CN114672572B - 一种与肉鹅10周龄体重相关的分子标记及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种与肉鹅10周龄体重相关的分子标记及应用，属于动物遗传育种技术领域。该与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记具有长度为830bp且核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的靶序列，在第561位核苷酸存在一个A/G多态位点。通过采集待测鹅的组织样品提取基因组DNA，以基因组DNA为模板，用特异引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，经过特异性酶切和琼脂糖电泳进行基因检测和分型，得到与肉鹅10周龄体重性状相关的基因型，由此实现对肉鹅生长性状进行选择，提高对目标性状选择的精确性，加快选育进度，节省育种成本，提高选育效率。

Description

一种与肉鹅10周龄体重相关的分子标记及其应用

技术领域

本发明属于动物遗传育种技术领域，涉及一种分子标记辅助育种技术，具体涉及一种与肉鹅10周龄体重相关的分子标记及应用。

背景技术

中国是世界上养鹅最多的国家，2019年，我国肉鹅出栏量达到6亿只，占世界总量的94％。并且，我国鹅品种资源丰富，列入《国家家畜禽遗传资源品种名录》的地方品种有30个。但是，我国鹅的种业发展相对滞后，鹅业生产中仍以地方品种的直接利用或简单的杂交利用为主，培育品种(配套系)不足且利用不充分，良种化水平和种业产业化水平较低，生产效率低下的品种难以满足现代集约化和标准化生产需要。生长性状是评估肉鹅生产效率的一项关键经济技术指标，也是肉鹅品种改良和新品种(配套系)培育的主要性状。由于常规的选育技术只能先留后选，世代周期长，进展缓慢，难以精准选育。随着现代生物技术的快速发展，分子标记辅助育种技术在动植物新品种选育领域得到广泛的应用，与常规选育技术结合可以提高对目标性状选择的精确性，实现早期选择(先选后留)，大大加快选育进度，节省育种成本，提高选育效率。然而，目前却没有与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记。

发明内容

针对现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种与肉鹅10周龄体重(出栏体重)性状相关的分子标记及其应用。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案是：

本发明提供一种与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记，具有长度为830bp且核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的靶序列，在第561位核苷酸存在一个A/G多态位点。

作为优选方案，所述与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记的上游引物序列如SEQ ID NO:2所示，下游引物序列如SEQ ID NO:3所示。

作为优选方案，根据所述与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记将肉鹅分为GG基因型肉鹅、AG基因型肉鹅和AA基因型肉鹅，且10周龄体重依次变大。

本发明还提供所述与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记在肉鹅辅助育种中的应用。

本发明还提供一种根据所述与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记筛选肉鹅品种的方法，包括以下步骤：

(1)采集待测鹅的组织样品，提取基因组DNA；

(2)以待测鹅的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，具有如权利要求1所述与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记；

(3)将PCR扩增产物进行特异性酶切，用琼脂糖电泳进行基因检测和分型，得到与肉鹅10周龄体重性状相关的基因型，由此选择肉鹅品种；

其中，只有长度为830bp一条条带的为AA基因型，有长度为561bp和269bp两条条带的为GG基因型，有长度为830bp、561bp和269bp三条条带的为AG基因型。

作为优选方案，步骤(1)中，采集待测鹅的脚蹼组织样品。

作为优选方案，步骤(2)中，特异引物对的序列分别如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示。

作为优选方案，所述选择肉鹅品种的方法为：淘汰AG基因型和GG基因型的个体，保留AA基因型的个体。

与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：本发明经鉴定首次得出与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记，基于特异SNP的基因型发现，其中AA基因型10周龄体重高于AG基因型，AG基因型10周龄体重高于GG基因型。通过以待测鹅的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行特异性的酶切分型，筛选出与肉鹅10周龄体重(出栏体重)生长性状相关的特异SNP，基于该SNP位点的基因型可以实现对肉鹅生长性状进行选择。在育种中，通过淘汰AG基因型和GG基因型的个体，保留AA基因型的个体，可以实现对肉鹅10周龄体重性状进行早期选择，提高对目标性状选择的精确性，加快选育进度，节省育种成本，提高选育效率，更好地服务于鹅的育种，具有很大的经济应用和科研价值。

附图说明

图1为实施例中不同基因型的琼脂糖电泳结果图；其中，只有长度为830bp一条条带的为AA基因型样本，有长度为561bp和269bp两条条带的为GG基因型样本，有长度为830bp、561bp和269bp三条条带的为AG基因型样本。

具体实施方式

下面通过具体实例对本发明的技术方案做进一步的菌体说明。应当理解，以下描述的具体实例仅用于解释文本发明，并不用于限定本发明。所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例，基于本发明中的实施例，本领域的普通技术人员咋没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。

以下实施例中采用的试剂如无特殊说明均市售可得。

实施例1鉴定与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记

步骤一、肉鹅10周龄体重性状测定

选取214只浙东白鹅作为试验动物，在相同的饲养条件下饲养，整个过程采用自由采食和饮水，记录每只试验动物70日龄体重(即出栏体重)。

步骤二、SNP的发现

1、血液样品采集

用柠檬酸钠抗凝真空采血管采集试验动物的翅静脉血，-20℃保存备用。

2、提取基因组DNA

取步骤1得到的血液，采用AxyGEN公司的AxyPrepTM血液基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA，具体方法参照AxyGEN公司提供的标准操作流程。

3、特异SNP的发现

以步骤2得到的基因组DNA为模板，采用上游引物F1(5’-agctcttggccaccactgtt-3’)和下游引物R1(5’-gtgcatggcgaggagaggag-3’)组成的引物对进行PCR扩增进行测序，获得830bp的靶序列，具体如下：agctcttggccaccactgttgcttgtagccatgcagcgatgctcgtcactgagggatgacacagggatgttgcatcacccagtggggcaacagcatccctgtgctgacacccctgtggtccccagctgcgtctccccagggaccgctgtgctcccgagggatgtctttctggtcccgtccctcccaggcaaacacgaattgtgcaatcagccccctgattgcctgagcagtgccttttggatgcctggggcgaaggccactactccccggtagaagccagctttcctcaaaagccaaaagttcattcgctctggctttgaggaa gcgtgcattcgggtagggcacgggaagctttcaccaaaagcgaaaacaagccacctcctgacaatcacttgaatgatttcccatttataagggaagaaaaataaataatgagggtggcggtggtggtggcagagggggggtctctggcgccacgctaacgctgtgcctccatccccaggtgcagaggatgtgcgtggcccggcggctgctgctgctgctgctggccttcctggcctacgcgttggattcggctgcggcgtacggcacagcggagactctctgcggcggggagctggtggacacgctgcagtttgtctgcggggacaggggcttctacttcagtaagtttcacgtgctcacgcgggatgctcggtgcccgcgccgtgcagtgctgtgacatccacgccaggtgcagaatgtgctgggggaggtggggtgagatggaaaggacaggttctccaccctgttgcttttcctaatggcattgtgcatggcgaggagaggag(如SEQ ID NO:1所示)，通过序列比对发现位于靶序列的第561位核苷酸存在一个A/G多态位点，即第2号染色体的第26541617位核苷酸。

4、基因型的检测

基于步骤3发现的特异SNP位点，采用TaKaRa公司的MluⅠ限制性内切酶对步骤3获得的PCR产物进行酶切，操作体系为：3μl步骤3获得的PCR产物添加5单位MluⅠ限制性内切酶混匀后，37℃温浴12h后，2.5％琼脂糖电泳进行基因型的检测，结果如图1所示。结果表明，214只试验动物均得到了大小830bp的PCR扩增产物，基于特异SNP分为三种基因型，AA基因型(33只)、AG基因型(106只)和GG基因型(75只)。

步骤三、基因型与10周龄体重性状关联分析

采用R统计软件包的lm功能函数进行统计分析，根据显性混合模型对供试验鹅群的基因型和10周龄体重性状进行方差统计分析，P-value<0.05表明差异显著。统计分析模型为：y＝μ+sex+SNP+e，其中y代表表型值，μ代表表型均值，sex代表性别，SNP是试验鹅的基因型，e为残差。结果表明，三种基因型肉鹅的10周龄体重差异极显著(P-value)。AA基因型肉鹅的10周龄体重大于AG基因型肉鹅和GG基因型肉鹅，AG基因型肉鹅的10周龄体重大于GG基因型肉鹅。

表1：不同基因型试验动物的10周龄体重

基因型	动物数量	10周龄体重
			AA基因型	33	3838.64±436.95
GG基因型	75	3426.01±385.73
			AG基因型	106	3643.75±337.51

实施例2筛选肉鹅品种

步骤1、脚蹼组织样品采集

用打孔器采取待测0日龄的鹅苗脚蹼组织样品，-20℃保存备用。

步骤2、提取基因组DNA

取步骤1得到的组织样品，采用天根生化科技有限公司的组织基因组DNA提取试剂盒提取基因组DNA，具体方法参照天根生化科技有限公司提供的标准操作流程。

步骤3、基因型的检测

以步骤2得到的基因组DNA为模板，采用F1(5’-agctcttggccaccactgtt-3’)和R1(5’-gtgcatggcgaggagaggag-3’)组成的引物对进行PCR扩增进行测序，获得830bp的靶序列。采用TaKaRa公司的MluⅠ限制性内切酶对获得的PCR产物进行酶切，操作体系为：3μl步骤3获得的PCR产物添加5单位MluⅠ限制性内切酶混匀后，37℃温浴12h后，2.5％琼脂糖电泳进行基因型的检测，得到AA基因型、AG基因型和GG基因型三种个体。

步骤4、个体选留

淘汰AG基因型和GG基因型的个体，保留AA基因型的个体，对肉鹅10周龄体重性状进行早期选择。

以上所述仅为本发明的较佳实施例而已，并不用以限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

序列表

<110> 上海市农业科学院

<120> 一种与肉鹅10周龄体重相关的分子标记及应用

<141> 2022-02-24

<160> 3

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 830

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 1

agctcttggc caccactgtt gcttgtagcc atgcagcgat gctcgtcact gagggatgac 60

acagggatgt tgcatcaccc agtggggcaa cagcatccct gtgctgacac ccctgtggtc 120

cccagctgcg tctccccagg gaccgctgtg ctcccgaggg atgtctttct ggtcccgtcc 180

ctcccaggca aacacgaatt gtgcaatcag ccccctgatt gcctgagcag tgccttttgg 240

atgcctgggg cgaaggccac tactccccgg tagaagccag ctttcctcaa aagccaaaag 300

ttcattcgct ctggctttga ggaagcgtgc attcgggtag ggcacgggaa gctttcacca 360

aaagcgaaaa caagccacct cctgacaatc acttgaatga tttcccattt ataagggaag 420

aaaaataaat aatgagggtg gcggtggtgg tggcagaggg ggggtctctg gcgccacgct 480

aacgctgtgc ctccatcccc aggtgcagag gatgtgcgtg gcccggcggc tgctgctgct 540

gctgctggcc ttcctggcct acgcgttgga ttcggctgcg gcgtacggca cagcggagac 600

tctctgcggc ggggagctgg tggacacgct gcagtttgtc tgcggggaca ggggcttcta 660

cttcagtaag tttcacgtgc tcacgcggga tgctcggtgc ccgcgccgtg cagtgctgtg 720

acatccacgc caggtgcaga atgtgctggg ggaggtgggg tgagatggaa aggacaggtt 780

ctccaccctg ttgcttttcc taatggcatt gtgcatggcg aggagaggag 830

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 2

agctcttggc caccactgtt 20

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列()

<400> 3

gtgcatggcg aggagaggag 20

Claims (3)

1.一种与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记在肉鹅辅助育种中的应用，

所述与肉鹅10周龄体重性状相关的分子标记为如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列，在第561位核苷酸存在一个A/G多态位点；

所述肉鹅为浙东白鹅。

2.一种肉鹅品种的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：

（1）采集待测鹅的组织样品，提取基因组DNA；

（2）以待测鹅的基因组DNA为模板，采用特异引物对进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，所述特异引物对的序列如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示；

（3）采用MluⅠ限制性内切酶将所得PCR扩增产物进行特异性酶切，用琼脂糖电泳进行基因检测和分型，得到与肉鹅10周龄体重性状相关的基因型，基于此选择肉鹅品种；

其中，所述与肉鹅10周龄体重性状相关的基因型包括：只有长度为830bp一条条带的为AA基因型，只有长度为561bp和269bp两条条带的为GG基因型，有长度为830bp、561bp和269bp三条条带的为AG基因型；

所述选择肉鹅品种的方法为：淘汰AG基因型和GG基因型的个体，保留AA基因型的个体；

所述肉鹅为浙东白鹅。

3.根据权利要求2所述肉鹅品种的筛选方法，其特征在于，步骤（1）中，采集待测鹅的脚蹼组织样品。

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