CN116606941A - 一种预测川藏黑猪s05系肌内脂肪的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于川藏黑猪S05系CAV1基因和IRS4基因。本发明结合目前川藏黑猪肌内脂肪含量较高的优势，使用SNP标记筛选肌内脂肪含量更高的第一父本——川藏黑猪S05系，使商品代川藏黑猪的肌内脂肪含量更好，肉质风味更佳。
Description
技术领域
本发明属于养殖育种技术领域，更具体的说是涉及一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记及其应用。
背景技术
川藏黑猪配套系是四川省畜牧科学研究院与四川铁骑力士集团经过14年的攻关，采用现代遗传育种技术，聚合国内外优秀猪种资源的优势特色性状基因，经系统选育和严密的配合力研究，成功培育的具有地方特色和自主知识产权的优质风味猪配套系。川藏黑猪以藏猪、梅山猪等地方猪种为核心育种素材，克服了藏猪体型小、外观差、繁殖力低等缺点，聚合了藏猪和引进猪的优良性状。具有生产效率高、抗逆性强、胴体瘦肉率高、猪肉细嫩多汁、香味浓郁的特点，是打造高精农产品的理想猪种。
川藏黑猪配套系采用三系配套，其中F01系为合成母系，S05系为第一父本，S04系为终端父本。S05系作为第一父本的肌内脂肪含量将影响商品代川藏黑猪中肌内脂肪含量，通常川藏黑猪商品代肌内脂肪含量在4%以上。肌内脂肪（IMF）是影响猪肉食用品质的一个重要因素，与肉质呈正相关，表现在影响肉的风味、多汁性和嫩度。小窝蛋白(caveolin)是分子量为21-24kDa的膜整合蛋白，是小窝的主要结构成分，包括caveolin-1、caveolin-2和caveolin-3，对细胞胆固醇稳态的维持和脂肪酸代谢具有重要作用。猪caveolin-1（CAV1）基因的表达对脂滴形成效率至关重要，与猪的脂肪沉积能力有紧密联系。而SNP标记是基因组单核苷酸变异引起的DNA序列多态性，已广泛应用于畜禽遗传学研究、品种选育、种质资源保护等领域, 促进了畜禽产业的发展。
因此，本发明的发明人致力于研究一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记及其应用，希冀通过早期基因组筛选肌内脂肪含量高的川藏黑猪S05系，以提高商品代川藏黑猪肌内脂肪含量，提高肉质和风味，满足市场需求。
发明内容
针对现有技术存在的不足，本发明的目的在于提供一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记及其应用。该方法为早期筛选肌内脂肪含量高的川藏黑猪S05系提供科学依据。
为实现上述发明目的，本发明专利采用以下技术方案：
本发明提供一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于川藏黑猪S05系CAV1基因，SNP分子标记突变位点为g.13489371A>G，存在A-G突变，其基因型有AA、GA、GG，其中肌内脂肪AA型最低，GA型居中，GG型最高。因此，CAV1基因突变位点g.001348937A>G中基因型的差异显著，可利用CAV1基因对群体进行标记辅助选择，筛选肌内脂肪含量更好的川藏黑猪S05系。
本发明还提供了一种基于SNP分子标记预测川藏黑猪S05系肌内脂肪方法的应用，所述CAV1基因SNP分子标记突变位点为g.001348937A>G，其基因型的差异应用于川藏黑猪S05系肌内脂肪含量的筛选中。
本发明还提供了一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记的应用，所述CAV1基因SNP分子标记突变位点为g.001348937A>G，其基因型为GG的早期筛选作为川藏黑猪S05系作为第一父本，以提高商品代肌内脂肪含量。
本发明与现有技术相比具有的有益效果是：本发明结合目前川藏黑猪肌内脂肪含量较高的优势，通过SNP分子标记的应用，利用川藏黑猪CAV1基因突变位点g.001348937A>G中基因型的差异作为肌内脂肪含量的依据，筛选肌内脂肪含量更高的第一父本——川藏黑猪S05系，可实现早期选育，提高育种效率，降低育种成本，使商品代川藏黑猪的肌内脂肪含量更好，肉质风味更佳。
附图说明
图1 为CAV1候选基因不同基因型和IRS4候选基因不同基因型的分布图；其中，图1中的“CAV1-2”以及“IRS4-2”中的“-2”是检测中的编号，表示第二批检测。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的描述，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，并不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域的普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的其他所用实施例，都属于本发明的保护范围。
实施例1
一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记及其应用，包括以下步骤：
采用Snapshot（SNP）技术检测了对肌内脂肪（IMF）具有重要调控作用的候选基因CAV1和IRS4中不同SNP在川藏黑猪S05系中分布，结果（图1）显示S05系中CAV1基因中存在突变，IRS4候选基因中存在突变。
针对存在突变的CAV1和IRS4基因，CAV1基因SNP分子标记突变位点为g.001348937A>G，IRS4基因SNP分子标记突变位点为g.104772170T>C，对两者不同基因型与IMF含量间关系进行分析，结果（表1）发现IRS4基因中TT型显著低于CC型（P<0.05）；CAV1基因中AA型极显著低于GG型（P<0.01），AA型显著低于GA型（P<0.05）。由于CAV1基因中基因型的差异更显著，在后续的研究中，为了更方便进行选留，可不再进行IRS4基因型的检测，而只利用CAV1基因对群体进行标记辅助选择。
表1 IRS4基因和CAV1基因各基因型IMF含量结果比较
注：同一基因不同基因型间字母相同者表示差异不显著, 字母不同者表示差异达显著水平(P<0.05)(小写字母)或极显著水平(P<0.01)(大写字母)；IMF即肌内脂肪。
由表1可知，IRS4基因g.104772170T>C位点的CC基因型个体的肌内脂肪显著高于TT基因型个体（P<0.05），而 CAV1基因g.001348937A>G位点的GG基因型个体的肌内脂肪含量最高，可作为川藏黑猪S05系早期筛选的依据。
以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (7)
1.一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于川藏黑猪S05系CAV1基因和IRS4基因。
2.根据权利要求1所述的一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记，其特征在于，所述CAV1基因SNP分子标记突变位点为g.001348937A>G，其基因型有AA、GA、GG，其中AA型最低，GA型居中，GG型最高。
3.根据权利要求1所述的一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记，其特征在于，所述IRS4基因SNP分子标记突变位点为g.104772170T>C，其基因型有TT、TC、CC，其中TT型最低，TC型居中，CC型最高。
4.根据权利要求1所述的一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记，其特征在于，CAV1基因SNP分子标记位点的基因型为GG的肌内脂肪含量高于IRS4基因SNP分子标记位点的基因型为CC。
5.根据权利要求1-4任一所述的预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记的应用，其特征在于，所述SNP分子标记应用于川藏黑猪S05系肌内脂肪含量的筛选中。
6.根据权利要求1-4任一所述的一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记的应用，其特征在于，根据SNP分子标记位点的基因型对川藏黑猪S05系的肌内脂肪性状进行筛选。
7.根据权利要求1-4任一所述的一种预测川藏黑猪S05系肌内脂肪的SNP分子标记的应用，其特征在于，CAV1基因SNP分子标记位点的基因型为GG的早期筛选作为川藏黑猪S05系作为第一父本，用于提高商品代肌内脂肪含量。
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