CN110310334A - 生物芯片定位方法、基因测序仪及系统、存储介质 - Google Patents

生物芯片定位方法、基因测序仪及系统、存储介质 Download PDF

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Abstract

本发明提供一种生物芯片定位方法，通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置；选取所述生物芯片上若干位置的视场，通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标与实际二维坐标；通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角；根据所述夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。本发明实施例还提供一种基因测序系统、基因测序仪以及存储介质。利用本发明实施例，可在测序过程中实时更新所述生物芯片的视场中心位置，优化生物芯片定位的操作，提高基因测序准确率。

Description

生物芯片定位方法、基因测序仪及系统、存储介质
技术领域
本发明涉及基因测序领域，具体的，涉及一种生物芯片定位方法、基因测序仪、基因测序系统及存储介质。
背景技术
本部分旨在为权利要求书及具体实施方式中陈述的本发明实施例的实施方式提供背景或上下文。此处的描述不因为包括在本部分中就承认是现有技术。
基因测序是指分析特定DNA片段的碱基序列，即腺嘌呤(A),胸腺嘧啶(T)，胞嘧啶(C)与鸟嘌呤(G)的排列方式。目前常用的测序方法之一是：上述四种碱基分别携带四种不同的荧光基团，不同的荧光基团受激发后发射出不同波长(颜色)的荧光，通过识别该荧光波长就能够识别出被合成碱基的类型，从而读取碱基序列。二代测序技术采用高分辨显微成像系统，拍照采集生物芯片(基因测序芯片)上的DNA纳米球(即DNB，DNA Nanoballs)的荧光分子图像，将荧光分子图像送入碱基识别软件解码图像信号得到碱基序列。在每次实验中，如何提高对生物芯片的利用率是关键的问题。理想状态下，对生物芯片上的每个区域都会进行数据采集。然而，实际状态下，由于生物芯片中的测序区域相似度极高，具有一定的识别难度，且生物芯片与平台结合处存在一定的间隙，生物芯片每次放置于平台后，会产生一个随机的夹角，从而导致测序实验时无法精确采集生物芯片的每一个区域。
现有技术中，为了实现生物芯片的利用率最大化，厂家在仪器出厂前对每台测序仪进行一系列的校准，为每台测序仪设置一个固定且唯一的起始点，作为仪器出厂后数据采集的起始点。然而，在实际测序过程中，可能存在若干不稳定因素(如平台的微震动、生物芯片与平台之间存在微小夹角、生物反应过程中生物芯片温度升高而产生形变等)导致起始点位置产生差异，而起始点位置的微小差异也可能会导致生物芯片后部分区域的中心位置坐标计算产生较大差异，且对每台仪器出厂前都进行校正，会耗费较多人力和时间。
发明内容
鉴于此，有必要提供一种生物芯片定位方法、基因测序仪、基因测序系统以及非易失性计算机可读存储介质，可在测序过程中实时更新所述生物芯片的视场中心位置，优化生物芯片定位的操作。
本发明实施例一方面提供一种生物芯片定位方法，所述生物芯片定位方法包括：
通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向；
选取所述生物芯片上若干位置的视场；
通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；
通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角，所述平台用于承载所述生物芯片；
根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；
根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
进一步的，在本发明实施例提供的上述生物芯片定位方法中，所述轨迹线由多个DNA纳米球按照预设规则直线排列形成，所述第一组轨迹线与所述第二组轨迹线形成删除图形。
进一步的，在本发明实施例提供的上述生物芯片定位方法中，所述通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标包括：
根据所述若干位置的视场四周的所述轨迹线确定所述若干位置的视场的具体行列位置；
根据所述具体行列位置，利用公式1计算所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m、n分别表示所述若干位置的视场在理想状态下位于所述生物芯片的行、列位置，xi、yi分别表示所述若干位置的视场的理论横坐标、理论纵坐标。
进一步的，在本发明实施例提供的上述生物芯片定位方法中，所述通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标包括：
根据所述具体行列位置，利用公式1′计算所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m’、n’分别表示所述若干位置的视场在实际状态下位于所述生物芯片的行、列位置，x’i、y’i分别表示所述若干位置的视场的实际横坐标、理论纵坐标。
进一步的，在本发明实施例提供的上述生物芯片定位方法，所述通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角包括：
通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片中心的二维坐标；
获取所述若干位置的视场在理想状态下与所述生物芯片中心的距离以及所述若干位置的视场在实际状态下与所述生物芯片中心的距离；
通过旋转公式2获取所述若干位置的视场在理想状态下与所述生物芯片中心的距离、所述若干位置的视场在实际状态下与所述生物芯片中心的距离以及所述生物芯片与平台间的夹角三者的关系；
其中，(xc,yc)为所述生物芯片中心的二维坐标，x’i、y’i分别表示所述视场的实际横坐标、实际纵坐标，α表示所述生物芯片与平台间的夹角；
根据旋转公式2计算所述生物芯片与平台间的夹角。
进一步的，在本发明实施例提供的上述生物芯片定位方法，所述偏移量包括所述视场在所述生物芯片上的实际横坐标与理论横坐标的偏移量以及所述视场在所述生物芯片上实际纵坐标与理论纵坐标的偏移量。
进一步的，在本发明实施例提供的上述生物芯片定位方法，所述根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离包括：
在当前所述视场的信号采集完成后，获取当前所述视场在所述第一方向与所述第二方向上对应的下一所述视场的偏移量；
根据下一所述视场的偏移量控制所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
本发明实施例再一方面还提供一种基因测序系统，所述基因测序系统包括：
起始点获取模块，用于通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向；
视场选取模块，用于选取所述生物芯片上若干位置的视场；
理论坐标获取模块，用于利用所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；
实际坐标获取模块，用于通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
夹角计算模块，用于根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角所述平台用于承载所述生物芯片；
偏移量计算模块，用于根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视角视场的偏移量；
视场校准模块，用于根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
本发明实施例再一方面还提供一种基因测序仪，所述基因测序仪包括处理器，所述处理器用于执行存储器中存储的计算机程序时实现上述任意一项所述的生物芯片定位方法的步骤。
本发明实施例再一方面还提供一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现上述任意一项所述的生物芯片定位方法的步骤。
本发明实施例提供的生物芯片定位方法、基因测序仪、基因测序系统以及非易失性计算机可读存储介质，通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向；选取所述生物芯片上若干位置的视场；通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角；根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。利用本发明实施例，可以通过所述生物芯片的轨迹线上DNB位点的分布模式/编码方式，利用测序过程中的荧光信号，识别生物芯片上每个视场的具体位置以及所述视场相对平台的偏移量。利用本发明实施例，可以在实际测序过程中对生物芯片的视场中心位置进行实时更新，能够快速且精确定位生物芯片的每个区域位置，提高了基因测序的准确度。
附图说明
图1是本发明实施例提供的生物芯片定位方法的流程图。
图2是本发明一实施方式的基因测序仪的结构示意图。
图3是图2所示的基因测序仪的示例性的功能模块图。
图4A是本发明实施例提供的生物芯片上视场分布示意图。
图4B是将图4A中所示的一个视场放大之后的示意图。
图5A是本发明实施例提供的水平方向的轨迹线编码示意图。
图5B是本发明实施例提供的垂直方向的轨迹线编码示意图。
图6是本发明实施例提供的生物芯片上轨迹线及轨迹交叉点示意图。
图7是本发明实施例提供的实际生物芯片与平台间存在夹角的示意图。
图8是本发明实施例提供的生物芯片上固定位置视场的示意图。
图9是本发明实施例提供的生物芯片上固定位置视场的另一示意图。
图10A是根据图9提供的固定位置视场的信息获取的所述生物芯片上所有视场的X轴方向的偏移量。
图10B是根据图9提供的固定位置视场的信息获取的所述生物芯片上所有视场的Y轴方向的偏移量。
主要元件符号说明
基因测序仪 1
存储器 10
显示屏 20
处理器 30
基因测序系统 100
起始点获取模块 11
视场选取模块 12
理论坐标获取模块 13
实际坐标获取模块 14
夹角计算模块 15
偏移量计算模块 16
视场校准模块 17
生物芯片 900
视场 910
轨迹线 911
轨迹交叉点 912
平台 920
如下具体实施方式将结合上述附图进一步说明本发明实施例。
具体实施方式
为了能够更清楚地理解本发明实施例的上述目的、特征和优点，下面结合附图和具体实施方式对本发明进行详细描述。需要说明的是，在不冲突的情况下，本申请的实施方式中的特征可以相互组合。
在下面的描述中阐述了很多具体细节以便于充分理解本发明实施例，所描述的实施方式仅仅是本发明一部分实施方式，而不是全部的实施方式。基于本发明中的实施方式，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施方式，都属于本发明实施例保护的范围。
除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明实施例的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施方式的目的，不是旨在于限制本发明实施例。
图1是本发明实施例提供的生物芯片定位方法的流程图。如图1所示，所述生物芯片定位方法可以包括如下步骤：
S101：通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向。
本实施方式中，所述生物芯片可以是基因测序芯片，所述起始点位置包括但不限于所述生物芯片左上角顶端的第一个视场(FOV，field of view)的位置。在测序过程中，可以移动装载生物芯片平台，使得物镜对准所述生物芯片的起始点位置。所述视场为显微相机一次拍摄所得的图像，显微相机的视场较小，约为768.6μm*648μm。在测序过程中，对生物芯片可以拍摄几百幅视场。每个视场在所述第一方向与所述第二方向上各分布若干条轨迹线(trackline)，轨迹线的交点为轨迹交叉点(trackcross)。所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向可以是水平方向，所述第二方向可以是垂直方向。所述轨迹线由多个DNA纳米球(DNB)按照预设的规则直线排列形成，DNA纳米球的排列规则即为所述轨迹线的编码。所述删除图形(Deletion Pattern)包括所述轨迹线上多个DNA纳米球排列所形成的图形。可以理解的是，由于直线排列的DNA纳米球看起来像中间缺失了某些DNA纳米球(节点)，因此称为“删除图形”。所述节点就是指可以吸附DNA纳米球的位点。在一实施例中，关于所述删除图形(Deletion Pattern)的原理可以参见PCT专利申请公开文本WO2012/031011A1，或者参见中国专利申请的公开文本CN103180496A，其全部公开内容通过引证结合于此。可以理解的是，所述DNA纳米球可以是包括DNA片段的扩增产物。所述DNA纳米球(DNB)在合成碱基时携带有荧光基团，荧光基团受激发时发出荧光信号。也就是说，本实施方式可以通过识别轨迹线的编码，寻找生物芯片的起始点位置。
S102：选取所述生物芯片上若干位置的视场。
本实施方式中，所述若干位置的视场可以是随机设置的。测序过程中，一般地，在所述生物芯片上选取2个视场位置即可完成本发明实施例提供的生物芯片定位方法中的步骤。优选地，可以在所述生物芯片上选取4个视场位置，且所述4个视场位置分别位于所述生物芯片的四个测序子区域(Reticle)。所述生物芯片的四个测序子区域上的位点的布局是一致的，也即每个测序子区域相同。
S103：通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标。
本实施方式中，根据所述若干位置的视场四周的所述轨迹线确定所述若干位置的视场在所述生物芯片上的具体行列位置，根据所述视场的具体行列位置，利用公式1计算所述视场在所述生物芯片上的理论二维坐标：
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m、n分别表示所述若干位置的视场在理想状态下位于所述生物芯片的行、列位置，xi、yi分别表示所述若干位置的视场的理论横坐标、理论纵坐标。
S104：通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标。
本实施方式中，根据所述具体行列位置，利用公式1’计算所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m’、n’分别表示所述若干位置的视场在实际状态下位于所述生物芯片的行、列位置，x’i、y’i分别表示所述若干位置的视场的实际横坐标、实际纵坐标。
S105：根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角，所述平台用于承载所述生物芯片。
本实施方式中，通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片中心的二维坐标，获取所述若干位置的视场在理想状态下与所述生物芯片中心的距离以及所述若干位置的视场在实际状态下与所述生物芯片中心的距离。通过旋转公式2获取所述若干位置的视场在理想状态下与所述生物芯片中心的距离、所述若干位置的视场在实际状态下与所述生物芯片中心的距离以及所述生物芯片与平台间的夹角三者的关系；根据旋转公式2计算所述生物芯片与平台间的夹角。
其中，(xc,yc)为所述生物芯片中心的二维坐标，x’i、y’i分别表示所述若干位置的视场的实际横坐标、实际纵坐标，α表示所述生物芯片与平台间的夹角，(xi-xc)、(yi-yc)分别表示在理想状态下所述视场与所述生物芯片中心在所述第一方向与所述第二方向上的距离，(x’i-xc)、(y’i-yc)分别表示在实际状态下所述视场与所述生物芯片中心在所述第一方向与所述第二方向上的距离。
S106：根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量。
本实施方式中，所述偏移量可以包括所述视场在所述生物芯片上的实际横坐标与理论横坐标的偏移量以及所述视场在所述生物芯片上实际纵坐标与理论纵坐标的偏移量。
S107：根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
本实施方式中，在当前所述视场的信号采集完成后，获取当前所述视场在所述第一方向与所述第二方向上对应的下一所述视场的偏移量；根据下一所述视场的偏移量控制所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。在测序过程中，对所述视场进行信号采集的方式包括但不限于：从所述生物芯片左侧顶端的起始位置(0,0)向下移动，逐次拍摄所述生物芯片左侧第一列的各个视场直至左侧底端。然后，移动物镜或平台至生物芯片左侧第二列顶端位置的视场(优选的，选择移动装载生物芯片的平台)，逐次拍摄所述生物芯片左侧第二列的各个视场直至左侧第二列底端。通过上述方法，拍摄整张生物芯片。当然，也可以在拍摄至所述生物芯片左侧第一列底端时，移动物镜到左侧第二列底端位置往上移动拍摄，即走S形路径扫描拍摄。
本实施方式中，所述生物芯片的一次生化反应即为一次循环。在一次循环结束后，加入试剂合成下一个碱基，重复执行步骤S101-步骤S107，直至所有循环都完成。
本发明实施例提供的生物芯片定位方法，通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向；选取所述生物芯片上若干位置的视场；通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角；根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。利用本发明实施例，可在测序过程中实时更新所述生物芯片的视场中心位置，优化生物芯片定位的操作。
以上是对本发明实施例所提供的方法进行的详细描述。根据不同的需求，所示流程图中方块的执行顺序可以改变，某些方块可以省略。下面对本发明实施例所提供的基因测序仪进行描述。
本发明实施例还提供一种基因测序仪，包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述程序时实现上述任一实施方式中所述的生物芯片定位方法的步骤。需要说明的是，所述基因测序仪可以包括芯片平台、光学系统、液路系统。其中，所述芯片平台可以用于装载生物芯片，所述光学系统可以用于获取荧光图像，所述液路系统可以用于利用预设的试剂进行基因测序。
图2是本发明一实施方式的基因测序仪的结构示意图。如图2所示，基因测序仪1包括存储器10，存储器10中存储有基因测序系统100。所述基因测序系统100可以通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置；选取所述生物芯片上若干位置的视场；通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角；根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。利用本发明实施例，可在测序过程中实时更新所述生物芯片的视场中心位置，优化生物芯片定位的操作。
本实施方式中，基因测序仪1还可以包括显示屏20及处理器30。存储器10、显示屏20可以分别与处理器30电连接。
所述的存储器10可以是不同类型存储设备，用于存储各类数据。例如，可以是基因测序仪1的存储器、内存，还可以是可外接于该基因测序仪1的存储卡，如闪存、SM卡(SmartMedia Card，智能媒体卡)、SD卡(Secure Digital Card，安全数字卡)等。此外，存储器10可以包括高速随机存取存储器，还可以包括非易失性存储器，例如硬盘、内存、插接式硬盘，智能存储卡(Smart Media Card,SMC)，安全数字(Secure Digital,SD)卡，闪存卡(FlashCard)、至少一个磁盘存储器件、闪存器件、或其他易失性固态存储器件。存储器10用于存储各类数据，例如，所述基因测序仪1中安装的各类应用程序(Applications)、应用上述生物芯片定位方法而设置、获取的数据等信息。
显示屏20安装于基因测序仪1，用于显示信息。
处理器30用于执行所述生物芯片定位方法以及所述基因测序仪1内安装的各类软件，例如操作系统及应用显示软件等。处理器30包含但不限于处理器(Central ProcessingUnit，CPU)、微控制单元(Micro Controller Unit，MCU)等用于解释计算机指令以及处理计算机软件中的数据的装置。
所述的基因测序系统100可以包括一个或多个的模块，所述一个或多个模块被存储在基因测序仪1的存储器10中并被配置成由一个或多个处理器(本实施方式为一个处理器30)执行，以完成本发明实施例。例如，参阅图3所示，所述基因测序系统100可以包括起始点获取模块11、视场选取模块12、理论坐标获取模块13、实际坐标获取模块14、夹角计算模块15、偏移量计算模块16、视场校准模块17。本发明实施例所称的模块可以是完成一特定功能的程序段，比程序更适合于描述软件在处理器中的执行过程。
可以理解的是，对应上述生物芯片定位方法中的各实施方式，基因测序系统100可以包括图3中所示的各功能模块中的一部分或全部，各模块的功能将在以下具体介绍。需要说明的是，以上生物芯片定位方法的各实施方式中相同的名词、相关名词及其具体的解释说明也可以适用于以下对各模块的功能介绍。为节省篇幅及避免重复起见，在此就不再赘述。
起始点获取模块11可用于通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向。
视场选取模块12可用于选取所述生物芯片上若干位置的视场。
理论坐标获取模块13可用于通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标。
实际坐标获取模块14可用于通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标。
夹角计算模块15可用于根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角，所述平台用于承载所述生物芯片。
偏移量计算模块16可用于根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量。
视场校准模块17可用于根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
本发明实施例还提供一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现上述任一实施方式中的生物芯片定位方法的步骤。
所述基因测序系统/基因测序仪/计算机设备集成的模块/单元如果以软件功能单元的形式实现并作为独立的产品销售或使用时，可以存储在一个计算机可读取存储介质中。基于这样的理解，本发明实现上述实施方式方法中的全部或部分流程，也可以通过计算机程序来指令相关的硬件来完成，所述的计算机程序可存储于一计算机可读存储介质中，该计算机程序在被处理器执行时，可实现上述各个方法实施例的步骤。其中，所述计算机程序包括计算机程序代码，所述计算机程序代码可以为源代码形式、对象代码形式、可执行文件或某些中间形式等。所述计算机可读存储介质可以包括：能够携带所述计算机程序代码的任何实体或装置、记录介质、U盘、移动硬盘、磁碟、光盘、计算机存储器、只读存储器(ROM，Read-Only Memory)、随机存取存储器(RAM，Random Access Memory)、电载波信号、电信信号以及软件分发介质等。
所称处理器可以是中央处理单元(Central Processing Unit，CPU)，还可以是其他通用处理器、数字信号处理器(Digital Signal Processor，DSP)、专用集成电路(Application Specific Integrated Circuit，ASIC)、现成可编程门阵列(Field-Programmable Gate Array，FPGA)或者其他可编程逻辑器件、分立门或者晶体管逻辑器件、分立硬件组件等。通用处理器可以是微处理器或者该处理器也可以是任何常规的处理器等，所述处理器是所述基因测序系统/基因测序仪的控制中心，利用各种接口和线路连接整个基因测序系统/基因测序仪的各个部分。
所述存储器用于存储所述计算机程序和/或模块，所述处理器通过运行或执行存储在所述存储器内的计算机程序和/或模块，以及调用存储在存储器内的数据，实现所述基因测序系统/基因测序仪的各种功能。所述存储器可主要包括存储程序区和存储数据区，其中，存储程序区可存储操作系统、至少一个功能所需的应用程序(比如声音播放功能、图像播放功能等)等。此外，存储器可以包括高速随机存取存储器，还可以包括非易失性存储器，例如硬盘、内存、插接式硬盘，智能存储卡(Smart Media Card,SMC)，安全数字(SecureDigital,SD)卡，闪存卡(Flash Card)、至少一个磁盘存储器件、闪存器件、或其他易失性固态存储器件。
请参阅图4A、图4B，图4A是本发明实施例提供的生物芯片上视场分布示意图,图4B是将图4A中所示的一个视场放大之后的示意图。如图4A所示，以V1版本生物芯片为例，所述生物芯片900的尺寸约为75mm*25mm。所述生物芯片900被划分为4个测序子区域(用虚线将生物芯片在垂直方向平均分为四块，其中一块即为一个测序子区域)。测序过程使用显微相机对视场910进行拍摄。显微相机的视场910较小，约为768.6μm*648μm。在测序过程中，对生物芯片900可以拍摄多幅视场910。如图4B所示，将图4A的虚线圆圈IV中的一个视场910(黑色填充的部分)放大，所述视场910在水平方向与垂直方向各分布了9条轨迹线911，轨迹线911的交叉点称为轨迹交叉点912。
请参阅图5A、图5B，图5A是本发明实施例提供的水平方向的轨迹线编码示意图，图5B是本发明实施例提供的垂直方向的轨迹线编码示意图。如图5A所示，H(High)表示高位，P(Peg)表示标记位，L(Low)表示低位。最左侧第一列数字0-36表示每一条水平方向轨迹线的编号(行号)，最左侧第二列数字0…01…12…2表示“0”(不包含DNA纳米球)所对应的H位的位置(从右侧数)，最左侧第三列数字0123456…表示“0”(不包含DNA纳米球)所对应的L位的位置(从右侧数)。可以理解的是，所述生物芯片可以按照图5A、图5B所示的0/1矩阵连续循环排布所述轨迹线上的DNA纳米球。一般地，“1”表示所述位点可以吸附DNA纳米球，“0”表示所述位点不可以吸附DNA纳米球。
请参阅图6，图6是本发明实施例提供的生物芯片上轨迹线及轨迹交叉点示意图。如图6所示，图6中的方框点表示所述生物芯片上的位点。其中，中间凸显出来的横竖两排位点形成了本发明所称的轨迹线。所述轨迹线的编码方式可以参照如图5A、图5B中所示的水平方向与垂直方向的轨迹线编码进行。所述轨迹线的编码即为所述位点的排列规则。如图6所示，所述轨迹线上的位点并不是等距排列的，而是中间有些位点被去除了，这就形成了本发明所称的“删除图形”。
请参阅图7，图7是本发明实施例提供的实际生物芯片与平台间存在夹角的示意图。如图7所示，在理想状态下(浅灰色部分表示理想状态下的生物芯片)，所述生物芯片与装载生物芯片的平台920之间不存在夹角。然而在实际状态下(深褐色部分表示实际状态下的生物芯片)，所述生物芯片与所述平台920间存在微小夹角α。选取所述生物芯片上的一个视场，理想状态下视场(浅灰色小方框部分表示理想状态下的视场)的坐标为(xi，yi)，实际状态下视场(深褐色小方框部分表示实际状态下的视场)的坐标为(x’i，y’i)，所述生物芯片的中心(黑色圆点部分)位置在理想状态与实际状态下的坐标均为(xc，yc)，本实施方式中，可以通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的中心的二维坐标。所述视场的理论二维坐标与所述生物芯片的中心位置之间的距离用(dxi,dyi)表示，其中，dxi＝xi-xc，dyi＝yi-yc。已知所述视场的宽为w、高为h，根据所述视场四周的轨迹线确定所述视场位于所述生物芯片900上的第m行、第n列，利用公式1计算所述视场在所述生物芯片900上的理论二维坐标；
根据所述具体行列位置，利用公式1′计算所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m’、n’分别表示所述若干位置的视场在实际状态下位于所述生物芯片的行、列位置，x’i、y’i分别表示所述若干位置的视场的实际横坐标、实际纵坐标。
通过旋转公式2获取所述视场理论二维坐标与所述理想状态下生物芯片中心的距离、所述视场实际二维坐标与所述生物芯片中心的距离以及所述生物芯片与平台920间的夹角三者的关系，如下所示：
因为dxi＝xi-xc，dyi＝yi-yc，将公式2进行转换，得到公式2’，如下所示：
可以理解的是，在所述生物芯片上选取2个视场位置即可完成本发明实施例提供的生物芯片定位方法中的步骤。因而对于公式2’，利用两个视场的方程差得到公式2”，如下所示：
求解得到公式2”’，如下所示：
根据所述生物芯片与平台920间的夹角可以计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量。所述偏移量可以包括所述视场在所述生物芯片上的实际横坐标与理论横坐标的偏移量以及所述视场在所述生物芯片上实际纵坐标与理论纵坐标的偏移量。假设所述视场的偏移量为(Ox,Oy)，则所述视场在所述生物芯片上的实际二维坐标可以用公式3表示
根据所述每个视场的偏移量校准所述平台920在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。可以理解的是，在当前所述视场的信号采集完成后，获取当前所述视场在所述第一方向与所述第二方向上对应的下一所述视场的偏移量；根据下一所述视场的偏移量控制所述平台920在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
请参阅图8，图8是本发明实施例提供的生物芯片上固定位置视场的示意图。如图8所示，在所述生物芯片的两个测序子区域(细黑色虚线将生物芯片在垂直方向平均分为四块区域，其中一块区域即为一个测序子区域)中分别选取两个视场位置，深黑色小方框部分表示在所述生物芯片上选取的四个视场位置。可以理解的是，若四个视场位置的图像获取失败(获取的视场图像不够清晰)，可以选取所述视场的8邻域内的任一视场(灰色小方框部分)代替。
请参阅图9，图9是本发明实施例提供的生物芯片上固定位置视场的另一示意图。如图9所示，以V1版本芯片为例，所述生物芯片尺寸约为75mm*25mm。所述生物芯片被划分为四个测序子区域(细黑色实线将生物芯片在水平方向平均分为四块区域，其中一块区域即为一个测序子区域)，每个测序子区域包含888(24*37)个视场，一个所述视场大小约为768.7μm*648μm。以第一测序子区域(所述生物芯片最左侧的测序子区域)为例，在所述第一测序子区域中选取一个视场(深褐色填充部分)，可以利用公式4获取所述视场与所述生物芯片中心位置的距离：
请参阅图10A，图10A是根据图9提供的固定位置视场的信息获取的所述生物芯片上所有视场的X轴方向的偏移量，图10B是根据图9提供的固定位置视场的信息获取的所述生物芯片上所有视场的Y轴方向的偏移量。如图10A所示，横轴表示所述视场的位置信息，纵轴表示所述视场的X轴方向的偏移量。如图10B所示，横轴表示所述视场的位置信息，纵坐标表示所述视场的Y轴方向的偏移量。
在本发明所提供的几个具体实施方式中，应该理解到，所揭露的终端和方法，可以通过其它的方式实现。例如，以上所描述的系统实施方式仅仅是示意性的，例如，所述模块的划分，仅仅为一种逻辑功能划分，实际实现时可以有另外的划分方式。
对于本领域技术人员而言，显然本发明实施例不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本发明实施例的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本发明实施例。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本发明实施例的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化涵括在本发明实施例内。不应将权利要求中的任何附图标记视为限制所涉及的权利要求。系统、装置或终端权利要求中陈述的多个单元、模块或装置也可以由同一个单元、模块或装置通过软件或者硬件来实现。
以上实施方式仅用以说明本发明实施例的技术方案而非限制，尽管参照以上较佳实施方式对本发明实施例进行了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明实施例的技术方案进行修改或等同替换都不应脱离本发明实施例的技术方案的精神和范围。

Claims (10)

1.一种生物芯片定位方法，其特征在于，所述生物芯片定位方法包括：
通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向；
选取所述生物芯片上若干位置的视场；
通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；
通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角，所述平台用于承载所述生物芯片；
根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；
根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
2.根据权利要求1所述的生物芯片定位方法，其特征在于，所述轨迹线由多个DNA纳米球按照预设规则直线排列形成，所述第一组轨迹线与所述第二组轨迹线形成删除图形。
3.根据权利要求2所述的生物芯片定位方法，其特征在于，所述通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标包括：
根据所述若干位置的视场四周的所述轨迹线确定所述若干位置的视场的具体行列位置；
根据所述具体行列位置，利用公式1计算所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m、n分别表示所述若干位置的视场在理想状态下位于所述生物芯片的行、列位置，xi、yi分别表示所述若干位置的视场的理论横坐标、理论纵坐标。
4.根据权利要求3所述的生物芯片定位方法，其特征在于，所述通过所述识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标包括：
根据所述具体行列位置，利用公式1′计算所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
其中，w、h分别为所述若干位置的视场的宽、高，m’、n’分别表示所述若干位置的视场在实际状态下位于所述生物芯片的行、列位置，x’i、y’i分别表示所述若干位置的视场的实际横坐标、实际纵坐标。
5.根据权利要求4所述的生物芯片定位方法，其特征在于，所述通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角包括：
通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片中心的二维坐标；
获取所述若干位置的视场在理想状态下与所述生物芯片中心的距离以及所述若干位置的视场在实际状态下与所述生物芯片中心的距离；
通过旋转公式2获取所述若干位置的视场在理想状态下与所述生物芯片中心的距离、所述若干位置的视场在实际状态下与所述生物芯片中心的距离以及所述生物芯片与平台间的夹角三者的关系；
其中，(xc,yc)为所述生物芯片中心的二维坐标，x’i、y’i分别表示所述视场的实际横坐标、实际纵坐标，α表示所述生物芯片与平台间的夹角；
根据旋转公式2计算所述生物芯片与平台间的夹角。
6.根据权利要求5所述的生物芯片定位方法，其特征在于，所述偏移量包括所述视场在所述生物芯片上的实际横坐标与理论横坐标的偏移量以及所述视场在所述生物芯片上实际纵坐标与理论纵坐标的偏移量。
7.根据权利要求6所述的生物芯片定位方法，其特征在于，所述根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离包括：
在当前所述视场的信号采集完成后，获取当前所述视场在所述第一方向与所述第二方向上对应的下一所述视场的偏移量；
根据下一所述视场的偏移量控制所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
8.一种基因测序系统，其特征在于，所述基因测序系统包括：
起始点获取模块，用于通过识别删除图形的方法获取所述生物芯片的起始点位置，所述生物芯片上设置有在第一方向上平行分布的第一组轨迹线及在第二方向上平行分布的第二组轨迹线，所述第一方向垂直于所述第二方向；
视场选取模块，用于选取所述生物芯片上若干位置的视场；
理论坐标获取模块，用于通过识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的理论二维坐标；
实际坐标获取模块，用于通过识别删除图形的方法获取所述若干位置的视场在所述生物芯片上的实际二维坐标；
夹角计算模块，用于根据所述理论二维坐标与所述实际二维坐标，通过旋转公式计算出所述生物芯片与平台间的夹角，所述平台用于承载所述生物芯片；
偏移量计算模块，用于根据所述生物芯片与平台间的夹角计算出所述生物芯片上每个视场的偏移量；
视场校准模块，用于根据所述每个视场的偏移量校准所述平台在所述第一方向与所述第二方向上需要移动的实际距离。
9.一种基因测序仪，其特征在于，所述基因测序仪包括处理器，所述处理器用于执行存储器中存储的计算机程序时实现如权利要求1-7任意一项所述的生物芯片定位方法的步骤。
10.一种非易失性计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，其特征在于，所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1-7任意一项所述的生物芯片定位方法的步骤。
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Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111257296A (zh) * 2020-03-20 2020-06-09 京东方科技集团股份有限公司 一种检测生物芯片样本的方法、装置及存储介质
CN112082480A (zh) * 2020-09-08 2020-12-15 浙江清华柔性电子技术研究院 芯片的空间取向的测量方法、系统、电子装置和存储介质
WO2022178653A1 (zh) * 2021-02-23 2022-09-01 京东方科技集团股份有限公司 生物芯片图像的分析方法及装置、计算机设备和存储介质
CN116437217A (zh) * 2023-06-13 2023-07-14 深圳太古语科技有限公司 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪

Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004077284A (ja) * 2002-08-19 2004-03-11 Yokogawa Electric Corp 繰り返し構造を有する物体の位置測定方法
CN1604294A (zh) * 2004-09-10 2005-04-06 华中科技大学 集成电路芯片视觉对准方法
US20060176492A1 (en) * 2005-02-10 2006-08-10 Tsung-Kai Chuang Positioning method for biochip
WO2009100728A1 (en) * 2008-02-12 2009-08-20 Trimble Ab Determining coordinates of a target in relation to a survey instruments having a camera
US20110081098A1 (en) * 2009-10-06 2011-04-07 Samsung Electronics Co., Ltd. Method of correcting distortion of scanned image
CN102354086A (zh) * 2011-09-29 2012-02-15 合肥芯硕半导体有限公司 一种精密移动平台的正交性实时标定方法
CN104463833A (zh) * 2013-09-22 2015-03-25 大族激光科技产业集团股份有限公司 一种标定一维面阵相机组相机参数的方法和系统
CN105590079A (zh) * 2015-12-23 2016-05-18 上海百傲科技股份有限公司 一种多张生物芯片透射信号连续自动识读的方法及设备
CN107103587A (zh) * 2017-06-05 2017-08-29 新疆大学 一种生物芯片图像倾斜的校正方法及装置
CN107452006A (zh) * 2017-08-11 2017-12-08 哈尔滨工业大学 基于编码镜头的芯片元件定位方法
CN107766855A (zh) * 2017-10-25 2018-03-06 南京阿凡达机器人科技有限公司 基于机器视觉的棋子定位方法、系统、存储介质及机器人

Patent Citations (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2004077284A (ja) * 2002-08-19 2004-03-11 Yokogawa Electric Corp 繰り返し構造を有する物体の位置測定方法
CN1604294A (zh) * 2004-09-10 2005-04-06 华中科技大学 集成电路芯片视觉对准方法
US20060176492A1 (en) * 2005-02-10 2006-08-10 Tsung-Kai Chuang Positioning method for biochip
WO2009100728A1 (en) * 2008-02-12 2009-08-20 Trimble Ab Determining coordinates of a target in relation to a survey instruments having a camera
US20110081098A1 (en) * 2009-10-06 2011-04-07 Samsung Electronics Co., Ltd. Method of correcting distortion of scanned image
CN102354086A (zh) * 2011-09-29 2012-02-15 合肥芯硕半导体有限公司 一种精密移动平台的正交性实时标定方法
CN104463833A (zh) * 2013-09-22 2015-03-25 大族激光科技产业集团股份有限公司 一种标定一维面阵相机组相机参数的方法和系统
CN105590079A (zh) * 2015-12-23 2016-05-18 上海百傲科技股份有限公司 一种多张生物芯片透射信号连续自动识读的方法及设备
CN107103587A (zh) * 2017-06-05 2017-08-29 新疆大学 一种生物芯片图像倾斜的校正方法及装置
CN107452006A (zh) * 2017-08-11 2017-12-08 哈尔滨工业大学 基于编码镜头的芯片元件定位方法
CN107766855A (zh) * 2017-10-25 2018-03-06 南京阿凡达机器人科技有限公司 基于机器视觉的棋子定位方法、系统、存储介质及机器人

Cited By (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111257296A (zh) * 2020-03-20 2020-06-09 京东方科技集团股份有限公司 一种检测生物芯片样本的方法、装置及存储介质
CN111257296B (zh) * 2020-03-20 2023-04-11 京东方科技集团股份有限公司 一种检测生物芯片样本的方法、装置及存储介质
CN112082480A (zh) * 2020-09-08 2020-12-15 浙江清华柔性电子技术研究院 芯片的空间取向的测量方法、系统、电子装置和存储介质
WO2022178653A1 (zh) * 2021-02-23 2022-09-01 京东方科技集团股份有限公司 生物芯片图像的分析方法及装置、计算机设备和存储介质
CN116437217A (zh) * 2023-06-13 2023-07-14 深圳太古语科技有限公司 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪
CN116437217B (zh) * 2023-06-13 2023-08-18 深圳太古语科技有限公司 基因测序芯片的拍摄方法及基因测序仪

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