CN112500460A - 调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1及其应用 - Google Patents

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CN112500460A CN202011292545.6A CN202011292545A CN112500460A CN 112500460 A CN112500460 A CN 112500460A CN 202011292545 A CN202011292545 A CN 202011292545A CN 112500460 A CN112500460 A CN 112500460A
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Abstract

本发明公开了一种调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1及其应用。调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1,野生型OsABCC1基因的第十个外显子后第一个碱基发生可变剪切突变,即ATG下游第2261核苷酸处碱基由野生型的G突变为A,使对应的编码核苷酸序列中第1116‑1131个核苷酸缺失,导致突变体在第372‑382个氨基酸发生缺失和改变,并在第383个氨基酸处翻译提前终止,编码核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,突变体hca1的水稻籽粒中镉砷含量均高于野生型水稻籽粒中的镉砷含量。所述的突变基因OsABCC1编码的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。所述的突变基因OsABCC1的应用,使水稻包含所述的突变基因OsABCC1;或使水稻包含所述的突变基因OsABCC1的编码氨基酸。本发明获得的突变体材料hca1的籽粒中镉和砷含量分别增加1倍和5倍左右。

Description

调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1及其应用
技术领域
本发明属于作物遗传育种领域,具体涉及了一种调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1及其应用。
背景技术
镉(Cadmium,Cd)和砷(Arsenic,As)是影响我国农用地土壤环境质量的首要污染物,对动植物具有强烈毒害作用。水稻作为我国最主要的粮食作物,与小麦、玉米等旱粮作物相比,水稻对镉砷的吸收与富集能力更强,对水稻高食用量人群构成潜在健康风险。农田重金属污染治理有利于降低其植物有效性,阻控重金属向水稻籽粒转运,保障农业正常生产和稻米质量安全。其中,植物修复技术是一项新兴的高效治理农田污染的绿色可持续发展生物修复途径,该技术主要利用超累积植物(如遏蓝菜、伴矿景天和蜈蚣草等)对重金属元素的超富集能力去除环境中的污染物,达到污染物治理和生态修复目的。植物修复技术的关键是深入理解植物对重金属的吸收积累分子机制,寻找合适的有特殊富集能力的植物种或基因型,结合基因工程改造技术,提高植物修复效率。
植物分子遗传学在作物重金属积累相关基因的挖掘和分子遗传机理研究等方面的应用,为镉砷污染土壤的植物修复工作提供新思路。近年来,随着对水稻中重金属积累机制的研究不断加深,大量参与水稻镉和砷吸收、转运、代谢基因相继被发掘出来。Sasaki等人和Ishimaru等人分别采用反向和正向遗传学方法在水稻中克隆到OsNRAMP5基因,对OsNRAMP5的作用机制研究结果表明,镉与Mn2+、和Fe2+等二价金属离子一起经根部OsNRAMP5吸收并向上转运,该基因突变可大幅降低水稻根系对Cd2+的吸收,进而降低籽粒中的镉含量,应用于低镉水稻育种。Cd2+通过植物根部吸收进入植物体内后通常被区隔化到液泡中。Ueno等人和Miyadate等人分别通过QTL定位克隆到在水稻第7号染色体上的重金属ATP酶基因OsHMA3,该基因功能负责将镉储存到液泡中。水稻多种OsHMA3基因功能丧失的突变体,都表现出地上部和籽粒镉含量的升高,而通过强启动子驱动其过量表达,可以将镉截留在根部液泡中,从而减少镉向地上部的运输和在籽粒的积累。虽然OsNRAMP5的功能缺失和过量表达OsHMA3可以有效降低籽粒镉的积累,但是污染农田中的镉仍然滞留于农田土壤中。Luo克隆到了一个特异调控镉在水稻叶片中积累的主效QTL基因CAL1,该基因编码一个定位在细胞壁上植物防御素类似蛋白,可定向调控镉在叶片等营养器官的积累而不影响籽粒中镉的积累,可以应用于培育秸秆镉高积累而籽粒镉含量达标的“修复型”水稻品种。其他OsNRAMPsOsHMAsOsIRTs等家族基因也均被报道不同程度参与调控水稻对镉的积累。与此同时,植物对砷的吸收积累机制也取得显著进展。水稻通过不同机制吸收不同形态的砷,在氧化和还原条件下,水稻根系分别通过细胞膜上的磷酸盐转运子(OsPHTs)和水通道蛋白(OsNIPs)吸收As(Ⅴ)和As(Ⅲ)。而大多数的植物能够将 As(V) 还原为As(III),最近 Chao等人和 Sánchez -Bermejo 等人在拟南芥中克隆了根系砷酸还原酶基因HAC1ATQ1,随后在水稻中相继克隆得到多个砷酸还原酶基因OsHAC1;1OsHAC1;2OsHAC4。还原的As(III)与植物螯合态螯合,随后经OsABCC1编码的ATP 结合盒(ABC)转运蛋白运输到液泡中,从而阻控砷向籽粒中转运。Song等人和Park等人对拟南芥中的AtABCC1AtABCC2功能研究表明,这两个转运蛋白同时参与调控拟南芥对镉和砷的转运积累,过表达或敲除其他植物液泡上ABCC转运体,可能有助于植物修复或减少可食器官中镉砷的积累。然而,目前关于ABCC基因家族在参与水稻镉砷转运积累的机制研究较少。
发明内容
为了克服现有技术的不足,本发明的目的是提供一种调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1及其应用。
一种调控水稻镉砷的突变基因OsABCC1,野生OsABCC1基因的第十个外显子后第一个碱基发生可变剪切突变,即ATG下游第2261核苷酸处碱基由野生型的G突变为A,使对应的编码核苷酸序列中第1116-1131个核苷酸缺失,导致突变体在第372-382个氨基酸发生缺失和改变,并在第383个氨基酸处翻译提前终止,编码核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,突变体hca1的水稻籽粒中镉砷含量均高于野生型水稻籽粒中镉砷含量。
所述的突变基因OsABCC1的编码氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。
所述的突变基因OsABCC1的应用,使水稻包含所述的突变基因OsABCC1;或使水稻包含所述的突变基因OsABCC1的编码氨基酸。
所述的应用,应用方式包括转基因、杂交、回交或无性繁殖中的一种或者多种。
一种表达盒或重组载体,含有所述的突变基因OsABCC1
本发明有益效果:
本发明获得的突变体材料hca1的籽粒中镉和砷含量分别增加了80%和500%左右。因此,突变体hca1OsABCC1基因突变方式对籽粒镉砷积累影响显著,可在后续深入探讨镉砷积累分子机制和镉砷超富集植物研究中发挥显著效果。
附图说明
图1是镉砷高积累突变体(hca1)与野生型(日本晴)植株的农艺性状比较;
图2是2017-2019年,野生型(日本晴)和突变体(hca1)糙米中的镉和砷含量;
图3是OsABCC1基因的图位克隆。
具体实施方式
以下结合附图和实施例对本发明做进一步的说明。
本发明以粳稻(Oryza_japonica)日本晴为野生型种子(M0代)并进行EMS诱变处理,种植处理的种子获得M1代植株。M1代植株自交产生种子(M2代),在田块上种植M2代植株,收获的水稻籽粒脱壳后,用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)测定糙米中的镉和砷含量,筛选镉砷高积累植株。将获得的水稻镉砷高积累株系进一步自交筛选,并在不同稻田种植验证,获得了一个稻米镉砷积累量高、能稳定遗传的突变纯合单株,命名为hca1(highcadmium and arsenic mutant 1),并用于重金属污染植物修复和分子机制研究。
水稻镉砷高积累突变体hca1,所述突变位点位于水稻OsABCC1基因起始密码子ATG下游2261位核苷酸处,该位点野生型的G突变为A,引起对应CDS序列中第1116-1131个核苷酸缺失,导致突变体在第372-382个氨基酸发生缺失和改变,并在第383个氨基酸处翻译提前终止,导致hca1突变体中OsABCC1转运蛋白的蛋白结构域(PFAM)被破坏,丧失对Cd-PC或As-PC复合物的转运活性,最终导致水稻籽粒中镉砷含量显著高于野生型水稻籽粒的镉砷含量。
水稻镉砷高积累突变体hca1,其突变基因OsABCC1核苷酸编码序列如SEQ ID No.1所示,其氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。
一、水稻镉砷高积累突变体获取过程:
将常规水稻野生型种子500g(此为M0),清水浸种12小时,用1.0%的甲磺酸乙酯(EMS)室温浸泡处理8小时,期间搅拌,弃去EMS处理液并用清水冲洗4小时。经诱变处理的种子,经浸种、催芽后播种,25d秧龄后单本移栽,按常规肥水管理(此为M1)。成熟时,根据结实率状况每株收获1~3穗,共收获6900个株。每株取1粒,混合成M2种子。
次年,M2种子浸种、催芽后播种,25d秧龄单本移栽于同一田块(土壤总镉1.5 mg/kg,土壤总砷8.5 mg/kg,pH5.4),按常规肥水管理。成熟后单株收获,共收获2628株。收获后的水稻籽粒脱壳后,用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)测定糙米中的镉砷等元素的含量。从中获得了一个水稻镉砷高积累材料,其糙米镉和砷含量分别为2.22mg/kg和0.158mg/kg,而对应的野生型品种糙米镉和砷含量分别为1.30mg/kg和0.035 mg/kg。
为验证该材料高镉砷表型的遗传稳定性,实验将获得的水稻镉砷高积累材料种子于次年浸种、催芽后播种,25d秧龄单本移栽18株于田块中,按常规肥水管理。成熟后单株收获,共收获18株。收获后的水稻籽粒脱壳后,用ICP-MS测定糙米中的镉和砷含量。结果表明,筛选出的18株突变体材料糙米中镉和砷含量范围分别为1.73-2.34mg/kg和0.97-1.08mg/kg,明显高于野生型中的镉(0.99mg/kg)和砷(0.19mg/kg)。
将其中的1个镉砷高积累株系进一步自交筛选,并在浙江富阳、常安2个镉砷污染稻田种植验证,获得了一个稻米镉砷高积累、能稳定遗传的突变株,命名为hca1 (highcadmium and arsenic mutant 1)。
二、镉砷高积累突变体hca1的镉砷积累特性
在普通稻田种植下,镉砷高积累突变体hca1的结实率和每穗粒数低于野生型日本晴,而其他株高、有效分蘖数等主要农艺性状均与相比野生型无显著差异(见图1)。
连续三年在杭州富阳常安的稻田种植,结果均显示突变体hca1糙米中的镉和砷含量分别为野生型的2倍和5左右,表明突变体材料hca1具有镉砷高积累的特性,详细结果如图2所示。
三、镉砷高积累突变体hca1突变基因的确定
将镉砷高积累突变体hca1品种与野生型(日本晴)进行杂交,所有F1植株籽粒中的镉和砷含量分别为1.31mg/kg和0.16mg/kg,与日本晴含量接近,均表现正常镉砷积累特性。所以推断该镉砷高积累表型由隐性核基因控制。当年冬季在海南将F1代自交,获得F2代群体继续随机选取约400粒F2代种子,经浸种、催芽后,播种于漂浮在含10 μM镉和砷的水培营养池筛网中,一周后收获单株收获幼苗,统计根长和根系中的镉和砷含量。在388株F2分离群体中镉砷在根系中正常积累和高积累单株呈典型的3:1(c2=2.51<c20.05=3.84)分离,表明水稻hca1突变体的特殊性状受隐性单基因控制。
进一步选择突变体hca1与籼稻品种南京11构建杂交组合F1,并自交获得F2分离群体作为定位群体。选择根长和根系镉砷含量与突变体表型一致的植株叶片,用SDS法提取DNA,存于4℃冰箱待用。利用2005年《Nature》上公布的SSR标记信息,选取556对均匀分布于水稻12条染色体上的SSR标记对亲本突变体hca1和南京11进行引物多态性筛选,从中筛选出158对具有较好多态性、在12条染色体上均匀分布的引物进行初步定位分析。利用45个极端单株将该基因初步定位在第4染色体(Chr4)的4-35和4-37中间(图3 部分a)。在这两个标记间的区域,开发新的InDel标记,同时进一步扩大定位所需的极端单株至216株,最终将OsABCC1基因定位于Ind9和Ind17之间,物理距离为223kb。
Genome Annotation Project Database(http://rice.plantbiology.msu.edu/)上对223kb区间进行基因预测,并分别使用野生型和突变体hca1的DNA对该区间的基因进行测序。比对结果发现,在LOC_Os04g52900基因(OsABCC1)的第十个外显子的后第一个碱基发生单碱基替换(图3部分b),造成可变剪切,使突变体中该基因CDS序列上的第1116-1131缺失(图3部分c),导致突变体在第372-782个氨基酸发生缺失和改变,并在第383个氨基酸处翻译提前终止,使hca1突变体中OsABCC1转运蛋白的蛋白结构域(PFAM)被破坏(图3部分d,图3部分e)。此外,其他ORF的测序比对结果表明,野生型与hac1突变体在该区内的其他ORFs上没有检测到任何碱基序列的差异。因此,基因LOC_Os04g52900OsABCC1)被确认为目的基因。
序列表
<110> 中国水稻研究所
<120> 调控水稻镉砷积累的突变基因OsABCC1及其应用
<141> 2020-11-18
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 4871
<212> DNA
<213> 粳稻日本晴(Oryza japonica)
<400> 1
atgggttttg atccactgga atggtactgc cagccggtca atggcggggt gtggtcagat 60
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<210> 2
<211> 382
<212> PRT
<213> 粳稻日本晴(Oryza japonica)
<400> 2
Met Gly Phe Asp Pro Leu Glu Trp Tyr Cys Gln Pro Val Asn Gly Gly
1 5 10 15
Val Trp Ser Asp Val Glu Asn Ala Phe Gly Ala Tyr Thr Pro Cys Gly
20 25 30
Thr Glu Thr Leu Val Val Cys Ile Ser Tyr Phe Ala Leu Phe Gly Val
35 40 45
Cys Phe Tyr Arg Ile Trp Arg Thr Thr Arg Asp Tyr Thr Val Gln Arg
50 55 60
Tyr Lys Leu Arg Ser Pro Tyr Tyr Asn Tyr Met Leu Gly Leu Leu Val
65 70 75 80
Val Leu Cys Ile Ala Glu Ser Leu Tyr Arg Ile Ala Thr Gly Thr Ser
85 90 95
Ile Met Asn Leu Asp Gly Glu Thr Ser Leu Ala Pro Phe Glu Val Thr
100 105 110
Ser Ser Ile Ile Glu Ile Ala Ala Trp Cys Cys Met Leu Val Met Ile
115 120 125
Ala Leu Glu Thr Arg Ile Tyr Ile Tyr Glu Phe Arg Trp Tyr Ile Arg
130 135 140
Phe Val Val Ile Tyr Ile Leu Val Gly Glu Ala Ala Met Phe Asn Leu
145 150 155 160
Val Leu Ser Val Arg Gln Tyr Tyr Ser Ser Ser Ser Ile Phe Tyr Leu
165 170 175
Tyr Cys Ser Glu Ile Ile Phe Lys Leu Leu Phe Gly Ile Leu Met Val
180 185 190
Val Tyr Leu Pro Ser Leu Asp Ser Tyr Pro Gly Tyr Thr Pro Val Arg
195 200 205
His Glu Ala Leu Val Asp Asn Thr Asp Tyr Glu Pro Leu Pro Gly Gly
210 215 220
Glu Gln Ile Cys Pro Glu Arg His Ala Asn Ile Phe Ser Arg Ile Phe
225 230 235 240
Phe Ser Trp Met Thr Pro Leu Met Gln Gln Gly Phe Lys Arg Pro Ile
245 250 255
Thr Asp Lys Asp Ile Trp Lys Leu Asp Ser Trp Asp Glu Thr Glu Thr
260 265 270
Leu Tyr Asn Arg Phe Gln Lys Cys Trp Asn Asn Glu Leu Gln Lys Pro
275 280 285
Lys Pro Trp Leu Leu Arg Ala Leu His Ser Ser Leu Gly Gly Arg Phe
290 295 300
Trp Leu Gly Gly Phe Phe Lys Ile Gly Asn Asp Ala Ser Gln Phe Val
305 310 315 320
Gly Pro Leu Ile Leu Asn Leu Leu Leu Glu Ser Met Gln Lys Gly Asp
325 330 335
Pro Ser Trp Ser Gly Tyr Ile Tyr Ala Phe Ser Ile Phe Ala Gly Val
340 345 350
Ser Leu Gly Val Leu Ser Glu Ala Gln Tyr Phe Gln Asn Val Met Arg
355 360 365
Thr Gly Phe Arg Ser Gln Leu Phe Ser Val Ser Leu Cys Asp
370 375 380

Claims (5)

1.一种调控水稻镉砷的突变基因OsABCC1,其特征在于,野生型OsABCC1基因的第十个外显子后第一个碱基发生可变剪切突变,即ATG下游第2261核苷酸处碱基由野生型的G突变为A,使对应的编码核苷酸序列中第1116-1131个核苷酸缺失,导致突变体在第372-382个氨基酸发生缺失和改变,并在第383个氨基酸处翻译提前终止,编码核苷酸序列如SEQ IDNo.1所示,突变体hca1的水稻籽粒中镉砷含量均高于野生型水稻籽粒中镉砷含量。
2.如权利要求1所述的水稻镉砷高积累突变体hca1的突变基因OsABCC1,其特征在于,所述的突变基因OsABCC1的编码氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。
3.一种如权利要求1所述的突变基因OsABCC1的应用,其特征在于,使水稻包含如权利要求1中所述的突变基因OsABCC1;或使水稻包含如权利要求2中所述的突变基因OsABCC1的编码氨基酸。
4.如权利要求3所述的应用,其特征在于,应用方式包括转基因、杂交、回交或无性繁殖中的一种或者多种。
5.一种表达盒或重组载体,其特征在于,含有如权利要求1中所述的突变基因OsABCC1
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