CN113046444A - 用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的snp标记组合及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的SNP标记组合及其应用。本发明的SNP标记组合包含32个分布于29条常染色体的高度多态的位点。该组合位点最小等位基因频率均大于0.35。通过实验证明：该组合可以成功应用于市场上除牦牛品种外的肉牛的个体鉴定及肉品溯源，有利于实现养殖—屠宰—销售的全链条溯源，真正保障食品的安全性。
Description
本申请是申请号为201710607015.8、申请日为2017年7月24日、发明创造名称为“用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的SNP标记组合及其应用”的分案申请。
技术领域
本发明属于个体鉴定及溯源检测领域，具体涉及用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的SNP标记组合及其应用。
背景技术
食品溯源技术被认为是保证食品安全，保护消费者合法权益最值得信赖的手段。目前，传统的电子耳标技术(射频识别系统)存在易丢失、溯源信息容易遭到篡改、难以实现肉类产品到畜牛养殖情况的溯源等问题。而以SSR(Simple sequence repeat)及SNP(Single nucleotide polymorphism)代表的基因溯源技术具有唯一性、不可更改性以及难以丢失性等优势，正逐渐成为电子耳标溯源系统的有力补充。将基因溯源技术应用到肉类食品溯源管理体系中有利于实现养殖—屠宰—销售的全链条溯源，真正保障食品的安全性。
SNP作为第三代分子标记技术较微卫星(SSR)，数量丰富、遗传稳定、判型错误率低。而且目前用于SNP分型方法丰富，如TaqMan探针法，高分辨率溶解曲线(HRM)，二代测序(NGS)，质谱分析(MALDI TOF)，DNA芯片等，这些方法使用方便，自动化程度高，为SNP溯源应用提供了便利。
发明内容
本发明的一个目的是提供检测X的物质的新用途；
所述X为如下SNP位点中的至少一个：rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs29014752、rs17871566、rs29014143、rs29014953、rs17870274、rs29021631、rs29024289、rs29017633、rs41255624、rs29019421、rs29023295、rs29020547、rs29009782、rs29020876、rs29018402、rs29025314、rs29025593、rs29012633、rs29019957、rs29010153、rs29022377、rs29010275、rs29001970、rs29009713、rs29021886和rs29011378。
本发明提供了检测X的物质在如下1)-6)中任一种中的应用：
1)牛肉产品溯源鉴定；
2)制备牛肉产品溯源鉴定的产品；
3)区分牦牛肉与其他品种牛肉；
4)制备区分牦牛肉与其他品种牛肉的产品；
5)牛个体鉴定；
6)制备牛个体鉴定的产品；
上述应用中，所述X为如下X1)或X2)或X3)：
所述X1)由rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs29014752、rs17871566和rs29014143组成；
所述X2)由rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs17871566和rs29014143组成；
所述X3)由rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs29014752、rs17871566、rs29014143、rs29014953、rs17870274、rs29021631、rs29024289、rs29017633、rs41255624、rs29019421、rs29023295、rs29020547、rs29009782、rs29020876、rs29018402、rs29025314、rs29025593、rs29012633、rs29019957、rs29010153、rs29022377、rs29010275、rs29001970、rs29009713、rs29021886和rs29011378组成。
上述应用中，
检测所述rs29019900的物质由序列1所示的单链DNA分子和序列2所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010374的物质由序列3所示的单链DNA分子和序列4所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29016185的物质由序列5所示的单链DNA分子和序列6所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010006的物质由序列7所示的单链DNA分子和序列8所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010035的物质由序列9所示的单链DNA分子和序列10所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29023422的物质由序列11所示的单链DNA分子和序列12所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29014752的物质由序列13所示的单链DNA分子和序列14所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs17871566的物质由序列15所示的单链DNA分子和序列16所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29014143的物质由序列17所示的单链DNA分子和序列18所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29014953的物质由序列19所示的单链DNA分子和序列20所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs17870274的物质由序列21所示的单链DNA分子和序列22所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29021631的物质由序列23所示的单链DNA分子和序列24所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29024289的物质由序列25所示的单链DNA分子和序列26所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29017633的物质由序列27所示的单链DNA分子和序列28所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs41255624的物质由序列29所示的单链DNA分子和序列30所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29019421的物质由序列31所示的单链DNA分子和序列32所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29023295的物质由序列33所示的单链DNA分子和序列34所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29020547的物质由序列35所示的单链DNA分子和序列36所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29009782的物质由序列37所示的单链DNA分子和序列38所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29020876的物质由序列39所示的单链DNA分子和序列40所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29018402的物质由序列41所示的单链DNA分子和序列42所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29025314的物质由序列43所示的单链DNA分子和序列44所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29025593的物质由序列45所示的单链DNA分子和序列46所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29012633的物质由序列47所示的单链DNA分子和序列48所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29019957的物质由序列49所示的单链DNA分子和序列50所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010153的物质由序列51所示的单链DNA分子和序列52所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29022377的物质由序列53所示的单链DNA分子和序列54所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010275的物质由序列55所示的单链DNA分子和序列56所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29001970的物质由序列57所示的单链DNA分子和序列58所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29009713的物质由序列59所示的单链DNA分子和序列60所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29021886的物质由序列61所示的单链DNA分子和序列62所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29011378的物质由序列63所示的单链DNA分子和序列64所示的单链DNA分子组成。
在实际应用中，可以根据目标群体的品种构成、总群体数量、需要的准确程度以及可以接受的成本来最终确定采用哪些SNP位点及SNP位点数量。随着选择的SNP位点数量的增加，可以鉴定的个体数目也越大，当群体数量一定时，使用的SNP位点数量越多，个体区分鉴定的效果也就越准确。
本发明的另一个目的是提供一种牛肉产品溯源鉴定的方法。
本发明提供的牛肉产品溯源鉴定的方法包括如下步骤：采用上述物质对牛养殖地的每一待上市的牛只进行基因型鉴定，得到每一待上市的牛只的基因型；待所述牛只屠宰上市时，取其肉样，并采用所述物质对所述肉样进行基因型鉴定，得到所述肉样的基因型；若所述肉样的基因型与某所述待上市的牛只的基因型相同，则该肉样来源于该牛只。
上述方法中，所述物质为成套引物甲或成套引物乙；
所述成套引物甲由权利要求3中的检测所述rs29019900的物质、检测所述rs29010374的物质、检测所述rs29016185的物质、检测所述rs29010006的物质、检测所述rs29010035的物质、检测所述rs29023422的物质、检测所述rs29014752的物质、检测所述rs17871566的物质和检测所述rs29014143的物质组成；
所述成套引物乙由权利要求3中的检测所述rs29019900的物质、检测所述rs29010374的物质、检测所述rs29016185的物质、检测所述rs29010006的物质、检测所述rs29010035的物质、检测所述rs29023422的物质、检测所述rs29014752的物质、检测所述rs17871566的物质、检测所述rs29014143的物质、检测所述rs29014953的物质、检测所述rs17870274的物质、检测所述rs29021631的物质、检测所述rs29024289的物质、检测所述rs29017633的物质、检测所述rs41255624的物质、检测所述rs29019421的物质、检测所述rs29023295的物质、检测所述rs29020547的物质、检测所述rs29009782的物质、检测所述rs29020876的物质、检测所述rs29018402的物质、检测所述rs29025314的物质、检测所述rs29025593的物质、检测所述rs29012633的物质、检测所述rs29019957的物质、检测所述rs29010153的物质、检测所述rs29022377的物质、检测所述rs29010275的物质、检测所述rs29001970的物质、检测所述rs29009713的物质、检测所述rs29021886的物质和检测所述rs29011378的物质组成。
在实际应用中，可通过检测牛养殖地的每一待上市的牛只血液样本和屠宰上市后的肉样样本的基因型条形码，来判断该肉样样本来源的牛只。基因型条形码的具体编制方法如下：每个样本的基因型条形码依次由位点rs29019900的基因型条形码，rs29010374的基因型条形码，rs29016185的基因型条形码，rs29010006的基因型条形码，rs29010035的基因型条形码，rs29023422的基因型条形码，rs29014752的基因型条形码，rs17871566的基因型条形码和rs29014143的基因型条形码组成，以位点rs29019900的基因型条形码为例说明每个位点的基因型条形码的编制方法，位点rs29019900的突变类型为A/G，将两条同源染色体的rs29019900位点均为A的样本的基因型记作AA，将两条同源染色体的rs29019900位点均为G的样本的基因型记作GG，将两条同源染色体的rs29019900位点为A和G的样本的基因型记作AG。当样本在rs29019900位点的基因型为AA时，则该样本在rs29019900位点的基因型条形码记为“0”；当样本在rs29019900位点的基因型为AG时，则该样本在rs29019900位点的基因型条形码记为“1”；当样本在rs29019900位点的基因型为GG时，则该样本在rs29019900位点的基因型条形码记为“2”。以此类推，分别获得该样本在其他8个SNP位点的基因型条形码，并将其在每个SNP位点的基因型条形码依次排列，最终得到该样本在这9个SNP位点所具有的基因型条形码。每个样本经分型测定后得到各自的基因型条形码，通过该条形码的比对即可判断样本的来源。如果某一肉样样本与某一血样样本的基因型条形码完全一致，说明该肉样和血样来自同一个体(同卵双生的个体除外)，根据血液样本的来源即可了解到对应牛个体的全部记录信息，达到溯源目的。
在实际应用中，可以根据实际需要选择表3中32个SNP位点中的任一个或两个或三个或多个SNP位点作为用于肉牛产品溯源鉴定的SNP位点组合，也可以选择全部32个SNP位点作为用于肉牛产品溯源鉴定的SNP位点组合。在本发明的具体实施例中，分别选择了9个SNP位点和全部32个SNP位点进行了肉牛产品溯源鉴定。鉴定结果表明：不论选择全部32个SNP位点还是选择32个SNP位点中的部分SNP位点进行肉牛产品溯源鉴定，均可以建立起市场肉牛的全链条溯源信息，也可将对冒充特定品牌的肉品进行鉴别，进一步用于标识的真伪识别。
本发明还有一个目的是提供一种区分牦牛肉与其他品种牛肉的方法。
本发明提供的区分牦牛肉与其他品种牛肉的方法包括如下步骤：采用上述物质对待测牛肉进行基因型鉴定，得到待测牛肉的基因型；
若待测牛肉在所选的每个SNP位点的基因型均为纯合，则待测牛肉为或候选为牦牛肉；
若待测牛肉在所选的每个SNP位点的基因型不均为纯合，则待测牛肉为或候选为非牦牛肉。
上述方法中，所述物质为成套引物丙；所述成套引物丙由检测所述rs29019900的物质、检测所述rs29010374的物质、检测所述rs29016185的物质、检测所述rs29010006的物质、检测所述rs29010035的物质、检测所述rs29023422的物质、检测所述rs17871566的物质和检测所述rs29014143的物质组成。
上述方法中，若待测牛肉的两个同源染色体在某一SNP位点的碱基相同，则待测牛肉在该SNP位点基因型为纯合。
在实际应用中，可以选择表3中在牦牛群体里不具多态性且在其他群体里多态性较高的位点，即除rs29014752和rs29020876位点外的其他30个SNP位点中的一个或两个或多个用于区分牦牛肉与其他品种牛肉。待测牛肉样本在所选的SNP位点的基因型是否均为纯合也可通过按照上述方法确定待测牛肉样本在所选的SNP位点的基因型条形码来判断。某一待测牛肉样本的基因型条形码中的每个SNP位点的基因型条形码均为偶数，则该待测样本为或候选为牦牛肉；某一待测牛肉样本的基因型条形码中的每个SNP位点的基因型条形码不均为偶数，则待测牛肉为或候选为非牦牛肉。
上述方法中，所述基因型鉴定基于高通量Hi-SNP分型平台。
本发明的最后一个目的是提供一种用于牛肉产品溯源鉴定或区分牦牛肉与其他品种牛肉或牛个体鉴定的产品。
本发明提供的用于牛肉产品溯源鉴定或区分牦牛肉与其他品种牛肉或牛个体鉴定的产品为如下(1)-(5)中任一种：
(1)上述成套引物甲或成套引物乙；
(2)上述成套引物丙；
(3)上述检测X的物质；
(4)含有上述成套引物甲或上述成套引物乙或上述成套引物丙或所述检测X的物质的PCR试剂；
(5)含有上述成套引物甲或上述成套引物乙或上述成套引物丙或所述检测X的物质的试剂盒。
上述应用或上述方法或上述产品中，所述牛为肉牛，所述肉牛具体为西门塔尔牛、鲁西黄牛、新疆黑牛、利木赞牛、南阳黄牛、黑和牛或郏县红牛。
本发明具有以下优点；
(1)本发明所选的多态位点丰富，共计32个；
(2)本发明所选的位点多态性高，最小等位基因频率均大于0.35；
(3)本发明所选的标记间不连锁：所有32个位点分布于29条常染色体上，同一染色体上的位点间最小距离为1.7Mb，最大为6.3Mb，存在连锁不平衡的可能性极低；
(4)本发明所选的标记组合可用于我国市场除牦牛群体外的其他群体的个体鉴定及肉品溯源。
本发明提供了一组用于中国市场肉牛个体鉴定及肉品溯源的SNP标记组合。该组合包含32个分布于29条常染色体的高度多态的位点。该组合位点最小等位基因频率均大于0.35。通过该组合可以成功应用于市场上除牦牛品种外的肉牛的个体鉴定及肉品溯源，有利于实现养殖—屠宰—销售的全链条溯源，真正保障食品的安全性。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下述实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
实施例1、用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的SNP标记组合
一、样本的采集及基因组DNA的提取
1、样本的采集
本发明的样本共来自于中国市场上8个品种的192个个体，分别是西门塔尔牛(n＝43)，鲁西黄牛(n＝34)，新疆黑牛(n＝24)，利木赞牛(n＝30)，牦牛(n＝16)，南阳黄牛(n＝15)，黑和牛(n＝15)，郏县红牛(n＝15)。8个品种的192个个体组成的一个大群体为混合群体。
2、基因组DNA的提取
采用EDTA抗凝采血管(5mL)采集血液样本，采用GeneJET Genomic DNApurification Kit试剂盒(Thermo Scientific，#k0721)提取血液DNA。采用Nanodrop2000c测定DNA纯度及浓度，0.8％琼脂糖凝胶电泳测定考察DNA片段完整性，对符合要求的DNA-20℃保存备用。
二、SNP位点的筛选
1、SNP位点的选取及引物设计
首先从NCBI dbSNP database(www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/)中挑选了60个SNP位点，这些位点分布于牛基因组的29条染色体上，每条染色体约1-3个位点，同一条染色体上相邻位点间的距离大于1Mb，且绝大部分位点位于基因内含子区域，同时多数位点具有参考基因频率及基因型频率，这样既可以尽量避免位点间的连锁相应，又可提高筛选位点的效率。60位点的信息及引物见表1。
表1、60个多态性位点及引物信息
2、SNP多态性的检测及多态性分析
采用高通量Hi-SNP分型平台检测SNP多态性，使用三轮多重PCR结合二代测序技术，检测192个个体在每个位点的基因型。统计各个位点的观测杂合度(HObs)、期待杂合度(Hexp)、多态信息含量(PIC)及最小等位基因频率(MAF)。对于MAF<0.35的位点加以舍去，保证位点的鉴定区分效能。最终获得了32个多态性位点，具体信息见表2。
表2、32个多态性位点多态性
三、32个SNP位点在牛个体鉴定中的应用
1、32个SNP位点在混合群体及各品种中的耦合概率
耦合概率(MP)是指两个随机个体具有相同基因型的概率。该值反映位点及其组合对于个体的区分鉴定效能，该值越小，对于个体间的区分效能越高，反之，区分效果越差。
32个SNP位点在全部个体及不同品种中的MP值如表3所示。首先可以看到，各SNP位点在不同群体及不同品种间MP值略有差异，如在混合群体中SNP位点的MP值在0.334-0.389之间，均值为0.359。在不同品种间该值略增加，如在西门塔尔牛品种中该值介于0.334-0.463，均值为0.387，在新疆黑牛中该值介于0.337-0.531，均值为0.403。各SNP位点的MP值在不同品种间数值有所差别，这与该位点在不同群体中表现出的多态性情况是相关的，这也表明不同的群体其遗传背景具有差异性。
另外，从表3中还可以看出：32个位点中绝大多数位点在牦牛群体中并未表现出多态性，只有rs29014752和rs29020876表现出一定的多态性。这说明牦牛群体的遗传结构与其他肉牛群体遗传结构有差异，因此针对牦牛群体的鉴定溯源位点要有针对性。
表3、32个SNPs位点在混合群体及不同品种中的耦合概率
2、不同数量的SNP位点组合在不同群体中的个体鉴定效果
分别计算含有不同数量的SNP位点组合在混合群体与各个品种(除牦牛)中的耦合概率，共分为12个组，每组的SNP数量分别为5、9、11、14、16、18、20、23、25、27、29和32，每组均包含各群体中多态性最高的位点。其中，数量为5的SNP位点组合是由表3中序号1-序号5代表的SNP位点组成，数量为9的SNP位点组合是由表3中序号1-序号9代表的SNP位点组成，数量为11的SNP位点组合是由表3中序号1-序号11代表的SNP位点组成，以此类推。
结果如表4所示。第一组数量为5个的SNP位点组合，在各群体中的区分效能从千分之4.4(鲁西黄牛)到千分之5.9(南阳牛)。也就是说，当使用数量为5个的SNP位点组合时，可以区分的个体数目约为170-200个，这170-200个个体中，每个个体均有唯一的基因型。随着SNP位点数量的不断增加，MP值显著下降，两个随机个体具有相同基因型的概率也逐渐降低。当SNP位点数量增加至9个时，除南阳牛群体外，其他群体均可达到百万分之6左右。当SNP位点数量增加至14个时，MP值降低到千万分之3.8。当SNP位点数量增加至32个时，以混合群体为例，两个随机个体具有相同基因型的概率为5.616E-15，即一千万亿个群体中，约有5.6个个体可能具有相同的基因型。因此随着SNP位点数量的增加，可以鉴定的个体数目也越大，当群体数量一定时，使用的SNP位点数量越多，个体区分鉴定的效果也就越准确，实际应用中可以根据目标群体的品种构成、总群体数量、需要的准确程度以及可以接受的成本来最终确定采用哪些SNP位点及SNP位点数量。
表4、不同SNP位点组合在混合群体及各品种中的耦合概率
实施例2、SNP位点组合在肉牛产品溯源鉴定中的应用
1、样本采集及基因组DNA提取
于某肉牛养殖基地(M)，采用尾静脉采血的方式，随机采集包括西门塔尔牛、鲁西黄牛及新疆黑牛在内的15头牛血液样本，血液样本编号为MB1-MB15，并记录每头牛的耳标编号。待上述牛只屠宰上市时取对应的肉样，肉样编号为MM1-MM15，另外在市场上随机采集其他5头牛的肉样，肉样编号为NM1-NM5。DNA提取及质量控制同实施实例1。
2、样本的基因型测定及肉品溯源鉴定
(1)9个SNP位点组合
采用个体区分效能最高的如下9个SNP位点：rs29019900，rs29010374，rs29016185，rs29010006，rs29010035，rs29023422，rs29014752，rs17871566和rs29014143，对所有血液及肉样样本进行分型测定，统计每个样本的基因型，并编成基因型条形码进行比对。基因型条形码的具体编制方法：每个样本的基因型条形码依次由位点rs29019900的基因型条形码，rs29010374的基因型条形码，rs29016185的基因型条形码，rs29010006的基因型条形码，rs29010035的基因型条形码，rs29023422的基因型条形码，rs29014752的基因型条形码，rs17871566的基因型条形码和rs29014143的基因型条形码组成，以位点rs29019900的基因型条形码为例说明每个位点的基因型条形码的编制方法，位点rs29019900的突变类型为A/G，将两条同源染色体的rs29019900位点均为A的样本的基因型记作AA，将两条同源染色体的rs29019900位点均为G的样本的基因型记作GG，将两条同源染色体的rs29019900位点为A和G的的样本的基因型记作AG。当样本在rs29019900位点的基因型为AA时，则该样本在rs29019900位点的基因型条形码记为“0”；当样本在rs29019900位点的基因型为AG时，则该样本在rs29019900位点的基因型条形码记为“1”；当样本在rs29019900位点的基因型为GG时，则该样本在rs29019900位点的基因型条形码记为“2”。以此类推，分别获得该样本在其他8个SNP位点的基因型条形码，并将其在每个SNP位点的基因型条形码依次排列，最终得到该样本在这9个SNP位点所具有的基因型条形码。每个样本经分型测定后得到各自的基因型条形码，通过该条形码的比对即可判断样本的来源。如果某一肉样样本与某一血样样本的基因型条形码完全一致，说明该肉样和血样来自同一个体(同卵双生的个体除外)，根据血液样本的来源即可了解到对应牛个体的全部记录信息，达到溯源目的。
结果如表5所示。从表5可以看出，来自肉牛养殖基地(M)的肉样通过基因型条形码可以分别找到其对应的血液样本，进而找到其对应的牛个体。而在市场上随机采集其他5个肉样没有与之具有相同的基因型条形码的血液样本，说明它们不是来自于该肉牛养殖基地(M)。
表5、溯源样本的基因型条形码比对结果
| 肉样 | 动物耳标号 | 基因型条形码 | 结果 |
| MM1 | 743692 | 020222102 | 与MB1一致 |
| MM2 | 357900 | 002121010 | 与MB2一致 |
| MM3 | 357964 | 002121122 | 与MB3一致 |
| MM4 | 22649 | 211001110 | 与MB4一致 |
| MM5 | 207487 | 011012221 | 与MB5一致 |
| MM6 | 210326 | 012012020 | 与MB6一致 |
| MM7 | KD-BC3 | 020112112 | 与MB7一致 |
| MM8 | 173900 | 020212120 | 与MB8一致 |
| MM9 | 173143 | 122222011 | 与MB9一致 |
| MM10 | 138 | 111211011 | 与MB10一致 |
| MM11 | Zf--c3 | 121212212 | 与MB11一致 |
| MM12 | Zf--c6 | 121202222 | 与MB12一致 |
| MM13 | 743719 | 221000121 | 与MB13一致 |
| MM14 | 357944 | 122202102 | 与MB14一致 |
| MM15 | 357951 | 112102102 | 与MB15一致 |
| NMM1 | 无信息 | 010102202 | 无一致样本 |
| NMM2 | 无信息 | 021121122 | 无一致样本 |
| NMM3 | 无信息 | 111212202 | 无一致样本 |
| NMM4 | 无信息 | 111012002 | 无一致样本 |
| NMM5 | 无信息 | 020021221 | 无一致样本 |
(2)32个SNP位点组合
采用表3中的全部32个SNP位点按照上述步骤(1)中的方法对所有血液及肉样样本进行分型测定，统计每个样本的基因型，并编成基因型条形码进行比对。结果表明：来自肉牛养殖基地(M)的肉样通过基因型条形码同样可以分别找到其对应的血液样本，进而找到其对应的牛个体。而在市场上随机采集其他5个肉样没有与之具有相同的基因型条形码的血液样本，说明它们不是来自于该肉牛养殖基地(M)。
因此，不论选择全部32个SNP位点进行肉牛产品溯源鉴定还是选择32个SNP位点中的部分SNP位点进行肉牛产品溯源鉴定，均可以建立起市场肉牛的全链条溯源信息，也可将对冒充特定品牌的肉品进行鉴别，进一步用于标识的真伪识别。
在实际应用中，可以根据如下方法进行肉品溯源鉴定，即如何确定上市的某牛肉其来源的牛个体：
选择如下SNP位点中的至少一个：rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs29014752、rs17871566、rs29014143、rs29014953、rs17870274、rs29021631、rs29024289、rs29017633、rs41255624、rs29019421、rs29023295、rs29020547、rs29009782、rs29020876、rs29018402、rs29025314、rs29025593、rs29012633、rs29019957、rs29010153、rs29022377、rs29010275、rs29001970、rs29009713、rs29021886和rs29011378，并根据选的SNP位点对牛养殖地的每一待上市的牛只血样进行基因型鉴定，得到每一待上市的牛只血样的基因型；待牛养殖地的牛只屠宰上市时，取其肉样，并采用所选的SNP位点对所述肉样进行基因型鉴定，得到肉样的基因型；若肉样的基因型与某待上市的牛只血样的基因型相同，则该肉样来源于该牛只。
实施例3、SNP位点组合在鉴别牦牛肉与其他品种牛肉中的应用
1、样本采集及基因组DNA提取
分别采集来自青海、甘肃、西藏及云南等地的牦牛肉样本共计36个，其他品种的牛肉样本包括西门塔尔牛、鲁西黄牛、新疆黑牛和利木赞牛共计50个，分别进行DNA提取及质量控制，具体操作同实施例1。
2、样本的基因型测定及牦牛肉与其他品种牛肉的鉴别
选择表3中在牦牛群体里不具多态性且在其他群体里多态性较高的位点(除rs29014752和rs29020876位点外的其他30个SNP位点)，在30个SNP位点中选择用于鉴别牦牛肉与其他品种牛肉如下8个SNP位点：rs2901990、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs17871566和rs29014143，采用所选的SNP位点组合对所有牛肉样本进行基因型测定，统计每个样本的基因型，并编成基因型条形码进行比对。基因型条形码的具体编制方法同实施例2中的方法。
部分检测结果如表6所示。从表中可以看出：牦牛肉样本的基因型条形码中的每个SNP位点的基因型条形码均为偶数，即牦牛肉样本在所选的每个SNP位点的基因型均为纯合；而非牦牛肉样本的基因型条形码中的每个SNP位点的基因型条形码不均为偶数，即非牦牛肉样本在所选的各个SNP位点的基因型不均为纯合。因此，可以基于本发明的SNP位点组合通过检测待测牛肉的基因型来判断待测牛肉是否为牦牛肉。
表6、牦牛肉与其他品种牛肉的基因型条形码
因此在实际检测中，可以根据如下方法检测或辅助检测待测牛肉是否为牦牛肉：
选择如下SNP位点中的至少一个：rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs17871566、rs29014143、rs29014953、rs17870274、rs29021631、rs29024289、rs29017633、rs41255624、rs29019421、rs29023295、rs29020547、rs29009782、rs29018402、rs29025314、rs29025593、rs29012633、rs29019957、rs29010153、rs29022377、rs29010275、rs29001970、rs29009713、rs29021886和rs29011378，并根据所选SNP位点检测待测牛肉在每个SNP位点的基因型，根据每个SNP位点的基因型判断待测牛肉是否为牦牛肉：
若待测牛肉在所选的每个SNP位点的基因型均为纯合，则待测牛肉为或候选为牦牛肉；
若待测牛肉在所选的每个SNP位点的基因型不均为纯合，则待测牛肉为或候选为非牦牛肉。
序列表
<110> 中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所
<120> 用于肉牛个体及肉品溯源鉴定的SNP标记组合及其应用
<160> 64
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 1
acttgctgcc agggaagg 18
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 2
aattcagtgt gatttcactc tccc 24
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 3
ttcacgtata ctttctcaat ttatacaatg 30
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 4
ggaagagcac gtgacatttg c 21
<210> 5
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 5
ctttctcctc tactttcttc ttcatg 26
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 6
ggctacaacc aggatattga agtac 25
<210> 7
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 7
gacattttag aagttagcct tgagtg 26
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 8
caatggatga gctctttaaa agg 23
<210> 9
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 9
caaaggaaat agacttttta aagtcttg 28
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 10
ctgagtctgg cctgggtgta 20
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 11
tgtagaaatc aagtggcctg ga 22
<210> 12
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 12
caggttttct tttaacagaa aaagac 26
<210> 13
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 13
cacctctgaa ggtcaccaat ca 22
<210> 14
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 14
gcactacaaa gaaggatcct gc 22
<210> 15
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 15
agatgatcag gacagccaag g 21
<210> 16
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 16
gtgctcctga atcatcagct att 23
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 17
catgaaagga agcaacccag 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 18
cagctgagct tcctgggaag 20
<210> 19
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 19
cactatatta aatctttgct gccaag 26
<210> 20
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 20
agtacagacc agatggccga c 21
<210> 21
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 21
gccttcacta ttcttaagtc cttttg 26
<210> 22
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 22
gatcaaggca gaactacact accc 24
<210> 23
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 23
tgtggtaact ggatagtaaa tcttcc 26
<210> 24
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 24
gctgatgttt aagttttcga agaa 24
<210> 25
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 25
agagcaaaac acaataactc ctctaa 26
<210> 26
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 26
aaatgaagat gtagctagaa gggatac 27
<210> 27
<211> 31
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 27
cagacaagga gagaataact taatattaga g 31
<210> 28
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 28
tcctaaggaa cctatgtgta tattagc 27
<210> 29
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 29
accactacct gcctcaagac ag 22
<210> 30
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 30
acttctctta gcgccttctc ac 22
<210> 31
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 31
gccttacatg ctgaagatgc tc 22
<210> 32
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 32
caaatgatct tcagtttagt accgtg 26
<210> 33
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 33
ttcgtatatt tcacactcca gcc 23
<210> 34
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 34
ttactattaa aactactgtg tcaaccct 28
<210> 35
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 35
aaaatatgga gtctcgggaa aag 23
<210> 36
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 36
aaggaatccc ttcttttgta aaac 24
<210> 37
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 37
tgagtttgag caagttccag g 21
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 38
tgctttcatc tttgaatcag aagac 25
<210> 39
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 39
cagagttcag tgccaaaaat atagg 25
<210> 40
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 40
cagattgcaa cctatcttgt tagaac 26
<210> 41
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 41
atatggatct gggcctcaga g 21
<210> 42
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 42
tctctgcaca cagaggttat atgc 24
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 43
gcaagtgtcc caggcctatg 20
<210> 44
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 44
accgaagtgg gtcctggtt 19
<210> 45
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 45
gacaatatta atccaaatac atcaataag 29
<210> 46
<211> 30
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 46
ctctttactt ttaatcagtt ttaatctttc 30
<210> 47
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 47
agaaacacag agaaagagaa agtgag 26
<210> 48
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 48
cagtggtgtt tactgataga cttagaac 28
<210> 49
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 49
ttcatggcag cctctgctct 20
<210> 50
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 50
acacctgacc atctccgtct t 21
<210> 51
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 51
ctggtcagcg gttgagca 18
<210> 52
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 52
tcatctagta tgtcatcttt tttgagac 28
<210> 53
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 53
gacataactg aagtgactta caagca 26
<210> 54
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 54
ttgccttctc catcaattaa gc 22
<210> 55
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 55
ggactgaaac aggctgggc 19
<210> 56
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 56
gcaaggatta gactgaaaga ttcttc 26
<210> 57
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 57
cgttctgaac cagtaagtat cacc 24
<210> 58
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 58
acccagacag atacaaggga cag 23
<210> 59
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 59
tcataaaatg tgtccagggt cac 23
<210> 60
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 60
tcctgaacac gtggccca 18
<210> 61
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 61
atcttaaatc tttattaacc tattaaggc 29
<210> 62
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 62
tccgtcactt ttctttctca gc 22
<210> 63
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 63
tccactgtta ttttttcact tcttg 25
<210> 64
<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 64
cagatacaaa ggaaaattta acaaaac 27
Claims (8)
1.检测X的物质在如下1)-4)中任一种中的应用：
1)区分牦牛肉与其他品种牛肉；
2)制备区分牦牛肉与其他品种牛肉的产品；
3)牛个体鉴定；
4)制备牛个体鉴定的产品；
所述X为如下SNP位点中的至少一个：rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs29014752、rs17871566、rs29014143、rs29014953、rs17870274、rs29021631、rs29024289、rs29017633、rs41255624、rs29019421、rs29023295、rs29020547、rs29009782、rs29020876、rs29018402、rs29025314、rs29025593、rs29012633、rs29019957、rs29010153、rs29022377、rs29010275、rs29001970、rs29009713、rs29021886和rs29011378。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述X为如下X1)或X2)：
所述X1)由rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs17871566和rs29014143组成；
所述X2)由rs29019900、rs29010374、rs29016185、rs29010006、rs29010035、rs29023422、rs29014752、rs17871566、rs29014143、rs29014953、rs17870274、rs29021631、rs29024289、rs29017633、rs41255624、rs29019421、rs29023295、rs29020547、rs29009782、rs29020876、rs29018402、rs29025314、rs29025593、rs29012633、rs29019957、rs29010153、rs29022377、rs29010275、rs29001970、rs29009713、rs29021886和rs29011378组成。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：
检测所述rs29019900的物质由序列1所示的单链DNA分子和序列2所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010374的物质由序列3所示的单链DNA分子和序列4所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29016185的物质由序列5所示的单链DNA分子和序列6所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010006的物质由序列7所示的单链DNA分子和序列8所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010035的物质由序列9所示的单链DNA分子和序列10所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29023422的物质由序列11所示的单链DNA分子和序列12所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29014752的物质由序列13所示的单链DNA分子和序列14所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs17871566的物质由序列15所示的单链DNA分子和序列16所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29014143的物质由序列17所示的单链DNA分子和序列18所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29014953的物质由序列19所示的单链DNA分子和序列20所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs17870274的物质由序列21所示的单链DNA分子和序列22所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29021631的物质由序列23所示的单链DNA分子和序列24所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29024289的物质由序列25所示的单链DNA分子和序列26所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29017633的物质由序列27所示的单链DNA分子和序列28所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs41255624的物质由序列29所示的单链DNA分子和序列30所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29019421的物质由序列31所示的单链DNA分子和序列32所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29023295的物质由序列33所示的单链DNA分子和序列34所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29020547的物质由序列35所示的单链DNA分子和序列36所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29009782的物质由序列37所示的单链DNA分子和序列38所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29020876的物质由序列39所示的单链DNA分子和序列40所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29018402的物质由序列41所示的单链DNA分子和序列42所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29025314的物质由序列43所示的单链DNA分子和序列44所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29025593的物质由序列45所示的单链DNA分子和序列46所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29012633的物质由序列47所示的单链DNA分子和序列48所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29019957的物质由序列49所示的单链DNA分子和序列50所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010153的物质由序列51所示的单链DNA分子和序列52所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29022377的物质由序列53所示的单链DNA分子和序列54所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29010275的物质由序列55所示的单链DNA分子和序列56所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29001970的物质由序列57所示的单链DNA分子和序列58所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29009713的物质由序列59所示的单链DNA分子和序列60所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29021886的物质由序列61所示的单链DNA分子和序列62所示的单链DNA分子组成；
检测所述rs29011378的物质由序列63所示的单链DNA分子和序列64所示的单链DNA分子组成。
4.一种区分牦牛肉与其他品种牛肉的方法，包括如下步骤：采用权利要求1中所述的物质对待测牛肉进行基因型鉴定，得到待测牛肉的基因型；
若待测牛肉在所选的每个SNP位点的基因型均为纯合，则待测牛肉为或候选为牦牛肉；
若待测牛肉在所选的每个SNP位点的基因型不均为纯合，则待测牛肉为或候选为非牦牛肉。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述物质为成套引物丙；
所述成套引物丙由权利要求3中的检测所述rs29019900的物质、检测所述rs29010374的物质、检测所述rs29016185的物质、检测所述rs29010006的物质、检测所述rs29010035的物质、检测所述rs29023422的物质、检测所述rs17871566的物质和检测所述rs29014143的物质组成。
6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：所述基因型鉴定基于高通量Hi-SNP分型平台。
7.一种用于区分牦牛肉与其他品种牛肉或牛个体鉴定的产品，其为如下(1)-(4)中任一种：
(1)权利要求5中所述的成套引物丙；
(2)权利要求1中所述的检测X的物质；
(3)含有所述成套引物丙或所述检测X的物质的PCR试剂；
(4)含有所述成套引物丙或所述检测X的物质的试剂盒。
8.根据权利要求1-3中任一所述的应用或权利要求4-6中任一所述的方法或权利要求7所述的产品，其特征在于：所述牛为肉牛，所述肉牛具体为西门塔尔牛、鲁西黄牛、新疆黑牛、利木赞牛。
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| US11832584B2 (en) | 2018-04-22 | 2023-12-05 | Vence, Corp. | Livestock management system and method |
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| CN110358845A (zh) * | 2019-08-14 | 2019-10-22 | 西南大学 | 一种辨别牛肉产品物种来源的引物及方法 |
| USD990062S1 (en) | 2020-06-18 | 2023-06-20 | S.C.R. (Engineers) Limited | Animal ear tag |
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| USD990063S1 (en) | 2020-06-18 | 2023-06-20 | S.C.R. (Engineers) Limited | Animal ear tag |
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| US11960957B2 (en) | 2020-11-25 | 2024-04-16 | Identigen Limited | System and method for tracing members of an animal population |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2002209581A (ja) * | 2001-01-12 | 2002-07-30 | Bml Inc | 牛の品種鑑別方法 |
| CN105441567A (zh) * | 2016-01-05 | 2016-03-30 | 甘肃农业大学 | 一种耗牛foxo1基因单核苷酸多态性的检测方法及其试剂盒 |
| CN105779629A (zh) * | 2016-05-09 | 2016-07-20 | 中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所 | 一种用于牛肉产品溯源鉴别的微卫星引物组合及其检测试剂盒 |
| CN106636374A (zh) * | 2016-12-01 | 2017-05-10 | 西南民族大学 | 一种肉类检测试剂盒和方法 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| BR0317329A (pt) * | 2002-12-31 | 2005-11-08 | Mmi Genomics Inc | Composições, métodos e sistemas para inferir traços bovinos |
| NZ586408A (en) * | 2007-12-20 | 2012-09-28 | Texas A & M Univ Sys | Breed-specific haplotypes for polled (without horns) phenotypes in cattle |
| CN205115477U (zh) * | 2015-11-05 | 2016-03-30 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 一种智能配对基因序列生成的肉牛遗传评估小芯片 |
| CN105349673B (zh) * | 2015-11-30 | 2020-01-21 | 西北农林科技大学 | 一种快速检测黄牛flii基因snp的rflp方法及其应用 |
| CN106498083B (zh) * | 2016-12-21 | 2019-11-29 | 西北农林科技大学 | 一种检测牛pcaf基因单核苷酸多态性的rflp方法及试剂盒 |
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| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2002209581A (ja) * | 2001-01-12 | 2002-07-30 | Bml Inc | 牛の品種鑑別方法 |
| CN105441567A (zh) * | 2016-01-05 | 2016-03-30 | 甘肃农业大学 | 一种耗牛foxo1基因单核苷酸多态性的检测方法及其试剂盒 |
| CN105779629A (zh) * | 2016-05-09 | 2016-07-20 | 中国农业科学院农业质量标准与检测技术研究所 | 一种用于牛肉产品溯源鉴别的微卫星引物组合及其检测试剂盒 |
| CN106636374A (zh) * | 2016-12-01 | 2017-05-10 | 西南民族大学 | 一种肉类检测试剂盒和方法 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| JIE ZHAO等: "A panel of SNP markers for meat traceability of Halal beef in the Chinese market", 《FOOD CONTROL》 * |
| L. ORRÙ等: "Characterization of a SNPs panel for meat traceability in six cattle breeds", 《FOOD CONTROL》 * |
| SEIDEL GE等: "Brief introduction to whole-genome selection in cattle using single nucleotide polymorphisms", 《REPROD FERTIL DEV》 * |
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