CN111394475A - 一种核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒及其应用 - Google Patents

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CN111394475A CN202010225710.XA CN202010225710A CN111394475A CN 111394475 A CN111394475 A CN 111394475A CN 202010225710 A CN202010225710 A CN 202010225710A CN 111394475 A CN111394475 A CN 111394475A
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Abstract

本发明提供一种核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒及其应用。所述核苷酸组合物包括:野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链,同时还提供一种包含所述核苷酸组合物的检测试剂盒。通过向待测样本中加入所述检测试剂盒中的核苷酸组合物,利用高通量测序和生物信息分析,检测靶向富集核酸Panel的灵敏度。该检测试剂盒可有效地提高靶向捕获Panel的检测效率,矫正靶向捕获技术在测序中带来的噪音,降低分析噪声,大大提高靶向捕获技术的可靠性。

Description

一种核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒及其应用
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域,具体涉及一种核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒及其应用,尤其涉及一种核苷酸组合物、包含其的用于检测靶向富集核酸Panel灵敏度的试剂盒及其应用。
背景技术
DNA是人类遗传的物质基础,为了弄清DNA在人类遗传和发育过程中的功能和结构,DNA序列的检测成为了研究DNA最重要的手段。1977年Sanger发明了具有里程碑意义的末端终止测序法,同年A.M.Maxam和W.Gilbert发明了化学降解法。Sanger法因为既简便又快速,并经过后续的不断改良,成为了第一代DNA测序的主流。
随着科学技术的不断革新,第一代DNA测序技术(Sanger)已无法满足测序的需求,1990年,美国正式启动跨世纪的“人类基因组计划”,计划历时15年,斥资30亿美元,破译人类自身遗传秘密,人类步入了后基因组时代。随着对DNA信息的海量需求,二代测序诞生了,该技术基于一项边合成边测序技术,代表公司有Roche(454),Illumina(Solexa),ABI(SOLID)。
随着二代测序技术的飞速发展,该技术也被广泛用于遗传性突变,疾病发病机理,遗传机理等多种医学,遗传学等医疗领域。近几年来,随着外周血中游离循环肿瘤DNA被发现和靶向捕获测序技术的发展,越来越多的用于医疗检测特异性Panel不断涌现,这些Panel都是根据不同疾病,不同的研究目的进行设计,并且Panel合成的途径也大多不相同。
在繁多的靶向Panel面前,如何选择一个捕获效果最佳的Panel成为了科研人员在使用靶向捕获技术研究相关疾病的瓶颈问题,同时如何评估靶向Panel的医学检测灵敏度也成为了一大难题。
因此,如何有效的检测靶向Panel的捕获效果及灵敏度成为了迫在眉睫需要解决的问题。
发明内容
针对现有技术存在的不足,本发明的目的在于提供一种核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒及其应用,所述核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒能够检测靶向Panel的捕获效果及灵敏度。
为达此目的,本发明采用以下技术方案:
第一方面,本发明提供一种核苷酸组合物,所述核苷酸组合物包括:野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链。
本发明中,所述核酸组合物包含野生型和突变型非人源寡核苷酸链,两种不同的寡核苷酸链能够更容易被靶向捕获Panel中使用的试剂盒所捕获和抓取,有效地提高检测结果的准确度和可靠性。
优选地,所述野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链来源于东亚正钳蝎。
优选地,所述野生型非人源寡核苷酸链包括至少2条寡核苷酸链,例如可以是2条、3条、4条、5条、6条、8条、10条、12条或15条等。
优选地,所述突变型非人源寡核苷酸链包括至少2条寡核苷酸链,例如可以是2条、3条、4条、5条、6条、8条、10条、12条或15条等。
本发明中,所述寡核苷酸链的数量并无具体限制,可以扩展为多条寡核苷酸链,但是综合考虑具体制备成本和时间与测量结果的准确度,本发明中选择4条野生型非人源寡核苷酸链和6条突变型非人源寡核苷酸链。
作为本发明优选的技术方案,所述核苷酸组合物包括:
4条野生型非人源寡核苷酸链,编号为Oligo1、Oligo2、Oligo3和Oligo4;和6条突变型非人源寡核苷酸链,编号为Oligo5、Oligo6、Oligo7、Oligo8、Oligo9和Oligo10。
本发明中,Oligo1-10可以分别对应SEQ NO ID.1~10。SEQ NO ID.1~10的序列如下表1所示:
表1
Figure BDA0002427563940000031
Figure BDA0002427563940000041
优选地,所述Oligo1-10的长度均不相同,确保可以覆盖不同长度的reads。作为本发明优选的技术方案,所述野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链的长度为80-200bp,例如可以是80bp、90bp、100bp、110bp、120bp、130bp、140bp、150bp、160bp、170bp、180bp、190bp或200bp等。
所述寡核苷酸链的长度为80-200bp,能够更加准确地被待测试剂盒抓取,若是寡核苷酸链的长度过长或过段,均会影响检测结果的准确性。
第二方面,本发明提供一种检测试剂盒,包含如第一方面所述的核苷酸组合物。
作为本发明优选的技术方案,,所述核苷酸组合物中野生型非人源寡核苷酸链的混合液的pH值为7.3-8.5,例如可以是7.3、7.5、7.6、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5等。
优选地,所述Oligo1-4的工作浓度相同或不同,Oligo1-4的工作浓度为0.01-0.06fg/μL,例如可以是0.01 fg/μL、0.02 fg/μL、0.03 fg/μL、0.04 fg/μL、0.05 fg/μL或0.06fg/μL等。
进一步优选地,所述Oligo1-4的工作浓度相同。
作为本发明优选的技术方案,所述核苷酸组合物中突变型非人源寡核苷酸链的混合液的pH值为7.3-8.5,例如可以是7.3、7.5、7.6、7.8、7.9、8、8.1、8.2、8.3、8.4或8.5等。
优选地,所述Oligo5-10的工作浓度相同或不同,所述Oligo5-10的工作浓度为0.001-0.6 fg/μL,例如可以是0.001 fg/μL、0.005 fg/μL、0.008 fg/μL、0.01 fg/μL、0.02fg/μL、0.03 fg/μL、0.04 fg/μL、0.05 fg/μL或0.06 fg/μL等。
作为本发明优选的技术方案,所述Oligo5的工作浓度为0.1-0.6 fg/μL,例如可以是0.1 fg/μL、0.2 fg/μL、0.3 fg/μL、0.4 fg/μL、0.5 fg/μL或0.6 fg/μL等。
优选地,所述Oligo6的工作浓度为0.1-0.6 fg/μL,例如可以是0.1 fg/μL、0.2fg/μL、0.3 fg/μL、0.4 fg/μL、0.5 fg/μL或0.6 fg/μL等。
优选地,所述Oligo7的工作浓度为0.01-0.06 fg/μL,例如可以是0.01 fg/μL、0.02 fg/μL、0.03 fg/μL、0.04 fg/μL、0.05 fg/μL或0.06 fg/μL等。
优选地,所述Oligo8的工作浓度为0.01-0.06 fg/μL,例如可以是0.01 fg/μL、0.02 fg/μL、0.03 fg/μL、0.04 fg/μL、0.05 fg/μL或0.06 fg/μL等。
优选地,所述Oligo9的工作浓度为0.001-0.006 fg/μL,例如可以是0.001 fg/μL、0.002 fg/μL、0.003 fg/μL、0.004 fg/μL、0.005 fg/μL或0.006 fg/μL等。
优选地,所述Oligo10的工作浓度为0.001-0.006 fg/μL,例如可以是0.001 fg/μL、0.002 fg/μL、0.003 fg/μL、0.004 fg/μL、0.005 fg/μL或0.006 fg/μL等。
本发明中,若将所述Oligo1~4的工作浓度设置相同,Oligo6~8的工作浓度设置为相同,所述Oligo9~10的工作浓度设置相同,且每组之间浓度又存在梯度变化,能够帮助所述检测试剂盒进一步提高检测的准确度。
第三方面,本发明还提供一种如第二方面所述的检测试剂盒在检测靶向富集核酸Panel灵敏度中的应用。
本发明中,所述靶向富集核酸Panel指的是按照一个标准进行选择和组合,从而构成一个靶向富集核酸的测试方法。
第四方面,本发明还提供一种检测靶向富集核酸Panel灵敏度的方法,所述方法包括如下步骤:
向生物样本中加入如第三方面所述的检测试剂盒,并提取所述生物样本中的DNA,构建DNA文库后进行高通量测序,并使用软件fastp进行数据分析得到检测结果。
其中,检测结果分析的具体方法按照fastp软件使用说明进行,
作为本发明优选的技术方案,所述生物样本的体积用量为1-10mL,例如可以是1mL、2mL、3mL、4mL、5mL、6mL、7mL、8mL、9mL或10mL等。
优选地,所述试剂盒中野生型非人源寡核苷酸链与生物样本的体积比为(0.001~0.005):1,例如可以是0.001:1、0.002:1、0.003:1、0.004:1或0.005:1。
优选地,所述试剂盒中突变型非人源寡核苷酸链与生物样本的体积比为(0.001~0.005):1,例如可以是0.001:1、0.002:1、0.003:1、0.004:1或0.005:1。
本发明所述的数值范围不仅包括上述列举的点值,还包括没有列举出的上述数值范围之间的任意的点值,限于篇幅及出于简明的考虑,本发明不再穷尽列举所述范围包括的具体点值。
与现有技术相比,本发明的有益效果为:
本发明提供的检测试剂盒包含野生型和突变型非人源寡核苷酸链,且长度在80-200bp之间,易于商业试剂盒的抓取和捕获,且来源常见,制备方法简单;将其加入待测样本中之后,通过高通量测序和生物信息分析,能够检测靶向富集核酸Panel的检测灵敏度,有效地提高靶向捕获Panel的检测效率,矫正靶向捕获技术在测序中带来的噪音,降低分析噪声,大大提高靶向捕获技术的可靠性,本发明提供的检测试剂盒在检测同一靶向捕获Panel时灵敏度为99.90-99.99%。
具体实施方式
下面通过具体实施方式来进一步说明本发明的技术方案。本领域技术人员应该明了,所述实施例仅仅是帮助理解本发明,不应视为对本发明的具体限制。
本发明提供的试剂盒在采用不同厂家、不同批次的试剂时会造成实验结果的差异,属于正常现象。
在进行小规模实验时,为保证平行实验间的重复性,建议配置试剂后,充分混匀并分装,以保证每次实验试剂的均一性。
实施例1
本实施例提供一种检测试剂盒,其中,核苷酸组合物Oligo1~10的核苷酸序列如SEQ NO ID.1~10所示。
试剂A:pH为8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo1 0.04 fg/μL,Oligo2 0.04 fg/μL,Oligo3 0.04 fg/μL,Oligo4 0.04 fg/μL。
试剂B:pH在8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo5 0.4 fg/μL,Oligo6 0.4 fg/μL,Oligo7 0.04 fg/μL,Oligo8 0.04 fg/μL,Oligo9 0.004 fg/μL,Oligo10 0.004 fg/μL。
实施例2
本实施例提供一种检测试剂盒,其中,核苷酸组合物Oligo1~10的核苷酸序列如SEQ NO ID.1~10所示。
试剂A:pH为7.3,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo1 0.01 fg/μL,Oligo2 0.01 fg/μL,Oligo3 0.01 fg/μL,Oligo4 0.01 fg/μL。
试剂B:pH在8.5,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo5 0.6 fg/μL,Oligo6 0.6 fg/μL,Oligo7 0.06 fg/μL,Oligo8 0.06 fg/μL,Oligo9 0.006 fg/μL,Oligo10 0.006 fg/μL。
实施例3
本实施例提供一种检测试剂盒,其中,核苷酸组合物Oligo1~10的核苷酸序列如SEQ NO ID.1~10所示。
试剂A:pH为8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo1 0.06 fg/μL,Oligo2 0.06 fg/μL,Oligo3 0.06 fg/μL,Oligo4 0.06 fg/μL。
试剂B:pH在8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo5 0.1 fg/μL,Oligo6 0.1 fg/μL,Oligo7 0.01 fg/μL,Oligo8 0.01 fg/μL,Oligo9 0.001 fg/μL,Oligo10 0.001 fg/μL。
实施例4
本实施例提供一种检测试剂盒,其中,核苷酸组合物Oligo1~10的核苷酸序列如SEQ NO ID.1~10所示。
试剂A:pH为8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo1 0.005fg/μL,Oligo2 0.005fg/μL,Oligo3 0.005fg/μL,Oligo4 0.005fg/μL。
试剂B:pH在8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo5 0.05fg/μL,Oligo6 0.05fg/μL,Oligo7 0.005fg/μL,Oligo8 0.005fg/μL,Oligo9 0.0005fg/μL,Oligo10 0.0005fg/μL。
实施例5
本实施例提供一种检测试剂盒,其中,核苷酸组合物Oligo1~10的核苷酸序列如SEQ NO ID.1~10所示。
试剂A:pH为8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo1 0.08fg/μL,Oligo2 0.08fg/μL,Oligo3 0.08fg/μL,Oligo4 0.08fg/μL。
试剂B:pH在8.0,溶剂为超纯水,溶质为以下终浓度物质Oligo5 0.8fg/μL,Oligo60.8fg/μL,Oligo7 0.08fg/μL,Oligo8 0.08fg/μL,Oligo9 0.008fg/μL,Oligo10 0.008fg/μL。
实施例6
与实施例1的区别在于,所述检测试剂盒中包含3条野生型非人源寡核苷酸链,即Oligo1-3,其余组分与实施例1相同。
实施例7
与实施例1的区别在于,所述检测试剂盒中仅包含5条突变型非人源寡核苷酸链,即Oligo5-9,其余组分与实施例1相同。
对比例1
本对比例提供一种检测试剂盒,其中,试剂盒中的核苷酸组合物将6条突变型非人源寡核苷酸链替换为6条野生型非人源寡核苷酸链。
对比例2
本对比例提供一种检测试剂盒,其中,试剂盒中的核苷酸组合物将4条野生型非人源寡核苷酸链替换为4条突变型非人源寡核苷酸链。
应用实施例1
本应用例利用实施例1制备的检测试剂盒检测靶向富集核酸Panel的灵敏度。
1.试剂准备
实验过程中所使用的试剂盒包括:QiaAmp CircμLating DNA Kit,Qubit dsDNAHS Assay,KAPA LTP Library Prep Kit,IDT Pan Cancer Capture Kit,Hiseq V4 PECluster Kit,Hiseq V4 SBS Kit(200cycles),均为现有的商业试剂盒。
2.实验操作过程
1)取出4mL血浆置于冰水混合物中融化。
2)向4mL血浆中加入1μL试剂A和1μL试剂B。
3)使用QiaAmp CircμLating DNA Kit进行血浆DNA提取,提取操作步骤按照QiaAmp CircμLating DNA Kit说明书进行。
4)使用Qubit dsDNA HS Assay对血浆DNA定量。
5)取20ng血浆DNA进行文库构建,文库构建使用KAPA LTP Library Prep Kit,操作步骤按照KAPA LTP Library Prep Kit说明书进行。
6)使用Qubit dsDNA HS Assay对文库进行定量。
7)杂交捕获使用IDT Pan Cancer Capture Kit,杂交步骤按照IDT Pan CancerCapture Kit说明书进行。
8)高通量测序采用Hiseq 2500平台,使用Hiseq V4 PE Cluster Kit,HiseqV4SBS Kit(200cycles)进行PE100测序,操作步骤按照Hiseq2500操作手册进行。
9)测序数据使用FastX Tool Kit进行高质量数据过滤,Samtools进行Mapping比对,分析步骤按照上述2个软件标准流程进行。
上述步骤重复4次,得到4次检测结果。
3.结果
第1次检测结果:血浆提取总量21ng,文库总量260ng,杂交后文库总量126ng,高质量数据量8.1G,通过分析检测试剂A中全部组分,试剂B中Oligo5,Oligo6,Oligo7,Oligo8,4个组分,Oligo9和Oligo10未检测出;本次实验准确度达99.90%。
第2次检测结果:血浆提取总量44ng,文库总量229ng,杂交后文库总量113ng,高质量数据量7.8G,通过分析检测试剂A中全部组分,试剂B中Oligo5,Oligo6,Oligo7,Oligo8,4个组分,Oligo9和Oligo10未检测出。本次实验准确度达99.90%。
第3次检测结果:血浆提取总量37ng,文库总量219ng,杂交后文库总量188ng,高质量数据量10.3G,通过分析检测试剂A中全部组分,试剂B中全部组分。本次实验精确度可达到99.99%。
第4次检测结果:血浆提取总量28ng,文库总量138ng,杂交后文库总量110ng,高质量数据量9.6G,通过分析检测试剂A中全部组分,试剂B中Oligo5,Oligo6,Oligo7,Oligo8,Oligo9,5个组分,Oligo10未检测出。本次实验精确度可达99.95%。
应用实施例2-7与应用对比例1-2
与应用实施例1的区别在于分别将实施例1提供的检测试剂盒替换为实施例2-7与对比例1-2提供的检测试剂盒,其余步骤及检测方法同应用实施例1。最终结果如表2所示,其中CV为变异系数(Coefficient of Variation)。
表2
编号 同一Panel的检测灵敏度 CV
应用实施例1 99.90-99.99% 0.001
应用实施例2 99.81-99.99% 0.021
应用实施例3 99.28-99.33% 0.013
应用实施例4 99.27-99.43% 0.027
应用实施例5 99.16-99.83% 0.053
应用实施例6 99.23-99.33% 0.021
应用实施例7 99.17-99.33% 0.019
应用对比例1 99.38-99.53% 0.026
应用对比例2 99.83-99.93% 0.021
如上表所示,应用实施例1使用了同一个靶向Panel做富集实验,通过分析试剂A和试剂B的组分,可以得到该Panel的检测灵敏度可达到99.9%-99.99%,说明实施例1提供的一种用于检测靶向富集核酸Panel灵敏度试剂盒可以有效评估捕获检测的灵敏度,4次结果稳定性好。
同时,由应用实施例1、6和7比较可知,寡核苷酸链的数量影响到所述试剂盒对靶向Panel检测结果准确性的评估,在缺少1条野生型或突变型非人源寡核苷酸链的情况下,检测结果较实施例1较差,且CV值较大,说明检测结果波动较大;由应用实施例1和应用对比例1、2比较可知,在同时使用野生型和突变型非人源寡核苷酸链时,检测结果更加准确。
因此,本发明提供的方法可有效的检测靶向捕获Panel的检测效率,可有效的矫正靶向捕获技术在测序中带来的噪音,降低分析噪声,大大提高靶向捕获技术的可靠性。同时,本发明提供的检测试剂盒材料来源常见,制备方法简单,并可长期保存,有着成本低廉,操作简便的特点,可大量用于市场推广。
申请人声明,以上所述仅为本发明的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,所属技术领域的技术人员应该明了,任何属于本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内,可轻易想到的变化或替换,均落在本发明的保护范围和公开范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 迈杰转化医学研究(苏州)有限公司
<120> 一种核苷酸组合物、包含其的检测试剂盒及其应用
<130> 20200302
<160> 10
<170> PatentIn version 3.3
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<400> 6
gttgtgccaa cctggctggc ggatgttgcg atttgagaca gctatgcgtg gttgcgttcg 60
ataataaggt gccttataat acgggtatac ccagtacttg tgccgatccc gtccgcggta 120
ctgcactaca gaataattac atttgttcta aagcctaaat cattgccgta cagtattcgg 180
tactt 185
<210> 7
<211> 200
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 7
agtaaggcgc gattgatagc gattaggtcc tcggttggat cccagtactc ggaaagcgcc 60
atagtacatc ccgcttgaca ttcgttctta ggagctaaac ttacagacat ggacccatcg 120
tatagggaaa ccggttacaa gacactgagc gggagtggag gccagcacga ggacgtcctc 180
ggtacgtcca ttgggctaca 200
<210> 8
<211> 120
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 8
tacgttacaa atgcgtgctt tgcgggcata acagagatcc tctgtcatcc atggaggcgc 60
gtcccgggtg gactgcttcc tgttttcttg atttcctgag ttctgggtca tgcgcgtgat 120
<210> 9
<211> 150
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 9
ctgctctcat gcagatcaag agagcgacac acctacttag tgaacggata tgtcaggcgt 60
gtcgggtata cagagcagat cgacagcgag cattcgcacg attggttctg agaagaggag 120
cgaaacatcc taatttgtat aaggatgtta 150
<210> 10
<211> 160
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 10
agctgagccg ataaaatacc gccatagtca ccggatccct ggaaccctct tcggcaccaa 60
attggtcgct tacacaataa ccaagtagca tagtcgcaaa gtgtcgtcgc taccctaggt 120
cataaagctt ccagcgccca aacctagtta atagtctagg 160

Claims (10)

1.一种核苷酸组合物,其特征在于,所述核苷酸组合物包括:野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链。
2.根据权利要求1所述的核苷酸组合物,其特征在于,所述野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链来源于东亚正钳蝎;
优选地,所述野生型非人源寡核苷酸链包括至少两条寡核苷酸链;
优选地,所述突变型非人源寡核苷酸链包括至少两条寡核苷酸链。
3.根据权利要求1或2所述的核苷酸组合物,其特征在于,所述核苷酸组合物包括:
四条野生型非人源寡核苷酸链,编号为Oligo1、Oligo2、Oligo3和Oligo4;和六条突变型非人源寡核苷酸链,编号为Oligo5、Oligo6、Oligo7、Oligo8、Oligo9和Oligo10;
优选地,所述野生型非人源寡核苷酸链和突变型非人源寡核苷酸链的长度为80-200bp;
优选地,所述Oligo1-10的长度均不相同。
4.一种检测试剂盒,其特征在于,包含如权利要求1-3任一项所述的核苷酸组合物。
5.根据权利要求4所述的检测试剂盒,其特征在于,所述核苷酸组合物中野生型非人源寡核苷酸链的混合液的pH值为7.3-8.5;
优选地,所述Oligo1-4的工作浓度相同或不同,Oligo1-4的工作浓度为0.01-0.06fg/μL,进一步优选地,所述Oligo1-4的工作浓度相同。
6.根据权利要求4或5所述的检测试剂盒,其特征在于,所述核苷酸组合物中突变型非人源寡核苷酸链的混合液的pH值为7.3-8.5;
优选地,所述Oligo5-10的工作浓度相同或不同,所述Oligo5-10的工作浓度为0.001-0.6fg/μL。
7.根据权利要求4-6任一项所述的检测试剂盒,其特征在于,所述Oligo5的工作浓度为0.1-0.6fg/μL;
优选地,所述Oligo6的工作浓度为0.1-0.6fg/μL;
优选地,所述Oligo7的工作浓度为0.01-0.06fg/μL;
优选地,所述Oligo8的工作浓度为0.01-0.06fg/μL;
优选地,所述Oligo9的工作浓度为0.001-0.006fg/μL;
优选地,所述Oligo10的工作浓度为0.001-0.006fg/μL。
8.如权利要求4-7任一项所述的检测试剂盒在检测靶向富集核酸Panel灵敏度中的应用。
9.一种检测靶向富集核酸Panel灵敏度的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
向生物样本中加入如权利要求4-7任一项所述的检测试剂盒,并提取所述生物样本中的DNA,构建DNA文库后进行高通量测序,并进行数据分析得到检测结果。
10.根据权利要求9所述的检测方法,其特征在于,所述生物样本的体积用量为1-10mL;
优选地,所述试剂盒中野生型非人源寡核苷酸链的混合液与生物样本的体积比为(0.001~0.005):1;
优选地,所述试剂盒中突变型非人源寡核苷酸链的混合液与生物样本的体积比为(0.001~0.005):1。
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Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0285357A2 (en) * 1987-03-31 1988-10-05 Kabushiki Kaisha Ueno Seiyaku Oyo Kenkyujo Control of retroviruses
CN1668923A (zh) * 2002-06-24 2005-09-14 佳能株式会社 带有标准探针的dna微阵列以及包含该阵列的试剂盒
CN103145834A (zh) * 2013-01-17 2013-06-12 广州泰诺迪生物科技有限公司 一种抗体人源化改造方法
CN106591303A (zh) * 2017-01-23 2017-04-26 苏州贝斯派生物科技有限公司 一种脱氧核糖核酸探针集、试剂盒及其制备方法与应用
CN107614681A (zh) * 2015-03-20 2018-01-19 宝生物工程株式会社 用于检测靶核酸的高灵敏度方法
CN110396517A (zh) * 2019-05-21 2019-11-01 珠海圣美生物诊断技术有限公司 一种用于扩增变异型靶基因片段的非淬灭型寡核苷酸探针及其应用

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP0285357A2 (en) * 1987-03-31 1988-10-05 Kabushiki Kaisha Ueno Seiyaku Oyo Kenkyujo Control of retroviruses
CN1668923A (zh) * 2002-06-24 2005-09-14 佳能株式会社 带有标准探针的dna微阵列以及包含该阵列的试剂盒
CN103145834A (zh) * 2013-01-17 2013-06-12 广州泰诺迪生物科技有限公司 一种抗体人源化改造方法
CN107614681A (zh) * 2015-03-20 2018-01-19 宝生物工程株式会社 用于检测靶核酸的高灵敏度方法
CN106591303A (zh) * 2017-01-23 2017-04-26 苏州贝斯派生物科技有限公司 一种脱氧核糖核酸探针集、试剂盒及其制备方法与应用
CN110396517A (zh) * 2019-05-21 2019-11-01 珠海圣美生物诊断技术有限公司 一种用于扩增变异型靶基因片段的非淬灭型寡核苷酸探针及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
陈丹等: "用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立", 《遗传》 *

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