CN113564245A - 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒 - Google Patents

一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN113564245A
CN113564245A CN202110890788.8A CN202110890788A CN113564245A CN 113564245 A CN113564245 A CN 113564245A CN 202110890788 A CN202110890788 A CN 202110890788A CN 113564245 A CN113564245 A CN 113564245A
Authority
CN
China
Prior art keywords
probe
primer
cysltr1
kit
seq
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202110890788.8A
Other languages
English (en)
Inventor
刘奕
吴周杰
吴善东
蒋学翰
王教峰
雷薇
钱磊
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Hangzhou Zheda Dixun Biological Gene Engineering Co Ltd
Original Assignee
Hangzhou Zheda Dixun Biological Gene Engineering Co Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hangzhou Zheda Dixun Biological Gene Engineering Co Ltd filed Critical Hangzhou Zheda Dixun Biological Gene Engineering Co Ltd
Priority to CN202110890788.8A priority Critical patent/CN113564245A/zh
Priority to AU2021106581A priority patent/AU2021106581A4/en
Publication of CN113564245A publication Critical patent/CN113564245A/zh
Priority to ZA2022/00487A priority patent/ZA202200487B/en
Priority to NL2030976A priority patent/NL2030976B1/en
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6851Quantitative amplification
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/166Oligonucleotides used as internal standards, controls or normalisation probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT‑PCR检测用引物探针组和试剂盒,属于生物检测技术领域。本发明所述引物探针组包括引物CysLTR1‑F、引物CysLTR1‑R和探针C1‑Probe,所述引物CysLTR1‑F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述引物CysLTR1‑R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述探针C1‑Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。本发明针对人CysLTR1建立的TaqMan实时荧光定量一步法RT‑PCR检测引物探针组,为该蛋白的检出提供准确度高、检测范围广及灵敏度高的检测手段。

Description

一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组 和试剂盒
技术领域
本发明涉及生物检测技术领域,具体涉及一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒。
背景技术
白三烯是从花生四烯酸在白细胞中代谢产物分离得到的具有共轭三烯结构的二十碳不饱和酸。可由花生四烯酸经脂(肪)氧合酶(lipoxygenase)催化而制得。在体内含量虽然很低,但却具有很高的生理活性,是引发某些过敏反应、炎症以及心血管等疾病的化学介质。白三烯在上下呼吸道的炎症中起重要作用。在诱导鼻过敏反应方面,白三烯的作用比组织胺强1000多倍。在变应原诱导的鼻过敏反应中,无论是在速发反应还是迟发反应阶段,白三烯的数量都显着增加。半胱氨酰白三烯(Cysteonyl leukotrienes,CysLTs)是哮喘和过敏性鼻炎(AR)的病理生理中的炎症介质和调节因子,是关键的治疗靶点,CysLTs可以调节造血祖细胞生成、嗜酸性粒细胞在炎症组织募集和存活、细胞因子和趋化因子的活性、呼出气NO的数量、平滑肌的收缩和成纤维细胞的增殖。
CysLTs的生物学作用取决于细胞表面白三烯受体的表达。CysLTs受体有CysLTR1和CysLTR2两种,其中CysLTR1为G蛋白偶联受体,主要表达于脾、肺、平滑肌等。CysLTR1被白三烯激活后,介导持续的平滑肌细胞收缩及增生、黏膜水肿、嗜酸性细胞聚集、黏液分泌增多,从而直接导致哮喘气道炎症的发生与发展,在哮喘的发病机制中起主要作用。已被批准的CysLT1受体拮抗剂(如孟鲁司特、扎鲁司特和普鲁司特)作用于CysLTR1,用于阻断CysLT1的致哮喘作用。在治疗的过程中,白三烯受体拮抗剂(LTRA)可以在体内竞争性抑制白三烯与其受体的结合,阻断CysLTs的活性,从而抑制炎性、过敏性反应,但其疗效具有明显的个体差异,并且其疗效与白三烯受体基因mRNA表达水平有明确的正相关。通过对CysLTR1mRNA表达水平的检测,可判断出LTRA是否达到阻断CysLTR1的活性的效果,这对药物治疗CysLTR1通路引起的过敏反应及炎症反应是否有效具有一定的治疗意义。
现在市场上对于CysLTR1的检测仍使用酶联免疫吸附法(enzyme linkedimmunosorbent assay,ELISA)试剂盒检测其在体液中的含量,尚未见检测CysLTR1 mRNA的商业化试剂盒。ELISA方法在检测过程中存在着检测范围小和灵敏度低的问题,且其准确性也存在问题。
发明内容
本发明的目的在于提供一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒。本发明针对人CysLTR1建立的TaqMan实时荧光定量一步法RT-PCR检测引物探针组,为该蛋白的检出提供准确度高、检测范围广及灵敏度高的检测手段。
本发明提供了一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组,所述引物探针组包括引物CysLTR1-F、引物CysLTR1-R和探针C1-Probe,所述引物CysLTR1-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述引物CysLTR1-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述探针C1-Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
优选的是,所述探针C1-Probe的5'端标记荧光报告基团,3'端标记淬灭基团。
优选的是,还包括内参基因的引物GAPDH-F、引物GAPDH-R,和探针G-Probe,所述引物GAPDH-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,所述引物GAPDH-R的核苷酸序列如SEQ IDNO.5所示,所述探针G-Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
优选的是,所述探针G-Probe的5'端标记荧光报告基团,3'端标记淬灭基团;探针G-Probe标记的荧光报告基团与探针C1-Probe标记的荧光报告基团不同。
优选的是,所述荧光报告基团包括FAM和JOE,所述淬灭基团包括BHQ1。
本发明还提供了一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用试剂盒,所述试剂盒包括上述技术方案所述引物探针组、PCR反应液、酶混合液、CysLTR1标准品、ROX参比染料和无核酶水。
优选的是,所述PCR反应液包括dNTPmix、MgCl2和缓冲液。
优选的是,所述酶混合液包括Taq酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂和Taq酶抗体。
本发明还提供了上述技术方案所述试剂盒的使用方法,包括以下步骤:将引物探针组、PCR反应液、酶混合液、标准品或待测样品、ROX参比染料和无核酶水混合后,进行荧光定量扩增。
优选的是,以20μL计,所述试剂盒的反应体系包括:引物探针组2μL、PCR反应液10μL、酶混合液0.5μL、ROX参比染料0.1μL、标准品或待测样品5μL和无核酶水2.4μL;
所述荧光定量扩增的条件为:42℃30min;95℃1min;95℃5s,60℃31s,扩增40个循环。
本发明提供了一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组。本发明所述引物探针组用于检测时,采用一步法检测,无需单独进行反转录操作,极大降低了造成气溶胶污染的风险;与免疫学检测方法相比,利用本发明引物探针组的检测方法检测的灵敏度高,可以检测低浓度(10copies/μL)的临床样本,能够更灵敏地探测到CysLTR1的含量变化,检测范围可跨越至少5个数量级,增加了检测结果的准确性,能更早期、更准确、更快速地对治疗效果进行动态监测和疗效评估。
附图说明
图1为本发明提供的稀释操作过程图;
图2为本发明提供的CysLTR1 mRNATaqMan实时荧光定量RT-PCR标准曲线;
图3为本发明提供的精密度检测结果图;其中1:1.0×107copies/μL,2:1.0×104copies/μL;
图4为本发明提供的准确度检测结果图;
图5为本发明提供的灵敏度检测结果图;
图6为本发明提供的临床样本检测结果图;其中1:患者GAPDH mRNA;2:健康对照GAPDH mRNA;3:患者CysLTR1 mRNA;4:健康对照CysLTR1mRNA;
图7为本发明提供的在引物设计不合理的情况下,低值精密度扩增曲线图;
图8为本发明提供的采用非最佳配比的酶混合液(A)和最佳配比的酶混合液(B)扩增结果。
具体实施方式
本发明提供了一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组,所述引物探针组包括引物CysLTR1-F、引物CysLTR1-R和探针C1-Probe,所述引物CysLTR1-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示:5'-AACCTATCACAAGAAGTCAGC-3',所述引物CysLTR1-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示:5'-CCAAAGAGCCAAATGCCTTT-3',所述探针C1-Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示:5'-CACTGCCTCTCCGTGTGGTC-3'。
在本发明中,所述探针C1-Probe的5'端标记荧光报告基团,3'端标记淬灭基团。在本发明中,所述荧光报告基团优选包括FAM或JOE,所述淬灭基团优选包括BHQ1。在本发明实施例中,所述探针C1-Probe的5'端标记FAM荧光报告基团,3'端标记BHQ1淬灭基团。
在本发明中,所述引物探针组还包括内参基因的引物GAPDH-F、引物GAPDH-R和探针G-Probe,所述引物GAPDH-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示:5'-GACAACAGCCTCAAGATCATC-3',所述引物GAPDH-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示:5'-CGCCACAGTTTCCCGGAG-3',所述探针G-Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示:5'-ACTCATGACCACAGTCCATGCCAT-3'。在本发明中,所述探针G-Probe的5'端标记荧光报告基团,3'端标记淬灭基团,探针G-Probe标记的荧光报告基团与探针C1-Probe标记的荧光报告基团优选不同。在本发明中,所述荧光报告基团优选包括FAM或JOE,所述淬灭基团优选包括BHQ1。在本发明实施例中,所述探针G-Probe的5'端标记JOE荧光报告基团,3'端标记BHQ1淬灭基团。
本发明还提供了一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用试剂盒,所述试剂盒包括上述技术方案所述引物探针组、PCR反应液、酶混合液、CysLTR1标准品、ROX参比染料和无核酶水。
在本发明中,所述PCR反应液包括dNTPmix、MgCl2和缓冲液;所述dNTPmix为脱氧核糖核苷三磷酸,包括dATP,dCTP,dGTP和dTTP,本发明所述dNTPmix优选购自ThermoFisher公司(货号:R0192),工作浓度优选为0.3~0.8mM。在本发明中,MgCl2的使用浓度优选为5~12mM;缓冲液优选为Tris-HCl缓冲液,更优选为20~50mM Tris-HCl缓冲液,所述Tris-HCl缓冲液的pH值优选为8.0。
在本发明中,所述酶混合液包括Taq酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂和Taq酶抗体。在本发明中,所述酶混合液中,Taq酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂和Taq酶抗体的体积比优选为15:5:3:1,此比例能够获得最佳的扩增效果。在本发明中,Taq酶为耐热的TaqDNA聚合酶,利用其3'→5'聚合酶活性以DNA为模板,将dNTP中的脱氧单核苷酸逐个加到3-OH末端;同时利用其5'→3'外切酶活性即能识别和消除错配的引物末端,与复制过程中校正功能有关,又可以从5'端水解核苷酸,还能经过几个核苷酸起作用,切除错配的核苷酸,由此在链延伸过程中实现链替换,并将被替换的探针切断;逆转录酶可将mRNA逆转录成cDNA以进行PCR反应;RNA酶抑制剂用来抑制外源性RNase的活性;Taq酶抗体是热启动PCR用抗Taq抗体,其与Taq酶结合后抑制DNA聚合酶活性,能够在低温条件下有效抑制引物的非特异性退火及引物二聚体引起的非特异性扩增,Taq酶抗体在PCR反应最初的DNA变性步骤中变性,Taq酶恢复活性,实现PCR扩增。在本发明中,所述CysLTR1标准品优选为CysLTR1的RNA标准品,用于配制定量曲线。
本发明还提供了上述技术方案所述试剂盒的使用方法,包括以下步骤:将引物探针组、PCR反应液、酶混合液、标准品或待测样品、ROX参比染料和无核酶水混合后,进行荧光定量扩增。在本发明中,本发明所述试剂盒采用一步法RT-PCR技术定量检测方法,能够检测人血液中CysLTR1 mRNA的表达水平。
在本发明中,所述试剂盒的反应体系,以20μL计,包括:引物探针组2μL、PCR反应液10μL、酶混合液0.5μL、ROX参比染料0.1μL、标准品或待测样品5μL和无核酶水2.4μL。在本发明中,所述荧光定量扩增的条件优选为:42℃30min(逆转录);95℃1min(预变性);95℃5s,60℃31s,扩增40个循环。
本发明所述试剂盒操作方法简单,检测时间较短,为CysLTR1受体拮抗剂提供了可指导用药及准确量化疗效的试剂盒产品。半胱氨酰白三烯(CysLTs)是哮喘和过敏性鼻炎(AR)的病理生理中的炎症介质和调节因子,是关键的治疗靶点。在治疗的过程中,白三烯受体CysLTR1拮抗剂可以通过阻断CysLTR1的活性减少过敏性炎症,产生广泛的临床效应。检测到白三烯受体CysLTR1的mRNA表达量高于正常参考范围,表明患者使用白三烯受体CysLTR1拮抗剂进行治疗会有疗效;治疗后监测到血液中的CysLTR1含量降低,说明治疗有效果。如果表现出明显的过敏症状,但白三烯受体CysLTR1表达量很低,说明该过敏症状不是通过白三烯途径引起的,用白三烯受体CysLTR1拮抗剂治疗无效。
下面结合具体实施例对本发明所述的一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒做进一步详细的介绍,本发明的技术方案包括但不限于以下实施例。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到
实施例1
1.所涉及试剂及设备如下:
1.1试剂
1.1.1全血总RNA试剂盒(杭州新景生物试剂开发有限公司,货号:5201050)
1.1.2 HiScribe T7 High Yield RNA Synthesis Kit(New England Biolabs,货号:E2050S)
1.2主要仪器
1.2.1 Applied BiosystemsTM7300荧光定量PCR仪:ThermoFisher,美国
1.2.2 -80℃低温冰箱:ThermoFisher,美国
1.2.3高速低温台式离心机:Eppendorf,德国
1.2.4 Qubit 3荧光计:ThermoFisher,美国
2.方法
2.1引物和探针设计
根据CysLTR1和GAPDH序列,利用Primer 6.0软件,设计荧光定量引物和探针,经过系列效果验证,获得了CysLTR1和GAPDH的引物对CysLTR1-F、CysLTR1-R、GAPDH-F、GAPDH-R和探针E-Probe、G-Probe(见表1)。引物探针由上海桑尼生物科技有限公司合成。
表1 TaqMan实时荧光定量PCR引物探针
Figure BDA0003195959590000071
2.2标准品制备
体外转录。采用pGM-T连接试剂盒[天根生化科技(北京)有限公司,货号:VT202-01],以pGM-T为载体构建CysLTR1质粒DNA(委托南京金斯瑞生物科技有限公司构建及合成),将CysLTR1质粒DNA用HiScribe T7High Yield RNA Synthesis Kit(NEW ENGLANDBioLabs公司生产,货号:E2040S)体外转录成mRNA。
根据拷贝数计算公式:拷贝数=[6.02×1023×RNA浓度(ng/μL)×10-9]/[RNA长度(bp)×340],计算RNA初始拷贝数。用无核酶水稀释至1.0×1010copies/μL,即为CysLTR1标准品。
2.3全血RNA提取及稀释:EDTA抗凝全血样本用全血总RNA试剂盒提取全血总RNA,采用Qubit 3荧光计定量后,用无核酶水稀释至20ng/μL。
2.4TaqMan实时荧光定量PCR
以标准品或全血RNA为模板,配制20μL体系如表2所示:
表2反应体系
Figure BDA0003195959590000081
扩增反应程序如表3所示:
表3反应程序
Figure BDA0003195959590000082
2.5标准曲线的生成
将CysLTR1标准品按10倍梯度进行稀释,选择1.0×108~1.0×103copies/μL作为模板,每个稀释度3个重复,进行TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,生成标准曲线。稀释操作过程如图1所示,以50μL/管为例,每次稀释的过程,取5μL稀释前样品,加入到含有45μL水的新管中。
2.6精密度检测
选择1.0×107copies/μL、1.0×104copies/μL的标准品作为模板,每个浓度10个重复量,进行10次TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,分别计算每个浓度对数值的变异系数进行统计学分析,分析该检测方法的精密度。
2.7准确度检测
选择1.0×106copies/μL标准品进行30倍稀释(2μL 1.0×106copies/μL标准品+58μL无核酶水)作为模板,3个重复量,进行3次TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,计算每个浓度对数值的绝对偏差,分析该检测方法的准确度。
2.8灵敏度检测
选择10.0copies/μL标准品作为模板,25个重复量,进行25次TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,查看是否有扩增抬头,分析该检测方法的灵敏度。
2.9临床样本检测
取阳性样本和健康对照全血样本按照2.3步骤进行全血RNA提取和稀释,按照2.4步骤进行TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测。
3.实验结果
3.1标准曲线
将CysLTR1标准品按10倍梯度进行稀释,选择1.0×108~1.0×103copies/μL作为模板,每个稀释度3个重复,进行TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,生成标准曲线,CysLTR1mRNATaqMan实时荧光定量RT-PCR标准曲线如图2所示。以拷贝数对数值为横坐标,Ct值为纵坐标,得到回归方程式:y=-3.398x+35.344(R2=1.000),该回归方程的R2=1.000,线性范围为1.0×103~1.0×108copies/μL。说明标准方程的拷贝数对数值与Ct值具有极高的相关性。
3.2精密度检测
选择1.0×107copies/μL、1.0×104copies/μL的标准品作为模板,每个浓度10个重复量,进行10次TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,分别计算每个浓度对数值的变异系数进行统计学分析。精密度检测结果如图3和表4所示,结果显示,每个浓度对数值的变异系数分别为0.320%、0.444%,小于5%,表明本发明建立的TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法具有极好的精密度。
表4精密度检测结果
理论拷贝数 拷贝数对数值均值 SD C.V
1.0×10<sup>7</sup> 7.042 0.023 0.320%
1.0×10<sup>4</sup> 3.996 0.018 0.444%
3.3准确度检测
选择1.0×106copies/μL标准品进行30倍稀释(2μL 1.0×106copies/μL标准品+58μL无核酶水)作为模板,3个重复量,进行3次TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,计算每个浓度对数值的绝对偏差。结果如图4和表5所示,结果显示,每个浓度对数值的绝对偏差分别为0.002、0.011、0.008,在±0.5范围内,表明本发明建立的TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法具有极好的准确度。
表5准确度检测结果
Figure BDA0003195959590000101
3.4灵敏度检测
选择10.0copies/μL标准品作为模板,25个重复量,进行25次TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测,查看是否有扩增抬头。灵敏度检测结果如图5和表6所示,结果显示,共计25次检测出结果,达100%,表明本发明建立的TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法具有很高的灵敏度,最低检出拷贝数<10copies/μL。
表6灵敏度检测Ct值结果
33.271 33.123 33.228 32.975 33.800
33.150 33.284 32.547 33.408 33.416
33.270 33.216 34.086 32.939 32.709
33.312 33.788 33.070 33.653 32.923
32.789 33.700 33.624 33.562 32.810
3.5临床样本检测
本发明和国内某品牌半胱氨酰白三烯受体1(CYSLTR1)ELISA试剂盒比对结果如图6和表7所示:
表7比对结果
Figure BDA0003195959590000111
Figure BDA0003195959590000121
本发明采用全血RNA进行检测,国内某品牌半胱氨酰白三烯受体1(CYSLTR1)ELISA试剂盒采用血清进行检测。
对比例1
采用其它非最佳引物、探针进行扩增的结果
将本发明所用体系中的引物、探针替换成其它非最佳引物、探针。扩增体系、程序与实施例1相同。结果如图7和表8,在采用非最佳的CysLTR2引物、探针,如:
CysLTR1-F:GTATCTTCTGCCACATGCC(SEQ ID NO.7);
CysLTR1-R:TTGCCAAAGAAGCCTACAACA(SEQ ID NO.8);
C1-Probe:(FAM)-CCGCAATCAAGTGTATTCCACC(SEQ ID NO.9)-(BHQ1)。
低值精密度的浓度对数值的变异系数结果超出5%,达8.813%。
表8非最佳引物、探针进行扩增的结果
理论拷贝数 拷贝数对数值均值 SD C.V
1.0×10<sup>4</sup> 3.637 0.321 8.813%
对比例2
非最佳酶混合液的扩增结果
用非最佳配比的酶混合液(Taq酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂和Taq酶抗体的体积比为14:4:5:1)和最佳配比的酶混合液分别对标准品进行扩增,扩增得到标准曲线上1.0×103~1.0×106copies/μL 4个梯度,扩增用引物和探针、扩增体系、程序与实施例1相同。结果如图8所示,采用非最佳的酶混合液配比的扩增结果如图8中的A所示,采用最佳的酶混合液配比的扩增结果如图8中的B所示。两者(最佳酶混合液的标准曲线扩增结果和非最佳酶混合液的标准曲线扩增结果)相比之下,最佳酶混合液的标准曲线扩增结果重复性更好,相邻浓度的Ct差值分别为3.3、3.3、3.4,而非最佳酶混合液的标准曲线扩增结果的相邻浓度的Ct差值分别为3.8、3.1、3.6,说明最佳酶混合液的标准曲线扩增结果的Ct差值更均一。可见最佳酶混合液的扩增效果较好。
以上结果表明本发明建立的TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法具有比对试剂更好的灵敏度和特异性,同时可以有效监测治疗效果。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 杭州浙大迪迅生物基因工程有限公司
<120> 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
<160> 9
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
aacctatcac aagaagtcag c 21
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
ccaaagagcc aaatgccttt 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
cactgcctct ccgtgtggtc 20
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gacaacagcc tcaagatcat c 21
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
cgccacagtt tcccggag 18
<210> 6
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
actcatgacc acagtccatg ccat 24
<210> 7
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
gtatcttctg ccacatgcc 19
<210> 8
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
ttgccaaaga agcctacaac a 21
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ccgcaatcaa gtgtattcca cc 22

Claims (10)

1.一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组,其特征在于,所述引物探针组包括引物CysLTR1-F、引物CysLTR1-R和探针C1-Probe,所述引物CysLTR1-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述引物CysLTR1-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示,所述探针C1-Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
2.根据权利要求1所述的引物探针组,其特征在于,所述探针C1-Probe的5'端标记荧光报告基团,3'端标记淬灭基团。
3.根据权利要求1所述的引物探针组,其特征在于,还包括内参基因的引物GAPDH-F、引物GAPDH-R和探针G-Probe,所述引物GAPDH-F的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示,所述引物GAPDH-R的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示,所述探针G-Probe的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示。
4.根据权利要求3所述的引物探针组,其特征在于,所述探针G-Probe的5'端标记荧光报告基团,3'端标记淬灭基团;探针G-Probe标记的荧光报告基团与探针C1-Probe不同标记的荧光报告基团。
5.根据权利要求2或4所述的引物探针组,其特征在于,所述荧光报告基团包括FAM或JOE,所述淬灭基团包括BHQ1。
6.一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1~5任一项所述引物探针组、PCR反应液、酶混合液、CysLTR1标准品、ROX参比染料和无核酶水。
7.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述PCR反应液包括dNTPmix、MgCl2和缓冲液。
8.根据权利要求6所述的试剂盒,其特征在于,所述酶混合液包括Taq酶、逆转录酶、RNA酶抑制剂和Taq酶抗体。
9.权利要求6、7或8所述试剂盒的使用方法,包括以下步骤:将引物探针组、PCR反应液、酶混合液、标准品或待测样品、ROX参比染料和无核酶水混合后,进行荧光定量扩增。
10.根据权利要求9所述的使用方法,其特征在于,以20μL计,所述试剂盒的反应体系包括:引物探针组2μL、PCR反应液10μL、酶混合液0.5μL、ROX参比染料0.1μL、标准品或待测样品5μL和无核酶水2.4μL;所述荧光定量扩增的条件为:42℃30min;95℃1min;95℃5s,60℃31s,扩增40个循环。
CN202110890788.8A 2021-08-04 2021-08-04 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒 Pending CN113564245A (zh)

Priority Applications (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110890788.8A CN113564245A (zh) 2021-08-04 2021-08-04 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
AU2021106581A AU2021106581A4 (en) 2021-08-04 2021-08-23 Primer probe set and kit for rt-pcr detection of human leukotriene receptor cysltr1 mrna
ZA2022/00487A ZA202200487B (en) 2021-08-04 2022-01-11 Primer probe set and kit for rt-pcr detection of human leukotriene receptor cysltr1 mrna
NL2030976A NL2030976B1 (en) 2021-08-04 2022-02-16 Primer probe set and kit for rt-pcr detection of human leukotriene receptor cysltr1 mrna

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202110890788.8A CN113564245A (zh) 2021-08-04 2021-08-04 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN113564245A true CN113564245A (zh) 2021-10-29

Family

ID=78170341

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202110890788.8A Pending CN113564245A (zh) 2021-08-04 2021-08-04 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒

Country Status (4)

Country Link
CN (1) CN113564245A (zh)
AU (1) AU2021106581A4 (zh)
NL (1) NL2030976B1 (zh)
ZA (1) ZA202200487B (zh)

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6465212B1 (en) * 1999-09-20 2002-10-15 Schering Corporation Leukotriene receptor
US20060269949A1 (en) * 2005-05-23 2006-11-30 Halloran Philip F Tissue rejection
CN102121048A (zh) * 2010-01-11 2011-07-13 中山大学附属肿瘤医院 一种pool fq-pcr联合检测肿瘤耐药基因的方法及其试剂盒
CN110592290A (zh) * 2019-10-31 2019-12-20 上海市动物疫病预防控制中心 一种用于检测猫杯状病毒的试剂盒及检测方法
CN113388679A (zh) * 2021-08-04 2021-09-14 杭州浙大迪迅生物基因工程有限公司 一种人白三烯受体CysLTR2 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
WO2023010328A1 (zh) * 2021-08-04 2023-02-09 杭州浙大迪迅生物基因工程有限公司 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP2272977A1 (en) * 2009-07-08 2011-01-12 Universite Libre De Bruxelles Diagnostic method and kit for the detection of a lymphocytic variant of hypereosinophilic syndrome

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6465212B1 (en) * 1999-09-20 2002-10-15 Schering Corporation Leukotriene receptor
US20060269949A1 (en) * 2005-05-23 2006-11-30 Halloran Philip F Tissue rejection
CN102121048A (zh) * 2010-01-11 2011-07-13 中山大学附属肿瘤医院 一种pool fq-pcr联合检测肿瘤耐药基因的方法及其试剂盒
CN110592290A (zh) * 2019-10-31 2019-12-20 上海市动物疫病预防控制中心 一种用于检测猫杯状病毒的试剂盒及检测方法
CN113388679A (zh) * 2021-08-04 2021-09-14 杭州浙大迪迅生物基因工程有限公司 一种人白三烯受体CysLTR2 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
WO2023010328A1 (zh) * 2021-08-04 2023-02-09 杭州浙大迪迅生物基因工程有限公司 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JOHN W. STEINKE: "haracterization of Interleukin-4–Stimulated Nasal Polyp Fibroblasts", AM J RESPIR CELL MOL BIOL, vol. 30, no. 2, pages 212 - 219, XP002405458, DOI: 10.1165/rcmb.2003-0071OC *
S. BRANDON EARLY等: "Concordant Modulation of Cysteinyl Leukotriene Receptor Expression by IL-4 and IFN-γ on Peripheral Immune Cells", MERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY CELL AND MOLECULAR BIOLOGY, vol. 36, no. 6, pages 716 *
肖静主编: "现代医学检验技术", 天津科学技术出版社, pages: 67 *

Also Published As

Publication number Publication date
ZA202200487B (en) 2022-03-30
NL2030976A (en) 2023-02-15
NL2030976B1 (en) 2023-03-14
AU2021106581A4 (en) 2021-11-11

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111270013A (zh) 一种检测2019新型冠状病毒的多重实时荧光定量pcr试剂盒、方法及引物探针组合物
CN111621604A (zh) 一种新型冠状病毒核酸检测引物探针组合物、试剂盒及方法
EP4215624A1 (en) Method and kit for multiple detection of respiratory virus nucleic acids
WO2022007224A1 (zh) 用于荧光定量pcr的方法、组合物、试剂盒及其用途
CN111286559B (zh) 检测非洲猪瘟病毒的引物、探针及试剂盒
WO2023010326A1 (zh) 一种人β-类胰蛋白酶mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
CN110724764A (zh) 人冠状病毒和呼吸道合胞病毒荧光定量pcr检测方法及其应用
WO2023010328A1 (zh) 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
CN113388679A (zh) 一种人白三烯受体CysLTR2 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
KR102288656B1 (ko) 천식 또는 천식 악화 진단용 pcr 키트 및 이를 이용한 천식 또는 천식 악화 진단을 위한 정보의 제공방법
CN111455094B (zh) 检测深部感染真菌的组合物、试剂盒、用途及其方法
CN113373218A (zh) 一组检测人嗜酸性粒细胞阳离子蛋白mRNA表达的引物组和试剂盒
CN109735612B (zh) 川崎病冠状动脉瘤并发症的生物分子标志物及其试剂盒
CN113584154A (zh) 一种检测人组胺受体HRH4 mRNA表达水平的试剂、试剂盒和应用
WO2023010329A1 (zh) 一种检测人组胺受体HRH4 mRNA表达水平的试剂、试剂盒和检测方法
CN113564245A (zh) 一种人白三烯受体CysLTR1 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
WO2023010330A1 (zh) 一种人组胺受体HRH1 mRNA检测引物探针组、试剂盒和检测方法
WO2023010327A1 (zh) 一种人白三烯受体CysLTR2 mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
CN110551821B (zh) 利用荧光定量pcr检测mef2d基因重排的引物和探针及试剂盒
CN113564233A (zh) 一种人β-类胰蛋白酶mRNA RT-PCR检测用引物探针组和试剂盒
CN109182514B (zh) 肺癌诊断或转移诊断标志物LncRNA Loc729658和试剂盒及其应用
CN113604557A (zh) 一种人组胺受体HRH1 mRNA检测引物探针组、试剂盒和应用
CN112899365A (zh) 一种肺癌基因突变位点的检测方法及其试剂盒
WO2023010325A1 (zh) 一组检测人嗜酸性粒细胞阳离子蛋白mRNA表达的引物组、试剂盒和检测方法
CN114807432B (zh) 快速检测新型冠状病毒及其Delta突变株的试剂盒和方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination