CN111500758A - 一种与稻米回生性紧密连锁的snp位点及其分子标记和应用 - Google Patents

一种与稻米回生性紧密连锁的snp位点及其分子标记和应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种与水稻回生性紧密连锁的SNP位点及其分子标记和应用。该SNP位点位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列中，该基因命名为OsRTG1，其包含3400bp的基因组序列，含有34个SNP位点。本发明提供一种与稻米回生性连锁的基因组位点，基于这些单碱基多态性，可开发相应的分子标记，利用少量水稻种子或叶片等组织提取的DNA，对稻米回生性进行分子检测和辅助育种选择，实现低世代、小样品、高效率的检测。

Description

一种与稻米回生性紧密连锁的SNP位点及其分子标记和应用
技术领域
本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种与水稻回生性紧密连锁的 SNP位点及其分子标记和应用。
背景技术
淀粉是人类食物中最重要的一种生物大分子聚合物，不仅处于世界粮食 和食物链的中心地位，也是一种极为重要的生物可再生能源。水稻是生产高 含量淀粉的禾谷类主要农作物之一，其含量高达70％以上的稻米淀粉是米饭 及其它稻米食品的主要构成部分。由于稻米淀粉具有明显的回生特性，不仅 影响稻米食品(米饭、方便米饭、米线、米粉、米糕、汤圆、炸糕等)的质构 品质、耐贮藏性及风味等，也成为制约稻米食品产业化生产的瓶颈之一，因 为回生是引起冷饭变硬、大米制品冷藏后硬化、含淀粉食品储藏期内变质等 现象的主要原因，严重阻碍稻米深加工，已成为稻米工业化深加工的瓶颈之 一，开展淀粉抗回生特性研究具有重要意义。
淀粉回生现象作为淀粉理论研究中的一个难点，已成为国际上淀粉研究 领域的热点问题。淀粉回生的本质为糊化淀粉分子由无序态向有序态的转化 过程。该现象分为短期回生和长期回生，分别由直链淀粉和支链淀粉引起。 在冷藏温度下直链淀粉和支链淀粉相互聚集，分子侧链趋向于平行排列，通 过氢键结合而互相靠拢，将淀粉糊中水分挤出，重新组成混合微晶束，从而 使淀粉硬度增加。淀粉回生的本质为糊化淀粉分子由无序态向有序态的转化 过程。
淀粉品质按用途来评价，食用稻米一般要求直链淀粉含量高，质地软， 食味较好；而制作米粉罐头或耐贮糕点，往往需要支链淀粉含量较高，以利 于加工和贮藏。支链淀粉含量是决定稻米淀粉质量的重要因素，但其结构(分 支频率、链长和链长分布等)则是造成直链淀粉含量相同或相似品种间品质差 异的主要原因。支链淀粉如果缺乏中等长度葡聚糖链分支，胚乳淀粉糊化温 度则降低。因此，淀粉回生特性研究是改良淀粉品质以满足食品加工和人民 生活多样化需求，以及提供新型淀粉原料的科学基础。
研究稻米回生性的传统理化方法要经过：稻谷脱壳、糙米超微粉 碎、碱法提取淀粉、碱性蛋白酶和脂肪酶纯化分离大米淀粉、淀粉回 生率测定等过程，测试稻谷用量大，在水稻育种早期或低世代难以进 行。
碱法提取工艺条件为:NaOH浓度为0.05mol/L，料液比1:6，提取 温度50℃，5h。酶法纯化大米淀粉:pH7，酶解温度37℃，酶与底物 比1500U/g淀粉，时间60min酶用量0.1g/100g大米淀粉，酶解6h， pH8。碱性蛋白酶酶解条件为：pH9，酶解温度45℃，酶与底物比20000U/g，时间60min酶用量0.3g/100g大米淀粉，酶解6h，pH8。
淀粉回生率测定：10g淀粉加入100mL蒸馏水混合搅匀，95℃ 水浴锅中糊化30min，在高压锅内120℃中加热30min，冰柜中老化 24h，分别加入0.6mLα-淀粉酶(20000U/mL)，在95℃水浴锅中酶解 30min，离心，倒掉上层清液后加蒸馏水搅拌后离心，再加蒸馏水搅 拌离心，重复3次后，将沉淀放入蒸发皿中，干燥称质量即为回生淀 粉，淀粉回生率＝(酶解后所得回生淀粉/原淀粉)×100％。
现有研究表明，具有遗传多样性的稻米资源中存在抗回生水稻。我国拥有 丰富的水稻种质资源，深入研究其淀粉性状，挖掘抗回生水稻资源，建立水稻 种质资源的淀粉性状和相关基因分子标记，通过分子标记辅助育种程序来培育 优质抗回生水稻品种，提升稻米食用品质和加工品质，彻底解决大米制品回生 问题，以满足稻米工业化深加工的需要，对于解决我国目前米制品、深加工食 品的长期贮藏具有现实的意义，也为我国粮油加工企业走上国际市场提供强有 力的技术支持。由于淀粉回生性的理化检测方法效率低下，无法在育种材料早 期低世代进行高效选择，因此培育优质抗回生水稻品种的关键问题在于建立一 套高效育种技术方法。
发明内容
针对现有技术中的上述不足，本发明提供一种与水稻回生性紧密连锁的 SNP位点及其分子标记和应用，可开发相应的分子标记，利用少量水稻种子或 叶片等组织提取的DNA，对稻米回生性进行分子检测和辅助育种选择，实现低 世代、小样品、高效率的检测。
为实现上述目的，本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：
一种与稻米回生性紧密连锁的SNP位点，该SNP位点位于如SEQ ID NO.1 所示的核苷酸序列中，该基因命名为OsRTG1，其包含3400bp的基因组序列；
其中，从该序列5’端起
1063～1067、1482～2061和2383～2400碱基序列均为广陆矮4号mRNA；
1091～1345碱基序列为softberry预测得到的一链mRNA；
1088～1481、2062～2382、2433～2460和2544～2881碱基序列均LYR复合物 1蛋白家族mRNA序列；
3085～3107碱基序列为启动子区；
第1015位碱基为PolA；第2705位碱基为TSS；
该基因含有34个SNP位点，位点的位置具体如下：
位于该序列5’端起第86位(N86)、第888位(N888)、第1013位(N1013)、 第1014位(N1014)、第1212位(N1212)、第1255位(N1255)、第1267位(N1267)、 第1760位(N1760)、第1877位(N1877)、第2372位(N2372)、第2484位(N2484)、 第2507位(N2507)、第2634位(N2634)、第2647位(N2647)、第2684位(N2684)、 第2717位(N2717)、第2786位(N2786)、第2856位(N2856)、第2871位(N2871)、 第2886位(N2886)、第3010位(N3010)、第3022位(N3022)、第3048位(N3048)、 第3108位(N3108)、第3126位(N3126)、第3182位(N3182)、第3209位(N3209)、 第3226位(N3226)、第3276位(N3276)、第3333位(N3333)、第3358位(N3358)、 第3378位(N3378)、第3387位(N3387)，以及第3392位(N3392)的碱基。
其中，N1013、N1014、N1212、N1255、N1267、N1760、N1877、N2372、 N2484、N2507、N2634、N2647、N2684、N2717、N2786、N2856、N2871，以 及N2886共17个SNP位点处于外显子序列中，剩余的17个SNP位点处于基因 表达调控序列中。
进一步地，第86位的碱基为G或T；第888位的碱基为A或T；第1013 位的碱基为A或G；第1014位的碱基为G或A；第1212位的碱基为A或G； 第1255位的碱基为C或T；第1267位的碱基为C或T；第1760位的碱基为T 或G；第1877位的碱基为T或A；第2372位的碱基为G或A；第2484位的碱 基为T或G；第2507位的碱基为A或G；第2634位的碱基为A或G；第2647 位的碱基为G或A；第2684位的碱基为C或T；第2717位的碱基为A或G； 第2786位的碱基为A或G；第2856位的碱基为A或G；第2871位的碱基为C 或A；第2886位的碱基为T或C；第3010位的碱基为C或A；第3022位的碱 基为T或C；第3048位的碱基为A或G；第3108位的碱基为C或A；第3126 位的碱基为G或T；第3182位的碱基为G或A；第3209位的碱基为G或T； 第3226位的碱基为T或C；第3276位的碱基为T或C；第3333位的碱基为A 或G；第3358位的碱基为G或A；第3378位的碱基为C或T；第3387位的碱 基为A或G；第3392位的碱基为A或G。
用于检测水稻回生性的SNP分子标记组合，包括上述至少一个SNP位点。
上述任一SNP位点在开发dCAPS分子标记中的应用。
用于检测水稻回生性的dCAPS分子标记组合，包括上述至少两个SNP位点。
水稻全基因组芯片，包括上述34个SNP位点，以及如SEQ ID NO.1所示 的核苷酸序列。
上述水稻全基因组芯片在水稻回生性分子标记辅助育种中的应用。
上述dCAPS分子标记在水稻全基因组关联分析中的应用。
上述dCAPS分子标记组合在水稻全基因组关联分析中的应用。
本发明的有益效果为：
针对现有回生性检测技术在稻米回生性研究鉴定方面的稻谷样品用量大、 效率低下、育种低世代无法选择等缺点，本发明提供一种与稻米回生性连锁的 基因组位点及其SNP分布、相关分子标记开发技术，该位点位于水稻基因组10 号染色体上，包含3400bp的基因组区段，含有34个SNP，基于这些单碱基多 态性，可开发相应的分子标记，利用少量水稻种子或叶片等组织提取的DNA， 对稻米回生性进行分子检测和辅助育种选择，实现低世代、小样品、高效率的 检测。
附图说明
图1为水稻种质资源材料稻米淀粉的回生率检测图；
图2为组装出的5个代表性品种武育3086(1)、武育3060(2)、金黄占(16)、 桂育7号(17)、IR30358-084-1-1(32)、R3203(33)的参考基因组草图；
图3为水稻抗回生性状的关联分析检测图；其中，图3a为GLM-PCA模型， 图3b为QQ-plot分析图。
具体实施方式
下面对本发明的具体实施方式进行描述，以便于本技术领域的技术人员理 解本发明，但应该清楚，本发明不限于具体实施方式的范围，对本技术领域的 普通技术人员来讲，只要各种变化在所附的权利要求限定和确定的本发明的精 神和范围内，这些变化是显而易见的，一切利用本发明构思的发明创造均在保 护之列。
实施例1与水稻抗回生位点显著相关的SNP位点的获得
一、常规水稻抗回生性状实验测定
(1)淀粉提取纯化
用常规方法脱掉水稻谷壳，糙米经过超微粉碎，减法提取淀粉，再以碱 性蛋白酶和脂肪酶纯化分离大米淀粉。
碱法提取工艺条件为:NaOH浓度为0.05mol/L，料液比1:6，提取温度 50℃，5h。
酶法纯化大米淀粉:pH7，酶解温度37℃，酶与底物比1500U/g淀粉，时 间60min酶用量0.1g/100g大米淀粉，酶解6h，pH8。
碱性蛋白酶酶解条件为：pH9，酶解温度45℃，酶与底物比20000U/g， 时间60min酶用量0.3g/100g大米淀粉，酶解6h，pH8。
(2)淀粉回生率测定
10g淀粉加入100mL蒸馏水混合搅匀，95℃水浴锅中糊化30min，在高压 锅内120℃中加热30min，冰柜中老化24h，分别加入0.6mLα-淀粉酶 (20000U/mL)，在95℃水浴锅中酶解30min，离心，倒掉上层清液后加蒸馏水 搅拌后离心，再加蒸馏水搅拌离心，重复3次后，将沉淀放入蒸发皿中，干燥 称质量即为回生淀粉，淀粉回生率＝(酶解后所得回生淀粉/原淀粉)×100％；检 测结果见图1。
二、水稻抗回生性状材料的基因组重测序
提取具有代表性的40个水稻高纯度基因组DNA，通过Illumina Hiseq PE150 高通量测序技术，分别对水稻材料进行基因组重测序，获得原始序列数据后进 行如下分析：
(1)原始数据过滤及统计，其结果见表1；
表1重测序原始数据过滤与统计信息
Figure BDA0002463650350000071
Figure BDA0002463650350000081
注：
Sample：样本名；
Raw Reads Number：原始数据Reads数量；
Raw Bases Number：原始数据碱基数量；
Raw Q30 Bases Rate(％)：原始数据碱基质量只大于30的百分比；
Clean Reads Number：过滤后Clean data的Reads数量；
Clean Bases Number：过滤后Clean data的碱基数量；
Clean Q30 Bases Rate(％)：Clean data碱基质量只大于30的百分比；
(2)Clean data比对到水稻参考基因组上，统计比对率；
(3)用GATK做SNP calling，统计SNP情况，包括SNP数目，杂合纯合 比率，同义非同义比率等，统计各测序样品中对应的所有通路基因序列；
(4)筛选出淀粉通路相关的所有基因列表；
(5)重点关注水稻籽粒淀粉生物合成通路基因的SNP及分型，列出各测 序样本中对应的通路基因序列；
(6)结合表型数据和SNP数据做全基因组关联分析(GWAS)，结合水稻 QTL结果联合筛选；
(7)利用40株水稻的测序数据，结合日本晴和9311高质量参考基因组或 者籼稻高质量参考基因组，组装出各测序水稻品种的参考基因组草图(见图2)。
三、水稻抗回生性状的关联分析
使用TASSEL5的PCA分析模块，设置主成分数量为2，进行主成分分析； 使用TASSEL5的Cladogram模块进行进化树分析，距离计算方法选用NJ邻接 法最后构建进化树；根据群体结构评估和QQ plot分析(即分位数-分位数作图)， 最终选用广义线性模型(GLM)，其结果见图3，其中，图3a为GLM-PCA模型， 图3b为QQ-plot分析图。
根据图3所示，在水稻10号染色体13905409位置，标记(Marker)为 rs20454083的基因组区段存在非同义突变，与稻米回生率具有极高的相关性。
四、基因组OsRTG1位点SNP多态性分析与回生性的PCR检测
1、提取所有测序水稻材料OsRTG1序列，采用DNAsist(v2.1)进行多重 序列比对，结果显示存在34个与水稻回生性紧密连锁的SNP位点(见表2)， 该位点具体为：
位于SEQ ID NO.1所示序列5’端起第86位(N86)、第888位(N888)、第 1013位(N1013)、第1014位(N1014)、第1212位(N1212)、第1255位(N1255)、 第1267位(N1267)、第1760位(N1760)、第1877位(N1877)、第2372位(N2372)、 第2484位(N2484)、第2507位(N2507)、第2634位(N2634)、第2647位(N2647)、 第2684位(N2684)、第2717位(N2717)、第2786位(N2786)、第2856位(N2856)、 第2871位(N2871)、第2886位(N2886)、第3010位(N3010)、第3022位(N3022)、 第3048位(N3048)、第3108位(N3108)、第3126位(N3126)、第3182位(N3182)、 第3209位(N3209)、第3226位(N3226)、第3276位(N3276)、第3333位(N3333)、 第3358位(N3358)、第3378位(N3378)、第3387位(N3387)，以及第3392 位(N3392)的碱基。
其中，N1013、N1014、N1212、N1255、N1267、N1760、N1877、N2372、 N2484、N2507、N2634、N2647、N2684、N2717、N2786、N2856、N2871，以 及N2886共17个SNP位点处于外显子序列中，剩余的17个SNP位点处于基因 表达调控序列中。
表1基因组OsRTG1位点SNP多态性与回生性关系
SNP位点 N86 N888 N1013 N1014 N1212 N1255 N1267 N1760 N1877
抗回生 G A A G A C C T T
易回生 T T G A G T T G A
SNP位点 N2372 N2484 N2507 N2634 N2647 N2684 N2717 N2786 N2856
抗回生 C T A A G C A A A
易回生 A C G G A T G G G
SNP位点 N2871 N2886 N3010 N3022 N3048 N3108 N3126 N3182 N3209
抗回生 C T C T A C G G C
易回生 A C A C G A T A T
SNP位点 N3226 N3276 N3333 N3358 N3378 N3387 N3392
抗回生 T T A G C A A
易回生 C C G A T G G
本发明提供一种与稻米回生性连锁的基因组位点，该位点位于水稻基因组 10号染色体上，包含3400bp的基因组区段，含有34个SNP，基于这些单碱基 多态性，可开发相应的分子标记，利用少量水稻种子或叶片等组织提取的DNA， 对稻米回生性进行分子检测和辅助育种选择，实现低世代、小样品、高效率的 检测。
2、回生性的PCR检测
根据测序和生信分析结果，基于OsRTG1位点N1212、N1255、N1267的S NP设计了2对引物OsRTG1F1&OsRTG1R1、OsRTG1F2&OsRTG1R2(表 1)，可用来对本项目已建立的回生性梯度水稻品种和待分型水稻品种材料的基 因组DNA进行PCR扩增，利用这两对引物，可以分别从抗回生水稻品种(材 料)中扩增出137bp、194bp的片段，无抗回生特性的品种(材料)中均不能扩 增出这两个片段。因此用OsRTG1F1&OsRTG1R1、OsRTG1F2&OsRTG1R 2两对引物均能分别扩增出137bp、194bp的DNA片段者可认为具有抗回生特 性，否则为易回生品种(材料)。
表2基于OsRTG1位点N1212、N1255、N1267的SNP引物设计
Figure BDA0002463650350000111
PCR反应体系为：1μL DNA模板、1μL OsRTG1F1、1μL OsRTG1R1、2μL Buffer、0.5μLdNTP、34μL ddWater，以及0.5μL Taq酶。
PCR扩增程序为：94℃，预变性5min；94℃，变性45s；63℃，退火30s； 72℃，延伸20s，循环5次；再94℃，变性45s；63℃，退火30s；72℃，延伸 20s，循环30次；最后72℃，延伸10min，15℃，延伸30min。
序列表
<110> 四川省农业科学院作物研究所
<120> 一种与稻米回生性紧密连锁的SNP位点及其分子标记和应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 3400
<212> DNA
<213> 水稻(Oryza sativa)
<400> 1
gatattatga gttcaaccaa aaaaaaaagg cttctagttc agaacatcat tctatggaat 60
caaataaaaa agtttacgtt ataatggtct caaatgggat gatggatcct acaatctcag 120
tctatggatc ttccttctgt acagtttgac taacaataat accttcatgg gacatgcaca 180
attctctaac cagtatcaat cagtactatg gccctgttct tttcaaggaa tggatataga 240
agactagaag ttgctctttt atcaacatga taaccattag cttctgggca aaaaacgtca 300
aagctcactt aacaggagaa aggccaggtc atcagagcaa gcatagttta gtgggtaaag 360
caatcatctt gttttcccct ccctttttag ttgcccttct gggatccact aaagcagctc 420
ttgaaatgct acaagcattt cattggaata tatcaatgat aagtgatcac atatcaaatc 480
caagctaagt accatagtac tatcagtaca tgattctgta gttaattggt ggcatgcatt 540
ctgacagaat actactatct cagggatatt tcttcagccc ctcaacaatt caccatgcta 600
actacgacca gcttgctaga gttatggtct gatttccaaa acttgtattt agtacatatg 660
caatctattc ttagccctct cataaggaaa gcaacaagca gctcaagctc tacagagtcc 720
cggcttgttt gggttttaaa gttcagggtg gatcactgtg gcatttcatc aaacagttga 780
taagtgcagc aatcgacacc aatccaacca cagttaccac tgtgatgaga actagtagtg 840
tgcatggtag aagccaaagc tagcacaggt ctaggaaaac caggggcagc aggataattg 900
caaagccacc aaacagattg gcttacagtt aatggcatgt tgaaaaggca ggtgccctgc 960
ctaacaggta atggcatgtt gaacacaaga gaccggaatt gtggaattga ctagtttatt 1020
gaactcatag caaccatgtc atggaaatta tctagcaaac ataataacat ctcagtttta 1080
gttgcaccga tcactgcagc ttcatctcca tgatgctctt ggcctttggg gcgtacagag 1140
agtacaccac cgcctgccgc tttgccacct ccagctgctt cttcccgtcc gcgaacactg 1200
ccgccgcggc aaccgcatcg ccgagggcac ggttctcacg gaaggcgtcc gcggcgcggc 1260
ggcgcgcgta ctcgcggatg ttgtagtcag agaactgcct tgccgtgcgg aggagggacc 1320
ggaagaggga cagcgcctcc gctctcgtcg gtgctgccgc catggatgcg cttcgtcacg 1380
gatgctgttc gtgcgctaga gaactactcc agaatccaga tagctgcttg ggctaatggc 1440
ggcaagggaa agaaaagagg agatgcccct gaacctgaac cccacatggc aagaatgcaa 1500
aggattatta gaccgcctct tgactagtat agtactagta acaaacaata atgaatgaaa 1560
attgaaagct agtactagta atagtatagc aatagcttca gcagttagtg gcactgacca 1620
tctctgtaag aagtgaataa acagtgactg taagaactaa gaacaagcat gattccagca 1680
agtaattcta acaacacaat tcagataccc aagaactgtc aaatagctaa aaaggcagca 1740
ctatacaaag aagttcaagt gtagatcata gaaaattcca gtgaattctc atgagcaaaa 1800
tcagttgact attattaact acaccgcttc attgtttttg tagataacag acgactatga 1860
tgcatataca tcattacagc tttggaccaa agccctgcaa tataatacct gatctgaggg 1920
caaaacataa cctcaaagaa tgaaatcaaa tgagttggac ataaaataaa aaaaatttcc 1980
ctttctaggg gagcttagtt agcaaagggc agaattatct gcaaccacgc ttgtcctacg 2040
gaacattata gatgaatcaa ccaggggcgg atccaacttg ggacaaactt ttgggtgaac 2100
aaacaaactg ttattacttg aattaagaga ggtttaaggc tatcaaatta aggaggagga 2160
gaagatctag aagagaagct agtagggttc acgaaggcaa gcaaattcca gccccggtgg 2220
ggtgggagag agagagagag agatgaatca gaaagaggac gcggatgctc accaggatcc 2280
cctcccctcc gctgctctgc tcgccagatg gagatcgcca cccggccctc ccctgttcag 2340
ccgcgactcg tcttggcggc ggcgcaagga gcggaggaga caacgagaac gagaccaaac 2400
gggagatttc tttttctttt tcgcgatata ctctcgacta ctccgccctt atcttaatat 2460
tttatttact actctctctg ttctaaaata aaataagtac agttttatat tatttacatt 2520
tgacgtttta ccgtttatct tatttgaaat ttttttatga ctagaaaaaa tacccgtacg 2580
ttgcaacggg taaagcctat tttaatctta ttattgttat atggtttagt taaaatgaaa 2640
ttcactgtgg gagttcgctt ggatatatat ttttttagaa aatcataggc tgcagttagg 2700
agtctgatcg tctcaaatta gcatgagttt ttttaaacag atttcttata tgattctttc 2760
tttattaaca aaagtgaacg accttaaaaa ccgactcaaa tacggatatg tatttccaaa 2820
agtaatcgaa cttaaaaacc gactcataca cggataacgt actaaaatac cgacaaaaac 2880
atctttaatt tttataatag tagatattaa tatttttatt attattagat gataaaacat 2940
gaatagtttt ttacgtgtga ctaatttatt ttaatttttt cataaacttt tcaaataaga 3000
cggacgatcc aaagtttgac atgaattttc acggctgcac ttattttagg accgaggtag 3060
tattttaaaa ctagctagta ctatttcttt atataactgg tgacccacgt atcatcaata 3120
cttaaggaaa aattaagcga ttgtgtcaac aacaaattcc tcataccaca agcaactaac 3180
tgccactcta cacaccgtca tcaccgctct ttctccatga gccactatcg ttcctcctct 3240
ttgcctttac atgcgcaacc ttatcctcta gtaactgaca tgtctttttc tcctacccta 3300
ttgtgatgca cactattgtt atggttgccg ttaaggtcgg ggatgtcgag cttgcaggga 3360
ctttgggagg caggaaccga cccaacaaag aacgaatgtg 3400
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
catgatgctc ttggcctttg g 21
<210> 3
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ccctcggcga tggggt 16
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
catgatgctc ttggccttt 19
<210> 5
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
acaacatccg cgagaacg 18

Claims (10)

1.一种与稻米回生性紧密连锁的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点位于如SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列中，所述SNP位点为位于该序列5’端起第86位、第888位、第1013位、第1014位、第1212位、第1255位、第1267位、第1760位、第1877位、第2372位、第2484位、第2507位、第2634位、第2647位、第2684位、第2717位、第2786位、第2856位、第2871位、第2886位、第3010位、第3022位、第3048位、第3108位、第3126位、第3182位、第3209位、第3226位、第3276位、第3333位、第3358位、第3378位、第3387位，以及第3392位的碱基。
2.根据权利要求1所述的与稻米回生性紧密连锁的SNP位点，其特征在于，所述第86位的碱基为G或T；所述第888位的碱基为A或T；所述第1013位的碱基为A或G；所述第1014位的碱基为G或A；所述第1212位的碱基为A或G；所述第1255位的碱基为C或T；所述第1267位的碱基为C或T；所述第1760位的碱基为T或G；所述第1877位的碱基为T或A；所述第2372位的碱基为G或A；所述第2484位的碱基为T或G；所述第2507位的碱基为A或G；所述第2634位的碱基为A或G；所述第2647位的碱基为G或A；所述第2684位的碱基为C或T；所述第2717位的碱基为A或G；所述第2786位的碱基为A或G；所述第2856位的碱基为A或G；所述第2871位的碱基为C或A；所述第2886位的碱基为T或C；所述第3010位的碱基为C或A；所述第3022位的碱基为T或C；所述第3048位的碱基为A或G；所述第3108位的碱基为C或A；所述第3126位的碱基为G或T；所述第3182位的碱基为G或A；所述第3209位的碱基为G或T；所述第3226位的碱基为T或C；所述第3276位的碱基为T或C；所述第3333位的碱基为A或G；所述第3358位的碱基为G或A；所述第3378位的碱基为C或T；所述第3387位的碱基为A或G；所述第3392位的碱基为A或G。
3.一种包含权利1或2所述SNP位点的基因，其特征在于，该基因的编码序列为如SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列经取代、缺失和/或添加一个或多个核苷酸，且能编码相同功能蛋白质，包含相同SNP位点的核苷酸序列。
4.一种用于检测水稻回生性的SNP分子标记组合，其特征在于，包括权利要求1或权利要求2中所述的至少一个SNP位点。
5.权利要求1或2所述的任一SNP位点在开发dCAPS分子标记中的应用。
6.一种用于检测水稻回生性的dCAPS分子标记组合，其特征在于，包括权利要求1或权利要求2中所述的至少两个SNP位点。
7.权利要求5所述的dCAPS分子标记在水稻全基因组关联分析中的应用。
8.权利要求6所述的dCAPS分子标记组合在水稻全基因组关联分析中的应用。
9.一种水稻全基因组芯片，其特征在于，包括权利要求1或权利要求2所述的34个SNP位点，以及如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。
10.权利要求9所述的水稻全基因组芯片在水稻回生性分子标记辅助育种中的应用。
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