CN112680532B - 一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记、引物及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明属于分子生物学DNA分子标记技术领域，公开了一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记、引物及应用，缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记编号分别为：10458F/R、57324F/R、29968F/R、6321F/R、17156F/R、16775F/R、23957F/R、11365F/R、50660F/R、2904F/R、45390F/R、43219F/R、20549F/R、9153F/R、31370F/R和852F/R，所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记核苷酸序列分别如SEQ.ID.No.1‑12所示。本发明可用于缺须盆唇鱼的种群遗传多样性和群体遗传结构分析。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学DNA分子标记技术领域，尤其涉及一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记、引物及应用。
背景技术
目前，缺须盆唇鱼(Placocheilus cryptonemus)，又叫油鱼，隶属鲤科(Cyprinidae)、野鲮亚科(Labeoninae)、盆唇鱼属(Placocheilus)，个体较小，一般体长60～100mm，体近筒形。缺须盆唇鱼为怒江的特有种，近年来，在怒江流域鱼类资源保护的讨论中经常出现缺须盆唇鱼的名字，但对其研究较少，仅限于对其生物学和形态学的少量研究。在2004年的《中国物种红色名录》中已到易危级别，缺须盆唇鱼进行更好的保护是共同亟待研究和探索的问题。
微卫星标记(microsatellite)，又称为短串联重复序列(simple tandemrepeats，STRs)或简单重复序列(simple sequence repeats，SSR)，由含少数几个(1-6个)碱基对的短串联重复DNA序列组成。鱼类大约每10kbp就出现一次微卫星序列，SSR划分其长度多态性的标准，是根据不同序列、碱基数量和拷贝数之间的差异去判断不同的多态性。微卫星标记已广泛应用于生物的种群遗传结构及多样性评估、物种遗传背景分析和种质资源状况调查中，基于转录组数据的微卫星位点开发，已经为许多鱼类的基因和遗传学研究提供了更多的基础数据，微卫星适于检测种群结构与动态，在分子系统地理学研究中应用广泛。
与其他分子标记相比，SSR分子标记具有共显性、多态性丰富、重复性和稳定性好等优点，且种属特异性强，广泛地分布于整个真核生物基因组中，在模式和非模式生物中均可广泛使用，是现阶段应用最广泛的分子标记技术之一。因此基于转录组测序获取缺须盆唇鱼的SSR分子标记具有经济、可靠的特点，且具有十分重要的应用价值。缺须盆唇鱼是怒江特有的物种，是怒江流域重要的鱼类资源。但近年来其生存环境恶化，资源急剧减少，目前已处于易危状态，亟需大力开展水产种质资源保护工作。本发明根据高通测序得到的数据，开发出缺须盆唇鱼的微卫星标记，同时筛选出缺须盆唇鱼具有多态性的微卫星标记引物，解决了现有技术没有缺须盆唇鱼分子标记的现状，为缺须盆唇鱼的分子标记辅助育种和遗传资源的保护提供新的工具。
发明内容
针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记、引物及应用。
本发明是这样实现的，一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记，所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记编号分别为：10458F/R、57324F/R、29968F/R、6321F/R、17156F/R、16775F/R、23957F/R、11365F/R、50660F/R、2904F/R、45390F/R、43219F/R、20549F/R、9153F/R、31370F/R和852F/R，所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记核苷酸序列分别如SEQ.ID.No.1-32所示。
进一步，所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记包括；
所述分子标记10458F/R的重复序列为(T)13；
所述分子标记57324F/R的重复序列为(T)12；
所述分子标记29968F/R的重复序列为(AG)6；
所述分子标记6321F/R的重复序列为(AGG)6；
所述分子标记17156F/R的重复序列为(A)12；
所述分子标记16775F/R的重复序列为(AC)24；
所述分子标记23957F/R的重复序列为(A)13；
所述分子标记11365F/R的重复序列为(GT)7；
所述分子标记50660F/R的重复序列为(CAC)6；
所述分子标记2904F/R的重复序列为(TG)8；
所述分子标记45390F/R的重复序列为(AG)6；
所述分子标记43219F/R的重复序列为(T)12；
所述分子标记20549F/R的重复序列为(AGCCA)5；
所述分子标记9153F/R的重复序列为(TG)12；
所述分子标记31370F/R的重复序列为(C)12；
所述分子标记852F/R的重复序列为(TG)7。
进一步，所述10458F/R、57324F/R、29968F/R、6321F/R、17156F/R、16775F/R、23957F/R、11365F/R、50660F/R、2904F/R、45390F/R、43219F/R、20549F/R、9153F/R、31370F/R和852F/R的引物序列如下：
所述分子标记10458F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；
所述分子标记57324F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；
所述分子标记29968F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；
所述分子标记6321F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；
所述分子标记17156F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；
所述分子标记16775F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；
所述分子标记23957F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示；
所述分子标记11365F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示；
所述分子标记50660F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示；
所述分子标记2904F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示；
所述分子标记45390F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.22所示；
所述分子标记43219F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.23所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.24所示；
所述分子标记20549F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.25所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.26所示；
所述分子标记9153F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.27所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.28所示；
所述分子标记31370F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.29所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.30所示；
所述分子标记852F/R的上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.31所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.32所示。
本发明的另一目的在于提供一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记在缺须盆唇鱼种质资源遗传多样性分析中的应用。
本发明的另一目的在于提供一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记在缺须盆唇鱼种质资源保护开发中的应用。
本发明的另一目的在于提供一种检测所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记的方法，所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记检测方法包括：
步骤一，提取缺须盆唇鱼基因组DNA；合成如SEQ ID NO.1-32所示的引物组；
步骤二，以提取的基因组DNA为模板，利用引物组进行PCR扩增获得扩增产物；
步骤三，对扩增产物进行分离和多态性检测。
进一步，所述PCR扩增的反应体系如下：
总体积PCR反应体系15μL，其中10×PCR Buffer 2.5μL，2.5mmol/L dNTP0.5μL，Mg2+1.5μL，PCR反应体系的上下游引物各1μL，Taq酶0.4μL，DNA模板1μL，超纯水7.1μL。
进一步，所述PCR扩增包括：于94℃预变性5min；94℃变性30s，退火温度50-60℃，复性30s，72℃延伸30s，进行32个循环；最后72℃终延伸10min，12℃冷却5min；扩增产物于4℃保存。
本发明的另一目的在于提供一种生物的种群遗传结构及多样性评估方法，所述生物的种群遗传结构及多样性评估方法使用所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记。
本发明的另一目的在于提供一种物种遗传背景分析方法，所述物种遗传背景分析方法使用所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记。
结合上述的所有技术方案，本发明所具备的优点及积极效果为：本发明首次利用转录组序列，开发出具有多态性的缺须盆唇鱼微卫星分子记引物，解决了缺须盆唇鱼微卫星标记缺失的问题，这样的微卫星标记引物具有多态性高、重复性好、标记稳定等优点，可用于缺须盆唇鱼的种群遗传多样性和群体遗传结构分析，为缺须盆唇鱼的分子标记辅助育种和遗传资源的保护提供新的工具，具有良好的应用前景。
本发明根据高通测序得到的数据，筛选出缺须盆唇鱼具有多态性的微卫星标记引物，为缺须盆唇鱼的分子标记辅助育种和遗传资源的保护提供新的工具。本发明立足于现有缺须盆唇鱼分子研究技术的空白，基于缺须盆唇鱼转录组数据开发SSR标记，提供了一种缺须盆唇鱼微卫星标记及其引物，可有效用于其种质资源的开发及保护、遗传多样性分析、分子标记辅助育种及遗传结构的分析奠定基础。
本发明缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记的应用，可为缺须盆唇鱼的种群遗传多样性评估和种质资源的保护提供候选工具。
附图说明
为了更清楚地说明本申请实施例的技术方案，下面将对本申请实施例中所需要使用的附图做简单的介绍，显而易见地，下面所描述的附图仅仅是本申请的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1是本发明实施例提供的缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记检测方法流程图。
图2是本发明实施例提供的部分样本PCR扩增电泳图。
图3是本发明实施例提供的筛选到的缺须盆唇鱼多态性微卫星标记电泳图。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例，对本发明进行进一步详细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明，并不用于限定本发明。
针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记、引物及应用，下面结合附图对本发明作详细的描述。
本发明实施例提供的缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记编号分别为：10458F/R、57324F/R、29968F/R、6321F/R、17156F/R、16775F/R、23957F/R、11365F/R、50660F/R、2904F/R、45390F/R、43219F/R、20549F/R、9153F/R、31370F/R和852F/R，所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记核苷酸序列分别如SEQ.ID.No.1-32所示。
本发明实施例提供的缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记包括；
所述分子标记10458F/R的重复序列为(T)13；
所述分子标记57324F/R的重复序列为(T)12；
所述分子标记29968F/R的重复序列为(AG)6；
所述分子标记6321F/R的重复序列为(AGG)6；
所述分子标记17156F/R的重复序列为(A)12；
所述分子标记16775F/R的重复序列为(AC)24；
所述分子标记23957F/R的重复序列为(A)13；
所述分子标记11365F/R的重复序列为(GT)7；
所述分子标记50660F/R的重复序列为(CAC)6；
所述分子标记2904F/R的重复序列为(TG)8；
所述分子标记45390F/R的重复序列为(AG)6；
所述分子标记43219F/R的重复序列为(T)12；
所述分子标记20549F/R的重复序列为(AGCCA)5；
所述分子标记9153F/R的重复序列为(TG)12；
所述分子标记31370F/R的重复序列为(C)12；
所述分子标记852F/R的重复序列为(TG)7。
本发明实施例提供的10458F/R、57324F/R、29968F/R、6321F/R、17156F/R、16775F/R、23957F/R、11365F/R、50660F/R、2904F/R、45390F/R、43219F/R、20549F/R、9153F/R、31370F/R和852F/R的引物序列如下：
所述分子标记10458F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.1：ggaggaaaatgagaggac，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.2：cttgagcaggtagatgaga；
所述分子标记57324F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.3：catgtctgcatcgtttag，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4：acgtctgccagttagttt；
所述分子标记29968F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.5：tgatgtaaatacgacaagagc，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.6：gagggaataatggagcgg；
所述分子标记6321F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.7：gcgtcagttgtggggttc，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.8：cattctctcatcaggttct；
所述分子标记17156F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.9：ctggacgcattggttact，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.10：tggtttggcattggataa；
所述分子标记16775F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.11：ccagagcagggtgacatc，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.12：tcagccaaacaggaagtc；
所述分子标记23957F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.13：ctgaccagaggggcacaa，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.14：aagccacaccaccaaacc；
所述分子标记11365F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.15：agctaagaccgagccaga，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.16：ggaagaacagcagaatgaaa；
所述分子标记50660F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.17：tattagaccgtatcagagc，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.18：tgcattcatattagagcc；
所述分子标记2904F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.19：gaaggaccagaatcacat，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.20：agcctctgagcaaaggac；
所述分子标记45390F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.21：agcctctgagcaaaggac，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.22：acagttgtcgcaaatacg；
所述分子标记43219F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.23：gggcacaaatgagtatgg，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.24：ggtgcgaggtataaggaa；
所述分子标记20549F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.25：ccttcatcatcagcgtcat，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.26：agccttcctacaccgaca；
所述分子标记9153F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.27：gtcaaacccgagccactt，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.28：caccgacacggagaacat；
所述分子标记31370F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.29：ttgtgagatgacgaggga，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.30：agccagcagttgtttgag；
所述分子标记852F/R的上游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.31：acactcacccttctcatt，下游引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.32：agcactttcttgcgtctg。
如图1所示，本发明实施例提供的缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记检测方法包括：
S101，提取缺须盆唇鱼基因组DNA；合成如SEQ ID NO.1-32所示的引物组；
S102，以提取的基因组DNA为模板，利用引物组进行PCR扩增获得扩增产物；
S103，对扩增产物进行分离和多态性检测。
本发明实施例提供的PCR扩增的反应体系如下：
总体积PCR反应体系15μL，其中10×PCR Buffer 2.5μL，2.5mmol/L dNTP0.5μL，Mg2+1.5μL，PCR反应体系的上下游引物各1μL，Taq酶0.4μL，DNA模板1μL，超纯水7.1μL。
本发明实施例提供的PCR扩增包括：于94℃预变性5min；94℃变性30s，退火温度50-60℃，复性30s，72℃延伸30s，进行32个循环；最后72℃终延伸10min，12℃冷却5min；扩增产物于4℃保存。
下面结合具体实施例对本发明的技术效果作进一步描述。
实施例1：
1.缺须盆唇鱼转录组测序
取缺须盆唇鱼的心脏、肝脏、脑、肾和性腺组织使用TRIZOL法提取总RNA，去除基因组DNA的污染后混合RNA备用。以mRNA为模板，用NEB，E7500构建上机文库，再反转录为cDNA，制备好的文库用浓度为1.8％的琼脂糖凝胶电泳进行检测，之后进行荧光定量PCR。检测合格的文库在Illumina cbot上进行簇的生成，最后在Illumina HiSeq TM 2500平台上进行测序，测序读长为PE 100bp。利用FASTQC软件对下机后的原始数据质量进行检测，用Cutadapt软件去除测序产生的接头序列，以短读的方式用Trinity v.2.1.1软件采用多kmer策略，分别对过滤处理好的有效数据进行de novo组装设置。然后对得到的contig使用SSPACE进行序列的定位和延伸。最后，本发明使用CD-HIT-EST整合去除重叠和冗余的片段后，过滤掉其中短的unigene序列，只保留大于1000bp的序列，最终得到可用于SSR标记分析的序列。
2.缺须盆唇鱼基因组DNA的提取
选取在怒江流域的9个地点采集的到缺须盆唇鱼样本，采样点分别是古登、秤杆(CG)、席瓦洛河河口、大兴地、登埂河河口、六库坝址、六库(大南茂)、蛮蚌河和栗柴坝，样本共92个。剪下鱼鳍，储存在95％的酒精中带回实验室。
(1)取材、烘干：取95％酒精浸泡的鱼鳍条约30mg于2ml离心管中，尽量剪碎，然后置于烘箱中使酒精完全蒸发即可。
(2)消化：加500μlHOMBuffer和15μl左右蛋白酶K，在55℃水浴锅中消化3小时以上至消化透明。
(3)抽提：加入500μl浓度为4.5Mol的NaCl溶液，300μl氯仿(三氯甲烷)，充分混匀15分钟，以10000r/min离心10分钟，将上清液转移到另一离心管中(800μl)。
(4)沉淀DNA：加入560μl的异丙醇(约上清液体积的0.7倍)，混匀，置-20℃下至少一个小时。
(5)漂洗：以13000r/min离心10分钟，丢弃上清液。加入500μl75％的乙醇，洗涤5分钟，再以13000r/min离心10分钟，弃上清液。
(6)干燥：将离心管倒立在滤纸上，干燥DNA沉淀块，出去残留的乙醇。
(7)溶解：加入适量的灭菌双蒸水溶解DNA沉淀，充分摇匀，-20℃保存。DNA检测：待提取的DNA完全溶解后，制备好1.2％-1.5％的琼脂糖凝胶，使用1TAE为电泳缓冲液。将提取的DNA与6×Loading Buffer充分混匀，取5μl于胶孔点样，在120V电压、100A电流下电泳检测DNA。约20分钟后在紫外灯下观察凝胶，以确定DNA的完整性。
3.SSR引物筛选及设计
(1)SSR引物的设计
利用已有的缺须盆唇鱼转录组序列，从中选取符合条件的微卫星位点至少100个，这些位点的重复单元均为2至6个核苷酸，单碱基中重复次数12，二碱基中重复次数6，三、四、五、六碱基中重复次数5，整个位点的SSR序列总长度保持在12bp以上。利用Primer5.0为这些位点设计PCR扩增引物，设计引物时的相关参数设定：引物长度18～22bp之间；退火温度50～65℃，而且控制两条引物的退火温度相差不能超过5℃；GC含量控制在40％～60％；目的片段长度100～500bp；一定要尽量避免引物二聚体、发夹结构、False primer以及连续6个以上碱基配对的出现，引物设计完成以后，由生物技术公司合成。
(2)引物筛选
微卫星引物扩增时，聚合酶链式反应(PCR)扩增体系在15μL的反应混合物中进行，模板DNA约30ng，每个引物0.5×μL(10pmol)，Taq DNA聚合酶混合物1.5μL，加入双蒸馏水补齐15μL。PCR扩增程序在以下条件下进行:94℃预变性5min，94℃变性30s，52～62℃退火30s，72℃延伸1min，30个循环；最后72℃延长10分钟，12℃冷藏5分钟。PCR产物放在4℃保存。
PCR扩增产物用质量分数1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，筛选出具有单一明亮的条带，再利用质量分数8％的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行多态性的筛选。
8％非变性聚丙烯酰胺凝胶的配制(50ml体系中)：
8％PAGE的制胶配方
染色
将电泳结束的凝胶从玻璃板上取下，用双蒸水短暂漂洗后，进行银染。染色步骤：固定：电泳后的凝胶取下放入提前倒有10％冰醋酸的摇床中，避光振荡20～30min(避光以减少挥发)，约至二甲苯青褪去，在双蒸水中漂洗2次(约5s)。染色:将凝胶放入提前倒入硝酸银溶液(0.5g硝酸银定容到500ml)的摇床中，使用时现加3ml甲醛，凝胶避光振荡20～30min，用双蒸水漂洗2次(时间小于5s)。显色：摇床中提前倒入氢氧化钠溶液(7.5g氢氧化钠定容到500ml),使用时现加2ml甲醛，凝胶放入摇床中振荡，直至满意为止。脱色：将凝胶再次放入盛有冰醋酸的摇床中，振荡5～10min，在双蒸水中漂洗两次(约5s)。将已经显色的凝胶取出，扫描拍照，保存。
(3)遗传多样性分析
根据每个个体产生的条带位置确定基因型，微卫星引物扩增结果中每条带表示一个等位基因，运用软件GelPro-Analyzer32分析保存下来的Native-PAGE图片，识别各基因位点的条带大小，并用Excel统计，再进行后续分析。
使用POPGENE和Cervus分析软件计算微卫星多态性参数，包括每个位点的等位基因数(Na)、有效等位基因(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农指数(I)、遗传分化指数(Fst)、地方群体的平均近交系数(Fis)、整个群体的平均近交系数(Fit)等，同时进行多态信息含量(PIC)的计算，从而分析缺须盆唇鱼的遗传多样性、对环境的适应性进化等。
表1遗传多样性分析部分结果
16个位点共观察到61个等位基因，平均3.8125个，最小值2个，最大值5个。有效等位基因数在1.7085-3.7862之间，均值为2.7767。He(期望杂合度)的范围为0.4170(57324FR位点)至0.7399(2904FR位点)，均值为0.6321；Ho(观察杂合度)的范围为0.5870(2904FR位点)至1.0000，均值为0.9382。
通过软件计算群体中16个位点的基因分化程度和基因流量，结果如表1所示。9组16对微卫星标记引物的近交系数(Fis)在-0.9401～-0.5931之间，平均值为-0.7464。种群种间不亲和指数(Fit)在-0.7202～-0.0338之间，平均值为-0.5069。种群间分化指数(Fst)在0.0460～0.3662之间，均值为0.1371。16个微卫星标记的基因流量在0.4326～5.1839之间。
表2 9个群体的多态信息含量
9个缺须盆唇鱼群体中16个微卫星标记的多态性信息含量如表2所示，16对微卫星标记由低到高呈现多态性，多态性信息含量为0.0000～0.7111，平均多态性信息含量为0.4410。
以上所述，仅为本发明的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，凡在本发明的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等，都应涵盖在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 贵州大学
<120> 一种缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记、引物及应用
<160> 32
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ggaggaaaat gagaggac 18
<210> 2
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cttgagcagg tagatgaga 19
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
catgtctgca tcgtttag 18
<210> 4
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
acgtctgcca gttagttt 18
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tgatgtaaat acgacaagag c 21
<210> 6
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
gagggaataa tggagcgg 18
<210> 7
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
gcgtcagttg tggggttc 18
<210> 8
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
cattctctca tcaggttct 19
<210> 9
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ctggacgcat tggttact 18
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
tggtttggca ttggataa 18
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
ccagagcagg gtgacatc 18
<210> 12
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
tcagccaaac aggaagtc 18
<210> 13
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
ctgaccagag gggcacaa 18
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
aagccacacc accaaacc 18
<210> 15
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
agctaagacc gagccaga 18
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
ggaagaacag cagaatgaaa 20
<210> 17
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tattagaccg tatcagagc 19
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<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
tgcattcata ttagagcc 18
<210> 19
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
gaaggaccag aatcacat 18
<210> 20
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
agcctctgag caaaggac 18
<210> 21
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
agcctctgag caaaggac 18
<210> 22
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
acagttgtcg caaatacg 18
<210> 23
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
gggcacaaat gagtatgg 18
<210> 24
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
ggtgcgaggt ataaggaa 18
<210> 25
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
ccttcatcat cagcgtcat 19
<210> 26
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
agccttccta caccgaca 18
<210> 27
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
gtcaaacccg agccactt 18
<210> 28
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
caccgacacg gagaacat 18
<210> 29
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
ttgtgagatg acgaggga 18
<210> 30
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
agccagcagt tgtttgag 18
<210> 31
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
acactcaccc ttctcatt 18
<210> 32
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
agcactttct tgcgtctg 18
Claims (5)
1.缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记引物，其特征在于，所述引物的核苷酸序列如SEQ.ID.No.1-SEQ.ID.No.32所示。
2.一种如权利要求1所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记引物在缺须盆唇鱼种质资源遗传多样性分析中的用途。
3.一种如权利要求1所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记引物在缺须盆唇鱼种质资源保护开发中的用途。
4.一种缺须盆唇鱼的种群遗传结构及多样性评估方法，其特征在于，所述缺须盆唇鱼的种群遗传结构及多样性评估方法使用权利要求1所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记引物。
5.一种缺须盆唇鱼遗传背景分析方法，其特征在于，所述缺须盆唇鱼遗传背景分析方法使用权利要求1所述缺须盆唇鱼多态性微卫星分子标记引物。
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| JP2002253271A (ja) * | 2000-08-02 | 2002-09-10 | Japan Tobacco Inc | 転移因子を利用した植物ゲノム多型検出用マーカーおよびその作成方法 |
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-
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| 基于线粒体DNA序列和微卫星标记分析波纹唇鱼不同地理群体的遗传多样性及遗传分化;胡静;《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》;20121115;第1-92页 * |
| 基于转录组测序的缺须盆唇鱼微卫星标记特征分析;任芳等;《基因组学与应用生物学》;20191104;第1-8页 * |
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| 波纹唇鱼(Cheilinus undulatus)不同地理种群遗传多样性的微卫星分析;胡静等;《海洋科学进展》;20131015(第04期);第538-545页 * |
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