CN111560422A - 一种靶向测序试剂盒和方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照,试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂,DNA聚合酶浓度为13μM,dNTP酶浓度为140μM,待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品,组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片。该靶向测序试剂盒和方法与传统的一代测序、全基因组测序以及全外显子测序相比具特异性强、实验周期短及DNA低起始量等优势,且目标区域测序能够获得更深的覆盖度和更高的数据准确性,提高了对目标区域的检测效率。同时缩短了研究周期、降低了测序成本,适合对大量样本进行研究,有助于发现和验证疾病相关的候选基因或相关位点。
Description
技术领域
本发明属于生物基因检测技术领域,具体涉及一种靶向测序试剂盒和方法。
背景技术
靶向测序,也称目标区域测序,是利用PCR或探针杂交的方法对感兴趣的基因组区域进行捕获和富集并进行高通量测序的一种技术手段,它能针对目的基因区域进行遗传变异位点检测,获得指定目标区域的变异信息。
目前,分子生物学中基因突变检测的方法主要有一代测序(Sanger)、高通量测序技术(NGS)、实时荧光PCR(RQ-PCR)、数字PCR等,而高通量靶向测序技术主流的又以多重PCR的靶向测序和捕获探针的靶向测序为主。与一代(Sanger)测序技术相比,多重PCR的靶向测序技术具有更高的灵敏度,并且能够定量检测出基因突变负荷率;与捕获探针的靶向测序相比,多重PCR的靶向测序技术文库构建流程更加简单,能提供更经济、快速的测序方案,而实时荧光PCR(RQ-PCR)及数字PCR大多数是针对基因中已知突变位点的进行检测,并且实验过程中引物探针费用较高,做多基因突变筛查可行性较差。
发明内容
本发明的目的在于提供一种靶向测序试剂盒和方法,以解决上述背景技术中提出的问题。
为实现上述目的,本发明提供如下技术方案:一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照。
优选的,所述试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂。
优选的,所述DNA聚合酶浓度为13-15μM。
优选的,所述dNTP酶浓度为140-150μM。
优选的,所述待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;所述组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片。
优选的,PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂。
优选的,所述PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-Tailing Buffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
所述连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
所述barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
所述文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
所述文库纯化试剂包括:XP Beads。
优选的,一种靶向测序方法,按照先后顺序包括以下步骤:
步骤一:样本DNA获取:通过提取核酸的试剂对样本进行处理,获得待测样本的DNA;
步骤二:目的片段扩增:以待测样本的DNA为模板,通过设计的引物扩增需要的DNA片段;
步骤三:对上述步骤中DNA片段进行纯化处理;
步骤四:对于纯化后的目的片段进行定量;
步骤五:文库建库:包括PCR产物末端修补和末端加polyA、连接barcode接头、barcode产物纯化、文库富集、文库纯化的步骤;
步骤六:测序。
本发明的技术效果和优点:该靶向测序试剂盒和方法中多重PCR的靶向测序技术是一种将多重PCR技术与高通量测序技术结合的一种靶向捕获测序技术,该方法是一种在同一PCR反应体系里加上多对引物,各对引物分别结合在模板的相应位置,同时扩增出多个核酸片段,再通过PCR反应将高通量测序所用的接头序列引入到核酸片段的两侧,最终得到核酸文库进行高通量测序和生信流程分析来获取目标区域的序列信息,该技术与传统的一代测序、全基因组测序以及全外显子测序相比具特异性强、实验周期短及DNA低起始量等优势,且目标区域测序能够获得更深的覆盖度和更高的数据准确性,提高了对目标区域的检测效率。同时缩短了研究周期、降低了测序成本,适合对大量样本进行研究,有助于发现和验证疾病相关的候选基因或相关位点。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例一:
一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照;
试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂;
DNA聚合酶浓度为13μM;
dNTP酶浓度为140μM;
待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-TailingBuffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
文库纯化试剂包括:XP Beads。
实施例二:
一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照;
试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂;
DNA聚合酶浓度为14μM;
dNTP酶浓度为145μM;
待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-TailingBuffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
文库纯化试剂包括:XP Beads。
实施例三:
一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照;
试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂;
DNA聚合酶浓度为14μM;
dNTP酶浓度为150μM;
待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-TailingBuffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
文库纯化试剂包括:XP Beads。
实施例四:
一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照;
试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂;
DNA聚合酶浓度为15μM;
dNTP酶浓度为145μM;
待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-TailingBuffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
文库纯化试剂包括:XP Beads。
实施例五:
一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照;
试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂;
DNA聚合酶浓度为15μM;
dNTP酶浓度为150μM;
待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-TailingBuffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
文库纯化试剂包括:XP Beads。
实施例六:
一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照;
试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂;
DNA聚合酶浓度为15μM;
dNTP酶浓度为140μM;
待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂;
PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-TailingBuffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
文库纯化试剂包括:XP Beads。
实施例七:
本实施例中检测顺序和要求非常重要,具体为一种靶向测序方法,按照先后顺序包括以下步骤:
步骤一:样本DNA获取:通过提取核酸的试剂对样本进行处理,获得待测样本的DNA;
对于DNA的提取:从动物组织提取,先后顺序为:
取1~100mg的动物组织或人组织移入冰浴预冷的研钵中,快速用力展研成匀浆;
加入650μl的Solution A和0.9μl的RNase A1,温和研磨30秒钟;
收集650μl研磨好的组织匀浆液移至Collection Tube中。如果匀浆体积不足650μl,请补充Solution A至650μl,65℃保温5分钟;
加入400μl的Solution B,振荡混合;
加入1ml的4℃预冷的Solution C,充分混匀后,12000rpm离心2分钟;
弃去上层有机相,再加入1ml的4℃预冷的Solution C,充分混匀后,12000rpm离心2分钟;
弃去上层有机相,然后将水相溶液(无色下层)转移至置于Collection Tube上的Filter Cup中,12000rpm离心1分钟;
弃Filter Cup,在滤液中加入400μl的DB Buffer,混合均匀;
将试剂盒中的Spin Column安置于Collection Tube上,将上述操作的滤液混合溶液转移至Spin Column中,12000rpm离心1分钟,弃滤液;
将500μl的Rinse A加入至Spin Column中,12000rpm离心30秒钟,弃滤液;
将700μl的Rinse B加入至Spin Column中,12000rpm离心30秒钟,弃滤液;
重复上个操作;
将Spin Column安置于新的1.5ml的离心管上,在Spin Column膜的中央处加入50~200μl的灭菌蒸馏水或Elution Buffer,室温静置1分钟;
12000rpm离心1分钟洗脱DNA。
从植物材料提取,先后顺序为:
按下表称取适量的新鲜植物材料(如选用的是冷冻干燥植物材料,则用量减半),剪成小块放入研钵中,加入液氮,待样品冷冻完全后快速、用力研磨至粉末状,研磨时应间断加入液氮以防止材料融化;
将研钵移至65℃水浴,当样品粉末刚开始融化时,向研钵中加入700μl的SolutionA和1.2μl的RNase A1,用力碾磨30秒;
收集650μl研磨好的组织匀浆移至Collection Tube中。如匀浆体积不足650μl,请补充Solution A至650μl,65℃保温15分钟;
剩下的步骤同动物组织提取步骤一致。
从血液中提取,先后顺序为:
取10~250μl的全血(含抗凝剂)加入至Collection Tube中;
加入500μl的Solution A;
加入1μl的RNase A1,激烈振荡15秒钟后,冰浴5分钟;
剩下的步骤同动物组织提取步骤一致。
步骤二:目的片段扩增:以待测样本的DNA为模板,通过设计的引物扩增需要的DNA片段;
步骤三:对上述步骤中DNA片段进行纯化处理;
步骤四:对于纯化后的目的片段进行定量;
步骤五:文库建库:包括PCR产物末端修补和末端加polyA、连接barcode接头、barcode产物纯化、文库富集、文库纯化的步骤;
步骤六:测序。
最后应说明的是:以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,对于本领域的技术人员来说,其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换,凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (8)
1.一种靶向测序试剂盒,其中包括DNA聚合酶、dNTP酶、提取核酸的试剂、目的片段扩增试剂、阴性对照、阳性对照。
2.根据权利要求1所述的一种靶向测序试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括纯化试剂和目纯化产物定量试剂。
3.根据权利要求1所述的一种靶向测序试剂盒,其特征在于:所述DNA聚合酶浓度为13-15μM。
4.根据权利要求1所述的一种靶向测序试剂盒,其特征在于:所述dNTP酶浓度为140-150μM。
5.根据权利要求1所述的一种靶向测序试剂盒,其特征在于:所述待测样本包括全血、血清、血浆和组织样品;所述组织样品包括石蜡包埋组织、新鲜组织和冰冻切片。
6.根据权利要求1所述的一种靶向测序试剂盒,其特征在于:PCR产物末端修补和末端加polyA反应液、连接barcode接头反应液、barcode产物纯化试剂、文库富集试剂和文库纯化试剂。
7.根据权利要求1所述的一种靶向测序试剂盒,其特征在于:所述PCR产物末端修补和末端加polyA反应液包括:KAPA End Repair&A-Tailing Buffer和KAPA End Repair&A-Tailing Enzyme;
所述连接barcode接头反应液包括:Ligation Buffer、DNA连接酶和PKR Y TypeAdapter Kit Index X;
所述barcode产物的纯化试剂包括XP Beads;
所述文库富集试剂包括:2X KAPA HiFi HotStart ReadyMix和10XLibraryAmplification Primer Mix;
所述文库纯化试剂包括:XP Beads。
8.一种根据权利要求1所述的靶向测序方法,其特征在于:按照先后顺序包括以下步骤:
步骤一:样本DNA获取:通过提取核酸的试剂对样本进行处理,获得待测样本的DNA;
步骤二:目的片段扩增:以待测样本的DNA为模板,通过设计的引物扩增需要的DNA片段;
步骤三:对上述步骤中DNA片段进行纯化处理;
步骤四:对于纯化后的目的片段进行定量;
步骤五:文库建库:包括PCR产物末端修补和末端加polyA、连接barcode接头、barcode产物纯化、文库富集、文库纯化的步骤;
步骤六:测序。
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CN202010372321.XA CN111560422A (zh) | 2020-05-06 | 2020-05-06 | 一种靶向测序试剂盒和方法 |
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114606302A (zh) * | 2022-04-08 | 2022-06-10 | 复旦大学附属中山医院 | 一种提取口腔黏膜核酸进行全基因组高通量测序的方法 |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN108977534A (zh) * | 2018-03-30 | 2018-12-11 | 江苏省人民医院 | 一种靶向测序试剂盒及其使用方法及靶向测序方法 |
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2020
- 2020-05-06 CN CN202010372321.XA patent/CN111560422A/zh active Pending
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