CN114231639A - 一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积的方法及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积的方法及其应用,供了与猪眼肌面积相关的SNP标记及其应用,基于猪10.2版参考基因组,检测待测猪的4号染色体正义链第122,930,793位核苷酸的基因型是CC/CA/AA中的哪一种。CC基因型猪是该位点为碱基C的纯合子;AA基因型猪是该位点为碱基A的纯合子;CA基因型猪是该位点为碱基CA的杂合子。在三种基因型猪中,CC基因型猪眼肌面积显著大于CA型和AA型。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积的方法及其应用。
背景技术
眼肌面积是猪背部最长肌肉的横截面积,是现代猪遗传育种工作中衡量猪瘦肉率的重要指标。在生猪生产过程中,瘦肉率是一类非常重要的经济性状,该性状与猪眼肌面积的大小呈显著正相关,且直接影响猪肉在市场上的销售和价格。因此提高家猪瘦肉率和眼肌面积是猪遗传育种的重要工作内容。瘦肉率和眼肌面积均属于中高等遗传力的复杂性状。该类性状一般需要屠宰后进行测量,费时费力,且利用传统育种方法的改良速度较慢,准确度也比较低。更为重要的是,优秀种猪屠宰后无法继续利用,因而造成了严重的损失。随着测序技术的不断发展,猪基因组测序图谱、SNPs(单核苷酸多态性)标记图谱逐步完善,为猪基因组选择研究提供了大量可以参考的遗传标记。利用SNP芯片分型技术进行全基因组关联分析可以快速有效地挖掘出与猪眼肌面积大小相关的SNP位点,通过待测猪基因型的检测可对猪眼肌面积进行早期预测,节省生产成本并加速猪遗传育种改良工作。
发明内容
本发明的目的是提供一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积的方法及其应用。
本发明提供一种产品,所述产品为用于检测待测猪基因组中所述SNP标记M1GA0006480的多态性或基因型的的物质,所述SNP标记M1GA0006480为猪参考基因组Sscrofa10.2中4号染色体正义链第122,930,793位核苷酸,其为C或A。
其中,所述检测SNP标记M1GA0006480的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)或A4):
A1)用于扩增含有SNP标记M1GA0006480的DNA片段的成套引物;
A2)含有A1)的PCR试剂;
A3)含有A1)或A2)的试剂盒;
A4)用于检测SNP标记M1GA0006480的多态性或基因型的SNP芯片。
所述的产品在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积中的应用也应在本发明的保护范围之中。
所述的产品在猪育种中的应用也应在本发明的保护范围之中。
本发明提供一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积大小的方法,所述方法包括:检测待测猪基因组中SNP标记M1GA0006480的基因型,CA基因型与AA基因型的猪的猪眼肌面积小于CC基因型的猪的猪眼肌面积,AA基因型的猪的猪眼肌面积小于CA基因型的猪的猪眼肌面积;
其中,所述SNP标记M1GA0006480为猪参考基因组Sscrofa10.2中4号染色体正义链第122,930,793位核苷酸,其为C或A;
所述CC基因型为SNP标记M1GA0006480为C的纯合型;
所述CA基因型为SNP标记M1GA0006480为C和A的杂合型;
所述AA基因型为SNP标记M1GA0006480为A的纯合型。
所述的方法在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积中的应用也应在本发明的保护范围之中。
所述的方法在猪育种中的应用也应在本发明的保护范围之中。
本发明还提供一种猪的育种方法,所述方法包括:检测待测猪基因组中所述SNP标记M1GA0006480的基因型,选择纯合CC基因型的猪进行育种。
所述方法在猪育种中的应用也应在本发明的保护范围之中。
本发明提供了与猪眼肌面积相关的SNP标记及其应用,基于猪10.2版参考基因组,检测待测猪的4号染色体正义链第122,930,793位核苷酸的基因型是CC/CA/AA中的哪一种。CC基因型猪是该位点为碱基C的纯合子;AA基因型猪是该位点为碱基A的纯合子;CA基因型猪是该位点为碱基C和A的杂合子。在三种基因型猪中,CC基因型猪眼肌面积显著大于CA型和AA型。
附图说明
图1为实施例2中不同基因型与猪眼肌面积关联分析结果。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南,并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
下述实施例中的杜洛克猪、长白猪和大白猪,河北美神原种猪场;共1,143个个体,分别为大白母猪576头、大白公猪2头、长白母猪357头、长白公猪14头、杜洛克母猪173头、杜洛克公猪21头。
下述实施例中的猪10.2版参考基因组均是指GenBank中更新日为2011年09月07日的猪参考基因组序列。
实施例:猪M1GA0006480位点多态性的确定
发明人发现了与猪眼肌面积显著相关的SNP标记M1GA0006480,SNP标记M1GA0006480是猪基因组的一个SNP位点,SNP标记M1GA0006480位于猪10.2版参考基因组的4号染色体正义链第122,930,793位的核苷酸,其为C或A,对应于序列表中序列1的第100位核苷酸,序列表序列1中m为c或a。
所述SNP标记M1GA0006480的基因型是CC(简称为CC基因型)、AA(简称为AA基因型)或CA(简称为CA基因型)。其中,所述CC基因型是猪基因组中所述SNP标记M1GA0006480为C的纯合型,AA基因型是猪基因组中所述SNP标记M1GA0006480为A的纯合型,CA基因型是猪基因组中所述SNP标记M1GA0006480为C和A的杂合型。CC基因型猪眼肌面积显著大于CA基因型猪眼肌面积显著大于AA基因型猪眼肌面积。
M1GA0006480位于猪4号染色体上,与猪的眼肌面积(LoinEyesArea,LEA)性状显著相关。
SNP标记M1GA0006480与猪的眼肌面积的关联性
1.实验材料:
三个不同品种1,143头来自河北美神原种猪场的猪进行SNP标记M1GA0006480与猪的眼肌面积的关联性试验。其中,1,143头猪中包括:大白母猪576头、大白公猪2头、长白母猪357头、长白公猪14头、杜洛克母猪173头、杜洛克公猪21头。
2.眼肌面积测定:
分别测定1,143头猪的眼肌面积,并按照下述方法进行校正,将结果记录在表1中。
眼肌面积表型测定方法如下:待测目标猪群在体重85-105kg范围内,称重前禁食12小时再进行测定,记录测定日龄和测定的体重和眼肌面积。利用河北省地方标准(DB13/T2065-2014)文件《种猪场场内生产性能测定技术规程》的遗传评估性状测定规程对采集的数据进行表型数据校正:
在测定体重时,同时测定活体眼肌面积。采用B超扫描测定倒数第1-2肋骨间背最长肌的横断面面积,以平方厘米(cm2)为单位。最后按如下校正公式转换成达100kg体重的活体眼肌面积:
校正眼肌面积(cm2)=实际眼肌面积(cm2)+{[100-实际体重(kg)]×实际眼肌面积(cm2)}/[实际体重(kg)+70]
3.SNP的检测:
1)基因组DNA提取:对目标猪群中每一头猪的猪耳朵组织样进行采集,置于PBS缓冲液,低温保存。采用北京百泰克生物技术有限公司的DP1902型号细胞/组织基因组DNA提取试剂盒,得到每一头猪的DNA。
2)基因分型:取待测猪基因组DNA,采用Neogen公司的Neogen_POR80K芯片检测每个个体的基因型,并将其中的部分数据(1,143头猪中的60头)记录在表1中。
表1,1143头(部分数据)测试猪的基因型与眼肌面积数据统计
进一步统计位点M1GA0006480C/A基因型在1143头测试猪群体中的分布,结果如表2所示。
表2.位点M1GA0006480C/A基因型在1143头测试猪群体中的分布
4.眼肌面积全基因组关联分析:
在猪群内对猪眼肌面积进行全基因组关联分析。采用R语言GAPIT软件包(http://www.zzlab.net/GAPIT/,记载在文献GAPIT Version 2:An Enhanced Integrated Toolfor Genomic Association and Prediction.The Plant Genome 2016,9(2)1-9.中),基于压缩混合线性模型进行分析。
(1)统计分析模型:
Y=Xβ+Zu+e
其中Y是观察到的表型的值;β是含有固定效应的未知值,包括遗传标记,种群结构(Q矩阵)和截距;u是来自个体或者系的多个背景QTL的随机加性遗传效应的未知值;X和Z是已知的设计矩阵;e是未观察到的残差向量。
结果表明SNP位点M1GA0006480(C/A;Chr4:122,930,793)不同基因型与猪眼肌面积均存在显著相关性。
采用R语言内置函数kruskal.test进行统计分析,对1143头待测猪群的基因型和眼肌面积性状进行单因素方差统计分析,P-value<0.05表明差异显著。结果见图1和表3。
表3 1143头待测猪群的眼肌面积与不同基因型关联结果
从表3可以看出,三种基因型的猪眼肌面积存在显著差异。CC基因型猪眼肌面积显著高于AA和CA基因型个体,而CA基因型猪眼肌面积显著高于AA基因型。
M1GA0006480位点在4号染色体上122.93Mb处,该SNP位点位于前人定位的QTL区间处,主要与平均日增重、平均背膘厚、饲料转化率、大理石花纹、中背脂肪、体重(46天)和肌内脂肪含量等性状相关,表明SNP位点M1GA0006480对猪生长和产肉性状的影响较大,符合本发明预期结果。因此,M1GA0006480位点可以作为猪眼肌面积的遗传标记,应用于眼肌面积性状的分子标记辅助选择,提高猪瘦肉率的选育准确性。
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说,在不脱离本发明的宗旨和范围,以及无需进行不必要的实验情况下,可在等同参数、浓度和条件下,在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例,应该理解为,可以对本发明作进一步的改进。总之,按本发明的原理,本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进,包括脱离了本申请中已公开范围,而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围,可以进行一些基本特征的应用。
序列表
<110> 中国农业科学院农业基因组研究所
<120> 一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积的方法及其应用
<160> 1
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 201
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ctccctctcc taaccaggga gcaagggctt tgtttccttg ccttcgtgag tgctgcagga 60
tcgagagcaa agcctttcag gaatcaccga ttctcccggm ccttcgtaag acctaaatta 120
ctaaagagat gatgcgaggt gtgcttgggg gtagaaggga gaagaatcaa ccaactgggc 180
caaaccaaca gaggaaggag g 201
Claims (9)
1.一种产品,所述产品为用于检测待测猪基因组中SNP标记M1GA0006480的多态性或基因型的的物质,所述SNP标记M1GA0006480为猪参考基因组Sscrofa 10.2中4号染色体正义链第122,930,793位核苷酸,其为C或A。
2.根据权利要求1所述的产品,其特征在于,所述检测SNP标记M1GA0006480的多态性或基因型的物质如下A1)或A2)或A3)或A4):
A1)用于扩增含有SNP标记M1GA0006480的DNA片段的成套引物;
A2)含有A1)的PCR试剂;
A3)含有A1)或A2)的试剂盒;
A4)用于检测SNP标记M1GA0006480的多态性或基因型的SNP芯片。
3.权利要求1或2所述的产品在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积中的应用。
4.权利要求1或2所述的产品在猪育种中的应用。
5.一种鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积大小的方法,其特征在于,所述方法包括:检测待测猪基因组中SNP标记M1GA0006480的基因型,CA基因型与AA基因型的猪的猪眼肌面积小于CC基因型的猪的猪眼肌面积,AA基因型的猪的猪眼肌面积小于CA基因型的猪的猪眼肌面积;
其中,所述SNP标记M1GA0006480为猪参考基因组Sscrofa 10.2中4号染色体正义链第122,930,793位核苷酸,其为C或A;
所述CC基因型为SNP标记M1GA0006480为C的纯合型;
所述CA基因型为SNP标记M1GA0006480为C和A的杂合型;
所述AA基因型为SNP标记M1GA0006480为A的纯合型。
6.权利要求5所述的方法在鉴定或辅助鉴定猪眼肌面积中的应用。
7.权利要求5所述的方法在猪育种中的应用。
8.一种猪的育种方法,其特征在于,所述方法包括:检测待测猪基因组中权利要求1-7中任一所述SNP标记M1GA0006480的基因型,选择纯合CC基因型的猪进行育种。
9.权利要求8所述方法在猪育种中的应用。
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CN114574598A (zh) * | 2022-04-02 | 2022-06-03 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 鉴定或辅助鉴定猪5/6肋眼肌面积的方法 |
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