CN115058469A - 一种短dna片段3’端生物素标记的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种短DNA片段3’端生物素标记的方法,包括:(1)以待标记DNA片段单链为短链,设计与短链部分互补的DNA单链为长链,所述长链从5’端到3’端方向包括第一序列和第二序列,所述第一序列与短链互补,且第一序列与短链互补配对后在第一序列5’端留出一个A碱基;(2)配制DNA标记的反应体系;(3)利用PCR仪进行DNA标记反应。本发明通过普通taq酶在短DNA片段3’端快速标记上生物素的方式,快速便捷地获得用于检测microRNA的Northern blot探针。该方法操作简单方便,周期短,成本低,实用性强。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学领域,具体涉及一种短DNA片段3’端生物素标记的方法。
背景技术
DNA探针标记是分子生物学和基因工程研究中一种重要的实验技术,如用带有生物素标记的探针去检测某个基因的表达。探针一般可由生物公司直接合成带有标记的引物(单链DNA),或者购买相关试剂盒(参考碧云天EMSA探针生物素标记试剂盒货号GS008)对合成的引物进行标记。但是生物公司直接合成带有标记的探针价格昂贵、周期较长且合成的一个只能单一使用;而利用购买的现有试剂盒进行标记核酸互补序列,虽然周期较短,可灵活标记不同探针,但是受限于目前试剂盒的价格依然较贵、且次数有限以及步骤繁琐等。
因此,开发一种快速、低成本的利用生物素标记的DNA探针方法具有重要意义。
发明内容
为了解决现有技术中的不足,本发明旨在提供一种短DNA片段3’端生物素标记的方法,该方法利用Taq酶能够从5’→3’端进行复制且耐高温的特性,设计与待标记DNA单链部分互补的长链DNA单链,且利用长链和短链部分互补并在末尾留出与U互补的A碱基(见模式图1),使得强制给短链3’端添加上带有生物素的U。具体技术方案如下:
本发明第一方面提供一种短DNA片段3’端生物素标记的方法,包括如下步骤:
(1)以待标记DNA片段单链为短链,设计与短链部分互补的DNA单链为长链,所述长链从5’端到3’端方向包括第一序列和第二序列,所述第一序列与短链互补,且第一序列与短链互补配对后在第一序列5’端留出一个A碱基;
(2)配制DNA标记的反应体系;
(3)利用PCR仪进行DNA标记反应,反应条件如下,反应结束后,即得3’端生物素标记的DNA片段;
进一步地,所述短链的长度为18-24bp;
所述长链的长度为50-59bp。
进一步地,所述短链的浓度为5-10mM;
所述长链的浓度为5-10mM。
进一步地,所述Taq酶选自rTaq。
本发明第二方面提供一种DNA 3’端生物素标记的试剂盒,其包括Taq酶、Taq酶Buffer、Biotin-11-dUTP和RNase free H2O。
进一步地,所述试剂盒用于DNA 3’端生物素标记的操作如上述方法所述。
本发明第三方面提供短DNA片段3’端生物素标记的方法或DNA 3’端生物素标记的试剂盒在Northern blot DNA探针生物素标记中的应用;
进一步地,所述Northern blot DNA探针用于检测microRNA的含量。
本发明的有益效果为:
本发明利用Taq酶能够从5’→3’端进行复制且耐高温的特性,设计与待标记探针DNA单链部分互补的长链DNA单链,且在长链DNA 5’互补端末尾留出一个A碱基,通过普通taq酶在DNA片段3’端快速标记上生物素,该方法操作简单方便,周期较短,极大节约了直接合成探针的费用,且不受限于目前商业化试剂盒,DNA片段生物素标记的成本也低于商品化试剂盒。本发明DNA 3’端生物素标记的方法可制备用于Northern blot检测microRNA的探针。
附图说明
图1为本发明DNA 3’端生物素标记的模式图;
图2为本发明实施例1标记成功的探针检测结果,其中,2#为实施例1加入Biotin-11-dUTP进行标记的miR398探针(短DNA片段);6#为生物公司合成的miR398探针。
具体实施方式
为了更清楚地理解本发明,现参照下列实施例及附图进一步描述本发明。实施例仅用于解释而不以任何方式限制本发明。实施例中,各原始试剂材料均可商购获得,未注明具体条件的实验方法为所属领域熟知的常规方法和常规条件,或按照仪器制造商所建议的条件。
实施例1
以标记拟南芥miRNA398(AtmiR398)探针为例,详细说明本发明DNA 3’端生物素标记的方法。实验设计如下
类别 | 1# | 2# | 3# | 4# | 5# |
Biotin | UTP | dUTP | PCP | dUTP | dUTP |
短链 | 有 | 有 | 有 | 无 | 有 |
长链 | 有 | 有 | 有 | 无 | 无 |
rTaq(TaKaRa,Code No.R001A),Biotin-11-dUTP(凯基生物,Cat number:KGF014),Biotin-11-UTP(生工,Cat number:NU-821-BIOX),Biotin-PCP(JenaBioscience,Cat number:NU-1706-BIO)。
(1)上海生工生物公司合成两条单链DNA,加粗部分为互补序列,分别为:
短链(即待标记DNA单链):DNA398(5’cgggggcgacctgagaacaca3’,SEQ ID NO.1)
长链:AND398-U(5’atgtgttctcaggtcgcccccgtgcgtgttgagctcataaatagagctggtg3’,SEQ ID NO.2)。
(2)配制10μl反应体系(表1):
表1AtmiR398探针生物素标记反应体系(10μl)
1#中Biotin-11-dUTP替换为Biotin-11-UTP,3#中Biotin-11-dUTP替换为Biotin-PCP。
(3)利用PCR仪通过如下程序进行标记反应:
反应结束后,得到标记AtmiR398探针,可于-20℃保存,可纯化后用于Northernblot检测microRNA。
取1μl本实施例获得的标记探针和1μl miR398探针(生物公司合成)点在尼龙膜上,紫外交联9分钟,封闭30min,加入HRP标记30min,洗膜后进行放射自显影。结果如图2,其中1-5#为实验标记miR398探针(短DNA片段);6#为生物公司合成的miR398探针,表明本发明方法可成功将短DNA片段标记上生物素,可进一步用于Northern blot的检测探针。
实施例2
本实施例提供一种用于短DNA片段3’端生物素标记的试剂盒,其包含Taq酶、Taq酶Buffer、Biotin-11-dUTP和RNase free H2O。
该试剂盒用于短DNA片段3’端生物素标记时的操作说明如下:
1.与待标记DNA片段部分互补的长链设计:以待标记DNA片段单链为短链,设计与短链部分互补的DNA单链为长链,所述长链从5’端到3’端方向包括第一序列和第二序列,所述第一序列与短链互补,且第一序列与短链互补配对后在第一序列5’端留出一个A碱基。
为了便于后期的纯化,以及降低长链的合成成本,优选地,所述短链的长度为18-24bp,所述长链的长度为50-59bp。
2.配制DNA标记的反应体系(10μl):
3.利用PCR仪进行DNA标记反应,程序如下:
标记反应结束后,得到3’端生物素标记的DNA单链,可进行纯化,也可以不进行纯化。标记DNA片段可于-20℃保存。
本发明DNA 3’端生物素标记的试剂盒可用于检测microRNA的Northern blot DNA探针生物素标记。
显然,上述实施例仅仅是为清楚地说明所作的举例,而并非对实施方式的限定。对于所属领域的普通技术人员来说,在上述说明的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动。这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。而由此所引伸出的显而易见的变化或变动仍处于本发明创造的保护范围之中。
SEQUENCE LISTING
<110> 深圳大学
<120> 一种短DNA片段3’端生物素标记的方法
<130> CP122010150C
<160> 2
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
cgggggcgac ctgagaacac a 21
<210> 2
<211> 52
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
atgtgttctc aggtcgcccc cgtgcgtgtt gagctcataa atagagctgg tg 52
Claims (8)
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述短链的长度为18-24bp;
所述长链的长度为50-59bp。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述短链的浓度为5-10mM;
所述长链的浓度为5-10mM。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述Taq酶选自rTaq。
5.一种用于短DNA片段3’端生物素标记的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括Taq酶、Taq酶Buffer、Biotin-11-dUTP和RNase free H2O。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒用于短DNA片段3’端生物素标记的操作如权利要求1-4任一项方法所述。
7.权利要求1所述方法或权利要求5所述试剂盒在Northern blot DNA探针生物素标记中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述Northern blot DNA探针用于检测microRNA的含量。
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