CN113136436A

CN113136436A - 大鼠遗传背景相关snp及其用途

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Publication number: CN113136436A
Application number: CN202110458886.4A
Authority: CN
Inventors: 赵莹; 汤建平; 赵丽亚; 聂艳艳; 姜珊; 范春; 陈国强; 顾晓雪; 沈淼; 冯艳
Original assignee: Laboratory Animal Business Department Of Shanghai Institute Of Family Planning; SHANGHAI LAB ANIMAL RESEARCH CENTER
Current assignee: Laboratory Animal Business Department Of Shanghai Institute Of Family Planning; SHANGHAI LAB ANIMAL RESEARCH CENTER
Priority date: 2021-04-27
Filing date: 2021-04-27
Publication date: 2021-07-20
Anticipated expiration: 2041-04-27
Also published as: CN113136436B

Abstract

本发明涉及鉴定大鼠品系的SNP分子标记及其检测试剂和用途。

Description

大鼠遗传背景相关SNP及其用途

技术领域

本发明涉及动物SNP检测，具体涉及大鼠遗传背景相关SNP及其用途，用于快速分析近交系大鼠的遗传背景。

背景技术

大鼠(Rattus norvegicus,Rat)属于啮齿目、鼠科哺乳动物。大鼠形态类似小鼠但体型相对较大，可用作多种生物医学实验的动物模型。大鼠在某些生理特性方面更接近人类，而且具有体型较大和易于研究等优点，使其是多种人类疾病研究和药物开发的首选动物模型，对人类健康研究有着不可估量的贡献。目前，全世界已培育出了多种品系的实验大鼠，且根据不同实验中大鼠所表现出的不同特性，将其应用于各种不同的研究中。

大鼠作为重要的动物模型，在临床前药物实验、毒理实验等科研工作中起着愈来愈重要的作用。近交系动物是指连续20代以上兄妹交配或亲子交配，近交系数达98.6％以上、群体基因达到高度纯合和稳定的动物群体。目前近交系大鼠有230多个，常用近交系大鼠有：BN、F344等。因其基因高度纯合，基因型与表现型趋于一致，可获得均一性的实验结果，其应用大大推动了遗传学、肿瘤学、免疫学等学科的发展，而成为理想的研究模型。

遗传质量问题产生的原因包括：引种不当、基因漂变、保种/繁殖不当，产生亚系/亚群等。其中基因漂变产生具有随机性且无法避免，包括：繁育中，基因组DNA发生改变并进入生殖系统；碱基对发生置换等。导致繁殖育种基因组DNA改变的原因包括：一个群体长期生殖隔离，形成亚系；远交群大鼠或小鼠在生物净化过程中因为量少而丢失了部分基因；近交系动物长期随机交配，致使原来残存的杂合子增多。选种中刻意选择某一遗传性状，致使其他基因逐步弱化甚至丢失等。

随着生物医学的发展，无论是学术界还是产业界，对实验动物质量的要求越来越高，实验动物质量的遗传监测尤其重要。不同品系的大鼠遗传背景不同，而同种品系大鼠的遗传背景也会存在差异。遗传背景的差异会使实验动物有不同的反应性，这既会导致在医学研究和教学中获取错误的实验结果，也会使得动物实验的结果无法被其他人员或自己重复。不少研究课题为了获取较为可靠的数据而不得不靠多次重复试验，靠统计处理方法解决实验中的误差，造成人、财、物和时间的严重浪费。而遗传检测的目的就是为了证实各品系动物应具有的遗传特性，检查是否发生遗传突变和遗传污染等，以确保被检对象符合该品系的要求。但现有的遗传检测存在通量低、检测速度慢等问题。因此急需对大鼠建立遗传学标准，通过遗传监测手段保持其遗传稳定性。

发明内容

为了克服现有技术的不足，本发明通过筛选大鼠品系SNP分子标记，建立一种基于高通量基因分型的多重SNP快速分型方法，用于检测大鼠的遗传质量与品系纯度，

本发明第一方面提供一种分离的来自大鼠的核酸分子，其含有选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种或至少3种或任意9种或更多种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991。所述核酸分子是鉴定大鼠种系的标记物；所述大鼠是近交系大鼠，优选选自DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

在一个或多个实施方案中，所述SNP标记为：

a1：第1号染色体的第58587421位核苷酸，其为T或C、

a2：第2号染色体的第60469593位核苷酸，其为T或G、

a3：第3号染色体的第64565772位核苷酸，其为T或C、

a4：第4号染色体的第56083348位核苷酸，其为T或C、

a5：第5号染色体的第58635652位核苷酸，其为G或C、

a6：第6号染色体的第27174122位核苷酸，其为A或C、

a7：第7号染色体的第66622059位核苷酸，其为T或G、

a8：第8号染色体的第30646134位核苷酸，其为A或T、

a9：第9号染色体的第37510709位核苷酸，其为T或C、

a10：第10号染色体的第29551661位核苷酸，其为G或C、

a11：第11号染色体的第28771788位核苷酸，其为T或G、

b1：第12号染色体的第30938214位核苷酸，其为T或C、

b2：第13号染色体的第16388693位核苷酸，其为T或G、

b3：第14号染色体的第28088431位核苷酸，其为T或G、

b4：第15号染色体的第27932789位核苷酸，其为T或C、

b5：第16号染色体的第27361406位核苷酸，其为A或C、

b6：第17号染色体的第22776640位核苷酸，其为T或C、

b7：第18号染色体的第28463256位核苷酸，其为A或G、

b8：第19号染色体的第31473883位核苷酸，其为A或G、

b9：第20号染色体的第32191943位核苷酸，其为G或C、

b10：第X号染色体的第51753977位核苷酸，其为A或C。

在一个或多个实施方案中，所述核酸分子是所述大鼠基因组的长度至少5bp的片段。在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度至少10bp、15bp、20bp、30bp、40bp、50bp、60bp、70bp、80bp、90bp、100bp、200bp、300bp、400bp、500bp、600bp、700bp、800bp、900bp、1kb或上述任意数值之间的范围。在一个或多个实施方案中，所述核酸分子长度为10bp-600bp、50-500bp，100-400bp，150-300bp。

在一个或多个实施方案中，所述核酸分子包含选自以下序列的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种：由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ IDNO:3和4作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物序列、由SEQID NO:17和18作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ IDNO:27和28作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:37和38作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物序列、由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物序列。

在一个或多个实施方案中，所述至少3种或任意9种或更多种SNP选自：a1-a5、a7、a8、a10-a11和b1-b9中的任意9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21种。在一个或多个实施方案中，所述至少3种或任意9种或更多种SNP选自以下任一组：(1)a1-a11，(2)a1-a5、a7、a8、a10-a11，(3)a1-a7和a9-a11，(4)a1-a5、a7、a10-a11，(5)b1-b10，(6)b1-b9，(7)b1-b2和b4-b10和(8)b1-b2和b4-b9。

在一个或多个实施方案中，所述SNP选自以下任一组或多组：(1)b9，(2)b1、b4、b7，(3)a4，(4)a3、a5、a11，(5)a7，(6)b5，(7)b8，(8)a1、a10，(9)a8，(10)b2、b3，(11)a2，(12)b6。

本发明第一方面还提供检测大鼠基因组中选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种SNP标记的引物：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991。所述引物用于通过扩增上述SNP以鉴定大鼠种系；所述大鼠是近交系大鼠，优选选自DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

在一个或多个实施方案中，所述SNP标记为a1：第1号染色体的第58587421位核苷酸、a2：第2号染色体的第60469593位核苷酸、a3：第3号染色体的第64565772位核苷酸、a4：第4号染色体的第56083348位核苷酸、a5：第5号染色体的第58635652位核苷酸、a6：第6号染色体的第27174122位核苷酸、a7：第7号染色体的第66622059位核苷酸、a8：第8号染色体的第30646134位核苷酸、a9：第9号染色体的第37510709位核苷酸、a10：第10号染色体的第29551661位核苷酸、a11：第11号染色体的第28771788位核苷酸、b1：第12号染色体的第30938214位核苷酸、b2：第13号染色体的第16388693位核苷酸、b3：第14号染色体的第28088431位核苷酸、b4：第15号染色体的第27932789位核苷酸、b5：第16号染色体的第27361406位核苷酸、b6：第17号染色体的第22776640位核苷酸、b7：第18号染色体的第28463256位核苷酸、b8：第19号染色体的第31473883位核苷酸、b9：第20号染色体的第32191943位核苷酸、b10：第X号染色体的第51753977位核苷酸。

在一个或多个实施方案中，所述引物具有SEQ ID NO:1-42中任意所示序列。

在一个或多个实施方案中，检测a1的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65970293或第1号染色体第58587421位核苷酸。优选地，检测a1的引物包含SEQ ID NO:1和/或2所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a2的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106996961或第2号染色体第60469593位核苷酸。优选地，检测a2的引物包含SEQ ID NO:3和/或4所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a3的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs63860341或第3号染色体第64565772位核苷酸。优选地，检测a3的引物包含SEQ ID NO:5和/或6所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a4的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64750237或第4号染色体第56083348位核苷酸。优选地，检测a4的引物包含SEQ ID NO:7和/或8所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a5的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs107261116或第5号染色体第58635652位核苷酸。优选地，检测a5的引物包含SEQ ID NO:9和/或10所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a6的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64102787或第6号染色体第27174122位核苷酸。优选地，检测a6的引物包含SEQ ID NO:11和/或15所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a7的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs105187832或第7号染色体第66622059位核苷酸。优选地，检测a7的引物包含SEQ ID NO:13和/或14所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a8的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106114574或第8号染色体第30646134位核苷酸。优选地，检测a8的引物包含SEQ ID NO:15和/或16所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a9的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:17和18作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64682441或第9号染色体第37510709位核苷酸。优选地，检测a9的引物包含SEQ ID NO:17和/或18所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a10的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65067166或第10号染色体第29551661位核苷酸。优选地，检测a10的引物包含SEQ ID NO:19和/或20所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测a11的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs8167985或第11号染色体第28771788位核苷酸。优选地，检测a11的引物包含SEQ ID NO:21和/或22所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b1的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106672258或第12号染色体第30938214位核苷酸。优选地，检测b1的引物包含SEQ ID NO:23和/或24所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b2的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65921305或第13号染色体第16388693位核苷酸。优选地，检测b2的引物包含SEQ ID NO:25和/或26所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b3的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:27和28作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106335590或第14号染色体第28088431位核苷酸。优选地，检测b3的引物包含SEQ ID NO:27和/或29所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b4的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106458396或第15号染色体第27932789位核苷酸。优选地，检测b4的引物包含SEQ ID NO:29和/或30所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b5的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106888236或第16号染色体第27361406位核苷酸。优选地，检测b5的引物包含SEQ ID NO:31和/或32所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b6的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs63814610或第17号染色体第22776640位核苷酸。优选地，检测b6的引物包含SEQ ID NO:33和/或34所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b7的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs8152541或第18号染色体第28463256位核苷酸。优选地，检测b7的引物包含SEQ ID NO:35和/或36所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b8的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:37和38作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs105824121或第19号染色体第31473883位核苷酸。优选地，检测b8的引物包含SEQ ID NO:37和/或38所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b9的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs13453252或第20号染色体第32191943位核苷酸。优选地，检测b9的引物包含SEQ ID NO:39和/或40所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，检测b10的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65108991或第X号染色体第51753977位核苷酸。优选地，检测b10的引物包含SEQ ID NO:41和/或42所示的序列；或与其有至少90％相同性的序列。

在一个或多个实施方案中，所述引物在严谨条件下与各相应扩增产物杂交。

本发明第一方面还提供检测大鼠基因组中选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种SNP标记的探针：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991。所述探针用于通过探测上述SNP以鉴定大鼠种系；所述大鼠是近交系大鼠，优选选自DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

在一个或多个实施方案中，所述探针选自：(1)具有SEQ ID NO:43-84中任一所示序列的探针，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a1的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第1号染色体第58587421位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个胸腺嘧啶核苷酸(T)。优选地，检测a1的探针选自(1)SEQ ID NO:43和/或44，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a2的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第2号染色体第60469593位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a2的探针选自(1)SEQ ID NO:45和/或46，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a3的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第3号染色体第64565772位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a3的探针选自(1)SEQ ID NO:47和/或48，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a4的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第4号染色体第56083348位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a4的探针选自(1)SEQ ID NO:49和/或50，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a5的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第5号染色体第58635652位核苷酸，所述核苷酸是G或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a5的探针选自(1)SEQ ID NO:51和/或52，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a6的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第6号染色体第27174122位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a6的探针选自(1)SEQ ID NO:53和/或54，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a7的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第7号染色体第66622059位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a7的探针选自(1)SEQ ID NO:55和/或56，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a8的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第8号染色体第30646134位核苷酸，所述核苷酸是A或T；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a8的探针选自(1)SEQ ID NO:57和/或58，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a9的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:17和18作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第9号染色体第37510709位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a9的探针选自(1)SEQ ID NO:59和/或60，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a10的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第10号染色体第29551661位核苷酸，所述核苷酸是G或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a10的探针选自(1)SEQ ID NO:61和/或62，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测a11的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第11号染色体第28771788位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测a11的探针选自(1)SEQ ID NO:63和/或64，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b1的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第12号染色体第30938214位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b1的探针选自(1)SEQ ID NO:65和/或66，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b2的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第13号染色体第16388693位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b2的探针选自(1)SEQ ID NO:67和/或68，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b3的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:27和28作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第14号染色体第28088431位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b3的探针选自(1)SEQ ID NO:69和/或70，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b4的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第15号染色体第27932789位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b4的探针选自(1)SEQ ID NO:71和/或72，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b5的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第16号染色体第27361406位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b5的探针选自(1)SEQ ID NO:73和/或74，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b6的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第17号染色体第22776640位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b6的探针选自(1)SEQ ID NO:75和/或76，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b7的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第18号染色体第28463256位核苷酸，所述核苷酸是A或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b7的探针选自(1)SEQ ID NO:77和/或78，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b8的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:37和38作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第19号染色体第31473883位核苷酸，所述核苷酸是A或G；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b8的探针选自(1)SEQ ID NO:79和/或80，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b9的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第20号染色体第32191943位核苷酸，所述核苷酸是G或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b9的探针选自(1)SEQ ID NO:81和/或82，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，检测b10的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第X号染色体第51753977位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和(2)(1)的互补序列。所述探针在5’段还可包含10-50、12-40、16-36个T。优选地，检测b10的探针选自(1)SEQ ID NO:83和/或84，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

在一个或多个实施方案中，上述探针是适用于LDR实验的特异性探针。

在一个或多个实施方案中，本文所述探针还包括适用于LDR实验的通用探针。

在一个或多个实施方案中，所述通用探针具有如下特征：识别上述任一SNP的相应扩增产物但识别区域不包含该SNP位点，能在LDR实验中与特异性探针连接，并且任选地在3’段包含10-50、15-45、21-41个T。

在一个或多个实施方案中，所述通用探针选自(1)SEQ ID NO:84-104中的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种，或与之具有70％序列相同性的突变体，和(2)(1)的互补序列。

本发明第一方面还提供一种试剂盒，其含有用于大鼠基因组中选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种SNP标记的试剂：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991。所述试剂盒用于检测上述SNP以鉴定大鼠种系；所述大鼠是近交系大鼠，优选选自DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

在一个或多个实施方案中，所述试剂包含检测相应SNP标记的引物，任选包含检测相应SNP标记的探针，和任选包含具有相应SNP标记的核酸分子。

在一个或多个实施方案中，所述试剂盒包含：本文第一方面中任一实施方案所述的引物，任选的本文第一方面中任一实施方案所述的探针和任选的本文第一方面中任一实施方案所述的核酸分子。

在一个或多个实施方案中，所述试剂盒还包含PCR所需试剂和任选的LDR所需试剂。PCR所需试剂包括聚合酶、dNTP、缓冲液或Mg²⁺。LDR所需试剂包括连接酶(例如Taq)、缓冲液。

本发明第二方面提供鉴定大鼠株系或对大鼠进行SNP分型的方法，所述方法包括，

(1)检测大鼠基因组以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991；

(2)根据表5鉴定大鼠基因型或对大鼠进行SNP分型。

在一个或多个实施方案中，所述大鼠是近交系大鼠，优选选自DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

在一个或多个实施方案中，所述方法包括选自以下的一个或多个步骤：

检测b9所示的SNP，根据表5鉴定是否是DA系大鼠；其中，b9是C指示DA系大鼠，而b9是G指示PVG、Lewis、BN或F344大鼠；

检测b1、b4、b7中一种或多种所示的SNP，根据表5鉴定是否是PVG系大鼠；其中，b1是C、b4是C或b7是A指示PVG系大鼠，而b1是T、b4是T或b7是G指示DA、Lewis、BN或F344大鼠；

检测a4所示的SNP，根据表5鉴定是否是F344系大鼠；其中，a4是C指示F344系大鼠，而a4是T指示PVG、Lewis、BN或DA大鼠；

检测a3、a5、a11中一种或多种所示的SNP，根据表5鉴定是否是BN系大鼠；其中，a3是C、a5是G或a11是T指示BN系大鼠，而a3是T、a5是C或a11是G指示DA、Lewis、PVG或F344大鼠；

检测a7所示的SNP，根据表5鉴定是否是DA或Lewis系大鼠；其中，a7是T指示DA或Lewis系大鼠，而a7是G指示PVG、BN或F344大鼠；

检测b5所示的SNP，根据表5鉴定是否是DA或PVG系大鼠；其中，b5是A指示DA或PVG系大鼠，而b5是C指示Lewis、BN或F344大鼠；

检测b8所示的SNP，根据表5鉴定是否是DA或F344系大鼠；其中，b8是G指示DA或F344系大鼠，而b8是A指示Lewis、BN或PVG大鼠；

检测a1和/或a10所示的SNP，根据表5鉴定是否是DA或BN系大鼠；其中，a1是T或a10是G指示DA或BN系大鼠，而a1是C或a10是C指示Lewis、F344或PVG大鼠；

检测a8所示的SNP，根据表5鉴定是否是Lewis或PVG系大鼠；其中，a8是A指示Lewis或PVG系大鼠，而a8是T指示DA、F344或BN大鼠；

检测b2和/或b3所示的SNP，根据表5鉴定是否是Lewis或BN系大鼠；其中，b2是T或b3是G指示Lewis或BN系大鼠，而b2是G或b3是T指示DA、F344或PVG大鼠；

检测a2所示的SNP，根据表5鉴定是否是F344或PVG系大鼠；其中，a2是T指示F344或PVG系大鼠，而a2是G指示DA、Lewis或BN大鼠；

检测b6所示的SNP，根据表5鉴定是否是BN或PVG系大鼠；其中，b6是C指示BN或PVG系大鼠，而b6是T指示DA、Lewis、F344大鼠。

在一个或多个实施方案中，所述检测包含PCR，更优选地，所述检测是荧光定量PCR、PCR-LDR、HRM检测或测序。

在一个或多个实施方案中，所述检测包括使用本文第一方面中所述的引物、探针和/或核酸分子进行检测。

本发明第三方面提供鉴定大鼠基因漂变的方法，所述方法包括：

(1)检测待测种系大鼠基因组以下SNP标记的一种或多种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991；

(2)根据表5鉴定大鼠种系是否发生基因漂变，

其中，若检测结果与表5中不同，则该株系在相应SNP位点发生基因漂变。

各SNP位点的特征如本文第一方面中任一实施方案所述。

本发明还提供检测大鼠基因组中的SNP标记的试剂在鉴定大鼠株系、对大鼠进行SNP分型或鉴定大鼠基因漂变中的用途，其中，所述SNP标记选自以下的一种或多种，优选至少3种或任意9种、10种、11种或更多种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991。

各SNP位点的特征如本文第一方面中任一实施方案所述。

使用检测结果对鉴定大鼠的方法如本文第二方面中任一实施方案所述。

使用检测结果鉴定大鼠基因漂变的的方法如本文第三方面中任一实施方案所述。

本发明有益效果：

(1)可用于近交系大鼠遗传质量检测，也可用于判断动物质量状况。

(2)扩增产物和探针经过仔细设计优化和反复筛选，在确保检测结果有效性的情况下将21个SNP位点分为两组，每组的试剂可混合进行多重PCR-LDR检测，操作方法简便，高效、成本低。

附图说明

图1是a1-a11多重PCR-LDR电泳结果图。

图2是a1-a7和a9-a11多重PCR-LDR电泳结果图。

图3是b1-b2和b4-b10多重PCR-LDR电泳结果图。

图4是b3单重PCR-LDR电泳结果图。

具体实施方式

本发明涉及利用PCR-LDR高通量基因分型技术平台构建大鼠近交系遗传质量检测方案，通过SNP快速分析近交系大鼠的遗传背景。本文方法适用于近交系大鼠，例如DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

本文中，SNP(single nucleotide polymorphism，即单核苷酸多态性)是一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性通常仅涉及到单个碱基的变异，例如转换、颠换、插入和缺失等。

发明人经过反复实验和验证，筛选到21个可用于大鼠鉴定的SNP位点，这些SNP位点可以不同程度地鉴定5种大鼠近交系。此外，发明人尝试了多种检测方法，通过对引物和探针的设计优化，发现利用PCR-LDR方法检测可以在同一反应管中同时检测10或11个不同SNP位点，大大提高了分型效率。SNP位点如表2所示。

本文所述“样品”是来自对象的任意类型的含多核苷酸的样品。优选地，本文所述样品来自或包含大鼠器官、组织、细胞、核酸或包含大鼠器官、组织、细胞、核酸的产品，包括但不限于血液、血清、血浆、组织液、肌肉细胞、脂肪细胞、上皮细胞等。DNA可以是基因组DNA。

术语“核酸”或“多核苷酸”指单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸(DNA)或核糖核苷酸聚合物(RNA)，及其互补物。在一个或多个实施方案中，所述样品包含基因组DNA。获取样品中DNA的方法不受特别限制，本领域周知适用于本文的DNA提取方法。

DNA基本组成单位是脱氧核糖核苷酸，经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。每个脱氧核糖核苷酸由磷酸、脱氧核糖和碱基组成。DNA的碱基(bp)主要有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)。在双链DNA的双螺旋结构中，A与T经氢键配对，G与C经氢键配对。DNA形式包括cDNA、基因组DNA、片段化DNA或人工合成的DNA。DNA可以是单链的或是双链的。DNA可以为任意长度，例如50-500bp，100-400bp，150-300bp或200-250bp。

本文所述“引物”是指在核苷酸聚合作用起始时，引导合成的一种具有特定核苷酸序列的核酸分子。引物组合物包含一种或多种引物。引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应(PCR)、qPCR、测序和探针合成等。引物可以为任意长度，例如5-200bp，10-100bp，20-800bp或25-50bp。

本发明引物用于检测SNP。本文所述引物能扩增出选自以下序列的一种或多种、优选至少3种或任意9种或更多种，或者所述引物的扩增产物包含选自以下序列的一种或多种、优选至少3种或任意9种或更多种：由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65970293或第1号染色体第58587421位核苷酸；由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106996961或第2号染色体第60469593位核苷酸；由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs63860341或第3号染色体第64565772位核苷酸；由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64750237或第4号染色体第56083348位核苷酸；由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs107261116或第5号染色体第58635652位核苷酸；由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64102787或第6号染色体第27174122位核苷酸；由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs105187832或第7号染色体第66622059位核苷酸；由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106114574或第8号染色体第30646134位核苷酸；由SEQ ID NO:17和18作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64682441或第9号染色体第37510709位核苷酸；由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65067166或第10号染色体第29551661位核苷酸；由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs8167985或第11号染色体第28771788位核苷酸；由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106672258或第12号染色体第30938214位核苷酸；由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65921305或第13号染色体第16388693位核苷酸；由SEQ ID NO:27和28作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106335590或第14号染色体第28088431位核苷酸；由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106458396或第15号染色体第27932789位核苷酸；由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106888236或第16号染色体第27361406位核苷酸；由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs63814610或第17号染色体第22776640位核苷酸；由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs8152541或第18号染色体第28463256位核苷酸；由SEQ ID NO:37和38作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs105824121或第19号染色体第31473883位核苷酸；由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs13453252或第20号染色体第32191943位核苷酸；由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65108991或第X号染色体第51753977位核苷酸。

具体实施方案中，本发明PCR扩增所用引物具有SEQ ID NO:1-42中任一所示序列。这些引物与SNP位点的关系如表3所示。

本文所述“识别”或“杂交”指核酸在严谨条件下杂交。核酸杂交的严谨条件本领域技术人员已知。优选地，所述条件是使得序列彼此至少约65％、70％、75％、85％、90％、95％、98％或99％同源，通常保持彼此杂交。严谨杂交条件的非限制性实例是在含有6xSSC、50mM Tris-HCl(pH7.5)、1m MEDTA、0.02％PVP、0.02％Ficolll、0.02％BSA和500mg/ml变性鲑鱼精子DNA的高盐缓冲剂中在65℃杂交，和任选的在0.2xSSC、0.01％BSA中50℃洗涤一次或两次。

本发明也可采用探针来检测本发明所述的SNP。本文所述“探针”是识别目的序列(与目的序列互补)的核酸序列(DNA或RNA)。探针通过分子杂交与目的基因结合，产生杂交信号，从而显示目的基因。探针可以包括整个目的序列，也可以是目的序列的片段。探针可以是DNA，也可以是由之转录而来的RNA。通常，探针带有检测标记，例如荧光标记。所述荧光标记包括但不限于FAM、CY5和VIC。本领域知晓适用于本文探针的荧光标记以及将其与探针连接的方法。

本文所述探针包括：(a)选自以下的一种或多种，优选至少3种或任意9种或更多种，或与之具有70％序列相同性的突变体：识别由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第1号染色体第58587421位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第2号染色体第60469593位核苷酸，所述核苷酸是T或G；识别由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第3号染色体第64565772位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第4号染色体第56083348位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第5号染色体第58635652位核苷酸，所述核苷酸是G或C；识别由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第6号染色体第27174122位核苷酸，所述核苷酸是A或C；识别由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第7号染色体第66622059位核苷酸，所述核苷酸是T或G；识别由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第8号染色体第30646134位核苷酸，所述核苷酸是A或T；识别由SEQ ID NO:17和18作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第9号染色体第37510709位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第10号染色体第29551661位核苷酸，所述核苷酸是G或C；识别由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第11号染色体第28771788位核苷酸，所述核苷酸是T或G；识别由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第12号染色体第30938214位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第13号染色体第16388693位核苷酸，所述核苷酸是T或G；识别由SEQ ID NO:27和28作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第14号染色体第28088431位核苷酸，所述核苷酸是T或G；识别由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第15号染色体第27932789位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第16号染色体第27361406位核苷酸，所述核苷酸是A或C；识别由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第17号染色体第22776640位核苷酸，所述核苷酸是T或C；识别由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第18号染色体第28463256位核苷酸，所述核苷酸是A或G；识别由SEQ IDNO:37和38作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第19号染色体第31473883位核苷酸，所述核苷酸是A或G；识别由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第20号染色体第32191943位核苷酸，所述核苷酸是G或C；识别由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第X号染色体第51753977位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和/或(b)(a)的互补序列。

具体实施方案中，本发明所用PCR-LDR方法中的探针包括两条特异性探针和一条通用探针。示例性特异性探针具有SEQ ID NO:43-84中任一所示序列；示例性通用探针具有SEQ ID NO:85-104中任一所示序列；这些探针与SNP位点的关系如表4所示。本文所用通用探针与标记物(例如荧光标记FAM)偶联。

本文术语“变体”或“突变体”是指与参照序列相比，通过一个或多个核苷酸的插入、缺失或取代使核酸序列发生变化同时保留其与其他核酸杂交能力的多核苷酸。本文任一实施方案所述的突变体包括与参照序列(如本文所述的SEQ ID NO:1-12)具有至少70％，优选至少80％，优选至少85％，优选至少90％，优选至少95％，优选至少97％的序列相同性并保留参照序列的生物学活性的核苷酸序列。可采用例如NCBI的BLASTn计算两条比对的序列之间的序列相同性。突变体还包括在参照序列的和核苷酸序列中具有一个或多个突变(插入、缺失或取代)、同时仍保留参照序列生物学活性的核苷酸序列。所述多个突变通常指1－10个以内，例如1－8个、1－5个或1－3个。取代可以是嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸之间的取代，也可以是嘌呤核苷酸之间或嘧啶核苷酸之间的取代。取代优选是保守性取代。例如，在本领域中，用性能相近或相似的核苷酸进行保守性取代时，通常不会改变多核苷酸的稳定性和功能。保守性取代例如嘌呤核苷酸之间的(A与G)的互换，嘧啶核苷酸之间的(T或U与C)的互换。因此，在本发明多核苷酸中用来自同一残基替换一个或几个位点，将不会在实质上影响其活性。当提及与本发明所述的引物(如SEQ ID NO:1-42)或探针(如SEQ ID NO:43-105)具有至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少97％序列相同性的突变体时，优选地，这些突变体在高严谨条件下可与包含上述引物的相应扩增产物的DNA序列杂交。在提及探针时，上述突变不包括探针中识别相应SNP的核苷酸的突变。

本发明另一方面提供鉴定大鼠株系或对大鼠进行SNP分型的方法，所述方法包括，(1)检测本文所述的SNP；(2)根据表5鉴定大鼠基因型或对大鼠进行SNP分型。具体地，所述方法包括一个或多个如下步骤：通过检测b9所示的SNP，若b9是C指示DA系大鼠，而b9是G指示PVG、Lewis、BN或F344大鼠；又如，通过检测b1、b4、b7中一种或多种所示的SNP，若b1是C、b4是C或b7是A指示PVG系大鼠，而b1是T、b4是T或b7是G指示DA、Lewis、BN或F344大鼠；又如，通过检测a4所示的SNP，若a4是C指示F344系大鼠，而a4是T指示PVG、Lewis、BN或DA大鼠；又如，通过检测a3、a5、a11中一种或多种所示的SNP，若a3是C、a5是G或a11是T指示BN系大鼠，而a3是T、a5是C或a11是G指示DA、Lewis、PVG或F344大鼠；又如，通过检测a7所示的SNP，若a7是T指示DA或Lewis系大鼠，而a7是G指示PVG、BN或F344大鼠；又如，通过检测b5所示的SNP，若b5是A指示DA或PVG系大鼠，而b5是C指示Lewis、BN或F344大鼠；又如，通过检测b8所示的SNP，若b8是G指示DA或F344系大鼠，而b8是A指示Lewis、BN或PVG大鼠；又如，通过检测a1和/或a10所示的SNP，若a1是T或a10是G指示DA或BN系大鼠，而a1是C或a10是C指示Lewis、F344或PVG大鼠；又如，通过检测a8所示的SNP，若a8是A指示Lewis或PVG系大鼠，而a8是T指示DA、F344或BN大鼠；又如，通过检测b2和/或b3所示的SNP，若b2是T或b3是G指示Lewis或BN系大鼠，而b2是G或b3是T指示DA、F344或PVG大鼠；又如，通过检测a2所示的SNP，若a2是T指示F344或PVG系大鼠，而a2是G指示DA、Lewis或BN大鼠；又如，通过检测b6所示的SNP，若b6是C指示BN或PVG系大鼠，而b6是T指示DA、Lewis、F344大鼠。表5以及本文所述SNP基因型在所述近交系大鼠中均为纯合。因此，“a1是T”表示该大鼠的a1所示的SNP的二倍体基因型为TT。

上述步骤中，有些可以直接鉴定出某一种大鼠种系，有些可以区分两种和另外三种大鼠种系，通过上述步骤的组合，可以实现对五种近交系(BN、PVG、DA、Lewis、F344)大鼠中的任意两种、三种、四种或全部五种的区分。

(I)例如，通过检测a7和b5的SNP，若a7是T且b5是A则指示DA系大鼠，若a7是G且b5是A则指示PVG系大鼠，若a7是G且b5是C则指示BN或F344系大鼠，若a7是T且b5是C则指示Lewis系大鼠，这样可将三种大鼠与其他两种区分；此时，只要再检测b8，若b8是G则指示F344系大鼠，若b8是A则指示BN系大鼠。这样可实现五种大鼠的区分：

(II)又如，通过检测a1(或a10)和b2(或b3)的SNP，若a1是T(或a10是G)且b2是T(或b3是G)则指示BN系大鼠，若a1是T(或a10是G)且b2是G(或b3是T)则指示DA系大鼠，若a1是C(或a10是C)且b2是T(或b3是G)则指示F344或PVG大鼠，若a1是C(或a10是C)且b2是G则指示Lewis(或b3是T)系大鼠，这样可将三种大鼠与其他两种区分；此时，只要再检测b6，若b6是T则指示F344系大鼠，若b6是C则指示PVG系大鼠。这样可实现五种大鼠的区分。

(III)再如，通过检测a8和a2所示的SNP，若a8是A且a2是T则指示PVG系大鼠，若a8是A且a2是G则指示Lewis系大鼠，若a8是T且a2是T则指示F344系大鼠，若a8是T且a2是G则指示DA或BN大鼠，这样可将三种大鼠与其他两种区分；此时，只要再检测b6，若b6是T则指示DA系大鼠，若b6是C则指示BM系大鼠。这样可实现五种大鼠的区分。

上述组合仅为示例，本领域技术人员根据表5可以自由组合以实现想要达到的鉴定目的。在区分两种大鼠的技术方案中，至少需要检测上述SNP中1种；在区分三种或四种大鼠的技术方案中，至少需要检测上述SNP中2种。在区分五种大鼠的技术方案中，至少需要检测上述SNP中3种。一些示例性的检测组合如下表1所示。需要指出的是，表1中所列的SNP组合并非穷举的，本领域技术人员根据表5的公开和上述(I)-(III)的描述可以容易地获得所有适用的SNP组合。

表1

上表中的任一SNP可以被以下12组的组内其他SNP位点替代：(1)b9，(2)b1、b4、b7，(3)a4，(4)a3、a5、a11，(5)a7，(6)b5，(7)b8，(8)a1、a10，(9)a8，(10)b2、b3，(11)a2，(12)b6。例如表中的a1可以被第(8)组中的a10替代，而b1可以被第(2)组中的b4或b7替代。

此外，表中的SNP组合仅为检测所需的最少SNP或其组合，任一组合中都可以加入本文所述的任意其他SNP。例如，a1可以区分DA、Lewis两种大鼠，那么a1与任意种类和数量的其他SNP(例如a2-a11和b1-b10中的任意1种或多种)也可以实现该区分；又如a1和a2可以区分DA、Lewis、PVG三种大鼠，那么a1和a2与任意种类和数量的其他SNP(例如a3-a11和b1-b10中的任意1种或多种)也可以实现相同区分；以此类推。

本发明还提供鉴定大鼠基因漂变的方法，所述方法包括：(1)检测某种系大鼠基因组本文所述SNP标记的一种或多种；(2)根据表5鉴定大鼠种系是否发生基因漂变，其中，若检测结果与表5中不同，则该株系在相应SNP位点发生基因漂变。

用本领域检测SNP的常规方法即可检测大鼠SNP，本领域周知适用于本文的SNP标记检测方法，包括但不限于：测序、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCR-SSCP)、PCR-LDR、实时荧光定量PCR与高分辨率熔解曲线分析(HRM)、荧光探针法定量PCR、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-restriction fragment length polymorphism，PCR-RFLP)及飞行时间质谱等。这些方法的过程和所用试剂本领域周知，包括除引物和/或探针以外的其他试剂，例如缓冲液、金属离子、dNTP、荧光团、聚合酶、连接酶等。DNA测序包括一代、二代、三代测序。

对于不同SNP的检测可以同时或顺序进行。例如可将检测不同SNP的引物、探针混合在一起用于同时检测样品中的多个不同SNP。示例性地，发明人通过优化PCR-LDR同时检测9种(b1-b2和b4-b10)、10种(a1-a7和a9-a11)或11种(a1-a11)SNP，最终构建9-11重SNP检测方案。即，将检测a1-a11的本文所述的PCR引物(SEQ ID NO:1-22)混合，同时进行扩增，然后与或a1-a11的本文所述的LDR探针(包括特异性探针和通用探针，SEQ ID NO:43-64和85-95)一起组合进行LDR反应并检测；或者将检测a1-a7和a9-a11的本文所述的PCR引物(SEQID NO:1-14和17-22)混合，同时进行扩增，然后与a1-a7和a9-a11的本文所述的LDR探针(包括特异性探针和通用探针，SEQ ID NO:43-56、59-64、85-91和93-95)一起组合进行LDR反应并检测；或者将检测b1-b2和b4-b10的本文所述的PCR引物(SEQ ID NO:23-26和29-42)混合，同时进行扩增，然后与b1-b2和b4-b10的本文所述的LDR探针(包括特异性探针和通用探针，SEQ ID NO:65-68、71-84、96-97和99-105)一起组合进行LDR反应并检测。发明人通过大量实验证实，上述混合检测可以在不影响检测结果的同时显著提高效率。

PCR-LDR法检测SNP的步骤包括利用引物进行样品DNA的PCR扩增，获得含有SNP位点的扩增片段；使用LDR探针对所述扩增片段进行LDR连接反应，获得连接产物；检测LDR连接产物大小，从而获得所述DNA中的相应SNP标记的基因型。

根据本发明的一些具体示例，通过对待测样品进行本文所述的SNP标记的检测来鉴定大鼠的方法进一步包括：提取样品中的DNA；利用引物SEQ ID NO:1-22，或SEQ ID NO:1-14和17-22，或SEQ ID NO:23-26和29-42，进行DNA的PCR，获得扩增产物；使用SEQ ID NO:43-64和85-95，或SEQ ID NO:43-56、59-64、85-91和93-95，或SEQ ID NO:65-68、71-84、96-97和99-105所示的探针对所述扩增产物进行LDR连接反应，获得连接产物；通过测序确定LDR连接产物大小，从而获得所述DNA中的本文所述SNP标记的基因型。

示例性的PCR反应体系为：总反应体积为10μL，其中含10×PCR缓冲溶液1μL，GC 1μL，上下游引物(0.5pmol/L)各1uL，dNTP(各2.5mmol/L)0.8μL，镁离子终浓度为3mmol/L，Taq酶(5U/μL)：0.05μL，50-100ng基因组DNA：1μL，纯水补足10μL。示例性的PCR反应程序为：95℃15min；94℃30s→50℃～65℃90s→72℃1min，共35个循环；72℃10min；10℃保持。

示例性的LDR反应体系为：总反应体积为10μL：其中含10×Buffer 1μl，位点特异探针(0.5pmol/L)各1μl，模板(PCR产物)4μl，Taq DNA链接酶(40units/μL)0.1μl，加水补足10μl。示例性的LDR反应程序为：95℃2min；94℃30s→50℃2min，共30个循环；10℃保持。

示例性测序步骤包括：用自动测序仪(例如ABI3730)进行检测，数据通过软件(例如GeneMapperlD v3.2)分析将各种荧光标记的LDR电泳带转变成相应的扫描吸收峰(如图1-4所示)。再通过与已知分子量标准的内参比较，确定LDR连接产物大小。

本发明还提供一种试剂盒，其含有用于检测本发明所述的大鼠基因组中的一种或多种SNP标记的试剂。所述试剂可以是本文任一实施方案所述的引物和/或探针。任选地，该试剂盒还包括本发明所述的核酸分子(即扩增产物)，该核酸分子可用作内标或阳性对照。试剂盒中还可含有实施PCR和/或LDR所需的各种试剂，如缓冲液、酶、dNTP等。试剂盒中还可含有从大鼠样品中提取DNA的试剂，例如裂解液和醇。在一优选的实施方案中，本发明的试剂盒含有：SEQ ID NO:1-22，或SEQ ID NO:1-14和17-22，或SEQ ID NO:23-26和29-42所示的引物序列，以及SEQ ID NO:43-64和85-95，或SEQ ID NO:43-56、59-64、85-91和93-95，或SEQ ID NO:65-68、71-84、96-97和99-105所示的探针。

下文将以具体实施例的方式阐述本发明。应理解，这些实施例仅仅是阐述性的，并非意图限制本发明。实施例中所用到的材料和方法，除非另有说明，否则为本领域常规的材料和方法。

实施例

实施例1：用SNP位点检测近交系大鼠

(1)实验动物样本

选择5个SPF级近交系大鼠DA、PVG、Lewis、BN、F344，由上海市计划生育科学研究所实验动物经营部提供，每个品系12-16只，雌雄各半，取大鼠鼠尾0.5cm组织，采用Tiangen(田根生化科技有限公司)组织基因组试剂盒抽提基因组DNA，操作步骤依说明书进行。用ND-1000紫外－可见光分光光度计检测DNA浓度，浓度高于50ng/μL可作为模板用于后续的多重PCR扩增，-20℃保存备用。

(2)SNP位点

从网站(https://asia.ensembl.org/index.html)获取大鼠SNP位点后，发明人经过反复实验筛选到下表所示的SNP位点。

表2，筛选的SNP位点

将PCR产物控制在100-400bp之间，引物设计借助primer3在线软件(http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)完成，并针对这些SNP位点设计位点特异性探针，LDR产物长度为80～130bp。上述SNP位点的检测分为两组，每组进行多重PCR-LDR检测。

引物和扩增产物信息如下表所示：

表3

LDR探针和产物信息如下表所示：

表4

(3)多重PCR-LDR反应

以DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠的DNA为模板，进行PCR扩增。

PCR反应体系如下表所示：

PCR反应程序如下表所示：

以PCR产物为模板进行LDR连接，

LDR反应体系如下表所示：

LDR反应程序如下表所示：

(4)PCR-LDR产物检测

LDR连接产物用ABI3730自动测序仪进行检测。数据通过GeneMapperlD v3.2软件分析可将各种荧光标记(FAM)的LDR电泳带转变成相应的扫描吸收峰。再通过与已知分子量标准的内参比较，确定LDR连接产物大小。结果如图1-4和表5所示。图1-4分别是a1-a11；a1-a7和a9-a11；b1-b2和b4-b10；b3的PCR-LDR电泳结果图。可以看出，各SNP位点在大鼠株系中稳定，可以有效地用于大鼠鉴定。此外，图1-3所示的SNP组合可以以多重形式同时检测而不会互相影响，高效、快速并且成本低。

表5

序列表

<110> 上海实验动物研究中心

上海市计划生育科学研究所实验动物经营部

<120> 大鼠遗传背景相关SNP及其用途

<130> 212832 1CNCN

<160> 105

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 1

tgcacattgg gactgcttta 20

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 2

atctggcatg gacagagctt 20

<210> 3

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 3

atagggccaa ggtcccattc 20

<210> 4

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 4

gaaaagaacg ctaatcacag gaca 24

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 5

caatgaatca aaggcaacca 20

<210> 6

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 6

ccacggtccc tatgtgaact 20

<210> 7

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 7

caggtatggc tttggaggaa 20

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 8

gttttcagct ggagctgtcc 20

<210> 9

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 9

cagcattggc aagtcttcct 20

<210> 10

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 10

tgataaaagg agcagcagca 20

<210> 11

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 11

cggggatcaa agagacaaaa 20

<210> 12

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 12

atagtgccaa agcccaacac 20

<210> 13

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 13

agactactgg gctgctcacc 20

<210> 14

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 14

catggcacac ctttctttca 20

<210> 15

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 15

ggccccctaa tttccataaa 20

<210> 16

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 16

tccaaacatc tctggtgtgc 20

<210> 17

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 17

gctggaagtc tctggagtgg 20

<210> 18

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 18

acaagtggac tggctcaggt 20

<210> 19

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 19

atccctctct ttgccaggat 20

<210> 20

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 20

gtagggtgag gctgcttctg 20

<210> 21

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 21

accccctctt gctttctgtt 20

<210> 22

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 22

ctgctcttgg atgaaaacca 20

<210> 23

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 23

gcccttccca aggtcatact 20

<210> 24

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 24

aaagcacaaa aatgccatcc 20

<210> 25

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 25

aacctggtga tttgtcagag c 21

<210> 26

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 26

ggcagactcc aggaagattg 20

<210> 27

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 27

attagccacg gatgaagtgg 20

<210> 28

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 28

tttgctgtct ggctgatgac 20

<210> 29

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 29

agagcagctg ccaaaatagc 20

<210> 30

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 30

aaacctggct ttagcaagca 20

<210> 31

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 31

tgtgaagaac acaggctctc c 21

<210> 32

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 32

tgccaaacac catgtaatga a 21

<210> 33

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 33

taggacaggg ggaacaactg 20

<210> 34

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 34

cccaagcatc cttgactgtt 20

<210> 35

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 35

cgtgtcattc ctgactgtgg 20

<210> 36

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 36

acaggagctg gcactgaatc 20

<210> 37

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 37

ttctgcaatc aagggtggat 20

<210> 38

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 38

ggccaccaaa gatacacagg 20

<210> 39

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 39

tacgccattt tgcgacatta 20

<210> 40

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 40

ggttccctac gaggaacgac 20

<210> 41

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 41

catcccagaa gccctgttta 20

<210> 42

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 42

gaagtcagtg ctgtgcctca 20

<210> 43

<211> 41

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 43

tttttttttt ttttttagaa gctatcccag tgttatggac a 41

<210> 44

<211> 43

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 44

tttttttttt ttttttttag aagctatccc agtgttatgg acg 43

<210> 45

<211> 43

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 45

tttttttttt tttttttttg aaaaatttat tcacaaaata aac 43

<210> 46

<211> 45

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 46

tttttttttt tttttttttt tgaaaaattt attcacaaaa taaaa 45

<210> 47

<211> 45

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 47

tttttttttt tttttttttt ctctggcgac tcaagccctt caccg 45

<210> 48

<211> 47

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 48

tttttttttt tttttttttt ttctctggcg actcaagccc ttcacca 47

<210> 49

<211> 47

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 49

tttttttttt tttttttttt ttttgaaggc ttaaagagga taaagga 47

<210> 50

<211> 49

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 50

tttttttttt tttttttttt ttttttgaag gcttaaagag gataaaggg 49

<210> 51

<211> 49

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 51

tttttttttt tttttttttt ttttccttaa gaaaaaaaaa actgttctc 49

<210> 52

<211> 51

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 52

tttttttttt tttttttttt ttttttcctt aagaaaaaaa aaactgttct g 51

<210> 53

<211> 51

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 53

tttttttttt tttttttttt ttttttcttt accccgcctg tcagctccca g 51

<210> 54

<211> 53

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 54

tttttttttt tttttttttt ttttttttct ttaccccgcc tgtcagctcc cat 53

<210> 55

<211> 53

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 55

tttttttttt tttttttttt ttttttttag ctacttccgt ttatgaataa acc 53

<210> 56

<211> 55

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 56

tttttttttt tttttttttt tttttttttt agctacttcc gtttatgaat aaaca 55

<210> 57

<211> 55

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 57

tttttttttt tttttttttt tttttttttt tcccacttcc ttactatttg actca 55

<210> 58

<211> 57

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 58

tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttcccactt ccttactatt tgactct 57

<210> 59

<211> 57

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 59

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttcatatccc aaatagcaag gctcaga 57

<210> 60

<211> 59

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 60

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttcatatc ccaaatagca aggctcagg 59

<210> 61

<211> 59

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 61

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttccaagc tacctccttc acatccagc 59

<210> 62

<211> 61

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 62

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttccaa gctacctcct tcacatccag 60

g 61

<210> 63

<211> 61

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 63

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttgaga aaggaataat tggaggttac 60

a 61

<210> 64

<211> 63

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 64

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttttga gaaaggaata attggaggtt 60

acc 63

<210> 65

<211> 41

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 65

tttttttttt ttttttagcc atgcccccag acacctcgat a 41

<210> 66

<211> 43

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 66

tttttttttt ttttttttag ccatgccccc agacacctcg atg 43

<210> 67

<211> 43

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 67

tttttttttt tttttttttc tttcattgaa tgttgaattt aca 43

<210> 68

<211> 45

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 68

tttttttttt tttttttttt tctttcattg aatgttgaat ttacc 45

<210> 69

<211> 45

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 69

tttttttttt tttttttttt agaaagaaca gactcactca attcc 45

<210> 70

<211> 47

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 70

tttttttttt tttttttttt ttagaaagaa cagactcact caattca 47

<210> 71

<211> 47

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 71

tttttttttt tttttttttt ttaaacctgg ctttagcaag caatgta 47

<210> 72

<211> 49

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 72

tttttttttt tttttttttt ttttaaacct ggctttagca agcaatgtg 49

<210> 73

<211> 49

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 73

tttttttttt tttttttttt ttttagtctg tacaacagta tcaacgaag 49

<210> 74

<211> 51

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 74

tttttttttt tttttttttt ttttttagtc tgtacaacag tatcaacgaa t 51

<210> 75

<211> 51

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 75

tttttttttt tttttttttt ttttttcagg cactgaggta ggtaccaggc g 51

<210> 76

<211> 53

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 76

tttttttttt tttttttttt ttttttttca ggcactgagg taggtaccag gca 53

<210> 77

<211> 53

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 77

tttttttttt tttttttttt tttttttttc ctgaggacat ctgcatcaca ctc 53

<210> 78

<211> 55

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 78

tttttttttt tttttttttt tttttttttt tcctgaggac atctgcatca cactt 55

<210> 79

<211> 55

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 79

tttttttttt tttttttttt tttttttttt atcagtttga ttagttaaga acctt 55

<210> 80

<211> 57

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 80

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttatcagttt gattagttaa gaacctc 57

<210> 81

<211> 57

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 81

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttggttccct acgaggaacg acgctgc 57

<210> 82

<211> 59

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 82

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttggttcc ctacgaggaa cgacgctgg 59

<210> 83

<211> 59

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 83

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttaagtca gtgctgtgcc tcagtctat 59

<210> 84

<211> 61

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 84

tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttaagt cagtgctgtg cctcagtcta 60

g 61

<210> 85

<211> 41

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 85

gaaagcacac atataagaag tttttttttt tttttttttt t 41

<210> 86

<211> 43

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 86

actatttaca gaatgggacc tttttttttt tttttttttt ttt 43

<210> 87

<211> 45

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 87

tgactgttgt tccgaattac tttttttttt tttttttttt ttttt 45

<210> 88

<211> 47

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 88

gataaaacac actgggaatg tttttttttt tttttttttt ttttttt 47

<210> 89

<211> 49

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 89

taaacccttg ctgttccact tttttttttt tttttttttt ttttttttt 49

<210> 90

<211> 51

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 90

cagtctagac ctctgcctcc tttttttttt tttttttttt tttttttttt t 51

<210> 91

<211> 53

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 91

cccaagcggt gagcagccca tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttt 53

<210> 92

<211> 55

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 92

aagcagtata cagtctggag tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttt 55

<210> 93

<211> 57

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 93

attagcagag agtaagacag tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttt 57

<210> 94

<211> 59

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 94

caagtcatct atgcttcttc tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttttt 59

<210> 95

<211> 61

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 95

cacaaattcc agaatttccc tttttttttt tttttttttt tttttttttt tttttttttt 60

t 61

<210> 96

<211> 41

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 96

tgggggtagg atattggagt tttttttttt tttttttttt t 41

<210> 97

<211> 43

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 97

gggaaaaata gatttgcagt tttttttttt tttttttttt ttt 43

<210> 98

<211> 45

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 98

tgttaataaa acaaacatat tttttttttt tttttttttt ttttt 45

<210> 99

<211> 47

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 99

tccattttta tccctggttt tttttttttt tttttttttt ttttttt 47

<210> 100

<211> 49

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 100

gggatgctaa aggtttctga tttttttttt tttttttttt ttttttttt 49

<210> 101

<211> 51

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 101

gtgctgggcc ttgtgacctt tttttttttt tttttttttt tttttttttt t 51

<210> 102

<211> 53

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 102

gttagaggtg acaggagtgt tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttt 53

<210> 103

<211> 55

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 103

gtgcctcccc acccctaaca tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttt 55

<210> 104

<211> 57

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 104

gtagtgtacc tggtagaaga tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttt 57

<210> 105

<211> 59

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<400> 105

tatataaaca aagcttggat tttttttttt tttttttttt tttttttttt ttttttttt 59

Claims

1.一种分离的来自大鼠的核酸分子，其含有选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991，

优选地，所述核酸分子是所述大鼠基因组的长度至少5bp的片段。

2.检测大鼠基因组中选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种SNP标记的引物：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991，

优选地，检测各SNP的引物具有如下特征：

检测a1的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65970293或第1号染色体第58587421位核苷酸，

检测a2的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106996961或第2号染色体第60469593位核苷酸，

检测a3的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs63860341或第3号染色体第64565772位核苷酸，

检测a4的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64750237或第4号染色体第56083348位核苷酸，

检测a5的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs107261116或第5号染色体第58635652位核苷酸，

检测a6的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64102787或第6号染色体第27174122位核苷酸，

检测a7的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs105187832或第7号染色体第66622059位核苷酸，

检测a8的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106114574或第8号染色体第30646134位核苷酸，

检测a9的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:17和18作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs64682441或第9号染色体第37510709位核苷酸，

检测a10的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65067166或第10号染色体第29551661位核苷酸，

检测a11的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs8167985或第11号染色体第28771788位核苷酸，

检测b1的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106672258或第12号染色体第30938214位核苷酸，

检测b2的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65921305或第13号染色体第16388693位核苷酸，

检测b3的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:27和28作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106335590或第14号染色体第28088431位核苷酸，

检测b4的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106458396或第15号染色体第27932789位核苷酸，

检测b5的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs106888236或第16号染色体第27361406位核苷酸，

检测b6的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs63814610或第17号染色体第22776640位核苷酸，

检测b7的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs8152541或第18号染色体第28463256位核苷酸，

检测b8的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:37和38作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs105824121或第19号染色体第31473883位核苷酸，

检测b9的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs13453252或第20号染色体第32191943位核苷酸，

检测b10的引物的扩增产物包含由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物序列或其片段，所述片段包含rs65108991或第X号染色体第51753977位核苷酸。

3.检测大鼠基因组中选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种SNP标记的探针：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991，

优选地，检测各SNP的探针具有如下特征：

检测a1的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:1和2作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第1号染色体第58587421位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a2的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:3和4作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第2号染色体第60469593位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列，

检测a3的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:5和6作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第3号染色体第64565772位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a4的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:7和8作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第4号染色体第56083348位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a5的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:9和10作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第5号染色体第58635652位核苷酸，所述核苷酸是G或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a6的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:11和12作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第6号染色体第27174122位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a7的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:13和14作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第7号染色体第66622059位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列，

检测a8的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:15和16作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第8号染色体第30646134位核苷酸，所述核苷酸是A或T；和(2)(1)的互补序列，

检测a9的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:17和18作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第9号染色体第37510709位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a10的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:19和20作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第10号染色体第29551661位核苷酸，所述核苷酸是G或C；和(2)(1)的互补序列，

检测a11的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:21和22作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第11号染色体第28771788位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列，

检测b1的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:23和24作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第12号染色体第30938214位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测b2的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:25和26作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第13号染色体第16388693位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列，

检测b3的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:27和28作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第14号染色体第28088431位核苷酸，所述核苷酸是T或G；和(2)(1)的互补序列，

检测b4的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:29和30作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第15号染色体第27932789位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测b5的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:31和32作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第16号染色体第27361406位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和(2)(1)的互补序列，

检测b6的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:33和34作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第17号染色体第22776640位核苷酸，所述核苷酸是T或C；和(2)(1)的互补序列，

检测b7的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:35和36作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第18号染色体第28463256位核苷酸，所述核苷酸是A或G；和(2)(1)的互补序列，

检测b8的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:37和38作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第19号染色体第31473883位核苷酸，所述核苷酸是A或G；和(2)(1)的互补序列，

检测b9的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:39和40作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第20号染色体第32191943位核苷酸，所述核苷酸是G或C；和(2)(1)的互补序列，

检测b10的探针选自(1)识别由SEQ ID NO:41和42作为引物扩增得到的产物的探针，所述探针的识别区域包含第X号染色体第51753977位核苷酸，所述核苷酸是A或C；和(2)(1)的互补序列。

4.如权利要求3所述的探针，其特征在于，所述探针是适用于LDR实验的特异性探针，

优选地，所述探针还包括适用于LDR实验的通用探针，

更优选地，所述通用探针具有如下特征：识别上述任一SNP的相应扩增产物但识别区域不包含该SNP位点，能在LDR实验中与特异性探针连接。

5.一种试剂盒，其含有用于大鼠基因组中选自以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种SNP标记的试剂：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991，

优选地，所述试剂包含检测相应SNP标记的引物，任选包含检测相应SNP标记的探针，和任选包含具有相应SNP标记的核酸分子，

更优选地，所述试剂盒包含权利要求2所述的引物，任选包含权利要求3或4所述的探针，和任选包含权利要求1所述的核酸分子。

6.一种鉴定大鼠株系或对大鼠进行SNP分型的方法，所述方法包括，

(1)检测大鼠基因组以下SNP标记的一种或多种，优选至少3种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991；

(2)根据表5鉴定大鼠基因型或对大鼠进行SNP分型，

优选地，所述大鼠选自DA、PVG、Lewis、BN、F344大鼠。

7.如权利要求6所述的方法，其特征在于，所述方法包括选自以下的一个或多个步骤：

8.如权利要求6或7所述的方法，其特征在于，所述检测包括使用权利要求2所述的引物进行检测、任选还使用权利要求3所述的探针、任选还使用权利要求1所述的核酸分子。

9.一种鉴定大鼠基因漂变的方法，所述方法包括：

(1)检测待测种系大鼠基因组中以下SNP标记的一种或多种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991；

(2)根据表5鉴定大鼠种系是否发生基因漂变，

10.检测大鼠基因组中的SNP标记的试剂在鉴定大鼠株系、对大鼠进行SNP分型或鉴定大鼠基因漂变中的用途，其中，所述SNP标记选自以下的一种或多种，优选至少3种：a1：rs65970293、a2：rs106996961、a3：rs63860341、a4：rs64750237、a5：rs107261116、a6：rs64102787、a7：rs105187832、a8：rs106114574、a9：rs64682441、a10：rs65067166、a11：rs8167985、b1：rs106672258、b2：rs65921305、b3：rs106335590、b4：rs106458396、b5：rs106888236、b6：rs63814610、b7：rs8152541、b8：rs105824121、b9：rs13453252、b10：rs65108991。