CN117126959A - 一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用 - Google Patents
一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117126959A CN117126959A CN202311183792.6A CN202311183792A CN117126959A CN 117126959 A CN117126959 A CN 117126959A CN 202311183792 A CN202311183792 A CN 202311183792A CN 117126959 A CN117126959 A CN 117126959A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- eggplant
- fruit length
- molecular marker
- indel molecular
- fruit
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 title claims abstract description 114
- 244000061458 Solanum melongena Species 0.000 title claims abstract description 101
- 235000002597 Solanum melongena Nutrition 0.000 title claims abstract description 97
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 45
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title claims abstract description 41
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 22
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 21
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 20
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 15
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 15
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 11
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 31
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 11
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims description 7
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 7
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 7
- 239000000872 buffer Substances 0.000 claims description 6
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 claims description 4
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 7
- 238000012214 genetic breeding Methods 0.000 abstract description 3
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 abstract description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 11
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 8
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 8
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 8
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 5
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 5
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical class [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 3
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 3
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 3
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 3
- 241000862501 Kandelia candel Species 0.000 description 2
- 102100023706 Steroid receptor RNA activator 1 Human genes 0.000 description 2
- 101710187693 Steroid receptor RNA activator 1 Proteins 0.000 description 2
- 208000005652 acute fatty liver of pregnancy Diseases 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 2
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 2
- AFCARXCZXQIEQB-UHFFFAOYSA-N N-[3-oxo-3-(2,4,6,7-tetrahydrotriazolo[4,5-c]pyridin-5-yl)propyl]-2-[[3-(trifluoromethoxy)phenyl]methylamino]pyrimidine-5-carboxamide Chemical compound O=C(CCNC(=O)C=1C=NC(=NC=1)NCC1=CC(=CC=C1)OC(F)(F)F)N1CC2=C(CC1)NN=N2 AFCARXCZXQIEQB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 230000006978 adaptation Effects 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- OGQYPPBGSLZBEG-UHFFFAOYSA-N dimethyl(dioctadecyl)azanium Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)CCCCCCCCCCCCCCCCCC OGQYPPBGSLZBEG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 238000010413 gardening Methods 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 230000017260 vegetative to reproductive phase transition of meristem Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用，属于分子遗传育种技术领域。本发明InDel分子标记位于茄子第8号染色体，物理位置为71.11Mb，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；扩增该InDel分子标记的引物对的正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。利用本发明中的InDel分子标记以及引物对，可在茄子果实长度基因的选育过程中作为辅助选择，可在苗期进行目标基因型筛选，选择效率高，提高了茄子果长性状的选育效率，极大地缩短了育种周期。
Description
技术领域
本发明属于分子遗传育种技术领域，尤其涉及一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用。
背景技术
果实长度是茄子重要的商品性状，不同生态区域和消费习惯对茄子果实长度的选择具有明显差异。茄子果实长度性状在商品果时期进行选育最佳，利用传统育种方法进行该性状选择，育种周期长、且效率较低。
茄子果实长度为数量性状，受多对基因控制，符合加性-显性的遗传模型，以加性效应为主(黄锐明等，茄子果长遗传效应的初步研究，广东农业科学，第7期，2006年)，国内外报道对茄子果实长度QTL分析，与其紧密连锁的分子标记有SSR、SRAP和AFLP标记，并且研究发现1号、2号、9号和10号染色体出现与果实长度相关的基因，如fl2.1贡献较大(乔军等，茄子果形的QTL定位，园艺学报，第6期，2012年；李怀志，茄子遗传连锁图谱构建及果实相关性状QTL定位，上海交通大学，博士论文，2011年；Frary et al.，QTL hotspots ineggplant(Solanum melongena)detected with ahigh resolution map and CIManalysis，Euphytica，第197期，2014年；谢立峰等，茄子分子遗传图谱的构建及果实性状的QTL定位，植物学报，第5期，2016年)。此外，在茄子3号染色体已报道1个果实长度QTL，并开发出与其连锁的SNP标记(魏庆镇等，与茄子果实长度主效QTL位点紧密连锁的SNP分子标记及应用，国家专利，2020年)。
茄子中已报道的果实长度相关基因主要位于2号染色体上，与果实长度QTL紧密连锁的分子标记多为SSR、SRAP和AFLP标记，在8号染色体未见关于果实长度基因的相关报道。目前，可用于育种实践的InDel分子标记未见报道。因此，挖掘茄子果实长度关键调控位点，开发可用于育种实践的广适性分子标记，提高茄子果实长度性状的选育效率是茄子育种中亟待解决的问题之一。
发明内容
有鉴于此，本发明的目的在于提供一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用，可在茄子苗期进行目标基因型筛选，选择效率高，提高了茄子果长性状的选育效率。
为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：
一种茄子果实长度基因的InDel分子标记，所述InDel分子标记位于茄子第8号染色体，物理位置为71.11Mb，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述InDel分子标记位于如SEQID NO.2所示的核苷酸序列的第102-115位；所述InDel分子标记类型为G-缺失的茄子为果短茄子材料；所述InDel分子标记类型为G-CTGACTCTAGTGCT的茄子为果长茄子材料。
本发明还提供了一种用于扩增所述InDel分子标记的引物对，所述引物对正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。
本发明还提供了一种鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，所述试剂盒上述引物对。
优选的是，所述引物对的浓度为5-15μM；更优选的是，所述试剂盒还包括缓冲液、DNA聚合酶、dNTPs、Mg2+、标准阳性模板和水。
本发明还提供了一种鉴定茄子果实长度基因的方法，包括以下步骤：以待测茄子基因组DNA为模板，利用所述的引物对或试剂盒进行PCR扩增反应，通过PCR扩增产物的荧光信号，进行基因分型。
优选的是，根据扩增片段序列大小进行基因分型，扩增片段序列85bp为纯合果长材料，扩增片段序列85bp和71bp为杂合材料，扩增片段序列71bp为纯合果短材料。
本发明还提供了所述的InDel分子标记在鉴定茄子果实长度、果长性状茄子材料辅助育种中的应用。
相对于现有技术，本发明具有如下有益效果：
(1)利用本发明获得的茄子果实长度InDel分子标记，可在任何时期对茄子候选材料进行果实长度基因转育过程中的辅助选择，选择效率高、限制因素少，提高了选育茄子不同果实长度自交系的效率，缩短了育种周期。
(2)本发明提供的InDel分子标记InDel-47是与Smfl8.1紧密连锁的InDel分子标记，通过采用由2379获得的其它遗传背景的不同果实长度材料进行验证，该标记的准确率为65.65％。
(3)本发明提供的InDel分子标记InDel-47为茄子中果实长度主效QTL Smfl8.1的精细定位和克隆奠定了良好基础，也为建立茄子不同果实长度自交系分子标记辅助选育体系提供了理论依据。
附图说明
图1：实施例1中InDel位点与果实长度性状相关区域的拟合结果图片，表示短果混池-长果混池的拟合结果；
图2：实施例1中F2分离群体单株的扩增结果图片，图中，M：标准DNA分子量marker，1-48：编号为1-48的F2分离群体随机单株的扩增结果。
具体实施方式
本发明提供了一种与茄子果实长度QTL连锁的InDel分子标记并利用此标记合成引物对，所述分子标记位于8号染色体上，物理位置为71.11Mb，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。所述利用InDel分子标记鉴定茄子果实长度基因的引物对包括正向引物F(如SEQ IDNo.3所示)和反向引物R(如SEQ ID No.4所示)，该引物对可鉴定与茄子果实长度相关的基因，有利于快速选育目标果实长度的茄子材料。
与果实长度基因连锁的InDel分子标记插入/缺失14bp核苷酸序列，果长材料与果短材料相比存在14bp的核苷酸序列插入，利用该InDel分子标记合成的引物在纯合果长材料中扩增片段序列大小为85bp，在杂合材料中扩增片段序列大小为85bp和71bp，在纯合果短材料中扩增片段序列大小为71bp。
本发明中，通过上述利用InDel分子标记的引物对成功筛选出一个新的果实长度基因Smfl8.1，该基因定位在8号染色体上，具体筛选过程如下：
以果实长度特征差异明显的2379(果长)和2390(果短)为亲本构建F2分离群体，在结果期对果实长度进行调查，通过QTL-seq技术结合InDel-index分析方法将该基因定位在8号染色体上，将该基因命名为Smfl8.1。
利用F2群体结合InDel分子标记技术，筛选鉴定出可以区分果长和果短植株效率最高的一个InDel引物组合，其引物序列如Seq ID No.3和4所示。
本发明还提供一种鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，包括所述的利用InDel分子标记鉴定茄子果实长度基因的引物对，实现对果长基因的快速鉴定。
本发明优选引物对的浓度为5-15μM；进一步优选试剂盒还包括缓冲液、DNA聚合酶、dNTPs、Mg2+、标准阳性模板和水，更优选缓冲液10×buffer、DNA聚合酶2.5U/μL、dNTPs10mol/L、Mg2+1.5-2.0mmol/L、标准阳性模板30ng/μL。
本发明还提供了一种鉴定茄子果实长度基因的方法，包括以下步骤：
(1)提取待测茄子植株的基因组DNA，作为待测模板；
(2)使用所述的利用InDel分子标记鉴定果实长度基因的引物对，对待测模板按照扩增程序进行扩增，所述扩增程序如下所示；
预变性：95℃3min；
循环扩增：95℃30s；55℃30s；72℃30s；
循环次数：35次
循环外延伸：72℃5min；
4℃/16℃保存；
(3)根据产物大小进行判断：采用琼脂糖凝胶电泳进行检测，琼脂糖凝胶电泳是为采用2.5％～3.0％的非变性琼脂糖凝胶，180V恒功率电泳分离35～50min，电泳后经凝胶成像系统(Bio-Rad，Hercules，CA，USA)成像，观察其条带特征。
下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明，但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例中未注明具体技术或条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件，如分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular cloning:alaboratorymanual,2001)，或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可通过正规渠道商购获得的常规产品。
缓冲液、DNA聚合酶、dNTPs和Mg2+的混合物购自赛多利斯(北京)生物科技有限公司。
实施例1
本实施例筛选与茄子果实长度基因连锁的InDel分子标记，并利用该InDel分子标记进行茄子果实长度基因的鉴定，包括以下步骤：
(1)对茄子植株果实长度表型进行鉴定
供试材料为中国农业科学院蔬菜花卉研究所茄子遗传育种课题组自主选育的茄子高代自交系2379(果长)和2390(果短)，及以其为亲本构建的F1及F1自交获得的F2分离群体，其中2022年F2群体包含256个单株，2023年F2分离群体包含398个单株。2022年田间试验在中国农业科学院蔬菜花卉研究所所区试验农场进行，2023年田间试验在中国农业科学院蔬菜花卉研究所寿光试验农场进行。2022年供试材料于7月12日播种，8月5日定植于塑料大棚；2023年供试材料于2023年2月27日播种，4月26日定植于露地，株距50cm，行距75cm，田间统一管理。
在门茄、对茄和四门斗开花前1～2天，对2379、2390、及由其构建的F1和F2群体逐株进行人工授粉，待果实达到商品果时，调查各植株的果实长度，使用Microsoft Excel 2010软件进行数据统计和分析。
结果显示：经过对F1和F2群体进行果实长度性状调查，2022年和2023年F1的果实长度均位于亲本2379和2390之间，F2群体中果实长度呈连续分布，具有数量性状遗传特征，说明茄子果实长度受QTL控制。
(2)确定茄子果实长度调控QTL候选区间
利用Illumina HiSeq测序平台对2379、2390及F2分离群体果实长度为极短的单株混池(18株)和极长的单株混池(18株)进行测序。以茄子Eg gplant genome consortiumV4.1(https://solgenomics.net/organism/Solanum_melongena/genome)作为参考基因组，经变异检测和过滤，共获得145030个高质量InDel位点。
利用获得的高质量InDel位点进行InDel-index和Δ(InDel-index)分析，采用DISTANCE方法对Δ(InDel-index)进行拟合，根据关联阈值，将阈值以上的区域作为与果实长度性状相关的区域，拟合结果如图1所示。通过分析，在8号染色体检测到1个调控茄子果实长度的主效QTL候选区域，物理位置为71.11～71.21Mb，将该区域调控茄子果实长度的基因命名为Smfl8.1。
(3)InDel标记筛选、数据统计及遗传距离计算：
①利用Perl语言自编脚本结合双亲重测序数据获得的InDel变异位点，提取候选区间内InDel变异位点上下游各100bp的参考基因组序列，利用Primer5.0软件(http://www.premierbiosoft.com)设计InDel引物；
②从F2分离群体中，随机选取18个果长和18个果短单株的DNA，根据BSA法构建1对DNA近等基因池，各池模板DNA浓度约为50ng/μL；
③用双亲和1对DNA近等基因池筛选多态性引物：
数据统计方法：根据标记在亲本中呈现的带型进行分类，在亲本2379中呈现的带型记为“a”，而在亲本2390中呈现的帯型记为“b”，杂合帯型记为“h”，缺失条带记为“u”，统计完带型后，将结果输入Microsoft Excel2010软件中。
结果显示：用根据双亲基因组重测序数据设计的50对InDel引物对2379、2390、果实极长混池和果实极短混池进行筛选，最终筛选出10对在双亲和2个混池间同时存在多态性的引物。
④利用获得的多态性引物分析F2群体各单株的基因型：
取茄子植株的嫩叶，用改良的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取F2群体各单株的基因组DNA，并利用筛选出的多态性引物对其进行PCR扩增。
所述扩增的反应体系如下：正向和反向引物各0.5μL，缓冲液、DNA聚合酶、dNTPs和Mg2+的混合物为5μL，DNA为1μL，水为3μL，总体积为10μL。
所述扩增的程序如下：预变性：95℃3min；循环扩增：95℃30s；55℃30s；72℃30s；循环次数：35次；循环外延伸：72℃5min；4℃/16℃保存。
扩增产物用2.5～3％琼脂糖凝胶分离，电泳缓冲液为0.5×TBE，180V恒压电泳分离35～40min，电泳后经凝胶成像系统(Bio-Rad，Hercules，CA，USA)成像观察其条带特征，结果如图2所示。
由图2可知，F2群体发生了分离，部分植株发生了InDel变异，且结果与预期相符，证明所述InDel标记与茄子果实长度基因紧密连锁，可用于茄子果实长度基因的鉴定，所使用的引物对也可用于含有Smfl8.1基因茄子材料的筛选。
⑤根据F2分离群体的单株基因型分析结果，结合果实长度性状田间表型调查结果，根据Kosambi(1944)函数将重组值转换成遗传图距(centimorgan，cM)，利用JoinMap4.0软件绘制遗传连锁图谱，利用MapQTL 5.0软件进行QTL定位，得出Smfl8.1与InDel-47分子标记的遗传距离最近，当LOD＝11.23时，贡献率为18.7％。
综上，本实施例成功筛选出与茄子果实长度基因紧密连锁的InDel分子标记，以及一对可以扩增所述InDel分子标记的引物对，可应用于茄子果实长度自交系的选育中，提高育种效率，缩短育种周期。
实施例2
本实施例验证实施例1中筛选到的InDel分子标记在不同茄子材料辅助选择中的准确性，步骤如下：
利用由2379和2390获得的65份不同茄子材料对实施例1获得的鉴定茄子果实长度性状的分子标记进行验证。
通过对供试材料的田间表型和分子标记的PCR扩增分型结果进行分析，扩增体系及程序与实施例1中的相同。结果显示，在65份材料中，该分子标记反映的表型数据与田间调查结果有20份不一致，准确率为69.23％。
实施例3
本实施例提供一种鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，包括利用InDel分子标记鉴定茄子果实长度基因的引物对、缓冲液、DNA聚合酶、dNTPs、Mg2+、标准阳性模板和水；所述利用InDel分子标记鉴定茄子果实长度基因的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.3～4所示，所述标准阳性模板为浓度30ng/μL的茄子长果自交系2379的基因组DNA溶液。
对比例1
与实施例3的区别仅在于，本对比例中，所述利用InDel分子标记鉴定茄子果实长度基因的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.5～6所示。
实施例4
使用实施例3和对比例1构建的鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，对茄子植株进行果实长度鉴定，步骤如下：
(1)取15份长果材料以及15份短果材料茄子植株的嫩叶，用改良的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取各单株的基因组DNA，并利用SEQ ID No.3和SEQ ID No.4、SEQ IDNo.5和SEQ ID No.6分别进行PCR扩增。
所述扩增的反应体系及程序与实施例1中的相同。
(2)扩增产物用2.5％琼脂糖凝胶分离，电泳缓冲液为0.5×TBE，180V恒压电泳分离35min，电泳后经凝胶成像系统(Bio-Rad，Hercules，CA，USA)成像观察其条带特征，统计结果，如表1所示。
表1实施例3和对比例1试剂盒鉴定茄子果实长度的检测结果
(3)结果显示，在30份材料中，实施例3(SEQ ID No.3和SEQ ID No.4)反映的表型数据与实际结果有4份不一致，准确率为86.67％；对比例1(SEQ ID No.5和SEQ ID No.6)反映的表型数据与实际结果有13份不一致，准确率为56.67％。
本发明提供了一种与茄子果实长度基因连锁的InDel分子标记及相应扩增引物，可对茄子植株的果实长度基因进行鉴定，结果准确性较高；鉴定茄子果实长度基因的试剂盒使用方便，检测效率高，可作为不同茄子果实长度品系选育的辅助手段，提高选育的准确性，且可在茄子生长的任何时期进行选择，限制因素少，缩短了育种周期，具有应用于生产实际中的价值。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
Claims (10)
1.一种茄子果实长度基因的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记位于茄子第8号染色体，物理位置为71.11Mb，核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。
2.根据权利要求1所述的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记位于如SEQID NO.2所示的核苷酸序列的第102-115位。
3.根据权利要求1或2所述的InDel分子标记，其特征在于，所述InDel分子标记类型为G-缺失的茄子为果短茄子材料；所述InDel分子标记类型为G-CTGACTCTAGTGCT的茄子为果长茄子材料。
4.用于扩增权利要求1-3任意一项所述InDel分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.4所示。
5.一种鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求4所述的引物对。
6.根据权利要求5所述的鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，其特征在于，所述引物对的浓度为5-15μM。
7.根据权利要求5所述的鉴定茄子果实长度基因的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括缓冲液、DNA聚合酶、dNTPs、Mg2+、标准阳性模板和水。
8.一种鉴定茄子果实长度基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：
以待测茄子基因组DNA为模板，利用权利要求4所述的引物对或权利要求5-7任意一项所述的试剂盒进行PCR扩增反应，通过PCR扩增产物的荧光信号，进行基因分型。
9.根据权利要求8所述的鉴定茄子果实长度基因的方法，其特征在于，根据扩增片段序列大小进行基因分型，扩增片段序列85bp为纯合果长材料，扩增片段序列85bp和71bp为杂合材料，扩增片段序列71bp为纯合果短材料。
10.权利要求1-3任意一项所述的InDel分子标记在鉴定茄子果实长度、果长性状茄子材料辅助育种中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311183792.6A CN117126959A (zh) | 2023-09-14 | 2023-09-14 | 一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311183792.6A CN117126959A (zh) | 2023-09-14 | 2023-09-14 | 一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN117126959A true CN117126959A (zh) | 2023-11-28 |
Family
ID=88859964
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202311183792.6A Pending CN117126959A (zh) | 2023-09-14 | 2023-09-14 | 一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN117126959A (zh) |
-
2023
- 2023-09-14 CN CN202311183792.6A patent/CN117126959A/zh active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN108060261B (zh) | 一种对玉米snp标记组合进行捕获测序的方法及其应用 | |
| CN106755483A (zh) | 一种鉴定嘎拉苹果后代植株的ssr分子标记ii及其应用 | |
| CN109762812B (zh) | 小麦生长势相关snp及其作为靶点在鉴定小麦生长势性状中的应用 | |
| CN109706231B (zh) | 一种用于凡纳滨对虾分子育种的高通量snp分型方法 | |
| CN105925721A (zh) | 用于鉴定桃果实表皮着色性状的单核苷酸多态性标记位点、引物、试剂盒及应用 | |
| CN102140506B (zh) | 与甜瓜抗蔓枯病基因Gsb-2连锁的分子标记及其应用 | |
| CN114736986B (zh) | 甘蓝型油菜种子含油量性状的主效qtl位点的snp分子标记相关检测引物或探针及应用 | |
| CN114854894A (zh) | 甘蓝型油菜千粒重性状的主效qtl位点的snp分子标记、相关检测引物或探针、及应用 | |
| CN106498068B (zh) | 一种与烟草tmv抗性基因n紧密连锁的共显性ssr标记及其应用 | |
| CN109609687B (zh) | 用于检测西瓜枯萎病抗性的kasp标记引物组合及其应用 | |
| CN112011640B (zh) | 用于鉴定西瓜果实pH的KASP分子标记、引物及应用 | |
| CN115852022A (zh) | 基于全基因组重测序和kasp技术开发的烟草核心snp标记及其应用 | |
| CN111926104B (zh) | 一种鉴定甘蔗与斑茅杂交后代真实性的ssr分子标记及其方法 | |
| CN110551843B (zh) | 可区分烟草抗斑萎病位点rtsw纯合杂合基因型的共显性标记引物、区分方法及其应用 | |
| CN107287210B (zh) | 一种水稻外观品质基因qAQ7及其分子标记方法和应用 | |
| CN116790797A (zh) | 与小麦粒重相关的kasp引物组及其应用 | |
| CN107619875B (zh) | 一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点、引物及应用 | |
| CN117126959A (zh) | 一种茄子果实长度基因的InDel分子标记、引物对及应用 | |
| CN106399495B (zh) | 一种大豆矮杆性状紧密连锁的snp标记及其应用 | |
| CN108546778B (zh) | 一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的snp分子标记及其应用 | |
| CN105624277B (zh) | 与烟草株高发育性状紧密连锁分子标记的获得方法 | |
| CN108411026B (zh) | 一种菊花托桂花型分子标记辅助选择的方法 | |
| CN111733278A (zh) | 水稻钠钾离子吸收qtl连锁的snp分子标记及其应用 | |
| CN111363846A (zh) | 一种检测小麦粒重基因QTkw.saas-2D的分子标记及应用 | |
| CN117344046B (zh) | 一种白菜全基因组液相芯片及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |