CN114875038A - 一种造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体,命名为大豆矮化突变体GmDWF11,是由核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的大豆基因GmILPA1的基因序列中第222位的G被A取代发生了点突变形成,该突变体的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明还公开了所述突变体在培育矮化高产大豆品种中的应用。本发明的突变体GmDWF11在大豆理想株型育种以及对于植物重要农艺性状的研究意义深远,极其有利于培育形成理想株型,具有广阔的应用前景和很高的应用价值。
Description
技术领域
本发明涉及一种大豆矮化突变体及其应用,尤其涉及一种造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体及其在大豆育种中的应用。属于生物技术领域。
背景技术
大豆(Glycine max)富含蛋白质和植物油,是重要的粮油兼用作物。中国是大豆的原产地,曾是出口国,但随着耕地面积的减少和人们对大豆需求量的日益增加,现已变成世界上最大的进口国。因此,选育合理株型的大豆材料,培育高产大豆品种是我国现阶段大豆育种工作的一个重要目标。
株高是作物重要的农艺性状之一,与作物的产量密切相关。矮杆植株能增强抗倒伏、改善种植密度,提高光能利用率,进而提高农作物的产量。分离克隆株高突变体的基因并研究其分子机制,对培育高产大豆品种具有重要意义。
目前关于矮化突变体的研究最多的是对水稻矮化突变体的研究,Parnell等首次报道了自然变异条件下产生的矮化突变体,随后Oryoji等首次报道了人工诱变产生的矮化突变体,并对其进行了大量的遗传研究,这些矮化突变体的产生为水稻育种提供了丰富的资源。近年来,随着分子生物学技术和全基因组测序技术的发展,对植物矮化基因分子机制的研究报道也增加了很多:2013年,李传友等通过对自然突变的水稻半矮化突变体研究,揭示了CYP96B4基因(细胞色素P450家族)在植物生长调节中的作用,通过图位克隆和互补实验证明该基因的SRS2功能区发生点突变导致氨基酸的改变,最终导致突变体的叶、花穗和种子比野生型减小,组织学分析发现由于茎细胞数目减少造成矮化表型的产生,该基因突变或过表达会导致植株矮小,适度的表达会增加株高。2018年,刘耀光课题组在水稻T-DNA插入突变体库筛选到一个矮化突变体,该突变体基因Eui1的内含子上的顺式元件SE1通过招募阻遏复合物对Eui1基因位点进行组蛋白修饰和染色质重塑,抑制了Eui1基因的表达从而影响赤霉素水平的动态平衡。
植物矮化的产生有多种原因,1981年Kamijma等通过对水稻的近等基因系的研究发现,矮化基因影响植物胚胎器官大小和细胞形态,植物矮化可能是节间细胞数目减少造成的。通过对水稻和拟南芥等植物中大量的矮化突变体的研究发现,植物激素如生长素(Auxin)、赤霉素(Gibberell in Acid,GA)和油菜素内酯(Brassinosteroid,BR)等激素的生物合成,运输以及信号传导等过程对调控株高具有重要的意义。目前对于赤霉素(GA)和油菜素内酯(BR)调控的矮化突变体研究的报道较多,有关赤霉素、油菜素内酯等植物激素的生物合成通路和信号转导通路在水稻、拟南芥、小麦、牵牛等植物的矮化突变体也有涉及。植物的生长发育离不开GA的参与。根据其类型,可分为赤霉素敏感型(缺陷型)突变体和赤霉素不敏感型突变体,赤霉素敏感型突变体是由于赤霉素生物合成途径被抑制或阻断,通过施加外源赤霉素后可恢复矮化表型。赤霉素不敏感型突变体是由于赤霉素信号传导通路受阻,施加外源赤霉素不能恢复其矮化表型,该类型突变体在水稻、玉米和拟南芥等植物中都有报道。Hsieh等研究发现施加外源的GA3可恢复番茄转AtCBF1/DREB1A基因植株矮化表型,2017年,李来庚等在水稻中发现了一个编码GA2氧化酶的基因SBI,并证明该基因导致水稻矮化表型的产生。油菜素内酯BR也可调控植物株高。有研究报道,在拟南芥、水稻、番茄和豌豆等作物中也发现了BR不敏感的矮化突变体。Takao Yokota等发现在2个豌豆矮化突变体lka和lkb中油菜素内酯/甾醇的合成和植物生长受到影响。2011年,Burkhard Schulza等研究发现,在玉米矮化突变体nana plant1(na1)中,NA1作为拟南芥DE-ETIOLATED2(DET2)的同源基因,是BR生物合成通路中的基因。2017年,徐云远等报道了在水稻中过表达OsMIR396d基因会导致半矮化和叶倾角的表型,这是一种典型的BR增强型突变体表型,该基因OsmiR396d通过调控下游不同靶基因的表达来调控GA生物合成和信号转导及BR的响应过程,进而影响植物株型的发育。目前,关于大豆矮化突变体鲜见报道,有关GmILPA1基因功能的研究仅限于其可以调控大豆叶夹角发育的报道,而其可以影响大豆株高并涉及造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体及其在大豆育种中的应用还未见报道。
发明内容
针对现有技术的不足,本发明要解决的问题是提供一种造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体及其在大豆育种中的应用。
本发明所述的造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体,其特征在于:该突变体命名为大豆矮化突变体GmDWF11,是由核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的大豆基因GmILPA1的基因序列中第222位的G被A取代发生了点突变形成,该突变体的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
本发明所述造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体编码的氨基酸序列,其特征在于:所述突变体编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.4所示;其中GmILPA1基因编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。
本发明所述造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体在培育矮化高产大豆品种中的应用。
本发明所述大豆GmILPA1基因在调控大豆株高中的应用,其中所述大豆GmILPA1基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
实验证实:本发明提供的大豆矮化突变体GmDWF11会导致大豆矮化(表现出大豆矮化的表型),进一步利用重组农杆菌p35S::GmILPA1侵染Gmdwf11突变体萌动胚,经抗性筛选、分化、生根共获得转基因阳性植株,结果均使Gmdwf11突变体的株高恢复正常(见图6)。同时也证实GmILPA1基因除可以调控大豆叶夹角发育外,还具有调控大豆株高的功能,此为首次发现的GmILPA1基因的新功能。
本发明公开的GmILPA1基因突变体即大豆矮化突变体GmDWF11可以培育矮化高产大豆品种,该突变体对于植物重要农艺性状的研究意义深远,极其有利于培育形成理想株型,在大豆育种中具有广阔的应用前景和很高的应用价值。
附图说明
图1:野生型(左)和Gmdwf11突变体(右)的植株形态。
图2:矮化突变体基因初定位示意图。
图3:为矮化突变体基因精细定位图。
图4:Gmdwf11突变体的突变位点示意图。
图5:为GmILPA1基因过表达载体结构示意图。
图6:Gmdwf11突变植株(左)和转基因植株(右)的植株形态。
具体实施方式
本发明使用了基因工程和分子生物学领域常规的技术和方法。本领域的技术人员可以在本发明提供的实施方式的基础上采用本领域其它常规技术、方法和试剂,而不限于本发明具体实施例的限定。
下面结合附图和具体实施例对本发明内容进行详细说明。
下述实施例中,所使用的材料、试剂、菌株、质粒、酶、试剂盒等,如无特殊说明,均从商业途径得到。其中,EMS诱变剂(甲基磺酸乙酯,ethyl methansulfonate),美国Sigma公司生产。
实施例1:大豆矮化突变体Gmdwf11的筛选
采用浓度为0.6%的EMS诱变剂对野生型菏豆12号的种子进行诱变处理。具体方法是:挑选大小一致,饱满,种皮完好的野生型菏豆12号种子约5000粒,在室温条件下,浸种约4小时后倒掉水分,再用0.6%的EMS诱变剂浸种约8小时,加入5%硫代硫酸钠作为终止剂和解毒剂,流水冲洗约1小时,晾干后用于播种,成熟后分单株收种,获得M1代材料1231单株。次年,播种M1代种子,每单株播种30粒种子,即为M2代材料,通过田间表型观察,从M2代群体中筛选到20个生长缓慢的矮化突变体。在这些矮化突变体中,根据株高差异可以分为矮化和半矮化两种类型,其中有13个矮化突变体,其株高低于野生型菏豆12号株高的一半;有7个半矮化突变体,其株高介于矮化突变体和野生型菏豆12号的株高之间。将其中一个大豆矮化突变体植株命名为Gmdwf11(见图1)。图中左边为菏豆12,右边为Gmdwf11。
实施例2:大豆矮化突变体Gmdwf11遗传分析
以大豆矮化突变体Gmdwf11植株作为母本,测序品种Williams 82作为父本杂交,获得F1代杂交种子,F1代自交获得F2群体,对F2代群体进行表型调查,在201株F2代群体中分离出48株矮化突变体,对F2群体进行χ2测验,经计算χ2=0.1343,取df=1,显著水平α=0.05,查表得知χ2=0.1343<3.84,证明该大豆矮化突变体Gmdwf11符合3:1的孟德尔遗传分离比,因此确定该突变性状受单个隐性核基因控制。
实施例3:大豆调控株高基因的确定及克隆
使用图位克隆的方法进行定位。
1)大豆调控株高基因的初定位
在大豆生长至V6期(第6片三出复叶完全展开),对野生型菏豆12号、F1代杂种植株、测序品种Williams 82和F2代群体中分离的Gmdwf11植株取材提取DNA,用覆盖20条染色体的具有多态性的128个Indel分子标记作为扩增引物,对突变体进行基因型检测,通过对扩增产物带型进行统计分析,结果表明交换单株数目随着6对分子标记在11号染色体上排列顺序从右到左依次递减(见图2)。在Gm0069标记处交换单株数目最少,在Gm0069标记处与Gmdwf11的表型紧密连锁,进而将突变位点初步定位到11号染色体上。随后继续在Gm0069标记处左端继续开发新的Indel标记,在Gm1005标记处检测到的交换单株数目最少,说明突变候选基因位于Gm1005—Gm0069标记之间,区间物理距离约为4.5Mb。
2)大豆调控株高基因的精细定位和确定
在初定位的基础上,进一步扩大分离群体,同时继续开发新的Indel分子标记,利用分离获得的280个突变单株将突变位点位于11号染色体上的Gm1008—Gm1009标记之间的0.72Mb区间内。继续扩大群体,利用筛选获得的2250个突变单株,将目的基因定位在76kb区间内。继续扩大群体,利用筛选获得的2250个突变单株,将目的基因定位在Gm1015—Gm1016标记之间的76kb区间内,通过查找https://phytozome.jgi.doe.gov网站上提供的候选区间内所包含的基因序列,发现该区间含有2个候选基因(见图3)。进一步在突变体及野生型中克隆上述2个候选基因的全序列,经测序比对发现,gene 2的cDNA及其上游的启动子区序列在突变体与野生型中相同,不作为候选基因。但发现突变体的gene 1序列中,位于ATG下游222bp处的碱基由G突变为A(见图4)。经过核苷酸序列比对,结果发现gene 1序列已被报道,于2017年发表在SCI期刊Plant Physiology上,该基因命名为GmILPA1,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,但未见其报道可调控大豆株高。
上述实验中PCR反应体系为:10mM Tris·Cl,1.5mM MgCl2,50mM KCl,200μM dNTPeach,0.8μM引物,0.625U高保真DNA polymerase,1μL模板,无菌水补足25μL。反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性1min,55℃退火1min,72℃延伸1.5min,35个循环;最后72℃延伸5min。
上游引物为5'AGAAGCCCAGAAGCGAAT 3';
下游引物为5'AGAAGAAGAAGAAAAATGTAAA 3'。
实施例4:GmILPA1基因突变可造成大豆株高矮化的确定1、GmILPA1基因克隆、过表达载体的构建及大肠杆菌和农杆菌转化
1)利用PRIMER5.0设计引物。
上游引物为5'AAAAAGCAGGCTCGATGAGTTCCAAAGAGAGTT 3';
下游引物为5'AGAAAGCTGGGTTTTAGGGAGGAAAATGCTCAACA 3'。
2)大豆叶片RNA的提取(Trizol法)
准备研钵和研杵,清洗晾干用液氮预冷后,放入植物材料,加入一定量液氮将材料研磨成粉末。待液氮挥发完后,立即将研磨好的粉末装入提前预冷的1.5mL离心管中,之后迅速的加入1mL Trizol提取液,充分混匀,室温下放置5min。4℃,12,000rpm,离心10min;吸取上清液800μL转移到新的1.5mL离心管中,再加入200μL氯仿剧烈振荡混匀15s,在室温下放置5min。4℃,12,000rpm,离心10min;吸取上清液400μL转移到新的1.5mL离心管中,再加入等体积的异丙醇,并上下翻转15次充分混匀,在室温下放置约15min。4℃,12,000rpm,离心10min;弃上清,向沉淀中加入1mL 75%的乙醇洗涤两次。4℃,8,000rpm,离心5min;弃上清,在超净工作台中打开离心管盖子吹干5-10min,加入30-40μL RNase-Free水到离心管中,在65℃下充分溶解RNA约10min。琼脂糖凝胶电泳检测提取RNA样品的质量,用紫外分光光度计测RNA样品的浓度,于-20℃保存备用,或置于-80℃长期保存。
3)RNA 的反转录
将以下组分加入无RNA 酶的离心管中(40μL反应体系):
总RNA 3μg,oligo-dT(0.05μg/μL)2μL,dNTPs(0.01μg/μL)2μL,RNase-Free水20μL;轻轻混匀,65℃变性5min,立即将其置于冰上,冰浴2-3min;再向离心管中加入下列物质:20mM DTT 4μL,5×buffer 8μL,MMLV 1μL;轻轻混匀,42℃恒温水浴1h,70℃变性15min终止反应,将反转的cDNA置于-20℃冰箱保存备用。
4)GmILPA1的克隆及载体构建
以cDNA为模板进行PCR扩增,体系如下:
PCR反应体系:10mM Tris·Cl,1.5mM MgCl2,50mM KCl,200μM dNTP each,0.8μM引物,0.625U高保真DNA polymerase,1μL模板,无菌水补足25μL。
反应程序为:95℃预变性5min;95℃变性1min,55℃退火1min,72℃延伸1.5min,35个循环;最后72℃延伸5min。
基于Gateway系统的植物表达载体的构建以Technology产品说明书(Catalog nos.12535-019和12535-027)的操作步骤执行,构建的载体命名为p35S::GmILPA1,载体结构图(见图5)。
5)大肠杆菌转化
从-80℃冰箱中取出50μL感受态大肠杆菌,置于冰上,加入连接产物后混匀;冰浴30分钟,同时融化固体培养基,冷却至50℃左右加入sp(50mg/L)后倒平板;42℃热激90秒后,迅速将其冰浴2分钟;向管中加入800μL液体LB培养基(不含抗生素),混匀后置于摇床,37℃,200rpm,1小时,使其复苏;在已倒好的平板表面将100μL IPTG(0.1M)和20μL X-gal(20mg/mL)涂匀,用于蓝白斑筛选;复苏后,5000rpm,离心3分钟,将上清移除,剩余约100μL,用枪轻轻吹打沉淀使菌散开;将其涂布于准备好的平板上,倒置平板放入培养箱中,37℃,过夜培养;挑取单克隆,保菌并提质粒进行PCR鉴定,并进一步进行测序确认。
6)农杆菌转化
YEP培养基25mL(利福平50mg/L)接入约100μL GV3101农杆菌,28℃,190rpm,过夜培养;次日收取菌液2mL加入25mL YEP培养基(含利福平50mg/L)中,培养至OD=0.8左右;将菌液分装到2个7mL管中,每个5mL,冰浴30分钟,在此过程中配20mM的CaCl2于7mL管中,放置冰上备用;菌液5000rpm离心10分钟,收菌后,每管加2mL 0.15mol/LNaCl(灭菌且4℃预冷),轻轻弹起;4℃,5000rpm,离心10分钟,弃上清,每管加入200μL 20mmol/L CaCl2,混匀后合成1管,以200μL每管分装至1.5mL离心管中;每管加入8μL重组质粒,混匀后静置冰浴30分钟;液氮速冻90秒,迅速置入37℃水浴锅3分钟;加入1mLYEP培养基(未加抗生素),28℃,200rpm复苏1小时;融化YEP固体培养基,冷却至50℃,加入利福平和Kan后倒平板;5000rpm,离心3分钟后,收菌涂平板,28℃,倒置暗培养2天;挑单克隆,鉴定正确后保菌。
2、Gmdwf11突变体转基因互补株系的获得及表型分析
利用重组农杆菌p35S::GmILPA1侵染Gmdwf11突变体萌动胚,经抗性筛选、分化、生根共获得转基因阳性植株,均使Gmdwf11突变体的株高恢复正常(见图6)。图左为Gmdwf11,图右为转基因植株。这进一步证明GmILPA1基因可调控大豆株高,该基因突变会导致大豆矮化。
序 列 表
<110> 山东大学
<120> 一种造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体及其应用
<141> 2022-03-15
<160> 4
<210> 1
<211> 1734
<212> DNA
<213>大豆
<221>大豆基因GmILPA1的核苷酸序列
<222>(1)…(1734)
<400> 1
atgagttcca aagagagttg cagaagtgaa cttcgcattg cgatccgcca actcagtgat 60
cgatgtctct actctgcttc taaatgggct gcagaacagt tggtgggtat tgagcaagac 120
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aaaacagtgg atatattgaa tagtcttaat ctcaatagcc attggatgaa ggactttttc 720
cttgccagtg tttaccaaga attaaggatg cacaatgact ctctgtcaaa atatgaatac 780
ctactaggaa cctttagtaa tagtaattat gtacaagcac aaattgcaaa agcccagtac 840
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cgtcttctgg attatactgg cccggagaga gaaacagcaa agagtatact tagaggaatg 1680
cgatcaacgc aatctaattt tccttccatg gatgttgagc attttcctcc ctaa 1734
<210> 2
<211> 1873
<212> DNA
<213> 大豆
<221> 大豆矮化突变体GmDWF11的核苷酸序列
<222>(1)…(1873)
<400> 2
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tgctgaagtt tactgtacac gtcttctgga ttatactggc ccggagagag aaacagcaaa 1800
gagtatactt agaggaatgc gatcaacgca atctaatttt ccttccatgg atgttgagca 1860
ttttcctccc taa 1873
<210> 3
<211> 577
<212> PRT
<213> 大豆
<221> 大豆基因GmILPA1的氨基酸序列
<222>(1)…(577)
<400> 3
MSSKESCRSE LRIAIRQLSD RCLYSASKWA AEQLVGIEQD PAKFTPSNTR FQRGSSSIRR 60
KYKTHEITGT PIAGVSYVAT PAMEEDELVD GDFYLLAKSY FDCREYKRAA HVLRDQNGRK 120
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LASVYQELRM HNDSLSKYEY LLGTFSNSNY VQAQIAKAQY SLREFDQVEA IFEELLSNDP 300
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RRALKLNKNF LSAWTLMGHE FVEMKNTPAA VDAYRRAVDI DPRDYRAWYG LGQAYEMMGM 420
PFYALHYFKK SVFLQPNDSR LWIAMAQCYE TDQLRMLDEA IKCYRRAANC NDREAIALHN 480
LAKLHSELGR PEEAAFYYKK DLERMESEER EGPKMVEALL YLAKYYRAQK KFEDAEVYCT 540
RLLDYTGPER ETAKSILRGM RSTQSNFPSM DVEHFPP 577
<210> 4
<211> 35
<212> PRT
<213> 大豆
<221> 大豆矮化突变体GmDWF11的氨基酸序列
<222>(1)…(35)
<400> 4
MSSKESCRSE LRIAIRQLSD RCLYSASKWY PLQKP 35
Claims (4)
1.一种造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体,其特征在于:所述突变体命名为大豆矮化突变体GmDWF11,是由核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的大豆基因GmILPA1的基因序列中第222位的G被A取代发生了点突变形成,该突变体的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
2.权利要求1所述造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体编码的氨基酸序列,其特征在于:所述突变体编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.4所示;其中GmILPA1基因编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示。
3.权利要求1所述造成大豆矮化的GmILPA1基因突变体在培育矮化高产大豆品种中的应用。
4.大豆GmILPA1基因在调控大豆株高中的应用,其中所述大豆GmILPA1基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
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