CN113122644A - 用于马鹿血源含量检测的snp位点、筛选方法、对应snp芯片及应用 - Google Patents

用于马鹿血源含量检测的snp位点、筛选方法、对应snp芯片及应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及分子生物学技术领域，提供了一种用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及应用。本发明在构建鹿系统发育树的基础上，采用群体间遗传分化指数Fst对重测序结果中的SNP位点进行筛选，并通过排除中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列和G‑C转变和A‑T转变位点，进一步提高得到的SNP位点质量，最终得到大量能够用于杂交鹿血源含量评价的SNP位点，这些SNP位点组合作为芯片应用于杂交鹿血源含量检测时，能够精准区分F1～F3代杂交鹿，对梅花鹿保种、育种和鹿茸生产中具有重大应用价值。

Description

用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及 应用
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域，具体而言，涉及用于马鹿血源含量检测的SNP位点、筛选方法、对应SNP芯片及应用。
背景技术
中国是梅花鹿养殖大国，拥有丰富的梅花鹿资源。但目前部分养殖者盲目追求鹿茸产量而无序杂交，导致纯种梅花鹿存栏数量急剧减少。通常的杂交方式为马鹿做母本，梅花鹿做父本，产生的F1代再与梅花鹿做父本杂交，得到的杂交鹿表现出明显的杂种优势，普遍适应性强，耐粗饲，抗病力强，性成熟早，生长发育快，产茸量高。但是，目前无法确定杂交鹿茸的药性药效。
并且，一般花马杂交鹿至F2代时，杂交鹿体型外貌特征与纯种梅花鹿极为相似，从体型、背线、花斑、臀斑等特征肉眼难以区分，同时，在很多位点上，杂交鹿已经出现与梅花鹿相同的纯合基因型，使得杂交鹿与纯种梅花鹿资源相互掺杂，给纯种梅花鹿的保种、育种工作带来了极大困难。目前，已见报道的用以品种鉴别的方法有很多，例如barcode条形码方法、基于线粒体序列的鉴别方法、利用Y染色体的基因鉴别方法或对于个体体型外貌进行打分评价等，但这些方法至多仅能实现种间鉴别，对于杂交后代，尤其是F2代杂交个体，基本均丧失了鉴别能力，因此，提供一种鉴别方法，使得能够在包含了杂交鹿的群体中准确鉴别出纯种梅花鹿，对于梅花鹿的保种、育种以及保障鹿茸药材的质量均具有重要意义。
鉴于此，特提出本发明。
发明内容
本发明的目的在于提供基于梅花鹿全基因组的SNP芯片的构建方法、构建方法得到的SNP芯片、构建方法得到的SNP芯片或SNP芯片在马鹿血源含量计算中的应用和马鹿血源含量检测方法，采用本发明提供的SNP筛选方法筛选得到的SNP位点制备成SNP芯片后用于杂交鹿的马鹿血源含量检测，能够显著提高检测准确率。
本发明是这样实现的：
第一方面，本发明提供了用于马鹿血源含量检测的SNP位点，所述SNP位点包括SNP0001～SNP1000，所述SNP0001～SNP1000对应的染色体位点如表1所示：
表1 SNP位点SNP0001～SNP1000对应的染色体位点
Figure BDA0003093132760000011
Figure BDA0003093132760000021
Figure BDA0003093132760000031
Figure BDA0003093132760000041
Figure BDA0003093132760000051
Figure BDA0003093132760000061
Figure BDA0003093132760000071
Figure BDA0003093132760000081
Figure BDA0003093132760000091
Figure BDA0003093132760000101
Figure BDA0003093132760000111
Figure BDA0003093132760000121
所述SNP0001～SNP1000对应的染色体信息来源于数据库Genome sequencearchive，上传号为CRA001393，对应梅花鹿基因组序列信息版本号为：MHL_v1.0。
第二方面，本发明提供了上述SNP位点的筛选方法包括，以鹿全基因组的重测序结果的保守区序列为依据构建系统发育树，利用系统发育树在重测序得到的初筛SNP位点中筛选群体间遗传分化指数Fst＞0.95的次筛SNP位点，排除次筛SNP位点中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列、G-C转换位点和A-T转换位点，得到终筛SNP位点。
群体间遗传分化指数Fst，表示亚群(S)相对于总群体(T)的近交系数，即有亲缘关系亚群间的平均近交系数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，取值在0～1之间，分化指数越大，差异越大。为识别马鹿特异SNP位点，本发明计算了每个SNP位点在马鹿群体和纯种梅花鹿群体间的Fst值，并筛选得到所有Fst>0.95的位点，并根据Fst值大小确定位点优先级排序，其中在马鹿和梅花鹿中互斥的基因型优先级最高，例如马鹿中基因型AA的频率为1，而梅花鹿中CC的频率为1。
侧翼序列指存在于编码区第一个外显子和最末一个外显子的外侧是一段不被翻译的核苷酸序列。侧翼序列含有基因调控顺序，如5’端含有的启动子和增强子，3’端含有的终止子和多聚腺苷酸信号等，对基因表达起重要的调控作用。在应用PCR技术分析DNA遗传多态性分析时，侧翼序列常表示目的片段两侧与引物之间的保守序列。
在本发明中，将SNP位点上下游50bps范围作为侧翼序列予以排除，特别是探针设计一侧存在的SNP位点的干扰序列。并排除了G-C转换或A-T转换位点，即只保留颠换类型的SNP位点。
在可选的实施方式中，所述鹿的种类包括马鹿、梅花鹿和杂交鹿。
优选地，所述杂交鹿包括F1代～F3代。
优选地，所述马鹿数量不少于50只。
优选地，所述梅花鹿数量不少于50只。
优选地，所述杂交鹿每一代的数量不少于20只。
在可选实施方式中，所述群体间遗传分化指数包括Fst值。
优选地，所述Fst值的获得方法包括，根据体型外貌评定标准及样本在发育树中的聚类位置确定纯种梅花鹿核心群，而后以纯种梅花鹿核心群为标准计算得到Fst值。
上述的核心群是指纯种梅花鹿的核心群，纯种梅花鹿的核心群确定后，即可依据确定结果排除杂交鹿被视为纯种梅花鹿的情况，从而能够提高筛选马鹿和纯种梅花鹿差异位点的准确性。
在可选的实施方式中，所述初筛SNP位点的获得方法包括，以梅花鹿全基因组为参考序列，对重测序结果依次经过质控、mapping和call SNP后得到SNP位点的检出缺失率、覆盖深度、位点质量或最小等位基因频率中的一种或两种以上组合进行筛选得到初筛SNP位点。
优选地，所述mapping包括采用BWA应用程序将重测序结果比对至梅花鹿基因组参考序列。
优选地，所述call SNP包括采用GATK4或samtools应用程序对进行重测序结果变异检测。
优选地，所述初筛SNP位点的检出缺失率不大于0.1。
优选地，所述初筛SNP位点的位点覆盖深度不低于5X。
优选地，所述初筛SNP位点的位点质量不低于30。
优选地，所述初筛SNP位点的最小等位基因频率不小于0.05。
在可选的实施方式中，所述筛选方法在得到终筛SNP位点之后，还包括对获得的终筛SNP位点进行探针设计评分，并根据评分结果筛选出final_score大于0.4的SNP位点。
优选地，所述最后筛选的到的SNP位点的数量至少为1000个。
第三方面，本发明还提供了一种SNP芯片，所述SNP芯片包括与前述任一实施方式所述SNP位点或采用前述任一实施方式所述筛选方法得到的SNP位点对应的探针。
优选地，SNP位点SNP0001～SNP1000对应的探针的核苷酸序列分别对应的染色体位置如表2所示：
表2 SNP位点SNP0001～SNP1000对应的探针的核苷酸序列分别对应的染色体位置
Figure BDA0003093132760000131
Figure BDA0003093132760000141
Figure BDA0003093132760000151
Figure BDA0003093132760000161
Figure BDA0003093132760000171
Figure BDA0003093132760000181
Figure BDA0003093132760000191
Figure BDA0003093132760000201
Figure BDA0003093132760000211
Figure BDA0003093132760000221
Figure BDA0003093132760000231
Figure BDA0003093132760000241
所述SNP0001～SNP1000对应的染色体信息来源于数据库Genome sequencearchive，上传号为CRA001393，对应梅花鹿基因组序列信息版本号为：MHL_v1.0。
其中，chrX：Y-Z，表示第X号染色体上Y号碱基到Z号碱基之间的核苷酸序列。
第四方面，本发明还提供了上述SNP芯片在杂交鹿的马鹿血源含量检测中的应用。
优选地，所述杂交鹿包括F1～F3代杂交鹿。
第五方面，本发明提供一种杂交鹿的马鹿血源含量检测方法，以应用前述任一实施方式所述的SNP位点、或者前述任一实施方式所述筛选方法得到的SNP位点，或者前述任一实施方式所述的SNP芯片为参考，统计在杂交鹿测序结果中马鹿特异位点出现频次和梅花鹿特异位点出现频次，而后计算杂交鹿的马鹿血源含量比例。
第六方面，本发明还提供了前述杂交鹿的马鹿血源含量检测方法在梅花鹿保种、育种或鹿茸生产中的应用。
本发明具有以下有益效果：
本发明提供了用于马鹿血源含量检测的SNP位点，所述SNP位点包括核苷酸序列为SEQ ID No.1～SEQ ID No.1000，该SNP位点组合能够在杂交鹿群体中准确鉴别出纯种梅花鹿，且能够应用于F1～F3代杂交鹿的鉴定，填补了现有技术中无法区分F2代杂交鹿的技术空白。
本发明还提供了上述SNP位点的筛选方法，该方法在构建鹿系统发育树的基础上，采用群体间遗传分化指数Fst对重测序结果中的SNP位点进行筛选，并通过排除中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列和[G/C]和[A/T]位点，进一步提高得到的SNP位点质量，最终得到的大量能够用于杂交鹿血源含量评价的SNP位点。
本发明还提供了包含上述SNP位点对应的探针的SNP芯片，上述的SNP芯片和SNP位点均能够应用于杂交鹿血源含量检测，且能够精准区分F1～F3代杂交鹿，对梅花鹿保种、育种和鹿茸生产中具有重大应用价值。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1为实施例1中构建的系统发育树；
图2为实施例1中所得1000个SNP位点的探针设计评分结果；
图3为实施例3中F1代杂交样本马鹿血源含量检测结果；
图4为实施例3中F2代杂交样本马鹿血源含量检测结果；
图5为实施例3中F3代杂交样本马鹿血源含量检测结果。
具体实施方式
为使本发明实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。实施例中未注明具体条件者，按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市售购买获得的常规产品。
以下结合实施例对本发明的特征和性能作进一步的详细描述。
实施例1
本实施例提供了一种基于梅花鹿全基因组的SNP芯片的构建方法，包括以下步骤：
1.1全基因组重测序
从206个马鹿样本和249个梅花鹿样本以及63个杂交鹿样本中提取DNA，进行全基因组重测序，鹿样本品种及数量信息如表3所示。
表3实施例1中鹿样本的种类及数量组成
Figure BDA0003093132760000251
Figure BDA0003093132760000261
1.1测序数据过滤
将原始数据过滤，过滤方法如下：过滤掉含有接头序列的reads，当单端测序read中N的含量超过该条read长度比例的10％时，去除此对paired reads；当单端测序read中含有低质量(<＝5)碱基数超过该条read长度比例的50％时，去掉此对pair read，得到有序测序结果。
1.2获取初筛SNP位点
使用BWA软件将步骤1.1中获得的所有样本的有效测序结果与梅花鹿基因组进行参考对比，然后使用GATK4软件进行变异检测，得到SNP位点130306923个。
淘汰上述SNP位点中检出缺失率大于0.1，位点覆盖深度低于5X，位点质量低于30，最小等位基因频率(MAF)小于0.05的SNP位点，得到初筛SNP位点32940536个。
1.3构建系统发育树
根据过滤后的SNP位点连成的线性序列，用Gblock软件筛选在全部样本中的保守区序列构建系统发育树。采用了treebest软件使用最近邻算法构建系统发育树，如图1所示。
1.4选定核心群
根据中华人民共和国国家标准GB/T 6935-2010对梅花鹿的体型外貌特征进行评定，公、母种鹿的体型外貌评定项目包括：头部、颈部、体躯、肢蹄、外生殖器与泌乳器官以及被毛与茸色共六个部分。综合体型外貌评定结果及使用SNP序列构建系统发育树中每个样本在树中的聚类位置判定纯种梅花鹿核心群。
1.5计算群体间遗传分化指数
计算步骤1.2中得到的32940536个SNP位点在马鹿群体和纯种梅花鹿群体间的Fst值，并选取其中Fst值大于0.95的SNP位点，得到6410个次筛SNP位点。
1.6获取终筛SNP位点
排除步骤1.5中获得的6410个次筛SNP位点上下游50bps范围内的侧翼序列、探针设计一侧存在的干扰序列，同时排除G-C转换位点或A-T转换位点，最终得到终筛SNP位点1000个，分别命名为SNP0001～SNP1000，其对应的染色体位点如表1所示。
1.7评价终筛SNP位点
使用illumina平台打分软件对选取的1000个SNP位点进行打分，打分结果如图2所示，选取final_score大于0.4的终筛SNP位点进行探针设计，由图2中可以看出，本实施例获得的1000个终筛SNP位点的打分结果均大于0.4，符合探针设计要求。
实施例2
本实施例提供了一种包含实施例1得到的1000个终筛SNP位点的SNP芯片，芯片定制交付北京康普森生物生物技术有限公司并最终由美国illumina公司制作。终筛SNP位点SNP0001～SNP1000对应的探针的核苷酸序列分别对应的染色体位置，如表2所示。
实施例3
本实施例采用实施例1提供的1000个终筛SNP位点制作成的SNP芯片，随机选取F1代中23个待测杂交鹿样本进行马鹿血源含量检测。
提取上述待测杂交鹿样本DNA，进行重测序，对筛选得到的1000个SNP位点进行基因分型，根据每个双等位基因位点含有马鹿特异基因型的比例计算每个杂交样本中马鹿血源含量的比例，结果如图3所示，根据图3的结果可知，马鹿血源在F1代样本中马鹿血源的平均含量为0.48(±0.008)。
再随机选取F2代中20例待测杂交鹿样本进行马鹿血源含量检测，结果如图4所示，根据图4的结果可知，F2代样本中马鹿血源的平均含量为0.24(±0.02)。
再随机选取F3代中20例待测杂交鹿样本进行马鹿血源含量检测，结果如图5所示，根据图5的结果可知，F3代样本中平均含量为0.11(±0.05)。
由上检测结果可以看出，马鹿血源含量随着杂交代系逐渐降低，并且大致符合统计遗传学规律。杂交样本的计算结果说明，芯片定制位点能够有效区分纯种梅花鹿与杂交鹿，并明确杂交鹿的杂交代系。
对比例1
本对比例仅选用实施例1中随机抽取20个SNP位点，如下：SNP0956、SNP0909、SNP0718、SNP0732、SNP0568、SNP0504、SNP0491、SNP0446、SNP0427、SNP0390、SNP0257、SNP0261、SNP0283、SNP0304、SNP0136、SNP0415、SNP0166、SNP0090、SNP0937和SNP0424制作成的SNP芯片对实施例3中的3代待测杂交鹿样本进行马鹿血源含量检测，其检测结果中F2代和F3代中均存在错检样本，如表4所示，F2_1777、F2_2782、F2_2491、F3_4561和F3_4583均存在归类错误的情况。并且通过计算马鹿血源平均含量，可以得到，只选取20个SNP位点的检测结果中，F2代样本中马鹿血源平均含量为0.2204682(±0.1014867)，F3代样本中马鹿血源平均含量为0.08190101(±0.07025762)，均与实际情况偏差巨大。
表4对比例1中杂交鹿样本血源含量检测结果
样本 马鹿血源 梅花鹿血源
F2_1777 0.40625 0.59375
F2_2782 0.1111111 0.8888889
F2_2491 0.1470588 0.8529412
F3_4561 0 1
F3_4583 0 1
以上所述仅为本发明的优选实施例而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。

Claims (10)

1.用于马鹿血源含量检测的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点包括SNP0001～SNP1000，所述SNP0001～SNP1000对应的染色体位点为：
Figure FDA0003093132750000011
Figure FDA0003093132750000021
Figure FDA0003093132750000031
Figure FDA0003093132750000041
Figure FDA0003093132750000051
Figure FDA0003093132750000061
Figure FDA0003093132750000071
Figure FDA0003093132750000081
Figure FDA0003093132750000091
Figure FDA0003093132750000101
Figure FDA0003093132750000111
Figure FDA0003093132750000121
所述SNP0001～SNP1000对应的染色体信息来源于数据库Genome sequence archive，上传号为CRA001393，对应梅花鹿基因组序列信息版本号为：MHL_v1.0。
2.权利要求1所述的SNP位点的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括，以鹿全基因组的重测序结果的保守区序列为依据构建系统发育树，利用系统发育树在重测序得到的初筛SNP位点中筛选群体间遗传分化指数Fst＞0.95的次筛SNP位点，排除次筛SNP位点中侧翼序列、探针设计侧的干扰序列、G-C转变位点和A-T转变位点，得到终筛SNP位点。
3.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，所述鹿的种类包括马鹿、梅花鹿和杂交鹿；
优选地，所述杂交鹿包括F1代～F3代；
优选地，所述马鹿的数量不少于50只；
优选地，所述梅花鹿的数量不少于50只；
优选地，所述杂交鹿每一代的数量不少于20只。
4.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，所述群体间遗传分化指数包括Fst值；
优选地，所述Fst值的获得方法包括，根据体型外貌评定标准及样本在发育树中的聚类位置确定纯种梅花鹿核心群，而后以纯种梅花鹿核心群为标准计算得到Fst值。
5.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，所述初筛SNP位点的获得方法包括，以梅花鹿全基因组为参考序列，对重测序结果依次经过质控、mapping和call SNP后得到SNP位点的检出缺失率、覆盖深度、位点质量或最小等位基因频率中的一种或两种以上组合进行筛选得到初筛SNP位点；
优选地，所述mapping包括采用BWA应用程序将重测序结果比对至梅花鹿基因组参考序列；
优选地，所述call SNP包括采用GATK4或samtools应用程序对进行重测序结果变异检测；
优选地，所述初筛SNP位点的检出缺失率不大于0.1；
优选地，所述初筛SNP位点的位点覆盖深度不低于5X；
优选地，所述初筛SNP位点的位点质量不低于30；
优选地，所述初筛SNP位点的最小等位基因频率不小于0.05。
6.根据权利要求2所述的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法在得到终筛SNP位点之后，还包括对获得的终筛SNP位点进行探针设计评分，并根据评分结果筛选出final_score大于0.4的SNP位点；
优选地，所述最后筛选得到的SNP位点的数量至少为1000个。
7.一种SNP芯片，其特征在于，包括与权利要求1所述的SNP位点或采用权利要求2～6任一项所述的筛选方法得到的SNP位点对应的探针；
优选地，SNP位点SNP0001～SNP1000对应的探针的核苷酸序列分别对应的染色体位置如下：
Figure FDA0003093132750000131
Figure FDA0003093132750000141
Figure FDA0003093132750000151
Figure FDA0003093132750000161
Figure FDA0003093132750000171
Figure FDA0003093132750000181
Figure FDA0003093132750000191
Figure FDA0003093132750000201
Figure FDA0003093132750000211
Figure FDA0003093132750000221
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所述SNP0001～SNP1000对应的染色体信息来源于数据库Genome sequence archive，上传号为CRA001393，对应梅花鹿基因组序列信息版本号为：MHL_v1.0。
8.权利要求7所述的SNP芯片在杂交鹿的马鹿血源含量检测中的应用；
优选地，所述杂交鹿包括F1～F3代杂交鹿。
9.一种杂交鹿的马鹿血源含量检测方法，其特征在于，应用权利要求1所述的SNP位点，或者权利要求2～6任一项所述的筛选方法得到的SNP位点或者权利要求7所述的SNP芯片为参考，统计在杂交鹿测序结果中马鹿特异位点出现频次和梅花鹿特异位点出现频次，而后计算杂交鹿中的马鹿和梅花鹿血源含量比例。
10.权利要求9所述的杂交鹿的马鹿血源含量检测方法在梅花鹿保种、育种或鹿茸生产中的应用。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TWI807861B (zh) * 2022-06-15 2023-07-01 中國醫藥大學 鑑定台灣人族群親緣性的方法及其系統

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107447020A (zh) * 2017-09-07 2017-12-08 中国农业科学院特产研究所 一种梅花鹿个体识别的分子标签、识别方法及应用
CN107523637A (zh) * 2017-10-11 2017-12-29 中国中医科学院中药研究所 基于coi与sry序列建立鉴别梅花鹿、马鹿或其杂交鹿的方法
CN113832236A (zh) * 2021-09-07 2021-12-24 江汉大学 一种用于鉴定梅花鹿、马鹿和杂交鹿的引物组、试剂盒和应用
CN114292924A (zh) * 2021-12-31 2022-04-08 中国农业科学院特产研究所 梅花鹿全基因组snp分子标记组合、snp芯片及应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107447020A (zh) * 2017-09-07 2017-12-08 中国农业科学院特产研究所 一种梅花鹿个体识别的分子标签、识别方法及应用
CN107523637A (zh) * 2017-10-11 2017-12-29 中国中医科学院中药研究所 基于coi与sry序列建立鉴别梅花鹿、马鹿或其杂交鹿的方法
CN113832236A (zh) * 2021-09-07 2021-12-24 江汉大学 一种用于鉴定梅花鹿、马鹿和杂交鹿的引物组、试剂盒和应用
CN114292924A (zh) * 2021-12-31 2022-04-08 中国农业科学院特产研究所 梅花鹿全基因组snp分子标记组合、snp芯片及应用

Non-Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
HENGXING BA: "Development of Diagnostic SNP Markers To Monitor Hybridization Between Sika Deer (Cervus nippon) and Wapiti (Cervus elaphus)", 《G3》 *
HENGXING BA: "Development of Diagnostic SNP Markers To Monitor Hybridization Between Sika Deer (Cervus nippon) and Wapiti (Cervus elaphus)", 《G3》, vol. 8, 31 July 2018 (2018-07-31), pages 2173 - 2179 *
HUANHUAN FAN: "Development and validation of a 1K sika deer (Cervus nippon) SNP Chip", 《BMC GENOMIC DATA》 *
HUANHUAN FAN: "Development and validation of a 1K sika deer (Cervus nippon) SNP Chip", 《BMC GENOMIC DATA》, vol. 22, no. 1, 17 September 2021 (2021-09-17), pages 1 - 13 *
范欢欢: "1K梅花鹿基因芯片的应用", 《特产研究》 *
范欢欢: "1K梅花鹿基因芯片的应用", 《特产研究》, vol. 44, no. 3, 15 June 2022 (2022-06-15), pages 68 - 72 *
鹿芯壹号梅花鹿种源检测芯片_特种动物遗传资源青年科技创新团队: "鹿芯壹号梅花鹿种源检测芯片", 《特种经济动植物》 *
鹿芯壹号梅花鹿种源检测芯片_特种动物遗传资源青年科技创新团队: "鹿芯壹号梅花鹿种源检测芯片", 《特种经济动植物》, vol. 24, no. 2, 28 February 2021 (2021-02-28), pages 1 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TWI807861B (zh) * 2022-06-15 2023-07-01 中國醫藥大學 鑑定台灣人族群親緣性的方法及其系統

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