CN113637751A - Tnfaip3非编码序列突变检测试剂在制备预测t细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用 - Google Patents
Tnfaip3非编码序列突变检测试剂在制备预测t细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。是基于本发明发明人首次发现TCL患者外周血中TNFAIP3非编码序列突变情况与TCL患者的预后相关。当发生TNFAIP3非编码序列突变时,表明TCL患者临床预后好的可能性较大。TNFAIP3非编码序列突变情况对于TCL患者的预后判断和临床治疗方案的制定具有重要的指导意义,可为TCL患者的应用靶向药物提供更多的临床预后研究资料,具有广阔的应用前景。
Description
技术领域
本发明属于生物医学领域,特别涉及TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。
背景技术
T细胞淋巴瘤(T-cell lymphoma,TCL)起源于淋巴母细胞或成熟T细胞。这种疾病仅占非霍奇金淋巴瘤的10-15%,可进一步细分为许多相对罕见的亚型。与B细胞淋巴瘤患者相比,TCL患者的预后往往较差。目前,基于国际预后指数(international prognosisindex,IPI)的危险分层在预测TCL患者的预后方面取得了重大进展,这种精准化的危险分层可以为临床决策提供重要的参考,从而改善患者的预后。然而,基于IPI的危险分层仍不能对所有TCL患者的预后进行精准预测。因此,需要进一步探索改善TCL危险分层的新型生物标志物。
细胞内泛素编辑蛋白肿瘤坏死因子α诱导蛋白3(tumor necrosis factor alphainducing protein 3,TNFAIP3),也称为A20,通过肿瘤坏死因子和Toll样受体在多种途径中负调控NF-κB的活性。TNFAIP3基因位点位于染色体6q23,其缺失常发生于B细胞淋巴瘤,尤其是结外边缘区B细胞淋巴瘤和弥漫性大B细胞淋巴瘤。此外,之前的一些研究表明,TNFAIP3缺失常见于皮肤T细胞淋巴瘤和NK-T细胞淋巴瘤。但是,多个研究中心探讨了NK-T细胞淋巴瘤患者中TNFAIP3缺失的预后价值,发现其结果相互矛盾。在我们之前的研究中,在T细胞肿瘤中发现了TNFAIP3的非编码序列(non-coding sequence,non-CDS)区域发生了突变。然而,TNFAIP3的non-CDS突变对TCL患者的预后方面的评估仍然缺乏。
发明内容
本发明的首要目的在于克服现有技术的缺点与不足,提供TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。当检测到TNFAIP3非编码序列突变时,表明TCL患者的预后良好可能性大,可以作为预测TCL患者预后评估的指标。
本发明的另一目的在于提供一种预测T细胞淋巴瘤预后的试剂盒。
本发明的目的通过下述技术方案实现:
TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用,是基于本发明的发明人首次发现TCL患者外周血单个核细胞中TNFAIP3非编码序列突变情况与T细胞淋巴瘤患者的预后相关。
在所述的应用中,通过检测临床患者的外周血单个核细胞中TNFAIP3非编码序列突变情况,从而预测T细胞淋巴瘤预后。
进一步地,所述的突变的区域为如下区域的至少一个区域或多个区域的组合:
1)TNFAIP3基因5′-UTR的部分或全部区域;
2)TNFAIP3基因3′-UTR的部分或全部区域;
3)TNFAIP3基因内含子的部分或全部区域。
更进一步地,所述的突变的区域为TNFAIP3基因如下六个位点的至少一个位点或多个位点的组合:g.3918、g.3637、g.3869、g.13751、g.14244、g.11822。
更进一步地,所述的突变为如下突变情况的至少一种情况或多种情况的组合:g.3918C>T突变、g.3637T>A突变、g.3869C>G、g.13751A>C突变、g.14244C>T突变、g.11822T>C突变。
所述的预测具体指:
①当TNFAIP3非编码序列有突变时,TCL患者临床预后良好的可能性较大;
②当TNFAIP3非编码序列无突变时,TCL患者临床预后差的可能性较大。
所述的预后良好是指当TNFAIP3非编码序列有突变时,TCL患者的总体生存率大于83%;
所述的预后差是指当TNFAIP3非编码序列无突变时,TCL患者的总体生存率小于44%。
一种预测T细胞淋巴瘤预后的试剂盒,包括用于扩增包含TNFAIP3基因非编码序列的序列的引物中的一组或多组引物的组合。
进一步地,所述的试剂盒包括如下用于扩增TNFAIP3基因5′-UTR启动子序列片段的引物、用于扩增TNFAIP3基因3′-UTR序列片段的引物和用于扩增TNFAIP3基因外显子和内含子序列片段的引物中的一组或多组引物的组合:
(1)用于扩增TNFAIP3基因5′-UTR启动子序列片段的引物:
Promoter(g.2933-3687)(F):5'-TTTACAAAGGAGCACCAGCAGGAGA-3';
Promoter(g.2933-3687)(R):5'-ATTACATTTAAGAATACTTGTCAGG-3';
Promoter(g.3568-4249)(F):5'-AAGTGCCACCCTCCATCC-3';
Promoter(g.3568-4249)(R):5'-AGCGGTGACAGCCTTTGG-3';
Promoter(g.4110-4744)(F):5'-GGTGAGTGTTGTTCTGATTC-3';
Promoter(g.4110-4744)(R):5'-TCACGTGACTCTCTGGGTCG-3';
(2)用于扩增TNFAIP3基因3′-UTR序列片段的引物:
3’-UTR(g.18828-19347)(F):5'-CAACGGCTACTGCAACGAAT-3';
3’-UTR(g.18828-19347)(R):5'-CTCGCTGCCATGAGGATCT-3';
3’-UTR(g.19272-19787)(F):5'-GAGAAGCCAGAGCCATTCCACCT-3';
3’-UTR(g.19272-19787)(R):5'-GCTCATGCCCCAACAACAACCA-3';
3’-UTR(g.19717-20407)(F):5'-GCTGCCCTAGAAGTACAATA-3';
3’-UTR(g.19717-20407)(R):5'-GACAGCAACCACAAAGCACAC-3';
3’-UTR(g.20455-20938)(F):5'-CCCAGAGATAAAGGCTGCCAT-3';
3’-UTR(g.20455-20938)(R):5'-GGAAGCACAGTCTTAATATC-3';
(3)用于扩增TNFAIP3基因外显子和内含子序列片段的引物:
Exon2(F):5'-GGAGTCGTATTAAAGTCAGGCTAA-3';
Exon2(R):5'-GGCAAAAGAAACACAACAGAAC-3';
Exon3(F):5'-TTGCTGGGTCTTACATGCAG-3';
Exon3(R):5'-CCCACCATGGAGCTCTGTTA-3';
Exon4(F):5'-GGGAGTACAGGATACATTCAAGC-3';
Exon4(R):5'-GCTGAAAGCATTTAAGTACAGATCC-3';
Exon5(F):5'-ACCTAAGGGCCTCATTTTCC-3';
Exon5(R):5'-AGCAAAAAGGAAAACCCTGA-3';
Exon6(F):5'-TGAGATCTACTTACCTATGGCCTTG-3';
Exon6(R):5'-CAGATGACACAGGAGAGAGCTG-3';
Part1 of exon 7(F):5'-GGTTCTACAATTCTTGCCATAATCC-3';
Part1 of exon 7(R):5'-CAAGTGCCTTGTGTGGTCTG-3';
Part2 of exon 7(F):5'-CACAACGGATTTTGTGAACG-3';
Part2 of exon 7(R):5'-AGGAACAAAACCCCTTCTGG-3';
Exon8(F):5'-CTCTGTATCGGTGGGGTGAC-3';
Exon8(R):5'-CAAAAAGCATCGAACACACG-3';
Exon9(F):5'-TGATCTGCCTGTTCTTTCCA-3';
Exon9(R):5'-GGGTTCAGAGGATAGCACCA-3'。
所述的试剂盒还包括用于DNA提取的试剂、用于聚合酶链式反应(polymerasechain reaction,PCR)的试剂、核苷酸序列测序的试剂、核苷酸序列分析的试剂中的任意一种或至少两种。
所述的用于DNA提取的试剂优选为TIANGEN的血液基因组DNA提取试剂盒。
上述预测TCL预后的试剂盒在非诊断检测TNFAIP3非编码序列突变中应用。
所述的应用包括如下步骤:
(1)在待测外周血样本中加入细胞裂解液,混匀,离心,向所得沉淀中加入缓冲液,混匀;
(2)加入蛋白酶溶液,混匀;加入缓冲液,混匀;静置;
(3)加入无水乙醇,混匀;
(4)将步骤(3)所得的溶液和絮状沉淀加入吸附柱中,离心,倒掉废液;
(5)向吸附柱中加入缓冲液,离心,倒掉废液;
(6)将吸附柱置于室温晾干;
(7)将吸附柱转入离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加洗脱缓冲液,静置,离心,将含有DNA的溶液收集到离心管中;
(8)将步骤(7)得到的DNA,利用所述的试剂盒进行PCR检测;
(9)将步骤(8)得到的PCR产物进行Sanger测序和分析,得到TNFAIP3非编码序列突变情况。
步骤(1)中所述的离心的条件优选为:10000rpm(~11500xg)离心1分钟。
步骤(2)中所述的静置的条件优选为:56℃静置10分钟。
步骤(4)中所述的离心的条件优选为:12000rpm(~13400xg)离心30秒。
步骤(5)中所述的离心的条件优选为:12000rpm(~13400xg)离心30秒。
步骤(6)中所述的室温晾干的条件优选为:室温(20~30℃)静置5分钟。
步骤(8)中所述的PCR检测通过用于PCR的试剂实现。
步骤(9)中所述的Sanger测序通过Invitrogen公司广州分公司实现。
步骤(9)中所述的分析方法为:将Sanger测序结果通过NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/和http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)基因库进行比对,以确定TNFAIP3非编码序列突变情况。
本发明相对于现有技术具有如下的优点及效果:
1.本发明采用PCR和Sanger测序方法检测TCL患者外周血中TNFAIP3非编码序列突变情况,首次发现TNFAIP3非编码序列突变与TCL患者良好的临床预后有关。TNFAIP3非编码序列突变对于TCL患者的预后判断和临床治疗方案的制定具有重要的指导意义。
2.本发明可为TCL患者的应用靶向治疗提供更多的临床预后研究资料,在预测TCL患者预后评价及靶向药物应用方面具有广阔的应用前景。
3.本发明使用PCR和Sanger测序方法检测TCL患者外周血中TNFAIP3非编码序列突变情况,该方法简单易行,方法稳定。当检测到TNFAIP3非编码序列突变时,表明TCL患者良好的预后可能性大,可以作为预测TCL患者预后评估的指标。
附图说明
图1是TNFAIP3非编码序列突变对初发TCL患者预后的影响分析图。
图2是TNFAIP3非编码序列突变患者的具体突变情况图。
具体实施方式
下面结合实施例及附图对本发明作进一步详细的描述,但本发明的实施方式不限于此。
实施例中所用试剂信息具体如下:
血液基因组DNA提取试剂盒(购自TIANGEN);
PCR试剂盒(购自Takara);
Sanger测序(Invitrogen公司广州分公司)。
实施例1
(1)在与患者签署知情同意书的前提下采外周血。收集暨南大学附属第一医院血液内科41例初发TCL患者成人外周血样本,所有标本取自于入院时的外周血肝素抗凝,该部分研究方案已经获得本单位伦理委员会通过。同时收集TCL患者生存时间和生存状态等临床资料(如表1所示)。
(2)DNA提取
2.1参照血液基因组DNA提取试剂盒说明书,在血液样品中加入1-2.5倍体积的细胞裂解液CL,颠倒混匀,10000rpm(~11500xg)离心1分钟,吸取上清,留下细胞核沉淀,向离心收集到的细胞核沉淀中加200μL缓冲液GS,振荡至彻底混匀;
2.2加入20μL蛋白酶K溶液,混匀;加200μL缓冲液GB,充分颠倒混匀,56℃放置10分钟,期间颠倒混匀数次,溶液应变清亮;
2.3加200μL无水乙醇,充分颠倒混匀,此时可能会出现絮状沉淀;
2.4将上一步所得的溶液和絮状沉淀加入一个吸附柱CB3中(吸附柱CB3放入收集管中),12000rpm(~13400xg)离心30秒,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
2.5向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD,12000rpm(~13400xg)离心30秒,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
2.6向吸附柱CB3中加入600μL缓冲液GD,12000rpm(~13400xg)离心30秒,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CB3放入收集管中;
2.7重复操作步骤2.6;
2.8 12000rpm(~13400xg)离心2分钟,倒掉废液,将吸附柱CB3置于室温放置5分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液;
2.9将吸附柱CB3转入1.5mL离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加50-200μL洗脱缓冲液TB,室温放置2-5分钟,12000rpm(~13400xg)离心2分钟,将含有DNA的溶液收集到离心管中。
(3)PCR扩增TNFAIP3基因启动子序列
3.1扩增TNFAIP3启动子的PCR反应体系为20μL:DNA 1μL、Taq聚合酶0.2μL、5×PCRbuffer 4μL、dNTP 2μL、Mg2+2μL、上下游引物各1μL以及ddH2O 8.8μL。反应在PCR仪中进行;
3.2扩增TNFAIP3的PCR反应条件为:94℃,5min;94℃,1min,60℃,1min,72℃,1min,40个循环,72℃,10min,4℃保存;
3.3取PCR产物在100V,1.5%(w/v)琼脂糖凝胶中电泳检测。
(4)PCR扩增TNFAIP3基因非编码序列
4.1PCR反应体系为30μL:其中DNA 1μL、Taq聚合酶0.3μL、5×PCR buffer 6μL、dNTP3μL、Mg2+3μL、上下游引物各1.5μL以及超纯水13.7μL。反应在PCR仪中进行;
4.2PCR反应条件为:94℃,5min,94℃,1min,57℃,1min,72℃,1min,40个循环,72℃;10min,4℃保存;
4.3取PCR产物在100V,1.5%(w/v)琼脂糖凝胶中电泳检测。
其中,所用于扩增TNFAIP3基因启动子序列片段的引物如下:
Promoter(g.2933-3687)(F):5'-TTTACAAAGGAGCACCAGCAGGAGA-3';
Promoter(g.2933-3687)(R):5'-ATTACATTTAAGAATACTTGTCAGG-3';
Promoter(g.3568-4249)(F):5'-AAGTGCCACCCTCCATCC-3';
Promoter(g.3568-4249)(R):5'-AGCGGTGACAGCCTTTGG-3';
Promoter(g.4110-4744)(F):5'-GGTGAGTGTTGTTCTGATTC-3';
Promoter(g.4110-4744)(R):5'-TCACGTGACTCTCTGGGTCG-3';
所用于扩增TNFAIP3基因3′-UTR序列片段的引物如下:
3’-UTR(g.18828-19347)(F):5'-CAACGGCTACTGCAACGAAT-3';
3’-UTR(g.18828-19347)(R):5'-CTCGCTGCCATGAGGATCT-3';
3’-UTR(g.19272-19787)(F):5'-GAGAAGCCAGAGCCATTCCACCT-3';
3’-UTR(g.19272-19787)(R):5'-GCTCATGCCCCAACAACAACCA-3';
3’-UTR(g.19717-20407)(F):5'-GCTGCCCTAGAAGTACAATA-3';
3’-UTR(g.19717-20407)(R):5'-GACAGCAACCACAAAGCACAC-3';
3’-UTR(g.20455-20938)(F):5'-CCCAGAGATAAAGGCTGCCAT-3';
3’-UTR(g.20455-20938)(R):5'-GGAAGCACAGTCTTAATATC-3';
所用于扩增TNFAIP3基因外显子和内含子序列片段的引物如下:
Exon2(F):5'-GGAGTCGTATTAAAGTCAGGCTAA-3';
Exon2(R):5'-GGCAAAAGAAACACAACAGAAC-3';
Exon3(F):5'-TTGCTGGGTCTTACATGCAG-3';
Exon3(R):5'-CCCACCATGGAGCTCTGTTA-3';
Exon4(F):5'-GGGAGTACAGGATACATTCAAGC-3';
Exon4(R):5'-GCTGAAAGCATTTAAGTACAGATCC-3';
Exon5(F):5'-ACCTAAGGGCCTCATTTTCC-3';
Exon5(R):5'-AGCAAAAAGGAAAACCCTGA-3';
Exon6(F):5'-TGAGATCTACTTACCTATGGCCTTG-3';
Exon6(R):5'-CAGATGACACAGGAGAGAGCTG-3';
Part1 of exon 7(F):5'-GGTTCTACAATTCTTGCCATAATCC-3';
Part1 of exon 7(R):5'-CAAGTGCCTTGTGTGGTCTG-3';
Part2 of exon 7(F):5'-CACAACGGATTTTGTGAACG-3';
Part2 of exon 7(R):5'-AGGAACAAAACCCCTTCTGG-3';
Exon8(F):5'-CTCTGTATCGGTGGGGTGAC-3';
Exon8(R):5'-CAAAAAGCATCGAACACACG-3';
Exon9(F):5'-TGATCTGCCTGTTCTTTCCA-3';
Exon9(R):5'-GGGTTCAGAGGATAGCACCA-3'。
(5)Sanger测序及TNFAIP3基因突变的鉴定
凝胶电泳检测质量较好的PCR产物送Invitrogen公司广州分公司进行Sanger测序。所获得的核苷酸序列通过NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/和http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)基因库进行比对,确定TNFAIP3基因突变。
TNFAIP3基因突变情况以及TCL患者临床预后资料如表1所示。
将TNFAIP3基因非编码突变情况结合TCL患者临床预后资料进行分析,在R语言软件(4.0.2版,https://www.r-project.org/)中通过输入TNFAIP3基因非编码突变状态、生存状态和生存时间,用“survival”R软件包绘制生存曲线。发现TNFAIP3基因非编码突变时的TCL患者的预后较好(图1)。
TNFAIP3非编码序列突变患者的突变情况图如图2所示。
上述实验结果表明TNFAIP3基因非编码突变在预测TCL临床预后的评估中具有重要意义,其为临床应用靶向药物提供预后研究资料。
表1 TCL患者TNFAIP3突变情况和临床资料
从上述测得的基因突变虽然不能直接得出将来诊断结果和健康状况,但其作为中间结果,可以作为患者临床治疗方案制定的参考信息之一。
上述实施例为本发明较佳的实施方式,但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制,其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化,均应为等效的置换方式,都包含在本发明的保护范围之内。
<110> 暨南大学
<120> TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用
<160> 32
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Promoter (g. 2933-3687) (F)
<400> 1
tttacaaagg agcaccagca ggaga 25
<210> 2
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Promoter (g. 2933-3687) (R)
<400> 2
attacattta agaatacttg tcagg 25
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Promoter (g. 3568-4249) (F)
<400> 3
aagtgccacc ctccatcc 18
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Promoter (g. 3568-4249) (R)
<400> 4
agcggtgaca gcctttgg 18
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Promoter (g. 4110-4744) (F)
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ggtgagtgtt gttctgattc 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Promoter (g. 4110-4744) (R)
<400> 6
tcacgtgact ctctgggtcg 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 18828-19347) (F)
<400> 7
caacggctac tgcaacgaat 20
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 18828-19347) (R)
<400> 8
ctcgctgcca tgaggatct 19
<210> 9
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 19272-19787) (F)
<400> 9
gagaagccag agccattcca cct 23
<210> 10
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 19272-19787) (R)
<400> 10
gctcatgccc caacaacaac ca 22
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 19717-20407) (F)
<400> 11
gctgccctag aagtacaata 20
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 19717-20407) (R)
<400> 12
gacagcaacc acaaagcaca c 21
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 20455-20938) (F)
<400> 13
cccagagata aaggctgcca t 21
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> 3’-UTR (g. 20455-20938) (R)
<400> 14
ggaagcacag tcttaatatc 20
<210> 15
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon2 (F)
<400> 15
ggagtcgtat taaagtcagg ctaa 24
<210> 16
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon2 (R)
<400> 16
ggcaaaagaa acacaacaga ac 22
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon3 (F)
<400> 17
ttgctgggtc ttacatgcag 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon3 (R)
<400> 18
cccaccatgg agctctgtta 20
<210> 19
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon4 (F)
<400> 19
gggagtacag gatacattca agc 23
<210> 20
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon4 (R)
<400> 20
gctgaaagca tttaagtaca gatcc 25
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon5 (F)
<400> 21
acctaagggc ctcattttcc 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon5 (R)
<400> 22
agcaaaaagg aaaaccctga 20
<210> 23
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon6 (F)
<400> 23
tgagatctac ttacctatgg ccttg 25
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon6 (R)
<400> 24
cagatgacac aggagagagc tg 22
<210> 25
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Part1 of exon 7 (F)
<400> 25
ggttctacaa ttcttgccat aatcc 25
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Part1 of exon 7 (R)
<400> 26
caagtgcctt gtgtggtctg 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Part2 of exon 7 (F)
<400> 27
cacaacggat tttgtgaacg 20
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Part2 of exon 7 (R)
<400> 28
aggaacaaaa ccccttctgg 20
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon8 (F)
<400> 29
ctctgtatcg gtggggtgac 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon8 (R)
<400> 30
caaaaagcat cgaacacacg 20
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon9 (F)
<400> 31
tgatctgcct gttctttcca 20
<210> 32
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<220>
<223> Exon9 (R)
<400> 32
gggttcagag gatagcacca 20
Claims (10)
1.TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用。
2.根据权利要求1所述的TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用,其特征在于:通过检测临床患者的外周血中TNFAIP3非编码序列突变情况,从而预测T细胞淋巴瘤预后。
3.根据权利要求1所述的TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用,其特征在于:
所述的突变的区域为如下区域的至少一个区域或多个区域的组合:
1)TNFAIP3基因5′-UTR的部分或全部区域;
2)TNFAIP3基因3′-UTR的部分或全部区域;
3)TNFAIP3基因内含子的部分或全部区域。
4.根据权利要求1所述的TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用,其特征在于:
所述的突变的区域为TNFAIP3基因如下六个位点的至少一个位点或多个位点的组合:g.3918、g.3637、g.3869、g.13751、g.14244、g.11822。
5.根据权利要求1所述的TNFAIP3非编码序列突变检测试剂在制备预测T细胞淋巴瘤预后试剂盒中的应用,其特征在于:所述的预测具体指:
①当TNFAIP3非编码序列有突变时,T细胞淋巴瘤患者临床预后良好的可能性较大;
②当TNFAIP3非编码序列无突变时,T细胞淋巴瘤患者临床预后差的可能性较大。
6.一种预测T细胞淋巴瘤预后的试剂盒,其特征在于:包括如下用于扩增TNFAIP3基因5′-UTR启动子序列片段的引物、用于扩增TNFAIP3基因3′-UTR序列片段的引物和用于扩增TNFAIP3基因外显子和内含子序列片段的引物中的一组或多组引物的组合:
(1)用于扩增TNFAIP3基因5′-UTR启动子序列片段的引物:
Promoter(g.2933-3687)(F):5'-TTTACAAAGGAGCACCAGCAGGAGA-3';
Promoter(g.2933-3687)(R):5'-ATTACATTTAAGAATACTTGTCAGG-3';
Promoter(g.3568-4249)(F):5'-AAGTGCCACCCTCCATCC-3';
Promoter(g.3568-4249)(R):5'-AGCGGTGACAGCCTTTGG-3';
Promoter(g.4110-4744)(F):5'-GGTGAGTGTTGTTCTGATTC-3';
Promoter(g.4110-4744)(R):5'-TCACGTGACTCTCTGGGTCG-3';
(2)用于扩增TNFAIP3基因3′-UTR序列片段的引物:
3’-UTR(g.18828-19347)(F):5'-CAACGGCTACTGCAACGAAT-3';
3’-UTR(g.18828-19347)(R):5'-CTCGCTGCCATGAGGATCT-3';
3’-UTR(g.19272-19787)(F):5'-GAGAAGCCAGAGCCATTCCACCT-3';
3’-UTR(g.19272-19787)(R):5'-GCTCATGCCCCAACAACAACCA-3';
3’-UTR(g.19717-20407)(F):5'-GCTGCCCTAGAAGTACAATA-3';
3’-UTR(g.19717-20407)(R):5'-GACAGCAACCACAAAGCACAC-3';
3’-UTR(g.20455-20938)(F):5'-CCCAGAGATAAAGGCTGCCAT-3';
3’-UTR(g.20455-20938)(R):5'-GGAAGCACAGTCTTAATATC-3';
(3)用于扩增TNFAIP3基因外显子和内含子序列片段的引物:
Exon2(F):5'-GGAGTCGTATTAAAGTCAGGCTAA-3';
Exon2(R):5'-GGCAAAAGAAACACAACAGAAC-3';
Exon3(F):5'-TTGCTGGGTCTTACATGCAG-3';
Exon3(R):5'-CCCACCATGGAGCTCTGTTA-3';
Exon4(F):5'-GGGAGTACAGGATACATTCAAGC-3';
Exon4(R):5'-GCTGAAAGCATTTAAGTACAGATCC-3';
Exon5(F):5'-ACCTAAGGGCCTCATTTTCC-3';
Exon5(R):5'-AGCAAAAAGGAAAACCCTGA-3';
Exon6(F):5'-TGAGATCTACTTACCTATGGCCTTG-3';
Exon6(R):5'-CAGATGACACAGGAGAGAGCTG-3';
Part1 of exon 7(F):5'-GGTTCTACAATTCTTGCCATAATCC-3';
Part1 of exon 7(R):5'-CAAGTGCCTTGTGTGGTCTG-3';
Part2 of exon 7(F):5'-CACAACGGATTTTGTGAACG-3';
Part2 of exon 7(R):5'-AGGAACAAAACCCCTTCTGG-3';
Exon8(F):5'-CTCTGTATCGGTGGGGTGAC-3';
Exon8(R):5'-CAAAAAGCATCGAACACACG-3';
Exon9(F):5'-TGATCTGCCTGTTCTTTCCA-3';
Exon9(R):5'-GGGTTCAGAGGATAGCACCA-3'。
7.根据权利要求6所述的预测T细胞淋巴瘤预后的试剂盒,其特征在于:所述的试剂盒还包括用于DNA提取的试剂、用于PCR的试剂、核苷酸序列测序的试剂、核苷酸序列分析的试剂中的任意一种或至少两种。
8.权利要求6或7所述的预测T细胞淋巴瘤预后的试剂盒在非诊断检测TNFAIP3非编码序列突变中应用。
9.根据权利要求8所述的应用,其特征在于:包括如下步骤:
(1)在待测外周血样本中加入细胞裂解液,混匀,离心,向所得沉淀中加入缓冲液,混匀;
(2)加入蛋白酶溶液,混匀;加入缓冲液,混匀;静置;
(3)加入无水乙醇,混匀;
(4)将步骤(3)所得的溶液和絮状沉淀加入吸附柱中,离心,倒掉废液;
(5)向吸附柱中加入缓冲液,离心,倒掉废液;
(6)将吸附柱置于室温晾干;
(7)将吸附柱转入离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加洗脱缓冲液,静置,离心,将含有DNA的溶液收集到离心管中;
(8)将步骤(7)得到的DNA,利用所述的试剂盒进行PCR检测;
(9)将步骤(8)得到的PCR产物进行Sanger测序和分析,得到TNFAIP3非编码序列突变情况。
10.根据权利要求9所述的应用,其特征在于:
步骤(1)中所述的离心的条件为:10000rpm离心1分钟;
步骤(2)中所述的静置的条件为:56℃静置10分钟;
步骤(4)中所述的离心的条件为:12000rpm离心30秒;
步骤(5)中所述的离心的条件为:12000rpm离心30秒;
步骤(6)中所述的室温晾干的条件为:室温静置5分钟;
步骤(8)中所述的PCR检测通过用于PCR的试剂实现;
步骤(9)中所述的分析方法为:将Sanger测序结果通过NCBI基因库进行比对,以确定TNFAIP3非编码序列突变情况。
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