KR20230024888A - 클로스트리디오이데스 디피실 집락화의 감소 또는 예방 방법 - Google Patents

클로스트리디오이데스 디피실 집락화의 감소 또는 예방 방법 Download PDF

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KR20230024888A
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로날드 제이 섀넌
마이클 맥킨타이어
스테파니아 파브리
사만다 웨스트게이트
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엘아이브이 프로세스, 인크.
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Abstract

본 개시의 실시형태는 표면의 씨. 디피실(C. difficile) 집락화의 예방 및/또는 감소 방법에 관한 것이다. 일정 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 탈활성화시키는데 사용될 수 있다. 일정 실시형태에서, 압타머는 포자박멸제의 포자박멸 활성을 증가시키는 데 사용될 수 있다. 본 개시의 실시형태는 씨. 디피실 표면 단백질, 예를 들어, 씨. 디피실 포자의 표면 상에 위치된 단백질에 특이적으로 결합하는 압타머의 용도에 관한 것이다.

Description

클로스트리디오이데스 디피실 집락화의 감소 또는 예방 방법
관련 출원
본 출원은 2020년 4월 17일 출원된 미국 가출원 제63/011,850호의 이득 및 우선권을 청구하고, 이의 전체 개시는 그 전체로 참조로 본 명세서에 편입된다.
서열 목록
본 출원은 2021년 4월 16일에 생성된, 33,824 바이트 크기를 갖는 파일명 193519-010108_ST25.txt를 포함하여 본 명세서와 함께 제출된 서열 목록을 함유하고, 이의 내용은 본 명세서에 참조로 편입된다.
분야
본 개시의 실시형태는 표면의 씨. 디피실(C. difficile) 집락화의 예방 및/또는 감소 방법에 관한 것이다. 본 개시의 실시형태는 씨. 디피실 표면 단백질, 예를 들어, 씨. 디피실 포자의 표면 상에 위치된 단백질에 특이적으로 결합하는 압타머의 용도에 관한 것이다. 일정 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 탈활성화시키는데 사용될 수 있다. 일정 실시형태에서, 압타머는 포자박멸제(sporicidal agent), 예를 들어, 포자박멸 용액의 포자박멸 활성을 증가시키는 데 사용될 수 있다.
클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(씨. 디피실(C. difficile)이라고도 하고 이전에 클로스트리듐 디피실(Clostridium difficile)이라고 하였음)은 그람-양성, 혐기성 포자 형성자이고, 중요한 병원내 및 지역사회-획득 병원성 박테리아이다. 씨. 디피실 감염(CDI)은 전세계적으로 이환율이 높은 감염의 주요 원인이다. 2종의 주요한 병독성 인자인, 장독소 TcdA 및 세포독소 TcdB가 CDI의 발병에서 필수적이라는 사실에도 불구하고, 씨. 디피실 포자는 CDI의 감염, 및 지속 및 전파의 주요 매개체이고, CDI 재발 및 수평 전파의 에피소드에서 필수적인 역할을 하는 것으로 생각된다.　
본 개시의 양태는 클로스트리디오이데스 디피실(씨. 디피실) 오염을 감소시키고/시키거나 예방하기 위한 방법, 및 방법에서 사용을 위한 제품 및 키트에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 포자를 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머, 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제(sporostatic agent)로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제와 접촉시키는 단계를 포함하는, 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 불활성화시키는 방법이 제공된다. 일부 실시형태에서, 포자를 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머, 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제와 접촉시키는 단계를 포함하는, 씨. 디피실 포자에 대한 포자박멸제의 포자박멸 활성을 증강시키는 방법이 제공된다. 일부 실시형태에서, 작용제는 포자박멸제이다.
일부 실시형태에서, 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 불활성화시키기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시형태에서, 키트는 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머, 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 씨. 디피실 포자에 대한 포자박멸 활성을 증강시키기 위한 키트가 제공된다. 일부 실시형태에서, 키트는 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머, 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제를 포함한다. 일부 실시형태에서, 키트는 소재지를 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제와 접촉시키기 전에 소재지에서 씨. 디피실의 존재, 부재 및/또는 농도를 결정하기 위한 광원 및 관찰 고글을 포함한다.
본 개시의 실시형태는 표면 상에 위치된 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 불활성화시키는 방법에 관한 것이다. 표면은 병원 또는 다른 의료 시설 예컨대 요양원에 위치하는 표면일 수 있다. 표면은 예를 들어 시트, 병원 수술 가운, 바닥, 벽, 수술대, 가구 등일 수 있다. 본 개시의 실시형태는 본 명세서에 기술된 압타머의 사용을 포함하는, 하나 이상의 포자박멸제의 포자박멸 활성을 증강시키는 방법에 관한 것이다. 본 개시의 실시형태는 씨. 디피실에 의한 소재지, 예를 들어 표면의 집락화의 감소 또는 예방에 관한 것이다.
일부 실시형태에서, 포자의 99.9%는 영양 세포로 형질전환될 수 없다. 일 실시형태에서, 포자의 99.99% 또는 99.999%는 영양 세포로 형질전환될 수 없다. 일부 실시형태에서, 포자의 적어도 85%는 영양 세포로 형질전환될 수 없다.
일정 실시형태에서, 본 개시는 씨. 디피실 포자의 사멸 및/또는 탈활성화를 촉진하기 위한 씨. 디피실 포자에 결합할 수 있는 하나 이상의 압타머, 예를 들어, 하나, 둘, 셋 이상의 압타머의 용도에 관한 것이다. 압타머(들)는 단독으로 및/또는 포자박멸제와 조합하여 사용하기 위한 것일 수 있다. 본 개시의 실시형태는 포자박멸제의 포자박멸 활성을 증가시키기 위한 본 명세서에 기술된 바와 같은 하나 이상의 압타머의 용도를 포함할 수 있다. 본 개시의 실시형태에 따라서 사용을 위한 포자박멸 유체의 추가 상세사항이 본 명세서에서 제공된다.
씨. 디피실 집락화는 단일 균주로 구성될 수 있거나 또는 균주의 혼합물일 수 있다.
본 개시의 일 양태에서 포자를 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제 및 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하는, 씨. 디피실 포자를 사멸 또는 불활성화시키기 위한 방법을 제공한다.
본 개시의 일 양태에서 (i) 소재지에서 씨. 디피실의 존재를 검출하고, (ii) 포자를 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제 및 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하는, 씨. 디피실 포자를 사멸 또는 불활성화시키는 방법을 제공한다. 실시형태에서, 하나 이상의 압타머는 본 명세서에 기술된 바와 같은 검출 분자를 포함한다.
본 개시의 일 양태에서 포자를 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제 및 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하는, 씨. 디피실 포자를 사멸 또는 불활성화시키기 위한 방법을 제공한다. 실시형태에서, 하나 이상의 압타머는 본 명세서에 기술된 바와 같은 검출 분자를 포함한다.
본 개시의 일 양태에서 씨. 디피실에 대한 포자박멸제의 포자박멸 효과를 증강시키기 위한 방법을 제공하고, 방법은 씨. 디피실 포자를 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 압타머 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제와 접촉시키는 단계를 포함한다.
본 개시의 일 양태에서 (i) 소재지에서 씨. 디피실의 존재를 검출하고, (ii) 씨. 디피실에 대한 포자박멸제 또는 포자증식 억제제의 포자박멸 및/또는 포자증식 억제 효과를 증강시키기 위한 방법을 제공하고, 방법은 씨. 디피실 포자를 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 하나 이상의 압타머 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제와 접촉시키는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 하나 이상의 압타머는 본 명세서에 기술된 바와 같은 검출 분자를 포함한다.
실시형태에서, 작용제는 포자박멸제이다.
실시형태에서, 방법은 하나 이상의 압타머 및 포자박멸제를 씨. 디피실 포자를 포함하는 것으로 의심되는 소재지에 위치시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 소재지는 표면을 포함하고 방법은 표면을 하나 이상의 압타머 이전에, 본질적으로 동일한 시점에, 또는 이후에 포자박멸제와 접촉시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 표면을 하나 이상의 압타머가 씨. 디피실 포자에 결합할 수 있도록 구성된 사전결정된 시간 기간 동안 하나 이상의 압타머와 접촉시켜서 하나 이상의 압타머-포자 복합체를 형성하는 단계, 및 하나 이상의 압타머-포자 복합체를 포함하는 표면을 포자박멸제와 접촉시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 표면을 포자박멸제와 접촉시키기 이전에 씨. 디피실 포자에 결합된 하나 이상의 압타머를 결정하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 표면을 GH 중화제와 접촉시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 표면은 물체 상에 위치된 표면, 예를 들어, 병원 침대, 수술대, 의복, 일반 건물 표면 (예를 들어, 바닥, 벽, 천장, 가구 외부), 특정 장비 표면 (예를 들어, 단단한 표면, 제조 장비, 가공 장비 등), 직물 (예를 들어, 면, 울, 실크, 합성 섬유 예컨대 폴리에스테르, 폴리올레핀, 및 아크릴, 섬유 혼방 예컨대 면 폴리에스테르 등), 목재 및 셀룰로스-기반 시스템 (예를 들어, 종이), 토양, 동물 사체 (예를 들어, 가죽, 고기, 모발, 깃털 등)이다. 일부 실시형태에서, 물체는 식료품 (예를 들어, 과일류, 채소류, 견과류, 육류 등)일 수 있다.
실시형태에서, 방법은 매질을 하나 이상의 압타머가 씨. 디피실 포자에 결합할 수 있도록 구성된 사전결정된 시간 기간 동안 하나 이상의 압타머와 접촉시켜서 압타머-포자 복합체를 형성하는 단계, 및 압타머-포자 복합체를 포함하는 매질을 포자박멸제와 접촉시키는 단계를 포함한다. 일부 실시형태에서 매질은 물이다.
실시형태에서, 방법은 포자를 하나 이상의 압타머를 포함하는 조성물로 함침시키는 단계 및/또는 포자를 작용제에 함침시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 씨. 디피실 포자에 압타머를 포함하는 조성물을 분무하는 단계 및/또는 씨. 디피실 포자에 작용제를 분무하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 압타머를 포함하는 조성물을 직물을 통해서 도포하는 단계 및/또는 작용제를 직물 및/또는 와이프(wipe)를 통해서 도포하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 방법은 약 5℃ 내지 약 90℃, 예를 들어 5℃, 10℃, 15℃, 20℃, 25℃, 30℃, 35℃, 40℃, 45℃, 50℃, 55℃, 60℃, 65℃, 70℃, 75℃, 80℃ 또는 90℃의 온도에서 수행된다. 실시형태에서, 방법은 약 5℃ 내지 약 90℃ 범위의 온도에서 수행될 수 있다. 실시형태에서, 방법은 약 5℃ 내지 10℃, 10℃ 내지 15℃, 15℃ 내지 20℃, 20℃ 내지 25℃, 25℃ 내지 30℃, 30℃ 내지 35℃, 35℃ 내지 40℃, 40℃ 내지 45℃, 45℃ 내지 50℃, 50℃ 내지 55℃, 55℃ 내지 60℃, 60℃ 내지 65℃, 65℃ 내지 70℃, 70℃ 내지 75℃, 75℃ 내지 80℃, 80℃ 내지 85℃, 85℃ 내지 90℃ 범위의 온도, 또는 임의의 이들 온도 범위 사이의 임의 간격에서 수행될 수 있다. 일 실시형태에서, 가열 온도는 5℃ 내지 90℃ 범위로부터 1℃ 증분으로 선택된다.
실시형태에서, 씨. 디피실 포자는 단백질을 포함하고, 단백질은 포자 외피 표면 단백질 또는 포자외막(exosporium) 층 단백질이다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 CdeC, CdeM, CotA, CotE 및 CotE 키티나제로부터 선택된다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 18로 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CdeC 단백질이다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 19에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CdeM 단백질이다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 15에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CotA 단백질이다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 16에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CotE 단백질이다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 17에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CotE 키티나제 단백질이다.
실시형태에서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 20에 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 rCotE 단백질이다.
실시형태에서, 압타머는 단일 가닥 DNA 압타머이다.
실시형태에서, 압타머는
(a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
(b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나에 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
(c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나에 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열; 또는
(d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열
을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다.
실시형태에서, 방법은 소재지를 복수의 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하고, 각각의 압타머는 씨. 디피실 포자에 특이적으로 결합할 수 있다. 실시형태에서, 복수의 압타머는 씨. 디피실 포자의 동일 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 2개의 압타머를 포함한다. 실시형태에서, 복수의 압타머는 적어도 2개의 압타머를 포함하고, 각각의 압타머는 씨. 디피실 포자의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있다.
실시형태에서, 복수의 압타머는
(a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나에 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
(b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나에 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
(c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나에 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열;
(d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43-55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열, 또는
(e) (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 조합
을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진 압타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 복수의 압타머는
a) CdeC에 특이적으로 결합하는 압타머;
b) CdeM에 특이적으로 결합하는 압타머,
c) CotA에 특이적으로 결합하는 압타머,
d) CotE에 특이적으로 결합하는 압타머; 및
e) CotE 키티나제에 특이적으로 결합하는 압타머;
f) (a) 내지 (e) 중 어느 하나의 조합
으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 복수의 압타머는 서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 및 서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 압타머는 검출가능한 분자를 포함한다. 실시형태에서, 검출가능한 분자는 형광단, 나노입자, 퀀텀 도트, 효소, 방사성 동위원소, 사전 정의된 서열 부분, 바이오틴, 데스티오바이오틴, 티올 기, 아민 기, 아지드, 아미노알릴 기, 디곡시게닌, 항체, 촉매, 콜로이드성 금속 입자, 콜로이드성 비금속 입자, 유기 중합체, 라텍스 입자, 나노섬유, 나노튜브, 덴드리머, 단백질, 또는 리포솜이다.
일정 실시형태에서, 압타머는 FRET 쌍 중 하나 또는 양쪽 분자를 포함한다.
실시형태에서, 작용제는 클로르헥시딘 글루코네이트 및 경우에 따라 이소프로필 알콜을 포함하는 포자박멸 용액이다.
실시형태에서, 작용제는 퍼아세트산을 포함하는 포자박멸제이다.
실시형태에서, 작용제는 퍼아세트산 발생제이고, 방법은 과탄산나트륨을 포함하는 와이프를 소재지와 접촉시키기 전에 수용액으로 습윤시키는 단계를 더 포함한다.
실시형태에서, 포자박멸 용액은 과산화수소를 포함하고, 경우에 따라 은 안정화된 과산화수소를 포함한다.
실시형태에서, 포자박멸 용액은 클로르헥시딘 글루코네이트 및 약 70% 이소프로필 알콜 복합체를 포함한다.
본 개시의 일 양태에서, 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머 및 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제의 조합을 제공한다. 조합은 씨. 디피실의 사멸 및/또는 불활성화에서 사용을 위한 것일 수 있다.
실시형태에서, 조합은 복수의 압타머를 포함하고, 복수의 압타머는 본 명세서에 정의된 바와 같은 둘 이상의 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 복수의 압타머는 서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 압타머; 서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어지는 압타머; 및 서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 조합은 퍼아세트산 및/또는 퍼아세트산을 발생시킬 수 있는 작용제를 포함하는 포자박멸제를 포함한다.
본 개시의 일 양태에서, 본 명세서에 정의된 바와 같은 하나 이상의 압타머 및 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제를 포함하는 조성물이 제공된다.
실시형태에서, 조성물은 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머를 포함한다. 실시형태에서, 조성물은 복수의 압타머를 포함하고, 각각의 압타머는 씨. 디피실 포자의 동일 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있다. 실시형태에서, 복수의 압타머는 씨. 디피실 포자의 상이한 에피토프에 결합할 수 있는 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 복수의 압타머는 서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 및 서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머를 포함한다.
실시형태에서, 포자박멸제는 퍼아세트산 및/또는 퍼아세트산을 발생시킬 수 있는 작용제를 포함한다.
본 개시의 일정 실시형태의 추가 특성은 하기에 기술된다. 본 개시의 실시형태의 실시는 달리 표시하지 않으면, 당업자 내에 속하는, 분자 생물학, 미생물학, 재조합 DNA 기술 및 면역학의 통상적인 기술을 적용할 것이다.
가장 일반적인 분자 생물학, 미생물학, 재조합 DNA 기술 및 면역학적 기술은 [Sambrook et al, Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2001) Cold Harbor-Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.] 또는 [Ausubel et al., Current protocols in molecular biology (1990) John Wiley and Sons, N.Y.]에서 확인할 수 있다. 달리 정의하지 않으면, 본 명세서에서 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시가 속하는 분야의 당업자가 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다. 예를 들어, 하기 문헌들은 당업자에게 본 개시에서 사용되는 많은 용어의 일반 사전을 제공한다: Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press; The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., Academic Press; 및 Oxford University Press.
단위, 접두사, 및 기호는 국제 단위계 (SI) 승인 형식으로 표시된다. 수치 범위는 범위를 정의하는 수치를 포함한다. 달리 표시하지 않으면, 아미노산 서열은 좌측에서 우측으로 아미노에서 카르복시 배향으로 기재되고 핵산 서열은 좌측에서 우측으로 5'에서 3' 배향으로 기재된다.
본 명세서에서 사용되는, 관사 "한" 및 "하나"는 관사의 문법적 대상의 하나 또는 하나 초과, 예를 들어 적어도 하나를 의미한다. 본 명세서에서 용어 "포함하는"과 함께 사용될 때 단어 "한" 또는 "하나"의 사용은 "하나", "하나 이상", "적어도 하나", 및 "하나 또는 하나 초과"를 의미할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는, "약" 및 "대략"은 일반적으로 측정 정확도 또는 성질을 고려하여 측정된 분량에 대해 허용가능한 오차 정도를 의미한다. 예시적인 오차 정도는 소정 값의 범위의 20퍼센트 (%) 이내, 전형적으로 10% 이내, 및 보다 특정하게 5% 이내이다. 용어 "실질적으로"는 50% 초과, 바람직하게 80% 초과, 및 가장 바람직하게 90% 또는 95% 초과를 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "포함하는" 또는 "포함한다"는 소정 실시형태에 존재하지만, 불특정 구성요소를 포함하는, 조성물, 방법, 키트 및 이의 개별 성분(들)을 참조하여 사용된다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "본질적으로 이루어지는"은 소정 실시형태에 대해 요구되는 구성요소를 의미한다. 이 용어는 본 개시의 그 실시형태의 기본적이고 신규하거나 또는 기능적인 특징(들)에 실질적으로 영향을 미치지 않는 추가 구성요소의 존재를 허용한다.
용어 "이루어지는"은 실시형태의 설명에서 열거되지 않은 임의 구성요소를 제외한, 본 명세서에 기술된 바와 같은 조성물, 방법, 및 이의 개별 성분을 의미한다.
클로스트리듐 디피실(Clostridium difficile) 박테리아는 예를 들어, 토양, 공기, 물, 식품, 및 인간 및 동물 배설물 등의 환경 전반에서 발견된다. 소수의 사람들은 임의 증상을 보이지 않고 그들 장관 내에 씨. 디피실을 보유한다. 그러나, 다른 대상체에서, 씨. 디피실로부터의 감염은 설사부터 생명 위협의 결장 염증에 이르는 증상을 초래할 수 있다. 씨. 디피실의 합병증은 탈수, 신부전, 중독성 거대결장, 장 천공 및 감염을 신속하게 제어하지 못하면 심지어 사망을 포함할 수 있다.
일반적으로 병원 또는 장기간 요양시설에 있는 고령자에게 영향을 미치고, 항생제를 복용한 대상체 및 면역계가 손상된 이들은 복부 또는 위장 수술을 받은 이들처럼 씨. 디피실에 걸릴 훨씬 높은 위험성이 있다. 예를 들어, 씨. 디피실 감염의 사망률은 병원에서 허약한, 노령자에서 최대 25%일 수 있다. 다른 감염을 치료하는데 사용되는 많은 약물에 천연적으로 내성이어서, 이의 독소 생산을 가능하게 하기 때문에 항생제 요법은 정상 장내 미생물총을 파괴하여, 씨. 디피실　집락화 및 성장을 허용한다고 가정하였다.
이전에 저위험으로 간주된 대상체 예컨대 젊거나, 건강 관리 시설에 노출되지 않은 건강한 개체에서 씨. 디피실 감염의 증가가 또한 최근 몇년 동안에 관찰되었다. 씨. 디피실의 새로운 균주, 027형이 최근에 동정되었다. 027형은 대부분의 다른 유형의 씨. 디피실에 비해서 더 많은 독소를 생산하고 중증 질환의 더 많은 비율을 초래하고 더 높은 사망률을 보이는 균주이다.
메트로니다졸 (400 mg 또는 500 mg, 10일-14일간 1일 3회)은 UK에서 경증 내지 중등증 씨. 디피실 감염의 최초 에피소드를 치료하기 위한 제1선으로서 간주된다. 반코마이신 (125 mg, 10일-14일간 1일 4회)은 제2 에피소드 또는 감염이 중증인 경우의 선택안이다. 감염은 상승된 온도 또는 백혈 세포수, 상승된 크레아티닌 또는 중증 대장염 징후 또는 증상이 존재할 때 중증으로 정의된다. 반코마이신은 또한 027형 균주에 의해 초래된 감염에서도 사용될 수 있다. 감염이 재발되면, 반코마이신 또는 피닥소미신 (200 mg, 10일간 1일 2회)이 사용될 수 있다. 일부 중증 사례에서, 장의 감염된 부분을 제거하기 위한 수술을 받아야만 할 수도 있다.
씨. 디피실의 포자는 배설물로 전달되고 씻지 않은 손을 통해서 음식물, 표면, 및 물체로 전파될 수 있다. 포자는 표면 상에서 수 주 또는 수 개월 동안 지속될 수 있고, 이러한 표면과의 접촉을 통해서 전파될 수 있다.
항생제 내성 증가 및 씨. 디피실 감염과 연관된 잠재적 사망률을 고려하면, 방제 조치가 최고로 중요하다. 현재 조치는 예컨대 하기 프로토콜에 따라서 의료인 예컨대 간호사 및 의사를 포함한다:
· 씨. 디피실 및 다른 세균이 손을 통해서 한 환자에서 다른 환자로 전달되는 것을 예방하기 위해서 모든 환자를 돌보기 이전 및 이후에 비누 및 물 또는 알콜-기반 손 세정제로 손을 세정한다.
· 씨. 디피실 감염 환자가 사용한 병실 및 의료 장비를 주의깊게 세정한다.
· 필요할 때만 환자에게 항생제를 제공한다.
· 씨. 디피실이 다른 환자에게 확산되는 것을 예방하기 위해 접촉 주의를 사용한다. 접촉 주의는 하기를 의미한다:
o 가능할 때마다, 씨. 디피실 환자는 1인실을 가지거나 또는 역시 씨. 디피실을 갖는 다른 사람하고만 방을 공유한다.
o 의료인은 씨. 디피실 환자를 돌보는 동안 그들 의복 위에 가운을 입고 장갑을 착용한다.
o 방문자도 역시 가운 및 장갑 착용을 요청받을 수 있다.
o 퇴실 시에, 병원 제공자 및 방문자는 그들 가운 및 장갑을 제거하고 손을 세정한다.
o 접촉 주의 환자는 가능한 병실에 머무르도록 요청받는다. 그들은 치료 및 검사를 위해 병원의 다른 구역으로 갈 수 있다.
이들 예방적 조치에도 불구하고, 씨. 디피실은 중요한 의료 문제로 남아있고 따라서 환경에서 씨. 디피실의 존재를 신속하게 동정할 수 있는 필요성이 존재한다.
종래 확인된 일부 문제들을 적어도 부분적으로 완화시키는 것인 본 개시의 일부 실시형태의 목적이다.
씨. 디피실의 검출에서 유용성을 갖는 방법 및 제품을 제공하는 것인 본 개시의 일정 실시형태의 목적이다.
클로스트리디오이데스 디피실 (이전명 클로스트리듐 디피실)
본 개시의 양태는 클로스트리디오이데스 디피실 (이전에 클로스트리듐 디피실이라고 지칭함)에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머를 이용한다.
일부 실시형태에서, 압타머는 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 특이적으로 결합한다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "표적"은 씨. 디피실 표면 단백질 중 적어도 하나로부터 선택되는 분자와 관련되어 사용된다. 일부 실시형태에서, 표적 분자는 표적 단백질이다. 일부 실시형태에서, 본 명세서에서 사용되는 용어 "표적"은 씨. 디피실 CotA 단백질, 씨. 디피실 CotE 단백질, 씨. 디피실 CdeC 단백질, 씨. 디피실 CdeM 단백질, 씨. 디피실 CotEC 키티나제 단백질, 및 씨. 디피실 포자 중 적어도 하나로부터 선택되는 분자와 관련하여 사용된다. 본 명세서에서 사용되는, 용어 "표적 단백질" 및 "표적 펩티드"는 상호교환적으로 사용된다.
본 개시의 일정 실시형태는 씨. 디피실 포자에 결합하는 압타머에 관한 것이다. 일부 실시형태에서, 압타머는 전체 씨. 디피실 포자에 대해 선택된다. 따라서, 일부 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자에 선택적으로 결합한다.
일정 실시형태는 씨. 디피실 포자 외피 단백질에 결합하는 압타머를 제공한다. 본 개시의 실시형태는 복수의 압타머를 이용할 수 있고, 각각의 압타머는 씨. 디피실 포자의 표면 상의 고유 부위에 결합할 수 있다. 일부 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자의 포자외막 층의 표면 단백질 (예를 들어, CdeC, CdeM)에 특이적으로 결합한다. 일부 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자의 외피 단백질 (예를 들어, CotA, CotE, CotEC)에 특이적으로 결합한다. 일부 실시형태에서
일정 실시형태에서, 압타머는 하기 표 3에 열거된 바와 같은 단백질에 특이적으로 결합한다. 실시형태에서, 본 개시는 복수의 압타머의 사용을 포함하고, 각각의 압타머는 표 3에 열거된 단백질에 특이적으로 결합할 수 있다.
Figure pct00001
표적 단백질
씨. 디피실은 대사적으로 휴면기의 포자를 생산한다. 포자는 다수의 표면 단백질을 포함할 수 있는 최외 포자외막 층을 포함한다. 실시형태에서, 포자외막 층은 BclA1, BclA2, BclA3, CdeA, CdeB, CdeC 및 CdeM으로부터 선택되는 하나 이상의 단백질을 포함한다.
CdeC 단백질
실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CdeC 단백질에 특이적으로 결합한다. CdeC의 아미노산 서열은 UniProtKB - Q18AS2 (Q18AS2_PEPD6) 버전 1 하에 공개되어 있고 서열번호 18로 기재된 바와 같다.
실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 균주 간에 보존된 CdeC 단백질의 에피토프에 결합한다. 따라서, 일정 실시형태에서, 압타머는 샘플 중 다수의 씨. 디피실 균주를 검출하는데 사용된다.
CdeM 단백질
실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 표면-결합된 CdeM 단백질의 아미노산 서열에 선택적으로 결합한다. CdeM은 포자의 외피 및 포자외막 층의 형태발생에 요구되는 것으로 이해되는 시스테인 풍부 단백질이다. 씨. 디피실 단백질의 아미노산 서열은 UniProtKB - A0A3T1GTU1 (A0A3T1GTU1_CLODI) (버전 1) 하에 공개되어 있고 서열번호 19로 표시된다.
실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 균주 간에 보존된 CdeM 단백질의 에피토프에 결합한다. 따라서, 일정 실시형태에서, 압타머는 샘플 중 다수의 씨. 디피실 균주를 검출하는데 사용된다.
실시형태에서, 포자는 포자 외피를 포함한다. 포자 외피는 예를 들어 CotA 및 CotB를 포함하는 다수의 단백질을 포함할 수 있다.
CotA
실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CotA 유전자에 의해 코딩되는 단백질에 특이적으로 결합한다. 단백질은 본 명세서에서 CotA 또는 "포자 외피 조립 단백질"이라고 할 수 있다.
CotA의 아미노산 서열은 UniProtKB 등록 번호 Q186G8 (Q186G8_PEPD6) 버전 1 하에 공개되어 있고 서열번호 15로 표시된다.
CotE
실시형태에서, 압타머는 CotE 유전자에 의해 코딩되는 씨. 디피실 단백질에 특이적으로 결합한다. CotE 단백질 (퍼록시레독신이라고도 함)의 아미노산 서열은 등록 번호 UniProtKB - Q18BV5 (Q18BV5_PEPD6) 하에 공개되어 있고 서열번호 16으로 표시된다.
CotEC 키티나제
실시형태에서, 압타머는 "CotEC" 또는 "rCotE"라고 하는 재조합 씨. 디피실 단백질에 특이적으로 결합한다. CotEC의 아미노산 서열은 아미노산 잔기는 아미노산 잔기 N281-F712 (서열번호 20)로 이루어진다. 재조합 단백질은 CotE에 고유한 키티나제 도메인 및 서열을 포함한다. 일부 실시형태에서, 압타머는 "rCotEC" (AB45라고도 함)라고 하는 재조합 씨. 디피실 단백질에 특이적으로 결합한다. rCotEC의 아미노산 서열은 아미노산 잔기 N381-F712 (서열번호 17)로 이루어진다.
실시형태에서, 압타머는 His-태그화 CotEC 단백질에 대해서 선택된다. 일부 실시형태에서, 압타머는 제한없이 His-태그화 rCotEC 단백질을 포함한, 태그화 rCotEC 단백질에 대해서 선택된다.
Figure pct00002
씨. 디피실 포자
실시형태에서, 압타머는 전체 씨. 디피실 포자에 대해 선택된다. 따라서, 일정 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자에 선택적으로 결합한다. 씨. 디피실 포자는 SH11, PCR 리보형 027, PCR 리보형 010, PCR 리보형 014 및 ATCC® 43598™에서 선택된 균주 유래일 수 있다. 실시형태에서, 씨. 디피실은 분기군 1, 2, 3, 4 및 5로부터 선택된 분기군의 균주일 수 있다. 일정 실시형태에서, 균주는 SH7 (분기군 1), SH8 (분기군 2), R20291 (분기군 2), SH9 (분기군 3), SH10 (분기군 4), ATCC 43598 (분기군 4) 및 SH11 (분기군 5)로부터 선택된다. 실시형태에서, 균주는 R20291, ATCC 43598 및 SH11로부터 선택된다.
실시형태에서, 방법은 하기로부터 선택되는 씨. 디피실 균주의 사멸 및/또는 불활성화를 촉진하는 단계를 포함한다:
Figure pct00003
일정 실시형태에서, 표 1 또는 표 4에 기재된 바와 같은 핵산 서열로부터 선택되는 핵산 서열을 포함하는 압타머를 제공한다.
Figure pct00004
Figure pct00005
Figure pct00006
Figure pct00007
Figure pct00008
Figure pct00009
Figure pct00010
일 실시형태에서, 압타머는 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 특이적으로 결합한다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "표적"은 씨. 디피실 CotA 단백질, 씨. 디피실 CotE 단백질, 씨. 디피실 CdeC 단백질, 씨. 디피실 CdeM 단백질, 씨. 디피실 CotEC 키티나제 단백질 및 씨. 디피실 포자로부터 선택되는 분자와 관련하여 사용된다.
일 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CotA 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CotE 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CdeC 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CdeM 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 CotEC 키티나제 단백질의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일 실시형태에서, 압타머는 씨. 디피실 포자의 표면 상의 에피토프에 특이적으로 결합한다.
압타머는 압타머가 표적에 우선적으로 또는 높은 친화성으로 결합하지만, 다른 구조적으로 관련된 분자 (예를 들어, 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis) 포자)에는 오직 낮은 친화성으로만 결합하거나 또는 결합하지 않으면 본 명세서에 정의된 바와 같이 표적에 "특이적으로" 결합한다. 일부 실시형태에서, 표적 단백질에 대한 해리 상수는 마이크로-몰 범위이다. 일부 실시형태에서, 표적 단백질에 대한 해리 상수는 나노-몰 (nM) 범위이다. 일부 실시형태에서, 표적 단백질에 대한 해리 상수는 피코-몰 (pM) 범위이다. 일부 실시형태에서, 해리 상수는 약 0.1 nM 이하이다. 일부 실시형태에서, 해리 상수는 약 0.1 nM 또는 약 1 nM이다. 일부 실시형태에서, 해리 상수는 약 1 nM 또는 약 10 nM이다. 일부 실시형태에서, 해리 상수는 약 10 nM 또는 약 100 nM이다. 일부 실시형태에서, 해리 상수는 약 100 nM 또는 약 1000 nM이다. 더 낮은 친화성 결합은 표적 단백질에 대한 것에 비해서 더 낮은 친화성으로 발생되는 결합을 의미할 수 있다. 더 낮은 친화성 결합은 표적에 대한 것에 비해서 더 낮은 친화성으로 발생되는 결합을 위미할 수 있다. 더 낮은 친화성 결합은 표적과의 결합의 1배 내지 2배 미만, 2배 내지 5배 미만, 5배 내지 10배 미만, 10배 내지 50배 미만, 100배 내지 1000배 미만, 1000배 내지 10000배 미만, 또는 10000배 내지 100000배 미만의 범위로부터 선택될 수 있다.
압타머
본 명세서에서 기술되는 압타머는 높은 친화성 및 특이성으로 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 특이적으로 결합할 수 있는, DNA, RNA, 또는 이의 변형을 포함하는, 소형 인공 리간드이다.
본 명세서에서 사용되는, "압타머", "핵산 분자" 또는 "올리고뉴클레오티드"는 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대해 바라직한 작용을 갖는 비-천연 발생 핵산 분자를 지칭하기 위해 상호교환적으로 사용된다.
본 개시의 압타머는 DNA 압타머일 수 있다. 예를 들어, 압타머는 단일-가닥 DNA (ssDNA)로부터 형성될 수 있다. 대안적으로, 본 개시의 압타머는 RNA 압타머일 수 있다. 예를 들어, 압타머는 단일 가닥 RNA (ssRNA)로부터 형성될 수 있다.
일정 실시형태에서, 압타머는 RNA 압타머이고, 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 42 내지 55로 기재된 서열 중 어느 하나의 데옥시리보뉴클레오티드 중 하나 또는 일부 또는 전부가 그들의 동등한 리보뉴클레오티드 잔기 AMP, GMP, UMP 또는 CMP로 치환된 서열을 포함한다.
본 개시의 압타머는 본 명세서에 기술된 바와 같은 변형된 핵산을 포함할 수 있다.
일정 실시형태에서, 본 개시의 압타머는 표적 결합, 분할, 및 표적 결합 서열의 우선적 증폭의 반복 사이클을 포함하여, 당분야에 공지된 시험관내 선택의 원리를 사용하여 제조된다. 선택은 고정된 표적 단백질을 사용하여 수행될 수 있다. 고정은 고체 표면에 대한 고정을 포함할 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 비제한적인 예에서, 고체 표면은 비드일 수 있다. 비제한적인 예에서, 고체 표면은 자성 비드일 수 있다.
증폭 방법의 비제한적인 예는 중합효소 연쇄 반응 (PCR), 결찰 증폭 (또는 리가제 연쇄 반응, LCR), 사슬 치환 증폭, 핵산 서열-기반 증폭, 및 Q-베타 레플리카제의 사용을 기반으로 하는 증폭 방법을 포함한다. 비제한적인 실시형태에서, 적어도 한 유형의 압타머는 증폭 동안 고체 표면 상에 고정될 수 있다. 이들 예시적인 방법의 각각은 충분히 당분야에 공지되어 있다.
실시형태에서, 압타머는 핵산 분자 라이브러리 예컨대 단일 가닥 DNA 또는 RNA 핵산 분자 라이브러리로부터 선택된다. 전형적으로, 압타머는 임의의 선택된 압타머가 임의의 열거된 어세이 형식으로 전환시키기 위한 개조를 전혀 또는 거의 필요로 하지 않도록 디자인된 "유니버설 압타머 선택 라이브러리"로부터 선택된다.
선택되면, 압타머는 예를 들어, 하나 또는 양쪽 프라이머 서열 및/또는 표적 결합에 필요하지 않는 무작위화된 것의 일부를 제거하기 위해서, 사용하기 전에 추가 변형될 수 있다.
전형적으로, 본 개시에서 사용을 위한 압타머는 제1 프라이머 영역 (예를 들어, 5' 말단에), 제2 프라이머 영역 (예를 들어, 3' 말단에), 또는 둘 모두를 포함한다. 프라이머 영역은 라이브러리 및 선택된 압타머의 PCR 증폭을 위한 프라이머 결합 부위로서 제공될 수 있다.
당업자는 상이한 프라이머 서열이 예를 들어, 출발 라이브러리 및/또는 압타머 선택 프로토콜에 의존하여 선택될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 일 실시형태에서, 압타머는 서열번호 21 및/또는 22를 포함할 수 있다. 다른 구현예에서, 서열번호 21 또는 22로 개시된 뉴클레오티드의 하나 내지 전부 중 어느 하나가 변형될 수 있다. 프라이머 영역 길이가 또한 가변적일 수 있다.
제1 프라이머 영역 및/또는 제2 영역은 본 명세서에 기술된 바와 같은 검출가능한 표지를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 제1 및/또는 제2 프라이머 영역은 형광으로 표지될 수 있다. 형광 표지의 비제한적인 예는 플루오레세인, 녹색 형광 단백질 (GFP), 노란색 형광 단백질, 청록색 형광 단백질 등을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일 실시형태에서, 플루오레세인 표지가 사용된다. 실시형태에서, 프라이머를 검출하는 다른 형태는 제한없이 포스페이트 (PO4) 표지화, 동위원소 표지화, 전기화학 센서, 비색 바이오센서 등을 포함하여, 사용될 수 있다.
실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어진다.
일정 실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어진다.
본 명세서에서 사용되는, "서열 동일성"은 서열을 정렬하고, 최대 서열 동일성 퍼센트를 획득하기 위해서, 필요하면 갭을 도입시킨 후에 상기 서열 중 뉴클레오티드와 동일한 후보 서열 중 뉴클레오티드의 백분율을 의미한다. 핵산 서열 동일성 퍼센트를 결정하려는 목적을 위한 정렬은 예를 들어, 공공으로 입수가능한 컴퓨터 소프트웨어 예컨대 BLAST, BLAST-2, ALIGN, CLUSTALW 또는 Megalign (DNASTAR) 소프트웨어를 사용하여, 당업자에 속하는 다양한 방식으로 획득될 수 있다. 예를 들어, 핵산 서열 동일성 % 값은 유럽 생물정보학 센터 (European Bioinformatics Institute) 웹사이트 (http://www.ebi.ac.uk)에서 확인되는 서열 비교 컴퓨터 프로그램을 사용해 생성될 수 있다.
본 명세서에서 사용시, 그 서열이 적어도 예를 들어, 기준 뉴클레오티드 서열과 약 90% 동일한 핵산, 예컨대 압타머의 동일성 퍼센트를 설명할 때, 핵산 서열은 기준 핵산 서열의 각 100개 뉴클레오티드 당 최대 10개-점 돌연변이 (예를 들어, 치환, 결실, 삽입)를 포함할 수 있는 것을 제외하고 기준 서열과 동일한 것으로 의도된다. 이들 돌연변이는 기준 뉴클레오티드 서열의 5' 또는 3' 말단 위치에서 또는 기준 서열의 뉴클레오티드 중에서 개별적으로 또는 기준 서열 내 하나 이상의 인접한 그룹에 산재하는, 5' 또는 3' 말단 위치 간 임의 위치에서 발생될 수 있다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55의 최소 유효 단편을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 본 명세서에서, "최소 유효 단편"은 전체 길이 압타머와 비교하여 동일하거나 또는 개선된 친화성을 갖는 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 결합할 수 있는 전체 길이 압타머의 단편 (예를 들어, 부분)을 의미하는 것으로 이해한다. 최소 유효 단편은 전체 길이 압타머와 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적과의 결합에 대해 경쟁할 수 있다.
실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 임의 서열의 적어도 10개 인접한 핵산 잔기를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지고, 표적 분자에 대한 동등하거나 또는 개선된 결합을 보인다. 실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 임의 서열의 적어도 10개 인접한 핵산 잔기를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지고, 표적 분자에 대해 적절한 결합을 보인다. 적절한 결합은 본 명세서에 기술된 바와 같은 친화성 및 특이성으로, 또는 상기 전체 길이 압타머 길이의 것에 비해서 낮은 결합 친화성 및/또는 특이성으로 발생되지만, 여전히 이의 개별 표적의 존재의 보고를 전달할 수 있는 표적 분자와의 결합을 포함한다.
실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 임의 서열의 적어도 20개 인접한 핵산 잔기를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지고, 표적 분자에 대해 동등하거나 또는 개선된 결합을 보인다. 실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 임의 서열의 적어도 20개 인접한 핵산 잔기를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지고, 표적 분자에 대해 적절한 결합을 보인다. 적절한 결합은 본 명세서에 기술된 바와 같은 친화성 및 특이성으로, 또는 상기 전체 길이 압타머 서열의 것에 비해서 낮은 결합의 친화성 및/또는 특이성으로 발생되지만 여전히 이의 개별 표적의 존재의 보고를 전달할 수 있는 표적 분자에 대한 결합을 포함한다.
실시형태에서, 본 개시의 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 임의 서열의 적어도 24개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 1의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 1의 인접한 뉴클레오티드의 임의의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어지고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 2의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 2의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 3의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 3의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 3의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 4의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 4의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 4의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 5의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 5의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 5의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 6의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 6의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 6의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 7의 핵산 서열에 포함된 바와 같은 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 핵산 분자를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 7의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 7의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 8의 핵산 서열 중 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39 또는 40개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 8의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 8의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 9의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 9의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 9의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택되는 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 10의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 10의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 10의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 11의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 11의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 11의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 12의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 또는 76개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 12의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 12의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 13의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 또는 82개 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 13의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 13의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 14의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 14의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 14개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 14의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 23의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 또는 36개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 23의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 23의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 24의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32 또는 33개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 24의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 24의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 25의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 41개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 25의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 25의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 26의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 또는 38개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 26의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 26의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 27의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 27의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 27의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 28의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 또는 24개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 28의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 15개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 29의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 또는 51개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 29의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 29의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 30의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 또는 46개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 30의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 30의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 31의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 또는 57개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 31의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 31의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 32의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 또는 58개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 24의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 32개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 32의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 33의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 또는 48개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 33의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 33의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 34의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 또는 31개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 34의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 34의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 35의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 35의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 36의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 또는 62개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 36의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 36의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 37의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 또는 41개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 37의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 37의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 38의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 또는 56개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 38의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 38의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 39의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 또는 57개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 39의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 39의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 43의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 또는 35개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 43의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 43의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 44의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 또는 48개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 44의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 44의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 45의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 또는 48개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 45의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 45의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 46의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 또는 77개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 46의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 46의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 47의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 또는 50개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 47의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 47의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 48의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 또는 61개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 48의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 48의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 49의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 또는 63개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 49의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 49의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 50의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 또는 76개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 50의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 50의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 51의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 또는 32개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 51의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 51의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 52의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 또는 37개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 52의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 52의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 53의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 또는 84개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 53의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 53의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 54의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 또는 81개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 54의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 54의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
일부 실시형태에서, 압타머는 서열번호 55의 핵산 서열 중 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 또는 53개 인접한 뉴클레오티드를 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 압타머는 서열번호 55의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 25개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다. 압타머는 서열번호 55의 인접한 뉴클레오티드의 임의 범위를 포함할 수 있거나, 그로 본질적으로 이루어질 수 있거나, 또는 그로 이루어질 수 있고, 범위는 10개 뉴클레오티드로부터 전체 길이까지 1개 뉴클레오티드 증분으로 선택된 길이를 갖는다.
이들 서열은 전체 길이 압타머와 비교하여 본 명세서에 기술된 바와 같은 표적에 대한 동등하거나, 적합하거나, 또는 개선된 결합을 갖는 압타머 단편에 관한 것이다.
실시형태에서, 압타머는 서열번호 1 내지 11, 13 내지 14, 또는 53 내지 54 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 60, 65, 70, 75, 80개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 12, 46 또는 50 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 60, 65, 70, 75개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 36, 48 또는 49 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 60개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 29, 31, 32, 38, 39, 47 또는 55 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 60개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 27, 29, 31, 32, 38, 39, 47, 또는 55 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 25, 30, 37, 44, 또는 45 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 23, 24, 26, 34, 43, 51, 또는 52 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20, 25, 30개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 실시형태에서, 압타머는 서열번호 28 또는 35 중 어느 하나와 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 이상의 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 10, 15, 20개 이상의 연속 뉴클레오티드를 포함하는 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어진다. 본 문맥에서, 용어 "약"은 전형적으로 기준 길이의 10%를 더하거나 또는 뺀 기준 뉴클레오티드 서열 길이를 의미한다. 본 개시의 양태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조합에 관한 것이다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머의 각각은 서열번호 1; 서열번호 2; 서열번호 3; 서열번호 4; 서열번호 5; 서열번호 6; 서열번호 7; 서열번호 8; 서열번호 9; 서열번호 10; 서열번호 11; 서열번호 12; 서열번호 13; 서열번호 14; 서열번호 23; 서열번호 24; 서열번호 25; 서열번호 26; 서열번호 27; 서열번호 28; 서열번호 29; 서열번호 30; 서열번호 31; 서열번호 32; 서열번호 33; 서열번호 34; 서열번호 35; 서열번호 36; 서열번호 37; 서열번호 38; 서열번호 39; 서열번호 42; 서열번호 43; 서열번호 44; 서열번호 45; 서열번호 46; 서열번호 47; 서열번호 48; 서열번호 49; 서열번호 50; 서열번호 51; 서열번호 52; 서열번호 53; 서열번호 54; 및 서열번호 55로 이루어진 군으로부터 선택되는 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 압타머; 또는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 및 42 내지 55 중 어느 하나와 적어도 90%, 예를 들어 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 압타머로부터 독립적으로 선택된다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 조성물 또는 조합은 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 및 43 내지 54로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 하나 이상의 압타머를 더 포함한다.
실시형태는 셋 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 각각의 압타머는 서열번호 1 내지 14 및 23 내지 39 및 43 내지 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 압타머로부터 독립적으로 선택된다.
실시형태는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 및 43 내지 54로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지는 압타머로부터 독립적으로 선택되는 둘 이상의 압타머를 더 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것이다.
실시형태는 셋 이상의 압타머의 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 각각의 압타머는 1 내지 14, 23 내지 39 및 43 내지 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 압타머는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39 및 43 내지 55 중 어느 하나와 적어도 90%, 예를 들어 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 2로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 3으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 4로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라서 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 7로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 8로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 9로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 10으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 11로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 12로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 13으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 14로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 23으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 24로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 25로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 26으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 27로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 28로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 29로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 30으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 31로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 32로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 33으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 34로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 35로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 36으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 37로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 38로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 39로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 43으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 44로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 45로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 46으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 47로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 48로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 49로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 50으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 51로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 52로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다. 실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 53으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 둘 이상의 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것으로서, 둘 이상의 압타머 중 하나는 서열번호 54로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어지고, 경우에 따라 둘 이상의 압타머 중 제2 압타머는 서열번호 55로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나 또는 그로 본질적으로 이루어진다.
실시형태는 하기 압타머를 포함하는 조성물 또는 조합에 관한 것이다: CotE H2.1.2 (서열번호 30); CotE D2.1 (서열번호 31); CotA C1.1 (서열번호 33); 및 CotEC 키티나제 (서열번호 36). 압타머는 천연 또는 비천연 뉴클레오티드 및/또는 염기 유도체 (또는 이의 조합)를 포함할 수 있다. 실시형태에서, 압타머는 그들이 데옥시리보스, 리보스, 포스페이트, 아데닌 (A), 구아닌 (G), 시토신 (C), 티민 (T), 또는 우라실 (U) 이외의 화학 구조를 포함하도록 하나 이상의 변형을 포함한다. 압타머는 뉴클레오염기에서, 당에서 또는 포스페이트 골격에서 변형될 수 있다.
실시형태에서, 압타머는 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함한다. 예시적인 변형은 예를 들어 알킬화, 아릴화 또는 아세틸화, 알콕실화, 할로겐화, 아미노 기, 또는 다른 작용기를 포함하는 뉴클레오티드를 포함한다. 변형된 뉴클레오티드의 예는 RNA 압타머에 대해 사용되는, 2'-플루오로 리보뉴클레오티드, 2'-NH 2-, 2'-OCH 3- 및 2'-O-메톡시에틸 리보뉴클레오티드를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
압타머는 전체적으로 또는 부분적으로 포스포로티오에이트 또는 DNA, 포스포로디티오에이트 또는 DNA, 포스포로셀레노에이트 또는 DNA, 포스포로디셀레노에이트 또는 DNA, 잠김 핵산 (LNA), 펩티드 핵산 (PNA), N3'-P5' 포스포르아미데이트 RNA/DNA, 시클로헥센 핵산 (CeNA), 트리시클로 DNA (tcDNA) 또는 스피겔머, 또는 포스포르아미데이트 모르폴린 (PMO) 성분 또는 당업자에게 공지된 임의의 다른 변형일 수 있다 (참조: Chan et al., Clinical and Experimental Pharmacology and Physiology (2006) 33, 533-540).
변형의 일부는 압타머가 핵산-절단 효소에 대해서 안정화되도록 허용할 수 있다. 압타머의 안정화에서, 일반적으로 이미 변형된 RNA/DNA를 사용한 선택 및 압타머의 후속 변형 간에 구별될 수 있다. 안정화는 변형된 RNA/DNA 압타머의 친화성에 영향을 미치지 않을 수 있지만, RNase/DNase에 의해서, 유기체, 생물학적 용액, 또는 용액 중에서 압타머의 신속한 분해를 방지할 수 있다. 압타머는 샘플 (예를 들어, 생물학적 매질, 유기체, 용액) 중에서 압타머의 반감기가 1분 초과, 1시간 초과, 또는 1일 초과라면 안정하다고 한다. 압타머는 표지된 압타머를 검출할 수 있게 하는, 리포터 분자에 의해 변형될 수 있다. 리포터 분자는 또한 압타머의 증가된 안정성에 기여할 수 있다.
압타머는 그들 핵산 서열에 의존하여 3차원 구조를 형성한다. 압타머의 3차원 구조는 왓슨 및 크릭 분자내 염기 쌍형성, 후그스틴 염기 쌍형성 (사중체), 워블-쌍 형성, 또는 다른 비-정규 염기 상호작용으로 인해 발생될 수 있다. 이러한 구조는 항원-항체 결합과 유사하게, 압타머가 정확하게 표적 구조에 결합할 수 있게 한다. 압타머의 핵산 서열은 정의된 조건 하에서, 정의된 표적 구조에 특이적인 3차원 구조를 가질 수 있다.
실시형태는 본 명세서에 기술된 바와 같은 압타머와 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 결합에 대해 경쟁하는 경쟁적 압타머를 포함한다. 실시형태는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 압타머, 또는 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나의 뉴클레오티드 서열과 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열을 갖는 압타머와 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 결합에 대해 경쟁하는 경쟁적 압타머를 포함한다. 실시형태는 상기 기술된 하나 이상의 압타머와 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 결합에 대해 경쟁하는 하나 이상의 경쟁적 압타머를 포함한다. 실시형태에서, 경쟁 어세이는 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 결합에 대해 경쟁하는 경쟁적 압타머를 확인하는데 사용될 수 있다. 예시적인, 비-제한적, 경쟁 어세이에서, 본 명세서에 정의된 바와 같은 고정된 표적은 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 결합하는 제1 표지화 압타머 및 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 결합에 대해 제1 압타머와 경쟁하는 이의 능력에 대해 시험되는 제2 비표지화 압타머를 포함하는 용액 중에서 인큐베이션된다. 대조군으로서, 본 명세서에 정의된 바와 같은 고정된 표적은 제1 표지화 압타머를 포함하지만 제2 비표지화 압타머는 포함하지 않는 용액 중에 인큐베이션될 수 있다. 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 제1 압타머의 결합을 허용하는 조건 하에서 인큐베이션 이후에, 과량의 미결합된 압타머를 제거할 수 있고, 본 명세성에 정의된 바와 같은 고정된 표적과 회합된 표지의 양을 측정한다. 본 명세서에 정의된 바와 같은 고정된 표적과 회합된 표지의 양이 대조군 샘플에 비해서 시험 샘플 중에서 실질적으로 감소되면, 그것은 제2 압타머가 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 대한 결합에 대해 제1 압타머와 경쟁한다는 것을 의미한다.
방법
본 개시의 실시형태는 포자를 포자박멸 용액 및 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하는, 씨. 디피실 포자를 사멸 또는 불활성화시키기 위한 방법에 관한 것이다.
실시형태에서, 방법은 포자박멸 용액의 포자박멸 효과를 증강시키기 위한 것이고, 씨. 디피실 포자를 포자박멸 용액 이전에, 그와 동시에, 또는 그 이후에, 본 명세서에 기술된 바와 같은 압타머와 접촉시키는 단계를 포함한다. 본 개시의 실시형태는 씨. 디피실이 소재지, 예를 들어 표면에 위치하는지 여부를 결정하는 제1 단계를 포함하는 방법에 관한 것이다.
본 개시의 문맥에서, 용어 "포자를 사멸 또는 불활성화시키는"은 포자의 적어도 85%, 예를 들어 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 적어도 99%가 영양 세포로 형질전환 (발아)시킬 수 없다는 것을 의미하고자 한다.
일부 실시형태에서, 포자의 99.9%는 영양 세포로 형질전환될 수 없다. 일 실시형태에서, 포자의 99.99% 또는 99.999%는 영양 세포로 형질전환될 수 없다. 일부 실시형태에서, 포자의 적어도 85%는 영양 세포로 형질전환될 수 없다.
씨. 디피실 집락화는 단일 균주로 구성될 수 있거나, 또는 균주의 혼합물일 수 있다. 예를 들어, 씨. 디피실은 분기군 1, 2, 3, 4 및 5로부터 선택되는 분기군의 균주일 수 있다. 일정 실시형태에서, 균주는 SH7 (분기군 1), SH8 (분기군 2), R20291 (분기군 2), SH9 (분기군 3), SH10 (분기군 4), ATCC 43598 (분기군 4) 및 SH11 (분기군 5)로부터 선택된다. 일정 실시형태에서, 균주는 R20291, ATCC 43598 및 SH11로부터 선택된다.
포자는 0℃ 내지 90℃, 예를 들어 5℃ 내지 80℃, 예를 들어 10℃ 내지 70℃, 15℃ 내지 60℃, 18℃ 내지 50℃, 또는 20℃ 내지 40℃, 예를 들어 20℃, 21℃, 22℃, 23℃, 24℃, 25℃, 26℃, 27℃, 28℃, 29℃, 30℃, 31℃, 32℃, 33℃, 34℃, 35℃, 36℃, 37℃, 38℃, 39℃ 또는 40℃의 온도에서 접촉될 수 있다.
실시형태에서, 방법은 약 5℃ 내지 약 90℃, 예를 들어 5℃, 10℃, 15℃, 20℃, 25℃, 30℃, 35℃, 40℃, 45℃, 50℃, 55℃, 60℃, 65℃, 70℃, 75℃, 80℃ 또는 90℃의 온도에서 수행된다. 실시형태에서, 방법은 약 5℃ 내지 약 90℃ 범위의 온도에서 수행될 수 있다. 실시형태에서, 방법은 약 5℃ 내지 10℃, 10℃ 내지 15℃, 15℃ 내지 20℃, 20℃ 내지 25℃, 25℃ 내지 30℃, 30℃ 내지 35℃, 35℃ 내지 40℃, 40℃ 내지 45℃, 45℃ 내지 50℃, 50℃ 내지 55℃, 55℃ 내지 60℃, 60℃ 내지 65℃, 65℃ 내지 70℃, 70℃ 내지 75℃, 75℃ 내지 80℃, 80℃ 내지 85℃, 85℃ 내지 90℃ 범위의 온도, 또는 임의의 이들 온도 범위 사이의 임의 간격에서 수행될 수 있다. 일 실시형태에서, 가열 온도는 5℃ 내지 90℃ 범위로부터 1℃ 증분으로부터 선택된다.
본 개시의 일정 실시형태는 다양한 환경에서 포자를 사멸 또는 불활성화시키는데 적합한 방법 및 키트를 제공한다. 본 개시의 일정 실시형태는 다양한 환경에서 씨. 디피실 포자에 대한 포자박멸 용액의 포자박멸 효과를 증강시키는데 적합한 방법 및 키트를 제공한다. 일정 실시형태의 방법 및 제품은 포자 오염을 감소시키기 위한 임의 환경에서, 예컨대 건강 관리 산업 (예를 들어, 동물 병원, 인간 병원, 동물 클리닉, 인간 클리닉, 요양원, 아동 또는 노인을 위한 탁아 시설 등), 식품 산업 (예를 들어, 레스토랑, 식품-가공 고장, 식품-저장 공장, 식료품점 등), 환대 산업 (예를 들어, 호텔, 모델, 리조트, 유람선 등), 교육 산업 (예를 들어, 학교 및 대학) 등에서 사용될 수 있다.
본 개시의 조성물은 포자 오염을 감소시키기 위한 임의 환경에서, 예컨대 일반 건물 표면 (예를 들어, 바닥, 벽, 천장, 가구 외부 등), 특정 장비 표면 (예를 들어, 단단한 표면, 제조 장비, 가공 장비 등), 직물 (예를 들어, 면, 울, 실크, 합성 섬유 예컨대 폴리에스테르, 폴리올레핀, 및 아크릴, 섬유 혼방 예컨대 면 폴리에스테르 등), 목재 및 셀룰로스-기반 시스템 (예를 들어, 종이), 토양, 동물 사체 (예를 들어, 가죽, 고기, 모발, 깃털 등), 식료품 (예를 들어, 과일류, 채소류, 견과류, 육류 등), 및 물에서 바람직하게 사용될 수 있다.
일 실시형태에서, 본 개시의 방법은 직물의 포자박멸 처리에 관한 것이다. 본 개시의 조성물을 처리할 수 있는 직물의 비제한적인 예는 개인 물품 (예를 들어, 셔츠, 바지, 스타킹, 속옷 등 등), 기관 물품 (예를 들어, 타월, 실험실 코트, 가운, 앞치마 등 등), 접객 물품 (예를 들어, 타월, 냅킨, 식탁보 등)을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
표면은 무생물 표면일 수 있다. 표면은 예를 들어 건강관리 상황, 예를 들어, 병원, 약국, 의사 수술 및/또는 요양원 시설에 위치된 표면일 수 있다. 압타머는 학교, 교도소, 호스텔, 기숙사, 기차, 버스, 및 비행기로 이루어진 군으로부터 선택되는 환경에서 물체의 표면 상에 위치된 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 불활성화 (및 경우에 따라 최초 검출)에서 사용을 위한 것일 수 있다.
표면은 소재지, 예컨대 병원 또는 다른 건강관리 상황에서 물치 상에 위치될 수 있다. 예를 들어, 물체는 수술대, 병원 침대, 수술 장비, 테이블, 수술용 스크럽, 쓰레기통, 식기류, 의자, 문 손잡이 및 손잡이로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 대안적으로, 또는 추가로, 표면은 소재지 예컨대 벽, 천장 및/또는 바닥 예를 들어, 병원 병동, 수술실, 요양원 방 등에 위치될 수 있다.
실시형태에서, 표면은 예를 들어, 상점, 술집 및/또는 레스토랑의 공동체 상황의 물체 표면일 수 있다. 비제한적인 예에서, 표면은 벽, 바닥, 가구 품목, 칼붙이, 포장재, 음료 용기 등에 위치될 수 있다.
실시형태에서, 표면은 가정 환경에 위치된다.
실시형태에서, 표면은 식품 생산 설비에 위치된다.
일정 실시형태에서, 표면은 스테인레스 강으로 구성된다. 일정 실시형태에서, 표면은 카드보드로 구성된다. 일 실시형태에서, 표면은 플라스틱으로 구성된다.
일정 실시형태에서, 방법은 본 개시에 따른 압타머를 포함하는 조성물을 표면과 직접적으로 접촉시키는 단계를 포함한다. 즉, 일정 실시형태에서, 방법은 압타머를 포함하는 조성물을 표면에 도포하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 방법은 본 개시에 따른 압타머를 포함하는 조성물을 표면과 간접적으로 접촉시키는 단계를 포함한다.
압타머를 표적과 직접적으로 접촉시키는 실시형태에서, 방법은 표면 전반에 분산될 수 있는 조성물 중 압타머를 제공하는 단계를 포함할 수 있다. 일정 실시형태에서, 최대 표면적 범위 및 습윤성을 위해 균일하게 조성물이 분산된 표면과 즉각적인 접촉은 씨. 디피실 포자 상에서 표적 분자에 대한 압타머의 접근성을 촉진한다.
대부분의 환경 표면적은 중성 (비하전)이거나 또는 음의 정전기 에너지를 갖는다. 일정 실시형태에서, 압타머는 정전기 인력을 사용하여 표면 표면적에 도포된다. 정전기적으로 도포된 액체는 포장 효과를 가져서, 시야에서 가려진 복잡한 물체 및 면적이 액체로 코팅된다고 간주된다.
쿨롱 법칙을 기반으로, 정전기 도포 시스템은 모든 표면에 압타머/완충액 용액을 보다 균일하게 도포한다. 쿨롱 법칙은 2개 지점 전하 간 상호작용의 정전기력의 규모는 그들 간 거리의 제곱의 스칼라 곱에 정비례한다고 명시한다. 힘은 그들을 연결하는 직선을 따른다. 하전된 분무 액적은 표면으로 끌리고 모든 면이 덮히는 것을 보장하도록 물체 주변에서 포장 효과를 갖는다고 간주된다.
쿨롱 법칙을 사용하여, 이들 시스템은 스프레이 노즐을 떠나면서 화학 용액에 양전하 또는 음전하를 두게 되다. 대부분의 표면적이 중성 또는 음성이므로, 양으로 하전된 정전기 분무 도포 시스템은 부착력 및 인력을 최적화한다. 분산된 액적은 보다 균일하게 확산될 수 있고 음 (-)으로 또는 중성으로 하전된 표면을 찾을 수 있다. 따라서, 일정 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 압타머를 포함하는 조성물이 보다 표적화되어서 적은 폐기물로 보다 일관된 도포 범위를 제공한다.
실시형태에서, 방법은 전극으로 개조된 스프레이 건을 통해서 표면에 압타머를 포함하는 조성물을 도포하는 단계를 포함한다. 전극은 압타머를 포함하는 액체 액적을 하전시킨 다음에 전형적으로 압타머에 반대로 하전된 표면으로 안내한다.
실시형태에서, 방법은 압타머를 포함하는 조성물을 생성시키는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 본 명세서에 청구하는 개시의 압타머는 건조된 형태로 제공되고 완충 용액 또는 dH2O로 바람직한 스톡 농도까지 완전하게 용해시킨다. 이것은 예를 들어, 사전 결정된 시간 기간 예를 들어 20분, 25분, 30분 이상, 예를 들어 35분, 40분, 45분 이상 동안 조성물을 진탕시켜서 획득될 수 있다. 조성물은 유기 용매, 예를 들어 DMSO, 에탄올 및/또는 메탄올을 포함할 수 있다. 추가로, 조성물은 염, 예컨대 예를 들어 나트륨 이온을 포함할 수 있다.
실시형태에서, 방법은 완충 용액에 압타머를 용해시키는 단계를 포함한다. 완충 용액은 예를 들어, PBS, HEPES, Tris 등으로부터 선택될 수 있다. 전형적으로, 압타머는 중성 pH 범위 (7.0-8.0)에서 안정하다. 가열 및 냉각 단계는 완충 용액 중 압타머 구조의 적절한 폴딩을 위해 수행될 수 있다 (예를 들어, 95℃에서 5분 동안 가열 다음에 실온에서 서서히 냉각). 일정 실시형태에서, 방법은 완충 용액 중 2+ 이온 예컨대 마그네슘을 제공하는 단계를 포함한다. 2가 이온 예컨대 마그네슘은 일정 실시형태에서 압타머의 적절한 구조를 유지하기 위해 유리할 수 있다.
결합 완충 조건 (pH 7.4)에서 핵산 압타머는 음으로 하전되고, 정전기 상호작용을 통해서 압타머는 양으로 하전된 면적과의 결합을 선호할 수 있다. 압타머/완충액 및 용기와 이러한 상호작용을 피하기 위해서, 대전 방지 처리 물질 (예를 들어, 플라스틱 및 유리 용기)의 사용이 중요하다. 전형적으로, 분무기는 플라스틱으로 만들어 지게 된다.
실시형태에서, 방법은 표면을 분무하여 표면에 압타머를 포함하는 조성물을 도포하는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 압타머는 표면 상에 분무되기 전에 냉동-건조될 수 있다. 따라서, 일정 실시형태에서 방법은 본 명세서에 기술된 바와 같은 압타머를 포함하는 냉동-건조된 조성물과 표면을 접촉하는 단계를 포함한다.
분무 냉동 단계 동안, 액체에 용해 또는 현탁된 압타머는 극저온 액체, 일반적으로 액체 질소에 의해서 순간적으로 냉동된 미세 액적으로 원자화된다. 이후에, 냉동된 입자에 대해 냉동 건조를 수행하여서, 용매는 낮은 온도 및 압력에서 승화되어, 건조된 다공성 입자의 형성을 야기한다. 큰 물리적 크기 및 낮은 밀도를 갖는 다공성 입자는 작은 공기역학적 크기를 나타내서, 높은 유동성을 촉진할 수 있다. 작은 접촉 표면적 대 부피 비율은 입자 간에 낮은 응집력을 초래하여서, 공기 중 분산성을 촉진한다. 또한, 다공성 입자는 높은 비표면적을 가져서, 용해율을 증강시킨다.
실시형태에서, 방법은 표면을 액체 용액과 접촉시키기 전에 용액에 냉동-건조된 압타머를 용해시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 소재지, 예를 들어 표면에서 씨. 디피실을 사멸 및/또는 불활성화시키는 방법은 씨. 디피실 포자를 포함하는 것으로 의심되는 소재지에 하나 이상의 본 개시의 압타머를 도포하는 단계를 포함할 수 있다. 압타머가 씨. 디피실 포자에 결합하는 것을 허용하기에 충분한 사전 결정된 시간 기간 이후에, 표면은 임의의 미결합된 압타머를 제거하기 위해 1회 이상 세척될 수 있다. 실시형태에서, 예를 들어, FRET 쌍이 사용되거나 또는 본 명세서에 기술된 바와 같은 비콘이 사용될 때, 세척 단계는 필요하지 않다.
일정 실시형태에서, 환경 표면, 예컨대 스테인레스 강, 폴리스티렌 및 다른 표면 상에서 사용을 위해서 압타머는 표적, 즉 씨. 디피실 포자에 부착되고, 형광발광하도록 디자인된다. 압타머는 단독으로 무기 표면에 부착하여 형광발광되지 않는다.
포자박멸제
본 개시의 실시형태는 포자박멸제, 예를 들어 포자박멸 용액의 사용을 포함한다. 박테리아 포자는 화학제 및 물리제에 매우 내성이 있다고 간주된다. 본 개시의 실시형태는 포자박멸제에 대한 포자의 감도를 증가시키는 것을 목적으로 한다.
본 명세서에서 사용되는, 용어 "포자박멸제"는 씨. 디피실 포자를 사멸할 수 있는 작용제를 의미한다. 일정 실시형태에서, 본 명세서에 기술된 방법은 포자박멸제를 포자증식 억제제, 즉 포자 발아 또는 과성장 또는 둘 모두에 대해 억제성인 작용제로 대체할 수 있다. 일정 작용제는 일정 농도 및/또는 온도에서 포자증식 억제성일 수 있고 더 높은 농도 및/또는 온도에서는 포자박멸성일 수 있다.
예시적인 포자박멸제는 글루타르알데히드, 차아염소산나트륨, 요오드, 요오드포, 과산화수소 및 퍼아세트산을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 개시의 실시형태에서 사용을 위한 포자박멸 용액은 알킬화제, 및 산화제 및/또는 염소-방출제일 수 있다.
실시형태에서, 포자박멸제는 용액이다. 실시형태에서, 포자박멸제는 물의 첨가 시에, 퍼아세트산을 발생시키는 작용제를 포함한다. 실시형태에서, 포자박멸제는 퍼아세트산을 포함하는 용액이다. 용액은 건조 와이프 (예컨대, Clinell 상표명으로 판매되는 와이프)를 습윤시키고 습윤된 와이프로부터 용액을 짜내서 형성될 수 있다.
일정 실시형태에서, 포자박멸제는 ≤ 50 (%wt)의 과탄산나트륨 (Cas No. 239-707-6 15630-89-4) 및 시트르산 (농도 ≤ 20 (%wt) (Cas No. 77-92-9 201-069-1)을 포함하는 와이프로부터 형성된다. 와이프는 테트라 아세틸 에틸렌 디아민 (농도 ≤25 %wt)을 또한 포함할 수 있다.
실시형태에서, 포자박멸제는 퍼아세트산을 포함하는 용액이다. 실시형태에서, 포자박멸제는 퍼아세트산을 발생시킬 수 있는 작용제를 포함한다. 실시형태에서, 포자박멸제는 과탄산나트륨을 포함한다.
실시형태에서, 포자박멸제는 mikrozid® 브랜드명 하에 판매되는 와이프일 수 있다.
실시형태에서, 포자박멸제는 퍼아세트산 (예를 들어, 100 g 작용제 용액 중 약 0.05-0.10%의 농도) 및 과산화수소를 포함한다. 포자박멸제는 아세트산을 더 포함할 수 있다. 일정 실시형태에서, 작용제는 대략 0.06% 퍼아세트산을 포함한다.
실시형태에서, 포자박멸 용액은 차아염소산나트륨을 포함한다. 용액은 차아염소산나트륨을 약 0.3 내지 약 0.7% v.v의 농도로 포함할 수 있다. 용액은 본 개시의 실시형태의 방법에서 사용을 위한 포자박멸 용액을 형성하도록 사전-희석될 수 있다.
실시형태에서, 포자박멸 용액은 과산화수소를 예를 들어 약 1.5% (Aseptix Sterimax Sporicide wipes)로 포함할 수 있다. 실시형태에서, 용액은 은-안정화된 과산화수소를 포함하고, 예를 들어 상표명 EndoSan® 하에 판매되는 용액이다.
실시형태에서, 포자박멸 용액은 클로르헥시딘 디글루코네이트를 포함한다. 적절하게, 포자박멸 용액은 Chemgene™ 브랜드명 하에 입수가능한 용액이다.
실시형태에서, 포자박멸 용액은 글루코프로타민 1.5% (Incidin plus wipes); 에탄올, 프로판 및 N-알킬 아미노 프로필 글리신의 혼합물 (Bacillol 30 조직); 및 마지막으로 활성 성분으로서 디데실디모늄 클로라이드, 벤즈알코늄 클로라이드, 폴리아미노프로필, 바이구아니드 및 디멘티콘의 혼합물 (Formula 429 spray)을 포함한다.
검출가능한 표지
실시형태에서, 본 개시의 압타머는 소재지에서 씨. 디피실의 양을 검출 및/또는 정량하는데 사용된다. 실시형태에서, 방법은 소재지를 포자박멸제 (즉, 포자 사멸) 및/또는 포자 증식억제제 (예를 들어, 포자 발아 또는 과성장 억제제)와 접촉시키기 전에 표면에서 씨. 디피실의 존재, 부재, 및/또는 농도를 결정하는 단계를 포함한다. 존재, 부재 및/또는 농도를 결정하는 단계는 소재지를 압타머-포자 복합체가 형성될 수 있는 시간 기간 동안 본 명세서에 정의된 바와 같은 하나 이상의 압타머와 접촉시키는 단계를 포함한다.
실시형태에서, 압타머는 검출 분자를 포함한다. 압타머의 검출 및/또는 정량을 촉진할 수 있는 임의의 표지가 본 명세서에서 사용될 수 있다.
실시형태에서, 검출가능한 표지는 형광 모이어티, 예를 들어, 형광/소광제 화합물이다. 형광/소광제 화합물은 당분야에 공지되어 있다. 예를 들어, 하기 문헌을 참조한다: Mary Katherine Johansson, Methods in Molecular Biol. 335: Fluorescent Energy Transfer Nucleic Acid Probes: Designs and Protocols, 2006, Didenko, ed., Humana Press, Totowa, NJ, and Marras et al., 2002, Nucl. Acids Res. 30, el22 (본 명세서에 참조로 편입됨).
실시형태에서, 검출가능한 표지는 FAM이다. 일정 실시형태에서, FAM-표지는 압타머의 제1 및/또는 제2 프라이머 영역에 위치된다. 당업자는 표지가 압타머 내 임의의 적합한 위치에 위치될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
예를 들어, 형광 공명 에너지 전달 ("FRET")의 결과로서, 서로 인접할 때 검출가능한 신호의 증가를 일으키는 모이어티가 또한 본 명세서에서 사용될 수 있고, 적합한 쌍은 서너개를 예로 들면, 플루오로세인 및 테트라메틸로다민; 로다민 6G 및 말라카이트 그린, 및 FITC 및 티오세미카르바졸을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
실시형태에서, 검출가능한 표지는 하기 비제한적인 예 중 적어도 하나로부터 선택된다: 형광단, 나노입자, 퀀텀 도트, 효소, 방사성 동위원소, 사전 정의된 서열 부분, 바이오틴, 데스티오바이오틴, 티올 기, 아민 기, 아지드, 아미노알릴 기, 디곡시게닌, 항체, 촉매, 콜로이드성 금속 입자, 콜로이드성 비금속 입자, 유기 중합체, 라텍스 입자, 나노섬유, 나노튜브, 덴드리머, 단백질, 및 리포솜.
실시형태에서, 검출가능한 표지는 형광 단백질 예컨대 녹색 형광 단백질 (GFP) 또는 당업자에게 공지된 임의의 다른 형광 단백질이다.
실시형태에서, 검출 성질은 사용되는 검출가능한 표지에 의존하게 된다. 예를 들어, 표지는 이의 색상, 예를 들어, 금 나노입자를 통해서 검출가능할 수 있다. 색상은 광학 판독기 또는 카메라, 예를 들어, 영상화 소프트웨어가 있는 카메라를 통해서 정량적으로 검출될 수 있다.
실시형태에서, 검출가능한 표지는 형광 표지, 예를 들어 퀀텀 도트이다. 이러한 실시형태에서, 검출 수단은 형광 강도를 기록하도록 구성된, 형광 플레이트 판독기, 스트립 판독기 등을 포함할 수 있다.
검출가능한 표지가 효소 표지인 실시형태에서, 검출 수단은 예를 들어 비색적, 화학발광적 및/또는 전기화학적 (예를 들어, 전기화학 검출기 사용)일 수 있다. 전기화학적 감지는 압타머의 한쪽 말단에 산화환원 리포터 (제한없이 메틸렌 블루 또는 페로센 포함) 및 다른 말단에 센서 표면의 접합을 통한다. 전형적으로, 표적 결합 시 압타머 입체배열의 변화는 리포터 및 센서 간 거리를 변화시켜서 판독치를 제공한다.
실시형태에서, 검출가능한 표지는 효소 예컨대 홀스래디쉬 퍼옥시다제 (HRP), 알칼리 포스파타제 (APP) 등을 더 포함할 수 있어서, 기질을 촉매적으로 전환시켜 증폭된 신호를 제공할 수 있다.
실시형태에서, 본 개시는 본 개시의 압타머를 포함하는 복합체 (예를 들어, 접합체) 및 검출가능한 분자를 제공한다. 전형적으로, 본 개시의 압타머는 검출가능한 분자에 공유적으로 또는 물리적으로 접합된다.
실시형태에서, 검출가능한 분자는 시각, 광학, 광자, 전자, 음향, 광음향, 질량, 전기화학, 전기-광학, 분광, 효소 또는 달리 물리적, 화학적 또는 생물화학적으로 검출가능한 표지이다.
실시형태에서, 검출가능한 분자는 발광, UV/VIS 분광법을 통해서, 효소적으로, 전기화학적으로, 또는 방사능적으로 검출된다. 발광은 빛의 방출을 의미한다. 예를 들어, 광발광, 화학발광 및 생물발광은 표지의 검출에 사용된다. 광발광 또는 형광에서, 여기는 광자의 흡수를 통해서 발생된다. 예시적인 형광단은 제한없이 압타머에 공유적으로 커플링될 수 있는, 비스벤즈이미다졸, 플루오레세인, 아크리딘 오렌지, Cy5, Cy3 또는 프로피듐 아이오다이드, 테트라메틸-6-카르복시호다민 (TAMRA), 텍사스 레드 (TR), 로다민, Alexa Fluor 염료 (등, 상이한 회사의 상이한 파장의 형광 염료)를 포함한다.
일정 실시형태에서, 검출가능한 분자는 FRET 쌍 중 하나이다. 일정 실시형태에서, 압타머는 검출가능한 분자로서 FRET 쌍을 포함할 수 있다. 씨. 디피실 포자에 대한 압타머의 결합은 검출가능한 소광의 상실을 일으킬 수 있다.
실시형태에서, 검출가능한 분자는 신호-발생 물질을 갖는 콜로이드성 금속 입자, 예를 들어 금 나노입자, 콜로이드성 비금속 입자, 퀀텀 도트, 유기 중합체, 라텍스 입자, 나노섬유 (예를 들어, 탄소 나노섬유), 나노튜브 (예를 들어, 탄소 나노튜브), 덴드리머, 단백질 또는 리포솜이다. 콜로이드성 입자는 비색적으로 검출될 수 있다.
실시형태에서, 검출가능한 분자는 효소이다. 일정 실시형태에서, 효소는 기질을 유색 생성물로 전환시킬 수 있고, 예를 들어 퍼옥시다제, 루시퍼라제, β-갈락토시다제 또는 알칼리 포스파타제일 수 있다. 예를 들어, 무색 기질 X-gal은 β-갈락토시다제의 활성을 통해서 그의 색상이 시각적으로 검출되는 파란색 생성물로 전환된다.
실시형태에서, 검출 분자는 방사성 동위원소이다. 검출은 제한없이 3H, 14C, 32P, 33P, 35S 또는 125I, 보다 바람직하게 32P, 33P 또는 125I를 포함하여, 압타머가 표지되는 방사성 동위원소를 통해서 수행될 수 있다. 섬광 계수에서, 방사성 표지된 압타머 표적 복합체에 의해 방출되는 방사능 방사선은 간접적으로 측정된다. 섬광체 물질은 동위원소의 방사능 방출에 의해 여기된다. 섬광 물질의 전이 동안, 바닥 상태로 돌아오고, 여기 에너지는 다시 빛의 섬광으로 방출되어서 증폭되고 광전자 증배관을 통해서 계측된다.
실시형태에서, 검출가능한 분자는 디곡시게닌 및 바이오틴으로부터 선택된다. 따라서, 압타머는 또한 예를 들어 항체 또는 스트렙타비딘에 의해 결합된, 디곡시게닌 또는 바이오틴으로 표지화될 수 있고, 이는 이어서 표지, 예컨대 효소 접합체를 보유할 수 있다. 효소와 압타머의 사전 공유 연결 (접합)은 몇가지 기지 방식으로 수행될 수 있다. 압타머 결합의 검출은 또한 RIA (방사성 면역어세이)에서 방사성동위원소로 압타머의 표지화를 통해서 획득될 수 있다. 일 실시형태에서, 방사성동위원소는 125I이다. 압타머 결합의 검출은 또한 형광단으로 FIA (형광면역어세이)에서 형광을 통한 압타머의 표지화를 통해 획득될 수 있다. 일 실시형태에서, 형광단은 플루오레세인 또는 FITC이다.
일부 실시형태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 압타머 또는 압타머의 임의 관련 서열의 5' 말단, 3' 말단에 상보성인 것을 5' 말단 및 3' 말단에 혼성화하도록 디자인될 수 있다 (예를 들어, H2.1.2-서열번호 40-41). 일부 실시형태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 형광단을 포함한다.
실시형태는 소재지, 예를 들어 표면에서 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적의 존재, 부재 또는 양을 검출하기 위한 방법을 포함한다. 방법에서, 표면은 본 명세서에 기술된 바와 같은 압타머와 상호작용 (즉, 접촉)할 수 있다. 예를 들어, 본 명세서에 기술된 바와 같은 표면 및 압타머는 샘플 중에서 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적에 압타머의 적어도 일부분이 결합하기에 충분한 조건 하에서 인큐베이션될 수 있다.
당업자는 본 명세서에 기술된 압타머 및 본 명세서에 정의된 바와 같은 표적 간에 결합이 발생되는데 조건이 요구된다는 것을 이해할 것이다. 실시형태에서 샘플, 예를 들어 씨. 디피실 포자를 포함하는 것으로 의심되는 소재지에 표적 표면, 및 압타머는 약 4℃ 내지 약 40℃의 온도에서 인큐베이션될 수 있다. 실시형태에서 샘플 및 압타머는 약 20℃ 내지 약 37℃의 온도에서 인큐베이션될 수 있다. 실시형태에서 샘플 및 압타머는 22℃에서 인큐베이션될 수 있다. 인큐베이션 온도는 4℃ 내지 20℃ 미만, 20℃ 내지 22℃ 미만, 22℃ 내지 24℃ 미만, 24℃ 내지 26℃ 미만, 26℃ 내지 28℃ 미만, 28℃ 내지 30℃ 미만, 30℃ 내지 32℃ 미만, 32℃ 내지 34℃ 미만, 34℃ 내지 36℃ 미만, 36℃ 내지 37℃ 미만, 및 37℃ 내지 40℃ 미만의 범위로부터 선택될 수 있다. 실시형태에서, 샘플 및 압타머는 상이한 농도 (예를 들어, 적어도 약 1%, 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70% 80% v/v 이상)로 완충액 (예시적인 완충액은 제한없이 PBS를 포함)을 사용해 희석될 수 있다. 희석된 농도는 1% 내지 5% 미만, 5% 내지 10% 미만, 10% 내지 20% 미만, 20% 내지 30% 미만, 30% 내지 40% 미만, 40% 내지 50% 미만, 50% 내지 60% 미만, 60% 내지 70% 미만, 70% 내지 80% 미만, 또는 80% 내지 90% v/v 미만의 범위로부터 선택될 수 있다. 실시형태에서, 희석 전 압타머 농도는 100 nM 내지 50 μM일 수 있다. 실시형태에서, 희석전 압타머 농도는 100 nM 내지 500 nM, 500 nM 내지 1 μM, 1 μM 내지 2 μM, 2 μM 내지 5 μM, 5 μM 내지 10 μM, 10 μM 내지 15 μM, 15 μM 내지 20 μM, 20 μM 내지 30 μM, 30 μM 내지 40 μM, 40 μM 내지 50 μM, 50 μM 내지 60 μM, 60 μM 내지 70 μM, 70 μM 내지 80 μM, 80 μM 내지 90 μM, 90 μM 내지 100 μM의 범위로부터 선택될 수 있다. 실시형태에서, 희석전 압타머 농도는 본 명세서에 기술된 범위로부터 선택된 농도일 수 있다. 선택된 값은 본 명세서의 범위에서 0.1 μM 증분 농도로부터 선택될 수 있다. 실시형태에서, 희석전 압타머 농도는 2 μM일 수 있다. 실시형태에서, 결합에 사용된 압타머 농도는 10 μM 내지 40 μM의 범위로부터 선택될 수 있고, 실시형태에서, 결합에 사용된 압타머 농도는 10 μM 내지 15 μM, 15 μM 내지 20 μM, 20 μM 내지 25 μM, 25 μM 내지 30 μM, 30 μM 내지 35 μM, 35 μM 내지 40 μM의 범위, 또는 10 μM 내지 40 μM 범위로부터 선택된 1 μM 증분으로부터 선택된 임의의 이들 농도 범위 사이의 임의 농도로부터 선택될 수 있다. 일 실시형태에서, 결합에 사용된 압타머 농도는 20 μM일 수 있다. 일 실시형태에서, 결합에 사용된 압타머 농도는 25 μM일 수 있다. 일 실시형태에서, 결합에 사용된 압타머 농도는 30 μM일 수 있다. 실시형태에서, 샘플 및 압타머는 진탕 및/또는 혼합하면서 인큐베이션될 수 있다. 일정 실시형태에서, 샘플 및 압타머는 적어도 1분, 적어도 5분, 적어도 15분, 적어도 1시간 이상 동안 인큐베이션된다. 샘플 및 압타머는 1분 내지 5분 미만, 5분 내지 15분 미만, 15분 내지 1시간 미만, 1시간 내지 24시간 미만, 24시간 내지 48시간 미만 동안 인큐베이션될 수 있다.
실시형태에서, 본 명세서에 정의된 바와 같은 압타머 및 표적의 결합은 압타머-표적 복합체의 형성을 일으킨다. 결합 또는 결합 사건은 예를 들어, 본 명세서에 기술된 바와 같이, 시각적으로, 광학적으로, 광자적으로, 전자적으로, 음향적으로, 광-음향적으로, 질량으로, 전기화학적으로, 전기-광학적으로, 분광적으로, 효소적으로 또는 달리 본 명세서에 기술된 바와 같이 화학적으로, 생화학적으로 또는 물리적으로 검출될 수 있다.
압타머 및 표적의 결합은 임의의 적합한 기술을 사용해 검출될 수 있다. 상기 논의된 바와 같이, 예를 들어, 압타머 및 표적의 결합은 바이오센서를 사용해 검출될 수 있다. 실시형태에서, 압타머 및 표적의 결합은 본 명세서에 기술된 바와 같은 실시형태에서, 압타머 및 표적의 결합은 SPR, RlfS, BLI, LFD 또는 ELONA를 사용해 검출된다.
실시형태에서, 방법은 씨. 디피실 포자와 압타머의 결합을 결정하는 단계 및 후속하여 씨. 디피실 포자의 사멸 및/또는 불활성화를 결정하는 단계를 포함한다. 실시형태에서, 방법은 씨. 디피실 포자의 사멸 및/또는 불활성화를 가시화하는 단계를 포함한다. 이러한 가시화는 검출가능한 신호의 상실 형태일 수 있고, 예를 들어, 시각적, 광학적, 광자적, 전자적, 음향적, 광-음향적, 질량, 전기화학적, 전기-광학적, 분광적 또는 효소적 신호의 감소 또는 상실일 수 있다.
실시형태에서, 방법은 광원, 예컨대 레이저; 초점 광학 장치, 예컨대 렌즈; 여기 또는 형광 발광 스펙트럼에서 변화를 실시하기 위한 필터 또는 모노크로메이터; 및 씨. 디피실 포자와 압타머의 결합 및/또는 씨. 디피실 포자의 사멸 및/또는 불활성화를 가시화하기 위해 형광을 측정하기 위한 CCD 카메라 또는 단일 광자수 검출기의 사용을 포함한다.
방법은 광원을 사용하여 소재지를 조사하기 위한 조건의 세트를 포함할 수 있다. 일 실시형태에서, 광원은 포렌식 광원이 형태일 수 있다. 일 실시형태에서, 광원은 Polilight® Flare의 형태일 수 있다.
실시형태에서, 광원은 상이한 파장 간에 변화될 수 있고, 각각의 파장은 특별한 상호교환가능한 필터에 적합화된다. 포렌식 광원은 LED, 레이저, Polilight® 등의 형태일 수 있다. 실시형태에서, 광원은 휴대용 광원이다. 일 실시형태에서, 휴대용 광원은 Polilight Flare+2일 수 있는데, 배터리 작동되는, 예를 들어, Rofin Forensic에서 입수가능한, 휴대용 LED 광원인다.
실시형태에서, 각각의 Polilight Flare "토치"는 명시된 파장 범위 내에서 빛을 생성시킬 수 있다. 예를 들어, 실시형태에서, 광원은 약 360 nm - 385 nm의 파장에서 빛을 생성할 수 있다 (UV 광). 실시형태에서, 광원은 약 405 nm - 420 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 435 nm - 465 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 485 nm - 515 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 510 nm - 545 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 530 nm - 560 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 585 nm - 605 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 615 nm - 635 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 400 nm - 700 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 835 nm - 865 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 935 nm - 965 nm의 파장에서 빛을 생성시킬 수 있다.
실시형태에서, 사용되는 광원은 압타머에 접합된 검출가능한 분자와 상용가능할 수 있다. 실시형태에서, 압타머는 검출 분자에 접합될 것이다. 실시형태에서, 검출 분자는 광원의 출력에 상응하는 스펙트럼 범위에서 방출되는 형광단일 수 있다. 실시형태에서, 압타머는 약 505 nm의 파장에서 방출되는 형광단에 접합될 수 있다. 실시형태에서, 광원은 약 505 nm이 파장을 갖는 빛을 생성시킨다.
실시형태에서, 방법은 광원과 조합하여 대역통과 필터의 사용을 포함할 수 있다. 대역통과 필터는 일정 파장대의 빛을 투과시키고 사전결정된 파장대 밖의 미광을 차단하도록 구성될 수 있다. 실시형태에서, 광원은 365 nm, 415 nm, 450 nm, 505 nm, 530 nm, 545 nm, 620 nm, 및 850 nm의 중심 파장을 갖는 협대역 광을 생성시키도록 구성된다. 실시형태에서, 광원은 백색광 파장이외에도, 505 nm의 중심 파장을 갖는 협대역 광을 생성시키도록 구성된다. 실시형태에서, 대역통과 필터는 590 nm 대역통과 필터이다.
실시형태에서, 방법은 표면의 소재지를 관찰 고글, 유리 등을 사용해 가시화시키는 단계를 더 포함할 수 있다. 실시형태에서, 관찰 고글은 광원에 의해서 생성되고 압타머에 접합된 검출 분자에 의해 방출되는 빛의 색상에 상응하는 색상이다. 실시형태에서, 고글은 오렌지색이고, 따라서 약 485 nm - 515 nm의 파장, 예를 들어 505 nm를 갖는 빛을 생성시키는 광원, 및 대략 505 nm의 파장에서 방출되는 검출 분자를 포함하는 압타머와 조합하여 사용하기에 적합하다.
조성물
본 개시의 일정 양태에서, 본 명세서에 기술된 바와 같은 하나 이상의 압타머 및 본 명세서에 정의된 바와 같은 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제의 조합을 제공한다. 조합은 소재지, 예컨대 표면에서 씨. 디피실, 예를 들어 씨. 디피실 포자를 사멸 및/또는 불활성화시키는데 사용을 위한 것일 수 있다. 조합은 또한 포자박멸제의 포자박멸 활성의 증강에서 사용을 위한 것일 수 있다. 조합은 또한 사멸 또는 불활성화 이전에 씨. 디피실 포자의 검출에서 사용을 위한 것일 수 있다.
본 명세서에 정의된 바와 같은 압타머 및 포자박멸제는 단일 조성물로 제공될 수 있다. 조성물은 다른 성분, 예컨대 제한없이 완충액, 안정화제, 착색제 등을 더 포함할 수 있다.
대안적으로, 압타머 및 포자박멸제는 별개 조성물로 제공될 수 있다. 실시형태에서, 압타머 및 포자박멸제는 소재지에 순차적 도포를 위한 것일 수 있다.
본 개시는 또한 씨. 디피실의 사멸 및/또는 불활성화를 위한 키트를 제공하고, 키트는 본 명세서에 기술된 바와 같은 하나 이상의 압타머를 포함한다. 실시형태에서, 키트는 또한 포자박멸제를 포함한다. 실시형태에서, 포자박멸제는 본 명세서에 기술된 바와 같은 용액이다. 실시형태에서, 키트는 또한 본 명세서에 기술된 바와 같은 검출가능한 분자를 포함한다.
일부 실시형태에서, 키트는 본 명세서에 기술된 임의 방법에 따라서 사용을 위한 설명서를 더 포함한다.
전형적으로, 키트는 수행하려는 방법 또는 키트에 의해 의도되는 반응을 위한 추가 성분, 예를 들어, 농축, 분리 및/또는 단리 절차의 의도된 검출을 위한 성분을 포함한다. 예는 완충 용액, 색상 반응용 기질, 염료 또는 효소 기질이다. 키트에서, 압타머는 다양한 형태로, 예를 들어, 지지체 (예를 들어, 고체 지지체) 상에 사전 고정되거나, 냉동-건조되거나, 또는 액체 매질의 형태로 제공될 수 있다.
본 개시의 키트는 본 명세서에 기술된 임의 방법을 수행하기 위해 사용될 수 있다. 키트의 일부는 용기 또는 다수-용기 단위에 조합하여 또는 바이알에 개별적으로 포장될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 전형적으로, 키트의 제조는 당업자에게 공지된 표준 절차를 따른다.
실시예
하기에서, 본 개시는 특별한 실시형태의 비제한적인 예를 통해서 보다 상세하게 설명될 것이다. 예시적인 실험에서, 오염되지 않은 표준 시약 및 완충제가 사용된다.
실시예 1
클로스트리디오이데스 디피실 (이전명 클로스트리듐 디피실) SH11 포자를 사용한 CotE_H2 압타머의 존재 및 부재 하에서 5개 농도에서 3종 포자박멸 제품의 포자박멸 활성의 검증.
씨. 디피실 포자의 2개 균주를 사용하여 3개 압타머의 존재 및 부재 하에서 5개 농도에서 3종 포자박멸 제품의 포자박멸 활성의 검증.
재료 및 방법
시험 미생물
이 연구에서 사용된 클로스트리듐 디피실 포자 현탁액은 표 5에 열거된다.
씨. 디피실 SH11 현탁액은 SporeGen®으로 제공되었고 도착 시 4℃에 저장되었다. 클로스트리디오이데스 디피실 R20291 현탁액은 SporeGen®으로 제공되었고 도착 시 4℃에 저장되었다.
Figure pct00011
검사 작용제
검사 작용제는 표 6 및 7에 열거된다. 압타머 및 완충제는 Aptamer Group Limited가 제공하였다.
포자박멸제는 하기와 같이 수득될 수 있다:
Chemgene™ (활성 성분 분자를 미셀 세정 기술, 생분해성, 비부식성과 조합한 고수준 실험실 표면 소독제- 참조: https://www.starlabgroup.com/GB-en/gloves-safety/laboratory-disinfectant_WebPSub-159946/chemgene-hld4h-rtu-spray-blue-eucalyptus-1:20-750ml_SLXTM302-C.html)
Endosan® (단단한 표면 은 안정화된 과산화수소 - 참조: http://www.clinipathequipment.com/product/endosan-3-trigger-spray
Clinell® (과탄산나트륨을 포함하는 퍼아세트산 발생 와이프 (≤ 50 %wt, 시트르산 ≤ 20 wt% 및 테트라 아세틸 에틸렌 디아민 ≤ 25 wt% - 참조: https://gamahealthcare.com/products/sporicidal-wipes)
Figure pct00012
Figure pct00013
장비 및 매질
UKAS 교정 피펫 (0.5-1000 μM 범위) Proline® Plus - Sartorius UK
UKAS 교정 다채널 피펫 (P300-P20) - Gilson UK
에펜도르프 5452 미니스핀 원심분리기 - Eppendorf, DE
교정 저울, Ohaus NV212 -Scientific Laboratories Supplies (SLS) UK
혐기성 캐비넷, Whitley MG500-Don Whitley Scientific Limited, UK
디지탈 건식 배쓰 - SLS, UK
멸균 유니버설 튜브 - SLS, UK
96-웰 플레이트, SLS, UK
매질
뉴클레아제 무함유 물 - Aptamer Group
TbKat 완충액 - Aptamer Group
TbKst 완충액 - Aptamer Group
말 혈액 및 효모가 보충된 뇌 심장 주입 한천 (BHI-YHT). 성분은 표 8을 참조한다.
강화 클로스트리듐 배지 (RCM) Acumedia®- SLS, UK
포스페이트 완충 염수 (PBS) - SLS, UK
GH 중화제 (성분은 표 9를 참조)
Figure pct00014
Figure pct00015
방법
검사 전에, CotE_H2 압타머는 80 μM의 4x 스톡 농도까지 뉴클레아제 무함유 물에 희석하였다. 압타머는 5분 동안 디지탈 건식 배쓰 중에서 95℃로 가열하여 폴딩시켰고 즉시 얼음에 위치시켜서 2℃로 냉각시켰다. CotE_H2는 사용 동안 2 - 4℃에 저장하였다. 클로스트리듐 디피실 SH11 박테리아 포자 접종물은 내부 절차에 따라서 1 x 108 ± 5 x 107 CFUmL-1 로 제조하였다. 접종물은 연속 희석을 통해 확인하였고 최종 현탁액은 말 혈액 및 효모가 보충된 뇌 심장 주입 한천 (BHI-YHT) 상에 플레이팅하였다. 각각의 4x 스톡 농도의 CotE-H2 (80 μM)는 TbKst 완충액에 희석하여 2x 검사 중 농도 (40 μM)를 수득하였다. 10 마이크로리터의 씨. 디피실 포자를 10 μM의 2x 검사 중 농도의 CotE-H2에 첨가하였다. 포자 현탁액은 피펫으로 혼합하고 CotE-H2와 실온에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 다음으로 포자는 13,400 RPM으로 10분 동안 원심분리하여 3회 세척되었다. 각 세척 시에 상등액이 제거되었고, 펠렛은 100 μL의 "TbKst" 완충액에 재현탁되었다. 3차 세척 후에, 포자는 100 μL의 "TbKst" 완충액에 재현탁되었고 와류시켜서 균질 용액을 수득하였다.
각각의 포자박멸 검사제의 총 5가지의 2x 검사 중 농도 (1:2 희석)를 스톡으로부터 제조하였다 (100%, 50%, 25%, 12.5%, 6.25%, 3.125%). Clinell 용액은 100 mL 물을 와이프에 첨가한 다음에 그로부터 용액을 짜내서 제조하였다.
음성 및 양성 대조군 용액이 또한 제조된다. 각각의 포자박멸 검사제 농축물 또는 대조군 용액의 25 마이크로리터 분취액은 96웰 플레이트의 웰에 첨가하였다. 압타머-포자 현탁액의 25 μL 분취액을 각 검사제 또는 대조군 용액에 첨가하였고 피펫 혼합하였다. 각 포자박멸 검사제의 최종 검사 중 농도는 50%, 25%, 12.5%, 6.25%, 3.125%, 1.5625%였다. 다음으로 플레이트는 혐기성 환경 중에 37℃ ± 2℃에서 15분 동안 인큐베이션되었다. 인큐베이션 이후에, 50 μL의 GH 중화제를 각 웰에 첨가하였고 피펫 혼합하였다. 중화된 현탁액의 10 μL 분취액을 각 웰로부터 채취하였고 한천 플레이트로 옮겼고 혐기성 환경에 37℃ ± 2℃에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 성장은 "+"로 기록하였고 비성장은 "-"로서 기록하였다. 각 농축물에 대한 최소 포자박멸 농도 (MSC)는 모든 복제물에 대해 성장없는 최저 농도로서 확인되었다. 최저 농도에서 성장이 관찰되지 않았으면, "<"로서 표시하였다. 최고 농도에서 성장이 관찰되었으면, ">"으로 표시하였다. 다음으로 검사는 존재하는 압타머없이 반복하였다. 검사는 삼중으로 수행하였다.
실시예 2
클로스트리듐 디피실 포자의 2개 균주를 사용한 3개 압타머의 존재 및 부재 하에서 5개 농도의 3종 포자박멸 제품의 최소 포자박멸 농도의 평가
실시예에 요약된 방법론은 CDec_D1 및 CDem_D2 압타머를 사용하여 씨. 디피실 SH11 포자에 대해서 그리고 CotE_H2, CDec_D1 및 CDem_D2 압타머를 사용하여 씨. 디피실 ATCC®43598™ 포자에 대해 반복하였다.
결과
클로스트리듐 디피실 SH11 포자를 사용한 CotE_H2 압타머의 존재 및 부재 하에서 5개 농도의 3종 포자박멸 제품의 최소 포자박멸 농도의 평가.
검사제를 씨. 디피실 SH11 포자에 대해서 CotE_H2 압타머의 존재없이 평가하였을 때, 최소 MSC (25%)가 Clinell® 포자박멸 용액에 대해 보고되었다 (표 10 및 표 11). 50% 초과 농도가 EndoSan® 및 Chemgene™의 MSC에 대해 보고되었다. 씨. 디피실 SH11 포자가 CotE_H2 압타머의 조재 하에서 검사되었을 때, MSC에서 2배 초과 증가가 Clinell® 포자박멸 용액에 대해 보고되었다. 나머지 2종 검사 제품은 변화없이 유지되었다. 특히, 결과는 EndoSan® 및 Chemgene™ 제품의 MSC가 확인되지 않았다는 것을 의미한다. 이와 같이, 결과는 압타머의 존재가 씨. 디피실 포자에 대해 효과가 있었는지 여부를 결정하는 것이 불가능하였다는 것을 의미한다.
클로스트리듐 디피실을 사용한 3개 압타머의 존재 및 부재 하에서 포자박멸 용액의 포자박멸 농도.
Figure pct00016
클로스트리듐 디피실 ATCC® 43598™ 포자를 사용한 3개 압타머의 존재 및 부재 하에서 포자박멸 용액의 포자박멸 농도.
Figure pct00017
Figure pct00018
Figure pct00019
Figure pct00020
클로스트리듐 디피실 SH11 포자를 사용한 2개 압타머의 존재 하에서 포자박멸 용액의 포자박멸 농도.
Figure pct00021
Figure pct00022
Figure pct00023
Figure pct00024
고찰
검사제가 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자에 대해서 압타머의 존재없이 평가되었을 때, 50% 초과의 농도가 모든 검사 품목에 대해 보고되었다. 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자가 Cote_H2 및 CDec_D1 압타머의 존재 하에서 검사되었을 때, Clinell® 포자박멸 용액에 대한 MSC는 감소되었다. 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자가 CDem_D2 압타머의 존재 하에서 검사되었을 때, MSC의 2배 초과 감소가 Clinell® 포자박멸 용액에 대해 관찰되었다. 임의 압타머의 존재 하에서 EndoSan® 및 Chemgene™에 대해 MSC의 변화가 관찰되지 않았다.
검사제가 씨. 디피실 SH11 포자에 대해서 압타머의 존재없이 평가되었을 때, 최저 MSC (25%)가 Clinell® 포자박멸 용액에 대해 관찰되었다. 50% 초과의 농도가 EndoSan® 및 Chemgene™의 MSC에 대해 관찰되었다. 씨. 디피실 SH11 포자가 CDec_D1 압타머의 존재 하에서 검사되었을 때, MSC의 변화가 임의의 검사 품목에 대해 관찰되지 않았다. 씨. 디피실 SH11 포자가 CDem_D2 압타머의 존재 하에서 검사되었을 때, MSC에서 2배 초과 증가가 Clinell® 포자박멸 용액에 대해 보고되었다 (표 19). MSC에서 변화는 EndoSan®and Chemgene™에 대해 관찰되지 않았다.
Figure pct00025
고찰
클로스트리듐 디피실은 포자-형성, 그람-양성 절대 혐기성 박테리아이다. 씨. 디피실 감염은 높은 비율의 연관된 사망률 및 이환률로 전세계적으로 주요한 감염 원인으로 간주된다. 표면 상에서 씨. 디피실에 의해 형성된 포자는 수주 동안 계속 살아있어서 씨. 디피실 감염의 확산 및 발생을 촉진시킨다. 포자박멸 용액은 회복력 있는 포자를 박멸하도록 디자인되었고 임상 상황에서 표면을 제독하기 위해 정기적으로 사용된다. 압타머는 높은 선택성 및 감도로 그들 표적에 결합하는 DNA 및/또는 RNA를 포함하는 짧은, 인공 단일 가닥 올리고뉴클레오티드이다.
압타머의 부재 하에서 15분 동안 처리 후에, ≤ 50%의 농도에서 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자에 대한 포자박멸 활성은 검사된 용액 중 어떠한 것에서도 검증되지 않았지만, 25% 농도의 Clinell® 포자박멸 용액은 씨. 디피실 SH11 포자에 대해서 포자박멸 활성을 입증하였다. 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자에 대해서 감소되었다. 그러나, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 씨. 디피실 SH11 포자에 대해서 2배 초과로 증가되었다. 씨. 디피실 포자의 어떠한 균주에 대해서도 EndoSan® 및 Chemgene™ 용액의 포자박멸 용액에서 변화가 관찰되지 않았다. 결과는 압타머가 씨. 디피실 포자의 상이한 균주에 대해서 상이한 결합 친화성을 가질 수 있다는 것을 시사한다.
실시예 3
이 연구에서 사용된 클로스트리디오이데스 디피실 (이전명 클로스트리듐 디피실) 포자 현탁액은 하기 표 20에 열거된다. 클로스트리디오이데스 디피실 R20291 현탁액은 2020년 1월 23일에 SporeGen®에서 제공하였고 도착 시에 4℃에 저장하였다. 클로스트리디오이데스 디피실 SH11 현탁액은 2020년 2월 17일에 SporeGen®에서 제공하였고 도착 시 4℃에 저장하였다.
Figure pct00026
검사제
이 연구에서 사용된 검사제는 하기 표 21 및 표 22에 열거된다. 압타머 및 완충제는 Aptamer Group Limited가 제공하였다.
Figure pct00027
Figure pct00028
장비
UKAS 교정 피펫 (0.5-1000 μL 범위), Proline® Plus - Sartorius, UK
UKAS 교정 다채널 피펫 (P300 and P20) - Gilson® UK
에펜도르프 5452 미니스핀 원심분리기 - Eppendorf, DE
교정 저울, Ohaus NV212 - Scientific Laboratory Supplies Ltd (SLS), UK
혐기성 캐비넷, Whitley MG500 - Don Whitley Scientific Limited, UK
디지탈 건식 배쓰 - SLS, UK
멸균 유니버설 튜브 - SLS, UK
96-웰 플레이트 - SLS, UK
매질
뉴클레아제 무함유 물 - Aptamer Group, UK
BB+Mg2+ 완충제 - Aptamer Group, UK
뇌 심장 주입 한천 - SLS, UK
나트륨 타우로콜레이트 - Sigma-Aldrich, UK
효모 추출물 - Sigma-Aldrich, UK
말 혈액 - TCS Biosciences, UK
강화 클로스트리듐 배지 (RCM), Acumedia® - SLS, UK
포스페이트 완충 염수 (PBS) - SLS, UK
사포닌 - Sigma-Aldrich, UK
나트륨 티오술페이트 - Sigma-Aldrich, UK
나트륨 도데실 술페이트 - Sigma-Aldrich, UK
레시틴 - Sigma-Aldrich, UK
L-히스티딘 - Sigma-Aldrich, UK
Tween 80 - Sigma-Aldrich, UK
말 혈액 및 효모가 보충된 뇌 심장 주입 한천 (BHI-YHT)의 제조.
Figure pct00029
방법
클로스트리디오이데스 디피실 포자에 대해 Clinell® 포자박멸 용액과 조합한 CDiff_F1 압타머의 포자박멸 증강 능력의 평가.
검사 전에, CDiff_F1 압타머는 80 μM의 농도까지 뉴클레아제 무함유 물로 희석되었다. 압타머는 5분 동안 디지탈 건식 배쓰에서 95℃로 가열하여 폴딩시켰고 그 다음에 얼음에 즉시 위치시켰고 2℃로 냉각시켰다. 압타머는 사용 동안 2 - 4℃에 저장하였다. 씨. 디피실 SH11 박테리아 포자 접종물은 내부 절차에 따라서 1 x 108 ± 5 x 107 CFUmL-1 로 제조하였다. 접종물은 연속 희석으로 확인하였고 말 혈액 및 효모가 보충된 뇌 심장 주입 한천 (BHI-YHT) 상에 최종 현탁액을 플레이팅하였다. CDiff_F1 압타머는 "BB + Mg2+" 완충액에 더욱 희석하여 2배 검사 중 농도 (40, 20, 10 및 5 μM)를 수득하였다. 10 마이크로리터의 씨. 디피실 포자를 10 μL의 각각의 2배 검사 중 농도의 CDiff_F1 압타머에 첨가하였다. 포자 현탁액은 피펫 혼합하였고 실온에서 1시간 동안 CDiff_F1 압타머와 인큐베이션하였다. 다음으로 포자는 13,400 RPM으로 10분 동안 원심분리하여 3회 세척하였다. 각 세척에서 상등액을 제거하였고, 펠렛을 100 μL의 "BB + Mg2+" 완충액에 재현탁하였다. 3차 세척 후에, 포자는 100 μL의 "BB + Mg2+" 완충액에 재현탁하였고 와류하여 균질한 용액을 수득하였다.
총 6개, 2배 검사중 농도의 각 포자박멸 검사제를 스톡으로부터 제조하였다 (100%, 50%, 25%, 12.5%, 6.25%, 3.125%). 음성 및 양성 대조군 용액을 또한 제조하였다. 각각의 포자박멸 검사제 농축물 또는 대조군 용액의 10마이크로리터 분취액을 96웰 플레이트의 웰에 첨가하였다. 압타머-포자 현탁액의 10 μL 분취액을 각 검사제 또는 대조군 용액에 첨가하였고 피펫 혼합하였다. 각 포자박멸 검사제의 최종 검사 중 농도는 50%, 25%, 12.5%, 6.25%, 3.125%, 1.5625%였다. 다음으로 플레이트는 혐기성 환경에서 15분 동안 37℃ ± 2℃에서 인큐베이션하였다. 인큐베이션 이후에, 50 μL의 GH 중화제를 각 웰에 첨가하였고 피펫 혼합하였다. 중화된 현탁액의 10 μL 분취액을 각 웰로부터 채취하였고 한천 플레이트로 옮기고 혐기성 환경에서 48시간 동안 37℃ ± 2℃에서 인큐베이션하였다. 성장은 "+"로서 기록하였고 비성장은 "-"로서 기록하였다. 각 농축물에 대한 최소 포자박멸 농도 (MSC)는 모든 복제물에 대해서 성장없이 최저 농도로 확인되었다. 성장이 최고 농도에서 관찰되었으면, ">"로 표시하였다. 검사는 압타머의 존재없이 및 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 반복하였다. 검사는 또한 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 및 씨. 디피실 R20291 포자를 사용해 반복하였다. 검사는 삼중으로 수행되었다.
결과
클로스트리디오이데스 디피실 포자에 대해 Clinell® 포자박멸 용액과 조합한 CDiff_F1 압타머의 포자박멸 증강 능력의 평가
3.1.1 클로스트리디오이데스 디피실 SH11 포자
씨. 디피실 SH11 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CDiff_F1 압타머의 존재에 의해서 영향받지 않았다. Clinell® 포자박멸 용액의 6개 농도가 CDiff_F1 압타머의 존재없이 씨. 디피실 SH11 포자에 대해 평가되었을 때, MSC는 > 50%였다. 2.5 μM, 5 μM 및 10 μM CDiff_F1 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 25%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 > 2배 감소였다. 20 μM CDiff_F1 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 12.5%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 >4배 감소였다.
Figure pct00030
씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재 없이 임의 농도의 CDiff_F1 압타머의 존재에 의해서 영향받지 않았다 (표 24). Clinell® 포자박멸 용액의 6개 농도가 CDiff_F1 압타머의 존재없이 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자에 대해 평가되었을 때, MSC는 >50%였다. 모든 농도의 CDiff_F1 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 25%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 >2배 감소였다.
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
Figure pct00037
Figure pct00038
Figure pct00039
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
Figure pct00050
고찰
씨. 디피실은 전세계적으로 병원내 감염을 초래하는 것으로 인식되는 혐기성 포자-형성 박테리아이다. 씨. 디피실 포자는 세정 용법에 대한 그들 회복력에 기인하여 광범위 환경에서 존재한다. 포자박멸 용액은 회복가능한 포자를 제거하도록 디자인되었고 임상 상황에서 표면을 제독하기 위해 정기적으로 사용된다. CDiff_F1 압타머의 첨가는 씨. 디피실 포자의 모든 3개 균주에 대해서 Clinell® 포자박멸 용액의 포자멸균 능력을 증강시켰다. Clinell® 포자박멸 용액의 포자박멸 증강은 3개 균주 간에 다양하였고, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC의 최고 감소가 20 μM CDiff_F1 압타머와 조합하여 씨. 디피실 SH11 포자로부터 관찰되었다. CDiff_F1 압타머 단독 첨가는 씨. 디피실 포자의 임의 균주의 성장에 영향을 미치지 않았고 포자에 결합되었을 때, 압타머 및 Clinell® 포자박멸 용액 간 상호작용을 시사할 수 있다. 결과는 CDiff_F1 압타머가 씨. 디피실 SH11 포자에 대한 최고 결합 친화성을 가질 수 있다는 것을 시사한다.
실시예 4
검사 미생물
이 연구에서 사용된 클로스트리디오이데스 디피실 (이전명 클로스트리듐 디피실) 포자 현탁액은 표 1에 열거된다. 클로스트리디오이데스 디피실 R20291 현탁액은 2020년 1월 23일에 SporeGen®가 제공하였고 도착 시 4℃에 저장하였다. 클로스트리디오이데스 디피실 SH11 현탁액은 2020년 2월 17일에 SporeGen®에서 제공하였고 도착 시 4℃에 저장하였다.
Figure pct00051
Figure pct00052
장비 및 매질
매질
뉴클레아제 무함유 물 - Aptamer Group, UK 제공
"TbKst" 완충액 - Aptamer Group, UK 제공
"TbKat" 완충액 - Aptamer Group, UK 제공
나트륨 타우로콜레이트 - Sigma-Aldrich, UK
효모 추출물 - Sigma-Aldrich, UK
말 혈액 - TCS Biosciences Ltd, UK
강화 클로스트리듐 배지 (RCM), Acumedia®- SLS, UK
포스페이트 완충 염수 (PBS) - SLS, UK
사포닌 - Sigma-Aldrich, UK
나트륨 티오술페이트 - Sigma-Aldrich, UK
나트륨 도데실 술페이트 - Sigma-Aldrich, UK
레시틴 - Sigma-Aldrich, UK
L-히스티딘 - Sigma-Aldrich, UK
Tween 80 - Sigma-Aldrich, UK
방법
클로스트리디오이데스 디피실 포자에 대한 Clinell® 포자박멸 용액과 조합한 CotE_H2 및 CDec_D1 압타머의 포자박멸 증강 능력의 평가.
검사 전에, CotE_H2 압타머는 80 μM의 농도로 뉴클레아제 무함유 물에 희석되었다. 압타머는 5분 동안 디지탈 건식 배쓰에서 95℃까지 가열하여 폴딩시킨 다음에 즉시 얼음에 위치시켰고 2℃로 냉각하였다. 압타머는 사용 동안 2 - 4℃에 저장하였다. 클로스트리디오이데스 디피실 SH11 박터 포자 접종물은 내부 절차에 따라서 1 x 107 ± 5 x 106 CFUmL-1 로 제조하였다. 접종물은 연속 희석으로 확인하였고 최종 현탁액은 말 혈액 및 효모가 보충된 뇌 심장 주입 한천 (BHI-YHT) 상에 플레이팅하였다. CotE_H2 압타머는 "TbKst" 완충액에 더욱 희석하여 2x 검사 중 농도 (40, 20, 10 및 5 μM)를 수득하였다. 10마이크로리터의 씨. 디피실 포자를 10 μL의 각각의 2x 검사 중 농도의 CotE_H2 압타머에 첨가하였다. 포자 현탁액은 피펫 혼합하였고 실온에서 1시간 동안 CotE_H2 압타머와 인큐베이션하였다. 다음으로 포자는 13,400 RPM으로 10분 동안 원심분리하여 3회 세척하였다. 각 세척에서 상등액을 제거하였고, 펠렛을 100 μL의 "TbKst"에 현탁하였다. 3차 세척 후에, 포자를 100 μL의 "TbKst" 완충액에 재현탁하였고 와류시켜서 균질한 용액을 수득하였다.
총 6개의 2x 검사 중 농도 (1:2 희석)의 포자박멸 검사제를 스톡으로부터 제조하였다 (100%, 50%, 25%, 12.5%, 6.25%, 3.125%). 음성 및 양성 대조군 용액을 또한 제조하였다. 각 포자박멸 검사제 농축물 또는 대조군 용액의 10마이크로리터 분취액을 96웰 플레이트의 웰에 첨가하였다. 압타머-포자 현탁액의 10 μL 분취액을 각 검사제 또는 대조군 용액에 첨가하였고 피펫 혼합하였다. 포자박멸 검사제의 최종 검사 중 농도는 50%, 25%, 12.5%, 6.25%, 3.125%, 1.5625%였다. 다음으로 플레이트는 혐기성 환경에서 15분 동안 37℃ ± 2℃에서 인큐베이션하였다. 인큐베이션 이후에, 50 μL의 GH 중화제를 각 웰에 첨가하였고 피펫 혼합하였다. 중화된 현탁액의 10 μL 분취액을 각 웰로부터 채취하였고 한천 플레이트로 옮겼고 혐기성 환경에서 48시간 동안 37℃ ± 2℃에서 인큐베이션하였다. 성장은 "+"로서 기록하였고 비성장은 "-"로서 기록하였다. 각 포자 및 압타머 농축물에 대한 최소 포자박멸 농도 (MSC)는 모든 복제물에 대한 성장없이 최저 농도로서 확인되었다. 성장이 최고 농도에서 관찰되었으면 ">"로서 표시하였다. 검사는 압타머의 존재없이 그리고 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 반복되었다. 검사는 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 및 씨. 디피실 R20291 포자를 사용해 반복하였다. 검사는 삼중으로 수행되었다. 방법은 씨. 디피실 포자의 모든 3개 균주에 대해서 CDec_D1 압타머를 사용해 반복하였다.
결과
클로스트리디오이데스 디피실 포자에 대한 Clinell® 포자박멸 용액과 조합하여 CotE_H2 압타머의 포자박멸 증강 능력의 평가.
클로스트리디오이데스 디피실 SH11 포자
씨. 디피실 SH11 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CotE_H2 압타머의 존재에 의해 영향받지 않았다. Clinell® 포자박멸 용액의 6개 농도를 CotE_H2 압타머의 존재없이 씨. 디피실 SH11 포자에 대해 평가하였을 때, MSC는 25%였다. 20 μM, 10 μM, 5 μM, 및 2.5 μM CotE_H2 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 12.5%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 2배 감소였다.
Figure pct00053
클로스트리디오이데스 디피실 ATCC® 43598™ 포자
씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CotE_H2 압타머의 존재에 의해 영향받지 않았다. 6개 농도의 Clinell® 포자박멸 용액이 CotE_H2 압타머의 존재없이 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자에 대해 평가되었을 때, MSC는 12.5%였다. 20 μM, 10 μM, 5 μM, 및 2.5 μM CotE_H2 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에 영향을 미치지 않았다.
Figure pct00054
클로스트리디오이데스 디피실 R20291 포자
씨. 디피실 R20291 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CotE_H2 압타머의 존재에 의해서 영향을 받지 않았다. 6개 농도의 Clinell® 포자박멸 용액이 CotE_H2 압타머의 존재없이 씨. 디피실 R20291 포자에 대해서 평가되었을 때, MSC는 25%였다. 20 μM CotE_H2 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 12.5%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 2배 감소였다. 10 μM, 5 μM, 및 2.5 μM CotE_H2 압타머의 존재는 씨. 디피실 R20291 포자에 대해서 평가했을 때 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에 영향을 미치지 않았다.
Figure pct00055
실시예 6
클로스트리디오이데스 디피실 포자에 대한 Clinell® 포자박멸 용액과 조합한 CDec_D1 압타머의 포자박멸 증강 능력의 평가
클로스트리디오이데스 디피실 SH11 포자
씨. 디피실 SH11 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CDec_D1 압타머의 존재에 의해서 영향을 받지 않았다. 6개 농도의 Clinell® 포자박멸 용액이 CDec_D1 압타머의 존재없이 씨. 디피실 SH11 포자에 대해 평가되었을 때, MSC는 50%였다. 20 μM, 10 μM, 및 5 μM CDec_D1 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 25%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 2배 감소였다. 2.5 μM의 CDec_D1 압타머의 존재는 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에 영향을 미치지 않았다.
Figure pct00056
클로스트리디오이데스 디피실 ATCC® 43598™ 포자
씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CDec_D1 압타머의 존재에 의해서 영향을 받지 않았다. 6개 농도의 Clinell® 포자박멸 용액은 CDec_D1 압타머의 존재없이 씨. 디피실 ATCC® 43598™ 포자에 대해서 평가되었을 때, MSC는 25%였다. 20 μM, 10 μM, 및 5 μM CDec_D1 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 12.5%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 2배 감소였다. 2.5 μM CDec_D1 압타머의 존재는 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에 영향을 미치지 않았다.
Figure pct00057
클로스트리디오이데스 디피실 R20291 포자
씨. 디피실 R20291 포자의 성장은 Clinell® 포자박멸 용액의 존재없이 임의 농도의 CDec_D1 압타머의 존재에 의해서 영향을 받지 않았다. 6개 농도의 Clinell® 포자박멸 용액이 CDec_D1 압타머의 존재없이 씨. 디피실 R20291 포자에 대해 평가되었을 때, MSC는 50%였다. 20 μM 및 10 μM CDec_D1 압타머의 존재 하에서, Clinell® 포자박멸 용액의 MSC는 12.5%였다. 이것은 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에서 4배 감소였다. 5 μM 및 2.5 μM CDec_D1 압타머의 존재는 씨. 디피실 R20291 포자에 대해 평가했을 때 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에 영향을 미치지 않았다.
Figure pct00058
고찰
클로스트리디오이데스 디피실은 전세계에서 병원내 감염을 초래하는 것으로 인식되는, 혐기성 포자-형성 박테리아이다. 클로스트리디오이데스 디피실 포자는 세정 용법에 대한 그들 회복력에 기인하여 광범위 환경에 존재한다. 포자박멸 용액은 회복가능한 포자를 제거하도록 디자인되었고 임상 상황에서 표면을 제독하기 위해서 정기적으로 사용된다. 포자외막 층의 존재는 포자박멸제가 이러한 층을 침투하기 위해 분투할 수 있으므로, 다른 포자 균주와 비교하여 포자박멸 제품에 대해 씨. 디피실 포자를 더욱 내성으로 만든다. 압타머는 높은 선택성 및 감도로 그들 표적에 결합하는 짧은, 인공, 단일 가닥 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드이다. CotE_H2 압타머의 첨가는 씨. 디피실 SH11 및 R20291 포자에 대한 Clinell® 포자박멸 용액의 포자박멸 능력을 증강시켰다. 모든 농도의 CotE_H2 압타머의 첨가는 씨. 디피실 SH11 포자에 대한 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC를 감소시켰지만, 20 μM CotE_H2 압타머의 단독 첨가는 씨. 디피실 R20291 포자에 대해서 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC를 감소시켰다.
CDec_D1 압타머의 첨가는 씨. 디피실 포자의 모든 3개 균주에 대해서 Clinell® 포자박멸 용액의 포자박멸 능력을 증강시켰다. 포자박멸 증강은 3개 균주 간에 다양하였는데, 최고 배수 감소는 10 μM 및 20 μM CDec_D1 압타머와 조합하여 씨. 디피실 R20291 포자에 대해 Clinell® 포자박멸의 MSC에서 관찰되었다. 압타머는 결합 동안 씨. 디피실 포자의 포자외막 층의 생화학적 또는 생물리학적 성질에 영향을 미칠 수 있고, 이것은 포자박멸 제품에 대한 그들 감수성을 증가시킬 수 있다.
결과는 CotE_H2 압타머가 씨. 디피실 SH11 포자에 대해서 최고 친화성을 갖는 한편, CDec_D1 압타머는 씨. 디피실 R20291 포자에 대해서 최고 친화성을 갖는다는 것을 시사한다. 결과는 또한 포자박멸 증강이 2.5 μM CDec_D1 압타머의 첨가가 씨. 디피실 포자의 모든 3개 균주에 대해서 Clinell® 포자박멸 용액의 MSC에 영향을 미치지 않았으므로 존재하는 압타머의 농도에 의존한다는 것을 시사한다.
고찰
본 명세서에 기술된 압타머는 포자박멸제 예컨대 퍼아세트산의 포자박멸 활성의 증강에서 유용성을 가질 수 있다. 상이한 압타머 (씨. 디피실 포자의 상이한 표적에 대해 생성)는 상이한 포자 균주에 대한 퍼아세트산의 포자박멸 활성에 대해 상이한 효과를 가질 수 있다. 예를 들어, 20 μM의 CDiff_F1 압타머가 SH11 균주의 포자에 대한 포자박멸 활성에 요구되는 퍼아세트산의 농도에서 최대 4배 감소를 일으킬 수 있다. 더 나아가서, CDiff_F1 압타머는 15분 이후에 ATCC 43598 균주의 포자에 대한 포자박멸 활성에 필요한 퍼아세트산의 농도의 최대 2배 감소를 일으킬 수 있다. 압타머 키티나제_D11 및 압타머 CdeC_D1은 각각 R20291 균주의 포자에 대한 포자박멸 활성에 필요한 퍼아세트산의 농도의 최대 4배 감소를 일으킬 수 있다.
본 출원 전반에서 인용되는 참조는 각 참조가 완전하게 기재된 바와 같이 참조 그 자체 및 본 명세서에서 자명한 모든 목적을 위해 그들 전체로 참조로 본 명세서에 편입된다. 설명을 위해서, 이들 참조 중 특정한 것들이 본 명세서의 특정 위치에서 인용된다. 특정 위치에서 참조의 인용은 참조의 교시가 편입되는 방식(들)을 의미한다. 그러나, 특정 위치에서 참조의 인용은 인용된 참조의 모든 교시가 모든 목적을 위해 편입되는 방식을 제한하지 않는다.
그러므로, 본 개시는 개시된 특정 실시형태에 제한되지 않고 첨부된 청구항 및/또는 상기 설명으로 정의되는 바와 같이 본 개시의 정신 및 범주 내에서 모든 변형을 포괄하고자 한다는 것을 이해한다.
SEQUENCE LISTING <110> BIOVECTOR INC. <120> METHODS OF REDUCING OR PREVENTING CLOSTRIDIOIDES DIFFICILE COLONIZATION <130> 193519-010108 <150> 63/011,850 <151> 2020-04-17 <160> 55 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 81 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 1 ccagtgtaga ctactcaatg ctcttacgat cctcacctgc tagcacaccc atatcccatg 60 cgtactatcc acaggtcaac c 81 <210> 2 <211> 81 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 2 ccagtgtaga ctactcaatg cgggttgcga catggtggta agagctcagc ccgttcccat 60 agtactatcc acaggtcaac c 81 <210> 3 <211> 81 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 3 ccagtgtaga ctactcaatg cacggcctgt tcgtaagacc cttacagact agtttttccc 60 tgtactatcc acaggtcaac c 81 <210> 4 <211> 81 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: 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Leu Ser Gly Leu Asp Gly Thr Phe 100 105 110 Glu Arg Phe Ser Ala Cys Asn Cys Asp Leu Ile Asp Ile Ala Gly Arg 115 120 125 Val Ser Tyr Pro Ile Pro Val Pro Leu Thr Leu Glu Gly Leu Ile Asn 130 135 140 Thr Ile Gly Thr Ile Pro Gly Val Ala Glu Leu Ile Ala Leu Ile Asp 145 150 155 160 Ala Val Ile Pro Pro Thr Ile Asp Leu Gly Ala Ile Leu Asp Ala Ile 165 170 175 Leu Ala Ala Ile Ile Asp Phe Ile Leu Ala Ala Ser Thr Pro Leu Ala 180 185 190 Asn Val Asp Leu Ala Ser Leu Cys Asn Leu Lys Ala Val Ala Phe Asp 195 200 205 Ile Thr Pro Ala Asp Tyr Glu Asp Phe Ile Ala Ser Leu Gly Tyr Tyr 210 215 220 Leu Asp Lys Lys His Tyr Lys Glu Cys Asn Cys Asn Cys Asp Cys Asp 225 230 235 240 Asp Cys Cys Cys Asn Lys Gly Ile Leu Asp Asn Leu Tyr Met Ser Asn 245 250 255 Ile Asn Asn Gln Val Thr Val Val Ala Gly Ser Leu Val Leu Thr Gly 260 265 270 Val Glu Val Leu Gly Lys Lys Asn Asp Val Ile Val Leu Gly Asn Ser 275 280 285 Asn Asp Ser Arg Ile Tyr Phe Val Cys Val Asp Ser Ile Asp Tyr Ile 290 295 300 Ala 305 <210> 16 <211> 712 <212> PRT 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610 615 620 Ile Asn Lys Asn Gly Tyr Glu Tyr Arg Phe Asp Asn Thr Ala Gln Val 625 630 635 640 Pro Tyr Leu Val Lys Asp Gly Asp Phe Ala Met Ser Tyr Asp Asp Ala 645 650 655 Leu Ser Ile Phe Leu Lys Thr Gln Tyr Val Leu Arg Asn Cys Leu Gly 660 665 670 Gly Val Phe Ser Trp Thr Ser Thr Tyr Asp Gln Ala Asn Ile Leu Ala 675 680 685 Arg Thr Met Ser Ile Gly Ile Asn Asp Pro Glu Val Leu Lys Glu Glu 690 695 700 Leu Glu Gly Ile Tyr Gly Gln Phe 705 710 <210> 17 <211> 332 <212> PRT <213> Clostridium difficile <400> 17 Pro Ile Val Ala Glu Tyr Val Leu Gly Asn Pro Thr Asn Val Asp Ala 1 5 10 15 Gln Leu Leu Asp Ala Val Ile Phe Ala Phe Ala Glu Ile Asp Gln Ser 20 25 30 Gly Asn Leu Phe Ile Pro Tyr Pro Arg Phe Leu Asn Gln Leu Leu Ala 35 40 45 Leu Lys Gly Glu Lys Pro Ser Leu Lys Val Ile Val Ala Ile Gly Gly 50 55 60 Trp Gly Ala Glu Gly Phe Ser Asp Ala Ala Leu Thr Pro Thr Ser Arg 65 70 75 80 Tyr Asn Phe Ala Arg Gln Val Asn Gln Met Ile Asn Glu Tyr Ala Leu 85 90 95 Asp Gly Ile Asp Ile Asp Trp Glu Tyr Pro Gly Ser Ser Ala 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Leu Ser Asn Asp Gly Ile Val Ile 180 185 190 Asp Thr Gly Met Thr Thr Leu Glu Asp Phe Asp Leu Asp Pro Leu Gly 195 200 205 Asp Ile Val Gly Arg Asn Cys Glu Thr Thr Phe Glu Phe Ala Val Cys 210 215 220 Gly Glu Arg Asn Ser Glu Cys Cys Arg Gln Gly Lys Gly Lys Ser Val 225 230 235 240 Ala Tyr Lys Gln Arg Gly Leu Thr Val Ala Val Arg Asn Leu Val Leu 245 250 255 Glu Leu Arg Gly Arg Cys Gly Cys Thr Glu Phe Val Ala Leu Ala Phe 260 265 270 Pro Ala Val Arg Ala Gly Gly Gly Cys Lys Arg Arg Val Asp Tyr Val 275 280 285 Glu Phe Thr Phe Asn Thr Leu Ser Ala Pro Ile Cys Leu Pro Ala Asp 290 295 300 Gly Arg Ala Val Thr Leu Arg Gln Glu Tyr Gln Thr Asn Leu Thr Val 305 310 315 320 Asp Cys Ile Gly Lys Ser Ile Leu Lys Leu Glu Cys Asn Glu Cys Cys 325 330 335 Glu Pro Phe Tyr Glu Leu Ile Ile Pro Asn Asp Ile Asp Leu Val Leu 340 345 350 Cys Leu Gln Glu Thr Val Ser Thr Leu Ile Ser Glu Gln Ile Val Val 355 360 365 Leu Ala Ser Pro Asn Pro Ile Gln Pro Arg Leu Val Asp Thr Phe Ser 370 375 380 Lys Val Cys Asp Phe Ser Gln Cys Gly Pro Asn His Gly Ser Gly Lys 385 390 395 400 Pro Ser Cys His Arg 405 <210> 19 <211> 157 <212> PRT <213> Clostridium difficile <400> 19 Met Glu Asn Lys Lys Cys Tyr Ser Glu Asp Trp Tyr Glu Arg Gly Glu 1 5 10 15 Ser Thr Ala Lys Trp Phe Gln Asn Asp Arg Glu Glu Tyr Glu Arg Glu 20 25 30 Ala Tyr Asp Glu Asp Arg Glu Arg Arg Gly Ser Asn Cys Gly Cys Ser 35 40 45 Asp Ser Gly Glu Asn Arg Pro Arg Asn Cys Glu Arg Phe Arg Arg Glu 50 55 60 Ala Glu Ile Arg Glu Arg Glu Ala Arg Glu Ala Phe Cys Glu Ser Ser 65 70 75 80 Glu Lys Lys Lys Glu Ala Leu Ala Tyr Glu Cys Glu Ala Arg Lys Leu 85 90 95 Trp Glu Glu Ala Glu Lys Tyr Trp Asp Glu Tyr Ser Lys Tyr Asn Tyr 100 105 110 Lys Gly Ile Glu Tyr Leu Ala Glu Ala Ala Arg Leu Phe Asp Glu Gly 115 120 125 Met Glu Cys Glu Ala Arg Arg Asn Gly Asn Asn Gly Gly Asn Asn Asn 130 135 140 Asn Cys Cys His Lys Cys Asn Cys Asn Cys Cys Arg Lys 145 150 155 <210> 20 <211> 432 <212> PRT <213> Clostridium difficile <400> 20 Asn Thr Asn Lys Val His Asn Ser Lys Gln Asp Lys Phe Lys Asp Lys 1 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<211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 21 ccagtgtaga ctactcaatg c 21 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 22 gtactatcca caggtcaacc 20 <210> 23 <211> 36 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 23 atcgatgacc gctgcctcgc ctgagtaatc atcgta 36 <210> 24 <211> 33 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 24 ccatactcaa tgctcttacg atcctcatca acc 33 <210> 25 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 25 ccagtgtaga ctactcaatg ctcttacgat cctcatcaac c 41 <210> 26 <211> 38 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 26 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<210> 32 <211> 58 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 32 actactcaat gctcgacatt tccgccccga cggccctcct agtgatgggg agagtaga 58 <210> 33 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 33 actcaaggcc gtggactggt cgggtttgga ttcggcagat gaatcact 48 <210> 34 <211> 31 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 34 actcaaggcc gtggactggt cgggtttgga t 31 <210> 35 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 35 acccgtggga ctgggtcggg tcggg 25 <210> 36 <211> 62 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 36 aactgcctgg taaatcgatg accgctgcct cgcctgagta atcatcgtac tatccacagg 60 tc 62 <210> 37 <211> 41 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 37 gtaaatcgat gaccgctgcc tcgcctgagt aatcatcgta c 41 <210> 38 <211> 56 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 38 actactcaaa cccgtggact ggtcgggttt ggattcggca gatgaatcag tagaaa 56 <210> 39 <211> 57 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 39 actactcaat gccgtggact ggtcgggttt ggaatcggca gatgaatcag tagtaaa 57 <210> 40 <211> 16 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 40 cattccaaag gtcaag 16 <210> 41 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 41 cacacattcc aaaaggtcaa g 21 <210> 42 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 42 ctcaatgcct tccattcacc taccgagcta agcgttcgac ttaggtctgt act 53 <210> 43 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 43 cctaccgagc taagcgttcg acttaggtct gtact 35 <210> 44 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 44 ctcacctgct agcacaccca tatcccatgg gtacaatcca caggtcaa 48 <210> 45 <211> 48 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 45 ctcacctgct agcacaccca catcccgtgc gtgctatcca caggtgaa 48 <210> 46 <211> 77 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 46 agtgcagact actcaatgca cggccggttc ggaagaccct tccagactag tttttccctg 60 tactagtcca ccggcta 77 <210> 47 <211> 50 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 47 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oligonucleotide <400> 52 tgcgggctgc gacatggtgg taagagctca gcccgtt 37 <210> 53 <211> 84 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 53 acccaggtgt aggacgactc aatgccctat tagctgtatc gatccgttta gtcgctcctc 60 cgatagtacc ctatccacca ggga 84 <210> 54 <211> 81 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <220> <221> variation <222> (72)..(72) <400> 54 accaggtggt agacctactc acatgcccta ttagcgtgta tcgatccggt ttagtccgct 60 tcgatagtag ucccaccagg a 81 <210> 55 <211> 53 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Description of Artificial Sequence: Synthetic oligonucleotide <400> 55 ctcaatgcct tccattcacc taccgagcta agcgttcgac ttaggtctgt act 53

Claims (48)

  1. 클로스트리디오이데스 디피실(Clostridioides difficile)(씨. 디피실(C. difficile)) 포자를 사멸 또는 불활성화시키기 위한 방법으로서, 상기 포자를 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제; 및 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
  2. 포자박멸제의 씨. 디피실에 대한 포자박멸 효과를 증강시키기 위한 방법으로서, 방법은 씨. 디피실 포자를 씨. 디피실 포자에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머, 및 포자박멸제 및 포자증식 억제제로 이루어진 군으로부터 선택되는 작용제와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 작용제는 포자박멸제인 방법.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 씨. 디피실 포자를 포함하는 것으로 의심되는 소재지에 압타머 및 포자박멸제를 위치시키는 단계를 포함하는 방법.
  5. 제4항에 있어서, 소재지는 표면을 포함하고, 방법은 표면을 압타머와 접촉시키기 이전에, 본질적으로 동시에 또는 이후에, 표면을 포자박멸제와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
  6. 제5항에 있어서,
    압타머가 씨. 디피실 포자에 결합할 수 있도록 구성되는 사전 결정된 기간 동안 표면을 압타머와 접촉시켜서 압타머-포자 복합체를 형성하는 단계, 및
    압타머-포자 복합체를 포함하는 표면을 포자박멸제와 접촉시키는 단계
    를 포함하는 방법.
  7. 제5항 또는 제6항에 있어서, 표면을 GH 중화제와 접촉시키는 단계를 더 포함하는 방법.
  8. 제5항 또는 제6항에 있어서, 씨. 디피실 포자를 압타머를 포함하는 조성물에 함침시키는 단계 및/또는 포자를 작용제에 함침시키는 단계를 포함하는 방법.
  9. 제5항 또는 제6항에 있어서, 방법은 씨. 디피실 포자에 압타머를 포함하는 조성물을 분무하는 단계 및/또는 씨. 디피실 포자에 포자박멸제를 분무하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  10. 제5항 또는 제6항에 있어서, 방법은 압타머를 포함하는 조성물을 직물을 통해서 도포하는 단계 및/또는 포자박멸제를 직물 및/또는 와이프(wipe)를 통해서 도포하는 단계를 포함하는 것인 방법.
  11. 제1항 또는 제2항에 있어서, 방법은 약 5℃, 10℃, 15℃, 20℃, 25℃, 30℃, 35℃, 40℃, 45℃, 50℃, 55℃, 60℃, 65℃, 70℃, 75℃, 80℃ 또는 90℃의 온도에서 수행되는 것인 방법.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 하나의 항에 있어서, 씨. 디피실 포자 외피 표면 단백질 또는 포자외막(exosporium) 층 단백질인 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 하나의 항에 있어서, 씨. 디피실 단백질은 CdeC, CdeM, CotA, CotE 또는 CotE 키티나제를 포함하는 것인 방법.
  14. 제13항에 있어서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 18로 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CdeC 단백질인 방법.
  15. 제13항에 있어서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 19로 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CdeM 단백질인 방법.
  16. 제13항에 있어서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 15로 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CotA 단백질인 방법.
  17. 제13항에 있어서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 16으로 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CotE 단백질인 방법.
  18. 제13항에 있어서, 씨. 디피실 단백질은 서열번호 17로 기재된 바와 같은 아미노산 서열을 갖는 CotE 키티나제 단백질인 방법.
  19. 제12항에 있어서, 압타머는
    (a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
    (b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
    (c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열; 또는
    (d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열
    을 포함하거나 또는 그로 이루어진 압타머를 포함하는 것인 방법.
  20. 제12항에 있어서, 압타머는 단일 가닥 DNA 압타머인 방법.
  21. 제12항에 있어서, 압타머는
    a) CdeC에 특이적으로 결합하는 압타머;
    b) CdeM에 특이적으로 결합하는 압타머,
    c) CotA에 특이적으로 결합하는 압타머,
    d) CotE에 특이적으로 결합하는 압타머;
    e) CotE 키티나제에 특이적으로 결합하는 압타머; 및
    f) (a) 내지 (e) 중 어느 하나의 조합
    으로부터 선택되는 압타머를 포함하는 것인 방법.
  22. 제4항에 있어서, 소재지를 복수의 압타머와 접촉시키는 단계를 포함하고, 각각의 압타머는 씨. 디피실 포자에 특이적으로 결합할 수 있고, 복수의 압타머는, 씨. 디피실 포자의 동일 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 2개의 압타머 및/또는 각각의 압타머가 씨. 디피실 포자의 상이한 에피토프에 특이적으로 결합할 수 있는 적어도 2개의 압타머를 포함하는 것인 방법.
  23. 제22항에 있어서, 복수의 압타머는
    (a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
    (b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
    (c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열;
    (d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열, 또는
    (e) (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 조합
    을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 압타머를 포함하는 것인 방법.
  24. 제22항 또는 제23항에 있어서, 복수의 압타머는
    a) CdeC에 특이적으로 결합하는 압타머;
    b) CdeM에 특이적으로 결합하는 압타머,
    c) CotA에 특이적으로 결합하는 압타머,
    d) CotE에 특이적으로 결합하는 압타머;
    e) CotE 키티나제에 특이적으로 결합하는 압타머; 및
    f) (a) 내지 (e) 중 어느 하나의 조합
    으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 압타머를 포함하는 것인 방법.
  25. 제22항에 있어서, 복수의 압타머는
    서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머;
    서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 및
    서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머
    를 포함하는 것인 방법.
  26. 제1항 또는 제2항에 있어서, 방법은 소재지를 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제와 접촉시키기 전에 소재지에서 씨. 디피실의 존재, 부재, 및/또는 농도를 결정하는 단계를 포함하고, 결정 단계는 소재지를 압타머-포자 복합체가 형성되기에 충분한 시간 동안 압타머 및 검출 분자와 접촉시키는 단계를 포함하는 것인 방법.
  27. 제26항에 있어서, 압타머는 검출가능한 표지를 포함하는 것인 방법.
  28. 제27항에 있어서, 검출가능한 표지는 형광단, 나노입자, 퀀텀 도트, 효소, 방사성 동위원소, 사전 정의된 서열 부분, 바이오틴, 데스티오바이오틴, 티올 기, 아민 기, 아지드, 아미노알릴 기, 디곡시게닌, 항체, 촉매, 콜로이드성 금속 입자, 콜로이드성 비금속 입자, 유기 중합체, 라텍스 입자, 나노섬유, 나노튜브, 덴드리머, 단백질, 및 리포솜으로부터 선택되는 것인 방법.
  29. 제1항 또는 제2항에 있어서, 작용제는 클로르헥시딘 글루코네이트 및 경우에 따라 이소프로필 알콜을 포함하는 포자박멸 용액인 방법.
  30. 제1항 또는 제2항에 있어서, 작용제는 퍼아세트산을 포함하는 포자박멸제인 방법.
  31. 제30항에 있어서, 작용제는 퍼아세트산 발생제이고, 방법은 과탄산나트륨을 포함하는 와이프를 소재지와 접촉시키기 이전에 수용액으로 습윤시키는 단계를 더 포함하는 것인 방법.
  32. 제31항에 있어서, 포자박멸 용액은 과산화수소를 포함하고, 경우에 따라 은 안정화된 과산화수소를 포함하는 것인 방법.
  33. 제31항에 있어서, 포자박멸 용액은 클로르헥시딘 글루코네이트 및 70% 이소프로필 알콜 복합체를 포함하는 것인 방법.
  34. 제1항 또는 제2항에 있어서, 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제의 조합을 위치시키는 단계를 포함하는 방법.
  35. 제34항에 있어서, 조합은 퍼아세트산 및 과산화수소를 포함하는 것인 방법.
  36. 씨. 디피실에 특이적으로 결합할 수 있는 압타머 및 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제를 포함하는 조성물.
  37. 제36항에 있어서, 조성물은 씨. 디피실의 사멸 및/또는 불활성화에 사용을 위한 것인 조성물.
  38. 제36항 또는 제37항에 있어서, 압타머는
    (a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
    (b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
    (c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열; 또는
    (d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열
    을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 조성물.
  39. 제36항 또는 제37항에 있어서, 압타머는
    a) CdeC에 특이적으로 결합하는 압타머;
    b) CdeM에 특이적으로 결합하는 압타머,
    c) CotA에 특이적으로 결합하는 압타머,
    d) CotE에 특이적으로 결합하는 압타머;
    e) CotE 키티나제에 특이적으로 결합하는 압타머; 또는
    f) (a) 내지 (e) 중 어느 하나의 조합
    중 적어도 하나를 포함하는 것인 조성물.
  40. 제39항에 있어서, 조합은 복수의 압타머를 포함하고, 복수의 압타머는
    (a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
    (b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
    (c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열;
    (d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열, 또는
    (e) (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 조합
    을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머를 포함하는 것인 조성물.
  41. 제40항에 있어서, 복수의 압타머는
    서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머;
    서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 및
    서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머
    를 포함하는 것인 조성물.
  42. 제36항 또는 제37항에 있어서, 포자박멸제는 퍼아세트산 및/또는 퍼아세트산을 발생시킬 수 있는 작용제를 포함하는 것인 조성물.
  43. 조성물로서,
    (1) (a) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택되는 핵산 서열;
    (b) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성, 예를 들어 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 핵산 서열;
    (c) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나로 기재된 바와 같은 핵산 서열 중 어느 하나의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열;
    (d) 서열번호 1 내지 14, 23 내지 39, 또는 43 내지 55 중 어느 하나와 적어도 85% 동일성을 갖는 서열의 적어도 약 20개의 연속 뉴클레오티드를 갖는 핵산 서열;
    (e) (a) 내지 (d) 중 어느 하나의 조합
    을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 하나 이상의 압타머; 및
    (2) 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제
    를 포함하는 조성물.
  44. 제43항에 있어서, 복수의 압타머를 포함하고, 경우에 따라 복수의 압타머는
    서열번호 1로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머;
    서열번호 5로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머; 및
    서열번호 6으로 기재된 바와 같은 핵산 서열을 포함하거나, 그로 본질적으로 이루어지거나, 또는 그로 이루어지는 압타머
    를 포함하는 것인 조성물.
  45. 제43항 또는 제44항에 있어서, 포자박멸제는 퍼아세트산 및/또는 퍼아세트산을 발생시킬 수 있는 작용제를 포함하는 것인 조성물.
  46. 씨. 디피실 포자를 사멸시키거나 또는 불활성화시키기 위한 키트로서,
    제36항 내지 제45항 중 어느 하나의 항의 압타머; 및
    제36항 내지 제45항 중 어느 하나의 항의 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제
    를 포함하는 키트.
  47. 씨. 디피실 포자에 대한 포자박멸 효과를 증강시키기 위한 키트로서,
    제36항 내지 제45항 중 어느 하나의 항의 압타머; 및
    제36항 내지 제45항 중 어느 하나의 항의 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제
    를 포함하는 키트.
  48. 제46항 또는 제47항에 있어서,
    소재지를 포자박멸제 및/또는 포자증식 억제제와 접촉시키기 이전에 소재지에서 씨. 디피실의 존재, 부재, 및/또는 농도를 결정하기 위한 광원 및 관찰 고글
    을 더 포함하는 키트.
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