CN112831503A

CN112831503A - 一种水稻抗纹枯病基因sbr11及其分子标记和应用

Info

Publication number: CN112831503A
Application number: CN202110241489.1A
Authority: CN
Inventors: 王雨; 左示敏; 薛芗; 陈宗祥; 冯志明; 胡珂鸣; 潘学彪
Original assignee: Yangzhou University
Current assignee: Yangzhou University
Priority date: 2021-03-04
Filing date: 2021-03-04
Publication date: 2021-05-25
Anticipated expiration: 2041-03-04
Also published as: CN112831503B

Abstract

本发明公开了一种水稻抗纹枯病基因SBR11及其分子标记和应用，属于作物分子生物学技术领域。本发明通过遗传转化证实了SBR11基因正调控水稻对纹枯病的抗性，通过等位基因功能和单倍型分析，证实了该基因编码区190，926位点SNP导致基因功能变异，进而本发明也开发了两个分子标记用于检测这两个位点基因型，所述分子标记包括SNP位点190和SNP位点926，利用该分子标记可以检测SBR11等位基因并进行选择，为水稻抗病分子设计育种提供更多的资源，加快育种进程。

Description

一种水稻抗纹枯病基因SBR11及其分子标记和应用

技术领域

本发明属于作物分子生物学技术领域，涉及一种水稻抗纹枯病基因SBR11及其分子标记和应用。

背景技术

水稻(Oryza sativa L.)是我国最重要的粮食作物。由强腐生性真菌立枯丝核菌(Rhizoctonia solani Kühn)引起的水稻纹枯病是我国水稻三大病害之一。纹枯病由于其发生面积广、防治难度大，造成的产量损失位于水稻各病害之首。长期以来，对纹枯病的防治主要依赖于化学药剂，但效果一直不佳。推广和培育抗病品种是控制病害最经济有效的措施。水稻对纹枯病的抗性属于数量性状抗性，受多基因或QTL(Quantitative traitlocus)控制，克隆抗纹枯病相关基因具有重要的理论价值和实际意义。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是克服现有技术的缺陷，提供一种稻抗纹枯病基因SBR11及其分子标记和应用，本发明通过遗传转化证实了SBR11基因正调控水稻对纹枯病的抗性。通过等位基因功能和单倍型分析，证实了该基因编码区190，926位点SNP导致基因功能变异，进而本发明也开发了两个分子标记用于检测这两个位点基因型。

本发明的技术方案为：

本发明的目的之一为提供一种水稻抗纹枯病基因SBR11，其为以下任一：

(1)所述SBR11的全长序列如SEQ ID NO.1所示；或

(2)SEQ ID NO.1所示核苷酸序列经取代、缺失和/或增加一个或几个核苷酸编码相同功能蛋白的基因；或

(3)所述SBR11的全长序列为SEQ ID NO.1所示序列的第190位碱基由T变为A；或

(4)所述SBR11的全长序列为SEQ ID NO.1所示序列的第926位碱基由G变为A；或

(5)所述SBR11的全长序列为SEQ ID NO.1所示序列的第1492位碱基由A变为G。

本发明的目的之二为提供上述的水稻抗纹枯病基因SBR11编码的蛋白质，所述蛋白质的氨基酸序列具有：

(1)如SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列；或

(2)SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列经取代、缺失和/或增加一个或多个氨基酸且具有同等活性的由2)衍生的蛋白质。

本发明的目的之三为提供含有上述水稻抗纹枯病基因SBR11的生物材料，所述生物材料为载体、转基因细胞系、工程菌、宿主细胞或表达盒。

本发明的目的之四为提供上述的水稻抗纹枯病基因SBR11、蛋白质或生物材料在水稻抗纹枯病育种中的应用。

本发明的目的之五为提供用于检测水稻抗纹枯病基因SBR11的分子标记，所述分子标记包括SNP位点190和SNP位点926，所述SNP位点190位于SBR11编码区第190位碱基，该碱基SNP变异，其多态性为T/A；所述SNP位点926位于SBR11编码区第926位碱基，该碱SNP变异，其多态性为G/A。

上述的分子标记，所述SNP位点190位于水稻第11号染色体第4851244位碱基，该SNP位点190前后共176bp的序列如SEQ ID No.3所示，第154bp的碱基即为SNP位点19；所述SNP位点926位于水稻第11号染色体第4851980位碱基，该SNP位点926前后共262bp的序列如SEQ ID No.4所示，第125bp的碱基即为SNP位点926。

本发明的目的之六为提供用于检测上述分子标记的引物组合，包括检测SNP位点190和检测SNP位点926的引物组；检测SNP位点190的引物为Primer190F、Primer190R,所述Primer190F的序列如SEQ ID NO.5所示,所述Primer190R的序列如SEQ ID NO.6所示；检测SNP位点926的引物为Primer926F、Primer926R,所述Primer926F的序列如SEQ ID NO.7所示,所述Primer926R的序列如SEQ ID NO.8所示。

本发明的目的之七为提供检测水稻抗纹枯病基因SBR11的方法：

通过核苷酸序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的引物对样品基因组DNA进行PCR扩增，利用限制性内切酶PvuII酶切PCR扩增产物，酶切产物在浓度为4％的琼脂糖凝胶电泳中检测；若电泳结果出现一条176bp的特征条带，则待测水稻在SNP190处碱基与SBR11抗病等位基因SBR11一致；若电泳结果出现一条155bp的特征条带，则待测水稻在SNP190处碱基与SBR11感病等位基因sbr11一致；

通过核苷酸序列如SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的引物对样品基因组DNA进行PCR扩增，利用限制性内切酶DdeI酶切PCR扩增产物，酶切产物在浓度为4％的琼脂糖凝胶电泳中检测；若电泳结果出现两条分别为124bp和140bp的特征条带，则待测水稻在SNP926处碱基与SBR11抗病等位基因SBR11一致；若出现一条262bp的特征条带，则待测水稻在SNP190处碱基与SBR11感病等位基因sbr11一致；

只有该样品基因组在SNP190和SNP926处都与SBR11抗病等位基因SBR11一致，才可以判断该样品中含有SBR11抗病等位基因SBR11，否则该样品中含有SBR11感病等位基因sbr11。

本发明的目的之八为提供上述的分子标记、引物组合或检测方法在检测水稻抗纹枯病基因SBR11中的应用。

本发明所达到的有益效果：本发明克隆了水稻抗纹枯病基因SBR11，并通过遗传转化验证了该基因的功能：利用超表达技术增强SBR11基因的表达量以及利用RNAi技术降低SBR11基因的表达量，证实了该基因可以显著提高水稻对纹枯病抗性。本研究还分析了SBR11的抗感等位变异类型并开发了识别抗病等位基因的功能标记。利用该标记可以检测SBR11等位基因并进行选择，为水稻抗病分子设计育种提供更多的资源，加快育种进程。

附图说明

图1为SBR11超量表达材料(SBR11OE)的大田抗性鉴定结果；

图2为SBR11干扰材料(SBR11RNAi)的大田抗性鉴定结果；

图3为SBR11互补材料(SBR11CP)的大田抗性鉴定结果；

图4为SBR11启动子和编码区在Teqing(TQ)和Lemont(LE)中的序列变异示意图；

图5为LE和NIL在接种纹枯病后SBR11的表达量情况；

图6为过表达SBR11和sbr11编码区的转基因植株的大田抗性鉴定结果；

图7为过表达SBR11和sbr11编码区的转基因植株的温室抗性鉴定结果；

图8为分别将SBR11中64，309，498位点改变后，再用Ubiquitin启动子驱动转入感病等基因系NIL的转基因植株温室抗性鉴定结果；

图9为8个品种中SBR11第64、309位点的dCAPS分子标记检测情况，第64位点处为SNP190，第309位点处为SNP926。

具体实施方式

下面结合附图对本发明作进一步描述。以下实施例仅用于更加清楚地说明本发明的技术方案，而不能以此来限制本发明的保护范围。

实施例1、候选基因的验证

本实施利用LE和TQ构建的近等基因系,在LE第11号染色体上检测到一个抗纹枯病候选基因SBR11。为了验证该基因的功能，本发明构建了SBR11超表达(SBR11OE)和RNAi载体(SBR11RNAi)，将SBR11-OE载体转入感病近等基因系NIL-SBR11^TQ(NIL)中,将SBR11RNAi载体转入LE中。大田抗性鉴定结果显示，与对照相比，SBR11OE转基因系对纹枯病的抗性显著增加(图1)，SBR11RNAi转基因系对纹枯病的抗性显著降低(图2)。从LE中克隆了SBR11的全长基因，并将其转入感病近等基因系NIL中，同时设置了空载对照(#8)。对获得的8个独立转化系(含1个空载对照)进行纹枯病菌接种鉴定。结果显示(图3)，有4个系的抗性显著高于感病对照NIL及空对照，且其中有2个系(#2和#4)的表型与携带SBR11的野生型对照LE基本相当。以上结果都证明了SBR11正调控水稻对纹枯病的抗性。

实施例2、SBR11功能分析

SBR11的抗病等位基因(SBR11)来自LE,籼稻品种TQ在该座位上携带的是感病等位基因(sbr11)。测序结果显示(图4)，SBR11在抗、感等位基因供体亲本之间不仅在ATG上游2kb内存在11个SNP差异，在编码区也存在5个突变，其中第190，926和1492处为有义突变。SBR11在纹枯病菌侵染后的诱导表达水平明显高于sbr11(图5)。为了验证SBR11的基因功能，本发明将两个等位基因SBR11、sbr11的编码区分别用过表达启动子Ubiquitin驱动，转入感病近等基因系NIL中。对转基因系进行纹枯病菌温室离体接种(图6)和大田接种鉴定(图7)。结果显示，与对照相比，过表达SBR11编码区的转基因植株的抗性显著增加，而过表达sbr11编码区的转基因植株抗性无显著变化。表明SBR11与sbr11间的功能差异主要由于编码区变异所致。

由于LE和TQ编码区存在3个氨基酸的差异，本发明分别扩增了SBR11中第190,926,1492个碱基发生改变的DNA序列，即其中64，309，498个氨基酸分别变为TQ型，具体的氨基酸改变情况如表1所示。用Ubiquitin启动子驱动后，利用农杆菌介导法转入感病近等基因系NIL中。温室接种鉴定结果显示(图8)，NIL-SBR11OE转基因植株对纹枯病的抗性显著高于野生型NIL，当第64位氨基酸由C变为S，或第309位氨基酸由S变为N时，转基因材料的抗性显著降低，而第498位氨基酸无论是K还是E，都不影响水稻对纹枯病的抗性。因此推测，第64，309位氨基酸影响SBR11对纹枯病的抗性。

表1氨基酸改变情况

	64	309	498
				TQ	丝氨酸S	天冬氨酸N	谷氨酸E
LE	半胱氨酸C	丝氨酸S	赖氨酸K

实施例3、分子标记的开发

本发明针对SNP190和SNP926碱基变异开发了dCAPS标记用于基因选择，这两个dCAPS标记具体信息如下：

SNP190：位于水稻第11号染色体第4851244位碱基，即SBR11基因第190个碱基，分子标记多态性为T/A，该SNP位点前后共176bp的序列如SEQ ID No.3所示，第154bp的碱基即为SNP位点190；SBR11抗病等位基因在该位点的碱基为T，不会被限制性内切酶PvuII识别，扩出片段大小为176bp。感病等位基因sbr11在该位点的碱基为A，会被限制性内切酶PvuII识别，切掉21bp的片段，只剩155bp的片段。

SNP926：位于水稻第11号染色体第4851980位碱基，即SBR11基因第926个碱基，分子标记多态性为G/A，该SNP位点前后共262bp的序列如SEQ ID No.4所示，第125bp的碱基即为SNP位点926；SBR11抗病等位基因在该位点的碱基为G，会被限制性内切酶DdeI识别，被切成124bp和140bp的片段；感病等位基因sbr11在该位点的碱基为A，不会被限制性内切酶DdeI识别，仍为262bp。

只有当SNP160和SNP926位点处，全部为抗纹枯病纯合基因型，才可判定该待检样品为抗纹枯病基因型。只要有任意一处位点与感病基因型一致，则直接判定该待检样品为感纹枯病基因型。

检测SNP位点190的引物为Primer190F、Primer190R,Primer190F的序列如SEQ.ID.NO.5所示,Primer190R的序列如SEQ.ID.NO.6所示，使用的限制性内切酶为PvuII；

检测SNP位点926的引物为Primer926F、Primer926R,Primer926F的序列如SEQ.ID.NO.7所示,Primer926R的序列如SEQ.ID.NO.8所示，使用的限制性内切酶为DdeI。

实施例4、分子标记的应用

(1)提取待测水稻基因组DNA

待测水稻样品共8份，提取水稻基因组DNA，检测DNA浓度，以确保A260/280介于1.8-2.0之间。

(2)PCR扩增：

PCR体系(20ul)：

DNA模板:20ng；

F引物(10uM):0.5ul；

R引物(10uM):0.5ul；

dNTP(2mM):2ul；

Mg²⁺(2.5mM):1.2ul；

10x PCR buffer:2ul；

Taq酶:0.2ul；

ddH₂O:补足至20ul。

PCR扩增程序：

94℃预变性5min后，94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，38个循环后，72℃保持10min，后置于4℃保存待检测。

(3)酶切：

酶切体系共10ul:

5ul PCR产物，10x buffer 1ul，内切酶0.3ul，ddH₂O补足至10ul。

(4)对8份待测水稻样品和2份对照(LE和TQ)进行PCR扩增，酶切后在浓度为4％的琼脂糖凝胶电泳中检测。

SNP190：若电泳结果出现一条176bp的特征条带，则待测水稻在SNP190处碱基与SBR11抗病等位基因SBR11一致(即LE中所带等位基因)；若电泳结果出现一条155bp的特征条带，则待测水稻在SNP190处碱基与SBR11感病等位基因sbr11一致(即TQ中所带等位基因)；

SNP926：若电泳结果出现两条分别为124bp和140bp的特征条带，则待测水稻在SNP190处碱基与SBR11抗病等位基因SBR11一致(即LE中所带等位基因)；若出现一条262bp的特征条带，则在SNP190处碱基与SBR11感病等位基因sbr11一致(即TQ中所带等位基因)。

结果如图9所示，SNP190标记中，1、2、3、4号样品的条带为155bp，则可以得出1、2、3、4号样品在SNP190处碱基与SBR11感病等位基因sbr11一致，5、6、7、8号样品的条带为176bp，则可以得出5、6、7、8号样品在SNP190处碱基与SBR11抗病等位基因SBR11一致。

SNP926标记中，1、2、3、4、5、7号样品出现一条262bp，则可以得出1、2、3、4、5、7号样品在SNP190处碱基与SBR11感病等位基因sbr11一致，6、8号样品出现两条分别为124bp和140bp的特征条带，则可以得出6、8号样品在SNP190处碱基与SBR11抗病等位基因SBR11一致。

综上可得出6、8号样品含有SBR11抗病等位基因SBR11，1、2、3、4、5、7号样品含有SBR11感病等位基因sbr11。

SNP190和SNP926标记在这些品种中具有多态性，带型清晰，多态性明显，扩增片段大小适中，说明开发的标记可成功检测水稻不同品种中SBR11的基因变异。

本发明可以快速预测水稻植株对纹枯病的抗性，加快抗纹枯病水稻材料的选择进度。

以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明技术原理的前提下，还可以做出若干改进和变形，这些改进和变形也应视为本发明的保护范围。

序列表

<110> 扬州大学

<120> 一种水稻抗纹枯病基因SBR11及其分子标记和应用

<160> 8

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 1884

<212> DNA

<213> 水稻(Oryza sativa L.)

<400> 1

atggaggtga tgagtcggca ccatgctccc gatagaagcc tgtgcttact gttactgctg 60

ctgttcttgc ttcttggtgt gcccatggca gcgtccaccg aacaatcgcc agcgcgactg 120

aacaaggcac acgaggacat catgcgagat attctgagct cggtgggcag taccaagaac 180

tggaacacct gctcaaatcc atgccaatgg agtggtgttc attgctcttc agttgcatcc 240

tctgcgtttg tcactaggct atccctcccc ggatgtggcc tctccaatgc caccatcctt 300

gcgtccatat gcaatcttca taccttgcga tctcttaacc tctcgagaaa ctcgttcacc 360

gatttgccaa gccaactctc tccgtgcccc atgaaggctg aattgcaagt gctggatctc 420

agtagcaata tgctgtctgg tcaacttggt gatttcgttg gttttcacaa gctcgaggtt 480

cttgatttgt cctccaactc tttaaatggc aatataagta cccagctgag tgatttgcca 540

aaactgagaa gcttgaacct tagttccaat ggttttgaag gcccagtccc tacaagcatc 600

gctacctctc tggaagacct cgtgctctcg ggtaataatt tcagtgatca tattccaatg 660

ggtttgttca ggtatggaaa tcttactctg ttggatctct gccgcaataa tctacacggt 720

gatgtcccag atggcttctt gagcttccca aaactcagga ttttggtcct ttcagaaaac 780

aacctgacag gaaaaattcc acggagcttg ctgaatgtca ccacactgtt tcggtttgga 840

ggtaatcaga ataattttgt tggctcaatt cctcaaggaa ttaccaggaa cattaggatg 900

ttggatttga gttacaacat gctcagtggt gatataccct ctgaactgct ctcacctgat 960

actttggaga ccattgacct cactgcaaat aggcttgaag ggttcatccc tgggaatgtt 1020

tctcggagcc tccatagtat tcggcttggt cgaaacttgc tcggtggaag catcccagaa 1080

tcaataggca atgccattga cttggttaat cttctgttag atggcaataa gttggttgga 1140

tatatacctt ggcagctcag cagatgcaag aacttggcac tcatcgatct gtcatcaaac 1200

caggtgcagg gtaatatacc tattgggctg ggcaaccttg agcagctcgt agtcttgaag 1260

ctccaaaaga acaatctcag tggagatatc ccaagttcat tttctgacat gtcagccctg 1320

gaaatactta acctgagtca taactcattc actggagaac tacctttcac aaattctact 1380

cagtcactga agctctgcta cttaggtttg catggcaaca agctcaatgg tgtgattcca 1440

tcgtcgatca gcttgctgca gtctctgatc accattgatc tggggaacaa taagttgatt 1500

ggaattatcc ccacaaacat tggaaccttt ctgaagttgg agcgtcttga tctttcaaaa 1560

aactacttgt caggtcaggt gccatcctca gttgcaaacc tggaaagatt aatgtgtcta 1620

ttcctttcag acaataacct ttccggacca ttgcctgagc tacctaaatg ggtgatggtc 1680

aatgtaactg gaaatccagg catcatacta gacacggaag aaaatagaac ttcaggcagt 1740

atgaaaggct cccaggatga tttcagatca gctatatggg tcgcagcagc ttcttttgta 1800

cttggattca gcttgtcctt ctattgggct ggaccagggg aaaaattgat gccaaggttg 1860

gagactcttc actgtgacga ttga 1884

<210> 2

<211> 627

<212> PRT

<213> 水稻(Oryza sativa L.)

<400> 2

Met Glu Val Met Ser Arg His His Ala Pro Asp Arg Ser Leu Cys Leu

1 5 10 15

Leu Leu Leu Leu Leu Phe Leu Leu Leu Gly Val Pro Met Ala Ala Ser

20 25 30

Thr Glu Gln Ser Pro Ala Arg Leu Asn Lys Ala His Glu Asp Ile Met

35 40 45

Arg Asp Ile Leu Ser Ser Val Gly Ser Thr Lys Asn Trp Asn Thr Cys

50 55 60

Ser Asn Pro Cys Gln Trp Ser Gly Val His Cys Ser Ser Val Ala Ser

65 70 75 80

Ser Ala Phe Val Thr Arg Leu Ser Leu Pro Gly Cys Gly Leu Ser Asn

85 90 95

Ala Thr Ile Leu Ala Ser Ile Cys Asn Leu His Thr Leu Arg Ser Leu

100 105 110

Asn Leu Ser Arg Asn Ser Phe Thr Asp Leu Pro Ser Gln Leu Ser Pro

115 120 125

Cys Pro Met Lys Ala Glu Leu Gln Val Leu Asp Leu Ser Ser Asn Met

130 135 140

Leu Ser Gly Gln Leu Gly Asp Phe Val Gly Phe His Lys Leu Glu Val

145 150 155 160

Leu Asp Leu Ser Ser Asn Ser Leu Asn Gly Asn Ile Ser Thr Gln Leu

165 170 175

Ser Asp Leu Pro Lys Leu Arg Ser Leu Asn Leu Ser Ser Asn Gly Phe

180 185 190

Glu Gly Pro Val Pro Thr Ser Ile Ala Thr Ser Leu Glu Asp Leu Val

195 200 205

Leu Ser Gly Asn Asn Phe Ser Asp His Ile Pro Met Gly Leu Phe Arg

210 215 220

Tyr Gly Asn Leu Thr Leu Leu Asp Leu Cys Arg Asn Asn Leu His Gly

225 230 235 240

Asp Val Pro Asp Gly Phe Leu Ser Phe Pro Lys Leu Arg Ile Leu Val

245 250 255

Leu Ser Glu Asn Asn Leu Thr Gly Lys Ile Pro Arg Ser Leu Leu Asn

260 265 270

Val Thr Thr Leu Phe Arg Phe Gly Gly Asn Gln Asn Asn Phe Val Gly

275 280 285

Ser Ile Pro Gln Gly Ile Thr Arg Asn Ile Arg Met Leu Asp Leu Ser

290 295 300

Tyr Asn Met Leu Ser Gly Asp Ile Pro Ser Glu Leu Leu Ser Pro Asp

305 310 315 320

Thr Leu Glu Thr Ile Asp Leu Thr Ala Asn Arg Leu Glu Gly Phe Ile

325 330 335

Pro Gly Asn Val Ser Arg Ser Leu His Ser Ile Arg Leu Gly Arg Asn

340 345 350

Leu Leu Gly Gly Ser Ile Pro Glu Ser Ile Gly Asn Ala Ile Asp Leu

355 360 365

Val Asn Leu Leu Leu Asp Gly Asn Lys Leu Val Gly Tyr Ile Pro Trp

370 375 380

Gln Leu Ser Arg Cys Lys Asn Leu Ala Leu Ile Asp Leu Ser Ser Asn

385 390 395 400

Gln Val Gln Gly Asn Ile Pro Ile Gly Leu Gly Asn Leu Glu Gln Leu

405 410 415

Val Val Leu Lys Leu Gln Lys Asn Asn Leu Ser Gly Asp Ile Pro Ser

420 425 430

Ser Phe Ser Asp Met Ser Ala Leu Glu Ile Leu Asn Leu Ser His Asn

435 440 445

Ser Phe Thr Gly Glu Leu Pro Phe Thr Asn Ser Thr Gln Ser Leu Lys

450 455 460

Leu Cys Tyr Leu Gly Leu His Gly Asn Lys Leu Asn Gly Val Ile Pro

465 470 475 480

Ser Ser Ile Ser Leu Leu Gln Ser Leu Ile Thr Ile Asp Leu Gly Asn

485 490 495

Asn Lys Leu Ile Gly Ile Ile Pro Thr Asn Ile Gly Thr Phe Leu Lys

500 505 510

Leu Glu Arg Leu Asp Leu Ser Lys Asn Tyr Leu Ser Gly Gln Val Pro

515 520 525

Ser Ser Val Ala Asn Leu Glu Arg Leu Met Cys Leu Phe Leu Ser Asp

530 535 540

Asn Asn Leu Ser Gly Pro Leu Pro Glu Leu Pro Lys Trp Val Met Val

545 550 555 560

Asn Val Thr Gly Asn Pro Gly Ile Ile Leu Asp Thr Glu Glu Asn Arg

565 570 575

Thr Ser Gly Ser Met Lys Gly Ser Gln Asp Asp Phe Arg Ser Ala Ile

580 585 590

Trp Val Ala Ala Ala Ser Phe Val Leu Gly Phe Ser Leu Ser Phe Tyr

595 600 605

Trp Ala Gly Pro Gly Glu Lys Leu Met Pro Arg Leu Glu Thr Leu His

610 615 620

Cys Asp Asp

625

<210> 3

<211> 176

<212> DNA

<213> 水稻(Oryza sativa L.)

<400> 3

agcctgtgct tactgttact gctgctgttc ttgcttcttg gtgtgcccat ggcagcgtcc 60

accgaacaat cgccagcgcg actgaacaag gcacacgagg acatcatgcg agatattctg 120

agctcggtgg gcagtaccaa gaactggaac acctgctcaa atccatgcca atggag 176

<210> 4

<211> 262

<212> DNA

<213> 水稻(Oryza sativa L.)

<400> 4

cggagcttgc tgaatgtcac cacactgttt cggtttggag gtaatcagaa taattttgtt 60

ggctcaattc ctcaaggaat taccaggaac attaggatgt tggatttgag ttacaacatg 120

ctcagtggtg atataccctc tgaactgctc tcacctgata ctttggagac cattgacctc 180

actgcaaata ggcttgaagg gttcatccct gggaatgttt ctcggagcct ccatagtatt 240

cggcttggtc gaaacttgct cg 262

<210> 5

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

agcctgtgct tactgttact gc 22

<210> 6

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 6

ctccattggc atggatttca gc 22

<210> 7

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 7

cggagcttgc tgaatgtcac 20

<210> 8

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 8

cgagcaagtt tcgaccaagc 20

Claims

1.水稻抗纹枯病基因SBR11，其特征在于，其为以下任一：

(1)所述SBR11的全长序列如SEQ ID NO.1所示；或

2.权利要求1所述的水稻抗纹枯病基因SBR11编码的蛋白质，其特征在于，所述蛋白质的氨基酸序列具有：

(1)如SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列；或

3.含有权利要求1所述水稻抗纹枯病基因SBR11的生物材料，其特征在于，所述生物材料为载体、转基因细胞系、工程菌、宿主细胞或表达盒。

4.权利要求1所述的水稻抗纹枯病基因SBR11、权利要求2所述的蛋白质或权利要求3所述的生物材料在水稻抗纹枯病育种中的应用。

5.用于检测水稻抗纹枯病基因SBR11的分子标记，其特征在于，所述分子标记包括SNP位点190和SNP位点926，所述SNP位点190位于SBR11编码区第190位碱基，该碱基SNP变异，其多态性为T/A；所述SNP位点926位于SBR11编码区第926位碱基，该碱基SNP变异，其多态性为G/A。

6.根据权利要求5所述的分子标记，其特征在于，所述SNP位点190位于水稻第11号染色体第4851244位碱基，该SNP位点190前后共176bp的序列如SEQ ID No.3所示，第154bp的碱基即为SNP位点19；所述SNP位点926位于水稻第11号染色体第4851980位碱基，该SNP位点926前后共262bp的序列如SEQ ID No.4所示，第125bp的碱基即为SNP位点926。

7.用于检测权利要求5或6所述分子标记的引物组合，其特征在于，包括检测SNP位点190和检测SNP位点926的引物组；检测SNP位点190的引物为Primer190F、Primer190R,所述Primer190F的序列如SEQ ID NO.5所示,所述Primer190R的序列如SEQ ID NO.6所示；检测SNP位点926的引物为Primer926F、Primer926R,所述Primer926F的序列如SEQ ID NO.7所示,所述Primer926R的序列如SEQ ID NO.8所示。

8.检测水稻抗纹枯病基因SBR11的方法，其特征在于：

9.权利要求5所述的分子标记、权利要求7所述的引物组合或权利要求8所述的检测方法在检测水稻抗纹枯病基因SBR11中的应用。