CN114808148A - 一种dna文库构建试剂盒、文库构建方法和应用 - Google Patents

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CN114808148A CN202210563127.9A CN202210563127A CN114808148A CN 114808148 A CN114808148 A CN 114808148A CN 202210563127 A CN202210563127 A CN 202210563127A CN 114808148 A CN114808148 A CN 114808148A
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Abstract

本发明公开了一种DNA文库构建试剂盒、文库构建方法和应用。所述试剂盒包括P7接头和P5接头,所述P7接头由反向互补的第一链和第二链组成,所述第一链5’端具有修饰基团,所述修饰基团包括磷酸基团、羟基或腺苷,所述第一链3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰,所述第二链的3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括双脱氧修饰。本发明对P7接头和P5接头进行设计及特殊修饰,并组合使用,能够使其实现全新的连接模式,从而显著提高连接效率及试剂盒的灵敏性,进而提高建库效率。

Description

一种DNA文库构建试剂盒、文库构建方法和应用
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,涉及一种DNA文库构建试剂盒、文库构建方法和应用。
背景技术
目前,通常采用建库试剂盒(例如illumina、Roche、NEB等厂商提供的建库试剂盒)进行构建文库,且构建文库的主要流程包括:1.将大片段的DNA打断成为长度200~500bp的DNA片段;2.将片段化的DNA进行末端修复,形成两端的平末端;3.使用聚合酶的末端转移酶活性在DNA片段的3’末端加A碱基;4.使用带有3’末端T碱基的双链Y字型接头与将带有3’A末端的dsDNA杂交后连接;5.将连接上接头的产物进行PCR富集获得可以上机测序的文库。
如CN112708939A公开了一种构建DNA文库的试剂盒及方法,其中试剂盒包括混合酶液、混合缓冲液、连接酶和连接缓冲液,混合酶液包含核酸内切酶、T4 DNA聚合酶、Klenow片段、Taq DNA聚合酶和T4多聚核苷酸激酶,混合缓冲液和连接缓冲液包含DTT和PEG 8000,混合酶液和混合缓冲液用于形成第一反应体系,连接酶和连接缓冲液用于形成第二反应体系,测序接头为Y字型接头,所述Y字型接头由P5端接头序列与P7端接头序列退火而形成,所述P5端接头序列的3'端最后两位碱基之间的连接键经硫代修饰,所述P7端接头序列的5'端第一位碱基经磷酸化修饰。
然而,目前市面上常见的接头连接方式是TA连接,双链DNA的四个末端需要同时并且分别与接头进行连接,任何一个末端未连接成功,则该条模板链就不能被扩增成可以测序的文库;按照每个末端的连接效率为90%效率评估,文库模板的连接效率最高仅可达60~70%的效率。
综上所述,提供一种高效的文库构建试剂盒对于基因测序领域具有重要意义。
发明内容
针对现有技术的不足和实际需求,本发明提供一种DNA文库构建试剂盒、文库构建方法和应用,本申请的特设计接头试剂,对P7接头盒P5接头进行特殊修饰,组合使用,并采用全新接头连接模式,能够有效提高连接效率以及建库效率。
为达上述目的,本发明采用以下技术方案:
第一方面,本发明提供一种DNA文库构建试剂盒,所述试剂盒包括P7接头和P5接头,所述P7接头由反向互补的第一链和第二链组成,所述第一链5’端具有修饰基团,所述修饰基团包括磷酸基团、羟基或腺苷酰化修饰基团;所述第二链的3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括双脱氧修饰,所述P5接头由单链组成,P5接头的5’末端修饰有羟基基团,3’末端修饰有羟基基团,且3’末端两个碱基之间包含至少一个硫代修饰。
本发明中,对P7接头(P7 Truncated Adapter)和P5接头(P5 Truncated Adapter)进行特殊修饰,并组合使用,能够使其实现全新的连接模式,从而显著提高连接效率,进而提高建库效率。
优选地,所述P7接头的第一链的核酸序列包括SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ IDNO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6或SEQ ID NO.7所示的序列。
优选地,所述P7接头的第二链的dT碱基全部替换成为dU碱基。
优选地,所述P7接头的第二链的序列由核糖核酸组成。
优选地,所述P7接头的第二链的核酸序列包括SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9或SEQID NO.11所示的序列。
优选地,所述P5接头的核酸序列包括SEQ ID NO.10所示的序列。
SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.11序列如表1所示,其中,5p表示5’末端包含一个磷酸基团,ddC表示2’,3’-二脱氧胞苷(ddC),-NH2表示氨基基团,-C6 spacer表示六碳间臂,5-OH表示5’末端羟基,5App表示5’末端腺苷酰化修饰,ddT表示2’,3’-双脱氧胸腺嘧啶核苷酸,*表示硫代修饰,r表示核糖核酸。
表1
Figure BDA0003650782420000021
Figure BDA0003650782420000031
优选地,所述P7接头由两条反向互补的链组成,结构示意图如图2A所示,第一条链5’末端带有一个磷酸基团修饰,3’末端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰;第二条链与第一条链不完全反向互补,其3’末端具有双脱氧修饰,中间的碱基T碱基替换碱基U。
优选地,所述的P7接头由两条反向互补的链组成,结构示意图如图2B所示,第一条链5’末端为羟基基团修饰,3’末端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰;第二条链与第一条链不完全反向互补,3’末端经羟基基团修饰,中间的碱基T碱基替换碱基U。
优选地,所述的P7接头由两条反向互补的链组成,结构示意图如图2C所示,第一条链5’末端带有一个磷酸基团修饰,3’末端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰;第二条链与第一条链不完全反向互补,序列由核糖核酸组成,其3’末端具有双脱氧修饰;
优选地,所述的P7接头由两条反向互补的链组成,结构示意图如图2D所示,第一条链的5’末端含有腺苷酰化修饰基团,3’末端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰;可选的,第二条链选用核糖核酸碱基组成的RNA链;可选的,第二条链为DNA链,且是3’末端具有封闭修饰,中间的dT碱基全部替换成为dU碱基,5’末端羟基修饰,3’末端采用双脱氧修饰。
优选地,所述P7接头的第一条链如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.3所示,第二链如SEQ ID NO.8所示;或者第一条链如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2或SEQ IDNO.3所示,第二链如SEQ ID NO.9所示;或者,第一链如SEQ ID NO.4所示,第二链如SEQ IDNO.11所示;或者,第一链如SEQ ID NO.5或SEQ ID NO.6或SEQ ID NO.7所示所示,第二链如SEQ ID NO.8或SEQ ID NO.9所示。
优选地,所述试剂盒还包括酶组合物和/或缓冲液。
优选地,所述酶组合物包括DNA打断酶、末端修复酶、PCR扩增酶或连接酶中的任意一种或至少两种的组合。
优选地,所述缓冲液包括末端修复缓冲液和/或连接缓冲液。
本发明中,末端修复试剂不作特别限定,可选用市售商业化试剂,如End prepBuffer(ABclonal cat.RM20207)和Endprep Enzymes(ABclonal,cat.RM20208),DNA打断酶可选用DNA Frag Reaction Buffer(ABclonal cat.RM20671)和DNA Frag Enzyme Mix(ABclonal,cat.RM20672)。
优选地,所述连接酶包括T4 DNA连接酶、T4 DNA连接酶突变体或T7 DNA连接酶。
第二方面,本发明提供一种DNA文库构建方法,所述方法包括:
采用第一方面所述的DNA文库构建试剂盒进行文库构建。
本发明中,基于构建的DNA文库构建试剂盒设计一种DNA文库构建方法,所述方法采用全新接头连接模式,如图1A~图1F所示,将接头分成两步进行连接,显著提高连接效率,进而提高文库构建效率。
优选地,所述DNA文库构建方法包括以下步骤:
(1)对基因组DNA进行处理,得到片段化基因组DNA,并对片段化基因组DNA进行DNA末端修复,纯化产物,得到具有特定末端结构的片段化基因组DNA;
(2)使用DNA连接酶将P7接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的3’端;
使用酶将P5接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的5’端;
(3)纯化连接产物,并对连接产物进行PCR扩增,得到所述DNA文库。
优选地,所述纯化包括利用磁珠进行纯化。
优选地,所述P5接头的连接所使用的酶包括所述P5接头的连接所使用的酶包括RNase H酶、UDG酶、Endo Ⅷ酶、taq聚合酶、A家族高保真聚合酶、B家族聚合酶、taq DNA连接酶或E.coli DNA连接酶中的任意一种或至少两种的组合。
优选地,所述DNA文库构建方法包括以下步骤:
(1)对基因组DNA进行处理,得到片段化基因组DNA,并对片段化基因组DNA进行DNA末端修复,利用磁珠纯化产物,得到具有特定末端结构的片段化基因组DNA;
(2)使用DNA连接酶将P7接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的3’端;
使用酶将P5接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的5’端;
(3)利用磁珠纯化连接产物,并对连接产物进行PCR扩增,利用磁珠纯化扩增产物,得到所述DNA文库。
第三方面,本发明提供一种如第一方面所述的DNA文库构建试剂盒在构建DNA文库中的应用。
与现有技术相比,本发明具有以下有益效果:
(1)本发明中,对P7接头(P7 Truncated Adapter)和P5接头(P5 TruncatedAdapter)进行设计及特殊修饰,并组合使用,能够使其实现全新的连接模式,从而显著提高连接效率及试剂盒的灵敏性,进而提高建库效率;
(2)本发明中,基于构建的DNA文库构建试剂盒设计一种DNA文库构建方法,所述方法采用全新接头连接模式,将接头分成两步进行连接,显著提高连接效率,进而提高文库构建效率。
附图说明
图1A为采用TA连接分步连接的接头连接方式图,先在DNA的3’末端连接P7接头,然后通过RNase H或者UDG酶和Endo VIII酶消化P7第二条链,然后通过退火作用使P5接头退火,在DNA的5’末端连接P5接头;
图1B为基于平末端的分步连接的接头连接方式图,先在DNA的3’末端连接P7接头,然后通过RNase H或者UDG酶和Endo VIII酶消化P7第二条链,然后通过退火作用使P5接头退火,在DNA的5’末端连接P5接头;
图1C为基于DNA 5’羟基平末端的分步连接的接头连接方式图,先在DNA的3’末端连接P7接头,然后通过RNase H或者UDG酶和Endo VIII酶消化P7第二条链,并且使用外切酶将5’羟基末端消化,露出磷酸末端,然后通过退火作用退火使P5接头退火,在DNA的5’末端连接P5接头;
图1D为基TA连接的分步连接的接头连接方式图,先在DNA的5’末端连接P7接头,然后通过RNase H或者UDG酶和Endo VIII酶消化P7第二条链,然后通过退火作用使P5接头退火,在DNA的3’末端连接P5接头;
图1E为基于TA连接的分步连接的接头连接方式图,P7接头5’末端采用腺苷酰化修饰,先在DNA的3’末端快速高效连接P7接头,然后通过RNase H或者UDG酶和Endo VIII酶消化P7第二条链,然后通过退火作用使P5接头退火,在DNA的5’末端连接P5接头;
图1F为基于DNA平末端连接的分步连接的接头连接方式图,P7接头5’末端采用腺苷酰化修饰,先在DNA的3’末端快速高效连接P7接头,然后通过RNase H或者UDG酶和EndoVIII酶消化P7第二条链,然后通过退火作用使P5接头退火,在DNA的5’末端连接P5接头;
图2A为P7 Truncated Adapter结构示意图,P7接头为双链结构,第一条链的5’末端磷酸修饰,3’末端氨基修饰;第二条链的3’末端为双脱氧T,且第二条链中的dT碱基替换为dU碱基;
图2B为P7 Truncated Adapter结构示意图,P7接头为双链结构,第一条链的5’末端羟基修饰,3’末端氨基修饰;第二条链的3’末端羟基,且第二条链中的dT碱基替换为dU碱基;
图2C为P7 Truncated Adapter结构示意图,P7接头为双链结构,第一条链的5’末端磷酸修饰,3’末端氨基修饰;第二条链的3’末端双脱氧碱基T,且第二条链中的碱基为核糖核酸碱基;
图2D为P7 Truncated Adapter结构示意图,P7接头为双链结构,第一条链的5’末端腺苷酰化修饰,3’末端氨基修饰;第二条链的3’末端为双脱氧T,且第二条链中的dT碱基替换为dU碱基;
图3A为300bp PCR片段的Agilent 2100峰形鉴定结果图;
图3B为300bp PCR片段连接P7接头产物的Agilent 2100峰形鉴定结果图;
图4A为1ng片段化(痕量DNA)DNA经过本发明建库方法进行文库制备结果图;
图4B为100ng片段化DNA经过本发明建库方法进行文库制备结果图;
图5为1ng intact gDNA经过本发明建库方法进行文库制备结果图;
图6为100ng intact gDNA经过本发明建库方法进行文库制备结果图;
图7为传统的基于TA连接的一步法连接P7接头与P5接头的连接效率评估结果图,图中上中下3个峰形图结果为三个接头连接测试的实验重复。
具体实施方式
为进一步阐述本发明所采取的技术手段及其效果,以下结合实施例和附图对本发明作进一步地说明。可以理解的是,此处所描述的具体实施方式仅仅用于解释本发明,而非对本发明的限定。
实施例中未注明具体技术或条件者,按照本领域内的文献所描述的技术或条件,或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可通过正规渠道商购获得的常规产品。
实施例1
本实施例分析本发明P7接头连接效率。
(1)配制末端修复体系
本实施案例使用人血液DNA(健康人混合全血)为模板,使用引物进行扩增富集得到300bp长度的PCR片段,按照下表2配制反应体系,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表2
Figure BDA0003650782420000061
Figure BDA0003650782420000071
(2)将反应体系至于PCR仪器中进行末端修复,反应条件如表3所示;
表3
温度 时间
20℃ 30min
12℃ 保持
(3)使用2.2×比例的cleanup磁珠进行纯化;
(4)按照表4配置反应体系,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表4
Figure BDA0003650782420000072
(5)将反应体系至于PCR仪器中进行P7 Truncated Adapter的连接;
使用2.2×比例的cleanup磁珠进行纯化,然后将连接产物进行Qsep 100峰形鉴定,结构如图3A和3B所示,图3A为300bp PCR片段的Agilent 2100峰形鉴定结果图;,图3B为300bp PCR片段连接P7接头产物的Agilent 2100峰形鉴定结果图,由图3B和3A可知PCR片段已经全部连接上P7接头,连接效率在90%以上。
实施例2
本实施例以人血液DNA(human blood DNA)为样本进行建库。
(1)将人血液gDNA进行covaris打断,打断至250bp片段左右,然后按照表5配制反应体系,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表5
反应试剂 用量
片段化DNA 100ng
End prep buffer(ABclonal cat.RM20207) 13μL
End prep Enzyme(ABclonal,cat.RM20208) 3μL
无核酸酶水 补至60μL
(2)将反应体系至于PCR仪器中进行末端修复,反应条件如表3所示;
(3)使用2.2×比例的cleanup磁珠进行纯化;
(4)按照表6配制反应体系,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表6
Figure BDA0003650782420000081
(5)将反应体系至于PCR仪器中进行P7 Truncated Adapter的连接,反应条件如表7所示;
表7
温度 时间
25℃ 15min
65℃ 15min
12℃ 保持
(6)按照表8进行P5Truncated Adapter接头连接体系的配置,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表8
Figure BDA0003650782420000091
(7)将反应体系置于PCR仪器中进行P5接头的连接,反应体系如表9所示;
表9
温度 时间
40℃ 15min
12℃ 保持
(8)使用2.2×比例的cleanup磁珠进行纯化;
(9)按照表10进行PCR扩增体系的配置,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表10
Figure BDA0003650782420000092
(10)将反应体系置于PCR仪器中进行PCR反应,反应条件如表11所示;
表11
Figure BDA0003650782420000101
(11)使用1.0×比例的cleanup磁珠进行纯化,获得可上机测序的文库;
(12)将文库进行Qubit定量,如表12所示;
表12
DNAinput PCR循环数 文库浓度(ng/μL,30μL水洗脱)
1ng 13c 35.8
100ng 6c 72.0
(13)将文库稀释至2ng/μL,进行Qsep 100进行峰形鉴定,如图4A和图4B所示,图4A为1ng DNA样本所制备的文库峰形图,图4B为100ng DNA样本所制备的文库峰形图,文库大小合适,符合Illumina测序仪上机标准。
实施例3
本实施例以人血液DNA(健康人混合全血)为样本进行建库。
(1)将人血液DNA进行酶切打断,按照表13配置反应体系,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表13
Figure BDA0003650782420000102
(2)将反应体系至于PCR仪器中进行末端修复,反应条件如表14所示:
表14
温度 时间
32℃ 10min
4℃ 保持
(3)反应结束后,立即使用2.2×比例的cleanup磁珠进行纯化;
(4)按照表15配置反应体系,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表15
Figure BDA0003650782420000111
(5)将反应体系置于PCR仪器中进行P7 Truncated Adapter的连接,反应条件如表7所示;
(6)按照表16进行P5 Adapter接头连接体系的配置,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表16
Figure BDA0003650782420000112
Figure BDA0003650782420000121
(7)将反应体系置于PCR仪器中进行P5接头的连接,反应体系如表9所示:
(8)使用2.2×比例的cleanup磁珠进行纯化;
(9)按照表17进行PCR扩增体系的配置,吹打混匀,瞬时离心至管底;
表17
反应试剂 用量
上一步连接产物 20μL
2×PCR Master Mix(ABclonal,RM20204) 25μL
Universal PCR Primer(ABclonal,RK21632) 2.5μL
PCR Index(ABclonal,RK21632) 2.5μL
总体积 50μL
(10)将反应体系置于PCR仪器中进行PCR反应,反应条件如表11所示;
(11)使用1.2×比例的cleanup磁珠进行纯化,获得可上机测序的文库;
(12)将文库进行Qubit定量,如下表18所示;
表18
DNAinput PCR循环数 文库浓度(ng/μL,30μL水洗脱)
1ng 13c 68.6
100ng 6c 93.4
(13)将文库稀释至2ng/μL,进行Qsep 100进行峰形鉴定,如图5示和图6,图5为1ngDNA样本所制备的文库峰形图,图6为100ng DNA样本所制备的文库峰形图;文库大小合适,符合Illumina测序仪上机标准。
对比例
本对比例以人血液DNA(健康人混合全血)为样本,以传统建库方法进行建库。传统的建库方式是基于TA方式进行dsDNA两端接头的连接的方式,首先进行末端修复,使DNA5’末端磷酸修饰,3’末端含有一个dA尾;然后在连接酶的催化下,DNA两端同时连接上一个Y字型接头,此种连接产物中包含DNA片段、连接上一个接头的片段、连接上两个接头的产物三种连接产物,市面快速建库的接头连接效率一般在60%左右,如图7所示。本发明进步之处在于优化接头的连接方式,通过分步连接的方式,即采用分步的方式将P7接头与P5接头连接至DNA的两端,保证每一步的连接效率在90%以上,从而使接头的连接效率达到80%以上,与传统的60%的连接效率相比大大提高接头的连接效率。
综上所述,本发明对P7接头(P7 Truncated Adapter)和P5接头(P5 TruncatedAdapter)进行设计及特殊修饰,并组合使用,能够使其实现全新的连接模式,从而显著提高连接效率及试剂盒的灵敏性,进而提高建库效率,基于构建的DNA文库构建试剂盒设计一种DNA文库构建方法,所述方法采用全新接头连接模式,将接头分成两步进行连接,显著提高连接效率,进而提高文库构建效率。
申请人声明,本发明通过上述实施例来说明本发明的详细方法,但本发明并不局限于上述详细方法,即不意味着本发明必须依赖上述详细方法才能实施。所属技术领域的技术人员应该明了,对本发明的任何改进,对本发明产品各原料的等效替换及辅助成分的添加、具体方式的选择等,均落在本发明的保护范围和公开范围之内。
序列表
<110> 上海英基生物科技有限公司
<120> 一种DNA文库构建试剂盒、文库构建方法和应用
<130> 2022-05-03
<160> 11
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
agatcggaag agcacacgtc tgaactccag t 31
<210> 2
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
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<210> 3
<211> 32
<212> DNA
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<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 4
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<210> 5
<211> 31
<212> DNA
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<400> 5
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<211> 32
<212> DNA
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agatcggaag agcacacgtc tgaactccag tc 32
<210> 7
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 7
agatcggaag agcacacgtc tgaactccag tc 32
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
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<210> 9
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<212> DNA
<213> 人工序列
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<212> DNA
<213> 人工序列
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actctttccc tacacgacgc tcttccgatc t 31
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 11
agacgugugc ucutccgauc t 21

Claims (10)

1.一种DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括P7接头和P5接头;
所述P7接头由反向互补的第一链和第二链组成,所述第一链5’端具有修饰基团,所述修饰基团包括磷酸基团、羟基或腺苷,所述第一链3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括C6氨基修饰、C12氨基修饰、双脱氧修饰或spacer修饰;
所述第二链的3’端经封闭修饰,所述封闭修饰包括双脱氧修饰;
所述P5接头由单链组成,P5接头的5’末端修饰有羟基基团,3’末端修饰有羟基基团,且3’末端两个碱基之间包含至少一个硫代修饰。
2.根据权利要求1所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述P7接头的第一链的核酸序列包括SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5、SEQ IDNO.6或SEQ ID NO.7所示的序列;
优选地,所述P7接头的第二链的dT碱基全部替换成为dU碱基;
优选地,所述P7接头的第二链的序列由核糖核酸组成;
优选地,所述P7接头的第二链的核酸序列包括SEQ ID NO.8、SEQ ID NO.9或SEQ IDNO.11所示的序列。
3.根据权利要求1或2所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述P5接头的核酸序列包括SEQ ID NO.10所示的序列。
4.根据权利要求1-3任一项所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括酶组合物和/或缓冲液;
优选地,所述酶组合物包括DNA打断酶、末端修复酶、PCR扩增酶或连接酶中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述缓冲液包括末端修复缓冲液和/或连接缓冲液。
5.根据权利要求4所述的DNA文库构建试剂盒,其特征在于,所述连接酶包括T4 DNA连接酶、T4 DNA连接酶突变体或T7 DNA连接酶。
6.一种DNA文库构建方法,其特征在于,所述方法包括:
采用如权利要求1-5任一项所述的DNA文库构建试剂盒进行文库构建。
7.根据权利要求6所述的DNA文库构建方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)对基因组DNA进行处理,得到片段化基因组DNA,并对片段化基因组DNA进行DNA末端修复,纯化产物,得到具有特定末端结构的片段化基因组DNA;
(2)使用DNA连接酶将P7接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的3’端;
使用酶将P5接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的5’端;
(3)纯化连接产物,并对连接产物进行PCR扩增,得到所述DNA文库。
8.根据权利要求7所述的DNA文库构建方法,其特征在于,所述纯化包括利用磁珠进行纯化;
优选地,所述P5接头的连接所使用的酶包括RNase H酶、UDG酶、Endo Ⅷ酶、taq聚合酶、A家族高保真聚合酶、B家族聚合酶、taq DNA连接酶或E.coli DNA连接酶中的任意一种或至少两种的组合。
9.根据权利要求6-8任一项所述的DNA文库构建方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤:
(1)对基因组DNA进行处理,得到片段化基因组DNA,并对片段化基因组DNA进行DNA末端修复,利用磁珠纯化产物,得到具有特定末端结构的片段化基因组DNA;
(2)使用DNA连接酶将P7接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的3’端;
使用酶将P5接头连接至具有特定末端结构的片段化基因组DNA的5’端;
(3)利用磁珠纯化连接产物,并对连接产物进行PCR扩增,利用磁珠纯化扩增产物,得到所述DNA文库。
10.一种如权利要求1-5任一项所述的DNA文库构建试剂盒在构建DNA文库中的应用。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
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