CN112159841B - 基于cox10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒 - Google Patents

基于cox10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种基于COX10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒。本发明的试剂盒中包含的特异性引物对是针对COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点而设计，能特异性扩增出包含该位点的DNA片段并通过检测不同长度片段在毛细管电泳中的迁移率来识别不同基因型，结合病例对照研究发现，可认为被检测DNA的COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点携带有缺失型等位基因者为SCD易感型。因此，该技术通过检测个体的COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点的基因型，可以起到预测个体SCD的易感性的作用。

Description

基于COX10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检 测试剂盒
技术领域
本发明涉及一种基于COX10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒，属于检测技术领域。
背景技术
心源性猝死(sudden cardiac death，SCD)是指由心脏原因引起的突发性的非预料死亡，表现为短期内发生的突发意识丧失及循环、呼吸骤停。“短期”规定为有目击者情况下小于1小时内，无目击者时则为24小时。流行病学表明，中国每年每10万人中有40.7人死于SCD，考虑到我国庞大的人口基数，SCD病例数量十分庞大。以往大量研究表明，SCD的死因多为冠状动脉粥样硬化性心脏病或致命性心律失常。前者多见于高龄人群，后者则多见于年轻人。考虑到死后的尸体解剖和组织学检查难以找到准确的死因，为了能准确诊断SCD，揭开SCD发生的分子机制、寻找SCD的遗传标记迫在眉睫。
过去针对SCD诊断领域的研究主要集中于对重要蛋白编码基因的编码区突变与猝死的关联性分析，然而相关的突变不仅数量有限，普通群体极低的基因频率难以完全解释相对而言较高的猝死发生率。随着全基因组关联研究及二代测序技术的发展，越来越多的遗传标记被发现参与SCD的调控。SCD遗传标记的识别能够进一步深入了解其潜在机制，优化SCD的风险分层，并为分子诊断和预防提供强有力的理论依据。考虑到3'UTR对基因表达起到重要的调控作用，我们把目光投向了这片区域内的遗传多态，通过病例对照研究分析相关基因中3'UTR的遗传多态性与SCD的易感性之间的关联，为建立可用于SCD风险评估的基因多态性检测体系提供了可能。
细胞色素c氧化酶组装因子血红素A：法尼基转移酶COX10(cytochrome coxidaseassembly factor heme A:farnesyltransferase COX10)，是细胞核基因转录的线粒体氧化呼吸链上的功能性亚基，是血红素A辅基生成的关键酶。有研究表明其蛋白表达异常可导致体内能量生成障碍，影响心肌细胞的收缩功能,进而导致一系列的心脏功能改变。
现有技术中，并没有对rs397763766插入缺失多态与SCD相关性的研究报道，也没有通过检测COX10基因3'UTR的插入缺失多态位点来预测SCD的易感性的相关报道。
发明内容
为解决上述问题，本发明基于COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点的多态性可用于评估个体患SCD的易感性，提供一种检测SCD易感性的试剂盒。
本发明的第一个目的是提供一种基于COX10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒，所述的试剂盒用于检测COX10基因的rs397763766位点的基因型。
进一步地，所述的心源性猝死易感性检测试剂盒包括用于检测COX10基因的rs397763766位点的特异性引物对，以及用于PCR扩增和毛细管电泳的组件。
进一步地，所述特异性引物对包括有义引物和反义引物，有义引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，反义引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示：
SEQ ID No.1：5’-CCCCACCCCATTACTGTACC-3’；
SEQ ID No.2：5’-CCCAGCACACCCTTCTTCCT-3’。
进一步地，所述的有义引物的Tm值为62℃，所述的反义引物的Tm值为62℃。
进一步地，所述的特异性引物对的5’端设有荧光标记。
本发明中，荧光标记的特异性引物是针对COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点而设计，能特异性扩增出包含该插入缺失的片段，通过荧光标记技术将荧光染料标记在寡核苷酸引物的5’端，PCR扩增后产物的一条链均携带标记引物的荧光染料。实验原理本领域技术人员能理解，特异性引物对可用常规的合成技术合成。优选的技术方案中，所述检测SCD的试剂盒包含有SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示序列的引物对，但本发明的引物不限于这对引物。
进一步地，所述的PCR扩增和毛细管电泳的组件包括：Taq DNA聚合酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、PCR反应缓冲液和去离子水。
进一步地，所述的心源性猝死易感性检测试剂盒具体包括50μM特异性引物对，2.5U/μl Taq DNA聚合酶；2.5mM dNTP混合液；25mM MgCl2溶液；10×PCR反应缓冲液；去离子水。
进一步地，PCR扩增产物通过毛细管电泳对基因型进行分析。
本发明的第二个目的是提供所述的心源性猝死易感性检测试剂盒在检测COX10基因的rs397763766位点基因型的应用。
进一步地，所述的应用是采用荧光标记PCR扩增获得PCR扩增产物，扩增产物通过毛细管电分型法进行基因型分析。
通过分子生物学研究发现COX10基因的3'UTR中的一个插入缺失多态rs397763766的不同等位基因型可影响COX10基因转录活性，携带缺失型等位基因的个体COX10的转录活性相对较高；此外，通过一定规模人群的SCD病例对照研究发现，该插入缺失多态的缺失型等位基因与SCD发生呈正相关，即使在调整年龄、性别等因素后，这种相关性仍然存在。因此认为这个插入缺失多态可用于评估个体患SCD的易感性。
本发明的有益效果：
本发明的试剂盒中包含的特异性引物对是针对COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点而设计，能特异性扩增出包含该位点的DNA片段并通过检测不同长度片段在毛细管电泳中的迁移率来识别不同基因型，结合病例对照研究发现，可认为被检测DNA的COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点携带有缺失型等位基因者为SCD易感型。因此，该技术通过检测个体的COX10基因上的rs397763766号插入缺失位点的基因型，可以起到预测个体SCD的易感性的作用。本课题组首次证实位于COX10基因的3'UTR中的一个二碱基(CT)插入缺失多态(rs397763766)与患SCD风险性存在显著性关联；该多态在亚洲人群中的频率分布为插入型0.62，缺失型0.38。
附图说明
图1为基因测序图示和SDS-PAGE凝胶电泳分型图示。
具体实施方式
下面结合具体实施例对本发明作进一步说明，以使本领域的技术人员可以更好地理解本发明并能予以实施，但所举实施例不作为对本发明的限定。
实施例1：检测试剂盒的使用
步骤1：DNA模板的抽取
使用血液基因组DNA提取系统(非离心柱型)提取外周血的基因组DNA.
步骤2：PCR反应-目的片段的复制
使用可检测SCD易感性的PCR检测试剂盒，其中，含有下列引物：
SEQ ID No.1：5’-CCCCACCCCATTACTGTACC-3’，Tm值为62℃；
SEQ ID No.2：5’-CCCAGCACACCCTTCTTCCT-3’，Tm值为62℃；
该引物对可特异性地扩增COX10基因中包含rs397763766号插入缺失位点多态性的片段。
PCR反应体系总体积为10ul，中包括：1μl DNA模板，50μM特异性引物对两条各0.04μl，2.5U/μl Taq DNA聚合酶0.08μl；2.5mM dNTP混合液0.2μl；25mM MgCl2溶液0.6μl；10×PCR反应缓冲液1μl；去离子水补足；在Eppendorf Mastercycler nexus PCR扩增仪上进行反应，反应条件是：94℃3min；再进行30个PCR循环：94℃30s，62℃30s，72℃1min；最后72℃5min。
步骤3：插入缺失基因型分析
扩增结束后产物采用ABI 3500基因测序仪进行毛细管电泳分离从而得到检测个体的基因型，并由专业人员提供解释。
对照组与SCD病例组在该位点的基因频率差异与患病风险OR值见表1。
基因测序图示和SDS-PAGE凝胶电泳分型图示见图1。其中图1A为模板链测序结果示例，下划线处对应编码链在rs397763766处的二碱基插入缺失；图1B为对14个来自不同个体的DNA样本使用本发明的PCR扩增体系得到产物电泳示意图，2、6为缺失型纯合子，3、8、10、11为插入型纯合子，其余为杂合子。
表1多态位点rs397763766和SCD风险性之间的关联
Figure GDA0003384703170000051
注：a根据年龄性别校正.OR:似然比(风险率)；CI：置信区间
如表1所示，在共显性模型中，在95％置信区间内，基因型为缺失/缺失型的个体发生SCD的风险是插入/插入型的个体的2.67倍，基因型为插入/缺失型的个体发生SCD的风险则是插入/插入型的个体的1.71倍；显性模型中，基因型为插入/缺失或缺失/缺失型的个体发生SCD的风险是插入/插入型个体的1.93倍；最后，加性模型分析显示，携带缺失型等位基因的个体发生SCD的风险是携带插入型等位基因个体的1.61倍。
以上所述实施例仅是为充分说明本发明而所举的较佳的实施例，本发明的保护范围不限于此。本技术领域的技术人员在本发明基础上所作的等同替代或变换，均在本发明的保护范围之内。本发明的保护范围以权利要求书为准。
序列表
<110> 苏州大学
<120> 基于COX10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒
<160> 2
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> （人工序列）
<400> 1
ccccacccca ttactgtacc 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> （人工序列）
<400> 2
cccagcacac ccttcttcct 20

Claims (6)

1.一种基于COX10基因插入缺失多态性位点的心源性猝死易感性检测试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒用于检测COX10基因的rs397763766位点的基因型；
所述的心源性猝死易感性检测试剂盒包括用于检测COX10基因的rs397763766位点的特异性引物对，以及用于PCR扩增和毛细管电泳的组件；
所述特异性引物对包括有义引物和反义引物，有义引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，反义引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示：
SEQ ID No.1：5’- CCCCACCCCATTACTGTACC -3’；
SEQ ID No.2：5’- CCCAGCACACCCTTCTTCCT -3’。
2.根据权利要求1所述的心源性猝死易感性检测试剂盒，其特征在于，所述的有义引物的Tm值为62 ℃，所述的反义引物的Tm值为62 ℃。
3.根据权利要求1所述的心源性猝死易感性检测试剂盒，其特征在于，所述的特异性引物对的5’端设有荧光标记。
4.根据权利要求1所述的心源性猝死易感性检测试剂盒，其特征在于，所述的PCR扩增和毛细管电泳的组件包括：Taq DNA聚合酶、dNTP混合液、MgCl2溶液、PCR反应缓冲液和去离子水。
5.根据权利要求1所述的心源性猝死易感性检测试剂盒，其特征在于，所述的心源性猝死易感性检测试剂盒具体包括50μM特异性引物对，2.5U/μl Taq DNA聚合酶；2.5mM dNTP混合液；25 mM MgCl2溶液；10×PCR反应缓冲液；去离子水。
6.根据权利要求1所述的心源性猝死易感性检测试剂盒，其特征在于，PCR扩增产物通过毛细管电泳对基因型进行分析。
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Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106367482A (zh) * 2016-08-26 2017-02-01 苏州大学 插入/缺失多态性位点在检测不明原因猝死试剂盒中的应用
CN107858423A (zh) * 2017-12-22 2018-03-30 苏州大学 用于诊断/预测心源性猝死的试剂盒

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20070134709A1 (en) * 2005-12-14 2007-06-14 Xiping Xu Usages of MTHFR gene polymorphisms in predicting homocysteine level, disease risk, and treatment effects and related methods and kit
CN103757091B (zh) * 2013-09-13 2016-09-07 广州市体育科学研究所 心源性猝死快速基因检测试剂盒及检测方法
CN104561310B (zh) * 2015-01-04 2019-02-05 西安百思达生物科技有限公司 心源性猝死突变基因检测试剂盒
CN106868126B (zh) * 2017-02-20 2020-06-19 深圳美因医学检验实验室 荧光定量pcr检测试剂盒及检测方法
CN109652531A (zh) * 2019-01-11 2019-04-19 中国人民解放军总医院 一种用于检测遗传性心肌病/心律失常的致病/易感基因的探针组

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN106367482A (zh) * 2016-08-26 2017-02-01 苏州大学 插入/缺失多态性位点在检测不明原因猝死试剂盒中的应用
CN107858423A (zh) * 2017-12-22 2018-03-30 苏州大学 用于诊断/预测心源性猝死的试剂盒

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Reference SNP (refSNP) Cluster Report: rs397763766;NCBI;《dbSNP》;20170227;GeneView、Submitter records及Fasta sequence部分 *

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