| CN114381548B (zh) | 黄瓜强单性结实性状多位点选择的分子标记辅助选择育种方法 | |
| CN114807425A (zh) | 与番茄雄性不育基因ms-7紧密连锁的InDel分子标记及其引物和应用 | |
| CN117418034A (zh) | 一种花生叶片大小相关基因位点的分子标记方法及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |