CN116083650A - 一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明属于生物医学技术领域,提供了一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒。本发明的方法包括:从待测样本中提取基因组DNA;以基因组DNA为模板,在等温扩增反应体系中,利用特异引物组进行等温扩增反应;通过扩增结果判断待测样品中是否存在斑点叉尾鮰病毒。本发明基于环介导等温扩增原理提供了一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒。采用本发明的方法及试剂盒进行检测,能够快速、高效的鉴定蛙虹彩病毒的存在,确诊蛙虹彩病毒的感染,具有方便、快速的优点。
Description
技术领域
本发明属于生物检测领域,具体涉及一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,相应的试剂盒及其应用。
背景技术
虹彩病毒属大型20面体状、细胞质型DNA病毒。虹彩病毒科(Iridoviridae)共分为5个病毒属,即虹彩病毒属(Iridovirus)、绿虹彩病毒属(Chloriridovirus)、淋巴囊肿病毒属(Lymphocystivirus)、蛙病毒属(Ranavirus)和细胞肿大病毒属(Megalocytivirus)。蛙虹彩病毒(Rana grylio virus,RGV)是一类感染鱼类、两栖类、爬行类等动物的双链DNA病毒,属于虹彩病毒科,其感染宿主至少包括52个科175种野生或养殖的变温脊椎动物。蛙虹彩病毒具有极强的传播能力,宿主广泛,有较强的致病性和致死性。随着近年动物国际化贸易逐渐频繁与规模的扩大,蛙虹彩病毒在全球鱼类中的传播呈现愈加严重的趋势,给渔业造成严重的损失。
感染蛙虹彩病毒的鱼类通常体表无明显损伤,外观临床症状一般包括嗜睡,游泳异常;贫血症状明显,血液稀薄、色淡,凝固性差,鳃外观呈暗灰色;肾脏失血,呈灰白色等。但病鱼的临床症状也存在一定的差异,目前,比较高效、准确的蛙虹彩病毒确诊主要是采用细胞培养,结合PCR鉴定的方法进行。尽管上述方法也较为准确可靠,但相对来说操作比较复杂,耗时长,因而不适于推广使用。因此,亟需开发一种适于推广使用的蛙虹彩病毒的快速检测方法。
发明内容
本发明要解决的技术问题在于克服现有蛙虹彩病毒检测方法操作复杂、耗时长的问题。
为了解决上述问题,本发明针对蛙虹彩病毒的保守位点进行了引物设计,经过筛选测试,发现能够通过环介导等温扩增反应进行快速的目标序列检测和鉴定。本发明在比较了不同引物组和相关试剂的反应条件和测试效果,综合考虑检测特异性、敏感性和测试成本,提供了一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒。采用本发明的方法及试剂盒进行检测,能够快速、高效的鉴定蛙虹彩病毒的存在,确诊蛙虹彩病毒的感染,具有方便、快速的优点。
本发明提供一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,所述方法包括如下步骤:
(1)从待测样本中提取基因组DNA;
(2)以基因组DNA为模板,利用特异引物组,在等温扩增反应体系进行扩增反应;
(3)通过扩增结果判断待测样品中是否存在蛙虹彩病毒。
本发明提供一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,所述的特异引物组为:
F3: 5’- GGCCAGGAACGAAGAAGAC -3’(SEQ ID NO:1);
FIP:5’- TGGTGTTGAGGCTCGATGCATTGGCCACACAGAGTAAGCG -3’(SEQ ID NO:2);
BIP:5’- ATGAGGCTGTCTGACCTGAGGCCTTAGTCCCGCCTAGGTCG -3’(SEQ ID NO:3);
B3:5’- GGCTTACCTATGACCACGAG -3’(SEQ ID NO:4)。
所述等温扩增反应按照下述反应体系进行:扩增反应体系含有:F3 0.2 μmol/L,B3 0.2 μmol/L,FIP 1.6 μmol/L,BIP 1.6 μmol/L,反应液12.5 μl,Bst DNA聚合酶8 U。待检基因组DNA 0.1~100 ng,用超纯水补齐到25μl;设置阳性对照和阴性对照。
本发明方法中,所述的扩增反应的反应程序可以为:
①65℃孵育60min;
②82℃终止反应5min。
本发明不限制通过其他适宜反应程序来实现本发明检测方法。
另一方面,本发明提供了一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒,能够对蛙虹彩病毒进行快速检测。
本发明的蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒,包括特异引物组:
F3: 5’- GGCCAGGAACGAAGAAGAC -3’,SEQ ID NO:1;
FIP:5’- TGGTGTTGAGGCTCGATGCATTGGCCACACAGAGTAAGCG -3’,SEQ ID NO:2;
BIP:5’- ATGAGGCTGTCTGACCTGAGGCCTTAGTCCCGCCTAGGTCG -3’,SEQ ID NO:3;
B3:5’- GGCTTACCTATGACCACGAG -3’,SEQ ID NO:4。
优选地,本发明的蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒还包括DNA聚合酶、反应液、阳性对照、阴性对照和显色剂。
本发明方法中,所述的DNA聚合酶为Bst DNA聚合酶。
本发明方法中,所述的反应液为10 mol/L dNTP、10×ThermoPol反应缓冲液和150mol/L MgSO4水溶液。
本发明方法中,所述的阳性对照为将包含ORF16R基因片段的序列连接到T载体中得到的质粒,所述包含ORF16R基因片段的序列为:
5’-GGCCAGGAACGAAGAAGACGACGAGTAAGGCCACACAGAGTAAGCGTTTACATCCCTCCAGCGGGGAT ACAAATGCATCGAGCCTCAACACCATATCTCGGAGAGCGTAGATTAAAAGAGATATGGAACAAGTACCCATAAAGGAAATGAGGCTGTCTGACCTGAGGCCCAACGACAAGAGCATAGACACCGACCTAGGCGGGACTAAGCTCGTGGTCATAGGTAAGCC-3’ (SEQ ID NO:5)。
本发明方法中,所述的阴性对照为超纯去离子水。
本发明方法中,所述的显色剂为Sybr Green I、GelRed。
本发明还提供了上述检测方法、试剂盒在蛙虹彩病毒检测中的应用。
基于本领域常识可将上述各优选条件进行任意组合,均属本发明保护范围。
本发明为生物检测领域提供了一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒。本发明有益效果包括:采用本发明检测方法具有操作简便、耗时短的优点。与目前常用的检测方法相比,本发明实现了对样本中蛙虹彩病毒的快速检测,操作简单,用时短,非常适于鱼类检测领域推广使用。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例中的技术方案,下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1表明本发明实施例2扩增检测结果;
图2表明本发明实施例3灵敏度检测实验结果。
具体实施方式
本发明公开了一种蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒。本发明所提供的方法包括如下步骤:从待测样本中提取基因组DNA;以基因组DNA为模板,利用特异引物组,在等温扩增反应体系进行扩增反应;通过扩增结果判断待测样品中是否存在蛙虹彩病毒。本发明试剂盒由特异引物组、DNA聚合酶、反应液、阳性对照、阴性对照和显色剂组成。本方法和试剂盒操作简便、耗时短,检测效率高,适于蛙虹彩病毒的快速检测。
以下结合具体实施例和附图,对本发明作进一步的详细说明,本发明的保护内容不局限于以下实施例。在不背离发明构思的精神和范围下,本领域技术人员能够想到的变化和优点都被包括在本发明中,并且以所附的权利要求书为保护范围。实施本发明的过程、条件、试剂、实验方法等,除以下专门提及的内容之外,均为本领域的普遍知识和公知常识,本发明没有特别限制内容。
实施例1
蛙虹彩病毒特异引物的获得:
设计蛙虹彩病毒特异引物,其中引物的目标序列(即目标组)为1株RGV序列(JQ654586.1),非目标序列(即背景组)为其他病毒。进行序列比对,然后根据等温扩增反应引物组合方式的要求,将单条引物组合成引物组,并从理论上对引物组进行物理化学性质、通用性以及特异性检测和判定,然后输出符合条件的引物组,并进行实验验证。
通过上述方法,获得蛙虹彩病毒特异引物:
F3: 5’-GGCCAGGAACGAAGAAGAC-3’(SEQ ID NO:1);
FIP:5’- TGGTGTTGAGGCTCGATGCATTGGCCACACAGAGTAAGCG -3’(SEQ ID NO:2);
BIP:5’- ATGAGGCTGTCTGACCTGAGGCCTTAGTCCCGCCTAGGTCG -3’(SEQ ID NO:3);
B3:5’- GGCTTACCTATGACCACGAG -3’(SEQ ID NO:4)。
实施例2
利用水浴锅建立蛙虹彩病毒检测方法:
(1) 蛙虹彩病毒基因组DNA的提取:采用天根商用病毒基因组DNA/RNA提取试剂盒,并根据操作流程,从待检鱼类组织中提取病毒基因组DNA。
(2) 恒温基因扩增反应:利用本发明蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒,进行等温扩增反应:25μl反应体系含有:F3 0.2 μmol/L,B3 0.2 μmol/L,FIP 1.6 μmol/L,BIP1.6 μmol/L,反应液12.5μl,Bst DNA聚合酶8 U,待检DNA 10 ng,用超纯水补齐到25μl;设置阳性对照和阴性对照;
(3) 结果判断:将反应管放置在65oC水浴锅中进行反应,反应结束后,82℃终止反应5min。随后加入Sybr Green I(50×)观察颜色反应判断扩增结果,若为橙色,则为阴性,若为亮绿色则为阳。
图1为利用水浴锅建立蛙虹彩病毒检测方法实验结果。其中反应管1为阴性空白对照(即以超纯水代替模板DNA的对照),反应管2为阴性样本对照,反应管3为阳性样本对照,反应管4为阳性质粒对照。由图1可知,反应管1,2呈橙色,判断为阴性;反应管3、4呈亮绿色,判断为阳性。
实施例3
检测灵敏度实验:
将含有蛙虹彩病毒ORF16R基因片段的质粒进行定量,测定其浓度并根据分子量计算质粒拷贝数,稀释到105、104、103、102、10和1 拷贝/μl。然后利用本发明蛙虹彩病毒的快速检测方法及试剂盒,分别对稀释后的质粒DNA进行检测。
图2为检测灵敏度实验结果。其中反应管1-6分别为1 、10、102、103、104和105拷贝/μl,反应管7为阴性空白对照,反应管8为阳性质粒对照。由图2可知,反应管2-6、8呈亮绿色,判断为阳性;反应管1和7呈橙色,判断为阴性。
上述实验结果表明,本发明对阳性质粒的检测限达到10拷贝/μl,远高于目前市场上同类病毒的检测灵敏度。
以上所述,仅为本发明的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,任何熟悉本领域技术的技术人员在本发明公开的技术范围内,可轻易想到的变化或替换,都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此,本发明的保护范围应以所述权利要求的保护范围为准。
Claims (10)
1.一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,其特征在于,包括以下步骤:
(1)从待测样本中提取基因组DNA;
(2)以基因组DNA为模板,利用特异引物组,在等温扩增反应体系中,进行等温扩增反应;
(3)通过扩增结果判断待测样品中是否存在斑点叉尾鮰病毒;
所述的特异引物组为:
F3: 5’-GGCCAGGAACGAAGAAGAC-3’,SEQ ID NO:1;
FIP:5’- TGGTGTTGAGGCTCGATGCATTGGCCACACAGAGTAAGCG -3’,SEQ ID NO:2;
BIP:5’- ATGAGGCTGTCTGACCTGAGGCCTTAGTCCCGCCTAGGTCG -3’,SEQ ID NO:3;
B3:5’- GGCTTACCTATGACCACGAG -3’,SEQ ID NO:4。
2.根据权利要求1所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,其特征在于,所述的等温扩增反应体系含有下列组分中的一种或者几种:
F3 引物0.2 μmol/L,B3引物0.2 μmol/L,FIP引物1.6 μmol/L,BIP引物1.6 μmol/L,反应液12.5 μl,Bst DNA聚合酶8 U。
3.根据权利要求1所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,其特征在于,所述的等温扩增反应的反应步骤包括:
①65℃孵育60min;
②82℃终止反应5min。
4.根据权利要求1所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测方法,其特征在于,所述的判断待测样品中是否存在蛙虹彩病毒包括:
将反应管放置在65oC水浴锅中进行反应,反应结束后,82℃终止反应5min;随后加入Sybr Green I(50×)观察颜色反应判断扩增结果;
若为橙色,则为阴性结果,若为亮绿色则为阳性结果。
5.一种蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括如权利要求1所述的引物组。
6.根据权利要求5所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒,其特征在于,所述的快速检测试剂盒包含下列物质中的一个或者几个:DNA聚合酶、反应液、阳性对照、阴性对照和/或显色剂。
7.根据权利要求5所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒,其特征在于,所述的DNA聚合酶为Bst DNA聚合酶。
8.根据权利要求5所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒,其特征在于,所述的反应液含有10 mol/L dNTP、10×ThermoPol反应缓冲液和150 mol/L MgSO4水溶液。
9.根据权利要求5所述的一种蛙虹彩病毒的快速检测试剂盒,其特征在于,所述的阳性对照为将包含ORF16R基因片段的序列连接到T载体中得到的质粒;
所述包含ORF16R基因片段为:
5’-GGCCAGGAACGAAGAAGACGACGAGTAAGGCCACACAGAGTAAGCGTTTACATCCCTCCAGCGGGGATACAAATGCATCGAGCCTCAACACCATATCTCGGAGAGCGTAGATTAAAAGAGATATGGAACAAGTACCCATAAAGGAAATGAGGCTGTCTGACCTGAGGCCCAACGACAAGAGCATAGACACCGACCTAGGCGGGACTAAGCTCGTGGTCATAGGTAAGCC-3’,SEQ ID NO:5。
10.权利要求1-4中任意一项所述的检测方法或权利要求5-9中任意一项所述的检测试剂盒在斑点叉尾鮰病毒检测中的应用。
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