CN111254204A - 与巴沙鱼生长速度相关的snp标记及其应用 - Google Patents

与巴沙鱼生长速度相关的snp标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111254204A
CN111254204A CN202010195736.4A CN202010195736A CN111254204A CN 111254204 A CN111254204 A CN 111254204A CN 202010195736 A CN202010195736 A CN 202010195736A CN 111254204 A CN111254204 A CN 111254204A
Authority
CN
China
Prior art keywords
basha
snp marker
snp
genotype
fish
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
CN202010195736.4A
Other languages
English (en)
Inventor
游兆欣
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Individual
Original Assignee
Individual
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Individual filed Critical Individual
Publication of CN111254204A publication Critical patent/CN111254204A/zh
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156Polymorphic or mutational markers
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一个巴沙鱼SNP标记及其应用。其中,该SNP标记为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列自5’端起第301位碱基G或T。本发明的SNP标记与巴沙鱼的生长速度紧密相关,能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种。

Description

与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记及其应用
技术领域
本发明涉及SNP标记及其应用。具体地,本发明涉及巴沙鱼生长速度相关的SNP标记,用于检测前述SNP标记的引物对和试剂盒,前述SNP标记、引物对、试剂盒在巴沙鱼选育中的用途,以及检测巴沙鱼生长速度的方法。
背景技术
巴沙鱼属鲇形目、芒鲶属鱼类,是东南亚国家重要的淡水养殖品种。巴沙鱼对水质环境适应能力强,养殖技术要求不高,作为日益兴起的养殖种类,目前在国内的水产品市场很受欢迎。2017年,巴沙鱼的全球产量仅110万吨。2018年产量达到了287万吨。2019年,全球巴沙鱼产量将突破300万吨。随着巴沙鱼养殖规模不大扩大,巴沙鱼种鱼近亲繁殖的现象较为突出,导致出现了种质退化、品种混杂等现象,致使巴沙鱼苗种经济性状衰退,从而影响产量的提高和产业的市场竞争力,制约巴沙鱼产业的持续健康发展。因此,开展巴沙鱼的良种培育势在必行。
传统的鱼类选育方法完全依赖于表型,存在周期长和效率低等无法逾越的障碍。分子育种,即分子标记辅助选择育种,是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择,综合改良选育物种的重要经济性状,是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为鱼类育种开辟了一条新的途径,随着现代生物技术的发展,分子标记在鱼类育种中的作用将日益突出。在巴沙鱼的育种中,人们希望通过对于生长性状密切相关,并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择,以实现早期选种和提高育种准确性的目标,从而取得更大的遗传进展。
然而,现阶段能够有效用于巴沙鱼育种的生长性状相关的分子标记仍有待挖掘。
发明内容
本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此,本发明的一个目的在于提出一种与巴沙鱼生长性状相关,能够有效用于巴沙鱼选育的SNP标记。
其中,需要说明的是,SNP(single nucleotide polymorphism,SNP,即单核苷酸多态性)是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记,主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异,表现是有转换、颠换、插入和缺失等。
根据本发明的一个方面,本发明提供了一种巴沙鱼生长速度相关的SNP标记。根据本发明的实施例,该SNP标记为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列(全长1001bp)自5’端起第301位碱基以Y表示,Y代表G或T。根据本发明的实施例,SEQ ID NO:1所示核苷酸序列如下:
CTCCTTGTGTGCGTCCTGGTGTGTCTAAGATTTTTATACAGACGTGATGCTAGAAAATAAATATTTAATCACAAACCTCTGATTAGGACAAGACTAGCTGATTCAGGCTCACGTTATTATCCCAGAACTGCTGATCAGTGCAGCCAAACACCATGAAATAATTTTCAAAAACCTGGTCTTAGTGATATTTCTTCTCCAAACACACCGTTTTTCATCCATCCACAGCAATTTGCCAACAATTCGAGGTTATTTATTTATTTATTAAAGAACATTATCTGTTTATAGTTATGCTTAATGTTGYAGGCCAACCACAAAACTAATCAGTTTCTGTTCTCACTTACTATAAACAGTTGTTCCATCACCAGCCTCTTTCTTTTCTCTTTTAAAGTTAATAAGACAAAAAAAAACGTAGCTTGTACCGATACCAAGTAACCGCAAAACGCAAACTCCGTTGTGAAGACTTTACCAGGTTGAAAATGATGATGCTGGAGACTCCTTCCATAAATGTTAAATAAATGATTACAGAAATTATTAAATTACAGAAACCATCAGCGTATCAACAATTGCATTAACCTTTTTAAATAACAAACAGCAATGTTTT(SEQ ID NO:1)。
发明人发现,该SNP位点处(字母Y标示)基因型为杂合GT的巴沙鱼的体重显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼。进而,根据本发明的实施例,通过检测巴沙鱼的上述SNP,能够有效地确定其生长速度,具体地,如前所述,该SNP位点为杂合GT的巴沙鱼的体重显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼,例如该SNP位点的基因型为GT时,则能够确定待测巴沙鱼的属于生长速度快的个体。由此,发明人确定,本发明的SNP标记与巴沙鱼的生长速度紧密相关,能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种。进而能够根据实际育种需求选择生长速度对巴沙鱼育种材料进行早期选择,进一步能够有效提高育种的效率和准确性,提高巴沙鱼繁殖群体的遗传水平,从而能够准确、高效地选育出巴沙鱼优良品种。此外,根据本发明的一些实施例,利用本发明的SNP标记进行巴沙鱼分子标记辅助育种,具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。
根据本发明的另一方面,本发明还提供了一种用于检测前面所述的本发明的SNP标记的引物对。根据本发明的实施例,所述引物对具有SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列。具体地,本发明的引物对的序列如下所示:
上游引物:5’-CTCCTTGTGTGCGTCCTGGTGTGTCTAA-3’(SEQ ID NO:2);
下游引物:5’-AAAACATTGCTGTTTGTTATTTAAAA-3’(SEQ ID NO:3)。
根据本发明的实施例,利用本发明的引物对能够有效地对待测巴沙鱼的上述与生长速度相关的SNP标记所在的片段进行PCR扩增,进而通过测序能够有效实现对该SNP标记的检测,确定待测巴沙鱼该SNP标记位点的基因型,进而能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度。具体地,该SNP标记位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的生长速度显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼,例如该SNP位点的基因型为TT或AT时,则能够确定待测巴沙鱼的属于生长速度快的个体。由此,用于检测前面所述的本发明的SNP标记的引物对,能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种,进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育巴沙鱼优良品种。
根据本发明的又一方面,本发明还提供了一种用于检测前面所述的SNP标记的试剂盒。根据本发明的实施例,该试剂盒包含:前面所述的用于检测本发明的SNP标记的引物对。即本发明的试剂盒中包含具有SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列的引物对。根据本发明的实施例,利用本发明的试剂盒中所包含的引物对,能够有效实现对待测巴沙鱼的上述与生长速度相关的SNP标记的多态性检测,确定待测巴沙鱼该SNP标记位点的基因型,进而能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度。具体地,该SNP标记位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的生长速度显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼,例如该SNP位点的基因型为GT时,则能够确定待测巴沙鱼属于生长速度快的个体。由此,本发明的用于检测前面所述的本发明的SNP标记的试剂盒,能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种,进而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育巴沙鱼优良品种。
根据本发明的再一方面,本发明还提供了前面所述的本发明的SNP标记、引物对或试剂盒,在巴沙鱼选育中的用途。如前所述,通过能够用于检测本发明的与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记的试剂例如前述的引物对或包含该引物对的试剂盒等,能够有效地检测确定待测巴沙鱼的上述SNP标记的基因型,进而基于获得的基因型能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度,从而能够有效辅助巴沙鱼选育。
进而,根据本发明的另一方面,本发明还提供了一种检测巴沙鱼生长速度的方法。根据本发明的实施例,该方法通过对待测巴沙鱼进行前面所述的SNP标记的检测,确定所述待测巴沙鱼的生长速度。具体地,可以通过能够用于检测本发明的与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记的试剂例如前述的引物对或包含该引物对的试剂盒等,对待测巴沙鱼进行PCR扩增、测序,以便检测确定待测巴沙鱼的上述SNP标记的基因型,进而基于获得的基因型能够有效确定待测巴沙鱼的生长速度。其中,如前所述,该SNP标记位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的生长速度显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼,例如当该SNP位点的基因型为GT时,则待测巴沙鱼的属于生长速度快的个体。由此,本发明的检测巴沙鱼生长速度的方法,能够快速、高效、准确地检测巴沙鱼生长速度,进而能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种,从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育巴沙鱼优良品种。
另外,根据本发明上述实施例的检测巴沙鱼生长速度的方法还可以具有如下附加的技术特征:
根据本发明的实施例,对待测巴沙鱼进行SNP标记检测的方法不受特别限制。测序、单链构象多态性聚合酶链式反应(PCR single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)、限制性片段长度多态性聚合酶链式反应(PCR-restriTCion fragment lengthpolymorphism,PCR-RFLP)及飞行时间质谱等技术均可以实现SNP的检测。其中,测序是一种准确性最高、灵活性强,通量大、检测周期短的检测技术。只需在SNP位点的两侧设计一对引物,扩增200-1000bp的产物,再通过测序即可直接检测SNP位点的基因型。因而,本发明采用测序的方法进行SNP标记检测。根据本发明的一些具体示例,通过对待测巴沙鱼进行前面所述的SNP标记的检测,确定所述待测巴沙鱼的生长速度,进一步包括:提取待测巴沙鱼的基因组DNA;利用前面所述的引物对,将所述待测巴沙鱼的基因组DNA进行PCR扩增,以便获得PCR扩增产物;对所述PCR扩增产物进行测序,以便获得测序结果;基于所述测序结果,确定所述待测巴沙鱼的所述SNP标记的基因型;以及基于所述待测巴沙鱼的所述SNP标记的基因型,确定所述待测巴沙鱼的生长速度。由此,能够有效提高检测巴沙鱼生长速度的效率。
根据本发明的实施例,提取待测巴沙鱼的基因组DNA的方法不受特别限制,可以采用任何已知的基因组DNA提取方法或试剂盒进行。根据本发明的一些具体示例,采用常规酚氯仿方法抽提待测巴沙鱼的基因组DNA。由此,能够有效获得质量好、纯度高的基因组DNA,便于后续步骤进行。
根据本发明的实施例,将所述待测巴沙鱼的基因组DNA进行PCR扩增的条件不受特别限制。根据本发明的一些具体示例,该PCR扩增的扩增体系以25μl计为:50-100ng/μl的模板DNA 1μl,10pmol/μl的SEQ ID NO:2-3所示的上下游引物各1μl,10mmol/L的dNTP mix2.0μl,5U/μl的Taq DNA聚合酶0.125μl,10×PCR反应缓冲液2.5μl,余量为双蒸水;该PCR扩增的反应条件为:94℃5分钟;94℃30秒,53℃30秒,72℃30秒,30个循环;72℃5分钟。由此,能够快速、高效、准确地扩增本发明的SNP标记所在的片段,获得目标扩增产物,便于后续步骤的进行。
根据本发明的实施例,对所述PCR扩增产物进行测序的方法不受特别限制,只要能够有效获得PCR扩增产物即SNP标记所在的片段的序列即可。根据本发明的一些具体示例,可以采用选自HISEQ和单分子测序方法的至少一种对所述PCR扩增产物进行测序。由此,能够高通量、快速、高效、准确地获得测序结果。
根据本发明的实施例,基于测序结果,通过比对巴沙鱼参考基因组序列,能够有效确定待测巴沙鱼的所述SNP标记的基因型为TT还是GT。
根据本发明的实施例,所述SNP标记的GT基因型个体的生长速度显著高于TT或GG基因型个体。即本发明前面所述的SNP标记与巴沙鱼的生长速度紧密相关。由此,基于确定的待测巴沙鱼的该SNP标记的基因型,能够准确有效地确定待测巴沙鱼的生长速度即生长速度性状,例如该SNP位点的基因型为GT时,则待测巴沙鱼的属于生长速度快的个体。进而本发明的方法能够有效用于巴沙鱼的分子标记辅助育种,从而能够辅助早期实现短时间、低成本、高准确性地选育巴沙鱼优良品种。
需要说明的是,本发明的与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记及其应用具有如下优点:
(1)本发明提供的SNP标记不受巴沙鱼的年龄、性别等限制,可用于巴沙鱼的早期选育,可显著促进巴沙鱼的育种进程;
(2)检测巴沙鱼如SEQ ID NO.1所示自5’端起第301位SNP位点的方法,准确可靠,操作方便;
(3)巴沙鱼如SEQ ID NO.1所示自5’端起第301位的SNP位点的检出,为巴沙鱼生长性状的标记辅助选择提供了科学依据。
本发明的附加方面和优点将在下面的描述中部分给出,部分将从下面的描述中变得明显,或通过本发明的实践了解到。
具体实施方式
除非特殊说明,本发明所用术语具有本发明所属领域中的一般含义。
下面参考具体实施例,对本发明进行说明,需要说明的是,这些实施例仅仅是说明性的,而不能理解为对本发明的限制。实施例中未注明具体技术或条件的,均按照常规实验条件,如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular cloning:alaboratory manual,2001),或按照制造厂商说明书建议的条件。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记的获得
1.1巴沙鱼群体的获得
所采用的群体为海南陵水某巴沙鱼养殖场2017年6月15日孵化的巴沙鱼,2017年8月2日,60,000尾鱼苗被转移至一个10亩的池塘继续饲养。2018年5月8日,从该池塘随机选出500个个体,剪取鱼体背鳍鳍条于95%乙醇-20℃保存,用于基因组DNA提取。
1.2巴沙鱼基因组DNA提取
本试验采用常规酚氯仿方法抽提巴沙鱼鳍条中的基因组DNA,具体步骤如下:
(1)取0.3~0.5g鳍条于1.5ml Eppendorf管中,剪碎,在超净工作台上开盖干燥20min;
(2)待乙醇基本挥发后,TE缓冲液(10mmol/ml Tris、1mmol/ml EDTA、SDS 5%,pH=8.0)洗涤1~2次,再加入600μl DNA抽提液(0.001mol/L Tris-Cl、0.1mol/L EDTA、SDS5%,pH=8.0)和3μl蛋白酶k(200mg/ml),55℃水浴消化3h左右,前30min每10min轻摇离心管1次,消化至管内液体澄清;
(3)加入自配酚氯仿溶液(酚:氯仿:异戊醇=25:24:1)600μl,轻轻来回颠倒离心管10min,12000r离心10min。取上层水相用等体积上述酚氯仿再抽提,直至水相与有机相之间没有白色沉淀;
(4)再用氯仿抽提1次,取出上清液,加入2倍体积已预冷的无水乙醇沉淀DNA,颠倒混匀,4℃静置30min,12000r离心10min,沉淀再用70%乙醇洗涤,离心晾干沉淀后加50μl无菌水溶解。4℃保存备用或-20℃长期保存。
1.3构建简化基因组测序(Restriction site Associated DNA sequencing,RAD-seq)文库并测序获得巴沙鱼体重相关的SNP标记
基于Hiseq2500高通量测序平台,采用RAD简化基因组测序方法对500个个体的DNA样本进行测序,每个个体产生1G左右的数据量,平均覆盖1X的巴沙鱼基因组。同时还对这500个个体进行体重等生长性状表型鉴定。采用PLINK软件对数据进行处理筛选处理,然后使用基于混合线性模型的EMMAX软件进行GWAS分析,从224,168个SNP中找到了一个与体重显著相关的SNP位点。该SNP位点位于SEQ ID NO.1所示序列的301bp位点处,在SEQ ID NO.1序列中用Y表示该处位点,且此处位点的碱基为G或T。该位点处基因型为杂合GT的巴沙鱼的体重显著高于此处基因型为纯合TT的巴沙鱼。
实施例2与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记的测序验证与应用
2.1提取待测巴沙鱼鳍条中的基因组DNA
待测巴沙鱼来自实施例1中的巴沙鱼群体,重新随机选取了200尾鱼,按照实施例1中所述的DNA提取方法抽提基因组DNA。
2.2扩增含SNP位点的核苷酸片段
以前述提取获得的各待测巴沙鱼的基因组DNA为模板,利用正向引物F:5’-CTCCTTGTGTGCGTCCTGGTGTGTCTAA-3’(SEQ ID NO:2)和反向引物R:5’-AAAACATTGCTGTTTGTTATTTAAAA-3’(SEQ ID NO:3),扩增出待测SNP所在的核苷酸片段。其中,PCR反应体系以25μl计为:50-100ng/μl模板DNA1μl,10pmol/μl引物F和R各1μl,10mmol/L dNTP mix 2.0μl,5U/μl Taq DNA聚合酶0.125μl,10×PCR反应缓冲液2.5μl,余量为双蒸水;PCR反应条件为:94℃5分钟;94℃30秒,53℃30秒,72℃30秒,30个循环;72℃5分钟。
2.3测序识别SNP位点基因型
将上述步骤中获得的各PCR扩增产物于ABI3730测序仪上进行单向测序,识别SEQID NO:1序列中301bp处(即本发明的SNP标记)的基因型。其中,200尾待测巴沙鱼个体该SNP位点的基因型及其体重如下表1所示。
表1 200个个体该SNP位点的基因型及其体重
Figure BDA0002417531610000061
Figure BDA0002417531610000071
Figure BDA0002417531610000081
2.4 SNP位点基因型与生长速度的关联分析
基于表1的结果,利用SAS9.0软件Mixed程序进行线性模拟分析SNP位点的基因型与生长速度的关联性,其中分析时以个体体重代表表型值,采用的模型如下:
Yijk=μ+Gi+aj+eijk
其中,Yijk为个体体重值,μ群体体重均值,Gi为基因型效应向量,aj为微效多基因向量,eijk为随机残差效应向量。
SNP位点的基因型与生长速度的关联分析结果见下表2。
表2 SNP位点的基因型频率及与体重的关联分析
Figure BDA0002417531610000082
由表2可知,GT杂合型个体体重均值比TT纯合型个体体重均值大。
表2所示的关联分析结果表明,GT基因型个体体重的均值与TT或GG基因型个体体重的均值的差异达极显著性水平(P<0.01)。进而,证明SEQ ID NO:1所示核苷酸序列自5’端起第301位碱基G或T,与巴沙鱼生长速度显著相关,为巴沙鱼生长速度相关的SNP标记,该SNP标记的GT基因型个体的生长速度显著高于TT或GG基因型个体。
在本说明书的描述中,参考术语“一个实施例”、“一些实施例”、“示例”、“具体示例”、或“一些示例”等的描述意指结合该实施例或示例描述的具体特征、结构、材料或者特点包含于本发明的至少一个实施例或示例中。在本说明书中,对上述术语的示意性表述不一定指的是相同的实施例或示例。而且,描述的具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例,本领域的普通技术人员可以理解:在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由权利要求及其等同物限定。
序列表
<120> 与巴沙鱼生长速度相关的SNP标记及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 999
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
acatgcacgc acacacacac acacacacac acacacacac acacacacag cttggcctca 60
caattatgtt atgttacgtg ctgatcttgg acctgagctg cagtccacaa acacacacag 120
ataacactag gtgtgaggat gaagtgtttt caaacttagt ccttgtggag ttaataacca 180
ctacctgcct aactcctatc ttgatttttt tggcctcttg tgtgaagcag aacaagctgt 240
gaactcgact ttattatagc ttaaaaacta cagtagcatt catatggagt tgtgcatctg 300
gccaccagac gaatgtgaag gccttggtat gttcagctga agtttaaact ttctgatgtc 360
aaattggagg gggagcctta tccgacaatt tctgtaactt ttcaaaatga aagattcaat 420
tgatcatctt ttctaaagct ctcttttttc gtcatttcca caactatggg cagaagcagt 480
gcagataaaa gcagaaagyt gtaatattga atacatacag tctcgaaaag ggactgcggc 540
aggaaatggc ctgcagccag tttggcttga cttcaggtca gtgagatacc tttactatat 600
ttccacatac cattgttagc cttaaggtgt gtaggtttgc ctctttcaat ctattatttt 660
cttgacaaag aggaaaaaca tacttgattc tggaattatt tcacttgttt cctcattttg 720
ctgaaattga cctttctgat cctgtttctc tttgcttttt gacacttctt gagaatttca 780
gatgaagttc aactgcagtg gaaacaagag gggctttcca attggcaaga tgattcactc 840
gctgtgaaca aaaaaaaaat agaagtggaa ttgtaagaca gtttttgact aagatggatg 900
cacacacaac agtttgtgtc tcagtaggat accgatgtaa tccaacattt cctgactgca 960
gtttttcccc tgtaatctat caaactgagg ctgtagtgt 999
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cattcatatg gagttgtgca tct 23
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
cattcatatg gagttgtgca tct 23

Claims (8)

1.一种巴沙鱼生长速度相关的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记的序列如SEQ IDNO:1所示,所述SEQ ID NO:1所示序列自5’端起第301位碱基是G或T。
2.根据权利要求1所述的SNP标记,其特征在于,所述SNP标记的GT基因型个体的生长速度显著高于TT或GG基因型个体。
3.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP标记的引物对,其特征在于,所述引物对具有SEQ ID NO:2~3所示的核苷酸序列。
4.一种用于检测权利要求1或2所述的SNP标记的试剂盒,其特征在于,包含:权利要求3所述的引物对。
5.权利要求1或2所述的SNP标记、权利要求3所述的引物对或权利要求4所述的试剂盒在巴沙鱼选育中的用途。
6.一种检测巴沙鱼生长速度的方法,其特征在于,通过对待测巴沙鱼进行权利要求1或2所述的SNP标记的检测,确定所述待测巴沙鱼的生长速度。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,通过对待测巴沙鱼进行权利要求1或2所述的SNP标记的检测,确定所述待测巴沙鱼的生长速度,进一步包括:
提取待测巴沙鱼的基因组DNA;
利用权利要求3所述的引物对,将所述待测巴沙鱼的基因组DNA进行PCR扩增,以便获得PCR扩增产物;
对所述PCR扩增产物进行测序,以便获得测序结果;
基于所述测序结果,确定所述待测巴沙鱼的所述SNP标记的基因型;以及
基于所述待测巴沙鱼的所述SNP标记的基因型,确定所述待测巴沙鱼的生长速度。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述SNP标记的GT基因型个体的生长速度显著高于TT或GG基因型个体。
CN202010195736.4A 2019-11-20 2020-03-19 与巴沙鱼生长速度相关的snp标记及其应用 Withdrawn CN111254204A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN2019111393990 2019-11-20
CN201911139399 2019-11-20

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN111254204A true CN111254204A (zh) 2020-06-09

Family

ID=70946009

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202010195736.4A Withdrawn CN111254204A (zh) 2019-11-20 2020-03-19 与巴沙鱼生长速度相关的snp标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111254204A (zh)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113981104A (zh) * 2021-09-24 2022-01-28 华南农业大学 苏氏圆腹鲶生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN114262741A (zh) * 2021-11-01 2022-04-01 华南农业大学 苏氏圆腹鲶抗病性状相关的snp分子标记及其应用
CN114561474A (zh) * 2021-12-02 2022-05-31 华南农业大学 苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的分子标记及其应用

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN113981104A (zh) * 2021-09-24 2022-01-28 华南农业大学 苏氏圆腹鲶生长性状相关的snp分子标记及其应用
CN114262741A (zh) * 2021-11-01 2022-04-01 华南农业大学 苏氏圆腹鲶抗病性状相关的snp分子标记及其应用
CN114561474A (zh) * 2021-12-02 2022-05-31 华南农业大学 苏氏圆腹鲶抗细菌性败血症性状相关的分子标记及其应用

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107217094B (zh) 一个与吉富罗非鱼生长速度相关的snp标记及其应用
CN111254204A (zh) 与巴沙鱼生长速度相关的snp标记及其应用
CN109852710B (zh) 一种与石斑鱼氨耐受能力相关的snp标记及其用途
CN109554486B (zh) 与草鱼性状相关的snp分子标记及其应用
KR101213217B1 (ko) 한우의 육량 또는 육질의 조기 선발에 유용한 단일염기다형성 마커
KR101929391B1 (ko) 돼지의 유두수 증대 예측용 유전자 마커 및 이의 용도
CN107022608B (zh) Snp标记及其应用
CN106086195A (zh) 一个与石斑鱼生长速度相关的snp标记及其应用
CN113881785A (zh) 用于凡纳滨对虾多性状育种的snp位点引物组合及应用
CN108411007B (zh) Snp标记及其应用
CN106048028A (zh) 一个与石斑鱼生长速度相关的snp标记及其应用
CN113801947A (zh) 与巴沙鱼生长速度性状相关的snp标记、检测引物和应用
CN113215284B (zh) 长吻鮠生长速度相关的snp标记及其应用
KR102458440B1 (ko) 고추 역병 저항성 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 고추 역병 저항성 판별 방법
KR101784163B1 (ko) 돼지의 등지방두께 저감 판단용 snp 마커 및 이의 용도
CN112210607B (zh) 与水牛白毛色表型相关的分子标记及应用
CN106048027A (zh) 一个与石斑鱼生长速度相关的snp标记及其应用
CN114262741A (zh) 苏氏圆腹鲶抗病性状相关的snp分子标记及其应用
KR102001528B1 (ko) 한국 재래돼지 식별용 유전자 마커 및 이의 용도
CN113403402A (zh) 一种马氏珠母贝类胡萝卜素含量相关的Pm-SRB基因SNP分子标记及其应用
CN118222716A (zh) 一种与石斑鱼体型大小相关的snp标记及其应用
KR101663404B1 (ko) Tdrkh 유전자 내의 한우 육질 진단용 단일염기다형성 마커 및 이를 이용한 한우 육질의 진단방법
KR101696692B1 (ko) 돼지의 근육 내 근섬유타입 ⅰ의 수준 판단용 snp 마커 및 이의 용도
CN113005202B (zh) 一种与罗非鱼耐盐性相关的snp标记及其应用
CN113151492B (zh) 一种与卵形鲳鲹耐低氧性状相关的snp分子标记及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
WW01 Invention patent application withdrawn after publication
WW01 Invention patent application withdrawn after publication

Application publication date: 20200609