CN110055342A - 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种与广西麻鸡产蛋量相关的CALM1基因分子标记，所述分子标记的名称为rs314448799，可用SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的引物对通过PCR实验扩增，所扩增得到的序列如SEQ ID NO:3所示，所述分子标记位于SEQ ID NO:3所示序列的第88bp位点处，该位点具有CC、CT、TT三种基因型。通过对该分子标记进行快速鉴定，可以快速筛选出高产蛋量的广西麻鸡个体，与传统育种方法相比，具有选育进程快、选育准确性高等特点。
Description
技术领域
本发明涉及家禽育种技术领域，具体涉及一种与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用。
背景技术
产蛋性能是鸡重要的经济性状，产蛋量的高低直接影响企业的经济效益，因此，提高产蛋量一直是重要的育种目标。
广西麻鸡是广西优良的地方品种，2009年通过了国家畜禽遗传资源委员会的鉴定。该品种具有“一麻、两细、三短”。一麻是指母鸡体羽以棕黄麻羽为主；两细是指头细、胫细；三短是指颈短、体躯短、胫短。公鸡头昂尾翘，片状羽，羽色以棕红为主，其次为棕黄色或红褐色。广西麻鸡是广西优良的地方鸡品种，但产蛋量较低，这严重影响该品种的应用和推广。
家禽生产性能高低的最主要经济性状之一就是繁殖性状，然而其是由多基因控制的数量性状，受多种内外因素影响，利用传统的选育方法，国内外已经成功地培育了大量的畜禽品种。但是，传统育种主要凭借育种经验依据表型对后代进行选择，无法对目标基因的基因型进行直接选择。因此，选择效率和准确性较低。常规的选育方案已经使家禽的生产性能近乎到了极限，培育进展缓慢。而利用分子标记可从DNA水平上直接鉴定个体的基因型，避免了表型推测基因型不准确等缺点。无论是对质量性状还是连续变异的数量性状，利用分子标记辅助选择可显著提高选择效率和准确性，加快育种进程。具体而言，分子标记辅助选择具有克服性状表型鉴定的困难、可在生长发育早期选择、控制同一性状的多个基因的利用、允许同时选择多个性状、性状评价和选择不具有破坏性、可提高回交育种效率等优越性。
哺乳动物CALM基因有3个亚型(CALM1，CALM2与CALM3)，其中CALM1基因位于14号染色体长臂2区4带和3区1带之间。CALM1可能通过影响卵泡细胞增殖和类固醇激素合成来参与调控动物繁殖。CALM1是鸡卵泡膜细胞雄激素产生的重要调节因子，对类固醇激素分泌具有促进作用。康波等研究发现，产蛋期鹅卵巢组织中CALM1表达量显著高于产蛋前期，提示其可能参与鹅卵巢功能的调节。蛋壳中存在的大量的碳酸钙，有许多学者的研究表明，蛋鸡对钙有很大需求量，所以钙元素是影响鸡的产蛋性能的重要因素。由上可知编码钙调蛋白的CaM基因之一的CALM1基因与动物繁殖机能特别是鸡的产蛋性能息息相关。
发明内容
本发明的目的是提供与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用。
本发明提供的与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记为：
与广西麻鸡产蛋量相关的CALM1基因分子标记，所述分子标记命名为rs314448799，可用SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的引物对通过PCR实验扩增，所扩增得到的序列如SEQ ID NO:3所示，所述分子标记rs314448799位于SEQ ID NO:3所示序列的第88bp位点处，该位点具有CC、CT、TT三种基因型；
本发明还提供了一组用于对上述分子标记进行基因分型的引物，上游引物如SEQID NO:1所示，下游引物如SEQ ID NO:2所示；
本发明还提供一种鉴定或辅助鉴定广西麻鸡产蛋量个体的试剂盒，试剂盒中包括有上述所示的引物；
进一步地，本发明还提供了上述分子标记、上述引物、上述试剂盒在广西麻鸡分子标记辅助育种中的应用；
使用上述分子标记选育高产蛋广西麻鸡个体的方法，包括以下步骤：以待测广西麻鸡基因组DNA为模板，以SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2为引物对，进行PCR扩增后测序，得到如SEQ ID NO:3所示的序列，选择出在SEQ ID NO:3所示序列的第88bp位点处为CC基因型的个体，即为筛选出的目标，对该目标个体进行育种；上述方法即为选育高产蛋广西麻鸡个体的方法。
有益效果：
本发明通过对广西麻鸡CALM1基因的一处分子标记进行快速鉴定，可以快速筛选出高产蛋量的广西麻鸡个体，与传统育种方法相比，具有选育进程快、选育准确性高等特点；同时，本方法因其在早期可以提前开展分子标记筛选，所以具有可以节省中间饲养费用等优点。
附图说明
图1为不同基因型CALM1基因的在卵巢、子宫组织中的相对表达量示意图
具体实施方式
下面结合具体实施例，对本发明作进一步详细的阐述，但本发明的实施方式并不局限于实施例表示的范围。这些实施例仅用于说明本发明，而非用于限制本发明的范围。此外，在阅读本发明的内容后，本领域的技术人员可以对本发明作各种修改，这些等价变化同样落于本发明所附权利要求书所限定的范围。
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
实施例1：与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记鉴定
采集广西麻鸡血液并提取基因组DNA(参照《分子克隆实验指南IV》)，以SEQ IDNO:1和SEQ ID NO:2的引物，利用PCR直接测序技术进行扩增，PCR条件：20.0μL反应体系，包括1.0U Taq DNA聚合酶、1.0μL 10×buffer、50ng模板DNA、上下游引物各3.0pmol/L、4种dNTP各2.0μmol/L；PCR程序：94℃预变性5min；95℃30s，60℃退火温度30s，72℃30s，共计36个循环；72℃延伸5min。扩增得到如SEQ ID NO:3所示的序列，对序列中的四个SNP位点进行基因分型：
1、位点rs314448799，位于扩增序列的第88bp位点处，具有CC、CT、TT三种基因型个体；
2、位点rs316807522，位于扩增序列的第131bp位点处，具有CC、CT、TT三种基因型个体；
3、位点rs731803084，位于扩增序列的第132bp位点处，具有AA、AT、TT三种基因型个体；
4、位点rs16500685，位于扩增序列的第154bp位点处，具有CC、CT、TT三种基因型个体。
分析这四个SNP位点与产蛋量的关联，分析数据见表1，发现rs314448799位点与产蛋量高度相关联，其中rs314448799位点的CC基因型个体的产蛋量显著高于TT型个体；
表1四个SNP位点与产蛋量的关联分析
对rs314448799位点三种基因型个体的卵巢、子宫组织进行实时定量PCR实验，探讨不同基因型对广西麻鸡CALM1基因表达的影响，所用引物和反应条件见表2。实验结果表明，在卵巢中，CALM1基因在CC型和TT型的表达量差异不显著(P>0.05)，说明CALM1基因rs314448799位点的突变不能改变卵巢CALM1基因的表达(图1)。在子宫中，CALM1基因在CC型中的表达量显著高于TT型(P<0.05)，说明CALM1基因rs314448799位点的突变改变了CALM1基因在子宫中的表达。
表2实时定量PCR实验条件
实施例2：广西麻鸡高产蛋量个体的筛选
从广西富凤农牧集团有限公司引种广西麻鸡1500套，通过横交方式扩繁、获得10050只幼雏，其中母鸡5020只。4周龄时，采集血液并提取基因组DNA(参照《分子克隆实验指南IV》)，以SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2的引物，利用PCR直接测序技术进行扩增测序，检测个体在rs314448799位点的分子标记基因型，将CC型个体留作种用，淘汰CT和TT型个体。8周龄时，淘汰外貌不合格、畸形和不健康个体。10周龄全群个体称重，选留周龄体重、开产日龄、开产体重在平均数±10％的个体。选种前抽称群体10％个体体重，统计平均值，母鸡以平均值±8％作为留种范围，最后留下1450只留作种用。在66周龄，统计整个产蛋周期的平均产蛋量为170枚，比没经过分子标记选育的广西麻鸡提高了11枚蛋，产蛋量提高了6.9％，说明经过对该分子标记的筛选选育，可以选择出高产蛋量的个体，显著提高广西麻鸡的产蛋量，提高经济效益。
序列表
<110> 广西大学
<120> 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用
<130> zyws
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用(Artificial Sequence)
<400> 1
caagagcaca gaaaccttcc c 21
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用(Artificial Sequence)
<400> 2
agtgttaatt tggggcctgt t 21
<210> 3
<211> 235
<212> DNA
<213> 与广西麻鸡产蛋量相关的分子标记及其应用(Gallus gallus domesticus)
<400> 3
caagagcaca gaaaccttcc ctgtaaaaaa cagagatgcc agtagtctct tgatagcatc 60
tgaagaagga tttagggcta acacatacct gaaacaataa tgaagtttca aaatacagca 120
ggatgttttt cagctcttct ttttagactg tagccctcgt tttttattta atcacaccag 180
ttttaaaact tgtaaaagac tatggagagg gtataacagg ccccaaatta acact 235
Claims (7)
1.与广西麻鸡产蛋量相关的CALM1基因分子标记，所述分子标记的名称为rs314448799，其特征在于：所述分子标记可用SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的引物对通过PCR实验扩增，所扩增得到的序列如SEQ ID NO:3所示，所述分子标记位于SEQ ID NO:3所示序列的第88bp位点处，该位点具有CC、CT、TT三种基因型。
2.用于对权利要求1所述的分子标记进行基因分型的引物对，其特征在于，所述引物对的上游引物序列如SEQ ID NO:1所示，下游引物序列如SEQ ID NO:2所示。
3.使用权利要求1所述的分子标记选育高产蛋广西麻鸡个体的方法，其特征在于，包括以下步骤：
以待测广西麻鸡基因组DNA为模板，以SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2为引物对，进行PCR扩增、测序，得到如SEQ ID NO:3所示的序列，选择在SEQ ID NO:3所示序列的第88bp位点处为CC基因型的个体，即为筛选出的目标，对该目标个体进行育种。
4.一种鉴定或辅助鉴定广西麻鸡产蛋量个体的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中包括有权利要求2所述的引物。
5.权利要求1所述的分子标记在广西麻鸡分子标记辅助育种中的应用，其特征在于使用所述分子标记筛选高产蛋的广西麻鸡个体。
6.权利要求2所述的引物对在广西麻鸡分子标记辅助育种中的应用，其特征在于使用所述引物对筛选高产蛋的广西麻鸡个体。
7.权利要求4所述的试剂盒在广西麻鸡分子标记辅助育种中的应用。
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