CN115896052A - 一种突变体及其构建方法和应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种突变体,其氨基酸序列为SEQ ID NO.1上发生下列位点的突变:G438D;G438D和T122V;G438D和D229N;G438D和A417V;G438D、T122V和D229N;G438D、D229N和A417V;G438D、T122V和A417V;T122V、D229N、A417V和G438D。本发明提供的L‑赖氨酸氧化酶突变体与野生型L‑赖氨酸氧化酶相比,突变体热稳定性更好。通过本发明所提供的构建方法得到的L‑赖氨酸氧化酶突变体热稳定性更好,在较高的温度下氧化L‑赖氨酸时,仍然表现出优良的的催化活性,在L‑赖氨酸生物传感器检测及生物化工等领域具有较高的应用潜力。
Description
本申请是2020年12月30日提交的、申请号为202011622700.6、发明名称为“一种突变体及其构建方法和应用”的分案申请。
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体而言,涉及一种突变体及其构建方法和应用。
背景技术
L-赖氨酸又称为第一限制性氨基酸,它不仅能调节体内代谢平衡,而且对提高体内对谷类蛋白质的吸收,改善人类膳食营养,促进生长发育都有着重要作用。因此,L-赖氨酸含量是一种作为检测的重要的指标。传统的物理、化学检测方法检测时间长、成本高、操作过程繁琐,而生物催化是一种高效简单的方法。L-氨基酸氧化酶是一类生物体内参与氨基酸氧化代谢的重要氧化还原酶,大部分是黄素蛋白,能够以氧分子为电子受体催化L-氨基酸氧化脱氨,生成相应的酮酸、氨(NH3)和过氧化氢(H2O2)。目前发现的大部分L-氨基酸氧化酶都有较宽广的底物谱,在催化氧化某一种氨基酸时,往往会受到其他存在的氨基酸的干扰。有些L-氨基酸氧化酶能够专一性识别特定氨基酸,而不受其他种类氨基酸的干扰。L-赖氨酸氧化酶能够与L-赖氨酸发生特异的催化反应,是生命活动的重要催化剂,且催化反应条件温和、产物单一、耗能小、产物易分离,在食品、化工、环保、能源以及医药领域都有着广泛地应用。然而,由于天然L-赖氨酸氧化酶在高温、极端酸碱度、有机溶剂、非天然底物、产物抑制等苛刻条件下,稳定性及催化活性将大大降低,难以满足工业生产方面的应用需求。
蛋白质工程是以蛋白质分子的结构规律及其生物功能的关系作为基础,通过化学、物理和分子生物学的手段进行基因修饰或基因合成,对现有蛋白质进行改造或制造一种新的蛋白质以满足人类对生产和生活的需求。理性设计是蛋白质工程改造中最常用的方法,利用计算机辅助分子模型结合定点突变,以实现蛋白质功能优化,如提高催化活性、热稳定性、耐酸碱性等。为了有效优化蛋白质的热稳定性,Markus Wyss等人于2001年提出Consensus Concept理论。和常规蛋白质理性设计方法基于蛋白质精确结构-功能关系不同的是,Consensus Concept理论是基于同源蛋白的氨基酸序列信息,从进化的角度分析能提高酶热稳定性的信息。本发明以Consensus Concept理论为指导思想,对L-氨基酸氧化酶家族序列进行整合分析,并结合生物信息学辅助,获得具高稳定性的新型L-赖氨酸氧化酶突变体。相关研究目前未见报道。
发明内容
因此,本发明的目的是针对现有的L-赖氨酸氧化酶突变体的热稳定性不足的问题,提供一种具有热稳定性的突变体、扩增该L-赖氨酸氧化酶突变体突变位点核酸序列的引物对以及包含该突变体的可溶性蛋白、酶制剂、重组工程细胞、重组载体,用于催化氧化L-赖氨酸。
根据本公开的第一方面,提供了一种突变体,其氨基酸序列为SEQ ID NO.1上发生下列位点的突变:G438D;G438D和T122V;G438D和D229N;G438D和A417V;G438D、T122V和D229N;G438D、D229N和A417V;G438D、T122V和A417V;T122V、D229N、A417V和G438D。
在一些可能的实现方式中,所述突变体对应的氨基酸序列分别为SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.15、SEQ ID NO.16。
根据本公开的第二方面,提供了一种编码前述突变体的基因序列,所述基因序列被配置为SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.28、SEQID NO.29、SEQ ID NO.30、SEQ ID NO.31中的任一种,其中:
编码突变位点为G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.20;
编码突变位点为T122V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.23;
编码突变位点为D229N和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.25;
编码突变位点为A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.26;
编码突变位点为T122V、D229N和G438D的突变体的L-赖氨酸氧化酶突变体的核酸序列为SEQ ID NO.28;
编码突变位点为D229N、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.29;
编码突变位点为T122V、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.30;
编码突变位点为T122V、D229N、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ IDNO.31。
进一步地,突变位点T122V的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.32和SEQ IDNO.33。
进一步地,突变位点D229N的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.34和SEQ IDNO.35。
进一步地,突变位点A417V的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.36和SEQ IDNO.37。
进一步地,突变位点G438D的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.38和SEQ IDNO.39。
根据本公开的第三方面,提供了一种可溶性蛋白,其被配置为包括如前述突变体。
根据本公开的第四方面,提供了一种固定化酶,其被配置为包括如前述突变体。
根据本公开的第五方面,提供了一种重组细胞,其被配置为包括如前述突变体的编码序列。
根据本公开的第六方面,提供了一种重组载体,其被配置为包括如前述突变体的编码序列。
根据本公开的第七方面,提供了前述突变体、可溶性蛋白、酶制剂、重组工程细胞或重组载体在催化氧化L-赖氨酸中的应用。
本发明提供的热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶LysOX突变体包括单点突变体和组合突变体,与野生型L-赖氨酸氧化酶LysOX相比,其单点突变体和组合突变体在45℃下半衰期均更长;尤其是组合突变体,表现出单点突变体热稳定性的叠加效果,其半衰期大约是野生型L-赖氨酸氧化酶LysOX的3倍。基于此,本发明所提供的L-赖氨酸氧化酶LysOX突变体的热稳定性更好,适于在较高的温度下催化氧化L-赖氨酸。
本发明提供的热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶LysOX突变体的构建方法,与理性设计基于蛋白质精确结构-功能关系不同的是,本发明以Consensus Concept理论为指导思想,从进化的角度分析能提高酶热稳定性的信息,对L-氨基酸氧化酶家族序列进行整合分析,并结合生物信息学及晶体学方法辅助,获得具高稳定性的新型L-赖氨酸氧化酶LysOX突变体。
本发明提供的热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶LysOX突变体在应用于L-赖氨酸检测方面,具有较好的应用前景。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施方式的技术方案,下面将对实施方式中所需要使用的附图作简单地介绍,应当理解,以下附图仅示出了本发明的某些实施例,因此不应被看作是对范围的限定,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1示出本公开的一个实施例的L-赖氨酸氧化酶LysOX蛋白模拟晶体结构示意图及突变位点在晶体结构上的分布示意图。
具体实施方式
为使本发明实施方式的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合本发明实施方式中的附图,对本发明实施方式中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施方式是本发明一部分实施方式,而不是全部的实施方式。因此,以下对在附图中提供的本发明的实施方式的详细描述并非旨在限制要求保护的本发明的范围,而是仅仅表示本发明的选定实施方式。基于本发明中的实施方式,本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施方式,都属于本发明保护的范围。
本公开本实施例提供一种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶LysOX突变体,其中,L-赖氨酸氧化酶LysOX为来源于Trichoderma viride的野生型L-赖氨酸氧化酶LysOX,命名为LysOX蛋白,该LysOX蛋白的氨基酸序列为SEQ ID NO.1。
在一些实施例中,突变体的氨基酸序列为如下(a)或(b):
(a)至少取代、缺失或添加天然的L-赖氨酸氧化酶的氨基酸序列SEQ ID NO.1的一个氨基酸,且所述突变体的氨基酸序列与SEQ ID NO.1具有90%以上同源性;或
(b)至少取代、缺失或添加天然的L-赖氨酸氧化酶的氨基酸序列SEQ ID NO.1的一个氨基酸,且所述突变体的氨基酸序列与SEQ ID NO.1具有相同的功能。
在一些实施例中,突变体的氨基酸序列为SEQ ID NO.2~16中的任一种。具体地,在SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列选择某一个位点进行单点突变,分别得到5种L-赖氨酸氧化酶单点突变体,其突变位点为:S95A、T122V、D229N、A417V、G438D,将该5种L-赖氨酸氧化酶单点突变体进行性质测定,筛选出4种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶突变体,其突变位点为:T122V、D229N、A417V、G438D,其氨基酸序列分别为SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ IDNO.4、SEQ ID NO.5以及,
在SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列选择多个突变位点进行组合:
1)如从上述4个突变位点中选择2个突变位点进行组合,分别得到以T122V/D229N、T122V/A417V、T122V/G438D、D229N/A417V、D229N/G438D、A417V/G438D,其氨基酸序列分别为SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11。
2)如从上述4个突变位点中选择3个突变位点进行组合,分别得到4种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶突变体,其组合突变位点为:
T122V/D229N/A417V,
T122V/D229N/G438D,
D229N/A417V/G438D,
T122V/A417V/G438D,氨基酸序列分别为SEQ ID NO.12、SEQ ID NO.13、SEQ IDNO.14、SEQ ID NO.15。
3)如从上述4个突变位点中选择4个突变位点进行组合,得到1种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶突变体,其组合突变位点为:
T122V/D229N/A417V/G438D,其氨基酸质序列为SEQ ID NO.16。
本公开的实施例提供了编码前述突变体的基因序列,该基因序列与具有不同的突变位点的氨基酸序列的对应关系如下:
编码突变位点为T122V的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.17;
编码突变位点为D229N的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.18;
编码突变位点为A417V的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.19;
编码突变位点为G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.20;
编码突变位点为T122V和D229N的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.21;
编码突变位点为T122V和A417V的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.22;
编码突变位点为T122V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.23;
编码突变位点为D229N和A417V的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.24;
编码突变位点为D229N和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.25;
编码突变位点为A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.26;
编码突变位点为T122V、D229N和A417V的突变体的L-赖氨酸氧化酶突变体的核酸序列为SEQ ID NO.27;
编码突变位点为T122V、D229N和G438D的突变体的L-赖氨酸氧化酶突变体的核酸序列为SEQ ID NO.28;
编码突变位点为D229N、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.29;
编码突变位点为T122V、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.30;
编码突变位点为T122V、D229N、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ IDNO.31。
进一步地,突变位点T122V的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.32和SEQ IDNO.33。
进一步地,突变位点D229N的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.34和SEQ IDNO.35。
进一步地,突变位点A417V的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.36和SEQ IDNO.37。
进一步地,突变位点G438D的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.38和SEQ IDNO.39。
本公开的实施例还提供了一种前述突变体的构建方法,该方法包括以下步骤:
S1野生型L-赖氨酸氧化酶LysOX基因的克隆
将野生型L-赖氨酸氧化酶基因以大肠杆菌为宿主细胞进行密码子优化,得到优化的LysOX基因,其表达的氨基酸序列为SEQ ID NO.1。
以SEQ ID NO.1作为目的基因,采用如下扩增引物对扩增目的基因:
F:5’-CGCATATGATGGACAACGTAGACTTCGCAGAGTCAG-3’(其中下划线为限制性内切酶NdeI识别位点);
R:5’-TCAGCTCTCGAGCTTTACCTGGTACTCCTTTGGTAG-3’(其中下划线为限制性内切酶XhoI识别位点)。
扩增条件为:在95℃下扩增2min,然后在56℃下扩增20sec、在72℃下扩增90sec,共30个循环,最后在72℃下扩增10min。
待反应结束,采用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测PCR扩增产物,得到1.0kb的条带,其长度符合预期结果。按照试剂盒标准操作,回收、纯化该目的片段,使用限制性核酸内切酶XhoI和NdeI对该目的片段以及pET28a质粒进行双酶切,然后采用T4 DNA连接酶进行连接,将得到的连接产物转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中,将转化细胞涂布于含有100μg/ml卡那霉素的LB平板上,提取阳性克隆质粒,进行测序,结果显示克隆的L-赖氨酸氧化酶LysOX基因序列正确,且已正确接入pET28a质粒,得到重组质粒pET28a-LysOX。
其中,PCR扩增酶为KOD高保真聚合酶。
S2 LysOX蛋白的表达和纯化
将甘油管中的重组质粒pET28a-LysOX按体积比1%接种到含100μg/mL Kan的4mLLB培养基试管中,在37℃、220rpm条件下培养12h;取菌液4mL转接至含100μg/mL Kan的1LLB培养基摇瓶中,在37℃、220rpm条件下培养2.5h,使OD600达到0.6-0.8,加入1mM IPTG诱导剂,在25℃、200rpm条件下诱导培养14h。将发酵后收获的大肠杆菌菌体悬液超声破碎,再经过一步Ni-NTA亲和层析处理,得到纯度>95%的LysOX蛋白,氨基酸序列为SEQ ID NO.1。
S3 LysOX同源蛋白的多序列比对及Consensus分析
S301:进入Pfam数据库主页(http://pfam.xfam.org/),在SEQUENCE SEARCH工具中输入LysOX的氨基酸序列进行搜索,服务器将直接反馈该蛋白整个家族的氨基酸序列的比对结果,将各个突变位点的各类氨基酸丰度以柱状图形式显示,该网站也可以自动生成该蛋白家族的consensus sequence;
S302:在NCBI protein数据库及Pfam数据库中输入SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列,利用Blast工具,找出所有与LysOX蛋白的氨基酸序列(SEQ ID NO.2)一致性大于50%的蛋白质序列,删除其中的重复出现的相同序列,将剩余氨基酸序列整理成fasta.格式,输入Clustalx1.83软件进行多序列比对,比对结果以aln.、dnd.和fasta.格式输出,其中,dnd.文件为构建进化树文件,aln.和fasta.文件为不同形式的序列文件;
将上述fasta.文件上传到Consensus Maker v2.0.0
(https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/CONSENSUS/consensus.htm l)
服务器,根据需要修改设置参数后,该在线软件将生成可以后期编辑的consensussequence。
S303:将LysOX蛋白的氨基酸序列与该家族consensus sequence以及各位点氨基酸丰度图进行对照比较。
S4:LysOX蛋白三维结构的模拟及突变热点的选择
S401:通过swissmodel在线工具对获得LysOX蛋白(氨基酸序列SEQ ID NO.1)的三维结构预测;
S402:用PyMOL观测LysOX蛋白(氨基酸序列SEQ ID NO.1)晶体结构,根据结构信息复查上述待选突变位点及突变形式,筛选出最有可能提高LysOX蛋白热稳定性的突变体位点,筛选条件如下:
(1)判断某一位点为待选位点的标准为:
①该家族大多数蛋白在该位点处氨基酸丰度总体高度较高;
②该位点氨基酸保守;
③该位点出现频率较高的氨基酸与LysOX蛋白在该位点处的氨基酸有较大的理化性质差异,如氢键、电荷差异、极性强弱、空间位阻大小等。
经过上述两步筛选,此时共剩余21个差异位点,大多数位于LysOX蛋白分子的表面,如图1所示,箭头所指即为突变位点。
(3)根据LysOX蛋白晶体结构,逐个详细分析上述21种突变形式,筛选出可能提高LysOX蛋白热稳定性的突变体。
主要判断准则为:①突变应消除原有的不利于热稳定的作用力形式,如静电排斥作用、电荷聚集等;②突变不应破坏现有的利于热稳定的作用力形式和稳定的蛋白结构;③突变应引入新的利于热稳定的作用力形式,如氢键、盐桥、疏水相互作用等。
共设计单点突变体5个,其突变位点分别为:
S95A、T122V、D229N、A417V、G438D;
将该5种L-赖氨酸氧化酶单点突变体进行活力测定,筛选出4种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶突变体,其突变位点为:T122V、D229N、A417V、G438D,所对应的单点突变体的氨基酸序列分别为SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5。
S5突变体的构建、表达及纯化
S501:LysOX蛋白单点突变体的构建
以S1中的重组质粒pET28a-LysOX为模板,以带有突变位点的一对互补的寡核苷酸为扩增引物,用KOD高保真酶进行全质粒PCR扩增,获得具有特定突变位点的重组质粒;
所采用的扩增引物对为:
(1)突变位点T122V的上下游扩增引物的核酸序列分别如下:
F(SEQ ID NO.32):
5'-GAGTCATCATCACGAACTGGAGGACGACTATACACACAC-3';
R(SEQ ID NO.33):
5'-GTGTGTGTATAGTCGTCCTCCAGTTCGTGATGATGACTC-3';
(2)突变位点D229N的上下游扩增引物的核酸序列分别如下:
F(SEQ ID NO.34):
5'-GAGAAGCTAGCAGAGAACTTCGACAAGGGATTCGACGA-3';
R(SEQ ID NO.35):
5'-TCGTCGAATCCCTTGTCGAAGTTCTCTGCTAGCTTCTC-3';
(3)突变位点A417V的上下游扩增引物的核酸序列分别如下:
F(SEQ ID NO.36):
5'-AATTACATGCGGAGGAGTAGCATCAACAGACCTACCAC-3';
R(SEQ ID NO.37):
5'-GTGGTAGGTCTGTTGATGCTACTCCTCCGCATGTAATT-3';
(4)突变位点G438D的上下游扩增引物的核酸序列分别如下:
F(SEQ ID NO.38):
5'-AACCTAGGAGACACAGACGAGGCAGTACTACTAGCATC-3';
R(SEQ ID NO.39):
5'-GATGCTAGTAGTACTGCCTCGTCTGTGTCTCCTAGGTT-3';
扩增条件为:在95℃下扩增2min,然后在56℃下扩增20sec、在72℃下扩增90sec,共30个循环,最后在72℃下扩增10min;胶回收PCR扩增产物,采用DpnI酶在37℃条件下消化胶回收产物2h,降解初始模板;将消化产物转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中,涂布到含有100μg/mL卡那霉素LB琼脂平板上,37℃过夜培养,筛选阳性克隆,测序验证,得到含L-赖氨酸氧化酶单点突变体的重组菌。
S502:LysOX蛋白组合突变体的构建
使用与单点突变体相似的构建方法,将稳定性提高的单点突变体累加组合,在SEQID NO.1所示的氨基酸序列选择多个突变位点进行组合,如从上述4个突变位点中选择2~4个突变位点进行组合,分别得到不同的L-赖氨酸氧化酶组合突变体:
(1)选择2个突变位点进行组合,可构建6种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶突变体及L-赖氨酸氧化酶组合突变体,其组合突变位点分别为:
T122V/D229N、T122V/A417V、T122V/G438D、D229N/A417V、D229N/G438D、A417V/G438D,
该6种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶组合突变体的氨基酸序列分别为SEQ IDNO.6、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11;
(2)选择3个突变位点进行组合,可构建4种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶组合突变体,其组合突变位点分别为:
T122V/D229N/A417V、T122V/D229N/G438D、D229N/A417V/G438D、T122V/A417V/G438D,
该4种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶组合突变体的氨基酸序列分别为SEQ IDNO.12、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.15;
(3)选择4个突变位点进行组合,可构建1种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶组合突变体,其组合突变位点分别为:
T122V/D229N/A417V/G438D,
该1种热稳定性提高的L-赖氨酸氧化酶组合突变体的氨基酸序列为SEQ IDNO.16。
实验——L-赖氨酸氧化酶突变体的酶学性质表征
将天然野生型L-赖氨酸氧化酶以及实施例提供的多种L-赖氨酸氧化酶突变体进行热稳定性测试,按照常规L-赖氨酸氧化酶活力测定方法,具体为:
在一定温度下下孵育酶液,在不同处理时间取样,测定L-赖氨酸氧化酶或L-赖氨酸氧化酶突变体残余活力百分比,以残余活力百分比的ln值对时间t(min)作图,直线的斜率为失活常数kinact,由t1/2=ln2/kinact得到该种野生型L-赖氨酸氧化酶或L-赖氨酸氧化酶突变体在该温度下的半衰期。
实验结果表明,以上多种L-赖氨酸氧化酶突变体中,有4种单点突变体和11种组合突变体的热稳定性得到明显改善,如表1所示:
表1.野生型L-赖氨酸氧化酶、单点突变体和组合突变体的酶学性质表征
由表1得知,本发明提供的L-赖氨酸氧化酶突变体包括单点突变体和组合突变体,与野生型L-赖氨酸氧化酶相比,其单点突变体和组合突变体在45℃下半衰期均更长;尤其是组合突变体,表现出单点突变体热稳定性的叠加效果,其半衰期大约是野生型L-赖氨酸氧化酶的3倍。基于此,本发明所提供的L-赖氨酸氧化酶突变体的热稳定性更好,适于在较高的温度下催化氧化L-赖氨酸。
尽管已经通过优选实施例进一步详细说明和描述了本发明,但是本发明不限于所公开的示例,并且本领域技术人员可以在不脱离本发明的范围的情况下从其中得出其他变型。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (12)
1.一种突变体,其特征在于,其氨基酸序列为SEQ ID NO.1上发生下列位点的突变:
G438D;
G438D和T122V;
G438D和D229N;
G438D和A417V;
G438D、T122V和D229N;
G438D、D229N和A417V;
G438D、T122V和A417V;
T122V、D229N、A417V和G438D。
2.根据权利要求1所述突变体,其特征在于,所述突变体对应的氨基酸序列分别为SEQID NO.5、SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.14、SEQID NO.15、SEQ ID NO.16。
3.一种编码权利要求2所述突变体的基因序列,其特征在于,所述基因序列被配置为SEQ ID NO.20、SEQ ID NO.23、SEQ ID NO.25、SEQ ID NO.26、SEQ ID NO.28、SEQ IDNO.29、SEQ ID NO.30、SEQ ID NO.31中的任一种,其中:
编码突变位点为G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.20;
编码突变位点为T122V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.23;
编码突变位点为D229N和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.25;
编码突变位点为A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.26;
编码突变位点为T122V、D229N和G438D的突变体的L-赖氨酸氧化酶突变体的核酸序列为SEQ ID NO.28;
编码突变位点为D229N、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.29;
编码突变位点为T122V、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.30;
编码突变位点为T122V、D229N、A417V和G438D的突变体的核酸序列为SEQ ID NO.31。
4.根据权利要求3所述基因序列,其特征在于,所述突变位点T122V的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.33。
5.根据权利要求3所述基因序列,其特征在于,所述突变位点D229N的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.34和SEQ ID NO.35。
6.根据权利要求3所述基因序列,其特征在于,所述突变位点A417V的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.36和SEQ ID NO.37。
7.根据权利要求3所述基因序列,其特征在于,所述突变位点G438D的扩增引物对的核酸序列为SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.39。
8.一种可溶性蛋白,其特征在于,其被配置为包括权利要求1~2任一所述突变体。
9.一种固定化酶,其特征在于,其被配置为包括权利要求1~2任一所述突变体。
10.一种重组工程细胞,其特征在于,其被配置为包括权利要求1~2任一所述突变体的编码序列。
11.一种重组载体,其特征在于,其被配置为包括权利要求1~2任一所述突变体的编码序列。
12.权利要求1~2任一所述突变体、权利要求8所述的可溶性蛋白、权利要求9所述的固定化酶、权利要求10所述的重组工程细胞或权利要求11所述的重组载体在催化氧化L-赖氨酸中的应用。
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---|---|---|---|---|
CN104066843A (zh) * | 2012-01-30 | 2014-09-24 | 富山县政府 | 新型l-氨基酸氧化酶、l-赖氨酸的测定方法、试剂盒和酶传感器 |
JP2018085962A (ja) * | 2016-11-29 | 2018-06-07 | 国立大学法人 岡山大学 | L−リシンα−オキシダーゼの製造方法 |
CN110982801A (zh) * | 2019-12-27 | 2020-04-10 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 转氨酶突变体及其构建方法和应用 |
CN111073871A (zh) * | 2019-12-17 | 2020-04-28 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 热稳定性提高的dna聚合酶突变体及其构建方法和应用 |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6808927B2 (en) * | 2001-04-04 | 2004-10-26 | American Diagnostica, Inc. | Method of preparation of stabilized thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFI) and methods of use thereof |
ES2608033T3 (es) * | 2007-03-22 | 2017-04-05 | Dsm Ip Assets B.V. | Nuevas lisil oxidasas |
CN103797125B (zh) * | 2010-11-19 | 2016-12-07 | 诺维信北美公司 | 用于在氨基酸氧化酶、精氨酸酶和/或天冬酰胺酶的存在下产生发酵产物的方法 |
EP2573171B1 (en) * | 2011-09-20 | 2015-04-15 | Roche Diagnostics GmbH | Mutant lactate oxidase with increased stability and product, methods and uses involving the same |
CN103122338B (zh) * | 2012-12-29 | 2014-05-07 | 宁波美康生物科技股份有限公司 | 热稳定性高的果糖赖氨酸氧化酶及其制备方法 |
CN105120681A (zh) * | 2013-05-08 | 2015-12-02 | 诺维信公司 | 动物饲料酶 |
-
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Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN104066843A (zh) * | 2012-01-30 | 2014-09-24 | 富山县政府 | 新型l-氨基酸氧化酶、l-赖氨酸的测定方法、试剂盒和酶传感器 |
JP2018085962A (ja) * | 2016-11-29 | 2018-06-07 | 国立大学法人 岡山大学 | L−リシンα−オキシダーゼの製造方法 |
CN111073871A (zh) * | 2019-12-17 | 2020-04-28 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 热稳定性提高的dna聚合酶突变体及其构建方法和应用 |
CN110982801A (zh) * | 2019-12-27 | 2020-04-10 | 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 | 转氨酶突变体及其构建方法和应用 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
ATANASOVA,L.等: "L-amino acid oxidase [Trichoderma guizhouense]", 《GENBANK》, pages 1 - 2 * |
HIROKI KONDO等: "Structural basis of strict substrate recognition of L-lysine α-oxidase from Trichoderma viride", 《PROTEIN SCIENCE》, vol. 29, no. 11, pages 2213 - 2225 * |
何广正等: "腾冲嗜热厌氧菌丙氨酸消旋酶底物通道氨基酸位点的功能", 《微生物学报》, vol. 58, no. 08, pages 1397 - 1406 * |
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