CN114636748A - 电泳分析数据处理装置以及记录介质 - Google Patents

电泳分析数据处理装置以及记录介质 Download PDF

Info

Publication number
CN114636748A
CN114636748A CN202111409904.6A CN202111409904A CN114636748A CN 114636748 A CN114636748 A CN 114636748A CN 202111409904 A CN202111409904 A CN 202111409904A CN 114636748 A CN114636748 A CN 114636748A
Authority
CN
China
Prior art keywords
analysis
smear
range
electropherogram
electrophoretic
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202111409904.6A
Other languages
English (en)
Other versions
CN114636748B (zh
Inventor
荻野康太
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shimadzu Corp
Original Assignee
Shimadzu Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shimadzu Corp filed Critical Shimadzu Corp
Publication of CN114636748A publication Critical patent/CN114636748A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114636748B publication Critical patent/CN114636748B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
    • G06T7/00Image analysis
    • G06T7/0002Inspection of images, e.g. flaw detection
    • G06T7/0012Biomedical image inspection
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416Systems
    • G01N27/447Systems using electrophoresis
    • G01N27/44704Details; Accessories
    • G01N27/44747Composition of gel or of carrier mixture
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/28Electrolytic cell components
    • G01N27/30Electrodes, e.g. test electrodes; Half-cells
    • G01N27/327Biochemical electrodes, e.g. electrical or mechanical details for in vitro measurements
    • G01N27/3275Sensing specific biomolecules, e.g. nucleic acid strands, based on an electrode surface reaction
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416Systems
    • G01N27/447Systems using electrophoresis
    • G01N27/44704Details; Accessories
    • G01N27/44717Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416Systems
    • G01N27/447Systems using electrophoresis
    • G01N27/44756Apparatus specially adapted therefor

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Electrochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Radiology & Medical Imaging (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Quality & Reliability (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

本发明提供一种电泳分析数据处理装置以及记录介质,以实现改善进行拖尾解析时的操作性和减少作业错误。本发明所涉及的电泳分析数据处理装置的一个方式是对利用电泳分析获取到的数据进行处理的数据处理装置,具备:显示处理部(31、33),其基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部(5)的画面上;解析范围指定部(4、34),其受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及解析处理部(35),其使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。

Description

电泳分析数据处理装置以及记录介质
技术领域
本发明涉及一种对利用电泳装置获取到的数据进行处理的数据处理装置、以及记录有用于该数据处理的计算机程序的非暂时性记录介质。
背景技术
近年来,在药物研发领域、医疗领域、农业/畜牧业领域、生物化学领域等各种领域中,能够高速地解析DNA片段的全基因信息的下一代测序仪(Next Generation Sequencer)发挥着威力。在一般的使用了下一代测序仪的解析中,从生物体组织提取DNA,将该DNA片段化为具有适当的窄尺寸分布的片段来制备文库(以下称为“NGS文库”)。然后,通过将该NGS文库提供给下一代测序仪,来执行对原始的DNA的碱基序列的测序。
在该解析中,如果NGS文库的尺寸分布不适当,则无法得到良好的测序结果,从而解析作业本身就变为了徒劳。为了避免这种情况,以往在测序之前实施用于确认所制备的NGS文库的尺寸分布和浓度的作业,即称为QC(Quality Control:质量控制)的作业。
在非专利文献1中公开有:为了确认NGS文库的尺寸分布和浓度而使用非专利文献2、3中记载的微芯片电泳装置。在该微芯片电泳装置中,如非专利文献2、3等所公开的那样,能够针对预先准备的多个样品自动地实施微芯片电泳分析。另外,还能够利用系统中包含的数据处理软件对通过电泳分析获取到的数据进行解析。
在对NGS文库进行电泳分析的情况下,在泳动波形中观测到反映有DNA片段的尺寸分布的宽形状的峰(例如参照非专利文献1的图3)。泳动波形上的该宽形状的峰通常被称为拖尾(smear)或拖尾峰。上述数据处理软件包括用于解析拖尾的软件,该软件计算所指定的范围的拖尾的平均尺寸和浓度等。
现有技术文献
非专利文献
非专利文献1:“次世代シーケンサー(NGS)ライブラリーQuality Control(QC)への応用”,Application News No.B52,株式会社岛津制作所,[online],[2020年8月18日检索],因特网<URL:https://solutions.shimadzu.co.jp/cgi/ac?cmd=1&url=/solnavi/s/apl/a-news/1/b/pdf/b052.pdf>
非专利文献2:“MultiNA(マルチナ)DNA/RNA分析用マイクロチップ電気泳動装置”,株式会社岛津制作所,[online],[2020年8月18日检索],因特网<URL:https://www.an.shimadzu.co.jp/bio/mce/multina/spec.htm>
非专利文献3:铃木功一等12名,“DNA/RNA分析用マイクロチップ電気泳動装置MCE-202"MultiNA"-開発と応用-”,岛津评论编辑部发行,2008年4月24日,岛津评论,第64卷,第3·4号,p.117-122
发明内容
发明要解决的问题
在使用如上所述的软件来对利用电泳分析获取到的数据执行拖尾解析中,首先,为了指定作为解析对象的拖尾的范围,而需要操作员指定峰开始尺寸、峰结束尺寸等参数。在现有的拖尾解析用软件中,利用数据网格和文本框等能够受理数值输入的用户接口(UI)控制,以由操作员指定这样的参数。
因此,操作员需要一边通过电泳图确认泳动波形的形状,一边确定想要设为解析对象的拖尾的开始位置和结束位置,并在电泳图上读取各个位置的尺寸来向数据网格等进行数值输入。然而,这样的作业繁杂且效率差,特别是在想要修正已输入的数值的情况下很麻烦。另外,容易产生因数值的读取错误、输入错误等作业错误引起的解析结果的错误。并且,还有时需要根据峰的形状来指定互不相同的多个拖尾范围,并针对每个该拖尾范围计算平均尺寸等,但在指定多个拖尾范围时,还存在难以判断所指定的多个拖尾范围是否重叠、在重叠的情况下重叠到了什么程度等的问题。
本发明是为了解决上述问题而完成的,其主要目的在于,提供一种能够改善进行拖尾解析时的操作性、提高解析的作业效率并减少作业错误的电泳分析数据处理装置以及记录有电泳分析数据处理程序的记录介质。
用于解决问题的方案
为了解决上述问题而完成的本发明所涉及的电泳分析数据处理装置的一个方式是对利用电泳分析获取到的数据进行处理的数据处理装置,所述数据处理装置具备:
显示处理部,其基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部的画面上;
解析范围指定部,其受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及
解析处理部,其使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。
另外,为了解决上述问题而完成的本发明所涉及的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质的一个方式是记录有用于对利用电泳分析获取到的数据进行处理的数据处理程序的非暂时性记录介质,该程序使计算机执行以下步骤:
显示处理步骤,基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部的画面上;
解析范围指定步骤,受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及
解析处理步骤,使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。
发明的效果
本发明所涉及的电泳分析数据处理装置以及记录有数据处理程序的记录介质特别是在对为了DNA或RNA的序列解析而准备的文库进行分析时是有用的。在该情况下,规定的拖尾解析例如是指能够计算文库中的平均尺寸、尺寸分布、整体比、浓度、摩尔浓度、面积等中的至少一方的解析。
根据本发明所涉及的电泳分析数据处理装置以及记录有电泳分析数据处理程序的记录介质的上述方式,用户能够一边通过显示的电泳图来确认峰波形的形状等,一边在该曲线图上直观地对设为解析对象的拖尾范围进行指定。例如能够通过对表示该范围的开始位置的线和表示结束位置的线各自的移动操作、以及对范围整体的移动操作等图形形式的操作来进行对该拖尾范围的指定。由此,能够简便且准确地进行对设为解析对象的拖尾范围的指定。另外,用户能够在电泳图上直观地确认指定的拖尾范围,能够容易地掌握拖尾范围中包括的泳动波形的样子、以及在指定了多个拖尾范围的情况下的该多个拖尾范围的位置关系(重叠度等)。
这样,在本发明所涉及的电泳分析数据处理装置以及记录有电泳分析数据处理程序的记录介质的上述方式中,能够改善进行拖尾解析时的用户操作性,提高解析的作业效率并减少作业错误。
附图说明
图1是本发明的一个实施方式的电泳分析系统的概要结构图。
图2是示出本实施方式的电泳分析系统中的拖尾解析画面的一例的概要图。
图3是示出拖尾解析画面内的电泳图的一例(泳动波形仅为一个的情况)的图。
图4是示出拖尾解析画面内的电泳图的其它例(泳动波形为多个的情况)的图。
图5是示出在拖尾解析画面上弹出显示尺寸输入对话框的状态的图。
图6是示出拖尾解析画面内的解析结果表的一例的图。
具体实施方式
参照附图来说明利用了本发明所涉及的电泳分析数据处理装置以及记录有电泳分析数据处理程序的记录介质的电泳分析系统的一个实施方式。
图1是本实施方式的电泳分析系统的概要结构图。
如图1所示,本系统具备测定部1、控制部2、数据处理部3、操作部4以及显示部5。
测定部1对所提供的样品执行测定(电泳分析)来获取数据,测定部1包括样品供给部10、电泳分离部11、检测部12、模拟/数字转换器(ADC)13等。
数据处理部3对由上述测定部1获取到的数据进行处理,数据处理部3包括作为功能块的数据存储部30、电泳图创建部31、凝胶图像创建部32、显示处理部33、拖尾范围指定处理部34、拖尾解析处理部35等。
测定部1例如能够利用非专利文献2中公开的岛津制作所制作的微芯片电泳装置MCE-202的主体。另外,控制部2和数据处理部3的实体是通用的个人计算机(PC),能够通过使安装于PC的专用的控制/处理软件在该PC上运行来发挥上述各功能块的功能。该控制/处理软件的一部分相当于本发明所涉及的非暂时性记录介质中记录的数据处理程序。
在使用该电泳分析系统进行NGS文库的拖尾解析时,将收容有作为解析对象的样品的孔板和规定的试剂(包括缓冲液)装填于样品供给部10。当操作员(用户)在通过操作部4设定了分析时间表之后指示开始测定时,控制部2使电泳分离部11等进行动作以按照所决定的程序来执行分析。
即,在电泳分离部11中,首先将缓冲液填充于电泳芯片的流路。之后,将被装填于样品供给部10的孔板(例如96孔板)上的规定孔中所收容的样品注入到芯片内的流路的规定位置(严格来说,试样导入流路与分离流路的交叉部)。之后,电泳分离部11通过对该芯片的多个贮存器施加泳动电压,来使样品沿着分离流路泳动,从而使该样品中的成分(在本例中为DNA片段)在沿着该流路的方向上分离。检测部12是荧光检测器,其依次检测通过泳动而被分离出的成分。从检测部12输出的检测信号通过AD变换部13被进行数字化,之后输入到数据处理部3并保存在数据存储部30中。
在对多个样品实施测定的情况下,同样地重复进行针对孔板中准备的其它样品的测定。此外,在上述的微芯片电泳装置MCE-202中,能够并行地测定四个样品。
接下来说明在将通过对一个或多个样品进行测定而被收集到的数据保存在数据存储部30中时在数据处理部3中实施的拖尾解析的过程的一例。
当操作员通过操作部4进行规定的操作时,显示处理部33在显示部5的画面上显示如图2所示的拖尾解析画面100。拖尾解析画面100大致被分割为样品显示区域101、凝胶图像显示区域102、电泳图显示区域103以及解析结果显示区域104这四个区域。但是,图2是实施了拖尾解析处理后的状态或者显示有过去执行拖尾解析所得的结果的状态,在未实施拖尾解析处理的状态下,在凝胶图像显示区域102和电泳图显示区域103中什么都不显示,在解析结果显示区域104中显示解析结果为空栏的解析结果表。另外,通常后述的尺寸输入对话框105也在拖尾解析画面100被新显示时不进行显示。
在拖尾解析画面100内的样品显示区域101,显示有模拟地示出孔板的图像,操作员能够通过利用操作部4的点击操作来在该图像上指定作为进行拖尾解析的对象的样品。当在指定了某个样品之后指示开始解析时,电泳图创建部31读出保存在数据存储部30中的、与所指示的样品对应的数据文件,创建绘制有基于该数据的泳动波形的电泳图。另外,凝胶图像创建部32基于所创建的电泳图来创建凝胶图像。
电泳图的横轴是“泳动时间”、“移动时间指数”以及“尺寸”中的任一方,操作员能够选择其中之一。作为该选择项之一的“泳动时间”是用测定部1实施测定时的时间值本身。另外,“移动时间指数”是基于被添加到样品中的尺寸已知的多个基准物质的泳动时间来将泳动时间进行标准化(以%显示)所得到的。另外,“尺寸”是基于已知的多个基准物质的尺寸而实质上对横轴进行换算所得到的。
显示处理部33将所创建的电泳图和凝胶图像显示在拖尾解析画面100的电泳图显示区域103和凝胶图像显示区域102。图2是显示有电泳图和凝胶图像的状态的图。
图3是示出电泳图300A的一例的图。该例子示出针对一个样品得到的泳动波形,横轴是尺寸。在图3中,在尺寸为LM的位置(尺寸)处观察到的峰是与移动时间指数为0%的物质对应的峰,在尺寸为UM的位置处观测到的峰是与移动时间指数为100%的物质对应的峰。另外,LM~UM的范围内所示的数值以及该数值的位置的纵线是尺寸已知的多个基准物质的尺寸以及通过对该多个基准物质进行测定而确定的线。NGS文库包括示出尺寸为某个宽度的分布的多个DNA片段,因此一般来说,在泳动波形中观测到宽形状的峰,即观测到拖尾。在图3的例子中,观测到了一个拖尾现象稍大的拖尾。此外,图3中示出的两个拖尾范围310、320在初次创建该电泳图时不被显示。
在进行拖尾解析时需要指定拖尾的开始尺寸和结束尺寸。当操作员在拖尾解析画面100上进行规定的操作时,在拖尾解析画面100上弹出显示如图2、图5所示的包括尺寸指定数据网格500的尺寸输入对话框105。能够通过拖放操作使尺寸输入对话框105移动到拖尾解析画面100上的任意位置。
在尺寸指定数据网格500中一行对应于一个拖尾范围,操作员能够通过将期望的数值分别输入到开始尺寸输入栏510和结束尺寸输入栏520,来对设为解析对象的拖尾范围进行指定。但是,以下作业对于操作员来说是麻烦的:根据电泳图300A上的泳动波形的形状找到适当的开始位置,通过目视来读取与该开始位置对应的尺寸,并以数值的方式将该尺寸输入到开始尺寸输入栏510。
因此,作为本系统中的一个方法,操作员首先将适当的数值输入到开始尺寸输入栏510和结束尺寸输入栏520中。该数值可以是电泳图上的任意尺寸的数值。拖尾范围指定处理部34将与输入到尺寸指定数据网格500中的数值对应的纵线显示在电泳图300A上。即,如图5所示,显示有与输入到开始尺寸输入栏510中的数值对应的开始位置指示线311以及与输入到结束尺寸输入栏520中的数值对应的结束位置指示线312,并且,被开始位置指示线311与结束位置指示线312夹着的区域作为拖尾范围310,并用与除其以外的区域不同的规定的背景色来表示。由此,操作员能够直感地掌握此时指定的拖尾范围与泳动波形上的拖尾的位置关系。
如上所述,在操作员将任意数值输入到开始尺寸输入栏510和结束尺寸输入栏520的情况下,通常,显示在电泳图300A上的拖尾范围310没有适当地覆盖泳动波形上的拖尾。因此,拖尾范围指定处理部34通过借助操作部4的如下操作来自如地调整拖尾范围310。即,操作员通过点击操作等在电泳图300A上分别选择了开始位置指示线311和结束位置指示线312之后进行拖放,从而使这些线311、312分别移动至任意位置。由此,能够以图形形式调整拖尾范围310的开始位置、结束位置以及宽度。
另外,在拖尾范围310的左端的开始位置指示线311的下方标注有表示用于确定各拖尾范围的编号(针对图3中的拖尾范围310为“1”)的范围指示标签313,当点击该范围指示标签313时,与该范围指示标签313相关联的拖尾范围变为活动状态。在该状态下,当拖放范围指示标签313以使其左右地移动时,处于活动状态的拖尾范围自身在维持其宽度不变的状态下左右地移动。由此,能够在将拖尾范围的宽度保持为固定的状态下变更该拖尾范围的位置。
这里,通过上述的两个方法,即通过拖放操作使开始位置指示线311和结束位置指示线312中的一方或两方进行移动的方法、以及通过拖放操作使范围指示标签313移动的方法,能够自如地调整拖尾范围的位置和宽度。通过这种用于调整的操作,拖尾范围指定处理部34与开始位置指示线311及结束位置指示线312的移动联动地更新尺寸指定数据网格500中的对应行的开始尺寸输入栏510和结束尺寸输入栏520中的数值。即,尺寸指定数据网格500中的一行的开始尺寸输入栏510及结束尺寸输入栏520中的数值与电泳图300A上的一个拖尾范围310的开始位置指示线311及结束位置指示线312的位置相互联动,当在任一方中进行变更操作时,则立即将其反映到另一方中。由此,能够通过在电泳图300A上的以图形形式的操作,来简便且直观地调整拖尾范围。
另外,在图3中,除了一个拖尾范围310之外,还示出了另一个拖尾范围320,这样能够设定多个拖尾范围。在电泳图300A上用互不相同的背景色来显示不同的拖尾范围。不同的拖尾范围对应于尺寸指定数据网格500中的不同行。另外,电泳图300A上的不同的拖尾范围分别独立,且能够通过针对各拖尾范围的如上所述的操作来调整其位置和宽度。
图4是在通过将基于针对三个样品分别得到的数据的三个泳动波形以使横轴一致的方式且在纵向上以堆叠状的方式排列进行配置、来创建出电泳图300B的情况下的例子。在图4中,将三个泳动波形分开配置,但也可以是在纵方向上稍微错开地叠加绘制多个泳动波形。另外,也可以是,不仅使横轴共同化还使纵轴共同化,并且例如将多个泳动波形分别叠加绘制为不同的显示色(或者使颜色以外的其它方式不同)。这样,即使在将多个泳动波形以至少使横轴一致的方式同时显示或者叠加绘制地显示的状态下,也能够在任意位置以任意宽度设定多个拖尾范围。
针对各不相同的样品的多个泳动波形中的拖尾的位置(尺寸的分布)不一定是一致的,有时也存在偏移。在这种情况下,如果能够针对该位置发生了偏移的每个拖尾分别设定不同的拖尾范围则是便利的。在图4的例子中,第一拖尾范围310与第二拖尾范围320重叠,但对各个拖尾范围310、320设定互不相同的背景色。另外,用两个背景色重叠所得的不同的颜色来表示两个拖尾范围310、320重合的部分,因此操作员能够容易地视觉辨认各个拖尾范围310、320以及它们重合的部分。另外,在由于多个拖尾范围310、320的开始位置指示线311、321重叠或者非常接近而范围指示标签313、323重叠的情况下,优选使后追加的拖尾范围优先而使其范围指示标签313或323出现在前面。
另外,能够通过操作员在尺寸指定数据网格500中对任意行的任意位置进行点击操作,来提高与该行对应的拖尾范围的优先级。如果在尺寸指定数据网格500上某行的优先级变高,则与其它行的数值相比强调显示该行的数值,并且也在电泳图300A(300B)上强调显示与上述强调显示的行对应的拖尾范围的范围指示标签313或323。由此,例如在多个拖尾范围310、320中,操作员能够容易地掌握此时最关注的拖尾范围以及表示该拖尾范围的信息。
在本实施方式的电泳分析系统中,能够如上所述地以图形形式指定作为解析对象的一个或多个拖尾范围。当拖尾范围被指定时,拖尾解析处理部35基于所指定的拖尾范围中包括的各样品的数据,针对每个样品和每个拖尾范围计算平均尺寸、尺寸分布、整体比、浓度、摩尔浓度、面积等。显示处理部33立即将通过拖尾解析处理部35计算出的平均尺寸等解析结果显示在解析结果显示区域104中显示的解析结果表400中。此外,如上所述,电泳图除了能够将尺寸设为横轴之外还能够将泳动时间或移动时间指数设为横轴,但即使在这种情况下,也能够设为以换算为尺寸的数值来实施拖尾解析的计算。
图6是解析结果表400的一例。针对解析结果表400中的每行设置开始尺寸显示栏410、结束尺寸显示栏420、平均尺寸等解析结果显示栏430,在开始尺寸显示栏410和结束尺寸显示栏420中显示与尺寸指定数据网格500中的开始尺寸及结束尺寸相同的数值。另外,在解析结果显示栏430中显示有由拖尾解析处理部35进行计算的计算结果。
当通过操作员的操作来变更拖尾范围的位置、宽度时,响应于此情况,拖尾解析处理部35基于变更后的数据进行重新计算,显示处理部33根据其重新计算结果来更新显示。因而,当操作员例如在电泳图上进行使开始位置指示线移动的操作时,解析结果表400的开始尺寸显示栏410中的数值和解析结果显示栏430中的数值大致追随该操作而变化。由此,操作员能够以图形形式在电泳图上变更拖尾范围,并立刻确认与变更途中的拖尾范围对应的拖尾解析结果。
此外,拖尾解析结果的项目数较多,但不是所有用户都要确认所有项目,用户想要确认的项目因用户而不同。因此,也可以是,预先使得能够通过其它菜单来选择在解析结果表400的解析结果显示栏430中进行显示的项目,以仅显示操作员预先选择的项目。
另外,上述实施方式只不过是本发明的一例,在本发明的主旨的范围内,即使进行适当变形、修改、追加等,当然也被包括在本申请的权利要求书中。
例如拖尾解析画面100中的各显示区域的配置只是一例,其能够进行适当地更换,也可以是,例如固定地显示尺寸输入对话框105。另外,也可以是,对一部分不需要的显示区域不进行显示,也可以是,能够适当地变更各显示区域的尺寸。
[各种方式]
本领域技术人员应理解,上述例示的实施方式是下面的方式的具体例。
(第一项)本发明所涉及的电泳分析数据处理装置的一个方式是对利用电泳分析获取到的数据进行处理的数据处理装置,所述电泳分析数据处理装置具备:
显示处理部,其基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部的画面上;
解析范围指定部,其受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及
解析处理部,其使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。
(第七项)本发明所涉及的电泳分析用数据处理程序的一个方式是存储有用于对利用电泳分析获取到的数据进行处理的数据处理程序的非暂时性记录介质,该程序使计算机执行以下步骤:
显示处理步骤,基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部的画面上;
解析范围指定步骤,受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及
解析处理步骤,使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。
根据第一项所记载的装置以及第七项所记载的记录有程序的记录介质,用户能够一边通过电泳图确认泳动波形中的峰的波形形状等,一边在该画面上直观地指定作为解析对象的拖尾范围或者对该拖尾范围进行变更。因此,能够简便且无错误地进行拖尾范围的指定等。即,能够改善进行拖尾解析时的用户操作性,提高解析的作业效率并减少作业错误。
(第二项)在第一项所记载的电泳分析数据处理装置中,能够设为:所述显示处理部创建将一个以上的泳动波形以至少使横轴一致的方式配置而得到的电泳图,并将该电泳图进行显示,所述解析范围指定部在显示有所述一个以上的泳动波形的电泳图上受理拖尾范围的指定。
(第八项)另外,在第七项所记载的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质中,能够设为:在所述显示处理步骤中,创建将一个以上的泳动波形以至少使横轴一致的方式配置而得到的电泳图,并将该电泳图进行显示,在所述解析范围指定步骤中,在显示有所述一个以上的泳动波形的电泳图上受理拖尾范围的指定。
根据第二项所记载的装置以及第八项所记载的记录有程序的记录介质,用户能够一边将分别与不同的样品对应的多个泳动波形进行比较,一边设定适当的拖尾范围。另外,通过允许在互不相同的位置指定不同宽度的多个拖尾范围,能够与各泳动波形上的峰相匹配地单独设定拖尾范围。
(第三项)在第一项或第二项所记载的电泳分析数据处理装置中,能够设为:所述解析范围指定部根据使显示在电泳图上的拖尾范围的两端部分别移动的拖动操作,来变更该拖尾范围的位置和宽度。
(第九项)另外,在第七项或第八项所记载的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质中,能够设为:在所述解析范围指定步骤中,根据使显示在电泳图上的拖尾范围的两端部分别移动的拖动操作,来变更该拖尾范围的位置和宽度。
根据第三项所记载的装置以及第九项所记载的程序,用户能够通过在画面上的简单操作,来直观地对作为解析对象的拖尾范围的位置和宽度进行变更。
(第四项)在第一项~第三项中的任一项所记载的电泳分析数据处理装置中,能够设为:所述解析范围指定部根据使显示在电泳图上的分别被分配给拖尾范围的标签移动的拖动操作,来在保持着该拖尾范围的宽度不变的状态下变更位置。
(第十项)在第七项~第九项中的任一项所记载的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质中,能够设为:在所述解析范围指定步骤中,根据使显示在电泳图上的分别被分配给拖尾范围的标签移动的拖动操作,来在保持着该拖尾范围的宽度不变的状态下变更位置。
根据第四项所记载的装置以及第十项所记载的记录有程序的记录介质,用户能够通过在画面上的简单操作,来在维持着作为解析对象的拖尾范围的宽度不变的状态下直观地进行位置变更。
(第五项)在第一项~第四项中的任一项所记载的电泳分析数据处理装置中,能够设为:所述解析范围指定部将用于以数值的方式来分别输入作为解析对象的拖尾范围的开始位置和结束位置的输入区域显示在与电泳图相同的画面上,使该电泳图上的同拖尾范围有关的指示操作与所述输入区域中的以数值的方式进行的输入操作互相联动。
(第十一项)在第七项~第十项中的任一项所记载的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质中,能够设为:在所述解析范围指定步骤中,将用于以数值的方式来分别输入作为解析对象的拖尾范围的开始位置和结束位置的输入区域显示在与电泳图相同的画面上,使该电泳图上的同拖尾范围有关的指示操作与所述输入区域中的以数值的方式进行的输入操作互相联动。
根据第五项所记载的装置以及第十一项所记载的记录有程序的记录介质,能够在通过数值输入来指定拖尾范围时,在电泳图上立刻确认该拖尾范围与泳动波形中的拖尾的位置关系。另外,相反地,能够当在电泳图上以图形形式指定或变更拖尾范围时,立刻通过数值来确认该指定的拖尾范围或变更后的拖尾范围的状态。由此,能够减少输入错误和操作错误等作业错误,能够准确地指定拖尾范围从而得到设为目标的拖尾解析结果。
(第六项)在第一项~第五项中的任一项所记载的电泳分析数据处理装置中,能够设为:每当所述解析范围指定部指定的拖尾范围被变更时所述解析处理部执行拖尾解析,所述显示处理部将所述解析处理部的拖尾解析结果显示在与所述电泳图相同的画面上。
(第十二项)另外,在第七项~第十一项中的任一项所记载的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质中,能够设为:在所述解析处理步骤中,每当在所述解析范围指定步骤中指定的拖尾范围被变更时执行拖尾解析,在所述显示处理步骤中,将所述解析处理步骤的拖尾解析结果显示在与所述电泳图相同的画面上。
根据第六项所记载的装置以及第十二项所记载的记录有程序的记录介质,用户能够一边变更拖尾范围一边立刻确认与该变更中的拖尾范围对应的拖尾解析结果。由此,例如能够迅速地判断该NGS文库的尺寸分布是否为适于提供给NGS的尺寸分布。
附图标记说明
1:测定部;10:样品供给部;11:电泳分离部;12:检测部;13:AD变换部;2:控制部;3:数据处理部;30:数据存储部;31:电泳图创建部;32:凝胶图像创建部;33:显示处理部;34:拖尾范围指定处理部;35:拖尾解析处理部;4:操作部;5:显示部;100:拖尾解析画面;101:样品显示区域;102:凝胶图像显示区域;103:电泳图显示区域;104:解析结果显示区域;105:尺寸输入对话框;300A、300B:电泳图;310、320:拖尾范围;311、321:开始位置指示线;312、322:结束位置指示线;313、323:范围指示标签;400:解析结果表;410:开始尺寸显示栏;420:结束尺寸显示栏;430:解析结果显示栏;500:尺寸指定数据网格;510:开始尺寸输入栏;520:结束尺寸输入栏。

Claims (12)

1.一种电泳分析数据处理装置,对利用电泳分析获取到的数据进行处理,所述电泳分析数据处理装置具备:
显示处理部,其基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部的画面上;
解析范围指定部,其受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及
解析处理部,其使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。
2.根据权利要求1所述的电泳分析数据处理装置,其特征在于,
所述显示处理部创建将一个以上的泳动波形以至少使横轴一致的方式配置而得到的电泳图,并且将该电泳图进行显示,
所述解析范围指定部在显示有所述一个以上的泳动波形的电泳图上受理拖尾范围的指定。
3.根据权利要求1所述的电泳分析数据处理装置,其特征在于,
所述解析范围指定部根据使显示在电泳图上的拖尾范围的两端部分别移动的拖动操作,来变更该拖尾范围的位置和宽度。
4.根据权利要求1所述的电泳分析数据处理装置,其特征在于,
所述解析范围指定部根据使显示在电泳图上的分别被分配给拖尾范围的标签移动的拖动操作,来在保持着该拖尾范围的宽度不变的状态下变更位置。
5.根据权利要求1所述的电泳分析数据处理装置,其特征在于,
所述解析范围指定部将用于以数值的方式来分别输入作为解析对象的拖尾范围的开始位置和结束位置的输入区域显示在与电泳图相同的画面上,使该电泳图上的同拖尾范围有关的指示操作与所述输入区域中的以数值的方式进行的输入操作互相联动。
6.根据权利要求1所述的电泳分析数据处理装置,其特征在于,
每当所述解析范围指定部指定的拖尾范围被变更时所述解析处理部执行拖尾解析,所述显示处理部将所述解析处理部的拖尾解析结果显示在与电泳图相同的画面上。
7.一种记录有电泳分析数据处理程序的记录介质,所述记录介质是记录有用于对利用电泳分析获取到的数据进行处理的数据处理程序的非暂时性记录介质,所述程序使计算机执行以下步骤:
显示处理步骤,基于获取到的数据创建电泳图,并将该电泳图显示在显示部的画面上;
解析范围指定步骤,受理用户在显示于所述显示部的电泳图上对提取为解析对象的拖尾范围的指定,并且将所述电泳图上的与所指定的拖尾范围对应的背景区域以能够与其它背景区域区别的方式进行显示;以及
解析处理步骤,使用所述指定的拖尾范围中包括的数据来实施规定的拖尾解析。
8.根据权利要求7所述的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质,其特征在于,
在所述显示处理步骤中,创建将一个以上的泳动波形以至少使横轴一致的方式配置而得到的电泳图,并将该电泳图进行显示,
在所述解析范围指定步骤中,在显示有所述一个以上的泳动波形的电泳图上受理拖尾范围的指定。
9.根据权利要求7所述的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质,其特征在于,
在所述解析范围指定步骤中,根据使显示在电泳图上的拖尾范围的两端部分别移动的拖动操作,来变更该拖尾范围的位置和宽度。
10.根据权利要求7所述的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质,其特征在于,
在所述解析范围指定步骤中,根据使显示在电泳图上的分别被分配给拖尾范围的标签移动的拖动操作,来在保持着该拖尾范围的宽度不变的状态下变更位置。
11.根据权利要求7所述的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质,其特征在于,
在所述解析范围指定步骤中,将用于以数值的方式来分别输入作为解析对象的拖尾范围的开始位置和结束位置的输入区域显示在与电泳图相同的画面上,使该电泳图上的同拖尾范围有关的指示操作与所述输入区域中的以数值的方式进行的输入操作互相联动。
12.根据权利要求7所述的记录有电泳分析数据处理程序的记录介质,其特征在于,
在所述解析处理步骤中,每当在所述解析范围指定步骤中指定的拖尾范围被变更时执行拖尾解析,在所述显示处理步骤中,将所述解析处理步骤的拖尾解析结果显示在与所述电泳图相同的画面上。
CN202111409904.6A 2020-12-15 2021-11-25 电泳分析数据处理装置以及记录介质 Active CN114636748B (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2020207437A JP7472771B2 (ja) 2020-12-15 2020-12-15 電気泳動分析データ処理装置及びデータ処理プログラム
JP2020-207437 2020-12-15

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114636748A true CN114636748A (zh) 2022-06-17
CN114636748B CN114636748B (zh) 2023-11-24

Family

ID=81942355

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202111409904.6A Active CN114636748B (zh) 2020-12-15 2021-11-25 电泳分析数据处理装置以及记录介质

Country Status (3)

Country Link
US (1) US12106475B2 (zh)
JP (1) JP7472771B2 (zh)
CN (1) CN114636748B (zh)

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2008101960A (ja) * 2006-10-18 2008-05-01 Hitachi High-Technologies Corp 表示制御装置、表示制御方法、および、表示制御プログラム
CN101494725A (zh) * 2008-01-24 2009-07-29 松下电器产业株式会社 图像处理装置
CN107850567A (zh) * 2015-07-01 2018-03-27 株式会社岛津制作所 数据处理装置
CN108804282A (zh) * 2017-04-28 2018-11-13 横河电机株式会社 显示装置、显示方法和存储介质
CN109475795A (zh) * 2016-05-13 2019-03-15 普若泽米有限公司 用于自动对准、校准和标准化电泳数据的系统和方法
CN110794025A (zh) * 2018-08-03 2020-02-14 株式会社岛津制作所 电泳分离数据解析装置及方法、存储介质
CN111380941A (zh) * 2018-12-27 2020-07-07 株式会社岛津制作所 电泳分离数据的解析装置
CN111684565A (zh) * 2018-02-05 2020-09-18 株式会社岛津制作所 质谱分析装置以及质谱分析装置的质量校正方法

Family Cites Families (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP4211463B2 (ja) * 2003-02-25 2009-01-21 武英 松田 画像からの濃度定量法
US10564121B2 (en) * 2015-11-26 2020-02-18 Vladislav Dolnik Device and method for separation and analysis of trace and ultra-trace ionogenic compounds by isotachophoresis and zone electrophoresis on chip
US20200080965A1 (en) * 2017-03-10 2020-03-12 Shimadzu Corporation Electrophoretic analysis method, electrophoretic analysis device, and electrophoretic analysis program
JP7239496B2 (ja) * 2017-06-27 2023-03-14 アジレント・テクノロジーズ・インク パルスフィールド多重化キャピラリ電気泳動システム

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2008101960A (ja) * 2006-10-18 2008-05-01 Hitachi High-Technologies Corp 表示制御装置、表示制御方法、および、表示制御プログラム
CN101494725A (zh) * 2008-01-24 2009-07-29 松下电器产业株式会社 图像处理装置
CN107850567A (zh) * 2015-07-01 2018-03-27 株式会社岛津制作所 数据处理装置
CN109475795A (zh) * 2016-05-13 2019-03-15 普若泽米有限公司 用于自动对准、校准和标准化电泳数据的系统和方法
CN108804282A (zh) * 2017-04-28 2018-11-13 横河电机株式会社 显示装置、显示方法和存储介质
CN111684565A (zh) * 2018-02-05 2020-09-18 株式会社岛津制作所 质谱分析装置以及质谱分析装置的质量校正方法
CN110794025A (zh) * 2018-08-03 2020-02-14 株式会社岛津制作所 电泳分离数据解析装置及方法、存储介质
CN111380941A (zh) * 2018-12-27 2020-07-07 株式会社岛津制作所 电泳分离数据的解析装置

Also Published As

Publication number Publication date
JP2022094509A (ja) 2022-06-27
US20220187241A1 (en) 2022-06-16
CN114636748B (zh) 2023-11-24
JP7472771B2 (ja) 2024-04-23
US12106475B2 (en) 2024-10-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Fields et al. gm: a practical tool for automating DNA sequence analysis
JP5624881B2 (ja) 位置特有のマルチパラメータデータセットを分析し比較するグラフィックユーザインターフェイス
Clewley et al. Megalign: The multiple alignment module of LASERGENE
US11626274B2 (en) Interactive analysis of mass spectrometry data including peak selection and dynamic labeling
CN104903899A (zh) 用于数字pcr数据的视像工具
Yakovlev et al. An approach for image annotation automatization for artificial intelligence models learning
Parker et al. Open software platform for automated analysis of paper-based microfluidic devices
Faltusová et al. Ilaps–python software for data reduction and imaging with LA-ICP-MS
JPWO2010084921A1 (ja) 分析システム、分析装置、容器、分析方法、プログラムおよび記録媒体
CN110794025B (zh) 电泳分离数据解析装置及方法、存储介质
CN113793644B (zh) 一种dna检测数据的质量评估方法
CN116936066A (zh) 样本分析系统及信息编辑方法
CN114636748A (zh) 电泳分析数据处理装置以及记录介质
Semeraro et al. PyPore: a python toolbox for nanopore sequencing data handling
Yuan et al. Automation in new frontiers of bioanalysis: a key for quality and efficiency
JP5092971B2 (ja) 機器分析データ処理装置
König Differential vs. comparative gel electrophoresis: New technology drives standardisation and quantification in protein two-dimensional gel electrophoresis
CN116805299A (zh) 电泳分析数据处理装置和非暂时性记录介质
Brazdilova et al. TraceTrack, an open-source software for batch processing, alignment and visualization of sanger sequencing chromatograms
US20220236218A1 (en) Display process method and data analysis apparatus
US20220164399A1 (en) Locating method and device, and storage medium
JP2006071571A (ja) アレイ製造方法
JP2024039273A (ja) 解析装置および表示方法
US20230229054A1 (en) Electrophoresis system, electrophoresis apparatus, and electrophoresis analysis method
Palagi et al. Image Analysis and Quantitation

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant