CN115956122A - 降低或防止艰难梭菌定殖的方法 - Google Patents

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Abstract

本公开内容的一些实施方案涉及防止和/或降低表面的艰难梭菌(C.difficile)定殖的方法。在某些实施方案中，适配体可以用于杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢。在某些实施方案中，适配体可以用于提高杀芽孢剂的杀芽孢活性。本公开内容的一些实施方案涉及使用与艰难梭菌表面蛋白(例如位于艰难梭菌芽孢表面上的蛋白质)特异性结合的适配体。

Description

降低或防止艰难梭菌定殖的方法
相关申请
本申请要求2020年4月17日提交的美国临时申请序列号63/011,850的权益和优先权，其全部公开内容通过引用整体并入本文。
序列表
本申请包含随同提交的序列表，其包括具有以下大小33,824字节、创建于2021年4月16日的文件193519-010108_ST25.txt，其内容在此通过引用并入本文。
技术领域
本公开内容的一些实施方案涉及防止和/或降低表面的艰难梭菌(C.difficile)定殖的方法。本公开内容的一些实施方案涉及使用与艰难梭菌表面蛋白(例如位于艰难梭菌芽孢表面的蛋白质)特异性结合的适配体。在某些实施方案中，适配体可用于杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢。在某些实施方案中，适配体可用于提高杀芽孢剂(sporicidal agent)(例如杀芽孢溶液)的杀芽孢活性。
背景技术
艰难梭菌(Clostridioides difficile，也称为C.difficile，并且先前称为Clostridium difficile)是革兰氏阳性厌氧芽孢形成物，并且是重要的医院内和社区获得性致病细菌。艰难梭菌感染(C.difficile infection，CDI)是全球感染的主要原因并且发病率升高。尽管实际上肠毒素TcdA和细胞毒素TcdB这两种主要毒力因子在CDI的发生中是必不可少的，但艰难梭菌芽孢是CDI的感染以及持续和传播的主要载体并且被认为在CDI复发的发作和水平传播中发挥重要作用。
发明内容
本公开内容的一些方面涉及用于降低和/或防止艰难梭菌污染的方法以及用于该方法的产品和试剂盒。在一些实施方案中，提供了杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂(sporostatic agent)的试剂接触。在一些实施方案中，提供了增强杀芽孢剂针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢活性的方法，其包括使芽孢与能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。在一些实施方案中，试剂是杀芽孢剂。
在一些实施方案中，提供了用于杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包含能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂。在一些实施方案中，提供了用于增强针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢活性的试剂盒。在一些实施方案中，该试剂盒包含能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及杀芽孢剂和抑芽孢剂。在一些实施方案中，该试剂盒包含光源和观察镜，其用于在使位置与杀芽孢剂和/或抑芽孢剂接触之前，确定该位置处艰难梭菌的存在、不存在和/或浓度。
本公开内容的一些实施方案涉及杀伤和/或灭活位于表面上的艰难梭菌芽孢的方法。该表面可以是位于医院或其他健康护理机构(例如照护所)中的表面。该表面可以是例如床单、医院手术服、地板、墙壁、手术台、家具等。本公开内容的一些实施方案涉及增强一种或更多种杀芽孢剂的杀芽孢活性的方法，其包括使用本文中所述的适配体。本公开内容的一些实施方案涉及降低或防止艰难梭菌在位置(例如表面)的定殖。
在一些实施方案中，99.9％的芽孢不能够转化成营养细胞。在一个实施方案中，99.99％或99.999％的芽孢不能够转化成营养细胞。在一些实施方案中，至少85％的芽孢不能够转化成营养细胞。
在某些实施方案中，本公开内容涉及使用一种或更多种适配体，例如一种、两种、三种或更多种能够与艰难梭菌芽孢结合的适配体以促进杀伤和/或灭活艰难梭菌芽孢。适配体可单独和/或与杀芽孢剂组合使用。本公开内容的一些实施方案可包含使用一种或更多种如本文中所述的适配体以提高杀芽孢剂的杀芽孢活性。本文中提供了根据本公开内容的一些实施方案使用杀芽孢流体的进一步详细说明。
艰难梭菌定殖可由单一菌株构成，或者可以是菌株的混合物。
在本公开内容的一个方面中，提供了用于杀伤或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。
在本公开内容的一个方面中，提供了用于以下的方法：(i)检测位置处艰难梭菌的存在，以及(ii)杀伤或灭活艰难梭菌芽孢，该方法包括使芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。在一些实施方案中，一种或更多种适配体包含本文中所述的检测分子。
在本公开内容的一个方面中，提供了用于杀伤或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。在一些实施方案中，一种或更多种适配体包含本文中所述的检测分子。
在本公开内容的一个方面中，提供了用于增强杀芽孢剂针对艰难梭菌的杀芽孢作用的方法，该方法包括使艰难梭菌芽孢与一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。
在本公开内容的一个方面中，提供了用于以下的方法：(i)检测位置处艰难梭菌的存在，以及(ii)增强杀芽孢剂或抑芽孢剂针对艰难梭菌的杀芽孢和/或抑芽孢作用，该方法包括使艰难梭菌芽孢与一种或更多种能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。在一些实施方案中，一种或更多种适配体包含本文中所述的检测分子。
在一些实施方案中，试剂是杀芽孢剂。
在一些实施方案中，该方法包括将一种或更多种适配体和杀芽孢剂定位在怀疑包含艰难梭菌芽孢的位置处。
在一些实施方案中，该位置包含表面，并且该方法包括在一种或更多种适配体之前、基本上同时或之后，使表面与杀芽孢剂接触。
在一些实施方案中，该方法包括以下步骤：使表面与一种或更多种适配体接触预定时间，所述预定时间被配置为使得一种或更多种适配体能够与艰难梭菌芽孢结合以形成一种或更多种适配体-芽孢复合物；以及使包含一种或更多种适配体-芽孢复合物的表面与杀芽孢剂接触。
在一些实施方案中，该方法包括在使表面与杀芽孢剂接触之前，确定与艰难梭菌芽孢结合的一种或更多种适配体。
在一些实施方案中，该方法还包括使表面与GH中和剂接触的步骤。
在一些实施方案中，表面是位于以下物体上的表面：例如病床、手术台、衣物、一般场所表面(例如地板、墙壁、天花板、家具外部)、特定设备表面(例如硬表面、制造设备、加工设备等)、纺织品(例如棉、羊毛、丝绸、合成织物(例如聚酯、聚烯烃和丙烯酸树脂)、纤维混合物(例如棉聚酯等))、基于木材和纤维素的系统(例如纸)、土壤、动物尸体(例如皮、肉、毛、羽毛等)。在一些实施方案中，物体可以是食品(例如水果、蔬菜、坚果、肉等)。
在一些实施方案中，该方法包括以下步骤：使介质与一种或更多种适配体接触预定时间，所述预定时间被配置为使得一种或更多种适配体能够与艰难梭菌芽孢结合以形成适配体-芽孢复合物；以及使包含适配体-芽孢复合物的介质与杀芽孢剂接触。在一些实施方案中，介质是水。
在一些实施方案中，该方法包括将芽孢用包含一种或更多种适配体的组合物浸没和/或将芽孢浸没在试剂中。
在一些实施方案中，该方法包括将艰难梭菌芽孢用包含适配体的组合物进行喷洒和/或将艰难梭菌芽孢用试剂进行喷洒。
在一些实施方案中，该方法包括通过布施加包含适配体的组合物，和/或通过布和/或擦拭物施加试剂。
在一些实施方案中，该方法在约5℃至约90℃(例如5℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃或90℃)的温度下进行。在一些实施方案中，该方法可在约5℃至约90℃的范围内的温度下进行。在一些实施方案中，该方法可在约5℃至10℃、10℃至15℃、15℃至20℃、20℃至25℃、25℃至30℃、30℃至35℃、35℃至40℃、40至45℃、45℃至50℃、50℃至55℃、55℃至60℃、60℃至65℃、65℃至70℃、70℃至75℃、75℃至80℃、80℃至85℃、85℃至90℃的范围内或者这些温度范围中任一者之间的任何区间内的温度下进行。在一个实施方案中，加热温度从选自5℃至90℃范围的1℃增量中选择。
在一些实施方案中，艰难梭菌芽孢包含蛋白质，其中该蛋白质是芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白选自CdeC、CdeM、CotA、CotE和CotE壳多糖酶。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO 18中所示的氨基酸序列的CdeC蛋白。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.19中所示的氨基酸序列的CdeM蛋白。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.15中所示的氨基酸序列的CotA蛋白。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.16中所示的氨基酸序列的CotE蛋白。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.17中所示的氨基酸序列的CotE壳多糖酶蛋白。
在一些实施方案中，艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.20中所示的氨基酸序列的rCotE蛋白。
在一些实施方案中，适配体是单链DNA适配体。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；或者
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列。
在一些实施方案中，该方法包括使该位置与多种适配体接触，其中每种适配体能够与艰难梭菌芽孢特异性结合。在一些实施方案中，多种适配体包含至少两种能够与艰难梭菌芽孢的相同表位特异性结合的适配体。在一些实施方案中，多种适配体包含至少两种适配体，每种适配体能够与艰难梭菌芽孢的不同表位特异性结合。
在一些实施方案中，多种适配体包含选自包含以下、基本上由以下组成或由以下组成的适配体的至少两种适配体：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列，或者
(e)(a)至(d)的任意组合。
在一些实施方案中，多种适配体包含选自以下的至少两种适配体：
a)与CdeC特异性结合的适配体；
b)与CdeM特异性结合的适配体，
c)与CotA特异性结合的适配体，
d)与CotE特异性结合的适配体，以及
e)与CotE壳多糖酶特异性结合的适配体；
f)(a)至(e)的任意组合。
在一些实施方案中，多种适配体包含：包含SEQ ID NO.1中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；包含SEQ ID NO.5中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；以及包含SEQ ID NO.6中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体。
在一些实施方案中，适配体包含可检测分子。在一些实施方案中，可检测分子是荧光团、纳米粒、量子点、酶、放射性同位素、预定义序列部分、生物素、脱硫生物素、硫醇基、胺基、叠氮化物、氨基烯丙基、地高辛配基、抗体、催化剂、胶体金属颗粒、胶体非金属颗粒、有机聚合物、胶乳颗粒、纳米纤维、纳米管、树状聚合物、蛋白质或脂质体。
在某些实施方案中，适配体包含FRET对的一种或两种分子。
在一些实施方案中，试剂是包含葡萄糖酸氯己定和任选地异丙醇的杀芽孢溶液。
在一些实施方案中，试剂是包含过乙酸的杀芽孢剂。
在一些实施方案中，试剂是过乙酸产生剂，并且其中该方法还包括在接触该位置之前，用水溶液润湿包含过碳酸钠的擦拭物。
在一些实施方案中，杀芽孢溶液包含过氧化氢，并任选地包含银稳定的过氧化氢。
在一些实施方案中，杀芽孢溶液包含葡萄糖酸氯己定与约70％异丙醇复合物。
在本公开内容的一个方面中，提供了能够与艰难梭菌特异性结合的适配体与杀芽孢剂和/或抑芽孢剂的组合。该组合可用于杀伤和/或灭活艰难梭菌。
在一些实施方案中，该组合包含多种适配体，该多种适配体包含两种或更多种如本文中限定的适配体。
在一些实施方案中，多种适配体包含：包含SEQ ID NO.1中所示的核酸序列或者基本上由其组成的适配体、包含SEQ ID NO.5中所示的核酸序列或者基本上由其组成的适配体、以及包含SEQ ID NO.6中所示的核酸序列或者基本上由其组成的适配体。
在一些实施方案中，该组合包含含有过乙酸和/或能够产生过乙酸的试剂的杀芽孢剂。
在本公开内容的一个方面中，提供了组合物，其包含一种或更多种如本文中限定的适配体以及杀芽孢剂和/或抑芽孢剂。
在一些实施方案中，该组合物包含能够与艰难梭菌特异性结合的适配体。在一些实施方案中，该组合物包含多种适配体，每种适配体能够与艰难梭菌芽孢的相同表位特异性结合。在一些实施方案中，多种适配体包含能够与艰难梭菌芽孢的不同表位结合的适配体。
在一些实施方案中，多种适配体包含：包含SEQ ID NO.1中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；包含SEQ ID NO.5中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；以及包含SEQ ID NO.6中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体。
在一些实施方案中，杀芽孢剂包含过乙酸和/或能够产生过乙酸的试剂。
具体实施方式
下文描述了本公开内容的某些实施方案的另一些特征。除非另有说明，否则本公开内容的实施方案的实施将采用分子生物学、微生物学、重组DNA技术和免疫学的常规技术，这些技术在本领域技术人员的技术范围内。
大多数一般的分子生物学、微生物学重组DNA技术和免疫学技术可在Sambrook etal,Molecular Cloning,ALaboratory Manual(2001)Cold Harbor-Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.或者Ausubel et al.,Current protocols in molecularbiology(1990)John Wiley and Sons,N.Y.中找到。除非另有定义，否则本文中使用的所有技术和科学术语具有与本公开内容所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。例如，Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology,Juo,Pei-Show,第2版,2002,CRC Press；The Dictionary of Cell and Molecular Biology,第3版,AcademicPress；和Oxford University Press为本领域技术人员提供了本公开内容中使用的许多术语的通用词典。
单位、前缀和符号以其国际统一体系(Système International de Unitese)(SI)接受形式表示。数值范围包括限定该范围的数字。除非另有说明，否则氨基酸序列以氨基至羧基的取向从左到右书写，并且核酸序列以5’到3’的取向从左到右书写。
如本文中使用的，未用数量词限定的名词是指一个/种或多于一个/种，例如是指至少一个/种。当与本文中的术语“包含/包括”结合使用时，未用数量词限定的名词的使用可意指“一个/种”、“一个/种或更多个/种”、“至少一个/种”以及“一个/种或多于一个/种”。
如本文中使用的，“约”和“大约”通常意指在考虑测量的性质或精度的情况下所测量的量的可接受的误差度。示例性误差度在给定值范围的百分之20(20％)内，通常在10％内，并且更通常在5％内。术语“基本上”意指大于50％，优选大于80％，并且最优选大于90％或95％。
如本文中使用的，术语“包含”或“包括”用于提及在给定实施方案中存在的组合物、方法、试剂盒及其相应组分，但对包含未指定的要素而言是开放式的。
如本文中使用的，术语“基本上由......组成”是指给定实施方案所需的那些要素。该术语允许存在不会实质性影响本公开内容的该实施方案的基本和新颖或功能特征的另外的要素。
术语“由......组成”是指如本文中所述的组合物、方法及其相应组分，其不包含未在实施方案的该描述中列举的任何要素。
艰难梭菌细菌存在于整个环境中，例如在土壤、空气、水、食品产品以及人和动物粪便中。少数人在其肠道中携带艰难梭菌而未显示出任何症状。然而，在另一些对象中，来自艰难梭菌的感染可引起从腹泻至危及生命的结肠炎症的症状。艰难梭菌感染的并发症可包括脱水、肾衰竭、中毒性巨结肠、肠穿孔，以及甚至死亡，如果感染未迅速控制的话。
其通常影响在医院或长期护理机构中的老年人，并且服用抗生素的对象和免疫系统受损的那些处于感染艰难梭菌的更大风险之中，经历过腹部或胃肠手术的那些也是如此。例如，在医院中体弱的老年人中，艰难梭菌感染的死亡率可高至25％。已假定，抗生素治疗破坏了正常的肠道微生物区系(microbiota)，因为艰难梭菌对用于治疗其他感染的许多药物具有天然抗性而允许其定殖和生长，从而使其能够产生毒素。
近年来，在先前被认为是低风险的对象中，例如未暴露于健康护理机构的较年轻或其他健康个体中，也已看到了艰难梭菌感染升高。最近已鉴定出了新的艰难梭菌菌株，027型。027型是比大多数其他类型的艰难梭菌产生更多毒素的菌株，并且其导致更大比例的严重疾病且显示出具有更高的死亡率。
在英国，甲硝唑(400mg或500mg，每天3次，持续10至14天)被认为是用于治疗轻度至中度艰难梭菌感染的首次发作的一线药物。万古霉素(125mg，每天4次，持续10至14天)是用于二次发作或感染严重时的选择。当存在体温或白细胞计数升高、肌酸酐升高或严重结肠炎的体征或症状时，感染被定义为严重的。万古霉素也可用于由027型菌株引起的感染。如果感染复发，可使用万古霉素或非达霉素(200mg，每天两次，持续10天)。在一些严重情况下，人可能需要进行手术以除去受感染的肠部分。
来自艰难梭菌的芽孢进入粪便中，并且可通过未清洗的手传播至食物、表面和物体。芽孢可在表面上持续数周或数月，并且通过与这样的表面接触来传播。
鉴于抗生素抗性的升高和与艰难梭菌感染相关的潜在死亡率，控制措施是最重要的。目前的措施包括健康护理提供者例如护士和医生遵循例如以下的方案：
·在护理每位患者之前和之后，用皂和水或者基于酒精的洗手液清洁双手，以防止艰难梭菌和其他细菌通过他们的手从一个患者传至另一个患者。
·仔细清洁已用于患有艰难梭菌感染的患者的病房和医疗设备。
·仅在必要时给予患者抗生素。
·使用接触预防措施以防止艰难梭菌传播至其他患者。接触预防措施意指：
ο只要有可能，患有艰难梭菌的患者将具有单人房间，或者仅与同样患有艰难梭菌的患者共用房间。
ο健康护理提供者在照顾患有艰难梭菌的患者时将戴上手套，并在其衣服外穿上罩衣。
ο也可要求来访者穿罩衣和戴手套。
ο当离开房间时，医院提供者和来访者去除他们的罩衣和手套并清洁他们的手。
ο要求在接触预防措施中的患者尽可能多地呆在其病房里。他们可以去医院的其他区域进行治疗和测试。
尽管有这些预防措施，但是艰难梭菌仍然是重大的健康护理问题，并因此需要快速鉴定环境中艰难梭菌的存在以使得能够
本公开内容的一些实施方案的目的是至少部分地减轻现有技术中确定的一些问题。
本公开内容的某些实施方案的目的是提供在艰难梭菌的检测中有用的方法和产品。
艰难梭菌(原名艰难梭菌(Clostridium difficile))
本公开内容的一些方面使用能够与艰难梭菌(先前称为艰难梭菌(Clostridiumdifficile))特异性结合的适配体。
在一些实施方案中，适配体与本文中限定的靶标特异性结合。本文中使用的术语“靶标”用于指选自艰难梭菌表面蛋白中的至少一种的分子。在一些实施方案中，靶分子是靶蛋白。在一些实施方案中，本文中使用的术语“靶标”用于指选自艰难梭菌CotA蛋白、艰难梭菌CotE蛋白、艰难梭菌CdeC蛋白、艰难梭菌CdeM蛋白、艰难梭菌CotEC壳多糖酶蛋白和艰难梭菌芽孢中的至少一种的分子。本文中使用的术语“靶蛋白”和“靶肽”可互换使用。
本公开内容的某些实施方案涉及与艰难梭菌芽孢结合的适配体。在一些实施方案中，针对整个艰难梭菌芽孢选择适配体。因此，在一些实施方案中，适配体选择性地与艰难梭菌芽孢结合。
某些实施方案提供了与艰难梭菌芽孢衣壳蛋白结合的适配体。本公开内容的一些实施方案可使用多种适配体，每种适配体能够与艰难梭菌芽孢表面上的独特位点结合。在一些实施方案中，适配体与艰难梭菌芽孢的芽孢外壁层的表面蛋白(例如CdeC、CdeM)特异性结合。在一些实施方案中，适配体与艰难梭菌芽孢的衣壳蛋白(例如CotA、CotE、CotEC)特异性结合。在一些实施方案中
在某些实施方案中，适配体与下表3中列出的蛋白质特异性结合。在一些实施方案中，本公开内容包括多种适配体的使用，每种适配体能够与表3中列出的蛋白质特异性结合。
表3：
CotA SEQ.ID.No.15
Cot E SEQ.ID.No.16
CotEC SEQ.ID.No.17
CdeC SEQ.ID.No.18
CdeM SEQ.ID.No.19
靶蛋白
艰难梭菌产生代谢休眠的芽孢。芽孢包含最外的可包含许多表面蛋白的芽孢外壁层。在一些实施方案中，芽孢外壁层包含选自BclA1、BclA2、BclA3、CdeA、CdeB、CdeC和CdeM的一种或更多种蛋白。
CdeC蛋白
在一些实施方案中，适配体与艰难梭菌CdeC蛋白特异性结合。CdeC的氨基酸序列以UniProtKB-Q18AS2(Q18AS2_PEPD6)版本1公开并且在SEQ ID NO.18中示出。
在一些实施方案中，适配体与在艰难梭菌菌株之间保守的CdeC蛋白的表位结合。因此，在某些实施方案中，适配体用于检测样品中的多种艰难梭菌菌株。
CdeM蛋白
在一些实施方案中，适配体选择性地与艰难梭菌表面结合的CdeM蛋白的氨基酸序列结合。CdeM是富含半胱氨酸的蛋白质，其被认为是芽孢的衣壳和芽孢外壁层的形态发生所必需的。艰难梭菌蛋白的氨基酸序列以UniProtKB–A0A3T1GTU1(A0A3T1GTU1_CLODI)(版本1)公开并且在SEQ ID NO:19中示出。
在一些实施方案中，适配体与在艰难梭菌菌株之间保守的CdeM蛋白的表位结合。因此，在某些实施方案中，适配体用于检测样品中的多种艰难梭菌菌株。
在一些实施方案中，芽孢包含芽孢衣壳。芽孢衣壳可包含多种蛋白质，其包括例如CotA和CotB。
CotA
在一些实施方案中，适配体与由艰难梭菌CotA基因编码的蛋白质特异性结合。该蛋白质在本文中可称为CotA或“芽孢衣壳组装蛋白”。
CotA的氨基酸序列以UniProtKB登录号Q186G8(Q186G8_PEPD6)版本1公开并且在SEQ ID NO:15中示出。
CotE
在一些实施方案中，适配体与由CotE基因编码的艰难梭菌蛋白特异性结合。CotE蛋白(也称为过氧化物氧化还原酶(peroxiredoxin))的氨基酸序列以登录号UniProtKB–Q18BV5(Q18BV5_PEPD6)公开并且在SEQ ID NO:16中示出。
CotEC壳多糖酶
在一些实施方案中，适配体与称为“CotEC”或“rCotE”的重组艰难梭菌蛋白特异性结合。CotEC的氨基酸序列由氨基酸残基N281-F712(SEQ ID NO:20)组成。重组蛋白包含壳多糖酶结构域和CotE特有的序列。在一些实施方案中，适配体与称为“rCotEC”(也称为AB45)的重组艰难梭菌蛋白特异性结合。rCotEC的氨基酸序列由氨基酸残基N381-F712(SEQID NO:17)组成。
在一些实施方案中，针对经His标记的CotEC蛋白选择适配体。在一些实施方案中，针对经标记的rCotEC蛋白选择适配体，经标记的rCotEC蛋白包括但不限于经His标记的rCotEC蛋白。
表2
Figure BDA0004004230910000131
艰难梭菌芽孢
在一些实施方案中，针对整个艰难梭菌芽孢选择适配体。因此，在某些实施方案中，适配体选择性地与艰难梭菌芽孢结合。艰难梭菌芽孢可来自选自SH11、PCR核糖核酸型027、PCR核糖核酸型010、PCR核糖核酸型014和
Figure BDA0004004230910000132
43598TM的菌株。在一些实施方案中，艰难梭菌可以是选自进化枝1、2、3、4和5的进化枝的菌株。在某些实施方案中，菌株选自SH7(进化枝1)、SH8(进化枝2)、R20291(进化枝2)、SH9(进化枝3)、SH10(进化枝4)、ATCC43598(进化枝4)和SH11(进化枝5)。在一些实施方案中，菌株选自R20291、ATCC 43598和SH11。
在一些实施方案中，该方法包括促进对选自以下的艰难梭菌菌株的杀伤和/或灭活：
Figure BDA0004004230910000141
在某些实施方案中，提供了包含选自在表1或表4中示出的核酸序列的核酸序列的适配体。
表1–适配体序列
Figure BDA0004004230910000142
Figure BDA0004004230910000151
Figure BDA0004004230910000161
Figure BDA0004004230910000171
表4：
引物区以粗体和斜体显示
Figure BDA0004004230910000172
Figure BDA0004004230910000181
Figure BDA0004004230910000191
Figure BDA0004004230910000201
在一个实施方案中，适配体与本文中限定的靶标特异性结合。本文中使用的术语“靶标”用于指选自艰难梭菌CotA蛋白、艰难梭菌CotE蛋白、艰难梭菌CdeC蛋白、艰难梭菌CdeM蛋白、艰难梭菌CotEC壳多糖酶蛋白和艰难梭菌芽孢的分子。
在一个实施方案中，适配体与艰难梭菌CotA蛋白中的表位特异性结合。
在一个实施方案中，适配体与艰难梭菌CotE蛋白中的表位特异性结合。
在一个实施方案中，适配体与艰难梭菌CdeC蛋白中的表位特异性结合。
在一个实施方案中，适配体与艰难梭菌CdeM蛋白中的表位特异性结合。
在一个实施方案中，适配体与艰难梭菌CotEC壳多糖酶蛋白中的表位特异性结合。
在一个实施方案中，适配体与艰难梭菌芽孢表面上的表位特异性结合。
如果适配体以优先或高亲和力与靶标结合但不与其他结构相关分子(例如枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)芽孢)结合或仅以低亲和力与其结合，则该适配体与如本文中限定的靶标“特异性”结合。在一些实施方案中，靶蛋白的解离常数在微摩尔范围内。在一些实施方案中，靶蛋白的解离常数在纳摩尔(nM)范围内。在一些实施方案中，靶蛋白的解离常数在皮摩尔(pM)范围内。在一些实施方案中，解离常数为约0.1nM或更小。在一些实施方案中，解离常数为约0.1nM至约1nM。在一些实施方案中，解离常数为约1nM至约10nM。在一些实施方案中，解离常数为约10nM至约100nM。在一些实施方案中，解离常数为约100nM至约1000nM。较低亲和力结合可指以比与靶蛋白更低的亲和力发生的结合。较低亲和力结合可指以比与靶标更低的亲和力发生的结合。较低亲和力结合可选自与靶标的结合的小于1倍至2倍、小于2倍至5倍、小于5倍至10倍、小于10倍至50倍、小于100倍至1000倍、小于1000倍至10000倍、或小于10000倍至100000倍的范围。
适配体
本文中所述的适配体是能够以高亲和力和特异性与如本文中限定的靶标特异性结合的小的人工配体，其包含DNA、RNA或其修饰物。
本文中使用的“适配体”、“核酸分子”或“寡核苷酸”可互换使用以指在如本文中限定的靶标上具有期望作用的非天然存在的核酸分子。
本公开内容的适配体可以是DNA适配体。例如，适配体可由单链DNA(single-stranded DNA，ssDNA)形成。或者，本公开内容的适配体可以是RNA适配体。例如，适配体可由单链RNA(single-stranded RNA，ssRNA)形成。
在某些实施方案中，适配体是RNA适配体，并且包含这样的序列：其中在SEQ IDNO.1至14、23至39、42至55中所示的序列中的任一者的一个或一些或所有脱氧核糖核苷酸被替换为其等同核糖核苷酸残基AMP、GMP、UMP或CMP。
本公开内容的适配体可包含经修饰的如本文中所述的核酸。
在某些实施方案中，使用本领域已知的体外选择原理制备本公开内容的适配体，所述原理包括靶标结合的迭代循环、靶标结合序列的分配和优先扩增。可使用固定化靶蛋白进行选择。固定化可包括但不限于固定至固体表面。在一个非限制性实例中，固体表面可以是珠。在一个非限制性实例中，固体表面可以是磁珠。
扩增方法的一些非限制性实例包括聚合酶链式反应(polymerase chainreaction，PCR)、连接扩增(或连接酶链式反应(ligase chain reaction)，LCR)、链置换扩增、基于核酸序列的扩增和基于使用Q-β复制酶的扩增方法。在一个非限制性实施方案中，至少一种类型的适配体可在扩增期间固定化在固体表面上。这些示例性方法中的每一种在本领域中均是公知的。
在一些实施方案中，适配体选自核酸分子文库，例如单链DNA或RNA核酸分子文库。通常，适配体选自“通用适配体选择文库”，该文库被设计为使得任何所选择的适配体几乎不需要至不需要适应就能转换成任何列出的测定格式。
一旦被选择，适配体可在被使用之前被进一步修饰，例如，以除去一个或两个引物序列和/或靶标结合不需要的随机的部分。
通常，用于本公开内容的适配体包含第一引物区(例如在5’末端)、第二引物区(例如在3’末端)或二者。引物区可作为引物结合位点用于文库和选择的适配体的PCR扩增。
技术人员将理解，不同的引物序列可根据例如起始文库和/或适配体选择方案来选择。在一个实施方案中，适配体可包含SEQ ID NO:21和/或22。在另一些实施方案中，由SEQ ID NO:21或22公开的核苷酸中的一个至所有中的任一个可被修饰。引物区长度也可变化。
第一引物区和/或第二区可包含如本文中所述的可检测标记。在一个实施方案中，第一和/或第二引物区可被荧光标记。荧光标记的一些非限制性实例包括但不限于荧光素、绿色荧光蛋白(green fluorescent protein，GFP)、黄色荧光蛋白、青色荧光蛋白等。在一个实施方案中，使用荧光素标记。在一些实施方案中，可使用检测引物的其他形式，包括但不限于磷酸根(PO4)标记、同位素标记、电化学传感器、比色生物传感器等。
在一些实施方案中，本公开内容的适配体包含选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者的核酸序列，或者由其组成。
在某些实施方案中，本公开内容的适配体包含以下或由以下组成：与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者的核苷酸序列具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多序列同一性的核酸序列。
本文中使用的“序列同一性”是指在比对序列并且如果需要的话引入空位以实现最大序列百分比同一性之后候选序列中与所述序列中核苷酸相同的核苷酸的百分比。出于确定百分比核酸序列同一性的目的，可以以本领域技术范围内的多种方式来实现比对，例如，使用可公开获得的计算机软件例如BLAST、BLAST-2、ALIGN、CLUSTALW或Megalign(DNASTAR)软件。例如，可使用见于欧洲生物信息学研究所(European BioinformaticsInstitute)网站(http://www.ebi.ac.uk)上的序列比较计算机程序来生成％核酸序列同一性值。
如本文中使用的，当描述核酸例如适配体的百分比同一性时，其序列与参考核苷酸序列有至少例如约90％同一性，这意指除了核酸序列可包含参考核酸序列的每100个核苷酸最多十个点突变(例如替换、缺失、插入)之外，核酸序列与参考序列相同。这些突变可发生在参考核苷酸序列的5’或3’末端位置或者那些5’或3’末端位置之间的任何位置，单独散布在参考序列中的核苷酸之间或散布在参考序列内的一个或更多个连续组中。
在一些实施方案中，适配体包含SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55的最小有效片段、基本上由其组成、或由其组成。在本文中，“最小有效片段”被理解为意指能够与全长适配体相比以相同或改善的亲和力与如本文中限定的靶标结合的全长适配体的片段(例如部分)。最小有效片段可与全长适配体竞争结合如本文中限定的靶标。
在一些实施方案中，本公开内容的适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ ID NO：1至14、23至39或43至55中任一者所示的序列中的任一种的至少10个连续核酸残基，并且本公开内容的适配体显示出与靶分子的等同或改善的结合。在一些实施方案中，本公开内容的适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ ID NO：1至14、23至39或43至55中任一者所示的序列中的任一种的至少10个连续核酸残基，并且本公开内容的适配体显示出与靶分子的充分结合。充分结合包括以如本文中所述的亲和力和特异性发生的与靶分子的结合，或结合的亲和力和/或特异性低于上述全长适配体序列但仍能够递送其各自靶标的存在的报告。
在一些实施方案中，本公开内容的适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ ID NO：1至14、23至39或43至55中任一者所示的序列中的任一种的至少20个连续核酸残基，并且本公开内容的适配体显示出与靶分子的等同或改善的结合。在一些实施方案中，本公开内容的适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ ID NO：1至14、23至39或43至55中任一者所示的序列中的任一种的至少20个连续核酸残基，并且本公开内容的适配体显示出与靶分子的充分结合。充分结合包括以如本文中所述的亲和力和特异性发生的与靶分子的结合，或结合的亲和力和/或特异性低于上述全长适配体序列但仍能够递送其各自靶标的存在的报告。
在一些实施方案中，本公开内容的适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ ID NO：1至14、23至39或43至55中任一者所示的序列中的任一种的至少24个连续核酸残基。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：1的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：1的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：2的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：2的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：3的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：3的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：3的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：4的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：4的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：4的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：5的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：5的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：5的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：.6的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：6的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：6的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：7的核酸序列中包含的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，A8，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：7的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：7的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：8的核酸序列中的25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39或40个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：8的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：8的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：9的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：9的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：9的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：10的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，A8，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：10的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：10的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：11的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46、47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：11的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：11的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：12的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40 41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，或76
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：12的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：12的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：13的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40 41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，或82
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：13的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：13的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：14的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：14的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从14个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：14的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：23的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，或36
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：23的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：23的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：24的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32或33
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：24的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：24的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：25的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，或41
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：25的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：25的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：26的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，或38
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：26的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：26的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：27的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，或50
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：27的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：27的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：28的核酸序列中的10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，或24个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：28的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从15个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：29的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，或51
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：29的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：29的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：30的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，或46
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：30的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：30的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：31的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，或57
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：31的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：31的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：32的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，或58
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：24的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从32个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：32的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：33的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，或48
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：33的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：33的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：34的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，或31个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：34的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：34的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：35的核酸序列中的10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，或25个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：35的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：36的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，或62
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：36的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：36的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：37的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，或41
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：37的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：37的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：38的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，或56
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：38的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：38的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：39的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，或57
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：39的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：39的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：43的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，或35
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：43的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：43的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：44的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，或48
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：44的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：44的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：45的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，或48
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：45的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：45的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：46的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，或77
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：46的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：46的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：47的核酸序列中的10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，或50个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：47的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：47的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：48的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，或61
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：48的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：48的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：49的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，或63
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：49的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：49的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：50的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，或76
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：50的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：50的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：51的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，或32个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：51的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：51的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：52的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，或37
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：52的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：52的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：53的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，或84
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：53的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：53的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：54的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，2930，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，或81
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：54的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：54的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：SEQ IDNO：55的核酸序列中的
10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，22，23，24，25，26，27，28，29 30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，或53
个连续核苷酸。该适配体可包含来自SEQ ID NO：55的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从25个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。该适配体可包含来自SEQ ID NO：55的任何跨度的连续核苷酸、基本上由其组成、或由其组成，其中所述跨度具有从10个核苷酸到全长以一个核苷酸增量选择的长度。
这些序列涉及与全长适配体相比与本文中所述的靶标具有等同、合适或改善的结合的适配体片段。
在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ ID NO：1至11、13至14、或53至54中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30、35、40、45、50、51、52、53、54、55、60、65、70、75、80或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ IDNO：12、46或50中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30、35、40、45、50、51、52、53、54、55、60、65、70、75或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ ID NO:36、48或49中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30、35、40、45、50、51、52、53、54、55、60或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQID NO:29、31、32、38、39、47或55中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30、35、40、45、50、51、52、53、54、55、60或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ ID NO:27、29、31、32、38、39、47或55中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30、35、40、45、50或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ IDNO:25、30、37、44或45中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30、35、40或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ ID NO:23、24、26、34、43、51或52中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20、25、30或更多个连续核苷酸。在一些实施方案中，适配体包含以下、基本上由以下组成、或由以下组成：核酸序列，其包含与SEQ ID NO:28或35中的任一者具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或更多同一性的序列的至少约10、15、20或更多个连续核苷酸。在此上下文中，术语“约”通常意指参考核苷酸序列长度加上或减去该参考长度的10％。本公开内容的一些方面涉及包含两种或更多种适配体的组合物或者包含两种或更多种适配体的组合。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的每一种独立地选自包含选自以下的核酸序列或基本上由选自以下的核酸序列组成的适配体：
SEQ.ID.No：1；SEQ.ID.No：2；SEQ.ID.No3；SEQ.ID.No：4；SEQ.ID.No：5；SEQ.ID.No：6；SEQ.ID.No：7；SEQ.ID.No：8；SEQ.ID.No：9；SEQ.ID.No：10；SEQ.ID.No：11；SEQ.ID.No：12；SEQ.ID.No：13；SEQ.ID.No：14；SEQ.ID.No：23；SEQ.ID.No：24；SEQ.ID.No：25；SEQ.ID.No：26；SEQ.ID.No：27；SEQ.ID.No：28；SEQ.ID.No：29；SEQ.ID.No：30；SEQ.ID.No：31；SEQ.ID.No：32；SEQ.ID.No：33；SEQ.ID.No：34；SEQ.ID.No：35；SEQ.ID.No：36；SEQ.ID.No：37；SEQ.ID.No38；SEQ.ID.No：39；SEQ.ID.No：42；SEQ.ID.No：43；SEQ.ID.No：44；SEQ.ID.No：45；SEQ.ID.No：46；SEQ.ID.No：47；SEQ.ID.No：48；SEQ.ID.No：49；SEQ.ID.No：50；SEQ.ID.No：51；SEQ.ID.No：52；SEQ.ID.No：53；SEQ.ID.No：54；和SEQ.ID.No：55；
或者包含以下或基本上由以下组成的适配体：与SEQ.ID.No.1至14、23至39和42至55中的任一者具有至少90％(例如95％、96％、97％、98％、99％)序列同一性的核酸序列。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或者基本上由其组成，并且该组合物或组合还包含一种或更多种适配体，其包含SEQ.ID.No.1至14、23至39和43至54中所示的核酸序列或者基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含三种或更多种适配体的组合物或组合，其中每种适配体独立地选自包含SEQ.ID.No.1至14和23至39和43至55中所示的核酸序列或者基本上由其组成的适配体。
一些实施方案涉及这样的组合物或组合，其包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或者基本上由其组成，并且其还包含独立地选自包含SEQ.ID.No.1至14、23至39和43至54中所示的核酸序列或者基本上由其组成的适配体的两种或更多种适配体。
一些实施方案涉及三种或更多种适配体的组合物或组合，其中每种适配体包含1至14、23至39和43至55中所示的核酸序列或基本上由其组成，或者适配体包含以下或基本上由以下组成：与SEQ.ID.No.1至14、23至39和43至55中任一者具有至少90％(例如95％、96％、97％、98％、99％)序列同一性的核酸序列。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.1中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.2中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.3中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.4中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.5中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.6中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.7中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.8中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.9中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.10中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.11中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.12中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.13中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.14中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.23中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.24中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.25中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.26中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.27中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.28中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.29中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.30中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.31中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.32中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.33中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.34中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.35中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.36中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.37中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.38中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.39中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.43中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.44中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.45中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.46中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.47中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.48中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.49中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.50中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.51中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.52中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.53中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含两种或更多种适配体的组合物或组合，其中两种或更多种适配体中的一种包含SEQ.ID.No.54中所示的核酸序列或基本上由其组成，并且任选地，其中两种或更多种适配体中的第二种包含SEQ.ID.No.55中所示的核酸序列或基本上由其组成。
一些实施方案涉及包含以下适配体的组合物或组合：CotE H2.1.2(SEQ ID NO:30)、CotE D2.1(SEQ ID NO:31)、CotA C1.1(SEQ ID NO:33)以及CotEC壳多糖酶(SEQ IDNO:36)。适配体可包含天然或非天然核苷酸和/或碱基衍生物(或其组合)。在一些实施方案中，适配体包含一种或更多种修饰，使得其包含除了脱氧核糖、核糖、磷酸、腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)之外的化学结构。适配体可在核碱基、糖或磷酸骨架上进行修饰。
在一些实施方案中，适配体包含一种或更多种经修饰的核苷酸。一些示例性的修饰包括例如包含烷基化、芳基化或乙酰化、烷氧基化、卤化、氨基或其他官能团的核苷酸。经修饰的核苷酸的一些实例包括但不限于用于RNA适配体的2’-氟核糖核苷酸、2’-NH2-、2’-OCH3-和2’-O-甲氧基乙基核糖核苷酸。
适配体可以是全部或部分硫代磷酸酯或DNA、二硫代磷酸酯或DNA、硒代磷酸酯或DNA、二硒代磷酸酯或DNA、锁核酸(locked nucleic acid，LNA)、肽核酸(peptide nucleicacid，PNA)、N3’-P5’氨基磷酸酯RNA/DNA、环己烯核酸(cyclohexene nucleic acid，CeNA)、三环DNA(tcDNA)或镜像适配体(spiegelmer)，或氨基磷酸酯吗啉(phosphoramidatemorpholine，PMO)组分或本领域技术人员已知的任何其他修饰(另见Chan et al.,Clinical and Experimental Pharmacology and Physiology(2006)33,533-540)。
一些修饰可使适配体针对核酸切割酶稳定化。在适配体的稳定化中，通常可在适配体的后续修饰与已经修饰的RNA/DNA的选择之间进行区分。稳定化可不影响经修饰的RNA/DNA适配体的亲和力，但可防止适配体在生物体、生物溶液或溶液中被RNA酶/DNA酶快速分解。如果适配体在样品(例如生物介质、生物体、溶液)中的半衰期大于一分钟、大于一小时或大于一天，则该适配体被称为稳定化的。适配体可用报道分子进行修饰，这可能够使得检测标记的适配体。报道分子也可有助于提高适配体的稳定性。
适配体形成取决于其核酸序列的三维结构。适配体的三维结构可由于沃森(Watson)和克里克(Crick)分子内碱基配对、Hoogsteen碱基配对(四链体)、摆动对形成或其他非典型碱基相互作用而出现。这种结构使适配体(类似于抗原-抗体结合)能够准确地与靶结构结合。适配体的核酸序列在限定的条件下可具有对限定的靶结构具有特异性的三维结构。
一些实施方案包括与如本文中所述的适配体竞争结合如本文中限定的靶标的竞争性适配体。一些实施方案包括与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的适配体，或与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者的核苷酸序列具有至少85％、至少90％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％序列同一性的核酸序列的适配体竞争结合如本文中限定的靶标的竞争性适配体。一些实施方案包括与一种或更多种上述适配体竞争结合如本文中限定的靶标的竞争性的一种或更多种适配体。在一些实施方案中，可使用竞争测定来鉴定竞争结合如本文中限定的靶标的竞争性适配体。在一个示例性的非限制性竞争测定中，将固定化的如本文中限定的靶标在包含与如本文中限定的靶标结合的第一经标记适配体和测试其与第一适配体竞争结合如本文中限定的靶标的能力的第二未经标记适配体的溶液中孵育。作为对照，可将固定化的如本文中限定的靶标在包含第一经标记适配体但不包含第二未经标记适配体的溶液中孵育。在允许第一适配体与如本文中限定的靶标结合的条件下孵育之后，可除去过量的未结合的适配体，并测量与固定化的如本文中限定的靶标缔合的标记的量。如果相对于对照样品，受试样品中与固定化的如本文中限定的靶标缔合的标记的量显著降低，则指示第二适配体与第一适配体竞争结合如本文中限定的靶标。
方法
本公开内容的一些实施方案涉及用于杀伤或灭活艰难梭菌芽孢的方法，其包括使芽孢与杀芽孢溶液和适配体接触。
在一些实施方案中，该方法用于增强杀芽孢溶液的杀芽孢作用，并且包括在杀芽孢溶液之前、同时或之后，使艰难梭菌芽孢与本文中所述的适配体接触。本公开内容的一些实施方案涉及这样的方法，其包括确定艰难梭菌是否位于位置处(例如表面上)的第一步骤。
在本公开内容的上下文中，术语“杀伤或灭活芽孢”旨在意指至少85％(例如86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或至少99％)的芽孢不能够转化(萌发)成营养细胞。
在一些实施方案中，99.9％的芽孢不能够转化成营养细胞。在一个实施方案中，99.99％或99.999％的芽孢不能够转化成营养细胞。在一些实施方案中，至少85％的芽孢不能够转化成营养细胞。
艰难梭菌定殖可由单一菌株构成，或者可以是菌株的混合物。例如，艰难梭菌可以是选自进化枝1、2、3、4和5的进化枝的菌株。在某些实施方案中，菌株选自SH7(进化枝1)、SH8(进化枝2)、R20291(进化枝2)、SH9(进化枝3)、SH10(进化枝4)、ATCC 43598(进化枝4)和SH11(进化枝5)。在某些实施方案中，菌株选自R20291、ATCC 43598和SH11。
芽孢可以在0℃至90℃(例如5℃至80℃，例如10℃至70℃、15℃至60℃、18℃至50℃、或20℃至40℃，例如20℃、21℃、22℃、23℃、24℃、25℃、26℃、27℃、28℃、29℃、30℃、31℃、32℃、33℃、34℃、35℃、36℃、37℃、38℃、39℃或40℃)的温度下被接触。
在一些实施方案中，该方法在约5℃至约90℃(例如5℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃或90℃)的温度下进行。在一些实施方案中，该方法可在约5℃至约90℃的范围内的温度下进行。在一些实施方案中，该方法可在约5℃至10℃、10℃至15℃、15℃至20℃、20℃至25℃、25℃至30℃、30℃至35℃、35℃至40℃、40至45℃、45℃至50℃、50℃至55℃、55℃至60℃、60℃至65℃、65℃至70℃、70℃至75℃、75℃至80℃、80℃至85℃、85℃至90℃的范围内或者这些温度范围中任一者之间的任何区间内的温度下进行。在一个实施方案中，加热温度从选自5℃至90℃范围的1℃增量中选择。
本公开内容的某些实施方案提供了适用于在多种环境中杀伤或灭活芽孢的方法和试剂盒。本公开内容的某些实施方案提供了适用于在多种环境中增强杀芽孢溶液针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢作用的方法和试剂盒。某些实施方案的方法和产品可用于任何环境中以降低芽孢污染，例如健康护理行业(例如动物医院、人医院、动物诊所、人诊所、疗养院、儿童或老年人的日托机构等)、食品行业(例如餐馆、食品加工厂、食品储存厂、食品杂货店等)、服务行业(例如酒店、汽车旅馆、度假村、游轮等)、教育行业(例如学校和大学)等。
本公开内容的组合物可期望地用于任何环境中以降低芽孢污染，例如一般场所表面(例如地板、墙壁、天花板、家具外部等)、特定设备表面(例如硬表面、制造设备、加工设备等)、纺织品(例如棉、羊毛、丝绸、合成织物(例如聚酯、聚烯烃和丙烯酸树脂)、纤维混合物(例如棉聚酯等))、基于木材和纤维素的系统(例如纸)、土壤、动物尸体(例如皮、肉、毛、羽毛等)、食品(例如水果、蔬菜、坚果、肉等)以及水。
在一个实施方案中，本公开内容的方法涉及纺织品的杀芽孢处理。可用本公开内容的组合物处理的纺织品的非限制性实例包括但不限于个人物品(例如衬衫、裤子、长袜、内衣等)、公共物品(例如毛巾、实验室服、罩衣、围裙等)、招待物品(例如毛巾、餐巾、桌布等)。
表面可以是无生命的表面。该表面可以是例如位于健康护理环境(例如医院、药房、医生的手术室和/照护所机构)中的表面。适配体可用于杀伤和/或灭活(以及任选地首先检测)位于选自学校、监狱、旅社、宿舍、火车、公共汽车和飞机的环境中的物体表面上的艰难梭菌芽孢。
表面可位于位置(例如医院或其他健康护理环境)中的物体上。例如，该物体可选自手术台、病床、手术器械、桌子、手术服、垃圾容器、餐具、椅子、门把手和门把。作为替代或补充，表面可位于例如医院病房、手术室、照护所房间等中的位置，例如墙壁、天花板和/或地板。
在一些实施方案中，表面可以是社区环境(例如商店、酒吧和/或餐馆)中的物体的表面。在一些非限制性实例中，表面可位于墙壁、地板、家具用品、餐具、包装、饮用器皿等上。
在一些实施方案中，表面位于家庭环境中。
在一些实施方案中，表面位于食品生产设施中。
在某些实施方案中，表面由不锈钢构成。在某些实施方案中，表面由纸板构成。在一个实施方案中，表面由塑料构成。
在某些实施方案中，该方法包括使包含根据本公开内容的适配体的组合物与表面直接接触。也就是说，在某些实施方案中，该方法包括将包含适配体的组合物施加至表面。在一些实施方案中，该方法包括使包含根据本公开内容的适配体的组合物与表面间接接触。
在其中适配体与表面直接接触的一些实施方案中，该方法可包括在能够分散在整个表面上的组合物中提供适配体。在某些实施方案中，与均匀分散有组合物的表面直接接触以获得最大的表面区域覆盖和润湿性有助于适配体接近艰难梭菌芽孢上的靶分子。
大多数环境表面区域是中性的(不带电荷)或具有负静电能。在某些实施方案中，使用静电引力将适配体施加至靶表面区域。认为施加静电的液体具有包裹效应，使得复杂的物体和隐藏在视线之外的区域被液体覆盖。
基于库仑定律(Coulomb’s law)，静电施加系统将适配体/缓冲溶液更均匀地施加至所有表面。库仑定律指出，两点电荷之间相互作用的静电力的大小与它们之间距离的平方的标量乘积成正比。力沿着连接它们的直线。带电荷的喷雾液滴被吸引到表面，并被认为在物体周围具有包络效应，以确保所有的面都被覆盖。
使用库仑定律，在化学溶液离开喷嘴时，这些系统在化学溶液上施加(place)正电荷或负电荷。由于大多数表面区域是中性的或带负电的，因此带正电荷的静电喷雾施加系统使附着力和吸引力优化。分散的液滴可以更均匀地铺展开，并找到带负电荷(-)或中性电荷的表面。因此，在某些实施方案中，包含如本文中所述的适配体的组合物更具靶向性，并且提供更一致的覆盖且浪费更少。
在一些实施方案中，该方法包括通过用电极修饰的喷枪将包含适配体的组合物施加至表面。电极对包含适配体的液滴进行充电，然后该液滴被引导至通常与适配体带相反电荷的表面。
在一些实施方案中，该方法包括产生包含适配体的组合物。在一些实施方案中，目前要求保护的公开内容的适配体以干燥形式提供，并且用缓冲溶液或dH2O完全溶解至期望的储备浓度。这可通过例如将组合物摇动预定时间(例如20分钟、25分钟、30分钟或更长，例如35分钟、40分钟、45分钟或更长)来实现。该组合物可包含有机溶剂，例如DMSO、乙醇和/或甲醇。另外，该组合物可包含盐，例如钠离子。
在一些实施方案中，该方法包括将适配体溶解在缓冲溶液中。缓冲溶液可选自例如PBS、HEPES、Tris等。通常，适配体在中性pH范围(7.0至8.0)下是稳定的。可进行加热和冷却步骤以在缓冲溶液中正确折叠适配体结构(例如在95℃下加热5分钟，然后缓慢冷却至室温)。在某些实施方案中，该方法包括在缓冲溶液中提供2+离子，例如镁。在某些实施方案中，二价离子(例如镁)可有利于维持适配体的正确结构。
结合缓冲液条件(pH 7.4)中的核酸适配体带负电荷，并且通过静电相互作用，适配体可有利于与带正电荷的区域结合。为了避免与适配体/缓冲液和容器的这种相互作用，经抗静电处理的材料(例如，塑料和玻璃容器)的使用是重要的。通常，喷雾器将由塑料制成。
在一些实施方案中，该方法包括通过喷洒表面将包含适配体的组合物施加于表面。
在一些实施方案中，适配体可以在被喷洒到表面上之前被冷冻干燥。因此，在某些实施方案中，该方法包括使表面与包含如本文中所述适配体的经冷冻干燥的组合物接触的步骤。
在喷雾冷冻步骤期间，溶解或悬浮在液体中的适配体被雾化成细小的液滴，该液滴被低温流体(通常是液氮)瞬间冷冻。随后，冷冻颗粒经受冷冻干燥，其中溶剂在低温和低压下升华，导致形成干燥的多孔颗粒。具有大物理尺寸和低密度的多孔颗粒表现出小的空气动力学尺寸，这可以促进高流动性。小的接触表面积与体积比导致颗粒之间的低内聚力，从而促进在空气中的分散性。另外，多孔颗粒具有高比表面积，从而提高了溶解速率。
在一些实施方案中，该方法包括在表面与液体溶液接触之前，将经冷冻干燥的适配体溶解在溶液中。
在一些实施方案中，在位置(例如表面)处杀伤和/或灭活艰难梭菌的方法可包括将一种或更多种本公开内容的适配体施加至怀疑包含艰难梭菌芽孢的位置。在足以允许适配体与艰难梭菌芽孢结合的预定时间后，可洗涤表面一次或更多次以去除任何未结合的适配体。在一些实施方案中，例如当如本文中所述使用FRET对或信标时，不需要洗涤步骤。
在某些实施方案中，为了在环境表面例如不锈钢、聚苯乙烯和其他表面上使用，适配体被设计成附着于靶标(即艰难梭菌芽孢)并发荧光。适配体将不会通过单独附着于无机表面而发荧光。
杀芽孢剂
本公开内容的一些实施方案包括使用杀芽孢剂，例如杀芽孢溶液。细菌芽孢被认为对化学和物理试剂具有高度的抗性。本公开内容的一些实施方案旨在提高芽孢对杀芽孢剂的敏感性。
如本文中使用的，术语“杀芽孢剂”是指能够杀伤艰难梭菌芽孢的试剂。在某些实施方案中，本文中所述的方法可用抑芽孢剂(即抑制芽孢萌发或长出或者抑制两者的试剂)代替杀芽孢剂。某些试剂在某些浓度和/或温度下可以是抑芽孢的，并且在更高的浓度和/或温度下可以是杀芽孢的。
示例性杀芽孢剂包括但不限于戊二醛、次氯酸钠、碘、碘伏、过氧化氢和过乙酸。
用于本公开内容的一些实施方案的杀芽孢溶液可以是烷化剂、氧化剂和/或氯释放剂。
在一些实施方案中，杀芽孢剂是溶液。在一些实施方案中，杀芽孢剂包含在添加水时产生过乙酸的试剂。在一些实施方案中，杀芽孢剂是包含过乙酸的溶液。该溶液可通过润湿干擦拭物(例如以Clinell商标名销售的擦拭物)并从经润湿的擦拭物中挤出溶液来形成。
在某些实施方案中，杀芽孢剂由包含浓度≤50(％wt)的过碳酸钠(Cas No.239-707-6 15630-89-4)和柠檬酸(浓度≤20(％wt)(Cas No.77-92-9 201-069-1)的擦拭物形成。擦拭物还可包含四乙酰乙二胺(浓度≤25％wt)。
在一些实施方案中，杀芽孢剂是包含过乙酸的溶液。在一些实施方案中，杀芽孢剂包含能够产生过乙酸的试剂。在一些实施方案中，杀芽孢剂包含过碳酸钠。
在一些实施方案中，杀芽孢剂可以是以
Figure BDA0004004230910000531
商标名销售的擦拭物。
在一些实施方案中，杀芽孢剂包含过乙酸(例如，浓度为约0.05％至0.10％(在100g试剂溶液中))和过氧化氢。杀芽孢剂还可包含乙酸。在某些实施方案中，试剂包含约0.06％的过乙酸。
在一些实施方案中，杀芽孢溶液包含次氯酸钠。该溶液可包含浓度为约0.3至约0.7％v.v的次氯酸钠。该溶液可被预稀释以形成用于本公开内容一些实施方案的方法中的杀芽孢溶液。
在一些实施方案中，杀芽孢溶液可包含例如约1.5％的过氧化氢(AseptixSterimax杀芽孢擦拭物)。在一些实施方案中，该溶液包含银稳定的过氧化氢，例如以商标
Figure BDA0004004230910000541
销售的溶液。
在一些实施方案中，杀芽孢溶液包含氯己定二葡糖酸盐。适当地，杀芽孢溶液是以商标名ChemgeneTM可获得的溶液。
在一些实施方案中，杀芽孢溶液包含1.5％的葡糖鱼精蛋白(Incidin加擦拭物)；乙醇、丙烷和N-烷基氨基丙基甘氨酸的混合物(Bacillol 30组织)；以及最后，双癸基二甲基氯化铵、苯扎氯铵、聚氨基丙基、双胍和二甲硅油的混合物(Formula 429喷剂)作为活性成分。
可检测标记
在一些实施方案中，本公开内容的适配体被用于检测和/或定量位置处的艰难梭菌的量。在一些实施方案中，该方法包括在使该位置与杀芽孢剂(即杀伤芽孢)和/或抑芽孢剂(例如抑制芽孢萌发或长出的试剂)接触之前，确定表面处艰难梭菌的存在、不存在和/或浓度的步骤。确定存在、不存在和/或浓度的步骤包括使该位置与一种或更多种本文中限定的适配体接触一段时间，以使得能够形成适配体-芽孢复合物。
在一些实施方案中，适配体包含检测分子。本文可以使用任何能够促进适配体检测和/或定量的标记。
在一些实施方案中，可检测标记是荧光部分，例如荧光/猝灭剂化合物。荧光/猝灭剂化合物是本领域已知的。参见，例如，Mary Katherine Johansson,Methods inMolecular Biol.335:Fluorescent Energy Transfer Nucleic Acid Probes:Designsand Protocols,2006,Didenko编辑，Humana出版社，Totowa,NJ，以及Marras et al.,2002,Nucl.Acids Res.30,el22(通过引用并入本文)。
在一些实施方案中，可检测标记是FAM。在某些实施方案中，FAM标记位于适配体的第一和/或第二引物区。本领域技术人员将理解，标记可位于适配体中的任何合适位置处。
当彼此接近时导致可检测信号提高的部分也可用于本文，例如，作为荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer，“FRET”)的结果；合适的对包括但不限于荧光素和四甲基罗丹明、罗丹明6G和孔雀石绿，以及FITC和缩氨基硫脲(thiosemicarbazole)，仅举数例。
在一些实施方案中，可检测标记选自以下非限制性实例中的至少一种：荧光团、纳米粒、量子点、酶、放射性同位素、预定义序列部分、生物素、脱硫生物素、硫醇基、胺基、叠氮化物、氨基烯丙基、地高辛配基、抗体、催化剂、胶体金属颗粒、胶体非金属颗粒、有机聚合物、胶乳颗粒、纳米纤维、纳米管、树状聚合物、蛋白质和脂质体。
在一些实施方案中，可检测标记是荧光蛋白，例如绿色荧光蛋白(GFP)或本领域技术人员已知的任何其他荧光蛋白。
在一些实施方案中，检测的性质将依赖于所用的可检测标记。例如，该标记可凭借其颜色来检测，例如金纳米粒。颜色可以通过光学读取器或照相机(例如具有成像软件的照相机)定量检测。
在一些实施方案中，可检测标记是荧光标记，例如量子点。在这样的一些实施方案中，检测手段可以包括荧光板读取器、条读取器或类似物。其被配置为记录荧光强度。
在其中可检测标记是酶标记的一些实施方案中，检测手段可以例如是比色法、化学发光法和/或电化学法(例如，使用电化学检测器)。电化学传感是通过将氧化还原报道子(包括但不限于亚甲蓝或二茂铁)与适配体的一端缀合并将传感器表面与另一端缀合。通常，靶标结合后适配体构象的变化改变报道子与传感器之间的距离以提供读出。
在一些实施方案中，可检测标记还可包含酶，例如辣根过氧化物酶(horseradishperoxidase，HRP)、碱性磷酸酶(Alkaline phosphatase，APP)或类似物，以催化转化底物以产生放大的信号。
在一些实施方案中，本公开内容提供了包含本公开内容的适配体和可检测分子的复合物(例如缀合物)。通常，本公开内容的适配体与可检测分子共价或物理缀合。
在一些实施方案中，可检测分子是视觉、光学、光子、电子、声学、光声、质量、电化学、电光学、谱学、酶促或在其他情况下物理、化学或生物化学可检测的标记。
在一些实施方案中，可检测分子通过发光、UV/VIS光谱术、酶促、电化学或放射性来检测。发光是指光的发射。例如，光致发光、化学发光和生物发光用于检测标记。在光致发光或荧光中，激发通过吸收光子而发生。示例性荧光团包括但不限于二苯并咪唑、荧光素、吖啶橙、Cy5、Cy3或碘化丙锭，其可与适配体共价偶联，四甲基-6-羧基罗丹明(tetramethyl-6-carboxyhodamine，TAMRA)、德克萨斯红(Texas Red，TR)、罗丹明、AlexaFluor染料(等来自不同公司的不同波长的荧光染料)。
在某些实施方案中，可检测分子是FRET对之一。在某些实施方案中，适配体可包含FRET对作为可检测分子。适配体与艰难梭菌芽孢的结合可导致可检测的猝灭损失。
在一些实施方案中，可检测分子是具有信号产生物质的胶体金属颗粒(例如金纳米粒)、胶体非金属颗粒、量子点、有机聚合物、胶乳颗粒、纳米纤维(例如碳纳米纤维)、纳米管(例如碳纳米管)、树状聚合物、蛋白质或脂质体。胶体颗粒可以用比色法检测。
在一些实施方案中，可检测分子是酶。在某些实施方案中，酶可将底物转化为有色产物，例如过氧化物酶、萤光素酶、β-半乳糖苷酶或碱性磷酸酶。例如，无色底物X-gal通过β-半乳糖苷酶的活性被转化为蓝色产物，其颜色可视觉检出。
在一些实施方案中，检测分子是放射性同位素。检测也可以凭借标记适配体的放射性同位素进行，该放射性同位素包括但不限于3H、14C、32P、33P、35S或125I，更优选32P、33P或125I。在闪烁计数中，间接测量由经放射性标记的适配体靶标复合物发射的放射性辐射。闪烁体物质由同位素的放射性发射激发。在闪烁物质转变回基态期间，激发能量作为由光电倍增管放大和计数的闪光再次释放。
在一些实施方案中，可检测分子选自地高辛配基和生物素。因此，适配体也可用例如被抗体或链霉亲和素结合的地高辛配基或生物素标记，抗体或链霉亲和素转而可携带标记，例如酶缀合物。适配体与酶的预先共价连接(缀合)可以以数种已知方式完成。适配体结合的检测也可通过在RIA(放射性免疫测定)中用放射性同位素标记适配体来实现。在一个实施方案中，放射性同位素是125I。适配体结合的检测也可通过在FIA(荧光免疫测定)中用荧光团通过荧光标记适配体来实现。在一个实施方案中，荧光团是荧光素或FITC。
在一些实施方案中，反义寡核苷酸可以设计成与适配体(例如H2.1.2-如SEQ IDNO:40至41)的5’端、3’端、5’端和3’端或任何相关序列的互补序列杂交。在一些实施方案中，反义寡核苷酸包含荧光团。
一些实施方案包括用于检测在位置(例如表面)处如本文中限定的靶标的存在、不存在或量的方法。在这些方法中，该表面可与本文中所述的适配体相互作用(即接触)。例如，表面和如本文中所述的适配体可在足以使适配体的至少一部分与样品中如本文中限定的靶标结合的条件下孵育。
本领域技术人员将理解在本文中所述的适配体与如本文中限定的靶标之间发生结合所需的条件。在一些实施方案中，样品(例如，怀疑包含艰难梭菌芽孢的位置处的靶表面)和适配体可在约4℃至约40℃的温度下孵育。在一些实施方案中，样品和适配体可在约20℃至约37℃的温度下孵育。在一些实施方案中，样品和适配体可在22℃下孵育。孵育温度可选自4℃至小于20℃、20℃至小于22℃、22℃至小于24℃、24℃至小于26℃、26℃至小于28℃、28℃至小于30℃、30℃至小于32℃、32℃至小于34℃、34℃至小于36℃、36℃至小于37℃以及37℃至小于40℃的范围。在一些实施方案中，可用缓冲液(示例性缓冲液包括但不限于PBS)将样品和适配体稀释至不同浓度(例如，至少约1％、5％、10％、20％、25％、30％、40％、50％、60％、70％、80％v/v或更多)。稀释后的浓度可选自1％至小于5％、5％至小于10％、10％至小于20％、20％至小于30％、30％至小于40％、40％至小于50％、50％至小于60％、60％至小于70％、70％至小于80％或80％至小于90％v/v的范围。在一些实施方案中，稀释之前的适配体浓度可以为100nM至50μM。在一些实施方案中，稀释之前的适配体浓度可选自100nM至500nM、500nM至1μM、1μM至2μM、2μM至5μM、5μM至10μM、10μM至15μM、15μM至20μM、20μM至30μM、30μM至40μM、40μM至50μM、50μM至60μM、60μM至70μM、70μM至80μM、80μM至90μM、90μM至100μM的范围。在一些实施方案中，稀释之前的适配体浓度可以是选自本文中所述范围的浓度。所选定的值可选自本文范围内的0.1μM增量浓度。在一些实施方案中，稀释之前的适配体浓度可以是2μM。在一些实施方案中，用于结合的适配体浓度可选自10μM至40μM的范围，在一些实施方案中，用于结合的适配体浓度可选自10μM至15μM、15μM至20μM、20μM至25μM、25μM至30μM、30μM至35μM、35μM至40μM的范围，或者这些浓度范围中任一者之间的从选自10μM至40μM范围的1μM增量中选择的任何浓度。在一个实施方案中，用于结合的适配体浓度可以是20μM。在一个实施方案中，用于结合的适配体浓度可以是25μM。在一个实施方案中，用于结合的适配体浓度可以是30μM。在一些实施方案中，样品和适配体可在摇动和/或混合的同时孵育。在某些实施方案中，将样品和适配体孵育至少1分钟、至少5分钟、至少15分钟、至少1小时或更长。可将样品和适配体孵育1分钟至小于5分钟、5分钟至小于15分钟、15分钟至小于1小时、1小时至小于24小时、24小时至小于48小时。
在一些实施方案中，适配体和如限定的靶标的结合导致适配体-靶标复合物的形成。结合或结合事件可例如如本文中所述视觉、光学、光子、电子、声学、光声、通过质量、电化学、电光学、谱学、酶促或在其他情况下化学、生物化学或物理学检测。
适配体和靶标的结合可使用任何合适的技术来检测。如上所述，例如，适配体和靶标的结合可使用生物传感器来检测。在一些实施方案中，适配体和靶标的结合是使用本文中所述的SPR、RlfS、BLI、LFD或ELONA检测的。
在一些实施方案中，该方法包括确定适配体与艰难梭菌芽孢的结合的步骤，以及随后的确定艰难梭菌芽孢的杀伤和/或灭活的步骤。在一些实施方案中，该方法包括使艰难梭菌芽孢的杀伤和/或灭活可视化。这样的可视化可以是以可检测信号损失的形式，例如视觉、光学、光子、电子、声学、光声、质量、电化学、电光学、谱学或酶促信号的降低或损失。
在一些实施方案中，该方法包括使用光源例如激光器、可聚焦光学器件例如透镜、影响激发或荧光发射的光谱变化的滤光器或单色仪、以及CCD照相机或单光子计数检测器来测量荧光，以使适配体与艰难梭菌芽孢的结合和/或艰难梭菌芽孢的杀伤和/或灭活可视化。
该方法可包括使用光源照射该位置的一组条件。在一个实施方案中，光源可以是以法医光源的形式。在一个实施方案中，光源可以是以
Figure BDA0004004230910000582
Flare的形式。
在一些实施方案中，光源可能够在不同波长之间切换，每种波长适合于特定的可互换滤光器。法医光源可以是LED、激光、
Figure BDA0004004230910000581
等的形式。在一些实施方案中，光源是手持式光源。在一个实施方案中，手持式光源可以是从例如Rofin Forensic获得的Polilight Flare+2，其是电池供电的手持式LED光源。
在一些实施方案中，每个Polilight Flare“手电筒”可产生在指定波长范围内的光。例如，在一些实施方案中，光源可在约360nm至385nm波长处产生光(UV光)。在一些实施方案中，光源可在约405nm至420nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约435nm至465nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约485nm至515nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约510nm至545nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约530nm至560nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约585nm至605nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约615nm至635nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约400nm至700nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约835nm至865nm波长处产生光。在一些实施方案中，光源可在约935nm至965nm波长处产生光。
在一些实施方案中，使用的光源可与与适配体缀合的可检测分子相容。在一些实施方案中，适配体将与检测分子缀合。在一些实施方案中，检测分子可以是在对应于光源输出的光谱范围内发射的荧光团。在一些实施方案中，适配体可与在约505nm波长处发射的荧光团缀合。在一些实施方案中，光源产生具有约505nm波长的光。
在一些实施方案中，该方法可包括将带通滤光器与光源组合使用。带通滤光器可被配置为透射特定波长带的光并且拒绝在预定波长带之外的杂散光。在一些实施方案中，光源被配置为产生具有365nm、415nm、450nm、505nm、530nm、545nm、620nm和850nm的中心波长的窄光带。在一些实施方案中，光源被配置成产生除了白光波长之外还具有505nm的中心波长的窄光带。在一些实施方案中，带通滤光器是590nm带通滤光器。
在一些实施方案中，该方法还可以包括用观察镜、眼镜等来使表面的位置可视化。在一些实施方案中，观察镜的颜色对应于由光源产生并由与适配体缀合的检测分子发射的光的颜色。在一些实施方案中，护目镜是橙色的并且因此适合于与产生波长为约485nm至515nm(例如505nm)的光的光源和包含在约505nm波长处发射的检测分子的适配体组合使用。
组合物
在本公开内容的某些方面中，提供了一种或更多种如本文中所述的适配体与如本文中限定的杀芽孢剂和/或抑芽孢剂的组合。该组合可用于在位置(例如表面)处杀伤和/或灭活艰难梭菌(例如艰难梭菌芽孢)的方法中。该组合也可用于增强杀芽孢剂的杀芽孢活性。该组合也可用于在杀伤或灭活之前检测艰难梭菌芽孢。
如本文中限定的适配体和杀芽孢剂可在单一组合物中提供。该组合物还可包含其他组分，例如但不限于缓冲溶液、稳定剂、着色剂等。
或者，适配体和杀芽孢剂可在分开的组合物中提供。在一些实施方案中，适配体和杀芽孢剂可按顺序施加至该位置。
本公开内容还提供了用于杀伤和/或灭活艰难梭菌的试剂盒，其中试剂盒包含一种或更多种如本文中所述的适配体。在一些实施方案中，试剂盒还包含杀芽孢剂。在一些实施方案中，杀芽孢剂是如本文中所述的溶液。在一些实施方案中，试剂盒还包含如本文中所述的可检测分子。
在一些实施方案中，试剂盒还包含根据本文中所述的任何方法使用的说明书。
通常，试剂盒还包含用于由试剂盒预期的反应或待进行的方法的组分，例如用于富集、分开和/或分离操作的预期检测的组分。一些实例是缓冲溶液、用于颜色反应的底物、染料或酶底物。在试剂盒中，适配体可以以多种形式(例如预先固定在支持物(例如固体支持物)上、冷冻干燥或在液体介质中)提供。
本公开内容的试剂盒可用于实施本文中所述的任何方法。应当理解，试剂盒的各部分可单独包装在小瓶中或组合包装在容器或多容器单元中。通常，试剂盒的制造遵循本领域技术人员已知的标准操作。
实施例
在下文中，将通过具体实施方案的非限制性实例更详细地解释本公开内容。在示例性实验中，使用无污染的标准试剂和缓冲液。
实施例1
使用艰难梭菌(先前称为艰难梭菌(Clostridium difficile))SH11芽孢，显示在存在和不存在CotE_H2适配体的情况下五种浓度的三种杀芽孢产品的杀芽孢活性。
使用两种艰难梭菌菌株芽孢，显示在存在和不存在三种适配体的情况下五种浓度的三种杀芽孢产品的杀芽孢活性。
材料和方法
测试微生物
本研究中使用的艰难梭菌芽孢悬浮液在表5中列出。
艰难梭菌SH11悬浮液由
Figure BDA0004004230910000602
提供，并在到达之后储存在4℃下。艰难梭菌R20291悬浮液由
Figure BDA0004004230910000601
提供，并在到达之后储存在4℃下。
表5：本研究中使用的艰难梭菌芽孢悬浮液的详细说明。
Figure BDA0004004230910000611
测试试剂
在表6和表7中列出了使用的测试试剂。适配体和缓冲液由Aptamer GroupLimited提供。
杀芽孢剂可以如下获得：
ChemgeneTM(将活性成分分子与胶束清洁技术组合的高水平实验室表面消毒剂，可生物降解，无腐蚀性-参见https://www.starlabgroup.com/GB-en/gloves-safety/ laboratory-disinfectant_WebPSub-159946/chemgene-hld4h-rtu-spray-blue- eucalyptus-1:20-750ml_SLXTM302-C.html)
Figure BDA0004004230910000612
(硬表面银稳定的过氧化氢，参见http://www.clinipathequipment.com/ product/endosan-3-trigger-spray
Figure BDA0004004230910000613
(包含过碳酸钠≤50％wt、柠檬酸≤20％和四乙酰乙二胺≤25％-参见https://gamahealthcare.com/products/sporicidal-wipes的过乙酸产生擦拭物)。
表6：
Figure BDA0004004230910000614
表7：整个研究中使用的液体杀芽孢测试试剂和对照溶液。PBS＝磷酸缓冲盐水，RCM＝强化梭菌培养基。
Figure BDA0004004230910000621
设备和介质
UKAS校准的移液管(0.5至1000μL范围)，
Figure BDA0004004230910000622
Plus–Sartorius UK
UKAS校准的多通道移液管(P300-P20)–Gilson UK
Eppendorf 5452微型旋转离心机–Eppendorf，DE
校准天平，Ohaus NV212–Scientific Laboratories Supplies(SLS)UK
厌氧柜，Whitley MG500–Don Whitley Scientific Limited，UK
数字干浴–SLS，UK
无菌通用管–SLS，UK
96孔板，SLS，UK
介质
无核酸酶的水–适配体组
TbKat缓冲液–适配体组
TbKst缓冲液–适配体组
补充有马血和酵母的脑心浸液琼脂(BHI-YHT)。组分参见表8
强化梭菌培养基(reinforced clostridial medium，RCM)
Figure BDA0004004230910000623
-SLS，UK
磷酸缓冲盐水(PBS)-SLS，UK
GH中和剂(对于组分，参见表9)
表8：BHIY-HT的制备
Figure BDA0004004230910000631
表9：GH中和剂的制备
Figure BDA0004004230910000632
方法
在测试之前，将CotE_H2适配体在无核酸酶的水中稀释至4×储备浓度(80μM)。将适配体通过在数字干浴中加热至95℃持续5分钟进行折叠，并随后立即置于冰中并且冷却至2℃。CotE_H2在使用期间储存在2至4℃下。根据内部程序，将艰难梭菌SH11细菌芽孢接种物制备成1×108±5×107CFUmL-1。通过系列稀释并将所得悬浮液平板接种到补充有马血和酵母的脑心浸液琼脂(BHI-YHT)上来确定接种物。在TbKst缓冲液中稀释每种4×储备浓度的CotE-H2(80μM)以获得2×测试中浓度(40μM)。将十微升艰难梭菌芽孢添加至10μL的2×测试中浓度的CotE-H2。用移液管将芽孢悬浮液混合，并在室温下与CotE-H2一起孵育1小时。然后通过以13,400RPM离心10分钟来洗涤芽孢三次。在每次洗涤中，除去上清液，并将沉淀物重悬于100μL的“TbKst”缓冲液中。在第三次洗涤后，将芽孢重悬于100μL的“TbKst”缓冲液中，并涡旋以获得均质溶液。
从储液制备每种杀芽孢测试试剂的总共五种2×测试中浓度(1:2稀释)(100％、50％、25％、12.5％、6.25％、3.125％)。通过向擦拭物添加100mL水，并随后从擦拭物中挤出溶液来制备Clinell溶液。
还制备了阴性和阳性对照溶液。将每种杀芽孢测试试剂浓度或对照溶液的二十五微升等分试样添加至96孔板的孔。将适配体-芽孢悬浮液的25μL等分试样添加至每种测试试剂或对照溶液，并用移液管混合。每种杀芽孢测试试剂的最终测试中浓度为50％、25％、12.5％、6.25％、3.125％、1.5625％。然后将板在37℃±2℃下在厌氧环境中孵育15分钟。在孵育之后，向每个孔添加50μL的GH中和剂，并用移液管混合。从每个孔中取出中和悬浮液的10μL等分试样，并转移到琼脂板上，并在37℃±2℃下在厌氧环境中孵育48小时。生长记录为“+”并且无生长记录为“-”。每种浓度的最小杀芽孢浓度(minimum sporicidalconcentration，MSC)被确定为对于所有重复无生长的最低浓度。如果在最低浓度下没有观察到生长，则显示为“<”。如果在最高浓度下观察到生长，则显示为“>”。然后在不存在适配体的情况下重复测试。测试一式三份进行。
实施例2
使用两种艰难梭菌菌株芽孢，评估在存在和不存在三种适配体的情况下五种浓度的三种杀芽孢产品的最小杀芽孢浓度。
用CDec_D1和CDem_D2适配体(对于艰难梭菌SH11芽孢)以及CotE_H2、CDec_D1和CDem_D2适配体(对于艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000641
43598TM芽孢)来重复实施例1中概述的方法。
结果
使用艰难梭菌SH11芽孢，评估在存在和不存在CotE_H2适配体的情况下五种浓度的三种杀芽孢产品的最小杀芽孢浓度。
当在不存在CotE_H2适配体的情况下针对艰难梭菌SH11芽孢评估测试试剂时，报道了
Figure BDA0004004230910000651
杀芽孢溶液的最低MSC(25％)(表10和表11)。报道了
Figure BDA0004004230910000652
和ChemgeneTM的MSC为大于50％浓度。当艰难梭菌SH11芽孢在CotE_H2适配体的存在下进行测试时，报道了
Figure BDA0004004230910000653
杀芽孢溶液的MSC为大于两倍高。其他两种测试产品保持不变。特别地，结果显示尚未确定出
Figure BDA0004004230910000654
和ChemgeneTM产品的MSC。因此，结果表明不能确定适配体的存在是否对艰难梭菌芽孢具有影响。
使用艰难梭菌在存在和不存在三种适配体的情况下杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。
表10：在不存在CotE_H2适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000655
使用艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000656
43598TM芽孢在存在和不存在三种适配体的情况下的杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。
表11：在不存在适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000657
43598TM芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000661
表12：在存在CotE_H2适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000662
43598TM芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000663
表13：在存在CDec_D1适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000664
43598TM芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000671
表14：在存在CDem_D2适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000672
43598TM芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000673
使用艰难梭菌SH11芽孢，在存在两种适配体的情况下的杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。
表15：在存在CDec_D1适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(N＝3)。
Figure BDA0004004230910000681
表16：在存在CDem_D2适配体的情况下，在用纯的和稀释的杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(N＝3)。
Figure BDA0004004230910000682
表17：在存在和不存在CotE_H2适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000683
杀芽孢溶液、
Figure BDA0004004230910000684
和ChemgeneTM针对艰难梭菌SH11芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000685
Figure BDA0004004230910000691
表18：在存在和不存在CotE_H2、CDec_D1和CDem_D2适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000692
杀芽孢溶液、
Figure BDA0004004230910000693
和ChemgeneTM针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000694
43598TM芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。*＝一些重复未回收。
Figure BDA0004004230910000695
讨论
当在不存在适配体的情况下针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000696
43598TM芽孢评估测试试剂时，报道了对于所有测试项目均为大于50％浓度。当在存在CotE_H2和CDec_D1适配体的情况下测试艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000697
43598TM芽孢时，
Figure BDA0004004230910000698
杀芽孢溶液的MSC降低。当在存在CDem_D2适配体的情况下测试艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000699
43598TM芽孢时，对于
Figure BDA00040042309100006910
杀芽孢溶液观察到MSC降低大于两倍。在存在任何适配体的情况下，对于
Figure BDA00040042309100006911
和ChemgeneTM未观察到MSC的变化。
当在不存在适配体的情况下针对艰难梭菌SH11芽孢评估测试试剂时，对于
Figure BDA00040042309100006912
杀芽孢溶液观察到最低的MSC(25％)。对于
Figure BDA00040042309100006913
和ChemgeneTM的MSC观察到大于50％的浓度。当在存在CDec_D1适配体的情况下测试艰难梭菌SH11芽孢时，对于任何测试项目未观察到MSC的变化。当在存在CDem_D2适配体的情况下测试艰难梭菌SH11芽孢时，对于
Figure BDA00040042309100006914
杀芽孢溶液报道了MSC为大于两倍高(表19)。对于
Figure BDA00040042309100006915
和ChemgenTM未观察到MSC的变化。
表19:在存在和不存在CotE_H2、CDec_D1和Cdem_D2适配体的情况下，
Figure BDA00040042309100006916
杀芽孢溶液、
Figure BDA00040042309100006917
和ChemgeneTM针对艰难梭菌SH11芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000701
讨论
艰难梭菌是芽孢形成的革兰氏阳性专性厌氧菌。艰难梭菌感染被认为是全球感染的主要原因，并且相关死亡率和发病率均提高。由艰难梭菌在表面上形成的芽孢持续数周具有生存力，促进了艰难梭菌感染的传播和发生。杀芽孢溶液被设计成根除有恢复力的芽孢，并通常用于净化临床环境中的表面。适配体是包含DNA和/或RNA的短的人工单链寡核苷酸，其以高选择性和高灵敏度与其靶标结合。
在不存在适配体的情况下处理15分钟之后，没有一种测试溶液在浓度≤50％时表现出针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000705
43598TM芽孢的杀芽孢活性，而浓度为25％的
Figure BDA0004004230910000706
杀芽孢溶液表现出针对艰难梭菌SH11芽孢的杀芽孢活性。在存在适配体的情况下，针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000709
43598TM芽孢的
Figure BDA0004004230910000707
杀芽孢溶液的MSC降低。然而，针对艰难梭菌SH11芽孢，
Figure BDA00040042309100007010
杀芽孢溶液的MSC为大于两倍高。没有观察到
Figure BDA0004004230910000708
和ChemgeneTM溶液的杀芽孢溶液针对任一艰难梭菌菌株芽孢的变化。结果表明，适配体可对不同的艰难梭菌菌株芽孢具有不同的结合亲和力。
实施例3
在下表20中列出了本研究中使用的艰难梭菌(原名艰难梭菌(Clostridiumdifficile))芽孢悬浮液。艰难梭菌R20291悬浮液由
Figure BDA0004004230910000702
于2020年1月23日提供，并在到达之后储存在4℃下。艰难梭菌SH11悬浮液由
Figure BDA0004004230910000703
于2020年2月17日提供，并在到达之后储存在4℃下。
表20：
Figure BDA0004004230910000704
Figure BDA0004004230910000711
测试试剂
本研究中使用的测试试剂在下表21和表22中列出。适配体和缓冲液由AptamerGroup Limited提供。
表21：
测试试剂名称 缓冲液 所提供的浓度(μM) 测试中浓度(μM)
CDiff_F1适配体 BB+Mg2+ 100 20,10,5,2.5
表22：
Figure BDA0004004230910000712
设备
UKAS校准的移液管(0.5至1000μL范围)，
Figure BDA0004004230910000713
Plus–Sartorius，UK
UKAS校准多通道移液管(P300和P20)–
Figure BDA0004004230910000714
UK
Eppendorf 5452微型旋转离心机–Eppendorf，DE
校准天平，Ohaus NV212–Scientific Laboratory Supplies Ltd(SLS),UK
厌氧柜，Whitley MG500–Don Whitley Scientific Limited，UK
数字干浴–SLS，UK
无菌通用管–SLS，UK
96孔板–SLS，UK
介质
无核酸酶的水–适配体组，UK
BB+Mg2+缓冲液–适配体组，UK
脑心浸液琼脂–SLS，UK
牛磺胆酸钠–Sigma-Aldrich，UK
酵母提取物–Sigma-Aldrich，UK
马血–TCS Biosciences，UK
强化梭菌培养基(RCM)，
Figure BDA0004004230910000721
–SLS，UK
磷酸缓冲盐水(PBS)–SLS，UK
皂苷–Sigma-Aldrich，UK
硫代硫酸钠–Sigma-Aldrich，UK
十二烷基硫酸钠–Sigma-Aldrich，UK
卵磷脂–Sigma-Aldrich，UK
L-组氨酸–Sigma-Aldrich，UK
吐温80–Sigma-Aldrich，UK
补充有马血和酵母的脑心浸液琼脂(BHI-YHT)的制备。
化合物 量
脑心浸液琼脂 52g
酵母提取物 5g
牛磺胆酸钠水合物 1g
去纤维蛋白的马血 70mL
蒸馏水 1L
方法
与
Figure BDA0004004230910000722
杀芽孢溶液组合的CDiff_F1适配体针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢增强能力的评价。
在测试之前，CDiff_F1适配体在无核酸酶的水中稀释至浓度为80μM。将适配体通过在数字干浴中加热至95℃持续5分钟进行折叠，并随后立即置于冰上并冷却至2℃。适配体在使用期间储存在2至4℃下。根据内部程序，将艰难梭菌SH11细菌芽孢接种物制备成1×108±5×107CFUmL-1。通过系列稀释并将所得悬浮液平板接种到补充有马血和酵母的脑心浸液琼脂(BHI-YHT)上来确定接种物。在“BB+Mg2+”缓冲液中进一步稀释CDiff_F1适配体以获得两倍的测试中浓度(40μM、20μM、10μM和5μM)。将十微升艰难梭菌芽孢添加至10μL的每种两倍测试中浓度的CDiff_F1适配体。用移液管将芽孢悬浮液混合，并在室温下与CDiff_F1适配体一起孵育一小时。然后通过以13,400RPM离心10分钟来洗涤芽孢三次。在每次洗涤中，除去上清液，并将沉淀物重悬于100μL的“BB+Mg2+”缓冲液中。在第三次洗涤后，将芽孢重悬于100μL的“BB+Mg2+”缓冲液中，并涡旋以获得均质溶液。
从储液制备每种杀芽孢测试试剂的总共六种二倍测试中浓度(100％、50％、25％、12.5％、6.25％、3.125％)。还制备了阴性和阳性对照溶液。将每种杀芽孢测试试剂浓度或对照溶液的十微升等分试样添加至96孔板的孔。将适配体-芽孢悬浮液的10μL等分试样添加至每种测试试剂或对照溶液，并用移液管混合。每种杀芽孢测试试剂的最终测试中浓度为50％、25％、12.5％、6.25％、3.125％、1.5625％。然后将板在37℃±2℃下在厌氧环境中孵育15分钟。在孵育之后，向每个孔添加50μL的GH中和剂，并用移液管混合。从每个孔中取出中和悬浮液的10μL等分试样，并转移到琼脂板上，并在37℃±2℃下在厌氧环境中孵育48小时。生长记录为“+”并且无生长记录为“-”。每种浓度的最小杀芽孢浓度(MSC)被确定为对于所有重复无生长的最低浓度。如果在最高浓度下观察到生长，则显示为“>”。在不存在适配体和不存在
Figure BDA0004004230910000731
杀芽孢溶液的情况下重复测试。还使用艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000732
43598TM和艰难梭菌R20291芽孢重复测试。测试一式三份进行。
结果
与
Figure BDA0004004230910000733
杀芽孢溶液组合的CDiff_F1适配体针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢增强能力的评价。
3.1.1艰难梭菌SH11芽孢
在不存在
Figure BDA0004004230910000734
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CDiff_F1适配体的存在均不会影响艰难梭菌SH11芽孢的生长。当在不存在CDiff_F1适配体的情况下针对艰难梭菌SH11芽孢评估六种浓度的
Figure BDA0004004230910000735
杀芽孢溶液时，MSC>50％。在存在2.5μM、5μM和10μMCDiff_F1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000741
杀芽孢溶液的MSC为25％。这是
Figure BDA0004004230910000742
杀芽孢溶液的MSC的>2倍低。在存在20μM CDiff_F1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000743
杀芽孢溶液的MSC为12.5％。这是
Figure BDA0004004230910000744
杀芽孢溶液的MSC的>4倍低。
表23：在存在和不存在多种浓度的CDiff_F1适配体的情况下，CDiff_F1适配体和Clinell杀芽孢溶液针对艰难梭菌SH11芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000745
在不存在
Figure BDA0004004230910000746
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CDiff_F1适配体的存在均不会影响艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000747
43598TM芽孢的生长(表24)。当在不存在CDiff_F1适配体的情况下针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000748
43598TM芽孢评估六种浓度的
Figure BDA0004004230910000749
杀芽孢溶液时，MSC>50％。在存在所有浓度的CDiff_F1适配体的情况下，
Figure BDA00040042309100007410
杀芽孢溶液的MSC为25％。这是
Figure BDA00040042309100007411
杀芽孢溶液的MSC的>2倍低。
表24：在存在和不存在多种浓度的CDiff_F1适配体的情况下，CDiff_F1适配体和Clinell杀芽孢溶液针对艰难梭菌ATCC 43598芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。*＝对于一个重复没有观察到生长，这表明50％的Clinell杀芽孢溶液足以杀伤一个重复的所有芽孢，然而，50％不能被认为是MSC，因为对于其他两个重复观察到了生长。
Figure BDA00040042309100007412
表25：在存在和不存在多种浓度的CDiff_F1适配体的情况下，CDiff_F1适配体和Clinell杀芽孢溶液针对艰难梭菌R20291芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000751
表26：使用艰难梭菌SH11芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000752
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在不存在CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的Clinell杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000753
表27：在存在20μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000754
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000761
表28：在存在10μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000762
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000763
表29：在存在5μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000764
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000771
表30：在存在2.5μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000772
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000773
表31：用四种浓度的适配体处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌SH11芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000774
表32：使用艰难梭菌ATCC 43598芽孢，在不存在CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000775
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在不存在CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的Clinell杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌43598芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000781
表33：使用艰难梭菌ATCC 43598芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000782
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在20μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的Clinell杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌43598芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000783
表34：使用艰难梭菌ATCC 43598芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000784
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在10μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000796
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌43598芽孢之后观察到的生长。+＝存在生长，-＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000791
表35：使用艰难梭菌ATCC 43598芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000792
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在5μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000793
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌43598芽孢之后观察到的生长。+＝存在生长，-＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000794
表36：使用艰难梭菌ATCC 43598芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000795
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在2.5μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000801
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌43598芽孢之后观察到的生长。+＝存在生长，-＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000802
表37：用四种浓度的适配体处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌ATCC 43598芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000803
表38：使用艰难梭菌R20291芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000804
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在不存在CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的Clinell杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌R20291芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000805
Figure BDA0004004230910000811
表39：使用艰难梭菌R20291芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000812
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在20μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000813
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌R20291芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000814
表40：使用艰难梭菌R20291芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000815
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在10μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000816
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌R20291芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000817
Figure BDA0004004230910000821
表41：使用艰难梭菌R20291芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000822
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在5μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000823
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌R20291芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000824
表42：使用艰难梭菌R20291芽孢，在存在和不存在四种浓度的CDiff_F1适配体的情况下的
Figure BDA0004004230910000825
杀芽孢溶液的杀芽孢浓度。在存在5μM CDiff_F1适配体的情况下，在用六种浓度的
Figure BDA0004004230910000826
杀芽孢溶液处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌R20291芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000831
表43：用四种浓度的适配体处理15分钟之后回收有生存力的艰难梭菌R20291芽孢之后观察到的生长。“+”＝存在生长，“-”＝无生长(n＝3)。
Figure BDA0004004230910000832
讨论
艰难梭菌是厌氧芽孢形成细菌，被认为引起全球院内感染。艰难梭菌芽孢由于其对清洁方案的恢复力而广泛存在于环境中。杀芽孢溶液被设计成根除有恢复力的芽孢，并通常用于净化临床环境中的表面。添加CDiff_F1适配体增强了
Figure BDA0004004230910000833
杀芽孢溶液针对所有三种艰难梭菌菌株芽孢的杀芽孢能力。
Figure BDA0004004230910000834
杀芽孢溶液的杀芽孢增强作用在三种菌株之间不同，并且从艰难梭菌SH11芽孢中观察到与20μM CDiff F1适配体组合的
Figure BDA0004004230910000835
杀芽孢溶液的MSC降低最大。仅添加CDiff_F1适配体不影响任何艰难梭菌菌株芽孢的生长，这可以表明一旦与芽孢结合的Clinell杀芽孢溶液与适配体之间的相互作用。结果表明，CDiff_F1适配体可对艰难梭菌SH11芽孢具有最大的结合亲和力。
实施例4
测试微生物
在表1中列出了本研究中使用的艰难梭菌(原名艰难梭菌(Clostridium difficile))芽孢悬浮液。艰难梭菌R20291悬浮液由
Figure BDA0004004230910000841
于2020年1月23日提供，并在到达之后储存在4℃下。艰难梭菌SH11悬浮液由
Figure BDA0004004230910000842
于2020年2月17日提供，并在到达之后储存在4℃下。
表44：艰难梭菌菌株
Figure BDA0004004230910000843
表45：使用的测试试剂
Figure BDA0004004230910000844
PBS＝磷酸缓冲盐水，RCM＝强化梭菌培养基。
设备和介质
介质
无核酸酶的水–由Aptamer group，UK提供
“TbKst”缓冲液–由Aptamer group，UK提供“TbKat”缓冲液–由Aptamer group，UK提供牛磺胆酸钠–Sigma-Aldrich，UK
酵母提取物–Sigma-Aldrich，UK马血–TCS Biosciences Ltd，UK
强化梭菌培养基(RCM)，
Figure BDA0004004230910000845
–SLS，UK磷酸缓冲盐水(PBS)–SLS，UK
皂苷–Sigma-Aldrich，UK
硫代硫酸钠–Sigma-Aldrich，UK十二烷基硫酸钠–Sigma-Aldrich，UK
卵磷脂–Sigma-Aldrich，UK
L-组氨酸–Sigma-Aldrich，UK吐温80–Sigma-Aldrich，UK
方法
与
Figure BDA0004004230910000851
杀芽孢溶液组合的CotE_H2和CDec_D1适配体针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢增强能力的评价。
在测试之前，将CotE_H2适配体在无核酸酶的水中稀释至浓度为80μM。将适配体通过在数字干浴中加热至95℃持续5分钟进行折叠，并随后立即置于冰上并冷却至2℃。适配体在使用期间储存在2至4℃下。根据内部程序，将艰难梭菌SH11细菌芽孢接种物制备成1×107±5×106CFUmL-1。通过系列稀释并将所得悬浮液平板接种到补充有马血和酵母的脑心浸液琼脂(BHI-YHT)上来确定接种物。在“TbKst”缓冲液中进一步稀释CotE_H2适配体以获得2×测试中浓度(40μM、20μM、10μM和5μM)。将十微升艰难梭菌芽孢添加至10μL的每种2×测试中浓度的CotE_H2适配体。用移液管将芽孢悬浮液混合，并在室温下与CotE_H2适配体一起孵育一小时。然后通过以13,400RPM离心10分钟来洗涤芽孢三次。在每次洗涤中，除去上清液，并将沉淀物重悬于100μL的“TbKst”缓冲液中。在第三次洗涤后，将芽孢重悬于100μL的“TbKst”缓冲液中，并涡旋以获得均质溶液。
从储液制备总共六种2×测试中浓度(1:2稀释)的杀芽孢测试试剂(100％、50％、25％、12.5％、6.25％、3.125％)。还制备了阴性和阳性对照溶液。将每种杀芽孢测试试剂浓度或对照溶液的十微升等分试样添加至96孔板的孔。将适配体-芽孢悬浮液的10μL等分试样添加至每种测试试剂或对照溶液，并用移液管混合。杀芽孢测试试剂的最终测试中浓度为50％、25％、12.5％、6.25％、3.125％、1.5625％。然后将板在37℃±2℃下在厌氧环境中孵育15分钟。在孵育之后，向每个孔添加50μL的GH中和剂，并用移液管混合。从每个孔中取出中和悬浮液的10μL等分试样，并转移到琼脂板上，在37℃±2℃下在厌氧环境中孵育48小时。生长记录为“+”并且无生长记录为“-”。每种芽孢和适配体浓度的最小杀芽孢浓度(MSC)被确定为对于所有重复无生长的最低浓度。如果在最高浓度下观察到生长，则显示为“>”。在不存在适配体和不存在
Figure BDA0004004230910000852
杀芽孢溶液的情况下重复测试。还使用艰难梭菌
Figure BDA00040042309100008614
43598TM和艰难梭菌R20291芽孢重复测试。测试一式三份进行。对于所有三种艰难梭菌菌株芽孢，用CDec_D1适配体重复该方法。
结果
与
Figure BDA0004004230910000861
杀芽孢溶液组合的CotE_H2适配体针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢增强能力的评价。
艰难梭菌SH11芽孢
在不存在
Figure BDA0004004230910000862
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CotE H2适配体的存在均不会影响艰难梭菌SH11芽孢的生长。当在不存在CotE_H2适配体的情况下针对艰难梭菌SH11芽孢评估六种浓度的
Figure BDA0004004230910000863
杀芽孢溶液时，MSC为25％。在存在20μM、10μM、5μM和2.5μMCotE_H2适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000864
杀芽孢溶液的MSC为12.5％。这是
Figure BDA0004004230910000865
杀芽孢溶液的MSC的两倍低。
表46:在存在和不存在多种浓度的CotE_H2适配体的情况下，CotE_H2适配体和
Figure BDA0004004230910000866
杀芽孢溶液针对艰难梭菌SH11芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000867
艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000868
43598TM芽孢
在不存在
Figure BDA0004004230910000869
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CotE_H2适配体的存在均不会影响艰难梭菌
Figure BDA00040042309100008610
43598TM芽孢的生长。当在不存在CotE_H2适配体的情况下针对艰难梭菌
Figure BDA00040042309100008611
43598TM芽孢评估六种浓度的
Figure BDA00040042309100008612
杀芽孢溶液时，MSC为12.5％。20μM、10μM、5μM和2.5μM CotE_H2适配体的存在不影响
Figure BDA00040042309100008613
杀芽孢溶液的MSC。
表47：在存在和不存在多种浓度的CotE_H2适配体的情况下，CotE_H2适配体和
Figure BDA0004004230910000871
杀芽孢溶液针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000872
43598TM芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000873
艰难梭菌R20291芽孢
在不存在
Figure BDA0004004230910000874
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CotE_H2适配体的存在均不会影响艰难梭菌R20291芽孢的生长。当在不存在CotE_H2适配体的情况下针对艰难梭菌R20291芽孢评估六种浓度的
Figure BDA0004004230910000875
杀芽孢溶液时，MSC为25％。在存在20μM CotE_H2适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000876
杀芽孢溶液的MSC为12.5％。这是
Figure BDA0004004230910000877
杀芽孢溶液的MSC的两倍低。当针对艰难梭菌R20291芽孢进行评估时，10μM、5μM和2.5μM CotE_H2适配体的存在不影响
Figure BDA0004004230910000878
杀芽孢溶液的MSC。
表48：在存在和不存在多种浓度的CotE_H2适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000879
杀芽孢溶液针对艰难梭菌R20291芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA00040042309100008710
实施例6
与
Figure BDA0004004230910000881
杀芽孢溶液组合的CDec_D1适配体针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢增强能力的评价。
艰难梭菌SH11芽孢
在不存在
Figure BDA0004004230910000882
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CDec_D1适配体的存在均不会影响艰难梭菌SH11芽孢的生长。当在不存在CDec_D1适配体的情况下针对艰难梭菌SH11芽孢评估六种浓度的
Figure BDA0004004230910000883
杀芽孢溶液时，MSC为50％。在存在20μM、10μM和5μM CDec_D1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000884
杀芽孢溶液的MSC为25％。这是
Figure BDA0004004230910000885
杀芽孢溶液的MSC的2倍低。2.5μM CDec_D1适配体的存在不影响
Figure BDA0004004230910000886
杀芽孢溶液的MSC。
表49：在存在和不存在多种浓度的CDec_D1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000887
杀芽孢溶液针对艰难梭菌SH11芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000888
艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000889
43598TM芽孢
在不存在
Figure BDA00040042309100008810
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CDec_D1适配体的存在均不会影响艰难梭菌
Figure BDA00040042309100008811
43598TM芽孢的生长。当在不存在CDec_D1适配体的情况下针对艰难梭菌
Figure BDA00040042309100008812
43598TM芽孢评估六种浓度的
Figure BDA00040042309100008813
杀芽孢溶液时，MSC为25％。在存在20μM、10μM和5μM CDec_D1适配体的情况下，
Figure BDA00040042309100008814
杀芽孢溶液的MSC为12.5％。这是
Figure BDA00040042309100008815
杀芽孢溶液的MSC的两倍低。2.5μM CDec_D1适配体的存在不影响
Figure BDA00040042309100008816
杀芽孢溶液的MSC。
表50：在存在和不存在多种浓度的CDec_D1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000891
杀芽孢溶液针对艰难梭菌
Figure BDA0004004230910000892
43598TM芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000893
艰难梭菌R20291芽孢
在不存在
Figure BDA0004004230910000894
杀芽孢溶液的情况下，任何浓度的CDec_D1适配体的存在均不会影响艰难梭菌R20291芽孢的生长。当在不存在CDec_D1适配体的情况下针对艰难梭菌R20291芽孢评估六种浓度的
Figure BDA0004004230910000895
杀芽孢溶液时，MSC为50％。在存在20μM和10μMCDec_D1适配体的情况下，
Figure BDA0004004230910000896
杀芽孢溶液的MSC为12.5％。这是
Figure BDA0004004230910000897
杀芽孢溶液的MSC的4倍低。当针对艰难梭菌R20291芽孢进行评估时，5μM和2.5μM CDec_D1适配体的存在不影响
Figure BDA0004004230910000898
杀芽孢溶液的MSC。
表51：在存在和不存在多种浓度的CDec_D1适配体的情况下，
Figure BDA00040042309100008910
杀芽孢溶液针对艰难梭菌R20291芽孢的最小杀芽孢浓度(MSC)。
Figure BDA0004004230910000899
讨论
艰难梭菌是厌氧芽孢形成细菌，被认为引起全球院内感染。艰难梭菌芽孢由于其对清洁方案的恢复力而广泛存在于环境中。杀芽孢溶液被设计成根除有恢复力的芽孢，并通常用于净化临床环境中的表面。与其他芽孢菌株相比，芽孢外壁层的存在使得艰难梭菌芽孢对杀芽孢产品更具抗性，因为杀芽孢剂可能难以穿透该层。适配体是短的人工单链DNA或RNA寡核苷酸，其以高选择性和高灵敏度与其靶标结合。
添加CotE_H2适配体增强了
Figure BDA0004004230910000901
杀芽孢溶液针对艰难梭菌SH11和R20291芽孢的杀芽孢能力。添加所有浓度的CotE_H2适配体降低了
Figure BDA0004004230910000902
杀芽孢溶液针对艰难梭菌SH11芽孢的MSC，而仅添加20μM CotE_H2适配体降低了
Figure BDA0004004230910000903
杀芽孢溶液针对艰难梭菌R20291芽孢的MSC。
添加CDec_D1适配体增强了
Figure BDA0004004230910000904
杀芽孢溶液针对所有三种艰难梭菌菌株芽孢的杀芽孢能力。杀芽孢增强在三种菌株之间不同，并且在与10μM和20μM CDec_D1适配体组合的
Figure BDA0004004230910000905
杀芽孢剂针对艰难梭菌R20291芽孢的MSC中观察到最大倍数的降低。适配体可在结合期间影响艰难梭菌芽孢的芽孢外壁层的生物化学或生物物理性质，这可提高其对杀芽孢产品的敏感性。
结果表明，CotE_H2适配体对艰难梭菌SH11芽孢具有最大亲和力，而CDec_D1适配体对艰难梭菌R20291芽孢具有最大亲和力。结果还表明杀芽孢增强依赖于存在的适配体的浓度，因为添加2.5μM CDec_D1适配体不影响
Figure BDA0004004230910000906
杀芽孢溶液针对所有三种艰难梭菌菌株芽孢的MSC。
讨论
本文中所述的适配体可用于增强杀芽孢剂(例如过乙酸)的杀芽孢活性。不同的适配体(针对(raised to)不同的艰难梭菌芽孢靶标)可对过乙酸针对不同芽孢菌株的杀芽孢活性具有不同的影响。例如，20μM的CDiff_F1适配体可导致针对SH11菌株芽孢的杀芽孢活性所需的过乙酸的浓度降低多至4倍。此外，在15分钟之后，CDiff_F1适配体可导致针对ATCC 43598菌株芽孢的杀芽孢活性所需的过乙酸的浓度降低多至2倍。适配体壳多糖酶_D11和适配体CdeC_D1可各自使针对R20291菌株芽孢的杀芽孢活性所需的过乙酸的浓度降低多至4倍。
出于本文中和参考文献本身中显而易见的所有目的将整个本申请中引用的参考文献的全部内容并入本文，就好像每个参考文献均被充分阐述一样。为了呈现，在本文中的特定位置引用了这些参考文献中的特定参考文献。在特定位置对参考文献的引用表明了将参考文献的教导并入的方式。然而，在特定位置对参考文献的引用并不限制出于所有目的并入所引用参考文献的所有教导的方式。
因此，应当理解，本公开内容不限于所公开的具体实施方案，而旨在覆盖由所附权利要求书和/或以上说明书所限定的本公开内容的精神和范围内的所有修改。
序列表
<110> BIOVECTOR INC.
<120> 降低或防止艰难梭菌定殖的方法
<130> 193519-010108
<150> 63/011,850
<151> 2020-04-17
<160> 55
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 81
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 1
ccagtgtaga ctactcaatg ctcttacgat cctcacctgc tagcacaccc atatcccatg 60
cgtactatcc acaggtcaac c 81
<210> 2
<211> 81
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 2
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<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
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<220>
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<220>
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<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 14
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<210> 15
<211> 305
<212> PRT
<213> 艰难梭菌（Clostridium difficile）
<400> 15
Met Glu Asn Asn Lys Cys Arg Glu Asp Phe Arg Phe Thr Gln Glu Tyr
1 5 10 15
Glu Glu Asp Tyr Pro Asn Thr Asn Glu Arg Tyr Tyr Glu Asn Tyr Gln
20 25 30
Val Ala Asp Arg Tyr Tyr Asn Tyr Pro Asn Lys Tyr Lys Glu Pro Lys
35 40 45
Ile Lys Gln Cys Cys Cys Lys Lys Ser Met Arg Glu Ala Leu Glu Leu
50 55 60
Leu Arg Tyr Asp Ala Leu Arg Pro Phe Val Asn Phe Asn Gln Phe Ala
65 70 75 80
Phe Ile Ser Asp Phe Phe Ile Val Gly Ala Asn Leu Val Gly Ile Asp
85 90 95
Leu Ser Ala Pro Pro Lys Asp Asn Leu Ser Gly Leu Asp Gly Thr Phe
100 105 110
Glu Arg Phe Ser Ala Cys Asn Cys Asp Leu Ile Asp Ile Ala Gly Arg
115 120 125
Val Ser Tyr Pro Ile Pro Val Pro Leu Thr Leu Glu Gly Leu Ile Asn
130 135 140
Thr Ile Gly Thr Ile Pro Gly Val Ala Glu Leu Ile Ala Leu Ile Asp
145 150 155 160
Ala Val Ile Pro Pro Thr Ile Asp Leu Gly Ala Ile Leu Asp Ala Ile
165 170 175
Leu Ala Ala Ile Ile Asp Phe Ile Leu Ala Ala Ser Thr Pro Leu Ala
180 185 190
Asn Val Asp Leu Ala Ser Leu Cys Asn Leu Lys Ala Val Ala Phe Asp
195 200 205
Ile Thr Pro Ala Asp Tyr Glu Asp Phe Ile Ala Ser Leu Gly Tyr Tyr
210 215 220
Leu Asp Lys Lys His Tyr Lys Glu Cys Asn Cys Asn Cys Asp Cys Asp
225 230 235 240
Asp Cys Cys Cys Asn Lys Gly Ile Leu Asp Asn Leu Tyr Met Ser Asn
245 250 255
Ile Asn Asn Gln Val Thr Val Val Ala Gly Ser Leu Val Leu Thr Gly
260 265 270
Val Glu Val Leu Gly Lys Lys Asn Asp Val Ile Val Leu Gly Asn Ser
275 280 285
Asn Asp Ser Arg Ile Tyr Phe Val Cys Val Asp Ser Ile Asp Tyr Ile
290 295 300
Ala
305
<210> 16
<211> 712
<212> PRT
<213> 艰难梭菌
<400> 16
Met Ile Tyr Met Pro Asn Leu Pro Ser Leu Gly Ser Lys Ala Pro Asp
1 5 10 15
Phe Lys Ala Asn Thr Thr Asn Gly Pro Ile Arg Leu Ser Asp Tyr Lys
20 25 30
Gly Asn Trp Ile Val Leu Phe Ser His Pro Gly Asp Phe Thr Pro Val
35 40 45
Cys Thr Thr Glu Phe Leu Cys Phe Ala Lys Tyr Tyr Asp Glu Phe Lys
50 55 60
Lys Arg Asn Thr Glu Leu Ile Gly Leu Ser Val Asp Ser Asn Ser Ser
65 70 75 80
His Leu Ala Trp Met Tyr Asn Ile Ser Leu Leu Thr Gly Val Glu Ile
85 90 95
Pro Phe Pro Ile Ile Glu Asp Arg Asp Met Arg Ile Ala Lys Leu Tyr
100 105 110
Gly Met Ile Ser Lys Pro Met Ser Asp Thr Ser Thr Val Arg Ser Val
115 120 125
Phe Ile Ile Asp Asn Asn Gln Ile Leu Arg Thr Ile Leu Tyr Tyr Pro
130 135 140
Leu Thr Thr Gly Arg Asn Ile Pro Glu Ile Leu Arg Ile Val Asp Ala
145 150 155 160
Leu Gln Thr Ser Asp Arg Asp Asn Ile Val Thr Pro Ala Asn Trp Phe
165 170 175
Pro Gly Met Pro Val Ile Leu Pro Tyr Pro Lys Asn Tyr Lys Glu Leu
180 185 190
Lys Asn Arg Val Asn Ser Cys Asn Lys Lys Tyr Ser Cys Met Asp Trp
195 200 205
Tyr Leu Cys Phe Val Pro Asp Asn Tyr Asn Asp Glu Glu Val Ser Lys
210 215 220
Lys Ile Asp Asn Thr Cys Ser Trp Lys Lys Glu His Thr Lys Asn Ile
225 230 235 240
Glu Asn Glu Cys Asn Cys Glu His Glu His His Asp Tyr Leu Asn Lys
245 250 255
Ala Leu Asp Cys Lys Gln Glu His Lys Thr Asp Ile Lys Asp Asp Cys
260 265 270
Asn His Glu Lys Lys His Thr Lys Asn Thr Asn Lys Val His Asn Ser
275 280 285
Lys Gln Asp Lys Phe Lys Asp Lys Ser Cys Asp Glu Met Asn Phe Asn
290 295 300
Tyr Asp Lys Asp Glu Ser Cys Asp Lys Ile Asn Ser Ser Tyr Asn Lys
305 310 315 320
Glu Asp Ser Ser Tyr Glu Asp Phe Tyr Lys His Asn Tyr Lys Asn Tyr
325 330 335
Asp Tyr Thr Ser Glu Lys Asn Thr Lys Lys Ile Ala Met Lys Thr Leu
340 345 350
Lys Asp Ser Lys Lys Leu Val Arg Pro Gln Ile Thr Asp Pro Tyr Asn
355 360 365
Pro Ile Val Glu Asn Ala Asn Cys Pro Asp Ile Asn Pro Ile Val Ala
370 375 380
Glu Tyr Val Leu Gly Asn Pro Thr Asn Val Asp Ala Gln Leu Leu Asp
385 390 395 400
Ala Val Ile Phe Ala Phe Ala Glu Ile Asp Gln Ser Gly Asn Leu Phe
405 410 415
Ile Pro Tyr Pro Arg Phe Leu Asn Gln Leu Leu Ala Leu Lys Gly Glu
420 425 430
Lys Pro Ser Leu Lys Val Ile Val Ala Ile Gly Gly Trp Gly Ala Glu
435 440 445
Gly Phe Ser Asp Ala Ala Leu Thr Pro Thr Ser Arg Tyr Asn Phe Ala
450 455 460
Arg Gln Val Asn Gln Met Ile Asn Glu Tyr Ala Leu Asp Gly Ile Asp
465 470 475 480
Ile Asp Trp Glu Tyr Pro Gly Ser Ser Ala Ser Gly Ile Thr Ser Arg
485 490 495
Pro Gln Asp Arg Glu Asn Phe Thr Leu Leu Leu Thr Ala Ile Arg Asp
500 505 510
Val Ile Gly Asp Asp Lys Trp Leu Ser Val Ala Gly Thr Gly Asp Arg
515 520 525
Gly Tyr Ile Asn Ser Ser Ala Glu Ile Asp Lys Ile Ala Pro Ile Ile
530 535 540
Asp Tyr Phe Asn Leu Met Ser Tyr Asp Phe Thr Ala Gly Glu Thr Gly
545 550 555 560
Pro Asn Gly Arg Lys His Gln Ala Asn Leu Phe Asp Ser Asp Leu Ser
565 570 575
Leu Pro Gly Tyr Ser Val Asp Ala Met Val Arg Asn Leu Glu Asn Ala
580 585 590
Gly Met Pro Ser Glu Lys Ile Leu Leu Gly Ile Pro Phe Tyr Gly Arg
595 600 605
Leu Gly Ala Thr Ile Thr Arg Thr Tyr Asp Glu Leu Arg Arg Asp Tyr
610 615 620
Ile Asn Lys Asn Gly Tyr Glu Tyr Arg Phe Asp Asn Thr Ala Gln Val
625 630 635 640
Pro Tyr Leu Val Lys Asp Gly Asp Phe Ala Met Ser Tyr Asp Asp Ala
645 650 655
Leu Ser Ile Phe Leu Lys Thr Gln Tyr Val Leu Arg Asn Cys Leu Gly
660 665 670
Gly Val Phe Ser Trp Thr Ser Thr Tyr Asp Gln Ala Asn Ile Leu Ala
675 680 685
Arg Thr Met Ser Ile Gly Ile Asn Asp Pro Glu Val Leu Lys Glu Glu
690 695 700
Leu Glu Gly Ile Tyr Gly Gln Phe
705 710
<210> 17
<211> 332
<212> PRT
<213> 艰难梭菌
<400> 17
Pro Ile Val Ala Glu Tyr Val Leu Gly Asn Pro Thr Asn Val Asp Ala
1 5 10 15
Gln Leu Leu Asp Ala Val Ile Phe Ala Phe Ala Glu Ile Asp Gln Ser
20 25 30
Gly Asn Leu Phe Ile Pro Tyr Pro Arg Phe Leu Asn Gln Leu Leu Ala
35 40 45
Leu Lys Gly Glu Lys Pro Ser Leu Lys Val Ile Val Ala Ile Gly Gly
50 55 60
Trp Gly Ala Glu Gly Phe Ser Asp Ala Ala Leu Thr Pro Thr Ser Arg
65 70 75 80
Tyr Asn Phe Ala Arg Gln Val Asn Gln Met Ile Asn Glu Tyr Ala Leu
85 90 95
Asp Gly Ile Asp Ile Asp Trp Glu Tyr Pro Gly Ser Ser Ala Ser Gly
100 105 110
Ile Thr Ser Arg Pro Gln Asp Arg Glu Asn Phe Thr Leu Leu Leu Thr
115 120 125
Ala Ile Arg Asp Val Ile Gly Asp Asp Lys Trp Leu Ser Val Ala Gly
130 135 140
Thr Gly Asp Arg Gly Tyr Ile Asn Ser Ser Ala Glu Ile Asp Lys Ile
145 150 155 160
Ala Pro Ile Ile Asp Tyr Phe Asn Leu Met Ser Tyr Asp Phe Thr Ala
165 170 175
Gly Glu Thr Gly Pro Asn Gly Arg Lys His Gln Ala Asn Leu Phe Asp
180 185 190
Ser Asp Leu Ser Leu Pro Gly Tyr Ser Val Asp Ala Met Val Arg Asn
195 200 205
Leu Glu Asn Ala Gly Met Pro Ser Glu Lys Ile Leu Leu Gly Ile Pro
210 215 220
Phe Tyr Gly Arg Leu Gly Ala Thr Ile Thr Arg Thr Tyr Asp Glu Leu
225 230 235 240
Arg Arg Asp Tyr Ile Asn Lys Asn Gly Tyr Glu Tyr Arg Phe Asp Asn
245 250 255
Thr Ala Gln Val Pro Tyr Leu Val Lys Asp Gly Asp Phe Ala Met Ser
260 265 270
Tyr Asp Asp Ala Leu Ser Ile Phe Leu Lys Thr Gln Tyr Val Leu Arg
275 280 285
Asn Cys Leu Gly Gly Val Phe Ser Trp Thr Ser Thr Tyr Asp Gln Ala
290 295 300
Asn Ile Leu Ala Arg Thr Met Ser Ile Gly Ile Asn Asp Pro Glu Val
305 310 315 320
Leu Lys Glu Glu Leu Glu Gly Ile Tyr Gly Gln Phe
325 330
<210> 18
<211> 405
<212> PRT
<213> 艰难梭菌
<400> 18
Met Gln Asp Tyr Lys Lys Asn Lys Arg Arg Met Met Asn Gln Pro Met
1 5 10 15
Ser Thr Met Asn Glu Glu Glu Val Tyr Thr Asp Glu Ile Asn Ser Glu
20 25 30
Asp Met Arg Gly Phe Lys Lys Ser His His His Asn Gly Cys Asn Thr
35 40 45
Asp Asn Lys Cys Glu Cys His Asp Asp Cys Asn Pro Cys Asn Pro Cys
50 55 60
Asn Pro Cys Lys Pro Asn Pro Cys Asn Pro Cys Lys Pro Asn Pro Cys
65 70 75 80
Asp Asp Asn Cys Gly Cys His Asp Asn Cys Lys Cys Asp Cys Glu Pro
85 90 95
Cys Glu Met Asp Ser Asp Glu Cys Phe Glu Asn Lys Cys Gly Pro Glu
100 105 110
Cys Cys Asn Pro Ile Ser Pro Arg Asn Phe Ser Val Ser Asn Ala Val
115 120 125
Pro Phe Ala Ile Glu Ala Asn Arg Ile Phe Asp Thr Met Gln Phe Gln
130 135 140
Thr Phe Thr Asp Ala Thr Gly Pro Asn Gly Glu Pro Leu Thr Phe Glu
145 150 155 160
Thr Glu Val Val Glu Val Phe Gly Ser Val Pro Ser Ala Gly Gln Ala
165 170 175
Ser Val Thr Ile Glu Lys Ile Cys Leu Ser Asn Asp Gly Ile Val Ile
180 185 190
Asp Thr Gly Met Thr Thr Leu Glu Asp Phe Asp Leu Asp Pro Leu Gly
195 200 205
Asp Ile Val Gly Arg Asn Cys Glu Thr Thr Phe Glu Phe Ala Val Cys
210 215 220
Gly Glu Arg Asn Ser Glu Cys Cys Arg Gln Gly Lys Gly Lys Ser Val
225 230 235 240
Ala Tyr Lys Gln Arg Gly Leu Thr Val Ala Val Arg Asn Leu Val Leu
245 250 255
Glu Leu Arg Gly Arg Cys Gly Cys Thr Glu Phe Val Ala Leu Ala Phe
260 265 270
Pro Ala Val Arg Ala Gly Gly Gly Cys Lys Arg Arg Val Asp Tyr Val
275 280 285
Glu Phe Thr Phe Asn Thr Leu Ser Ala Pro Ile Cys Leu Pro Ala Asp
290 295 300
Gly Arg Ala Val Thr Leu Arg Gln Glu Tyr Gln Thr Asn Leu Thr Val
305 310 315 320
Asp Cys Ile Gly Lys Ser Ile Leu Lys Leu Glu Cys Asn Glu Cys Cys
325 330 335
Glu Pro Phe Tyr Glu Leu Ile Ile Pro Asn Asp Ile Asp Leu Val Leu
340 345 350
Cys Leu Gln Glu Thr Val Ser Thr Leu Ile Ser Glu Gln Ile Val Val
355 360 365
Leu Ala Ser Pro Asn Pro Ile Gln Pro Arg Leu Val Asp Thr Phe Ser
370 375 380
Lys Val Cys Asp Phe Ser Gln Cys Gly Pro Asn His Gly Ser Gly Lys
385 390 395 400
Pro Ser Cys His Arg
405
<210> 19
<211> 157
<212> PRT
<213> 艰难梭菌
<400> 19
Met Glu Asn Lys Lys Cys Tyr Ser Glu Asp Trp Tyr Glu Arg Gly Glu
1 5 10 15
Ser Thr Ala Lys Trp Phe Gln Asn Asp Arg Glu Glu Tyr Glu Arg Glu
20 25 30
Ala Tyr Asp Glu Asp Arg Glu Arg Arg Gly Ser Asn Cys Gly Cys Ser
35 40 45
Asp Ser Gly Glu Asn Arg Pro Arg Asn Cys Glu Arg Phe Arg Arg Glu
50 55 60
Ala Glu Ile Arg Glu Arg Glu Ala Arg Glu Ala Phe Cys Glu Ser Ser
65 70 75 80
Glu Lys Lys Lys Glu Ala Leu Ala Tyr Glu Cys Glu Ala Arg Lys Leu
85 90 95
Trp Glu Glu Ala Glu Lys Tyr Trp Asp Glu Tyr Ser Lys Tyr Asn Tyr
100 105 110
Lys Gly Ile Glu Tyr Leu Ala Glu Ala Ala Arg Leu Phe Asp Glu Gly
115 120 125
Met Glu Cys Glu Ala Arg Arg Asn Gly Asn Asn Gly Gly Asn Asn Asn
130 135 140
Asn Cys Cys His Lys Cys Asn Cys Asn Cys Cys Arg Lys
145 150 155
<210> 20
<211> 432
<212> PRT
<213> 艰难梭菌
<400> 20
Asn Thr Asn Lys Val His Asn Ser Lys Gln Asp Lys Phe Lys Asp Lys
1 5 10 15
Ser Cys Asp Glu Met Asn Phe Asn Tyr Asp Lys Asp Glu Ser Cys Asp
20 25 30
Lys Ile Asn Ser Ser Tyr Asn Lys Glu Asp Ser Ser Tyr Glu Asp Phe
35 40 45
Tyr Lys His Asn Tyr Lys Asn Tyr Asp Tyr Thr Ser Glu Lys Asn Thr
50 55 60
Lys Lys Ile Ala Met Lys Thr Leu Lys Asp Ser Lys Lys Leu Val Arg
65 70 75 80
Pro Gln Ile Thr Asp Pro Tyr Asn Pro Ile Val Glu Asn Ala Asn Cys
85 90 95
Pro Asp Ile Asn Pro Ile Val Ala Glu Tyr Val Leu Gly Asn Pro Thr
100 105 110
Asn Val Asp Ala Gln Leu Leu Asp Ala Val Ile Phe Ala Phe Ala Glu
115 120 125
Ile Asp Gln Ser Gly Asn Leu Phe Ile Pro Tyr Pro Arg Phe Leu Asn
130 135 140
Gln Leu Leu Ala Leu Lys Gly Glu Lys Pro Ser Leu Lys Val Ile Val
145 150 155 160
Ala Ile Gly Gly Trp Gly Ala Glu Gly Phe Ser Asp Ala Ala Leu Thr
165 170 175
Pro Thr Ser Arg Tyr Asn Phe Ala Arg Gln Val Asn Gln Met Ile Asn
180 185 190
Glu Tyr Ala Leu Asp Gly Ile Asp Ile Asp Trp Glu Tyr Pro Gly Ser
195 200 205
Ser Ala Ser Gly Ile Thr Ser Arg Pro Gln Asp Arg Glu Asn Phe Thr
210 215 220
Leu Leu Leu Thr Ala Ile Arg Asp Val Ile Gly Asp Asp Lys Trp Leu
225 230 235 240
Ser Val Ala Gly Thr Gly Asp Arg Gly Tyr Ile Asn Ser Ser Ala Glu
245 250 255
Ile Asp Lys Ile Ala Pro Ile Ile Asp Tyr Phe Asn Leu Met Ser Tyr
260 265 270
Asp Phe Thr Ala Gly Glu Thr Gly Pro Asn Gly Arg Lys His Gln Ala
275 280 285
Asn Leu Phe Asp Ser Asp Leu Ser Leu Pro Gly Tyr Ser Val Asp Ala
290 295 300
Met Val Arg Asn Leu Glu Asn Ala Gly Met Pro Ser Glu Lys Ile Leu
305 310 315 320
Leu Gly Ile Pro Phe Tyr Gly Arg Leu Gly Ala Thr Ile Thr Arg Thr
325 330 335
Tyr Asp Glu Leu Arg Arg Asp Tyr Ile Asn Lys Asn Gly Tyr Glu Tyr
340 345 350
Arg Phe Asp Asn Thr Ala Gln Val Pro Tyr Leu Val Lys Asp Gly Asp
355 360 365
Phe Ala Met Ser Tyr Asp Asp Ala Leu Ser Ile Phe Leu Lys Thr Gln
370 375 380
Tyr Val Leu Arg Asn Cys Leu Gly Gly Val Phe Ser Trp Thr Ser Thr
385 390 395 400
Tyr Asp Gln Ala Asn Ile Leu Ala Arg Thr Met Ser Ile Gly Ile Asn
405 410 415
Asp Pro Glu Val Leu Lys Glu Glu Leu Glu Gly Ile Tyr Gly Gln Phe
420 425 430
<210> 21
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 21
ccagtgtaga ctactcaatg c 21
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 22
gtactatcca caggtcaacc 20
<210> 23
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 23
atcgatgacc gctgcctcgc ctgagtaatc atcgta 36
<210> 24
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 24
ccatactcaa tgctcttacg atcctcatca acc 33
<210> 25
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 25
ccagtgtaga ctactcaatg ctcttacgat cctcatcaac c 41
<210> 26
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 26
agtgtagact actcaatgcg gctggccaca ggtcaacc 38
<210> 27
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 27
cttgaccttt ggaatgggtg ggagggatgg gtactatcca caggtcaacc 50
<210> 28
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 28
aatgggtggg agggatgggt acta 24
<210> 29
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 29
cttgaccttt ggaatgggta gggagggagg gatactatcc acaggtcaac c 51
<210> 30
<211> 46
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 30
cttgaccttt ggaatgggtg ggagggaggg tatccacagg tcaacc 46
<210> 31
<211> 57
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 31
actactcaat gctcgacatt tccgccccga cggccctcct agtgagggga gagtaga 57
<210> 32
<211> 58
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 32
actactcaat gctcgacatt tccgccccga cggccctcct agtgatgggg agagtaga 58
<210> 33
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 33
actcaaggcc gtggactggt cgggtttgga ttcggcagat gaatcact 48
<210> 34
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 34
actcaaggcc gtggactggt cgggtttgga t 31
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 35
acccgtggga ctgggtcggg tcggg 25
<210> 36
<211> 62
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 36
aactgcctgg taaatcgatg accgctgcct cgcctgagta atcatcgtac tatccacagg 60
tc 62
<210> 37
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 37
gtaaatcgat gaccgctgcc tcgcctgagt aatcatcgta c 41
<210> 38
<211> 56
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 38
actactcaaa cccgtggact ggtcgggttt ggattcggca gatgaatcag tagaaa 56
<210> 39
<211> 57
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 39
actactcaat gccgtggact ggtcgggttt ggaatcggca gatgaatcag tagtaaa 57
<210> 40
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 40
cattccaaag gtcaag 16
<210> 41
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 41
cacacattcc aaaaggtcaa g 21
<210> 42
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 42
ctcaatgcct tccattcacc taccgagcta agcgttcgac ttaggtctgt act 53
<210> 43
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 43
cctaccgagc taagcgttcg acttaggtct gtact 35
<210> 44
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 44
ctcacctgct agcacaccca tatcccatgg gtacaatcca caggtcaa 48
<210> 45
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 45
ctcacctgct agcacaccca catcccgtgc gtgctatcca caggtgaa 48
<210> 46
<211> 77
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 46
agtgcagact actcaatgca cggccggttc ggaagaccct tccagactag tttttccctg 60
tactagtcca ccggcta 77
<210> 47
<211> 50
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 47
agtgcagact actcaatgca cggcctggtt cgtaagaccc ttaccagact 50
<210> 48
<211> 61
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 48
cggttgcgac atggtggtaa gagctcagcc cgttcccata gtactatcca caggtcaacc 60
t 61
<210> 49
<211> 63
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 49
cggttgcgac atggtggtaa gagctcagcc cgttcccata gtactatcca caggtcgcaa 60
cct 63
<210> 50
<211> 76
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 50
cccgtgtaga ctactcaatg cgggctgcga catggtggta agagctcagc ccgttcccat 60
agtactatcc acgggt 76
<210> 51
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 51
cccgtgtaga ctattttagt actatccacg gg 32
<210> 52
<211> 37
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 52
tgcgggctgc gacatggtgg taagagctca gcccgtt 37
<210> 53
<211> 84
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 53
acccaggtgt aggacgactc aatgccctat tagctgtatc gatccgttta gtcgctcctc 60
cgatagtacc ctatccacca ggga 84
<210> 54
<211> 81
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<220>
<221> 变异
<222> (72)..(72)
<400> 54
accaggtggt agacctactc acatgcccta ttagcgtgta tcgatccggt ttagtccgct 60
tcgatagtag ucccaccagg a 81
<210> 55
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 人工序列的描述：合成寡核苷酸
<400> 55
ctcaatgcct tccattcacc taccgagcta agcgttcgac ttaggtctgt act 53

Claims (48)

1.用于杀伤或灭活艰难梭菌(Clostridioides difficile，C.difficile)芽孢的方法，其包括使所述芽孢与选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂以及能够与艰难梭菌特异性结合的适配体接触。
2.用于增强杀芽孢剂针对艰难梭菌的杀芽孢作用的方法，所述方法包括使艰难梭菌芽孢与能够与艰难梭菌芽孢特异性结合的适配体以及选自杀芽孢剂和抑芽孢剂的试剂接触。
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述试剂是杀芽孢剂。
4.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其包括将所述适配体和所述杀芽孢剂定位在怀疑包含艰难梭菌芽孢的位置处。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述位置包含表面，并且所述方法包括在使所述表面与所述适配体接触之前、基本上同时或之后，使所述表面与所述杀芽孢剂接触。
6.根据权利要求5所述的方法，其包括：
使所述表面与所述适配体接触预定时间，所述预定时间被配置为使得所述适配体能够与所述艰难梭菌芽孢结合以形成适配体-芽孢复合物，以及
使包含所述适配体-芽孢复合物的所述表面与所述杀芽孢剂接触。
7.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其还包括使所述表面与GH中和剂接触。
8.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其包括将所述艰难梭菌芽孢用包含所述适配体的组合物浸没和/或将所述芽孢浸没在所述试剂中。
9.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述方法包括将所述艰难梭菌芽孢用包含所述适配体的组合物进行喷洒和/或将所述艰难梭菌芽孢用所述杀芽孢剂进行喷洒。
10.根据权利要求5或权利要求6所述的方法，其中所述方法包括通过布施加包含所述适配体的组合物，和/或通过布和/或擦拭物施加所述杀芽孢剂。
11.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述方法在约5℃、10℃、15℃、20℃、25℃、30℃、35℃、40℃、45℃、50℃、55℃、60℃、65℃、70℃、75℃、80℃或90℃的温度下进行。
12.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中艰难梭菌芽孢衣壳表面蛋白或芽孢外壁层蛋白。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中艰难梭菌蛋白包含CdeC、CdeM、CotA、CotE或CotE壳多糖酶。
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.18中所示的氨基酸序列的CdeC蛋白。
15.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.19中所示的氨基酸序列的CdeM蛋白。
16.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.15中所示的氨基酸序列的CotA蛋白。
17.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.16中所示的氨基酸序列的CotE蛋白。
18.根据权利要求13所述的方法，其中所述艰难梭菌蛋白是具有SEQ.ID.NO.17中所示的氨基酸序列的CotE壳多糖酶蛋白。
19.根据权利要求12所述的方法，其中所述适配体包含这样的适配体，其包含以下或由以下组成：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；或者
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列。
20.根据权利要求12所述的方法，其中所述适配体是单链DNA适配体。
21.根据权利要求12所述的方法，其中所述适配体包含选自以下的适配体：
a)与CdeC特异性结合的适配体；
b)与CdeM特异性结合的适配体，
c)与CotA特异性结合的适配体，
d)与CotE特异性结合的适配体；
e)与CotE壳多糖酶特异性结合的适配体；以及
f)(a)至(e)的任意组合。
22.根据权利要求4所述的方法，其包括使所述位置与多种适配体接触，其中每种适配体能够与艰难梭菌芽孢特异性结合，其中所述多种适配体包含至少两种能够与艰难梭菌芽孢的相同表位特异性结合的适配体和/或至少两种适配体，每种适配体能够与艰难梭菌芽孢的不同表位特异性结合。
23.根据权利要求22所述的方法，其中所述多种适配体包含选自包含以下、基本上由以下组成或由以下组成的适配体的至少两种适配体：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列，或者
(e)(a)至(d)的任意组合。
24.根据权利要求22或权利要求23所述的方法，其中所述多种适配体包含选自以下的至少两种适配体：
a)与CdeC特异性结合的适配体；
b)与CdeM特异性结合的适配体，
c)与CotA特异性结合的适配体，
d)与CotE特异性结合的适配体；
e)与CotE壳多糖酶特异性结合的适配体；以及
f)(a)至(e)的任意组合。
25.根据权利要求22所述的方法，其中所述多种适配体包含：
包含SEQ.ID.NO.1中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；
包含SEQ.ID.NO.5中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；以及
包含SEQ.ID.NO.6中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体。
26.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述方法包括在使位置与所述杀芽孢剂和/或抑芽孢剂接触之前，确定所述位置处艰难梭菌的存在、不存在和/或浓度，其中确定步骤包括使所述位置与适配体和检测分子接触足以形成适配体-芽孢复合物的时间。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述适配体包含可检测标记。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述可检测标记选自荧光团、纳米粒、量子点、酶、放射性同位素、预定义序列部分、生物素、脱硫生物素、硫醇基、胺基、叠氮化物、氨基烯丙基、地高辛配基、抗体、催化剂、胶体金属颗粒、胶体非金属颗粒、有机聚合物、胶乳颗粒、纳米纤维、纳米管、树状聚合物、蛋白质和脂质体。
29.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述试剂是包含葡萄糖酸氯己定和任选地异丙醇的杀芽孢溶液。
30.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述试剂是包含过乙酸的杀芽孢剂。
31.根据权利要求30所述的方法，其中所述试剂是过乙酸产生剂，并且其中所述方法还包括在接触所述位置之前，用水溶液润湿包含过碳酸钠的擦拭物。
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述杀芽孢溶液包含过氧化氢，并任选地包含银稳定的过氧化氢。
33.根据权利要求31所述的方法，其中杀芽孢溶液包含葡萄糖酸氯己定与70％异丙醇复合物。
34.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其包括定位杀芽孢剂和/或抑芽孢剂的组合。
35.根据权利要求34所述的方法，其中所述组合包含过乙酸和过氧化氢。
36.组合物，其包含能够与艰难梭菌特异性结合的适配体以及杀芽孢剂和/或抑芽孢剂。
37.根据权利要求36所述的组合物，其中所述组合物用于杀伤和/或灭活艰难梭菌。
38.根据权利要求36或权利要求37所述的组合物，其中所述适配体选自包含以下、基本上由以下组成或由以下组成的适配体：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；或者
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列。
39.根据权利要求36或权利要求37所述的组合物，其中所述适配体包含以下中的至少一者：
a)与CdeC特异性结合的适配体；
b)与CdeM特异性结合的适配体，
c)与CotA特异性结合的适配体，
d)与CotE特异性结合的适配体；
e)与CotE壳多糖酶特异性结合的适配体；或者
f)(a)至(e)的任意组合。
40.根据权利要求39所述的组合物，其中所述组合包含多种适配体，并且所述多种适配体包含这样的适配体，其包含以下、基本上由以下组成或由以下组成：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列，或者
(e)(a)至(d)的任意组合。
41.根据权利要求40所述的组合物，其中所述多种适配体包含：
包含SEQ.ID.NO.1中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；
包含SEQ.ID.NO.5中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；以及
包含SEQ.ID.NO.6中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体。
42.根据权利要求36或权利要求37所述的组合物，其中所述杀芽孢剂包含过乙酸和/或能够产生过乙酸的试剂。
43.组合物，其包含：
(1)包含以下、基本上由以下组成或由以下组成的一种或更多种适配体：
(a)选自SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的核酸序列；
(b)与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种具有至少85％同一性，例如90％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的核酸序列；
(c)具有SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者所示的核酸序列中的任一种的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；
(d)具有与SEQ ID NO:1至14、23至39或43至55中任一者具有至少85％同一性的序列的至少约20个连续核苷酸的核酸序列；
(e)(a)至(d)的任意组合；以及
(2)杀芽孢剂和/或抑芽孢剂。
44.根据权利要求43所述的组合物，其包含多种适配体，其中任选地所述多种适配体包含：
包含SEQ.ID.NO.1中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；
包含SEQ.ID.NO.5中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体；以及
包含SEQ.ID.NO.6中所示的核酸序列、基本上由其组成或由其组成的适配体。
45.根据权利要求43或权利要求44所述的组合物，其中所述杀芽孢剂包含过乙酸和/或能够产生过乙酸的试剂。
46.用于杀伤或灭活艰难梭菌芽孢的试剂盒，其包含：
权利要求36至45中任一项所述的适配体；以及
权利要求36至45中任一项所述的杀芽孢剂和/或抑芽孢剂。
47.用于增强针对艰难梭菌芽孢的杀芽孢作用的试剂盒，其包含：
权利要求36至45中任一项所述的适配体；以及
权利要求36至45中任一项所述的杀芽孢剂和/或抑芽孢剂。
48.根据权利要求46或权利要求47所述的试剂盒，其还包含：
光源和观察镜，其用于在使位置与所述杀芽孢剂和/或抑芽孢剂接触之前，确定所述位置处艰难梭菌的存在、不存在和/或浓度。
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