CN116287310B - 一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法 - Google Patents

一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法 Download PDF

Info

Publication number
CN116287310B
CN116287310B CN202310252633.0A CN202310252633A CN116287310B CN 116287310 B CN116287310 B CN 116287310B CN 202310252633 A CN202310252633 A CN 202310252633A CN 116287310 B CN116287310 B CN 116287310B
Authority
CN
China
Prior art keywords
egg
yield
locus
molecular marker
genotype
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202310252633.0A
Other languages
English (en)
Other versions
CN116287310A (zh
Inventor
孙从佼
杨宁
仲从豪
代大庆
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
China Agricultural University
Original Assignee
China Agricultural University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by China Agricultural University filed Critical China Agricultural University
Priority to CN202310252633.0A priority Critical patent/CN116287310B/zh
Publication of CN116287310A publication Critical patent/CN116287310A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN116287310B publication Critical patent/CN116287310B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02PCLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P60/00Technologies relating to agriculture, livestock or agroalimentary industries
    • Y02P60/80Food processing, e.g. use of renewable energies or variable speed drives in handling, conveying or stacking
    • Y02P60/87Re-use of by-products of food processing for fodder production

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供了一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法,属于基因检测技术领域。本发明所述分子标记模块是2个SNP位点的组合;所述SNP位点为rs731112569位点和rs316933724位点。本发明将所述分子标记模块用于筛选高产蛋个体,更加精准地提高蛋鸡总产蛋量,可应用于产蛋量的早期选择及标记辅助选择,有助于节省生产成本并加快遗传进展,具有很大的经济应用价值和科研价值。

Description

一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选 方法
技术领域
本发明涉及基因检测技术领域,具体涉及一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法。
背景技术
产蛋性状一直是家禽育种的重要性状,包括产蛋量、产蛋率、蛋重等。而产蛋量作为最重要的产蛋性状已经在蛋鸡的育种实践中得到巨大的提升,高产蛋鸡在高峰期可以达到几乎一天产一个的水平。而对于肉鸡或中国地方品种而言,对产蛋量的提升仍有巨大的空间。因此,筛选高产蛋量鸡有重要意义。
目前,筛选高产蛋量鸡的方法仅为观察方法,如母鸡的采食、鸣叫、鸡冠和肉髯的大小及颜色、羽毛状况、交配次数的多少、泄殖腔的形态、耻骨间距的大小等。但是此种方法筛选的高产蛋量鸡误差较大。因此,亟需发明一种准确筛选高产蛋量鸡的方法。
发明内容
本发明的目的在于提供一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法,可以更加精准地筛选高产蛋量的鸡个体。
为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:
本发明提供了一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块,所述分子标记模块是2个SNP位点的组合;所述SNP位点为rs731112569位点和rs316933724位点。
优选的,所述rs731112569位点位于鸡1号染色体第79896566位置,碱基为T/C;所述rs316933724位点位于5号染色体第54522894位置,碱基为C/T。
本发明还提供了上述分子标记模块在筛选高产蛋量鸡中的应用。
本发明还提供了上述分子标记模块对高产蛋量鸡的筛选方法,包括:提取鸡样本DNA,检测所述SNP位点的基因型,根据基因型进行个体选择。
优选的,当所述rs731112569位点的基因型为TT,同时所述rs316933724位点的基因型为CC时,判断为高产蛋量个体。
优选的,所述检测基因型采用基因分型芯片。
优选的,所述样本为血液。
相对于现有技术,本发明具有如下有益效果:
本发明提供了一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块,所述分子标记模块是2个SNP位点的组合;所述SNP位点为rs731112569位点和rs316933724位点。本发明将所述分子标记模块用于筛选高产蛋个体,更加精准地提高蛋鸡总产蛋量,可应用于产蛋量的早期选择及辅助于鸡的育种,能够有助于节省生产成本并加快遗传进展,具有很大的经济应用价值和科研价值。
具体实施方式
本发明提供了一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块,所述分子标记模块是2个SNP位点的组合;所述SNP位点为rs731112569位点和rs316933724位点。
在本发明中,所述SNP位点对应于NCBI中公布的鸡参考基因组Gallus_gallus-6.0版本序列信息1号染色体正义链第79896566位脱氧核苷酸,所述核苷酸为T/C,以及5号染色体正义链第54522894位脱氧核苷酸,所述核苷酸为C/T。
本发明所述产蛋量为母鸡于开产至72周龄的累计产鸡蛋数量。
本发明还提供了上述分子标记模块在筛选高产蛋量鸡中的应用。
本发明还提供了上述分子标记模块对高产蛋量鸡的筛选方法,包括:提取鸡样本DNA,检测所述SNP位点的基因型,根据基因型进行个体选择。
在本发明中,当所述rs731112569位点的基因型为TT,同时所述rs316933724位点的基因型为CC时,判断为高产蛋量个体。本发明检测1483只白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体,测定每个个体开产至72周龄的累计产蛋量,实验结果表明,同时具有1号染色体rs731112569(TT)和5号染色体rs316933724(CC)基因型的蛋鸡具有高产蛋量。
本发明对所述基因型检测方法没有特殊限定,采用本领域常规方法即可。作为一种可实施方式,所述检测基因型采用基因分型芯片。
在本发明中,所述样本优选为血液。
下面将结合本发明中的实施例,对本发明中的技术方案进行清楚、完整地描述。显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例1
SNP位点与产蛋量相关性的确认
1、产蛋量测定
测定1483只白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体开产至72周龄的累计产蛋量。
2、SNP的检测
(1)基因组DNA提取
鸡翅静脉采血,ACD抗凝剂(1.32%(m/v)柠檬酸钠、0.48%(m/v)柠檬酸、1.47%(m/v)葡萄糖)抗凝后经裂解、蛋白酶(购自生工生物工程(上海)股份有限公司)消化处理,采用酚仿法提取DNA,灭菌双蒸水溶解。
(2)基因分型
取各待测鸡的基因组DNA,采用美国昂飞公司的600KAffymetrix Axiom ChickenGenotypingArray(商品目录号:902148)检测每个个体的基因型。
3、母鸡产鸡蛋性状全基因组关联分析
采用genome-wide efficientmixed-model association(GEMMA)统计分析软件的混合线性模型进行统计分析,具体可参考:“Genome-wide efficient mixed-modelanalysis for association studies”,Xiang Zhou et al.,Nature Genetics,VOLUME44,NUMBER 7,JULY2012,以及“Efficientmultivariate linearmixed model algorithmsforgenome-wide association studies”,“Krina TZondervan and Lon R Cardon,PROTOCOL,VOLUME 2,NUMBER 10,OCTOBER,2012”。
统计分析模型为:
y=Wa+xβ+μ+ε 公式(1);
其中,y代表个体表型值;W代表协变量;a代表对应系数;x代表SNP基因型;β代表对应的SNP效应;μ代表剩余多基因效应;ε代表剩余残差效应。
数据分析采用GeneTitan(美国昂飞公司产品)基因芯片自动处理系统进行分析,对数据进行分析的软件为Affymetrix PowerTools。
结果表明,1号染色体79896566位置SNP位点与5号染色体54522894位置SNP位点均显著与72周总产蛋量相关。
实施例2
F2代个体rs731112569T/C基因型和rs316933724C/T基因型与产蛋量的关联分析
1、实验材料:1483只白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体。
测定每个个体开产至72周龄的累计产蛋量。
2、SNP的检测
(1)基因组DNA提取
鸡翅静脉采血,ACD抗凝剂抗凝后经裂解、蛋白酶消化处理,采用酚仿法提取DNA,灭菌双蒸水溶解。
(2)基因型确定
取基因组DNA,采用美国昂飞公司的600KAffymetrixAxiom ChickenGenotypingArray(商品目录号902148)检测每个个体的基因型。
结果见表1和表2。
表1位点rs731112569T/C基因型在F2群体中的分布。
从表1结果可以看出,TT基因型为实验群体优势基因型。
表2位点rs316933724C/T基因型在F2群体中的分布
从表2结果可以看出,CC基因型为实验群体优势基因型。
3、基因型组合与72周总产蛋量关联分析
将两个分子标记rs731112569与rs316933724的基因型进行组合,统计不同组合下的72周总产蛋量。其中平均数的计算方法为将同一基因型个体产蛋量求和,除以此基因型个体数量。
结果见表3。
表3不同基因型组合个体的72周累计产蛋量
从表3可以看出,同时具有1号染色体rs731112569(TT)和5号染色体rs316933724(CC)基因型的蛋鸡具有高产蛋量,统计了从开产到72周的总产蛋量相较均值高出9.12个。
综上,本发明采用rs731112569位点和rs316933724位点用于筛选高产蛋个体,能更加精准地提高蛋鸡总产蛋量,可应用于产蛋量的早期选择及辅助于鸡的育种,能够有助于节省生产成本并加快遗传进展,具有很大的经济应用价值和科研价值。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

Claims (4)

1.一种分子标记模块在筛选高产蛋量鸡中的应用,其特征在于,所述分子标记模块是2个SNP位点的组合;所述SNP位点为rs731112569位点和rs316933724位点;所述筛选高产蛋量鸡的样本为白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体;
所述rs731112569位点位于鸡1号染色体第79896566位置,碱基为T/C;所述rs316933724位点位于5号染色体第54522894位置,碱基为C/T;
当所述rs731112569位点的基因型为TT,同时所述rs316933724位点的基因型为CC时,判断为高产蛋量个体。
2.一种分子标记模块对高产蛋量鸡的筛选方法,其特征在于,包括:提取鸡样本DNA,检测SNP位点的基因型,根据基因型进行个体选择;所述SNP位点为rs731112569位点和rs316933724位点;所述鸡样本为白来航蛋鸡与东乡绿壳蛋鸡杂交F2代个体;
所述rs731112569位点位于鸡1号染色体第79896566位置,碱基为T/C;所述rs316933724位点位于5号染色体第54522894位置,碱基为C/T;
当所述rs731112569位点的基因型为TT,同时所述rs316933724位点的基因型为CC时,判断为高产蛋量个体。
3.根据权利要求2所述的筛选方法,其特征在于,采用基因分型芯片检测所述SNP位点的基因型。
4.根据权利要求2所述的筛选方法,其特征在于,所述样本为血液。
CN202310252633.0A 2023-03-16 2023-03-16 一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法 Active CN116287310B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310252633.0A CN116287310B (zh) 2023-03-16 2023-03-16 一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310252633.0A CN116287310B (zh) 2023-03-16 2023-03-16 一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN116287310A CN116287310A (zh) 2023-06-23
CN116287310B true CN116287310B (zh) 2024-01-30

Family

ID=86835622

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202310252633.0A Active CN116287310B (zh) 2023-03-16 2023-03-16 一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN116287310B (zh)

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110055342A (zh) * 2019-05-28 2019-07-26 广西大学 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用
CN114317772A (zh) * 2021-12-31 2022-04-12 中国农业大学 一种用于鉴定鸡高产性能的分子标记及其应用
CN114941033A (zh) * 2022-05-24 2022-08-26 贵州大学 一种基于snp位点辅助培育地方优质白羽鸡高产蛋品系的方法

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2543786A1 (en) * 2003-10-24 2005-05-06 Mmi Genomics, Inc. Methods and systems for inferring traits to manage non-beef livestock

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110055342A (zh) * 2019-05-28 2019-07-26 广西大学 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用
CN114317772A (zh) * 2021-12-31 2022-04-12 中国农业大学 一种用于鉴定鸡高产性能的分子标记及其应用
CN114941033A (zh) * 2022-05-24 2022-08-26 贵州大学 一种基于snp位点辅助培育地方优质白羽鸡高产蛋品系的方法

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"A Genome-Wide SNP Scan Reveals Novel Loci for Egg Production and Quality Traits in White Leghorn and Brown-Egg Dwarf Layers";Wenbo Liu等;《Plos One》;第6卷(第12期);e28600 第1-8页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN116287310A (zh) 2023-06-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108251539B (zh) 一种与鸡屠体性状相关的snp标记及其应用、检测引物、检测试剂盒
CN107338317B (zh) 一种与鸡蛋蛋壳强度性状相关的分子标记及其应用
CN105349637A (zh) 一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记及其应用
CN107447009B (zh) 一种与鸡饲料利用效率性状相关的分子标记及其应用
CN110951889B (zh) 与鸡体重性状相关的单倍型分子标记及应用
CN112002371A (zh) 一种白羽肉鸡剩余采食量的基因组选择方法
CN110358839B (zh) 与猪饲料转化率相关的gckr基因的snp分子遗传标记
KR101295288B1 (ko) 돼지의 육질 진단을 위한 마커
CN110295236B (zh) 猪饲料转化率的snp分子遗传标记
CN115927649A (zh) 与鸡腹脂率相关的snp遗传标记及其应用
CN106011259B (zh) 多浪羊snp标记及其筛选方法与应用
CN117070638B (zh) 与鸡产蛋期体增重相关的snp遗传标记在鸡遗传育种中的应用
CN111370058B (zh) 一种基于全基因组snp信息追溯水牛血统来源以及进行基因组选配的方法
CN116287310B (zh) 一种蛋鸡产蛋量的分子标记模块及其对高产蛋量鸡的筛选方法
US20240043912A1 (en) Genomic selection (gs) breeding chip of huaxi cattle and use thereof
CN116200506B (zh) 一种与鸡蛋蛋重相关的snp分子标记组合及其应用
CN116144796A (zh) 一种与鸡蛋蛋壳重相关的snp分子模块及其应用
Hamoen et al. Detection of genes on the Z-chromosome affecting growth and feathering in broilers
EP2069531A2 (en) Qtls for mastitis resistance in cattle
CN116179714A (zh) 一种与鸡屠宰和肉质性状相关的分子标记及优质、屠宰加工型新品系选育方法
CN113355427B (zh) 一种与猪背膘厚相关的snp标记及其利用方法
CN114231645A (zh) 一种与鸡黑色腹膜性状相关的snp分子标记及应用
CN110628916B (zh) 一种用于检测瘦肉型肉鸭的复合分子标记及其应用
CN115851962B (zh) 一种与鸡的腹脂重性状相关的分子标记及其应用
Kim et al. Prediction of genes related to positive selection using whole-genome Resequencing in three commercial pig breeds

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant