CN113684299B - 一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种检测InDel位点的试剂，所述试剂用于检测InDel位点1～100中的一个或几个。本发明利用花生Tifrunner和狮头企的基因组数据，通过生物信息学分析，获取基因组中的InDel位点信息，根据InDel位点设计、合成并电泳检测验证了100个InDel标记。开发的InDel标记具有扩增结果稳定、分辨率高、共显性、可通过多种方式检测的优点，进一步丰富了花生分子标记，可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建和重要性状定位等方面。

Description

一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用
技术领域
本发明属于分子标记技术领域，具体涉及一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用。
背景技术
栽培种花生(Arachis hypogaea)是我国主要的油料与经济作物之一，在保障我国食用油和植物蛋白供给，促进农民增收方面具有重要作用。2019年我国花生种植面积为463万公顷，产量1752万吨，占世界总产量的36％，种植业产值达1200亿元(https://data.stats.gov.cn/)，在国内大宗农作物中种植业产值仅次于水稻、小麦和玉米。
伴随着基因组学和分子生物学的发展，分子标记技术已经广泛的应用于种质资源遗传多样性、品种鉴定、种质资源遗多样性、遗传图谱构建、重要性状的QTL定位、基因挖掘和辅助育种中。由于花生基因组较大、结构复杂、遗传基础狭窄，已开发的分子标记如SSR标记，遗传多态性较低，数量还太少，限制了花生功能基因挖掘的进程和分子标记技术在育种中的应用。
随着高通量测序技术的快速发展，第三代单核苷酸多态性(SNP)和插入/缺失(InDel)标记逐渐成为应用最广泛的分子标记，在植物遗传育种研究中具有广阔的应用前景。植物基因组中包含着丰富的插入/缺失变异，利用这些变异开发的InDel标记具备共显性、易于检测、重复性好、成本低的特征。
目前，利用花生基因组信息开发的InDel标记的数量还十分有限。本发明利用花生基因组信息，鉴定其中的插入/缺失变异，开发易于检测的InDel标记，不仅丰富了花生分子标记，还可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建和重要性状定位等方面。
发明内容
本发明目的是为了克服现有技术的不足，提供了一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用。本发明利用花生Tifrunner和狮头企的基因组数据，通过生物信息学分析，检测两个品种基因组间的插入/缺失变异，获取基因组中的InDel位点信息，根据InDel位点设计、合成并电泳检测验证了100个InDel标记。开发的InDel标记具有扩增结果稳定、分辨率高、共显性、可通过多种方式进行检测的优点，可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建和重要性状定位等方面。
本发明的第一个目的是提供一种用于检测InDel位点的试剂。
本发明的第二个目的是提供一种用于扩增InDel位点的分子标记引物组合。
本发明的第三个目的是提供一种用于检测花生种质鉴定的指纹图谱的InDel分子标记基因型的引物组合。
本发明的第四个目的是提供一种用于检测InDel位点的基因芯片。
本发明的第五个目的是提供一种用于检测InDel位点的试剂盒。
本发明的第六个目的是提供检测InDel位点的试剂的应用。
本发明的第七个目的是提供扩增InDel位点的引物组合和/或用于种质鉴定的指纹图谱的引物组合的应用。
本发明的第八个目的是提供检测InDel位点的基因芯片的应用。
本发明的第九个目的是提供检测InDel位点的试剂盒的应用。
为了实现上述目的，本发明是通过以下方案予以实现的：
以花生Tifrunner的基因组为参考基因组，将花生品种狮头企基因组数据过滤后的Clean reads比对到参考基因组上检测插入/缺失变异，过滤后获得了38777个InDel位点，根据凝胶电泳的分辨率进行进一步过滤后获得了4082个InDel位点，对这4082个InDel位点进行引物设计、合成和验证，筛选出3615个InDel标记。为进一步说明本发明开发的InDel标记的实用性，从开发的InDel标记中挑选了100个InDel标记对13个花生品种的进行检测，并根据检测结果进行标记多态性分析、遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果表明这100个InDel标记具有相对丰富的多态性。从100对InDel引物中挑选20对引物，构建了13个花生品种的指纹图谱。
一种检测InDel位点的试剂，所述试剂用于检测InDel位点1～100中的一个或几个，
InDel位点1位于花生基因组第1条染色体599074～599103bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示；
InDel位点2位于花生基因组第1条染色体7322798～7322810bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；
InDel位点3位于花生基因组第1条染色体30160043～30160059bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示；
InDel位点4位于花生基因组第1条染色体58639924～58639943bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示；
InDel位点5位于花生基因组第1条染色体93361071～93361111bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示；
InDel位点6位于花生基因组第2条染色体9545101～9545143bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示；
InDel位点7位于花生基因组第2条染色体62019854～62019876bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示；
InDel位点8位于花生基因组第2条染色体84652765～84652786bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:8所示；
InDel位点9位于花生基因组第2条染色体90404960～90404991bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:9所示；
InDel位点10位于花生基因组第2条染色体98396654～98396663bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:10所示；
InDel位点11位于花生基因组第3条染色体635503～635534bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:11所示；
InDel位点12位于花生基因组第3条染色体7536314～7536345bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:12所示；
InDel位点13位于花生基因组第3条染色体14578594～14578627bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:13所示；
InDel位点14位于花生基因组第3条染色体24769432～24769466bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:14所示；
InDel位点15位于花生基因组第3条染色体38105221～38105252bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:15所示；
InDel位点16位于花生基因组第4条染色体1589343～1589390bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:16所示；
InDel位点17位于花生基因组第4条染色体11142539～11142550bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:17所示；
InDel位点18位于花生基因组第4条染色体19548938～19548984bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:18所示；
InDel位点19位于花生基因组第4条染色体46340491～46340517bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:19所示；
InDel位点20位于花生基因组第4条染色体79992651～79992669bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:20所示；
InDel位点21位于花生基因组第4条染色体117138640～117138704bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:21所示；
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InDel位点25位于花生基因组第5条染色体41153241～41153253bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:25所示；
InDel标记26位于花生基因组第5条染色体101215984～101216012bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:26所示；
InDel位点27位于花生基因组第6条染色体213761～213803bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:27所示；
InDel位点28位于花生基因组第6条染色体7738896～7738938bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:28所示；
InDel位点29位于花生基因组第6条染色体16753094～16753135bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:29所示；
InDel位点30位于花生基因组第6条染色体35654432～35654450bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:30所示；
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InDel位点32位于花生基因组第7条染色体3025357～3025367bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:32所示；
InDel位点33位于花生基因组第7条染色体14408066～14408085bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:33所示；
InDel位点34位于花生基因组第7条染色体37163220～37163230bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:34所示；
InDel位点35位于花生基因组第7条染色体65094718～65094743bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:35所示；
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InDel位点39位于花生基因组第8条染色体36817509～36817521bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:39所示；
InDel位点40位于花生基因组第8条染色体44121877～44121892bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:40所示；
InDel位点41位于花生基因组第8条染色体51312888～51312911bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:41所示；
InDel位点42位于花生基因组第9条染色体900875～900936bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:42所示；
InDel位点43位于花生基因组第9条染色体4960082～4960095bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:43所示；
InDel位点44位于花生基因组第9条染色体10690185～10690210bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:44所示；
InDel位点45位于花生基因组第9条染色体45597466～45597500bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:45所示；
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InDel位点47位于花生基因组第10条染色体721938～721975bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:47所示；
InDel位点48位于花生基因组第10条染色体4906086～4906097bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:48所示；
InDel位点49位于花生基因组第10条染色体15089116～15089147bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:49所示；
InDel位点50位于花生基因组第10条染色体100687174～100687189bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:50所示；
InDel位点51位于花生基因组第10条染色体116836413～116836426bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:51所示；
InDel位点52位于花生基因组第11条染色体283209～283218bp处，缺失核苷酸序列为SEQ ID NO:52所示的片段；
InDel位点53位于花生基因组第11条染色体13257880～13257926bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:53所示；
InDel位点54位于花生基因组第11条染色体40843250～40843299bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:54所示；
InDel位点55位于花生基因组第11条染色体133477886～133477902bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:55所示；
InDel位点56位于花生基因组第11条染色体148909217～148909247bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:56所示；
InDel位点57位于花生基因组第12条染色体1220578～1220588bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:57所示；
InDel位点58位于花生基因组第12条染色体7749235～7749247bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:58所示；
InDel位点59位于花生基因组第12条染色体93622076～93622088bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:59所示；
InDel位点60位于花生基因组第12条染色体105273193～105273212bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:60所示；
InDel位点61位于花生基因组第12条染色体116578269～116578281bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:61所示；
InDel位点62位于花生基因组第13条染色体29567254～29567263bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:62所示；
InDel位点63位于花生基因组第13条染色体92058283～92058308bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:63所示；
InDel位点64位于花生基因组第13条染色体126582184～126582199bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:64所示；
InDel位点65位于花生基因组第13条染色体145260333～145260358bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:65所示；
InDel位点66位于花生基因组第14条染色体749582～749601bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:66所示；
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InDel位点68位于花生基因组第14条染色体101025687～101025698bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:68所示；
InDel位点69位于花生基因组第14条染色体113335926～113335965bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:69所示；
InDel位点70位于花生基因组第14条染色体140139380～140139426bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:70所示；
InDel位点71位于花生基因组第15条染色体7469475～7469493bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:71所示；
InDel位点72位于花生基因组第15条染色体26539988～26540001bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:72所示；
InDel位点73位于花生基因组第15条染色体121908908～121908918bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:73所示；
InDel位点74位于花生基因组第15条染色体139761848～139761869bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:74所示；
InDel位点75位于花生基因组第15条染色体159743019～159743054bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:75所示；
InDel位点76位于花生基因组第16条染色体656032～656041bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:76所示；
InDel位点77位于花生基因组第16条染色体10539748～10539757bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:77所示；
InDel位点78位于花生基因组第16条染色体26102229～26102240bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:78所示；
InDel位点79位于花生基因组第16条染色体148647104～148647124bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:79所示；
InDel位点80位于花生基因组第17条染色体1048493～1048511bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:80所示；
InDel位点81位于花生基因组第17条染色体12616089～12616102bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:81所示；
InDel位点82位于花生基因组第17条染色体22754495～22754513bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:82所示；
InDel位点83位于花生基因组第17条染色体133969103～133969121bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:83所示；
InDel位点84位于花生基因组第18条染色体1447215～1447237bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:84所示；
InDel位点85位于花生基因组第18条染色体10673810～10673835bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:85所示；
InDel位点86位于花生基因组第18条染色体38060957～38060998bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:86所示；
InDel位点87位于花生基因组第18条染色体117764644～117764665bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:87所示；
InDel位点88位于花生基因组第18条染色体134875101～134875113bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:88所示；
InDel位点89位于花生基因组第19条染色体91738～91757bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:89所示；
InDel位点90位于花生基因组第19条染色体10430056～10430069bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:90所示；
InDel位点91位于花生基因组第19条染色体105532278～105532311bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:91所示；
InDel位点92位于花生基因组第19条染色体153518580～153518596bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:92所示；
InDel位点93位于花生基因组第19条染色体159077765～159077781bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:93所示；
InDel位点94位于花生基因组第20条染色体1619728～1619758bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:94所示；
InDel位点95位于花生基因组第20条染色体17589342～17589356bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:95所示；
InDel位点96位于花生基因组第20条染色体17868923～17868974bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:96所示；
InDel位点97位于花生基因组第20条染色体36913922～36913948bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:97所示；
InDel位点98位于花生基因组第20条染色体37613378～37613393bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:98所示；
InDel位点99位于花生基因组第20条染色体143953254～143953264bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:99所示；
InDel位点100位于花生基因组第20条染色体144577785～144577796bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:100所示；
所述花生基因组为PeanutBase数据库Tifrunner基因组1.0版本。
优选地，所述检测InDel位点的试剂，包含核苷酸序列如SEQ ID NO:101～300所示的分子标记引物组合的任意一对或几对的组合。
一种用于扩增所述InDel位点的分子标记引物组合，其核苷酸序列如SEQ ID NO:101～300所示。
所述用于扩增InDel位点1～100对应的分子标记的引物组合核苷酸序列如表1所示：
表1用于扩增InDel位点1～100对应的分子标记的引物组合的核苷酸序列编号
一种用于检测花生种质指纹图谱的InDel位点基因型的分子标记引物组合，含有以下20对引物：SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:110、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:114、SEQ IDNO:129、SEQ ID NO:130、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:140、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:152、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:156、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:170、SEQ ID NO:175、SEQ IDNO:176、SEQ ID NO:191、SEQ ID NO:192、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:230、SEQ IDNO:237、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:248、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:285、SEQ IDNO:286、SEQ ID NO:287和SEQ ID NO:288所示核苷酸序列。
一种检测InDel位点的基因芯片，包含上述检测InDel位点的试剂。
一种检测InDel位点的试剂盒，包含上述检测InDel位点的试剂。
所述检测InDel位点的试剂在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性分析中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定和保护中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用；
在花生重要性状基因定位中的应用；
在花生分子育种中的应用。
所述分子标记引物组合在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性分析中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定和保护中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用；
在花生重要性状基因定位中的应用；
在花生分子育种中的应用。
所述检测InDel位点的基因芯片在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性分析中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定和保护中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用；
在花生重要性状基因定位中的应用；
在花生分子育种中的应用。
所述检测InDel位点的试剂盒在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性分析中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定和保护中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用；
在花生重要性状基因定位中的应用；
在花生分子育种中的应用。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
提供了一种基于花生基因组的InDel位点开发方法、引物组合和应用，开发的InDel标记分布于花生基因组的20条染色体上，具有扩增结果稳定、分辨率高、共显性、可通过多种方式进行检测的优点，进一步丰富了花生的分子标记，可以广泛的应用于花生资源的遗传多样性分析、品种鉴定和保护、杂交后代鉴定、DNA指纹图谱及遗传连锁图谱的构建、重要性状定位等方面，有助于打击假冒伪劣种子、保护育种家和农民的合法权益，还能够促进花生育种水平和产业的发展。
附图说明
图1为花生InDel标记开发流程示意图。
图2为花生InDel标记在花生基因组上的分布，其中A表示染色体，B表示InDel标记在染色体上的分布，C表示缺失型InDel标记的分布，D表示插入型InDel标记的分布。
图3为13个花生品种的遗传距离聚类图。
具体实施方式
下面结合说明书附图和具体实施例对本发明作出进一步地详细阐述，所述实施例只用于解释本发明，并非用于限定本发明的范围。下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料。
实施例1花生InDel的鉴定和标记开发
1、花生基因组数据的获取
从花生数据库(https://peanutbase.org/)中下载Tifrunner的基因组作为参考基因组，从NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)中下载狮头企的测序数据(SRA号：SRR7617991)。
2、花生基因组中InDel标记的鉴定
如图1所示，首先使用Fastp软件对获得的狮头企重测序数据进行质控获得Cleanreads，然后以Tifrunner的基因组作为参考基因组，使用BWA软件中mem程序将Cleanreads比对到参考基因组上，然后使用smtools软件进行数据格式转换，排序并去除标记PCR重复序列，然后使用GATK软件进行变异检测和过滤，获得了38777个InDel位点，然后筛选插入或缺失片段的长度≥10bp的InDel位点，获得了4082个候选的InDel位点。
3、花生Indel标记引物设计和验证
如图1所示，使用Primer3.0软件对这4082个InDel位点进行引物设计，引物退火温度为50～65℃，PCR产物大小为100～500bp，引物长度为18～24nt，CG含量为40％～60％，从而避免引物产生二聚体结构、发夹结构和引物错配；
上述操作共获得了3800对引物，对这些引物在如表2所示的13个花生品种中进一步进行PCR扩增和检测，筛选出3615个具有多态性的InDel标记。如图1所示，为花生InDel标记开发流程示意图。
PCR反应体系为PCR混合液20μL，其中2×EasyTaq PCR SuperMix 10μL，上述每对引物各1μL(使用浓度为10μM)，模板DNA 2μL，ddH2O 6μL。PCR反应扩增程序为94℃预变性3min；94℃45s，55℃40s，72℃1min，35个循环；72℃10min。
如图2和表3所示，3615个InDel标记在花生基因组上均匀分布，其中缺失型InDel标记为2563个(70.9％)，插入型InDel标记为1052个(29.1％)，InDel标记在20条染色体上的密度为1.07～2.43个/Mb。
表2花生品种信息
序号 品种 序号 品种
1 狮头企 8 闽花6
2 伏花生 9 豫花23
3 小白沙 10 Sunoleic95
4 鲁花11 11 辽宁四粒红
5 海花1号 12 远杂9102
6 汕油27 13 徐州68-4
7 中花16
表3花生InDel标记信息统计
实施例2利用花生InDel标记进行种质分析
1.InDel标记的多态性分析
通过聚丙烯凝胶电泳法，用实施例1得到的3615个InDel标记对应的引物，对表2所示的13个花生品种进行检测。
(1)利用InDel标记设计合成普通引物，再采用聚丙烯凝胶电泳法分析。
具体步骤为：PCR产物中加入1/2体积的变性剂，混匀后，95℃变性5min，立即置于冰上冷却，然后取2μL产物使用6％的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，硝酸银染色，显影，扫描保存。
(2)整理实验数据。
得到了花生InDel标记在13个花生品种扩增情况。进一步确定了100个InDel标记，这100个InDel标记在分布在基因组20条染色体上且多态性好。这100个花生InDel标记在花生基因组上的位置及对应的引物编号如表4所示。表5为100个花生InDel标记在13个花生品种扩增情况。表5中与Tifrunner扩增片段长度相同的记为“0”，不同的记为“1”，无扩增条带的记为“.”。
得到的100个InDel标记的多态性如表6所示。可以看出这100个InDel标记主等位基因频率范围为0.5000～1.0000，等位基因数为1～3个，基因的多样性范围为0.0000～0.5000，平均为0.3160，杂合度平均为0.1341，PIC指数为0～0.3750，平均为0.2550，表明这100个InDel标记具有较丰富的多态性。
表4 100个花生InDel标记在花生基因组上的位置及对应的引物编号
表5 100个花生InDel标记在13个花生品种扩增情况
表6 100个InDel标记的多态性
2.InDel标记遗传多样性分析
利用PowerMarker V3.25计算获得遗传距离(Nei’s，1972)，结合MEGA V6.0分析软件，对13份花生品种根据遗传距离进行聚类。如图3所示，可以看出13个花生品种的遗传距离较近，其中辽宁四粒红与其他种质的遗传距离最远，这13个花生品种进一步可以分为3类，第一类群包括海花1号、徐州68-4、伏花生、鲁花11、中花16、Sunoleic95、豫花23和远杂9102共8个品种；第二类群包括闽花6、汕油27、狮头企和小白沙共4个品种；第三类群为辽宁四粒红；聚类结果与花生系谱基本一致。
3.InDel标记指纹图谱分析
从上述100对引物中确定了20对引物，其对应的20个InDel标记均匀分布于花生20条染色体上且多态性好。这20对引物在聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳中均可检测到、扩增条带清晰且杂合度低，可用于指纹图谱构建。这20个InDel位点的编号如表8所示，相应20个InDel位点在花生基因组上的位置及对应的引物编号参照表7。
首先合成带有荧光基团的引物，进一步采用毛细管电泳法分析。
具体步骤为：取700μL的甲酰胺加3～10μL的LIZ500内参混匀，每孔加7μL的混合液和1μL稀释过的三色PCR产物，使用ABI3730进行检测，使用GeneMarker2.2读取数据。
整理得到表8所示数据。
表8为通过这20个InDel标记构建的13个花生品种的指纹图谱，可以综合每个花生品种在20个InDel标记的PCR扩增片段长度，与Tifrunner相应扩增片段长度比较，可以区分这13个花生品种。
表7 20个花生InDel标记在花生基因组上的位置及对应的引物编号
最后所应当说明的是，以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非对本发明保护范围的限制，对于本领域的普通技术人员来说，在上述说明及思路的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动，这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，均应包含在本发明权利要求的保护范围之内。
序列表
<120> 一种基于花生基因组的InDel标记、引物组合和应用
<160> 300
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ggaatgttga ttatgtatat agtaacaaga t 31
<210> 2
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ttaattctaa taaa 14
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
gtgcttgttg atgaagct 18
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tagagtttca attcagactc c 21
<210> 5
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tttgctccaa tttaaaagaa atcaactgcc acctgcactt aa 42
<210> 6
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
aatgtcgccg gtttcaggaa cgaatataca ttgtgccgct agat 44
<210> 7
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
gacacgtgcc ctacacgtac acgt 24
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
tggtccgcgt agcctactgg acc 23
<210> 9
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ttaaaccagc aataaataag caataaccag caa 33
<210> 10
<211> 11
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
caaagcaaat a 11
<210> 11
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
tttggtctcc aattaaacat acccttagag tta 33
<210> 12
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gtagagagag agataggggt tgtcagtgtc tat 33
<210> 13
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
ggagtctaaa tacaacccct ataaaaatgc gtccc 35
<210> 14
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
cactcgtcat ggacgattgc acaagtagcg accatg 36
<210> 15
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
cgactgagcc acatgaagag taccagattg tgt 33
<210> 16
<211> 49
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
cactctagtt tgtagtcgtt actatagttt gaacgtatga aatcgacat 49
<210> 17
<211> 13
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tcatttaaat tta 13
<210> 18
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
ctctaattcc ctggtgtcta ctgacgaagc tcagtcttca ggagccat 48
<210> 19
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
ccgtaactcg caaagccata tgcaaaga 28
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
caatacgaga tacaacacag 20
<210> 21
<211> 66
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
ctaaactccg atagttctag gaaaaaactt ttatggcgaa ttaaaggaaa ggaataaaga 60
aggaaa 66
<210> 22
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
acttcgagcc ggatt 15
<210> 23
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
gagtggatat ggataattgt gctt 24
<210> 24
<211> 38
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
cttgatatat tagagagcta aatgctcaaa tacttaag 38
<210> 25
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
tgctaaagtc tttg 14
<210> 26
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
tattaccttg attatctcat tgcaatggca 30
<210> 27
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
tcacgtgcag tcgactgcag gtgaagttgt ttctagatgg ctga 44
<210> 28
<211> 44
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
ctcgaacagt gcacaagacg agattcgaac tccggacact tgct 44
<210> 29
<211> 43
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
taacacacct ttcacgtgtt ggccaagatg ctgtcacgtg tcc 43
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
tcattagact tgctgctata 20
<210> 31
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
agtacttaga ctttt 15
<210> 32
<211> 12
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
cacaagaaag ct 12
<210> 33
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
acgctattcc aataaataac t 21
<210> 34
<211> 12
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
gttgagtgtt at 12
<210> 35
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
atgttgttgt tttaattttt atttatt 27
<210> 36
<211> 10
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
tatgtgaata 10
<210> 37
<211> 47
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
gtagagcagt caaatagaac taaaaaccaa tttaaagaac atagtaa 47
<210> 38
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
taatacttaa actacac 17
<210> 39
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
tgaatctact cacg 14
<210> 40
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
tttactccac aaattaa 17
<210> 41
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
taaagagaac aattcatacc ataac 25
<210> 42
<211> 63
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
tttatgactt catttgttgt tatcacatta tttagtactt cctgaaatta ctgtccattg 60
aaa 63
<210> 43
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
ggacagaaca tcctc 15
<210> 44
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
ggaggcgagg gccgatcaga ccttcga 27
<210> 45
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 45
aatacatgct tccctctttc tgggtgctgg gtgttt 36
<210> 46
<211> 11
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 46
gttctatgat t 11
<210> 47
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 47
agcctagcta gctttttgta tgtatatata tgcatgatt 39
<210> 48
<211> 13
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 48
tctgtcgtcg ttc 13
<210> 49
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 49
tcatgactca tcacatcacg tggtatcagt ctc 33
<210> 50
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 50
tgaacggcaa agcggaa 17
<210> 51
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 51
ctcatctatc aatct 15
<210> 52
<211> 11
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 52
gctcttgatt a 11
<210> 53
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 53
agagagagac ttcaccgtga gagagactga gagagaggac gttgagct 48
<210> 54
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 54
gcgtgacacg ctggcaccag cgtgtcacgc cctcttgaat cttgattagg a 51
<210> 55
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 55
gtcacctccg tcacctta 18
<210> 56
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 56
aatgtataaa tttattgtag cgtgacgaaa at 32
<210> 57
<211> 12
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 57
cctccgcctc tg 12
<210> 58
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 58
ttctgagtta caac 14
<210> 59
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 59
agagtctcga atag 14
<210> 60
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 60
gacggtgcag gtttagcgga t 21
<210> 61
<211> 14
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 61
atgtactcta tccg 14
<210> 62
<211> 11
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 62
ttcaagagtc g 11
<210> 63
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 63
aaagaaatgg gaaaggagta caaatag 27
<210> 64
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 64
ggttaagggg attttta 17
<210> 65
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 65
gctggtacct ctaattcaca caaatac 27
<210> 66
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 66
aaatagttac ttgtttgcac g 21
<210> 67
<211> 11
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 67
tcaagaagca c 11
<210> 68
<211> 13
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 68
gacgacaacg aca 13
<210> 69
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 69
caaaatataa atcctcaaag atttatttat tactttaccc t 41
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<211> 48
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 70
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 74
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 189
tgcgtggcat gtgtatctca 20
<210> 190
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 190
tgcagttttc gacggttcag 20
<210> 191
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 191
tctaggggtt ttctgggggt 20
<210> 192
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 192
acagaaaaac gctaaaagcc ct 22
<210> 193
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 193
tggtccagtg aataggatta acca 24
<210> 194
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 194
tgcttgttct catggcagtg 20
<210> 195
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 195
tgttgatggc aatgttggag a 21
<210> 196
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 196
aggtcgcctc atgttttcgt 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 197
acgcgtacag gtacagtgaa 20
<210> 198
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 198
cctgggctcc tgctatgaag 20
<210> 199
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 199
ttagcgacgc tgatgtgtgt 20
<210> 200
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 200
gtgtgattat tcgtccgcgc 20
<210> 201
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 201
acatcattgc aggtcacgag a 21
<210> 202
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 202
agagtttacc caccacacat ga 22
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 203
actgctgcac tgggtattca 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 204
aggtgctatt ggtccacaca 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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agcacttccc atagcaccac 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 206
catcgttcct ctccccatcg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 207
gggggcttcc atcttgtgaa 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 208
catgtgcaag tagggcatgc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 209
atcgttcctc ctctcctccc 20
<210> 210
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gcggggtgag tgtcttgtta 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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taagcaagtg tcgggggttc 20
<210> 212
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 212
ttcacgtgaa gtcgactgca 20
<210> 213
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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caccagcaag ttttgggagc 20
<210> 214
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 214
cttgagctct ccccaagtgg 20
<210> 215
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 215
tgccaaagct cttaactgca 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 216
tcttacatcg ctgccacgac 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 217
cctctcactg gcggagtttt 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 218
ctaccagtga gaggaggcct 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 219
ttggcatagt ggatcgaccc 20
<210> 220
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ttctcgtcac cgtcctctct 20
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 221
tggatgatga actagggtgc g 21
<210> 222
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 222
gaattggcaa ccctacccga 20
<210> 223
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 223
tgcacggttg tcatacctcc 20
<210> 224
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 224
caggtcgtcg aaacaggtga 20
<210> 225
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 225
cgcgtatagt gaggcttgct 20
<210> 226
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 226
gaaagcgcca aactaagggc 20
<210> 227
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 227
accttggcgg gaaaagctta 20
<210> 228
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 228
gaggatgaac cctagtgaag ct 22
<210> 229
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 229
aagggttcta aggcttcggc 20
<210> 230
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 230
gacctggtcc tcttcaagca 20
<210> 231
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 231
gggacgattc aagagacgtg t 21
<210> 232
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 232
ccatgtttgt aagcgtgcca 20
<210> 233
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 233
agccatatct cagcacgctc 20
<210> 234
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 234
ccccaagggc agagaaagag 20
<210> 235
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 235
cggctagatc gtcaggaacc 20
<210> 236
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 236
cttgcgcgcc ggtattattt 20
<210> 237
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 237
cgttcaggtg tgtccgaaga 20
<210> 238
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 238
agaaactcac ccaaacaagc t 21
<210> 239
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 239
ggcaccgata cctttcaacc 20
<210> 240
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 240
ccagcgtcca ccgtacaata 20
<210> 241
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 241
gcgagttgtg tccctcagaa 20
<210> 242
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 242
tcggaccatg cgagttcttt 20
<210> 243
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 243
aagtgagcac gggcattctt 20
<210> 244
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 244
ccggttccat catcacttcg a 21
<210> 245
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 245
caccatcctt gtccggaaca 20
<210> 246
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 246
tgttgagggt ttctggcctg 20
<210> 247
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 247
aaacagaacg cgttttgggg 20
<210> 248
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 248
agtggcgaag gatccaaagg 20
<210> 249
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 249
atccacatgg cccattcgtt 20
<210> 250
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 250
gccaagagag catcccttgt 20
<210> 251
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 251
gttaggggcc actctcaacc 20
<210> 252
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 252
tctcaatctc tcagtctctg tttca 25
<210> 253
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 253
tgcaagccca acacagtaca 20
<210> 254
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 254
gtggctcaag gtacaggaca 20
<210> 255
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 255
tcgcactttc actcaaaagg a 21
<210> 256
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 256
ctggataagc tgggttgcca 20
<210> 257
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 257
tgttggtggg ctttggagtt 20
<210> 258
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 258
aaccccaccc attttccgaa 20
<210> 259
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 259
ttcgtcgcgt atctgagctc 20
<210> 260
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 260
gtcaactcac tcgtccgctt 20
<210> 261
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 261
gcagcctttt gtctccctct 20
<210> 262
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 262
gtgtggcgca cttgtcaaat 20
<210> 263
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 263
catgcagttc atgtagttgc taact 25
<210> 264
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 264
ttagagaggt gcgcaactgg 20
<210> 265
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 265
gtcctcttgt cagttgggca 20
<210> 266
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 266
atgccacgtg tgactgacat 20
<210> 267
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 267
tgctgttgtg tgatttcttc gt 22
<210> 268
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 268
agacaggggt tgatgtgtct 20
<210> 269
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 269
gcgcgtgtaa tcaacgtacc 20
<210> 270
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 270
aagaagaaag ggcgcgagtt 20
<210> 271
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 271
gcggtggctc ttcgattaga 20
<210> 272
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 272
gtgcacgaaa ctagttccgc 20
<210> 273
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 273
cccaaatccc atcccatccc 20
<210> 274
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 274
ccctttctca tgcccctctc 20
<210> 275
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 275
ccaatcctac catgccctcc 20
<210> 276
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 276
ggtggatgtc tcgaccaaga 20
<210> 277
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 277
aggtagccgt actggaaggt 20
<210> 278
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 278
cgaaatcaaa tacagtccta cacac 25
<210> 279
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 279
tggcgcaccc tacaaattca 20
<210> 280
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 280
atgtgcaccc aaggttcgaa 20
<210> 281
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 281
gcccatggcc agtataggac 20
<210> 282
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 282
ccaatcatgg tctttggccc 20
<210> 283
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 283
gaggtgactg gtcgaagtgg 20
<210> 284
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 284
tcaagggtca ctgggtcaga 20
<210> 285
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 285
agctggcatg catctgaact 20
<210> 286
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 286
caaccaatag ggcacgacct 20
<210> 287
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 287
aacacgcctc agatgacacc 20
<210> 288
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 288
tacggttgga ctggttggac 20
<210> 289
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 289
ggttagaccg gttggaccag 20
<210> 290
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 290
gtccaaagac ttgaaggacc t 21
<210> 291
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 291
ccaccttctt caccacctcc 20
<210> 292
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 292
aggtggtgaa aagagcggtt 20
<210> 293
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 293
tgtagatgca tgaaacgacg a 21
<210> 294
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 294
tggacaatcc aggctttaca a 21
<210> 295
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 295
aggagttgct tgcagtggtt 20
<210> 296
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 296
taagccccta aggtcgagct 20
<210> 297
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 297
ccagatgaga ggtcccagga 20
<210> 298
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 298
tgcagagtct aaacccgcaa 20
<210> 299
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 299
tggagagctg aaaatgcaaa gc 22
<210> 300
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 300
ggccacaact gagataggca 20

Claims (9)

1.一种检测InDel位点的试剂的应用，其特征在于，所述试剂用于检测以下InDel位点，
InDel位点5位于花生基因组第1条染色体93361071～93361111bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示；
InDel位点7位于花生基因组第2条染色体62019854～62019876bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:7所示；
InDel位点15位于花生基因组第3条染色体38105221～38105252bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:15所示；
InDel位点20位于花生基因组第4条染色体79992651～79992669bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:20所示；
InDel标记26位于花生基因组第5条染色体101215984～101216012bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:26所示；
InDel位点28位于花生基因组第6条染色体7738896～7738938bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:28所示；
InDel位点35位于花生基因组第7条染色体65094718～65094743bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:35所示；
InDel位点38位于花生基因组第8条染色体34520855～34520870bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:38所示；
InDel位点46位于花生基因组第9条染色体120483318～120483327bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:46所示；
InDel位点48位于花生基因组第10条染色体4906086～4906097bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:48所示；
InDel位点56位于花生基因组第11条染色体148909217～148909247bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:56所示；
InDel位点59位于花生基因组第12条染色体93622076～93622088bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:59所示；
InDel位点65位于花生基因组第13条染色体145260333～145260358bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:65所示；
InDel位点69位于花生基因组第14条染色体113335926～113335965bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:69所示；
InDel位点74位于花生基因组第15条染色体139761848～139761869bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:74所示；
InDel位点77位于花生基因组第16条染色体10539748～10539757bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:77所示；
InDel位点80位于花生基因组第17条染色体1048493～1048511bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:80所示；
InDel位点84位于花生基因组第18条染色体1447215～1447237bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:84所示；
InDel位点93位于花生基因组第19条染色体159077765～159077781bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:93所示；
InDel位点94位于花生基因组第20条染色体1619728～1619758bp处，缺失核苷酸序列如SEQ ID NO:94所示；
所述花生基因组为PeanutBase数据库Tifrunner基因组1.0版本；
所述应用为以下的一个或几个：
在花生遗传多样性鉴定中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用。
2.根据权利要求1所述应用，其特征在于，所述试剂为基因芯片。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述试剂含有以下20对引物：SEQ IDNO:109和SEQ ID NO:110；SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:114；SEQ ID NO:129和SEQ ID NO:130；SEQ ID NO:139和SEQ ID NO:140；SEQ ID NO:151和SEQ ID NO:152；SEQ ID NO:155和SEQ ID NO:156；SEQ ID NO:169和SEQ ID NO:170；SEQ ID NO:175和SEQ ID NO:176；SEQID NO:191和SEQ ID NO:192；SEQ ID NO:195和SEQ ID NO:196；SEQ ID NO:211和SEQ IDNO:212；SEQ ID NO:217和SEQ ID NO:218；SEQ ID NO:229和SEQ ID NO:230；SEQ ID NO:237和SEQ ID NO:238；SEQ ID NO:247和SEQ ID NO:248；SEQ ID NO:253和SEQ ID NO:254；SEQ ID NO:259和SEQ ID NO:260；SEQ ID NO:267和SEQ ID NO:268；SEQ ID NO:285和SEQID NO:286；SEQ ID NO:287和SEQ ID NO:288所示核苷酸序列。
4.一种用于检测花生种质指纹图谱的InDel位点基因型的分子标记引物组合，其特征在于，含有以下20对引物：SEQ ID NO:109和SEQ ID NO:110；SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:114；SEQ ID NO:129和SEQ ID NO:130；SEQ ID NO:139和SEQ ID NO:140；SEQ ID NO:151和SEQ ID NO:152；SEQ ID NO:155和SEQ ID NO:156；SEQ ID NO:169和SEQ ID NO:170；SEQID NO:175和SEQ ID NO:176；SEQ ID NO:191和SEQ ID NO:192；SEQ ID NO:195和SEQ IDNO:196；SEQ ID NO:211和SEQ ID NO:212；SEQ ID NO:217和SEQ ID NO:218；SEQ ID NO:229和SEQ ID NO:230；SEQ ID NO:237和SEQ ID NO:238；SEQ ID NO:247和SEQ ID NO:248；SEQ ID NO:253和SEQ ID NO:254；SEQ ID NO:259和SEQ ID NO:260；SEQ ID NO:267和SEQID NO:268；SEQ ID NO:285和SEQ ID NO:286；SEQ ID NO:287和SEQ ID NO:288所示核苷酸序列。
5.一种检测权利要求1中所述InDel位点的基因芯片，其特征在于，包含权利要求3所述的分子标记引物组合。
6.一种检测权利要求1中所述InDel位点的试剂盒，其特征在于，包含权利要求3所述的分子标记引物组合。
7.权利要求4中所述的分子标记引物组合在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性鉴定中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用。
8.权利要求5中所述的基因芯片在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性鉴定中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用。
9.权利要求6中所述的试剂盒在以下一种或几种的应用：
在花生遗传多样性鉴定中的应用；
在花生DNA指纹图谱构建中的应用；
在花生品种鉴定中的应用；
在花生遗传图谱构建中的应用；
在花生杂交后代鉴定中的应用。
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