CN110997945A - 伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒 - Google Patents

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Abstract

本发明的目的在于使用规定的基因多态性来预测伊立替康的治疗效果。本发明中对APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡的基因多态性进行分析，并基于该基因多态性的基因型进行判定。

Description

伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒
技术领域
本发明涉及伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒。
背景技术
伊立替康(CPT-11)是由喜树来源的抗肿瘤性生物碱喜树碱合成的抗癌剂，已知在肺癌和转移性结肠癌等癌症的治疗中有用。伊立替康由肝脏代谢，由此转化为活性代谢物SN-38，从而表现出抗肿瘤作用。伊立替康通过抑制促进DNA复制的酶拓扑异构酶而表现出优异的抗癌作用，但作为副作用，也有报告称其具有较大的毒性，如白细胞减少和引发腹泻。
葡萄糖醛酸转移酶(UDP-glucuronosyltransferase：UGT)是催化葡萄糖醛酸与药物、异物或内源性物质如胆红素、类固醇激素、胆汁酸等进行合成反应的酶，已知在编码该酶的基因之一的UGT1A1中存在基因多态性。上述SN-38通过该UGT经结合反应而失活，从而被排泄出去。
并且，有报告称UGT1A1基因多态性与作为抗癌剂的伊立替康(CPT-11)的副作用出现有关。即，报告称携带引起UGT活性下降的UGT1A1基因多态性的人的白细胞减少和严重腹泻等重度副作用的风险会升高。UGT1A1基因多态性之一的UGT1A1*28在启动子区域TATA框中的TA序列的重复为7次，而在占多数的野生型(UGT1A1*1)中为6次，这一区别即TA2碱基的插入导致基因的表达量降低，结果导致UGT活性下降。
另外，在UGT1A1基因中，至少存在9个异构体即UGT1A1、UGT1A3～UGT1A10。各异构体也与上述UGT1A1基因相同，已知有各种基因多态性。这些基因多态性中，有的会影响UGT的酶活性和基因的表达量等，有的则被报告与伊立替康的副作用出现有关。
另一方面，为了诊断伊立替康的副作用，利用Invader法的UGT1A1基因多态性诊断试剂盒(美国TWT公司)正在作为诊断药而进入实用阶段。但是，这些方法存在判别精度低、分析成本高的问题。此外，专利文献1公开了通过使用对应于UGT1A1基因中上述UGT1A1*28多态性的核酸探针的杂交法，从而有效判定该UGT1A1*28多态性的方法。另外，专利文献2公开了通过全面分析基于临床信息(伊立替康的副作用是否产生)和UGT1A基因多态性信息分组的患者基因组(外显子组分析)，由此进行不将UGT1A基因多态性作为原因的新型伊立替康的副作用相关因子进行探索的结果。专利文献2举出了APCDD1L基因、R3HCC1基因、OR51I2基因、MKKS基因、EDEM3基因或ACOX1基因作为辅助预测伊立替康副作用发生风险的因子。
现有技术文献
专利文献
专利文献1：日本特开2008-072913号公报
专利文献2：国际公布WO 2016/132736
发明内容
发明所要解决的问题
另外，上述基因多态性与预测伊立替康给药时的副作用发生频率有关。但是，与伊立替康的治疗效果相关的基因多态性尚且不明，从而无法判定伊立替康给药时的治疗效果。
因此，本发明的目的在于提供一种鉴定与伊立替康治疗效果相关的基因多态性，使用该基因多态性预测伊立替康治疗效果的方法，或者辅助判定治疗效果的方法。
解决问题的技术方案
本发明人为了解决上述问题而进行了潜心研究，结果从与伊立替康副作用相关的基因多态性中发现特定的基因多态性与伊立替康的治疗效果相关，从而完成了本发明。本发明包含以下内容：
(1)一种判定伊立替康治疗效果的方法，所述方法为：对在采集自受试者的生物试样中的基因组DNA中存在的APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性进行分析，判定该基因多态性的基因型，并基于判定的基因型来判定伊立替康的治疗效果。
(2)根据(1)所述的方法，其特征在于，由所述rs1980576鉴定的基因多态性为单核苷酸多态性，其在SEQ ID NO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中，在第186位野生型为腺嘌呤而突变型为鸟嘌呤。
(3)根据(1)所述的方法，其特征在于，当由所述rs1980576鉴定的基因多态性为野生型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果高；当为突变型与野生型的杂合子时，判定具有伊立替康的治疗效果；当为突变型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果低。
(4)根据(1)所述的方法，其特征在于，与由所述rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡关系的基因多态性是由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。
(5)一种用于判定伊立替康治疗效果的探针组，包括：寡核苷酸，其在严格条件下与连续5～50个碱基的区域进行杂交，所述连续5～50个碱基的区域包含APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性。
(6)根据(5)所述的用于判定治疗效果的探针组，其特征在于，所述5～50个碱基的区域包含SEQ ID NO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中的第186位。
(7)根据(5)所述的用于判定治疗效果的探针组，包括：对应于由所述rs1980576鉴定的基因多态性中野生型的野生型探针；以及对应于该基因多态性中突变型的突变型探针。
(8)根据(5)所述的用于判定治疗效果的探针组，其特征在于，与由所述rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡关系的基因多态性是由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。
予以说明，本发明的用于判定伊立替康治疗效果的探针组也可以是伊立替康治疗效果判定试剂盒，所述试剂盒包含使样本所含的上述5～50个碱基的区域扩增的引物。即，本发明的试剂盒也可以包括：引物，其使连续5～50个碱基的区域特异性扩增，所述连续5～50个碱基的区域包含APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性；以及上述用于判定治疗效果的探针组，其与该扩增的区域特异性杂交。此外，本发明的试剂盒也可以包括在扩增上述区域时所需要的各种试剂和/或在使扩增的区域与上述核酸探针特异性杂交时所需要的各种试剂。另外，通过将上述用于判定伊立替康治疗效果的探针组固定在载体上，能够作为用于判定伊立替康治疗效果的DNA芯片。
本说明书包含了作为本申请的优先权基础的日本专利申请号2017-122569号的公开内容。
发明效果
根据本发明，能够利用检测基因多态性这一简便的方法来高精度地判定伊立替康治疗效果。
附图说明
图1是表示对于接受含伊立替康方案治疗的日本结肠癌患者140个病例，分析a)～f)的单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果关系的结果(除减量病例、UGT1A1*6、UGT1A1*28、复合杂合性(compound heterogeneous)以外的140个病例中的统计分析结果)的特性图。
图2是表示与图1同样地对于140个病例，分析g)～k)的单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果关系的结果(除减量病例、UGT1A1*6、UGT1A1*28、复合杂合性(compoundheterogeneous)以外的140个病例中的统计分析结果)的特性图。
图3是对于限定为140个病例中的FOLFIRI方案病例的亚群66个病例，分析a)～f)的单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果关系的结果的特性图。
图4是对于限定为140个病例中的FOLFIRI方案病例的亚群66个病例，分析g)～k)的单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果关系的结果的特性图。
图5是表示国际公布WO 2016/132736(PCT/JP2016/000793)中作为表2中记载的单核苷酸多态性与伊立替康副作用关系的分析结果(除UGT1A1*28纯合子(homo)、UGT1A1*6纯合子(homo)和复合杂合子(compound hetero)以外的病例中的统计分析结果(N＝68))的特性图。
具体实施方式
本发明是通过对APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性进行鉴定，由此判定伊立替康治疗效果的方法。伊立替康(CPT-11)、1,4’-双哌啶-1’-羧酸(S)-4,11-二乙基-3,4,12,14-四氢-4-羟基-3,14-二氧代-1H-吡喃并[3’,4’:6,7]吲哚并[1,2-b]喹啉-9-基酯(CAS NO:97682-44-5)是由喜树来源的抗肿瘤性生物碱喜树碱合成的化合物。本发明中，伊立替康也包含其盐及它们的溶剂化物、尤其是水合物(例如CAS NO:136572-09-3)。作为伊立替康的盐，优选将使药学上可接受的酸作用而成的酸加成盐用作抗癌剂。作为这种酸加成盐，例如可举出：与盐酸、硫酸、磷酸、氢溴酸等无机酸生成的盐；与草酸、马来酸、富马酸、苹果酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸、乙酸、对甲苯磺酸、甲磺酸等有机酸生成的盐，特别优选使用盐酸盐(盐酸伊立替康；CAS NO:136572-09-3)。
伊立替康在向生物体内给药后，会由羧酸酯酶转化为活性代谢物SN-38。SN-38在肝脏经葡萄糖醛酸转移酶(UDP-glucuronosyltransferase：UGT)的结合反应，被解毒后由肠道排泄。伊立替康的适应病症没有特别限定，例如可举出：小细胞肺癌、非小细胞肺癌、宫颈癌、卵巢癌、胃癌(不可手术或复发)、结肠直肠癌(不可手术或复发)、乳腺癌(不可手术或复发)、鳞状细胞癌、恶性淋巴瘤(非霍奇金淋巴瘤)、小儿恶性实体瘤、不可治愈性切除的胰腺癌。即，根据本发明，能够判定伊立替康对于上述各种癌症的治疗效果。
在鉴定上述基因多态性时，可以使用从受试者采集的生物样品所含有的基因组DNA。本文中，从受试者采集的生物样品只要是含有基因组DNA，就没有特别限制。例如可举出：血液及来自血液的血液相关样品(血液、血清和血浆等)、淋巴液、汗、泪、唾液、尿、粪便、腹水和脊髓液等体液，以及细胞、组织或脏器的破碎物和提取液等。在本发明中，优选使用血液相关样品。
作为从采集自受试者的生物样品提取基因组DNA的提取方法，没有特别限定，优选能够从上述生物样品直接分离DNA成分，纯化并回收的方法。
本文中，将APCDD1L基因(NCBI登记号：NM_153360.1；更新日：2014年1月26日)的碱基序列示于SEQ ID NO:1。APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性位于SEQ ID NO:1所示碱基序列中的第186位。由rs1980576鉴定的基因多态性(即，SEQ ID NO:1所示碱基序列中第186位的碱基)在野生型为腺嘌呤而在突变型为鸟嘌呤。予以说明，对于SEQ ID NO:1所示APCDD1L基因的碱基序列的互补链，在野生型为胸腺嘧啶而在突变型为胞嘧啶。
“连锁不平衡”是指在生物群体中发现的在多个基因座的等位基因或遗传标记(多态性)之间非随机关联，即这些特定组合(单倍型)的频率显著升高的群体遗传学现象；“遗传连锁”是指特定的等位基因组合不遵循孟德尔分离定律而共同从亲代向子代遗传的遗传学现象。具体而言，作为与由rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性，没有特别限定，例如可举出由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。
作为上述基因多态性的鉴定方法，即基因多态性的分型方法，可以使用公知的单核苷酸多态性的分析方法，可举出：实时PCR法、直接测序法、TaqMan(注册商标)PCR法、Invader(注册商标)法、Luminex(注册商标)法、淬灭探针/引物(Quenching primer/probe)(QP)法、MALDI-TOF法、分子信标法等。具体可举出：通过将采集自受试者(通常是指人类受试者)的生物样品的基因组DNA作为模板的扩增反应，用引物对包含测定对象的单核苷酸多态性位点的核酸片段进行扩增，检测所得到的核酸片段与对应于野生型和突变型的一对探针杂交的方法；在上述PCR扩增过程中，通过在该单核苷酸多态性位点使用特异性探针，由此检测野生型和突变型的方法。
作为鉴定基因多态性时使用的探针组(即用于判定伊立替康治疗效果的探针组)，可以是包括寡核苷酸的探针组，所述寡核苷酸在严格条件下与包含由rs1980576鉴定的基因多态性的连续5～50个碱基、优选10～40个碱基、更优选15～30个碱基的区域进行杂交。此外，通过使用锁核酸(LNA)等人工核酸合成的寡核苷酸探针作为探针，可以获得即使短碱基也能特异性杂交的探针。予以说明，探针组是指对应于野生型等位基因的野生型探针和对应于突变型等位基因的突变型探针。作为一例，将野生型探针的碱基序列示于SEQ IDNO:2，将突变型探针的碱基序列示于SEQ ID NO:3。
作为严格条件，是指形成所谓的特异性杂交体而不形成非特异性杂交体的条件，具体可举出：在含有6×SSC(将含有1.5M NaCl、0.15M柠檬酸三钠的溶液作为10×SSC)、50％甲酰胺的溶液中于45℃形成杂交体，然后在2×SSC中于50℃进行洗涤的条件。此外，严格条件可以参照Molecular Biology,John Wiley&Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6来适当设置。或者，作为严格条件，可举出：在含有3×SSC/0.3×SDS的溶液中于54℃形成杂交体，然后依次用洗涤液A(10×SSC/1％SDS溶液)、洗涤液B(20×SSC)和洗涤液C(5×SSC)进行洗涤的条件(参照日本特开2011-250726)等条件。
另外，鉴定基因多态性时使用的探针组也可以固定在载体上使用，作为载体，可举出平面状的基板和珠状的球形载体，具体可举出日本特开2011-250726中记载的载体。此外，可以将检测野生型的探针和检测突变型的探针固定在相同载体上，也可以固定在不同载体上。
作为在上述基因多态性的鉴定方法中使用的引物，可以是由能够将基因组DNA作为模板，对包含由rs1980576鉴定的基因多态性的连续至少5个碱基作为核酸片段进行扩增的寡核苷酸组成的引物。更具体而言，可以根据SEQ ID NO:1所示碱基序列来适当设计由能够扩增包含SEQ ID NO:1所示APCDD1L基因碱基序列的第186位碱基在内的至少5个碱基、优选10～500个碱基、更优选20～200个碱基、进一步优选50～100个碱基的寡核苷酸组成的引物。
另外，扩增包含由rs1980576鉴定的基因多态性的连续至少5个碱基时，使用预先标记的引物，或者在扩增反应中将标记核苷酸用作底物，由此能够识别扩增的序列。作为标记物质，并没有特别限定，可以使用放射性同位素、荧光色素，或者地高辛(DIG)和有机化合物如生物素等等。
上述探针或引物例如可以通过核酸合成装置进行化学合成而获得。作为核酸合成装置，可以使用DNA合成仪、全自动核酸合成装置等。
当扩增的核酸片段具有标记时，通过检测标记就能够测定与各探针(用于判定伊立替康治疗效果的探针组所包含的野生型探针或突变型探针)杂交的核酸片段。例如，当将荧光色素用作标记时，通过测定来自该荧光色素的荧光强度，可以测定与探针杂交的核酸片段。具体而言，如果要计算与野生型探针杂交的核酸片段和与突变型探针杂交的核酸片段之比，则可以根据检测到野生型探针中的标记时的输出值和检测到突变型探针中的标记时的输出值来计算。予以说明，当将荧光标记用作标记时，荧光强度则为输出值。
更具体而言，通过来自与突变型探针杂交的核酸片段的输出值(荧光强度)除以来自与突变型探针杂交的核酸片段的输出值(荧光强度)和来自与野生型探针杂交的核酸片段的输出值(荧光强度)的平均值，由此可以计算出判定值。该判定值近似于将核酸片段所包含的突变型的存在量归一化而得的值。因此，根据该判定值的高低，可以分析受试者的单核苷酸多态性，并区分是具有突变型纯合子，还是具有野生型为纯合子，或者是具有杂合子。
当使用该判定值时，为了分析受试者的单核苷酸多态性，并区分是具有突变型纯合子，还是具有野生型为纯合子，或者是具有杂合子，优选预先设置两个阶段的阈值(阈值A和阈值B)。予以说明，这里的阈值A和阈值B具有(阈值A>阈值B)的关系。即，如果如上述地计算出的判定值超过阈值A，则判断为具有突变型纯合子；如果该判定值小于等于阈值A且超过阈值B，则判断为具有杂合子；如果该判定值小于等于阈值B，则判断为具有野生型为纯合子。
作为阈值A和阈值B的设置方法，没有特别限定，可举出如下方法：使用预先区分出基因型的样品如上述地计算出判定值，分别对上述具有突变型纯合子时、具有野生型为纯合子时，或者具有杂合子时以正态分布计算概率密度。此时，求出概率密度相互重叠的交点(在概率密度的大小交替的位置，且各个极大值之间)，并分别求出上述具有突变型纯合子时、具有野生型为纯合子时，或具有杂合子时的平均值。然后，作为具有突变型纯合子时和具有杂合子时的阈值，可以计算为(具有突变型纯合子时的平均值和具有杂合子时的平均值)的平均值和交点的平均值。同样地，作为具有杂合子时和具有野生型为纯合子时的阈值，可以计算为(具有杂合子时的平均值和具有野生型为纯合子时的平均值)的平均值和交点的平均值。
于是，对于受试者，当由上述rs1980576鉴定的基因多态性为野生型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果高；当为突变型与野生型的杂合子时，判定具有伊立替康的治疗效果；当为突变型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果低。本文中，作为判定对象的受试者为上述伊立替康适应范围的疾病的疑似患者或诊断为该疾病的患者等，没有特别限定。
实施例
下面通过实施例进一步详细地说明本发明，但本发明的技术范围并不限于以下实施例。
〔实施例1〕
(分析对象)
将从日本人的伊立替康给药结肠癌(4期)155个病例中除去伊立替康减量给药病例、UGT1A1*6(纯合子)、UGT1A1*28(纯合子)及它们的复合杂合性(compoundheterogeneous)病例后的病例中，进行治疗效果判定的140个病例和该140个病例中的亚群66个病例(进行方案统一的FOLFIRI方案病例)作为分析对象。FOLFIRI方案是在氟尿嘧啶和左亚叶酸钙组合的治疗中同时合用伊立替康的对结肠癌的标准治疗之一。予以说明，该140个病例是采用含伊立替康方案接受治疗的日本结肠癌患者。本实施例中的方案中，除了伊立替康以外，还包括氟尿嘧啶与左亚叶酸钙合用的FOLFIRI方案、与卡培他滨合用的XELIRI方案、与S-1合用的IRIS方案、与抗EGFR抗体药(贝伐单抗、西妥昔单抗、帕尼单抗)的联合疗法。
(基因组DNA的制备)
按照以下方法从各病例制备基因组DNA。首先，向含有EDTA的试管中加入采集的外周血。然后，根据碘化钠法(Wang et al.,Nucleic Acids Res 34:195-201(2014))进行制备。将制备的DNA溶解于含有1mM EDTA·2Na的10mM Tris-盐酸缓冲液(pH8.0)中，在使用前保存在4℃或-20℃。
(基因多态性分析)
使用制备的基因组DNA，按照与国际公布WO 2016/132736(PCT/JP2016/000793)中记载的相同方法进行基因组的全面分析(WES分析)。即，对照组设置为UGT1A基因多态性(UGT1A1*6、UGT1A1*27、UGT1A1*28、UGT1A7(387T>G、622T>C)、UGT1A9*1b、UGT1A1*60这7处)是全部副作用风险低的纯合型且未观察到伊立替康副作用的病例(n＝5)，病例组则虽然设置为与对照组同为UGT1A基因多态性但观察到副作用(3级，全过程(entire course))的病例(n＝5)，以及UGT1A基因多态性具有杂合子的从伊立替康初次给药时便观察到副作用(4级)的病例(n＝5)，共设置以上3组病例，进行病例对照分析。作为验证，利用水解探针进行基因分型。基因多态性与副作用发生频率和有效率的统计分析使用科克伦-阿米蒂奇(Cochran-Armitage)趋势检验。
从上述WES分析结果，使用标准化差值对对照组和病例组之间的等位基因频率差异进行排序。对于排序靠前的多态性，通过使用TaqMan水解探针的方法来分析155个病例，分析与伊立替康的副作用即血液毒性(3级以上)的发生频率的相关性。此时，考虑到对氨基酸序列的影响，通过WES分析而鉴定的APCDD1L基因中的单核苷酸多态性为rs3946003和rs7265854，但rs3946003由于在使用TaqMan水解探针的方法中不能得到引物和探针的设计，因此在WES分析中虽然不会影响氨基酸序列，但将与rs3946003完全连锁的rs1980576作为rs3946003的替代对象。结果是在a)APCDD1L基因中的单核苷酸多态性rs1980576、b)R3HCC1基因中的单核苷酸多态性rs2272761、c)OR51I2基因中的单核苷酸多态性rs12577167、d)MKKS基因中的单核苷酸多态性rs1547、e)EDEM3基因中的单核苷酸多态性rs9425343、f)APCDD1L基因中的单核苷酸多态性rs7265854中，观察到副作用发生频率和显著的线性趋势。
本文中，通常而言，副作用越大则药剂的作用也越强，即治疗效果也就越高。因此，对上述a)～f)的单核苷酸多态性与伊立替康副作用关系已知的g)UGT1A1*6、h)UGT1A1*60、i)UGT1A7(387T>G)、j)UGT1A7(622T>C)、k)UGT1A9*1b共计11处的单核苷酸多态性与伊立替康的癌症治疗效果的关联性进行分析。予以说明，伊立替康的癌症治疗效果依据RECIST(response criteria for solid tumors，实体瘤治疗反应评价标准)评价为CR(CompleteResponse：完全缓解，目标病灶完全消失)、PR(Partial Response：部分缓解，目标病灶的直径总和与基线的直径总和相比缩小30％以上)、SD(Stable Disease：疾病稳定，未确认到属于PR的肿瘤缩小或属于PD的肿瘤增大)和PD(Progressive Disease：疾病进展，目标病灶的直径总和与目前为止最小的直径总和相比增大20％以上，且在绝对值上增加5mm以上)，将CR和PR判定为有治疗效果，SD和PD判定为没有治疗效果。
将各个单核苷酸多态性与伊立替康治疗效果的关系示于图1～4。图1和图2是进行治疗效果判定的140个病例的分析结果，图3和图4是上述140个病例中的亚群66个病例的分析结果。图1～4中的P值(P value/C.-A.)是科克伦-阿米蒂奇(Cochran-Armitage)趋势检验的结果，Fisher是费希尔精确检验(Fisher’s Exact Test)的结果。此外，图1～4中，比值比(Odds ratio)是采用费希尔精确检验计算出野生型纯合子或突变型纯合子中伊立替康的癌症治疗效果(效力(Efficacy))的比值比。
如图1～4所示，对于a)～k)中的b)～k)的单核苷酸多态性，未观察到各个单核苷酸多态性与伊立替康的癌症治疗效果的相关性。而对于a)的APCDD1L基因的单核苷酸多态性rs1980576，其C.-A.值在图1中为0.027，在图3中为0.030，因此在APCDD1L基因的单核苷酸多态性rs1980576与伊立替康对癌症的治疗效果之间观察到显著的线性趋势。
目前，如国际公布WO 2016/132736(PCT/JP2016/000793)所述，通过APCDD1L基因的单核苷酸多态性rs1980576只能预测伊立替康的副作用发生风险。但是，根据本实施例可以看出，通过单核苷酸多态性rs1980576，不仅能够预测伊立替康的副作用发生风险，也能够预测伊立替康对癌症的治疗效果。
另外，与国际公布WO 2016/132736(PCT/JP2016/000793)中作为表2中记载的图5的内容结合进行讨论，则对于单核苷酸多态性rs1980576，能够预测：如果是野生型纯合子(A/A)，则预计具有伊立替康的癌症治疗效果，且副作用的发生风险低；如果是杂合子(A/G)，则预计具有伊立替康的癌症治疗效果很高，且副作用的发生风险低。予以说明，考虑到伊立替康的有效率一般为32％左右，则对于单核苷酸多态性rs1980576，如果是野生型纯合子(A/A)则在图1中具有38％的治疗效果，在限定为FOLFIRI方案病例的图3中具有43％的治疗效果，可以判断在伊立替康给药、特别是FOLFIRI方案治疗中是有效的。
另一方面，对于单核苷酸多态性rs1980576，如果是突变型纯合子(G/G)，则能够预测不具有癌症治疗效果，且副作用的发生风险高。这种情况下，在开始采用伊立替康给药的治疗之前，可以研究其他癌症治疗方法来进行适于患者的治疗方法。
予以说明，由于伊立替康的副作用是伊立替康无毒化延迟导致活性型在体内长期滞留所导致的，因此认为副作用越大，治疗效果有可能也越高。根据该想法，预测如果是突变型纯合子(G/G)则副作用风险高，因此治疗效果也高。但是，根据本实施例，结果出人意料地与这种普遍的理解不同，如果是突变型纯合子(G/G)则治疗效果低。造成该结果的原因认为是APCDDL1基因的单核苷酸多态性rs1980576虽然与伊立替康的副作用风险有关，但与伊立替康的代谢无关。
另外，如国际公布WO 2016/132736(PCT/JP2016/000793)中图1所示，单核苷酸多态性rs1980576与单核苷酸多态性rs3946003呈连锁不平衡的关系，因此在判定单核苷酸多态性rs3946003的基因型时能够预测伊立替康对癌症的治疗效果。
本说明书中引用的全部的发行物、专利及专利申请直接通过引用而并入说明书中。
序列表
<110> 国立大学法人山口大学
东洋钢钣株式会社
<120> 伊立替康的治疗效果预测方法及应用该方法的试剂盒
<130> FH29-015WO
<150> JP 2017-122569
<151> 2017-06-22
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1506
<212> DNA
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 1
atgcccgcag ccatgctccc ctacgcttgc gtcctggtgc ttttgggagc ccacactgca 60
ccggcggctg gggaggccgg gggcagctgc ctgcgctggg aaccccactg ccagcagccc 120
ttgccagata gagtgcccag cactgcgatc ctgcctccac gccttaatgg accttggatc 180
tccacaggct gcgaggtgcg cccaggaccg gagttcctga cccgcgccta caccttctac 240
cccagccggc tctttcgagc ccaccagttc tactacgagg accccttctg cggggaacct 300
gcccactcgc tgctcgtcaa gggcaaagtc cgcctgcgcc gggcctcctg ggtcacccgg 360
ggagccaccg aggccgacta ccacctgcac aaggtgggca tcgtcttcca cagccgccgg 420
gccctggtcg acgtcaccgg gcgcctcaac cagacccgcg ccggccggga ctgcgcgcgg 480
cggctgcctc cggcccgggc ctggctgcct ggggcgctgt acgagctgcg gagcgcccgg 540
gctcaggggg actgcctgga ggcgctgggc ctcaccatgc acgagctcag cctggtccgc 600
gtgcagcgcc gcctgcagcc gcagccccgg gcgtcgcccc ggctggtgga ggagctgtac 660
ctgggggaca tccacaccga cccggcggag aggcggcact accggcccac gggctaccag 720
cgcccgctgc agagcgcact gcaccacgtg cagccgtgcc cagcctgtgg cctcattgcc 780
cgctccgatg tgcaccaccc gcccgtgctg ccgccccctc tggccctgcc cctgcacctg 840
ggcggctggt gggtcagctc ggggtgcgag gtgcgcccag cagtcctgtt cctcacccgg 900
ctcttcactt tccacgggca cagccgctcc tgggaagggt attaccacca cttctcagac 960
ccagcctgcc ggcagcccac cttcaccgtg tatgccgccg gccgctacac caggggcacg 1020
ccatccacca gggtccgcgg cggcaccgag ctggtgtttg aggtcacacg ggcccatgtg 1080
acccccatgg accaggtcac cacggccatg ctcaacttct ctgagccaag cagctgtggg 1140
ggtgcggggg cctggtccat gggcactgag cgggatgtca cagccaccaa cggctgccta 1200
ccgctgggca tccggctccc gcatgtggag tacgagcttt tcaagatgga acaagacccc 1260
ctcgggcaaa gcctgctctt catcggacaa aggcccaccg atggctcaag tcccgatacc 1320
ccagagaaac gtcccacctc ctaccaagca cccctggtgc tctgtcatgg ggaggccccc 1380
gacttctcca ggccaccgca gcacaggcca tcgctgcaga agcaccccag cacagggggt 1440
cttcacatag cccccttccc acttctgccc ctagttctag ggctggcctt cctccactgg 1500
ctatga 1506
<210> 2
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的DNA
<400> 2
gtcaggatga cctgaagtct taccctgtgg agatccaagg tccattaagg c 51
<210> 3
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的DNA
<400> 3
gtcaggatga cctgaagtct taccccgtgg agatccaagg tccattaagg c 51

Claims (8)

1.一种判定伊立替康治疗效果的方法，所述方法为：对在采集自受试者的生物试样中的基因组DNA中存在的APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性进行分析，判定该基因多态性的基因型，并基于判定的基因型来判定伊立替康的治疗效果。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，由所述rs1980576鉴定的基因多态性为单核苷酸多态性，其在SEQ ID NO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中，在第186位野生型为腺嘌呤而突变型为鸟嘌呤。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，当由所述rs1980576鉴定的基因多态性为野生型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果高；当为突变型与野生型的杂合子时，判定具有伊立替康的治疗效果；当为突变型纯合子时，判定伊立替康的治疗效果低。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，与由所述rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡关系的基因多态性是由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。
5.一种用于判定伊立替康治疗效果的探针组，包括：寡核苷酸，其在严格条件下与连续5～50个碱基的区域进行杂交，所述连续5～50个碱基的区域包含APCDD1L基因中由rs1980576鉴定的基因多态性或者与该基因多态性呈连锁不平衡或遗传连锁的基因多态性。
6.根据权利要求5所述的用于判定治疗效果的探针组，其特征在于，所述5～50个碱基的区域包含SEQ ID NO:1所示APCDD1L基因的碱基序列中的第186位。
7.根据权利要求5所述的用于判定治疗效果的探针组，包括：对应于由所述rs1980576鉴定的基因多态性中野生型的野生型探针；以及对应于该基因多态性中突变型的突变型探针。
8.根据权利要求5所述的用于判定治疗效果的探针组，其特征在于，与由所述rs1980576鉴定的基因多态性呈连锁不平衡关系的基因多态性是由rs3946003鉴定的单核苷酸多态性。
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