CN114807384B - 一种与鸡屠体性状相关的snp分子标记及其应用 - Google Patents

一种与鸡屠体性状相关的snp分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种与鸡屠体性状相关的SNP分子标记及其应用，属于分子生物技术和分子标记技术领域。本发明公开一种与鸡屠体性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明实验结果显示：本发明的SNP分子标记，位于鸡9号染色体APOD基因5‘‑侧翼区基因序列中的突变位点g.12360333G>T和g.12360387T>C，与鸡胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状相关，是新的分子标记。通过优选该SNP位点的优势基因型，对鸡屠体性状进行早期选择，不仅可以节省生产成本，还能加快遗传进展，将其应用于鸡的育种中，具有很大的经济应用价值。

Description

一种与鸡屠体性状相关的SNP分子标记及其应用
技术领域
本发明涉及分子生物技术和分子标记技术领域，特别是涉及一种与鸡屠体性状相关的SNP分子标记及其应用。
背景技术
ApoD是一种独特的载脂蛋白，1963年，ApoD在人血浆中首次被发现，最初被确定为高密度脂蛋白的一个组成部分，1973年首次从人血浆中分离出来，随后被证明是脂质运载蛋白家族的一员。ApoD不像其他载脂蛋白主要产生于血浆中，它主要存在于高密度脂蛋白(HDL)中，在极低密度脂蛋白(VLDL)中较少。ApoD可以结合胆固醇、孕酮、孕烯醇酮、胆红素和花生四烯酸。目前已经在人类、猴子、猪、兔、大鼠、小鼠和鸡等几种脊椎动物中鉴定出ApoD。研究指出，APOD基因在胚胎和成体的生长、发育和分化、肿瘤细胞的发生、发展和凋亡、抵抗外界环境胁迫、维护机体脂质稳态平衡以及在一些神经系统的发生、损伤修复以及紊乱和疾病中发挥重要作用。
目前，在脊椎动物和人的研究中都已确定APOD基因与脂蛋白代谢有关。研究发现APOD与阿尔茨海默氏病(AD)和帕金森的发病机理有关。在动物研究中，发现APOD对家蚕的蜕皮调控机制有影响；2005年，发现鸡APOD mRNA在皮肤中表达是心脏中的246.48到38.44倍；研究报道APOD基因是鸟类胡萝卜素着色的候选基因；此外，还发现APOD在鸡羽毛发育中有表达。关于APOD基因与鸡屠体性状间的关系，目前还很少报道。
随着人们生活水平的不断提高，人们对于肉品质的需求也逐渐提高。因此，寻找新的途径来提高鸡的屠体性能，并使其稳定遗传是至关重要的。
发明内容
本发明的目的是提供一种鸡屠体性状相关的APOD基因分子标记和应用，以解决上述问题。利用APOD基因分子标记筛选鸡屠体性状，不仅可以节省生产成本、加快遗传进展，更好地应用于鸡的育种中，还具有经济应用价值和科研价值。
为实现上述目的，本发明提供了如下方案：
技术方案一：一种与鸡屠体性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
进一步地，所述SNP分子标记的突变位点的基因型包括GG、GT、TT、TC和CC；
进一步地，所述SNP分子标记的突变位点为鸡基因组9号染色体上第12360333bp处的G>T突变或第12360387bp处的T>C突变。
技术方案二：所述的SNP分子标记早期筛选鸡屠体性状的方法，包括利用所述SNP分子标记早期筛选鸡的胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状的过程。
进一步地，利用PCR技术进行扩增所述SNP分子标记。
进一步地，所述PCR所用到的扩增引物为：F：TTGAGCACACTGAGGGTC；R：CGTACTGGTGGGAAACAGA。
进一步地，所述PCR扩增体系包括：PCR Mix 5.0μL，两条引物各0.3μL，DNA 1.0μL和水3.4μL。
进一步地，所述PCR扩增程序包括：98℃预变性5min，98℃变性5s，58℃退火10s，72℃延伸10s，72℃后延伸5min，4℃保存，共34个循环。
技术方案三：一种鸡的遗传改良的方法，包括以下步骤：先利用所述的分子标记繁育出新的品系；再将所述新的品系作为种鸡，逐代提高优势等位基因型的频率；最后得到已经改良了胫爪重性状和心肝肌胃腺胃重性状的鸡。
技术方案四：所述的SNP分子标记在筛选鸡屠体性状中的应用。
本发明公开了以下技术效果：
本发明的SNP分子标记，包括位于鸡9号染色体APOD基因5‘-侧翼区基因序列中的突变位点g.12360333G>T和g.12360387T>C，与鸡胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状相关，是新的分子标记。通过利用包含该位点的分子标记对鸡进行选育时，更加高效且稳定。且通过优选该SNP位点的优势基因型，对鸡屠体性状进行早期选择，不仅可以节省生产成本，还能加快遗传进展，将其应用于鸡的育种中，具有很大的经济应用价值。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为实施例1中SNPs引物特异性检测结果；其中1和2分别为随机抽选样品，M为2000bp DNAmaker；
图2为实施例1中检测得到鸡APOD基因5‘-侧翼区序列上SNP突变位点g.12360333G>T的测序结果；
图3为实施例1中检测得到鸡APOD基因5‘-侧翼区序列上SNP突变位点g.12360387T>C的测序结果。
具体实施方式
现详细说明本发明的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本发明的限制，而应理解为是对本发明的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
应理解本发明中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本发明。另外，对于本发明中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本发明内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本发明仅描述了优选的方法和材料，但是在本发明的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
在不背离本发明的范围或精神的情况下，可对本发明说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本发明的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本发明说明书和实施例仅是示例性的。
关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
实施例1
1.实验材料
待测鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群，饲养期间采用平养的饲养方式，饲喂符合国际配方标准的玉米-豆粕型饲料，隐性白洛克鸡是一种快大型肉鸡，而杏花鸡是中国广东本土的品种肉鸡。该资源群具有深度表型记录，1-12周龄时测定其体重、体尺性状，13周龄时对其进行屠宰实验，并测定其生长性状、屠体性状和肉质性状。
2.实验方法
2.1提取待测鸡血液DNA
采样试剂盒的方法抽提待测鸡血液DNA。
2.2鸡APOD基因5‘-侧翼区SNP位点的测定
(1)从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/找到鸡APOD基因5‘-侧翼区基因序列，两翼序列各扩展500bp，利用Primerpremier 5.0软件设计出引物对，将设计的引物对序列发往擎科生物公司合成，引物对信息如下(引物序列5’→3’)：F：TTGAGCACACTGAGGGTC；R：CGTACTGGTGGGAAACAGA。
(2)随机选择10个F2资源群体(杏花鸡×隐性白洛克肉鸡)的DNA样本，使用上述引物对对血液DNA进行PCR，测试引物的特异性，结果如图1所示。PCR扩增体系为：PCRMix 5.0μL，两条引物各0.3μL，DNA 1.0μL和水3.4μL。扩增程序为：98℃预变性5min，98℃变性5s，58℃退火10s，72℃延伸10s，72℃后延伸5min，4℃保存，共34个循环。将获得的PCR产物送往生工生物公司测序，测序结果用DNAStar软件的SeqMan程序进行分析，检测得到鸡APOD基因5‘-侧翼区序列上SNP突变位点g.12360333G>T和g.12360387T>C，其测序结果分析如图2和3所示；所述SNP分子标记的核苷酸序列如下所示：
TTGAGCACACTGAGGGTCTGTGGGACGTGGGGCAGGGGACAGGCTCTGTGCGAGGTGGGACATCTCACCCGGGAGCACAGTGATGGGCCAGTGCAATAGGGCAGGGCTGCTGCGCCTTCTGCGGGGTTCTCCCTCCCGCTGTGTGCAGCTGCAGGGCTGTGTGAGCGGTTGGCCCAGGCTGCCCAGCAGCAGGGAGTGGAGCGCGGAGACGAGGGGTGCTGTTTGCATGGGTGAGCAGCCAAGGCGCAGCCCATCCCTGGCCCCATACCAGCTGCGGATCTAAGGCAGCTGACCGGCCCTCCGCAAAGCAAAACACGTCC
其中SNP突变位点g.12360333G>T对应的基因型为GG、GT、TT；其中SNP突变位点g.12360387T>C对应的基因型为TT、TC和CC；
(3)将实施例中所有的待测鸡血液DNA全部进行PCR特异性扩增，统计SNP突变位点g.12360333G>T和g.12360387T>C的基因型情况，随后将其与鸡屠体性状进行关联分析。方法如下：利用SPSS21.0软件中的混合线性模型分析两个SNPs与屠体性状之间的相关关系。模型如下：
Yijklm＝μ+Gi+Sj+Hk+fl+eijklm
其中：Yijklm是个体性状表型值，μ是群体均值，Gi是标记基因型效应(i＝3)，fl是家系效应(l＝7)，Sj是性别效应(j＝2)，Hk是批次效应(k＝2)，eijklm是随机误差，Gi、Sj、Hk是固定因子，fl是随机因子。
鸡APOD基因5‘-侧翼区序列上SNP突变位点g.12360333G>T和g.12360387T>C与鸡屠体性状的关联分析结果见表1和表2。从表1中可以看到，g.12360333G>T位点与鸡的胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状显著相关，多重比较结果显示GG型个体胫爪重、心肝肌胃腺胃重显著大于TT型个体。同样的，从表2中，我们可以看到，g.12360387T>C位点与鸡的胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状也显著相关，多重比较结果显示TT型个体胫爪重、心肝肌胃腺胃重显著大于CC型个体。
表1 g.12360333G>T位点与鸡屠体性状关联分析结果
Figure BDA0003595484640000071
Figure BDA0003595484640000081
表2 g.12360387T>C位点与鸡屠体性状关联分析结果
Figure BDA0003595484640000082
Figure BDA0003595484640000091
以上所述的实施例仅是对本发明的优选方式进行描述，并非对本发明的范围进行限定，在不脱离本发明设计精神的前提下，本领域普通技术人员对本发明的技术方案做出的各种变形和改进，均应落入本发明权利要求书确定的保护范围内。
序列表
<110> 华南农业大学
<120> 一种与鸡屠体性状相关的SNP分子标记及其应用
<160> 1
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 320
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ttgagcacac tgagggtctg tgggacgtgg ggcaggggac aggctctgtg cgaggtggga 60
catctcaccc gggagcacag tgatgggcca gtgcaatagg gcagggctgc tgcgccttct 120
gcggggttct ccctcccgct gtgtgcagct gcagggctgt gtgagcggtt ggcccaggct 180
gcccagcagc agggagtgga gcgcggagac gaggggtgct gtttgcatgg gtgagcagcc 240
aaggcgcagc ccatccctgg ccccatacca gctgcggatc taaggcagct gaccggccct 300
ccgcaaagca aaacacgtcc 320

Claims (8)

1.一种利用与鸡屠体性状相关的SNP分子标记早期筛选鸡屠体性状的方法，其特征在于，利用所述SNP分子标记早期筛选鸡的胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状的过程，所述SNP分子标记的突变位点为鸡基因组参考序列第12360333bp处的G>T突变，所述鸡基因组参考序列的登录号为NC_052540.1，其中，SNP突变位点的基因型包括GG、GT和TT，GG基因型个体表现出最高的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，TT基因型个体表现出最低的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群。
2.一种利用与鸡屠体性状相关的SNP分子标记早期筛选鸡屠体性状的方法，其特征在于，包括利用所述SNP分子标记早期筛选鸡的胫爪重和心肝肌胃腺胃重性状的过程，所述SNP分子标记的突变位点为鸡基因组参考序列第12360387bp处的T>C突变，所述鸡基因组参考序列的登录号为NC_052540.1，其中，SNP突变位点的基因型包括TT、TC和CC，TT基因型个体表现出最高的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，CC基因型个体表现出最低的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述屠体性状是胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群。
3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，利用PCR扩增检测权利要求1或2中所述的SNP分子标记。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述PCR所用到的扩增引物为：F：TTGAGCACACTGAGGGTC；R：CGTACTGGTGGGAAACAGA。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增体系包括：PCR 混合液5.0μL，两条引物各0.3μL，DNA 1.0μL和水3.4μL。
6.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增程序包括：98℃预变性5min，98℃变性5s，58℃退火10s，72℃延伸10s，72℃后延伸5min，4℃保存，共34个循环。
7.检测与鸡屠体性状相关的SNP分子标记的试剂在筛选鸡屠体性状中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记的突变位点为鸡基因组参考序列第12360333bp处的G>T突变，所述鸡基因组参考序列的登录号为NC_052540.1，其中，SNP突变位点的基因型包括GG、GT和TT，GG基因型个体表现出最高的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，TT基因型个体表现出最低的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述屠体性状是胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群。
8.检测与鸡屠体性状相关的SNP分子标记的试剂在筛选鸡屠体性状中的应用，其特征在于，所述SNP分子标记的突变位点为鸡基因组参考序列第12360387bp处的T>C突变，所述鸡基因组参考序列的登录号为NC_052540.1，其中，SNP突变位点的基因型包括TT、TC和CC，TT基因型个体表现出最高的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，CC基因型个体表现出最低的胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述屠体性状是胫爪重和心肝肌胃腺胃重，所述鸡为杏花鸡×隐性白洛克鸡全同胞F2资源群。
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