CN115449561A - 一种与西瓜果实含糖量相关的snp标记及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种与西瓜果实含糖量相关的SNP标记及其应用。所述的SNP位点位于西瓜基因组(97103，V2)第10号染色体的第8590899位核苷酸，该核苷酸为A或G。本发明得到的核苷酸多态性标记位点能够用于鉴定西瓜果实含糖量。本发明不需要经过西瓜果实成熟期鉴定，在苗期就可以准确快速地鉴定出西瓜果实含糖量，可以提高育种效率，缩短鉴定时间，适用于西瓜的遗传鉴定与育种。

Description

一种与西瓜果实含糖量相关的SNP标记及其应用
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种与西瓜果实含糖量相关的SNP标记及其应用。
背景技术
西瓜作为一种重要的葫芦科作物，是人们夏季消暑解渴的重要水果，在世界园艺作物中占有非常重要的地位，中国是世界上西瓜生产和消费第一大国。果实含糖量是西瓜的重要农艺性状之一，直接影响西瓜的品质和风味，是西瓜重要的育种指标。但是，现有技术关于西瓜果肉性状的研究主要集中在果肉颜色、果肉酸味、果肉硬度等的基因定位和标记开发上，关于西瓜果实含糖量的研究相对较少。
SNP分子标记(single nucleotide polymorphisms，单核苷酸多态性)是指在基因组水平上由于单个核苷酸的突变所引起的DNA序列的改变。SNP分子标记广泛地存在于基因组上，具有通量高、简单、稳定、灵敏度高等特点，是目前分子标记辅助育种工作中极具发展前景的分子标记。
随着西瓜基因组时代的到来，明确西瓜重要农艺性状基因功能，寻找控制这些性状的关键基因，并开发相应的分子标记，将分子标记应用于育种，是目前西瓜育种工作的一项重要内容。因此，开发与西瓜果实含糖量相关的分子标记并将其应用于西瓜育种工作，有助于加快西瓜育种进程。
发明内容
本发明的目的在于提供一种与西瓜果实含糖量相关的SNP标记及其应用。
为了达到上述目的，本发明提供了与西瓜果实含糖量相关的SNP标记，所述SNP标记位于西瓜基因组(97103，V2)第10号染色体的第8590899位，所述SNP标记的多态性为A或G。
具体的，若植株基因型为AA，则西瓜为甜西瓜，若植株基因型为GG，则西瓜为不甜西瓜；所述甜西瓜果实含糖量大于6.0％，所述不甜西瓜果实含糖量小于或等于6.0％。
本发明进一步请求保护与西瓜果实含糖量相关的SNP标记在鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量与西瓜分子标记辅助育种中的应用。
本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量的方法，包括以下步骤：检测待测西瓜基因组中SNP位点的多态性，根据待测西瓜的SNP位点的多态性鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量。
本发明提供了一种西瓜育种的方法，包括以下步骤：检测待测西瓜基因组中SNP位点的多态性，根据待测西瓜的SNP位点的多态性鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量，选择西瓜基因组中SNP的多态性为A的纯合型的西瓜作为亲本进行育种。
本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量的试剂盒，包括与西瓜果实含糖量相关的SNP标记，所述SNP标记位于西瓜基因组(97103，V2)第10号染色体的第8590899位，所述SNP标记的多态性为A或G。
通过实施本发明的技术方案，可以达到以下有益效果：
(1)本发明提供的SNP标记检测西瓜果实含糖量的准确率高，可以达到97.5％；
(2)本发明提供的鉴定西瓜果实含糖量的方法，可以在西瓜苗期准确快速地鉴定出西瓜果实含糖量，有效加速育种进程，提高育种效率。
附图说明
图1为SNP位点在不同碱基背景下的含糖量统计图。
具体实施方式
下面将对本发明实施例中的技术方案清楚、完整地进行描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1
本实施例基于GWAS分析，发现了与西瓜果实含糖量相关的SNP标记
(1)供试材料选取
供试材料包括144份西瓜自然群体材料，所用供试材料从国家西瓜甜瓜中期库获得，具体材料如表1所示
(2)144份西瓜自然群体材料果实含糖量的确定
144份西瓜自然群体连续种植3年，于果实成熟期，选择坐瓜节位一致、果型一致的3个瓜，用折糖仪测定西瓜果实含糖量，利用3年西瓜果实含糖量的平均值代表每份材料最终果实含糖量。对144份西瓜自然群体材料进行果实含糖量测定，以6.0％为界，果实含糖量大于6.0％为甜，果实含糖量小于或等于6.0％则视为不甜。测试结果如表1所示。
表1 144个西瓜自然群体的果实含糖量和基因型
Figure BDA0003907796540000041
Figure BDA0003907796540000051
Figure BDA0003907796540000061
Figure BDA0003907796540000071
(3)全基因组关联分析
利用TASSEL3.0软件对144份西瓜自然群体材料进行全基因组关联分析，将西瓜果实含糖量基因定位在10号染色体上，共有3个SNP位点，分别为S10：8590899、S10：8585472、S10：8620403。
(4)目标SNP的获得
对显著性SNP位点上下游100kb附近的候选基因进行表达量和基因功能分析，发现西瓜中的Cla97C10G190580可能是调控西瓜果实含糖量的关键候选基因，与该基因紧密连锁的SNP标记S10：8590899与西瓜果实含糖量紧密连锁，如图1所示。因此，与西瓜果实含糖量相关的SNP标记位于西瓜基因组10号染色体上第8590899位核苷酸，其为A或G。该SNP标记的纯合基因型分别是AA基因型和GG基因型，所述AA基因型是西瓜品种中的甜西瓜，GG基因型则为西瓜品种中不甜的西瓜，标记的准确率＝(基因型与表型相符的样本数)÷(总体样本数)×100％，从群体分析该标记的准确率为96％。
实施例2
本实施例应用SNP标记检测基因型并鉴定果实含糖量。
随机在西瓜种质资源库中选取40份材料，检测这40份自然群体材料在10号染色体上第8590899位置的基因型。结果如表2所示。
表2 40份西瓜自然群体的果实含糖量和基因型
Figure BDA0003907796540000081
Figure BDA0003907796540000091
由表2可见，本发明的SNP标记检测西瓜材料是否为甜西瓜的准确率为97.5％。准确率的计算公式同实施例1。
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验的情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。

Claims (8)

1.与西瓜果实含糖量相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于西瓜基因组(97103，V2)第10号染色体的第8590899位，所述SNP标记的多态性为A或G。
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，若植株基因型为AA，则西瓜为甜西瓜，若植株基因型为GG，则西瓜为不甜西瓜。
3.根据权利要求2所述的SNP标记，其特征在于，所述甜西瓜果实含糖量大于6.0％，所述不甜西瓜果实含糖量小于或等于6.0％。
4.如权利要求1所述的与西瓜果实含糖量相关的SNP标记在鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量中的应用。
5.如权利要求1所述的与西瓜果实含糖量相关的SNP标记在西瓜分子标记辅助育种中的应用。
6.一种鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量的方法，其特征在于，包括以下步骤：检测待测西瓜基因组中权利要求1-3中任一项所述SNP位点的多态性，根据待测西瓜的SNP位点的多态性鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量。
7.一种西瓜育种的方法，其特征在于，包括以下步骤：检测待测西瓜基因组中权利要求1-3中任一项所述SNP位点的多态性，根据待测西瓜的SNP位点的多态性鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量，选择西瓜基因组中所述SNP的多态性为A的纯合型的西瓜作为亲本进行育种。
8.一种鉴定或辅助鉴定西瓜果实含糖量的试剂盒，其特征在于，包括与西瓜果实含糖量相关的SNP标记，所述SNP标记位于西瓜基因组(97103，V2)第10号染色体的第8590899位，所述SNP标记的多态性为A或G。
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