CN114300046A - 宏病毒组新病毒鉴定方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种宏病毒组新病毒鉴定方法，本发明涉及基因检测域。该宏病毒组新病毒鉴定方法，通过DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA提取，使其满足宏基因组测序要求；连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的DNA连接接头序列获得连接产物；文库制备、用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库、上机测序；能够无需通过微生物的分离纯化培养，就能够更加深入地对群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等方面进行研究，同时通过多组对比参数数据，提升了鉴定、研究效果。
Description
技术领域
本发明涉及基因检测域，具体为一种宏病毒组新病毒鉴定方法。
背景技术
宏基因组、也称微生物环境基因组MicrobialEnvironmentalGenome、或元基因组，是由Handelsman等在1998年提出的新名词，其定义为“thegenomesof the totalmicrobiota found in nature”，即环境中全部微小生物遗传物质的总和，它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和，宏病毒组是在宏基因组理论的基础上，结合病毒的概念和技术兴起的新的学科分支。宏病毒组以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象，用于鉴定环境中的病毒组成、发现新病毒、病毒溯源等。
而获得宏病毒组DNA，是对准确鉴定、分析环境中病毒群落组成等研究的必要条件，而在进行DNA提取的过程中，由于其内部的杂质以及提取方法会影响生物细胞的有效裂解，易导致测序结果出现偏差，且需要得到多种实验数据、对比参数需要进行的提取较为繁琐，使得对比参数较为单一，影响鉴定效果以及准确性。
发明内容
针对现有技术的不足，本发明提供了一种宏病毒组新病毒鉴定方法，解决了对比参数数据单一，研究便捷性较差的问题。
为实现以上目的，本发明通过以下技术方案予以实现：一种宏病毒组新病毒鉴定方法具体包含以下步骤：
S1、DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA 提取，使其满足宏基因组测序要求；
S2、连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的 DNA连接接头序列获得连接产物；
S3、文库制备：用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库；
S4、上机测序：将DNA文库先经过qubit测定DNA浓度、qPCR测定DNA 文库摩尔浓度、Bioanalyzer分析DNA分子片段大小等检测后，确定DNA库准确的分子摩尔量，按照DNA分子摩尔比例分配每个样本的上机测序数据。
优选的，所述S2中连接接头序列，对纯化后的待测基因组的DNA内加入适量助沉剂，得到待片段化的样本，而后通过对其片段化得到DNA片段。
优选的，将得到的所述DNA片段置于超声清洗设备中，通过超声清洗设备对其进行DNA破碎至片段大小500bp。
优选的，将得到的所述DNA片段进行离心过滤，环境温度为0℃-4℃，过滤孔径为0.15μm-0.2μm。
优选的，所述S2中连接接头序列，将连接后的DNA产物进行稀释，而后进行电泳，然后对电泳完毕的样本进行染色成像。
优选的，所述样本电泳的条件为120V，电泳时间为120min。
优选的，所述S3中文库制备，通过微流控芯片对DNA文库插入片段的大小进行检测，同时对DNA文库的产量进行检测。
优选的，将S4中所述测序数据进行优化，并将优化后的所述测序数据的分别与基因参考数据库、病毒参考数据库进行序列对比，得到多组对比参数数据。
优选的，将所述对比参数数据进行SEM分析，通过分析数据对群落的基因信息、群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络进行研究。
有益效果
本发明提供了一种宏病毒组新病毒鉴定方法。与现有技术相比具备以下有益效果：该宏病毒组新病毒鉴定方法，通过S1、DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA提取，使其满足宏基因组测序要求，S2、连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的DNA连接接头序列获得连接产物，S3：文库制备、用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库，S4、上机测序：将DNA文库先经过qubit 测定DNA浓度、qPCR测定DNA文库摩尔浓度、Bioanalyzer分析DNA分子片段大小等检测后，确定DNA库准确的分子摩尔量，按照DNA分子摩尔比例分配每个样本的上机测序数据，能够无需通过微生物的分离纯化培养，就能够更加深入地对群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等方面进行研究，同时通过多组对比参数数据，提升了鉴定、研究效果。
附图说明
图1为本发明实验流程示意图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
请参阅图1，本发明提供一种技术方案：一种宏病毒组新病毒鉴定方法具体包含以下步骤：
S1、DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA 提取，使其满足宏基因组测序要求；
S2、连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的 DNA连接接头序列获得连接产物；
S3、文库制备：用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库；
S4、上机测序：将DNA文库先经过qubit测定DNA浓度、qPCR测定DNA 文库摩尔浓度、Bioanalyzer分析DNA分子片段大小等检测后，确定DNA库准确的分子摩尔量，按照DNA分子摩尔比例分配每个样本的上机测序数据。
本发明实施例中，所述S2中连接接头序列，对纯化后的待测基因组的DNA 内加入适量助沉剂，得到待片段化的样本，而后通过对其片段化得到DNA片段；
本发明实施例中，将得到的所述DNA片段置于超声清洗设备中，通过超声清洗设备对其进行DNA破碎至片段大小500bp；
本发明实施例中，将得到的所述DNA片段进行离心过滤，环境温度为0℃ -4℃，过滤孔径为0.15μm-0.2μm；
本发明实施例中，所述S2中连接接头序列，将连接后的DNA产物进行稀释，而后进行电泳，然后对电泳完毕的样本进行染色成像；
本发明实施例中，所述样本电泳的条件为120V，电泳时间为120min；
本发明实施例中，所述S3中文库制备，通过微流控芯片对DNA文库插入片段的大小进行检测，同时对DNA文库的产量进行检测；
本发明实施例中，将S4中所述测序数据进行优化，并将优化后的所述测序数据的分别与基因参考数据库、病毒参考数据库进行序列对比，得到多组对比参数数据；
本发明实施例中，将所述对比参数数据进行SEM分析，通过分析数据对群落的基因信息、群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络进行研究；
综上所述，通过DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA提取，使其满足宏基因组测序要求；连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的DNA连接接头序列获得连接产物；文库制备、用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库；上机测序：将DNA文库先经过qubit测定DNA浓度、qPCR测定DNA文库摩尔浓度、Bioanalyzer分析DNA分子片段大小等检测后，确定DNA库准确的分子摩尔量，按照DNA分子摩尔比例分配每个样本的上机测序数据，能够无需通过微生物的分离纯化培养，就能够更加深入地对群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等方面进行研究，同时通过多组对比参数数据，提升了鉴定、研究效果。
同时本说明书中未作详细描述的内容均属于本领域技术人员公知的现有技术。
需要说明的是，在本文中，诸如第一和第二等之类的关系术语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何这种实际的关系或者顺序。而且，术语“包括”、“包含”或者其任何其他变体意在涵盖非排他性的包含，从而使得包括一系列要素的过程、方法、物品或者设备不仅包括那些要素，而且还包括没有明确列出的其他要素，或者是还包括为这种过程、方法、物品或者设备所固有的要素。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。
Claims (9)
1.一种宏病毒组新病毒鉴定方法，具体包含以下步骤：
S1、DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA提取，使其满足宏基因组测序要求；
S2、连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的DNA连接接头序列获得连接产物；
S3、文库制备：用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库；
S4、上机测序：将DNA文库先经过qubit测定DNA浓度、qPCR测定DNA文库摩尔浓度、Bioanalyzer分析DNA分子片段大小等检测后，确定DNA库准确的分子摩尔量，按照DNA分子摩尔比例分配每个样本的上机测序数据。
2.根据权利要求1所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：所述S2中连接接头序列，对纯化后的待测基因组的DNA内加入适量助沉剂，得到待片段化的样本，而后通过对其片段化得到DNA片段。
3.根据权利要求2所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：将得到的所述DNA片段置于超声清洗设备中，通过超声清洗设备对其进行DNA破碎至片段大小500bp。
4.根据权利要求3所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：将得到的所述DNA片段进行离心过滤，环境温度为0℃-4℃，过滤孔径为0.15μm-0.2μm。
5.根据权利要求1所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：所述S2中连接接头序列，将连接后的DNA产物进行稀释，而后进行电泳，然后对电泳完毕的样本进行染色成像。
6.根据权利要求5所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：所述样本电泳的条件为120V，电泳时间为120min。
7.根据权利要求1所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：所述S3中文库制备，通过微流控芯片对DNA文库插入片段的大小进行检测，同时对DNA文库的产量进行检测。
8.根据权利要求1所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：将S4中所述测序数据进行优化，并将优化后的所述测序数据的分别与基因参考数据库、病毒参考数据库进行序列对比，得到多组对比参数数据。
9.根据权利要求8所述的一种宏病毒组新病毒鉴定方法，其特征在于：将所述对比参数数据进行SEM分析，通过分析数据对群落的基因信息、群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络进行研究。
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2021
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