CN114040764A - 细胞周期素依赖性激酶2生物标记物及其用途 - Google Patents

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Abstract

提供了预测和/或指示受试者对细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)抑制剂的反应性的生物标记物。本文所述的生物标记物、组合物和方法可用于为患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的受试者选择适当的治疗方式以及用于监测治疗。

Description

细胞周期素依赖性激酶2生物标记物及其用途
相关申请
本申请要求2019年2月15日提交的美国临时申请号62/806,265的权益，所述临时申请以引用方式整体并入本文。
序列表
本申请含有序列表，所述序列表已以ASCII格式电子版形式提交并特此以引用方式整体并入。所述ASCII副本于2020年1月23日创建，名为20443-0588WO1_SL.txt且大小为15,865字节。
技术领域
本发明总体上涉及生物标记物和癌症。
背景技术
细胞周期素依赖性激酶(“CDK”)是丝氨酸/苏氨酸激酶家族。CDK通过与称为细胞周期素的调节性亚基异二聚体化，被完全激活，并且是细胞周期和细胞分裂的驱动力。不受控制的增殖是癌细胞的标志，并且CDK功能的误调在许多肿瘤中高频发生。CDK2和CDK4受到特别关注，因为它们的活性在多种人类癌症中经常失调。因而，CDK被认为是用于设计和开发可特异性结合和抑制癌细胞中CDK活性的化合物的有吸引力的靶标，并因此可充当治疗剂。已开发出强效且高选择性的CDK4/6抑制剂帕博西尼(palbociclib)、阿贝西尼(abemaciclib)和瑞博西尼(ribociclib)并获得美国食品药品监督管理局(“FDA”)的许可，用于治疗ER+晚期乳腺肿瘤。尽管付出了巨大努力，但迄今为止还没有FDA许可的靶向CDK2的剂。缺乏可靠地报告CDK2酶促和/或致癌活性的生物标记物已阻碍了用于先导发现和优化的有效靶标相关测定的开发。明确需要鉴定CDK2介导的肿瘤发生的生物标记物，以便为CDK2靶向抗癌疗法的开发和评估提供快速且有效的手段。
发明内容
本发明至少部分基于以下发现：细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A(“CDKN2A”；也称为“p16”)的功能状态是用于预测在适用于患者分层的G1/S特异性细胞周期素-E1(“CCNE1”)扩增的细胞中对CDK2靶向疗法的敏感性的生物标记物。此外，本发明至少部分基于以下发现：在CCNE1扩增的细胞系中，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的人视网膜母细胞瘤相关蛋白(“Rb”)磷酸化水平是对于CDK2活性的药效标记物，并且适用于在细胞测定或临床前和临床应用中测量CDK2酶活性，诸如例如，监测用CDK2抑制剂治疗的进展或对所述治疗的反应性。
本公开提供了一种治疗患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者的方法，其包括向人受试者施用CDK2抑制剂，其中先前已确定人受试者：i)(a)具有编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列，(b)具有缺乏一个或多个失活性(inactivating)核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因，和/或(c)表达p16蛋白，并且(ii)(a)具有CCNE1基因的扩增和/或(b)在获自人受试者的生物样品中具有高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平。在一些实施方案中，受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，先前已确定人受试者：(i)(a)具有编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列和/或(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因，并且(ii)在获自人受试者的生物样品中具有CCNE1基因的扩增。在一些实施方案中，CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的蛋白质。在一些实施方案中，将第二治疗剂与CDK2抑制剂组合施用于人受试者。在一些实施方案中，第二治疗剂是BCL2抑制剂或CDK4/6抑制剂。
本公开还提供了一种治疗患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者的方法，其包括：(i)在获自人受试者的生物样品中鉴定：(a)编码包含SEQIDNO:1的氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代的CDKN2A基因，和/或(c)p16蛋白的存在；(ii)在获自人受试者的生物样品中鉴定：(a)CCNE1基因的扩增和/或(b)高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平；和(iii)向人受试者施用CDK2抑制剂。在一些实施方案中，受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，方法包括：(i)在获自人受试者的生物样品中鉴定：(a)编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因，和/或(c)p16蛋白的存在；(ii)在获自人受试者的生物样品中鉴定：(a)CCNE1基因的扩增；和(iii)向人受试者施用CDK2抑制剂。在一些实施方案中，CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列的蛋白质。在一些实施方案中，将第二治疗剂与CDK2抑制剂组合施用于人受试者。在一些实施方案中，第二治疗剂是BCL2抑制剂或CDK4/6抑制剂。
本公开还提供了一种预测患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法，其包括：(i)从获自人受试者的生物样品确定：(a)CDKN2A基因的核苷酸序列，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和/或(c)p16蛋白的存在；并且(ii)从获自人受试者的生物样品确定：(a)CCNE1基因的拷贝数和/或(b)CCNE1的表达水平，其中(1)(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和/或(c)p16蛋白的存在，和(2)(a)CCNE1基因的扩增和/或(b)高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，预测人受试者将对CDK2抑制剂作出反应。在一些实施方案中，受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，方法包括：(i)从获自人受试者的生物样品确定：(a)CDKN2A基因的核苷酸序列和/或(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在；并且(ii)从获自人受试者的生物样品确定：(a)CCNE1基因的拷贝数，其中(1)(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在和/或(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和(2)(a)CCNE1基因的扩增，预测人受试者将对CDK2抑制剂作出反应。
在前述方法的一些实施方案中，CCNE1基因的扩增包含至少3的基因拷贝数。在前述方法的一些实施方案中，CCNE1基因的扩增包含至少5的基因拷贝数。在前述方法的一些实施方案中，CCNE1基因的扩增包含至少21的基因拷贝数。
在前述方法的一些实施方案中，CCNE1的对照表达水平是预先建立的截止值。在前述方法的一些实施方案中，CCNE1的对照表达水平是获自一个或多个对用CDK2抑制剂治疗没有作出反应的受试者的一个样品或多个样品中的CCNE1表达水平。
在前述方法的一些实施方案中，CCNE1的表达水平是CCNE1mRNA的表达水平。在前述方法的一些实施方案中，CCNE1的表达水平是CCNE1蛋白的表达水平。在CCNE1的表达水平是CCNE1mRNA的表达水平的一些实施方案中，通过RNA测序、定量聚合酶链反应(PCR)、原位杂交、核酸阵列或RNA测序来测量CCNE1的表达水平。在CCNE1的表达水平是CCNE1蛋白的表达水平的一些实施方案中，通过蛋白质印迹、酶联免疫吸附测定或免疫组织化学染色来测量CCNE1的表达水平。
本公开还提供了一种用于评估CDKN2A基因和CCNE1基因的方法，其包括从获自患有与CDK2相关的疾病或病症的人受试者的一个生物样品或多个生物样品确定(i)(a)CDKN2A基因的核苷酸序列或(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和(ii)CCNE1基因的拷贝数。
本公开还提供了一种评估患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法，其包括：(a)向人受试者施用CDK2抑制剂，其中先前已确定人受试者具有CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平；(b)在步骤(a)的施用之后在获自受试者的生物样品中测量对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的视网膜母细胞瘤(Rb)蛋白磷酸化水平，其中与对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低，指示人受试者对CDK2抑制剂作出反应。在一些实施方案中，受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在一些实施方案中，生物样品包括血液样品或肿瘤活检样品。
本公开还提供了一种用于测量样品中蛋白质的量的方法，其包括：(a)提供获自患有与CDK2相关的疾病或病症的人受试者的生物样品；和(b)测量生物样品中对应于SEQ IDNO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb蛋白磷酸化水平。在一些实施方案中，生物样品包括血液样品或肿瘤活检样品。
在前述方法的一些实施方案中，CDK2抑制剂是下文所述的化合物或其药学上可接受的盐。
在前述方法的一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是癌症。
附图和下面的具体实施方式中阐述了本发明的一个或多个实施方案的详情。根据具体实施方式和附图以及权利要求书，将明白本发明的其他特征、目标和优点。
附图说明
图1A-图1B：卵巢和子宫内膜细胞系的表征。图1A：用于研究的细胞系包括四个具有CCNE1扩增的细胞系和三个没有CCNE1扩增的细胞系。指定了CCNE1扩增拷贝数。图1B：在指定的细胞系中通过蛋白质印迹测定了CCNE1的表达。此印迹显示出与按拷贝数计具有基因的拷贝数中性或功能丧失的细胞系(CN≤2)相比，具有CCNE1功能获得的细胞系(CN>2)表达更高水平的CCNE1蛋白。将GAPDH作为上样对照进行检测。Non-Amp，非扩增；Amp，扩增。
图2A-图2B：siRNA介导的CDK2敲减(knockdown)在CCNE1扩增的细胞系中抑制增殖。图2A：将CCNE1扩增的Fu-ov1(上)和KLE(下)细胞在用乱序(scrambled)siRNA(“对照(Ctl)”)或CDK2siRNA转染后72小时收获并进行细胞周期分析。通过FACS评估细胞周期阶段分布。示出的是三个独立实验的代表性图像。图2B：在用CDK2 siRNA转染后，通过蛋白质印迹分析确认了CDK2敲减。将GAPDH用作上样对照。
图3A-图3B：CDK2敲减在CCNE1 Non-Amp细胞系中不抑制增殖。图3A：将CCNE1非扩增的COV504和Igrov1细胞在用Ctl siRNA和CDK2 siRNA转染后72小时收获并进行细胞周期分析。通过FACS评估细胞周期阶段分布。示出的是三个独立实验的代表性图像。图3B:在用CDK2 siRNA转染后，通过蛋白质印迹分析确认了CDK2敲减。将GAPDH用作上样对照。
图4：由siRNA引起的CDK2敲减在CCNE1扩增的人癌细胞系中抑制增殖，但在CCNE1非扩增的人癌细胞系中不抑制增殖。相对于Ctl siRNA，在CDK2 siRNA转染后3天处于S期的细胞百分比。通过FACS评估细胞周期阶段分布。平均值代表四个CCNE1 Amp细胞系和三个Non-Amp细胞系中的三个独立实验。
图5：帕博西尼治疗诱导CCNE1非扩增细胞系中增殖的剂量依赖性抑制，但不诱导扩增细胞系中增殖的剂量依赖性抑制。在帕博西尼处理16小时后，CCNE1非扩增细胞系COV504(上)和CCNE1扩增OVCAR3细胞(下)的细胞周期分析。通过FACS评估细胞周期阶段分布。
图6：帕博西尼治疗选择性地抑制CCNE1非扩增癌细胞系中的增殖。相对于DMSO，使用指定剂量的帕博西尼16小时后处于S期的细胞百分比。
图7A-图7B：由siRNA引起的CDK2敲减阻断CCNE1扩增卵巢细胞中S780处的RB磷酸化，但没有阻断非扩增卵巢细胞中S780处的RB磷酸化。图7A：将四种CCNE1 Amp细胞系，COV318、Fu-OV1、OVCAR3和KLE细胞，用CDK2 siRNA转染72小时。图7B：将三个CCNE1 Non-Amp细胞系COV504、OV56和Igrov1，用CDK2 siRNA转染72小时。从CDK2 siRNA或Ctl siRNA转染的细胞中提取总蛋白质并进行蛋白质印迹。将GAPDH用作上样对照。
图8A-图8B：帕博西尼阻断CCNE1非扩增卵巢细胞中S780处的RB磷酸化，但没有阻断扩增卵巢细胞中S780处的RB磷酸化。图8A：将CCNE1 Amp OVCAR3和COV318细胞在所指定的不同浓度的帕博西尼下处理1小时或15小时。图8B：CCNE1 Non-Amp COV504和OV56在所指定的不同浓度的帕博西尼下处理1小时或15小时。从这些帕博西尼或DMSO(对照)处理的细胞中提取总蛋白质并进行蛋白质印迹。p-RB，磷酸化视网膜母细胞瘤蛋白。将GAPDH用作上样对照。
图9A-图9B：由dTAG引起的CDK2降解减少了S780处的RB磷酸化。图9A：dTAG的化学结构。图9B：由CDK2-dTAG处理14小时引起的CDK2-FKBP12(F36V)降解抑制了CDK2敲除OVCAR3(右，Cas9+，CDK2-FKBP12(F36V)–HA+，CDK2-gRNA)细胞中S780处的RB磷酸化，但在具有内源性CDK2的OVCAR3细胞(左，Cas9+，CDK2-FKBP12(F36V)–HA+，Ctl-gRNA)中不抑制。
图10A-图10B：用于鉴定CDK2抑制剂的p-RB S780 HTRF细胞测定。图10A：CDK2生化激酶活性测定中的IC50。图10B：在p-RB S780 HTRF细胞测定中测试的参考化合物的浓度反应分析。HTRF，均相时间分辨荧光。来自HTRF细胞测定的IC50与在CDK2酶法测定中的IC50相关。
图11：CCLE数据集的生物信息学分析显示CCNE1扩增细胞中对CDK2抑制的敏感性依赖于功能性p16。图11示出了CDK2敏感细胞系对不敏感细胞系中p16的状态。CCLE：BroadInstitute Cancer Cell Line Encyclopedia(参见Barretina，下文)。
图12A-图12B：具有功能失调p16的CCNE1扩增细胞对CDK2抑制没有作出反应。图12A：具有CCNE1 Amp的三种胃细胞系中的p16蛋白质印迹分析。图12B：相对于Ctl siRNA，CDK2 siRNA转染后3天S期细胞的百分比。通过FACS评估细胞周期阶段分布。
图13：由siRNA引起的p16敲减在CCNE1扩增细胞中消除了CDK2抑制诱导的细胞周期抑制。p16敲减和CDK2抑制剂处理后S期细胞的百分比，归一化为用Ctl siRNA和DMSO处理的细胞。将CCNE1扩增的COV318细胞用Ctl siRNA或p16 siRNA转染。转染后72小时，用100nMCDK2抑制剂化合物A处理细胞。处理后16小时收获细胞并进行细胞周期分析。
具体实施方式
本公开提供预测性标记物(例如生物标记物和药效标记物，例如基因拷贝数、基因序列、表达水平或磷酸化水平)以鉴定那些患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者，对于所述人受试者施用CDK2抑制剂可能是有效的。本公开还提供药效标记物(例如磷酸化水平)以鉴定那些对CDK2抑制剂作出反应的患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者。本公开还提供用于治疗患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症(例如癌症)的人受试者的方法，其包括向人受试者施用CDK2抑制剂。
与CDK2相关的疾病和病症
与CDK2相关的疾病或病症是其中潜在的病理完全或部分由CDK2介导的那些疾病或病症。此类疾病包括癌症和其他具有增殖病症的疾病。在某些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是可用CDK2抑制剂治疗的那些疾病或病症。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是包含激活CDK2激酶活性的畸变的癌性肿瘤。这包括但不限于特征如下的癌症：CCNE1的扩增或过表达，诸如卵巢癌、子宫癌肉瘤和乳腺癌，以及p27失活，诸如乳腺癌和黑色素瘤。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是N-myc扩增的神经母细胞瘤(参见Molenaar等人,Proc Natl Acad Sci USA 106(31):12968-12973)、K-Ras突变肺癌(参见Hu,S.等人,Mol Cancer Ther,2015.14(11):第2576-85页)，或具有FBW7突变和CCNE1过表达的癌症(参见Takada等人,Cancer Res,2017.77(18):第4881-4893页)。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是肺鳞状细胞癌、肺腺癌、胰腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌、胃腺癌、食管癌、膀胱尿路上皮癌、间皮瘤或肉瘤。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是肺腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌或胃腺癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是腺癌、癌或囊腺癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是子宫癌、卵巢癌、胃癌、食管癌、肺癌、膀胱癌、胰腺癌或乳腺癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是癌症。
在一些实施方案中，癌症的特征为CCNE1的扩增或过表达。在一些实施方案中，癌症是卵巢癌或乳腺癌，特征为CCNE1的扩增或过表达。
在一些实施方案中，乳腺癌是化疗或放疗抗性乳腺癌、内分泌抗性乳腺癌、曲妥珠单抗(trastuzumab)抗性乳腺癌或展示对CDK4/6抑制的原发性或获得性抗性的乳腺癌。在一些实施方案中，乳腺癌是晚期或转移性乳腺癌。
可使用本公开的方法用CDK2抑制剂治疗的癌症的实例包括但不限于，骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头颈癌、皮肤或眼内恶性黑色素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌(carcinoma of the endometrium)、子宫内膜癌(endometrial cancer)、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金病(Hodgkin's Disease)、非霍奇金淋巴瘤、食管癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病(包括急性髓系白血病、慢性髓系白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病)、儿童实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾癌或尿道癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊髓轴肿瘤、脑干胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西肉瘤(Kaposi's sarcoma)、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症(包括由石棉诱导的癌症)、默克尔细胞癌(Merkel cellcarcinoma)和所述癌症的组合。本公开的方法还可用于治疗转移性癌症，尤其是表达PD-Ll的转移性癌症。
在一些实施方案中，使用本公开的方法可用CDK2抑制剂治疗的癌症包括黑色素瘤(例如转移性恶性黑色素瘤、BRAF和HSP90抑制抗性黑色素瘤)、肾癌(例如透明细胞癌)、前列腺癌(例如激素难治性前列腺腺癌)、乳腺癌、结肠癌、肺癌(例如非小细胞肺癌和小细胞肺癌)、鳞状细胞头颈癌、尿路上皮癌(例如膀胱)和具有高微卫星不稳定性的癌症(MSIhigh)。另外，本公开包括使用本公开的化合物可抑制其生长的难治性或复发性恶性肿瘤。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法用CDK2抑制剂治疗的癌症包括但不限于实体瘤(例如前列腺癌、结肠癌、食管癌、子宫内膜癌、卵巢癌、子宫癌、肾癌、肝癌、胰腺癌、胃癌、乳腺癌、肺癌、头颈癌、甲状腺癌、胶质母细胞瘤、肉瘤、膀胱癌等)、血液癌症(例如淋巴瘤、白血病诸如急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性髓细胞白血病(CML)、DLBCL、套细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(包括复发性或难治性NHL和复发性滤泡性淋巴瘤)、霍奇金淋巴瘤或多发性骨髓瘤)和所述癌症的组合。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法用CDK2抑制剂治疗的癌症包括但不限于胆管癌(cholangiocarcinoma)、胆管癌(bile duct cancer)、三阴性乳腺癌、横纹肌肉瘤、小细胞肺癌、平滑肌肉瘤、肝细胞癌、尤文氏肉瘤(Ewing’s sarcoma)、脑癌、脑肿瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、神经纤维瘤、基底细胞癌、软骨肉瘤、上皮样肉瘤、眼癌、输卵管癌(Fallopian tube cancer)、胃肠道癌、胃肠道间质瘤、毛细胞白血病、肠癌、胰岛细胞癌、口腔癌(oral cancer)、口腔癌(mouth cancer)、喉癌(throat cancer)、喉癌(laryngealcancer)、唇癌、间皮瘤、颈部癌、鼻腔癌、眼癌、眼黑色素瘤、盆腔癌、直肠癌、肾细胞癌、唾液腺癌、鼻窦癌、脊髓癌、舌癌、肾小管癌、尿道癌和输尿管癌。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法用CDK2抑制剂治疗的疾病和适应症包括但不限于血液癌症、肉瘤、肺癌、胃肠道癌、泌尿生殖道癌、肝癌、骨癌、神经系统癌症、妇科癌症和皮肤癌。
示例性的血液癌症包括淋巴瘤和白血病，诸如急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、急性早幼粒细胞白血病(APL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性髓细胞白血病(CML)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、套细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(包括复发性或难治性NHL和复发性滤泡性淋巴瘤)、霍奇金淋巴瘤、骨髓增殖性疾病(例如原发性骨髓纤维化(PMF)、真性红细胞增多症(PV)和原发性血小板增多症(ET))、骨髓增生异常综合征(MDS)、T细胞急性淋巴细胞性淋巴瘤(T-ALL)和多发性骨髓瘤(MM)。
示例性肉瘤包括软骨肉瘤、尤文氏肉瘤、骨肉瘤、横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma)、血管肉瘤、纤维肉瘤、脂肪肉瘤、粘液瘤、横纹肌瘤(rhabdomyoma)、横纹肉瘤(rhabdosarcoma)、纤维瘤、脂肪瘤、错构瘤和畸胎瘤。
示例性肺癌包括非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、支气管癌、鳞状细胞、未分化小细胞、未分化大细胞、腺癌、肺泡(细支气管)癌、支气管腺瘤、软骨瘤性错构瘤和间皮瘤。
示例性胃肠癌包括食管癌(鳞状细胞癌、腺癌、平滑肌肉瘤、淋巴瘤)、胃癌(癌、淋巴瘤、平滑肌肉瘤)、胰腺癌(导管腺癌、胰岛素瘤、胰高血糖素瘤、胃泌素瘤、类癌肿瘤、血管活性肠肽瘤(vipoma))、小肠癌(腺癌、淋巴瘤、类癌肿瘤、卡波西肉瘤、平滑肌瘤、血管瘤、脂肪瘤、神经纤维瘤、纤维瘤)、大肠癌(腺癌、管状腺瘤、绒毛状腺瘤、错构瘤、平滑肌瘤)和结直肠癌。
示例性泌尿生殖道癌包括肾癌(腺癌、维尔姆斯瘤(Wilm's tumor)[肾母细胞瘤])、膀胱癌和尿道癌(鳞状细胞癌、移行细胞癌、腺癌)、前列腺癌(腺癌、肉瘤)和睾丸癌(精原细胞瘤、畸胎瘤、胚胎癌、畸胎癌、绒毛膜癌、肉瘤、间质细胞癌、纤维瘤、纤维腺瘤、腺瘤样肿瘤、脂肪瘤)。
示例性肝癌包括肝细胞癌(hepatoma)(肝细胞癌(hepatocellular carcinoma))、胆管癌、肝母细胞瘤、血管肉瘤、肝细胞腺瘤和血管瘤。
示例性的骨癌包括，例如，成骨肉瘤(骨肉瘤)、纤维肉瘤、恶性纤维组织细胞瘤、软骨肉瘤、尤文氏肉瘤、恶性淋巴瘤(网状细胞肉瘤)、多发性骨髓瘤、恶性巨细胞瘤脊索瘤、骨软骨瘤(骨软骨性外生骨疣)、良性软骨瘤、软骨母细胞瘤、软骨粘液纤维瘤、骨样骨瘤和巨细胞瘤。
示例性的神经系统癌症包括颅骨癌(骨瘤、血管瘤、肉芽肿、黄瘤、畸形性骨炎)、脑膜癌(脑膜瘤、脑膜肉瘤、神经胶质瘤病)、脑癌(星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、神经胶质瘤、室管膜瘤、生殖细胞瘤(松果体瘤)、胶质母细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤、少突神经胶质瘤、神经鞘瘤、视网膜母细胞瘤、先天性肿瘤)和脊髓癌(神经纤维瘤、脑膜瘤、神经胶质瘤、肉瘤)，以及神经母细胞瘤和小脑发育不良性神经节细胞瘤(Lhermitte-Duclos disease)。
示例性的妇科癌症包括子宫癌(子宫内膜癌)、宫颈癌(宫颈癌、肿瘤前宫颈非典型增生)、卵巢癌(卵巢癌(浆液性囊腺癌、粘液性囊腺癌、未分类癌)、颗粒-鞘膜细胞瘤、塞莱二氏细胞瘤(Sertoli-Leydig cell tumor)、无性细胞瘤、恶性畸胎瘤)、外阴癌(鳞状细胞癌、上皮内癌、腺癌、纤维肉瘤、黑色素瘤)、阴道癌(透明细胞癌、鳞状细胞癌、葡萄状肉瘤(胚胎横纹肌肉瘤)和输卵管癌(癌)。
示例性皮肤癌包括黑色素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、鳞状细胞癌、卡波西肉瘤、发育不良痣(moles dysplastic nevi)、脂肪瘤、血管瘤、皮肤纤维瘤和瘢痕疙瘩。在一些实施方案中，可使用本公开的化合物治疗的疾病和适应症包括但不限于三阴性乳腺癌(TNBC)、骨髓增生异常综合征、睾丸癌、胆管癌、食管癌和尿路上皮癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是感染，例如病毒感染、细菌感染、真菌感染或寄生虫感染。
预测对CDK2抑制剂反应性的生物标记物和方法
本文提供了生物标记物，其可用于预测患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的受试者对CDK2抑制剂的反应性(如由例如疾病缓解/痊愈所证明的疾病状态的改善)。因此，本文提供了预测患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法。在某些实施方案中，本文所述的预测性方法预测受试者将以至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少95％，至少98％或100％的准确度对用CDK2抑制剂治疗作出反应。例如，在一些实施方案中，如果将本文所述的预测性方法应用于患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的10个受试者，并且基于本文所述的预测性方法预测这10个受试者中的8个对用CDK2抑制剂治疗作出反应，并且这8个受试者中有7个确实对用CDK2抑制剂治疗作出反应，则预测性方法的准确度为87.5％(7除以8)。如果受试者显示出如由例如症状的减少或减轻、疾病缓解/痊愈等所证明的疾病状态的任何改善，则受试者被认为对CDK2抑制剂作出反应。
CCNE1和p16
CCNE1和p16在实施例(Example)中已被鉴定为可用于预测患有与CDK2相关的疾病或病症的受试者对CDK2抑制剂的反应性(如由例如疾病缓解/痊愈所证明的疾病改善)的基因组合。
p16(也称为细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A、细胞周期素依赖性激酶4抑制剂A、多重肿瘤抑制因子1和p16-INK4a)通过与CDK4和CDK6相互作用充当正常细胞增殖的负调节因子。p16由细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A(“CDKN2A”)基因(GenBank登录号NM_000077)编码。CDKN2A基因的细胞遗传学位置(cytogenic location)是9p21.3，它是9号染色体第21.3位的短(p)臂。CDKN2A基因的分子位置是9号染色体上的碱基对21,967,752至21,995,043(Homo sapiens Annotation Release 109,GRCh38.p12)。编码p16的基因中的遗传异常和表观遗传异常被认为会导致逃避衰老和癌症形成(Okamoto等人,1994,PNAS 91(23):11045-9)。编码p16的基因中遗传异常的非限制性实例在下表1中有所描述。下面提供人p16的氨基酸序列(GenBank登录号NP_000068/UniProtKB登录号P42771)：
Figure BDA0003296244150000151
CCNE1是对于控制在G1/S过渡期的细胞周期必不可少的细胞周期因子(Ohtsubo等人,1995,Mol.Cell.Biol.15:2612-2624)。CCNE1充当CDK2的调节亚基，与CDK2相互作用以形成丝氨酸/苏氨酸激酶全酶复合物。此全酶复合物的CCNE1亚基提供复合物的底物特异性(Honda等人,2005,EMBO 24:452-463)。CCNE1由细胞周期素E1(“CCNE1”)基因(GenBank登录号NM_001238)编码。下面提供人CCNE1的氨基酸序列(GenBank登录号NP_001229/UniProtKB登录号P24864)：
Figure BDA0003296244150000152
实施例证明CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中抑制增殖，但在CCNE1非扩增细胞系中不抑制增殖。相反地，实施例显示出CDK4/6抑制在CCNE1非扩增细胞系中抑制增殖，但在CCNE1扩增细胞系中不抑制增殖。实施例还证明在用CDK2抑制剂处理的CCNE1扩增细胞中观察到的细胞增殖抑制需要正常(例如非突变或非缺失)p16基因的存在。因此，CCNE1和p16一起是组合生物标记物：对用CDK2抑制剂治疗作出反应的细胞表现出CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，并且具有编码p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)的核苷酸序列(例如基因或mRNA)和/或存在p16蛋白，而没有对用CDK2抑制剂治疗作出反应的对照细胞不具有CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，并且倾向于具有编码p16蛋白的突变或缺失基因和/或缺乏p16蛋白的表达。因此，本文提供了涉及在患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者中使用以下各项作为用于预测受试者对CDK2抑制剂反应的生物标记物的方法：(i)CCNE1基因的扩增和/或CCNE1的表达水平；和(ii)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列的存在、缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和/或p16蛋白质的表达。在特定的实施方案中，人受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，人受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。
在特定的实施方案中，本文提供了一种预测患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法，其包括：(i)从获自人受试者的生物样品确定：(a)CDKN2A基因的核苷酸序列，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和/或(c)p16蛋白的存在；并且(ii)从获自人受试者的生物样品确定：(a)CCNE1基因的拷贝数和/或(b)CCNE1的表达水平，其中(1)(a)编码包含SEQ IDNO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和/或(c)p16蛋白的存在，和(2)(a)CCNE1基因的扩增和/或(b)高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，预测人受试者将对CDK2抑制剂作出反应。在特定的实施方案中，人受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，人受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，(i)确定(a)CDKN2A基因的核苷酸序列，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，和/或(c)p16蛋白的存在在向人受试者施用CDK2抑制剂之前(例如至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周或至少4周、或6小时至16小时、6小时至20小时或6小时至24小时、2天至3天、2天至4天、2天至5天、2天至6天、2天至7天、1周至2周、1周至3周或1周至4周之前)进行。在特定的实施方案中，(ii)确定(a)CCNE1基因的拷贝数和/或(b)获自人受试者的生物样品中CCNE1的表达水平在向人受试者施用CDK2抑制剂之前(例如，至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周或至少4周、或6小时至16小时、6小时至20小时或6小时至24小时、2天至3天、2天至4天、2天至5天、2天至6天、2天至7天、1周到2周、1周至3周或1周至4周之前)进行。
CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，与编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在、缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在和/或p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)的存在组合，指示/预测患有、怀疑患有或有风险发展出CDK2相关疾病或障碍的人受试者将对CDK2抑制剂作出反应。
在一些实施方案中，将CCNE1基因扩增至3至25的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少3的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少5的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少7的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少10的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少12的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少14的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少21的基因拷贝数。
在特定的实施方案中，CCNE1的表达水平是CCNE1 mRNA的水平。在特定的实施方案中，CCNE1的表达水平是CCNE1蛋白的水平。
在特定的实施方案中，CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的蛋白质。
在特定的实施方案中，CDKN2A基因中的一个或多个失活性核酸替代和/或缺失如表1中所述。在特定实施方案中，CDKN2A基因中的一个或多个失活性核酸替代和/或缺失如Yarbrough等人,Journal of the National Cancer Institute,91(18):1569-1574,1999；Liggett和Sidransky,Biology of Neoplasia,Journal of Oncology,16(3):1197-1206,1998，和Cairns等人,Nature Genetics,11:210-212,1995中所述，所述文献各自以引用方式整体并入本文。
表1.CDKN2A基因替代、缺失和修饰
Figure BDA0003296244150000181
Figure BDA0003296244150000191
Figure BDA0003296244150000201
Rb S780
在对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处(本文称为“Ser780”或“S780”)的Rb磷酸化已在实施例中被鉴定为可用于评估患有具有CCNE1扩增的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应性(例如CDK2抑制)的药效标记物。
Rb是细胞周期的调节因子并充当肿瘤抑制因子。在Ser780和Ser795处的细胞周期素D-CDK4/6以及Ser807和Ser811处的细胞周期素E/CDK2磷酸化后激活Rb。Rb由RB转录辅阻遏因子1(“RB1”)基因(GenBank登录号NM_000321)编码。人Rb的氨基酸序列在以下提供(GenBank登录号NP_000312/UniProtKB登录号P06400)(S780以粗体和下划线显示)：
Figure BDA0003296244150000211
如上所述，实施例证明CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中抑制增殖，但在CCNE1非扩增细胞系中不抑制增殖。实施例还证明CDK2敲减或抑制在CCNE1扩增细胞系中阻断了S780处的Rb磷酸化，但在CCNE1非扩增细胞系中不阻断。因此，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化是用于评估CCNE1扩增的癌细胞或患有具有CCNE1扩增的疾病或病症的患者对CDK2抑制的反应的药效标记物。因此，本文提供了涉及在患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者中使用对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平作为用于指示人受试者对CDK2抑制剂的反应的标志物的方法，其中人受试者具有增加的CCNE1表达水平。
在特定的实施方案中，本文提供了一种评估患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法，其包括：
(a)向人受试者施用CDK2抑制剂，其中先前已确定人受试者具有CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平；和
(b)在步骤(a)的施用之后在获自人受试者的生物样品中测量对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平，
其中与对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低指示人受试者对CDK2抑制剂作出反应。在特定的实施方案中，人受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，人受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，先前已进一步确定人受试者具有缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因，从而防止CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的蛋白质和/或缺乏一个或多个失活性氨基酸替代和/或缺失的p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)。在特定的实施方案中，步骤(b)的测量发生在步骤(a)的施用后至少6小时、至少16小时、至少20小时或至少24小时。在一些实施方案中，步骤(b)的测量发生在步骤(a)的施用后至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周或至少4周。在特定的实施方案中，步骤(b)的测量发生在步骤(a)的施用后6小时至16小时、6小时至20小时或6小时至24小时。在一些实施方案中，步骤(b)的测量发生在步骤(a)的施用后2天至3天、2天至4天、2天至5天、2天至6天、2天至7天、1周至2周、1周至3周或1周至4周。
与对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低，与CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平组合，指示患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂作出反应。例如，在具有CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平的受试者中，用CDK2抑制剂治疗后获自受试者的生物样品在对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处Rb磷酸化水平较低(例如，与对照相比降低)或检测不到Rb磷酸化水平指示受试者对CDK2抑制剂作出反应。
与对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，在对受试者施用CDK2抑制剂后获自受试者的生物样品，在对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处Rb磷酸化水平降低，与：(i)CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，和(ii)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在、缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在和/或p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)的存在组合，指示患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂作出反应。例如，在(i)具有CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，并且(ii)存在编码包含SEQ IDNO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因、存在缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因和/或存在p16蛋白(例如，包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)的人受试者中，在向人受试者施用CDK2抑制剂后获自受试者的生物样品在对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平较低(例如，与对照相比降低)或检测不到Rb磷酸化水平指示人受试者对CDK2抑制剂作出反应。
在一些实施方案中，将CCNE1基因扩增至3至25的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少3的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少5的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少7的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少10的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少12的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少14的基因拷贝数。在特定的实施方案中，将CCNE1基因扩增至至少21的基因拷贝数。
在特定的实施方案中，CCNE1的表达水平是CCNE1 mRNA的水平。在特定的实施方案中，CCNE1的表达水平是CCNE1蛋白的水平。
在特定的实施方案中，CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的蛋白质。
在特定的实施方案中，CDKN2A基因中的一个或多个失活性核酸替代和/或缺失如表1中所述。在特定实施方案中，CDKN2A基因中的一个或多个失活性核酸替代和/或缺失如Yarbrough等人,Journal of the National Cancer Institute,91(18):1569-1574,1999；Liggett和Sidransky,Biology of Neoplasia,Journal of Oncology,16(3):1197-1206,1998和Cairns等人,Nature Genetics,11:210-212,1995中所述，所述文献各自以引用方式整体并入本文。
对照
如上所述，本发明的方法可涉及在来自患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的的人受试者的生物样品中测量一种或多种标记物(例如生物标记物或药效标记物，例如CCNE1基因的扩增、CCNE1的表达水平、编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在、缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在、p16蛋白的存在(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)，以及对应于SEQ IDNO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化)。在特定的实施方案中，人受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，人受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在某些方面，与一种或多种生物标记物的对照水平相比，一种或多种生物标记物的水平(例如扩增(例如对于CCNE1基因)、表达水平(例如对于CCNE1或p16蛋白)或磷酸化水平(例如对于Rb))预测/指示人受试者对包含CDK2抑制剂的治疗的反应。在某些实施方案中，当(i)CCNE1基因被扩增和/或CCNE1的表达水平高于CCNE1的对照表达水平，并且(ii)存在编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因、存在缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因和/或存在p16蛋白(例如，包含SEQ IDNO:1氨基酸序列的p16蛋白)时，将人受试者鉴定为可能对CDK2抑制剂作出反应。在其他实施方案中，当(i)CCNE1基因被扩增和/或CCNE1的表达水平高于CCNE1的对照表达水平，并且(ii)在向人受试者施用CDK2抑制剂后来自所述人受试者的生物样品中，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平低于对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平时，将人受试者鉴定为对CDK2抑制剂作出反应。在另一个实施方案中，当(i)CCNE1基因被扩增和/或CCNE1的表达水平高于CCNE1的对照表达水平，(ii)存在编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因、存在缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失CDKN2A基因和/或存在p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)，并且(iii)在向人受试者施用CDK2抑制剂后来自所述人受试者的生物样品中，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平低于对应于SEQ IDNO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平时，将人受试者鉴定为对CDK2抑制剂作出反应。在此上下文中，术语“对照”包括获自已知对CDK2抑制剂没有作出反应的人受试者的样品(来自相同组织类型)。术语“对照”还包括过去获自已知对CDK2抑制剂没有作出反应的人受试者(来自相同组织类型)，并用作将来与取自待预测治疗反应性的人受试者的测试样品进行比较的参考的样品。可通过分析对用CDK2抑制剂治疗没有作出反应的一个或多个(例如2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35或40个或更多个)人受试者中的生物标记物水平(例如表达水平或磷酸化水平)来预先建立对于特定细胞类型或组织中的特定生物标记物(例如CCNE1、p16或Rb磷酸化)的“对照”水平(例如基因拷贝数、表达水平或磷酸化水平)。然后在与测试样品的比较中可将这个预先建立的参考值(它可以是取自多个对疗法没有作出反应的人受试者的平均或中值水平(例如基因拷贝数、表达水平或磷酸化水平))用作生物标记物(例如CCNE1、p16或Rb磷酸化)的“对照”水平。在这样的比较中，如果CCNE1基因被扩增和/或CCNE的表达水平高于预先建立的参考，并且存在编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因、存在缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因和/或存在p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)，则预测人受试者对CDK2抑制剂作出反应。在另一个这样的比较中，如果(i)CCNE1基因被扩增和/或CCNE的表达水平高于预先建立的参考，和(ii)在向人受试者施用CDK2抑制剂后，对应于SEQ IDNO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平低于预先建立的参考，则预测人受试者对CDK2抑制剂作出反应。在另一个这样的比较中，如果(i)CCNE1基因被扩增和/或CCNE的表达水平高于预先建立的参考，(ii)存在编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因、存在缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因和/或存在p16蛋白(例如，包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)，并且(iii)在向人受试者施用CDK2抑制剂后，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平低于预先建立的参考，则指示人受试者对CDK2抑制剂作出反应。
可另选地通过分析对用CDK2抑制剂治疗已作出反应的一个或多个人受试者中的生物标记物水平来预先建立对于特定细胞类型或组织中的特定生物标记物的“对照”水平。然后在与测试样品的比较中可将这个预先建立的参考值(它可以是取自已对疗法作出反应的多个人受试者的平均或中值水平(例如表达水平或磷酸化水平))用作“对照”水平(例如表达水平或磷酸化水平)。在这样的比较中，如果所分析的生物标记物的水平(例如CCNE1基因的拷贝数、CCNE1的表达水平、p16的表达水平或对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平)与预先建立的参考相等或相当(例如至少85％但低于115％)，则指示人受试者对CDK2抑制剂作出反应。
在某些实施方案中，“对照”是预先建立的截止值。截止值通常是生物标记物的水平(例如，拷贝数、表达水平或磷酸化水平)，高于或低于所述水平被认为是人受试者对所关注的疗法的反应性的预测。因此，根据本文所述的方法和组合物，将参考水平(例如CCNE1基因拷贝数、CCNE1表达、p16表达或对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化)鉴定为截止值，高于或低于所述水平是对CDK2抑制剂反应性的预测。确定用于在本文所述的方法中使用的截止值可与例如公开的浓度范围进行比较，但可针对所使用的方法学和患者群体进行个性化。
在一些实施方案中，与对照中CCNE1的表达水平相比，CCNE1的表达水平增加。例如，所分析的CCNE1的表达水平可以比对照中CCNE1的表达水平高至少1.5、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少20、至少25、至少50、至少75、或至少100倍，或至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％，至少60％、至少70％、至少80％、至少90％、至少100％、至少200％、至少300％、至少400％、至少500％、至少600％、至少700％、至少800％、至少900％、至少1,000％、至少1,500％、至少2,000％、至少2,500％、至少3,000％、至少3,500％、至少4,000％、至少4,500％或至少5,000％。
如果可通过本领域已知或本文所述的任何测定(诸如例如蛋白质印迹、免疫组织化学、荧光激活细胞分选和酶联免疫测定)检测到p16蛋白，则所述蛋白存在。在一些实施方案中，p16蛋白以健康对照中p16表达水平的至少5％、至少10％、至少20％或至少30％之内的表达水平存在。
在一些实施方案中，与对照中对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平相比，所分析的对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低。例如，所分析的对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平可比对照中对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平低至少1.5、至少2、至少3、至少4、至少5、至少6、至少7、至少8、至少9、至少10、至少20、至少25、至少50、至少75、或至少100倍，或至少10％、至少20％、至少30％、至少40％、至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少90％或100％。
生物样品
适用于本文所述方法的生物样品包括含有获自或来源于需要治疗的人受试者的血液或肿瘤细胞的任何样品。例如，生物样品可包含来自罹患实体瘤的患者的活检的肿瘤细胞。可通过本领域已知的多种手段获得活检样品。可选地，血液样品可获自罹患血液癌症的患者。
生物样品可获自患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者。在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是癌症。在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是N-myc扩增的神经母细胞瘤细胞、K-Ras突变肺癌以及具有FBW7突变和CCNE1过表达的癌症。在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是肺鳞状细胞癌、肺腺癌、胰腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌、胃腺癌、食管癌、膀胱尿路上皮癌、间皮瘤或肉瘤。在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是肺腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌或胃腺癌。在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是腺癌、癌或囊腺癌。在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是子宫癌、卵巢癌、胃癌、食管癌、肺癌、膀胱癌、胰腺癌或乳腺癌。
在一些实施方案中，乳腺癌是化疗或放疗抗性乳腺癌、内分泌抗性乳腺癌、曲妥珠单抗抗性乳腺癌或展示对CDK4/6抑制的原发性或获得性抗性的乳腺癌。在一些实施方案中，乳腺癌是晚期或转移性乳腺癌。
用于获得和/或储存保持了样品中分子(例如核酸或蛋白质)的活性或完整性的样品的方法是本领域技术人员众所周知的。例如，可使生物样品进一步接触一种或多种另外的剂，诸如缓冲液和/或抑制剂，包括核酸酶、蛋白酶和磷酸酶抑制剂中的一种或多种，其保持或最小化样品中分子的变化。
评估生物标记物和药效标记物
可将CCNE1或p16的表达水平检测为例如靶基因(即编码CCNE1或p16的基因)的RNA表达。即，可通过检测和/或测量编码CCNE1的基因的mRNA表达水平来确定CCNE1或p16的表达水平(量)。可选地，可将CCNE1或p16的表达水平检测为例如靶基因(即编码CCNE1或p16的基因)的蛋白质表达。即，可通过检测和/或测量编码CCNE1或p16的基因的蛋白质表达水平来确定CCNE1或p16的表达水平(量)。
在一些实施方案中，通过测量RNA水平来确定CCNE1或p16的表达水平。可采用多种合适的方法来检测和/或测量基因的mRNA表达水平。例如，可使用Northern印迹(Northernblot)或斑点印迹分析、逆转录酶-PCR(RT-PCR；例如定量RT-PCR)、原位杂交(例如定量原位杂交)、核酸阵列(例如寡核苷酸阵列或基因芯片)和RNA测序分析来确定mRNA表达。此类方法的详情在下文和在例如Sambrook等人,Molecular Cloning:A Laboratory ManualSecond Edition第1、2和3卷.Cold Spring Harbor Laboratory Press:Cold SpringHarbor,New York,USA，1989年11月；Gibson等人(1999)Genome Res.,6(10):995-1001；和Zhang等人(2005)Environ.Sci.Technol.,39(8):2777-2785；美国专利公布号2004086915；欧洲专利号0543942；和美国专利号7,101,663；Kukurba等人(2015)Cold Spring HarborProtocols.,2015(11):951–69中有所描述；其各自的公开内容以引用方式整体并入本文。
在一个实例中，可通过从生物样品中分离总mRNA(参见例如Sambrook等人(同上)和美国专利号6,812,341)并将所分离的mRNA进行琼脂糖凝胶电泳以按大小分离mRNA来确定生物样品中一种或多种离散mRNA群体的存在或量。然后将按大小分离的mRNA转移(例如通过扩散)至固体载体诸如硝酸纤维素膜。然后可使用一种或多种与所关注的mRNA序列互补的可检测标记多核苷酸探针来确定生物样品中一种或多种mRNA群体的存在或量，所述探针结合它们对应的mRNA群体并因此使其可检测。可检测标记包括例如荧光标记(例如伞形酮、荧光素、异硫氰酸荧光素、罗丹明、二氯三嗪基胺(dichlorotriazinylamine)荧光素、丹磺酰氯、别藻蓝蛋白或藻红蛋白)、发光标记(例如铕、铽、由Quantum Dot Corporation,Palo Alto,CA提供的QdotTM纳米粒子)、放射标记(例如125I、131I、35S、32P、33P或3H)和酶标记(辣根过氧化物酶、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或乙酰胆碱酯酶)。
在一些实施方案中，通过测量蛋白质水平来确定CCNE1或p16的表达水平。可采用多种合适的方法来检测和/或测量靶基因的蛋白质表达水平。例如，可使用蛋白质印迹、酶联免疫吸附测定(“ELISA”)、荧光激活细胞分选或免疫组织化学分析(例如分别使用CCNE1特异性或p16特异性抗体)来确定CCNE1或p16蛋白表达。此类方法的详情在下文和在例如Sambrook等人，同上中有所描述。
在一个实例中，可通过蛋白质印迹分析，例如通过从生物样品中分离总蛋白质(参见例如Sambrook等人(同上))并将所分离的蛋白质进行琼脂糖凝胶电泳以按大小分离蛋白质来确定生物样品中一种或多种离散蛋白质群体(例如CCNE1或p16)的存在或量。然后将按大小分离的蛋白质转移(例如通过扩散)至固体载体诸如硝酸纤维素膜。然后可使用一种或多种抗体探针，例如对所关注的蛋白质(例如CCNE1或p16)具有特异性的第一抗体和对第一抗体具有特异性的可检测标记第二抗体，确定生物样品中一种或多种蛋白质群体的存在或量，所述抗体探针结合对应的蛋白质群体并因此使其可检测。适用于蛋白质印迹分析的可检测标记是本领域已知的。
用于检测或测量基因表达(例如mRNA或蛋白质表达)的方法可任选地以允许快速制备、处理和分析多个样品的形式进行。这可在，例如，多孔测定板(例如96孔或386孔)或阵列(例如核酸芯片或蛋白质芯片)中进行。可手动地或自动地提供用于各种试剂的储备液，并且可使用市售的分析软件、机器人技术和能够检测由测定产生的信号的检测仪器自动地进行随后的样品制备(例如RT-PCR、标记或细胞固定)、移液、稀释、混合、分配、洗涤、孵育(例如杂交)、样品读出、数据收集(光学数据)和/或分析(计算机辅助图像分析)。此类检测器的实例包括但不限于分光光度计、光度计、荧光计和测量放射性同位素衰变的装置。示例性的基于高通量细胞的测定(例如检测细胞中靶蛋白的存在或水平)可利用
Figure BDA0003296244150000311
VTI HCS Reader或
Figure BDA0003296244150000312
HCS Reader技术(Cellomics Inc.,Pittsburg,PA)。
在一些实施方案中，通过评估CDKN2A基因的DNA序列(例如基因组DNA或cDNA)或通过评估CDKN2A基因的RNA序列(例如RNA，例如mRNA)来确定编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在和/或缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在。进行核酸测序分析的方法是本领域已知的并且如上所述。防止CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的蛋白质的失活性核酸替代和/或缺失的非限制性实例在上表1中有所描述。在特定的实施方案中，CDKN2A基因中的一个或多个失活性核酸替代和/或缺失如Yarbrough等人,Journal of the National Cancer Institute,91(18):1569-1574,1999；Liggett和Sidransky,Biology of Neoplasia,Journal of Oncology,16(3):1197-1206,1998，和Cairns等人,Nature Genetics,11:210-212,1995中所述，所述文献各自以引用方式整体并入本文。
在一些实施方案中，通过评估基因的拷贝数变异(CNV)来确定基因的表达水平或缺乏一个或多个失活性核酸替代或缺失的基因的存在。可通过多种合适的方法来确定/鉴定基因(例如CCNE1基因和/或CDKN2A基因)的CNV。例如，可使用荧光原位杂交(FISH)、多重连接依赖性探针扩增(MLPA)、阵列比较基因组杂交(aCGH)、单核苷酸多态性(SNP)阵列和下一代测序(NGS)技术来确定CNV。
在一个实例中，可通过MLPA，例如通过从生物样品中提取DNA标本(参见，例如Sambrook等人(同上)和美国专利号.6,812,341)，并使用MLPA探针的混合物扩增所关注的DNA序列(例如CCNE1或CDKN2A)来确定生物样品中一种或多种离散基因的拷贝数变异。每个MLPA探针由两个寡核苷酸组成，所述寡核苷酸与紧邻的靶DNA序列(例如CCNE1或CDKN2A)杂交，以便连接到单个探针中。经连接的探针通过使用一种荧光标记PCR引物的PCR进行扩增，从而在通过毛细管电泳进行片段分离过程中使扩增产物可视化。通过测量PCR衍生的荧光、归一化后量化PCR产物的量并将其与对照DNA样品进行比较来计算生物样品中一种或多种所关注的基因的存在、缺少或扩增。
可通过多种合适的方法来检测对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平。例如，可使用蛋白质印迹、ELISA、荧光激活细胞分选或免疫组织化学分析来确定磷酸化状态。此类方法的详情在下文和在例如Sambrook等人，同上中有所描述。
与用于检测或测量基因表达的方法(上文)一样，用于检测或测量对应于SEQ IDNO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平的方法也可任选地以允许快速制备、处理和分析多个样品的形式进行。
CDK2抑制剂
可用于本公开的方法的化合物是CDK2抑制剂。在一些实施方案中，CDK2抑制剂抑制CDK2、CDK4和CDK6。在一些实施方案中，CDK2抑制剂选择性地抑制CDK2而不是CDK1和CDK9。在一些实施方案中，CDK2抑制剂选择性地抑制CDK2而不是CDK4和CDK6。在一些实施方案中，CDK2抑制剂选择性地抑制CDK2而不是CDK1、CDK9、CDK4和CDK6。在一些实施方案中，根据实施例A、B和C中的方法如通过测量IC50所计算，化合物对CDK2的选择性比CDK1和CDK9高约2倍、3倍、约5倍、约10倍、约15倍或约20倍。在一些实施方案中，根据实施例A、B、C、D和E中的方法如通过测量IC50所计算，化合物对CDK2的选择性比CDK1、CDK9、CDK4或CDK6高约2倍、3倍、约5倍、约10倍、约15倍或约20倍。在一些实施方案中，根据实施例A、D和E中的方法如通过测量IC50所计算，化合物对CDK2的选择性比CDK4和CDK6高约2倍、3倍、约5倍、约10倍、约15倍或约20倍。
在一些实施方案中，CDK2抑制剂是地那西尼(dinaciclib)(Merck)、阿伏西尼(alvociclib)(Tolero Pharmaceuticals)、塞利西尼(seliciclib)(CyclacelPharmaceuticals)、洛尼西尼(roniciclib)(Bayer)、米西西尼(milciclib)(Nerviano)、阿贝西尼(abemaciclib)(Eli Lilly)、曲拉西尼(trilaciclib)(G1 Therapeutics)、CYC065(Pharmaceuticals)、AT-7519(Astex Therapeutics；J Med.Chem.,2008,51,4986)、BMS-387032/SNS032(Sunesis；J Med.Chem.,2004,47,1719)、TG02(TrajaraPharmaceuticals)、R547(Roche；Mol.Can.Ther.2006,2644)、AZD5438(AstraZeneca,Mol.Can.Ther.2009,1856)、RGB-286638(Agennix；Leukemia,2013,2366)、AMG295(Amgen；WO 2009/085185)、PHA-793887(Nerviano,BMC,2010 18,1844)、ZK-304709(Biomed.Pharmacother.2006,269)和AG-024322(Pfizer；Cancer Res.2005,1045)，或前述抑制剂中的任一种的药学上可接受的盐。下面提供CYC065、AT7519、BMS-387032/SN032、TG02、R547、AZD5438、RGB-286638、AMG925、PHA-793887、ZK-304709和AG-24322的化学结构：
Figure BDA0003296244150000341
在一些实施方案中，CDK2抑制剂是具有以下结构的化合物A(8-((1R,2R)-2-羟基-2-甲基环戊基)-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮)，或其药学上可接受的盐：
Figure BDA0003296244150000351
(8-[(1R,2R)-2-羟基-2-甲基环戊基]-2-{[1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基]氨基}吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮；(参见美国专利申请公布号2018/0044344第51页，第[0987]段，所述申请以引用方式整体并入本文)。
在一些实施方案中，化合物是美国专利申请公布号2018/0044344中的任何实施方案或实例化合物中的化合物，或其药学上可接受的盐，所述申请以引用方式整体并入本文。
在一些实施方案中，化合物是2019年10月10日提交的美国专利申请号16/598,777；或2019年2月15日提交的美国临时申请号62/806,269中的任何实施方案或实例化合物中的化合物，或其药学上可接受的盐，所述申请各自以引用方式整体并入本文。
在特定的实施方案中，CDK2抑制剂是式(A-I)化合物：
Figure BDA0003296244150000352
或其药学上可接受的盐，其中：
R1选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
R2选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、C(＝O)Rb、C(＝O)NRcRd、C(＝O)ORa、C(＝NRe)Rb、C(＝NRe)NRcRd、S(＝O)Rb、S(＝O)NRcRd、NRcS(＝O)2Rb、NRcS(＝O)2NRcRd、S(＝O)2Rb和S(＝O)2NRcRd，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
每个Ra、Rc和Rd独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
每个Rb独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
每个Re独立地选自H、CN、OH、C1-4烷基和C1-4烷氧基；
每个Rf独立地选自H、C1-4烷基和C1-4卤代烷基；
R3选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代；
R4、R5、R6和R7具有组(a)或组(b)中的定义：
组(a)：
R4和R5独立地选自卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
R6和R7独立地选自H、D、卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R6和R7连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
组(b)：
R4和R5独立地选自H、卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
R6和R7独立地选自卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R6和R7连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个R2A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa1、SRa1、C(＝O)Rb1、C(＝O)NRc1Rd1、C(＝O)ORa1、OC(＝O))Rb1、OC(＝O)NRc1Rd1、NRc1Rd1、NRc1C(＝O)Rb1、NRc1C(＝O)ORb1、NRc1C(＝O)NRc1Rd1、C(＝NRe)Rb1、C(＝NRe)NRc1Rd1、NRc1C(＝NRe)NRc1Rd1、NHORa1、NRc1S(＝O)Rb1、NRc1S(＝O)NRc1Rd1、S(＝O)Rb1、S(＝O)NRc1Rd1、NRc1S(＝O)2Rb1、NRc1S(＝O)2NRc1Rd1、S(＝O)2Rb1、S(＝O)(＝NRf)Rb1和S(＝O)2NRc1Rd1，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2B取代基取代；
每个Ra1、Rc1和Rd1独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2B取代基取代；
每个Rb1独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2B取代基取代；
每个R3A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa2、SRa2、C(＝O)Rb2、C(＝O)NRc2Rd2、C(＝O)ORa2、OC(＝O))Rb2、OC(＝O)NRc2Rd2、NRc2Rd2、NRc2C(＝O)Rb2、NRc2C(＝O)ORb2、NRc2C(＝O)NRc2Rd2、C(＝NRe)Rb2、C(＝NRe)NRc2Rd2、NRc2C(＝NRe)NRc2Rd2、NHORa2、NRc2S(＝O)Rb2、NRc2S(＝O)NRc2Rd2、S(＝O)Rb2、S(＝O)NRc2Rd2、NRc2S(＝O)2Rb2、NRc2S(＝O)2NRc2Rd2、S(＝O)2Rb2、S(＝O)(＝NRf)Rb2和S(＝O)2NRc2Rd2，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3B取代基取代；
每个Ra2、Rc2和Rd2独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3B取代基取代；
每个Rb2独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3B取代基取代；
每个R2B和R3B独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa23、SRa23、C(＝O)Rb23、C(＝O)NRc23Rd23、C(＝O)ORa23、OC(＝O)Rb23、OC(＝O)NRc23Rd23、NRc23Rd23、NRc23C(＝O)Rb23、NRc23C(＝O)ORb23、NRc23C(＝O)NRc23Rd23、C(＝NRe)Rb23、C(＝NRe)NRc23Rd23、NRc23C(＝NRe)NRc23Rd23、NHORa23、NRc23S(＝O)Rb23、NRc23S(＝O)NRc23Rd23、S(＝O)Rb23、S(＝O)NRc23Rd23、NRc23S(＝O)2Rb23、NRc23S(＝O)2NRc23Rd23、S(＝O)2Rb23、S(＝O)(＝NRf)Rb23、S(＝O)2NRc23Rd23，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Ra23、Rc23和Rd23独立地选自H、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Rb23独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；并且
每个RG独立地选自OH、NO2、CN、卤基、C1-3烷基、C2-3烯基、C2-3炔基、C1-3卤代烷基、氰基-C1-3烷基、HO-C1-3烷基、C1-3烷氧基-C1-3烷基、C1-3烷氧基、C1-3卤代烷氧基、氨基、C1-3烷基氨基、二(C1-3烷基)氨基、硫醇基(thio)、C1-3烷硫基、C1-3烷基亚磺酰基、C1-3烷基磺酰基、氨基甲酰基、C1-3烷基氨基甲酰基、二(C1-3烷基)氨基甲酰基、羧基、C1-3烷基羰基、C1-3烷氧基羰基、C1-3-烷基羰氧基、C1-3烷基羰基氨基、C1-3烷氧基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰氧基、C1-3烷基磺酰基氨基、氨基磺酰基、C1-3烷基氨基磺酰基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基、氨基磺酰基氨基、C1-3-烷基氨基磺酰基氨基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基氨基、氨基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰基氨基和二(C1-3烷基)氨基羰基氨基。
在一些实施方案中，R1是H。
在一些实施方案中，R2选自C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代。
在一些实施方案中，R2选自4-7元杂环烷基和苯基，其各自被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代。
在一些实施方案中，R2选自哌啶-4-基和苯基，其各自任选地被1个R2A取代基取代。
在一些实施方案中，至少一个R2A选自S(＝O)2Rb1和S(＝O)2NRc1Rd1，其中Rb1是C1-3烷基；并且Rc1和Rd1各自独立地选自H和C1-3烷基。
在一些实施方案中，每个R2A独立地选自S(＝O)2CH3和S(＝O)2NH2。
在一些实施方案中，R2是被S(＝O)2Rb1取代的哌啶-4-基；或者R2是被S(＝O)2NRc1Rd1取代的苯基。
在一些实施方案中，R2是被S(＝O)2CH3取代的哌啶-4-基；或者R2是被S(＝O)2NH2取代的苯基。
在一些实施方案中，R3选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代。
在一些实施方案中，R3选自C1-6烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1个或2个独立选择的R3A取代基取代。
在一些实施方案中，任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代的R3选自1,1-二氟丁-2-基、环戊基、苯基、四氢呋喃-3-基和(1-甲基-1H-吡唑-5-基)甲基。
在一些实施方案中，每个R3A独立地选自H、卤基、C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中，R4和R5各自独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5或6元环烷基环。
在一些实施方案中，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环。
在一些实施方案中，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成环丙基环。
在一些实施方案中，R4和R5独立地是C1-3烷基或C1-3卤代烷基。
在一些实施方案中，R4和R5独立地是C1-3烷基。
在一些实施方案中，R4和R5独立地是甲基。
在一些实施方案中，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成环丙基环；或者R4和R5独立地是C1-3烷基。
在一些实施方案中，R6和R7各自独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中，R6和R7各自是H。
在一些实施方案中：
R1是H；
R2选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
R3选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代；
R4和R5各自独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5或6元环烷基环；
R6和R7各自独立地选自H和C1-6烷基；
每个R2A独立地选自卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa1、SRa1、C(＝O)Rb1、C(＝O)NRc1Rd1、C(＝O)ORa1、OC(＝O)Rb1、OC(＝O)NRc1Rd1、NRc1Rd1、NRc1C(＝O)Rb1、NRc1C(＝O)ORb1、NRc1C(＝O)NRc1Rd1、NHORa1、NRc1S(＝O)2Rb1、NRc1S(＝O)2NRc1Rd1、S(＝O)2Rb1和S(＝O)2NRc1Rd1；
每个Ra1、Rc1和Rd1独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个Rb1独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个R3A独立地选自卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa2、SRa2、C(＝O)Rb2、C(＝O)NRc2Rd2、C(＝O)ORa2、OC(＝O)Rb2、OC(＝O)NRc2Rd2、NRc2Rd2、NRc2C(＝O)Rb2、NRc2C(＝O)ORb2、NRc2C(＝O)NRc2Rd2、NHORa2、NRc2S(＝O)2Rb2、NRc2S(＝O)2NRc2Rd2、S(＝O)2Rb2和S(＝O)2NRc2Rd2；
每个Ra2、Rc2和Rd2独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；并且
每个Rb2独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中：
R1是H；
R2选自4-7元杂环烷基和苯基，其各自被1个R2A基团取代；
R2A是S(＝O)2Rb1或S(＝O)2NRc1Rd1；
Rb1是C1-3烷基；
Rc1和Rd1各自独立地选自H和C1-3烷基；
R3选自C1-6烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代；
每个R3A独立地选自H、卤基、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
R4和R5各自是甲基；
或者R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成环丙基环；并且
R6和R7各自是H。
在特定的实施方案中，CDK2抑制剂是式(B-I)化合物：
Figure BDA0003296244150000451
或其药学上可接受的盐，其中：
n是选自0、1、2、3、4、5和6的整数；
环部分A是3-14元环烷基或4-14元杂环烷基，其中环部分A在所述3-14元环烷基或4-14元杂环烷基的饱和或部分饱和的环处连接至式(I)的NH基团；
R1选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-14环烷基、6-14元芳基、4-14元杂环烷基、5-14元杂芳基、C3-14环烷基-C1-4烷基、6-14元芳基-C1-4烷基、4-14元杂环烷基-C1-4烷基和5-14元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-14环烷基、6-14元芳基、4-14元杂环烷基、5-14元杂芳基、C3-14环烷基-C1-4烷基、6-14元芳基-C1-4烷基、4-14元杂环烷基-C1-4烷基和5-14元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3、4、5或6个独立选择的R4取代基取代；
R2和R3各自独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-7元环烷基环或4-7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个R4独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa4、SRa4、NHORa4、C(O)Rb4、C(O)NRc4Rd4、C(O)NRc4(ORa4)、C(O)ORa4、OC(O)Rb4、OC(O)NRc4Rd4、NRc4Rd4、NRc4NRc4Rd4、NRc4C(O)Rb4、NRc4C(O)ORa4、NRc4C(O)NRc4Rd4、C(＝NRe4)Rb4、C(＝NRe4)NRc4Rd4、NRc4C(＝NRe4)NRc4Rd4、NRc4C(＝NRe4)Rb4、NRc4S(O)NRc4Rd4、NRc4S(O)Rb4、NRc4S(O)2Rb4、NRc4S(O)(＝NRe4)Rb4、NRc4S(O)2NRc4Rd4、S(O)Rb4、S(O)NRc4Rd4、S(O)2Rb4、S(O)2NRc4Rd4、OS(O)(＝NRe4)Rb4、OS(O)2Rb4、S(O)(＝NRe4)Rb4、SF5、P(O)Rf4Rg4、OP(O)(ORh4)(ORi4)、P(O)(ORh4)(ORi4)和BRj4Rk4，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个R5独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa5、SRa5、NHORa5、C(O)Rb5、C(O)NRc5Rd5、C(O)NRc5(ORa5)、C(O)ORa5、OC(O)Rb5、OC(O)NRc5Rd5、NRc5Rd5、NRc5NRc5Rd5、NRc5C(O)Rb5、NRc5C(O)ORa5、NRc5C(O)NRc5Rd5、C(＝NRe5)Rb5、C(＝NRe5)NRc5Rd5、NRc5C(＝NRe5)NRc5Rd5、NRc5C(＝NRe5)Rb5、NRc5S(O)NRc5Rd5、NRc5S(O)Rb5、NRc5S(O)2Rb5、NRc5S(O)(＝NRe5)Rb5、NRc5S(O)2NRc5Rd5、S(O)Rb5、S(O)NRc5Rd5、S(O)2Rb5、S(O)2NRc5Rd5、OS(O)(＝NRe5)Rb5、OS(O)2Rb5、S(O)(＝NRe5)Rb5、SF5、P(O)Rf5Rg5、OP(O)(ORh5)(ORi5)、P(O)(ORh5)(ORi5)和BRj5Rk5，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个R4A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa41、SRa41、NHORa41、C(O)Rb41、C(O)NRc41Rd41、C(O)NRc41(ORa41)、C(O)ORa41、OC(O)Rb41、OC(O)NRc41Rd41、NRc41Rd41、NRc41NRc41Rd41、NRc41C(O)Rb41、NRc41C(O)ORa41、NRc41C(O)NRc41Rd41、C(＝NRe41)Rb41、C(＝NRe41)NRc41Rd41、NRc41C(＝NRe41)NRc41Rd41、NRc41C(＝NRe41)Rb41、NRc41S(O)NRc41Rd41、NRc41S(O)Rb41、NRc41S(O)2Rb41、NRc41S(O)(＝NRe41)Rb41、NRc41S(O)2NRc41Rd41、S(O)Rb41、S(O)NRc41Rd41、S(O)2Rb41、S(O)2NRc41Rd41、OS(O)(＝NRe41)Rb41、OS(O)2Rb41、S(O)(＝NRe41)Rb41、SF5、P(O)Rf41Rg41、OP(O)(ORh41)(ORi41)、P(O)(ORh41)(ORi41)和BRj41Rk41，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
每个R4B独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa42、SRa42、NHORa42、C(O)Rb42、C(O)NRc42Rd42、C(O)NRc42(ORa42)、C(O)ORa42、OC(O)Rb42、OC(O)NRc42Rd42、NRc42Rd42、NRc42NRc42Rd42、NRc42C(O)Rb42、NRc42C(O)ORa42、NRc42C(O)NRc42Rd42、C(＝NRe42)Rb42、C(＝NRe42)NRc42Rd42、NRc42C(＝NRe42)NRc42Rd42、NRc42C(＝NRe42)Rb42、NRc42S(O)NRc42Rd42、NRc42S(O)Rb42、NRc42S(O)2Rb42、NRc42S(O)(＝NRe42)Rb42、NRc42S(O)2NRc42Rd42、S(O)Rb42、S(O)NRc42Rd42、S(O)2Rb42、S(O)2NRc42Rd42、OS(O)(＝NRe42)Rb42、OS(O)2Rb42、S(O)(＝NRe42)Rb42、SF5、P(O)Rf42Rg42、OP(O)(ORh42)(ORi42)、P(O)(ORh42)(ORi42)和BRj42Rk42，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个R5A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa51、SRa51、NHORa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51、C(O)NRc51(ORa51)、C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、C(＝NRe51)Rb51、C(＝NRe51)NRc51Rd51、NRc51C(＝NRe51)NRc51Rd51、NRc51C(＝NRe51)Rb51、NRc51S(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)Rb51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)(＝NRe51)Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)Rb51、S(O)NRc51Rd51、S(O)2Rb51、S(O)2NRc51Rd51、OS(O)(＝NRe51)Rb51、OS(O)2Rb51、S(O)(＝NRe51)Rb51、SF5、P(O)Rf51Rg51、OP(O)(ORh51)(ORi51)、P(O)(ORh51)(ORi51)和BRj51Rk51，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个R5B独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa52、SRa52、NHORa52、C(O)Rb52、C(O)NRc52Rd52、C(O)NRc52(ORa52)、C(O)ORa52、OC(O)Rb52、OC(O)NRc52Rd52、NRc52Rd52、NRc52NRc52Rd52、NRc52C(O)Rb52、NRc52C(O)ORa52、NRc52C(O)NRc52Rd52、C(＝NRe52)Rb52、C(＝NRe52)NRc52Rd52、NRc52C(＝NRe52)NRc52Rd52、NRc52C(＝NRe52)Rb52、NRc52S(O)NRc52Rd52、NRc52S(O)Rb52、NRc52S(O)2Rb52、NRc52S(O)(＝NRe52)Rb52、NRc52S(O)2NRc52Rd52、S(O)Rb52、S(O)NRc52Rd52、S(O)2Rb52、S(O)2NRc52Rd52、OS(O)(＝NRe52)Rb52、OS(O)2Rb52、S(O)(＝NRe52)Rb52、SF5、P(O)Rf52Rg52、OP(O)(ORh52)(ORi52)、P(O)(ORh52)(ORi52)和BRj52Rk52，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc4和Rd4连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-10元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-10元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Rb4独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Re4独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf4和Rg4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh4和Ri4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj4和Rk4独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj4和Rk4连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra41、Rc41和Rd41独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc41和Rd41连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
每个Rb41独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
每个Re41独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf41和Rg41独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh41和Ri41独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj41和Rk41独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj41和Rk41连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra42、Rc42和Rd42独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc42和Rd42连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Rb42独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Re42独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf42和Rg42独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh42和Ri42独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj42和Rk42独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj42和Rk42连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc5和Rd5连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-10元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-10元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个Re5独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf5和Rg5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh5和Ri5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj5和Rk5独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj5和Rk5连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc51和Rd51连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个Rb51独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个Re51独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf51和Rg51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh51和Ri51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj51和Rk51独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj51和Rk51连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra52、Rc52和Rd52独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc52和Rd52连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Rb52独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Re52独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf52和Rg52独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh52和Ri52独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj52和Rk52独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj52和Rk52连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；并且
每个RG独立地选自H、D、OH、NO2、CN、卤基、C1-3烷基、C2-3烯基、C2-3炔基、C1-3卤代烷基、氰基-C1-3烷基、HO-C1-3烷基、C1-3烷氧基-C1-3烷基、C3-7环烷基、C1-3烷氧基、C1-3卤代烷氧基、氨基、C1-3烷基氨基、二(C1-3烷基)氨基、硫醇基、C1-3烷硫基、C1-3烷基亚磺酰基、C1-3烷基磺酰基、氨基甲酰基、C1-3烷基氨基甲酰基、二(C1-3烷基)氨基甲酰基、羧基、C1-3烷基羰基、C1-3烷氧基羰基、C1-3-烷基羰氧基、C1-3烷基羰基氨基、C1-3烷氧基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰氧基、C1-3烷基磺酰基氨基、氨基磺酰基、C1-3烷基氨基磺酰基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基、氨基磺酰基氨基、C1-3-烷基氨基磺酰基氨基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基氨基、氨基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰基氨基和二(C1-3烷基)氨基羰基氨基。
在一些实施方案中：
n是选自0、1、2、3或4的整数；
环部分A是单环3-7元环烷基或单环4-7元杂环烷基；
R1选自C1-6卤代烷基、C3-7环烷基和苯基，其各自任选地被1或2个独立选择的R4取代基取代；
R2选自C2-6烷基和C1-6卤代烷基；
R3选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
或者R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-7元环烷基环；
每个R4独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、ORa4和NRc4Rd4；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个R5独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C(O)Rb5、C(O)NRc5Rd5、C(O)ORa5、S(O)2Rb5和S(O)2NRc5Rd5；
每个R5A独立地选自卤基、CN、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；并且
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代。
在一些实施方案中：
n是选自0、1、2、3或4的整数；
环部分A是单环4-7元杂环烷基；
R1选自C1-6卤代烷基、C3-7环烷基和苯基，其各自任选地被1或2个独立选择的R4取代基取代；
R2选自乙基、丙基、异丙基和C1-3氟烷基；
R3选自甲基、乙基、丙基、异丙基和C1-3氟烷基；
或者R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-4元环烷基环；
每个R4独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个R5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基和S(O)2Rb5；
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5A取代基取代；并且
每个R5A独立地选自卤基、CN、C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中，化合物是式(B-Ia)化合物：
Figure BDA0003296244150000591
或其药学上可接受的盐，其中k是n-1。
在一些实施方案中，R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3、4、5或6个独立选择的R4取代基取代。
在一些实施方案中，R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、C3-7环烷基-C1-3烷基、苯基、4-10元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立选择的R4取代基取代。
在一些实施方案中，每个R4独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa4、C(O)Rb4、C(O)NRc4Rd4、C(O)ORa4、OC(O)Rb4、OC(O)NRc4Rd4、NRc4Rd4、NRc4C(O)Rb4、NRc4C(O)ORa4、NRc4C(O)NRc4Rd4、NRc4S(O)2Rb4、NRc4S(O)2NRc4Rd4、S(O)2Rb4和S(O)2NRc4Rd4，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基和C1-6卤代烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代。
在一些实施方案中：
每个R4A独立地选自卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa41、SRa41、C(O)Rb41、C(O)NRc41Rd41、C(O)ORa41、OC(O)Rb41、OC(O)NRc41Rd41、NRc41Rd41、NRc41C(O)Rb41、NRc41C(O)ORa41、NRc41C(O)NRc41Rd41、NRc41S(O)2Rb41、NRc41S(O)2NRc41Rd41、S(O)2Rb41和S(O)2NRc41Rd41；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Rb4独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Ra41、Rc41和Rd41独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；并且
每个Rb41独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中：
每个R4A独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、ORa41、C(O)Rb41、C(O)NRc41Rd41、C(O)ORa41、NRc41Rd41、NRc41C(O)Rb41、NNRc41S(O)2Rb41、S(O)2Rb41和S(O)2NRc41Rd41；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其中所述C1-6烷基和C1-6卤代烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Rb4独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Ra41、Rc41和Rd41独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；并且
每个Rb41独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中，环部分A是单环3-7元环烷基或单环4-7元杂环烷基。
在一些实施方案中，环部分A是单环4-7元杂环烷基。
在一些实施方案中，环部分A是氮杂环丁烷环、吡咯烷环、哌啶环或氮杂环庚烷环。
在一些实施方案中，环部分A是哌啶环。
在一些实施方案中，n是1或2。
在一些实施方案中，每个R5独立地选自卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、ORa5、SRa5、C(O)Rb5、C(O)NRc5Rd5、C(O)ORa5、OC(O)Rb5、OC(O)NRc5Rd5、NRc5Rd5、NRc5C(O)Rb5、NRc5C(O)ORa5、NRc5C(O)NRc5Rd5、NRc5S(O)2Rb5、NRc5S(O)2NRc5Rd5、S(O)2Rb5和S(O)2NRc5Rd5。
在一些实施方案中：
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H和C1-6烷基；并且
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5A取代基取代。
在一些实施方案中，每个R5独立地选自卤基和C1-6烷基。
在一些实施方案中，每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代。
在一些实施方案中，Rb5选自C1-6烷基、C3-6环烷基、苯基、4-6元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立地选自卤基、C1-6烷基和4-6元杂环烷基的R5A取代基取代，其中所述4-6元杂环烷基任选地被1或2个独立地选自C1-3烷基的R5B取代基取代。
在一些实施方案中：
每个R5独立地选自卤基、C1-3烷基、C1-3卤代烷基、ORa5和NRc5Rd5；
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H和C1-6烷基；
Rb5选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5A取代基取代；
每个R5A独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、ORa51、SRa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51、C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)2Rb51和S(O)2NRc51Rd51，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基各自任选地为被1或2个独立选择的R5B取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其中所述C1-6烷基和C1-6卤代烷基各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；
每个Rb51独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；并且
每个R5B独立地选自卤基、CN、C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在一些实施方案中：
每个R5独立地选自卤基和C1-3烷基；
Rb5选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5A取代基取代；
每个R5A独立地选自卤基、C1-6烷基和4-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基和4-7元杂环烷基各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；并且
每个R5B独立地选自C1-6烷基。
在一些实施方案中，化合物是式(B-II)化合物：
Figure BDA0003296244150000641
或其药学上可接受的盐，其中变量根据本文提供的定义进行定义。
在一些实施方案中，化合物是式(B-IIa)化合物：
Figure BDA0003296244150000642
或其药学上可接受的盐，其中k是n-1，并且剩余变量根据本文提供的定义进行定义。
在一些实施方案中，化合物是式(B-IIb)化合物：
Figure BDA0003296244150000651
或其药学上可接受的盐，其中k是n-1，并且剩余变量根据本文提供的定义进行定义。
在一些实施方案中，环B是3-7元环烷基环。
在一些实施方案中，化合物是式(B-IIc)化合物：
Figure BDA0003296244150000652
或其药学上可接受的盐，其中k是n-1，并且剩余变量根据本文提供的定义进行定义。
在一些实施方案中，化合物是式(B-IId)化合物：
Figure BDA0003296244150000653
或其药学上可接受的盐，其中：
X是键或CH2；
Y是键或CH2；并且
k是n-1。
在一些实施方案中，化合物具有式(B-Ia)，其中：
k是n-1；
n是选自1和2的整数；
环部分A是单环4-6元杂环烷基；
R1选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、苯基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、苯基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2或3个独立选择的R4取代基取代；
R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-7元环烷基环；
每个R4独立地选自H、卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-4环烷基、ORa4、C(O)Rb4、C(O)NRc4Rd4、C(O)ORa4、OC(O)Rb4、OC(O)NRc4Rd4、NRc4Rd4、NRc4C(O)Rb4、NRc4C(O)ORa4、NRc4C(O)NRc4Rd4、NRc4S(O)2Rb4、NRc4S(O)2NRc4Rd4、S(O)2Rb4和S(O)2NRc4Rd4；
每个R5独立地选自H、卤基、CN、C1-3烷基和C1-3卤代烷基；
每个R5A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)2Rb51和S(O)2NRc51Rd51，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个R5B独立地选自H、卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、OH、NO2、CN、卤基、C1-3烷基、C2-3烯基、C2-3炔基、C1-3卤代烷基、氰基-C1-3烷基、HO-C1-3烷基、C1-3烷氧基-C1-3烷基、C3-7环烷基、C1-3烷氧基、C1-3卤代烷氧基、氨基、C1-3烷基氨基、二(C1-3烷基)氨基、硫醇基、C1-3烷硫基、C1-3烷基亚磺酰基、C1-3烷基磺酰基、氨基甲酰基、C1-3烷基氨基甲酰基、二(C1-3烷基)氨基甲酰基、羧基、C1-3烷基羰基、C1-3烷氧基羰基、C1-3-烷基羰氧基、C1-3烷基羰基氨基、C1-3烷氧基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰氧基、C1-3烷基磺酰基氨基、氨基磺酰基、C1-3烷基氨基磺酰基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基、氨基磺酰基氨基、C1-3-烷基氨基磺酰基氨基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基氨基、氨基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰基氨基和二(C1-3烷基)氨基羰基氨基；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；并且
每个Rb51独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代。
在式(B-Ia)化合物的一些实施方案中：
k是n-1；
n是1或2；
环部分A是4-6元杂环烷基；
R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2或3个独立选择的R4取代基取代；
每个R4独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、ORa4和NRc4Rd4；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H和C1-6烷基；
R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-4元环烷基环；
每个R5独立地选自卤基、C1-3烷基、C1-3卤代烷基、ORa5和NRc5Rd5；
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H和C1-6烷基；
Rb5选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5A取代基取代；
每个R5A独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、ORa51、SRa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51、C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)2Rb51和S(O)2NRc51Rd51，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基各自任选地为被1或2个独立选择的R5B取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其中所述C1-6烷基和C1-6卤代烷基各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；
每个Rb51独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；并且
每个R5B独立地选自卤基、CN、C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
在式(B-Ia)化合物的一些实施方案中：
k是n-1；
n是1或2；
环部分A是哌啶环；
R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、C3-7环烷基、C3-7环烷基-C1-3烷基、苯基、4-10元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立选择的R4取代基取代；
每个R4独立地选自卤基、OH、C1-3烷基和C1-3烷氧基；
R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-4元环烷基环；
每个R5独立地选自卤基和C1-3烷基；并且
Rb5选自C1-6烷基、C3-6环烷基、苯基、4-6元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立地选自卤基、C1-6烷基和4-6元杂环烷基的R5A取代基取代，其中所述4-6元杂环烷基任选地被1或2个独立地选自C1-3烷基的R5B取代基取代。
在一些实施方案中，化合物是选自实施例中化合物的化合物或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，如本文所述，连接至“烷基”、“烯基”、“炔基”、“芳基”、“苯基”、“环烷基”、“杂环烷基”或“杂芳基”取代基或“-C1-4烷基-”和“亚烷基”连接基团的碳原子的1、2、3、4、5、6、7或8个氢原子任选地被氘原子替换。
应进一步了解，为明确起见在单独实施方案的情形下描述的本发明的某些特征也可在单一实施方案中组合提供。相反地，为简洁起见描述于单一实施方案的情形下的本发明的各种特征也可单独地或以任何合适子组合提供。
在本说明书中的不同地方，描述了二价连接取代基。明确意图每个二价连接取代基包括连接取代基的正向和反向形式两者。例如，-NR(CR'R”)n-包括-NR(CR'R”)n-和-(CR'R”)nNR-两者。当结构明确需要一连接基团时，为该基团列出的马库西(Markush)变量应理解为连接基团。
当叙述“一个R5是S(O)2Rb5；并且每个剩余的R5独立地选自”的实施方案通过多个依赖项与显示出浮动的-S(O)2Rb5取代基的式组合时，那么所述式上的浮动的-S(O)2Rb5取代基替换短语“一个R5是S(O)2Rb5”。在这样的实施方案与具有整数k的式组合的情况下，R5取代基(n个可能的R5取代基)中的一个取代基被所述式的S(O)2Rb5取代基替换，其中剩余的每个R5取代基(有k个剩余的R5取代基)独立地选自“每个剩余的R5”列表。
术语“n元”(其中n是整数)通常描述成环原子数是n的部分中的成环原子数。例如，哌啶基是6元杂环烷基环的实例，吡唑基是5元杂芳基环的实例，吡啶基是6元杂芳基环的实例，并且1,2,3,4-四氢-萘是10元环烷基的实例。
如本文所用，短语“任选地被取代”意指未取代或取代。取代基是独立地选择的，并且取代可以是在任何化学上可及的位置处。如本文所用，术语“取代的”意指氢原子被移除并被取代基替换。单个二价取代基，例如氧代，可替换两个氢原子。应当理解，给定原子上的取代受化合价的限制，不超过指定原子的正常化合价，并且取代产生稳定的化合物。
如本文所用，短语“每个‘变量’独立地选自”意指与“在每次出现时，‘变量’选自”基本上相同。
当任何变量(例如RS)在化合物的任何组分或任何式中出现多于一次时，其每次出现时的定义与其他每次出现时的定义无关。因此，例如，如果基团显示被1、2、3或4个RS取代，那么所述基团可任选地被至多四个RS基团取代，并且每次出现时，RS独立地选自RS的定义。此外，仅当取代基和/或变量的组合产生稳定的化合物时才允许此类组合；例如，仅当两个R基团的组合中第一M基团和第二M基团的组合产生稳定的化合物时才允许M-M的此类组合(例如，如果M-M将形成高反应性化合物诸如具有O-O键的过氧化物，则其不被允许)。
在整个定义中，术语“Cn-m”表示包括端点的范围，其中n和m是整数并表示碳数目。实例包括C1-3、C1-4、C1-6等。
如本文所用，单独或与其他术语组合使用的术语“Cn-m烷基”是指可以是具有n至m个碳的直链或支链的饱和烃基团。烷基部分的实例包括但不限于诸如甲基(Me)、乙基(Et)、正丙基(n-Pr)、异丙基(iPr)、正丁基、叔丁基、异丁基、仲丁基的化学基团；诸如2-甲基-1-丁基、正戊基、3-戊基、正己基、1,2,2-三甲基丙基等的高级同系物。在一些实施方案中，烷基含有1至6个碳原子、1至4个碳原子、1至3个碳原子或1至2个碳原子。
如本文所用，“Cn-m烯基”是指具有一个或多个碳-碳双键并具有n至m个碳的烷基。实例烯基包括但不限于乙烯基、正丙烯基、异丙烯基、正丁烯基、仲丁烯基等。在一些实施方案中，烯基部分含有2至6、2至4或2至3个碳原子。
如本文所用，“Cn-m炔基”是指具有一个或多个碳-碳三键并具有n至m个碳的烷基。实例炔基包括但不限于乙炔基、丙炔-1-基、丙炔-2-基等。在一些实施方案中，炔基部分含有2至6、2至4或2至3个碳原子。如本文所用，单独或与其他术语组合使用的术语“Cn-m烷氧基”是指式-O-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳。实例烷氧基包括但不限于甲氧基、乙氧基、丙氧基(例如正丙氧基和异丙氧基)、丁氧基(例如正丁氧基和叔丁氧基)等。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“氨基”是指式-NH2的基团。
如本文所用，单独或与其他术语组合使用的术语“芳基”是指芳族烃基团，其可以是单环或多环的(例如具有2个稠环)。术语“Cn-m芳基”是指具有n至m个环碳原子的芳基。芳基包括例如苯基、萘基、蒽基、菲基、茚满基、茚基等。在一些实施方案中，芳基具有6至10个碳原子。在一些实施方案中，芳基是苯基或萘基。在一些实施方案中，芳基是苯基。
如本文所用，“卤基”是指F、Cl、Br或I。在一些实施方案中，卤基是F、Cl或Br。在一些实施方案中，卤基是F或Cl。在一些实施方案中，卤基是F。在一些实施方案中，卤基是Cl。
如本文所用，“Cn-m卤代烷氧基”是指具有n至m个碳原子的式-O-卤代烷基的基团。实例卤代烷氧基包括OCF3和OCHF2。在一些实施方案中，卤代烷氧基仅被氟化。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，单独或与其他术语组合使用的术语“Cn-m卤代烷基”是指具有一个卤素原子至2s+1个可相同或不同的卤素原子的烷基，其中“s”是烷基中的碳原子数，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，卤代烷基仅被氟化。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。实例卤代烷基包括CF3、C2F5、CHF2、CH2F、CCl3、CHCl2、C2Cl5等。
如本文所用，术语“硫醇基(thio)”是指式-SH的基团。
如本文所用，术语“Cn-m烷基氨基”是指式-NH(烷基)的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷氧基羰基”是指式-C(O)O-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基羰基”是指式-C(O)-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基羰基氨基”是指式-NHC(O)-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷氧基羰基氨基”是指式-NHC(O)O(Cn-m烷基)的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基磺酰基氨基”是指式-NHS(O)2-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“氨基磺酰基”是指式-S(O)2NH2的基团。
如本文所用，术语“Cn-m烷基氨基磺酰基”是指式-S(O)2NH(烷基)的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“二(Cn-m烷基)氨基磺酰基”是指式-S(O)2N(烷基)2的基团，其中每个烷基独立地具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，每个烷基独立地具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“氨基磺酰基氨基”是指式-NHS(O)2NH2的基团。
如本文所用，术语“Cn-m烷基氨基磺酰基氨基”是指式-NHS(O)2NH(烷基)的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“二(Cn-m烷基)氨基磺酰基氨基”是指式-NHS(O)2N(烷基)2的基团，其中每个烷基独立地具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，每个烷基独立地具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，单独或与其他术语组合使用的术语“氨基羰基氨基”是指式-NHC(O)NH2的基团。
如本文所用，术语“Cn-m烷基氨基羰基氨基”是指式-NHC(O)NH(烷基)的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“二(Cn-m烷基)氨基羰基氨基”是指式-NHC(O)N(烷基)2的基团，其中每个烷基独立地具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，每个烷基独立地具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基氨基甲酰基”是指式-C(O)-NH(烷基)的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷硫基”是指式-S-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基亚磺酰基”是指式-S(O)-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基磺酰基”是指式-S(O)2-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“氰基-C1-6烷基”是指式-(C1-6亚烷基)-CN的基团。如本文所用，术语“氰基-C1-3烷基”是指式-(C1-3亚烷基)-CN的基团。
如本文所用，术语“HO-C1-6烷基”是指式-(C1-6亚烷基)-OH的基团。如本文所用，术语“HO-C1-3烷基”是指式-(C1-3亚烷基)-OH的基团。
如本文使用，术语“C1-6烷氧基-C1-6烷基”是指式-(C1-6亚烷基)-O(C1-6烷基)的基团。如本文使用，术语“C1-3烷氧基-C1-3烷基”是指式-(C1-3亚烷基)-O(C1-3烷基)的基团。
如本文使用，术语“羧基”是指式-C(O)OH的基团。
如本文所用，术语“二(Cn-m烷基)氨基”是指式-N(烷基)2的基团，其中两个烷基各自独立地具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，每个烷基独立地具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“二(Cn-m烷基)氨甲酰基”是指式-C(O)N(烷基)2的基团，其中两个烷基各自独立地具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，每个烷基独立地具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，术语“Cn-m烷基羰氧基”是指式-C(O)-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，“氨基羰氧基”是式-OC(O)-NH2的基团。
如本文所用，术语“Cn-m烷基羰氧基”是指式-OC(O)-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，“氨基羰氧基”是式-OC(O)-NH2的基团。
如本文所用，“Cn-m烷基氨基羰氧基”是指式-OC(O)-NH-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，烷基具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，“二(Cn-m烷基)氨基羰氧基”是式-OC(O)-N(烷基)2的基团，其中每个烷基独立地具有n至m个碳原子。在一些实施方案中，每个烷基独立地具有1至6、1至4或1至3个碳原子。
如本文所用，Cn-m烷氧基羰基氨基是指式-NHC(O)-O-烷基的基团，其中烷基具有n至m个碳原子。
如本文所用，术语“氨甲酰基”是指式-C(O)NH2的基团。
如本文所用，单独或与其他术语组合使用的术语“羰基”是指-C(O)-基团。
如本文所用，“环烷基”是指包括环化烷基和环化烯基的非芳环状烃。环烷基可包括单环或多环(例如具有2、3或4个稠环)基团、螺环和桥联环(例如桥联双环烷基)。环烷基的成环碳原子可任选地被氧代或硫代(例如C(O)或C(S))取代。环烷基的定义中还包括具有一个或多个与环烷基环稠合(即具有共同的键)的芳环的部分，例如，环戊烷、环己烷等的苯并或噻吩基衍生物。含有稠合芳环的环烷基可通过任何成环原子(包括稠合芳环的成环原子)连接。环烷基可具有3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14个成环碳(即C3-14)。在一些实施方案中，环烷基是C3-12单环或双环环烷基，其任选地被CH2F、CHF2、CF3和CF2CF3取代。在一些实施方案中，环烷基是C3-10单环或双环环烷基。在一些实施方案中，环烷基为C3-7单环环烷基。在一些实施方案中，环烷基为C4-7单环环烷基。在一些实施方案中，环烷基是C4-14螺环或桥联环烷基(例如桥联双环烷基)。实例环烷基包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、环戊烯基、环己烯基、环己二烯基、环庚三烯基、降冰片基、降蒎烷基(norpinyl)、降蒈烷基(norcarnyl)、立方烷、金刚烷、双环[1.1.1]戊基、双环[2.1.1]己基、双环[2.2.1]庚基、双环[3.1.1]庚基、双环[2.2.2]辛基、螺[3.3]庚基等。在一些实施方案中，环烷基是环丙基、环丁基、环戊基或环己基。
如本文所用，“杂芳基”是指具有至少一个选自N、O、S和B的杂原子环成员的单环或多环(例如具有2、3或4个稠环)芳族杂环。在一些实施方案中，杂芳环具有1、2、3或4个独立地选自N、O、S和B的杂原子环成员。在一些实施方案中，杂芳基部分中的任何成环N可以是N-氧化物。在一些实施方案中，杂芳基是具有1、2、3或4个独立地选自N、O和S的杂原子环成员的5-10元单环或双环杂芳基。在一些实施方案中，杂芳基是具有1、2、3或4个独立地选自N、O和S的杂原子环成员的5-10元单环或双环杂芳基。在一些实施方案中，杂芳基是具有1、2、3或4个独立地选自N、O和S的杂原子环成员的5-10元单环或双环杂芳基。在一些实施方案中，杂芳基是具有1或2个独立地选自N、O、S和B的杂原子环成员的5-6元单环杂芳基。在一些实施方案中，杂芳基是具有1或2个独立地选自N、O和S的杂原子环成员的5-6元单环杂芳基。在一些实施方案中，杂芳基包含3至14、3至10、4至14、4至10、3至7或5至6个成环原子。在一些实施方案中，杂芳基具有1至4个成环杂原子、1至3个成环杂原子、1至2个成环杂原子或1个成环杂原子。当杂芳基含有多于一个杂原子环成员时，所述杂原子可相同或不同。实例杂芳基包括但不限于吡啶、嘧啶、吡嗪、哒嗪、吡咯、吡唑、唑基、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、咪唑、呋喃、噻吩、三唑、四唑、噻二唑、喹啉、异喹啉、吲哚、苯并噻吩、苯并呋喃、苯并异噁唑、咪唑并[1,2-b]噻唑、嘌呤、三嗪、噻吩并[3,2-b]吡啶、咪唑并[1,2-a]吡啶、1,5-萘啶、1H-吡唑并[4,3-b]吡啶等。
五元杂芳基是具有五个成环原子的杂芳基，其中一个或多个(例如1、2或3个)成环原子独立地选自N、O、S或B。示例性五元环杂芳基是噻吩基、呋喃基、吡咯基、咪唑基、噻唑基、噁唑基、吡唑基、异噻唑基、异噁唑基、1,2,3-三唑基、四唑基、1,2,3-噻二唑基、1,2,3-噁二唑基、1,2,4-三唑基、1,2,4-噻二唑基、1,2,4-噁二唑基、1,3,4-三唑基、1,3,4-噻二唑基、1,3,4-噁二唑基和1,2-二氢-1,2-氮杂硼烷(1,2-dihydro-1,2-azaborine)。
六元杂芳环是具有六个成环原子的杂芳基，其中一个或多个(例如1、2或3个)成环原子独立地选自N、O、S和B。示例性六元环杂芳基是吡啶基、吡嗪基、嘧啶基、三嗪基和哒嗪基。
如本文所用，“杂环烷基”是指具有至少一个非芳环(饱和或部分不饱和环)的单环或多环杂环，其中杂环烷基的一个或多个成环碳原子被选自N、O、S和B的杂原子替换，并且其中杂环烷基的成环碳原子和杂原子可任选地被一个或多个氧代或硫代(例如C(O)、S(O)、C(S)或S(O)2等)取代。杂环烷基包括单环和多环(例如具有2个稠环)系统。杂环烷基中包括单环和多环12、4-12、3-10、4-10、3-7、4-7和5-6元杂环烷基。杂环烷基还可包括螺环和桥联环(例如，有一个或多个成环碳原子被独立地选自N、O、S和B的杂原子替换的5-14元桥联双杂环烷基环)。杂环烷基可通过成环碳原子或成环杂原子连接。在一些实施方案中，杂环烷基含有0至3个双键。在一些实施方案中，杂环烷基含有0至2个双键。
杂环烷基的定义中还包括具有一个或多个与非芳族杂环稠合(即具有共同键)的芳环的部分，例如，哌啶、吗啉、氮杂
Figure BDA0003296244150000792
(azepine)等的苯并或噻吩基衍生物。含有稠合芳环的杂环烷基可通过任何成环原子(包括稠合芳环的成环原子)连接。在一些实施方案中，杂环烷基含有3至14个成环原子、4至14个成环原子、3至10个成环原子、4至10个成环原子、3至7个成环原子或5至6个成环原子。在一些实施方案中，杂环烷基具有1至4个杂原子、1至3个杂原子、1至2个杂原子或1个杂原子。在一些实施方案中，杂环烷基是具有1或2个独立地选自N、O、S和B的杂原子并且具有一个或多个氧化环成员的单环4-6元杂环烷基。
实例杂环烷基包括吡咯烷-2-酮、1,3-异噁唑烷-2-酮、吡喃基、四氢吡喃、氧杂环丁烷基、氮杂环丁烷基、吗啉代、硫吗啉代、哌嗪基、四氢呋喃基、四氢噻吩基、哌啶基、吡咯烷基、异噁唑烷基、异噻唑烷基、吡唑烷基、噁唑烷基、噻唑烷基、咪唑烷基、氮杂环庚烷基、苯并氮杂
Figure BDA0003296244150000791
(benzazapene)、1,2,3,4-四氢异喹啉、氮杂双环[3.1.0]己基、二氮杂双环[3.1.0]己基、氧杂双环[2.1.1]己基、氮杂双环[2.2.1]庚基、二氮杂双环[2.2.1]庚基、氮杂双环[3.1.1]庚基、二氮杂双环[3.1.1]庚基、氮杂双环[3.2.1]辛基、二氮杂双环[3.2.1]辛基、氧杂二环[2.2.2]辛基、氮杂双环[2.2.2]辛基、氮杂金刚烷基、二氮杂金刚烷基、氧杂-金刚烷基、氮杂螺[3.3]庚基、二氮杂螺[3.3]庚基、氧杂-氮杂螺[3.3]庚基、氮杂螺[3.4]辛基、二氮杂螺[3.4]辛基、氧杂-氮杂螺[3.4]辛基、氮杂螺[2.5]辛基、二氮杂螺[2.5]辛基、氮杂螺[4.4]壬基、二氮杂螺[4.4]壬基、氧杂-氮杂螺[4.4]壬基、氮杂螺[4.5]癸基、二氮杂螺[4.5]癸基、二氮杂螺[4.4]壬基、氧杂-二氮杂螺[4.4]壬基等。
如本文所用，“Co-p环烷基-Cn-m烷基-”是指式环烷基-亚烷基-的基团，其中环烷基具有o至p个碳原子并且亚烷基连接基团具有n至m个碳原子。
如本文所用，“Co-p芳基-Cn-m烷基-”是指式芳基-亚烷基-的基团，其中芳基具有o至p个碳原子并且亚烷基连接基团具有n至m个碳原子。
如本文所用，“杂芳基-Cn-m烷基-”是指式杂芳基-亚烷基-的基团，其中亚烷基连接基团具有n至m个碳原子。
如本文所用，“杂环烷基-Cn-m烷基-”是指式杂环烷基-亚烷基-的基团，其中亚烷基连接基团具有n至m个碳原子。
如本文所用，术语“亚烷基”是指二价直链或支链烷基连接基团。“亚烷基”的实例包括亚甲基、乙烷-1,1-二基、乙烷-1,2-二基、丙烷-1,3-二基、丙烷-1,2-二基、丙烷-1,1-二基等。
如本文所用，术语“亚烯基”是指二价直链或支链烯基连接基团。“亚烯基”的实例包括乙烯-1,1-二基、乙烯-1,2-二基、丙烯-1,3-二基、2-丁烯-1,4-二基、3-戊烯-1,5-二基、3-己烯-1,6-二基、3-己烯-1,5-二基等。
如本文所用，术语“亚炔基”是指二价直链或支链炔基连接基团。“亚炔基”的实例包括丙炔-1,3-二基、2-丁炔-1,4-二基、3-戊炔-1,5-二基、3-己炔-1,6-二基、3-己炔-1,5-二基等。
如本文所用，术语“氧代”是指作为二价取代基的氧原子(即＝O)，当连接至碳时形成羰基(例如C＝O或C(O))，或连接至氮或硫杂原子时形成亚硝基、亚磺酰基或磺酰基。
如本文所用，术语“独立地选自”意指每次出现的变量或取代基每次出现时独立地选自适用的列表。
在某些地方，定义或实施方案是指特定的环(例如氮杂环丁烷环、吡啶环等)。除非另外指定，否则这些环可连接至任何环成员，前体条件是不超过原子的化合价。例如，氮杂环丁烷环可在环的任何位置处连接，而吡啶-3-基环在3位处连接。
本文所述的化合物可以是不对称的(例如具有一个或多个立体中心)。除非另外指定，否则旨在包括所有立体异构体，诸如对映体和非对映体。可以光学活性形式或外消旋形式分离含有不对称取代碳原子的本公开的化合物。关于如何由光学非活性起始材料制备光学活性形式的方法是本领域中已知的，诸如通过拆分外消旋混合物或通过立体选择性合成。烯烃、C＝N双键等的许多几何异构体也可在本文所述的化合物中存在，并且所有此类稳定异构体均涵盖在本发明中。描述了本公开的化合物的顺式和反式几何异构体并且其可作为异构体混合物形式或作为单独的异构体形式分离。在一些实施方案中，化合物具有(R)-构型。在一些实施方案中，化合物具有(S)-构型。本文提供的式(例如式(A-I)、(B-I)等)包括化合物的立体异构体。
化合物的外消旋混合物的拆分可通过本领域已知的多种方法中的任一种来进行。实例方法包括使用手性拆分酸进行分步重结晶，所述手性拆分酸是光学活性的成盐有机酸。适用于分步重结晶方法的拆分剂是，例如，光学活性酸，诸如D型和L型的酒石酸、二乙酰基酒石酸、二苯甲酰基酒石酸、杏仁酸、苹果酸、乳酸或各种光学活性樟脑磺酸诸如β-樟脑磺酸。适用于分步结晶方法的其他拆分剂包括α-甲基苯甲胺的立体异构体纯形式(例如S和R形式或非对映体纯形式)、2-苯基甘氨醇、降麻黄素、麻黄素、N-甲基麻黄素、环己基乙胺、1,2-二氨基环己烷等。
外消旋混合物的拆分还可通过在填充有光学活性拆分剂(例如二硝基苯甲酰基苯基甘氨酸)的柱上洗脱来进行。合适的洗脱溶剂组合物可由本领域技术人员确定。
本文所提供的化合物还包括互变异构形式。互变异构形式由单键与相邻双键交换并伴随质子迁移一起产生。互变异构形式包括质子转移互变异构体(prototropictautomer)，其是具有相同经验式和总电荷的异构质子化状态。实例质子转移互变异构体包括酮-烯醇对、酰胺-亚氨酸对、内酰胺-内酰亚胺对、烯胺-亚胺对以及质子可占据杂环系统的两个或更多个位置的环形式，例如，1H-咪唑和3H-咪唑、1H-1,2,4-三唑、2H-1,2,4-三唑和4H-1,2,4-三唑、1H-异吲哚和2H-异吲哚、2-羟基吡啶和2-吡啶酮以及1H-吡唑和2H-吡唑。互变异构形式可处于平衡状态或通过适当取代而在空间上锁定为一种形式。除非另外规定，否则本文中由名称或结构鉴定为一种特定互变异构形式的化合物意图包括其他互变异构形式。
所有化合物及其药学上可接受的盐可连同诸如水和溶剂的其他物质一起获得(例如水合物和溶剂化物)或可被分离。
在一些实施方案中，化合物的制备可涉及添加酸或碱以影响例如，所期望反应的催化或诸如酸加成盐的盐形式的形成。
在一些实施方案中，本文所提供的化合物或其盐是基本上分离的。“基本上分离”意指化合物从形成或检测到所述化合物的环境中至少部分或基本上分离。部分分离可包括例如本文所提供的化合物富集的组合物。基本上分离可包括含有按重量计至少约50％、至少约60％、至少约70％、至少约80％、至少约90％、至少约95％、至少约97％或至少约99％的本文所提供的化合物或其盐的组合物。用于分离化合物及其盐的方法是本领域的常规方法。
在一些实施方案中，CDK2抑制剂可以是同位素标记化合物或其药学上可接受的盐。“同位素标记”或“放射性标记的”化合物是其中一个或多个原子被原子质量或质量数不同于通常在自然界中发现(即天然存在)的原子质量或质量数的原子替换或取代的本公开的化合物。可掺入本公开的化合物中的合适的放射性核素包括但不限于2H(对于氘也写作D)、3H(对于氚也写作T)、11C、13C、14C、13N、15N、15O、17O、18O、18F、35S、36Cl、82Br、75Br、76Br、77Br、123I、124I、125I和131I。例如，本公开的化合物中的一个或多个氢原子可被氘原子替换(例如，C1-6烷基的一个或多个氢原子可任选地被氘原子取代，诸如用-CD3取代-CH3)。
本文所述的化合物的一个或多个组分原子可被天然或非天然丰度的原子的同位素替换或取代。在一些实施方案中，化合物包括至少一个氘原子。在一些实施方案中，化合物包括两个或更多个氘原子。在一些实施方案中，化合物包括1-2、1-3、1-4、1-5或1-6个氘原子。在一些实施方案中，化合物中的所有氢原子都可被氘原子替换或取代。
将同位素包含在有机化合物中的合成方法是本领域已知的(Deuterium Labelingin Organic Chemistry by Alan F.Thomas(New York,N.Y.,Appleton-Century-Crofts,1971；The Renaissance of H/D Exchange by Jens Atzrodt,Volker Derdau,ThorstenFey和Jochen Zimmermann,Angew.Chem.Int.Ed.2007,7744-7765；The Organic Chemistryof Isotopic Labelling by James R.Hanson,Royal Society of Chemistry,2011)。可将同位素标记化合物用于诸如NMR光谱、代谢实验和/或测定的各种研究。
用诸如氘的更重同位素进行取代可提供由于更高代谢稳定性(例如，体内半衰期增加或剂量需求减小)所产生的某些治疗优点，并因此在一些情况下可以是优选的(参见例如,A.Kerekes等人J.Med.Chem.2011,54,201-210；R.Xu等人J.LabelCompd.Radiopharm.2015,58,308-312)。具体地说，在一个或多个代谢位点处的取代可提供一种或多种所述治疗优点。
因此，在一些实施方案中，CDK2抑制剂是化合物或其药学上可接受的盐，其中化合物中的一个或多个氢原子被氘原子替换。
如本文所用，术语“化合物”意在包括所描绘结构的所有立体异构体、几何异构体、互变异构体和同位素。除非另外规定，否则本文中由名称或结构鉴定为一种特定互变异构形式的化合物意图包括其他互变异构形式。
短语“药学上可接受的”在本文中用于指代在合理的医学判断范围内适于与人类和动物的组织接触使用而没有过量毒性、刺激性、过敏反应或其他问题或并发症、与合理的益处/风险比相称的那些化合物、材料、组合物和/或剂型。
本公开还包括本文所述的化合物的药学上可接受的盐。如本文所用，“药学上可接受的盐”是指所公开化合物的衍生物，其中母体化合物通过将现有酸或碱部分转化为其盐形式来加以修饰。药学上可接受的盐的实例包括但不限于碱性残基(诸如胺)的无机酸盐或有机酸盐；酸性残基(诸如羧酸)的碱盐或有机盐；等。本公开的药学上可接受的盐包括由例如无毒无机酸或有机酸形成的母体化合物的常规无毒盐。本公开的药学上可接受的盐可通过常规化学方法由含有碱性或酸性部分的母体化合物合成。一般而言，可通过使这些化合物的游离酸或碱形式与化学计算量的适当碱或酸在水或有机溶剂或两者的混合物中反应来制备此类盐；一般而言，如醚、乙酸乙酯、醇类(例如甲醇、乙醇、异丙醇或丁醇)或乙腈(ACN)的非水性介质是优选的。合适的盐的列表可在Remington's PharmaceuticalSciences,第17版,Mack Publishing Company,Easton,Pa.,1985,第1418页和Journal ofPharmaceutical Science,66,2(1977)中找到，所述文献各自以引用的方式整体并入本文。
术语“CDK2抑制剂”包括抑制CDK2的任何化合物，包括其药学上可接受的盐、水合物、溶剂化物和多晶型物。
合成
本发明化合物，包括其盐，可使用已知有机合成技术制备并且可根据众多可能的合成路线(诸如以下方案中的合成路线)的任一种合成。
用于制备本发明化合物的反应可在有机合成领域技术人员能容易选择的合适溶剂中进行。在进行反应的温度下，例如，可在从溶剂的冷冻温度至溶剂的沸腾温度范围内的温度下，合适的溶剂可基本上不与起始材料(反应物)、中间体或产物反应。给定反应可在一种溶剂或多于一种溶剂的混合物中进行。根据具体反应步骤，适用于具体反应步骤的溶剂可由熟练技术人员选择。
本发明化合物的制备可涉及各种化学基团的保护和脱保护。本领域技术人员可容易确定保护和脱保护的需要以及适当保护基的选择。保护基的化学在例如，Kocienski,Protecting Groups,(Thieme,2007)；Robertson,Protecting Group Chemistry,(OxfordUniversity Press,2000)；Smith等人,March's Advanced Organic Chemistry:Reactions,Mechanisms,and Structure,第6版(Wiley,2007)；Peturssion等人,“Protecting Groups in Carbohydrate Chemistry”,J.Chem.Educ.,1997,74(11),1297和Wuts等人,Protective Groups in Organic Synthesis,第4版,(Wiley,2006)中有所描述。
可根据本领域已知的任何合适的方法监测反应。例如，可通过诸如核磁共振光谱法(例如1H或13C)、红外光谱法、分光光度法(例如紫外-可见光)、质谱法的光谱手段，或通过诸如高效液相色谱法(HPLC)或薄层色谱法(TLC)的色谱方法来监测产物形成。
以下方案提供了关于制备本发明化合物的一般指导。本领域技术人员将理解，可使用有机化学的一般知识来修改或优化方案中示出的制备以制备本发明的各种化合物。
可使用例如如下方案1和2所说明的方法制备式(A-I)化合物。
式(A-I)化合物可由通式(A)中间体制备。可如方案1所示制备中间体(A)。方案1示出了可将式1-1的二酸转化为合适的二酯(例如甲酯或乙酯)以提供式1-2化合物，其可用适当的试剂(例如甲酸甲酯或甲酸乙酯)甲酰化以提供式1-3化合物。式1-3化合物与适当的胍源(诸如碳酸胍或盐酸胍)的反应可得到式1-4化合物。最后，式1-4化合物与适当的氯化试剂(例如三氯氧磷)的反应可得到通式(A)的结构。
方案1
Figure BDA0003296244150000861
可将通式A的中间体转化为在R1处具有各种取代基的式(I)化合物，并且如方案2所示。式(A)化合物可使用多种方法(例如，用醛或酮还原胺化、Buchwald-Hartwig胺化、铜催化胺化、酰胺键形成等)与适当的R2取代基反应以提供式2-2化合物。式2-2化合物的氯基可在Buchwald-Hartwig胺化条件下与适当的胺反应以提供式(I)化合物。
方案2
Figure BDA0003296244150000871
可根据期望变化的位置以多种方式制备式(B-I)化合物。例如，可如方案3所示制备在环A处具有变化的式(B-I)化合物。在方案3描绘的方法中，用所期望的胺选择性置换三卤代嘧啶1-1的氯基提供式1-2化合物。中间体1-2可经由选择性Negishi交叉偶联反应(CCR)与适当的钯预催化剂/配体组合(例如Pd2(dba)3与QPhos或XPhos)反应以得到中间体1-3。然后中间体1-3可经由碱促进的环化而反应以提供式1-4化合物。然后可(例如，经由连续烷基化或Pd催化的芳基化)引入对中间体1-4的酰胺α位的所期望取代以提供式1-5化合物。可选地，在标准烷基化条件下与双亲电体(例如1,2-二溴乙烷)的反应提供式1-5化合物，其中R2和R3组合以形成环)以提供式1-5化合物。最后，用适当的胺进行Buchwald-Hartwig胺化提供式(B-I)化合物。
方案3
Figure BDA0003296244150000872
可如方案4所示形成在R1处具有不同基团的式(B-I)化合物。因此，如上引入化合物2-1的R2和R3提供化合物2-2，其可经历硫的选择性氧化(例如用m-CPBA)以提供中间体2-3。中间体2-3在所得砜处与适当的N-甲酰基胺的选择性SNAr反应提供中间体2-4。最后，中间体2-4与适当的胺反应提供通式(B-I)化合物。此偶联可以两种方式中的一种方式进行。首先，可使用通过适当的预成型催化剂(例如RuPhos第二代预催化剂或XantPhos第二代预催化剂)催化的串联Buchwald-Hartwig胺化和环化。可选地，两步方案包括用适当的酸性(TFA)或碱性(Hunig碱)催化剂和适当的极性溶剂(即1,1,1-三氟乙醇或1-丁醇)的SNAr反应，随后是用适当的碱(即氢化钠)诱导的环化。
方案4
Figure BDA0003296244150000881
治疗方法
本文公开的方法能够评估患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者是否可能对CDK2抑制剂作出反应(例如，可能具有如疾病缓解/痊愈所证明的更大的疾病改善或具有受抑制的CDK2)。可向可能对CDK2抑制剂作出反应的患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者施用CDK2抑制剂。相反地，可向不太可能对CDK2抑制剂作出反应的患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者施用适用于治疗所述疾病或病症的另外疗法。
本公开的方法还能够将患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者分层为更有可能受益于包含CDK2抑制剂的治疗的人受试者组和不太可能受益于包含CDK2抑制剂的治疗的人受试者组。从被考虑用CDK2抑制剂治疗的CDK2相关疾病或病症人受试者库中选择此类人受试者的能力有利于向受试者施用有效治疗。
在一个实施方案中，待用CDK2抑制剂治疗的人受试者患有、怀疑患有或可能发展出与CDK2相关的疾病或病症。在某些实施方案中，待用CDK2抑制剂治疗的人受试者患有、怀疑患有或可能发展出癌症。
如果患有与CDK2相关的疾病或病症的人受试者更有可能对CDK抑制剂作出反应(基于一种或多种上述标记物(例如生物标记物或药效标记物，例如CCNE1、p16和Rb磷酸化))，则可向人受试者施用有效量的CDK2抑制剂。可由保健医生考虑例如患者的特征(年龄、性别、体重、种族等)、疾病的进展和先前对药物的暴露来适当地确定CDK2抑制剂的有效量。如果人受试者不太可能对CDK2抑制剂作出反应，则可任选地向人受试者施用不包含CDK2抑制剂的疗法。
在基于人受试者是更有可能还是不太可能对CDK抑制剂作出反应而对人受试者进行分层或选择之后，执业医师(例如医生)可向人受试者施用适当的治疗模式。施用CDK2抑制剂的方法是本领域已知的。
在患有与CDK2相关的疾病或病症并预测会对CDK2抑制剂作出反应的人受试者先前已被施用过一种或多种非CDK2抑制剂疗法的情况下，CDK2抑制剂可替换或增强先前或当前施用的疗法。例如，在用CDK2抑制剂治疗后，一种或多种非CDK2抑制剂疗法的施用可停止或减少，例如以更低水平施用。在施用CDK2抑制剂的同时，可维持先前疗法的施用。在一些实施方案中，可维持先前的疗法直到CDK2抑制剂的水平达到足以提供治疗效果的水平。
在特定的实施方案中，本文提供了一种治疗患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的的人受试者的方法，其包括向所述人受试者施用CDK2抑制剂，其中先前已确定人受试者(i)(a)具有编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列，(b)具有缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因，和/或(c)表达p16蛋白(例如，包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)，并且(ii)(a)具有CCNE1基因的扩增和/或(b)获自受试者的生物样品中高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平。在某些实施方案中，生物样品在施用CDK2抑制剂之前至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周、至少4周或至少2个月获自人受试者。在某些实施方案中，生物样品在施用CDK2抑制剂之前至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周、至多4周或至多2个月获自人受试者。在某些实施方案中，在施用CDK2抑制剂之前至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周、至少4周或至少2个月确定受试者具有编码SEQ ID NO:1的p16蛋白的基因。在某些实施方案中，在施用CDK2抑制剂之前至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周、至多4周或至多2个月确定受试者具有编码SEQ IDNO:1的p16蛋白的基因。在特定的实施方案中，方法还包括：
(1)在向受试者施用CDK2抑制剂后获自受试者的生物样品中，测量与对应于SEQID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低；以及
(2)在测量之后，继续对人受试者施用CDK2抑制剂。
在某些实施方案中，在施用CDK2抑制剂后至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少5小时、至少6小时、至少7小时、至少8小时、至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周或至少4周获得在向受试者施用CDK2抑制剂后获自受试者的生物样品。在某些实施方案中，在施用CDK2抑制剂后至多1小时、至多2小时、至多3小时、至多4小时、至多5小时、至多6小时、至多7小时、至多8小时、至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周或至多4周获得在向受试者施用CDK2抑制剂后获自受试者的生物样品。在某些实施方案中，步骤(2)的继续施用发生在步骤(1)的测量之后至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周、至少4周或至少2个月。在某些实施方案中，步骤(2)的继续施用发生在步骤(1)的测量之后至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周、至多4周或至多2个月。
在另一个特定的实施方案中，本文提供了一种治疗患有、怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症的人受试者的方法，其包括：(i)在获自人受试者的生物样品中鉴定：(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列，(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代的CDKN2A基因，和/或(c)p16蛋白(例如包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白)的存在，(ii)在获自人受试者的生物样品中鉴定：(a)CCNE1基因的扩增和/或(b)高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平；以及向人受试者施用CDK2抑制剂。在特定的实施方案中，人受试者患有与CDK2相关的疾病或病症。在特定的实施方案中，人受试者被怀疑患有或有风险发展出与CDK2相关的疾病或病症。在某些实施方案中，施用发生于在获自人受试者的生物样品中鉴定CDKN2A基因、p16蛋白和/或CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平后至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周、至少4周或至少2个月。在某些实施方案中，施用发生于在获自人受试者的生物样品中鉴定编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列、缺乏一个或多个失活性核酸替代的CDKN2A基因和/或p16蛋白的存在和/或CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平后至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周、至多4周或至多2个月。在特定的实施方案中，方法还包括：在向受试者施用CDK2抑制剂后获自受试者的生物样品中，测量与对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低；以及在测量之后，继续向人受试者施用CDK2抑制剂。在某些实施方案中，在向受试者施用CDK2抑制剂后至少1小时、至少2小时、至少3小时、至少4小时、至少5小时、至少6小时、至少7小时、至少8小时、至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周或至少4周获得在施用后获自受试者的生物样品。在某些实施方案中，在向受试者施用CDK2抑制剂后至多1小时、至多2小时、至多3小时、至多4小时、至多5小时、至多6小时、至多7小时、至多8小时、至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周或至多4周获得在施用后获自受试者的生物样品。在某些实施方案中，继续施用发生在测量之后至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少2周、至少3周、至少4周或至少2个月。在某些实施方案中，继续施用发生在测量之后至多1天、至多2天、至多3天、至多4天、至多5天、至多6天、至多7天、至多2周、至多3周、至多4周或至多2个月。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是N-myc扩增的神经母细胞瘤细胞(参见Molenaar等人,Proc Natl Acad Sci USA106(31):12968-12973)、K-Ras突变肺癌(参见Hu,S.等人,Mol Cancer Ther,2015.14(11):第2576-85页)，以及具有FBW7突变和CCNE1过表达的癌症(参见Takada等人,Cancer Res,2017.77(18):第4881-4893页)。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是肺鳞状细胞癌、肺腺癌、胰腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌、胃腺癌、食管癌、膀胱尿路上皮癌、间皮瘤或肉瘤。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是肺腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌或胃腺癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是腺癌、癌或囊腺癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是子宫癌、卵巢癌、胃癌、食管癌、肺癌、膀胱癌、胰腺癌或乳腺癌。
在一些实施方案中，与CDK2相关的疾病或病症是癌症。
在一些实施方案中，癌症的特征为CCNE1的扩增或过表达。在一些实施方案中，癌症是卵巢癌或乳腺癌，特征为CCNE1的扩增或过表达。
在一些实施方案中，乳腺癌是化疗或放疗抗性乳腺癌、内分泌抗性乳腺癌、曲妥珠单抗抗性乳腺癌或展示对CDK4/6抑制的原发性或获得性抗性的乳腺癌。在一些实施方案中，乳腺癌是晚期或转移性乳腺癌。
可使用本公开的方法治疗的癌症的实例包括但不限于，骨癌、胰腺癌、皮肤癌、头颈癌、皮肤或眼内恶性黑色素瘤、子宫癌、卵巢癌、直肠癌、肛门癌、胃癌、睾丸癌、子宫癌、输卵管癌、子宫内膜癌(carcinoma of the endometrium)、子宫内膜癌(endometrialcancer)、子宫颈癌、阴道癌、外阴癌、霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤、食管癌、小肠癌、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、肾上腺癌、软组织肉瘤、尿道癌、阴茎癌、慢性或急性白血病(包括急性髓系白血病、慢性髓系白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病)、儿童实体瘤、淋巴细胞性淋巴瘤、膀胱癌、肾癌或尿道癌、肾盂癌、中枢神经系统(CNS)肿瘤、原发性中枢神经系统淋巴瘤、肿瘤血管生成、脊髓轴肿瘤、脑干胶质瘤、垂体腺瘤、卡波西肉瘤、表皮样癌、鳞状细胞癌、T细胞淋巴瘤、环境诱导的癌症(包括由石棉诱导的癌症)和所述癌症的组合。本公开的方法还可用于治疗转移性癌症。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法治疗的癌症包括黑色素瘤(例如转移性恶性黑色素瘤、BRAF和HSP90抑制抗性黑色素瘤)、肾癌(例如透明细胞癌)、前列腺癌(例如激素难治性前列腺腺癌)、乳腺癌、结肠癌、肺癌(例如非小细胞肺癌和小细胞肺癌)、鳞状细胞头颈癌、尿路上皮癌(例如膀胱)和具有高微卫星不稳定性的癌症(MSIhigh)。另外，本公开包括使用本公开的方法可抑制其生长的难治性或复发性恶性肿瘤。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法治疗的癌症包括但不限于实体瘤(例如前列腺癌、结肠癌、食管癌、子宫内膜癌、卵巢癌、子宫癌、肾癌、肝癌、胰腺癌、胃癌、乳腺癌、肺癌、头颈癌、甲状腺癌、胶质母细胞瘤、肉瘤、膀胱癌等)、血液癌症(例如淋巴瘤、白血病诸如急性淋巴细胞白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性髓细胞白血病(CML)、DLBCL、套细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(包括滤泡性淋巴瘤，包括复发性或难治性NHL和复发性滤泡性淋巴瘤)、霍奇金淋巴瘤或多发性骨髓瘤)和所述癌症的组合。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法治疗的癌症包括但不限于胆管癌(cholangiocarcinoma)、胆管癌(bile duct cancer)、三阴性乳腺癌、横纹肌肉瘤、小细胞肺癌、平滑肌肉瘤、肝细胞癌、尤文氏肉瘤、脑癌、脑肿瘤、星形细胞瘤、神经母细胞瘤、神经纤维瘤、基底细胞癌、软骨肉瘤、上皮样肉瘤、眼癌、输卵管癌、胃肠道癌、胃肠道间质瘤、毛细胞白血病、肠癌、胰岛细胞癌、口腔癌(oral cancer)、口腔癌(mouth cancer)、喉癌(throat cancer)、喉癌(laryngeal cancer)、唇癌、间皮瘤、颈部癌、鼻腔癌、眼癌、眼黑色素瘤、盆腔癌、直肠癌、肾细胞癌、唾液腺癌、鼻窦癌、脊髓癌、舌癌、肾小管癌、尿道癌和输尿管癌。
在一些实施方案中，本公开的方法可以用于治疗镰状细胞病和镰状细胞性贫血。
在一些实施方案中，可使用本公开的方法治疗的疾病和适应症包括但不限于血液癌症、肉瘤、肺癌、胃肠道癌、泌尿生殖道癌、肝癌、骨癌、神经系统癌症、妇科癌症和皮肤癌。
示例性的血液癌症包括淋巴瘤和白血病，诸如急性淋巴细胞性白血病(ALL)、急性髓细胞白血病(AML)、急性早幼粒细胞白血病(APL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、慢性髓细胞白血病(CML)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、套细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(包括复发性或难治性NHL和复发性滤泡性淋巴瘤)、霍奇金淋巴瘤、骨髓增殖性疾病(例如原发性骨髓纤维化(PMF)、真性红细胞增多症(PV)和原发性血小板增多症(ET))、骨髓增生异常综合征(MDS)、T细胞急性淋巴细胞性淋巴瘤(T-ALL)和多发性骨髓瘤(MM)。
示例性肉瘤包括软骨肉瘤、尤文氏肉瘤、骨肉瘤、横纹肌肉瘤、血管肉瘤、纤维肉瘤、脂肪肉瘤、粘液瘤、横纹肌瘤、横纹肉瘤、纤维瘤、脂肪瘤、错构瘤和畸胎瘤。
示例性肺癌包括非小细胞肺癌(NSCLC)、小细胞肺癌(SCLC)、支气管癌、鳞状细胞、未分化小细胞、未分化大细胞、腺癌、肺泡(细支气管)癌、支气管腺瘤、软骨瘤性错构瘤和间皮瘤。
示例性胃肠癌包括食管癌(鳞状细胞癌、腺癌、平滑肌肉瘤、淋巴瘤)、胃癌(癌、淋巴瘤、平滑肌肉瘤)、胰腺癌(导管腺癌、胰岛素瘤、胰高血糖素瘤、胃泌素瘤、类癌肿瘤、血管活性肠肽瘤)、小肠癌(腺癌、淋巴瘤、类癌肿瘤、卡波西肉瘤、平滑肌瘤、血管瘤、脂肪瘤、神经纤维瘤、纤维瘤)、大肠癌(腺癌、管状腺瘤、绒毛状腺瘤、错构瘤、平滑肌瘤)和结直肠癌。
示例性泌尿生殖道癌包括肾癌(腺癌、维尔姆斯瘤[肾母细胞瘤])、膀胱癌和尿道癌(鳞状细胞癌、移行细胞癌、腺癌)、前列腺癌(腺癌、肉瘤)和睾丸癌(精原细胞瘤、畸胎瘤、胚胎癌、畸胎癌、绒毛膜癌、肉瘤、间质细胞癌、纤维瘤、纤维腺瘤、腺瘤样肿瘤、脂肪瘤)。
示例性肝癌包括肝细胞癌(hepatoma)(肝细胞癌(hepatocellular carcinoma))、胆管癌、肝母细胞瘤、血管肉瘤、肝细胞腺瘤和血管瘤。
示例性的骨癌包括，例如，成骨肉瘤(骨肉瘤)、纤维肉瘤、恶性纤维组织细胞瘤、软骨肉瘤、尤文氏肉瘤、恶性淋巴瘤(网状细胞肉瘤)、多发性骨髓瘤、恶性巨细胞瘤脊索瘤、骨软骨瘤(骨软骨性外生骨疣)、良性软骨瘤、软骨母细胞瘤、软骨粘液纤维瘤、骨样骨瘤和巨细胞瘤。
示例性的神经系统癌症包括颅骨癌(骨瘤、血管瘤、肉芽肿、黄瘤、畸形性骨炎)、脑膜癌(脑膜瘤、脑膜肉瘤、神经胶质瘤病)、脑癌(星形细胞瘤、成神经管细胞瘤、神经胶质瘤、室管膜瘤、生殖细胞瘤(松果体瘤)、胶质母细胞瘤、多形性胶质母细胞瘤、少突神经胶质瘤、神经鞘瘤、视网膜母细胞瘤、先天性肿瘤)和脊髓癌(神经纤维瘤、脑膜瘤、神经胶质瘤、肉瘤)，以及神经母细胞瘤和小脑发育不良性神经节细胞瘤。
示例性的妇科癌症包括子宫癌(子宫内膜癌)、宫颈癌(宫颈癌、肿瘤前宫颈非典型增生)、卵巢癌(卵巢癌(浆液性囊腺癌、粘液性囊腺癌、未分类癌)、颗粒-鞘膜细胞瘤、塞莱二氏细胞瘤、无性细胞瘤、恶性畸胎瘤)、外阴癌(鳞状细胞癌、上皮内癌、腺癌、纤维肉瘤、黑色素瘤)、阴道癌(透明细胞癌、鳞状细胞癌、葡萄状肉瘤(胚胎横纹肌肉瘤)和输卵管癌(癌)。
示例性皮肤癌包括黑色素瘤、基底细胞癌、默克尔细胞癌、鳞状细胞癌、卡波西肉瘤、发育不良痣、脂肪瘤、血管瘤、皮肤纤维瘤和瘢痕疙瘩。在一些实施方案中，可使用本公开的化合物治疗的疾病和适应症包括但不限于镰状细胞病(例如镰状细胞性贫血)、三阴性乳腺癌(TNBC)、骨髓增生异常综合征、睾丸癌、胆管癌、食管癌和尿路上皮癌。
组合疗法
根据本文所述的方法用CDK2抑制剂治疗的人受试者可与一种或多种对治疗与CDK2相关的疾病或病症有效的另外的组合物或疗法组合进行治疗。在一些实施方案中，将CDK2抑制剂与BCL2抑制剂或CDK4/6抑制剂组合施用或使用。
I.癌症疗法
癌细胞生长和存活可受多个信号传导通路功能失调的影响。因此，组合在靶标中表现不同偏好的不同酶/蛋白质/受体抑制剂(其调节所述靶标的活性)以治疗此类疾患是有用的。靶向多于一个信号传导通路(或给定信号传导通路中所涉及的多于一个生物分子)可降低细胞群中出现耐药性的可能性和/或降低治疗的毒性。
一种或多种另外的药剂，诸如例如化疗剂、抗炎剂、类固醇、免疫抑制剂、免疫肿瘤剂、代谢酶抑制剂、趋化因子受体抑制剂和磷酸酶抑制剂，以及靶向疗法诸如Bcr-Abl、Flt-3、EGFR、HER2、JAK、c-MET、VEGFR、PDGFR、c-Kit、IGF-1R、RAF、FAK和诸如例如WO 2006/056399中所描述的那些的CDK4/6激酶抑制剂，可与本公开的化合物组合使用，用于治疗CDK2相关疾病、病症或疾患。诸如治疗抗体的其他药剂可与本公开的化合物组合使用，用于治疗CDK2相关疾病、病症或疾患。所述一种或多种另外的药剂可同时或依序向患者施用。
在一些实施方案中，将CDK2抑制剂与BCL2抑制剂或CDK4/6抑制剂组合施用或使用。
如本文所公开的化合物可与一种或多种其他酶/蛋白质/受体抑制剂疗法组合使用，用于治疗疾病，诸如癌症和本文所述的其他疾病或病症。可通过组合疗法治疗的疾病和适应症的实例包括如本文所述的那些。癌症的实例包括实体瘤和诸如液体肿瘤、血癌的非实体瘤。感染的实例包括病毒感染、细菌感染、真菌感染或寄生虫感染。例如，本公开的化合物可与以下激酶的一种或多种抑制剂组合用于治疗癌症：Akt1、Akt2、Akt3、BCL2、CDK4/6、TGF-βR、PKA、PKG、PKC、CaM激酶、磷酸化酶激酶、MEKK、ERK、MAPK、mTOR、EGFR、HER2、HER3、HER4、INS-R、IDH2、IGF-1R、IR-R、PDGFαR、PDGFβR、PI3K(α、β、γ、δ和多重或选择性)、CSF1R、KIT、FLK-II、KDR/FLK-1、FLK-4、flt-1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、c-Met、PARP、Ron、Sea、TRKA、TRKB、TRKC、TAM激酶(Axl、Mer、Tyro3)、FLT3、VEGFR/Flt2、Flt4、EphA1、EphA2、EphA3、EphB2、EphB4、Tie2、Src、Fyn、Lck、Fgr、Btk、Fak、SYK、FRK、JAK、ABL、ALK和B-Raf。在一些实施方案中，本公开的化合物可与一种或多种以下抑制剂组合用于治疗癌症或感染。可与本公开的化合物组合用于治疗癌症和感染的抑制剂的非限制性实例包括FGFR抑制剂(FGFR1、FGFR2、FGFR3或FGFR4，例如培米替尼(pemigatinib)(INCB54828)或INCB62079)、EGFR抑制剂(也称为ErB-1或HER-1；例如厄洛替尼(erlotinib)、吉非替尼(gefitinib)、凡德他尼(vandetanib)、奥西替尼(orsimertinib)、西妥昔单抗(cetuximab)、耐昔妥珠单抗(necitumumab)或帕尼单抗(panitumumab))、VEGFR抑制剂或通路阻断剂(例如贝伐单抗(bevacizumab)、帕唑帕尼(pazopanib)、舒尼替尼(sunitinib)、索拉非尼(sorafenib)、阿西替尼(axitinib)、瑞戈非尼(regorafenib)、普纳替尼(ponatinib)、卡博替尼(cabozantinib)、凡德他尼(vandetanib)、雷莫芦单抗(ramucirumab)、乐伐替尼(lenvatinib)、阿柏西普(ziv-aflibercept))、PARP抑制剂(例如奥拉帕尼(olaparib)、鲁卡帕尼(rucaparib)、维利帕尼(veliparib)或尼拉帕利(niraparib))、JAK抑制剂(JAK1和/或JAK2；例如鲁索替尼(ruxolitinib)或巴瑞替尼(baricitinib)；或JAK1抑制剂；例如伊西替尼(itacitinib)(INCB039110)、INCB052793或INCB054707)、赛替替尼(seitacitinib)(INCB39110)、IDO抑制剂(例如艾卡哚司他(epacadostat)、NLG919或BMS-986205、MK7162)、LSD1抑制剂(例如GSK2979552、INCB59872或INCB60003)、TDO抑制剂、PI3K-δ抑制剂(例如帕萨克西布(parsaclisib)(INCB50465)或INCB50797)、PI3K-γ抑制剂(诸如PI3K-γ选择性抑制剂)、Pim抑制剂(例如INCB53914)、CSF1R抑制剂、TAM受体酪氨酸激酶(Tyro-3、Axl和Mer；例如INCB081776)、腺苷受体拮抗剂(例如A2a/A2b受体拮抗剂)、HPK1抑制剂、趋化因子受体抑制剂(例如CCR2或CCR5抑制剂)、SHP1/2磷酸酶抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂(HDAC)(诸如HDAC8抑制剂)、血管生成抑制剂、白细胞介素受体抑制剂、溴和额外末端家族成员抑制剂(例如，溴结构域抑制剂或BET抑制剂，诸如INCB54329和INCB57643)、TAM受体酪氨酸激酶抑制剂(Tyro-3、Axl和Mer；例如INCB81776)；c-MET抑制剂(例如卡马替尼(capmatinib))；抗CD19抗体(例如他法西他单抗(tafasitatamab))；ALK2抑制剂(例如INCB00928)；或它们的组合。
在一些实施方案中，本文所述的化合物或盐与PI3Kδ抑制剂一起施用。在一些实施方案中，本文所述的化合物或盐与JAK抑制剂一起施用。在一些实施方案中，本文所述的化合物或盐与JAK1或JAK2抑制剂(例如巴瑞替尼或鲁索替尼)一起施用。在一些实施方案中，本文所述的化合物或盐与JAK1抑制剂一起施用。在一些实施方案中，本文所述的化合物或盐与JAK1抑制剂一起施用，所述抑制剂选择性超过JAK2。
用于组合疗法的实例抗体包括但不限于曲妥珠单抗(例如抗HER2)、雷珠单抗(ranibizumab)(例如抗VEGF-A)、贝伐单抗(AVASTINTM，例如抗VEGF)、帕尼单抗(例如抗EGFR)、西妥昔单抗(例如抗EGFR)、利妥昔单抗(例如抗CD20)和针对c-MET的抗体。
以下剂中的一种或多种可与本公开的化合物组合使用并且作为非限制性列表呈现：细胞抑制剂、顺铂、多柔比星(doxorubicin)、泰索帝(taxotere)、紫杉醇(taxol)、依托泊苷(etoposide)、伊立替康(irinotecan)、坎托沙(camptosar)、拓扑替康(topotecan)、太平洋紫杉醇(paclitaxel)、多西紫杉醇(docetaxel)、埃坡霉素(epothilones)、他莫昔芬(tamoxifen)、5-氟脲苷、甲氨蝶呤、替莫唑胺(temozolomide)、环磷酰胺、SCH 66336、R115777、L778,123、BMS 214662、IRESSATM(吉非替尼(gefitinib))、TARCEVATM(厄洛替尼(erlotinib))、EGFR抗体、内含子、ara-C、阿霉素(adriamycin)、环磷酰胺(cytoxan)、吉西他滨(gemcitabine)、尿嘧啶氮芥(uracil mustard)、氮芥(chlormethine)、异环磷酰胺(ifosfamide)、美法仑(melphalan)、苯丁酸氮芥、哌泊溴烷(pipobroman)、三亚乙基三聚氰胺(triethylenemelamine)、三亚乙基硫代磷胺(triethylenethiophosphoramine)、白消安、卡莫司汀(carmustine)、洛莫司汀(lomustine)、链脲佐菌素、达卡巴嗪(dacarbazine)、氟脲苷(floxuridine)、阿糖胞苷(cytarabine)、6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、磷酸氟达拉滨、奥沙利铂(oxaliplatin)、亮丙瑞林(leucovirin)、ELOXATINTM(奥沙利铂)、喷司他汀(pentostatine)、长春碱、长春新碱、长春地辛、博来霉素、更生霉素(dactinomycin)、柔红霉素、多柔比星、表柔比星(epirubicin)、伊达比星(idarubicin)、光神霉素(mithramycin)、脱氧考福霉素(deoxycoformycin)、丝裂霉素-C、L-天冬酰胺酶、替尼泊苷、17.α.-炔雌醇、己烯雌酚(diethylstilbestrol)、睾酮、泼尼松(Prednisone)、氟甲睾酮(Fluoxymesterone)、丙酸屈他雄酮(Dromostanolone propionate)、睾内酯(testolactone)、乙酸甲地孕酮(megestrolacetate)、甲泼尼龙(methylprednisolone)、甲睾酮、泼尼松龙(prednisolone)、曲安奈德(triamcinolone)、氯烯雌醚(chlorotrianisene)、羟孕酮、氨鲁米特(aminoglutethimide)、雌莫司汀(estramustine)、乙酸甲羟孕酮(medroxyprogesteroneacetate)、亮丙瑞林(leuprolide)、氟他胺(flutamide)、托瑞米芬(toremifene)、戈舍瑞林(goserelin)、卡铂、羟基脲、安吖啶(amsacrine)、丙卡巴肼(procarbazine)、米托坦(mitotane)、米托蒽醌、左旋咪唑(levamisole)、诺维苯(navelbene)、阿那曲唑(anastrazole)、来曲唑(letrazole)、卡培他滨(capecitabine)、瑞洛沙芬(reloxafine)、屈洛沙芬(droloxafine)、六甲基三聚氰胺(hexamethylmelamine)、阿瓦斯汀(avastin)、HERCEPTINTM(曲妥珠单抗)、BEXXARTM(托西莫单抗)、VELCADETM(硼替佐米)、ZEVALINTM(替伊莫单抗)、TRISENOXTM(三氧化二砷)、XELODATM(卡培他滨)、长春瑞滨、卟吩姆(porfimer)、ERBITUXTM(西妥昔单抗)、噻替派(thiotepa)、六甲蜜胺(altretamine)、美法仑、曲妥珠单抗、来曲唑(lerozole)、氟维司群(fulvestrant)、依西美坦(exemestane)、异环磷酰胺、利妥昔单抗(rituximab)、C225(西妥昔单抗)、Campath(阿仑单抗)、氯法拉滨(clofarabine)、克拉屈滨(cladribine)、阿非迪霉素(aphidicolon)、利妥昔单抗(rituxan)、舒尼替尼、达沙替尼(dasatinib)、替扎西他滨(tezacitabine)、Sml1、氟达拉滨、喷司他丁(pentostatin)、曲阿平(triapine)、迪多克斯(didox)、曲美多(trimidox)、艾美多(amidox)、3-AP和MDL-101,731。
本公开的化合物还可与其他治疗癌症的方法组合使用，例如通过化学疗法、辐射疗法、肿瘤靶向疗法、辅助疗法、免疫疗法或外科手术。免疫疗法的实例包括细胞因子治疗(例如干扰素、GM-CSF、G-CSF、IL-2)、CRS-207免疫疗法、癌症疫苗、单克隆抗体、双特异性或多特异性抗体、抗体药物缀合物、过继性T细胞转移、Toll受体激动剂、RIG-I激动剂、溶瘤病毒疗法和免疫调节小分子，包括沙利度胺(thalidomide)或JAK1/2抑制剂、PI3Kδ抑制剂等。化合物可与一种或多种抗癌药物(诸如化学治疗剂)组合施用。化学治疗剂的实例包括以下任何一种：阿巴瑞克(abarelix)、阿地白介素(aldesleukin)、阿仑单抗、阿利维A酸、别嘌呤醇、六甲蜜胺、阿那曲唑、三氧化二砷、天冬酰胺酶、阿扎胞苷、贝伐单抗、贝沙罗汀(bexarotene)、巴瑞替尼、博来霉素、硼替佐米、静脉注射白消安、口服白消安、卡普睾酮(calusterone)、卡培他滨(capecitabine)、卡铂、卡莫司汀、西妥昔单抗、苯丁酸氮芥、顺铂、克拉屈滨、氯法拉滨、环磷酰胺、阿糖胞苷、达卡巴嗪、更生霉素、达肝素钠、达沙替尼、柔红霉素、地西他滨(decitabine)、地尼白介素、地尼白介素-毒素连接物(denileukindiftitox)、右雷佐生(dexrazoxane)、多西紫杉醇、多柔比星、丙酸屈他雄酮、依库珠单抗(eculizumab)、表柔比星、厄洛替尼、雌莫司汀、磷酸依托泊苷、依托泊苷、依西美坦、柠檬酸芬太尼(fentanyl citrate)、非格司亭(filgrastim)、氟脲苷、氟达拉滨、氟尿嘧啶、氟维司群、吉非替尼、吉西他滨、吉妥珠单抗奥唑米星(gemtuzumab ozogamicin)、乙酸戈舍瑞林、乙酸组氨瑞林、替伊莫单抗、伊达比星、异环磷酰胺、甲磺酸伊马替尼(imatinibmesylate)、干扰素α2a、伊立替康、二甲苯磺酸拉帕替尼(lapatinib ditosylate)、来那度胺(lenalidomide)、来曲唑(letrozole)、甲酰四氢叶酸(leucovorin)、乙酸亮丙瑞林、左旋咪唑、洛莫司汀、氮芥、乙酸甲地孕酮、美法仑、巯嘌呤、甲氨蝶呤、甲氧沙林(methoxsalen)、丝裂霉素C、米托坦、米托蒽醌、苯丙酸诺龙(nandrolone phenpropionate)、奈拉滨(nelarabine)、诺非妥莫单抗(nofetumomab)、奥沙利铂、太平洋紫杉醇、帕米膦酸盐(pamidronate)、帕尼单抗、培门冬酶(pegaspargase)、培非格司亭(pegfilgrastim)、培美曲塞二钠(pemetrexed disodium)、喷司他丁、哌泊溴烷、普卡霉素(plicamycin)、丙卡巴肼、喹吖因(quinacrine)、拉布立酶(rasburicase)、利妥昔单抗、鲁索替尼、索拉非尼、链脲佐菌素、舒尼替尼、马来酸舒尼替尼、他莫昔芬、替莫唑胺、替尼泊苷、睾内酯、沙利度胺、硫鸟嘌呤、塞替派、拓扑替康、托瑞米芬、托西莫单抗、曲妥珠单抗、维A酸(tretinoin)、尿嘧啶氮芥、戊柔比星(valrubicin)、长春碱、长春新碱、长春瑞滨、伏立诺他(vorinostat)和唑来膦酸盐(zoledronate)。
化学治疗剂的另外的实例包括蛋白酶体抑制剂(例如硼替佐米)、沙利度胺、雷利米得(revlimid)和诸如美法仑、多柔比星、环磷酰胺、长春新碱、依托泊苷、卡莫司汀等的DNA损伤剂。
类固醇实例包括皮质类固醇，诸如地塞米松(dexamethasone)或泼尼松。
Bcr-Abl抑制剂实例包括甲磺酸伊马替尼(GLEEVACTM)、尼罗替尼(nilotinib)、达沙替尼、博舒替尼(bosutinib)和普纳替尼以及药学上可接受的盐。其他合适的Bcr-Abl抑制剂实例包括美国专利号5,521,184、WO 04/005281和美国专利申请号60/578,491中所公开的属和种的化合物及其药学上可接受的盐。
合适的Flt-3抑制剂实例包括米哚妥林(midostaurin)、来他替尼(lestaurtinib)、利尼伐尼(linifanib)、舒尼替尼、马来酸舒尼替尼、索拉非尼、奎扎替尼(quizartinib)、克莱拉尼(crenolanib)、帕克替尼(pacritinib)、坦度替尼(tandutinib)、PLX3397和ASP2215及其药学上可接受的盐。其他合适的Flt-3抑制剂实例包括如WO 03/037347、WO 03/099771和WO 04/046120中所公开的化合物及其药学上可接受的盐。
合适的RAF抑制剂实例包括达拉菲尼(dabrafenib)、索拉非尼和维莫非尼(vemurafenib)及其药学上可接受的盐。其他合适的RAF抑制剂实例包括如WO 00/09495和WO 05/028444中公开的化合物及其药学上可接受的盐。
合适的FAK抑制剂实例包括VS-4718、VS-5095、VS-6062、VS-6063、BI853520和GSK2256098及其药学上可接受的盐。其他合适的FAK抑制剂实例包括如WO 04/080980、WO04/056786、WO 03/024967、WO 01/064655、WO 00/053595和WO 01/014402中所公开的化合物及其药学上可接受的盐。
合适的CDK4/6抑制剂实例包括帕博西尼、瑞博西尼、曲拉西尼、莱罗西尼(lerociclib)和阿贝西尼及其药学上可接受的盐。其他合适的CDK4/6抑制剂实例包括如WO09/085185、WO 12129344、WO 11/101409、WO 03/062236、WO 10/075074和WO 12/061156中所公开的化合物及其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，本公开的化合物可与包括伊马替尼的一种或多种其他激酶抑制剂组合使用，特别是用于治疗对伊马替尼或其他激酶抑制剂有抗性的患者。
在一些实施方案中，本公开的化合物可在癌症的治疗中与化学治疗剂组合使用，并且与对单独化学治疗剂的反应相比可改善治疗反应，而不加剧其毒性作用。在一些实施方案中，本公开的化合物可与本文提供的化学治疗剂组合使用。例如，用于治疗多发性骨髓瘤的另外的药剂可包括而不限于美法仑、美法仑加泼尼松[MP]、多柔比星、地塞米松和万珂(Velcade)(硼替佐米)。用于治疗多发性骨髓瘤的其他另外的剂包括Bcr-Abl、Flt-3、RAF和FAK激酶抑制剂。在一些实施方案中，所述剂是烷化剂、蛋白酶体抑制剂、皮质类固醇或免疫调节剂。烷化剂的实例包括环磷酰胺(CY)、美法仑(MEL)和苯达莫司汀(bendamustine)。在一些实施方案中，蛋白酶体抑制剂是卡非佐米(carfilzomib)。在一些实施方案中，皮质类固醇是地塞米松(DEX)。在一些实施方案中，免疫调节剂是来那度胺(LEN)或泊马度胺(pomalidomide)(POM)。加性效应或协同效应是组合本公开的CDK2抑制剂与另外的剂的期望结果。
所述剂可与本发明化合物组合于单一或连续剂型中，或所述剂可以单独剂型同时或依序施用。
本公开的化合物可与一种或多种其他抑制剂或一种或多种疗法组合使用，用于治疗感染。感染的实例包括病毒感染、细菌感染、真菌感染或寄生虫感染。
在一些实施方案中，诸如地塞米松的皮质类固醇与本公开的化合物组合向患者施用，其中地塞米松与间歇施用而非连续施用。
如本文所述的化合物、如任一项权利要求中所述的化合物或其盐可与另一种免疫原性剂组合，所述免疫原性剂诸如癌细胞、纯化的肿瘤抗原(包括重组蛋白、肽和碳水化合物分子)、细胞和用编码免疫刺激细胞因子的基因转染的细胞。可以使用的肿瘤疫苗的非限制性实例包括黑色素瘤抗原的肽，诸如gp100、MAGE抗原、Trp-2、MARTI和/或酪氨酸酶的肽，或经转染以表达细胞因子GM-CSF的肿瘤细胞。
如本文所述的化合物、如任一项权利要求中所述的化合物或其盐可与疫苗接种方案组合使用，用于治疗癌症。在一些实施方案中，对肿瘤细胞进行转导以表达GM-CSF。在一些实施方案中，肿瘤疫苗包括来自涉及人类癌症的病毒的蛋白质，所述病毒诸如人乳头瘤病毒(Human Papilloma Viruses)(HPV)、肝炎病毒(Hepatitis Viruses)(HBV和HCV)和卡波西氏疱疹肉瘤病毒(Kaposi's Herpes Sarcoma Virus)(KHSV)。在一些实施方案中，本公开的化合物可与肿瘤特异性抗原组合使用，所述抗原诸如从肿瘤组织本身分离的热休克蛋白。在一些实施方案中，如本文所述的化合物、如任一项权利要求中所述的化合物或其盐可与树突状细胞免疫组合以激活有效的抗肿瘤反应。
本公开的化合物可与将表达Feα或Feγ受体的效应细胞靶向至肿瘤细胞的双特异性大环肽组合使用。本公开的化合物还可与激活宿主免疫反应性的大环肽组合。
在一些其他实施方案中，本公开的化合物与其他治疗剂的组合可在骨髓移植或干细胞移植之前、期间和/或之后向患者施用。本公开的化合物可与骨髓移植组合使用，用于治疗多种造血来源的肿瘤。
如本文所述的化合物、如任一项权利要求中所述的化合物或其盐可与疫苗组合使用，以刺激对病原体、毒素和自身抗原的免疫反应。这种治疗方法可能对其特别有用的病原体的实例包括当前不存在有效疫苗的病原体或常规疫苗不完全有效的病原体。这些病原体包括但不限于HIV、肝炎(A、B和C)、流感(Influenza)、疱疹(Herpes)、贾第鞭毛虫(Giardia)、疟疾(Malaria)、利什曼原虫(Leishmania)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcusaureus)、铜绿假单胞菌(Pseudomonas Aeruginosa)。
引起可通过本公开的方法治疗的感染的病毒包括但不限于人乳头瘤病毒、流感、甲型、乙型、丙型或丁型肝炎病毒、腺病毒、痘病毒、单纯疱疹病毒、人巨细胞病毒、严重急性呼吸综合征病毒、埃博拉病毒、麻疹病毒、疱疹病毒(例如VZV、HSV-1、HAV-6、HSV-II和CMV以及爱泼斯坦巴尔病毒(Epstein Barr virus))、黄病毒、埃可病毒、鼻病毒、柯萨奇病毒、玉米病毒、呼吸道合胞病毒、腮腺炎病毒、轮状病毒、麻疹病毒、风疹病毒、细小病毒、痘苗病毒、HTLV病毒、登革热病毒、乳头瘤病毒、软疣病毒、脊髓灰质炎病毒、狂犬病毒、JC病毒和虫媒病毒性脑炎病毒。
引起可通过本公开的方法治疗的感染的致病细菌包括但不限于衣原体、立克次体细菌、分枝杆菌、葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌、脑膜炎球菌和淋球菌、克雷伯氏菌、变形杆菌、沙雷氏菌、假单胞菌、军团杆菌、白喉杆菌、沙门氏菌、杆菌、霍乱弧菌、破伤风梭菌、肉毒梭菌中毒、炭疽杆菌、鼠疫杆菌、钩端螺旋体和莱姆病细菌(Lyme's disease bacteria)。
引起可通过本公开的方法治疗的感染的致病真菌包括但不限于念珠菌属(Candida)(白色念珠菌、克鲁斯念珠菌、光滑念珠菌、热带念珠菌等)、新型隐球菌(Cryptococcus neoformans)、曲菌属(Aspergillus)(熏烟色曲菌、黑曲菌等)、毛霉菌目的属(Genus Mucorales)(毛霉属、犁头霉属、根霉属)、申克氏孢子丝菌(Sporothrixschenkii)、皮炎芽生菌(Blastomyces dermatitidis)、巴西副球孢子菌(Paracoccidioides brasiliensis)、粗球孢子菌(Coccidioides immitis)和荚膜组织浆菌(Histoplasma capsulatum)。
引起可通过本公开的方法治疗的感染的致病性寄生虫包括但不限于溶组织内阿米巴(Entamoeba histolytica)、结肠小袋纤毛虫(Balantidium coli)、福氏耐格里变形虫(Naegleriafowleri)、棘阿米巴(Acanthamoeba sp.)、贾第鞭毛虫(Giardia lambia)、隐孢子虫(Cryptosporidium sp.)、卡氏肺孢子虫(Pneumocystis carinii)、间日疟原虫(Plasmodium vivax)、巴贝斯虫(Babesia microti)、布氏锥虫(Trypanosoma brucei)、克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)、杜氏利什曼虫(Leishmania donovani)、弓形虫(Toxoplasmagondi)和巴西日圆线虫(Nippostrongylus brasiliensis)。
当向患者施用多于一种药剂时，可将它们同时、单独、依序或组合施用(例如，对于多于两种剂)。
用于安全且有效地施用大多数这些化学治疗剂的方法是本领域技术人员已知的。此外，它们的施用在标准文献中有所描述。例如，多种化学治疗剂的施用在“Physicians'Desk Reference”(PDR,例如1996版,Medical Economics Company,Montvale,NJ)中有所描述，所述文献的公开内容以引用方式并入本文，如同全文阐述一般。
II.免疫检查点疗法
本公开的化合物可与一种或多种免疫检查点抑制剂组合使用，用于治疗诸如癌症或感染的疾病。示例性免疫检查点抑制剂包括针对诸如CBL-B、CD20、CD28、CD40、CD70、CD122、CD96、CD73、CD47、CDK2、GITR、CSF1R、JAK、PI3Kδ、PI3Kγ、TAM、精氨酸酶、HPK1、CD137(也称为4-1BB)、ICOS、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、LAG3、TIM3、TLR(TLR7/8)、TIGIT、CD112R、VISTA、PD-1、PD-L1和PD-L2的免疫检查点分子的抑制剂。在一些实施方案中，免疫检查点分子是选自CD27、CD28、CD40、ICOS、OX40、GITR和CD137的刺激性检查点分子。在一些实施方案中，免疫检查点分子是选自A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、TIM3、TIGIT和VISTA的抑制性检查点分子。在一些实施方案中，本文提供的化合物可与一种或多种选自KIR抑制剂、TIGIT抑制剂、LAIR1抑制剂、CD160抑制剂、2B4抑制剂和TGFRβ抑制剂的剂组合使用。
在一些实施方案中，本文提供的化合物可与例如OX40、CD27、GITR和CD137(也称为4-1BB)的免疫检查点分子的一种或多种激动剂组合使用。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是抗PD1抗体、抗PD-L1抗体或抗CTLA-4抗体。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是PD-1或PD-L1的抑制剂，例如抗PD-1或PD-L1单克隆抗体。在一些实施方案中，抗PD-1或抗PD-L1抗体是纳武单抗(nivolumab)、派姆单抗(pembrolizumab)、阿特珠单抗(atezolizumab)、度伐利尤单抗(durvalumab)、阿维单抗(avelumab)、西米普利单抗(cemiplimab)、阿特珠单抗、阿维单抗、替雷利珠单抗(tislelizumab)、斯巴达珠单抗(spartalizumab)(PDR001)、西利单抗(cetrelimab)(JNJ-63723283)、特瑞普利单抗(toripalimab)(JS001)、卡瑞利珠单抗(camrelizumab)(SHR-1210)、信迪利单抗(sintilimab)(IBI308)、AB122(GLS-010)、AMP-224、AMP-514/MEDI-0680、BMS936559、JTX-4014、BGB-108、SHR-1210、MEDI4736、FAZ053、BCD-100、KN035、CS1001、BAT1306、LZM009、AK105、HLX10、SHR-1316、CBT-502(TQB2450)、A167(KL-A167)、STI-A101(ZKAB001)、CK-301、BGB-A333、MSB-2311、HLX20、TSR-042或LY3300054。在一些实施方案中，PD-1或PD-L1的抑制剂是美国专利号7,488,802、7,943,743、8,008,449、8,168,757、8,217,149或10,308,644；美国公布号2017/0145025、2017/0174671、2017/0174679、2017/0320875、2017/0342060、2017/0362253、2018/0016260、2018/0057486、2018/0177784、2018/0177870、2018/0179179、2018/0179201、2018/0179202、2018/0273519、2019/0040082、2019/0062345、2019/0071439、2019/0127467、2019/0144439、2019/0202824、2019/0225601、2019/0300524或2019/0345170；或PCT公布号WO 03/042402、WO 2008/156712、WO 2010/089411、WO 2010/036959、WO 2011/066342、WO2011/159877、WO 2011/082400、WO 2011/161699或WO 2019/246110中公开的一种，所述文献各自以引用方式整体并入本文。在一些实施方案中，PD-L1的抑制剂是INCB086550。
在一些实施方案中，抗体是抗PD-1抗体，例如抗PD-1单克隆抗体。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是纳武单抗、派姆单抗、西米普利单抗、斯巴达珠单抗、卡瑞利珠单抗、西利单抗、特瑞普利单抗、信迪利单抗、AB122、AMP-224、JTX-4014、BGB-108、BCD-100、BAT1306、LZM009、AK105、HLX10或TSR-042。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是纳武单抗、派姆单抗、西米普利单抗、斯巴达珠单抗、卡瑞利珠单抗、西利单抗、特瑞普利单抗或信迪利单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是派姆单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是纳武单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是西米普利单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是斯巴达珠单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是卡瑞利珠单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是西利单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是特瑞普利单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是信迪利单抗。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是AB122。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是AMP-224。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是JTX-4014。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是BGB-108。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是BCD-100。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是BAT1306。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是LZM009。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是AK105。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是HLX10。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是TSR-042。在一些实施方案中，抗PD-1单克隆抗体是纳武单抗或派姆单抗。在一些实施方案中，抗PD-1单克隆抗体是MGA012(INCMGA0012；瑞弗利单抗(retifanlimab))。在一些实施方案中，抗PD-1抗体是SHR-1210。其他抗癌剂包括抗体治疗剂，诸如4-1BB(例如乌瑞鲁单抗(urelumab)、乌托鲁单抗(utomilumab))。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是PD-L1的抑制剂，例如抗PD-L1单克隆抗体。在一些实施方案中，抗PD-L1单克隆抗体是阿特珠单抗、阿维单抗、度伐利尤单抗、替雷利珠单抗、BMS-935559、MEDI4736、阿特珠单抗(MPDL3280A；也称为RG7446)、阿维单抗(MSB0010718C)、FAZ053、KN035、CS1001、SHR-1316、CBT-502、A167、STI-A101、CK-301、BGB-A333、MSB-2311、HLX20或LY3300054。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗、阿维单抗、度伐利尤单抗或替雷利珠单抗。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是阿特珠单抗。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是阿维单抗。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是度伐利尤单抗。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是替雷利珠单抗。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是BMS-935559。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是MEDI4736。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是FAZ053。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是KN035。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是CS1001。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是SHR-1316。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是CBT-502。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是A167。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是STI-A101。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是CK-301。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是BGB-A333。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是MSB-2311。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是HLX20。在一些实施方案中，抗PD-L1抗体是LY3300054。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是结合PD-L1的小分子，或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是结合并内化PD-L1的小分子，或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是选自US 2018/0179201、US 2018/0179197、US 2018/0179179、US 2018/0179202、US 2018/0177784、US2018/0177870、美国序列号16/369,654(于2019年3月29日提交)和美国序列号62/688,164中的那些的化合物，或其药学上可接受的盐，所述文献各自以引用方式整体并入本文。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是KIR、TIGIT、LAIR1、CD160、2B4和TGFRβ的抑制剂。
在一些实施方案中，抑制剂是MCLA-145。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是CTLA-4的抑制剂，例如抗CTLA-4抗体。在一些实施方案中，抗CTLA-4抗体是伊匹单抗(ipilimumab)、曲美木单抗(tremelimumab)、AGEN1884或CP-675,206。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是LAG3的抑制剂，例如抗LAG3抗体。在一些实施方案中，抗LAG3抗体是BMS-986016、LAG525、INCAGN2385或eftilagimodα(IMP321)。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是CD73的抑制剂。在一些实施方案中，CD73的抑制剂是奥来鲁单抗(oleclumab)。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是TIGIT的抑制剂。在一些实施方案中，TIGIT的抑制剂是OMP-31M32。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是VISTA的抑制剂。在一些实施方案中，VISTA的抑制剂是JNJ-61610588或CA-170。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是B7-H3的抑制剂。在一些实施方案中，B7-H3的抑制剂是依诺妥珠单抗(enoblituzumab)、MGD009或8H9。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是KIR的抑制剂。在一些实施方案中，KIR的抑制剂是利瑞鲁单抗(lirilumab)或IPH4102。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是A2aR的抑制剂。在一些实施方案中，A2aR的抑制剂是CPI-444。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是TGF-β的抑制剂。在一些实施方案中，TGF-β的抑制剂是曲贝德生(trabedersen)、加鲁色替尼(galusertinib)或M7824。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是PI3K-γ的抑制剂。在一些实施方案中，PI3K-γ的抑制剂是IPI-549。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是CD47的抑制剂。在一些实施方案中，CD47的抑制剂是Hu5F9-G4或TTI-621。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是CD73的抑制剂。在一些实施方案中，CD73的抑制剂是MEDI9447。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是CD70的抑制剂。在一些实施方案中，CD70抑制剂是库沙妥珠单抗(cusatuzumab)或BMS-936561。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是TIM3的抑制剂，例如抗TIM3抗体。在一些实施方案中，抗TIM3抗体是INCAGN2390、MBG453或TSR-022。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的抑制剂是CD20的抑制剂，例如抗CD20抗体。在一些实施方案中，抗CD20抗体是奥妥珠单抗(obinutuzumab)或利妥昔单抗。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是OX40、CD27、CD28、GITR、ICOS、CD40、TLR7/8和CD137(也称为4-1BB)的激动剂。
在一些实施方案中，CD137的激动剂是乌瑞鲁单抗。在一些实施方案中，CD137的激动剂是乌托鲁单抗。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是GITR的抑制剂。在一些实施方案中，GITR的激动剂是TRX518、MK-4166、INCAGN1876、MK-1248、AMG228、BMS-986156、GWN323、MEDI1873或MEDI6469。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是OX40的激动剂，例如OX40激动剂抗体或OX40L融合蛋白。在一些实施方案中，抗OX40抗体是INCAGN01949、MEDI0562(他利昔珠单抗(tavolimab))、MOXR-0916、PF-04518600、GSK3174998、BMS-986178或9B12。在一些实施方案中，OX40L融合蛋白是MEDI6383。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是CD40的激动剂。在一些实施方案中，CD40的激动剂是CP-870893、ADC-1013、CDX-1140、SEA-CD40、RO7009789、JNJ-64457107、APX-005M或Chi Lob 7/4。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是ICOS的激动剂。在一些实施方案中，ICOS的激动剂是GSK-3359609、JTX-2011或MEDI-570。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是CD28的激动剂。在一些实施方案中，CD28的激动剂是替拉珠单抗(theralizumab)。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是CD27的激动剂。在一些实施方案中，CD27的激动剂是伐立鲁单抗(varlilumab)。
在一些实施方案中，免疫检查点分子的激动剂是TLR7/8的激动剂。在一些实施方案中，TLR7/8的激动剂是MEDI9197。
本公开的化合物可与双特异性抗体组合使用。在一些实施方案中，双特异性抗体的结构域之一靶向PD-1、PD-L1、CTLA-4、GITR、OX40、TIM3、LAG3、CD137、ICOS、CD3或TGFβ受体。在一些实施方案中，双特异性抗体结合PD-1和PD-L1。在一些实施方案中，结合PD-1和PD-L1的双特异性抗体是MCLA-136。在一些实施方案中，双特异性抗体结合PD-L1和CTLA-4。在一些实施方案中，结合PD-L1和CTLA-4的双特异性抗体是AK104。
在一些实施方案中，本公开的化合物可与一种或多种代谢酶抑制剂组合使用。在一些实施方案中，代谢酶抑制剂是IDO1、TDO或精氨酸酶的抑制剂。IDO1抑制剂的实例包括艾卡哚司他、NLG919、BMS-986205、PF-06840003、IOM2983、RG-70099和LY338196。精氨酸酶抑制剂的抑制剂包括INCB1158。
如整篇所提供，所述另外的化合物、抑制剂、剂等可与本发明化合物组合于单一或连续剂型中或者它们可以单独剂型同时或依续施用。
以下是实践本发明的实施例。不应将其解释为以任何方式限制本发明的范围。
实施例
实施例1.卵巢和子宫内膜癌细胞系中细胞周期素E1的表征
在各种卵巢和子宫内膜癌细胞系中评估细胞周期素E1(“CCNE1”)基因(图1A和图1B)。CCNE1在COV318、OVCAR3OVARY、Fu-OV1和KLE细胞中被扩增，所述细胞均按拷贝数计(拷贝数(“CN”)>2)表现出CCNE1功能获得(图1A)。相比之下，CCNE1在COV504、OV56或Igrov1细胞中未扩增，所述细胞均表现出基因的拷贝数中性(2)或功能丧失(CN≤2)。CN获自BroadInstitute Cancer Cell Line Encyclopedia(“CCLE”)数据库(Barretina等人,Nature,2012.483(7391):第603-7页，所述文献以引用方式整体并入本文)。
对来自COV318、OVCAR3_OVARY、Fu-OV1、KLE、COV504、OV56和Igrov1细胞的蛋白质样品进行蛋白质印迹分析，以评估CCNE1蛋白质水平。与按拷贝数计具有基因的拷贝数中性或功能丧失的细胞系(CN≤2；即COV504、OV56和Igrov1细胞)相比，在CCNE1功能获得的细胞系(CN>2；即COV318、OVCAR3 OVARY、Fu-OV1和KLE细胞)中的CCNE1蛋白水平更高。
实施例2.由siRNA引起的CDK2敲减在CCNE1扩增人癌细胞系中抑制增殖，但在CCNE1非扩增人癌细胞系中不抑制增殖
评估了CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中对在CCNE1非扩增细胞系中的作用。用对照(“ctrl”)或CDK2特异性小干扰RNA(“siRNA”)(“CDK2 siRNA-1”和“CDK2 siRNA-2”)处理CCNE1扩增细胞系(Fu-OV1和KLE)或CCNE1非扩增细胞系(COV504和Igrov1)(图2A和图2B与图3A和图3B)。用siRNA转染后七十二小时，收获细胞并通过荧光激活细胞分选(“FACS”)进行细胞周期分析(图2A和图3A)。通过蛋白质印迹确认CDK2的敲减(图2B和图3B)。CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中抑制增殖，但在CCNE1非扩增细胞系中不抑制增殖(图2A和图3A)。
在另外的CCNE1扩增细胞系(COV318、OVCAR3、Fu-OV1和KLE)和CCNE1非扩增细胞系(COV504、OV56和Igrov1)中进行了类似的实验(图4)。与用对照siRNA处理相比，在CCNE1扩增细胞系中用CDK2特异性siRNA处理后三天处于S期的细胞百分比显著减少(图4)。与图2A和图3A的结果一致，与用对照siRNA处理相比，在CCNE1非扩增细胞系中用CDK2特异性siRNA处理后三天处于S期的细胞百分比没有显著差异(图4)。
实施例3.CDK4/6抑制后CCNE1扩增细胞系和CCNE非扩增细胞系中的增殖
评估了CDK4/6抑制在CCNE1扩增细胞系中对在CCNE1非扩增细胞系中的作用。用二甲基亚砜(“DMSO”)对照或增加浓度的CDK4/6抑制剂帕博西尼处理CCNE1扩增细胞(OVCAR3)或CCNE1非扩增细胞(COV504)(图5)。用DMSO或帕博西尼处理后十六小时，收获细胞并通过FACS进行细胞周期分析(图5)。CDK4/6抑制在CCNE1非扩增细胞中导致增殖的剂量依赖性抑制，但在CCNE1扩增细胞中没有导致增殖的剂量依赖性抑制(图5)。
在更大组的CCNE1扩增细胞系(COV318和OVCAR3)和CCNE1非扩增细胞系(COV504、OV56和Igrov1)中进行了类似的实验(图6)。与用DMSO处理相比，在CCNE1非扩增细胞系中用帕博西尼处理后16小时处于S期的细胞百分比以剂量依赖性方式减少(图6)。与图5的结果一致，与用DMSO处理相比，用帕博西尼处理后16小时处于S期的细胞百分比在CCNE1扩增细胞系中没有显著差异(图6)。
实施例4.CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中阻断了S780处的Rb磷酸化，但在CCNE1非扩增细胞系中不阻断S780处的Rb磷酸化
评估了CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中对在CCNE1非扩增细胞系中对SEQ ID NO:3的Ser-780(“S780”)处的Rb磷酸化的作用。用ctrl或CDK2特异性siRNA处理CCNE1扩增细胞系(COV318、Fu-OV1和KLE)或CCNE1非扩增细胞系(COV504、OV56和Igrov1)(图7A和图7B)。用siRNA转染后72小时，收获细胞并且提取总蛋白质并通过蛋白质印迹进行分析。通过蛋白质印迹确认CDK2的敲减。CDK2敲减在CCNE1扩增细胞系中阻断了S780处的Rb磷酸化(图7A)，但在CCNE1非扩增细胞系中不阻断S780处的Rb磷酸化(图7B)。
实施例5.帕博西尼在CCNE1非扩增细胞系中阻断S780处的Rb磷酸化，但在CCNE1扩增细胞系中不阻断S780处的Rb磷酸化
评估了CDK4/6抑制在CCNE1扩增细胞系中对在CCNE1非扩增细胞系中对S780处的Rb磷酸化的作用。用DMSO或不同剂量的帕博西尼处理CCNE1扩增细胞系(OVCAR3和COV318)或CCNE1非扩增细胞系(COV504和OV56)(图8A和图8B)。处理后一小时或15小时，收获细胞并且提取总蛋白质并通过蛋白质印迹进行分析(图8)。帕博西尼处理在CCNE1非扩增细胞系中阻断了S780处的Rb磷酸化(图8B)，但在CCNE1扩增细胞系中不阻断S780处的Rb磷酸化(图8A)。
实施例6.由dTAG引起的CDK2降解减少了S780处的Rb磷酸化
为了进一步确认CDK2敲减在CCNE1扩增细胞中减少S780处的Rb磷酸化(参见实施例4)，将dTAG系统用于降解CDK2并且评估S780磷酸化的Rb的水平(Erb等人,Nature,2017,543(7644):270-274，所述文献以引用方式整体并入本文)。简而言之，通过Cas9构建体的慢病毒转导将OVCAR3细胞工程化成表达Cas9。然后通过CDK2-FKBP12F36V-HA表达构建体的慢病毒转导将OVCAR3-Cas9细胞工程化成表达CDK2-FKBP12F36V-HA融合蛋白。接下来，为了将细胞系工程化成使内源性CDK2失活，用CDK2sgRNA(“CDK2-gRNA”)转导OVCAR3(Cas9，CDK2-FKBP12F36V-HA)细胞；用非靶向sgRNA(“Ctl-gRNA”；Cellecta)转导的OVCAR3(Cas9，CDK2-FKBP12F36V-HA)细胞充当对照细胞系。
为了通过dTAG降解CDK2-FKBP12F36V-HA蛋白(图9A)，用DMSO或用滴定浓度的dTAG处理细胞14小时。收集细胞并处理用于蛋白质印迹(图9B)。在对照gRNA和CDK2-gRNA处理的细胞中用dTAG处理后，通过蛋白质印迹检测CDK2-FKBP12(F36V)的剂量反应性降解(图9B)。通过HA-Tag的蛋白质印迹进一步确认降解。在用对照gRNA而不是用CDK2-gRNA处理的OVCAR3细胞中检测到内源性CDK2蛋白(图9B)。CDK2-FKBP12(F36V)降解在CDK2敲除OVCAR3细胞中抑制S780处的Rb磷酸化，但在具有内源性CDK2表达的OVCAR3细胞中不抑制S780处的Rb磷酸化。
实施例7.用于鉴定CDK2抑制剂的p-Rb S780 HTRF细胞测定
将体外CDK2/CCNE1酶活性测定用于使用均相时间分辨能量转移(“HTRF”)测量肽底物的磷酸化。首先，经由激酶活性测定证实了8-((1R,2R)-2-羟基-2-甲基环戊基)-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮(化合物A)对于CDK2抑制的特异性(图10A)。为此，将
Figure BDA0003296244150001181
Ultra激酶测定与作为底物的ULightTM标记EIF4E结合蛋白1(Thr37/46)肽(PerkinElmer，TRF0128-M)和铕标记抗磷酸化EIF4E结合蛋白1(Thr37/46)抗体(PerkinElmer，TRF0216-M)一起使用。转移到标记底物的荧光(665nm)与铕供体的荧光(620nm)的比率代表磷酸化的程度。对于化合物A的IC50确定为1.1nM(图10A)。相比之下，对于CDK4/6抑制剂帕博西尼的IC50为10,000nM(图10A)。
接下来，进行了CDK2 pRb(S780)HTRF细胞测定，所述细胞测定在用化合物A或帕博西尼处理后，能够定量检测CCNE1扩增COV318细胞中丝氨酸780处磷酸化的Rb(图10B)。用化合物A而非帕博西尼的处理在CCNE1扩增细胞中抑制了丝氨酸780处的Rb磷酸化(图10B)。在此测定中，对于化合物A的IC50为37nM，而对于帕博西尼的IC50为>3000nM(图10B)。
实施例8.CCLE数据集的生物信息学分析揭示了CCNE1扩增细胞中对CDK2抑制的敏感性依赖于功能性p16
为了鉴定用于预测CCNE1扩增细胞中对CDK2抑制的敏感性的生物标记物，分析了来自CCLE的460个细胞系(Barretina，同上)。首先，基于CCNE1拷贝数和表达以及基于shRNA敲减数据的CDK2敏感评分过滤细胞系。总共41个细胞系被鉴定为具有>3的CCNE1拷贝数和CCNE1表达评分(CCLE：>3)。在这41个细胞系中，18个细胞系(44％)对CDK2抑制敏感(CDK2敏感评分≤-3)，而23个细胞系(56％)对CDK2抑制不敏感(CDK2敏感评分>-3)。
接下来，在CDK2敏感细胞系和CDK2不敏感细胞系中评估p16状态(图11)。在对CDK2抑制敏感的18个细胞系中，100％表达正常的p16基因(图11)。相比之下，23个CDK2不敏感细胞系中只有4个表达正常的p16基因(图11)。23个CDK2不敏感细胞系中的大多数表现出功能失调的p16基因表达：在23个细胞系中的10个中p16基因缺失；在23个细胞系中的5个中p16基因沉默，而在23个细胞系中的4个中p16基因突变(图11)。
CCNE1扩增细胞系中CDK2敏感性和CDKN2A/p16状态的总结在下表2中提供。
表2.CDK2敏感评分≤3的细胞系计为CDK2敏感系；≥3计为CDK2不敏感系。实验中验证的细胞系以粗体显示。NCIN87_STOMACH在蛋白质印迹中没有显示出CDKN2A/P16蛋白表达。基于CCLE数据集计算CCNE1和CDKN2A/P16拷贝数。表达评分<0计为基因沉默。
Figure BDA0003296244150001191
Figure BDA0003296244150001201
实施例9.具有功能失调p16的CCNE1扩增细胞对CDK2抑制没有作出反应
为了进一步评估p16在CCNE1扩增细胞中对CDK2敏感性的作用，通过蛋白质印迹评估了三种具有CCNE1扩增的胃细胞系中的p16蛋白表达。AGS和NCI-N87细胞表现出p16缺少或水平显著降低(图12A)。相比之下，在MKN1细胞蛋白提取物中检测到p16蛋白(图12A)。
接下来，评估了CDK2敲减在这些细胞中的影响。用对照或CDK2特异性siRNA处理Mkn1、Ags和NCI-N87细胞。siRNA转染后三天，通过FACS评估细胞的细胞周期阶段分布。与对照相比，在CDK2siRNA处理的细胞中Mkn1细胞(CCNE1扩增，检测到p16蛋白)中处于S期的细胞百分比显著降低(图12B)。相比之下，与对照相比，在用CDK2 siRNA处理后，Ags和NCI-N87细胞(CCNE1扩增、功能失调p16蛋白水平)中处于S期的细胞百分比没有显著降低(图12B)。
实施例10.由siRNA引起的p16敲减在CCNE1扩增细胞中消除了CDK2抑制诱导的细胞周期抑制
为了确认p16在CCNE1扩增细胞的CDK2敏感性中的作用，用对照或p16特异性siRNA处理COV318细胞。转染后七十二小时，用DMSO(对照)或100nM化合物A处理细胞。用DMSO或CDK2抑制剂处理后十六小时，收获细胞并通过FACS进行细胞周期分析。与上述结果一致，在用CDK2抑制剂(化合物A)处理的对照siRNA处理的细胞中S期细胞的百分比显著降低，但用DMSO对照处理的细胞则不然(图13)。相比之下，与DMSO对照相比，在p16敲减细胞中用CDK2抑制剂(化合物A)处理后S期细胞的百分比没有显著降低(图13)。
实施例1-10的材料和方法
细胞培养和转染
人细胞周期素E1(CCNE1)扩增的卵巢细胞系OVCAR3、COV318、Fu-OV1、子宫内膜细胞系KLE、胃细胞系MKN1、AGS、NCIN87和CCNE1非扩增的卵巢细胞系COV504、OV56、Igrov1在RPMI 1640培养基中培养。在37℃加湿培养箱和空气中含5％CO2的气氛中，向完全生长培养基补充10％FBS、0.1mM非必需氨基酸、2mM L-谷氨酰胺、100单位/mL青霉素G和100μg/mL链霉素。Fu-OV1系购自Leibniz-Institute DSMZ–German Collection of Microorganismsand Cell Cultures；MKN1购自Japanese Cancer Research Resources Bank；并且其余细胞系购自American Type Culture Collection。对于转染，将细胞接种到6孔中24小时，并通过Lipofectamine 2000 Reagent(Thermo Fisher，11668027)瞬时转染。将ON-TARGETplus Human CKD2 siRNA(GE Healthcare Dharmacon，J-003236-11-0002和J-003236-12-0002)和ON-TARGETplus Human CDKN2A/p16 siRNA(GE HealthcareDharmacon，J-011007-08-0002)用于敲减内源性CDK2和CDKN2A/p16。将ON-TARGETplusNon-targeting Pool(GE Healthcare Dharmacon，D-001810-10-20)用作阴性对照。
蛋白质印迹分析
使用RIPA缓冲液(Thermo Scientific，89900)与Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物(Protease and Phosphatase Inhibitor Cocktail)(Thermo Scientific，78440)制备全细胞提取物。使用BCA蛋白质测定试剂盒(Protein Assay Kit)(Thermo Scientific，23225)定量蛋白质浓度，并使用预制梯度凝胶(Bio-Rad，Hercules，No.456-1094)加载40μg蛋白质裂解物用于SDS-PAGE。将样品在5X Laemmli缓冲液(300mM Tris-HCl pH 6.8、10％SDS(w/v)、5％2-巯基乙醇、25％甘油(v/v)、0.1％溴酚蓝w/v)中稀释并煮沸5分钟。通过8-15％SDS-PAGE将35μg蛋白质分离并转移到聚偏二氟乙烯(PVDF)膜上。用含5％脱脂牛奶的TBST(20mM Tris-HCl，pH 7.6，137mM NaCl，1％Tween-20)封闭PVDF膜上的非特异性结合位点。膜与针对抗CDKN2A/p16(Cell Signaling Technology，92803S)、抗Cas9(CellSignaling Technology，97982S)、抗HA(Cell Signaling Technology，3724S)、抗Rb(CellSignaling Technology，9309S))、抗磷酸化-Rb(Ser780)(Cell Signaling Technology，8180S)、抗CDK2(Cell Signaling Technology，2546S)、抗CCNE1(Cell SignalingTechnology，20808S)和抗GAPDH(Cell Signaling Technology，8884S)的抗体在4℃下杂交过夜，随后与辣根过氧化物酶(HRP)缀合的二抗在室温下孵育1小时。然后使用ImmobilonWestern化学发光HRP底物(Millipore，WBKLS0500)使膜显影。图像由Odyssey CLx Imager发光/荧光成像系统(LI-COR)捕获。
细胞周期分析
将细胞接种在六孔组织培养板中，并且24小时后用滴定浓度的帕博西尼或化合物A处理。过夜处理后，细胞暴露于10μM EdU 3小时，然后按照制造商的说明通过Click-iT
Figure BDA0003296244150001232
647叠氮化物试剂盒(Life Technology，C10424)检测EdU-DNA。用DAPI对本体DNA进行染色。用CytoFlex(Beckman Coulter)获得化合物处理的和DMSO处理的对照细胞，并使用FlowJo软件进行分析。对于用siRNA敲减的细胞的细胞周期分析，siRNA转染后72小时，细胞暴露于10μM EdU 3小时，然后进行Click-iT Alexa
Figure BDA0003296244150001233
647叠氮化物试剂盒检测。
质粒
将LentiCas9质粒pRCCH-CMV-Cas9-2A(Cellecta，SVC9-PS)用于Cas9表达。将设计用于靶向CDK2的AAGCAGAGATCTCTCGGA(SEQ ID NO:8)的sgRNA-CDK2慢病毒构建体克隆到sgRNA表达载体pRSG-U6中并购自Cellecta(93661)。对于CDK2-FKBP12F36V-HA表达，合成了在C端编码CDK2和FKBP12F36V-2xHA标签的1306碱基对的DNA片段，并将其克隆到EcoRI和BamHI消化的pCDH-EF1α-MCS-T2A-Puro慢病毒载体(Systembio，CD527A-1)。
1306bp DNA片段的序列：
Figure BDA0003296244150001231
Figure BDA0003296244150001241
GAATTC(SEQ ID NO:5；EcoRI)、GGATCC(SEQ ID NO:6；BamHI)和TTCGAA(SEQ IDNO:7；BstBI)限制酶位点加下划线。编码CDK2的序列以粗体显示，FKBP12F36V-HA的序列以斜体显示。CDK2序列内加下划线的3个核酸表示消除了PAM位点以避免CRISPR敲除效应的修饰。这些变化没有改变编码的氨基酸。
慢病毒产生
通过Lentiviral Packaging Mix(Sigma，SHP001)和使用Lipofectamine 2000的给定慢病毒表达质粒的共转染，在293T细胞中进行慢病毒的产生。转染后48和72小时收集病毒上清液，通过0.22μm膜过滤。所有细胞系均通过在室温下用8μg/mL聚凝胺(SantaCruz，sc-134220)以2000转/分钟(rpm)的速度离心接种(spinoculation)1小时进行转导。
CDK2-dTAG细胞
首先通过Cas9构建体的慢病毒转导将OVCAR3细胞工程化成表达Cas9。在100μg/mL潮霉素(Life Technologies，10687010)中选择并维持细胞，并通过免疫印迹验证其表达Cas9。然后通过CDK2-FKBP12F36V-HA表达构建体的慢病毒转导和用2μg/mL嘌呤霉素二盐酸盐(Life Technologies，A1113803)进行选择，将OVCAR3-Cas9细胞工程化成表达CDK2-FKBP12F36V-HA融合蛋白。通过使用抗CDK2和抗HA抗体的免疫印迹来验证CDK2-FKBP12F36V-HA的表达。接下来，为了将细胞系工程化成使内源性CDK2失活，将OVCAR3(Cas9、CDK2-FKBP12F36V-HA)细胞用CDK2 sgRNA进行转导，并通过50μg/mL Zeocin(LifeTechnologies，R25001)进行选择。通过免疫印迹检测扩增克隆中内源性CDK2的失活表达。用非靶向sgRNA(Cellecta)转导的OVCAR3(Cas9，CDK2-FKBP12F36V-HA)细胞充当对照细胞系。
为了通过dTAG降解CDK2-FKBP12F36V-HA蛋白，将200,000细胞一式三份于1mL培养基中接种在24孔板中，并用二甲基亚砜(DMSO)或滴定浓度的dTAG处理14小时。收集细胞并处理用于蛋白质印迹。
CDK2/CCNE1酶法测定
体外CDK2/CCNE1酶活性测定使用均相时间分辨能量转移(HTRF)测量肽底物的磷酸化。
Figure BDA0003296244150001261
Ultra激酶测定使用ULightTM标记EIF4E结合蛋白1(Thr37/46)肽(PerkinElmer，TRF0128-M)作为底物和铕标记抗磷酸化EIF4E结合蛋白1(Thr37/46)抗体(PerkinElmer，TRF0216-M)。转移到标记底物的荧光(665nm)与铕供体的荧光(620nm)的比率代表磷酸化的程度。将处理孔的比率归一化为仅DMSO(100％活性)和无酶(0％活性)对照。使用四参数剂量反应曲线分析归一化数据以确定每种化合物的IC50。
CDK2 pRb(S780)HTRF细胞测定
CDK2 pRb(S780)HTRF细胞测定能够定量检测CCNE1扩增COV318细胞中丝氨酸780处磷酸化的Rb。测定包括两种抗体：铕穴状化合物标记抗磷酸化Rb S780抗体(供体)和d2标记抗Rb抗体(受体)。简而言之，将COV318细胞以每孔25,000的密度与9点、3倍系列稀释的化合物接种到96孔板的孔中，并在37度、5％CO2下培养过夜。化合物的最终浓度从3μM开始。第二天，在补充有0.7μL封闭缓冲液(Cisbio)和1.4μL不含EDTA的蛋白酶抑制剂混合物套装III(protease inhibitor cocktail set III,EDTA-free)(Calbiochem，539134)的70μL1X磷酸化总蛋白裂解缓冲液(Phospho-total protein lysis buffer)#2(Cisbio)中裂解细胞。将16μL细胞裂解物与4μL荧光团缀合抗体混合，最终浓度为0.188nM穴状化合物标记抗磷酸化Rb S780抗体和0.14nM d2标记抗Rb抗体。在室温下孵育2h后，在PHERAstar酶标仪(BMG Labtech)上测量HTRF信号，使用340nm作为激发波长，620nm滤光片用于铕供体荧光，以及665nm滤光片用于受体荧光检测。将HTRF信号计算为HTRF比率(在665nm和620nm处测量的荧光比率)×10000。
实施例A1. 4-((8-环戊基-6,6-二甲基-7-氧代-5,6,7,8-四氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)苯磺酰胺
Figure BDA0003296244150001271
步骤1. 5-溴-N-环戊基-2-甲氧基嘧啶-4-胺
Figure BDA0003296244150001272
向5-溴-2,4-二氯嘧啶(3.08mL，24.05mmol)在THF(80mL)中的溶液中加入环戊胺(2.62mL，26.5mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌2小时，然后过滤。将滤液浓缩并溶解在含甲醇钠的MeOH(21％w/w，3mL)中，然后加热至回流2小时。将混合物用水和乙酸乙酯稀释并且分离各层。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将残余物通过BiotageIsoleraTM(含0-50％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈白色固体状的期望产物(4.7g，72％)。C10H15BrN3O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝272.0/274.0；实验值：272.0/274.0。
步骤2. 3-(4-(环戊基氨基)-2-甲氧基嘧啶-5-基)丙酸乙酯
Figure BDA0003296244150001273
向5-溴-N-环戊基-2-甲氧基嘧啶-4-胺(500mg，1.837mmol)、三乙胺(512μL，3.67mmol)、丙烯酸乙酯(300μL，2.76mmol)和四(三苯基膦)钯(0)(212mg，0.184mmol)的混合物中加入DMF(6mL)并将反应烧瓶抽真空，用氮气回充，然后在120℃下搅拌过夜。然后将混合物倒入乙酸乙酯/水中并分离各层。用乙酸乙酯萃取水层，并且将合并的有机物用水和盐水洗涤，用硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化。将中间体溶解在EtOH(6mL)中并加入钯碳(10％，391mg，0.367mmol)。将反应烧瓶抽真空，然后用来自气球的氢气回充。将反应混合物在室温下搅拌3小时，然后用乙酸乙酯稀释并通过硅藻土(Celite)塞过滤。浓缩滤液，并且粗产物未经进一步纯化即用于下一步(340mg，63％)。C15H24N3O3(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝294.2；实验值：294.2。
步骤3. 8-环戊基-2-甲氧基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001281
向3-(4-(环戊基氨基)-2-甲氧基嘧啶-5-基)丙酸乙酯(5.0g，17.04mmol)在THF(28mL)/水(28mL)中的溶液中加入氢氧化锂水合物(1.073g，25.6mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌30分钟，然后用HCl(12N，2.13mL，25.6mmol)淬灭并浓缩。将粗产物溶解在DMF(4mL)和HATU(7.13g，18.75mmol)中并加入Hunig碱(5.95mL，34.1mmol)。然后将反应在室温下搅拌2小时，用水淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含20-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供期望产物(2.01g，48％)。C13H18N3O2(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝248.2；实验值：248.2。
步骤4. 8-环戊基-2-甲氧基-6,6-二甲基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001291
向8-环戊基-2-甲氧基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮(501mg，2.026mmol)在DMF(10mL)中的溶液中加入甲基碘(380μL，6.08mmol)和氢化钠(在矿物油中60％，284mg，7.09mmol)并且将反应混合物加热至65℃达2小时。将混合物用水淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗残余物通过BiotageIsoleraTM(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈无色油状的期望产物(303mg，54％)。C15H22N3O2(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝276.2；实验值：276.2。
步骤5. 8-环戊基-6,6-二甲基-7-氧代-2,3,5,6,7,8-六氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-2-基三氟甲磺酸酯
Figure BDA0003296244150001292
向8-环戊基-2-甲氧基-6,6-二甲基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮(131mg，0.476mmol)在乙腈(2.4mL)中的溶液中加入碘化钠(143mg，0.952mmol)和TMS-Cl(122μL，0.952mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌过夜，然后用水淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用饱和硫代硫酸钠水溶液、水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物溶解在DCM(2.5mL)中并加入吡啶(42.3μL，0.523mmol)。将反应混合物冷却至0℃并逐滴加入三氟甲磺酸酐(96μL，0.571mmol)。然后将反应混合物升温至室温并搅拌2小时，然后用饱和碳酸氢钠淬灭并用DCM萃取。将有机层经硫酸钠干燥并浓缩。粗产物未经进一步纯化即用于下一步骤(141mg，75％)。C15H21F3N3O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝396.2；实验值：396.2。
步骤6. 4-((8-环戊基-6,6-二甲基-7-氧代-5,6,7,8-四氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)苯磺酰胺
向8-环戊基-6,6-二甲基-7-氧代-5,6,7,8-四氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-2-基三氟甲磺酸酯(20mg，0.051mmol)、4-氨基苯磺酰胺(17.51mg，0.102mmol)、XantPhos Pd G2(4.52mg，5.08μmol)和碳酸钾(70.3mg，0.508mmol)的混合物中加入1,4-二噁烷(508μL)并将反应烧瓶抽真空，用氮气回充，然后在100℃下搅拌2小时。然后用MeOH稀释混合物并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化。C20H26N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝416.2；实验值：416.2。
实施例A2. 8-环戊基-6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001301
使用1-(甲基磺酰基)哌啶-4-胺代替4-氨基苯磺酰胺和RuPhos Pd G2代替XantPhos Pd G2以与实施例A1步骤6类似的方式制备此化合物。C20H32N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝422.2；实验值：422.2。1H NMR(600MHz,DMSO)δ8.01(s,1H),5.44–5.22(m,1H),3.85(bs,1H),3.59(d,J＝12.3Hz,1H),2.9(s,3H),2.85(t,J＝12.2,2.6Hz,1H),2.60(s,2H),2.05(s,1H),1.98(d,J＝16.3Hz,1H),1.93–1.87(m,1H),1.74(s,1H),1.59(m,2H),1.09(s,6H)。
实施例A3. 6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-8-苯基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001311
步骤1. 2,2-二甲基戊二酸二甲酯
Figure BDA0003296244150001312
向3,3-二甲基二氢-2H-吡喃-2,6(3H)-二酮(10g，70.3mmol)在甲醇(100mL)中的溶液中加入10滴浓硫酸，并且将反应混合物加热至60℃过夜。然后将混合物浓缩。将残余物用乙酸乙酯稀释并用饱和碳酸氢钠和盐水洗涤，然后经硫酸钠干燥并浓缩。粗产物未经进一步纯化即用于下一步骤。
步骤2. 3-(2-氨基-6-氧代-1,6-二氢嘧啶-5-基)-2,2-二甲基丙酸甲酯
Figure BDA0003296244150001313
向在-78℃下的二异丙胺(5.32mL，37.4mmol)在THF(12mL)中的溶液中逐滴加入n-BuLi(在己烷中2.5M，14.94mL，37.4mmol)，并且将反应混合物在-78℃下搅拌1小时。然后逐滴加入2,2-二甲基戊二酸二甲酯(5.86g，31.1mmol)在THF(20mL)中的溶液，并且将反应混合物在-78℃下再搅拌1.5小时。然后加入甲酸甲酯(2.88mL，46.7mmol)并且将反应混合物在-78℃下搅拌1小时，然后用饱和氯化铵淬灭。升温至室温后，将混合物用乙酸乙酯/水稀释并分离各层。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将残余物溶解在MeOH(10mL)中并加入碳酸胍(5.61g，31.1mmol)。将反应混合物加热至60℃过夜，然后浓缩并通过Biotage IsoleraTM(含2-12％甲醇的二氯甲烷)纯化以提供呈白色固体状的期望产物(2.45g，35％)。C10H16N3O3(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝226.2；实验值：226.2。
步骤3. 3-(4-氯-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-基)-2,2-二甲基丙酸甲酯
Figure BDA0003296244150001321
将3-(2-氨基-6-氧代-1,6-二氢嘧啶-5-基)-2,2-二甲基丙酸甲酯(2.45g，10.88mmol)溶解在POCl3(10mL)中并加热至100℃过夜，然后慢慢加入饱和碳酸氢钠中。将混合物用DCM萃取，并且将有机层用饱和碳酸氢钠和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。向中间体加入DMF(36.3mL)、1-(甲基磺酰基)哌啶-4-酮(2.506g，14.14mmol)、TFA(5.03mL，65.3mmol)和三乙酰氧基硼氢化钠(5.76g，27.2mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌5小时，然后用饱和碳酸氢钠淬灭并用DCM萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将残余物通过Biotage IsoleraTM(含2-12％甲醇的DCM)纯化以提供呈黄色固体状的期望产物(2.2g，50％)。C16H26ClN4O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝404.2/406.2；实验值：404.2/406.2。
步骤4. 6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-8-苯基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
向3-(4-氯-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-基)-2,2-二甲基丙酸甲酯(21mg，0.052mmol)、苯胺(9.47μL，0.104mmol)、Ruphos Pd G2(4.03mg，5.19μmol)和碳酸铯(50.7mg，0.156mmol)的混合物中加入1,4-二噁烷(519μL)，并且将反应烧瓶抽真空，用氮气回充，然后在100℃下搅拌过夜。用MeOH稀释反应混合物并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化。C21H28N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝430.2；实验值：430.2。
实施例A4. 8-(1,1-二氟丁-2-基)-6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001331
使用1,1-二氟丁-2-胺作为偶联伴侣以与实施例A3步骤4类似的方式制备此化合物。以外消旋混合物形式分离产物。C19H30F2N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝446.2；实验值：446.2。
实施例A5. 6,6-二甲基-8-((1-甲基-1H-吡唑-5-基)甲基)-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001332
使用(1-甲基-1H-吡唑-5-基)甲胺作为偶联伴侣以与实施例A3步骤4类似的方式制备此化合物。C20H30N7O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝448.2；实验值：448.2。
实施例A6. 6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-8-(四氢呋喃-3-基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮
Figure BDA0003296244150001341
使用四氢呋喃-3-胺作为偶联伴侣以与实施例A3步骤4类似的方式制备此化合物。以外消旋形式获得产物。C19H30N5O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝424.2；实验值：424.2。
实施例B1. 7'-环戊基-2'-((2-甲基-1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001342
步骤1. 5-溴-2-氯-N-环戊基嘧啶-4-胺
Figure BDA0003296244150001343
向5-溴-2,4-二氯嘧啶(20g，88mmol)和Hunig碱(22.99mL，132mmol)在THF(219mL)中的溶液中加入环戊胺(9.56mL，97mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌过夜，然后用水淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将残余物通过Biotage IsoleraTM(含0-40％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈黄色固体状的期望产物(21.1g，87％)。C9H12BrClN3(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝276.0/278.0；实验值：276.0/278.0。
步骤2.(2-(叔丁氧基)-2-氧代乙基)溴化锌(II)
Figure BDA0003296244150001351
通过在2％HCl中洗涤锌粉1小时，然后倾析来活化锌。向固体中加入水并且将上清液倾析三次。然后通过过滤收集固体，用水、乙醇、丙酮和醚洗涤，然后在烘箱中干燥15分钟。向如此制备的锌(4.87g，74.4mmol)的一部分中加入THF(65mL)和TMS-Cl(0.865mL,6.77mmol)。将反应混合物在室温下搅拌1小时，然后逐滴加入2-溴乙酸叔丁酯(10.00mL，67.7mmol)。经～15分钟完成加入。然后将混合物加热至50℃达1小时，此时大多数锌金属已溶解。将混合物冷却至室温并在后续步骤中用作～0.9M溶液。
步骤3. 2-(2-氯-4-(环戊基氨基)嘧啶-5-基)乙酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001352
向5-溴-2-氯-N-环戊基嘧啶-4-胺(10g，36.2mmol)、Pd2(dba)3(0.993g，1.085mmol)和1,2,3,4,5-五苯基-1'-(二-叔丁基膦基)二茂铁(QPhos，0.771g，1.085mmol)的混合物中加入新鲜制备的THF中0.9M溶液形式的(2-(叔丁氧基)-2-氧代乙基)溴化锌(II)(48.2mL，43.4mmol)和二噁烷(72mL)。将混合物抽真空，用氮气回充，然后在室温下搅拌1小时。然后将反应用1N HCl淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含0-50％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈粉红色固体状的期望产物(7.6g，67％)。C15H23ClN3O2(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝312.2；实验值：312.2。
步骤4. 2-氯-7-环戊基-5,7-二氢-6H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-酮
Figure BDA0003296244150001361
向2-(2-氯-4-(环戊基氨基)嘧啶-5-基)乙酸叔丁酯(2.41g，7.73mmol)在THF(25.8mL)中的溶液中加入氢化钠(在矿物油中60％，0.618g，15.46mmol)，并且将反应混合物加热至60℃达1小时，然后冷却至室温并用1N HCl淬灭。将混合物用乙酸乙酯萃取，并且将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈绿色固体状的期望产物(1.46g，79％)。C11H13ClN3O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝238.2；实验值：238.2。
步骤5. 2'-氯-7'-环戊基螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001362
向氢化钠(在矿物油中60％，0.981g，24.54mmol)在THF(20mL)/HMPA(2mL，11.50mmol)中的悬浮液中逐滴加入2-氯-7-环戊基-5,7-二氢6H-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-酮(1.458g，6.13mmol)在THF(2.5mL)中的溶液，并且将反应混合物在室温下搅拌10分钟。加入1,2-二溴乙烷(1.057mL，12.27mmol)，并且将反应混合物加热至50℃达1小时，然后用1NHCl淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含15-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈灰绿色固体状的期望产物(1.1g，68％)。
C13H15ClN3O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝264.2；实验值：264.2。
步骤6. 4-((7'-环戊基-6'-氧代-6',7'-二氢螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-2'-基)氨基)-2-甲基哌啶-1-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001371
将装有2'-氯-7'-环戊基螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(0.04g，0.152mmol)，4-氨基-2-甲基哌啶-1-羧酸叔丁酯(0.098g，0.455mmol)、RuPhos PdG2(0.012g，0.015mmol)和碳酸铯(0.148g，0.455mmol)的小瓶抽真空并用氮气回充。加入1,4-二噁烷(1.996mL)，然后将溶液在100℃下搅拌48小时。将混合物冷却，在减压下浓缩，并通过Teledyne ISCO
Figure BDA0003296244150001373
Rf+(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈红色油状的期望产物。C24H36N5O3(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝442.3；实验值：442.3。
步骤7. 7'-环戊基-2'-((2-甲基哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮盐酸盐
Figure BDA0003296244150001372
将4-((7'-环戊基-6'-氧代-6',7'-二氢螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-2'-基)氨基)-2-甲基哌啶-1-羧酸叔丁酯(0.0163g，0.037mmol)和含4M HCl的二噁烷(0.157mL，0.628mmol)在无水甲醇(0.159mL)中的溶液在室温(r.t.)下搅拌1小时。然后将溶液在减压下浓缩。加入甲苯并在减压下浓缩溶液以得到呈橙色油状的期望产物。C19H28N5O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝342.2；实验值：342.2。
步骤8. 7'-环戊基-2'-((2-甲基-1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
在0℃下将甲磺酰氯(6.06μL，0.078mmol)逐滴加入到7'-环戊基-2'-((2-甲基哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(0.022g，0.065mmol)和Et3N(10.84μL，0.078mmol)在无水CH2Cl2(1.866mL)中的溶液中。使溶液逐渐升温至室温过夜。然后，将溶液用MeOH和CH3CN稀释并通过制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供呈白色固体状的期望产物。C20H30N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝420.2；实验值：420.5。
实施例B2. 7'-环戊基-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001381
使用1-(甲基磺酰基)哌啶-4-胺作为胺偶联伴侣以与实施例B1步骤5类似的方式制备此化合物。C19H28N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝406.2；实验值：406.2。
实施例B3. 7'-环戊基-2'-((1-(环丙基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001391
步骤1. 4-((7'-环戊基-6'-氧代-6',7'-二氢螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-2'-基)氨基)哌啶-1-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001392
使用4-氨基哌啶-1-羧酸叔丁酯作为胺偶联伴侣以与实施例B1步骤5类似的方式制备此化合物。C23H34N5O3(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝428.3；实验值：428.3。
步骤2. 7'-环戊基-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001393
将4-((7'-环戊基-6'-氧代-6',7'-二氢螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-2'-基)氨基)哌啶-1-羧酸叔丁酯(0.0599g，0.140mmol)在1:1TFA(0.05mL)/CH2Cl2(0.050mL)中的溶液在室温下搅拌一小时。然后，将反应混合物用饱和NaHCO3淬灭并萃取到CH2Cl2(2x)中。将有机层用盐水洗涤，并且将溶液在减压下浓缩以得到呈棕色固体状的期望产物，其未经进一步纯化即使用。C18H26N5O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝328.2；实验值：328.4。
步骤3. 7'-环戊基-2'-((1-(环丙基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
将7'-环戊基-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(0.0115g，0.035mmol)、环丙烷磺酰氯(7.16μL，0.070mmol)和Hunig碱(0.015mL，0.088mmol)在无水THF(0.702mL)中的溶液在室温下搅拌过夜。然后，将溶液用CH3CN稀释并通过制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供呈白色固体状的期望产物。C21H30N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝432.2；实验值：432.2。
实施例B4. 7'-环戊基-2'-((1-((四氢-2H-吡喃-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001401
使用四氢-2H吡喃-4-磺酰氯作为磺酰氯以与实施例B3步骤3类似的方式制备此化合物。C23H34N5O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝476.2；实验值：476.2。
实施例B5. 7'-环戊基-2'-((1-(吡啶-3-基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001402
使用吡啶-3-磺酰氯盐酸盐作为磺酰氯以与实施例B3步骤3类似的方式制备此化合物。C23H29N6O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝469.2；实验值：469.2。
实施例B6. 2'-((1-((4-氯苯基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-环戊基螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001411
使用4-氯苯磺酰氯作为磺酰氯以与实施例B3步骤3类似的方式制备此化合物。C24H29ClN5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝502.2；实验值：502.2。
实施例B7. 7'-环戊基-2'-((1-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001412
使用1-甲基-1H-吡唑-4-磺酰氯作为磺酰氯以与实施例B3步骤3类似的方式制备此化合物。C22H30N7O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝472.2；实验值：472.4。
实施例B8. 7'-(2-甲基环戊基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001421
步骤1. 1-(4-氯-2-(甲硫基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯
Figure BDA0003296244150001422
向在0℃下的氢化钠(2.006g，50.2mmol)在DMF(60mL)中的悬浮液中逐滴加入1,2-二溴乙烷(2.59mL，30.1mmol)和2-(4-氯-2-(甲硫基)嘧啶-5-基)乙酸乙酯(4.95g，20.06mmol)在DMF(40mL)中的溶液。将反应混合物升温至室温并搅拌30分钟，然后用饱和氯化铵淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage Isolera TM(含0-50％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈黄色油状的期望产物(3.2g，59％)。C11H14ClN2O2S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝273.1；实验值：273.1。
步骤2. 1-(4-氯-2-(甲基磺酰基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯
Figure BDA0003296244150001423
向1-(4-氯-2-(甲硫基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯(3.1g，11.37mmol)在DCM(60mL)中的溶液中加入m-CPBA(5.88g，34.1mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌3小时，然后用饱和碳酸氢钠淬灭并用DCM萃取。将有机层用饱和碳酸氢钠和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈白色固体状的期望产物。C11H14ClN2O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝305.1；实验值：305.1。
步骤3. 1-(4-氯-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯
Figure BDA0003296244150001431
向在0℃下的1-(甲基磺酰基)哌啶-4-胺(2.226g，12.49mmol)在四氢呋喃(56.8mL)中的悬浮液中加入异丙基氯化镁氯化锂络合物(10.48mL，13.62mmol)，并且将反应混合物在0℃下搅拌30分钟。然后逐滴加入1-(4-氯-2-(甲基磺酰基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯(3.46g，11.35mmol)在THF中的溶液，并且将反应混合物升温至室温，搅拌10分钟，然后加热至55℃达1小时。将反应用饱和氯化铵淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过Biotage IsoleraTM(含15-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈白色固体状的期望产物。C16H24ClN4O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝403.2；实验值：403.2。
步骤4. 7'-(2-甲基环戊基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
向1-(4-氯-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯(20mg，0.050mmol)、2-甲基环戊基胺(10mg，0.99mmol)、RuPhos Pd G2(3.86mg，4.96μmol)和碳酸铯(48.5mg，0.149mmol)的混合物中加入1,4-二噁烷(496μL)，并且将反应烧瓶抽真空，回充氮气，然后在140℃下搅拌1.5小时。将混合物用MeOH稀释并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供作为四种非对映体的混合物的期望产物。C20H30N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝420.2；实验值：420.2。
实施例B9. 2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(邻甲苯基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001441
向1-(4-氯-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯(实施例B6，步骤2，20mg，0.050mmol)、XantPhos Pd G2(4.41mg，4.96μmol)、邻甲苯胺(10.53μL，0.099mmol)和碳酸铯(81mg，0.248mmol)的混合物中加入1,4-二噁烷(165μL)，并且将反应烧瓶抽真空，回充氮气，然后在120度下搅拌过夜。用MeOH稀释混合物并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化。C21H26N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝428.2；实验值：428.2。
实施例B10. 7'-(1,1-二氟丁-2-基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001442
使用1,1-二氟丁-2-胺盐酸盐作为胺偶联伴侣以与实施例B8类似的方式制备此化合物。以外消旋形式分离产物。C18H26F2N5O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝430.2；实验值：430.2。
实施例B11. 7'-(1,5-二甲基-1H-吡唑-4-基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001451
使用1,5-二甲基-1H-吡唑-4-胺作为偶联伴侣以与实施例B9类似的方式制备此化合物。C19H26N7O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝432.2；实验值：432.2。
实施例B12. 7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)-2'-((1-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001452
步骤1. 4-((4-氯-5-(1-(乙氧基羰基)环丙基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸苄酯
Figure BDA0003296244150001453
1-(4-氯-2-(甲基磺酰基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯(2.6g，8.53mmol)和4-甲酰氨基哌啶-1-羧酸苄酯(2.350g，8.96mmol)在THF(28.4ml)中的溶液中加入氢化钠(0.512g，12.80mmol，在矿物油中60％)，并且将反应混合物在100℃下搅拌1小时，然后冷却至室温并用饱和氯化铵淬灭。混合物用水和乙酸乙酯稀释。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过BiotageTM(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈灰白色泡沫状的期望产物(2.65g，67％)。C23H28ClN4O4(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝459.2；实验值：459.2。
步骤2. 7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001461
向微波小瓶(microwave vial)中的4-((4-氯-5-(1-(乙氧基羰基)环丙基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸苄酯(750mg，1.634mmol)在三氟乙醇(5.45ml)中的溶液中加入(1R,3R)-3-氨基环己-1-醇(226mg，1.961mmol)和TFA(151μl，1.961mmol)，并且将反应烧瓶密封，然后在微波中加热至150℃达2小时。将混合物冷却至室温并用饱和碳酸氢钠淬灭，然后用DCM萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物溶解在THF(5mL)中并加入氢化钠(131mg，3.27mmol，在矿物油中60％)。将反应混合物加热至70℃达1小时，然后用饱和氯化铵淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物溶解在MeOH(5mL)中并加入钯碳(174mg，0.163mmol)。将反应烧瓶抽真空，用来自气球的氢气回充，然后在室温下搅拌过夜。将混合物用乙酸乙酯稀释并通过硅藻土塞过滤。浓缩滤液，并且粗产物未经进一步纯化即用于下一步(580mg，99％)。C19H28N5O2(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝358.2；实验值：358.2。
步骤3. 7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)-2'-((1-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
向7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(396mg，1.108mmol)在DCM(5.54ml)中的溶液中加入Hunig碱(232μl，1.329mmol)和1-甲基-1H-吡唑-4-磺酰氯(200mg，1.108mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌15分钟，然后用饱和碳酸氢钠淬灭并用DCM萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将混合物用MeOH稀释并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供期望产物。C23H32N7O4 S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝502.2；实验值：502.2。1H NMR(500MHz,DMSO-d6)δ8.33(s,1H),7.78(s,1H),7.72(s,1H),7.07(d,J＝7.3Hz,1H),4.62(d,J＝13.3Hz,1H),4.52(d,J＝2.7Hz,1H),4.07(s,1H),3.92(s,3H),3.66(s,1H),3.47(d,J＝11.6Hz,2H),2.47–2.29(m,2H),2.19(q,J＝13.7,12.6Hz,1H),1.94(d,J＝11.8Hz,2H),1.78–1.67(m,1H),1.67–1.48(m,6H),1.42(t,J＝3.7Hz,2H)。
实施例B13. 2'-((1-((6-(氮杂环丁烷-1-基)吡啶-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001471
步骤1. 2'-((1-((6-氟吡啶-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001481
向7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(实施例12，步骤2，15mg，0.042mmol)在THF(0.210ml)中的溶液中加入6-氟吡啶-2-磺酰氯(41.1μl，0.042mmol)和Hunig碱(21.99μl，0.126mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌30分钟，然后用水淬灭并用DCM萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。粗产物未经进一步纯化即用于下一步骤。C24H30FN6O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝517.2；实验值：517.2。
步骤2. 2'-((1-((6-(氮杂环丁烷-1-基)吡啶-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
向2'-((1-((6-氟吡啶-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(15mg，0.029mmol)在1,4-二噁烷(0.290ml)中的溶液中加入氮杂环丁烷(4.97mg，0.087mmol)和Hunig碱(15.21μl，0.087mmol)，并且将反应混合物加热至90℃过夜，然后用MeOH稀释，用制备型LCMS纯化(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)以提供期望产物。C27H36N7O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝554.2；实验值：554.2。
实施例B14.(S)-2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(1-环丙基乙基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001491
步骤1.(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001492
使用(S)-1-环丙基乙烷-1-胺作为胺偶联伴侣以与实施例B12步骤2类似的方式制备此化合物。C18H26N5O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝328.2；实验值：328.2。
步骤2.(S)-2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(1-环丙基乙基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
向(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(10mg，0.031mmol)在DCM(0.305ml)中的溶液中加入Hunig碱(16.00μl，0.092mmol)和1H-咪唑-2-磺酰氯(7.63mg，0.046mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌30分钟，然后用MeOH淬灭并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供期望产物。C21H28N7O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝458.2；实验值：458.2。
实施例B15.(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-((1-((6-氧代-1,6-二氢吡啶-3-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001501
向(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(20mg，0.061mmol)在DCM(0.611ml)中的溶液中加入Hunig碱(21.34μl，0.122mmol)和6-甲氧基吡啶-3-磺酰氯(12.68mg，0.061mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌15分钟，然后用水淬灭并用DCM萃取。将有机层浓缩，然后溶于乙腈并加入碘化钠(36.6mg，0.244mmol)和TMS-Cl(31.2μl，0.244mmol)。将反应混合物在60℃下搅拌1小时，然后用水淬灭并用乙酸乙酯萃取。将有机层用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物溶解在MeOH中并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供期望产物。C23H29N6O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝485.2；实验值：485.2。
实施例B16.(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-((1-((1-(1-乙基氮杂环丁烷-3-基)-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001502
向(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(30mg，0.092mmol)在DCM(0.916ml)中的溶液中加入Hunig碱(32.0μl，0.183mmol)和1H-吡唑-4-磺酰氯(15.26mg，0.092mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌15分钟，然后用水淬灭并用DCM萃取。将有机层浓缩，然后溶解在乙腈中并加入3-((甲基磺酰基)氧基)氮杂环丁烷-1-羧酸叔丁酯(69.1mg，0.275mmol)和碳酸铯(90mg，0.275mmol)。将反应混合物在100℃下搅拌过夜，然后用含4N HCl的二噁烷(1mL)淬灭并在室温下搅拌30分钟。将混合物用乙酸乙酯洗涤并弃去有机层。加入固体碳酸氢钠直到溶液变成碱性，然后用DCM萃取混合物。将有机层经硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物溶解在DCE(1mL)中并加入乙酸(15.74μl，0.275mmol)、三乙酰氧基硼氢化钠(58.3mg，0.275mmol)和乙醛(7μl，0.275mmol)。将反应混合物在室温下搅拌30分钟，然后用MeOH稀释并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供期望产物。C26H37N8O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝541.2；实验值：541.2。
实施例B17. 2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((反式)-2-羟基-2-甲基环戊基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001511
步骤1. 7'-((反式)-2-羟基-2-甲基环戊基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001512
使用(反式)-2-氨基-1-甲基环戊烷-1-醇作为胺偶联伴侣以与实施例B12步骤2类似的方式制备此化合物。C19H28N5O2(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝358.2；实验值：358.2。
步骤2. 2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((反式)-2-羟基-2-甲基环戊基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
向7'-((反式)-2-羟基-2-甲基环戊基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮、HCl(12mg，0.030mmol)在DCM(0.609ml)中的溶液中加入Hunig碱(5.32μl，0.030mmol)和1H-咪唑-2-磺酰氯(6.05mg，0.034mmol)，并且将反应混合物在室温下搅拌10分钟，然后用MeOH稀释并用制备型LCMS(XBridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)纯化以提供期望产物。C22H30N7O4S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝488.2；实验值：488.2。
实施例B18. 2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(7-氯-1,2,3,4-四氢异喹啉-6-基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001521
步骤1. 6-氨基-7-氯-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001522
将7-氯-6-硝基-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯(0.136g，0.434mmol)、铁(0.097g，1.736mmol)和氯化铵(0.139g，2.60mmol)在THF(0.723mL)/甲醇(0.723mL)/水(0.723mL)中的溶液在60℃下搅拌4小时。然后，将溶液通过硅藻土过滤并用乙酸乙酯和甲醇冲洗。将滤液用水和盐水洗涤，经硫酸钠干燥并在减压下浓缩。将粗产物通过TeledyneISCO CombiFlashTM RF+(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈棕色固体状的期望产物(0.0762g，0.269mmol，62％)。C14H20ClN2O2(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝283.1；实验值：283.3。
步骤2. 6-(2'-((1-((苄氧基)羰基)哌啶-4-基)氨基)-6'-氧代螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]]嘧啶]-7'(6'H)-基)-7-氯-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001531
将4-((4-氯-5-(1-(乙氧基羰基)环丙基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸苄酯(实施例12，步骤1；0.04g，0.087mmol)、碳酸铯(0.085g，0.261mmol)、XantPhos-Pd G2(7.75mg，8.72μmol)和6-氨基-7-氯-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯(0.037g，0.131mmol)加入到40-mL闪烁瓶中。将溶液真空/氮气吹扫3次，然后加入无水1,4-二噁烷(0.872mL)。将溶液加热至100℃并在100℃搅拌过夜。将溶液冷却并在减压下浓缩。将粗产物通过TeledyneISCO CombiFlashTM RF+(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈棕色泡沫状的期望产物(0.023mmol，40％)。C35H40ClN6O5(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝659.3；实验值：659.5。
步骤3. 7-氯-6-(6'-氧代-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-7'(6'H)-基)-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001541
在氢气球下将6-(2'-((1-((苄氧基)羰基)哌啶-4-基)氨基)-6'-氧代螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]]嘧啶]-7'(6'H)-基)-7-氯-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯(0.0203g，0.035mmol)和10％钯碳(6.40mg，6.02μmol)在无水甲醇(0.301mL)中的溶液在室温下搅拌1小时。将反应通过硅藻土过滤，用甲醇洗涤，并在减压下浓缩以提供呈白色固体状的期望产物(0.016g，51％)。C27H34ClN6O3(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝525.2；实验值：525.2。
步骤4. 2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(7-氯-1,2,3,4-四氢异喹啉-6-基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
将7-氯-6-(6'-氧代-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-7'(6'H)-基)-3,4-二氢异喹啉-2(1H)-羧酸叔丁酯(0.0092g，0.018mmol)、1H-咪唑-2-磺酰氯(5.84mg，0.035mmol)和Hunig碱(9.18μl，0.053mmol)在无水THF(0.350mL)中的溶液在室温下搅拌2小时。然后，将溶液用水洗涤，萃取到乙酸乙酯中3次，经硫酸钠干燥，并在减压下浓缩。将残余物溶解在无水甲醇(0.1mL)中，并加入含4M HCl的二噁烷(0.074mL，0.298mmol)。将溶液在室温下搅拌70分钟。然后，将溶液用甲醇和乙腈稀释，通过制备型LCMS纯化两次(Xbridge C18柱，用含有0.15％NH4OH水溶液的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱，然后是Xbridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)以提供呈白色固体状的期望产物。C25H28ClN8O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝555.2；实验值：555.2。
实施例B19. 7'-(2-氯-5-氟苯基)-2'-((1-((1-乙基-1H-咪唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001551
步骤1. 4-甲酰氨基哌啶-1-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001552
将甲酸乙酯(4.06mL，49.9mmol)和4-氨基哌啶-1-羧酸叔丁酯(0.5g，2.49mmol)的溶液在70℃下搅拌2小时。然后，将反应冷却并在减压下浓缩以提供呈白色固体状的期望产物，其未经进一步纯化即用于下一步骤。C7H13N2O3(M-tBu+H)+的LCMS计算值：m/z＝173.2；实验值：173.2。
步骤2. 4-((4-氯-5-(1-(乙氧基羰基)环丙基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸叔丁酯
Figure BDA0003296244150001553
将1-(4-氯-2-(甲基磺酰基)嘧啶-5-基)环丙烷-1-羧酸乙酯(实施例8，步骤2，0.9328g，3.06mmol)、4-甲酰氨基哌啶-1-羧酸叔丁酯(0.699g，3.06mmol)和含60％氢化钠的矿物油(0.122g，3.06mmol)在无水THF(15.3mL)中的浆液在60℃下搅拌2小时。然后将反应冷却并用3mL 1M NaOH猝灭并且将反应在室温下搅拌过夜。然后，将乙酸乙酯和水加入到反应中，并且将反应萃取到乙酸乙酯中3次，用盐水洗涤，经硫酸钠干燥，并在减压下浓缩。将残余物通过Teledyne ISCO CombiFlashTM RF+(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈浅黄色油状的期望产物(0.1652g，12％)。C16H22ClN4O4(M-tBu+H)+的LCMS计算值：m/z＝369.1；实验值：369.2。
步骤3. 7'-(2-氯-5-氟苯基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
Figure BDA0003296244150001561
将4-((4-氯-5-(1-(乙氧基羰基)环丙基)嘧啶-2-基)氨基)哌啶-1-羧酸叔丁酯(0.0763g，0.180mmol)、碳酸铯(0.176g，0.539mmol)、XantPhos-Pd G2(0.016g，0.018mmol)和2-氯-5-氟苯胺(0.039g，0.269mmol)加入到40-mL闪烁瓶中。将溶液真空/氮气吹扫3次，然后加入无水1,4-二噁烷(1.796mL)。将溶液加热至100℃并在100℃搅拌过夜。将溶液冷却并在减压下浓缩。将粗产物通过Teledyne ISCO CombiFlashTM RF+(含0-100％乙酸乙酯的己烷)纯化以提供呈橙色油状的期望产物。将残余物溶解在无水甲醇(1mL)中，并加入含4MHCl的二噁烷(0.763mL，3.05mmol)。将溶液在室温下搅拌70分钟。然后，将溶液在减压下浓缩以提供呈棕色泡沫状的期望产物。C19H20ClFN5O(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝388.1；实验值：388.2。
步骤4. 7'-(2-氯-5-氟苯基)-2'-((1-((1-乙基-1H-咪唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮
将7'-(2-氯-5-氟苯基)-2'-(哌啶-4-基氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮(8.5mg，0.022mmol)、1-乙基-1H-咪唑-4-磺酰氯(8.53mg，0.044mmol)和Hunig碱(0.015mL，0.088mmol)在无水THF(0.438mL)中的溶液在室温下搅拌2小时。然后，将溶液用乙腈稀释并通过制备型LCMS纯化两次(Xbridge C18柱，用含有0.15％NH4OH水溶液的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱，然后是Xbridge C18柱，用含有0.1％TFA的乙腈/水的梯度在流速60mL/min下洗脱)以提供呈白色固体状的期望产物。C24H26ClFN7O3S(M+H)+的LCMS计算值：m/z＝546.2；实验值：546.2。
实施例A.CDK2/细胞周期素E1 HTRF酶活性测定
CDK2/细胞周期素E1酶活性测定利用在杆状病毒表达系统(Carna产品编号04-165)中作为N端带GST标签的蛋白与FLAG-细胞周期素E1共表达的全长人CDK2。以8μL的最终反应体积在白色384孔聚苯乙烯板中进行测定。在ATP(50μM或1mM)和50nM U LightTM标记eIF4E结合蛋白1(THR37/46)肽(PerkinElmer)的存在下，将CDK2/细胞周期素E1(0.25nM)与化合物(40nL在DMSO中连续稀释)在测定缓冲液(含有50mM HEPES pH 7.5、1mM EGTA、10mMMgCl2、2mM DTT、0.05mg/mL BSA和0.01％Tween 20)中在室温下一起孵育60分钟。通过加入EDTA和铕标记抗磷酸化4E-BP1抗体(PerkinElmer)分别达到最终浓度15mM和1.5nM来终止反应。在室温下1小时后，在PHERAstar FS读板器(BMG Labtech)上读取HTRF信号。用使用三参数或四参数剂量反应曲线的IDBS XLFit和GraphPad Prism 5.0软件分析数据以确定每种化合物的IC50。在实施例A的测定中在1mM ATP下对实施例测量的IC50数据在表3中示出。
表3
实施例 IC<sub>50</sub>(nM)
A1 +
A2 +
A3 +++
A4 ++
A5 +++
A6 +++
B1 +++
B2 +++
B3 +
B4 +++
B5 +
B6 ++
B7 +
B8 +
B9 +++
B10 +
B11 ++
B12 +
B13 +
B14 +
B15 +
B16 +
B17 +
B18 +
B19 +
+是指≤50nM
++是指>50nM至100nM
+++是指>100nM至500nM
++++是指>500nM至1000nM
实施例B：CDK1/细胞周期素B1 HTRF酶活性测定
CDK1/细胞周期素B1酶活性测定利用在杆状病毒表达系统(Carna产品编号04-102)中作为N端GST融合蛋白(61kDa)与CyclinB1[登录号NP_114172.1的1-433个(末端)氨基酸]共表达的全长人CDC2[登录号NP_001777.1的1-297个(末端)氨基酸]。以8μL的最终体积在白色384孔聚苯乙烯板中进行测定。在ATP(25μM或1mM)和50nM ULightTM标记eIF4E结合蛋白1(THR37/46)肽(PerkinElmer)的存在下，将CDK1/细胞周期素B1(0.25nM)与化合物(40nL在DMSO中连续稀释)在测定缓冲液(含有50mM HEPES pH 7.5、1mM EGTA、10mM MgCl2、2mM DTT、0.05mg/mL BSA和0.01％Tween 20)中在室温下一起孵育90分钟。通过加入EDTA和铕标记抗磷酸化4E-BP1抗体(PerkinElmer)分别达到最终浓度15mM和1.5nM来终止反应。在室温下1小时后，在PHERAstar FS读板器(BMG Labtech)上读取HTRF信号。用使用三参数或四参数剂量反应曲线的IDBS XLFit和GraphPad Prism软件分析数据以确定每种化合物的IC50。
实施例C：CDK9/细胞周期素T1 HTRF酶活性测定
CDK9/细胞周期素T1酶活性测定利用在杆状病毒表达系统(Carna产品编号04-110)中作为N端GST融合蛋白(70kDa)与His-CyclinT1[登录号NP_001231.2的1-726个(末端)氨基酸]共表达的全长人CDK9[登录号NP_001252.1的1-372个(末端)氨基酸]。以8μL的最终体积在白色384孔聚苯乙烯板中进行测定。在ATP(7μM或1mM)和50nM ULightTM标记eIF4E结合蛋白1(THR37/46)肽(PerkinElmer)的存在下，将CDK9/细胞周期素T1(0.2nM)与化合物(40nL在DMSO中连续稀释)在测定缓冲液(含有50mM HEPES pH 7.5、1mM EGTA、10mMMgCl2、2mM DTT、0.05mg/mL BSA和0.01％Tween 20)中在室温下一起孵育60分钟。通过加入EDTA和铕标记抗磷酸化4E-BP1抗体(PerkinElmer)分别达到最终浓度15mM和1.5nM来终止反应。在室温下1小时后，在PHERAstar FS读板器(BMG Labtech)上读取HTRF信号。用使用三参数或四参数剂量反应曲线的IDBS XLFit和GraphPad Prism软件分析数据以确定每种化合物的IC50。
实施例D：CDK4/细胞周期素D1 HTRF酶活性测定
CDK4/细胞周期素D1酶活性测定利用在Sf9昆虫细胞(ProQinase产品#0142-0143-1)中共表达的人CDK4、氨基酸S4-E303(如NCBI/Protein条目NP_000066.1)、具有凝血酶(Thrombin)切割位点和人CycD1的N端GST融合蛋白、氨基酸Q4-I295(如NCBI/Protein条目NP_444284.1)、具有凝血酶切割位点的N端GST融合蛋白。以8μL的最终体积在白色384孔聚苯乙烯板中进行测定。在ATP(1mM)和50nM ULightTM标记eIF4E结合蛋白1(THR37/46)肽(PerkinElmer)的存在下，将CDK4/细胞周期素D1(1.0nM)与化合物(40nL在DMSO中连续稀释)在测定缓冲液(含有50mM HEPES pH 7.5、1mM EGTA、10mM MgCl2、2mM DTT、0.05mg/mLBSA和0.01％Tween 20)中在室温下一起孵育60分钟。通过加入EDTA和铕标记抗磷酸化4E-BP1抗体(PerkinElmer)分别达到最终浓度15mM和1.5nM来终止反应。在室温下1小时后，在PHERAstar FS读板器(BMG Labtech)上读取HTRF信号。用使用三参数或四参数剂量反应曲线的IDBS XLFit和GraphPad Prism软件分析数据以确定每种化合物的IC50。
实施例E：CDK6/细胞周期素D1 HTRF酶活性测定
CDK6/细胞周期素D1酶活性测定利用在Sf9昆虫细胞(ProQinase产品#0051-0143-2)中共表达的全长人CDK6、M1-A326(NCBI/Protein条目NP_001250.1)，N端融合到GST凝血酶切割位点和人CycD1(全长)、氨基酸Q4-I295(NCBI/Protein条目NP_444284.1)、具有凝血酶切割位点的N端GST融合蛋白。以8μL的最终体积在白色384孔聚苯乙烯板中进行测定。在ATP(1mM)和50nM ULightTM标记eIF4E结合蛋白1(THR37/46)肽(PerkinElmer)的存在下，将CDK6/细胞周期素D1(0.05nM)与化合物(40nL在DMSO中连续稀释)在测定缓冲液(含有50mMHEPES pH 7.5、1mM EGTA、10mM MgCl2、2mM DTT、0.05mg/mL BSA和0.01％Tween 20)中在室温下一起孵育60分钟。通过加入EDTA和铕标记抗磷酸化4E-BP1抗体(PerkinElmer)达到最终浓度15mM和1.5nM来终止反应。
其他实施方案
虽然本发明已结合其具体实施方式进行描述，但是前述具体实施方式意图说明而非限制本发明的范围，本发明的范围由所附加权利要求的范围来限定。其他方面、优点和修改处于以下权利要求的范围内。
序列表
<110> 因赛特公司(INCYTE CORPORATION)
<120> 细胞周期素依赖性激酶2生物标记物及其用途
<130> 20443-0588WO1
<140>
<141>
<150> 62/806,265
<151> 2019-02-15
<160> 8
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 156
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
Met Glu Pro Ala Ala Gly Ser Ser Met Glu Pro Ser Ala Asp Trp Leu
1 5 10 15
Ala Thr Ala Ala Ala Arg Gly Arg Val Glu Glu Val Arg Ala Leu Leu
20 25 30
Glu Ala Gly Ala Leu Pro Asn Ala Pro Asn Ser Tyr Gly Arg Arg Pro
35 40 45
Ile Gln Val Met Met Met Gly Ser Ala Arg Val Ala Glu Leu Leu Leu
50 55 60
Leu His Gly Ala Glu Pro Asn Cys Ala Asp Pro Ala Thr Leu Thr Arg
65 70 75 80
Pro Val His Asp Ala Ala Arg Glu Gly Phe Leu Asp Thr Leu Val Val
85 90 95
Leu His Arg Ala Gly Ala Arg Leu Asp Val Arg Asp Ala Trp Gly Arg
100 105 110
Leu Pro Val Asp Leu Ala Glu Glu Leu Gly His Arg Asp Val Ala Arg
115 120 125
Tyr Leu Arg Ala Ala Ala Gly Gly Thr Arg Gly Ser Asn His Ala Arg
130 135 140
Ile Asp Ala Ala Glu Gly Pro Ser Asp Ile Pro Asp
145 150 155
<210> 2
<211> 410
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 2
Met Pro Arg Glu Arg Arg Glu Arg Asp Ala Lys Glu Arg Asp Thr Met
1 5 10 15
Lys Glu Asp Gly Gly Ala Glu Phe Ser Ala Arg Ser Arg Lys Arg Lys
20 25 30
Ala Asn Val Thr Val Phe Leu Gln Asp Pro Asp Glu Glu Met Ala Lys
35 40 45
Ile Asp Arg Thr Ala Arg Asp Gln Cys Gly Ser Gln Pro Trp Asp Asn
50 55 60
Asn Ala Val Cys Ala Asp Pro Cys Ser Leu Ile Pro Thr Pro Asp Lys
65 70 75 80
Glu Asp Asp Asp Arg Val Tyr Pro Asn Ser Thr Cys Lys Pro Arg Ile
85 90 95
Ile Ala Pro Ser Arg Gly Ser Pro Leu Pro Val Leu Ser Trp Ala Asn
100 105 110
Arg Glu Glu Val Trp Lys Ile Met Leu Asn Lys Glu Lys Thr Tyr Leu
115 120 125
Arg Asp Gln His Phe Leu Glu Gln His Pro Leu Leu Gln Pro Lys Met
130 135 140
Arg Ala Ile Leu Leu Asp Trp Leu Met Glu Val Cys Glu Val Tyr Lys
145 150 155 160
Leu His Arg Glu Thr Phe Tyr Leu Ala Gln Asp Phe Phe Asp Arg Tyr
165 170 175
Met Ala Thr Gln Glu Asn Val Val Lys Thr Leu Leu Gln Leu Ile Gly
180 185 190
Ile Ser Ser Leu Phe Ile Ala Ala Lys Leu Glu Glu Ile Tyr Pro Pro
195 200 205
Lys Leu His Gln Phe Ala Tyr Val Thr Asp Gly Ala Cys Ser Gly Asp
210 215 220
Glu Ile Leu Thr Met Glu Leu Met Ile Met Lys Ala Leu Lys Trp Arg
225 230 235 240
Leu Ser Pro Leu Thr Ile Val Ser Trp Leu Asn Val Tyr Met Gln Val
245 250 255
Ala Tyr Leu Asn Asp Leu His Glu Val Leu Leu Pro Gln Tyr Pro Gln
260 265 270
Gln Ile Phe Ile Gln Ile Ala Glu Leu Leu Asp Leu Cys Val Leu Asp
275 280 285
Val Asp Cys Leu Glu Phe Pro Tyr Gly Ile Leu Ala Ala Ser Ala Leu
290 295 300
Tyr His Phe Ser Ser Ser Glu Leu Met Gln Lys Val Ser Gly Tyr Gln
305 310 315 320
Trp Cys Asp Ile Glu Asn Cys Val Lys Trp Met Val Pro Phe Ala Met
325 330 335
Val Ile Arg Glu Thr Gly Ser Ser Lys Leu Lys His Phe Arg Gly Val
340 345 350
Ala Asp Glu Asp Ala His Asn Ile Gln Thr His Arg Asp Ser Leu Asp
355 360 365
Leu Leu Asp Lys Ala Arg Ala Lys Lys Ala Met Leu Ser Glu Gln Asn
370 375 380
Arg Ala Ser Pro Leu Pro Ser Gly Leu Leu Thr Pro Pro Gln Ser Gly
385 390 395 400
Lys Lys Gln Ser Ser Gly Pro Glu Met Ala
405 410
<210> 3
<211> 928
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 3
Met Pro Pro Lys Thr Pro Arg Lys Thr Ala Ala Thr Ala Ala Ala Ala
1 5 10 15
Ala Ala Glu Pro Pro Ala Pro Pro Pro Pro Pro Pro Pro Glu Glu Asp
20 25 30
Pro Glu Gln Asp Ser Gly Pro Glu Asp Leu Pro Leu Val Arg Leu Glu
35 40 45
Phe Glu Glu Thr Glu Glu Pro Asp Phe Thr Ala Leu Cys Gln Lys Leu
50 55 60
Lys Ile Pro Asp His Val Arg Glu Arg Ala Trp Leu Thr Trp Glu Lys
65 70 75 80
Val Ser Ser Val Asp Gly Val Leu Gly Gly Tyr Ile Gln Lys Lys Lys
85 90 95
Glu Leu Trp Gly Ile Cys Ile Phe Ile Ala Ala Val Asp Leu Asp Glu
100 105 110
Met Ser Phe Thr Phe Thr Glu Leu Gln Lys Asn Ile Glu Ile Ser Val
115 120 125
His Lys Phe Phe Asn Leu Leu Lys Glu Ile Asp Thr Ser Thr Lys Val
130 135 140
Asp Asn Ala Met Ser Arg Leu Leu Lys Lys Tyr Asp Val Leu Phe Ala
145 150 155 160
Leu Phe Ser Lys Leu Glu Arg Thr Cys Glu Leu Ile Tyr Leu Thr Gln
165 170 175
Pro Ser Ser Ser Ile Ser Thr Glu Ile Asn Ser Ala Leu Val Leu Lys
180 185 190
Val Ser Trp Ile Thr Phe Leu Leu Ala Lys Gly Glu Val Leu Gln Met
195 200 205
Glu Asp Asp Leu Val Ile Ser Phe Gln Leu Met Leu Cys Val Leu Asp
210 215 220
Tyr Phe Ile Lys Leu Ser Pro Pro Met Leu Leu Lys Glu Pro Tyr Lys
225 230 235 240
Thr Ala Val Ile Pro Ile Asn Gly Ser Pro Arg Thr Pro Arg Arg Gly
245 250 255
Gln Asn Arg Ser Ala Arg Ile Ala Lys Gln Leu Glu Asn Asp Thr Arg
260 265 270
Ile Ile Glu Val Leu Cys Lys Glu His Glu Cys Asn Ile Asp Glu Val
275 280 285
Lys Asn Val Tyr Phe Lys Asn Phe Ile Pro Phe Met Asn Ser Leu Gly
290 295 300
Leu Val Thr Ser Asn Gly Leu Pro Glu Val Glu Asn Leu Ser Lys Arg
305 310 315 320
Tyr Glu Glu Ile Tyr Leu Lys Asn Lys Asp Leu Asp Ala Arg Leu Phe
325 330 335
Leu Asp His Asp Lys Thr Leu Gln Thr Asp Ser Ile Asp Ser Phe Glu
340 345 350
Thr Gln Arg Thr Pro Arg Lys Ser Asn Leu Asp Glu Glu Val Asn Val
355 360 365
Ile Pro Pro His Thr Pro Val Arg Thr Val Met Asn Thr Ile Gln Gln
370 375 380
Leu Met Met Ile Leu Asn Ser Ala Ser Asp Gln Pro Ser Glu Asn Leu
385 390 395 400
Ile Ser Tyr Phe Asn Asn Cys Thr Val Asn Pro Lys Glu Ser Ile Leu
405 410 415
Lys Arg Val Lys Asp Ile Gly Tyr Ile Phe Lys Glu Lys Phe Ala Lys
420 425 430
Ala Val Gly Gln Gly Cys Val Glu Ile Gly Ser Gln Arg Tyr Lys Leu
435 440 445
Gly Val Arg Leu Tyr Tyr Arg Val Met Glu Ser Met Leu Lys Ser Glu
450 455 460
Glu Glu Arg Leu Ser Ile Gln Asn Phe Ser Lys Leu Leu Asn Asp Asn
465 470 475 480
Ile Phe His Met Ser Leu Leu Ala Cys Ala Leu Glu Val Val Met Ala
485 490 495
Thr Tyr Ser Arg Ser Thr Ser Gln Asn Leu Asp Ser Gly Thr Asp Leu
500 505 510
Ser Phe Pro Trp Ile Leu Asn Val Leu Asn Leu Lys Ala Phe Asp Phe
515 520 525
Tyr Lys Val Ile Glu Ser Phe Ile Lys Ala Glu Gly Asn Leu Thr Arg
530 535 540
Glu Met Ile Lys His Leu Glu Arg Cys Glu His Arg Ile Met Glu Ser
545 550 555 560
Leu Ala Trp Leu Ser Asp Ser Pro Leu Phe Asp Leu Ile Lys Gln Ser
565 570 575
Lys Asp Arg Glu Gly Pro Thr Asp His Leu Glu Ser Ala Cys Pro Leu
580 585 590
Asn Leu Pro Leu Gln Asn Asn His Thr Ala Ala Asp Met Tyr Leu Ser
595 600 605
Pro Val Arg Ser Pro Lys Lys Lys Gly Ser Thr Thr Arg Val Asn Ser
610 615 620
Thr Ala Asn Ala Glu Thr Gln Ala Thr Ser Ala Phe Gln Thr Gln Lys
625 630 635 640
Pro Leu Lys Ser Thr Ser Leu Ser Leu Phe Tyr Lys Lys Val Tyr Arg
645 650 655
Leu Ala Tyr Leu Arg Leu Asn Thr Leu Cys Glu Arg Leu Leu Ser Glu
660 665 670
His Pro Glu Leu Glu His Ile Ile Trp Thr Leu Phe Gln His Thr Leu
675 680 685
Gln Asn Glu Tyr Glu Leu Met Arg Asp Arg His Leu Asp Gln Ile Met
690 695 700
Met Cys Ser Met Tyr Gly Ile Cys Lys Val Lys Asn Ile Asp Leu Lys
705 710 715 720
Phe Lys Ile Ile Val Thr Ala Tyr Lys Asp Leu Pro His Ala Val Gln
725 730 735
Glu Thr Phe Lys Arg Val Leu Ile Lys Glu Glu Glu Tyr Asp Ser Ile
740 745 750
Ile Val Phe Tyr Asn Ser Val Phe Met Gln Arg Leu Lys Thr Asn Ile
755 760 765
Leu Gln Tyr Ala Ser Thr Arg Pro Pro Thr Leu Ser Pro Ile Pro His
770 775 780
Ile Pro Arg Ser Pro Tyr Lys Phe Pro Ser Ser Pro Leu Arg Ile Pro
785 790 795 800
Gly Gly Asn Ile Tyr Ile Ser Pro Leu Lys Ser Pro Tyr Lys Ile Ser
805 810 815
Glu Gly Leu Pro Thr Pro Thr Lys Met Thr Pro Arg Ser Arg Ile Leu
820 825 830
Val Ser Ile Gly Glu Ser Phe Gly Thr Ser Glu Lys Phe Gln Lys Ile
835 840 845
Asn Gln Met Val Cys Asn Ser Asp Arg Val Leu Lys Arg Ser Ala Glu
850 855 860
Gly Ser Asn Pro Pro Lys Pro Leu Lys Lys Leu Arg Phe Asp Ile Glu
865 870 875 880
Gly Ser Asp Glu Ala Asp Gly Ser Lys His Leu Pro Gly Glu Ser Lys
885 890 895
Phe Gln Gln Lys Leu Ala Glu Met Thr Ser Thr Arg Thr Arg Met Gln
900 905 910
Lys Gln Lys Met Asn Asp Ser Met Asp Thr Ser Asn Lys Glu Glu Lys
915 920 925
<210> 4
<211> 1306
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> 来源(source)
<223> /注释="人工序列的描述：合成
多核苷酸"
<400> 4
cctcgaattc agctgcatgg agaacttcca aaaggtggaa aagatcggag agggcacgta 60
cggagttgtg tacaaagcca gaaacaagtt gacgggagag gtggtggcgc ttaagaaaat 120
ccgcctggac actgagactg agggtgtgcc cagtactgcc atccgagaga tctctctgct 180
taaggagctt aaccatccta atattgtcaa gctgctggat gtcattcaca cagaaaataa 240
actctacctg gtttttgaat ttctgcacca agatctcaag aaattcatgg atgcctctgc 300
tctcactggc attcctcttc ccctcatcaa gagctatctg ttccagctgc tccagggcct 360
agctttctgc cattctcatc gggtcctcca ccgagacctt aaacctcaga atctgcttat 420
taacacagag ggggccatca agctagcaga ctttggacta gccagagctt ttggagtacc 480
tgttcgtact tacacccatg aagtggtgac cctgtggtac cgagctcctg aaatcctcct 540
gggctgcaaa tattattcca cagctgtgga catctggagc ctgggctgca tctttgctga 600
gatggtgact cgccgggccc tattccctgg agattctgag attgaccagc tctttcggat 660
ctttcggact ctggggaccc cagatgaggt ggtgtggcca ggagttactt ctatgcctga 720
ttacaagcca agtttcccca agtgggcccg gcaagatttt agtaaagttg tacctcccct 780
ggatgaagat ggacggagct tgttatcgca aatgctgcac tacgacccta acaagcggat 840
ttcggccaag gcagccctgg ctcacccttt cttccaggat gtgaccaagc cagtacccca 900
tcttcgactc ggagtgcagg tggaaaccat ctccccagga gacgggcgca ccttccccaa 960
gcgcggccag acctgcgtgg tgcactacac cgggatgctt gaagatggaa agaaagttga 1020
ttcctcccgg gacagaaaca agccctttaa gtttatgcta ggcaagcagg aggtgatccg 1080
aggctgggaa gaaggggttg cccagatgag tgtgggtcag agagccaaac tgactatatc 1140
tccagattat gcctatggtg ccactgggca cccaggcatc atcccaccac atgccactct 1200
cgtcttcgat gtggagcttc taaaactgga aggataccct tacgacgttc ctgattacgc 1260
ttacccttac gacgttcctg attacgctgg atcctaattc gaaagc 1306
<210> 5
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述：合成
寡核苷酸"
<400> 5
gaattc 6
<210> 6
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述：合成
寡核苷酸"
<400> 6
ggatcc 6
<210> 7
<211> 6
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<221> 来源
<223> /注释="人工序列的描述：合成
寡核苷酸"
<400> 7
ttcgaa 6
<210> 8
<211> 18
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 8
aagcagagat ctctcgga 18

Claims (56)

1.一种治疗患有与细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)相关的疾病或病症的人受试者的方法，其包括向所述人受试者施用CDK2抑制剂，其中先前已确定所述人受试者：
(i)
(a)具有编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列；
(b)具有缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A(CDKN2A)基因；和/或
(c)表达p16蛋白；并且
(ii)
(a)具有细胞周期素E1(CCNE1)基因的扩增；和/或
(b)在获自所述人受试者的生物样品中具有高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平。
2.如权利要求1所述的方法，其中先前已确定所述人受试者：
(i)
(a)具有编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列；和/或
(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因；并且
(ii)在获自所述人受试者的生物样品中具有所述CCNE1基因的扩增。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述生物样品中CCNE1的表达水平比CCNE1的对照表达水平高至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少20倍、至少25倍、至少50倍、至少75倍或至少100倍。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的蛋白质。
5.一种治疗患有与细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)相关的疾病或病症的人受试者的方法，其包括：
(i)在获自所述人受试者的生物样品中鉴定：
(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列；
(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代的细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A(CDKN2A)基因；和/或
(c)p16蛋白的存在；
(ii)在获自所述人受试者的生物样品中鉴定：
(a)细胞周期素E1(CCNE1)基因的扩增；和/或
(b)高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平；以及
(iii)向所述人受试者施用CDK2抑制剂。
6.如权利要求5所述的方法，其包括：
(i)在获自所述人受试者的生物样品中鉴定：
(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的核苷酸序列；
(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因；和/或
(c)p16蛋白的存在；
(ii)在获自所述人受试者的生物样品中鉴定：
(a)所述CCNE1基因的扩增；以及
(iii)向所述人受试者施用CDK2抑制剂。
7.如权利要求5所述的方法，其中所述生物样品中CCNE1的表达水平比CCNE1的对照表达水平高至少1.5倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少20倍、至少25倍、至少50倍、至少75倍或至少100倍。
8.如权利要求5-7中任一项所述的方法，其中所述CDKN2A基因编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的蛋白质。
9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中将第二治疗剂与所述CDK2抑制剂组合施用于所述人受试者。
10.如权利要求9所述的方法，其中所述第二治疗剂是BCL2抑制剂或CDK4/6抑制剂。
11.一种预测患有与细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法，其包括：
(i)从获自所述人受试者的生物样品确定：
(a)细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A(CDKN2A)基因的核苷酸序列；
(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在；和/或
(c)p16蛋白的存在；以及
(ii)从获自所述人受试者的生物样品确定：
(a)细胞周期素E1(CCNE1)基因的拷贝数；和/或
(b)CCNE1的表达水平，
其中
(1)
(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在；
(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在；和/或
(c)p16蛋白的存在；以及
(2)所述CCNE1基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平，
预测所述人受试者将对所述CDK2抑制剂作出反应。
12.如权利要求11所述的方法，其包括：
(i)从获自所述人受试者的生物样品确定：
(a)CDKN2A基因的核苷酸序列和/或缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在；以及
(ii)从获自所述人受试者的生物样品确定：
(a)所述CCNE1基因的拷贝数，
其中
(1)
(a)编码包含SEQ ID NO:1氨基酸序列的p16蛋白的CDKN2A基因的存在；和/或
(b)缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，以及
(2)所述CCNE1基因的扩增，
预测所述人受试者将对所述CDK2抑制剂作出反应。
13.如权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述CCNE1基因的扩增包括至少3的基因拷贝数。
14.如权利要求1-13中任一项所述的方法，其中所述CCNE1基因的扩增包括至少5的基因拷贝数。
15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中所述CCNE1基因的扩增包括至少21的基因拷贝数。
16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述CCNE1的对照表达水平是预先建立的截止值。
17.如权利要求1至15中任一项所述的方法，其中所述CCNE1的对照表达水平是获自一个或多个对用所述CDK2抑制剂治疗没有作出反应的受试者的一个样品或多个样品中的CCNE1表达水平。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中所述CCNE1的表达水平是CCNE1 mRNA的表达水平。
19.如权利要求1至17中任一项所述的方法，其中所述CCNE1的表达水平是CCNE1蛋白的表达水平。
20.如权利要求18所述的方法，其中通过RNA测序、定量聚合酶链反应(PCR)、原位杂交、核酸阵列或RNA测序来测量所述CCNE1的表达水平。
21.如权利要求19所述的方法，其中通过蛋白质印迹、酶联免疫吸附测定或免疫组织化学染色来测量所述CCNE1的表达水平。
22.一种用于评估细胞周期素依赖性激酶抑制剂2A(CDKN2A)基因和细胞周期素E1(CCNE1)基因的方法，其包括：从获自患有与细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)相关的疾病或病症的人受试者的一个生物样品或多个生物样品确定，(i)CDKN2A基因的核苷酸序列或缺乏一个或多个失活性核酸替代和/或缺失的CDKN2A基因的存在，以及(ii)所述CCNE1基因的拷贝数。
23.一种评估患有与细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)相关的疾病或病症的人受试者对CDK2抑制剂的反应的方法，其包括：
(a)向所述人受试者施用CDK2抑制剂，其中先前已确定所述人受试者具有细胞周期素E1(CCNE1)基因的扩增和/或高于CCNE1对照表达水平的CCNE1表达水平；
(b)在步骤(a)的施用之后在获自所述受试者的生物样品中测量对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的视网膜母细胞瘤(Rb)蛋白磷酸化水平，
其中与对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化的对照水平相比，对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的Rb磷酸化水平降低指示所述人受试者对所述CDK2抑制剂作出反应。
24.一种用于测量样品中蛋白质的量的方法，其包括：
(a)提供获自患有与细胞周期素依赖性激酶2(CDK2)相关的疾病或病症的人受试者的生物样品；以及
(b)在所述生物样品中测量对应于SEQ ID NO:3的第780位氨基酸的丝氨酸处的视网膜母细胞瘤(Rb)蛋白磷酸化水平。
25.如权利要求23或24所述的方法，其中所述生物样品包括血液样品或肿瘤活检样品。
26.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述CDK2抑制剂是式(A-I)化合物：
Figure FDA0003296244140000071
或其药学上可接受的盐，其中：
R1选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
R2选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、C(＝O)Rb、C(＝O)NRcRd、C(＝O)ORa、C(＝NRe)Rb、C(＝NRe)NRcRd、S(＝O)Rb、S(＝O)NRcRd、NRcS(＝O)2Rb、NRcS(＝O)2NRcRd、S(＝O)2Rb和S(＝O)2NRcRd，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
每个Ra、Rc和Rd独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
每个Rb独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
每个Re独立地选自H、CN、OH、C1-4烷基和C1-4烷氧基；
每个Rf独立地选自H、C1-4烷基和C1-4卤代烷基；
R3选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代；
R4、R5、R6和R7具有组(a)或组(b)中的定义：
组(a)：
R4和R5独立地选自卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
R6和R7独立地选自H、D、卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R6和R7连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
组(b)：
R4和R5独立地选自H、卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
R6和R7独立地选自卤基、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基和C3-6环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，可选地，R6和R7连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5、6或7元环烷基环或3、4、5、6或7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个R2A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa1、SRa1、C(＝O)Rb1、C(＝O)NRc1Rd1、C(＝O)ORa1、OC(＝O))Rb1、OC(＝O)NRc1Rd1、NRc1Rd1、NRc1C(＝O)Rb1、NRc1C(＝O)ORb1、NRc1C(＝O)NRc1Rd1、C(＝NRe)Rb1、C(＝NRe)NRc1Rd1、NRc1C(＝NRe)NRc1Rd1、NHORa1、NRc1S(＝O)Rb1、NRc1S(＝O)NRc1Rd1、S(＝O)Rb1、S(＝O)NRc1Rd1、NRc1S(＝O)2Rb1、NRc1S(＝O)2NRc1Rd1、S(＝O)2Rb1、S(＝O)(＝NRf)Rb1和S(＝O)2NRc1Rd1，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2B取代基取代；
每个Ra1、Rc1和Rd1独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2B取代基取代；
每个Rb1独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2B取代基取代；
每个R3A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa2、SRa2、C(＝O)Rb2、C(＝O)NRc2Rd2、C(＝O)ORa2、OC(＝O))Rb2、OC(＝O)NRc2Rd2、NRc2Rd2、NRc2C(＝O)Rb2、NRc2C(＝O)ORb2、NRc2C(＝O)NRc2Rd2、C(＝NRe)Rb2、C(＝NRe)NRc2Rd2、NRc2C(＝NRe)NRc2Rd2、NHORa2、NRc2S(＝O)Rb2、NRc2S(＝O)NRc2Rd2、S(＝O)Rb2、S(＝O)NRc2Rd2、NRc2S(＝O)2Rb2、NRc2S(＝O)2NRc2Rd2、S(＝O)2Rb2、S(＝O)(＝NRf)Rb2和S(＝O)2NRc2Rd2，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3B取代基取代；
每个Ra2、Rc2和Rd2独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3B取代基取代；
每个Rb2独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、C6-10芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、C6-10芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3B取代基取代；
每个R2B和R3B独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa23、SRa23、C(＝O)Rb23、C(＝O)NRc23Rd23、C(＝O)ORa23、OC(＝O)Rb23、OC(＝O)NRc23Rd23、NRc23Rd23、NRc23C(＝O)Rb23、NRc23C(＝O)ORb23、NRc23C(＝O)NRc23Rd23、C(＝NRe)Rb23、C(＝NRe)NRc23Rd23、NRc23C(＝NRe)NRc23Rd23、NHORa23、NRc23S(＝O)Rb23、NRc23S(＝O)NRc23Rd23、S(＝O)Rb23、S(＝O)NRc23Rd23、NRc23S(＝O)2Rb23、NRc23S(＝O)2NRc23Rd23、S(＝O)2Rb23、S(＝O)(＝NRf)Rb23、S(＝O)2NRc23Rd23，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Ra23、Rc23和Rd23独立地选自H、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Rb23独立地选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；并且
每个RG独立地选自OH、NO2、CN、卤基、C1-3烷基、C2-3烯基、C2-3炔基、C1-3卤代烷基、氰基-C1-3烷基、HO-C1-3烷基、C1-3烷氧基-C1-3烷基、C1-3烷氧基、C1-3卤代烷氧基、氨基、C1-3烷基氨基、二(C1-3烷基)氨基、硫醇基、C1-3烷硫基、C1-3烷基亚磺酰基、C1-3烷基磺酰基、氨基甲酰基、C1-3烷基氨基甲酰基、二(C1-3烷基)氨基甲酰基、羧基、C1-3烷基羰基、C1-3烷氧基羰基、C1-3-烷基羰氧基、C1-3烷基羰基氨基、C1-3烷氧基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰氧基、C1-3烷基磺酰基氨基、氨基磺酰基、C1-3烷基氨基磺酰基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基、氨基磺酰基氨基、C1-3-烷基氨基磺酰基氨基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基氨基、氨基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰基氨基和二(C1-3烷基)氨基羰基氨基。
27.如权利要求26所述的方法，其中R1是H。
28.如权利要求26或27所述的方法，其中R2选自4-7元杂环烷基和苯基，其各自被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代。
29.如权利要求26-28中任一项所述的方法，其中R2选自哌啶-4-基和苯基，其各自任选地被1个R2A取代基取代。
30.如权利要求26-29中任一项所述的方法，其中至少一个R2A选自S(＝O)2Rb1和S(＝O)2NRc1Rd1，其中Rb1是C1-3烷基；并且Rc1和Rd1各自独立地选自H和C1-3烷基。
31.如权利要求26-30中任一项所述的方法，其中R3选自C1-6烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R3A取代基取代。
32.如权利要求26-31中任一项所述的方法，其中R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成环丙基环；或者R4和R5独立地是C1-3烷基。
33.如权利要求26-32中任一项所述的方法，其中R6和R7各自是H。
34.如权利要求26所述的方法，其中：
R1是H；
R2选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R2A取代基取代；
R3选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代；
R4和R5各自独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
或者，可选地，R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成3、4、5或6元环烷基环；
R6和R7各自独立地选自H和C1-6烷基；
每个R2A独立地选自卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa1、SRa1、C(＝O)Rb1、C(＝O)NRc1Rd1、C(＝O)ORa1、OC(＝O)Rb1、OC(＝O)NRc1Rd1、NRc1Rd1、NRc1C(＝O)Rb1、NRc1C(＝O)ORb1、NRc1C(＝O)NRc1Rd1、NHORa1、NRc1S(＝O)2Rb1、NRc1S(＝O)2NRc1Rd1、S(＝O)2Rb1和S(＝O)2NRc1Rd1；
每个Ra1、Rc1和Rd1独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个Rb1独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个R3A独立地选自卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa2、SRa2、C(＝O)Rb2、C(＝O)NRc2Rd2、C(＝O)ORa2、OC(＝O)Rb2、OC(＝O)NRc2Rd2、NRc2Rd2、NRc2C(＝O)Rb2、NRc2C(＝O)ORb2、NRc2C(＝O)NRc2Rd2、NHORa2、NRc2S(＝O)2Rb2、NRc2S(＝O)2NRc2Rd2、S(＝O)2Rb2和S(＝O)2NRc2Rd2；
每个Ra2、Rc2和Rd2独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；并且
每个Rb2独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
35.如权利要求26所述的方法，其中：
R1是H；
R2选自4-7元杂环烷基和苯基，其各自被1个R2A基团取代；
R2A是S(＝O)2Rb1或S(＝O)2NRc1Rd1；
Rb1是C1-3烷基；
Rc1和Rd1各自独立地选自H和C1-3烷基；
R3选自C1-6烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R3A取代基取代；
每个R3A独立地选自H、卤基、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
R4和R5各自是甲基；
或者R4和R5连同其所连接的碳原子一起形成环丙基环；并且
R6和R7各自是H。
36.如权利要求26所述的化合物，其选自：
4-((8-环戊基-6,6-二甲基-7-氧代-5,6,7,8-四氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-2-基)氨基)苯磺酰胺；
8-环戊基-6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮；和
6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-8-苯基-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮；
8-(1,1-二氟丁-2-基)-6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮；
6,6-二甲基-8-((1-甲基-1H-吡唑-5-基)甲基)-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮；和
6,6-二甲基-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-8-(四氢呋喃-3-基)-5,8-二氢吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(6H)-酮；
或其药学上可接受的盐。
37.如权利要求1至25中任一项所述的方法，其中所述CDK2抑制剂是式(B-Ia)化合物：
Figure FDA0003296244140000161
或其药学上可接受的盐，其中：
k是n-1；
n是选自1、2、3、4、5和6的整数；
环部分A是3-14元环烷基或4-14元杂环烷基，其中环部分A在所述3-14元环烷基或4-14元杂环烷基的饱和或部分饱和的环处连接至式(B-I)的NH基团；
R1选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-14环烷基、6-14元芳基、4-14元杂环烷基、5-14元杂芳基、C3-14环烷基-C1-4烷基、6-14元芳基-C1-4烷基、4-14元杂环烷基-C1-4烷基和5-14元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-14环烷基、6-14元芳基、4-14元杂环烷基、5-14元杂芳基、C3-14环烷基-C1-4烷基、6-14元芳基-C1-4烷基、4-14元杂环烷基-C1-4烷基和5-14元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3、4、5或6个独立选择的R4取代基取代；
R2和R3各自独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-7元环烷基环或4-7元杂环烷基环，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个R4独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa4、SRa4、NHORa4、C(O)Rb4、C(O)NRc4Rd4、C(O)NRc4(ORa4)、C(O)ORa4、OC(O)Rb4、OC(O)NRc4Rd4、NRc4Rd4、NRc4NRc4Rd4、NRc4C(O)Rb4、NRc4C(O)ORa4、NRc4C(O)NRc4Rd4、C(＝NRe4)Rb4、C(＝NRe4)NRc4Rd4、NRc4C(＝NRe4)NRc4Rd4、NRc4C(＝NRe4)Rb4、NRc4S(O)NRc4Rd4、NRc4S(O)Rb4、NRc4S(O)2Rb4、NRc4S(O)(＝NRe4)Rb4、NRc4S(O)2NRc4Rd4、S(O)Rb4、S(O)NRc4Rd4、S(O)2Rb4、S(O)2NRc4Rd4、OS(O)(＝NRe4)Rb4、OS(O)2Rb4、S(O)(＝NRe4)Rb4、SF5、P(O)Rf4Rg4、OP(O)(ORh4)(ORi4)、P(O)(ORh4)(ORi4)和BRj4Rk4，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个R5独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基、5-10元杂芳基-C1-4烷基、ORa5、SRa5、NHORa5、C(O)Rb5、C(O)NRc5Rd5、C(O)NRc5(ORa5)、C(O)ORa5、OC(O)Rb5、OC(O)NRc5Rd5、NRc5Rd5、NRc5NRc5Rd5、NRc5C(O)Rb5、NRc5C(O)ORa5、NRc5C(O)NRc5Rd5、C(＝NRe5)Rb5、C(＝NRe5)NRc5Rd5、NRc5C(＝NRe5)NRc5Rd5、NRc5C(＝NRe5)Rb5、NRc5S(O)NRc5Rd5、NRc5S(O)Rb5、NRc5S(O)2Rb5、NRc5S(O)(＝NRe5)Rb5、NRc5S(O)2NRc5Rd5、S(O)Rb5、S(O)NRc5Rd5、S(O)2Rb5、S(O)2NRc5Rd5、OS(O)(＝NRe5)Rb5、OS(O)2Rb5、S(O)(＝NRe5)Rb5、SF5、P(O)Rf5Rg5、OP(O)(ORh5)(ORi5)、P(O)(ORh5)(ORi5)和BRj5Rk5，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个R4A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa41、SRa41、NHORa41、C(O)Rb41、C(O)NRc41Rd41、C(O)NRc41(ORa41)、C(O)ORa41、OC(O)Rb41、OC(O)NRc41Rd41、NRc41Rd41、NRc41NRc41Rd41、NRc41C(O)Rb41、NRc41C(O)ORa41、NRc41C(O)NRc41Rd41、C(＝NRe41)Rb41、C(＝NRe41)NRc41Rd41、NRc41C(＝NRe41)NRc41Rd41、NRc41C(＝NRe41)Rb41、NRc41S(O)NRc41Rd41、NRc41S(O)Rb41、NRc41S(O)2Rb41、NRc41S(O)(＝NRe41)Rb41、NRc41S(O)2NRc41Rd41、S(O)Rb41、S(O)NRc41Rd41、S(O)2Rb41、S(O)2NRc41Rd41、OS(O)(＝NRe41)Rb41、OS(O)2Rb41、S(O)(＝NRe41)Rb41、SF5、P(O)Rf41Rg41、OP(O)(ORh41)(ORi41)、P(O)(ORh41)(ORi41)和BRj41Rk41，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
每个R4B独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa42、SRa42、NHORa42、C(O)Rb42、C(O)NRc42Rd42、C(O)NRc42(ORa42)、C(O)ORa42、OC(O)Rb42、OC(O)NRc42Rd42、NRc42Rd42、NRc42NRc42Rd42、NRc42C(O)Rb42、NRc42C(O)ORa42、NRc42C(O)NRc42Rd42、C(＝NRe42)Rb42、C(＝NRe42)NRc42Rd42、NRc42C(＝NRe42)NRc42Rd42、NRc42C(＝NRe42)Rb42、NRc42S(O)NRc42Rd42、NRc42S(O)Rb42、NRc42S(O)2Rb42、NRc42S(O)(＝NRe42)Rb42、NRc42S(O)2NRc42Rd42、S(O)Rb42、S(O)NRc42Rd42、S(O)2Rb42、S(O)2NRc42Rd42、OS(O)(＝NRe42)Rb42、OS(O)2Rb42、S(O)(＝NRe42)Rb42、SF5、P(O)Rf42Rg42、OP(O)(ORh42)(ORi42)、P(O)(ORh42)(ORi42)和BRj42Rk42，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个R5A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa51、SRa51、NHORa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51、C(O)NRc51(ORa51)、C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、C(＝NRe51)Rb51、C(＝NRe51)NRc51Rd51、NRc51C(＝NRe51)NRc51Rd51、NRc51C(＝NRe51)Rb51、NRc51S(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)Rb51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)(＝NRe51)Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)Rb51、S(O)NRc51Rd51、S(O)2Rb51、S(O)2NRc51Rd51、OS(O)(＝NRe51)Rb51、OS(O)2Rb51、S(O)(＝NRe51)Rb51、SF5、P(O)Rf51Rg51、OP(O)(ORh51)(ORi51)、P(O)(ORh51)(ORi51)和BRj51Rk51，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个R5B独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa52、SRa52、NHORa52、C(O)Rb52、C(O)NRc52Rd52、C(O)NRc52(ORa52)、C(O)ORa52、OC(O)Rb52、OC(O)NRc52Rd52、NRc52Rd52、NRc52NRc52Rd52、NRc52C(O)Rb52、NRc52C(O)ORa52、NRc52C(O)NRc52Rd52、C(＝NRe52)Rb52、C(＝NRe52)NRc52Rd52、NRc52C(＝NRe52)NRc52Rd52、NRc52C(＝NRe52)Rb52、NRc52S(O)NRc52Rd52、NRc52S(O)Rb52、NRc52S(O)2Rb52、NRc52S(O)(＝NRe52)Rb52、NRc52S(O)2NRc52Rd52、S(O)Rb52、S(O)NRc52Rd52、S(O)2Rb52、S(O)2NRc52Rd52、OS(O)(＝NRe52)Rb52、OS(O)2Rb52、S(O)(＝NRe52)Rb52、SF5、P(O)Rf52Rg52、OP(O)(ORh52)(ORi52)、P(O)(ORh52)(ORi52)和BRj52Rk52，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc4和Rd4连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-10元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-10元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Rb4独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代；
每个Re4独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf4和Rg4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh4和Ri4独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj4和Rk4独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj4和Rk4连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra41、Rc41和Rd41独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc41和Rd41连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
每个Rb41独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4B取代基取代；
每个Re41独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf41和Rg41独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh41和Ri41独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj41和Rk41独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj41和Rk41连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra42、Rc42和Rd42独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc42和Rd42连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Rb42独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Re42独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf42和Rg42独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh42和Ri42独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj42和Rk42独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj42和Rk42连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc5和Rd5连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-10元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-10元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个Re5独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf5和Rg5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh5和Ri5独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj5和Rk5独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj5和Rk5连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc51和Rd51连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个Rb51独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个Re51独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf51和Rg51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh51和Ri51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj51和Rk51独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj51和Rk51连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；
每个Ra52、Rc52和Rd52独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
或者，连接至同一N原子的任何Rc52和Rd52连同其所连接的N原子一起形成5或6元杂芳基或4-7元杂环烷基，其中所述5或6元杂芳基和4-7元杂环烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Rb52独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的RG取代基取代；
每个Re52独立地选自H、OH、CN、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rf52和Rg52独立地选自H、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rh52和Ri52独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基；
每个Rj52和Rk52独立地选自OH、C1-6烷氧基和C1-6卤代烷氧基；
或者，连接至同一B原子的任何Rj52和Rk52连同其所连接的B原子一起形成5或6元杂环烷基，所述5或6元杂环烷基任选地被1、2、3或4个独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基的取代基取代；并且
每个RG独立地选自H、D、OH、NO2、CN、卤基、C1-3烷基、C2-3烯基、C2-3炔基、C1-3卤代烷基、氰基-C1-3烷基、HO-C1-3烷基、C1-3烷氧基-C1-3烷基、C3-7环烷基、C1-3烷氧基、C1-3卤代烷氧基、氨基、C1-3烷基氨基、二(C1-3烷基)氨基、硫醇基、C1-3烷硫基、C1-3烷基亚磺酰基、C1-3烷基磺酰基、氨基甲酰基、C1-3烷基氨基甲酰基、二(C1-3烷基)氨基甲酰基、羧基、C1-3烷基羰基、C1-3烷氧基羰基、C1-3-烷基羰氧基、C1-3烷基羰基氨基、C1-3烷氧基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰氧基、C1-3烷基磺酰基氨基、氨基磺酰基、C1-3烷基氨基磺酰基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基、氨基磺酰基氨基、C1-3-烷基氨基磺酰基氨基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基氨基、氨基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰基氨基和二(C1-3烷基)氨基羰基氨基。
38.如权利要求37所述的方法，其中R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3、4、5或6个独立选择的R4取代基取代。
39.如权利要求37或38所述的方法，其中每个R4独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、ORa4、C(O)Rb4、C(O)NRc4Rd4、C(O)ORa4、OC(O)Rb4、OC(O)NRc4Rd4、NRc4Rd4、NRc4C(O)Rb4、NRc4C(O)ORa4、NRc4C(O)NRc4Rd4、NRc4S(O)2Rb4、NRc4S(O)2NRc4Rd4、S(O)2Rb4和S(O)2NRc4Rd4，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基和C1-6卤代烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R4A取代基取代。
40.如权利要求37-39中任一项所述的方法，其中每个R5独立地选自卤基和C1-6烷基。
41.如权利要求37-40中任一项所述的方法，其中Rb5选自C1-6烷基、C3-6环烷基、苯基、4-6元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立地选自卤基、C1-6烷基和4-6元杂环烷基的R5A取代基取代，其中所述4-6元杂环烷基任选地被1或2个独立地选自C1-3烷基的R5B取代基取代。
42.如权利要求37所述的方法，其中所述化合物是式(B-IIc)化合物：
Figure FDA0003296244140000301
或其药学上可接受的盐，其中k是n-1。
43.如权利要求37所述的方法，其中：
k是n-1；
n是选自1和2的整数；
环部分A是单环4-6元杂环烷基；
R1选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、苯基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、苯基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2或3个独立选择的R4取代基取代；
R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-7元环烷基环；
每个R4独立地选自H、卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-4环烷基、ORa4、C(O)Rb4、C(O)NRc4Rd4、C(O)ORa4、OC(O)Rb4、OC(O)NRc4Rd4、NRc4Rd4、NRc4C(O)Rb4、NRc4C(O)ORa4、NRc4C(O)NRc4Rd4、NRc4S(O)2Rb4、NRc4S(O)2NRc4Rd4、S(O)2Rb4和S(O)2NRc4Rd4；
每个R5独立地选自H、卤基、CN、C1-3烷基和C1-3卤代烷基；
每个R5A独立地选自H、D、卤基、CN、NO2、C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基、5-6元杂芳基-C1-4烷基、ORa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)2Rb51和S(O)2NRc51Rd51，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；
每个R5B独立地选自H、卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、OH、NO2、CN、卤基、C1-3烷基、C2-3烯基、C2-3炔基、C1-3卤代烷基、氰基-C1-3烷基、HO-C1-3烷基、C1-3烷氧基-C1-3烷基、C3-7环烷基、C1-3烷氧基、C1-3卤代烷氧基、氨基、C1-3烷基氨基、二(C1-3烷基)氨基、硫醇基、C1-3烷硫基、C1-3烷基亚磺酰基、C1-3烷基磺酰基、氨基甲酰基、C1-3烷基氨基甲酰基、二(C1-3烷基)氨基甲酰基、羧基、C1-3烷基羰基、C1-3烷氧基羰基、C1-3-烷基羰氧基、C1-3烷基羰基氨基、C1-3烷氧基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰氧基、C1-3烷基磺酰基氨基、氨基磺酰基、C1-3烷基氨基磺酰基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基、氨基磺酰基氨基、C1-3-烷基氨基磺酰基氨基、二(C1-3烷基)氨基磺酰基氨基、氨基羰基氨基、C1-3烷基氨基羰基氨基和二(C1-3烷基)氨基羰基氨基；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基；
每个Rb5独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5A取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其中所述C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代；并且
每个Rb51独立地选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2、3或4个独立选择的R5B取代基取代。
44.如权利要求37所述的方法，其中：
k是n-1；
n是1或2；
环部分A是4-6元杂环烷基；
R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-10环烷基、6-10元芳基、4-10元杂环烷基、5-10元杂芳基、C3-10环烷基-C1-4烷基、6-10元芳基-C1-4烷基、4-10元杂环烷基-C1-4烷基和5-10元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1、2或3个独立选择的R4取代基取代；
每个R4独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、ORa4和NRc4Rd4；
每个Ra4、Rc4和Rd4独立地选自H和C1-6烷基；
R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-4元环烷基环；
每个R5独立地选自卤基、C1-3烷基、C1-3卤代烷基、ORa5和NRc5Rd5；
每个Ra5、Rc5和Rd5独立地选自H和C1-6烷基；
Rb5选自C1-6烷基、C2-6烯基、C2-6炔基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-7环烷基-C1-4烷基、苯基-C1-4烷基、4-7元杂环烷基-C1-4烷基和5-6元杂芳基-C1-4烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5A取代基取代；
每个R5A独立地选自卤基、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、ORa51、SRa51、C(O)Rb51、C(O)NRc51Rd51、C(O)ORa51、OC(O)Rb51、OC(O)NRc51Rd51、NRc51Rd51、NRc51C(O)Rb51、NRc51C(O)ORa51、NRc51C(O)NRc51Rd51、NRc51S(O)2Rb51、NRc51S(O)2NRc51Rd51、S(O)2Rb51和S(O)2NRc51Rd51，其中所述C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、苯基、4-7元杂环烷基和5-6元杂芳基各自任选地为被1或2个独立选择的R5B取代基取代；
每个Ra51、Rc51和Rd51独立地选自H、C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其中所述C1-6烷基和C1-6卤代烷基各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；
每个Rb51独立地选自C1-6烷基和C1-6卤代烷基，其各自任选地被1或2个独立选择的R5B取代基取代；并且
每个R5B独立地选自卤基、CN、C1-6烷基和C1-6卤代烷基。
45.如权利要求37所述的方法，其中：
k是n-1；
n是1或2；
环部分A是哌啶环；
R1选自C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C3-7环烷基、C3-7环烷基、C3-7环烷基-C1-3烷基、苯基、4-10元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立选择的R4取代基取代；
每个R4独立地选自卤基、OH、C1-3烷基和C1-3烷氧基；
R2和R3连同其所连接的碳原子一起形成环B；
环B是3-4元环烷基环；
每个R5独立地选自卤基和C1-3烷基；并且
Rb5选自C1-6烷基、C3-6环烷基、苯基、4-6元杂环烷基和5-6元杂芳基，其各自任选地被1或2个独立地选自卤基、C1-6烷基和4-6元杂环烷基的R5A取代基取代，其中所述4-6元杂环烷基任选地被1或2个独立地选自C1-3烷基的R5B取代基取代。
46.如权利要求37所述的化合物，其选自
7'-环戊基-2'-((2-甲基-1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-环戊基-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-环戊基-2'-((1-(环丙基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-环戊基-2'-((1-((四氢-2H-吡喃-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-环戊基-2'-((1-(吡啶-3-基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
2'-((1-((4-氯苯基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-环戊基螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-环戊基-2'-((1-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-(2-甲基环戊基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(邻甲苯基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-(1,1-二氟丁-2-基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮，
7'-(1,5-二甲基-1H-吡唑-4-基)-2'-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)-2'-((1-((1-甲基-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
2'-((1-((6-(氮杂环丁烷-1-基)吡啶-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((1R,3R)-3-羟基环己基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
(S)-2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(1-环丙基乙基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-((1-((6-氧代-1,6-二氢吡啶-3-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
(S)-7'-(1-环丙基乙基)-2'-((1-((1-(1-乙基氮杂环丁烷-3-基)-1H-吡唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-((反式)-2-羟基-2-甲基环戊基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；
2'-((1-((1H-咪唑-2-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)-7'-(7-氯-1,2,3,4-四氢异喹啉-6-基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮；和
7'-(2-氯-5-氟苯基)-2'-((1-((1-乙基-1H-咪唑-4-基)磺酰基)哌啶-4-基)氨基)螺[环丙烷-1,5'-吡咯并[2,3-d]嘧啶]-6'(7'H)-酮，
或其药学上可接受的盐。
47.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述CDK2抑制剂选自8-((1R,2R)-2-羟基-2-甲基环戊基)-2-((1-(甲基磺酰基)哌啶-4-基))氨基)吡啶并[2,3-d]嘧啶-7(8H)-酮、地那西尼、阿伏西尼、塞利西尼、洛尼西尼、米西西尼、阿贝西尼和曲拉西尼，或其药学上可接受的盐。
48.如权利要求1-25中任一项所述的方法，其中所述CDK2抑制剂选自以下化合物中的一种：
Figure FDA0003296244140000371
Figure FDA0003296244140000381
或其药学上可接受的盐。
49.如权利要求1-48中任一项所述的方法，其中所述与CDK2相关的疾病或病症是癌症。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症是肺鳞状细胞癌、肺腺癌、胰腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌、胃腺癌、食管癌、膀胱尿路上皮癌、间皮瘤或肉瘤。
51.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症是肺腺癌、浸润性乳腺癌、子宫癌肉瘤、卵巢浆液性囊腺癌或胃腺癌。
52.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症是腺癌、癌或囊腺癌。
53.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症是子宫癌、卵巢癌、胃癌、食管癌、肺癌、膀胱癌、胰腺癌或乳腺癌。
54.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症是卵巢癌、子宫癌肉瘤或乳腺癌。
55.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症包括p27失活。
56.如权利要求49所述的方法，其中所述癌症是N-myc扩增的神经母细胞瘤、K-Ras突变肺癌或具有FBW7突变和CCNE1过表达的癌症。
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