CN112553369B - 红麻铅胁迫响应基因est-ssr引物组及试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种红麻铅胁迫响应基因EST‑SSR引物组及试剂盒。本发明提供22个红麻EST‑SSR标记的引物序列。本发明的22个EST‑SSR标记在138份红麻品种/品系中具有多态性，可以将红麻种质完全区分开，并将138份材料划分为3个群体，说明红麻种质抵抗铅胁迫能力存在着明显的分群，为筛选耐重金属铅胁迫红麻种质资源、耐重金属铅分子标记辅助育种提供了候选标记。
Description
技术领域
本发明涉及EST-SSR标记，具体而言，是红麻铅胁迫响应基因EST-SSR引物组及试剂盒，属于生物技术领域。
背景技术
红麻是一种重要的韧皮纤维作物、麻纺原料，是绿色环保天然纤维制品的重要原材料之一。红麻可富集土壤中的重金属，对修复酸性土壤起到重要作用。红麻资源的研究还停留在植物学性状、农艺性状、品质性状的描述上，缺乏抗逆性状等在分子层面的研究。开发功能基因的分子标记，可加快耐重金属红麻材料的筛选进程，减少亲本选择的工作量和时间。
简单重复序列多态性(Simple sequence repeats,SSR)是继形态学标记、同工酶标记之后的第三代标记的代表技术之一。SSR和SNP标记是目前两种最主流的分子标记技术，与SNP标记的二等位、易于自动化高通量分析不同，SSR分子标记与SNP一样，属于共显性标记，但是其多态性远高于SNP，在遗传多样性评价、群体结构分析、亲缘关系鉴定和指纹图谱等领域有着广泛的应用。
目前红麻分子标记的研究和应用也已开展，主要应用于遗传多样性研究、遗传连锁图谱构建和重要农艺性状QTL定位，使用的分子标记技术为包括SRAP，RAPD，AFLP，ISSR和SSR。总体来说，红麻的分子标记数量仍然非常少，尤其是目前主流的分子标记技术SNP和SSR分子标记与其他作物相比落后许多。开发新的分子标记尤其是SSR和SNP分子标记有利于加快红麻遗传改良进程。
随着二代高通量测序成本的降低，转录组测序成为SSR分子标记开发的重要途径之一，这种开发SSR分子标记的策略，在红麻中也有报道。EST-SSR分子标记是外显子区的简单重复序列差异，会导致基因编码的蛋白氨基酸产生剧烈变异，例如氨基酸插入/缺失，移码突变或提前终止。因此，表达序列标签简单序列重复多态性(EST-SSR)分子标记可能会直接引起基因功能缺陷，如果其所在基因是控制重要农艺性状的基因，其基因外显子区的SSR序列变异可能导致基因功能缺失，从而引起性状的变异。基于此，使用EST-SSR标记应用于数量性状定位，可以加速QTL定位确定候选基因。
基于转录组的分子标记开发，根据转录组测序的实验目的和采样方式不同，比如不同生物、非生物胁迫，不同生长发育阶段，不同的组织器官等，所得到的表达基因及差异表达基因DEGs也有所不同。
发明内容
为了克服现有技术的不足，本发明提供了一组红麻铅胁迫响应基因EST-SSR引物及试剂盒。从铅胁迫转录组测序拼接unigene序列中，开发EST-SSR分子标记，并分析了转录组中SSR的分布规律，包含SSR的基因潜在功能，选择蛋白功能互作网络(PPI)基因DEGs设计了57对新的EST-SSR标记。利用30个红麻品种/品系中进行多态性标记筛选，经过琼脂糖凝胶电泳和ABI3730xl毛细管电泳两轮筛选，最终得到了22对检出率高，多态性好的EST-SSR标记。这些红麻铅胁迫差异表达基因的EST序列尚未提交到NCBI数据库，是新的EST序列，开发得到的22个新EST-SSR标记也不同于已报道的红麻SSR标记。
一种红麻铅胁迫响应基因EST-SSR引物组，所述引物共有22对，具体如下：
第1对引物，其序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；
第2对引物，其序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
第3对引物，其序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；
第4对引物，其序列如SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示；
第5对引物，其序列如SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；
第6对引物，其序列如SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；
第7对引物，其序列如SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；
第8对引物，其序列如SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示；
第9对引物，其序列如SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18所示；
第10对引物，其序列如SEQ ID NO:19和SEQ ID NO：20所示；
第11对引物，其序列如SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22所示。
第12对引物，其序列如SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：24所示；
第13对引物，其序列如SEQ ID NO：25和SEQ ID NO：26所示；
第14对引物，其序列如SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：28所示；
第15对引物，其序列如SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30所示；
第16对引物，其序列如SEQ ID NO：31和SEQ ID NO：32所示；
第17对引物，其序列如SEQ ID NO：33和SEQ ID NO：34所示；
第18对引物，其序列如SEQ ID NO：35和SEQ ID NO：36所示；
第19对引物，其序列如SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：38所示；
第20对引物，其序列如SEQ ID NO：39和SEQ ID NO：40所示；
第21对引物，其序列如SEQ ID NO:41和SEQ ID NO：42所示；
第22对引物，其序列如SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：44所示。
一种鉴定筛选耐重金属铅胁迫红麻种质资源的试剂盒，包括所述的引物组。
本发明的有益效果是：
本发明从铅胁迫转录组测序拼接unigene序列中，开发EST-SSR分子标记，并分析了转录组中SSR的分布规律，包含SSR的基因潜在功能，选择蛋白功能互作网络(PPI)基因DEGs设计了57对新的EST-SSR标记。我们利用30个红麻品种/品系中进行多态性标记筛选，经过琼脂糖凝胶电泳和ABI3730xl毛细管电泳两轮筛选，最终得到了22对检出率高，多态性好的EST-SSR标记。用138个红麻种质资源验证了这些新EST-SSR标记在红麻种质资源遗传多样性和群体结构分析的适用性。发现这22个EST-SSR标记遗传多样性丰富，可以将红麻种质完全区分开，并将138份材料划分为3个群体，红麻种质抵抗铅胁迫能力存在着明显的分群。这为今后研究红麻种群结构，筛选耐重金属胁迫种质提供了重要的信息。这些红麻铅胁迫差异表达基因的EST序列尚未提交到NCBI数据库，是新的EST序列，开发得到的22个新EST-SSR标记也不同于已报道的红麻SSR标记。
附图说明
图1是红麻响应铅胁迫关键基因EST-SSR标记开发流程图。
图2是最大PPI成员基因富集分析。
图3是红麻种质资源群体结构分析。
具体实施方式
红麻响应铅胁迫关键基因的EST-SSR标记，是对红麻转录组测序数据和红麻材料搜集、SSR标记开发、GO和KEGG富集分析、差异基因蛋白互作网络分析、基因组DNA提取、SSR分型、遗传多样性分析、遗传结构分析等过程得到的(图1)。
本发明利用红麻转录组测序数据得到铅胁迫关键基因开发红麻EST-SSR引物的具体方法是：
一、红麻转录组测序数据和材料搜集
转录组的数据在NCBI SRA:SRR9163842.to SRR9163845.本研究所用红麻种质资源及其地域来源如表1所示，总计138份红麻种质，包括来自中国9个省的30份、Pakistan 2份，France 2份，Cuba 4份，Ghana 2份，zimbabwe 3份，USA 19份，South Africa 2份，Sudan5份，Thailand 2份，India 6份，Zambia 3份，其他15个国家Egypt、Australia、Africa、Costa Rica、Kenya、Myanmar、Nepal、Nigeria、Japan、El Salvador、sierra leone、Guatemala、Uganda、Iran、Vietnam等各1份种质，地域来源未知的43份种质。其中编号S1-S30共30份种质用于EST-SSR分子标记的初步筛选和验证；总体138份红麻种质应用于22对高质量EST-SSR分子标记(表2)的应用评价。
表1红麻种质资源及其地域来源
表2红麻EST-SSR标记特征
二、SSR标记开发
转录组测序得到的Unigene序列，导入MISA软件进行SSR分析，统计SSR motif的类型，频数分布等。选择SSR位点的重复基元，以单核苷酸为重复单位时，其重复次数≥10，二核苷酸重复次数≥6次，三、四、五、六核苷酸重复次数≥5次进行SSR检测。找出序列中简单重复序列元件后，以Unigene的序列为参考，利用Primer3批量设计SSR引物，PCR产物长度在100-400bp之间。
三、GO和KEGG富集分析
使用TBTools软件对包含SSR的Unigene和包含SSR的PPI网络中DEGs进行GO和KEGG富集分析，解析Unigene和PPI中包含SSR的基因的共性，其参与的主要生物学过程，分子生物学功能，细胞组分，以及参与的代谢途径特征。
四、差异基因蛋白互作网络分析
使用String(https://string-db.org/)分析差异表达基因的蛋白功能互作网络，并利用Cytoscape软件绘制和编辑互作网络图。最大的PPI中有91个基因，富集分析发现(图2A部分)，主要参与dicarboxylic acid metabolic process，carboxyic acid metabolicprocess和oxoacid metabolic process等生物学过程，主要富集在antioxidantacitivty、NAD binding和catalytic activity等分子功能，GO_CC富集主要是intracellular organelle、organelle和intracellulsr等。KEGG富集分析发现，这些PPI基因主要富集在cytoskeleton proteins，starch and sucrose metabolism和DNAreplication proteins等代谢途径(图2B部分)。
五、基因组DNA抽提
取200mg嫩叶，采用Tiangen DNAsecure新型植物基因组DNA提取试剂盒(货号DP320-02)提取红麻基因组DNA，具体操作步骤参考试剂盒说明书。提取完成后，取2μl使用Thermo微量紫外分光光度计NanoDrop(型号ND1000)测定DNA浓度及A260/280，4μl体积在1％浓度的琼脂糖凝胶上进行电泳，检测DNA完整性，主带清晰且不拖尾的DNA用于后续SSR分型实验。
六、SSR分型
根据引物序列，合成荧光SSR引物，在引物5’端添加FAM荧光基团。DNA聚合酶使用Takara DNA聚合酶(TransGen Phi29 DNA Polymerase，货号LP101-01)。PCR体系总体积为20μl，DNA模板2μl，Buffer 2μl，TransTaq 0.3μl，dNTP1.6μl，ddH2O 12.1μl，正反向引物各1μl(浓度2μmol/μl)。PCR扩增程序设置为预变性94℃4min，变性94℃30s→退火56℃90s→延伸72℃1min，这3个阶段循环35次，延伸72℃5min，4℃保存。PCR扩增结束后，取1μl PCR产物，在ABI3730xl毛细管电泳仪上进行电泳，电泳结束后，GeneMapper4.0软件读数，导出SSR基因分型信息。
七、遗传多样性分析
SSR分型数据根据各软件格式要求进行转换。将基因型格式文件导入POPGENE1.32软件，选择二倍体共显性数据格式，分析单个SSR位点在样本整体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon’s多样性指数(I)。Powermarker3.25软件计算各位点的多态性信息含量(PIC)。利用NTSYSPC2.10e软件计算样本两两间的Jaccard遗传相似系数，导出样本两两间遗传相似系数矩阵。
八、遗传结构分析
使用Powermarker3.25软件计算基于等位基因频率的Nei’s遗传距离，使用邻位相连聚类法(Neighbor-Joining clustering)绘制聚类树，并使用MEGA7.0软件对聚类树进行编辑美化。将SSR分型数据导入Structure2.0软件进行分析，K设为从1到20，MCMC(MarkovChain Monie Carfo)和不作数迭代值(length of burn-in period)分别设为10000和100000，每个K值运行重复运行3次。将Structure运行的results文件上传至StructureHarvester在线工具进行分析，绘制ΔK值随K值的变化曲线，根据峰值判断最佳K值，将最佳K值对应的3次重复运行结果indfile下载并导入Clumpp2.0软件将3次结果合并为1个Q值矩阵，利用Structure2.0软件绘制Q plot。对比NJ聚类和Structure的分析模型，解析群体遗传结构。基于这22个SSR位点的分型数据，我们对这138份红麻材料的群体遗传结构进行了分析。Strucuture软件的先验模型推测每个材料划分入特定亚群的概率，结果导入structure harvester分析ΔK值随着K值的变化曲线如图3A所示，K＝3时，ΔK为最大值的拐点，这138份材料最佳亚群数目为3个。我们将最佳K值对应的3次重复的Q矩阵使用Clumpp合并，绘制Q plot(图3B)。
最后，还需要注意的是，以上所述仅是本发明的若干个具体实施例而已，本发明不限于以上实施例，还可以有各种改动和变形。
序列表
<110> 浙江省萧山棉麻研究所
<120> 红麻铅胁迫响应基因EST-SSR引物组及试剂盒
<141> 2020-12-31
<160> 44
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gtcgaccggg tctacgaatc 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tcaactacgg tagggcagga 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
cctccgttct taccaccacc 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tcccaaagga atgcccaaca 20
<210> 5
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
agaaaaggcc attcctgatc ca 22
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
attggtggac tgcagtacgg 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
tgtaacccac ggtggctttt 20
<210> 8
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
cacattacaa atctaaacct tccctga 27
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
cgtcgaatca gtcatgctgc 20
<210> 10
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
tgctcattgc tcaatagatc aaga 24
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
ctcttccaac gcagccaaac 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
aatgggtttt ccgacaccga 20
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
acggccgact ttcagaatgt 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
tccaggctcc agctatctca 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
aggctttcgt tgctcaccat 20
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
tttggaggca cgggagattc 20
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
ttccggtgca gatagggaga 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
acaaggaaac agaggcagca 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 19
ccaccgtatt ctcatcggca 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 20
ctccaatcca tcggagcctc 20
<210> 21
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
cacatcccat ttgaccccca 20
<210> 22
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
tctgtgccaa tggaagagca 20
<210> 23
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
cccgtctcaa attctcagcc a 21
<210> 24
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 24
cgaaatgcca gcgttgttca 20
<210> 25
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
acctctctct gtgtttccgc 20
<210> 26
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
ccagtcacca gcacgtactt 20
<210> 27
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
cattgcctgc cagaccaaac 20
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
ggtgtccaca tggtattcgg t 21
<210> 29
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
tgaggccctc tgaggctaat 20
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
cgacgactct aacaagcggt 20
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
gcagactgca gaagaccctt 20
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
tctttctcac cacagttgac a 21
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
aaacgatgtc aggcgtcagt 20
<210> 34
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
cactgtgtgg cgtgtttcag 20
<210> 35
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
tgtgctctgt actggcaagt 20
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
gcatgaactc aactccccga 20
<210> 37
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 37
gcaggggtgg ggttgttatt 20
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 38
acaggagagt gtggggagaa 20
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 39
tgttggcagc ctatgaagca 20
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 40
cggtttgggg gagcaaagta 20
<210> 41
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 41
caaccagtac tctaccggcc 20
<210> 42
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 42
gaacagttgg gaggactgca 20
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 43
tgttggcagc ctatgaagca 20
<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 44
cggtttgggg gagcaaagta 20
Claims (2)
1.一种红麻铅胁迫响应基因EST-SSR引物组，其特征在于，
所述引物组由22对引物组成，具体如下：
第1对引物，其序列如 SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示；
第2对引物，其序列如 SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示；
第3对引物，其序列如 SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示；
第4对引物，其序列如 SEQ ID NO：7和SEQ ID NO：8所示；
第5对引物，其序列如 SEQ ID NO：9和SEQ ID NO：10所示；
第6对引物，其序列如 SEQ ID NO：11和SEQ ID NO：12所示；
第7对引物，其序列如 SEQ ID NO：13和SEQ ID NO：14所示；
第8对引物，其序列如 SEQ ID NO：15和SEQ ID NO：16所示；
第9对引物，其序列如 SEQ ID NO：17和SEQ ID NO：18所示；
第10对引物，其序列如 SEQ ID NO: 19和SEQ ID NO：20所示；
第11对引物，其序列如 SEQ ID NO：21和SEQ ID NO：22所示；
第12对引物，其序列如 SEQ ID NO：23和SEQ ID NO：24所示；
第13对引物，其序列如 SEQ ID NO：25和SEQ ID NO：26所示；
第14对引物，其序列如 SEQ ID NO：27和SEQ ID NO：28所示；
第15对引物，其序列如 SEQ ID NO：29和SEQ ID NO：30所示；
第16对引物，其序列如 SEQ ID NO：31和SEQ ID NO：32所示；
第17对引物，其序列如 SEQ ID NO：33和SEQ ID NO：34所示；
第18对引物，其序列如 SEQ ID NO：35和SEQ ID NO：36所示；
第19对引物，其序列如 SEQ ID NO：37和SEQ ID NO：38所示；
第20对引物，其序列如 SEQ ID NO：39和SEQ ID NO：40所示；
第21对引物，其序列如 SEQ ID NO: 41和SEQ ID NO：42所示；
第22对引物，其序列如 SEQ ID NO：43和SEQ ID NO：44所示。
2.一种鉴定筛选耐重金属铅胁迫红麻种质资源的试剂盒，其特征在于，它包括如权利要求1中所述的引物组。
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Applications Claiming Priority (1)
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|---|---|---|---|
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-
2020
- 2020-12-31 CN CN202011641431.8A patent/CN112553369B/zh active Active
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