CN112543632A - 自噬的小分子诱导剂 - Google Patents

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CN112543632A CN201980051292.2A CN201980051292A CN112543632A CN 112543632 A CN112543632 A CN 112543632A CN 201980051292 A CN201980051292 A CN 201980051292A CN 112543632 A CN112543632 A CN 112543632A
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sulfinyl
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J·德布拉班德
梁其任
B·莱文
姜为中
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Texas State University
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Abstract

Beclin‑1/Bcl‑2蛋白‑蛋白相互作用的小分子干扰物诱导自噬,因此可用于治疗自噬的刺激(诱导)在治疗上有用的多种适应症,包括癌症、传染(包括寨卡病毒)免疫、神经变性、寿命。

Description

自噬的小分子诱导剂
本发明是在美国国立卫生研究院(NIH)授予的授权号为U19-AI109725的政府支持下完成的。政府拥有本发明的某些权利。
简介
大自噬(以下称为自噬)是分解代谢途径,细胞借助该途径,通过称为自噬体的双膜结构隔离不需要的或受损的细胞蛋白质或细胞器。该过程由一组进化保守基因,自噬相关(ATG)基因介导1-2,所述基因在自噬体膜的成核、自噬膜的延伸、细胞质成分的隔离、双膜的封闭、与溶酶体的融合以及被隔离的内容物的降解中起作用。
自噬在细胞存活和应激适应、3代谢、4发育、5-6免疫、7蛋白和细胞器内稳态8以及防止衰老9方面起着重要的生理作用。此外,一些证据表明自噬和哺乳动物疾病之间存在联系,所述疾病包括糖尿病、感染、癌症、神经退行性疾病和衰老。3,9-10小鼠自噬的全身或组织特异性遗传破坏导致多种病理,包括组织异常、异常的炎症、免疫力受损、神经变性以及肿瘤发生的易感性。11在人类中,自噬基因的突变或多态性与感染、癌症、炎性疾病、哮喘、脑瘫、额颞叶痴呆、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、亨廷顿舞蹈病和帕金森氏病的易感性相关。11-14此外,小鼠中的功能获得性突变或自噬基因的强制表达具有有益的作用,包括新陈代谢和组织功能改善、延长寿命、神经保护和肿瘤发生减少。11,15-19因此,自噬诱导剂的开发为临床医学中的某些疾病的预防和/或治疗提供了一种治疗方法。11,20-22
已知几种目前在临床试验或临床使用中的药物诱导自噬11,23;然而,这些药物的作用是多效的,其作用不限于自噬途径。具体而言,许多药物通过调节上游信号传导途径(例如mTOR抑制、AMPK激活、钙通道抑制和cAMP信号传导)来增强自噬,但它们也调节多种下游生物学功能,从而导致可能限制临床效用的非自噬相关的作用。21因此,为了使益处最大化并且使毒性最小化,迫切需要一种自噬诱导剂,其选择性靶向自噬执行过程中的限速步骤,而不是上游信号传导。
调节自噬启动的关键机制之一是Bcl-2与Beclin 1的结合,Beclin 1是一种支架蛋白,其是Beclin 1-VPS34 III类磷脂酰肌醇3激酶复合物活性的必要决定因素。24-25在基础条件下,自噬水平受到Bcl-2(或其相关家族成员Bcl-xL)与Beclin 1结合的限制。响应应激刺激(例如营养素饥饿、24、26JNK激活、26神经酰胺27或免疫信号传导28),Beclin 1/Bcl-2复合物的破坏导致体外自噬上调。这种破坏可以通过以下介导:Bcl-2的非结构环的多位点磷酸化,26降低其对Bcl-2的亲和力的Beclin 1的BH3结构域(两亲性α螺旋)的调节磷酸化,29-30或竞争性破坏Beclin 1/Bcl-2结合的仅有BH3的蛋白。31在破坏Beclin 1/Bcl-2结合所需的Bcl-2磷酸化位点具有突变的基因工程小鼠在体内缺乏饥饿和运动诱导的自噬,并且无法体验长期运动训练的有益代谢作用。32
相反,在Beclin 1中具有点突变的基因敲入小鼠(人蛋白中的F123A,小鼠蛋白中的F121A)降低了其对Bcl-2和Bcl-xL的体外结合亲和力,从而导致多种组织,包括脑、心脏、肌肉、肝脏、乳腺和肾脏的组成型自噬增加。17-19这些小鼠表现出更长的寿命和减少的与衰老相关的表型,尤其是与年龄相关的肾脏和心脏病理变化以及与年龄相关的自发肿瘤发生。Beclin 1基因敲入突变还减少了阿尔茨海默样疾病小鼠模型中淀粉样蛋白低聚物的积累并改善了认知功能和生存18,并降低了由HER2驱动的肿瘤发生的小鼠模型中乳腺癌的发生率19
因此,有令人信服的遗传证据表明Beclin 1/Bcl-2相互作用充当体内自噬诱导的重要检查点。重要的是,这种复合物的长期破坏不仅在小鼠中是安全的,而且还可以改善健康寿命、延长寿命并保护其免受神经退行性疾病和癌症的侵害。这些体内发现以及有关Beclin 1/Bcl-2在自噬调节中的作用的广泛的体外数据25,30为开发针对Beclin 1/Bcl-2结合的新的自噬诱导策略提供了强有力的依据。
这种方法的一个重要挑战是由自噬蛋白Beclin 1的BH3结构域和促凋亡蛋白的BH3结构域与Bcl-2/Bcl-xL的保守疏水沟结合的重叠方式带来的。33-34已开发出BH3模拟物(例如ABT-737、ABT-263、ABT-199),其破坏Beclin1的Bcl-2(和/或Bcl-xL)结合(从而诱导自噬)31,35,但它们也会破坏抗凋亡Bcl-2家族成员与促凋亡BH3结构域之间的结合(从而诱导凋亡)。36这些化合物针对其诱导凋亡活性进行了优化,并且其可用作潜在的癌症化学治疗剂。然而,从治疗感染性疾病和神经变性以及防止衰老(以及自噬上调可能是有益的其他病理生理情况)的角度出发,希望开发出选择性破坏Beclin1/Bcl-2结合而不破坏Bcl-2家族成员/促凋亡家族成员结合的药剂,以选择性诱导自噬(促生存途径)而不诱导凋亡。这可能在技术上是可行的,因为Beclin 1的BH3结构域与Bcl-xL的结合亲和力远低于促凋亡BH3家族成员的BH3结构域与Bcl-xL的结合亲和力34,37-38,从而为选择性破坏Beclin 1与Bcl-2/Bcl-xL的结合提供了潜在的治疗窗口。此外,对与Bcl-2家族成员结合的BH3肽的详细生化和生物物理分析表明,不同BH3结构域的精确结合方式存在差异,可以在治疗上加以利用。33-34,39因此,我们寻求确定新的靶向Beclin 1/Bcl-2相互作用,而不会干扰Bcl-2与包含促凋亡BH3结构域分子的结合的自噬诱导药物。
我们采用使用基于细胞的分割荧光素酶(split luciferase)或体外AlphaLISA分析的高通量筛选(HTS)平台,以确定新的Beclin 1/Bcl-2结合抑制剂。使用包含来自UT西南医学中心和麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所的约300,000个化合物的化学文库,我们确定了三个小分子化合物,它们在基于细胞的分割荧光素酶分析中均破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用,并在体外AlphaLISA分析中以微摩尔IC50值直接抑制Beclin 1/Bcl-2相互作用。这三个化合物在不降低细胞活力的浓度下诱导细胞中的自噬通量。我们的生化数据表明,这些化合物抑制Beclin 1的BH3结构域与Bcl-2之间的相互作用,而不影响促凋亡蛋白Bax的BH3结构域和Bcl-2之间或仅含有BH3的蛋白Bim和Bcl-2之间的相互作用,表明这些化合物是选择性Beclin 1/Bcl-2抑制剂。总体而言,该筛选程序确定了选择性破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用的化合物。
发明概述
自噬在细胞内稳态、发育、免疫、肿瘤抑制、新陈代谢、神经变性的预防和寿命延长中起关键作用。因此,自噬的药理刺激提供了预防或治疗某些人类疾病和/或衰老的有效方法。使用分割荧光素酶和AlphaLISA分析以及SAR发展,我们开发了选择性抑制Beclin 1/Bcl-2蛋白-蛋白相互作用(相对于抑制会诱导凋亡的其他含Bcl-2/BH3结构域的蛋白-蛋白相互作用)的小分子。这些Beclin-1/Bcl-2蛋白-蛋白相互作用的小分子干扰物诱导自噬,因此可用于治疗自噬的刺激(诱导)在治疗上有用的多种适应症,包括癌症、传染(包括寨卡病毒)免疫、神经变性、寿命。
在各方面,本发明提供了:
-选择性诱导自噬的方法,包括用包含结构I的化合物的药物组合物治疗有需要的人;
-选择性抑制Beclin 1BH 3结构域与抗凋亡Bcl-2 BH3结构域的结合但不抑制促凋亡Bax BH3结构域或促凋亡Bim BH3蛋白与Bcl-2 BH3结构域的结合的方法,包括用包含结构I的化合物的药物组合物治疗有需要的人;
-配制用于向有需要的人给药的药物组合物,其包含结构I的化合物;和
-结构I的化合物或其盐、水合物或立体异构体,其不包括文库化合物SW076956:
Figure BDA0002926985370000041
其中
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;或
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R3是0个取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基,或
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R4是H;
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化;
其中R4和R5可以连接在杂环中。
本发明包括所列举的特定实施方案的所有组合,就如同每个组合已经被详尽地叙述一样。
本发明的具体实施方案的描述
术语“烷基”是指选自1-18、或1-12、或1-6个碳原子的直链和支链饱和烃基的烃基。烷基的实例包括甲基、乙基、1-丙基或正丙基(“n-Pr”)、2-丙基或异丙基(“i-Pr”)、1-丁基或正丁基(“n-Bu”)、2-甲基-1-丙基或异丁基(“i-Bu”)、1-甲基丙基或s-丁基(“s-Bu”)以及1,1-二甲基乙基或叔丁基(“t-Bu”)。烷基的其他实例包括1-戊基、2-戊基、3-戊基、2-甲基-2-丁基、3-甲基-2-丁基、3-甲基-1-丁基、2-甲基-1-丁基、1-己基、2-己基、3-己基、2-甲基-2-戊基、3-甲基-2-戊基、4-甲基-2-戊基、3-甲基-3-戊基、2-甲基-3-戊基、2,3-二甲基-2-丁基和3,3-二甲基-2-丁基。
低级烷基是指1-8个、优选1-6个、更优选1-4个碳原子;低级烯基或炔基是指2-8、2-6或2-4个碳原子。
术语“烯基”是指选自包含至少一个C=C双键并具有2-18、或2-12、或2-6个碳原子的直链和支链烃基的烃基。烯基的实例可选自乙烯基(ethenyl或vinyl)、丙-1-烯基、丙-2-烯基、2-甲基丙-1-烯基、丁-1-烯基、丁-2-烯基、丁-3-烯基、丁-1,3-二烯基、2-甲基丁-1,3-二烯、己-1-烯基、己-2-烯基、己-3-烯基、己-4-烯基和己-1,3-二烯基。
术语“炔基”是指选自包含至少一个C≡C三键并具有2-18、或2-12、或2-6个碳原子的直链和支链烃基的烃基。炔基的实例包括乙炔基、1-丙炔基、2-丙炔基(炔丙基)、1-丁炔基、2-丁炔基和3-丁炔基。
术语“环烷基”是指选自包含单环和多环(例如,双环和三环)基团的饱和的和部分不饱和的环烃基的烃基。例如,环烷基可以具有3-12、或3-8、或3-6个碳原子。甚至进一步例如,环烷基可以为3-12、或3-8、或3-6个碳原子的单环。单环环烷基的实例包括环丙基、环丁基、环戊基、1-环戊-1-烯基、1-环戊-2-烯基、1-环戊-3-烯基、环己基、1-环己-1-烯基、1-环己-2-烯基、1-环己-3-烯基、环己二烯基、环庚基、环辛基、环壬基、环癸基、环十一烷基和环十二烷基。双环环烷基的实例包括具有7-12个环原子的那些,这些环原子排列为选自[4,4]、[4,5]、[5,5]、[5,6]和[6,6]环系统的双环,或排列为选自双环[2.2.1]庚烷、双环[2.2.2]辛烷和双环[3.2.2]壬烷的桥接双环。环可以是饱和的或具有至少一个双键(即部分不饱和的),但不是完全共轭的,并且不是芳族的,如本文所定义的芳族的。
本文中的术语“芳基”是指选自以下的基团:5元和6元碳环芳族环,例如苯基;双环系统,例如7元至12元双环系统,其中至少一个环是碳环和芳族的,其选自例如萘、茚满和1,2,3,4-四氢喹啉;和三环系统,例如10元至15元三环系统,其中至少一个环是碳环和芳族的,例如芴。
例如,芳基选自与任选包含至少一个选自N、O和S的杂原子的5元至7元环烷基或杂环稠合的5元和6元碳环芳族环,条件是当碳环芳族环与杂环稠合时连接点位于碳环芳族环上,且当碳环芳族环与环烷基稠合时连接点可以位于碳环芳族环上或位于环烷基上。由取代的苯衍生物形成并在环原子上具有自由价的二价基团称为取代的亚苯基。由通过从碳原子中除去一个氢原子具有自由价的其名称以“基(-yl)”结尾的单价多环烃基衍生的二价基团通过在相应的单价基团的名称上加上“亚基(-idene)”来命名,例如,具有两个连接点的萘基称为亚萘基。然而,芳基不包含杂芳基或不与杂芳基重叠,杂芳基在下文中单独定义。因此,如果一个或多个碳环芳环与杂环芳环稠合,则所得的环系统是杂芳基,而不是本文所定义的芳基。
术语“卤素”或“卤(halo)”是指F、Cl、Br或I。
术语“杂烷基”是指包含至少一个杂原子的烷基。
术语“杂芳基”是指选自以下的基团:
包含1、2、3或4个选自N、O和S的杂原子的5元至7元芳族单环,其余环原子为碳;
包含1、2、3或4个选自N、O和S的杂原子的8元至12元双环,其余环原子为碳,并且其中至少一个环是芳族的且至少一个杂原子存在于芳族环中;以及
包含1、2、3或4个选自N、O和S的杂原子的11元至14元三环,其余环原子为碳,并且其中至少一个环是芳族的且至少一个杂原子存在于芳族环中。
例如,杂芳基包括与5元至7元环烷基环稠合的5元至7元杂环芳族环。对于其中仅一个环包含至少一个杂原子的这类稠合的双环杂芳基环系统,连接点可以位于杂芳族环或环烷基环上。
当杂芳基中S和O原子的总数超过1时,那些杂原子彼此不相邻。在一些实施方案中,杂芳基中S和O原子的总数不超过2。在一些实施方案中,芳香杂环中S和O原子的总数不超过1。
杂芳基的实例包括但不限于(从指定优先级1的连接位置开始编号)吡啶基(例如2-吡啶基、3-吡啶基或4-吡啶基)、噌啉基、吡嗪基、2,4-嘧啶基、3,5-嘧啶基、2,4-咪唑基、咪唑并吡啶基、异噁唑基、噁唑基、噻唑基、异噻唑基、噻二唑基、四唑基、噻吩基、三嗪基、苯并噻吩基(benzothienyl)、呋喃基、苯并呋喃基、苯并咪唑基、吲哚基、异吲哚基、二氢吲哚基、酞嗪基、吡嗪基、哒嗪基、吡咯基、三唑基、喹啉基、异喹啉基、吡唑基、吡咯并吡啶基(例如1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-5-基)、吡唑并吡啶基(例如1H-吡唑并[3,4-b]吡啶-5-基)、苯并噁唑基(例如苯并[d]噁唑-6-基)、蝶啶基(pteridinyl)、嘌呤基、1-氧杂-2,3-二唑基、1-氧杂-2,4-二唑基、1-氧杂-2,5-二唑基、1-氧杂-3,4-二唑基、1-硫杂-2,3-二唑基、1-硫杂-2,4-二唑基、1-硫杂-2,5-二唑基、1-硫杂-3,4-二唑基、呋咱基(furazanyl)、苯并呋咱基、苯并噻吩基(benzothiophenyl)、苯并噻唑基、苯并噁唑基、喹唑啉基、喹喔啉基、萘啶基、呋喃并吡啶基、苯并噻唑基(例如苯并[d]噻唑-6-基)、吲唑基(例如1H-吲唑-5-基)和5,6,7,8-四氢异喹啉。
术语“杂环的”或“杂环”或“杂环基”是指选自除1、2、3或4个选自氧、硫和氮的杂原子外还包含至少一个碳原子的选自4元至12元单环、双环和三环、饱和和部分不饱和环的环。“杂环”还指包含与5元、6元和/或7元环烷基、碳环芳族或杂芳族环稠合的至少一个选自N、O和S的杂原子的5元至7元杂环,条件是当杂环与碳环芳族或杂芳族环稠合时,连接点位于杂环上,并且当杂环与环烷基稠合时,连接点可以位于环烷基或杂环上。
“杂环”还指包含至少一个选自N、O和S的杂原子的脂族螺环,条件是连接点位于杂环上。环可以是饱和的或具有至少一个双键(即部分不饱和的)。杂环可以被氧代(oxo)取代。连接点可以是杂环中的碳或杂原子。杂环不是如本文所定义的杂芳基。
杂环的实例包括但不限于(从指定优先级1的连接位置开始编号)1-吡咯烷基、2-吡咯烷基、2,4-咪唑烷基、2,3-吡唑烷基、1-哌啶基、2-哌啶基、3-哌啶基、4-哌啶基、2,5-哌嗪基、吡喃基、2-吗啉基、3-吗啉基、环氧乙烷基(oxiranyl)、氮丙啶基(aziridinyl)、硫杂丙环基(thiiranyl)、氮杂环丁烷基(azetidinyl)、氧杂环丁烷基(oxetanyl)、硫杂环丁烷基(thietanyl)、1,2-二硫杂环丁烷基、1,3-二硫杂环丁烷基、二氢吡啶基、四氢吡啶基、硫吗啉基、噻噁烷基(thioxanyl)、哌嗪基(piperazinyl)、高哌嗪基(homopiperazinyl)、高哌啶基、氮杂环庚烷基(azepanyl)、氧杂环庚烷基、硫杂环庚烷基、1,4-氧硫杂环己烷基、1,4-二氧杂环庚烷基、1,4-氧硫杂环庚烷基、1,4-氧氮杂环庚烷基、1,4-二硫杂环庚烷基、1,4-硫氮杂环庚烷基和1,4-二氮杂环庚烷、1,4-二噻烷基(1,4-dithianyl)、1,4-氮硫杂环己烷基(1,4-azathianyl)、氧氮杂环庚烯基(oxazepinyl)、二氮杂环庚烯基、硫氮杂卓基(thiazepinyl)、二氢噻吩基、二氢吡喃基、二氢呋喃基、四氢呋喃基、四氢噻吩基、四氢吡喃基、四氢噻喃基(tetrahydrothiopyranyl)、1-吡咯啉基、2-吡咯啉基、3-吡咯啉基、吲哚啉基、2H-吡喃基、4H-吡喃基、1,4-二氧杂环己烷基、1,3-二氧戊环基、吡唑啉基、吡唑烷基、二噻烷基(dithianyl)、二硫戊环基(dithiolanyl)、吡唑啶基咪唑啉基(pyrazolidinylimidazolinyl)、嘧啶酮基(pyrimidinonyl)、1,1-二氧代-硫代吗啉基、3-氮杂二环[3.1.0]己烷基、3-氮杂双环[4.1.0]庚烷基和氮杂双环[2.2.2]己烷基。取代的杂环还包括被一个或多个氧代部分取代的环系统,例如哌啶基N-氧化物、吗啉基-N-氧化物、1-氧代-1-硫代吗啉基和1,1-二氧代-1-硫代吗啉基。
取代基选自:卤素、-R'、-OR',=O,=NR',=N-OR'、-NR'R"、-SR'、-SiR'R"R'"、-OC(O)R'、-C(O)R'、-CO2R'、-CONR'R"、-OC(O)NR'R"、-NR"C(O)R'、-NR'-C(O)NR"R'"、-NR'-SO2NR'"、-NR"CO2R'、-NH-C(NH2)=NH、-NR'C(NH2)=NH、-NH-C(NH2)=NR'、-S(O)R'、-SO2R'、-SO2NR'R"、-NR"SO2R、-CN和-NO2、-N3、-CH(Ph)2、全氟(C1-C4)烷氧基和全氟(C1-C4)烷基,数量范围为0至3,那些具有0、1或2个取代基的基团是特别优选的。R'、R"和R'"各自独立地指氢、未取代的(C1-C8)烷基和杂烷基、未取代的芳基、被一至三个卤素取代的芳基、未取代的烷基、烷氧基或硫代烷氧基,或芳基-(C1-C4)烷基基团。当R'和R"连接到相同的氮原子时,它们可以与氮原子组合形成5-、6-或7-元环。因此,-NR'R"包括1-吡咯烷基和4-吗啉基,“烷基”包括例如三卤代烷基(例如,-CF3和-CH2CF3)的基团,并且当芳基是1,2,3,4-四氢萘时,它可以被取代或未取代的(C3-C7)螺环烷基取代。(C3-C7)可以以本文对“环烷基”所定义的相同方式取代。
优选的取代基选自:卤素、-R'、-OR'、=O、-NR'R"、-SR'、-SiR'R"R'"、-OC(O)R'、-C(O)R'、-CO2R'、-CONR'R"、-OC(O)NR'R"、-NR"C(O)R'、-NR"CO2R'、-NR'-SO2NR"R'"、-S(O)R'、-SO2R'、-SO2NR'R"、-NR"SO2R、-CN和-NO2、全氟(C1-C4)烷氧基和全氟(C1-C4)烷基,其中R'和R"如上所定义。
术语“稠环”在本文中是指多环系统,例如双环或三环系统,其中两个环仅共享两个环原子和一个键。稠环的实例可以包括如上所述的稠合的双环环烷基环,例如具有7至12个排列为选自[4,4]、[4,5]、[5,5]、[5,6]和[6,6]环系统的双环的环原子的那些;如上所述的稠合双环芳基环,例如7-12元双环芳基环系统,如上所述的稠合三环芳基环,例如10-15元三环芳基环系统;如上所述的稠合双环杂芳基环,例如8-12元双环杂芳基环,如上所述的稠合三环杂芳基环,例如11-14元三环杂芳基环;和如上所述的稠合双环或三环杂环基环。
化合物可以包含不对称中心,因此可以作为对映异构体存在。当化合物具有两个或更多个不对称中心时,它们可以另外以非对映异构体形式存在。对映异构体和非对映异构体属于更广泛的立体异构体类别。意图包括所有这些可能的立体异构体,其作为基本上纯的拆分对映异构体、其外消旋混合物以及非对映异构体的混合物。意图包括化合物的所有立体异构体和/或其药学上可接受的盐。除非另有具体说明,否则对一种异构体的提及适用于任何可能的异构体。每当未指定异构体组成时,均包括所有可能的异构体。
本发明的化合物还可以在构成这样的化合物的一个或多个原子上含有非天然比例的原子同位素,例如氘,例如–CD3、CD2H或CDH2代替甲基。例如,化合物可以用放射性同位素例如氚(3H)、碘-125(125I)或碳-14(14C)进行放射性标记。本发明化合物的所有同位素变体,无论是否具有放射性,都意在包括在本发明的范围内。
术语“基本上纯的”是指目标立体异构体包含按重量计不超过35%,例如不超过30%,进一步例如不超过25%,甚至进一步例如不超过20%的任何其他(多种)立体异构体。在一些实施方案中,术语“基本上纯的”是指目标立体异构体包含按重量计不超过10%,例如不超过5%,例如不超过1%的任何其他(多种)立体异构体。
当化合物包含烯烃双键时,除非另有说明,否则该双键意在包括E和Z几何异构体。
一些化合物可以存在不同的氢连接点,称为互变异构体。例如,包含羰基-CH2C(O)-基团(酮形式)的化合物可以经历互变异构以形成羟基-CH=C(OH)-基团(烯醇形式)。适用时,单独的酮和烯醇形式以及它们的混合物也包括在内。
将反应产物彼此分离和/或与起始原料分离可能是有利的。通过本领域常用的技术,将每个步骤或一系列步骤的期望产物分离和/或纯化(以下称为分离)至期望的均质度。通常,这样的分离涉及多相萃取,从溶剂或溶剂混合物中结晶,蒸馏,升华或色谱法。色谱法可以涉及许多方法,包括例如:反相和正相色谱;体积排除色谱;离子交换色谱;高、中、低压液相色谱法和装置;小规模分析色谱;模拟移动床色谱(“SMB”)和制备薄层或厚层色谱,以及小规模薄层和快速色谱技术。本领域技术人员将应用最有可能实现期望分离的技术。
可以通过本领域技术人员熟知的方法,例如通过色谱法和/或分步结晶,基于其物理化学差异将非对映异构体混合物分离为其单独的非对映异构体。可以通过与合适的旋光化合物(例如手性助剂,如手性醇或Mosher酰氯)反应,将对映异构体混合物转化为非对映异构体混合物,分离非对映异构体并将各非对映异构体转化(例如水解)为相应的纯对映异构体来分离对映异构体。对映异构体也可以通过使用手性HPLC柱分离。
可以通过使用诸如使用旋光拆分剂形成非对映异构体的方法拆分外消旋混合物获得单一立体异构体,例如基本上纯的对映异构体(Eliel,E和Wilen,S.Stereochemistryof Organic Compounds.New York:John Wiley&Sons,Inc.,1994;Lochmuller,C.H.等人"Chromatographic resolution of enantiomers:Selective review."J.Chromatogr.,113(3)(1975):pp.283-302)。可以通过任何合适的方法分开和分离本发明的手性化合物的外消旋混合物,包括:(1)与手性化合物形成离子性非对映异构体盐,并通过分步结晶或其他方法分离,(2)与手性衍生试剂形成非对映异构体化合物,分离非对映异构体并转化为纯立体异构体,和(3)直接在手性条件下分离基本纯或富集的立体异构体。参见Wainer,IrvingW.编.Drug Stereochemistry:Analytical Methods and Pharmacology.New York:MarcelDekker,Inc.,1993。
“药学上可接受的盐”包括但不限于与无机酸形成的盐,其选自例如盐酸盐、磷酸盐、二磷酸盐、氢溴酸盐、硫酸盐、亚磺酸盐和硝酸盐;以及与有机酸形成的盐,选自例如苹果酸盐、马来酸盐、富马酸盐、酒石酸盐、琥珀酸盐、柠檬酸盐、乳酸盐、甲磺酸盐、对甲苯磺酸盐、2-羟乙基磺酸盐、苯甲酸盐、水杨酸盐、硬脂酸盐、链烷酸盐(如乙酸盐以及与HOOC-(CH2)n-COOH形成的盐,其中n选自0至4)。类似地,药学上可接受的阳离子的实例包括但不限于钠、钾、钙、铝、锂和铵。
另外,如果化合物作为酸加成盐获得,则可以通过碱化酸式盐的溶液来获得游离碱。相反,如果产物是游离碱,则可以按照由碱化合物制备酸加成盐的常规制备方法,通过将游离碱溶解在合适的有机溶剂中并用酸处理该溶液,来制备加成盐,例如药学上可接受的加成盐。本领域技术人员将认识到可以使用各种合成方法而无需过度实验来制备无毒的药学上可接受的加成盐。
“治疗(treating)”、“治疗(treat)”或“治疗(treatment)”是指将至少一种化合物和/或其至少一种立体异构体和/或其至少一种药学上可接受的盐给予被认为有需要的受试者。
“有效量”是指有效“治疗”受试者的疾病或障碍的至少一种化合物和/或其至少一种立体异构体和/或其至少一种药学上可接受的盐的量,并且其在某种明显的程度上将引起所关注的组织、系统、动物或人类的生物学或医学反应,例如在给予时足以防止所治疗的病症或障碍的一种或多种症状的发展或在某种程度上减轻所治疗的病症或障碍的一种或多种症状。治疗有效量将根据化合物、疾病及其严重程度以及所治疗的哺乳动物的年龄、体重等变化。
术语“至少一个取代基”包括例如1至4个,例如1至3个,还例如1或2个取代基。例如,本文的“至少一个取代基R”包括1至4个,例如1至3个,还例如1或2个选自本文所述的R的列表的取代基。
主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐可以单独使用或与至少一种其他治疗剂组合使用用于治疗。在一些实施方案中,化合物、其立体异构体及其药学上可接受的盐可以与至少一种另外的治疗剂组合使用。本文公开的化合物和/或一种药学上可接受的盐可以与至少一种其他治疗剂一起以单一剂型或作为分开的剂型给予。当作为分开的剂型给予时,可以在给予本文公开的化合物和/或一种药学上可接受的盐之前、同时或之后给予至少一种其他治疗剂。
还提供了包含主题化合物及其立体异构体、其药学上可接受的盐和至少一种药学上可接受的载体的组合物。
包含主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐的组合物可以以各种已知方式给予,例如口服、局部、直肠、肠胃外、通过吸入喷雾或通过植入型药盒(implantedreservoir)给予,但是在任何给定情况下的最合适的途径将取决于活性成分所给予的特定宿主,以及病症的性质和严重性。如本文所用,术语“肠胃外”包括皮下、皮内、静脉内、肌内、关节内、动脉内、滑膜内、胸骨内、鞘内、病灶内和颅内注射或输注技术。本文公开的组合物可以方便地以单位剂型存在并通过本领域熟知的任何方法制备。
主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐可以以固体剂型例如胶囊、片剂、锭剂、糖衣丸、颗粒剂和散剂,或以液体剂型例如酏剂、糖浆剂、乳剂、分散剂、和混悬剂口服给予。本文公开的主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐也可以以无菌液体剂型,例如分散剂、混悬剂或溶液剂肠胃外给药。也可用于给予本文公开的主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐的其他剂型是用于局部给予的软膏剂、乳膏剂、滴剂、透皮贴剂或粉剂,用于眼部给予的眼用溶液或混悬剂制剂,即滴眼剂,用于吸入或鼻内给予的气雾剂喷雾剂或散剂,或者用于直肠或阴道给予的乳膏、软膏、喷雾剂或栓剂。
也可以使用明胶胶囊,其包含本文公开的化合物和/或其至少一种药学上可接受的盐以及粉状载体,例如乳糖、淀粉、纤维素衍生物、硬脂酸镁、硬脂酸等。类似的稀释剂可以用于制备压制片剂。片剂和胶囊剂均可制成持续释放产品,以在一段时间内提供药物的连续释放。压制片剂可以包糖衣或包薄膜衣以掩盖任何令人不悦的味道并保护片剂不受大气影响,或者可以包肠溶衣以在胃肠道中选择性崩解。
口服给予的液体剂型还可以包含至少一种选自着色剂和调味剂的试剂,以增加患者的接受度。
通常,水、合适的油、盐水、右旋糖(葡萄糖)水溶液和相关的糖溶液以及诸如丙二醇或聚乙二醇的二元醇可以是肠胃外溶液的合适载体的实例。肠胃外给予的溶液可以包含本文所述的至少一种化合物的水溶性盐,至少一种合适的稳定剂,以及如果需要的话至少一种缓冲物质。单独或组合的抗氧化剂,例如亚硫酸氢钠、亚硫酸钠或抗坏血酸,可以是合适的稳定剂的实例。柠檬酸及其盐和EDTA钠也可以用作合适的稳定剂的实例。另外,肠胃外溶液还可以包含至少一种选自例如苯扎氯铵、对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯以及氯丁醇的防腐剂。
药学上可接受的载体例如选自与组合物的活性成分相容(并且在一些实施方案中,能够稳定活性成分)并且对待治疗的受试者无害的载体。例如,增溶剂例如环糊精(其可以与本文公开的至少一种化合物和/或至少一种药学上可接受的盐形成特异性的,更易溶的复合物)可以用作用于递送活性成分的药物赋形剂。其他载体的实例包括胶体二氧化硅、硬脂酸镁、纤维素、月桂基硫酸钠和颜料,例如D&C Yellow#10。合适的药学上可接受的载体在Remington's Pharmaceutical Sciences,A.Osol和本领域的其他参考文献中描述。
为了通过吸入给予,主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐可以方便地以气雾喷雾剂形式从加压包装或喷雾器中递送。主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐也可以粉末形式递送,可以将其配制并可以借助于吹入式粉末吸入器装置吸入粉末组合物。一种示例性的用于吸入的递送系统可以是计量吸入(MDI)气雾剂,其可以配制成在至少一种合适的推进剂中的本文公开的主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐的悬浮液或溶液,所述推进剂选自例如碳氟化合物和碳氢化合物。
对于眼部给予,可以用适当重量百分比的主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐在适当的眼用溶媒中的溶液或悬浮液配制眼用制剂,使得主题化合物及其立体异构体及其至少一种其药学上可接受的盐与眼表面保持接触足够的时间段,以使该化合物穿透角膜和眼内区域。
本文公开的用于给予主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐的有用的药物剂型包括但不限于硬和软明胶胶囊剂、片剂、肠胃外注射剂和口服混悬剂。
给予的剂量将取决于诸如接受者的年龄、健康状况和体重,疾病的程度,同时治疗的类型(如果有的话),治疗的频率以及期望效果的性质等因素。通常,活性成分的日剂量可以变化,例如每天0.1至2000毫克。例如,10-500毫克,每天一次或多次可以有效获得期望的结果。
在一些实施方案中,可以通过将标准两件式硬明胶胶囊各自用例如粉末形式的100毫克的本文公开的主题化合物及其立体异构体及其药学上可接受的盐、150毫克乳糖、50毫克纤维素和6毫克硬脂酸镁填充来制备大量的单位胶囊。
在一些实施方案中,可以制备化合物、其立体异构体及其药学上可接受的盐、可消化的油诸如大豆油、棉籽油或橄榄油的混合物,并借助于容积泵将其注入明胶中以形成含有100毫克活性成分的明胶软胶囊。将胶囊洗涤并干燥。
在一些实施方案中,可以通过常规方法制备大量片剂,使得剂量单位包括例如100毫克化合物、其立体异构体及其药学上可接受的盐,0.2毫克胶体二氧化硅,5毫克硬脂酸镁,275毫克微晶纤维素,11毫克淀粉和98.8毫克乳糖。可以施加适当的包衣以增加适口性或延迟吸收。
在一些实施方案中,适用于通过注射给予的肠胃外组合物可以通过将按1.5%重量的本文公开的化合物和/或其至少对映异构体、非对映异构体或药学上可接受的盐在10%体积的丙二醇中搅拌来制备。用注射用水将溶液补充至预期体积并灭菌。
在一些实施方案中,可以制备水性混悬剂用于口服给予。例如,可以使用每5毫升包含100毫克细粒化合物、其立体异构体及其药学上可接受的盐,100毫克羧甲基纤维素钠,5毫克苯甲酸钠,1.0克山梨糖醇溶液U.S.P.,和0.025毫升香兰素的水性混悬剂。
当化合物、其立体异构体及其药学上可接受的盐分步或与至少一种其他治疗剂联合给药时,通常可以使用相同的剂型。当药物以物理组合方式给药时,应根据组合药物的相容性选择剂型和给药途径。因此,术语共同给药应理解为包括至少两种药剂同时或顺序给药,或供选择地作为至少两种活性成分的固定剂量组合给药。
本文公开的化合物、其立体异构体及其药学上可接受的盐可以作为唯一的活性成分或与至少一种第二活性成分组合给予。
将主题化合物掺入药物组合物或制剂中。该组合物将包含药学上可接受的稀释剂和/或载体,即,具有生理相容性且基本不含致病性杂质的稀释剂或载体。合适的赋形剂或载体以及用于制备可给药组合物的方法对于本领域技术人员而言是已知的或显而易见的,并且在诸如Remington's Pharmaceutical Science,Mack Publishing Co,NJ(1991)的出版物中有更详细的描述。该组合物也可以是本领域已知的控释或持续释放组合物的形式。对于许多应用,给予主题化合物用于早晨/白天给药,晚上为间歇期。
主题化合物本身可以使用,或以其药学上可接受的盐的形式使用,例如盐酸盐、氢溴酸盐、乙酸盐、硫酸盐、柠檬酸盐、碳酸盐、三氟乙酸盐等。当化合物包含相对酸性的官能团时,可以通过添加纯净的或在合适的惰性溶剂中的期望的碱来获得盐。药学上可接受的碱加成盐的实例包括钠盐、钾盐、钙盐、铵盐、有机氨基盐或镁盐等。当化合物包含相对碱性的官能团时,可以通过添加纯的或在合适的惰性溶剂中的期望的酸来获得盐。药学上可接受的酸加成盐的实例包括那些衍生自无机酸,如盐酸、氢溴酸、硝酸、碳酸、一氢碳酸、磷酸、一氢磷酸、二氢磷酸、硫酸、一氢硫酸、氢碘酸或亚磷酸等的那些,以及衍生自相对无毒的有机酸,如乙酸、丙酸、异丁酸、马来酸、丙二酸、苯甲酸、琥珀酸、辛二酸、富马酸、乳酸、扁桃酸、邻苯二甲酸、苯磺酸、对甲苯磺酸、柠檬酸、酒石酸,甲磺酸等的盐。还包括氨基酸,例如精氨酸等的盐,以及有机酸,如葡糖醛酸或半乳糖醛酸等的盐(参见,例如,Berge等,“Pharmaceutical Salts”,Journal of Pharmaceutical Science,1977,66,1-19)。
化合物的中性形式可以通过使盐与碱或酸接触并以常规方式分离母体化合物来再生成。化合物的母体形式在某些物理特性,例如在极性溶剂中的溶解度方面,不同于各种盐的形式,但是另外对于本发明的目的而言,盐等同于化合物的母体形式。
除了盐形式之外,本发明提供了前药形式的化合物。本文所述的化合物的前药是在生理条件下容易经过化学变化以提供本发明化合物的那些化合物。另外,前药可以在离体环境中通过化学或生物化学方法转化为本发明的化合物。例如,当与合适的酶或化学试剂共同置于透皮贴剂储库中时,前药可被缓慢转化为本发明的化合物。前药通常是有用的,因为在一些情况下,它们可能比母体药物更容易给予。例如,它们可能比母体药物口服生物利用度更高。前药在药物组合物中也可能有比母体药物改善的溶解性。本领域已知各种各样的前药衍生物,例如依赖于前药的水解裂解或氧化活化的那些。前药的非限制性实例是作为酯(“前药”)给予本发明的化合物,但其随后代谢水解成羧酸,即活性实体。
本发明的某些化合物可以非溶剂化形式以及溶剂化形式存在,包括水合物形式。通常,溶剂化形式等同于非溶剂化形式,并且意图包括在本发明的范围内。本发明的某些化合物可以以多种结晶或无定形形式存在。通常,所有物理形式对于本发明考虑的用途是等效的,并且意图在本发明的范围内。
某些主题化合物具有不对称碳原子(光学中心)或双键;外消旋体、非对映异构体、几何异构体和单个异构体都意图包括在本发明的范围内。
化合物通常以“治疗有效量”给予,即,研究者、兽医、医生或其他临床医生所寻求的,将引起组织、系统、动物或人的生物或医学反应的主题化合物的量。术语“治疗有效量”包括当给予时足以预防所处理的病症或障碍的一种或多种症状的发展或在一定程度上减轻所处理的病症或障碍的一种或多种症状的量。治疗有效量会根据化合物、疾病及其严重程度,以及待治疗的哺乳动物的年龄、体重等变化。
接触通常是通过给予所述受试者有效量的一种或多种具有通式I(同上)的化合物来实现的,包括上述各种实施方案。通常调整给药量以达到约0.1至50,优选0.5至10,更优选1至10mg/kg的治疗剂量,但是最佳剂量是化合物特异性的,并且通常凭经验确定每种化合物的最佳剂量。
术语“单位剂型”是指适合作为人受试者和其它哺乳动物的单位剂量的物理上不连续的单位,每个单位含有计算产生期望治疗效果的预定量的活性物质,并与合适的药物赋形剂结合。典型的单位剂型包括液体组合物的预先填充的、预先计量的安瓿或注射器,或在固体组合物的情况下的丸剂、片剂、胶囊、锭剂等。在这样的组合物中,模拟物通常是次要组分(约从0.1%至约50%重量,或优选地约为1%至40%重量),其余是有助于形成期望给药形式的各种溶媒或载体和加工助剂。单位剂量制剂优选为每单位约5、10、25、50、100、250、500或1,000mg。在一个具体的实施方案中,单位剂型包装在适于顺序使用的多包装中,例如包含至少6、9或12个单位剂型的片材的泡罩包装。
应理解,本文描述的实施例和实施方案仅出于说明目的,而不是限制。本领域技术人员将容易地认识到可以改变或修改以产生基本相似结果的各种非关键参数,并且这样的修改包括在本申请的精神和范围以及所附权利要求的范围之内。本文引用的所有出版物、专利和专利申请出于所有目的通过引用整体并入本文。
实施例:通用实验
Figure BDA0002926985370000171
试剂和条件:a)KOH,MeOH,H2O,室温;b)H2NNH2,MeOH,室温;c)吡啶,CH2Cl2,室温。
Figure BDA0002926985370000172
在室温下,向甲基芳基酮化合物(1当量)和KOH(3当量)在水和MeOH(水:MeOH=1:3)中的溶液中加入芳基甲醛化合物(1.05当量)。将该溶液在室温下搅拌10小时,用水稀释,用乙酸乙酯萃取。合并的有机萃取物用盐水洗涤,经无水Na2SO4干燥,过滤,真空浓缩。残余物通过柱色谱纯化(硅胶,梯度洗脱,EtOAc:己烷=1:5),得到期望的产物α,β不饱和酮。
Figure BDA0002926985370000181
在室温下,向α,β不饱和酮化合物(1当量)的MeOH溶液中加入肼(3当量)。将该溶液在室温下搅拌10小时,真空浓缩。将残余物用水洗涤并干燥,得到期望的吡唑产物,其无需进一步纯化即可用于下一步。
Figure BDA0002926985370000182
在室温下,向吡唑化合物(1当量)的二氯甲烷溶液中加入相应的酰氯(1.1当量)和吡啶(1.2当量)。将该溶液在室温搅拌6小时,用乙酸乙酯稀释,用盐水洗涤,经无水Na2SO4干燥,过滤,真空浓缩。残余物通过柱色谱纯化(硅胶,梯度洗脱,EtOAc:CH2Cl2=1:15),得到产物。
在化学式的实施方案的公开范围内,包括R1、R2、R3、R4和R5的范围内保持了活性,如在下表中所示的代表性化合物中举例说明的。
用于确定通过破坏Beclin 1/Bcl-2结合起作用的自噬诱导剂的高通量筛选
自噬是一种溶酶体降解途径,在细胞稳态、发育、免疫、肿瘤抑制、代谢、防止神经变性和寿命延长中起着至关重要的作用。因此,自噬的药理刺激可以是预防或治疗某些人类疾病和/或衰老的有效方法。我们试图建立一种用于开发特异性诱导自噬的新化学化合物的方法。为此,我们开发了两种分析法以确定靶向自噬诱导的关键调控节点-特别是Bcl-2(自噬的负调节剂)与Beclin 1(在自噬启动中起作用的Beclin 1/VPS34脂质激酶复合物的变构调节剂)的结合的化合物。这些分析法使用分割荧光素酶分析来测量细胞中Beclin1/Bcl-2的结合,或者使用AlphaLISA分析来直接测定体外Beclin1/Bcl-2的直接结合。我们筛选了包含
Figure BDA0002926985370000183
个化合物的两个不同的化合物文库,以确定破坏Beclin 1/Bcl-2结合并诱导自噬的小分子。确定了三种新的化合物,它们以微摩尔范围内的IC50直接抑制Beclin 1/Bcl-2相互作用并增加自噬通量。与促凋亡Bcl-2家族成员Bax和Bim的BH3结构域相比,这些化合物没有显示出明显的细胞毒性,并且它们对破坏Bcl-2与Beclin 1的BH3结构域的结合具有选择性。
Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶分析的发展
为了确定破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用的新化合物,我们开发了两种并行设计的新HTS分析法,用于(1)在基于细胞的分析中确定具有细胞渗透活性和功能的化合物,以破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用;和(2)确定在体外破坏Beclin 1/Bcl-2结合的化合物,因此可以在基于细胞的分析中验证其发挥命中目标的作用。
第一HTS采用基于细胞的分割荧光素酶分析,其是基于邻近的酶互补报告系统(proximity-based enzyme complementation reporter system)。分割荧光素酶方法依赖于与作为融合伴侣的目标蛋白一起表达的萤火虫荧光素酶的两个片段NLuc(氨基酸2-416)和CLuc(氨基酸398-550)的重组。一旦相互作用的伴侣结合,荧光素酶的两个非功能性片段接近,形成活性荧光素酶蛋白。为了测量分割荧光素酶分析中Beclin 1/Bcl-2相互作用,我们建立了表达作为分割荧光素酶的报告蛋白(reporter)的N末端NLuc标记的Beclin1(NLuc-Beclin 1)和CLuc标记的Bcl-2(CLuc-Bcl-2)的HeLa细胞系。在四环素诱导型启动子的控制下表达了两种报告蛋白,以避免可能作为Beclin1或Bcl-2组成性过表达的结果发生的毒性或克隆适应。海肾荧光素酶作为内部对照组成性表达。Beclin 1/Bcl-2的相互作用测量为相对发光单位(RLU),这是计算的分割荧光素酶和海肾荧光素酶信号之比:
Figure BDA0002926985370000191
Beclin 1和Bcl-2分割荧光素酶报告蛋白在HeLa细胞中的表达产生可测量的发光活性,该活性以剂量依赖性方式被阳性对照化合物ABT-737(一种有效的BH3模拟物)抑制40。为了确认测量的分割荧光素酶活性需要Beclin1/Bcl-2结合,我们还创建了表达NLuc-Beclin 1报告蛋白的细胞系,该报告蛋白携带Beclin 1的Bcl-2结合结构域的缺失(缺少氨基酸81-151;称为“Beclin 1ΔBcl-2BD”)和CLuc-Bcl-2。Beclin 1ΔBcl-2BD/Bcl-2分割荧光素酶报告蛋白的表达导致发光活性降低10至20倍,而Beclin 1ΔBcl-2BD/Bcl-2分割荧光素酶报告蛋白的基线活性不受ABT-737的影响。因此,全长Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶活性可能代表Beclin 1的BH3结构域与Bcl-2之间的特异性相互作用,而不是荧光素酶片段的自发重新结合。总体而言,这些数据表明,HeLa细胞Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶分析是稳健且灵敏的,为测量Beclin1/Bcl-2相互作用提供了宽的动态范围。
我们通过Z’因子检验验证了HTS的Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶分析。检查了Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶分析在384孔HTS形式中的均匀性。DMSO(240孔)和ABT-737(16孔)分别用作中性或阳性对照。计算的Z’值为0.7444,表明Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶分析非常适合于HTS。
Beclin 1/Bcl-2 AlphaLISA分析的开发
我们还开发了高通量Beclin 1/Bcl-2 AlphaLISA分析,以直接测量Beclin1和Bcl-2之间的体外相互作用。AlphaLISA是一种基于珠的邻近分析,其能够测量均相溶液中的蛋白-蛋白相互作用。41Alpha供体珠在680nm的照射下会产生氧单线态分子,并到达邻近的受体珠。氧单线态激发供体珠并导致在615nm处发光。氧单线态分子的半衰期极短,因此仅在200nm半径内发生有效的能量转移。因此,可测量的Alpha发光信号需要在供体和受体珠之间的化学能转移,并且固定在珠上的一对相互作用分子稳定珠缔合以产生可测量的Alpha信号。
我们将纯化的重组Beclin 1和Bcl-2蛋白用于AlphaLISA,对它们进行了优化以提高溶解度和表达。人Beclin 1在N末端表达为具有StrepII-SUMO的融合蛋白,并对Beclin 1芳族指(aromatic finger)上的三个残基进行了突变(F359D/F360D/W361D),以提高溶解度和蛋白稳定性。42这些突变在BARA结构域中,远离被Bcl-2识别的BH3基序。Beclin 1的重组Bcl-2结合缺陷突变体(StrepII-SUMO-Beclin 1ΔBcl-2BD)被用作阴性对照。Bcl-2构建体由氨基酸1-218组成,并在跨膜结构域被截短,以添加C末端6xHis标签(Bcl-2-6xHis)。对于标准化对照,我们纳入带有纯化SUMO蛋白(带有N末端StrepII标签和C末端6xHis标签)的并行AlphaLISA分析。归一化对照的目的是消除内滤(假阳性)命中化合物(hit),该命中化合物通过以与Beclin 1/Bcl-2相互作用无关的方式干扰AlphaLISA分析来减少发光信号。使用归一化对照,Beclin 1和Bcl-2的相互作用测定如下:
Figure BDA0002926985370000201
StrepII-SUMO-Beclin 1和Bcl-2-6xHis与AlphaLISA珠的孵育产生了强Alpha信号。删除Beclin 1的Bcl-2结合结构域几乎完全消除了Alpha信号,这表明Alpha信号是Beclin 1/Bcl-2相互作用特有的。此外,作为筛选的阳性对照使用的BH3模拟物ABT-737以剂量依赖性方式抑制了Beclin 1/Bcl-2的强Alpha信号,但没有抑制弱的Beclin 1ΔBcl-2BD/Bcl-2信号。
这些数据表明,该分析适用于体外测量Beclin 1/Bcl-2结合的药理抑制作用。为了进一步评价作为HTS平台的Beclin 1/Bcl-2 AlphaLISA分析,我们使用384孔板形式进行了Z’因子测试。DMSO(240孔)和ABT-737(16孔)分别用作中性或阳性对照。得到的Z’值为0.7237,表明Beclin 1/Bcl-2AlphaLISA分析是一种可靠的HTS分析。
Beclin 1/Bcl-2结合的干扰物的初次和二次筛选
使用Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶分析,我们用化学文库进行了初次HTS,该化学文库包含来自UT西南医学中心(UTSW)的约200,000种化合物和麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所的衍生自多样性导向合成(DOS)的100,000种化合物。43UTSW化学文库由从ChemBridge公司购买的75,000种化合物、从Chemical Diversity Labs购买的100,000种化合物、从ComGenex购买的22,000种化合物、从TimTek购买的1200种、从Prestwick购买的1100种以及来自NIH临床药物库(NIH clinical collection)的450种药物组成。从TimTek购买的化合物是“类天然产物”的合成化合物,而Prestwick化合物是非专利药物。NIH临床药物库由在I期临床试验中测试过的化合物组成。UTSW化学库还包含John MacMillan博士(加州大学圣克鲁斯分校)从独特的海洋细菌中分离出的约30,000种天然产物。文库中的化合物满足一组宽松的Lipinsky规则,其中99%的分子量小于550g/mol(平均250-300g/mol)。以384孔板HTS形式以5μM的浓度筛选所有文库化合物。在筛选过程中,我们注意到大量的文库化合物强烈增强了海肾荧光素酶活性,但并未影响分割荧光素酶活性。因此,为消除此类假阳性命中化合物,我们对分割荧光素酶活性和归一化活性(RLU)二者应用了-3.0的Z评分截止值。在UTSW文库中确定的1027个命中化合物和Broad文库中确定的193个命中化合物中,随后分别在重复HTS分析中确认了233个和55个命中化合物。
为了确定直接抑制Beclin 1/Bcl-2相互作用的化合物,将一系列择优选择的化合物(来自UTSW文库的1027种和来自Broad文库的55种)用Beclin1/Bcl-2 AlphLISA分析进行二次筛选。在二次HTS筛选中,我们确定出35种(UTSW文库)和1种(Broad文库)化合物,它们表现出>20%(UTSW文库)或>40%(Broad文库)的抑制作用,Z评分≤-3.0。我们为另外的剂量反应AlphaLISA重新提供了19种化合物(排除了天然产物部分和不可用的化合物)。发现六个重新提供的化合物在体外以剂量依赖性方式抑制Beclin1/Bcl-2相互作用。去除泛分析干扰(PAINS)44化合物后,从UTSW文库中选择了两种化合物(SW063058和SW076956),从Broad文库中选择了一种化合物(BRD1991)用于进一步的命中化合物验证和生物学研究。
命中化合物验证和选择性评估
我们使用AlphaLISA证实了这三种候选化合物以微摩尔范围的IC50处显示Beclin1/Bcl-2结合的剂量依赖性抑制。为了评估与促凋亡Bcl-2家族成员相比,Beclin 1的BH3结构域与Bcl-2的结合的破坏的选择性,我们使用了具有纯化的重组Bcl-2和跨越Beclin 1的BH3结构域(氨基酸105-130)或Bax的BH3结构域(氨基酸49-84)的肽的AlphaLISA。我们的结果表明,所有三个候选分子都降低了Beclin 1的BH3结构域与Bcl-2的结合,但没有降低Bax的BH3结构域与Bcl-2的结合。相反,ABT-737以纳摩尔效率抑制Beclin 1和Bax的BH3结构域与Bcl-2的结合。尽管SW063058、SW076956和BRD1991仍然可能以更高的浓度(>20μM)破坏Bcl-2与Bax或其他含有促凋亡BH3结构域的分子的结合,但这些数据清楚地证明了选择性抑制Beclin 1/Bcl-2相互作用的窗口。
对于我们为大规模组织培养实验充足供应的两种化合物(SW063058和SW076956),我们研究了它们对Beclin 1、Bax和Bim与Bcl-2的免疫共沉淀的作用。使用先前描述的稳定表达Myc标记的Bcl-2的HeLa细胞26,我们观察到用SW063058或SW076956处理12小时会降低Beclin 1/Myc-Bcl-2相互作用,但不会降低Bax/Myc-Bcl-2或Bim/Myc-Bcl-2相互作用。细胞中的免疫共沉淀实验显示出与AlphaLISA体外结合实验相同的趋势;SW076956在破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用方面比SW063058更活跃(但不如BH3模拟物ABT-737活跃),而SW063058和SW076956但不是ABT-737与Bax/Bcl-2结合相比选择性地破坏Beclin 1/Bcl-2结合。此外,ABT-737,而不是SW063058或SW076956,破坏Bcl-2和仅包含BH3的蛋白Bim之间的免疫共沉淀。
Beclin 1/Bcl-2结合的干扰物的功能分析
SW063058、SW076956和BRD1991对破坏Beclin 1/Bcl-2结合(相对于Bax/Bcl-2结合)的选择性活性表明这些化合物可以诱导自噬而没有细胞死亡。我们使用了已确立的分析来评估其自噬活性,45包括(i)在存在和不存在溶酶体抑制剂巴弗洛霉素A1(Baf A1)的情况下定量GFP-LC3斑点(其标记自噬体),和(ii)在存在和不存在Baf A1的情况下对LC3-I转化为脂化的自噬体相关蛋白LC3-II的蛋白质印迹分析。与用20μM化合物处理24小时后的DMSO对照相比,用SW063058、SW076956或BRD1991处理的稳定表达GFP-LC3的HeLa细胞具有增加的GFP-LC3斑点数量。较短持续时间的较低浓度的化合物(10μM)也产生了相似的结果。在Baf A1存在的情况下,GFP-LC3斑点的数量进一步增加,表明这些化合物诱导了完全自噬通量,而不是自噬溶酶体成熟的阻断。为了支持这些研究结果,我们还发现这些化合物诱导LC3-II的增加,所述LC3-II在Baf A1的存在下进一步增加,从而证实自噬通量的增加。因此,这些化合物在HeLa细胞中诱导自噬通量。
我们评估了通过SW063058和SW076956诱导自噬是否需要使用Beclin1和Bcl-2,使用siRNA分别敲低(knockdown)HeLa细胞中的每种蛋白。与其作为必需的自噬蛋白的作用一致,Beclin 1敲低导致基线条件下自噬体数量的减少(如GFP-LC3斑点的数量所证明),并且与经受对照siRNA的细胞不同,用SW063058、SW076956或ABT-737处理后GFP-LC3斑点没有进一步增加。与其作为自噬抑制剂的作用一致,Bcl-2敲低导致基线条件下GFP-LC3斑点的数量增加,并且与经受对照siRNA的细胞不同,经SW063058、SW076956或ABT-737处理后,GFP-LC3斑点没有进一步增加。我们通过证明在Beclin 1敲低的细胞中自噬底物p62的水平增加和在Bcl-2敲低的细胞中自噬底物p62的水平降低,证实了Beclin 1敲低和Bcl-2敲低分别降低和增加了自噬通量。与用对照siRNA处理的细胞相比,SW063058、SW076956或ABT-737不能改变Beclin 1或Bcl-2敲低的细胞中的p62水平。总之,这些数据表明,Beclin 1和Bcl-2都是SW063058、SW076956和ABT-737的自噬诱导作用所必需的。
在如GFP-LC3分析中所测量的诱导自噬通量的相同浓度下(10和20μM),SW063058和SW076956在HeLa细胞中不发挥细胞毒性,而在通过CellTiter-Glo分析测量时,BRD1991和ABT-737在20μM下发挥轻度的细胞毒性。与先前的表明Bcl-2的过表达使细胞对ABT-737诱导的凋亡敏感的报道相一致46,用ABT-737而不是SW063058、SW076956或BRD1991进行处理导致在过表达Bcl-2的HeLa细胞中更为明显的细胞死亡的剂量依赖性增加。我们使用检测凋亡死亡的更特异性的分析,即半胱天冬酶3底物PARP裂解,证实了CellTiter-Glo结果47。观察到用ABT-737处理PARP裂解的剂量依赖性增加,其中在10或20μM化合物的情况下检测到裂解的PARP。在这些相同的浓度下,SW063058、SW076956和BRD1991无法诱导PARP裂解。总而言之,这些数据表明存在一个窗口,其中我们新确定的Beclin1/Bcl-2结合干扰物诱导自噬而不会触发凋亡或其他形式的细胞死亡。
药代动力学性质
考虑到这些命中化合物作为发展特定自噬诱导剂的进一步的SAR起点的潜在效用,我们分析和定量了细胞渗透并测量了一些代谢稳定性特性。使用质谱法,我们在用1μMSW063058、SW076956或BRD1991孵育后的不同时间点测量了HeLa细胞中的细胞内药物浓度。所有这三种候选化合物均在一小时内进入细胞,但只有SW076956和BRD1991随时间显示逐渐的细胞内积累。在测量这些命中化合物的体外ADME特性时,微尺度热力学溶解度表明,这些化合物在PBS中的溶解度为0.72μM至30μM,在AlphaLISA缓冲液中的溶解度为43.3μM至202μM。在鼠和人血浆中,血浆稳定性大于90%。鼠和人微粒体稳定性显示,人微粒体提取物暴露一小时后,有36%的母体化合物SW063058未代谢,而暴露于鼠或人微粒体的所有其他化合物的组合在1小时后均以低于2%母体化合物的浓度存在。根据选择要详细说明的结构,在推进一系列研究时将需要考虑这些特性。
NMR化学位移扰动分析
为了检查SW063058、SW076956和BRD1991是否占据了Bcl-2的疏水口袋,我们进行了化学位移扰动分析。纯化的Bcl-2/-xL嵌合蛋白(其中Bcl-2的非结构环被Bcl-xL的短环替代)48与候选分子的孵育导致了几个残基的化学位移变化,表明候选分子与Bcl-2结合。明显地,观察到位于Bcl-2的P2疏水结合口袋内的F153的化学位移变化,表明这些候选化合物可以在BH3口袋内结合。不在P2口袋附近的残基的其他化学位移变化(G141、V162和D171)表明配体结合后Bcl-2/-xL嵌合体的变构构象变化。总体而言,与已知的BH3模拟物,包括ABT-737和ABT-199和ABT-263相比,SW063058、SW076956和BRD1991的化学位移曲线相似,但显示出一些独特的特征。例如,虽然SW063058、SW076956和BRD1991都导致疏水沟内的F153发生化学位移(BH3模拟物也是如此),但它们并未导致沟中其他残基(如F104和E136)发生化学位移;此外,SW063058、SW076956和BRD1991导致Bcl-2与Beclin 1结合所必需的残基G155发生化学位移49,而ATB-737和其他BH3模拟物则没有。这些数据表明,Bcl-2与我们新确定的Beclin 1/Bcl-2结合干扰物结合的结构决定因素与已知的BH3模拟物不同。
我们已经开发了两种新的HTS方法,用于确定破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用的化合物。这些筛选工具可确定出三个验证的命中化合物,即SW063058、SW076956和BRD1991,与Bax/Bcl-2和Bim/Bcl-2结合相比,它们选择性地破坏Beclin 1/Bcl-2结合,并在显示最低细胞毒性的浓度下诱导自噬通量。此外,NMR化学位移扰动数据表明,这些新确定的化合物可以通过不同于目前可用的BH3模拟物的方式与Bcl-2的P2口袋结合。
最近报道了先前的筛选,其用较少数量的化合物,以确定充当Beclin 1BH3模拟物并诱导自噬和凋亡二者的小分子。50相反,我们的目标是确定仅通过发挥破坏Beclin 1的BH3结构域与Bcl-2的结合而不破坏Bax的BH3结构域与Bcl-2的结合的选择性而诱导自噬的化合物。我们确定了满足这些标准的三种初始工具化合物。尽管它们在微摩尔范围内具有生物活性,但本研究确定的特性–特别是它们对破坏Bcl-2和Beclin 1BH3基序之间的相互作用的选择性,它们诱导自噬而无细胞毒性的能力,以及它们独特的NMR化学位移扰动曲线(与已知的BH3模拟物相比)–使它们成为设计具有升高的效力,相对于Beclin 1/Bax(或其他促凋亡的含BH3的蛋白)相互作用对于破坏Beclin 1/Bcl-2相互作用的升高的选择性,和优化的ADME特性的类似物的强命中化合物。基于细胞和基于体外的Beclin 1/Bcl-2结合分析为这样的类似物的快速评估/优化提供了有用的方法。
我们使用这些化合物作为开发有效的Beclin 1/Bcl-2选择性抑制剂的起点,并且我们的结构-活性关系工作产生了本文进一步描述的自噬调节剂。
细胞系
HeLa/GFP-LC351和HeLa/Myc-Bcl-226细胞先前由我们的实验室描述。通过用表达NLuc-Beclin 1的四环素诱导质粒pTRE2pur载体(或Beclin 1ΔBcl-2BD突变体)和表达CLuc-Bcl-2的pTRE2-RLuc-hyg3载体稳定转染HeLa tet-on细胞(Clontech),生成Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶细胞。在选择培养基(补充有10%Tet系统批准的FBS、1mM谷氨酰胺、100μg/mL G418、200μg/mL潮霉素和0.5μg/mL嘌呤霉素的DMEM)中选择稳定的克隆。先前描述的Beclin 1ΔBcl-2BD突变体24,49在Beclin 1BH3结构域中包含跨越氨基酸88-150的缺失,干扰了其与Bcl-2的结合。
重组蛋白和肽
将人beclin 1基因克隆到表达载体ppSUMO-Strep中,作为具有N末端StrepII标签和SUMO蛋白的融合蛋白。将位于人Beclin 1的“芳族指”42上的三个芳族残基突变为天冬氨酸(F359D/F360D/W361D),以改善蛋白溶解度。含有StrepII-SUMO-Beclin 1、StrepII-SUMO-Beclin 1ΔBcl-2BD或StrepII-SUMO-6xHis表达质粒的大肠杆菌BL21 Star(DE3)pLysS在37℃下生长至对数期,然后在0.1mM IPTG中在16℃下孵育过夜。可溶性StrepII-SUMO-Beclin 1或StrepII-SUMO-Beclin 1ΔBcl-2BD蛋白通过StrepTactin琼脂糖凝胶(IBABiosciences)亲和纯化,并使用HiLoad 16/60Superdex 200色谱柱(GE Healthcare),通过体积排阻色谱法进一步纯化,该色谱柱用改良缓冲液W(100mM Tris-HCl,pH 8.0,300mMNaCl,5%甘油,0.1%CHAPS和1mM DTT)平衡。
为了纯化Bcl-2,使用表达质粒pET21c-Bcl-2(跨越氨基酸1-218),其编码具有C末端6xHis标签的缺少跨膜结构域的人Bcl-2。携带表达质粒的BL21 Star(DE3)pLysS在37℃下生长至对数期,并加入IPTG至终浓度0.1mM,并在16℃下孵育过夜。可溶性Bcl-2-6xHis蛋白通过Ni-NTA琼脂糖(Qiagen)用裂解缓冲液(50mM磷酸盐,pH 8.0,300mM NaCl,0.1%CHAPS和5%甘油)进行亲和纯化。使用咪唑在10mM下用于结合,在20mM下用于洗涤,在250mM下用于洗脱。使用HiLoad 16/60Superdex 200色谱柱,通过体积排阻色谱法进一步纯化亲和纯化的Bcl-2-6xHis,该色谱柱用改良缓冲液W平衡。
NMR实验使用Bcl-2的嵌合形式(Bcl-2/-xL),其取代Bcl-xL环以改善2D光谱。48DNA被优化用于在大肠杆菌中表达(GeneArt,Life Technologies)并被克隆到具有N末端His6-MBP标签的pET28a载体中,以辅助过表达。在MBP标签和Bcl-2/-xL蛋白之间设计了TEV切割位点,以去除MBP标签。如前所述进行蛋白表达和标记52,并如前所述进行蛋白纯化。53蛋白纯度通过SDS-PAGE估计为≥95%,通过ImageJ进行图像分析,并使用43,430M-1cm-1的ε280定量。将等分试样浓缩至≥100μM,并在-80℃下冷冻直至需要。
Beclin 1BH3肽由N末端连接的生物素、YGGGGS接头和源自人Beclin1的16个氨基酸(氨基酸105-130)组成。Bax BH3肽由N末端连接的生物素、YGGGGS接头和源自人Bax的36个氨基酸(氨基酸49-84)组成。生物素-6xHis对照肽由N末端连接的生物素、YGGGGS接头和C末端的6xHis标签组成。
Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶筛选
将Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶细胞悬浮在诱导培养基(用Tet批准的FBS、1mM谷氨酰胺、100单位/mL的青霉素/链霉素和1μg/mL的强力霉素补充的DMEM)中并以1.2x104个细胞/孔平板接种于384孔板(Corning#3570)中,并在37℃下孵育过夜。
添加DMSO(中性对照)、ABT-737(阳性对照)或文库化合物至终浓度为5μM,并在37℃下孵育。化合物来自UTSW(200K)或麻省理工学院和哈佛大学Broad研究所的多样性导向合成(100K)库(由Stuart Schreiber友好提供)。孵育5小时后,通过离心去除培养基,并使用
Figure BDA0002926985370000271
荧光素酶分析系统(Promega)测量Beclin 1/Bcl-2分割荧光素酶报告蛋白的活性。首先将20微升1x FL缓冲液(荧光素酶试剂与PBS 1:1稀释)添加到孔中,在室温下孵育10min,并通过Envision读板仪(Perkin Elmer)测量萤火虫发光单位。然后将十微升的1x RL缓冲液(Stop&Glo Reagent)添加到样品中,将样品在室温下孵育10min,然后再次测量海肾荧光素酶的活性。Beclin1/Bcl-2相互作用测量为相对发光单位(RLU),作为分割荧光素酶和海肾荧光素酶信号之比进行计算。
筛选以384孔形式进行。每个分析板在第3到22列中包含320种文库化合物。在第2列和第23列中包含DMSO作为中性对照,在第1列中使用ABT-737作为阳性对照。对于初次筛选数据的分析,从EnVision读板仪获得的数值读数使用Genedata
Figure BDA0002926985370000272
Suite的AssayAnalyzer模块进行质量控制和处理。为了消除诸如边缘效应或平板效应的系统变化偏差,在AssayAnalyzer软件中使用专有的模式检测算法对归一化值(RLU)进行了校正。54Z评分由每种化合物的分割荧光素酶活性和校正的归一化活性(RLU)计算得出。54在测试浓度下化合物的活性百分比定义为:
Figure BDA0002926985370000273
分割荧光素酶活性和校正的归一化活性(RLU)的Z评分小于-3.0的化合物继续用于在确认分析中进行研究。
使用5μM的化合物浓度一式三份地进行来自UTSW文库的化合物的确认分析。来自Broad研究院文库的化合物的确认分析是在5μM下以2倍8点连续稀释进行的。然后,使用Genedata
Figure BDA0002926985370000281
中的“稳健简缩”方法将每种化合物的一式三份实验中的活性百分比的值简缩为作为“简缩活性”的单一值,即一式三份实验的代表性单一值。通常,一式三份实验被预简缩为如下所示的一对值(X和Y):
值(X,Y)=(一式三份试验的中位数m)±离差
离差=中位数(|X1–m|,|X2–m|,|X3–m|)
更低的|X-Y|值表示更好的数据质量。对于其中|X-Y|≤30%的数据点,X和Y的中位数用作简缩活性,这也是一式三份测量值的中位数。在其他方面,使用简缩函数Max(X,Y)估算简缩活性。然后,使用以下公式为每种化合物计算出稳健的Z评分:
Figure BDA0002926985370000282
认为具有小于-3.0的Z评分(UTSW文库)或分割荧光素酶活性的剂量反应抑制(Broad研究所文库)的化合物被确认。
Beclin 1/Bcl-2 AlphaLISA筛选
所有的AlphaLISA分析均以384孔形式用BB缓冲液(用0.5%BSA和1mM DTT补充的磷酸盐缓冲盐水)一式三份进行。对于Beclin 1/Bcl-2AlphaLISA,将纯化的StrepII-SUMO-Beclin 1分别与300nM和60nM的Bcl-2-6xHis蛋白孵育。对于内部对照AlphaLISA分析,使用了20nM的StrepII-SUMO-6xHis蛋白(内部对照)。通过Multidrop将含有Beclin 1/Bcl-2或SUMO蛋白的样品添加到AlphaPlates-384(Perkin Elmer#6005350)中,并在室温下与DMSO(中性对照)、ABT-737(阳性对照)或5μM(UTSW文库)或10μM(Broad文库)的文库化合物一起孵育3小时,以允许蛋白-蛋白相互作用。初始孵育后,将Strep-Tactin Alpha供体(AS106D)和抗6xHisAlphaLISA受体珠(AL128M)添加至终浓度各为40μg/mL,并在室温下于黑暗中再孵育1h。所有样品均一式三份进行评估。Alpha信号由Envision读板仪(Perkin Elmer)测量。用内部对照Alpha信号将Beclin 1/Bcl-2 Alpha信号归一化。归一化值代表Beclin 1和Bcl-2的结合活性。按照以下公式计算化合物的活性百分比:
Figure BDA0002926985370000283
将每种化合物一式三份的活性百分比值转换为简缩活性,并如前一部分所述计算稳健的Z评分。选择Z评分小于-3.0且活性百分比>20%(UTSW文库)或>40%(Broad研究所文库)的化合物,以进一步通过剂量反应实验确认。
对于剂量反应AlphaLISA实验,将化合物用DMSO连续稀释(2倍,7个点),并以10μM至156nM的终浓度范围添加到含有纯化的重组蛋白或生物素化肽的BB缓冲液中。剂量反应AlphaLISA实验中使用的蛋白或肽浓度如下:Beclin1/Bcl-2–300nM/60nM;SUMO(Beclin 1/Bcl-2 AlphaLISA的内部对照)–20nM;Beclin 1BH3/Bcl-2–1000nM/60nM;Bax BH3/Bcl-2–100nM/20nM;生物素-6xHis(BH3/Bcl-2 AlphaLISA的内部对照)–10
分析测试
溶解度是由Broad研究所的分析小组在PBS缓冲液中测量的,或者由UT西南医学中心的临床前药理核心实验室在AlphaLISA反应缓冲液中测量的。为了测量在PBS缓冲液中的溶解度,每种化合物都在100%DMSO和含1%DMSO的PBS中以100μM一式三份制备。使化合物在室温下以750rpm的涡旋振荡平衡18小时。平衡后,通过UPLC-MS(Waters,Milford,MA)对样品进行分析,并在单四极杆质谱仪上通过SIR检测来检测化合物。DMSO样品用于创建两点校准曲线,PBS中的响应拟合到该两点校准曲线。为了测量在AlphaLISA反应缓冲液中的溶解度,将每种化合物在玻璃小瓶中在含0.5%BSA和1mM DTT的PBS中以1mM一式三份制备。将小瓶在定轨振荡器上剧烈振荡(250rpm)18h。将样品置于特氟隆eppendorf管中,并以16,100xg离心10分钟。收集上清液,并通过Qtrap 3200LC-MS/MS系统进行分析。
在人血浆和小鼠血浆中,在37℃下测定5小时的血浆稳定性。每种化合物均在用PBS pH 7.4(0.95%乙腈,0.05%DMSO)以50/50(v/v)稀释的血浆中以5μM一式两份制备。用350-rpm的定轨振荡器将化合物在37℃下孵育5小时,取样时间点分别为0小时和5小时。通过UPLC-MS(Waters,Milford,MA)对样品进行分析,并在单四极杆质谱仪上通过SIR检测来检测化合物。
在人和小鼠微粒体中,在37℃下,60分钟内测定了微粒体稳定性。每种化合物均用0.3mg/mL微粒体的PBS pH 7.4(1%DMSO)溶液以1μM一式两份制备。用350rpm的定轨振荡器将化合物在37℃下孵育60分钟,取样时间点为0分钟和60分钟。通过UPLC-MS(Waters,Milford,MA)对样品进行分析,并在单四极杆质谱仪上通过SIR检测来检测化合物。
NMR光谱实验
NMR数据是使用在Broad研究所的装有低温QCI冷冻探针的BrukerAvance III HD600MHz光谱仪获得的。在化合物不存在或存在的情况下,在25℃下收集2D 15N-1H HSQC和TROSY光谱。NMR样品由90%H2O/10%D2O的25mM HEPES(pH 7.5)溶液、150mM NaCl和0.5mMTCEP组成。对于使用ABT-737、ABT-199、ABT-263、SW063058、SW076956和BRD1991进行的化学位移扰动实验,将等分试样滴定到15N标记的Bcl-2/-xL中,并在25℃下收集2D 15N-1H HSQC和TROSY光谱。如前所述进行Bcl-2/-xL的化学位移归属。48使用SPARKY软件分析所有NMR数据。
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活性化合物
Figure BDA0002926985370000351
Figure BDA0002926985370000361
Figure BDA0002926985370000371
Figure BDA0002926985370000381
Figure BDA0002926985370000391
Figure BDA0002926985370000401
Figure BDA0002926985370000411
Figure BDA0002926985370000421
Figure BDA0002926985370000431
Figure BDA0002926985370000441
Figure BDA0002926985370000451
Figure BDA0002926985370000461
Figure BDA0002926985370000471
Figure BDA0002926985370000481
Figure BDA0002926985370000491
Figure BDA0002926985370000501
Figure BDA0002926985370000511
Figure BDA0002926985370000521
Figure BDA0002926985370000531
Figure BDA0002926985370000541
SAR:在R1范围内保持活性
Figure BDA0002926985370000551
Figure BDA0002926985370000561
Figure BDA0002926985370000571
SAR:在R3范围内保持活性
Figure BDA0002926985370000572
Figure BDA0002926985370000581
AR:在R4范围内保持活性
Figure BDA0002926985370000591

Claims (20)

1.一种选择性诱导自噬的方法,包括用包含结构I的化合物或其盐、水合物或立体异构体,或本文公开的化合物的药物组合物治疗有需要的人:
Figure FDA0002926985360000011
其中
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;或
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R3是0个取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基,或
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R4是H;
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化;
其中R4和R5可以连接在杂环中。
2.权利要求1所述的方法,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;和
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基。
3.权利要求1所述的方法,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;或
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基。
4.权利要求1所述的方法,其中:
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;和
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化。
5.权利要求1所述的方法,其中:
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0个取代基;
R4是H;和
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化。
6.一种选择性抑制Beclin 1 BH 3结构域与抗凋亡Bcl-2 BH3结构域的结合但不抑制促凋亡Bax BH3结构域或促凋亡Bim BH3蛋白与Bcl-2 BH3结构域的结合的方法,包括用包含结构I的化合物或其盐、水合物或立体异构体,或本文公开的化合物的药物组合物治疗有需要的人:
Figure FDA0002926985360000041
其中
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;或
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R3是0个取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基,或
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R4是H;
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化;
其中R4和R5可以连接在杂环中。
7.权利要求6所述的方法,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;和
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基。
8.权利要求6所述的方法,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;或
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基。
9.权利要求6所述的方法,其中:
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;和
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化。
10.权利要求6所述的方法,其中:
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0个取代基;
R4是H;和
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化。
11.一种配制用于向有需要的人给药的药物组合物,其包含结构I的化合物或其盐、水合物或立体异构体,或本文公开的化合物:
Figure FDA0002926985360000081
其中
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;或
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R3是0个取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基,或
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R4是H;
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化;
其中R4和R5可以连接在杂环中。
12.权利要求11所述的组合物,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;和
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基。
13.权利要求11所述的组合物,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;或
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基。
14.权利要求11所述的组合物,其中:
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;和
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化。
15.权利要求11所述的组合物,其中:
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0个取代基;
R4是H;和
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化。
16.一种结构I的化合物或其盐、水合物或立体异构体,或本文公开的化合物,其不包括文库化合物SW076956:
Figure FDA0002926985360000111
其中
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;或
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;或
R3是0个取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基,或
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R4是H;
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;或
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化;
其中R4和R5可以连接在杂环中。
17.权利要求16所述的化合物,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基;
R2是0-5个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R3是0-4个独立地选自任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基的取代基;
R4是H,任选取代的杂原子,或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基;和
R5是任选取代的杂原子或任选取代的、任选含杂原子的、任选环状的C1-C10烃基。
18.权利要求16所述的化合物,其中:
R1是任选取代的C5或C6芳基或杂芳基,所述杂芳基具有1-3个选自N、O和S的杂原子;
R2是0-5个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R3是0-4个独立地选自卤素、酰胺基、胺基、亚胺基、酰亚胺基、硝基、亚硝基、硝酸根、亚硝酸根、氰基、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基的取代基;
R4是H、羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基;或
R5是羟基或烃氧基、或醛基、酮基、羧基、醚基、酯基、烷基、烯基、炔基、亚磺酰基、磺酰基。
19.权利要求16所述的化合物,其中:
R1是任选取代的吡咯、呋喃、噻吩、咪唑、吡唑、噁唑、异噁唑、噻唑、异噻唑、三唑、呋咱、噁二唑、噻二唑、二噁唑、二噻唑、吡啶、吡喃、噻喃、二嗪、噁嗪、噻嗪、二噁英、二噻英和三嗪酮;
R2是0-5个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R3是0-4个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的取代基,其各自任选地被氟化;
R4是H或C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化;和
R5是C1-C4烷基(Me、Et、cPr、iPr、cBu、tBu)、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基,其各自任选地被氟化。
20.权利要求16所述的化合物,其中:
R1是任选取代的2-或3-呋喃基或苯基,2、3或4-吡啶;
R2是1个选自卤素、NO2、N、C1-C4烷基、C1-C4烷氧基、C1-C4羰基、C1-C4羧基、C1-C4氰基、C1-C4亚磺酰基、C1-C4磺酰基的对位取代基,其各自任选地被氟化,优选甲基或氟化甲基;
R3是0个取代基;
R4是H;和
R5是磺酰基或酯基、SO2R或CO2R,其中R是C1-C4烷基,其任选地被氟化。
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