CN110904230A - 用于结肠癌的体外诊断或预后的方法 - Google Patents

用于结肠癌的体外诊断或预后的方法 Download PDF

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Abstract

本发明涉及一种用于结肠癌的体外诊断或预后的方法，其包括检测至少一种HERV核酸序列的至少一种表达产物的步骤，所述分离的核酸序列作为分子标记物的用途，和包括针对HERV核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体的试剂盒。

Description

用于结肠癌的体外诊断或预后的方法
内源逆转录病毒构成传染性逆转录病毒的后代，其以它们的原病毒形式整合入种系细胞，并通过这种方式传染入宿主后代的基因组。
人类基因组测序使显示极高丰度的转座因子或其衍生物成为可能。实际上，重复序列代表接近一半的人类基因组，而内源逆转录病毒和逆转录转座子组成所述基因组的8％，当前元件数目接近超过400,000个。
目前存在于人类基因组的内源逆转录病毒元件(ERVs)的丰度是约100代内生化(endogenizations)的结果，其成功地发生在人类品系的进化过程中。在我们的时代之前，内生化的不同波动跨越范围从200万年到9000万年的周期，并通过“拷贝/粘贴”型现象继之以拷贝数目的扩增，具有错误表型的可能性，起因于，源于HERVs家族(即显示序列同源性的一组元件)形成中的遗传原病毒。根据推测最古老的元件(HERV-L家族的那些元件)在哺乳动物出现之前已经整合。两个家族(HERV-F和HERV-H)在第一代灵长类动物塑造它们的外观时期已经出现。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族(在4000到5500万年前整合)是对高等灵长类动物特异的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500万年到1000万年后整合，在与新大陆猴(New World monkeys)分离后，并且对狭鼻猴(似人猿的(Hominoids)和猕猴科(Cercopithecidae))是特异的。
ERV序列在全部染色体上呈现，具有根据家族的不同密度，在ERVs的物理邻近性与它们的种系发生邻近性之间不存在相关性。
很长一段时间内，ERVs被认为是寄生物或是简单的DNA废物。尽管如此，ERVs对生物体的影响不是仅仅限于它们过去在模式化基因组中的参与或仍能提供支持的有害重组。
ERVs的丰度和结构复杂性使它们的表达分析非常复杂，并且常常难于解释。HERV表达的检测可以反映相同家族内一个或更多个基因座的转录活化。此外活化的单个基因座或多个基因座可能根据组织和/或背景而不同。
本发明人现在已经发现和证明，对应于精确鉴定的内源逆转录病毒元件的基因座的核酸序列与结肠癌有关，并且这些序列是病理性病症的分子标记物。鉴定的序列或者是原病毒，即序列包含位于长末端重复(LTRs)5'和3'位置侧翼的所有或部分gag、pol和env基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分离的基因。鉴定的DNA序列在序列表中分别用SEQ ID NO:1到285表示，它们的染色体位置在下文表中(NCBI 36/hg18)标出，而它们的表达、过表达或低表达用癌症样本和正常样本之间的“表达比值”来表示。当核酸的表达或核酸表达的改变是对结肠组织特异时，该信息用靶组织列中的符号“x”来标示。这表示如果在除了结肠组织之外的生物区室中检测到相关核酸的表达或核酸表达的改变，这远程地代表结肠癌的标记物。经鉴定对结肠组织特异的DNA序列在序列表中分别表示为SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97。经鉴定对结肠组织不特异的DNA序列在序列表中分别表示为SEQ ID NOs:6，14，15，16，18，20，21，23，26，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177，178，179，180，181，182，183，184，185，186，187，188，189，190，191，192，193，194，195，196，197，198，199，200，201，202，203，204，205，206，207，208，209，210，211，212，213，214，215，216，217，218，219，220，221，222，223，224，225，226，227，228，229，230，231，232，233，234，235，236，237，238，239，240，241，242，243，244，245，246，247，248，249，250，251，252，253，254，255，256，257，258，259，260，261，262，263，264，265，266，267，268，269，270，271，272，273，274，275，276，277，278，279，280，281，282，283，284和285。
表
Figure BDA0002295020370000031
Figure BDA0002295020370000041
Figure BDA0002295020370000051
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Figure BDA0002295020370000101
因此本发明的主题是一种用于取自患者的生物样本中结肠癌体外诊断或结肠癌严重性体外预后的方法，其包括检测至少一种核酸序列的至少一种表达产物的步骤，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示序列或选自与SEQ ID NOs:1到285所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
所述诊断使确定个体是否患病成为可能。所述预后使确定疾病的严重程度(分级和/或阶段)(其影响个体的生存和/或生活质量)成为可能。在本发明的背景下，诊断可以是非常早的。
通过考虑基因组的核苷酸多样性确定如上所述的百分比同一性。已经知道在富含重复序列的基因组区域中其核苷酸多样性要高于不包含重复序列的区域。举例来说，Nickerson D.A.等人(1)已经显示在包含重复序列的区域中大约0.3％(0.32％)的多样性。
通过使用SAM方法(5)的统计学分析，继之以通过假阳性率的校正(6)和清除低于26的值，已经证明了区分上面所示每一序列的癌性状态的能力。因此，上面所示的每一序列在肿瘤状态和正常状态之间的表达显示显著差异。由此可知，观察到上述序列之一的表达差异构成病理性病症的标记物。当然，有可能将上文标示的几种序列的表达差异进行组合，例如通过所列序列中2，3，4，5，6，7，8，9，10种或甚至更高达285种的一种或更多种组合，优选的通过SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97分别所示序列中2，3，4，5，6，7，8，9，10种或甚至更高达18种的一种或更多种组合。
具体来说，SEQ ID NOs:2，3和8所示序列，单独或组合(配对的或所有三个)构成一个或更多个优选的标记物。
因此，在本发明的方法中，检测至少两种核酸序列的相应的至少两种表达产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示序列或选自与SEQ ID NOs:1到285所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
在本发明方法的一个实施方案中，检测至少两种核酸序列的表达产物，所述至少两种核酸序列选自经鉴定对结肠组织特异的序列，即选自SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
在本发明方法的另一个实施方案中，检测选自经鉴定对结肠组织特异的序列的至少一种序列的表达产物，即选自如下所示的序列组：SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97，或选自与下列所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列：SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97，并检测至少一种序列的表达产物，所述序列选自经鉴定对结肠组织不特异的序列，即选自如下所示的序列组：SEQ ID NOs:6，14，15，16，18，20，21，23，26，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177，178，179，180，181，182，183，184，185，186，187，188，189，190，191，192，193，194，195，196，197，198，199，200，201，202，203，204，205，206，207，208，209，210，211，212，213，214，215，216，217，218，219，220，221，222，223，224，225，226，227，228，229，230，231，232，233，234，235，236，237，238，239，240，241，242，243，244，245，246，247，248，249，250，251，252，253，254，255，256，257，258，259，260，261，262，263，264，265，266，267，268，269，270，271，272，273，274，275，276，277，278，279，280，281，282，283，284和285，或选自与下列所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列：SEQ ID NOs:6，14，15，16，18，20，21，23，26，28，29，30，31，32，33，34，35，36，37，38，39，40，41，42，43，44，45，46，47，48，49，50，51，52，53，54，55，56，57，58，59，60，61，62，63，64，65，66，67，68，69，70，71，72，73，74，75，76，77，78，79，80，81，82，83，84，85，86，87，88，89，90，91，92，93，94，95，96，98，99，100，101，102，103，104，105，106，107，108，109，110，111，112，113，114，115，116，117，118，119，120，121，122，123，124，125，126，127，128，129，130，131，132，133，134，135，136，137，138，139，140，141，142，143，144，145，146，147，148，149，150，151，152，153，154，155，156，157，158，159，160，161，162，163，164，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176，177，178，179，180，181，182，183，184，185，186，187，188，189，190，191，192，193，194，195，196，197，198，199，200，201，202，203，204，205，206，207，208，209，210，211，212，213，214，215，216，217，218，219，220，221，222，223，224，225，226，227，228，229，230，231，232，233，234，235，236，237，238，239，240，241，242，243，244，245，246，247，248，249，250，251，252，253，254，255，256，257，258，259，260，261，262，263，264，265，266，267，268，269，270，271，272，273，274，275，276，277，278，279，280，281，282，283，284和285。
具体来说，在本发明的方法中，检测至少一种核酸序列的表达产物，优选的至少两种核酸序列或三种核酸序列的，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:2，3和8所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs:2，3和8所示序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
检测的表达产物是至少一种RNA转录物，具体来说至少一种mRNA或至少一种多肽。
当表达产物是mRNA转录物时，可以通过任意合适的方法诸如杂交、测序或扩增对其进行检测。通过与至少一种探针和/或至少一种引物(其被设计以便在预定实验条件下与mRNA转录物杂交)接触，显示与mRNA杂交的存在或缺失并任选的定量mRNA，可以对mRNA进行直接检测。在优选的方法中，其可以由扩增(例如，RT-PCR，NASBA等等)、芯片杂交或测序来构成。也可以使用来源于所述转录物的核酸(诸如cDNA拷贝等等)来间接检测mRNA。
通常，本发明的方法包括从待分析样本提取mRNA的初始步骤。
因此，所述方法可以包括∶
(i)从待分析样本提取mRNA的步骤，
(ii)从待分析样本检测和定量mRNA的步骤，
(iii)从参照样本提取mRNA的步骤，所述参照样本可以是源于相同个体的健康样本，或
(iv)从健康样本检测和定量mRNA的步骤，
(v)将待分析样本和参照样本中表达的mRNA量进行比较的步骤；有可能确定与健康参照样本表达的mRNA量不同的待分析样本表达的mRNA量与结肠癌严重性的诊断或预后有关(癌性结肠组织中mRNA量相对于健康结肠组织中表达的mRNA量的差异一般是表达、过表达或低表达)；
和具体来说∶
(i)待分析样本中mRNA的提取，
(ii)在待分析的RNA中，测定样本中至少一种RNA序列的表达水平，优选样本中至少两种RNA序列的表达水平，所述RNA序列和所述RNA序列分别是至少一种核酸序列和至少两种核酸序列的转录产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示序列，或选自与SEQID NOs:1到285所示序列之一显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列，和
(iii)将(ii)确定的RNA序列表达水平与参照表达水平进行比较；有可能确定相对于参照表达水平显示差异的待分析RNA的表达水平与结肠癌的诊断或预后有关(如上所决定)；或
(i)从待分析样本提取mRNA的步骤，
(ii)从待分析样本检测和定量mRNA的步骤，
(iii)对待分析样本中表达的mRNA量相对于参照mRNA量进行比较的步骤；有可能确定与参照mRNA量不同的待分析样本表达的mRNA量与结肠癌的诊断或预后有关(待分析样本mRNA量相对于参照mRNA量的差异一般是表达、过表达或低表达)。
在本发明方法的一个实施方案中，制备mRNA的DNA拷贝，在允许杂交的预定条件下将所述DNA拷贝与至少一种探针和/或至少一种引物接触，并检测与所述DNA拷贝杂交的存在或缺失。
被检测的表达产物也可以是多肽，其是如上所述至少一种转录物的翻译产物。在这种情况下，通过与所述多肽的至少一种特异性结合配偶体(具体来说是抗体或抗体类似物或适体)接触来检测表达的多肽。结合配偶体优选的是抗体，例如单克隆抗体或高度纯化的多克隆抗体或抗体类似物，例如具有竞争特性的亲和蛋白(nanofitinTM)。
可以如下获得多克隆抗体：用合适的免疫原免疫动物，继之以回收纯化形式的所需抗体，通过抽取所述动物的血清，并将所述抗体与其他血清组分分离，具体来说通过柱(其上结合有被所述抗体特异性识别的抗原)的亲和层析。
可以通过杂交瘤技术获得单克隆抗体，其一般原理在下文概述。
首先，用合适的免疫原免疫动物(通常是小鼠)，然后所述小鼠的B淋巴细胞能够产生针对该抗原的抗体。然后将这些抗体生成的淋巴细胞与“永生化的”骨髓瘤细胞(实施例中是小鼠)融合以产生杂交瘤。然后从如此获得的细胞异质混合物中挑选能够产生特定抗体并能无限增殖的细胞。每个杂交瘤以克隆的形式增殖，每种均导致单克隆抗体的产生，其中例如可以通过ELISA，一维或二维Western印迹，免疫荧光或使用生物传感器来检测针对蛋白的识别特性。随后将如此挑选的单克隆抗体纯化，具体来说根据如上所述的亲和层析技术。
单克隆抗体也可以是利用本领域技术人员公知的技术通过基因工程获得的重组抗体。
NanofitinsTM是小蛋白，其像抗体一样能够结合生物靶标，从而使得在生物体内检测它、捕获它或非常简单的靶向它成为可能。它们尤其作为抗体类似物存在。
适体是能够结合特定配体的合成的寡核苷酸。
本发明还涉及已经分离的至少一种核酸序列作为结肠癌体外诊断或预后的分子标记物的用途，其特征在于所述核酸序列由以下组成：
(i)至少一种DNA序列，其选自序列SEQ ID NOs:1到285，或
(ii)至少一种DNA序列，其与选自序列SEQ ID NOs:1到285的序列互补，或
(iii)至少一种DNA序列，其与(i)和(ii)限定的序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性，或
(iv)至少一种RNA序列，其是选自(i)限定的序列的转录产物，或
(v)至少一种RNA序列，其是下述序列的转录产物：选自与(i)限定的序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
在一个实施方案中，用途由至少两种核酸序列构成，所述核酸序列由以下组成∶
(i)选自序列SEQ ID NOs:1到285的至少两种DNA序列，优选选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列，和具体来说是序列SEQ IDNos:2，3和8，或
(ii)与至少两种序列分别互补的至少两种DNA序列，所述至少两种序列选自序列SEQ ID Nos:1到285，优选选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列，和具体来说选自序列SEQ ID Nos:2，3和8，或
(iii)至少两种DNA序列，其与(i)和(ii)限定的两种序列分别显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性，或
(iv)至少两种RNA序列，其分别是选自(i)限定的两种序列的转录产物，或
(v)至少两种RNA序列，其是下述两种序列的转录产物：选自与(i)限定的序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
本发明的主题还是一种用于取自患者的生物样本中结肠癌的体外诊断或预后的试剂盒，其包括至少一种核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示的序列或选自与SEQ ID NOs:1到285所示核酸序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列，并且包括不超过285种核酸序列表达产物的特异性结合配偶体，所述核酸序列如SEQ ID NOs:1到285所示，或所述核酸序列与SEQ ID NOs:1到285所示核酸序列之一显示至少99％同一性，优选的与SEQ ID NOs:1到285所示序列之一显示至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性。
在一个实施方案中，试剂盒包括至少两种核酸序列的至少两种表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示的序列，或选自与SEQ ID NOs:1到285所示核酸序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列，并且包括不超过285种核酸序列表达产物的特异性结合配偶体，所述核酸序列如SEQ ID NOs:1到285所示，或所述核酸序列与SEQ IDNOs:1到285所示核酸序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性。
例如，所述试剂盒包括至少两种核酸序列的表达产物的至少两种相应的特异性结合配偶体，所述核酸序列选自SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列显示至少99％同一性的序列。
具体来说，所述试剂盒包括2种或3种核酸序列表达产物的相应的特异性结合配偶体，所述核酸序列如SEQ ID NOs:2，3和8所示，或与SEQ ID NOs:2，3和8所示序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性。
表达产物的最低特异性结合配偶体对应于上文给出的定义。
本发明还涉及一种鉴定结肠癌治疗效果和/或进展的方法，其包括：获得一系列生物样本的步骤，和在所述生物样本系列中检测至少一种核酸序列的至少一种表达产物的步骤，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示序列或选自与SEQ ID NOs:1到285所示序列显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
在一个实施方案中，检测至少两种核酸序列的至少两种表达产物，所述两种核酸序列选自SEQ ID NOs:1到285所示序列或选自与SEQ ID NOs:1到285所示序列分别显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
在所述方法的另一个实施方案中，检测至少一种核酸序列的表达产物，优选的至少两种核酸序列或三种核酸序列的，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:2，3和8所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs:2，3和8所示序列分别显示至少99％同一性，优选的至少99.5％同一性和有利地至少99.6％或至少99.7％同一性的序列。
术语“生物样本”旨在表示组织，体液，所述组织和体液的组分，诸如细胞或凋亡体，和分泌囊泡，具体来说包括外体和微泡。举例来说，生物样本可以来源于在怀疑患有结肠癌的患者中事先进行的结肠活检切片，或可以来源于在呈现转移瘤的患者中除了结肠之外的器官上进行的活检切片。就第二种情况来说，当核酸(分子标记物)的表达改变对结肠器官特异时，有可能回到原发癌，即结肠癌。生物样本也可以是生物体液，诸如血液或血液组分(血清，血浆)，尿液，唾液，脑脊液，淋巴，母乳，精子，以及所述体液的组分，具体来说是如上所述的分泌囊泡。例如，在来源于上皮细胞的外体或微泡中检测到结肠组织特异性转录物，是原发癌或转移瘤存在的标记，无需在器官水平取样。
附图∶
图1和2显示结肠癌中对一组HERV序列观察到的差异化表达。更具体地，图1(聚簇分析)以探索方式将HERV元件分组，所述HERV元件具有与所有对照组织相比与结肠癌有关的表达趋向性，而图2显示正常结肠和肿瘤性结肠之间HERV元件表达的统计学差异。
图3和4显示两种生物体液∶尿液和血清中HERV序列的检测。
图5显示针对28个结肠肿瘤和18个健康结肠组织，通过定量RT-PCR对序列SEQ IDNO:2，SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:8获得的表达结果，具体来说证明了将它们组合的优势以便增加结肠直肠的肿瘤样本内的检出数量。
实施例∶
实施例1∶结肠癌中显示差异化表达的HERV序列的鉴定
方法：
结肠癌中显示差异化表达的HERV序列的鉴定是基于采用GeneChip形式的高密度DNA芯片(称为HERV-V2，由本发明人设计，其制造转包给Affymetrix公司)的设计和使用。该芯片包含对应于人类基因组中独特的HERV序列的探针。使用一组原型参照分割为功能区域(LTR，gag，pol和env)，然后通过在整个人类基因组(NCBI 36/hg18)范围的相似性检索，对这些序列进行鉴定，10035个不同HERV基因座被鉴定、注释并最终集合在称为HERVgDB3的数据库中。
基于HERVgDB3确定作为芯片组成一部分的探针，并利用杂交特异性标准来挑选，其目的是从制备过程排除具有与不需要的靶标杂交的高风险的探针。为此，首先将HERVgDB3序列分割成25个重叠核苷酸(25-mers)的组，从而产生候选探针组。然后使用KASH算法(2)，通过对整个人类基因组进行比对，评估每个候选探针的非特异性杂交的风险。实验评分记录杂交结果，添加比对中误差的数量、类型和位置的影响。该评分值与靶标/探针杂交能力有关。知晓候选探针在整个人类基因组范围的杂交能力使评估其捕获特异性成为可能。保留显示良好捕获亲和力的候选探针，然后将其集合为“探针组”，并最终在HERV-V2芯片上合成。
使用HERV-V2高密度芯片分析的样本对应于从肿瘤提取的RNAs和从邻近于这些肿瘤的健康组织提取的RNAs。分析的组织是结肠，利用乳腺，卵巢，子宫，前列腺，肺，睾丸和胎盘作为对照。就胎盘而言，只使用健康组织。对于每个样本，使用50ng RNA用于利用称为WTO的扩增方案的cDNA合成。WTO扩增的原理如下：在逆转录步骤之前添加随机引物，以及靶向RNA转录物3'端的引物，继之以称为SPIA的线性、单链扩增。然后测定、表征并纯化cDNAs，将2μg片段化，并通过末端转移酶的作用在3'端用生物素进行标记。将如此制备的靶标产物与对照寡核苷酸混合，然后按照Affymetrix公司推荐的方案进行杂交。然后将芯片进行显影和读取以获得它们的荧光图像。进行基于标准对照的质量控制，使用一组指标(MAD，MAD-Med图，RLE)来排除不符合统计学分析的芯片。
芯片分析首先包括数据的预处理，通过使用基于色氨酸探针信号强度的背景噪声进行校正，继之以基于分位数方法的RMA标准化(3)。然后通过使用COMBAT方法(4)进行与实验批次有关的效果双校正，以便确保观察到的表达差异是生物学原因而非技术原因。在这个阶段，使用通过欧几里得分配(聚簇分析)集合数据的工具进行数据的探索性分析，并且最后，使用利用SAM方法(5)的统计学分析，继之以通过假阳性率的校正(6)并清除低于26的值，以便寻找在组织的正常状态和肿瘤状态之间显示差异化表达的序列。
结果∶
对利用该方法通过分析HERV-V2 DNA芯片产生的数据进行处理，使得能够鉴定出在正常结肠和肿瘤性结肠之间显示统计上显著的表达差异的一组“探针组”。此外聚簇分析的结果以及寻找对照样本之间的差异化表达显示HERV元件的差异化表达是与肿瘤性结肠特异性相关的。
在肿瘤性结肠中显示差异化表达的HERV元件的核苷酸序列如SEQ ID NOs:1到285所示，每种序列的染色体位置在NCBI参考36/hg18中给出；并且“靶组织”信息(X)标示了只在正常结肠和肿瘤性结肠(与对照组织之间的比较相比)之间的比较中观察到差异化表达的元件。还提供了作为正常状态和肿瘤状态之间表达比值的指示值，其只是为了显示而排列序列。
实施例2∶生物体液中HERV序列的检测
原理∶
本发明人证明了在生物体液中检测到HERV序列，这尤其使通过依赖原发性器官的远程检测来表征结肠癌成为可能。对来源于不同个体的20个尿液样本和38个血清样本进行研究。
在下列条件下对血清和尿液进行离心∶
血清∶4℃ 500g 10分钟。回收上清液，再在4℃ 16500g离心20分钟。该第二次离心的上清液，不含细胞，但包含外体、微泡、核酸和蛋白，在芯片上进行分析。芯片是根据先前所述模式使用的HERV-V2芯片。
尿液∶收集后在4℃ 800g离心4分钟。利用RNA保护细胞试剂(RNA protect cellreagentTM)回收沉淀物。然后，向沉淀物中添加裂解缓冲液之前，5000g离心5分钟。芯片是根据先前所述模式使用的HERV-V2芯片。
结果∶
如图3和4所示，在血清上清液和来源于尿液的细胞沉淀物中均检测到大量阳性信号，包括对应于上文表中所列序列的表达信号。这证明了生物体液(具体来说是血清和尿液)是用于HERV序列检测的有效的生物材料来源。通常可以接受的阳性阈值是约26，即64。
实施例3∶两种和三种HERV序列的组合用于检测结肠直肠癌的优点验证
方法∶
提取来源于28个结肠肿瘤(CT1，CT2，CT3，CT65，CT94，CC1，CC2，CC3，CC4，CC5，CC6，CC7，CC8，CC9，CC10，549T，551T，553T，556T，558T，559T，560T，561T，601T，602T，604T，607T和615T)和18个健康结肠组织(CN1，CN2，CN3，CN64，CN93，549N，551N，553N，556N，558N，559N，560N，561N，601N，602N，604N，607N和615N)的RNAs，将其用于证明两种或三种HERV序列的表达结果的组合能够增加结肠直肠肿瘤样本内的检出数量。
对研究的所有46个样本进行对应于SEQ ID NO:2的区域1723-1824，SEQ ID NO:3的区域1540-1665和SEQ ID NO:8的区域1684-1923的定量RT-PCR扩增。利用delta Ct方法处理HERV序列表达结果，并通过GAPDH持家基因的表达结果进行标准化。结果显示于图5。
结果∶
SEQ ID NO:2的区域1723-1824的定量RT-PCR扩增对于11个结肠肿瘤样本(CT3，CT94，CC1，CC2，558T，559T，560T，561T，602T，604T和607T)是阳性的。对于健康的结肠组织样本没有观察到该区域的检出。
SEQ ID NO:3的区域1540-1665的定量RT-PCR扩增对于6个结肠肿瘤样本(CT1，CT3，CT94，CC5，CC8和CC10)是阳性的。对于健康的结肠组织样本没有观察到该区域的检出。
SEQ ID NO:8的区域1684-1923的定量RT-PCR扩增对于4个结肠肿瘤样本(CT3，CC2，CC6和CC10)是阳性的。对于健康的结肠组织样本没有观察到该区域的检出。
以累加的方式考虑，SEQ ID NO:2的区域1723-1824和SEQ ID NO:3的区域1540-1665的检测允许覆盖15个结肠肿瘤样本(CT1，CT3，CT94，CC1，CC2，CC5，CC8，CC10，558T，559T，560T，561T，602T，604T和607T)，因此与单独考虑的上述HERV序列的使用相比，显示两种HERV序列的这种组合的灵敏度增加。
以累加的方式考虑，SEQ ID NO:2的区域1723-1824和SEQ ID NO:8的区域1684-1923的检测允许覆盖13个结肠肿瘤样本(CT3，CT94,CC1，CC2，CC6，CC10，558T，559T，560T，561T，602T，604T和607T)，因此与单独考虑的上述HERV序列的使用相比，显示两种HERV序列的这种组合的灵敏度增加。
以累加的方式考虑，SEQ ID NO:3的区域1540-1665和SEQ ID NO:8的区域1684-1923的检测允许覆盖8个结肠肿瘤样本(CT1，CT3，CT93，CC2，CC5，CC6，CC8和CC10)，因此与单独考虑的上述HERV序列的使用相比，显示两种HERV序列的这种组合的灵敏度增加。
最终，以累加方式考虑，SEQ ID NO:2的区域1723-1824和SEQ ID NO:3的区域1540-1665和SEQ ID NO:8的区域1684-1923的检测允许覆盖16个结肠肿瘤样本(CT1，CT3，CT94，CC1，CC2，CC5，CC6，CC8，CC10，558T，559T，560T，561T，602T，604和607T)，因此与单独考虑或配对组合的上述HERV序列的使用相比，显示三种HERV序列的这种组合的灵敏度增加。
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tgtggtcaga attcttacac aagagccagg accgcaccct gtagcctttc tgtgcaaaca 60
acttgacctt actgttttag cctagccctc atgtctgcct gcagcggctg ctgctgcttt 120
aatactttta gaggccctca aaatccccaa ctatgctcaa ctcactgtac agttctcata 180
acttccaaaa tctattttct tcttcatacc tgacgcatat actttctgct tcccggctcc 240
ttcagctata ctcactcttt tctgagtctc ccacaattat cattgttcct ggcccagact 300
tcaatccggc ctcccacatt attcctgata ccacacctga cccccatgac tgtatctctc 360
tgatccacct gacattcacc ccatttcccc aaatttcctt ctttcctctt cctcaccctg 420
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ctttacactg ccggtttaca ctgtttctcc aagccatcac agctgatatc tcctggtgct 1320
atccccaaac tgccactctt aactcttgaa gtaaataaat aatctttgct ggcaggactc 1380
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ttttatacct gtttttctcc ttctgttatt ccatttagtt tctcaattca tacaaaaccg 1500
tatccaggcc atcaccaatc attctatatg acaaatgttt cttctaacat ccccacaata 1560
tcacccctta ccacaagacc tcccttcagc ttaatctctc ccactctagg ttcccacgct 1620
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cctcaaaaat tttcaccacc ccaacacttc aacactattt tgttttattt ttcttattaa 1740
tataagaagg caggaatgtc aggcctttga gcccaatcca agacatcgca tcccctgtga 1800
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actgaatgat taaccctgtg aatttccttc tcctggctca gaagctcccc cactgagcac 1980
cttgtgaccc ccgcccctgc ccaccagaga acaaccccct tttactgtaa ttttccatta 2040
ccttcccaaa tcctataaaa tggcctcacc cctatctccc tttgctgact ctcttttcgg 2100
actcagccca cctgcacaca ggtgattaaa agctttattg ctcacacaaa gcctgtttgg 2160
tggtctcttc acacagatgc gcatgaaaat aaggatgccc acattcatca tttctattca 2220
acatagtacc agaagtccta gccagagcaa caagacaaga gaaagagata aaaggcatcc 2280
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ctagacccct atctctcacc atatgcaaaa attaactcaa aatggattaa aacttaaata 3120
taatgtcagg tctctgagcc caagccaagc catcgcatcc cctgtgactt gcatgtatac 3180
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ttaactgatg acattccacc attgtgattt gttcctgccc caccttaact gattaaccct 3300
gtgaatcatt ctcctggctc agaagctccc caagtgagca ccttgtggcc ccagcccctg 3360
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<211> 4609
<212> DNA
<213> 智人
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gactgtaatt ttccattacc ttcccaaatc ctataaaatg gccccacccc tatctccctt 360
cgctgactgt cttttcggac tcagcctgcc tgcacccagg tgaaataaac agccatgttg 420
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caatttcaaa tccggtaagc ggcctctact cttctccaac ctccctcact atccctcaac 660
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<210> 11
<211> 935
<212> DNA
<213> 智人
<400> 11
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<210> 12
<211> 3184
<212> DNA
<213> 智人
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gaaa 3184
<210> 13
<211> 5641
<212> DNA
<213> 智人
<400> 13
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a 5641
<210> 17
<211> 5710
<212> DNA
<213> 智人
<400> 17
gtcaggcctc tgagcccaag ccaagccatc gcatcccctg tgacttgcac gtatgccccc 60
agatggcctg aagtaactga agaatcacaa aagaagtaaa aaggccctgc cccaccttaa 120
ctgatgacat tccaccattg tgatttgttc ctgccccacc ttaactgagt gattaaccct 180
gtgaatttcc ttctcctggc tcagaagctc ccccactgag caccttgtga ccccccgccc 240
ctgcccacca gagaacaacc ccctttgact gtaattttcc attaccttcc caaatcctat 300
aaaacggccc cacccctatc tcccttcgct gactctcttt ttggactcag cccacctgca 360
cccaggtgaa acaaccagcc atgttgctca cacaaagcct gtttggtggt ctcttcacac 420
agacgcgcat gaaatttggt ggatcagggg acctcccttg ggagatcaat cccctgtcct 480
cctgctcttt gctccatgag aaagctccac ctaccacctc aggtcctcag actgaccagc 540
ccaagaaaca tctcaccaat ttcaaatccg gtaagtggcc tctttttact ctcttctcca 600
acctccctca ctatccctca acctctttct cctttcaatc ttggtgccac acttcaatct 660
ctcccttctc ttaatttcaa ttcctttcat tttctggtag agacaaagaa gacacgtttt 720
atccgtggac ccaaaactcc agcactggtc atggactggg aagacagact tcccttggtg 780
tttaatcatt gcagagacac ctctctgatt attcacccac atttcaaagg tgtcagacca 840
catagggagg cctgccttgg tcctccaccc ttagcggcaa gtcccgcttt tctgggggag 900
gggcaagtat cccaacccct tctctccatg tctctacccc ttctctgctt ttctggggga 960
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gggaggggca agtaccccaa ccccttcttc agtgtctcta ccccttctct gcttttctgg 1080
gggaggggca agtacccctc aaccccttct ccttcacctt tagtggcaag tcccgctttt 1140
ctagggggca agaaccccca atcccttatt tctgtacccc aacctcttat ctctgtgccc 1200
caatccctta tttccatgcc ccaccccccc ttcccacttt tctggagggt aagaaccccc 1260
aaaacccttc cctccgtgtc tctacaccct cttttctctg ggtttgcctc cttcactatg 1320
ggcaaccttc catcctccat tcctccttct tctcccttag cctgtgttct caagaactta 1380
aaacctcttc aactcacacc tgacctaaaa cctaaatgcc ttattttctt ctgcaatgac 1440
gcttaacccc aatacaaact cgacatagtt ccaaatagcc agaaaacggc actttcaatt 1500
tttccatcct acaagatcta aataattctt gtcgtaaaat gggcaaatgg cctgaggtgc 1560
ctgacgtcca ggcattcttt tacacatcag tcccttccta gtctctgtgc ccagtgcaac 1620
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gctgagtctt tctaatcttc cttttctaca gacccatctg acctctcccc tcctcgccag 1740
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tccagcccag ttcacggctc gtttggcagc aaccctgaga cgctttacag ccctagaccc 2040
taaaaggtca aaaggccatc ttattctcaa tatacatttt actacccaat ctgctctgga 2100
cattaaactc caaaaattag aatctggccc ccaaacccca caacagggct taaataacct 2160
caccttcaag gtgtacaata atagaaaaaa gttgcaattc cttgcctcca ctgtgagaca 2220
aaccccagcc acatctccag cacacaagaa cttccaaacg cctgaaccgc agcggccagg 2280
cgttcctcca gaacctcctc ccccaggagc ttgctacatg tgccggaaat ctggccactg 2340
ggccaaggaa tgcccgcagc ctgggattcc tcctaagcca tgtcccatct gtgtgggacc 2400
ccactgaaaa tcggactgtt caactcacct ggcagccact cccagagccc ctggaactct 2460
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tctcacagtg gaaggtaagc ccatcccctt cttaatcaat acggaggcta cccactccac 2640
attaccttct tttcaatggc ctgtttccct tgcctccata actgttgtgg gtattgatgg 2700
ccaggcttct aaacctctta aaactcccca gctctggtgc caacttagat aatactcttt 2760
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aactaaatta tctgcttccc tgactattcc tggactacag ctatatctca ttgccgccct 2880
tctccccaat ccaaagcctc ctttgcgtcc tcctcttgta ttcccccacc ttaaccctca 2940
agtataagat acctctactc cctccttggc gaccgatcat gcacccctta ccatctcatt 3000
aaaacctaat cacccttacc ctgctcaatg tcaggatccc atcccacagc atgctttaaa 3060
aggattaaag cctgttatca ctcacctgct atagcatggc cttttaaagc ctataaactc 3120
tccttacaat tcccccattt tacctgtcta aaaccagaca agccttacaa gttagttcag 3180
gatctgcgcc ttatcaacca aattgttttg cctatccacc ccatggtgcc aaacccatat 3240
actctcctat cctcaatacc tccctctact acccattatt ctgttctgga tctcaaacat 3300
gctttttttt actattcctt tgcacccttc atcccagcct ctctttgctt tcacttagac 3360
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agacagcccc cattacttca atcaagccaa aatttcatcc tcatctgtta cctatctcag 3480
cataattctc ataaaaacac atgtgctctc cctgctgatc gtgtccgatt aatctcccaa 3540
acctcaatcc cttacaaagc aactcctttc cttcctaggc atggttagcg cggtcagaat 3600
tcttacacaa gagccaggac cgcaccctgt agcctttctg tccaaacaac ttgaccttac 3660
tgttttagcc tagccctcat gtctgcgtgg agcggctgcc gctgctttaa tattttttga 3720
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tctattttct tcctcatacc tgacgcatgt actttctgct ccccggctcc ttcagctgta 3840
ctcactcttt gttaagtccc acaattacca ttgttcctgg cccggacttc aatctggcct 3900
cccgcattat tcctgatacc acacctgacc cccatgactg tatctctctg atccacctga 3960
cattcacccc atttccccat atttccttct ttcctgttcc tcaccctgat cacgcttgat 4020
ttattgatgg cagttccacc aggcctaatc gccacacacc agcaaaggca ggctatgcta 4080
tagtacaagc cactagcccg cctcttaaaa cctctcattt tctttccatc atagaaatct 4140
atcctcaagg aaataacttc tcagtgttcc atctgctatt ctactactcc tgaaggatta 4200
ttcaggcccc ctcccttccc tacacatcaa gctcgaggat ttgcccccgc ccagtactgg 4260
caaattagct ttactcaaca tgccccgagt cacaaaaact aaaatacctc ttagtctaag 4320
tagacacttt cactagataa gtagaggcct ttcctacagg gtctgagaag gccaccacag 4380
tcatttcttc ccttctgtca gacataattc ctcagtttag ccttcccacc tctatacagt 4440
ctgataacag accagccttt attagtcaaa tcagccaagc attttttcag gctcttagta 4500
ttcagtgaca gactaatggt ctattaaaaa cacacttcac caagctcagc caccaactta 4560
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atcctacaag gtacagccca tttaagctcc tgtatatacg ctccttttta ttaggcccca 4680
gtctcattcc agacaccaga ccaacttaga ctgtgcccca aaaaacttgt catccctact 4740
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tttccattta gtttttcaat tcatacaaaa catatccagg ccatcaccaa tcattctaca 5040
cgacaaatgt ttcttctaac aaccccacaa tatcacccct taccacaaga tcttccattc 5100
agcttaatct ctcccactct aggttcccac gccgccccta atcccgcttg aagcagccct 5160
gagaaacatc gcccattctc tctccatacc accccccaaa aatttttgcc gccccaacac 5220
ttcaacacta ttttgtttta tttttcttat taatataaga aggcaggaat gtctggcctc 5280
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aagtaactga agaatcacaa aagaagtgaa aaggccctgc cccgccttaa ctgatgacat 5400
tccaccattg tgatttgttc ctgccccacc ttaactgagt gattaaccct gtgaatttct 5460
ttctcctggc tcagaagctc ccccactgag caccttgtga ccccccccca cctcccctgc 5520
ccaccagaga acaaccccct ttgactgtaa ttttccatta ccttcccaaa tcctataaaa 5580
cggccccacc cccatctccc ttcgctgact ctcttttcgg actcagccca cctgcaccca 5640
ggtgaaataa acagccatgt tgctcacaca aagcctgttt ggtggtctct tcacatggac 5700
gcgcatgaaa 5710
<210> 19
<211> 2187
<212> DNA
<213> 智人
<400> 19
tgcggtcaga attcttacac aagagccagg accgcaccct gtagcctttc tgtccaaaca 60
acttgacctt actgttttag cctagccctc atgtctgagt gcagcgtctg ccgctgcttt 120
aatactgtta gaggccctaa aaatcacaaa ctatgctcaa ctcacgctct acatttctca 180
taacttccaa aatctatttt cttcctcata cctaacgcat atactttctg ctccctggct 240
ccttcagctg tactcactct ttaagtccca caattaccat tgttcctggc ccggacttca 300
atctggcctc tcacattatt cctgatacca cacctgaccc ccatgactgt atctctctga 360
tccacctgat attcacccca tttccccata tttccttctt tcctgttcct caccctgatc 420
acgcttgatt tattgatggc agttccacca ggcctaattg ccacacacca gcaaaagcag 480
gctatgctat agtacaagcc actagcccgc ctctcagaac ctctcatttc ctttccatcc 540
tggaaatcta tcctcaagga aataacttca cagtgttcca tctgctattc tactactcct 600
cagggattat tcaggccccc tcccttccct acacatcaag ctcgaggatt tgcccccacc 660
caggactggc aaattagctt tactcaacat gcccaagtca ggaaactaaa atacctctta 720
gtctaaatag acactttcac tgaataagta aaggcctttc ctacagggtc tgagaaggcc 780
accgcagtca tttcttccct tctgtcagac ataattcctc agtttagcct tcccacctct 840
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 22
gtcaggcctc tgagcccaag ccaagccatc gcatcccctg tgacttgcac atatacgccc 60
agatggcctg aagtaactga agaagcacaa aagaagtgaa aaggccctgt cccgccttaa 120
ctgatgacat tccaccatta tgatttgttc ctgccccacc ttaactgagt gattaaccct 180
gtgaatttcc ttctcctggc tcagaagctc ccccactgag caccttgtga cccctgcccc 240
tgcccaccag agaacaaccc cctttgactg taattttcca ttaccttccc aaatcctatg 300
aaacggcccc attcctatct cccttcactg actctctttt cggactcagc ccgcctgcac 360
cgaggtgaaa taaacagcca tgttgctcac acaaagcctg tttggtggtc tcttcacacg 420
gacttgagtg aatttggtgc tgtgactcgg actgggggac ctccgttggg agatcaatcc 480
cccgtcctcc tgctctttac tccatgagaa agatccacct atgacctcag gtcctcagac 540
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cttctccatc ttccctcact atccctcaac ctctttctcc cttcaatctt ggggtcacac 660
ttcaatctct cccttctctt aatttcaatt cctttcattt tctggtagag acaaaggaga 720
cacgttttat ccatggaccc aaaactccgg cgccggtcac ggactgggaa ggcagacttc 780
ccttggtgtt taatcattgc agggacacct ctctgattat tcacccacat ttcaaaggtg 840
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 24
gtcaggcctc tgagcccaag ccaagccatc acatcccctg tgacttgcac gtatacaccc 60
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agcataattc tcataaaaac acacatgctc tccctgctga tcatgtccga gtaatctccc 3480
aaacctcaat cccttataaa acaacaactc ctttccttcc taggcatggt tagcgcagtc 3540
agaattcttt cacaagagcc gggaccgcac cctgtagcct ttctgtccaa acaactttga 3600
ccttactgtt ttagcctagc cctcatgtct gtgtgcagtg gctgccgctg ctttaataat 3660
tttagaggcc ctaaaaatca caaactgtgc tcaactcact ctacatttct cataacttcc 3720
aaaatctctt ctcttcctca tacctgacac gtatactttc tgctccccgg ctccttcagc 3780
tgtactcact ctttgttgag tctcccacaa ttaccattgt tcctggcacg gacttcaatc 3840
tggtctccca cattattctg gataccacac ctgaccctca tgattgtatc tctctgatcc 3900
acctgacatt cacctcattt ccccatattt ccttctttcc tttttctcac cctgatcaca 3960
tttagtttat tggtggcagt tccaccaggc ctaatcgcca ctcaccagca aaggcaggct 4020
atgctatagt atcttccaca tctatcattg aggctaccgc tttgcccccc tccactacct 4080
ctcagcaagc caaattagtt gccttaactc aagtcctcac tcttgaaaaa ggactacgcg 4140
tcaatattta cactgactct aaatatgcct ttcatattct gcaccatcat gctgttatat 4200
aggctgaagg aggtttcctc actacgcaag ggtcctccat cattaatgcc tctttaataa 4260
aaactctgct caaggcggct ttacttccaa aggaagctgc agtcattcac tgcaaaggcc 4320
atcaaaaggc gtcagatccc attgctctag gcaacgatta tgctgataag gtggctagac 4380
aagcagctag atttccaact tctgtccttc acggccagtt ttcctccttc gtatcagtca 4440
ctcccaccta ctcccccgct gaaacttcca cctatcaatc tcttttccac acaaggcaaa 4500
tggttcttag accaaggaaa atatctcctt ccagcctcac aggcccgttc tattctggtg 4560
tcatttcata acctctcatg taggttacaa gccgctagcc tgtctcttag aacctctcat 4620
ttcctttcca tcctggaaat ctatcctcaa ggaaattact tctcagtgtt ccatctgcta 4680
ttctactacc cctcagggat tgttcaggcc tcctcccttt cctacacatc aagctcaggg 4740
atttgtccct gcccaggact agcaaattga ctttactcac atgccctgag tcggaaaact 4800
aaaatacctc ttagtctagg tagacacttt cactgggtgg gtagaggcct ttcccacagg 4860
gtctgagaag gccatcgctg tcatttcttc ccttctgtca gacataattc ctcggtttgg 4920
ccttcccacc tctatacagt ccgatagcag actggccttt attagtcaaa tcagccaagc 4980
attttttcag gctcttggta ttcagtgaaa cctttatatc ccttacggtc ctcagtcttc 5040
aggaaaggta gaacggacta atagtctttt aaaaacacac ctcaccaagc tcagccacca 5100
acttaaaaag gactggacaa tacttttacc actttgcctt ctcagaattc aggcctgtcc 5160
tcggaatgct acaaggtaca gcccatttga gctcctgtat agacgctcct ttttatttgg 5220
ccccagtctc attccaggca ccaggccaac ttagactgtg ccccaaaaaa cttgtcatcc 5280
ctactatctt ctgtctagtc atacacctat tcaccgtttt caactactca tacatgccct 5340
gctcttgttt acactgccag tttacactgt tcctccaagc catcacagct gatatcccct 5400
ggtgctatcc gcaaactgcc actcttaact cttaaagtaa ataaataatc tttgctggca 5460
ggactatgct gaatctcctt cgcactctct aattaaatgt cctaggtcct cccaattctt 5520
agacctttaa tacctggttt tctccttctc ttattccatt tttcaattca tacaaaaccg 5580
tatccaggcc atcaccaata attctaaatg acaaatgttt cttctaacaa ccccacaata 5640
tcacccctta ccacaaaatc ttccttcagc ttaatctctc ccactctagg ttcccacgcc 5700
acctctaatc ccgctggaag tagccctgag aaacatcgcc cattatctct ccataccacc 5760
cctaaaaatt ttcactgtcc caacacttta ccacaatttc attttatttt tcttattaat 5820
ataagaagtc aggaatgtca ggcctctgag cccaagctaa gccatcatat cccctgtgac 5880
ctgcaggtac acatccagat ggccagttcc tgccttaact gatgacattc caccacaaaa 5940
caagtgaaaa tggcctgttc ctgccttaac tgatgacatt ccaccacaaa acaagtgaaa 6000
atggcctgtt cctgccttaa ctgatgacat tatctggtga aattccgtct cctggctcat 6060
cctggctcaa aagctcccct actgaccacc ttgtgacccc cacccctgcc tgccagagaa 6120
taacccccct ttttccttta cctacccaaa tcctataaaa cagccccacc cctatctccc 6180
ctcactgact ctctttttgg actcagccca cctgcaccca ggtgaaataa acagccttgc 6240
tgctcacaca aagcctgttg ggtggtctct tcacacggac gtgcatgaaa actttgaagc 6300
aggcattttg ctgtattatc tcaataacat ttttataaca tgttgaggta gatcttacgt 6360
tcattttaca aatgagaata ctaagatgtg gagagcttaa ccaatttaag cctgaagtta 6420
caatttaata gcaggaaggt ggacaaacgt tttttccgtt ctccaattcc tactgcctcc 6480
taaacatgtt ttacagacat gggcctctta acaatgggac atgccctgag aaatgcatca 6540
ctaggcaatt tctttgttat gtgaacatta cagtgtacct acacaaactt agaaggtata 6600
gcttactaca tacctaggct atatggtaga gcctattcct actaggctac aaatttggaa 6660
acatgtcatt ctactgaata ctgccggcaa ttacaacgca atggtagttg tgtatttaaa 6720
cgtgtctaca catagaaaag ctacaataaa aataacagta ttataatctt acgggaccat 6780
catcatataa gcagcgcatt cctgactgaa atgttggtta ggcagtacat cactgtattt 6840
ctttcattct tagaaaatga agtgaagggg aatataattt attttcatat acctacctct 6900
tctcaacaag ttccttatat tttttggcca taggggaaga ttctaatatt cacatctgaa 6960
tatcaattac ctttaagcaa aatatagtgt cttcataacc cagaacttga aaaatcacaa 7020
aacttgtttt cctggtacat tgtgtcaggc ctctgagccc aagctaagcc atcatgtccc 7080
ctgtgaccca catgtacaca tccagatggc tggttctttc cttaactgac gacattccac 7140
cacacaacaa gtgaaaaatg gcctgttcct gccttaactg atgacattat cttgtgaaat 7200
tccttctcct ggctcatcct ggctcaaaag ctcccctgct gagcacctcg tgaccccccc 7260
actcctgcct gccagagaac aacccccctt tgactgtaat tttcctttac ctacccaaaa 7320
cttataaaac ggccccaccc ctatctccct tcactgactc ttttcggact cagcccgcct 7380
gcacccaggt gaaataaaca gccttgttgc tcacaaaaag cctgtttggt ggtctcttca 7440
cacggacacg actgaaa 7457
<210> 97
<211> 5815
<212> DNA
<213> 智人
<400> 97
gtcaggcctc tcagcccaag ctaagccatc atatcccctg tgacctgcat gtacacatcc 60
agatggccag ttcctgcctt aactgatgac attccaccac aaaagaaatg aaaatggcct 120
gttcctgcct taactgatgg cattatcttg tgaaattcct tctcctggct catcctggct 180
caaaagctcc cctactaagc accttgtgac ccccactcct gcctgccaga gaactacccc 240
cctttccttt acctacccaa atcctataga atggctccac cccgtctccc ttcgctgact 300
ctctttttgg actcagccca cctgcaccca ggtgaaataa acagccttgt tgctcacaca 360
aagcttgttt ggtggtcttt tcacatggat gtgagtgaaa tttggtgcca tgactcagat 420
cgggcaagct cccttaggag atcaatcccc tgtcctcctg ctctttgctc cgtgagagag 480
agccacctat gacttctggt cctcagacca agcagcccaa gcaagatctc accaatttta 540
aatctggtaa gcagcctctt tttactctct tctccaacct ccctcactat ccctcaacct 600
ctatctcctt tcaatcttgg tgccacactt caatctctcc cttctcttaa tttcaattcc 660
tttcattttc tggtagagac aaaggaggca cattttatcc gtggacccaa aactctggcg 720
ctggtcatgg actagggaag gcagccttcc cttggtgttt aatcattgca gggacacctc 780
tctgattatt cacccaggtt tcagaggtgt cagaccacgc agggacgcct gtcttggtcc 840
ttcaccctta gcggcaagtc ctgcttttct gggggagggg caagaaccct tcaacacctt 900
ctctttcacc cttagtggca agtcccgctt ttctggagga ggggcaggaa tcccgaccta 960
atatctctgc accccgatcc cttatttcca tgccccaacc tcttatctct gtgccccaac 1020
cccatatttc cacgccctga ccccttctct gcttttctgg agggcaagaa ccccccaccc 1080
cttctctgtg tctctactct cttttctctg ggcttgcctc cttcactatg cacaagcttc 1140
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aattctcacc tgacctaaaa tctaagcatc ttattttctt ttgcaatgcc gcttgacccc 1260
aatacaaact cgacagtagt tccaaatagc cggaaaatgg cactttcaat ttttccatcc 1320
tacaagatct aaataattct tgtcaaaaaa tggccaaatg gtctgaggtg cctgacatcc 1380
aggcattctt ttatacatcg gtccctccct agtctctgtt cccaatgcaa ctcgtcccaa 1440
atcttccttc tttccctccc acctgtctcc tcagtcccaa ccccaagcat cactgagtct 1500
ttctaatctt ccttttctac agacccatct gacctctccc ctcctcccca ggctgctcct 1560
caccaggctg agctaggtcc caattcttcc tcagcctcca ctcctccacc ctataatcct 1620
tttatcacct cccctcctca caccaggtct ggcttacagt ttcattccct gactggccct 1680
ccccaacctg cccagcaatt tactcttaaa aagttggctg gagttaaagg catagtcaaa 1740
gttagtggtc ctttttcttt atcccaaatc agatagcatt taggctcttt ttcatcaaat 1800
ataaaaatcc agcccagttc atgactcgtt tggcagcaac cctgagatgc tttacagccc 1860
tagaccctaa aaggtcaaaa ggccgtctta ttctcaatat acattttatt acccaatctg 1920
ctcccgatat taaataaaac tccaaaaatt aaattccagc cctcaaaccc cacaacagga 1980
cttaattaac ctcgccttca aggtgtacaa taatagagta gaggcagcca agtagcaaca 2040
tatttctgag ttgcaattcc ttgcctccac tgtgagacaa accccagcca catctccagc 2100
acacaagaac ttccaaacac ctaaaccgca gtggccaggt gttcctccag aacctcctcc 2160
cccaggagct tgctacaagt gccagaaatc tggccaccaa gccaaggaat gcctgcagcc 2220
cgggattcct cctaagctgt gtcccatctg tgggggaccc cagtggaaat cagactgttc 2280
aactcacctg gcagccactc ccagagcccc tggaactctg gcccaaggct ctctgctgac 2340
tccttcccag atcttcttgg cttagcggct gaagactgac actgcccgat tgcctcggaa 2400
gccctgtaga ccatcacgga cgccgagctt taggtaactc tcacggtgga gggtaagtcc 2460
gtccccttct gaatcaatac ggaggctacc tactccacat tactttcttt tcaagggcct 2520
gtttcccttg cctccataac tgttgtgggt attgacagcc aggctgctaa acctcctaaa 2580
actccccaaa tctggtgtca acttagacaa tactctttta agcactcctt tttagttatc 2640
cccacctgcc cagtttcctt attaggctga gacactttaa ctaaattatc tgcttccctg 2700
actattcctg gagtacagct acatctcatt gccgcccttc ttcccaatcc aaagcctcct 2760
ttgcttcctc ctcttgcatc cccccacctt aacccacaag tataagatat ctctactccc 2820
tccttggtga ccaatcatgc accccttacc atctcattaa aacctaatca cccttgccct 2880
gcttaatgcc aatatcgcat cccacagcat gctttgaaag gattaaagcc tgttatcact 2940
cgcctgctac agcgtggcct tttaaagcct ataaactctc cttacaattc ccccatttta 3000
cctgtcctaa aaccagacaa gccttacaag ttagttcagg atctatgcct tatcaaccaa 3060
attgttttgc ctatccaccc catggtgcta aacccatata ctctcctata cttgataact 3120
ccctccacaa tccattattc tgttctggat ctgaaacatg ctttctttac tattcctttg 3180
cacccttcat cccagcctct ctttgctttc acctggactg accctgacac ccatcaagct 3240
cagcaaatta cctaggcttt actgctgcaa agcttcacag atagccccca ttacttcagt 3300
caagcccaaa tttcttcctc atctgttacc tatctcagca taattctcag aaaaacacat 3360
gcactctccc tgctgatcgt gtccagctaa tctcccaaac cccaatccct tctacaaaac 3420
aacaactcct ttccttcctg ggcatggttg gatactttca cgtttggata cctggttttg 3480
ccatcctaac aaaaccatta tataaactca caaaaggaaa cctagctgac cccatagatc 3540
ctaaatcctt tccccactcc tctttccatt ccttgaagac agctttagag gctgccccca 3600
tcctagctct ccctgactca tcccaaccct tttcattaca cacagccgaa gggcagggct 3660
gtgaagtcgg aattcttaca caaggaccgg gatcacgtcc tgtagccttt ttgtccaaat 3720
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taatactttt agaggccctt aaaatcacaa aatatgctca actcactctc tacagctctc 3840
ataatttccg aaatctattt tcttcctcac acctgacacg tatactttct gctccctggc 3900
tccttcagct gtactcactc tttgttgagt ctcccacaat taccattgtt cctggctcgg 3960
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ctctgatcca cctgacgttc accccatttc cccacatttc cttcttccct gtttctcacc 4080
ctgatcacac ctggtttatt gatggcagtt ccaccaggcc taatcgccac atgccagcaa 4140
aggcaggcta tgatatagta caagccacta gcctgcctct tagaacctct catttccttt 4200
ccatcatgga aatctatcct caaggaaatc acttctcagt gttccatctg ctattctgct 4260
acttctcagg gattattcag gccccctccc ttccctacac atcaagctca gggatttgcc 4320
cccacccagg actggcaaat tagctttact caacatgccc cgagtcagga aactaaaata 4380
cctcttggtc taggtagaca ctttcactgg ataggtacag gcctttccca cagggtctaa 4440
gaaggccacc acggtcactt cttcccttct gtcagtcaaa attactcggt ttggccttcc 4500
cacctctagg cagtccaata gtagaccggc ctttattcat caaatcagcc aagcagtttt 4560
tcaggctctt ggtattcagt gaaaccttta tatcccttac agtcctcagt cttcaggaaa 4620
ggtagaatgg actaatggtc ttttaaaaac acacctcacc aagctcagtc accaacttaa 4680
aaaggactag acagtacttt tacctctttc ttttctcaga atttaggcct gtcctcagaa 4740
tgctacaggg tacagcccat ttgagctcct gtatggacgc tccattttat taagccccag 4800
tctcattcca gacatcagac caacttggac tgtgccccaa aaacttgtca tccctactat 4860
cttctgtcta gtcatactcc tattcaccgt tctcgactac tcatatatgc cctgctcttg 4920
tttacactgc cggtttacac cgtttctcca agccatcaca gctgatatct cctggtgcta 4980
tccccagact gccactctta actcttaaag taaataaata atctttgctg gcaaggctat 5040
gctgaacctc cttaggcact ctctaattag atgtcctaag tcctcccaat tcttagtcct 5100
ttaatacctg tttttctcct tctcttattc cctttagttt ttcaatacat acaaaaccgt 5160
atccaggcca tcaccaataa ttctaaatga caaatatttc ttctaacagt cccacaatgt 5220
caccccttac cacaaaatct tccctcagct taatctctcc cactctaggt tcccatgcta 5280
cccctaatcc cgctcaaagc agccctgaga aacatcgccc attatctctc catactatcc 5340
ccccaaattt tcgccatccc aacactttac cactatttcg ttttattttt ctcattaata 5400
taagaagaca ggaatgtcag gcctccgagc ccaagctaag ccatcatatc ccctgtgacc 5460
tgcacatcca catccagatg gccggttcct gccttaactg atgacattcc accacaaaag 5520
aaatgaaaat ggcctgttct tgccttaact gatggcatta tcttgtgaga ttccttctcc 5580
tggctcatcc tggctcaaaa gctcccctac tgagcacctt gtgaccccca ctcctgcctg 5640
ccagagaaca accccccttt ttcctttacc tacccaaacc ctataaaaca gccccacccc 5700
tatctccctt cactgactct cttttcggac acagccctgc acccaggtga aacaaacagc 5760
cttgttgctc acacaaagcc tgtttggtgg cctcttcaca gggacgcaag tgaaa 5815

Claims (14)

1.至少一种核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体用于制备试剂盒的用途，所述试剂盒用于取自患者的生物样本中结肠癌体外诊断或预后，其中至少一种核酸序列的至少一种表达产物通过与至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体接触来检测，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列或选自与SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列之一显示至少99％同一性的序列。
2.如权利要求1所述的用途，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，所述至少两种核酸序列选自SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列显示至少99％同一性的序列。
3.如权利要求2所述的用途，其中，检测至少两种核酸序列的表达产物，优选三种核酸序列的表达产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:2，3和8所示的序列组，或选自与SEQ IDNOs:2，3和8所示序列显示至少99％同一性的序列。
4.如权利要求1至3中任一权利要求所述的用途，其中检测的表达产物是至少一种RNA转录物或至少一种多肽。
5.如权利要求4所述的用途，其特征在于，所述RNA转录物是至少一种mRNA。
6.如权利要求4或5所述的用途，其中，通过杂交、通过扩增或通过测序来检测RNA转录物，特别是mRNA。
7.如权利要求6所述的用途，其中，在允许杂交的预定条件下，将mRNA与至少一种探针和/或至少一种引物接触，并检测与mRNA杂交的存在或缺失。
8.如权利要求5所述的用途，其特征在于，制备mRNA的DNA拷贝，在允许杂交的预定条件下将所述DNA拷贝与至少一种探针和/或至少一种引物接触，以及在于，检测与所述DNA拷贝杂交的存在或缺失。
9.如权利要求4所述的用途，其中，通过与所述多肽的至少一种特异性结合配偶体接触来检测表达的多肽，所述特异性结合配偶体特别是抗体或抗体类似物，亲和蛋白或适体。
10.已经分离的至少一种核酸序列用于制备结肠癌体外诊断或预后的分子标记物的用途，其特征在于，所述核酸序列由以下组成∶
(i)至少一种DNA序列，其选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列，或
(ii)至少一种DNA序列，其与选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列的至少一种序列互补，或
(iii)至少一种DNA序列，其与(i)和(ii)中限定的一种序列显示至少99％同一性，或
(iv)至少一种RNA序列，其是选自(i)中限定的序列的一种序列的转录产物，或
(v)至少一种RNA序列，其是下述至少一种序列的转录产物，所述至少一种序列选自与(i)中限定的序列显示至少99％同一性的序列。
11.根据权利要求10所述的用途，其是已经分离的至少两种核酸序列用于制备结肠癌体外诊断或预后的分子标记物的用途，其特征在于，所述两种核酸序列由以下组成∶
(i)至少两种DNA序列，其选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列，特别是选自SEQ ID Nos:2，3和8所示序列，或
(ii)至少两种DNA序列，其与下述至少两种序列分别互补，所述至少两种序列选自SEQID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列，特别是选自SEQ ID Nos:2，3和8所示序列，或
(iii)至少两种DNA序列，其与(i)和(ii)中限定的两种序列显示至少99％同一性，或
(iv)至少两种RNA序列，其分别是选自(i)中限定的两种序列的转录产物，或
(v)至少两种RNA序列，其是下述至少两种序列的转录产物，所述至少两种序列选自与(i)中限定的序列显示至少99％同一性的序列。
12.至少一种核酸序列的至少一种表达产物的至少一种特异性结合配偶体用于制备试剂盒的用途，所述试剂盒用于评估结肠癌的治疗效果和/或特别是进展，其中，检测至少一种核酸序列的至少一种表达产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示的序列，或选自与SEQ ID NOs:1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示的序列分别显示至少99％同一性的序列。
13.如权利要求12所述的用途，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，所述至少两种核酸序列选自SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示的序列组，或选自与SEQ ID NOs∶1，2，3，4，5，7，8，9，10，11，12，13，17，19，22，24，25，27和97所示序列显示至少99％同一性的序列。
14.如权利要求13所述的用途，其中检测至少两种核酸序列的表达产物，优选的三种核酸序列的表达产物，所述核酸序列选自SEQ ID NOs:2，3和8所示的序列组，或选自与SEQ IDNOs:2，3和8所示序列显示至少99％同一性的序列。
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