CN116334269B - 一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对m3 - Google Patents
一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对m3 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116334269B CN116334269B CN202210881020.9A CN202210881020A CN116334269B CN 116334269 B CN116334269 B CN 116334269B CN 202210881020 A CN202210881020 A CN 202210881020A CN 116334269 B CN116334269 B CN 116334269B
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- actinidia arguta
- molecular marker
- actinidia
- primer pair
- specific primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 244000298800 Actinidia arguta Species 0.000 title claims abstract description 48
- 235000016416 Actinidia arguta Nutrition 0.000 title claims abstract description 45
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title claims abstract description 19
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims abstract description 3
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 abstract description 14
- 238000009395 breeding Methods 0.000 abstract description 5
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 abstract description 5
- 238000012214 genetic breeding Methods 0.000 abstract description 2
- 230000010196 hermaphroditism Effects 0.000 abstract description 2
- 238000000034 method Methods 0.000 description 7
- 241000219068 Actinidia Species 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 3
- 244000298697 Actinidia deliciosa Species 0.000 description 2
- 235000009436 Actinidia deliciosa Nutrition 0.000 description 2
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical class [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 1
- 206010010774 Constipation Diseases 0.000 description 1
- 208000031226 Hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 240000008866 Ziziphus nummularia Species 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 235000013325 dietary fiber Nutrition 0.000 description 1
- 238000007865 diluting Methods 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 235000019634 flavors Nutrition 0.000 description 1
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 150000004676 glycans Chemical class 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000035764 nutrition Effects 0.000 description 1
- 230000000050 nutritive effect Effects 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 1
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 1
- 238000012257 pre-denaturation Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 230000017260 vegetative to reproductive phase transition of meristem Effects 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Botany (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域，公开了一种用于软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对M3，引物序列如SEQ ID NO.1和2所示，分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。利用本发明提供的特异性引物能够快速准确地区分软枣猕猴桃的雌株和雄株，对软枣猕猴桃的性别进行鉴定。由于软枣猕猴桃属于雌雄异株，童期漫长，需要5~7年才能分辨性别。利用该特异性引物对软枣猕猴桃早期幼苗的性别鉴定能够大量节约育种成本，并且操作简单，成本低廉，稳定性好，具有很大的应用潜力和较高的经济价值。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学及遗传育种领域，具体涉及一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对M3。
背景技术
猕猴桃(Actinidia)因其风味独特、营养丰富深受消费者喜爱。软枣猕猴桃(Actinidia arguta)则是猕猴桃属近年来中发展最为迅速的新兴栽培品种。软枣猕猴桃果实大小与枣相似，果皮光滑可食用，具有丰富的膳食纤维、维生素、多糖等营养价值。另外，它也是一种药食同源的植物，对缓解便秘、高血压、高血脂等慢性疾病都有很好的效果。猕猴桃属植物都属于雌雄异株，但是作为果树类经济作物，雄株的培育价值和生产需求要远远小于雌株。尤其在育种过程中，实生后代漫长的童期(5-7年)使得育种家因为无法快速分辨幼苗的性别而对无法结果的雄株投入大量的人力物力等育种成本，造成了资源的浪费。因此，开发用于软枣猕猴桃幼苗早期性别鉴定的标记或方法迫在眉睫。
已有研究人员在猕猴桃属中尝试开发性别鉴定的分子标记，例如申请号为2014105250145、201410524999X、2014105230438、202010136148、202110969916的相关技术，但是这些技术主要适用于猕猴桃属内的其他物种或中间杂交群体。软枣猕猴桃由于其自身复杂的倍性和遗传背景并没有很好的通用性，难以满足软枣猕猴桃育种工作的需求。因此，开发一种针对软枣猕猴桃早期性别鉴定的方法辅助软枣猕猴桃育种具有重要的现实意义。
发明内容
本发明的目的在于提供一种软枣猕猴桃性别鉴定的特异性分子标记及其引物对M3，能够在软枣猕猴桃幼苗期或非开花挂果期快速地将雄性和雌性软枣猕猴桃植株区分开来，操作简单，重复性好，准确度高。
为了达到上述目的，本发明采用以下技术方案：
发明人收集了不同地理来源的88份软枣猕猴桃种质资源作为实验材料，通过对这些样品进行全基因组重测序，比对参考基因组，SNP筛选以及与性别的全基因组关联分析，得到了可能的性别关联位点，结合基因注释结果，在软枣猕猴桃雌、雄样本差异区段设计特异性引物，开发雌雄性别鉴定的特异标记。
一种用于软枣猕猴桃性别鉴定的试剂盒，所述试剂盒含有用于扩增SEQ ID NO.3所示分子标记的引物对，引物对序列如SEQ ID NO.1-2所示。
用于软枣猕猴桃性别鉴定的引物对，所述引物对可扩增SEQ ID NO.3所示分子标记，利用所述的引物在雄性软枣猕猴桃中可扩增出DNA条带，在雌性软枣猕猴桃中无法扩增出DNA条带，引物对序列如SEQ ID NO.1-2所示。
本发明的有益效果在于：本发明提供的分子标记可将软枣猕猴桃雄性植株和雌性植株准确区分开，操作简单、重现性好、准确度高，有效克服软枣猕猴桃植株童期用表型鉴定方法无法准确鉴定区分软枣猕猴桃性别的缺点。
附图说明
图1为实施例2中利用本发明提供的分子标记引物对M3在软枣猕猴桃雌性和雄性样本中扩增出的PCR产物的电泳结果图。
具体实施方式
本发明所述技术方案，如未特别说明，均为本领域的常规方案；所述试剂或材料，如未特别说明，均来源于商业或公开的渠道。
实施例1：用于软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记引物的获得
申请人收集了不同地理来源的88份软枣猕猴桃种质资源作为实验材料，其中雄株40个，雌株48个。利用改良的CTAB法对收集到的种质提取基因组DNA，然后利用Illumina测序技术平台进行全基因组重测序。将测序得到的二代短序列数据过滤后比对到软枣猕猴桃的参考基因组进行单核苷酸多态性(SNP)检测和筛选并与性别进行全基因组关联分析，得到了可能的性别关联区域。根据雌雄群体在性别关联区域的二代数据覆盖深度差异，对位于性别关联区域内的差异区域的基因设计大片段引物，开发雌雄性别鉴定的特异性标记。最终得到软枣猕猴桃雄性特异性分子标记引物M3可准确鉴定出软枣猕猴桃雄性和雌性植株。
用于PCR扩增软枣猕猴桃雄性特异性分子标记的引物对M3，其正向引物序列为:5'-TGACTGAGGGAGTGGACGAAT-3'，如序列表中SEQ ID NO.1所示；反向引物序列为:5'-ATGGCACGCTAGATCAAGGAC-3'，如序列表中SEQ ID NO.2所示。扩增出的特异性分子标记的序列如SEQ ID NO.3所示，长度为929bp。
实施例2：分子标记引物在软枣猕猴桃早期性别鉴定中的应用
(1)按照改良的CTAB法提取48个软枣猕猴桃植株样品的DNA，其中雄株24个，雌株24个，用1.2％琼脂糖凝胶电泳和Nanodrop分光光度计检测DNA质量和浓度，将DNA浓度稀释为25ng/μL备用；
(2)PCR反应体系按20μL计为：
| DNA模板(25ng/μL) | 2μL |
| 引物F(10μM) | 1μL |
| 引物R(10μM) | 1μL |
| 2x Taq PCR Mix预混液 | 10μL |
| 无菌水 | 6μL |
PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸30s，共30个循环；最后72℃延伸10min，10℃保存。得到的PCR产物在1.2％的琼脂糖凝胶电泳分离。
利用引物对M3扩增软枣猕猴桃雄性和雌性样本的PCR产物的电泳结果如图1所示，雄性样本中含有特异性分子标记，在929bp出现DNA条带，雌性样本中在929bp未出现条带。
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之作一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
Claims (3)
1.分子标记在软枣猕猴桃性别鉴定中的应用，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，雄性软枣猕猴桃中含有所述的分子标记，雌性软枣猕猴桃中不含有所述的分子标记。
2.试剂盒在软枣猕猴桃性别鉴定中的应用，其特征在于，所述试剂盒含有序列如SEQID NO.1-2所示的引物对，利用所述的引物对在雄性软枣猕猴桃中可扩增出DNA条带，在雌性软枣猕猴桃中无法扩增出DNA条带。
3.引物对在软枣猕猴桃性别鉴定中的应用，其特征在于，所述引物对如SEQ ID NO.1-2所示，利用所述的引物在雄性软枣猕猴桃中可扩增出DNA条带，在雌性软枣猕猴桃中无法扩增出DNA条带。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210881020.9A CN116334269B (zh) | 2022-07-22 | 2022-07-22 | 一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对m3 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202210881020.9A CN116334269B (zh) | 2022-07-22 | 2022-07-22 | 一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对m3 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN116334269A CN116334269A (zh) | 2023-06-27 |
| CN116334269B true CN116334269B (zh) | 2024-04-16 |
Family
ID=86893500
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202210881020.9A Active CN116334269B (zh) | 2022-07-22 | 2022-07-22 | 一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对m3 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN116334269B (zh) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20100112500A (ko) * | 2009-04-09 | 2010-10-19 | 대한민국(농촌진흥청장) | 다래에서 유래된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 |
| CN109609686A (zh) * | 2019-01-31 | 2019-04-12 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 软枣猕猴桃幼苗性别早期鉴定分子标记及其应用 |
-
2022
- 2022-07-22 CN CN202210881020.9A patent/CN116334269B/zh active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20100112500A (ko) * | 2009-04-09 | 2010-10-19 | 대한민국(농촌진흥청장) | 다래에서 유래된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 |
| CN109609686A (zh) * | 2019-01-31 | 2019-04-12 | 中国农业科学院郑州果树研究所 | 软枣猕猴桃幼苗性别早期鉴定分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| Genome-wide DNA polymorphisms in four Actinidia arguta genotypes based on whole-genome re-sequencing;Miaomiao Lin 等;Plos One;20200410;第15卷(第4期);第1-18页 * |
| 猕猴桃性别分子标记在软枣猕猴桃中的通用性验证;郭丹丹等;果树学报;20191231;第36卷(第5期);第549-556页 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN116334269A (zh) | 2023-06-27 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN106755481B (zh) | 一种鉴定嘎拉苹果后代植株的ssr分子标记vi及其应用 | |
| CN112080582B (zh) | 一种与小麦穗长主效qtl位点紧密连锁的kasp分子标记及其应用 | |
| CN109609686B (zh) | 软枣猕猴桃幼苗性别早期鉴定分子标记及其应用 | |
| CN111961750A (zh) | 检测番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty-1的KASP引物及其应用 | |
| CN116426678B (zh) | 与番木瓜果肉果糖含量相关的snp分子标记及应用 | |
| CN111961749A (zh) | 检测番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty-3和Ty-3a的KASP引物及其应用 | |
| CN116622876B (zh) | 与番木瓜果肉维生素c含量相关的单倍型分子标记及应用 | |
| CN113604596A (zh) | 检测黄瓜小西葫芦黄化花叶病毒病抗病基因zym的KASP引物及其应用 | |
| CN108977563B (zh) | 基于萝卜全基因组序列开发的ssr核心引物组及其应用 | |
| CN110273020B (zh) | 用于区分柑橘夏橙和普通甜橙的snp分子标记及应用 | |
| CN116334269B (zh) | 一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及其特异性引物对m3 | |
| CN114752702B (zh) | 一种与油菜钙含量性状QTL紧密连锁的分子标记BnCa-2C2及其应用 | |
| CN115838790B (zh) | 一种软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记及特异性引物对m4的应用 | |
| CN113462813B (zh) | 与梨果皮红色性状连锁的位点、分子标记及其应用 | |
| CN114703316A (zh) | 番茄ps-2基因的KASP标记开发及应用 | |
| CN113444829B (zh) | 一种小麦脱水速率相关的分子标记及其应用 | |
| CN117512203B (zh) | 一种与番木瓜果实宽度相关的分子标记、方法及应用 | |
| CN113481318B (zh) | 检测黄瓜白粉病抗病基因mlo的KASP引物及其应用 | |
| CN114369674B (zh) | 一种与印度南瓜短蔓基因CmDw-1连锁的SNP标记及其引物、试剂盒与应用 | |
| CN116024372B (zh) | 一种快速鉴别大豆抗旱性的dCAPS分子标记及其应用 | |
| CN116179732A (zh) | 小麦株高和茎秆蔗糖含量TaSPP1-5A分子标记 | |
| Gauchan et al. | Molecular characterization of Nepali potato cultivars using Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers | |
| CN117925889A (zh) | 一种用于鉴定山桐子含油率的InDel分子标记及其应用 | |
| CN115449559A (zh) | 用于软枣猕猴桃性别鉴定的分子标记引物及应用 | |
| CN116254363A (zh) | 一种可预示和鉴定西瓜果形以及畸形果的分子标记及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |