CN116814843A - 与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用 - Google Patents
与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116814843A CN116814843A CN202311038928.4A CN202311038928A CN116814843A CN 116814843 A CN116814843 A CN 116814843A CN 202311038928 A CN202311038928 A CN 202311038928A CN 116814843 A CN116814843 A CN 116814843A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- wheat
- leaf yellowing
- seq
- molecular marker
- genes
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 241000209140 Triticum Species 0.000 title claims abstract description 101
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 title claims abstract description 101
- 238000004383 yellowing Methods 0.000 title claims abstract description 70
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title claims abstract description 27
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims abstract description 37
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 36
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims abstract description 33
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims abstract description 16
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims abstract description 7
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 5
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 9
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 7
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 2
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 abstract description 5
- 238000009395 breeding Methods 0.000 abstract description 4
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 abstract description 4
- 238000012214 genetic breeding Methods 0.000 abstract description 2
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 abstract description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- SQGYOTSLMSWVJD-UHFFFAOYSA-N silver(1+) nitrate Chemical compound [Ag+].[O-]N(=O)=O SQGYOTSLMSWVJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 210000003763 chloroplast Anatomy 0.000 description 7
- 230000029553 photosynthesis Effects 0.000 description 6
- 238000010672 photosynthesis Methods 0.000 description 6
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 4
- 229930002875 chlorophyll Natural products 0.000 description 4
- 235000019804 chlorophyll Nutrition 0.000 description 4
- ATNHDLDRLWWWCB-AENOIHSZSA-M chlorophyll a Chemical compound C1([C@@H](C(=O)OC)C(=O)C2=C3C)=C2N2C3=CC(C(CC)=C3C)=[N+]4C3=CC3=C(C=C)C(C)=C5N3[Mg-2]42[N+]2=C1[C@@H](CCC(=O)OC\C=C(/C)CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)[C@H](C)C2=C5 ATNHDLDRLWWWCB-AENOIHSZSA-M 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 229910001961 silver nitrate Inorganic materials 0.000 description 4
- 230000017260 vegetative to reproductive phase transition of meristem Effects 0.000 description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 230000000243 photosynthetic effect Effects 0.000 description 3
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 3
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 235000005422 Distichlis palmeri Nutrition 0.000 description 2
- 244000077283 Distichlis palmeri Species 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 description 2
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 description 2
- BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N Silver Chemical compound [Ag] BQCADISMDOOEFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 2
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 2
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 239000003517 fume Substances 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 description 2
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000219194 Arabidopsis Species 0.000 description 1
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 1
- 108700003861 Dominant Genes Proteins 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 241000219146 Gossypium Species 0.000 description 1
- 241000209504 Poaceae Species 0.000 description 1
- 229910000831 Steel Inorganic materials 0.000 description 1
- 241001464837 Viridiplantae Species 0.000 description 1
- 230000004075 alteration Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 235000013339 cereals Nutrition 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 238000000546 chi-square test Methods 0.000 description 1
- BKHZIBWEHPHYAI-UHFFFAOYSA-N chloroform;3-methylbutan-1-ol Chemical compound ClC(Cl)Cl.CC(C)CCO BKHZIBWEHPHYAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000017525 heat dissipation Effects 0.000 description 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 239000012146 running buffer Substances 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 239000010959 steel Substances 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 239000008399 tap water Substances 0.000 description 1
- 235000020679 tap water Nutrition 0.000 description 1
- 210000002377 thylakoid Anatomy 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/415—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from plants
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Botany (AREA)
- Mycology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用，属于植物基因工程和植物遗传育种技术领域。所述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记位于小麦2D染色体，其核酸序列如SEQ ID NO.1所示。采用本发明的分子标记可以以苗期的小麦DNA为模版进行扩增，根据扩增片段的大小，来鉴定或辅助鉴定小麦基因组中是否含有导致叶片黄化的基因或是否具有叶片黄化性状。如此，可以提前排除小麦叶片黄化的小麦的品种，有利于培育高产优质的小麦品种，提高育种效率。
Description
技术领域
本发明属于植物基因工程和植物遗传育种技术领域，具体涉及一种与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用。
背景技术
小麦是禾本科小麦属一年或越年生草本粮食和饲料作物，种植广泛。小麦叶片作为制造养分的重要器官，主要通过影响光合效率进而影响产量，而叶片中叶绿素的含量和叶绿体形态直接影响了光合作用。因此，研究叶色突变体、发掘调控叶绿素合成相关基因对于提高小麦产量具有重要意义。
在绿色植物中，光合作用在叶绿体中进行，叶绿体类囊体膜及叶绿体基质是主要的场所。叶绿素的含量和叶绿体的形态结构直接影响光合作用。随着分子生物学的发展，越来越多的研究利用叶色突变体，定位克隆光合作用相关基因，例如：水稻、拟南芥、小麦、棉花等。如水稻中CSP41b基因，编码叶绿体发育蛋白，在叶绿体中表达，其发生突变后导致叶片淡绿色；黄绿叶叶色突变体冀麦5265yg，叶片气孔导度明显改善、热耗散降低、C4途径光合酶活性升高，导致光合速率提高。
随着叶色突变体被不断发现，小麦在叶色突变体方面的研究也在不断加深。通过叶形和叶色突变体，不仅可以作为育种中的标志性状，也是研究光合作用，叶绿素代谢和叶绿体发育的重要材料。
发明内容
针对现有技术中存在的问题，本发明的目的在于提供一种与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用。
为了达到上述目的，本发明采用如下技术方案：
一种与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记，所述分子标记位于小麦2D染色体，其核酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的分子标记可以由以下引物对扩增获得：所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
上述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记在检测小麦是否携带叶片黄化基因中的应用。
引物对在检测小麦是否携带叶片黄化基因中的应用，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
一种检测小麦是否携带叶片黄化基因的方法，以待测小麦的基因组DNA为模板，使用特异性引物进行PCR扩增；
若扩增片段长度为175bp的单独特异DNA片段，表示小麦没有携带叶片黄化基因；
若扩增片段为159bp的单独特异DNA片段或具有159bp和175bp的两条DNA片段，则表示小麦携带叶片黄化基因；
所述特异性引物的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
上述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记在鉴定小麦叶片黄化性状中的应用。
引物对在鉴定小麦叶片黄化性状中的应用，所述引物对的核酸序列如SEQ IDNO.2和SEQ ID NO.3所示。
一种鉴定小麦叶片黄化性状的方法，以待测小麦的基因组DNA为模板，使用特异性引物进行PCR扩增；
若扩增片段长度为175bp的单独特异DNA片段，表示小麦不具有叶片黄化性状；
若扩增片段为159bp的单独特异DNA片段或具有159bp和175bp的两条DNA片段，则表示小麦具有叶片黄化性状；
所述特异性引物的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
上述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记在制备检测小麦是否携带叶片黄化基因或鉴定小麦叶片黄化性状的检测试剂中的应用。
引物对在制备检测小麦是否携带叶片黄化基因或鉴定小麦叶片黄化性状的检测试剂中的应用，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
一种检测小麦是否携带叶片黄化基因或鉴定小麦叶片黄化性状的试剂盒，含有如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对。所述试剂盒中还可以包含ddH2O、dNTP、TaqMaster Mix等其他PCR常规组件当中的一种或几种组合。
本发明技术方案的优点：
本发明公开了一种与小麦叶片黄化紧密连锁的分子标记。可以以苗期的小麦DNA为模版进行扩增，根据扩增片段的大小，来鉴定或辅助鉴定小麦基因组中是否含有导致叶片黄化的基因或是否具有叶片黄化性状。如此，可以提前排除小麦叶片黄化的小麦的品种，有利于培育高产优质的小麦品种，提高育种效率。
此外，本发明提供的分子标记为Indel标记，具有检测简便，扩增产物带型清晰简单，准确度高，通用性强和对DNA质量要求不高等优点。因此，可以快速鉴定或辅助鉴定小麦品种中是否含有导致叶片黄化的基因。
附图说明
图1为野生型小麦京411(WT)、黄化小麦(h42)、近等基因系NIL2D+(含有h42相同等位基因)和NIL2D-(含有WT相同等位基因)开花期的表型；
图2为本发明实施例3中Indel分子标记在不同叶片颜色的小麦个体中的凝胶电泳检测图谱(其中A表示含有h42相同等位基因型(黄)，B表示含有WT相同等位基因型(绿)，H表示杂合个体(黄))。
具体实施方式
在本发明中所使用的术语，除非有另外说明，一般具有本领域普通技术人员通常理解的含义。
下面结合具体实施例，并参照数据进一步详细的描述本发明。以下实施例只是为了举例说明本发明，而非以任何方式限制本发明的范围。
实施例1
一种与小麦叶片黄化基因紧密连锁的Indel分子标记，所述Indel分子标记位于小麦2D染色体，其核酸序列如SEQ ID NO.1所示。
与小麦叶片黄化基因紧密连锁的Indel分子标记：5’-CTCCCCACCACCAACA-3’(SEQID NO.1)。
扩增上述Indel分子标记的引物对，其核酸序列如下：
Indel-ET-F：5’-GCGGCGAGAAATGCTTGTTT-3’(SEQ ID NO.2)；
Indel-ET-R：5’-GGCTGCACAGGTGAACAAAA-3’(SEQ ID NO.3)。
采用上述引物对进行PCR扩增时，所获得的产物为175bp的单独特异DNA片段时(SEQ ID NO.4)，表示小麦没有携带叶片黄化基因；当所扩增的产物为159bp的单独特异DNA片段(SEQ ID NO.5)或具有159bp和175bp的两条DNA片段时，表示小麦携带叶片黄化基因。
SEQ ID NO.4(5’→3’)
GCGGCGAGAAATGCTTGTTTAGAAGTAACTTGCGGTGCGGCCCTGTCATTGGTTATTGCAGTTTGGTTCAAATGACACGATCAATCTCCCCACCACCAACAACCCACTACTTGGAGGTGGGTGCTCCACCAAAGACCAACAACCATGAGCTTGCCTTTTGTTCACCTGTGCAGCC
SEQ ID NO.5(5’→3’)
GCGGCGAGAAATGCTTGTTTAGAAGTAACTTGCGGTGCGGCCCTGTCATTGGTTATTGCAGTTTGGTTCAAATGACACGATCAATACCCGCTAATTGGAGGTGGGTGCTCCACCAAAGACCAACAACCATGAGGTTGCCTTTTGTTCACCTGTGCAGCC
实施例2与小麦叶片黄化基因紧密连锁的Indel分子标记的应用
用实施例1所述的Indel标记，用于小麦叶片黄化基因的鉴定，具体方法如下：
1、提取待测小麦的基因组DNA；
所述小麦的基因组DNA的提取方法可以采用现有植物基因组的提取方法或提取试剂盒，也可以采用以下方法：
(1)将样品和钢珠置于1.5ml离心管中，并在液氮环境中速冻，拿出后上下用力摇动至研磨粉碎。
(2)加600μL的CTAB使DNA大幅度溶解，在提前预热至65℃的烘箱中静置1h，期间每10分钟拿起轻摇一次。
(3)在通风橱中加入600μL(与CTAB等体积)以24:1比例配制的氯仿-异戊醇溶液，并轻摇1min。
(4)离心机10000rpm常温离心10min。
(5)吸取450μL上清液，加入等体积的于-20℃预冷的异丙醇轻轻混匀，此时有白色絮状沉淀出现。
(6)在4℃冰箱静置30min，或在-20℃冰箱静置20min。
(7)离心机4℃、10000rpm离心10min。
(8)取75％的乙醇150μL清洗沉淀两次，每次用手把沉淀弹起轻摇，常温离心机8000rpm离心2min。
(9)弃上清液，用中号和小号移液枪头吸尽残液，置于通风橱吹至毛胶状。
(10)用100μL左右灭菌后的ddH2O溶解后于-20℃冰箱冷冻保存。
2、以上述提取的DNA为模版，用扩增实施例1所述Indel标记的引物进行PCR扩增；
PCR反应体系(10uL)为：100ng/uL模板DNA 1.0uL，2×Taq Plus Master MixⅡ5.0uL，2uM引物混合试剂2.0uL，ddH2O 1.0uL。
PCR反应程序(10uL)为：94℃预变性3min；94℃变性15s，60℃(±3-5℃)退火20s，72℃延伸1min/1kb，35个循环；4℃避光保存。
3、将步骤2所得扩增产物在10.0％的非变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳分离后硝酸银染色。
电泳缓冲液为1×TBE，190V恒压3h。
硝酸银染色步骤：胶片使用0.1％硝酸银溶液(0.3g硝酸银加入300mL去离子水)银染20min，然后用去离子水冲洗3次，加入显影液，显色约10min，用自来水冲洗2次后，将凝胶平铺在照胶灯台上拍照得到凝胶图片。
4、带型读取结果：如果PCR扩增产物中具有175bp的单独特异DNA片段，记为“B”，表示小麦没有携带叶片黄化基因；如果PCR扩增产物中具有159bp的单独特异DNA片段记为“A”，表示小麦携带叶片黄化基因；具有159bp和175bp的两条DNA片段记为“H”，表示小麦携带叶片黄化基因。
实施例3小麦叶片黄化基因Indel标记在小麦叶片黄化鉴别中的应用
以野生型小麦京411(简称WT)和叶片黄化小麦h42为亲本以及它们杂交产生的89株F2和F3(F3为F2自交产生)自交产生的5052株F4为群体材料。在F2经卡方检验证实该叶片黄化性状是由单个显性基因控制的，采用BSR-seq的方法将目的基因定位在2D染色体上。亲本和利用剩余杂合系构建的近等基因系群体开花期表型如图1所示，叶片黄化个体的叶片颜色在发育前期与绿色个体并无区别，直到拔节期开始逐渐变黄，至开花期叶片黄化最为明显。
以上述F4群体作为研究材料，采用本发明的Indel标记用于鉴别叶片黄化小麦。
一种鉴别叶片黄化小麦的方法，步骤如下：
1、提取待测小麦的幼嫩叶片的基因组DNA；
2、以上述提取的DNA为模版，采用实施例1中Indel标记的特异性引物进行PCR扩增，扩增产物经电泳分离，银染后读取带型，方法同实施例2。
如果PCR扩增产物中具有175bp的单独特异DNA片段，记为“B”，如果PCR扩增产物中具有159bp的单独特异DNA片段记为“A”，具有159bp和175bp的两条DNA片段记为“H”，结果如图2所示。
3、检测待测小麦品种的叶片颜色。
在待测小麦群体开花期时记录叶片颜色，并与以上测得的基因型进行关联分析。29份小麦单株的基因型与叶片颜色见表1。
表1部分F4群体小麦基因型与叶片表型
以上结果表明，基因型为B型的小麦品种，叶片颜色为绿，而基因型为A和H型，含有扩增片段的第86-101bp核苷酸缺失的小麦品种，叶片颜色为黄。由此可见，采用所述Indel分子标记即可有效对小麦叶片黄化基因进行基因型选择，并实现对小麦叶片黄化性状的筛选，因此，本发明提供的多态性Indel分子标记可为小麦叶片黄化及分子标记辅助育种提供便利。
以上所述，仅是本发明的较佳实施例而已，并非是对本发明作其它形式的限制，任何熟悉本专业的技术人员可能利用上述揭示的技术内容加以变更或改型为等同变化的等效实施例。但是凡是未脱离本发明技术方案内容，依据本发明的技术实质对以上实施例所作的任何简单修改、等同变化与改型，仍属于本发明技术方案的保护范围。
Claims (10)
1.一种与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记，其特征在于，所述分子标记位于小麦2D染色体，其核酸序列如SEQ ID NO.1所示。
2.权利要求1所述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记在检测小麦是否携带叶片黄化基因中的应用。
3.引物对在检测小麦是否携带叶片黄化基因中的应用，其特征在于，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
4.一种检测小麦是否携带叶片黄化基因的方法，其特征在于，以待测小麦的基因组DNA为模板，使用特异性引物进行PCR扩增；
若扩增片段长度为175bp的单独特异DNA片段，表示小麦没有携带叶片黄化基因；
若扩增片段为159bp的单独特异DNA片段或具有159bp和175bp的两条DNA片段，则表示小麦携带叶片黄化基因；
所述特异性引物的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
5.权利要求1所述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记在鉴定小麦叶片黄化性状中的应用。
6.引物对在鉴定小麦叶片黄化性状中的应用，其特征在于，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
7.一种鉴定小麦叶片黄化性状的方法，其特征在于，以待测小麦的基因组DNA为模板，使用特异性引物进行PCR扩增；
若扩增片段长度为175bp的单独特异DNA片段，表示小麦不具有叶片黄化性状；
若扩增片段为159bp的单独特异DNA片段或具有159bp和175bp的两条DNA片段，则表示小麦具有叶片黄化性状；
所述特异性引物的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
8.权利要求1所述与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记在制备检测小麦是否携带叶片黄化基因或鉴定小麦叶片黄化性状的检测试剂中的应用。
9.引物对在制备检测小麦是否携带叶片黄化基因或鉴定小麦叶片黄化性状的检测试剂中的应用，其特征在于，所述引物对的核酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示。
10.一种检测小麦是否携带叶片黄化基因或鉴定小麦叶片黄化性状的试剂盒，其特征在于，含有如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示的引物对。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311038928.4A CN116814843A (zh) | 2023-08-17 | 2023-08-17 | 与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311038928.4A CN116814843A (zh) | 2023-08-17 | 2023-08-17 | 与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN116814843A true CN116814843A (zh) | 2023-09-29 |
Family
ID=88120538
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202311038928.4A Pending CN116814843A (zh) | 2023-08-17 | 2023-08-17 | 与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN116814843A (zh) |
-
2023
- 2023-08-17 CN CN202311038928.4A patent/CN116814843A/zh active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN111471786B (zh) | 与花椰菜花青素相关的分子标记及应用 | |
| CN111394506A (zh) | 一种小麦分子标记及其在鉴定小麦粒重性状中的应用 | |
| KR102198566B1 (ko) | 고구마 품종 판별을 위한 테트라 프라이머 arms-pcr용 분자마커 및 이의 용도 | |
| CN112725503B (zh) | 与美洲南瓜下胚轴颜色相关基因紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN114410818B (zh) | 一种与冬瓜果实大小紧密连锁的Indel分子标记引物及其应用 | |
| CN110747288A (zh) | 水稻大粒基因功能标记及应用 | |
| CN107937397B (zh) | 与番茄雄性不育基因紧密连锁的snp分子标记及其获得方法和应用 | |
| CN110938706B (zh) | 与西瓜植株无卷须基因Clnt紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN107630103B (zh) | 一种鉴定水稻品种的caps分子标记方法及应用 | |
| CN110205329B (zh) | 甘蔗属割手密特异序列及其鉴定方法 | |
| CN111893209A (zh) | 一种与小麦千粒重相关的插入缺失位点检测标记及其应用 | |
| CN111321241A (zh) | 一种小麦千粒重和粒长基因TaGS3-4A的分子标记及其应用 | |
| CN108300800B (zh) | 辣椒雄性不育恢复基因紧密连锁的分子标记、引物及应用 | |
| CN109468404B (zh) | 一种鉴定水稻香味表型的方法及其所用引物对 | |
| CN108239675B (zh) | 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM02及其应用 | |
| CN108004346B (zh) | 小麦基因Yr10分子标记及其在筛选抗小麦条锈病小麦中的应用 | |
| CN108531636B (zh) | 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM01及其应用 | |
| CN110616277A (zh) | 水稻粒长基因功能标记及其应用 | |
| CN114410821B (zh) | 鉴定苋菜叶色性状的InDel分子标记及其应用 | |
| CN113736866B (zh) | 用于检测番茄黄化曲叶病毒病抗性的snp位点组合及其应用 | |
| CN112143830B (zh) | 水稻剑叶宽调控基因nal1的分子标记及其应用 | |
| Weng et al. | SCAR markers in a longleaf pine x slash pine F1 family | |
| CN116814843A (zh) | 与小麦叶片黄化紧密连锁的Indel分子标记及其应用 | |
| KR20130091434A (ko) | 벼 줄무늬잎마름병 저항성 유전자 Ｓｔｖ－ｂｉ를 가진 벼 품종 선별용 프라이머 및 이를 이용한 벼 품종 선별 방법 | |
| CN114410817A (zh) | 小麦每穗小穗数性状相关snp位点及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |