CN113855791A - 抗微生物免疫调节 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了调节脊椎动物宿主中的免疫系统以治疗性或预防性治疗靶组织中受第一微生物病原体感染的方法，其包括在施用位点施用有效量的包含对第二异源微生物病原体有特异性的抗原决定簇的抗原制剂。

Description

抗微生物免疫调节
本申请是基于中国专利申请第201580030591.X号的分案申请。
技术领域
在各个方面，本发明涉及治疗或预防脊椎动物中与微生物感染相关的病理的免疫疗法，其包括微生物疫苗的使用。
背景技术
先天免疫系统和适应性免疫系统在脊椎动物中协同作用以(除了许多其它方面之外)保护其免受微生物病原性感染。可配制抗微生物疫苗以使先天性和适应性免疫系统两者参加，但是通常认为对疫苗接种的有效应答涉及对疫苗中存在的一种或多种免疫原的特异性适应性应答。这样，可使用多价疫苗，如一些肺炎球菌疫苗，来引发对一种以上血清型的特异性适应性应答。已经描述了赋予某种程度的交叉保护性免疫力的疫苗，其中对除所述免疫原外的抗原的交叉反应性赋予了一定程度对异源微生物的保护性免疫力。
发明概述
一方面，本发明提供了用于治疗脊椎动物受试者的特征在于与微生物感染相关的病理的疾患的方法和组合物，其涉及使用源自一种病原性生物的微生物疫苗治疗由异源病原性生物引起的感染。
作为非限制性实例，本申请提供了以下实施方案：
实施方案1.一种调节脊椎动物宿主中的免疫系统以治疗性或预防性治疗靶组织中受第一微生物病原体感染的方法，其包括在施用位点施用有效量的包含对第二异源微生物病原体有特异性的抗原决定簇的抗原制剂。
实施方案2.根据实施方案1所述的方法，其中所述制剂呈以至少一小时的剂量间隔给予的连续剂量施用，使得在2天至1个月的时期内，经至少一周的剂量持续时间施用两个或更多个剂量。
实施方案3.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述第一微生物病原体为肺炎链球菌或铜绿假单胞菌。
实施方案4.根据实施方案1-3中任一项所述的方法，其中所述第二异源微生物病原体为肺炎克雷伯氏菌。
实施方案5.根据实施方案1-4中任一项所述的方法，其中所述靶组织为肺部。
实施方案6.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述第一微生物病原体为粘附性侵袭性大肠埃希氏杆菌。
实施方案7.根据实施方案1、2或6所述的方法，其中所述第二异源微生物病原体为非粘附性非侵袭性大肠埃希氏杆菌。
实施方案8.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述第一微生物病原体为产肠毒素大肠埃希氏杆菌。
实施方案9.根据实施方案1、2或8所述的方法，其中所述第二异源微生物病原体为非产肠毒素大肠埃希氏杆菌。
实施方案10.根据实施方案1、2、6、7、8或9中任一项所述的方法，其中所述靶组织为胃肠道。
实施方案11.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述第一微生物病原体为肠道沙门氏菌。
实施方案12.根据实施方案1、2或11所述的方法，其中所述第二异源微生物病原体为大肠埃希氏杆菌。
实施方案13.根据实施方案1、2、11或12中任一项所述的方法，其中所述靶组织为腹膜腔。
实施方案14.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述第一微生物病原体为铜绿假单胞菌。
实施方案15.根据实施方案1、2或14所述的方法，其中所述第二异源微生物病原体为金黄色葡萄球菌。
实施方案16.根据实施方案1、2、14或15所述的方法，其中所述靶组织为皮肤。
实施方案17.根据实施方案1或2所述的方法，其中所述靶组织为X并且所述第二异源微生物病原体为Y：
Figure RE-GDA0003335845240000031
Figure RE-GDA0003335845240000041
Figure RE-GDA0003335845240000051
Figure RE-GDA0003335845240000061
Figure RE-GDA0003335845240000071
Figure RE-GDA0003335845240000081
实施方案18.根据实施方案1-17中任一项所述的方法，其中所述施用位点为皮肤或皮下组织。
实施方案19.根据实施方案1-17中任一项所述的方法，其中所述施用位点为肠。
实施方案20.根据实施方案1-17中任一项所述的方法，其中所述施用位点非肠。
实施方案21.根据实施方案1-17中任一项所述的方法，其中所述施用位点为呼吸道。
实施方案22.根据实施方案1-21中任一项所述的方法，其中所述施用位点不是所述靶组织。
实施方案23.根据实施方案1-22中任一项所述的方法，其中所述抗原制剂包含所述第二异源微生物病原体的全杀灭或减毒细胞或者全杀灭或减毒病毒。
实施方案24.根据实施方案1-23中任一项所述的方法，其中所述剂量持续时间为至少两周。
实施方案25.根据实施方案1-24中任一项所述的方法，其中施用所述抗原制剂，使得每个剂量在施用位点有效引起局部炎症免疫应答。
实施方案26.根据实施方案25所述的方法，其中施用所述抗原制剂，使得在1至48小时内在所述施用位点出现可见局部炎症。
实施方案27.根据实施方案26所述的方法，其中每天或每隔一天皮下施用所述抗原制剂。
实施方案28.根据实施方案1-27中任一项所述的方法，其中按有效提供对受所述第一微生物病原体感染的保护性免疫力的剂量方案施用所述制剂。
实施方案29.根据实施方案1-28中任一项所述的方法，其中所述宿主为人类患者。
实施方案30.根据实施方案29所述的方法，其中所述患者受免疫抑制或免疫受损。
实施方案31.根据实施方案29或30所述的方法，其中所述患者为老年患者。
实施方案32.根据实施方案29或30所述的方法，其中所述患者为小儿患者。
实施方案33.根据实施方案29-32中任一项所述的方法，其中所述患者处于院内感染的风险。
实施方案34.包含对异源微生物病原体有特异性的抗原决定簇的抗原制剂在施用位点用于调节脊椎动物宿主中的免疫系统以治疗性或预防性治疗靶组织中受第一微生物病原体感染的用途，其中所述异源微生物病原体是不同于所述第一微生物病原体的第二微生物病原体。
实施方案35.对异源微生物病原体有特异性的抗原决定簇配制在施用位点所用的调节脊椎动物宿主中的免疫系统以治疗性或预防性治疗靶组织中受第一微生物病原体感染所用的抗原制剂的用途，其中所述异源微生物病原体是不同于所述第一微生物病原体的第二微生物病原体。
实施方案36.一种包含对异源微生物病原体有特异性的抗原决定簇的抗原制剂，所述抗原制剂用于在施用位点调节脊椎动物宿主中的免疫系统以治疗性或预防性治疗靶组织中受第一微生物病原体感染，其中所述异源微生物病原体是不同于所述第一微生物病原体的第二微生物病原体。
实施方案37.一种对异源微生物病原体有特异性的用于配制在施用位点所用的调节脊椎动物宿主中的免疫系统以治疗性或预防性治疗靶组织中受第一微生物病原体感染的抗原制剂的抗原决定簇的组合物，其中所述异源微生物病原体是不同于所述第一微生物病原体的第二微生物病原体。
实施方案38.根据实施方案34-37中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述制剂呈以至少一小时的剂量间隔给予的连续剂量使用，使得在2天至1个月的时期内经至少一周的剂量持续时间施用两个或更多个剂量。
实施方案39.根据实施方案34-38中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第一微生物病原体为肺炎链球菌或铜绿假单胞菌。
实施方案40.根据实施方案34-39中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第二异源微生物病原体为肺炎克雷伯氏菌。
实施方案41.根据实施方案34-40中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述靶组织为肺部。
实施方案42.根据实施方案34-38中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第一微生物病原体为粘附性侵袭性大肠埃希氏杆菌。
实施方案43.根据实施方案34-38或42中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第二异源微生物病原体为非粘附性非侵袭性大肠埃希氏杆菌。
实施方案44.根据实施方案34-38中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第一微生物病原体为产肠毒素大肠埃希氏杆菌。
实施方案45.根据实施方案34-38或44中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第二异源微生物病原体为非产肠毒素大肠埃希氏杆菌。
实施方案46.根据实施方案34-38或42-45中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述靶组织为胃肠道。
实施方案47.根据实施方案34-38中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第一微生物病原体为肠道沙门氏菌。
实施方案48.根据实施方案34-38或47中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第二异源微生物病原体为大肠埃希氏杆菌。
实施方案49.根据实施方案34-38、47或48中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述靶组织为腹膜腔。
实施方案50.根据实施方案34-38中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第一微生物病原体为铜绿假单胞菌。
实施方案51.根据实施方案34-38或50中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述第二异源微生物病原体为金黄色葡萄球菌。
实施方案52.根据实施方案34-38、50或51中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述靶组织为皮肤。
实施方案53.根据实施方案34-38中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述靶组织为X并且所述第二异源微生物病原体为Y：
Figure RE-GDA0003335845240000121
Figure RE-GDA0003335845240000131
Figure RE-GDA0003335845240000141
Figure RE-GDA0003335845240000151
Figure RE-GDA0003335845240000161
Figure RE-GDA0003335845240000171
实施方案54.根据实施方案34-53中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述施用位点为皮肤或皮下组织。
实施方案55.根据实施方案34-53中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述施用位点为肠。
实施方案56.根据实施方案34-17中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述施用位点非肠。
实施方案57.根据实施方案34-53中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述施用位点为呼吸道。
实施方案58根据实施方案34-57中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述施用位点不是所述靶组织。
实施方案59.根据实施方案34-58中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述抗原制剂包含所述第二异源微生物病原体的全杀灭或减毒细胞或者全杀灭或减毒病毒。
实施方案60.根据实施方案34-59中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述剂量持续时间为至少两周。
实施方案61.根据实施方案34-60中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中施用所述抗原制剂，使得每个剂量在施用位点有效引起局部炎症免疫应答。
实施方案62.根据实施方案61所述的用途、组合物或制剂，其中施用所述抗原制剂，使得在1至48小时内在所述施用位点出现可见局部炎症。
实施方案63.根据实施方案62所述的用途、组合物或制剂，其中每天或每隔一天皮下施用所述抗原制剂。
实施方案64.根据实施方案34-63中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中按有效提供对受所述第一微生物病原体感染的保护性免疫力的剂量方案施用所述制剂。
实施方案65.根据实施方案34-64中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述宿主为人类患者。
实施方案66.根据实施方案65所述的用途、组合物或制剂，其中所述患者受免疫抑制或免疫受损。
实施方案67.根据实施方案65或66所述的用途、组合物或制剂，其中所述患者为老年患者。
实施方案68.根据实施方案65或66所述的用途、组合物或制剂，其中所述患者为小儿患者。
实施方案69.根据实施方案65-68中任一项所述的用途、组合物或制剂，其中所述患者处于院内感染的风险。
附图说明
图1示出了如本文实施例1A中所述，在用肺炎克雷伯氏菌(K. pneumoniae)抗原组合物或PBS处理之后，小鼠的引流淋巴结、肺部和脾脏中炎性单核细胞和树突细胞的数量。
图2示出了如本文实施例1B中所述，在用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物、大肠埃希氏杆菌(E.coli)抗原组合物或PBS处理之后，小鼠肺部、腹膜和脾脏中单核细胞和树突细胞的总数。
图3示出了如本文实施例1B中所述，来自于经肺炎克雷伯氏菌抗原组合物、大肠埃希氏杆菌抗原组合物或PBS处理的小鼠的CD4+ T细胞、CD8+ T细胞和NK细胞的总数。
图4示出了如本文实施例1C中所述，来自于经热灭活肺炎克雷伯氏菌抗原组合物、苯酚灭活肺炎克雷伯氏菌抗原组合物或PBS处理的小鼠的(A)炎性单核细胞和树突细胞及(B)CD4+ T细胞、CD8+ T 细胞和NK细胞的总数。
图5示出了从经肺炎克雷伯氏菌或大肠埃希氏杆菌抗原组合物或经PBS对照处理的小鼠的结肠检测到的CD11b+Gr-1+细胞的相对频率。
图6示出了从经肺炎克雷伯氏菌或大肠埃希氏杆菌抗原组合物或经PBS对照处理的小鼠的肺部检测到的CD11b+Gr-1+细胞的相对频率。
图7说明了如实施例3中所讨论的微生物预防，其中用包含全杀灭肺炎克雷伯氏菌细胞的组合物处理提供针对受肺炎链球菌(S. pneumoniae)的后续攻击的保护性免疫力。图7A是攻击5天后的存活曲线。图7B说明了在洗鼻液、肺部和脾脏匀浆中量化的肺炎链球菌。计数脾脏组织切片的十个相邻高倍视野中(400X放大倍数)的巨核细胞。通过双尾曼-惠特尼检验(two-tailed Mann-Whitney test)测定统计显著性。
图8说明如实施例4中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法，其中用包含全杀灭大肠埃希氏杆菌细胞的组合物处理在改善由粘附性侵袭性大肠埃希氏杆菌的异源菌株引起的感染上有效。
图9说明如实施例3中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法，其中用包含全杀灭肺炎克雷伯氏菌细胞的组合物处理在改善由铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa)(PA14)引起的肺部感染上有效。
图10说明如实施例3中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法，其中用包含全杀灭肺炎克雷伯氏菌细胞的组合物处理在改善由肺炎链球菌(P1542)引起的肺部感染上有效。
图11说明如实施例5中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法，其中用包含全杀灭大肠埃希氏杆菌细胞的组合物处理在改善由肠道沙门氏菌(S.enterica)引起的腹膜感染上有效。
图12说明如实施例5中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法，其中将用包含全杀灭大肠埃希氏杆菌细胞替代性菌株的两种不同组合物处理的效率与用抗原性肠道沙门氏菌组合物处理在改善由肠道沙门氏菌引起的腹膜感染上的效率做比较。
图13是说明如实施例6中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法的柱状图，其中示出了金黄色葡萄球菌(S.aureus)来源的 SSI(QBSAU)针对皮肤中铜绿假单胞菌攻击的效率，在QBSAU预处理之后铜绿假单胞菌细菌计数明显减少。
图14是说明如实施例6中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法的柱状图，重复并且确认了图13所示的数据，其中示出了金黄色葡萄球菌来源的SSI(QBSAU)针对皮肤中铜绿假单胞菌攻击的效率，在QBSAU预处理之后铜绿假单胞菌细菌计数明显减少。
图15是说明如实施例3c中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法的柱状图，说明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)与大肠埃希氏杆菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的铜绿假单胞菌攻击上，展示出统计上优良的预防功效。
图16是说明如实施例3c中所讨论的，小鼠模型中的异源抗微生物疗法的柱状图，说明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)与大肠埃希氏杆菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的肺炎链球菌攻击上，展示出统计上优良的预防功效。
图17是两张示出肺部感染老龄小鼠模型中的靶向异源抗微生物疗法的图表，显示肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)防御老龄小鼠肺部中的肺炎链球菌攻击。对于老龄小鼠的存活益处，图17B，比对幼龄小鼠，图17A，更为显著。
图18是说明在用肺炎链球菌攻击之后，QBKPN SSI减少老龄小鼠的体重减轻，并且这种益处相比于幼龄小鼠对于老龄小鼠而言更大的图表。
图19说明腹膜腔内的抗微生物预防，图表说明正如通过脾脏中的细菌负荷所测量，QBECO和QBKPN SSI两者是保护性的，用 QBECO材料堆处理的小鼠中的计数显著低于用QBKPN处理的小鼠 (数据为CFU/ml(平均值+/-标准偏差)。
发明详述
在各个方面，本发明涉及惊人的发现，施用包括在特定组织或器官中为病原性的微生物病原体的抗原决定簇的制剂，在治疗该特定组织或器官中与异源微生物感染相关的病理中有效。本发明的组合物可以例如在远离感染位点的位点施用。因此，本发明提供了源自这些微生物病原体，包括全杀灭细菌、病毒或真菌物种或其组合，用于治疗性或预防性治疗异源微生物感染的抗原组合物，及使用抗原组合物的方法。如下面更详细地描述，该组合物可例如源自内源性病原体或外源性病原体。
可以产生本发明的抗原组合物，其包括共同对微生物病原体有特异性或为其所特有的抗原决定簇。在这种情况下，用“特异性”意指如果要按具有该效果的适当方式施用抗原决定簇，则抗原决定簇充分地为可用于提高针对患者体内病原体的免疫应答，如适应性免疫应答的病原体所特有的。将认识到，抗原决定簇不需要具有如此特异性，以致其仅为病原体的一个特定菌株或物种所特有，因为即使针对特定病原体的特异性免疫应答可以与异源感染所处的组织或器官中也为天然病原性的其它近缘生物交叉反应并且为靶标配制或选择抗原组合物。
“细胞”是活生物体的基本结构和功能单位。在高等生物，例如动物中，具有类似结构和功能的细胞通常聚集成执行特定功能的“组织”。因此，组织包括类似细胞的集合和周围细胞间质，例如上皮组织、结缔组织、肌肉、神经。“器官”是高等生物中完全分化的结构和功能单元，其可由不同类型的组织组成并特化用于某种特定功能，例如肾脏、心脏、脑部、肝脏等。因此，在本文中用“特定器官、组织或细胞”意为包括任何特定器官，并且包括该器官中发现的细胞和组织。
“病原性”试剂是已知在自然界中会在宿主中引起感染的试剂，如细菌或病毒，并且在这个意义上，“病原性”在本发明的上下文中用于意指“天然病原性”。虽然各种各样的微生物在人工条件下能够引起感染，如微生物人工接种到组织，但是自然引起感染的微生物范围必定是有限的，并且通过医疗实践确立。
“感染”是身体或其一部分受病原性试剂(例如，微生物，如细菌) 侵袭的状态或状况，病原性试剂在有利条件下，繁殖并且产生有害作用(Taber’s Cyclopedic MedicalDictionary，第14版，C.L.Thomas,编， F.A.Davis Company,PA,USA)。感染在临床上可能并非总是明显的并且可导致仅局部的细胞损伤。如果身体的防御机制有效，则感染可保持为亚临床和暂时性的。感染可局部蔓延而变成与急性、亚急性或慢性临床感染或疾病状态一样在临床上明显。当病原性试剂进入淋巴或血管系统时，局部感染也可变成全身性的。感染通常伴有炎症，但无感染，可能发生炎症。
“炎症”是对损伤的特征组织反应(以肿胀、发红、发热和疼痛为标志)，并且包括活组织中在其受损伤时发生的连续变化。感染和炎症是不同的疾患，虽然一种可由另一种引起(Taber’s Cyclopedic Medical Dictionary，同上)。因此，无感染可发生炎症并且无炎症可发生感染(虽然炎症通常是由病原细菌或病毒感染而引起)。炎症的特征在于以下症状：发红(潮红)、发热(灼热)、肿胀(感染)、疼痛(悲痛)。皮肤上的局部可见炎症可从这些症状的组合，特别是施用位点发红显而易见。
可根据本发明的替代性方面治疗各个受试者。如本文中所用，“受试者”是可向其施用本发明的特定病原细菌、细菌抗原、病毒、病毒抗原或其组合的动物，例如脊椎动物如哺乳动物。因此，受试者可为遭受微生物感染，或怀疑有微生物感染，或处于发展微生物感染风险的患者，例如人。受试者也可为实验动物，例如动物感染模型。在一些实施方案中，术语“受试者”和“患者”可互换使用，并且可包括人、非人类哺乳动物、非人灵长类动物、大鼠、小鼠、狗等。健康受试者可以是未遭受感染或未怀疑有感染，或未患慢性病症或疾患的人。“健康受试者”也可以是并非免疫受损的受试者。用“免疫受损”或“免疫抑制”意指免疫系统以异常或不完全的方式起作用的任何情况，例如其中宿主是由于免疫系统受损或削弱而不能对感染正常应答的患者。免疫受损或免疫抑制可能是由于疾病、某种药剂(如用于癌症治疗的化疗剂)或出生时存在的疾患。在婴儿、老年人和经历广泛药物或放射疗法的个体中可更常发现免疫受损的受试者。因此，本发明的方方面面涉及对小儿和老年患者或处于院内感染风险的患者的治疗。特定患者群体例如可包括由于HIV感染或AIDS、癌症、实体器官移植、干细胞移植、镰状细胞病或无脾、先天性免疫缺陷、慢性炎性疾患、耳蜗植入或脑脊液漏引起免疫系统受损的患者。
“免疫应答”包括但不限于哺乳动物中的下列一种或多种应答：在施用所述组合物之后，诱导或活化抗体、嗜中性粒细胞、单核细胞/ 巨噬细胞(包括如本文所述的M1型巨噬细胞和M2型巨噬细胞)、B 细胞、T细胞(包括辅助T细胞、自然杀灭细胞、细胞毒性T细胞、γδT细胞)，例如通过抗原组合物中的抗原诱导或活化。因此对组合物的免疫应答通常包括在宿主动物中发展细胞和/或抗体介导的对目标组合物的应答。在一些实施方案中，免疫应答使得还会导致减缓或终止动物中感染的进展。免疫应答包括先天和适应性免疫系统两者的细胞免疫应答和体液免疫应答。
在选定的实施方案中，本发明的方法可涉及确定个体是否先前已感染了在特定器官或组织中为病原性的病原体；并且向个体施用包含经选择或配制，使其共同对至少一种病原体有特异性的抗原决定簇的治疗组合物。
另一方面，本发明提供了配制本发明的用于治疗个体特定器官或组织中特征在于微生物疾病或感染的疾患的组合物的方法。所述方法可涉及确定个体是否先前已感染了在特定器官或组织中为病原性的至少一种病原体；生产包含共同对所述至少一种病原体有特异性的抗原决定簇的抗原组合物；并且配制抗原组合物用于作为能够在特定器官或组织中引起对异源微生物的免疫或抗微生物应答的治疗性或抗微生物组合物施用。
本文详述的确定受试者是否先前已暴露于病原体的方法可涉及鉴定至少一种识别病原体的抗体的存在。所述方法也可以或可选地涉及鉴定至少一种识别病原体的记忆B细胞。所述方法也可以或可选地涉及鉴定至少一种识别病原体的记忆T细胞。所述方法例如可涉及从外周循环或从个体的靶向特定器官或组织获得抗体、记忆B细胞或记忆T细胞。
另一方面，本发明提供了预防性治疗个体特定器官或组织中的感染的方法，其涉及施用感染性微生物以在该器官或组织中引起强化感染。所述方法例如可涉及向个体施用感染剂量的在特定器官或组织中为病原性的至少一种病原体，如减毒病原体；并且向个体施用包含抗原决定簇的抗微生物组合物，所述抗原决定簇经选择或配制使其共同对所述至少一种病原体有特异性，如包含全杀灭病原体的组合物，以便治疗或预防受异源微生物的感染。所述方法可涉及同时进行的这两个施用步骤。所述方法可涉及在第一步之后1小时至30天之间进行的第二步。
本发明的组合物例如可配制或用于在远离靶向治疗的特定器官或组织的位点，例如通过皮下注射或皮内注射施用。组合物例如可配制用于重复施用，例如通过皮下或皮内注射。在选定的实施方案中，可配制或使用本发明的组合物以便在施用位点，例如在皮肤注射位点产生局部免疫应答。
在选定的实施方案中，可基于靶向治疗的特定器官或组织内源性的病原体选择病原体用于本发明的方法和组合物中。可选地，该病原体可为特定器官或组织外源性的。该病原体可配制成减毒或杀灭病原体，例如以提供全减毒或杀灭病原体的抗原组合物。例如，该病原体可为细菌、病毒、原生动物、真菌或寄生虫。
另一方面，提供了一种配制用于治疗特定器官或组织中特征在于感染的疾患的抗微生物组合物的方法。所述方法可涉及选择在特定器官或组织中为病原性的至少一种病原体；生产包含共同对该病原体有特异性的抗原决定簇的抗原组合物；并且配制抗原组合物用于作为能够在特定器官或组织中引起对异源微生物的抗微生物应答的抗微生物组合物施用。
所述方法还可涉及在生产抗原组合物之前，鉴定其中感染有症状的特定器官或组织的诊断步骤。
任选地，抗原组合物可配制用于皮下注射或皮内注射。任选地，抗原组合物可配制用于注射以在施用位点产生局部皮肤免疫应答。任选地，提供本文详述的方法，以便在确定特定组织或器官时，从本文描述的一组特定病原体中选择病原体。一方面，所述病原体是为内源性生物的病原体，其是所讨论的组织或器官中感染的自然原因。任选地，所述病原体是为所讨论的组织或器官中感染的自然原因的外源性生物，并且可包括，例如细菌、病毒、寄生虫或真菌。
任选地，抗原组合物可配制用于重复的皮下或皮内施用。任选地，抗原组合物可配制用于通过非肠道途径施用。任选地，本文详述的病原体为细菌、病毒、原生动物、真菌或寄生虫。进一步地，所述方法可涉及将病原体杀灭或减毒以将抗原组合物配制成全杀灭或减毒病原体组合物。所述病原体是一个内源性菌群物种的成员，其是特定器官或组织中感染的自然原因。所述病原体可为外源性物种，其是特定器官或组织中感染的自然原因。
另一方面，提供了一种治疗个体特定器官或组织中特征在于感染的疾患或与微生物感染相关的病理的方法。所述方法涉及向个体施用包含抗原决定簇的抗微生物组合物。选择或配制抗原决定簇，使其共同对在特定器官或组织中为病原性的至少一种病原体有特异性。任选地，抗微生物组合物可在施用位点呈以介于一小时和一个月之间的剂量间隔给予的连续剂量，在至少两周的剂量持续时间内施用。进一步，但不限于，给药可包括在例如，1、2、3、4、5或6天到1、2、3、4、 5或6周的时期内，两个或更多个剂量(或10个或更多，或100个或更多)。
另一方面，公开了抗微生物组合物用于治疗个体特定器官或组织中特征在于炎症的疾患的用途。抗微生物组合物例如可含有选择或配制，使其共同对在特定器官或组织中为病原性的至少一种微生物病原体有特异性的抗原决定簇。
另一方面，公开了抗微生物组合物用于配制用于治疗个体特定器官或组织中特征在于感染相关的病理的疾患的药剂的用途。抗微生物组合物例如可含有选择或配制，使其共同对在特定器官或组织中为病原性的至少一种微生物病原体有特异性的抗原决定簇。
一方面，提供了一种比较免疫应答的方法。所述方法涉及向具有器官或组织的动物施用具有抗原组合物的药剂，该抗原组合物具有经选择或配制的抗原决定簇，使得抗原决定簇共同对在所述器官或组织中为病原性的至少一种微生物病原体有特异性，从所述器官或组织提取可量化免疫样品，药剂施用之后在可量化免疫样品中测量所述器官或组织中的免疫应答特征，并且，将可量化免疫样品中的免疫应答特征与得自相应器官或组织的参考免疫样品中的相应免疫应答特征做比较。任选地，参考免疫样品可在施用药剂的步骤之前从动物体内的相应器官或组织获得。任选地，参考免疫样品可从第二动物体内的相应器官或组织获得。任选地，该动物可具有处于所述器官或组织中的感染。
比较免疫应答特征可涉及比较可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞数量的指示：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+ Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。进一步地，比较免疫应答特征可涉及比较巨噬细胞活化状态的转变。任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞可由M1 型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。如本文所详述，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生细胞因子。任选地，巨噬细胞由 M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、 CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生差异基因表达。任选地，巨噬细胞由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞由M1 型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，药剂可在施用位点呈以介于一小时和一个月之间的剂量间隔给予的连续剂量，在至少一周的剂量持续时间内施用。任选地，药剂可以皮内或皮下施用。可选地，药物可以呈一个剂量施用，使得每个剂量在施用位点有效地引起可见局部炎症免疫应答。任选地，可施用所述药剂，使得在1至48小时内在施用位点出现可见局部炎症。进一步且任选地，所述动物可为哺乳动物。任选地，所述动物可为人或小鼠。
另一方面，提供了一种选择适于治疗个体特定器官或组织中的感染的治疗性制剂的方法。所述方法涉及提供具有处于特定器官或组织中的感染的动物，提供具有在健康个体的相应特定器官或组织中为病原性的微生物病原体的一个或多个抗原决定簇的试验制剂，测量得自动物器官或组织的参考免疫样品中的免疫应答特征，向该动物施用试验制剂，测量得自该动物相应器官或组织的可量化免疫样品中的免疫应答特征，比较参考和可量化免疫样品中的免疫应答特征，并且处理可量化免疫样品中相比于参考免疫样品增强的免疫应答特征，作为试验制剂用作治疗性制剂的适合性的指示。任选地，在已获得可量化免疫样品之前处死动物。
任选地，比较免疫应答特征可涉及比较可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞数量的指示：炎性单核细胞、巨噬细胞、 CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，比较免疫应答特征可涉及比较巨噬细胞活化状态的转变。任选地，巨噬细胞可由 M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生细胞因子。任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+ 类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变可产生差异基因表达。任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
另一方面，提供了一种使免疫应答选择性靶向人类受试者的受感染组织或器官的方法。所述方法涉及向受试者施用具有有效量的微生物病原体抗原组合物的药剂，其中所述微生物病原体在受试者的特定器官或组织中可为病原性，在所述受试者中存在由异源微生物引起的感染，并且所述抗原组合物包含共同对微生物病原体有特异性的抗原决定簇。任选地，所述抗原组合物可包括全杀灭细菌细胞组合物。任选地，可按有效上调存在由异源微生物引起的感染的受试者的器官或组织中的抗微生物免疫应答的量和时间施用所述药剂。任选地，所述方法还可涉及测量免疫应答的特征。所述方法还包括通过免疫保护性疫苗接种对感染的预防性治疗。
另一方面，提供了一种治疗人类受试者的处于组织或器官中的感染或与微生物感染相关的病理的方法。所述方法涉及向受试者施用具有有效量的包含微生物病原体的抗原组合物，如全杀灭细菌细胞或病毒组合物的药剂，其中所述微生物病原体在异源微生物感染所处的或要预防未来感染的受试者的特定器官或组织中为病原性。可按有效调节靶器官或组织中的免疫应答的量和时间向受试者施用所述药剂。这样，本发明提供了在靶器官或组织中引起免疫应答的位点特异性免疫调节剂(SSI)。在选定的实施方案中，靶器官或组织可不同于或远离施用位点。任选地，免疫应答的调节可涉及巨噬细胞活化状态的转变。任选地，免疫应答的调节可涉及由M2型巨噬细胞应答转变为M1型巨噬细胞应答。正如本文定义那些术语一样，免疫应答的调节可涉及由M1型巨噬细胞向M2型巨噬细胞的转变。任选但不限于，所述方法还可涉及测量免疫应答特征。
任选地，比较免疫应答特征可涉及比较可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞数量的指示：炎性单核细胞、巨噬细胞、 CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，比较免疫应答特征可涉及比较巨噬细胞活化状态的转变。进一步且任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
进一步但不限于，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、 CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或 NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。进一步地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生细胞因子。巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+ 类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变可产生差异基因表达。进一步且任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。巨噬细胞可由 M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
另一方面，提供了一种监测治疗方案在治疗特定器官或组织中的感染的个体中的功效的方法。所述方法涉及测量在个体已经受所述治疗方案一段时间之后从特定器官或组织获得的治疗后免疫样品中的免疫应答特征，其中幅度上高于预计尚未经受该治疗方案的个体所具有的免疫应答特征的存在，表明该治疗方案有效；并且该治疗方案涉及施用包含在健康受试者的相应特定器官或组织中为病原性的微生物病原体的一个或多个抗原决定簇的制剂。
本文详述的方法还可涉及测量治疗前参考样品中的免疫应答特征，其中治疗前参考样品是在所述治疗方案开始之前、同时或之后，但在获得治疗后免疫样品之前获得的，并且比较治疗前和治疗后样品中的免疫应答特征，其中与治疗前参考样品相比治疗后免疫样品中的免疫应答幅度增加表明该治疗方案有效。任选地，测量免疫应答特性可涉及测定该器官或组织的样品中炎性单核细胞数量的指示。任选地，测量免疫应答特性可涉及测定该器官或组织的样品中巨噬细胞数量的指示。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或 M2型巨噬细胞。
如本文另一方面中所详述，本发明还提供了配制用于治疗处于哺乳动物，如人类患者的特定器官或组织中的感染的免疫原性组合物的方法。所述方法可包括选择在异源微生物感染所处的哺乳动物器官或组织中为天然病原性的至少一种微生物病原体。可以产生抗原组合物，其包括共同对微生物病原体有特异性或为其所特有的抗原决定簇。
诊断步骤可用于在产生靶向注射位点的抗原组合物之前，鉴定感染所处的特定器官或组织。注射位点可为主要位点，或转移的次要位点。抗原组合物可具有足够特异性，使其能够引起哺乳动物中对微生物病原体有特异性的免疫应答。抗原组合物可为细菌组合物，例如源自为患者菌群内源性的细菌物种或来自于外源性物种。在替代性实施方案中，抗原组合物可源自一种病毒或多种病毒。因此，抗原组合物源自其中的微生物病原体可为病毒。微生物病原体可杀灭。在替代性实施方案中，微生物病原体可以是活的或减毒的。本发明的免疫原性组合物也可用抗微生物方式配置或施用，如NSAID。施用位点可以是在远离注射位点的位点，例如在并非异源感染所处的器官或组织的器官或组织中，例如皮肤或皮下组织。
抗原组合物例如可配制用于皮下注射、皮内注射或口服施用。在皮下或皮内注射的实施方案中，可调节抗原组合物的给药或配制以便在施用位点的皮肤中产生局部免疫反应，例如在施用2-48小时之后出现直径为2mm至100mm的炎症区并且持续，例如2-72小时或更长。抗原组合物可配制用于重复的皮下或皮内施用，例如在交替连续性位点。
在一些实施方案中，本发明涉及治疗哺乳动处于组织或器官中的感染的方法。在替代性实施方案中，治疗可先于组织中异源感染的发展，例如如果主要感染位点表明了感染会蔓延至特定组织或器官的可能性，则可预防性治疗患者以预防或改善向该组织或器官的转移。所述方法可包括向受试者施用有效量的抗原组合物，抗原组合物包含共同对至少一种微生物病原体有特异性的抗原决定簇。本发明的一个方面涉及使用在异源感染所处的哺乳动物特定器官或组织中为病原性的微生物病原体。抗原组合物可以在施用位点，例如通过皮下或皮内注射，呈以介于一小时和一个月之间的剂量间隔给予的连续剂量，在例如至少1周、2周、2个月、6个月、1、2、3、4或5年或更长的剂量持续时间内施用。例如可计量每个注射剂量，使其在施用位点有效地引起例如在注射1-48小时后出现的可见局部炎症。
另一方面，提供了通过施用在特定器官或组织中为病原性的一种或多种微生物病原体，如细菌、病毒或真菌物种的一种或多种抗原来治疗受试者中特定器官或组织的异源感染的方法。
在替代性实施方案中，病原性微生物物种可能能够在健康受试者的特定器官或组织中自然(即，无人为干预)引起感染，或者可能已经在健康受试者的特定器官或组织中引起感染。在替代性实施方案中，可通过施用源自微生物物种的全细胞的制剂施用所述抗原。在替代性实施方案中，所述方法例如可包括施用至少两个或更多个微生物物种，或施用至少三个或更多个微生物物种，并且微生物可为细菌或病毒。在替代性实施方案中，所述方法还可包括施用补充物或佐剂。本发明的一个方面涉及施用抗原组合物以便在所述受试者中引起免疫应答。
在替代性实施方案中，抗原组合物中的微生物病原体可杀灭，并且因此可致使其为非感染性。在一些实施方案中，在远离异源感染位点的位点施用抗原组合物，并且在选定的这类实施方案中，可实施本发明的方法，使其在异源感染位点不产生感染。
如本文所详述，本发明的各个方面涉及治疗异源感染。在这种情况下，可实施治疗以便提供多种结果。例如，治疗可：引起有效抑制或改善感染的增长或扩散的免疫反应；抑制异源微生物的生长或增殖；引起感染缓解；提高生活质量；降低感染复发的风险；抑制感染蔓延；或者，提高患者群体中的患者存活率。在这种情况下，延长患者或患者群体的预期寿命，意味着增加在特定诊断之后存活指定时间段的患者的数量。在一些实施方案中，疗可能是尚未对其它治疗响应的患者，如对其而言化疗或手术还不是有效治疗的患者。替代性实施方案中的治疗可以例如是在异源感染发作之前或之后。例如，可进行预防性治疗，例如被诊断为处于特定异源感染风险的患者。
细菌及细菌定植和感染
大多数动物在某种程度上被其它生物，如细菌定植，所述生物通常与宿主动物呈共生或共栖关系存在。因此，在健康动物中发现许多一般无害的细菌物种，并且通常局部化到特定器官和组织的表面。常常，这些细菌有助于身体的正常功能。例如，在人类中，可在肠道中发现共生大肠埃希氏杆菌细菌，其中所述细菌促进免疫力并且降低受毒力更强的病原体感染的风险。
通常无害的细菌，如大肠埃希氏杆菌可以在健康受试者中引起感染，结果范围从轻度到重度感染至死亡。细菌是否为病原性(即，引起感染)在一定程度上取决于诸如到达特定宿主细胞、组织或器官的进入途径和通道；细菌的固有毒性；潜在感染位点存在的细菌量；或宿主动物的健康等因素。因此，鉴于感染的有利条件，一般无害的细菌可变为病原性，并且甚至毒力最强的细菌也需要特定环境才能引起感染。因此，是正常菌群成员的微生物物种在超越其在内源性菌群中的正常生态作用时可为病原体。例如，内源性物种可以例如通过接触性传播在其解剖邻近区域的生态位外引起感染。当这种情况发生时，将这些一般无害的内源性细菌视为病原性的。
已知特定细菌物种和病毒会在其它健康受试者的特定细胞、组织或器官中引起感染。下面列出了在身体的特定器官和组织中通常引起感染的细菌和病毒的实例；应理解这些实例并非旨在限制并且技术人员将能够基于例如下列出版物所呈现的该领域的知识，容易地识别和鉴定在健康成人的各个器官和组织中引起感染，或通常引起感染的感染性或病原性细菌(并且识别受每种细菌物种感染的相对频率)： Manual of ClinicalMicrobiology第8版，Patrick Murray编，2003,ASM Press American Society forMicrobiology,Washington DC,USA； Mandell,Douglas和Bennett，Principles andPractice of Infectious Diseases第5版，G.L.Mandell,J.E.Bennett,R.Dolin编，2000,Churchill Livingstone,Philadelphia,PA,USA，全部出版物通过引用并入本文。
皮肤感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、A、B、C或G 组β溶血性链球菌(streptococci)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diptheriae)、溃疡棒状杆菌(Corynebacterium ulcerans)或铜绿假单胞菌；或病毒病原体：麻疹、风疹、水痘-带状疱疹、埃可病毒(echovirus)、柯萨奇病毒(coxsackievirus)、腺病毒、牛痘、单纯疱疹或细小病毒B19 引起。
软组织(例如脂肪和肌肉)感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌(Streptococcuspyogenes)、金黄色葡萄球菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌 (Clostridium perfringens)或其它梭状芽胞杆菌某些种；或病毒病原体：流感或柯萨奇病毒引起。
乳房感染通常由下列细菌物种引起：金黄色葡萄球菌或酿脓链球菌。
头颈部淋巴结感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌或酿脓链球菌；或病毒病原体：埃-巴(Epstein-Barr)、巨细胞病毒、腺病毒、麻疹、风疹、单纯疱疹、柯萨奇病毒或水痘-带状疱疹引起。
臂部/腋窝淋巴结感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌或酿脓链球菌；或病毒病原体：麻疹、风疹、埃-巴、巨细胞病毒、腺病毒或水痘-带状疱疹引起。
纵隔淋巴结感染通常由下列细菌物种：草绿色链球菌(viridans streptococci)、消化球菌属某些种(Peptococcus spp.)、消化链球菌属某些种(Peptostreptococcusspp.)、拟杆菌属某些种(Bacteroides spp.)、梭菌属某些种(Fusobacterium spp.)或结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)；或病毒病原体：麻疹、风疹、埃-巴、巨细胞病毒、水痘-带状疱疹或腺病毒引起。
肺门淋巴结感染通常由下列细菌物种：肺炎链球菌(Streptococcuspneumoniae)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、肺炎支原体 (Mycoplasmapneumoniae)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、流感嗜血杆菌(Haemophilusinfluenza)、肺炎嗜衣原体(Chlamydophila pneumoniae)、百日咳博德特氏菌(Bordetellapertussis)或结核分枝杆菌；或病毒病原体：流感、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒、副流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯萨奇病毒引起。
腹腔内淋巴结感染通常由下列细菌物种：小肠结肠炎耶尔森氏菌 (Yersiniaenterocolitica)、假结核耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)、沙门氏菌属某些种(Salmonella spp.)、酿脓链球菌、大肠埃希氏杆菌、金黄色葡萄球菌或结核分枝杆菌；或病毒病原体：麻疹、风疹、埃-巴、巨细胞病毒、水痘-带状疱疹、腺病毒、流感或柯萨奇病毒引起。
腿部/腹股沟区淋巴结感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌或酿脓链球菌；或病毒病原体：麻疹、风疹、埃-巴、巨细胞病毒或单纯疱疹引起。
血液感染(即，败血病)通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌、凝固酶阴性葡萄球菌(coagulase-negative staphylococci)、肠球菌属某些种(Enterococcusspp.)、大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种(Klebsiella spp.)、肠杆菌属某些种(Enterobacter spp.)、变形杆菌属某些种(Proteus spp.)、铜绿假单胞菌、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、肺炎链球菌或B组链球菌；或病毒病原体：麻疹、风疹、水痘-带状疱疹、埃可病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、埃-巴、单纯疱疹或巨细胞病毒引起。
骨感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、酿脓链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、其它链球菌属某些种(streptococci spp.)、大肠埃希氏杆菌、假单胞菌属某些种、肠杆菌属某些种、变形杆菌属某些种或沙雷氏菌属某些种(Serratia spp.)；或病毒病原体：细小病毒B19、风疹或乙型肝炎引起。
关节感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、凝固酶阴性葡萄球菌、酿脓链球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、其它链球菌属某些种、大肠埃希氏杆菌、假单胞菌属某些种、肠杆菌属某些种、变形杆菌属某些种、沙雷氏菌属某些种、淋病奈瑟球菌(Neisseriagonorrhea)、沙门氏菌属物种、结核分枝杆菌、流感嗜血杆菌；或病毒病原体：细小病毒B19、风疹、乙型肝炎；或真菌病原体：多育赛多孢 (Scedosporium prolificans)引起。
脑膜感染通常由下列细菌物种：流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟球菌 (Neisseriameningitidis)、肺炎链球菌、无乳链球菌或单核细胞增多性李斯特氏菌(Listeriamonocytogenes)；或病毒病原体：埃可病毒、柯萨奇病毒、其它肠道病毒或腮腺炎引起。
脑部感染通常由下列细菌物种：链球菌属某些种(包括咽峡炎链球菌(S.anginosus)、星座链球菌(S.constellatus)、中间链球菌(S. intermedius))、金黄色葡萄球菌、拟杆菌属某些种、普雷沃菌属某些种(Prevotella spp.)、变形杆菌属某些种、大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、假单胞菌属某些种(Pseudomonas spp.)、肠杆菌属某些种或博氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)；或病毒病原体：柯萨奇病毒、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、其它肠道病毒、腮腺炎、单纯疱疹、水痘-带状疱疹、黄病毒(flavivirus)或本雅病毒(bunyavirus)引起。
脊髓感染通常由下列细菌物种：流感嗜血杆菌、脑膜炎奈瑟球菌、肺炎链球菌、无乳链球菌、单核细胞增多性李斯特氏菌或博氏疏螺旋体；或病毒病原体：柯萨奇病毒、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、其它肠道病毒、腮腺炎、单纯疱疹、水痘-带状疱疹、黄病毒或本雅病毒引起。
眼部/眼眶感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌、肺炎链球菌、米勒链球菌(Streptococcus milleri)、大肠埃希氏杆菌、蜡样芽胞杆菌(Bacilluscereus)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、流感嗜血杆菌、假单胞菌属某些种、克雷伯氏菌属某些种或梅毒螺旋体(Treponema pallidum)；或病毒病原体：腺病毒、单纯疱疹、水痘-带状疱疹或巨细胞病毒引起。
唾液腺感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、草绿色链球菌(例如，唾液链球菌(Streptococcus salivarius)、血链球菌(Streptococcus sanguis)、突变链球菌(Streptococcus mutans))、消化链球菌属某些种或拟杆菌属某些种或其它口腔厌氧菌；或病毒病原体：腮腺炎、流感、肠道病毒或狂犬病引起。
口腔感染通常由下列细菌物种：产黑普雷沃菌(Prevotella melaninogenicus)、厌氧链球菌、草绿色链球菌、放线菌属某些种 (Actinomyces spp.)、消化链球菌属某些种或拟杆菌属某些种或其它口腔厌氧菌；或病毒病原体：单纯疱疹、柯萨奇病毒或埃-巴引起。
扁桃体感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌或C或G组B-溶血性链球菌；或病毒病原体：鼻病毒、流感、冠状病毒、腺病毒、副流感、呼吸道合胞病毒或单纯疱疹引起。
鼻窦感染通常由下列细菌物种：肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌、α-链球菌、厌氧细菌(例如普雷沃菌属某些种)或金黄色葡萄球菌；或病毒病原体：鼻病毒、流感、腺病毒或副流感引起。
鼻咽感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌或C或G组B-溶血性链球菌；或病毒病原体：鼻病毒、流感、冠状病毒、腺病毒、副流感、呼吸道合胞病毒或单纯疱疹引起。
甲状腺感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌或肺炎链球菌；或病毒病原体：腮腺炎或流感引起。
喉部感染通常由下列细菌物种：肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae)、肺炎嗜衣原体(Chlamydophila pneumoniae)或酿脓链球菌；或病毒病原体：鼻病毒、流感、副流感、腺病毒、冠状病毒或人偏肺病毒引起。
气管感染通常由下列细菌物种：肺炎支原体；或病毒病原体：副流感、流感、呼吸道合胞病毒或腺病毒引起。
支气管感染通常由下列细菌物种：肺炎支原体、肺炎嗜衣原体、百日咳博德特氏菌、肺炎链球菌或流感嗜血杆菌；或病毒病原体：流感、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒、副流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯萨奇病毒引起。
肺部感染通常由下列细菌物种：肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎克雷伯氏菌或流感嗜血杆菌；或病毒病原体：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒或副流感引起。
胸膜感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、脆弱拟杆菌、普雷沃菌属某些种、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、消化链球菌属某些种或结核分枝杆菌；或病毒病原体：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒或副流感引起。
纵隔感染通常由下列细菌物种：草绿色链球菌、消化球菌属某些种、消化链球菌属某些种、拟杆菌属某些种、梭菌属某些种或结核分枝杆菌；或病毒病原体：麻疹、风疹、埃-巴或巨细胞病毒引起。
心脏感染通常由下列细菌物种：链球菌属某些种(包括轻型链球菌(S.mitior)、牛链球菌(S.bovis)、血链球菌(S.sanguis)、突变链球菌 (S.mutans)、咽峡炎链球菌(S.anginosus))、肠球菌属某些种、葡萄球菌属某些种、白喉棒状杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌(Clostridium perfringens)、脑膜炎奈瑟球菌或沙门氏菌属某些种；或病毒病原体：肠道病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、脊髓灰质炎病毒、腺病毒、腮腺炎、麻疹或流感引起。
食道感染通常由下列细菌物种：放线菌属某些种、鸟分枝杆菌(Mycobacteriumavium)、结核分枝杆菌或链球菌属某些种；或病毒病原体：巨细胞病毒、单纯疱疹或水痘-带状疱疹引起。
胃部感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌或幽门螺杆菌 (Helicobacterpylori)；或病毒病原体：巨细胞病毒、单纯疱疹、埃- 巴、轮状病毒(rotavirus)、诺如病毒(norovirus)或腺病毒引起。
小肠感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、艰难梭状芽胞杆菌(Clostridium difficile)、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌 (Bacteroidesthetaiotaomicron)、产气荚膜梭状芽胞杆菌、肠炎沙门氏菌(Salmonella enteriditis)、小肠结肠炎耶尔森氏菌或弗氏志贺菌 (Shigella flexneri)；或病毒病原体：腺病毒、星状病毒(astrovirus)、杯状病毒(calicivirus)、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒引起。
结肠/直肠感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、艰难梭状芽胞杆菌、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌或弗氏志贺菌；或病毒病原体：腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒。
肛门感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌、拟杆菌属某些种、梭菌属某些种、厌氧链球菌、梭状芽胞杆菌属某些种、大肠埃希氏杆菌、肠杆菌属某些种、铜绿假单胞菌或梅毒螺旋体；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
会阴感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、肠球菌属某些种、拟杆菌属某些种、梭菌属某些种、梭状芽胞杆菌属某些种、铜绿假单胞菌、厌氧链球菌、梭状芽胞杆菌属某些种或肠杆菌属某些种；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
肝脏感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、链球菌(咽峡炎类)、肠球菌属某些种、其它草绿色链球菌或拟杆菌属某些种；或病毒病原体：甲型肝炎、埃-巴、单纯疱疹、腮腺炎、风疹、麻疹、水痘-带状疱疹、柯萨奇病毒或腺病毒引起。
胆囊感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、肠杆菌属某些种、肠球菌、拟杆菌属某些种、梭菌属某些种、梭状芽胞杆菌属某些种、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌或弗氏志贺菌引起。
胆道感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、肠杆菌属某些种、肠球菌、拟杆菌属某些种、梭菌属某些种、梭状芽胞杆菌属某些种、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌或弗氏志贺菌；或病毒病原体：甲型肝炎、埃-巴、单纯疱疹、腮腺炎、风疹、麻疹、水痘-带状疱疹、柯萨奇病毒或腺病毒引起。
胰腺感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、肠球菌属某些种、假单胞菌属某些种、葡萄球菌属某些种、支原体属某些种、伤寒沙门氏菌、钩端螺旋体属某些种或军团杆菌属某些种；或病毒病原体：腮腺炎、柯萨奇病毒、乙型肝炎、巨细胞病毒、单纯疱疹2或水痘-带状疱疹引起。
脾脏感染通常由下列细菌物种：链球菌属某些种、葡萄球菌属某些种、沙门氏菌属某些种、假单胞菌属某些种、大肠埃希氏杆菌、或肠球菌属某些种；或病毒病原体：埃-巴、巨细胞病毒、腺病毒、麻疹、风疹、柯萨奇病毒或水痘-带状疱疹引起。
肾上腺感染通常由下列细菌物种：链球菌属某些种、葡萄球菌属某些种、沙门氏菌属某些种、假单胞菌属某些种、大肠埃希氏杆菌或肠球菌属某些种；或病毒病原体：水痘-带状疱疹引起。
肾脏感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、奇异变形杆菌 (Proteusmirabilis)、普通变形杆菌、普罗威登斯菌属某些种(Providentia spp.)、摩根菌属某些种(Morganella spp.)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)或铜绿假单胞菌；或病毒病原体：BK病毒或腮腺炎引起。
输尿管感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、奇异变形杆菌、普通变形杆菌、普罗威登斯菌属某些种、摩根菌属某些种或肠球菌属某些种引起。
膀胱感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、奇异变形杆菌、普通变形杆菌某些种、普罗威登斯菌属某些种、摩根菌属某些种、粪肠球菌或杰氏棒状杆菌；或病毒病原体：腺病毒或巨细胞病毒引起。
腹膜感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌、肺炎链球菌、大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属某些种、变形杆菌属某些种、肠球菌、脆弱拟杆菌、产黑普雷沃菌、消化球菌属某些种、消化链球菌属某些种、梭菌属某些种或梭状芽胞杆菌属某些种引起。
腹膜后区感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌或金黄色葡萄球菌引起。
前列腺感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、克雷伯氏菌属、肠杆菌属、奇异变形杆菌、肠球菌属、假单胞菌属、棒状杆菌属或淋病奈瑟球菌；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
睾丸感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、肺炎克雷伯氏菌、铜绿假单胞菌某些种、葡萄球菌属某些种、链球菌属某些种或肠炎沙门氏菌；或病毒病原体：腮腺炎、柯萨奇病毒或淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(lymphocytic choriomeningitis virus)引起。
阴茎感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌、淋病奈瑟球菌或梅毒螺旋体；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
卵巢/附件感染通常由下列细菌物种：淋病奈瑟球菌、沙眼衣原体、阴道加德纳菌、普雷沃菌属某些种、拟杆菌属某些种、消化球菌属某些种、链球菌属某些种或大肠埃希氏杆菌引起。
子宫感染通常由下列细菌物种：淋病奈瑟球菌、沙眼衣原体、阴道加德纳菌(Gardenerella vaginalis)、普雷沃菌属某些种、拟杆菌属某些种、消化球菌属某些种、链球菌属某些种或大肠埃希氏杆菌引起。
子宫颈感染通常由下列细菌物种：淋病奈瑟球菌、沙眼衣原体或梅毒螺旋体；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
阴道感染通常由下列细菌物种：阴道加德纳菌、普雷沃菌属某些种、拟杆菌属某些种、消化球菌属某些种、大肠埃希氏杆菌、淋病奈瑟球菌、沙眼衣原体或梅毒螺旋体；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
外阴感染通常由下列细菌物种：金黄色葡萄球菌、酿脓链球菌或梅毒螺旋体；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
细菌菌株/病毒亚型
本领域的技术人员将理解，细菌物种在操作上归类为类似菌株的集合(其通常是指具有可鉴定的生理但通常不是形态差别的假定共同祖先的群体，并且其可以使用针对细菌表面抗原的血清学技术鉴定)。因此，每个细菌物种(例如，肺炎链球菌)具有许多菌株(或血清型)，可在其引起感染的能力上不同或在特定器官/位点中引起感染的能力上不同。例如，虽然存在至少90种肺炎链球菌的血清型，血清型1、 3、4、7、8和12最常是造成人类中的肺炎球菌疾病的原因。
作为第二个实例，大肠埃希氏杆菌的某些菌株，称为肠外病原性大肠埃希氏杆菌(ExPEC)，更有可能引起尿路感染或其它肠外感染如新生儿脑膜炎，而其它菌株，包括产肠毒素大肠埃希氏杆菌(ETEC)、肠病原性大肠埃希氏杆菌(EPEC)、肠出血性大肠埃希氏杆菌(EHEC)、产志贺毒素大肠埃希氏杆菌(STEC)、肠聚集性大肠埃希氏杆菌 (EAEC)、肠侵袭性大肠埃希氏杆菌(EIEC)和弥漫粘附性大肠埃希氏杆菌(DAEC)更有可能引起胃肠道感染/腹泻。即使在ExPEC菌株亚类中，特定毒力因素(例如1型菌毛的产生)使得某些菌株更加能够引起膀胱感染，而其它毒力因素(例如P菌毛的产生)使得其它菌株更加能够在肾脏中引起感染。根据本发明，对于靶向膀胱感染的制剂可选择更有可能在膀胱中引起感染的ExPEC菌株，而对于靶向肾脏感染的制剂可选择更有可能在肾脏中引起感染的ExPEC菌株。同样，对于治疗结肠感染的制剂可选择大肠埃希氏杆菌的ETEC、EPEC、EHEC、STEC、EAEC、EIEC或DAEC菌株(即，引起结肠感染的菌株)中的一种或多种。
类似地，可能存在特异性病毒的许多亚型。例如，存在三种类型的流感，A型流感、B型流感和C型流感，其在流行病学、宿主范围和临床特征上不同。例如，A型流感更有可能与病毒肺部感染相关，而B型流感更有可能与肌炎(即，肌肉感染)相关。此外，这三种类型的流感病毒中的每一种具有许多亚型，其也可在流行病学、宿主范围和临床特征上不同。根据本发明，可以选择最常与肺部感染相关的A 流感亚型以靶向异源肺部感染，而可以选择最常与肌炎相关的B型流感菌株以治疗肌肉/软组织的感染。
应理解，本领域技术熟练的临床微生物学家因此将能够基于本公开和关于每个细菌物种的细菌菌株的领域的主体，选择特定细菌物种的菌株(或特定病毒亚型)以靶向特定器官或组织。这样，本发明提供了位点特异性免疫调节剂(SSI)，在这个意义上，本发明的制剂和治疗在靶器官或组织中引起免疫应答，并且靶标可不同于或远离施用位点。
微生物组合物、剂量和施用
本发明的组合物包括在特定组织或器官中为病原性的病原微生物(细菌或病毒)物种的抗原。该组合物可包括全细菌物种，或者可包括本发明的病原性细菌物种的提取物或制剂，如细胞壁或细胞膜提取物或全细胞或外毒素，或全细胞和外毒素。该组合物还可包括来自于本发明的一个或多个病原性细菌物种的一种或多种分离抗原；在一些实施方案中，此类组合物在可能必须精确施用特定剂量的特定抗原的情况下可能有用，或者如果施用全细菌物种或其组分(例如毒素)可能有害时可能有用。病原性细菌物种可商购(例如，从ATCC(Manassas, VA,USA)，或者可以是来自于具有组织或器官的细菌感染(例如，肺炎)的受试者的临床分离物。
本发明的微生物组合物可单独地或与其它化合物(例如，核酸分子、小分子、肽或肽类似物)组合，在脂质体、佐剂或任何药学上可接受的载体的存在下，呈适于向哺乳动物例如人施用的形式提供。如本文中所用，“药学上可接受的载体”或“赋形剂”包括任何和所有生理上相容的溶剂、分散介质、包衣、抗菌剂和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等。所述载体可适于任何适当的施用形式，包括皮下、皮内、静脉、肠胃外、腹膜内、肌肉内、舌下、吸入、瘤内或口服施用。药学上可接受的载体包括无菌水溶液或分散体和用于临时制备无菌注射液或分散体的无菌粉剂。此类介质和试剂用于药物活性物质的用途在本领域中公知。除非任何常规介质或试剂与活性化合物(即本发明的特定细菌、细菌抗原或其组合物)不相容，否则考虑其在本发明的药物组合物中的用途。补充活性化合物也可以掺入组合物中。
可采用常规药学实践提供合适的制剂或组合物以向遭受感染的受试者施用所述化合物。可采用任何适当的施用途径，例如肠胃外、静脉、皮内、皮下、肌内、颅内、眶内、眼、心室内、囊内、脊柱内、鞘内、脑池内、腹膜内、鼻内、吸入、气溶胶、局部、瘤内、舌下或口服施用。治疗性制剂可呈液体溶液或悬浮液的形式；对于口服施用，制剂可呈片剂或胶囊的形式；对于鼻内制剂，呈粉剂、滴鼻剂或气溶胶的形式；并且对于舌下制剂，呈滴剂、气溶胶或片剂的形式。
本领域公知的制备制剂的方法在例如“Remington’s Pharmaceutical Sciences”(第20版)，A.Gennaro,2000,Mack Publishing Company,Easton,PA.中找到。用于肠胃外施用的制剂，例如，可含有赋形剂、无菌水或盐水、聚亚烷基二醇(如聚乙二醇)、植物来源的油或氢化萘。生物相容、生物可降解的交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可用于控制化合物的释放。其它可能有用的肠胃外递送系统包括乙烯-乙酸乙烯酯共聚物颗粒、渗透泵、可植入输注系统和脂质体。用于吸入的制剂可含有赋形剂，例如乳糖，或可以是含有，例如聚氧乙烯-9-月桂基醚、甘胆酸盐和脱氧胆酸盐的水溶液，或可以是用于呈滴鼻剂的形式，或作为凝胶施用的油性溶液。对于治疗性或预防性组合物，按有效终止或减缓感染进展，或增加受试者存活率的量向个体施用所述病原性细菌物种。
本发明的病原性微生物物种或其抗原的“有效量”包括治疗有效量或预防有效量。“治疗有效量”是指按必需的剂量和时间段，达到预期治疗结果，例如减少或消除异源感染，预防微生物感染过程，减缓肿瘤生长，或增加存活时间超出使用例如SEER数据库预计的存活时间有效的量。病原性微生物(细菌或病毒)物种或其抗原的治疗有效量可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和重量等因素，及化合物在个体中引起预期应答的能力改变。可调整剂量方案以提供最佳治疗应答。治疗有效量也可以是其中病原性细菌物种或其病毒或抗原的任何毒性或有害影响被治疗有益影响超过的量。“预防有效量”是指按必需的剂量和时间段，达到预期预防结果，例如预防感染，减缓感染进展，减少或消除异源微生物细胞有效的量。
对于通过皮下或皮内注射施用，一个或多个病原性细菌物种的治疗或预防有效量的示例性范围可为每毫升约1百万至1000亿个生物，或者可为每毫升1亿至70亿个生物，或者可为每毫升5亿至60亿个生物，或者可为每毫升10亿至50亿个生物，或者可为每毫升20亿至40亿个生物，或这些范围内的任何整数。每毫升细菌的总浓度范围可为1百万至1000亿个生物，或者可为每毫升0.5亿至70亿个生物，或者可为每毫升1亿至60亿个生物，或者可为每毫升5亿至50 亿个生物，或者可为每毫升10亿至40亿个生物，或这些范围内的任何整数。病原性细菌物种的抗原的治疗或预防有效量的范围可为 0.1nM-0.1M、0.1nM-0.05M、0.05nM-15μM或0.01nM-10μM的任何整数。
值得注意的是，剂量浓度和范围可随要减轻的疾患的严重程度而改变，或者可随受试者的免疫应答而改变。一般而言，目标是实现充分的免疫应答。对于通过皮下或皮内感染施用，例如通过注射位点延迟的局部免疫皮肤反应的尺寸(例如，0.25英寸至4英寸直径)，可确定免疫应答的程度。实现适当免疫应答所需的剂量可以根据个体(及其免疫系统)和所需的应答而改变。也可以使用标准化剂量。在皮下或皮内施用的情况下，如果目标是实现2英寸的局部皮肤反应，则细菌组合物总剂量，例如，范围可为2百万个细菌(例如，0.001ml浓度为每毫升20亿个生物的组合物)至200多亿个细菌(例如，1ml浓度为每毫升200亿个生物的组合物)。也可以考虑组合物中单个细菌物种或其抗原的浓度。例如，如果一个特定病原性细菌物种的浓度，该物种的细胞大小或其抗原负荷相对于组合物中的其它病原性细菌物种高得多，则个体的局部免疫皮肤反应很可能是由于其对这种特定细菌物种的应答。在一些实施方案中，例如取决于过去对特定物种感染的暴露史，个体的免疫系统可对组合物中的一个细菌物种比其它种类更强烈地应答，所以对于该个体而言可相应地调节剂量或组合物。然而，在本文详述的一些实施方案中，不会通过皮肤反应的方式监测免疫应答。例如，在本文利用的一些小鼠模型中，用抗原组合物对此类动物的有效治疗可能不引起相应的皮肤反应。本领域技术人员将理解，除依靠皮肤反应的存在或不存在以外，存在可监测免疫应答的替代方式。
对于任何特定受试者而言，治疗的时间和剂量可随时间推移，根据个体需要及施用或监督组合物施用的人员的专业判断调整(例如，时间可为每天、每隔一天、每周、每月一次)。例如，在皮下或皮内施用的情况下，所述组合物可每两天施用一次。可皮下施用大约0.05ml的初始剂量，接着每两天增加0.01-0.02ml，直至在注射位点实现充分的皮肤反应(例如，注射位点可见发红的直径为1英寸至2 英寸的延迟反应)。一旦实现这种充分的免疫反应，就按照维持剂量继续这样给药。可不时地调节维持剂量以在注射位点实现预期的可见皮肤反应(炎症)。给药可进行例如至少1周、2周、2个月、6个月、 1、2、3、4或5年或更长的持续时间。
口服剂量范围可为每剂包含一个或多个物种的抗原决定簇的1 千万至1万亿个生物。可以给予口服剂量，例如每天4次、每天一次或每周一次。给药可进行例如至少1周、2周、2个月、6个月、1、 2、3、4或5年或更长的持续时间。
在一些实施方案中，本发明可包括舌下或通过吸入施用的，或同时或依次施用到一个或多个上皮组织(即，通过皮内或皮下注射施用到皮肤；通过吸入施用到肺部上皮细胞；通过口服摄入施用到胃肠粘膜；通过舌下施用到口腔粘膜)的抗原组合物。因此，在一些实施方案中，施用本发明的抗原组合物以便在上皮组织中引起免疫应答。在一些实施方案中，可将一种或多种上皮施用途径与一种或多种另外的施用途径，如瘤内、肌内或静脉施用组合。
在本发明的各个方面，向患者施用的抗原组合物可以表征为具有抗原标记，即，具充分特异性的抗原或表位的组合，使得抗原组合物能够引起对特定病原体有特异性的免疫应答，如获得性免疫应答。本发明令人惊奇且出乎意料的方面是，由这些治疗处于特定病原体在其中为病原性的组织中的异源感染有效的特定抗原组合物介导免疫应答的非适应性或非特异性活化。
本文提出的施用途径和剂量范围仅为示例性并不限制可由开业医生选择的施用途径和剂量范围。所述组合物中活性化合物(例如，病原性细菌物种或其病毒或抗原)的量可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和重量等因素改变。可调整剂量方案以提供最佳治疗应答。例如，可施用单次推注，可随时间推移施用几个分剂量或可如治疗情况的紧急状态所指示，按比例减少或增加剂量。可能是有利的是，为了易于施用和剂量的均匀性将肠胃外组合物配制成剂量单位形式。
在抗原制剂(即引起免疫应答的制剂)的情况下，可以单独地或与其它化合物，如免疫佐剂组合，提供免疫原性有效量的本发明的化合物或组合物。所述化合物也可与载体分子，如牛血清白蛋白或钥孔血蓝蛋白连接以增强免疫原性。抗原组合物是包括引起所需免疫应答的材料的组合物。抗原组合物可以选择、活化或扩张，但不限于：免疫系统的记忆B、T细胞、嗜中性粒细胞、单核细胞或巨噬细胞，例如以减少或消除异源微生物的生长或增殖。在一些实施方案中，本发明的特定病原微生物、病毒、病毒抗原、细菌、细菌抗原或其组合物能够在任何其它试剂缺乏时引起预期免疫应答，并且因此可被视为抗原组合物。在一些实施方案中，抗原组合物可包括合适的载体，如佐剂，这是以非特异性方式作用以增强对特异性抗原或对一组抗原的免疫应答的试剂，使得能够减少任何给定剂量中抗原的量，或降低产生预期免疫应答所需的剂量频率。细菌抗原组合物可包括能够诱导针对通常与细菌相关的抗原决定簇的免疫应答的活细菌或死细菌。在一些实施方案中，抗原组合物可包括为弱毒性菌株(减毒)，并且因此引起不太严重的感染的活细菌。在一些实施方案中，抗原组合物可包括能够诱导针对通常与病毒相关的抗原决定簇的免疫应答的活、减毒或死病毒。
包含杀灭细菌用于通过注射施用的抗原组合物可如下制备。可使细菌在合适的培养基中生长，并用生理盐溶液洗涤。然后离心细菌，重新悬浮在盐水溶液中，并且热杀灭。悬浮液可通过直接显微镜计数法标准化，按所需量混合，并储存在适当容器中，可按批准的方式试验其安全性、保质期和无菌性。除病原性细菌物种和/或其抗原外，适于向人类施用的杀灭细菌组合物可包括0.4％酚类防腐剂和/或 0.9％氯化钠。细菌组合物还可包括微量的脑心浸液(牛肉)、蛋白胨、酵母提取物、琼脂、羊血、右旋糖、磷酸钠和/或其它培养基组分。
在一些实施方案中，细菌或微生物组合物可呈片剂或胶囊形式或滴剂用于口服摄入，作为气溶胶用于吸入，或作为滴剂、气溶胶或片剂形式用于舌下施用。
在包含细菌的抗原组合物中，用于皮下或皮内注射的组合物中特定细菌物种的浓度可为每毫升约1百万至1000亿个生物，或者可为每毫升1亿至70亿个生物，或者可为每毫升5亿至60亿个生物，或者可为每毫升10亿至50亿个生物，或者可为每毫升20亿至40亿个生物，或这些范围内的任何整数。每毫升细菌的总浓度范围可为1百万至1000亿个生物，或者可为每毫升0.5亿至70亿个生物，或者可为每毫升1亿至60亿个生物，或者可为每毫升5亿至50亿个生物，或者可为每毫升10亿至40亿个生物，或这些范围内的任何整数。
在一些实施方案中，用于治疗特定位点的感染(例如，肺部组织的感染)的抗原微生物组合物可包括通常、更常或最常在该组织或器官中引起感染(例如，肺部组织中的感染，即肺炎)的病原微生物。
一般而言，应使用本发明的病原性细菌物种及其抗原，而不产生显著毒性。可以使用标准技术，例如通过在细胞培养物或实验动物中试验并且测定治疗指数，即LD50(群体50％致死的剂量)和LD100(群体100％致死的剂量)的比率来测定本发明化合物的毒性。
如本文和本发明一个方面中所述，提供了一种比较或引起特异性免疫应答的方法。所述方法涉及向具有器官或组织的动物施用具有如本文所述的抗原组合物的药剂。该抗原组合物可具有经选择或配制的抗原决定簇，使得抗原决定簇共同对在所述器官或组织中为病原性的至少一种微生物病原体有特异性，从所述器官或组织提取可量化免疫样品，药剂施用之后在可量化免疫样品中测量所述器官或组织中的免疫应答特征，并且，将可量化免疫样品中的免疫应答特征与得自相应器官或组织的参考免疫样品中的相应免疫应答特征做比较。如本文中所用，免疫样品将含有足够的生物材料以确定免疫应答的特征。如本文中所用，免疫应答的“特征”可包括但不限于，特定免疫细胞类型(例如，巨噬细胞)的具体数量或特定细胞标志(例如，整联蛋白的上调) 或基因产物(例如，细胞因子)。上述内容是作为实例提供的而非限制性的。
任选地，参考免疫样品可在施用药剂的步骤之前从动物体内的相应器官或组织获得。另一方面，参考免疫样品可从第二动物体内的相应器官或组织获得，使得特别考虑到在本文描述的方法中可以使用至少两只动物((即，从中获得参考免疫样品的动物和从中获得可量化免疫样品的第二动物)。任选地，该动物可具有处于所述器官或组织中的感染。
比较免疫应答特征可涉及比较可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞数量的指示，因为这些细胞为本领域技术人员已知：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+ MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。
巨噬细胞可定义为“M1型巨噬细胞”或“M2型巨噬细胞”。例如，本领域的技术人员通常认为M1型巨噬细胞会促进Th1 CD4+ T细胞介导的应答(参见，例如Biswas和Mantovani(2010)，Nature Immunology 10:889-96)。而且，通常认为M1型巨噬细胞具有有效的抗原呈递能力，并且精于杀灭细胞内病原体(例如，病毒)。而且，通常认为M1型巨噬细胞至少与M2型巨噬细胞相比，精于在肿瘤破坏中起免疫作用。本领域的技术人员将认识到，存在许多可用于区分 M1型巨噬细胞和M2型巨噬细胞的生物标志。例如，并且如本文所详述，与M2型巨噬细胞相比，通常认为Nos2的表达与M1型巨噬细胞相关联(参见，例如Laskin等(2010)Annual Rev.Pharmacol.Toxicol. 51:267-288)。进一步，并且例如，通常认为M1型巨噬细胞会产生 IL-12并且会被IFN-γ通过IFN-γR有效活化(Biswas和Mantovain，同上)。
与M1型巨噬细胞相反，M2型巨噬细胞促进Th2 CD4+ T细胞介导的应答(通常，参见：Biswas和Mantovani(2010)，Nature Immunology 10:889-96)。而且，通常认为M2型巨噬细胞是有效且封装和清除性的细胞外寄生虫等。进一步，并且与M1型巨噬细胞相比，本领域的技术人员通常认为M2型巨噬细胞在对于Treg和B细胞两者的免疫调节中起更加重要的作用(Biswas和Mantovain，同上)。本领域的技术人员将认识到，存在许多可用于区分M2型巨噬细胞和M1型巨噬细胞的生物标志。例如，并且如本文所述，与通常在M1型巨噬细胞中发现更高的表达相比，通常将认为减弱的Nos2表达与M2型巨噬细胞相关联。进一步，并且如本文实验中所详述，通常认为CD206的表达与M2型巨噬细胞相关联(参见，例如Choi等(2010)Gastroenterology 138(7)2399-409)。进一步，并且如本文实验中所详述，通常认为F4/80的表达与M2型巨噬细胞相关联。进一步，并且例如，通常认为M2型巨噬细胞会被IL-4或IL-13通过IL-4Rα有效活化(Biswas和Mantovain，同上)。
进一步地，比较免疫应答特征可涉及比较巨噬细胞活化状态的转变。巨噬细胞活化状态的转变可任选地表征为由M2型巨噬细胞向 M1型巨噬细胞转变或反之亦然。本领域的技术人员将认识到，存在许多可用于监测巨噬细胞活化的生物标志。如本文所详述，本领域的技术人员将认识到将巨噬细胞定义为针对M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞活化，可通过选择已知与本文描述的各表型中的任一种相关的标志来实现。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+ 细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T 细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。本领域的技术人员将认识到存在许多可以选择的，可以鉴定免疫应答的细胞标志(细胞外和细胞内两种)。进一步，并且如本文所述，通常认为标志CD206与M2型巨噬细胞相关联(参见，例如Choi等(2010)Gastroenterology 138(7)2399-409)。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+ 细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。本领域的技术人员将认识到细胞因子是指小细胞信号传导蛋白分子并且存在许多本领域已知的细胞因子。例如，已基于其在免疫应答中的作用将细胞因子分为1型和2型类别。常见1型细胞因子包括IFN-γ和TGF-β。常见2型细胞因子包括但不限于IL-4 和IL-13。可通过本领域技术人员已知的许多方法检测细胞因子。例如，并且如本文所详述，利用ELISA实验测定肺部组织的细胞因子产量。
如本文所详述，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：如本文已经定义的M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生细胞因子。任选地，巨噬细胞由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+ Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。将术语“差异基因表达”理解为意指来自于至少两种实验条件的特定目标基因的表达间的明显差异。例如，如果在第一实验条件下正如通过本领域技术人员所用的基因表达方法所限定，特定基因具有限定的表达水平并且在第二实验条件下相同基因在其表达水平上具有显著差异，则存在目标基因的差异表达。本领域的技术人员将理解，存在许多用于检测差异基因表达的方法。例如，正如本文对于测定相对Nos2/Arg1比率所详述那样，可使用可商购的定量PCR技术。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生差异基因表达。任选地，正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可由 M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。
在另一个实施方案中，药剂可在施用位点呈以介于一小时和一个月之间的剂量间隔给予的连续剂量，在至少一周的剂量持续时间内施用。任选地，药剂可以皮内或皮下施用。可选地，药物可以呈一个剂量施用，使得每个剂量在施用位点有效地引起可见局部炎症免疫应答。任选地，可施用所述药剂，使得在1至48小时内在施用位点出现可见局部炎症。然而，尽管引发了免疫应答，但是可能并非在所有情况下都存在可见局部炎症免疫应答。本领域的技术人员将认识到，存在可以监测免疫应答实现的其它方法。例如，来自于经受免疫反应的受试者的免疫细胞的性质(和特征的相对变化)可与来自于未经受免疫反应的受试者的免疫细胞的性质做比较。
进一步且任选地对于本文公开的方法，所述动物可为脊椎动物，如哺乳动物。任选地，所述动物可为人或小鼠。
另一方面，提供了一种选择适于治疗个体特定器官或组织中的感染的治疗性制剂的方法。所述方法涉及提供具有处于特定器官或组织中的感染的动物，提供具有在健康个体的相应特定器官或组织中为病原性的微生物病原体的一个或多个抗原决定簇的试验制剂，测量得自动物器官或组织的参考免疫样品中的免疫应答特征，向该动物施用试验制剂，测量得自该动物相应器官或组织的可量化免疫样品中的免疫应答特征，比较参考和可量化免疫样品中的免疫应答特征，并且处理可量化免疫样品中相比于参考免疫样品增强的免疫应答特征，作为试验制剂用作治疗性制剂的适合性的指示。任选地，在已获得可量化免疫样品之前处死动物。
任选地，比较免疫应答特征可涉及比较可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞数量的指示，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，比较免疫应答特征可涉及比较巨噬细胞活化状态的转变。任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+ 细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T 细胞或NK细胞。任选地，正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生细胞因子。任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。
进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+ 类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变可产生差异基因表达。任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为 M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
另一方面，提供了一种使免疫应答选择性靶向人类受试者的受感染组织或器官的方法。所述方法涉及向受试者施用具有有效量的微生物病原体抗原组合物的药剂，其中所述微生物病原体在受试者的特定感染器官或组织中可为病原性，并且所述抗原组合物包含共同对微生物病原体有特异性的抗原决定簇。任选地，所述抗原组合物可包括全杀灭细菌细胞组合物。任选地，可按有效上调受试者的受感染器官或组织中的免疫应答的量和时间向受试者施用所述药剂。任选地，所述方法还可涉及测量免疫应答的特征。
另一方面，提供了一种治疗人类受试者处于组织或器官中的感染的方法。所述方法涉及向受试者施用具有有效量的包含全杀灭细菌细胞组合物的微生物病原体抗原组合物的药剂，其中所述微生物病原体在感染所处的受试者的特定器官或组织中为病原性。可按有效调节免疫应答的量和时间向受试者施用所述药剂。任选地，免疫应答的调节可涉及巨噬细胞活化状态的转变。任选地，免疫应答的调节可涉及由 M2型巨噬细胞应答转变为M1型巨噬细胞应答。免疫应答的调节可涉及由M1型巨噬细胞应答转变为M2型巨噬细胞应答。任选地，所述方法还可涉及测量免疫应答的特征。
任选地，比较免疫应答特征可涉及比较可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞数量的指示，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，比较免疫应答特征可涉及比较巨噬细胞活化状态的转变。进一步且任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+ Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。正如本文已定义那些术语那样，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、 CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或 M2型巨噬细胞。进一步地，由于巨噬细胞活化状态的转变而产生细胞因子。巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定可量化和参考免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、 CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种： M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变可产生差异基因表达。进一步且任选地，巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
另一方面，提供了一种监测治疗方案在治疗特定器官或组织中的感染的个体中的功效的方法。所述方法涉及测量在个体已经受所述治疗方案一段时间之后从特定器官或组织获得的治疗后免疫样品中的免疫应答特征，其中幅度上高于预计尚未经受该治疗方案的个体所具有的免疫应答特征的存在，表明该治疗方案有效；并且该治疗方案涉及施用包含在健康受试者的相应特定器官或组织中为病原性的微生物病原体的一个或多个抗原决定簇的制剂。
本文详述的方法还可涉及测量治疗前参考样品中的免疫应答特征，其中治疗前参考样品是在所述治疗方案开始之前、同时或之后，但在获得治疗后免疫样品之前获得的，并且比较治疗前和治疗后样品中的免疫应答特征，其中与治疗前参考样品相比治疗后免疫样品中的免疫应答幅度增加表明该治疗方案有效。任选地，测量免疫应答特性可涉及测定该器官或组织的样品中炎性单核细胞数量的指示。任选地，测量免疫应答特性可涉及测定该器官或组织的样品中巨噬细胞数量的指示。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或 M2型巨噬细胞。
任选地，测量免疫应答特性可涉及测定该器官或组织的样品中 CD11b+Gr-1+细胞数量的指示或测定该器官或组织的样品中树突细胞数量的指示。进一步且任选地，测量免疫应答特性可涉及测定器官或组织的样品中CD11c+MHC II+类细胞数量的指示或测定该器官或组织的样品中CD4+ T细胞数量的指示或测定该器官或组织的样品中 CD8+ T细胞数量的指示。
任选地，测量免疫应答的幅度可涉及测定该器官或组织的样品中 NK细胞数量的指示。进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定参考和免疫样品中，下列任何一种或多种细胞上的细胞标志，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、 CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。任选地，巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。
进一步且任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定参考和免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的细胞因子，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+ 细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或M2型巨噬细胞。任选地，由于巨噬细胞活化状态的转变可产生细胞因子。巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。进一步且任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
任选地，比较免疫应答特征可涉及鉴定参考和免疫样品中，下列任何一种或多种细胞产生的差异基因表达，正如它们为本领域技术人员通常所理解的那样：炎性单核细胞、巨噬细胞、CD11b+Gr-1+细胞、树突细胞、CD11c+MHC II+类细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或NK细胞。巨噬细胞可包括下列任何一种或多种：M1型巨噬细胞或 M2型巨噬细胞。由于巨噬细胞活化状态的转变可产生差异基因表达。巨噬细胞可由M2型巨噬细胞转变为M1型巨噬细胞。任选地，巨噬细胞可由M1型巨噬细胞转变为M2型巨噬细胞。
本文利用的病毒病原体可以是，但不限于：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感、猴痘病毒、单纯疱疹病毒(1和2)、水痘带状疱疹、巨细胞病毒、埃-巴病毒、冠状病毒、人偏肺病毒、亨德拉病毒 (Hendra virus)、尼帕病毒(Nipah virus)、汉坦病毒(Hantavirus)、拉沙病毒(Lassa virus)、人T细胞亲淋巴性病毒、柯萨奇病毒、埃可病毒、肠病毒或鼻病毒，或在肺部中为病原性的任何病毒。
本文利用的细菌病原体可以是，但不限于：肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)、嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)或百日咳博德特氏菌(Bordatella pertussis)或在肺部中为病原性的任何细菌。
本文利用的真菌病原体可以是，但不限于：烟曲霉(Aspergillus fumigatus)、芽生菌属某种(Blastomyces sp.)、粗球孢子菌(Coccidiodes immitis)、巴西副球抱子菌(Coccidiodes posadasii)、新型隐球菌 (Cryptococcus neoformans)、格特隐球菌(Cryptococcus gattii)、镰刀菌属某种(Fusarium sp.)、荚膜组织胞浆菌(Histoplasmacapsulatum)、拟青霉属某种(Paecilomyces sp.)、巴西副球孢子菌(Paracoccidiodesbrasiliensis)、马尔尼菲青霉(Penicillium marneffei)、耶氏肺孢子虫(Pneumocystisjiroveci)、波氏假阿利什霉(Pseudallescheria boydii)、尖端赛多孢子菌(Scedosporiumapiospermum)、根霉菌属某种(Rhizopus sp.)、毛霉菌属某种(Mucor sp.)、犁头霉属某种(Absidia sp.)、小克银汉霉属某种(Cunninghamella sp.)、多育赛多孢、纸葡萄穗霉(Stachybotrys chartarum)、长枝木霉(Trichoderma longibrachiatium)、毛孢子菌属某种(Trichosporon sp.)或在肺部中为病原性的任何真菌。
在各个方面，本发明的实施方案涉及包含可引起胃肠道感染的生物成分，以致该生物可表征为病原体的组合物。然而，在一些情况下为病原性的生物可能不总会引起疾病。大多数动物在某种程度上被其它生物，如细菌定植，所述生物通常与宿主动物呈共生或共栖关系存在。因此，在健康动物中发现许多一般无害的细菌物种，并且通常局部化到特定器官和组织的表面。常常，这些细菌有助于身体的正常功能。例如，在人类中，可在肠道中发现共生大肠埃希氏杆菌细菌，其中所述细菌促进免疫力并且降低受毒力更强的病原体感染的风险。
通常无害的细菌，如大肠埃希氏杆菌可以在健康受试者中引起感染，结果范围从轻度到重度感染至死亡。生物，如细菌是否为病原性 (即，引起感染)在一定程度上取决于诸如到达特定宿主细胞、组织或器官的进入途径和通道；细菌的固有毒性；潜在感染位点存在的细菌量；或宿主动物的健康等因素。因此，鉴于感染的有利条件，一般无害的生物可变为病原性，并且甚至有毒力的生物也需要特定环境才能引起感染。因此，是正常菌群成员的生物在超越其在内源性菌群中的正常生态作用时可为病原体。例如，内源性物种可以例如通过接触性传播在其解剖邻近区域的生态位外引起感染。当这种情况发生时，并且在本发明的上下文中，将这些一般无害的内源性生物视为病原性的。
已知特定生物，如细菌物种、病毒、蠕虫和原生动物会在其它健康受试者的GIT特定区域中引起感染。下面列出了在GIT特定区域中通常引起感染的生物的实例；应理解这些实例并非旨在限制并且技术人员将能够基于例如下列出版物所呈现的，例如关于特定患者群体的知识，容易地识别和鉴定在健康成人的各个GIT区域中引起感染，或通常引起感染的感染性或病原性生物：Manual of Clinical Microbiology第8版，Patrick Murray编，2003,ASM Press American Society for Microbiology,Washington DC,USA；Mandell,Douglas和 Bennett，Principles and Practice of Infectious Diseases第5版，G.L.Mandell,J.E.Bennett,R.Dolin编，2000,Churchill Livingstone, Philadelphia,PA,USA，全部出版物通过引用并入本文。
口腔感染通常由下列细菌物种：产黑普雷沃菌、厌氧链球菌、草绿色链球菌、放线菌属某些种、消化链球菌属某些种或拟杆菌属某些种或其它口腔厌氧菌；或病毒病原体：单纯疱疹、柯萨奇病毒或埃- 巴引起。
食道感染通常由下列细菌物种：放线菌属某些种、鸟分枝杆菌、结核分枝杆菌或链球菌属某些种；或病毒病原体：巨细胞病毒、单纯疱疹或水痘-带状疱疹引起。
胃部感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌或幽门螺杆菌；或病毒病原体：巨细胞病毒、单纯疱疹、埃-巴、轮状病毒、诺如病毒或腺病毒引起。
小肠感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、艰难梭状芽胞杆菌、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌或弗氏志贺菌；或病毒病原体：腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒引起。
结肠/直肠感染通常由下列细菌物种：大肠埃希氏杆菌、艰难梭状芽胞杆菌、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌或弗氏志贺菌；或病毒病原体：腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒引起。
肛门感染通常由下列细菌物种：酿脓链球菌、拟杆菌属某些种、梭菌属某些种、厌氧链球菌、梭状芽胞杆菌属某些种、大肠埃希氏杆菌、肠杆菌属某些种、铜绿假单胞菌或梅毒螺旋体；或病毒病原体：单纯疱疹引起。
生物如细菌在操作上归类为类似菌株的集合(其通常是指具有可鉴定的生理但通常不是形态差别的假定共同祖先的群体，并且其可以使用针对细菌表面抗原的血清学技术鉴定)。因此，每个细菌物种(例如，大肠埃希氏杆菌)具有许多菌株(或血清型)，可在其引起感染的能力上不同或在特定器官/位点中引起感染的能力上不同。大肠埃希氏杆菌的某些菌株，更有可能引起胃肠道感染/腹泻，包括产肠毒素大肠埃希氏杆菌(ETEC)、肠病原性大肠埃希氏杆菌(EPEC)、肠出血性大肠埃希氏杆菌(EHEC)、产志贺毒素大肠埃希氏杆菌(STEC)、肠聚集性大肠埃希氏杆菌(EAEC)、肠侵袭性大肠埃希氏杆菌(EIEC)和弥漫粘附性大肠埃希氏杆菌(DAEC)。根据本发明，对于用于治疗的制剂和异源微生物感染，如GIT感染，例如IBD相关的微生物感染，可选择大肠埃希氏杆菌的ETEC、EPEC、EHEC、STEC、EAEC、EIEC或DAEC菌株(即，引起结肠感染的菌株)中的一种或多种。例如，大肠埃希氏杆菌的非ETEC菌株可用于制备用于治疗受大肠埃希氏杆菌ETEC菌株感染的抗原制剂。类似地，大肠埃希氏杆菌的非EPEC、非EHEC、非STEC、非EAEC、非EIEC或非DAEC菌株可用于配制用于治疗分别受大肠埃希氏杆菌的EPEC、EHEC、STEC、EAEC、 EIEC或DAEC菌株感染的抗原制剂。
类似地，可能存在与特定群体中的疾病相关的特定病毒、蠕虫或原生动物的许多亚型，并且因此适合用于本发明。
本发明的组合物包括在身体特定区域如GIT中为病原性的生物的抗原。该组合物可包括整个生物、全细胞或全病毒体的成分，或可以包括生物的提取物或制剂，如细胞壁或细胞膜提取物，或外毒素。该组合物还可以包括从这些生物分离的一种或多种抗原。病原性生物可商购(例如，从American Type Culture Collection,Manassas,VA, USA)，或者可以是来自于具有感染的受试者的临床分离物。
本发明源自病原体的组合物可单独地或与其它化合物(例如，核酸分子、小分子、肽或肽类似物)组合，在脂质体、佐剂或任何药学上可接受的载体的存在下，呈适于向哺乳动物例如人施用的形式提供。如本文中所用，“药学上可接受的载体”或“赋形剂”包括任何和所有生理上相容的溶剂、分散介质、包衣、抗菌剂和抗真菌剂、等渗和吸收延迟剂等。所述载体可适于任何适当的施用形式，包括皮下、皮内、静脉、肠胃外、腹膜内、肌肉内、舌下、吸入或口服施用。药学上可接受的载体包括无菌水溶液或分散体和用于临时制备无菌注射液或分散体的无菌粉剂。此类介质和试剂用于药物活性物质的用途在本领域中公知。除非任何常规介质或试剂与活性化合物(即，本发明的特定细菌、细菌抗原或其组合物)不相容，否则考虑其在本发明的药物组合物中的用途。补充活性化合物也可以掺入组合物中。
本领域公知的制备制剂的方法在例如“Remington’s Pharmaceutical Sciences”(第20版)，A.Gennaro,2000,Mack Publishing Company,Easton,PA.中找到。用于肠胃外施用的制剂，例如，可含有赋形剂、无菌水或盐水、聚亚烷基二醇(如聚乙二醇)、植物来源的油或氢化萘。生物相容、生物可降解的交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可用于控制化合物的释放。其它可能有用的肠胃外递送系统包括乙烯-乙酸乙烯酯共聚物颗粒、渗透泵、可植入输注系统和脂质体。用于吸入的制剂可含有赋形剂，例如乳糖，或可以是含有，例如聚氧乙烯-9-月桂基醚、甘胆酸盐和脱氧胆酸盐的水溶液，或可以是用于呈滴鼻剂的形式，或作为凝胶施用的油性溶液。对于治疗性或预防性组合物，可按有效预防、终止或减缓微生物感染进展的量向个体施用所述制剂。
根据本发明的病原性物种或其抗原的“有效量”包括治疗有效量或预防有效量。“治疗有效量”是指按必需的剂量和时间段，达到预期治疗结果，例如减少或消除微生物感染的症状有效的量。病原性物种或其抗原的治疗有效量可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和重量等因素，及化合物在个体中引起预期应答的能力改变。可调整剂量方案以提供最佳治疗应答。治疗有效量也可以是其中病原性物种或其抗原的任何毒性或有害影响被治疗有益影响超过的量。“预防有效量”是指按必需的剂量和时间段，达到预期预防结果，例如预防微生物感染有效的量。通常，在微生物感染之前或在早期阶段在受试者中使用预防剂量，使得预防有效量可低于治疗有效量。
对于通过皮下或皮内注射施用，一个或多个病原性细菌物种的治疗或预防有效量的示例性范围可为每毫升约1百万至1000亿个生物，或者可为每毫升1亿至70亿个生物，或者可为每毫升5亿至60亿个生物，或者可为每毫升10亿至50亿个生物，或者可为每毫升20亿至40亿个生物，或这些范围内的任何整数。每毫升细菌的总浓度范围可为1百万至1000亿个生物，或者可为每毫升0.5亿至70亿个生物，或者可为每毫升1亿至60亿个生物，或者可为每毫升5亿至50 亿个生物，或者可为每毫升10亿至40亿个生物，或这些范围内的任何整数。病原性细菌物种的抗原的治疗或预防有效量的范围可为 0.1nM-0.1M、0.1nM-0.05M、0.05nM-15μM或0.01nM-10μM的任何整数。
值得注意的是，剂量浓度和范围可随要减轻的疾患的严重程度而改变，或者可随受试者的免疫应答而改变。一般而言，目标是实现充分的免疫应答。对于通过皮下或皮内感染施用，例如通过注射位点延迟的局部免疫皮肤反应的尺寸(例如，0.25英寸至4英寸直径)，可确定免疫应答的程度。实现适当免疫应答所需的剂量可以根据个体(及其免疫系统)和所需的应答而改变。也可以使用标准化剂量。
在皮下或皮内施用的情况下，如果目标是实现2英寸的局部皮肤反应，则使用细菌组合物，总剂量，例如，范围可为2百万个细菌(例如，0.001ml浓度为每毫升20亿个生物的组合物)至200多亿个细菌(例如，1ml浓度为每毫升200亿个生物的组合物)。也可以考虑组合物中单个细菌物种或其抗原的浓度。例如，如果一个特定病原性细菌物种的浓度，该物种的细胞大小或其抗原负荷相对于抗原组合物中的其它病原性细菌物种高得多，则个体的局部免疫皮肤反应很可能是由于其对这种特定细菌物种的应答。在一些实施方案中，例如取决于过去对特定物种感染的暴露史，个体的免疫系统可对组合物中的一个细菌物种比其它种类更强烈地应答，所以对于该个体而言可相应地调节剂量或组合物。
对于任何特定受试者而言，治疗的时间和剂量可随时间推移，根据个体需要及施用或监督组合物施用的人员的专业判断调整(例如，时间可为每天、每隔一天、每周、每月一次)。例如，在皮下或皮内施用的情况下，所述组合物可每两天施用一次。可皮下施用大约0.05ml的初始剂量，接着每两天增加0.01-0.02ml，直至在注射位点实现充分的皮肤反应(例如，注射位点可见发红的直径为1英寸至2 英寸的延迟反应)。一旦实现这种充分的免疫反应，就按照维持剂量继续这样给药。可不时地调节维持剂量以在注射位点实现预期的可见皮肤反应(炎症)。给药可进行例如至少2周、2个月、6个月、1、2、 3、4或5年或更长的持续时间。
在一些实施方案中，本发明可包括通过非肠道途径施用到一个或多个上皮组织的抗原组合物。例如：通过皮内或皮下注射施用到皮肤；通过吸入施用到肺部上皮细胞。因此，在一些实施方案中，施用本发明的抗原组合物以便在非肠组织，如上皮组织中引起免疫应答。在一些实施方案中，可将一种或多种非肠施用途径与一种或多种另外的施用途径，如肌内或静脉施用组合。
在本发明的各个方面，向患者施用的抗原组合物可以表征为具有抗原标记，即具充分特异性的抗原或表位的组合，使得抗原组合物能够引起对特定病原体有特异性的免疫应答，如获得性免疫应答。
本发明组合物中活性化合物(例如，细菌物种、病毒、原生动物或寄生虫或其抗原)的量可根据诸如个体的疾病状态、年龄、性别和重量等因素改变。可调整剂量方案以提供最佳治疗应答。例如，可施用单次推注，可随时间推移施用几个分剂量或可如治疗情况的紧急状态所指示，按比例减少或增加剂量。可能是有利的是，为了易于施用和剂量的均匀性将肠胃外组合物配制成剂量单位形式。
在抗原制剂的情况下，可以单独地或与其它化合物组合，提供免疫原性有效量的本发明的化合物。所述化合物也可与载体分子，如牛血清白蛋白或钥孔血蓝蛋白连接以增强免疫原性。抗原组合物是包括引起所需免疫应答的材料的组合物。抗原组合物可以选择、活化或扩张免疫系统的记忆B、T细胞、嗜中性粒细胞、单核细胞或巨噬细胞，例如以减少或消除微生物感染的症状。在一些实施方案中，本发明的特定病原微生物、病毒、病毒抗原、细菌、细菌抗原或其组合物能够在任何其它试剂缺乏时引起预期免疫应答，并且因此可被视为抗原组合物。在一些实施方案中，抗原组合物可包括合适的载体，如佐剂，这是以非特异性方式作用以增强对特异性抗原或对一组抗原的免疫应答的试剂，使得能够减少任何给定剂量中抗原的量，或降低产生预期免疫应答所需的剂量频率。细菌抗原组合物可包括能够诱导针对通常与细菌相关的抗原决定簇的免疫应答的活细菌或死细菌。在一些实施方案中，抗原组合物可包括为弱毒性菌株(减毒)，并且因此引起不太严重的感染的活细菌。在一些实施方案中，抗原组合物可包括能够诱导针对通常与病毒相关的抗原决定簇的免疫应答的活、减毒或死病毒。
包含杀灭生物用于通过注射施用的抗原组合物可如下制备。可使生物在合适的培养基中生长，并用生理盐溶液洗涤。然后离心生物，重新悬浮在盐水溶液中，并且热杀灭。悬浮液可通过直接显微镜计数法标准化，按所需量混合，并储存在适当容器中，可按批准的方式试验其安全性、保质期和无菌性。除所述生物和/或其抗原外，适于向人类施用的杀灭制剂可包括酚类防腐剂(例如0.4％)和/或氯化钠(例如 0.9％量级)。该组合物还可包括微量的脑心浸液(牛肉)、蛋白胨、酵母提取物、琼脂、羊血、右旋糖、磷酸钠和/或其它培养基组分。
在一些实施方案中，抗原组合物可作为气溶胶用于吸入。
一般而言，应使用本发明的组合物，而不产生显著毒性。可以使用标准技术，例如通过在细胞培养物或实验动物中试验并且测定治疗指数，即LD50(群体50％致死的剂量)和LD100(群体100％致死的剂量)的比率来测定本发明化合物的毒性。
在一些实施方案中，是GIT特定区域的内源性菌群的成员的细菌可用于配制本发明的抗原组合物。表1各行列出了许多细菌物种，连同其中每个物种可形成内源性菌群的一部分的生物区域。例如，贫养菌属某些种(Abiotrophia spp.)通常是口腔内源性菌群的成员。
表1：人类正常细菌菌群(人类内源性细菌病原体)
Figure RE-GDA0003335845240000681
Figure RE-GDA0003335845240000691
Figure RE-GDA0003335845240000701
Figure RE-GDA0003335845240000711
Figure RE-GDA0003335845240000721
Figure RE-GDA0003335845240000731
Figure RE-GDA0003335845240000741
Figure RE-GDA0003335845240000751
Figure RE-GDA0003335845240000761
Figure RE-GDA0003335845240000771
Figure RE-GDA0003335845240000781
Figure RE-GDA0003335845240000791
内源性微生物菌群，如细菌，通过接触性传播或菌血性传播进入组织而致病。在有利条件下，所有内源性生物可以变成病原性的并且局部侵袭且通过接触性传播到邻近组织和器官而传播。皮肤、口腔和结肠的内源性细菌菌群是被认为也适于菌血性传播的物种。因此是特定内源性菌群范围的成员的细菌可在这些细菌可传播到的组织或到器官中引起感染。因此，本发明的一个方面涉及使用内源性微生物病原体治疗具有局部化到其中内源性细菌可传播引起感染的GIT区域的症状的微生物感染。表2的各列列出了内源菌群的范围。表2的各行列出了可能微生物感染所处的GIT区域。因此，本发明的一个方面涉及使用内源性微生物病原体配制抗原组合物，或选择具有病原体的现有制剂，用于治疗处于病原体可传播引起感染的GIT区域中的微生物感染。因此，在替代性实施方案中，在表2第一列中所列的区域中有症状的微生物感染可用包含对微生物病原体有特异性的抗原决定簇的抗原组合物治疗，所述微生物病原体是表2第一行中所列的一个或多个内源性菌群范围的内源性菌群的成员并且在适当行中用X或复选标记指示。
表2：内源性菌群的组织/器官病原性
Figure RE-GDA0003335845240000802
根据合并的表1和表2中的信息，在表2第1列中所提出的特定 GIT区域中表现的微生物感染可用包含表1相应微生物物种的抗原决定簇的抗原组合物治疗，使得表2中的列标题被表1的细菌物种有效代替。
在一些实施方案中，用于本发明的病原体可为外源性细菌病原体。例如，表3中所列的生物可作为微生物病原体用于配制抗原组合物，或者可选择具有那些病原体的抗原组合物，用于治疗处于连同表 3中所列的相关生物列出的GIT区域的微生物感染。在一些实施方案中，靶向特定组织或器官的内源性和外源性细菌物种两种的抗原决定簇可组合使用。例如，源自艰难梭状芽胞杆菌或对其有特异性的抗原组合物可用于治疗处于结肠中的微生物感染。
表3：人类外源性细菌病原体及其在GIT中的感染位点
Figure RE-GDA0003335845240000801
Figure RE-GDA0003335845240000811
Figure RE-GDA0003335845240000821
在一些实施方案中，用于本发明的病原体可为病毒病原体。表4 提供了病毒病原体连同据报道对其而言每种病毒物种为病原体的组织和器官位点的示例性列表。因此，本发明的一个方面涉及利用对命名的病毒有特异性的免疫原性组合物治疗处于表4中靠近病毒名称标识的GIT区域中的异源感染相关的病理。
表4：人类病毒病原体及其感染位点
Figure RE-GDA0003335845240000831
表1至4中的累积信息提供了可以用于配制本发明的抗原组合物的病原体的广泛标识，与其中这些生物为病原性的GIT区域的标识，并且因此标识了感染处于其中，可用本发明的抗原性抗微生物制剂治疗的GIT区域。病原体可选自内源性病原体或外源性病原体。
在一些实施方案中，选择用于本发明的抗原组合物中的病原体可以是为待治疗的微生物感染所处的GIT区域中的急性感染的常见原因的病原体。表5标识了这类细菌和病毒病原体，和它们常在其中引起感染的GIT区域。因此，在选定的实施方案中，驻留在表5第一列中标识的GIT区域中的微生物感染，如IBD相关感染，可以用包含表5第二列中列出的一种或多种病原生物的抗原决定簇的抗原组合物治疗。
表5：选定GIT区域的急性感染的常见原因(细菌和病毒)
Figure RE-GDA0003335845240000841
在特定GIT区域中常引起感染的特定生物可随地理位置而变化。因此表5不是所有地理位置和人口群常见病原体的详尽列表。应理解，本领域技术熟练的临床微生物学家可以根据本发明确定对于特定GIT区域而言，特定地理区域或人口群中的常见病原物种。
人是各种各样胃肠道寄生虫，包括各种原生动物和寄生虫的宿主，其对于本发明的目的而言，构成了GIT的病原体(Schafer,T.W., Skopic,A.Parasites of the smallintestine.Curr Gastroenterol Reports 2006；8:312-20；Jernigan,J.,Guerrant,R.L.,Pearson,R.D.Parasitic infections of the small intestine.Gut 1994；35:289-93；Sleisenger& Fordtran’s Gastrointestinal and liver disease.第8版.2006；Garcia,L.S. Diagnostic medical parasitology.第5版.2007).因此本发明的组合物可包括各种原生动物的抗原组分，包括例如：兰伯贾第虫(Giardia lamblia)、小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)、人隐孢子虫 (Cryptosporidium hominus)、贝氏等孢子球虫(Isospora belli)、肉孢子虫属物种(Sarcocystis species)、球虫(Coccidian)类体(环孢子虫属物种 (Cyclospora species))、毕氏肠微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)、溶组织内阿米巴(Entamoeba histolytica)、迪斯帕内阿米巴(Entamoeba dispar)、结肠内阿米巴(Entamoeba coli)、哈特曼内阿米巴(Entamoeba hartmanni)、微小内蜒(Endolimaxnana)、布氏嗜碘阿米巴(Iodamoeba bütschlii)、脆弱双核阿米巴(Dientameobafragilis)、人芽囊原虫 (Blastocystis hominus)、环孢子虫(Cyclosporacayetanensis)、微孢子目 (Microsporidia)、克氏锥虫(Trypanosoma cruzi)、迈氏唇鞭毛虫 (Chilomastix mesnili)、人五鞭毛滴虫(Pentatrichomonas hominis)、结肠肠袋虫(Balantidium coli)。类似地，本发明的组合物可包括各种寄生虫的抗原组分，包括例如：绦虫(Cestodes)(绦虫(tapeworms))、牛肉绦虫(Taenia saginata)、猪肉绦虫(Taeniasolium)、裂头属物种 (Diphyllobothrium species)、微小膜壳绦虫(Hymenolepis nana)、缩小膜壳绦虫(Hymenolepis diminuta)、犬复孔绦虫(Dipylidium caninum)、线虫类(Nematodes)(线虫(round worms))、蛔虫(Ascaris lumbricoides)、肠类圆线虫(Strongyloides stercoralis)、美洲板口线虫(Necator americanus)、十二指肠钩虫(Ancylostoma duodenale)、犬钩虫 (Ancylostoma caninum)、鞭形线虫(Tichuristrichiura)、菲律宾毛细线虫(Capillaria philippinensis)、毛圆线虫属物种(Trichostrongylus species)、毛线虫属物种(Trichinella species)、美洲板口线虫、异尖属 (Anisakis)和相关物种、广州管圆线虫(Angiostrongylus costaricensis)、蠕形住肠蛲虫(Enterobius vermicularis)、吸虫类(Trematodes)(吸虫 (flukes))、布氏姜片虫(Fasciolopsis buski)、异形吸虫属物种 (Heterophyes species)、棘口吸虫属物种(Echinostoma species)、华支睾吸虫(Clonorchis sinensis)、后睾吸虫属物种(Opisthorchis species)、片吸虫属物种(Fasciola species)、横川氏后殖吸虫(Metagonimus yokogawi)、曼氏裂体吸虫(Schistosoma mansoni)、(Schistosomajaponicum)、日本裂体吸虫(Schistosoma mekongi)、间插裂体吸虫 (Schistosomaintercalatum)、棘口吸虫属物种(Echinostoma species)和并殖吸虫属物种(Paragonimusspecies)。
根据上述内容，在各个方面，本发明可涉及用制剂治疗微生物感染，如GIT的微生物感染，或IBD相关微生物感染，病原体选自：发酵氨基酸球菌；不动杆菌属某些种；放线棒菌属某些种；放线菌属某些种；气单胞菌属某些种；叉状棍状厌氧菌；产氢厌氧球菌；解乳厌氧球菌；普氏厌氧球菌；阿托波氏菌属某些种；芽胞杆菌属某些种；粪拟杆菌；吉氏拟杆菌；埃氏拟杆菌；脆弱拟杆菌；屎拟杆菌；卵形拟杆菌；内脏拟杆菌；多形拟杆菌；普通拟杆菌；青春双岐杆菌；两岐双岐杆菌；短双歧杆菌；链状双歧杆菌；齿双歧杆菌；长双歧杆菌；沃氏嗜胆菌；洋葱伯克霍尔德菌；溶纤维丁酸弧菌；简明弯曲菌；曲形弯曲菌；纤细弯曲菌；空肠弯曲菌；直肠弯曲菌；昭和弯曲菌；黄褐二氧化碳噬纤维菌；西地西菌属；弗氏柠檬酸杆菌；克氏柠檬酸杆菌；梭状芽胞杆菌属某些种；惰性脱硫弧菌；Dysgonomonas属某些种；啮蚀艾肯菌；产气肠杆菌；阴沟肠杆菌；格高菲肠杆菌；阪崎肠杆菌；泰洛肠杆菌；肠球菌属某些种；大肠埃希氏杆菌；弗格森埃希氏菌；赫氏埃希氏菌；伤口埃希菌；真细菌属某些种；大芬戈尔德菌；微生子梭杆菌；死亡梭杆菌；舟形梭杆菌；坏死梭杆菌；具核梭杆菌；拉氏梭杆菌；可变梭杆菌；阴道加德纳菌；麻疹孪生球菌；球链菌属某些种；蜂房哈夫尼菌；螺杆菌属某些种；克雷伯氏菌属某些种；嗜酸乳杆菌；发酵乳杆菌；罗伊氏乳杆菌；唾液乳杆菌；非脱羧勒克菌；勒米诺菌属某些种；埃氏巨球型菌；多酸光冈菌；柯氏动弯杆菌；羞怯动弯杆菌；威斯康星米勒氏菌；摩氏摩根菌；成团泛菌；片球菌属某些种；不解糖嗜胨菌；厌氧消化链球菌；微小消化链球菌；不解糖卟啉单胞菌；奇异变形杆菌；羽状变形杆菌；普通变形杆菌；雷氏普罗威登斯菌；斯氏普罗威登斯菌；铜绿假单胞菌；肠内滴虫；产生瘤胃球菌；液化沙雷菌；粘质沙雷菌；臭味沙雷菌；无乳链球菌；咽峡炎链球菌；牛链球菌；星座链球菌；中间链球菌；C+G组链球菌；溶糊精琥珀酸弧菌；萨顿氏菌属某些种；极尖泰氏菌；韦荣球菌属某些种；产气杆菌属某些种；炭疽杆菌；蜡样芽胞杆菌；其它芽胞杆菌属某些种；回归热疏螺旋体(Borreliarecurrentis)；布鲁氏菌属某些种；结肠弯曲杆菌；胚胎弯曲杆菌(Campylobacter fetus)；空肠弯曲菌；唾液弯曲杆菌；双酶梭状芽胞杆菌；肉毒梭状芽胞杆菌；艰难梭状芽胞杆菌；吲哚梭状芽孢杆菌；Clostridium mangenolii；产气荚膜梭状芽胞杆菌；污泥梭状芽胞杆菌；产芽胞梭状芽胞杆菌；近端梭状芽胞杆菌；迟钝爱德华氏菌；土拉弗朗西斯菌；单核细胞增多性李斯特氏菌；牛分枝杆菌；结核分枝杆菌；片球菌属某些种；类志贺邻单胞菌；立氏立克次体；沙门氏菌属某些种；波伊德志贺菌；志贺痢疾杆菌；弗氏志贺菌；宋内志贺菌；其它螺菌属某些种；兽疫链球菌；惠普尔养障体；霍乱弧菌；河流弧菌；弗尼斯弧菌；霍氏弧菌；副溶血性弧菌；小肠结肠炎耶尔森氏菌；假结核耶尔森氏菌；单纯疱疹病毒(1和2)；巨细胞病毒；腺病毒；正呼肠孤病毒；轮状病毒；甲病毒；冠状病毒；环曲病毒；人偏肺病毒；水泡性口腔炎病毒；马休波病毒；胡宁病毒；脊髓灰质炎病毒；柯萨奇病毒；埃可病毒；甲型肝炎病毒；诺如病毒和其它杯状病毒；星状病毒；小双节RNA病毒；和戊型肝炎病毒。
在替代性方面中，本发明可涉及用制剂治疗微生物感染，如GIT 的感染，或IBD相关感染，其中所述病原体选自小肠和大肠病原体类，例如：大肠埃希氏杆菌、艰难梭状芽胞杆菌、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、弗氏志贺菌、腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒和巨细胞病毒。
在选定的实施方案中，本发明涉及评估患者先前对生物的暴露的诊断步骤。例如，所述诊断步骤可以包括取得对选定病原体暴露的医疗史，和/或评价患者对选定病原体的免疫应答。例如，可进行血清学试验以检测患者血清中选定病原体的抗体。与本发明的这个方面有关，可以基于患者已具有一次或多次先前对病原体暴露的诊断指示，例如借助于患者血清中该病原体抗原决定簇的抗体的存在来选择选定病原体的抗原决定簇用于选定患者的免疫原性组合物。
在另外的选定实施方案中，本发明涉及评估患者对用选定免疫原性组合物治疗的免疫应答的诊断步骤。例如，诊断步骤可包括评价患者对该免疫原性组合物的抗原决定簇的免疫应答，例如使用血清学试验来检测那些抗原决定簇的抗体。与本发明的这个方面有关，如果评价表明存在对该组合物的抗原决定簇的积极免疫应答，则可继续用选定的免疫原性组合物治疗，并且如果评价表明不存在对免疫原性组合物的抗原决定簇充分积极的免疫应答，则可停止所述治疗，并且可以开始用不同免疫原性组合物替代性治疗。
本发明的一个方面涉及用抗原组合物治疗与肺部微生物感染相关的病理，所述抗原组合物包含已知为肺部病原体，如肺部外源性病原体或为呼吸系统内源性菌群的成员的病原体的微生物病原体的抗原决定簇。例如，最常在肺部中引起感染(参见表5)的内源性细菌呼吸道菌群物种的抗原决定簇可用于治疗处于肺部的感染：肺炎链球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原体、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血杆菌。类似地，可选择来自于表5的常见肺部病毒病原体用于一些实施方案中。可选地，可基于表2中提供的病原性信息，从表1选择更详尽的内源性肺部病原体列表。在另外的替代性实施方案中，可使用表4所列的肺部病毒病原体。并且在另外的替代性实施方案中，来自于表3 的肺部外源性细菌病原体可用于配制本发明的抗原组合物，即选自：无色杆菌属某些种(Achromobacter spp.)、马杜拉放线菌属某些种(Actinomadura spp.)、产碱菌属某些种(Alcaligenes spp.)、无形体属某些种(Anaplasmaspp.)、炭疽杆菌、其它芽胞杆菌属某些种、巴氏发菌属某些种((Balneatrix spp.)、汉氏巴尔通体(Bartonella henselae)、动物溃疡伯杰氏菌(Bergeyella zoohelcum)、霍氏博德特氏(Bordetella holmesii)、副百日咳博德特氏菌(Bordetella parapertussis)、百日咳博德特氏菌、博氏疏螺旋体、回归热疏螺旋体、布鲁氏菌属某些种、唐菖蒲伯克霍尔德菌(Burkholderia gladioli)、鼻疽伯克霍尔德菌 (Burkholderia mallei)、类鼻疽伯克霍尔德菌(Burkholderia pseudomallei)、胚胎弯曲杆菌、狗咬二氧化碳嗜纤维菌(Capnoctyophaga canimorsus)、犬咬二氧化碳嗜纤维菌 (Capnoctyophaga cynodegmi)、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体(Chlamydia psittaci)、肺炎嗜衣原体、紫色色杆菌(Chromobacterium violaceum)、鹦鹉嗜衣原体(Chlamydophila psittaci)、金黄杆菌属某些种 (Chryseobacterium spp.)、假结核棒状杆菌(Corynebacteriumpseudotuberculosis)、伯纳特氏立克次氏体(Coxiella burnetii)、土拉弗朗西斯菌、戈登氏菌属某些种(Gordonia spp.)、军团杆菌属某些种、钩端螺旋体属某些种、鸟分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌(Mycobacterium kansasii)、结核分枝杆菌、其它分枝杆菌属某些种、诺卡氏菌属某些种(Nocardia spp.)、恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi)、潘多拉菌属某些种(Pandoraea spp.)、铜绿假单胞菌、其它假单胞菌属某些种、红球菌属某些种(Rhodococcus spp.)、康氏立克次体(Rickettsia conorii)、普氏立克次体(Rickettsiaprowazekii)、立氏立克次体、斑疹伤寒立克次氏体(Rickettsia typhi)。
在支气管组织中也可出现感染并且因此，在一些实施方案中，包含已知会引起支气管感染的微生物病原体的抗原决定簇的抗原组合物可用于治疗具有处于支气管组织中的感染的患者，包括例如，下列常见的支气管感染原因：肺炎支原体、肺炎嗜衣原体、百日咳博德特氏菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、流感病毒、腺病毒、鼻病毒、冠状病毒、副流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯萨奇病毒。位于肺部和支气管组织两处的感染可用包含已知会引起肺部和支气管感染两种(例如，肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和肺炎支原体全都是常见的肺部和支气管病原体)的微生物病原体的抗原决定簇的抗原组合物或可选地，用包含已知会引起肺部感染的微生物病原体的抗原决定簇和已知会引起支气管感染的微生物病原体的抗原决定簇的抗原组合物治疗。
本发明的一个方面涉及用抗原组合物治疗与结肠微生物感染相关的病理，所述抗原组合物包含已知为结肠病原体，如为结肠内源性菌群成员的病原体或外源性结肠病原体的异源微生物病原体的抗原决定簇。例如，下列微生物物种的抗原决定簇可用于治疗处于结肠中的异源感染：大肠埃希氏杆菌、艰难梭状芽胞杆菌、脆弱拟杆菌、普通拟杆菌、多形拟杆菌、产气荚膜梭状芽胞杆菌、肠炎沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌、弗氏志贺菌；腺病毒、星状病毒、杯状病毒、诺如病毒、轮状病毒或巨细胞病毒。在选定的实施方案中，大肠埃希氏杆菌(结肠感染最常见的细菌起因)的抗原决定簇，可以单独地或与结肠的其它常见病原体的抗原决定簇组合用于治疗与结肠感染相关的病理，如与大肠埃希氏杆菌的异源菌株引起的感染相关的病理。
在替代性方面中，本发明利用微生物病原体，如细菌或病毒病原体，配制抗原组合物，其中根据已知微生物会引起感染的组织或器官选择微生物物种。细菌常驻菌群是最常见的细菌病原体，在大多数动物，包括人类中是绝大多数细菌感染的原因。常驻菌群例如可以通过初期附着，或在例如由血管、外伤、化学损伤引起的粘膜损伤，或由原发性感染引起的损伤后的附着和侵袭感染。
对于微生物病原体而言，毒力和感染潜力是微生物附着，产生酶，经受住免疫产物(补体、抗体)和经受住巨噬细胞和中性粒细胞的杀微生物活性的能力的组合。一些细菌，包括内源性细菌，可有足够毒性以便引起单微生物感染，而其它的与多微生物感染协同作用更有效。一般而言，关于单独的微生物在混合感染环境中的具体作用往往是不可能精确的。因为在一些情况下，急性感染可提供更佳的免疫刺激，因此，在一些实施方案中，本发明利用涉及于急性感染的微生物物种。
在一些实施方案中，为特定区域内源性菌群成员的细菌可用于配制本发明的抗原组合物。表6各行列出了许多细菌物种，连同其中每个物种可形成内源性菌群的一部分的生物区域。例如，贫养菌属某些种通常是呼吸道和口腔内源性菌群的成员。进一步地并且例如，表6 中所列的生物可作为微生物病原体用于配制抗原组合物，或者可选择具有那些病原体的抗原组合物，用于治疗异源感染，例如用作处于连同表6中所列的相关生物列出的组织或器官中的异源感染的抗微生物治疗。
表6：人类细菌正常菌群(人类内源性细菌病原体)
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内源性微生物菌群，如细菌，通过接触性传播或菌血性传播进入组织而致病。在有利条件下，所有内源性生物可以变成病原性的并且局部侵袭且通过接触性传播到邻近组织和器官而传播。皮肤、口腔和结肠的内源性细菌菌群是被认为也适于菌血性传播的物种。因此是特定内源性菌群范围的成员的细菌可在这些细菌可传播到的组织或到器官中引起感染。因此，本发明的一个方面涉及使用内源性微生物病原体治疗内源性细菌可传播到其中引起感染的组织或器官的感染。表 7的各列列出了内源菌群的9个范围：皮肤、呼吸系统、生殖器、GU 系统、口腔、胃部、十二指肠/空肠、回肠和结肠。表7的各行列出了可能微生物感染所处的器官或组织。因此，本发明的一个方面涉及使用内源性微生物病原体配制抗原组合物，或选择具有病原体的现有制剂，用于治疗处于病原体可传播引起感染的组织或器官中的异源微生物感染。因此，在替代性实施方案中，处于表7第一列中所列的组织或器官中的感染可用包含对微生物病原体有特异性的抗原决定簇的抗原组合物治疗，所述微生物病原体是表7第一行中所列的一个或多个内源性菌群范围的内源性菌群的成员并且在适当行中用X或复选标记指示。例如，处于前列腺中的感染可用具有对GU系统和/或生殖系统内源性的一种微生物病原体或多种病原体有特异性的抗原决定簇的抗原组合物治疗。表7所列的内源菌群范围内源性的许多细菌物种，和表6中的相应内源菌群一起列出。因此，本发明的一个方面涉及用包含表6中所列细菌物种的抗原决定簇的抗原组合物治疗处于表7所列组织中的感染，其中与表7中的感染位点关联的内源菌群区域匹配与表6中的细菌物种关联的内源菌群区域。表6和7中提供的实例可用于配制用于治疗异源微生物感染的抗原组合物，例如用作表6和7标识的器官中的异源微生物感染的抗微生物治疗。
表7：内源性菌群的组织/器官病原性
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*细菌可以通过：接触线传播(X)或菌血性传播：(√)进入组织/ 器官。
根据合并的表6和表7中的信息，位于表7第1列中所提出的组织或器官中的感染可用包含表6相应但是异源的细菌物种的抗原决定簇的抗原组合物治疗，使得表7中的列标题被表6的细菌物种有效代替。
在一些实施方案中，用于本发明的微生物病原体可为外源性细菌病原体。例如，表8中所列的生物可作为微生物病原体用于配制抗原组合物，或者可选择具有那些病原体的抗原组合物，用于治疗与处于连同表8中所列的相关生物列出的组织或器官中的异源感染相关的病理。在一些实施方案中，靶向特定组织或器官的内源性和外源性细菌物种两种的抗原决定簇可组合使用。例如，源自艰难梭状芽胞杆菌或对其有特异性的抗原组合物可用于治疗与结肠中的异源微生物感染相关的病理。
表8：人类外源性细菌病原体及其感染位点
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在一些实施方案中，用于本发明的微生物病原体可为病毒病原体。表9提供了病毒病原体连同对其而言认为每种病毒物种为病原体的组织和器官位点的示例性列表。因此，本发明的一个方面涉及利用对命名的病毒有特异性的免疫原性组合物治疗处于表9中靠近病毒名称标识的器官或组织中的异源微生物引起的感染相关的病理。例如，源自牛痘病毒或对其有特异性的抗原组合物，可用于治疗特征在于皮肤、血液组织、淋巴结、脑部、脊髓、眼或心脏中受异源微生物感染的疾患。
表9：病毒人类病原体及其感染位点
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表6至9中的累积信息提供了可以用于配制本发明的抗原组合物的微生物病原体的广泛标识，与其中这些生物为病原性的组织或器官的标识，并且因此标识了异源生物感染所处的选定组织或器官，与可用于生产治疗所述疾患的抗原性制剂的生物之间的对应性。
在一些实施方案中，选择用于本发明的抗原组合物中的微生物病原体可以是为要治疗其中的异源感染的组织或器官中的急性感染的常见原因的病原体。表10标识了这类细菌和病毒病原体，和它们常在其中引起感染的组织和器官。因此，在选定的实施方案中，驻留在表10第一列中标识的组织中的感染，可以用包含表10第二列中列出的一种或多种异源病原生物的抗原决定簇的抗原组合物治疗。例如，皮肤中的感染可用包含下列一种或多种异源生物的抗原决定簇的抗原组合物治疗：金黄色葡萄球菌、A、B、C和G组β溶血性链球菌、白喉棒状杆菌、溃疡棒状杆菌、铜绿假单胞菌、麻疹、风疹、水痘- 带状疱疹、埃可病毒、柯萨奇病毒、腺病毒、牛痘、单纯疱疹或细小病毒B19。
表10：每个组织/器官位点急性感染的常见原因(细菌和病毒)
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在选定的实施方案中，特定微生物病原体适于治疗与位于所述生物在其中为病原性的组织或器官中的异源微生物感染相关的特定病理，表10中列出了选定的实施方案的实例。这些是示例性实施方案，而不是根据本发明使用的替代性制剂的详尽列表。
在特定组织或器官中常引起感染的特定微生物可随地理位置而变化。例如，结核分枝杆菌是在一些地理位置和人口中比在其它地理位置和人口中更常见的肺部感染原因并且因此，虽然结核分枝杆菌在一些地理位置和人口群中可能不是常见的肺部病原体，但是在其它地理位置和人口群中可能是常见的肺部病原体。因此表10不是所有地理位置和人口群常见病原体的详尽列表。应理解，本领域技术熟练的临床微生物学家可以根据本发明确定对于特定组织或器官位点而言，特定地理区域或人口群中的常见病原物种。对于兽医用途，当然将存在选定物种的选定组织中常见的特定病原体，并且这也可能随地理位置而改变。
在选定的实施方案中，本发明涉及评估患者先前对微生物病原体的暴露的诊断步骤。例如，所述诊断步骤可以包括取得对选定病原体暴露的医疗史，和/或评价患者对选定病原体的免疫应答。例如，可进行血清学试验以检测患者血清中选定病原体的抗体。与本发明的这个方面有关，可以基于患者已具有一次或多次先前对病原体暴露的诊断指示，例如借助于患者血清中该病原体抗原决定簇的抗体的存在来选择选定的微生物病原体的抗原决定簇用于选定患者的免疫原性组合物。
在另外的选定实施方案中，本发明涉及评估患者对用选定免疫原性组合物治疗的免疫应答的诊断步骤。例如，诊断步骤可包括评价患者对该免疫原性组合物的抗原决定簇的免疫应答，例如使用血清学试验来检测那些抗原决定簇的抗体。与本发明的这个方面有关，如果评价表明存在对该组合物的抗原决定簇的积极免疫应答，则可继续用选定的免疫原性组合物治疗，并且如果评价表明不存在对免疫原性组合物的抗原决定簇充分积极的免疫应答，则可停止所述治疗，并且可以开始用不同免疫原性组合物替代性治疗。
在选定的实施方案中，选择用于本发明的抗原组合物中的微生物病原体可以是为要治疗其中的异源感染的组织或器官中的急性感染最常见的原因的病原体。例如，对于骨感染相关病理的治疗，金黄色葡萄球菌将是选择用于治疗由异源生物引起的感染的细菌物种；对于肺部组织中感染的治疗，将选择肺炎链球菌用于治疗由异源生物引起的感染；对于乳房感染的治疗，将选择金黄色葡萄球菌用于治疗由异源生物引起的感染；对于肾脏或膀胱感染的治疗，将选择大肠埃希氏杆菌用于治疗由异源生物引起的感染；并且对于结肠中感染的治疗，大肠埃希氏杆菌将是选择用于治疗由异源生物引起的感染的细菌物种。应理解，本领域技术熟练的临床微生物学家可以根据本发明确定对于每个特定组织或器官而言，最为频繁的病原物种、细菌或病毒。在选定的实施方案中，仅使用特定组织或器官最常见的病原体的抗原决定簇治疗该组织或器官的异源感染。在替代性实施方案中，特定组织或器官最常见的病原体的抗原决定簇可与其它病原体的抗原决定簇组合，已知其它病原体在该特定组织或器官中是病原性的，优先选自更常见的病原体。
在一些实施方案中，本发明提供了抗原组合物，其中相对于组合物中的任何其它抗原决定簇，使用阈值比例的根据本发明选定的抗原决定簇。例如，抗原组合物中可具有高于X％的源自病原性(或常为病原性，或最常为病原性)的物种的抗原决定簇，其中X例如可为10、 30、40、50、60、70、80、90、95或100(或介于10和100之间的任何整数值)。例如，抗原组合物中至少X％的抗原决定簇可对在异源感染所处的患者特定器官或组织中为病原性(或常为病原性，或最常为病原性)的微生物病原体有特异性。使用替代性措施，在抗原组合物中的微生物病原体总量中，至少X％可被选定为在异源微生物感染所处的患者特定器官或组织中为病原性(或常为病原性或最常为病原性) 的微生物病原体。在一些实施方案中，因此抗原组合物可基本上由一种或多种微生物病原体的抗原决定簇组成，所述微生物病原体各自在异源感染所处的患者特定器官或组织中为病原性(或常为病原性或最常为病原性)。
在一些实施方案中，本发明包括使用经批准用于其它目的的细菌或病毒疫苗或制剂(例如，脊髓灰质炎疫苗、流感嗜血杆菌疫苗、脑膜炎球菌菌苗、肺炎球菌疫苗、流感疫苗、乙型肝炎疫苗、甲型肝炎疫苗、白喉疫苗、破伤风疫苗、百日咳疫苗、麻疹疫苗、腮腺炎疫苗、风疹疫苗、水痘疫苗、卡介苗、霍乱疫苗、乙脑疫苗、狂犬疫苗、伤寒疫苗、黄热病疫苗、天花疫苗等)，通过查阅表6-10选择含有在异源感染所处的患者特定器官或组装中为病原性的病原体(或病原体的抗原组成部分)的疫苗，用作对异源微生物引起的感染的治疗。例如，肺炎链球菌疫苗，全细胞疫苗或由肺炎链球菌的一个或多个抗原组分组成的疫苗(例如，23价肺炎球菌多糖)可用于治疗下列任何位点的异源感染，在所述位点中肺炎链球菌被列为表10中的常见病原体：肺门淋巴结、骨、脑膜、脊髓、眼部/眼眶、鼻窦、甲状腺、支气管、肺部、胸膜或腹膜。作为另一个实例，乙型肝炎疫苗可用于治疗下列任何位点的异源感染，如下：肝脏、胰腺或血液感染，在所述位点中乙型肝炎病毒被列为表9中的常见病原体。
在一些实施方案中，特别将选定的组合物和方法从本发明的范围中排除。例如，在受该生物感染相关的病理的治疗中使用特定微生物病原体抗原的制剂。例如，选定的实施方案拒绝使用PVF或MRV疫苗治疗由那些制剂中存在的生物引起的肺部感染。
实施例1：鼠类研究
实施例1a：说明在小鼠中热灭活的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物对单核细胞/巨噬细胞和树突细胞群体的影响。
在该实施例中利用下列方法和材料：
小鼠。从Harlan Labs(Livermore,CA)订购7-8周龄的C57BL/6 雌性小鼠用于这些研究。
抗体和试剂。在该实施例中使用下列抗体：抗I-A/I-E FITC(MHC II类；M5/114.15.2)；抗Gr-1 PE(RB6-8C5)；抗CD11b PerCP-Cy5 (M1/70)；抗CD11c APC(N418)；抗CD4 FITC(GK1.5)；抗NK1.1 PE (PK136)；抗CD8a eFluor780(53-6.7)；抗CD44 APC(IM7)。所有抗体均获自eBioscience(San Diego,CA)。释放酶TM和DNA酶I获自 Roche。所有培养基均来自于HyClone(Fisher)。
用抗原组合物处理。含苯酚的热杀灭肺炎克雷伯氏菌(KO12[5.0 OD600单位])1/10稀释于含0.4％苯酚的PBS中并且在第0、2、4和 6天向4只小鼠皮下注射100μl。在第0、2、4和6天为对照小鼠(n＝5) 注射PBS。
支气管肺泡灌洗。第7天处死小鼠并且通过暴露气管、接着插入与1ml注射器连接的22G导管进行支气管肺泡灌洗(BAL)。向肺部注射1ml的PBS并且取出并放入1.5ml微量离心管中。随后用1ml的 PBS再洗涤肺部3次并汇集流体。400xg离心来自于每只小鼠的第一洗涤液并且冷冻上清液用于细胞因子分析。离心最后3ml的灌洗液并且将细胞与来自于第一灌洗的细胞团块汇集。对细胞计数并用对 MHC II类、Ly6G/C、CD11b和CD11c有特异性的抗体染色。染色后，洗涤细胞并且在FACS Calibur流式细胞仪上分析。
肺部消化。进行BAL后，将肺部放在5ml含417.5μg/ml释放酶 TL(Roche)和200μg/ml DNA酶I(Roche)的RPMI中。然后使肺部在 37℃下消化30分钟。消化之后，迫使肺部通过70um细胞滤网以产生单细胞悬浮液。然后将细胞离心、洗涤、重新悬浮在FACS缓冲液 (具有2％FCS和5mM EDTA的PBS)中并计数。计数之后，为细胞染色并且使用与对于BAL细胞相同的抗体，通过FACS分析。
腹膜灌洗。BAL之后，使用与25G针头连接的1ml注射器向小鼠的腹膜中注射1ml的PBS。按摩腹部1分钟并且使用1ml移液管从腹膜中取出0.5ml的PBS。将灌洗液置于1.5ml离心管中，400xg离心5分钟，并且重新悬浮在FACS缓冲液中，之后染色和FACS分析。
脾脏和淋巴结分析。在BAL和腹膜灌洗之后取出脾脏和引流淋巴结并放入PBS中。通过70μm细胞滤网(Fisher)捣碎来破坏脾脏并且使用来自于1ml注射器的活塞的橡胶端破坏淋巴结。破坏后，离心来自于脾脏和淋巴结的单细胞悬浮液，用FACS缓冲液洗涤一次，并且重新悬浮在FACS缓冲液中，之后计数、染色和FACS分析。
FACS分析。将细胞于冰上在96孔板中使用50ul稀释于FACS 缓冲液中的抗体染色20分钟。20分钟后，向孔中添加100μl的FACs 缓冲液并且将板400xg离心5分钟。随后去除培养基并且用FACS缓冲液再洗涤细胞一次。最后一次洗涤之后，使细胞重新悬浮在200μl 的FACS缓冲液中并且使用FACS Calibur流式细胞仪(BD)获取数据。除收集最少5,000个事件的BAL外，收集所有样品的最少20,000个活事件。
在该实施例中获得下列结果。
在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物处理正常小鼠。在第7天处死小鼠并且分析支气管肺泡灌洗液、肺部组织、腹膜灌洗液、淋巴结和脾脏的单核细胞和巨噬细胞变化。观察到通过为肺炎克雷伯氏菌抗原组合物注射位点引流的淋巴结中CD11b和Gr-1(与Ly6c 相同的标志)及F4/80的高表达所定义的急性炎性血液单核细胞/巨噬细胞数量上的增加(参见：图1A)。这些急性炎性单核细胞/巨噬细胞也表达极高水平的MHC II类分子，表明暴露于细菌抗原。重要的是，用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物处理小鼠一周导致支气管肺泡灌洗液和肺部(即，靶向器官)中、而非经处理的小鼠脾脏或腹膜中的急性炎性单核细胞的频率显著增加，表明处理可以诱导单核细胞特异性归巢于肺部，而不影响其它器官(参见：图1B)。单核细胞可以在肺部中分化为树突细胞(DC)，并且与我们观察到单核细胞募集的显著增加一致还观察到展示出成熟DC的标志的细胞频率显著增加(参见：图1C)。
如图1中所说明的，用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物处理7天导致小鼠肺部中的急性炎性单核细胞和树突细胞两者显著增加(与用安慰剂＝PBS处理相比)。如图1中所说明的，在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物或PBS处理小鼠。第7天，将小鼠处死并通过流式细胞术测定肺部和脾脏中A)和B)炎性单核细胞(CD11b+ Gr-1+细胞)和C)树突细胞(CD11c+MHC II+类细胞)的总数。A)中描绘的误差条表示每组4-5只小鼠的平均值。
实施例1B.说明在小鼠中热灭活的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物和热灭活的大肠埃希氏杆菌抗原组合物对单核细胞/巨噬细胞、树突细胞和效应细胞群体的影响
在该实施例中利用下列方法和材料：
小鼠。从Harlan Labs(Livermore,CA)订购7-8周龄的C57BL/6 雌性小鼠用于这些研究。
抗体和试剂。使用下列抗体：抗I-A/I-E FITC(MHC II类； M5/114.15.2)；抗Gr-1PE(RB6-8C5)；抗CD11b PerCP-Cy5(M1/70)；抗CD11c APC(N418)；抗CD4 FITC(GK1.5)；抗NK1.1 PE(PK136)；抗CD8a eFluor780(53-6.7)；抗CD44 APC(IM7)。所有抗体均获自eBioscience(San Diego,CA)。释放酶TM和DNA酶I获自Roche。所有培养基均来自于HyClone(Fisher)。
用抗原组合物处理。含苯酚的热杀灭肺炎克雷伯氏菌(肺炎克雷伯氏菌；批次KO12；5.0OD600单位)1/10稀释于含0.4％苯酚的PBS 中并且在第0、2、4和6天向5只小鼠皮下注射100ul。热杀灭大肠埃希氏杆菌(批次；5.0OD600单位)1/10稀释于含0.4％苯酚的PBS中并且在第0、2、4和6天向5只小鼠皮下注射100μl。在第0、2、4 和6天为对照小鼠(n＝5)注射PBS。
支气管肺泡灌洗。第7天处死小鼠并且通过暴露气管、接着插入与1ml注射器连接的22G导管进行支气管肺泡灌洗(BAL)。向肺部注射1ml的PBS并且取出并放入1.5ml微量离心管中。随后用1ml的 PBS再洗涤肺部3次并汇集流体。400xg离心来自于每只小鼠的第一洗涤液并且冷冻上清液用于细胞因子分析。离心最后3ml的灌洗液并且将细胞与来自于第一灌洗的细胞团块汇集。对细胞计数并用对 MHC II类、Ly6G/C、CD11b和CD11c有特异性的抗体染色。染色后，洗涤细胞并且在FACS Calibur流式细胞仪上分析。
肺部消化。进行BAL后，将肺部放在5ml含417.5μg/ml释放酶 TL(Roche)和200μg/ml DNA酶I(Roche)的RPMI中。然后使肺部在 37℃下消化30分钟。消化之后，迫使肺部通过70μm细胞滤网以产生单细胞悬浮液。然后将细胞离心、洗涤、重新悬浮在FACS缓冲液 (具有2％FCS和5mM EDTA的PBS)中并计数。计数之后，为细胞染色并且使用与对于BAL细胞相同的抗体，通过FACS分析。
腹膜灌洗。BAL之后，使用与25G针头连接的1ml注射器向小鼠的腹膜中注射1ml的PBS。按摩腹部1分钟并且使用1ml移液管从腹膜中取出0.5ml的PBS。将灌洗液置于1.5ml离心管中，400xg离心5分钟，并且重新悬浮在FACS缓冲液中，之后染色和FACS分析。
脾脏和淋巴结分析。在BAL和腹膜灌洗之后取出脾脏和引流淋巴结并放入PBS中。通过70μm细胞滤网(Fisher)捣碎来破坏脾脏并且使用来自于1ml注射器的活塞的橡胶端破坏淋巴结。破坏后，离心来自于脾脏和淋巴结的单细胞悬浮液，用FACS缓冲液洗涤一次，并且重新悬浮在FACS缓冲液中，之后计数、染色和FACS分析。
FACS分析。将细胞于冰上在96孔板中使用50μl稀释于FACS 缓冲液中的抗体染色20分钟。20分钟后，向孔中添加100μl的FACs 缓冲液并且将板400xg离心5分钟。随后去除培养基并且用FACS缓冲液再洗涤细胞一次。最后一次洗涤之后，使细胞重新悬浮在200μl 的FACS缓冲液中并且使用FACS Calibur流式细胞仪(BD)获取数据。除收集最少5,000个事件的BAL外，收集所有样品的最少20,000个活事件。
在该实施例中获得下列结果：
如图2中所说明的，在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物、大肠埃希氏杆菌抗原组合物或PBS处理小鼠。在第7天，将小鼠处死并通过流式细胞术测定腹膜灌洗液、肺部、淋巴结和脾脏中炎性单核细胞(CD11b+Gr-1+细胞)和树突细胞(CD11c+MHC II+类细胞)的总数。图18中的误差条表示来自5只小鼠的标准偏差。使用学生t检验，*p值<.05。
图2说明用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物处理，而不是大肠埃希氏杆菌抗原组合物，使小鼠肺部中的单核细胞和DC数量显著增加。与肺部相反，肺炎克雷伯氏菌并未导致小鼠腹膜中的单核细胞增加，而大肠埃希氏杆菌导致小鼠腹膜中的单核细胞增加。重要的是，在用肺炎克雷伯氏菌或大肠埃希氏杆菌处理的小鼠的脾脏中只有炎性单核细胞的数量略有增加，而DC不增加，表明所述疗法的作用不是通用的且事实上对特定器官位点有特异性。除考察处理对小鼠肺部中的炎性单核细胞和DC的影响外，我们还考察了其它白细胞如细胞毒性CD8 T细胞、CD4 T辅助细胞和天然杀灭(NK)细胞的变化。
图3说明肺炎克雷伯氏菌抗原组合物，而非PBS或大肠埃希氏杆菌抗原组合物，导致经处理的小鼠肺部中NK细胞、CD4和CD8 T 细胞的频率和总数显著增加。该实施例证明皮下注射通常引起肺部感染的杀灭细菌物种可促进肺部中白细胞的积聚，且在该位点不存在任何炎症。另外，证明这种作用对靶向位点有特异性并且其对所用处理的细菌组成部分也有特异性。
如图3中所说明的，在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原组合物、大肠埃希氏杆菌抗原组合物或PBS处理小鼠。第7天，将小鼠处死并通过流式细胞术测定CD4 T细胞、CD8 T细胞和自然杀灭(NK)细胞的总数。误差条表示从每组5只小鼠获得的值的标准偏差。使用学生t检验，*p值<.05。
实施例1C.说明热、辐射和苯酚灭活对肺炎克雷伯氏菌抗原组合物的影响，包括白细胞募集到小鼠的肺部，及苯酚作为防腐剂的作用。
在该实施例中利用下列方法和材料：
小鼠。从Harlan Labs(Livermore,CA)订购7-8周龄的C57BL/6 雌性小鼠用于这些研究。
抗原组合物。在这项研究中使用含苯酚的热杀灭肺炎克雷伯氏菌抗原组合物(KO12)、无苯酚的热杀灭肺炎克雷伯氏菌抗原组合物 (KO25)、无苯酚的受辐射肺炎克雷伯氏菌抗原组合物(KO24)和无苯酚的苯酚杀灭肺炎克雷伯氏菌抗原组合物(KO25)。所有制剂于盐水中浓度为5.0OD单位。对于1/10稀释，向9ml的DPBS添加1ml细菌制剂并立即混合，然后在注射之前再混合一次。对于1/100稀释，向 9.9ml的DPBS添加0.1ml细菌制剂并立即混合，然后在注射之前再混合一次。对于热杀灭肺炎克雷伯氏菌抗原组合物经苯酚的稀释，如上使用含0.4％苯酚(w/v)的DPBS溶液进行稀释。为制备于DPBS中的0.4％苯酚，首先通过向10ml的DPBS(Hyclone,Logan,UT)中添加 0.5g固体苯酚(Sigma Aldrich,St.Louis,MO)制备5％苯酚溶液。该溶液通过0.22um过滤器(Millipore,Billerica,MA)过滤并且储存在4℃下。使用之前立即将5％苯酚溶液1ml稀释于12.5ml DPBS中并用于制备细菌制剂。
用抗原组合物处理。在第0、2、4和6天用0.1ml的1/10稀释于 PBS或含0.4％苯酚的PBS中的热杀灭肺炎克雷伯氏菌抗原组合物， 0.1ml的1/10稀释于PBS中的经辐射肺炎克雷伯氏菌抗原组合物，或用PBS或含0.4％苯酚的PBS以1/10稀释的苯酚灭活肺炎克雷伯氏菌抗原组合物皮下处理每组5只小鼠。第7天处死小鼠并且如同实施例 1B中一样分析向肺部的白细胞募集。
在该实施例中获得下列结果：
在该实施例中，我们使用向肺部的白细胞募集作为功效的替代物以比较通过各种方法灭活的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物的功效。图4 说明，对于热杀灭和苯酚杀灭的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物两者而言，正如通过细胞募集所测量，添加作为防腐剂的苯酚(0.4％)增加了功效。在一些实施方案中，少量的苯酚(即，0.4％作为防腐剂)可稳定细菌细胞壁的组分，例如在抗原模式识别和激活最佳靶向应答中很重要的组分。在比较含有作为防腐剂的苯酚的3种制剂(即，经热杀灭、苯酚杀灭和辐射杀灭)中，经辐射的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物引起急性炎性单核细胞、DC、NK细胞和T细胞向肺部的最大募集，接着是苯酚杀灭的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物，其中热杀灭的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物引起最少的细胞募集。
如图4中所说明的，在第0、2、4和6天用经热灭活(HKWP)或无(HKnp)苯酚防腐剂，经苯酚灭活的有(PKWP)或无(PKnp)苯酚防腐剂的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物，或通过辐射灭活的有苯酚防腐剂(IRWP)的肺炎克雷伯氏菌抗原组合物处理小鼠。第7天，将小鼠处死并通过流式细胞术测定(A)炎性单核细胞(CD11b+Gr-1+)和 DC(CD11c+Iab+)或(B)CD4 T细胞、CD8 T细胞和自然杀灭(NK)细胞的总数。误差条表示来自于每组5只小鼠的值的标准偏差。使用学生 t检验，与用IRWP处理的小鼠相比，*p值<.05。
实施例2：位点特异性研究
着重于研究在连同本文所述的抗原组合物一起使用的本文所述的体内模型中的M1/M2表型，进行下列实验。简言之，在第0、2、 4和6天用PBS、大肠埃希氏杆菌结肠抗原组合物或肺炎克雷伯氏菌抗原组合物处理每组5只小鼠。在实验第7天，将小鼠处死并进行支气管肺泡灌洗。随后取出肺部和近端结肠并且经酶促消化。消化后，洗涤回收的细胞并用对I-A/I-E FITC(MHC II类；M5/114.15.2)；抗 Gr-1 PE(RB6-8C5_；抗CD11b PerCP-Cy5(M1/70)；抗CD11c APC (N418)有特异性的抗体染色。所有抗体均获自eBioscience(San Diego,CA)。对肺部细胞计数以测定细胞的总数(因为在样品之间我们并未取出等量的结肠，所以结肠未计数)。染色20分钟之后洗涤细胞并通过 FACS分析。相应图5中所示的每个数据点表示每只小鼠的活门中 CD11b+Gr-1+细胞的频率。如图5所示，用大肠埃希氏杆菌抗原组合物处理导致经处理的小鼠结肠中炎性单核细胞的频率增大。
此外，并且如图6所示，在基于本文详述的实验方法检查肺部中的单核细胞时，发现虽然大肠埃希氏杆菌和肺炎克雷伯氏菌抗原组合物两者均增加了小鼠肺部中的单核细胞频率，但对总数计数时肺炎克雷伯氏菌抗原组合物更有效。参考图6，最左侧的图示出了肺部中 CD11b+Gr-1+(炎性单核细胞)的频率；最右侧的图示出了肺部中 CD11b+Gr-1+细胞的总数。
实施例3：肺部中的微生物预防
实施例3a：肺炎克雷伯氏菌来源的抗原制剂(SSI)防御肺部中的肺炎链球菌攻击。
本实施例说明在小鼠中皮下施用的全杀灭肺炎克雷伯氏菌的SSI 制剂诱导循环单核细胞的增加并且提供针对引入鼻咽的肺炎链球菌的后续细菌攻击的保护。肺炎链球菌或肺炎球菌是乳杆菌目 (Lactobacillales)的革兰氏阳性、α-溶血、好氧性成员。相反，肺炎克雷伯氏菌是肠杆菌目(Enterobacteriales)的革兰氏阳性、非运动性、包被、乳糖发酵、兼性厌氧菌成员。这些生物归类于不同分离学门类。
每隔一天通过皮下注射安慰剂或肺炎克雷伯氏菌制剂预处理 C57BL/6小鼠三周，然后用1x109个CFU的肺炎链球菌P1547攻击并且监测临床感染的指征5天。第5天，处死小鼠(垂死小鼠在5天前处死)并评价细菌负荷和免疫参数。
如图7A中所说明的，经肺炎克雷伯氏菌制剂处理的小鼠受保护而免受肺炎链球菌感染(5/5)，而经安慰剂处理的小鼠仅部分受保护 (3/5)。此外，抗性小鼠(经SSI和安慰剂处理)肺部中的TNF和MCP-1 基因表达高于死于感染的经安慰剂处理的小鼠。图7B说明经SSI处理，鼻腔、肺部和脾脏中减少的细菌计数。
实施例3b：肺炎克雷伯氏菌来源的抗原制剂(SSI)防御肺部中的铜绿假单胞菌或肺炎链球菌攻击。
向8-10周龄C57Bl/6小鼠的肺部中滴注铜绿假单胞菌(PA14， 7.8x108个CFU/只小鼠)，所述小鼠每隔一天用30μL PBS或由全杀灭肺炎克雷伯氏菌配制的SSI预处理3周，存活率如图9A所示。如图 9B所示，在第5天6只存活小鼠中，PBS处理组的3/6在肺部中有细菌而仅2/10的SSI处理小鼠在肺部中有细菌。
向8-10周龄C57Bl/6小鼠的肺部中滴注肺炎链球菌(P1542， 4.1x106个CFU/只小鼠)，所述小鼠每隔一天用30μL PBS或由全杀灭肺炎克雷伯氏菌配制的SSI预处理3周，存活率如图10所示。
本实施例说明在小鼠中皮下施用的全杀灭肺炎克雷伯氏菌的SSI 制剂诱导针对肺部中受铜绿假单胞菌或肺炎链球菌感染的预防性抗微生物活性。图9说明铜绿假单胞菌攻击中的存活率明显增加，并且图10说明肺炎链球菌攻击中的存活率增加。这些数据说明了一种肺部病原体的抗原组合物介导的针对两种异源肺部病原体有效的预防。
实施例3c：肺炎克雷伯氏菌来源的抗原制剂(SSI)和大肠埃希氏杆菌来源的抗原制剂(SSI)在防御肺部中的肺炎链球菌或铜绿假单胞菌攻击中的比较。
在本实施例中，肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)与大肠埃希氏杆菌 SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的肺炎链球菌或铜绿假单胞菌攻击中，展示出在统计上更优的预防功效。
对于铜绿假单胞菌的模型处理，用指示的SSI(0.03ml/次注射)处理小鼠14天，然后用铜绿假单胞菌(PA14)通过鼻内滴注6.0x108个 CFU的细菌攻击。三天之后，无菌切除肺部、匀化并且使用假单胞菌选择琼脂板评估细菌负荷。图15示出了结果(数据为肺(平均值+/- 标准偏差)的CFU/g)，说明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)与大肠埃希氏杆菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的铜绿假单胞菌攻击中，展示出统计上更优的预防功效。
对于肺炎链球菌的模型处理，用指示的SSI(0.03ml/次注射)处理小鼠14天，然后用肺炎链球菌(PA14)通过鼻内滴注5.0x105个CFU 的细菌攻击。三天之后，无菌切除肺部、匀化并且使用假单胞菌选择琼脂板评估细菌负荷。图16示出了结果(数据为肺(平均值+/-标准偏差)的CFU/g)，说明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)与大肠埃希氏杆菌 SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的肺炎链球菌攻击中，展示出统计上更优的预防功效。
实施例4：GIT中的抗微生物疗法
本实施例说明了在炎性肠病小鼠模型中的异源抗微生物疗法，该疗法使用粘附性侵袭性大肠埃希氏杆菌(AIEC)的特定物种(NRG 857)，以在清除AIEC的能力降低的小鼠129e品系的结肠中诱导慢性 IBD样感染。
129e小鼠受NRG 857感染并且用(1)安慰剂，(2)大肠埃希氏杆菌的全杀灭细胞制剂(图8中的SSI-1)，或(3)肠道沙门氏菌的全杀灭细胞制剂处理，肠道沙门氏菌是可以在小鼠中引起胃肠道感染的病原体 (图8中称为SSI-2)。结果说明大肠埃希氏杆菌的全杀灭制剂有效减少129e小鼠的结肠组织(比经安慰剂处理的小鼠低300倍-注意图表为对数标度)和粪便中的NRG 857计数。另外，肠道沙门氏菌制剂也表现出一些针对异源AIEC感染的抗微生物活性。
根据本发明的一个方面，巨噬细胞缺乏或不足，导致清除细菌感染和坏死碎屑的能力降低，可能是与微生物感染相关的一些病理的潜在触发因素。这例如在克罗恩氏病(Crohn’s disease)中已被假定为是所述情况。因此本发明的各方面涉及器官特异性巨噬细胞募集和活化的诱导，引起细菌感染的清除。
实施例5：腹膜腔内的抗微生物预防
在第一方面，本实施例说明全杀灭大肠埃希氏杆菌SSI制剂在防御肠道沙门氏菌中有效。如图11中所说明的，经SSI处理的小鼠在脾脏中具有比经盐水处理的小鼠明显更少的细菌(p<0.0001)，并且经 SSI处理的小鼠具有比经盐水处理的小鼠更低的峰值体重减轻(p<0.02)。
在一个替代性方面，本实施例说明由不同大肠埃希氏杆菌菌株制成的两种替代性全杀灭大肠埃希氏杆菌SSI制剂(QBECO和 QBECP)，在小鼠模型中在防御肠道沙门氏菌攻击中有效，预防水平与先前施用的抗原肠道沙门氏菌制剂(QBSEN)相比有利。在本实施例中，通过皮肤注射替代性制剂即QBECO、QBECP(来自泌尿大肠埃希氏杆菌的SSI)或QBSEN(各自隔天给予，持续3周)预处理小鼠，然后用肠道沙门氏菌感染。对于所有处理而言存活率均提高，如图 12A中所说明的，QBECP提供与QBSEN相当的益处。处死小鼠，并量化脾脏中的菌落计数而且如图12B中所说明的，发现该菌落计数在所有处理组中更低。类似地，如图12C中所说明的，发现体重减轻在所有处理组中更低。
在对靶向和优化的腹膜内预防的进一步说明中，用替代性SSI即 QBKPN和QBECO或媒介物处理小鼠；然后用肠道沙门氏菌(鼠伤寒沙门氏菌)通过IP滴注1.0x106个CFU的细菌攻击。三天之后，无菌切除脾脏、匀化并且在海克能肠道(Hektoen enteric)琼脂板上评估细菌负荷。图19说明，正如通过脾脏中的细菌负荷所测量，QBECO和 QBKPN两者为保护性的，并且经QBECO处理的小鼠中的计数明显比经QBKPN处理的小鼠低(数据为CFU/ml(平均值+/-标准偏差)。
实施例6：皮肤中的抗微生物预防
本实施例说明了在皮肤感染小鼠模型中的靶向异源抗微生物疗法，说明源自靶组织的微生物病原体的抗原制剂的功效提高。用选定的本发明的抗原制剂(0.03ml/次注射)处理小鼠14天，然后用铜绿假单胞菌(PA14)通过皮内注射6.5x105个CFU攻击。三天之后，无菌切除皮肤、匀化并且使用假单胞菌选择琼脂板评估细菌负荷。图13说明QBSAU(金黄色葡萄球菌来源的SSI)防御皮肤中的铜绿假单胞菌攻击，与QBKPN(其在鼠类模型中不是皮肤病原体)相比，在QBSAU 之后细菌计数显著减少。如图14所示(n＝8只小鼠/组)，前述程序的重复迭代使所述结果重现。
实施例7：老龄模型老龄小鼠中的抗微生物预防
本实施例说明了肺部感染老龄小鼠模型中的靶向异源抗微生物疗法，显示肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)防御老龄小鼠肺部中的肺炎链球菌攻击。图17显示对于老龄小鼠的存活益处，图17B，比对幼龄小鼠，图17A，更为显著。图18说明了确定的数据，显示在用肺炎链球菌攻击之后，QBKPN减少老龄小鼠的体重减轻，并且相比于幼龄小鼠这种益处对于老龄小鼠而言更大。
实施例8：肺部中的抗病毒预防
在本实施例中，根据其它实施例中提出的方案，为小鼠注射 QBKPN或QBECO SSI或媒介物14天。然后在鼻内用鼠疱疹病毒 68(MHV68)，一种经遗传修饰以驱动萤光素酶报告基因的病毒，攻击小鼠。MHV68是用于研究肺部感染的模型病毒病原体。攻击之后三天，为小鼠注射300微克的萤光素；10分钟后，处死小鼠，切除肺部，并且用Xenogen IVIS成像仪成像。肺部中的发光是活性病毒感染和复制的指标。
用QBKPN SSI预处理小鼠显著地减少了小鼠肺部中的发光信号，提供了肺部中使用靶向抗原细菌制剂的抗病毒预防的证据。对于 QBECO未观察到相同的显著结果。
其它实施方案
虽然本文公开了本发明的各个实施方案，但许多改变和修改可以在本发明的范围内按照本领域技术人员的公知常识进行。此类修改包括对本发明任何方面的已知等效方案的替代，以便以基本相同的方式达到相同的结果。在一些实施方案中，本发明排除了涉及医疗或手术治疗的步骤。数字范围包括限定所述范围的数字。在本说明书中，词语“包含”用作开放式术语，基本上等同于短语“包括但不限于”，并且词语“包含”具有相应的含义。本文参考文献的引用不应当被解释为承认此类参考文献是本发明的现有技术。所有出版物均通过引用并入本文，如同特别且单独地指出每个单独的出版物通过引用并入本文一样并且如同在本文中完全阐述一样。基本上如上文所述并且参考实施例和附图，本发明包括所有实施方案和变型。

Claims (10)

1.包含对肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumonia)有特异性的抗原决定簇的抗原制剂在制备用于治疗或预防人类患者受病毒肺病原体的肺部感染的药物中的用途。
2.根据权利要求1所述的用途，其中所述药物被配制为用于皮下使用。
3.根据权利要求1所述的用途，其中所述对肺炎克雷伯氏菌有特异性的抗原决定簇包含全杀灭或减毒的肺炎克雷伯氏菌的细胞。
4.根据权利要求1所述的用途，其中所述用途是用于治疗或预防人类患者受病毒肺病原体的肺部感染。
5.根据权利要求1所述的用途，其中所述患者受免疫抑制或免疫受损。
6.根据权利要求1所述的用途，其中所述患者为老年患者。
7.根据权利要求1所述的用途，其中所述患者为小儿患者。
8.根据权利要求1所述的用途，其中所述肺部感染是院内感染。
9.包含对金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)有特异性的抗原决定簇的抗原制剂在制备用于治疗或预防人类患者受铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)的皮肤感染的药物中的用途。
10.根据权利要求9所述的用途，其中对金黄色葡萄球菌有特异性的抗原决定簇包含全杀灭或减毒的金黄色葡萄球菌的细胞。
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