CN116437217A - 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪 - Google Patents

基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪 Download PDF

Info

Publication number
CN116437217A
CN116437217A CN202310692765.5A CN202310692765A CN116437217A CN 116437217 A CN116437217 A CN 116437217A CN 202310692765 A CN202310692765 A CN 202310692765A CN 116437217 A CN116437217 A CN 116437217A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene sequencing
image
shooting
sequencing chip
character
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202310692765.5A
Other languages
English (en)
Other versions
CN116437217B (zh
Inventor
宋扬
邓增敏
隋相坤
孙宇鹏
代冲冲
周魏
郭力
王思明
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Taiguyu Technology Co ltd
Original Assignee
Shenzhen Taiguyu Technology Co ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Taiguyu Technology Co ltd filed Critical Shenzhen Taiguyu Technology Co ltd
Priority to CN202310692765.5A priority Critical patent/CN116437217B/zh
Publication of CN116437217A publication Critical patent/CN116437217A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN116437217B publication Critical patent/CN116437217B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04N—PICTORIAL COMMUNICATION, e.g. TELEVISION
    • H04N23/00—Cameras or camera modules comprising electronic image sensors; Control thereof
    • H04N23/60—Control of cameras or camera modules
    • H04N23/695—Control of camera direction for changing a field of view, e.g. pan, tilt or based on tracking of objects
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04N—PICTORIAL COMMUNICATION, e.g. TELEVISION
    • H04N23/00—Cameras or camera modules comprising electronic image sensors; Control thereof
    • H04N23/60—Control of cameras or camera modules
    • H04N23/69—Control of means for changing angle of the field of view, e.g. optical zoom objectives or electronic zooming
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A90/00—Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
    • Y02A90/10—Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change, e.g. for weather forecasting or climate simulation

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Multimedia (AREA)
  • Signal Processing (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本申请涉及基因检测技术领域，提供了一种基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪，其中，基因测序芯片包括芯片主体，芯片主体为长方体，芯片主体包括腔体、十字形定位标、样品入口、样品出口，其中，腔体用于容纳待测样品，十字形定位标设于芯片主体的其中一个侧面的角落处，且设于侧面远离腔体的一侧，该拍摄方法首先确定定位标在本轮拍摄开始时的位置相对于前一轮拍摄开始时的位置的偏转角度，并控制相机旋转所述偏转角度，然后获取定位标的中心点位置，并控制相机移动至中心点位置，及以中心点位置为起始点控制相机按照预设的步进长度对基因测序芯片进行拍摄。本申请解决了现有的基因测序方法在拍摄过程中获取到的用于基因测序的信息少的问题。

Description

基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪
技术领域
本发明涉及基因检测技术领域，尤其涉及一种基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪。
背景技术
基因测序是一种新型基因检测技术，通常是测序平台，生化反应测序样品和基因测序芯片配合使用来完成测序的，基因测序芯片是基因测序的重要载体和关键部件，其表面经过一定修饰后，能够将DNA固定在其表面。然后待测DNA在基因测序芯片表面发生一系列生化反应，可由相关仪器检测得到待测DNA序列信息。
在基因测序过程中，需要按照预设的步进长度对基因测序芯片进行多轮拍摄，为了保证检测结果的准确性，需要在基因测序芯片上设置定位标，以在对基因测序芯片进行拍摄时通过定位标对相机进行定位，而现有的定位标通常设置在基因测序芯片的整个测试面上，从而使定位标占用基因测序芯片的信息区域，造成基因测序芯片的可用信息区域变少，同时还提高了基因测序芯片的制造成本。
发明内容
本申请实施例提供一种基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪，旨在解决由于现有的基因测序芯片可用信息区域少而导致的在拍摄过程中获取到的用于基因测序的信息少的问题。
第一方面，本申请实施例提供一种基因测序芯片的拍摄方法，所述基因测序芯片包括芯片主体，所述芯片主体为长方体，所述芯片主体包括腔体、定位标、样品入口、样品出口，其中，所述腔体用于容纳待测样品，所述定位标设于所述芯片主体的其中一个侧面的角落处，且设于所述侧面远离所述腔体的一侧，所述定位标为具有中心点的图形，所述拍摄方法包括：
获取第一外接矩形的位置和第二外接矩形的位置，所述第一外接矩形的位置为所述定位标在前一轮拍摄开始时的外接矩形的位置，所述第二外接矩形的位置为所述定位标在本轮拍摄开始时的外接矩形的位置；
根据所述第一外接矩形的位置和所述第二外接矩形的位置确定所述定位标在本轮拍摄开始时的位置相对于前一轮拍摄开始时的位置的偏转角度；
控制相机旋转所述偏转角度；
获取所述定位标的中心点位置，并控制所述相机移动至所述中心点位置；
以所述中心点位置为起始点控制所述相机按照预设的步进长度对所述基因测序芯片进行拍摄；
将对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行存储，所述存储的方法，包括：
获取第一标识码，并根据所述第一标识码提取第一标识字符，所述第一标识码为所述基因测序芯片的唯一标识码；
根据所述第一标识字符获取第二标识码，并根据所述第二标识码提取第二标识字符，所述第二标识码为与所述基因测序芯片匹配的存储终端的唯一标识码；
根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符；
根据所述目标字符对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理后传输至所述存储终端。
在一些实施例中，所述定位标为十字形定位标，所述获取所述定位标的中心点位置，包括：
控制相机对所述定位标进行拍摄；
获取所述相机拍摄的图像，并根据所述图像确定所述定位标的中心点位置。
在一些实施例中，所述根据所述图像确定所述定位标的中心点位置，包括：
对所述图像进行预处理，得到所述定位标的轮廓图像；
根据所述轮廓图像，计算所述定位标的中心点坐标，所述中心点坐标为所述中心点位置。
在一些实施例中，所述对所述图像进行预处理，包括：
使用匹配函数对所述图像进行模板匹配，得到所述定位标的匹配图像；
采用阈值化分割法去除所述匹配图像的干扰像素点，得到所述定位标的阈值化分割图像；
对所述阈值化分割图像依次进行平滑处理、边缘检测和轮廓处理，得到所述轮廓图像。
在一些实施例中，所述根据所述轮廓图像，计算所述定位标的中心点坐标，包括：
对所述轮廓图像进行直线拟合，得到所述定位标的直线拟合结果；
根据所述直线拟合结果计算所述定位标的关键点坐标；
根据所述关键点坐标计算所述中心点坐标。
在一些实施例中，在对所述轮廓图像进行直线拟合之前，所述方法还包括：
采用几何约束的方法去除所述轮廓图像中与所述定位标无关的干扰轮廓。
在一些实施例中，所述根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符的方法，包括：
对所述第一标识字符和所述第二标识字符进行交集计算，并将所述第一标识字符和所述第二标识字符中的所有共有字符进行重新组合，以获得所述目标字符；
或，分别提取所述第一标识字符和所述第二标识字符在预设的指定位置的字符，并将提取到的所述字符进行重新组合，以获得所述目标字符。
在一些实施例中，所述根据所述目标字符对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理的方法，包括：
通过查阅预设的编码表，将所述目标字符编码为密码串，并采用所述密码串对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密。
在一些实施例中，在所述将所述目标字符编码为密码串之前，所述方法还包括：
将所述预设的编码表的字符列的所有字符进行重新排序，并将进行重新排序后的所有所述字符按照重新排序后的次序依次填入所述字符列。
第二方面，本申请实施例还提供一种基因测序仪，所述基因测序仪的测序方法包括上述所述的任一种基因测序芯片的拍摄方法。
本申请实施例公开了基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪，其中，所述基因测序芯片包括芯片主体，所述芯片主体为长方体，所述芯片主体包括腔体、定位标、样品入口、样品出口，其中，所述腔体用于容纳待测样品，所述定位标设于所述芯片主体的其中一个侧面的角落处，且设于所述侧面远离所述腔体的一侧，所述定位标为具有中心点的图形。所述拍摄方法应用于所述基因测序芯片，通过对所述基因测序芯片进行拍摄，可以在基因测序过程中，获得更多的有效信息，提高基因测序结果的准确性。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为本申请实施例提供的基因测序芯片的结构示意图；
图2为本申请实施例提供的又一基因测序芯片的结构示意图；
图3为本申请实施例提供的基因测序芯片的拍摄方法的流程示意图；
图4为本申请实施例提供的十字形定位标的轮廓图像示意图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动的前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
附图中所示的流程图仅是示例说明，不是必须包括所有的内容和操作/步骤，也不是必须按所描述的顺序执行。例如，有的操作/步骤还可以分解、组合或部分合并，因此实际执行的顺序有可能根据实际情况改变。
还应当理解，在此本申请说明书中所使用的术语仅仅是出于描述特定实施例的目的而并不意在限制本申请。如在本申请说明书和所附权利要求书中所使用的那样，除非上下文清楚地指明其它情况，否则单数形式的“一”、“一个”及“该”意在包括复数形式。
还应当进一步理解，在本申请说明书和所附权利要求书中使用的术语“和/或”是指相关联列出的项中的一个或多个的任何组合以及所有可能组合，并且包括这些组合。
基因测序是一种新型基因检测技术，通常是测序平台，生化反应测序样品和基因测序芯片配合使用来完成测序的，基因测序芯片是基因测序的重要载体和关键部件，其表面经过一定修饰后，能够将DNA固定在其表面。然后待测DNA在基因测序芯片表面发生一系列生化反应，可由相关仪器检测得到待测DNA序列信息。
在基因测序过程中，需要按照预设的步进长度对基因测序芯片进行多轮拍摄，为了保证检测结果的准确性，需要在基因测序芯片上设置定位标，以在对基因测序芯片进行拍摄时通过定位标对相机进行定位，而现有的定位标通常设置在基因测序芯片的整个测试面上，这样会导致在基因测序过程中，使拍摄得到的图像中用来进行基因测序的图像信息变得模糊，从而导致基因测序结果不准确的情况发生。为此，本申请实施例提供一种基因测序芯片、基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪，以解决上述问题。
下面结合附图，对本申请的一些实施方式作详细说明。在不冲突的情况下，下述实施例及实施例中的特征可以相互结合。
请参阅图1、图2，图1、图2均为本申请实施例提供的基因测序芯片100的结构示意图，如图1、图2所示，基因测序芯片100包括芯片主体110，芯片主体110为长方体，芯片主体110包括腔体120、定位标130、样品入口140、样品出口150，其中，腔体120用于容纳待测样品，定位标130设于芯片主体110的其中一个侧面的角落处，且设于所述侧面远离所述腔体120的一侧，定位标130为具有中心点的图形。
其中，设有定位标130的所述侧面为在进行基因测序过程中对基因测序芯片100进行拍摄的被拍摄面。可以理解地，由于长方体的每条棱都是直线型，将基因测序芯片100设置为长方体更加容易实现按照预设的步进长度对基因测序芯片100的所述被拍摄面进行完整的拍摄。
其中，定位标为130为具有中心点的图形，例如，矩形、等边三角形、圆形、五角星形和十字形等。优选地，定位标130为十字形。
还可以理解地，相比于圆形、矩形、五角星形等其它形状的定位标，十字形的定位标由于中心有交叉重叠部位，在进行基因测序的过程中对所述被拍摄面进行拍摄时，能够更加准确地对所述被拍摄面进行定位。
其中，所述待测样品为反应试剂和含有DNA物质的混合物，例如：血液和所述反应试剂的混合物或唾液和所述反应试剂的混合物。
其中，所述角落处位于所述侧面的边缘部位，定位标130的投影不会落在腔体120的投影内。
如图1所示，在一些实施例中，所述侧面的其中两个对角处分别设有定位标130。
在基因测序过程中，所述待测样品在腔体120中持续反应，需要对所述被拍摄面进行多轮拍摄，以检测DNA序列，本实施例通过在所述侧面的两个对角处分别设置定位标130，可以在对所述被拍摄面进行每轮拍摄的过程中进行两次定位，以提高定位的精度，从而提高对所述被拍摄面进行每轮拍摄时，每轮拍摄对应的每次拍摄的拍摄位置的一致性。其中，所述每轮拍摄对应的每次拍摄是指拍摄次序相同，但是不在同一轮的拍摄，例如：在基因测序过程中对所述被拍摄面共进行5轮拍摄，其中，第一轮拍摄的第五次拍摄、第二轮拍摄的第五次拍摄、第三轮拍摄的第五次拍摄、第四轮拍摄的第五次拍摄、第五轮拍摄的第五次拍摄就是指每轮拍摄对应的第五次拍摄。
如图2所示，在一些实施例中，所述侧面的四个角落处分别设有定位标130。
在基因测序过程中，所述待测样品在腔体120中持续反应，需要对所述被拍摄面进行多轮拍摄，以检测DNA序列，本实施例通过在所述侧面的四个角落处分别设置定位标130，可以在对所述被拍摄面进行每轮拍摄的过程中进行四次定位，以进一步提高定位的精度，从而提高对所述被拍摄面进行每轮拍摄时，每轮拍摄对应的每次拍摄的拍摄位置的一致性。
需要说明的是，关于所述每轮拍摄对应的每次拍摄的说明请参考上一个实施例的有关说明，这里不再赘述。
本申请实施例提供的基因测序芯片100，将基因测序芯片100设计为长方体，并在基因测序芯片100的所述被拍摄面的角落处设置定位标130，以在基因测序过程中，在对所述被拍摄面进行每轮拍摄的过程中，通过定位标130对所述被拍摄面进行准确定位，从而使每轮拍摄的每次拍摄对应的拍摄位置相同，以提高基因测序的准确性。同时，本申请实施例提供的基因测序芯片100将定位标130设置在所述被拍摄面的角落处，可以防止将定位标设置在所述被拍摄面的中间部位时，造成的基因测序芯片的可用信息区域变少的问题。
请参阅图3，图3为本申请实施例提供的基因测序芯片的拍摄方法，所述拍摄方法用于上述实施例所述的任一种基因测序芯片100，如图3所示，所述拍摄方法包括步骤S101至步骤S105。
步骤S101，获取第一外接矩形的位置和第二外接矩形的位置，所述第一外接矩形的位置为定位标130在前一轮拍摄开始时的外接矩形的位置，所述第二外接矩形的位置为定位标130在本轮拍摄开始时的外接矩形的位置。
步骤S102、根据所述第一外接矩形的位置和所述第二外接矩形的位置确定定位标130在本轮拍摄开始时的位置相对于前一轮拍摄开始时的位置的偏转角度。
步骤S103、控制相机旋转所述偏转角度。
可以理解地，在基因测序过程中需要对基因测序芯片100进行多轮拍摄，由于基因测序芯片100中的待测样品在基因测序过程中会持续反应，持续反应可能会导致待测样品产生一定的力而使基因测序芯片100发生偏转，如果基因测序芯片100发生偏转，而所述相机的位置一直不变，可能会导致基因测序结果不准确，为了降低这一问题带来的基因测序结果不准确的影响，采用步骤S101至步骤S103在每轮拍摄开始前对相机的位置进行调整。
步骤S104、获取定位标130的中心点位置，并控制所述相机移动至所述中心点位置。
其中，定位标130的中心点位置为定位标130的外接矩形的中心点位置，步骤S104的所述中心点位置为对所述被拍摄面进行每一轮拍摄时的初始位置。
步骤S105、以所述中心点位置为起始点控制所述相机按照预设的步进长度对基因测序芯片100进行拍摄。
本申请实施例提供的基因测序芯片的拍摄方法，用于对基因测序芯片100的所述被拍摄面进行拍摄，在基因测序过程中，通过定位标130在每轮拍摄中对所述被拍摄面进行定位，使每轮拍摄对应的每次拍摄的位置趋于一致，提高了基因测序结果的准确性，同时，对基因测序芯片100进行拍摄，能够在基因测序过程中，获得更多的有效信息，进一步提高了基因测序结果的准确性。
在一些实施例中，定位标130为十字形定位标，所述获取所述十字形定位标130的中心点位置，包括以下步骤：
控制相机对定位标130进行拍摄；
获取所述相机拍摄的图像，并根据所述图像确定定位标130的中心点位置。
其中，当所述被拍摄面包括多个定位标130时，在本实施例中可以对任意一个定位标130进行拍摄来确定所述中心点位置。
本实施例首先控制所述相机移动至可以拍摄到定位标130的位置，并对定位标130进行拍摄，然后获取所述相机拍摄的图像，并根据所述图像确定定位标130的中心点位置，以得到较为准确的所述中心点位置。
在一些实施例中，定位标130为十字形定位标，所述根据所述图像确定定位标130的中心点位置，包括以下步骤：
对所述图像进行预处理，得到定位标130的轮廓图像；
根据所述轮廓图像，计算定位标130的中心点坐标，所述中心点坐标为所述中心点位置。
本实施例首先对所述图像进行预处理，得到定位标130的轮廓图像，再根据所述轮廓图像计算定位标130的中心点坐标，并将所述中心点坐标作为所述中心点位置，可以使获得的所述中心点位置更加准确。
在一些实施例中，定位标130为十字形定位标，所述对所述图像进行预处理，包括以下步骤：
使用匹配函数对所述图像进行模板匹配，得到定位标130的匹配图像；
采用阈值化分割法去除所述匹配图像的干扰像素点，得到定位标130的阈值化分割图像；
对所述阈值化分割图像依次进行平滑处理、边缘检测和轮廓处理，得到所述轮廓图像。
其中，可以采用OpenCV 中的 matchTemplate() 函数对所述图像进行模板匹配，可以采用阈值化分割函数 threshold() 去除所述匹配图像的干扰像素点，采用均值滤波法函数Blur() 对所述阈值化分割图像进行平滑处理，采用函数Canny()对平滑处理后的所述阈值化分割图像进行边缘检测，得到十字形定位标130的边缘图像，采用函数findContours()对所述边缘图像进行轮廓查找，得到所述轮廓图像。
本实施例通过模板匹配、阈值化分割、平滑处理、边缘检测和轮廓处理对所述图像进行预处理得到十字形定位标130的清晰轮廓，以便获得更加准确的所述中心点位置。
在一些实施例中，定位标130为十字形定位标，在所述采用阈值化分割法去除所述匹配图像的干扰像素点，得到定位标130的阈值化分割图像之前，所述方法还包括以下步骤：
对所述匹配图像进行灰度处理。
其中，可以采用函数cvtColor()对所述匹配图像进行灰度处理。
本实施例通过对所述匹配图像进行灰度处理，可以使所述轮廓图像的轮廓更加清晰。
在一些实施例中，定位标130为十字形定位标，所述根据所述轮廓图像，计算定位标130的中心点坐标，包括以下步骤：
对所述轮廓图像进行直线拟合，得到定位标130的直线拟合结果；
根据所述直线拟合结果计算定位标130的关键点坐标；
根据所述关键点坐标计算所述中心点坐标。
其中，如图4所示，所述关键点为定位标130的交叉重叠部位的中心点131。
其中，可以通过霍夫变化拟合法对所述轮廓图像进行直线拟合，得到所述轮廓图像的每条直线的两个端点坐标，再根据所述端点坐标计算如图4所示的定位标130的重叠部分的四个顶点132的坐标，最后根据四个顶点132的坐标计算中心点131的坐标。
本实施例可以使计算出的所述中心点坐标更加准确，从而对所述被拍摄面实现更加准确的定位。
在一些实施例中，定位标130为十字形定位标，在对所述轮廓图像进行直线拟合之前，所述方法还包括以下步骤：
采用几何约束的方法去除所述轮廓图像中与定位标130无关的干扰轮廓。
其中，采用几何约束的具体方法可以是设定一个轮廓面积阈值，将所述轮廓图像中的每个轮廓的面积与所述轮廓面积阈值进行比较，并删除轮廓面积小于所述轮廓面积阈值的轮廓。可以使用contourArea()函数对每个轮廓的面积与所述轮廓面积阈值进行比较。
本实施例可以去除其它轮廓图像对定位标130的轮廓图像的干扰，使计算得到的所述中心点坐标更加准确，从而对所述被拍摄面实现更加准确的定位。
为了防止对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像的图像丢失问题，对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行存储，所述存储的方法，包括以下步骤：
获取第一标识码，并根据所述第一标识码提取第一标识字符，所述第一标识码为所述基因测序芯片的唯一标识码；
根据所述第一标识字符获取第二标识码，并根据所述第二标识码提取第二标识字符，所述第二标识码为与所述基因测序芯片匹配的存储终端的唯一标识码；
根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符；
根据所述目标字符对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理后传输至所述存储终端。
本实施例通过对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理后保存至所述存储终端，不但解决了对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像的图像丢失问题，而且还提高了对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像的图像信息的安全性。
在一些实施例中，所述根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符的方法，包括以下步骤：
对所述第一标识字符和所述第二标识字符进行交集计算，并将所述第一标识字符和所述第二标识字符中的所有共有字符进行重新组合，以获得所述目标字符。
例如，所述第一标识字符为SHKPOUYTREWQ，所述第二标识字符为QWERTYUHJMKO，所述第一标识字符和所述第二标识字符中均包括H、O、U、Y、T、R、E、W、Q，则所述目标字符为H、O、U、Y、T、R、E、W、Q。
其中，对所述目标字符进行重新组合的方式可以是对每个所述目标字符按照预设的排序规则进行排序、也可以是对所述目标字符进行随机排序。
本实施例可以进一步提高对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像的图像信息的安全性。
在一些实施例中，所述根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符的方法，包括以下步骤：
分别提取所述第一标识字符和所述第二标识字符在预设的指定位置的字符，并将提取到的所述字符进行重新组合，以获得所述目标字符。
例如，所述第一标识字符为SHKPOUYTREWQ，所述第二标识字符为QWERTYUHJMKO，提取所述第一标识字符中次序为1、3、5、7、9、11的字符和所述第二标识字符中次序为2、4、6、8、10、12的字符，则所述目标字符为S、K、O、Y、R、W、W、R、Y、H、M、O。
其中，对所述目标字符进行重新组合的方式可以是对每个所述目标字符按照预设的排序规则进行排序、也可以是对所述目标字符进行随机排序。
在一些实施例中，所述根据所述目标字符对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理的方法，包括以下步骤：
通过查阅预设的编码表，将所述目标字符编码为密码串，并采用所述密码串对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密。
在一些实施例中，在所述将所述目标字符编码为密码串之前，所述方法还包括以下步骤：
将所述预设的编码表的字符列的所有字符进行重新排序，并将重新排序后的所有所述字符按照重新排序后的次序依次填入所述字符列。
例如，所述预设的编码表如表1所示，所述预设的编码表中的字符列的所有所述字符依次为A、B、C、D、E，将所述预设的编码表中的字符列的所有所述字符进行重新排序后得到的所有所述字符的顺序为E、C、B、A、D，则将重新排序后的所有所述字符按照重新排序后的次序依次填入所述字符列得到如表2所示的编码表。
本实施例通过对所述预设的编码表进行调整，通过查阅调整后的编码表，将所述目标字符编码为密码串，并采用所述密码串对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密，能够进一步提高对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像的图像信息的安全性。
表1 预设的编码表
显示符号 字符
1 A
2 B
3 C
4 D
5 E
表2 对预设的编码表的字符列的所有字符进行重新排序后获得的编码表
显示符号 字符
1 E
2 C
3 B
4 A
5 D
本申请实施例还提供一种基因测序仪，所述基因测序仪的测序方法包括如上所述的任一种基因测序芯片的拍摄方法。
以上所述，仅为本申请的具体实施方式，但本申请的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本申请揭露的技术范围内，可轻易想到各种等效的修改或替换，这些修改或替换都应涵盖在本申请的保护范围之内。因此，本申请的保护范围应以权利要求的保护范围为准。

Claims (10)

1.一种基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述基因测序芯片包括芯片主体，所述芯片主体为长方体，所述芯片主体包括腔体、定位标、样品入口、样品出口，其中，所述腔体用于容纳待测样品，所述定位标设于所述芯片主体的其中一个侧面的角落处，且设于所述侧面远离所述腔体的一侧，所述定位标为具有中心点的图形，所述拍摄方法包括：
获取第一外接矩形的位置和第二外接矩形的位置，所述第一外接矩形的位置为所述定位标在前一轮拍摄开始时的外接矩形的位置，所述第二外接矩形的位置为所述定位标在本轮拍摄开始时的外接矩形的位置；
根据所述第一外接矩形的位置和所述第二外接矩形的位置确定所述定位标在本轮拍摄开始时的位置相对于前一轮拍摄开始时的位置的偏转角度；
控制相机旋转所述偏转角度；
获取所述定位标的中心点位置，并控制所述相机移动至所述中心点位置；
以所述中心点位置为起始点控制所述相机按照预设的步进长度对所述基因测序芯片进行拍摄；
将对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行存储，所述存储的方法，包括：
获取第一标识码，并根据所述第一标识码提取第一标识字符，所述第一标识码为所述基因测序芯片的唯一标识码；
根据所述第一标识字符获取第二标识码，并根据所述第二标识码提取第二标识字符，所述第二标识码为与所述基因测序芯片匹配的存储终端的唯一标识码；
根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符；
根据所述目标字符对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理后传输至所述存储终端。
2.根据权利要求1所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述定位标为十字形定位标，所述获取所述定位标的中心点位置，包括：
控制相机对所述定位标进行拍摄；
获取所述相机拍摄的图像，并根据所述图像确定所述定位标的中心点位置。
3.根据权利要求2所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述根据所述图像确定所述定位标的中心点位置，包括：
对所述图像进行预处理，得到所述定位标的轮廓图像；
根据所述轮廓图像，计算所述定位标的中心点坐标，所述中心点坐标为所述中心点位置。
4.根据权利要求3所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述对所述图像进行预处理，包括：
使用匹配函数对所述图像进行模板匹配，得到所述定位标的匹配图像；
采用阈值化分割法去除所述匹配图像的干扰像素点，得到所述定位标的阈值化分割图像；
对所述阈值化分割图像依次进行平滑处理、边缘检测和轮廓处理，得到所述轮廓图像。
5.根据权利要求3所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述根据所述轮廓图像，计算所述定位标的中心点坐标，包括：
对所述轮廓图像进行直线拟合，得到所述定位标的直线拟合结果；
根据所述直线拟合结果计算所述定位标的关键点坐标；
根据所述关键点坐标计算所述中心点坐标。
6.根据权利要求5所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，在对所述轮廓图像进行直线拟合之前，所述方法还包括：
采用几何约束的方法去除所述轮廓图像中与所述定位标无关的干扰轮廓。
7.根据权利要求1所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述根据所述第一标识字符和所述第二标识字符获取目标字符的方法，包括：
对所述第一标识字符和所述第二标识字符进行交集计算，并将所述第一标识字符和所述第二标识字符中的所有共有字符进行重新组合，以获得所述目标字符；
或，分别提取所述第一标识字符和所述第二标识字符在预设的指定位置的字符，并将提取到的所述字符进行重新组合，以获得所述目标字符。
8.根据权利要求1所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，所述根据所述目标字符对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密处理的方法，包括：
通过查阅预设的编码表，将所述目标字符编码为密码串，并采用所述密码串对所述基因测序芯片进行拍摄后获得的图像进行加密。
9.根据权利要求8所述的基因测序芯片的拍摄方法，其特征在于，在所述将所述目标字符编码为密码串之前，所述方法还包括：
将所述预设的编码表的字符列的所有字符进行重新排序，并将进行重新排序后的所有所述字符按照重新排序后的次序依次填入所述字符列。
10.一种基因测序仪，其特征在于，所述基因测序仪的测序方法包括如权利要求1至9中任一项所述的基因测序芯片的拍摄方法。
CN202310692765.5A 2023-06-13 2023-06-13 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪 Active CN116437217B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310692765.5A CN116437217B (zh) 2023-06-13 2023-06-13 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310692765.5A CN116437217B (zh) 2023-06-13 2023-06-13 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN116437217A true CN116437217A (zh) 2023-07-14
CN116437217B CN116437217B (zh) 2023-08-18

Family

ID=87080097

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202310692765.5A Active CN116437217B (zh) 2023-06-13 2023-06-13 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN116437217B (zh)

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20080182757A1 (en) * 2007-01-26 2008-07-31 Illumina, Inc. Image data efficient genetic sequencing method and system
US20160153029A1 (en) * 2013-03-15 2016-06-02 Ibis Biosciences, Inc. Dna sequences to assess contamination in dna sequencing
CN107229930A (zh) * 2017-04-28 2017-10-03 北京化工大学 一种指针式仪表数值智能识别方法及装置
US20180144522A1 (en) * 2016-11-21 2018-05-24 National Tsing Hua University Image positioning and stitching method and image detection system of cell detection chip
CN109706068A (zh) * 2019-03-01 2019-05-03 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种带有定位标的基因测序芯片
CN110310334A (zh) * 2018-03-20 2019-10-08 深圳华大基因软件技术有限公司 生物芯片定位方法、基因测序仪及系统、存储介质
CN113980798A (zh) * 2021-12-14 2022-01-28 深圳太古语科技有限公司 一种基因测序芯片及其制备方法
CN114549600A (zh) * 2022-01-28 2022-05-27 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种荧光图像配准方法

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20080182757A1 (en) * 2007-01-26 2008-07-31 Illumina, Inc. Image data efficient genetic sequencing method and system
US20160153029A1 (en) * 2013-03-15 2016-06-02 Ibis Biosciences, Inc. Dna sequences to assess contamination in dna sequencing
US20180144522A1 (en) * 2016-11-21 2018-05-24 National Tsing Hua University Image positioning and stitching method and image detection system of cell detection chip
CN107229930A (zh) * 2017-04-28 2017-10-03 北京化工大学 一种指针式仪表数值智能识别方法及装置
CN110310334A (zh) * 2018-03-20 2019-10-08 深圳华大基因软件技术有限公司 生物芯片定位方法、基因测序仪及系统、存储介质
CN109706068A (zh) * 2019-03-01 2019-05-03 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种带有定位标的基因测序芯片
CN113980798A (zh) * 2021-12-14 2022-01-28 深圳太古语科技有限公司 一种基因测序芯片及其制备方法
CN114549600A (zh) * 2022-01-28 2022-05-27 赛纳生物科技(北京)有限公司 一种荧光图像配准方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN116437217B (zh) 2023-08-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Ahn et al. Circular coded target for automation of optical 3D-measurement and camera calibration
CN110659636B (zh) 基于深度学习的指针式仪表读数识别方法
Chung et al. Jigsaw puzzle solver using shape and color
CN112686950B (zh) 位姿估计方法、装置、终端设备及计算机可读存储介质
CN106197417B (zh) 手持终端的室内导航方法及手持终端
BR112020007641A2 (pt) métodos para avaliar a adequação de um dispositivo móvel e para realizar uma medição analítica usando um dispositivo móvel, programa de computador, dispositivo móvel e kit
CN115176274A (zh) 一种异源图像配准方法及系统
US7860298B2 (en) Method and system for the calibration of a computer vision system
Ahn et al. Circular coded landmark for optical 3D-measurement and robot vision
US20050069172A1 (en) Index identifying method and system
CN116437217B (zh) 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪
CN117896626B (zh) 多摄像头检测运动轨迹的方法、装置、设备及存储介质
CN117115105A (zh) 一种工件处理方法、装置、设备以及存储介质
CN117359135B (zh) 振镜校正方法、装置、计算机设备、存储介质和程序产品
CN107945237A (zh) 多尺度标定板
US6683977B1 (en) Method of taking three-dimensional measurements of object surfaces
Garcia et al. Detection of matchings in a sequence of underwater images through texture analysis
CN112998852A (zh) 一种验证精度的方法、装置、终端及存储介质
CN115526881B (zh) 一种基于图像建模的电芯极性检测方法及装置
CN116721582A (zh) 三维机器视觉实训方法、系统、计算机设备及存储介质
CN111141217A (zh) 物体测量方法、装置、终端设备及计算机存储介质
CN113822092B (zh) 用于定位位置探测图形的方法及装置、电子设备、介质
Xu et al. A robust close-range photogrammetric system for industrial metrology
CN113538483B (zh) 高精度近景摄影测量标志的编解码方法和测量方法
JP2010091525A (ja) 電子部品のパターンマッチング方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant