CN113718054A - 一种大麦CBF4基因的Indel分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种大麦CBF4基因的Indel分子标记及其应用,其中所述Indel分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1‑2所示。本发明通过对不同大麦品种的CBF4等位基因进行PCR扩增和等位基因重测序,最终在CBF4基因启动子ATG上游700到610bp处检测到一个73bp的插入缺失变异,针对该Indel位点设计相应的引物即Indel分子标记,可有效对CBF4基因进行基因型选择,并且将其与大麦生长习性进行关联分析,研究发现其与大麦的匍匐/直立性状显著相关,因此可作为分子标记在大麦生长早期进行非破坏性检测,具有简单、准确、成本低等一系列优点,适于在育种中对群体大量筛选以及对于大麦种质资源中CBF4等位基因型鉴定。
Description
技术领域
本发明属于分子遗传学技术领域,具体涉及一种大麦CBF4基因的Indel分子标记及其应用。
背景技术
大麦(Hordeum vulgare)是全球也是我国第四大禾谷类作物,是典型的“多元”作物,具有食用、饲用、酿造及保健等多种用途。在我国,青藏高原地区人民长期以青稞(裸大麦)为主食。
APETALA2/Ethylene-Responsive Factor(AP2/ERF)是植物特异的一类转录因子。AP2类转录因子包含一个AP2/ERF结构域,该结构域包含60-70个氨基酸,负责与DNA的结合。很多研究都表明AP2/ERFs类转录因子对植物生长发育和抗逆性产生是必需的。根据所包含的结构域不同,可将AP2/ERF家族成员分为5个亚家族,包括AP2,RAV,DREB(DehydrationResponsive Element Binding),ERF和soloistsubfamilies,其中CBFs/DREB1s只包含一个AP2结构域。
大麦基因组中至少包含20个CBF基因,其中13个位于5H染色体上,包括CBF4。将CBF4在水稻和大麦中进行超表达,可以提高植株的耐寒、耐旱和耐盐性。分子标记是一种快速、简便、成本低廉并可在大麦生长早期进行无损检测的一种技术。然而CBF4基因与大麦生长习性的关系以及利用相应的分子标记对大麦生长习性进行快速检测,目前还没有报道。
发明内容
本发明的目的在于提供了一种大麦CBF4基因的Indel分子标记及其应用,本发明通过对不同大麦品种的CBF4等位基因进行PCR扩增和等位基因重测序,最终在CBF4基因启动子ATG上游700到610bp处检测到一个73bp的插入缺失变异,针对该Indel位点设计相应的引物即Indel分子标记,并对其与大麦生长习性进行关联分析,研究发现其与大麦的匍匐/直立性状显著相关,因此可作为分子标记在大麦生长早期进行非破坏性检测,具有简单、准确、成本低等一系列优点,适于在育种中对群体大量筛选以及对于大麦种质资源中CBF4等位基因型鉴定。
本发明的目的之一在于提供一种大麦CBF4基因的Indel分子标记,所述Indel分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1-2所示。
进一步地,所述Indel分子标记是根据CBF4基因启动子上游的一个插入缺失变异设计的。
进一步地,所述插入缺失变异为CBF4基因启动子上游700-610bp处的一个73bp的插入缺失变异。
本发明的目的之二在于提供了所述的Indel分子标记在扩增、检测和/或鉴定大麦CBF4基因中的应用。
本发明的目的之三在于提供了一种大麦CBF4基因的检测方法,所述方法包括:提取待测DNA,采用所述Indel分子标记进行PCR扩增,检测扩增产物的条带大小,其中与参考品种Morex序列一致的CBF4基因型扩增出216bp条带,有缺失的等位基因类型扩增条带为143bp条带,杂合型的扩增条带为216bp和143bp条带。
本发明的目的之四在于提供了所述CBF4基因或所述Indel分子标记在预测或鉴定大麦直立或匍匐性状中的应用。
本发明的目的之五在于提供了一种大麦直立或匍匐性状的检测方法,所述方法包括:
步骤1、提取待测大麦材料的基因组DNA;
步骤2、以步骤1提取得到的基因组DNA为模板,采用所述Indel分子标记进行PCR扩增,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测;
步骤3、观察电泳检测结果,其中当仅扩增出一条216bp的条带时,说明待测大麦材料为非匍匐性状,包括半匍匐、半直立或直立性状;其中当仅扩增出一条143bp的条带或扩增出216bp和143bp两条条带时,说明待测大麦材料为匍匐性状。
进一步地,步骤2中所述PCR扩增的反应程序包括:
95℃变性5分钟;
循环1:包含94℃变性30秒;65℃-58℃退火15秒,其中每个循环降低0.5℃;72度延伸15秒;共14个循环;
循环2:包含94℃变性30秒;58℃退火15秒;72℃延伸15秒;共14个循环;
72℃延伸3分钟;
25度保存。
本发明的目的之六在于提供了一种用于检测大麦直立或匍匐性状的检测试剂盒,所述检测试剂盒中包括所述Indel分子标记。
本发明的目的之七在于提供了所述Indel分子标记在大麦直立或匍匐性状的分子标记辅助育种或大麦种质资源鉴定中的应用。
与现有技术相比,本发明的有益效果是:
(1)本发明通过对不同来源材料的CBF4的等位基因进行了PCR扩增、等位基因重测序,首次在CBF4基因启动子ATG上游700到610bp处检测到了一个73bp的插入缺失变异,并设计了相应的Indel分子标记,通过该分子标记进行扩增检测可检测到三种不同带型,其中与参考品种Morex序列一致的CBF4基因型扩增出216bp条带,有缺失的等位基因类型扩增条带为143bp条带,杂合型的扩增条带为216bp和143bp条带。
(2)对单个Indel位点检测常用的方法有测序、荧光定量PCR方法,仪器设备较贵,检测成本较高,PCR-CTPP方法需要在Indel位点设计两对引物,本发明利用目标基因内Indel位点及下游特异序列开发出只需要一对引物即可进行Indel分型的特异性共显性分子标记,方法简便,成本更低。
(3)本发明利用设计的引物即Indel分子标记在大麦种质中进行鉴定发现,该分子标记与与大麦(含青稞)匍匐或直立等生长习性显著相关,可解释生长习性性状变异的24.36%。利用该引物进行CBF4分子标记辅助选择(MAS)回交改良,可以在大麦生长早期进行非破坏性检测,具有简单、准确、成本低等一系列优点,适于在育种中对群体大量筛选以及对于大麦种质资源中CBF4等位基因型鉴定。
附图说明
图1为本发明实施例1中不同遗传背景的大麦种质的HvCBF4基因的基因序列差异比对结果;
图2为本发明实施例2中HvCBF4-UP-Indel在不同大麦种质中的凝胶电泳检测图谱;
图3为本发明实施例3中不同生长习性的大麦种质的田间表现;
图4为本发明实施例3中HvCBF4-UP-Indel在不同生长习性的大麦种质中的凝胶电泳检测图谱。
具体实施方式
下面将结合本发明中的实施例,对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动条件下所获得的所有其它实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例中未特别说明的实验方法即为本领域的常规分子生物学方法。本研究所用Taq酶及dNTP产自TAKARA,其余均为常规生化试剂。
实施例1HvCBF4基因启动子区特异Indel共显性分子标记的获得:
本实施例通过对不同遗传背景的大麦种质(Potian,W1,W2,Z-AU3,喜马拉22,西藏46,西藏54,西藏76,藏青23,藏青25和藏青690)的HvCBF4等位基因进行PCR扩增和重测序,在Potian,Z-AU3和藏青690中的HvCBF4基因起始密码子ATG上游700到610bp处检测到一个73bp的插入缺失突变,具体如图1所示。
针对该差异位点设计了相应引物,即Indel分子标记,包括:HvCBF4-UP-Indel-F:GAGGCAAGCATAGACACAACACT(SEQ ID NO.1所示);HvCBF4-UP-Indel-R:CACAGATGTATCGCCCAGTCA(SEQ ID NO.2所示)。
实施例2大麦CBF4基因启动子区特异性Indel共显性分子标记引物的应用
本实施例主要将实施例1设计得到的Indel分子标记用于大麦CBF4基因的检测与鉴定,具体方法如下:
1)按照本领域的常规方式提取待测大麦基因组DNA;
2)以上述基因组DNA为模板,以所述Indel分子标记为引物进行PCR扩增,其中PCR反应体系为10μl,含2×Bioline buffer 5μl,10μM正向引物HvCBF4-UP-Indel-F 0.2μl,10μM反向引物HvCBF4-UP-Indel-R 0.2μl,DNA template 10-100ng,PCR水补齐。
Touchdown PCR反应程序:95℃变性5分钟;循环1:包含94℃变性30秒,65℃-58℃(每个循环降低0.5度)退火15秒,72度延伸15秒,共14个循环;循环2:包含94℃变性30秒,58℃退火15秒,72℃延伸15秒,共14个循环;72℃延伸3分钟,25度保存。
扩增产物在2%的琼脂糖凝胶中电泳,用凝胶成像仪扫描记录结果。
3)判定:结果如图2所示,图中“1”代表216bp条带,“2”代表143bp条带,“H”代表杂合条带,“0”代表无扩增产物。其中与参考品种Morex序列一致的CBF4基因型扩增出216bp条带,有缺失的等位基因类型扩增条带为143bp条带,杂合型的扩增条带为216bp和143bp条带。
实施例3大麦CBF4基因启动子区特异性Indel共显性分子标记引物与生长习性的关联分析
本实施例主要将实施例1设计得到的Indel分子标记与大麦生长习性进行关联分析,从而实现该分子标记的新应用,具体如下:
1)生物材料
320份来自全球33个国家的大麦种质资源,具有广泛的遗传背景。采用CTAB方法提取上述材料的基因组DNA。
2)按照实施例2的方法对基因组DNA进行PCR扩增,并进行结果分析,重复两次。
3)检测结果:320个品种中,113个无扩增条带,158个扩增出与对照品种Morex一样的条带(216bp),38个扩增出含有73bp缺失的条带(143bp),11个扩增出两条条带(216bp和143bp)(部分品种的检测结果如图2所示)。
4)大麦种质资源直立/匍匐生长习性的记载依据Zadoks(1974)的记载标准(不同生长习性大麦种质田间表现如图3所示)。结果表明,44.4%的匍匐种质中,包含缺失类型的条带,因此,有缺失类型条带(143bp或杂合型)的多为匍匐型,而无缺失类型条带(216bp)的大多为非匍匐型,即半匍匐、半直立或直立类型(部分检测结果如图4所示)。线性回归分析也表明该Indel标记与大麦的直立/匍匐生长习性显著相关,该Indel标记可以解释该性状遗传变异的24.36%。因此本发明基于CBF4基因设计的特异Indel分子标记将为大麦生长习性及株型改良提供便利,采用所述Indel分子标记即可有效对CBF4基因进行基因型选择,并实现对大麦匍匐或非匍匐性状的筛选,因此可用于大麦生长习性和株型的分子育种。
以上所述,仅为本发明较佳的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内,可轻易想到的变化或替换,都应涵盖在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 湖北省农业科学院粮食作物研究所
<120> 一种大麦CBF4基因的Indel分子标记及其应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gaggcaagca tagacacaac act 23
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cacagatgta tcgcccagtc a 21
Claims (10)
1.一种大麦CBF4基因的Indel分子标记,其特征在于,所述Indel分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1-2所示。
2.根据权利要求1所述的大麦CBF4基因的Indel分子标记,其特征在于,所述Indel分子标记是根据CBF4基因启动子上游的一个插入缺失变异设计的。
3.根据权利要求2所述的大麦CBF4基因的Indel分子标记,其特征在于,所述插入缺失变异为CBF4基因启动子上游700-610bp处的一个73bp的插入缺失变异。
4.如权利要求1-3任一项所述的Indel分子标记在扩增、检测和/或鉴定大麦CBF4基因中的应用。
5.一种大麦CBF4基因的检测方法,其特征在于,所述方法包括:提取待测DNA,采用如权利要求1所述的Indel分子标记进行PCR扩增,检测扩增产物的条带大小,其中与参考品种Morex序列一致的CBF4基因型扩增出216bp条带,有缺失的等位基因类型扩增条带为143bp条带,杂合型的扩增条带为216bp和143bp条带。
6.如权利要求1中所述的CBF4基因或如权利要求1-3任一项所述的Indel分子标记在预测或鉴定大麦直立或匍匐性状中的应用。
7.一种大麦直立或匍匐性状的检测方法,其特征在于,所述方法包括:
步骤1、提取待测大麦材料的基因组DNA;
步骤2、以步骤1提取得到的基因组DNA为模板,采用如权利要求1所述的Indel分子标记进行PCR扩增,扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测;
步骤3、观察电泳检测结果,其中当仅扩增出一条216bp的条带时,说明待测大麦材料为非匍匐性状;其中当仅扩增出一条143bp的条带或扩增出216bp和143bp两条条带时,说明待测大麦材料为匍匐性状。
8.根据权利要求7所述的检测方法,其特征在于,步骤2中所述PCR扩增的反应程序包括:
95℃变性5分钟;
循环1:包含94℃变性30秒;65℃-58℃退火15秒,其中每个循环降低0.5℃;72度延伸15秒;共14个循环;
循环2:包含94℃变性30秒;58℃退火15秒;72℃延伸15秒;共14个循环;
72℃延伸3分钟;
25度保存。
9.一种用于检测大麦直立或匍匐性状的检测试剂盒,其特征在于,所述检测试剂盒中包括如权利要求1-3任一项所述的Indel分子标记。
10.如权利要求1-3任一项所述的Indel分子标记在大麦直立或匍匐性状的分子标记辅助育种或大麦种质资源鉴定中的应用。
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---|---|---|---|---|
CN1793363A (zh) * | 2005-11-08 | 2006-06-28 | 天津师范大学 | 小麦脱水应答转录因子DREB基因cDNA序列 |
US20090265813A1 (en) * | 2005-08-31 | 2009-10-22 | Mendel Biotechnology , Inc. | Stress tolerance in plants |
CN102304587A (zh) * | 2011-09-27 | 2012-01-04 | 江苏省农业科学院 | 一种快速鉴定水稻直立穗的方法 |
CN110592264A (zh) * | 2019-10-17 | 2019-12-20 | 青岛农业大学 | 花生株型相关基因位点的分子标记方法及其应用 |
CN111690764A (zh) * | 2020-07-03 | 2020-09-22 | 浙江大学 | 一种与大麦啤酒混浊性状相关的InDel分子标记及其应用 |
-
2021
- 2021-10-13 CN CN202111190279.0A patent/CN113718054B/zh active Active
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20090265813A1 (en) * | 2005-08-31 | 2009-10-22 | Mendel Biotechnology , Inc. | Stress tolerance in plants |
CN1793363A (zh) * | 2005-11-08 | 2006-06-28 | 天津师范大学 | 小麦脱水应答转录因子DREB基因cDNA序列 |
CN102304587A (zh) * | 2011-09-27 | 2012-01-04 | 江苏省农业科学院 | 一种快速鉴定水稻直立穗的方法 |
CN110592264A (zh) * | 2019-10-17 | 2019-12-20 | 青岛农业大学 | 花生株型相关基因位点的分子标记方法及其应用 |
CN111690764A (zh) * | 2020-07-03 | 2020-09-22 | 浙江大学 | 一种与大麦啤酒混浊性状相关的InDel分子标记及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
ZHOU FANG等: "Two Genomic Regions Contribute Disproportionately to Geographic Differentiation in Wild Barley", 《GENETICS》, vol. 4, no. 7 * |
晁美丽: "东农冬麦1号抗寒性鉴定及CBF2基因克隆和表达分析", 《中国知网》 * |
Also Published As
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